Набор реагентов для определения ДНК вируса простого герпеса (HSV) и цитомегаловируса (CMV) методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) для диагностики in vitro "АмплиПрайм® HSV / CMV" по ТУ 9398-017-09286667-2014 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас 2 закупки, где это изделие полностью проходит по требованиям хотя бы в одной позиции.
| Закупка | Окончание подачи | Нач. цена |
|---|---|---|
| Поставка химических препаратов, применяемых в медицинских целях
№ 0319100005526000294 · ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "КРАСНОЯРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ ПРОФЕССОРА В.Ф. ВОЙНО-ЯСЕНЕЦКОГО" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ · Красноярский край |
09.11.2026 | 1 000 000 ₽ |
| Поставка реагентов для ПЦР исследований в рамках проекта «Валидация метода ранней диагностики инфекционно-септических осложнений у детей на основе морфофункционального тестирования фагоцитов: мультицентровое исследование» ЭТАП 1-ГРАНТ (закупка у субъектов малого предпринимательства, социально ориентированных некоммерческих организаций)
№ 0373200188026000412 · ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ ГОРОДА МОСКВЫ "ДЕТСКАЯ ГОРОДСКАЯ КЛИНИЧЕСКАЯ БОЛЬНИЦА № 9 ИМ. Г.Н. СПЕРАНСКОГО ДЕПАРТАМЕНТА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ ГОРОДА МОСКВЫ" · г. Москва |
11.11.2026 | 1 307 194 ₽ |
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 --- «УТВЕРЖДАЮ» Главный технолог Общества с ограниченной ответственностью «НекстБио» M. Ю . Сорокина ~v 2015 г. ИНСТРУКЦИЯ по применению набора реагентов для определения ДНК вируса простого герпеса (HSV) и цитомегаловируса (CMV) методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) для диагностики in vitro «АмплиПрайм® HSV / смv АмплиПрайм® 000 « НекстБио», Российская Федерация, 111394, город Москва, улица Полимерная, дом 8, стр. 2 IVD --- стр. 2 --- ОГЛАВЛЕНИЕ СПИСОКСОКРАЩЕНИЙ ..................................................................................................... З НАЗНАЧЕНИЕ...................................................................................................................... З ПРИНЦИПМЕТОДА .............................................................................................................4 ФОРМЫ ВЫПУСКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ ........................................................................5 АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ .............................................................................6 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ........................................................................9 МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ ........................................................................................11 ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ОБОРУДОВАНИЕ ...............................................13 ВЗЯТИЕ, ТPАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА ....17 ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАКЦИИ ДНК .......................... 24 ИНТЕРФЕРИРУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА И ОГРАНИЧЕНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ ПРОБ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА ........................................................................................25 ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР-ИССЛЕДОВАНИЯ ............................................................................25 ЭКСТРАКЦИЯ ДНК ИЗ ИССЛЕДУЕМЫХ ОБРАЗЦОВ .....................................................26 ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 1 («ПЦР-комплект» вариант FRT-100) .................................28 СОСТАВ.......................................................................................................................... 28 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ...............28 А. Подготовка пробирок для амплификации .............................................................28 Б. Проведение амплификации с детекцией в режиме «реального времени» ........29 В. Анализ и интерпретация результатов ...................................................................31 ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ 2 и 3 («ПЦР-комплект» вариант FЕР-100-0,2 или FEP-100- 0,5) ....................................................................................................................................... 37 СОСТАВ.......................................................................................................................... 37 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ ПО «КОНЕЧНОЙ ТОЧКЕ» .................................... 37 А. Подготовка пробирок для амплификации ............................................................. 37 Б. Проведение амплификации ...................................................................................39 В. Флуоресцентная детекция продуктов амплификации по «конечной точке» ...... 39 Г. Интерпретация результатов ..................................................................................40 ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 4 («ПЦР-комплект» вариант FRT-100 FN) ...........................43 СОСТАВ.......................................................................................................................... 43 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ...............43 А. Подготовка пробирок для амплификации ............................................................. 43 Б. Проведение амплификации с детекцией в режиме «реального времени» ........44 В. Анализ и интерпретация результатов ...................................................................46 ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 5 («ПЦР-комплект» вариант FRT-L) .....................................52 СОСТАВ.......................................................................................................................... 52 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ...............52 А. Подготовка пробирок для амплификации ............................................................. 52 Б. Проведение амплификации с детекцией в режиме «реального времени» ........ 53 В. Анализ и интерпретация результатов ...................................................................55 ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 6 (комплекты реагентов «АмплиПрайм® МАГНО-сорб-УРО» и «ПЦР-комплект» вариант FRT-100 FN) .........................................................................61 СОСТАВ.......................................................................................................................... 61 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ...............62 А. Подготовка пробирок для амплификации .............................................................62 Б. Проведение амплификации с детекцией в режиме «реального времени» ........63 В. Анализ и интерпретация результатов ...................................................................64 СРОК ГОДНОСТИ. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ХРАНЕНИЯ .......................70 ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ПРОИЗВОДИТЕЛЯ ................................................71 СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ ..........................................72 ПРИЛОЖЕНИЕ1 ................................................................................................................73 стр. 2 из 75 --- стр. 3 --- СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ B настоящей инструкции применяются следующие сокращения и обозначения: BKO-FL - экзогенныи внутренний контрольный образец ГЭ - геномные эквиваленты HК - дезокси ибон клеиновая кислота дНТФ - дезокси ибон клеотидт и ос ат ИППП - инфекции, передаваемые половым путем К1, K2 - НK-калиб ато ы K+ - положительный контроль П Р К— - отрицательный контроль П P НК - нуклеиновые кислоты ОК - отрицательный контроль экст акции ОКО - отрицательный контрольный об азец П Р -полиме азная цепная реакция РУ -регистрационное удостоверение УДГ - ацил-ДНК-гликoзилaзa FEP - л o есцентная детекция по «конечной точке» FRT - л o есцентная детекция в режиме « еального в емени» НАЗНАЧЕНИЕ Набор реагентов «АмплиПрайм® HSV / CMV» предназначен для качественного (формы комплектации набора 1, 2, 3, 4, 5, 6) и количественного определения (формы комплектации набора 1, 4, 5, 6) ДНК вируса простого repneca (HSV) и цитомегаловируса (CMV) в биологическом материале ( отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (отделяемое слизистой оболочки влагалища, соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала и соскоб эпителия со слизистой оболочки уретры), ротоглоткы, конъюнктивы; моча, слюна, секрет предстательной железы, цельная кровь, плазма крови, ликвор; отделяемое пузырьковых высыпаний и эрозивно-язвенных поражений кожи и слизистых оболочек человека) методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации. Набор реагентов используется в клинической лабораторной диагностике для исследования биологического материала, полученного от лиц с подозрением на герпесвирусную или цитомегаловирусную инфекцию вне зависимости от формы и стадии заболевания. Материалом для проведения ПЦР служат пробы ДНК, экстрагированные из исследуемого материала с помощью комплектов реагентов, рекомендованных Производителем. ВНИМАНИЕ! B соответствии с федеральным законом от 21.11.2011 NQЗ23-Ф3 «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» ПЦР-исследование является одним из методов всестороннего обследования пациента, на основании которых лечащий врач устанавливает диагноз и выбирает мероприятия по лечению пациента. стр. З из 75 --- стр. 5 --- параллельного тестирования пробы ДНК с использованием набора реагентов «АмплпПрайм® HSV / CMV» и набора реагентов для количественного определения ДНК человека, рекомендованного Производителем. Во втором варианте рассчитываются нормированные значения концентрации ДНК микроорганизмов, отражающие количество клеток микроорганизмов относительно клеток слизистой оболочки человека. Набор реагентов содержит систему защиты от контаминации ампликонами за счет применения фермента урацил-ДНК-гликозилазы (УДГ) и трифосфата дезоксиуридина. Фермент УДГ распознает и катализирует разрушение цепей ДНК, содержащих дезоксиуридин, но не ДНК, содержащей дезокситимидин. Дезоксиуридин отсутствует в природной ДНК, но всегда присутствует в ампляконах, поскольку трифоефат дезоксиуридина входит в состав смеси дНТФ в реагентах для амплификации. Дезоксиуридин делает контаминирующие ампликоны восприимчивыми к разрушению ферментом УДГ до начала амплификации ДНК-мишени, и, следовательно, они не могут быть в дальнейшем амплифицированы. Фермент УДГ термолабилен и инактивируется при нагревании выше 50 °C и поэтому не разрушает ампликоны мишени, нарабатываемые в процессе ПЦР. На этапе амплификации одновременно в одной пробирке проводится 3 реакции - амплификация участков ДНК HSV и CMV, а также амплификация последовательности BKO-FL. Результаты амплификации ДНК HSV и CMV, а также ДНК BKO-FL регистрируются по 3 различным каналам флуоресцентной детекции: Таблица 1 Канал для флуорофора FAM JOE ROX ДНК-мишень ДНК HSV ДНК CMV ДНК BKO-FL искусственно Область амплификации gpB gene Р01 деле синтезированная последовательность ФОРМЫ ВЫПУСКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ Набор реагентов выпускается в б формах комплектации: Форма 1 включает комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-100. Форма 2 включает комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FEР-100-0,2 (пробирки 0,2 Mn). Форма 3 включает комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FЕР-100-0,5 (пробирки 0,5 Mn). Форма 4 включает комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-100 FN. Форма 5 включает комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-L. Форма 6 включает комплекты реагентов «АмплиПрайм® МАГНО-copб-УРО» и «ПЦР- стр. 5 из 75 --- стр. 6 --- комплект» вариант FRT-100 FN. Формы комплектации 1, 4, 5 предназначены для проведения амплификации ДНК с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени» и позволяют выявлять ДНК в качественном и количественном формате. Для проведения полного ПЦР-исследования необходимо использовать комплекты реагентов для экстракции ДНК, рекомендованные Производителем. Форма комплектации 4 может быть использована совместно с автоматическими станциями приготовления реакционных смесей. Формы комплектации 2 и 3 предназначены для проведения амплификации ДНК с гибридизационно-флуоресцентной детекцией по « конечной точке» и позволяют выявлять ДНК в качественном формате. Для проведения полного ПЦР-исследования необходимо использовать комплекты реагентов для экстракции ДНК, рекомендованные Производителем. Форма комплектации б предназначена для проведения полного ПЦР- исследования, включающего экстракцию ДНК из биологического материала и амплификацию ДНК с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени», и позволяет выявлять ДНК в качественном и количественном формате. Форма комплектации б может быть использована совместно с автоматическими станциями пробоподготовки и приготовления реакционных смесей. АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Для данного набора реагентов применимы следующие характеристики: Аналитическая чувствительность и линейный диапазон Таблица 2 Вид Комплект Аналитичес- Линейный Транспортная для Комплект для Микроор- кая чувстви- диапазон исследуемого среда экстракции амплификации ганизм тельность, измерения, мате риала ДНК Г3 /мл2 Г3/мл отделяемое «АмплиПрайм ТС» или «АмплиПрайм « ЦP HSV 1x10 3 2x10 3- 1x10' слизистых «АмплиПрайм ДНК-сорб-АМ» комплект» вариант оболочек ТСМ» или «АмплиПрайм~ урогенитального «Транспортная МАГНО-сорб- FEP, FRT-100 FR Т- CMV з 1x10 2x10 з -1x10 7 тракта среда ТС- урО„ 100 FN, FR Т-L Э ЭМ»3 Z Количество геномных эквивалентов микроорганизма (ГЭ): — в биологическом материале ( отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта, ротоглотки, конъюнктивы, отделяемое пузырьковыx высыпании и эрозивно-язвенных поражений кожи и слизистых оболочек человека), помещенном в указанную транспортную среду, в пересчете на 1 Mn; — в пересчете на 1 мл образцов мочи, слюны, секрета предстательной железы, цельной крови, плазмы крови и ликвора. 3 Форма комплектации 3 или 4 комплекта реагентов «АмплиПрайм ЭДЭМ . п стр. б из 75 --- стр. 7 --- «ПЦР- «Транспортная комплект» HSV 5х103 - среда ТС- «АмплиПрайм вариант Э ЭМ» ЭДЭМ»" FEP-100, FRT-100, FRT- CMV 5х103 — 100 FN, FRT-L АмплиПрайм ТС» или «ПЦР-кoмпneкт» HSV 1х103 2х103— lxi «АмплиПрайм «АмплиПрайм FEP-100, CMV 1х103 2х10 3 -1 х10г ТОМ» или отделяемое ДНК-сорб-AМ» FRT-100, FRT-100 слизистых «Транспортная EN, оболочек c e а ТС-Э ЭМ»3 ротоглотки, «ПЦР-комплект» HSV 5х103 - конъюнктивы «Транспортная «АмплиПрайм Bариант FEP-1 00' среда ТС-ЭДЭМ»3 ЭДЭМ»4 FRT 100, FRT-100 CMV 5х10 3 - FN, FRT-L «АмплиПрайм ТС» или «АмплиПрайм " пЦР HSV 2х103 4х103— lxi «АмплиПрайм ДНК-сорб-AМ » комплект» ТОМ» или «АмплиПрайм "~ вариант FEP-100, «Транспортная МАГНО-сорб- FRT-100, FRT- CMV 2x10 з з г 4x10 — 1x10 среда ТС- УРО» 100 FN, FRT -L моча Э ЭМ»3 «ПЦР- «Транспортная комплект» HSV 1х104 - среда ТС- «АмплиПрайм вариант ЭДЭМ» ЭДЭМ»° FEP-100, FRT-100, FRT- CMV lxi О - 100 FN, FRT-L «ПЦР-комплект» HSV 1х103 2х103— 1x10' «АмплиПрайм вариант слюна — ДНК-сорб-AM» FEP-100, FRT-100, FRT-100 CMV 1х103 2х103-1 х107 FN, FRT-L АмплиПрайм «ПЦР-комплект» HSV з 2x10 з г 4x10 - 1x10 секрет ДНК-сорб-AM» вариант лредстатеnьной — «АмплиПрайм FEP-100, железы МАГНО-сорб- FRT-100, FRT-100 CMV He исаользуется5 YPO» FN, FRT-L АмплиПрайм ТС» или «ПЦР-комплект» HSV 1х103 2х103-1 х10г отделяемое «АмплиПрайм «АмплиПрайм FEP-100, пузырьковых ТОМ» или ДНК-сорб-АМ» FRT-100, FRT-100 высыпаний и «Транспортная FN, FRT-L CMV He испбльзуется5 эрозивно- c e а ТС-Э ЭМ»3 язвенных «ПЦР-комплект» 3 поражений кожи и вариант HSV 5x10 - слизистых «Транспортная «АмплиПрайм FEp-1 00' CMV He используется 5 оболочек среда ТС-ЭДЭМ»3 ЭДЭМ»° FRT 100, FRT-100 FN, FRT-L «ПЦР-комплект» р HSV 5x10 3 г 1х104— 1x10 «АмплиПрайм® ва иант цельная кровь — ДНК-сорб-B» FEP-100, FRT-100,FRT-100 CMV 5x10 3 1х104-1 х107 FN, FRT-L «ПЦР-кoмплeкт» HSV He используется 5 плазма крови _ «АмплиПрайм вариант FEP-100, CMV 1x10 з з г 2x10 — 1x10 РИБО-прел» FRT-100, FRT-100 FN, FRT-L ЛИКВОF _ <Ампли~ раЙм OЦР-КОМПЛеKт» HSV l хl О3 2Хl ОЗ—l хl Ог РИБО-преп» вариант ' Используется только при качественном определении. 5 Выявление данного микроорганизма в указанном виде биоматериала не имеет клинического значения. стр. 7 из 75 --- стр. 8 --- FEP-100, FRT-100, FRT-100 CMV 1х103 2х103— 1х107 FN, FRT-L Данные значения характеристик достигаются при соблюдении правил, указанных в разделах « Взятие, транспортирование и хранение исследуемого материала» и «Подготовка исследуемого материала к экстракции ДНК». Аналитическая чувствительность в отношении каждого из микроорганизмов сохраняется и в присутствии высокой концентрации ДНК другого анализируемого микроорганизма — до 109 ГЭ/мл. Аналитическая специфичность Набор реагентов обнаруживает фрагменты ДНК заявленных микроорганизмов. Аналитическая специфичность набора реагентов доказана при исследовании ДНК следующих микроорганизмов: EBV; HHV б u 7 типов; HPV; Gardnerella vaginatjsb Lactobacillus spp.; Escherichia coil; staphylococcus aureus; Streptococcus pyogenes; Streptococcus agalactiae; Candida aibicans; Candida glabrata; Candida krusei; Mycoplasma homiпis; Urea plasma ureatyticum; Urea plasma раrvит; Myco plasma hominis; Myco plasma genitalium; Neisseria flava; Neisseria subflava; Neisseria sicca; Neisseria mucosa; Neisseria gonorrhoeae; Chlamydla trachomatis; Treponema pailidum; Trichomonas vaginalis; Toxoplasma gondii, а также геномной ДНК человека. При тестировании образцов ДНК вышеперечисленных микроорганизмов и ДНК человека неспецифических реакций выявлено не было. Воспроизводимость, повторяемость и правильность Воспроизводимость и повторяемость были определены путем тестирования модельного образца биоматериала. Модельный образец биоматериала был приготовлен разведением стандартного образца предприятия в трех диапазонах концентраций ( от 2х103 до 5х103, 1 х104 до 5х104, от 1х105 до 5х105 ГЭ/мл) в биологическом материале, не содержащем ДНК каких-либо других возбудителей инфекций органов репродукции. Правильность была определена путем тестирования стандартного образца предприятия в концентрации 5 х 104 ГЭ/мл. Таблица З Воспроизводимость М икроорга- Исходное значение Количеств Среднее значение Стандартное Коэффициент низм концентрации, ГЭlмл о повторов концентрации, 1g отклонение (SD) вариации (CV), /o HSV 3 5к1O 3 от2х10 до 80 3,51 0,05 1,50 CMV $0 3,48 0,14 4,13 HSV 4 4 от 1x10 до 5х104 80 4,60 0,05 1,17 80 4,61 0,05 1,09 HSV т 1х1О5до 5х105 80 5,55 0,07 1,33 стр. 8 из 75 --- стр. 9 --- CMV I 80 5,53 0,11 1,99 Таблица 4 Повторяемость Исходное Стандартное Коэффициент Микроорганизм значение концентрации, Количеств о повторов Среднее значение концентрации, Ig отклонение вариации Г3/мл (SD) (CV), % HSV 3 3 т 2x10 до 5x10 40 3,53 0,04 1,20 CMV 40 3,55 0,03 0,76 HSV 4 4 т 1x10 до 5x10 40 4,56 0,04 0,94 CMV 40 4,61 0,02 0,38 HSV т 1x10 5 до 5x10 5 40 5,48 0,02 0,36 CMV 40 5,47 0,01 0,26 Таблица 5 Правильность Систематическая Микроорганизм Количество Среднее значение Установленное погрешность B p ( ) измерения, 1g значение _______________ _____ Ig HSV 100 4,69 4,73 0,05 0,85 CMV 100 4,55 4,64 0,08 1,94 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Таблица б Результаты тестирования набора реагентов «АмплиПрайм® HSV/CMV)) в сравнении с референтнмм методом Результаты применения референтного Результаты применения набора методаб Тип образцов реагентов «АмплиПрайм® HSV/ HSV CMV CMV » положи- отрица- положи- отрица- тельных тельных тельных тельных отделяемое слизистых оболочек Всего положительных 107 2 114 1 урогенитэльного исследовано отрицательных 1 490 1 484 т акта 600 образцов отделяемое Всего положительных 115 1 101 2 слизистой оболочки исследовано отоглотки 250 образцов отрицательных 1 133 1 146 отделяемое Всего положительных 103 1 101 1 исследовано конъюнктивы 300 образцов отрицательных p 1 195 1 197 Всего положительных 110 2 112 1 моча исследовано 400 об азцов отрицательных 1 287 1 286 Всего положительных 117 1 119 1 слюна исследовано 250 образцов отрицательных 1 131 1 129 секрет Всего положительных 105 2 0 0 предстательной исследовано железы 600 образцов отрицательных 1 492 0 600 цельная кровь Всего положительных 100 0 100 0 6 В качестве референтного мето,®а использовались наборы реагентов «АмплиСенс® HSV I, Il-FL» ( РУ Ns ФСР 2007/00827), «АмплиСенс CMV-FL> ( РУ Ns ФСР 2012/13532). стр. 9 из 75 --- стр. 10 --- исследовано 250 об аэцов отрицательных 0 150 0 150 Всего положительных 0 0 100 0 плазма крови исследовано 250 об азцов отрицательных 0 250 0 150 Всего положительных 100 0 100 0 ликвор исследовано 250 об азцов отрицательных 0 150 0 150 отделяемое пузырьковых Всего положительных 124 1 0 0 высыпаний и исследовано эрозивно-язвенных поражений кожи и 150 образцов отрицательных 1 24 0 150 слизистых оболочек Были использованы 600 образцов отделяемого слизистых оболочек урогенитального тракта, 250 образцов отделяемого слизистой оболочки ротоглотки, 300 образцов отделяемого конъюнктивы, 400 образцов мочи, 600 образцов секрета предстательной железы, 250 образцов слюны, 150 образцов отделяемого пузырьковых высыпаний и эрозивно-язвенных поражений кожи и слизистых оболочек, полученных от пациентов с подозрением на герпесвирусную или цитомегаловирусную инфекцию. При проведении исследований биоматериала цельной крови, плазмы крови и ликвора были использованы предварительно собранные для каждого биоматериала 100 образцов, содержащие ДНК HSV, и 100 образцов, содержащие ДНК CMV, а также 50 образцов каждого биоматериала, не содержащих ДНК данных вирусов. Таблица 7 Диагностические характеристики набора реагентов «АмплиПрайм® HSV/CMV» Диагностическая Диагностическая чувствительность' специфичность$, Тип образцов (с доверительной (с доверительной вероятностью 95 %), не вероятностью 95 %), не менее % менее % HSV CMV HSV CMV отделяемое слизистых оболочек 97,2 97,0 98,5 98,5 огенитального т акта отделяемое слизистой оболочки 97 2 97,0 98,5 98,5 отоглотки отделяемое конъюктивы 97,0 97,0 98,5 98,5 моча 97,2 97,0 98,5 98,5 слюна 97,0 97,0 98,5 99,5 секрет предстательной железы 97,1 - 98,1 98,9 цельная кровь 97,6 97,6 98,4 98,4 плазма крови - 97,7 99,0 98,1 ликвор 97,9 97,8 98,3 98,4 ' Относительная чувствительность в сравнении с использованным референтным методом. $ Относительная специфичность в сравнении с использованным референтным методом. стр. 10 из 75 --- стр. 11 --- отделяемое пузырьковых высыпаний и эрозивно-язвенных 97,4 - 97,4 98,6 поражений кожи и слизистых оболочек МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно- биологические (ПЦР) исследования биологического материала на наличие возбудителей инфекционных болезней, с соблюдением санитарно- эпидемиологических правил СП 1.3.2322-08 «безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней», СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами» и методических указаний МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы 1-IV групп патогенности». При работе необходимо всегда выполнять следующие требования: - Рассматривать исследуемые образцы как инфекционно-опасные, организовывать работу и хранение в соответствии с СП 1.3.2322-08 «Безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней». - Убирать и дезинфицировать разлитые образцы или реагенты, используя дезинфицирующие средства в соответствии с СП 1.3.2322-08 «безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней». - Лабораторный процесс должен быть однонаправленным. Анализ проводится в отдельных помещениях ( зонах). Работу следует начинать в Зоне Экстракции, продолжать в Зоне Амплификации и Детекции. Не возвращать образцы, оборудование и реагенты в зону, в которой была проведена предыдущая стадия процесса. - Неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком годности, а также использованные реагенты, упаковку, биологический материал, включая материалы, инструменты и предметы, загрязненные биологическим материалом, следует удалять в соответствии с требованиями СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами». ВНИМАНИЕ! При удалении отходов после амплификации ( пробирок, содержащих продукты ПЦР) недопустимо открывание пробирок и разбрызгивание содержимого, стр. 11 из 75 --- стр. 22 --- Сбор мочи провести после тщательного туалета наружных половых органов. Желательно закладывать тампон во влагалище перед сбором материала для предупреждения контаминации мочи отделяемым из влагалища. Также не следует производить сбор мочи во время менструации. У мужчин при мочеиспускании необходимо освободить наружное отверстие мочеиспускательного канала, полностью опянув кожную складку. Для анализа отбирают первую порцию утренней мочи в количестве 15-25 мл в специальный сухой стерильный флакон на 50-60 Mn. Допускается хранение образцов мочи до проведения предобработки: - при температуре от 2 до 8 °С - в течение 1 суток; - при температуре от минус 24 до минус 16 °С - в течение 1 недели; - при температуре не выше минус 70 °С - длительно. Допускается лишь однократное замораживание-оттаивание материала. Слюна Перед получением слюны следует провести трехкратное полоскание полости рта физиологическим раствором. Слюну забирать в одноразовые сухие стерильные пробирки на 2 мл в количестве не менее 1,0 Mn. Пробирку плотно закрыть крышкой, не допуская зазора и смятия внутренней части крышки, и промаркировать. Условия хранения материала: - при комнатной температуре - в течение 6 часов; - при температуре от 2 до 8 °С - в течение 1 суток. Секрет предстательной железы Перед получением секрета предстательной железы головку полового члена обработать стерильным ватным тампоном. Секрет простаты забрать после предварительного массажа простаты через прямую кишку. Врач проводит массаж с надавливанием несколькими энергичными движениями от основания к верхушке. После окончания массажа предстательной железы ее секрет в количестве 0,5-1 Mn собрать в одноразовую стерильную сухую пластиковую пробирку объемом 2 мл или стерильный сухой контейнер объемом 50-60 мл. Пробирку плотно закрыть крышкой, не допуская зазора и смятия внутренней части крышки, и промаркировать. При невозможности получить секрет сразу после массажа простаты собрать первую порцию мочи (в которой содержится секрет предстательной железы) в количестве 15-25 мл (см. порядок забора мочи). Допускается хранение образцов секрета предстательной железы до проведения стр. 22 из 75 --- стр. 23 --- П ЦР-исследован ия: - при комнатной температуре - в течение 6 часов; - при температуре от 2 до 8 °С - в течение 1 суток; - при температуре от минус 24 до минус 16 °С - в течение 1 недели; - при температуре не выше минус 68 °С - длительно. Допускается лишь однократное замораживание-оттаивание материала. Цельная кровь Взятие крови следует производить натощак или через З часа после приема пищи из локтевой вены одноразовой иглой диаметром 0,8-1,1 мм в специальную вакуумную систему типа «Vacuette®» с раствором ЭДТА или цитрата натрия. После взятия крови пробирку следует плавно несколько раз перевернуть вверх дном, чтобы кровь в пробирке тщательно перемешалась с антикоагулянтом (в противном случае кровь свернется, и экстракция ДНК станет невозможной!). После плавного перемешивания пробирку поместить в штатив. Условия хранения материала: - при температуре от 20 до 25°С - в течение 6 часов с момента получения материала для количественного определения и в течение 12 часов - для качественного определения; - при температуре от 2 до 8 °С - в течение 1 суток. Недопустимо замораживание образцов цельной крови! Плазма крови Взятие крови проводится утром натощак в пробирку c раствором ЭДТА в качестве антикоагулянта. Закрытую пробирку с кровью несколько раз переворачивают и хранят при температуре от 2 до 8 °С не более 6 ч. Пробирку с цельной кровью центрифугируют 20 мин при 800 - 1600 g при комнатной температуре. Полученную плазму переносят в количестве не менее 1 мл отдельными наконечниками c аэрозольным барьером в стерильные пробирки типа «Эппендорф» объемом 2,0 мл. Условия хранения материала: - при температуре от 2 до 8 °С - в течение 5 суток; - при температуре от минус 24 до минус 16 °С - в течение года; - при температуре не выше минус 68 °С - длительно. Спинномозговая жидкость (ликвор) Спинномозговую жидкость (ликвор) получают с помощью одноразовых игл, в одноразовые пластиковые сухие пробирки объемом 2,0 мл в количестве не менее 1,0 Mn. Пробирку плотно закрыть крышкой, не допуская зазора и смятия внутренней части стр. 23 из 75 --- стр. 24 --- крышки, и промаркировать. Условия хранения и транспортирования материала: — при комнатной температуре — в течение 6 часов; — при температуре от 2 до 8 °C — в течение 1 суток; — при температуре от минус 24 до минус 16 °C — в течение 1 месяца; — при температуре не выше минус 68 °C — длительно. Допускается только однократное замораживание-оттаивание материала. Мазки, соскобы с пузырьковых высыпаний и эpозивно-язвенных поражений кожи и слизистых оболочек С пораженных участков удалить корочку и собрать материал с помощью зонда- тампона. При наличии везикул покрышку удалить стерильной иглой, и собрать содержимое везикулы с помощью зонда-тампона. Зонд-тампон перенести в пробирку с транспортной средой. Рабочую часть зонда-тампона, содержащую исследуемый материал, обломить и оставить в пробирке с транспортной средой. В случае невозможности обломить рабочую часть зонда-тампона следует максимально полно смыть биоматериал с рабочей части в пробирку с транспортной средой, прижав ее к внутренней стороне пробирки и вращая по 5-10 раз по часовой и против часовой стрелки. Недопустимо использование ножниц для обрезания рабочей части зонда- тампона! Пробирку плотно закрыть крышкой, не допуская зазора и смятия внутренней части крышки, и промаркировать. Биологический материал, помещенный в транспортную среду, хранить и транспортировать согласно требованиям, указанным в инструкции к используемой транспортной среде. Допускается лишь однократное замораживание-оттаивание материала. ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К 3 КСТРАКЦИИ ДНК Образцы мазков (соскобов) со слизистых оболочек урогенитального тракта, ротоглотки, конъюнктивы; образцы слюны, секрета предстательной железы, цельной крови, плазмы крови и ликвора; отделяемого пузырьковых высыпаний и эрозивно- язвенных поражений кожи и слизистых оболочек не требуют предварительной подготовки. Образцы мочи требуют предварительной подготовки. Флакон с мочой взболтать. Перенести 1 Mn мочи, используя наконечник с фильтром, в стерильную одноразовую пробирку объемом 1,5 мл. Центрифугировать 5 минут при 10 тыс g (например, 12 тыс. об/мин для микроцентрифуги MiniSpin). При наличии большого количества солей ресуспендировать только верхний слой осадка солей в объеме 1 мл и затем снова о стр. 24 из 75 --- стр. 35 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 1. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ Возможные ошибки: 1. Для положительного контроля ПЦР (K+) значение порогового цикла (Ct) по любому из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 12) отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 2. Для отрицательного контроля экстракции (OK): а) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком- либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить ПЦР-исследование для всех образцово в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов, начиная с этапа экстракции ДНК; б) по каналу для флуорофора ROX значение порогового цикла (Ct) отсутствует или определено больше граничного. Это означает, что OK не выполнил функцию контроля контаминации. Требуется повторное ПЦР-исследование для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов, начиная с этапа экстракции ДНК. З. Для отрицательного контроля ПЦР (К-) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE, и/или ROX определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком-либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить амплификацию и детекцию для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов и/или ВКО. 4. При проведении количественного ПЦР-исследования для ДНК-калибратора K1 отсутствует значение порогового цикла (Ct) по какому-либо из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 14). Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 5. При проведении количественного ПЦР-исследования для ДНК-калибратора K2 значение порогового цикла (Ct) по какому-либо из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 14) отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. б. При проведении количественного ПЦР-исследования показатель эффективности E при построении калибровочной прямой менее 80% или более 120%. стр. 35 из 75 --- стр. 36 --- i ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 1. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ Необходимо проверить правильность заданных концентраций ДНК-калибраторов в соответствии с вкладышем к набору реагентов и правильность выбранного уровня пороговой линии. Если при правильно заданных концентрациях ДНК- калибраторов и уровне пороговой линии показатель эффективности не укладывается в требуемый диапазон, следует повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 7. Для исследуемого образца определено значение порогового цикла, при этом на графике флуоресценции отсутствует участок характерного экспоненциального подъема ( график представляет собой приблизительно прямую линию). Необходимо проверить правильность выбранного уровня пороговой линии или параметров расчета базовой линии. Если результат получен при правильном уровне пороговой линии (базовой линии), требуется повторно провести амплификацию и детекцию для этого образца. стр. 36 из 75 --- стр. 37 --- • ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ 2 и 3. КАЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ 2 и 3 («ПЦР-комплект» вариант FEP-100- 0,2 или FЕР-100-0,5) СОСТАВ Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FЕР-100-0,2 или FЕР-100-0,5 для амплификации фрагментов ДНК HSV и CMV с гибридизационно-флуоресцентной детекцией «по конечной точке» позволяет проводить ПЦР-исследование в качественном формате. Комплект реагентов включает; Реагент Описание Объем, Количество МЛ ПЦР-смесь HSV/CMV Прозрачная бесцветная 0,01 110 пробирок объемом 0,2 раскапана под воск жидкость или 0,5 мл ПЦР-буфер-К Прозрачная жидкость 1,1 1 пробирка красного цвета ПЦР-буфер-А-Фон14 Прозрачная жидкость 0,6 1 пробирка красного цвета К2 complex Прозрачная бесцветная 0,2 1 пробирка жидкость K_ Прозрачная бесцветная 0,2 1 пpобиpка жидкость Минеральное масло для 516 Бесцзетная вязкая 4,0 1 флакон жидкость Комплект реагентов рассчитан на проведение 110 реакций амплификации, включая контроли и фоновые образцы. АМПЛИФИКАЦИЯ с ДЕТЕКЦИЕЙ ПО «КОНЕЧНОЙ ТОЧКЕ» Для внесения в пробирки реагентов, проб ДНК и контрольных образцов используются одноразовые наконечники с фильтрами. А. Подготовка пробирок для амплификации Общий объем реакционной смеси — 30 мкл, включая объем пробы ДНК — 10 мкл. 1. Отобрать необходимое количество пробирок с ПЦР-смесью HSV / CMV для амплификации ДНК исследуемых и контрольных образцов (количество контрольных образцов см. в п. 6), а также двух образцов «Фон». Убедиться, что воск полностью покрывает раствор на дне пробирок. в противном случае, не использовать данные пробирки. 2. Приготовить образцы «Фон». Для этого в две пробирки с ПЦР-смесью HSV / 14 Реагент используется при исследовании проб ДНК, экстрагированных с помощью комплектов для экстракции «АмплиПрайм ДНК-сорб-АМ» и «АмплиПрайм® МАГНО-сорб-УРО». 15 Реагент используется при применении амплификаторов без термостатируемой крышки (например, «Терцик», 000 « НПОДНК-Технология»). 16 Реагент входит только в состав «ПЦР-комплекта» вариант FЕР-100-0,5. стр. 37 из 75 --- стр. 50 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 4. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ Результат количественного ПЦР-исследования считать достоверным, если получены правильные результаты для контролей этапов экстракции и амплификации ДНК в соответствии с табл. 25 и вкладышем, прилагаемым к набору реагентов. Таблица 25 Результаты для контролей различных этапов количественного ПЦР-исследования Значение порогового цикла по каналу для Контроль Контролируемый этап л o 0 o a Ct ПЦР-исследования FAM JOE ROX определено OK Экстракция ДНК отсутствует отсутствует меньше г аничного K— ПЦР отсутствует отсутствует отсутствует Кi ПЦР определено определено определено определено определено определено К2 ПЦР меньше меньше меньше г аничного г аничного г аничного Возможные ошибки: 1. Для положительного контроля ПЦР (K+) значение порогового цикла (Ct) по любому из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 23) отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 2. Для отрицательного контроля экстракции (ОК): а) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком- либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить ПЦР-исследование для всех образцово в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов, начиная с этапа экстракции ДНК; б) по каналу для флуорофора ROX значение порогового цикла (Ct) отсутствует или определено больше граничного. Это означает, что OK не выполнил функцию контроля контаминации. Требуется повторное ПЦР-исследование для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов, начиная с этапа экстракции ДНК. 3. Для отрицательного контроля ПЦР (К—) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE, и/или ROX определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна стр. 50 из 75 --- стр. 51 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 4. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком-либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить амплификацию и детекцию для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов и/или ВКО. 4. При проведении количественного ПЦР-исследования для ДНК-калибратора К1 отсутствует значение порогового цикла (Ct) по какому-либо из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 25). Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 5. При проведении количественного ПЦР-исследования для ДНК-калибратора К2 значение порогового цикла (Ct) по какому-либо из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 25) отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. б. При проведении количественного ПЦР-исследования показатель эффективности Е при построении калибровочной прямой менее 80% или более 120%. Необходимо проверить правильность заданных концентраций ДНК-калибраторов в соответствии с вкладышем к набору реагентов и правильность выбранного уровня пороговой линии. Если при правильно заданных концентрациях ДНК- калибраторов и уровне пороговой линии показатель эффективности не укладывается в требуемый диапазон, следует повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 7. Для исследуемого образца определено значение порогового цикла, при этом на графике флуоресценции отсутствует участок характерного экспоненциального подъема ( график представляет собой приблизительно прямую линию). Необходимо проверить правильность выбранного уровня пороговой линии или параметров расчета базовой линии. Если результат получен при правильном уровне пороговой линии (базовой линии), требуется повторно провести амплификацию и детекцию для этого образца. стр. 51 из 75 --- стр. 52 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 5. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 5 (<ПЦР-комплект» вариант FRT-L) Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-L для амплификации фрагментов ДНК HSV и CMV с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме « реального времени» позволяет проводить ПЦР-исследование в качественном и количественном формате. Комплект реагентов включает: Реагент Описание Объем, мл Количество 96 пробирок объемом ПЦР-смесь HSV/CMV-Lyo Порошок белого цвета _ 0,2 мл или 96-лyнoчный планшет для ПЦР K1 complex Прозрачная бесцветная 0,5 1 пробирка жидкость K2 complex Прозрачная бесцветная 0,5 1 пробирка ЖИДКОСТЬ K_ Прозрачная бесцветная 0,5 1 пробирка жидкость Буфер для элюции В Прозрачная бесцветная 1.2 8 пробирок жидкость Комплект реагентов рассчитан на проведение 96 реакций амплификации, включая контроли. К набору реагентов прилагается диск, содержащий руководство оператора и программное обеспечение версии 1.0 в формате Microsoft Excel для автоматической обработки исходных данных и получения результатов. АМПЛИФИКАЦИЯ с ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» Для внесения в пробирки реагентов, проб ДНК и контрольных образцов используются одноразовые наконечники c фильтрами. A. Подготовка пробирок для амплификации Общий объем реакционной смеси — 25 мкл, включая объем пробы ДНК — 25 мкл. 1. Отобрать необходимое количество пробирок или достать 96-луночный планшет для амплификации с готовой лиофилизированной реакционной ПЦР-смесью HSV/ CMV-Lyo для амплификации ДНК исследуемых и контрольных образцов (количество контрольных образцов см. в п. З). 2. В подготовленные пробирки или лунки планшета внести по 25 мкл проб ДНК, полученных в результате экстракции из исследуемых образцов. ВНИМАНИЕ! При добавлении проб ДНК, экcтparиpoвaнныx с помощью комплектов реагентов для проведения экстракции методом сорбции на силикагеле или стр. 52 из 75 --- стр. 59 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 5. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ Таблица 32 Результаты для контролей различных этапов количественного ПЦР-исследования Значение порогового цикла по каналу для Контроль Контролируемый этап л o 0 o a(Ct ) ПЦР-исследования FAM JOE ROX определено ОК Экстракция ДНК отсутствует отсутствует меньше r аничного K— ПЦР отсутствует отсутствует отсутствует К1 ПЦР определено определено определено определено определено определено K2 ПЦР меньше меньше меньше г аничного r аничного г аничного Возможные ошибки: 1. Для положительного контроля ПЦР (K+) значение порогового цикла (Ct) по любому из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 30) отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 2. Для отрицательного контроля экстракции (ОК): а) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком- либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить ПЦР-исследование для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов, начиная с этапа экстракции ДНК; б) по каналу для флуорофора ROX значение порогового цикла (Ct) отсутствует или определено больше граничного. Это означает, что ОК не выполнил функцию контроля контаминации. Требуется повторное ПЦР-исследование для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов, начиная с этапа экстракции ДНК. 3. Для отрицательного контроля ПЦР (К—) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE, и/или ROX определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком-либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника стр. 59 из 75 --- стр. 60 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 5. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ контаминации и повторить амплификацию и детекцию для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов и/или ВКО. 4. При проведении количественного ПЦР-исследования для ДНК-калибратора K1 отсутствует значение порогового цикла (Ct) по какому-либо из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 32). Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 5. При проведении количественного ПЦР-исследования для ДНК-калибратора K2 значение порогового цикла (Ct) по какому-либо из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 32) отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. б. При проведении количественного ПЦР-исследования показатель эффективности Е при построении калибровочной прямой менее 80% или более 120%. Необходимо проверить правильность заданных концентраций ДНК-калибраторов в соответствии с вкладышем к набору реагентов и правильность выбранного уровня пороговой линии. Если при правильно заданных концентрациях ДНК- калибраторов и уровне пороговой линии показатель эффективности не укладывается в требуемый диапазон, следует повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 7. Для исследуемого образца определено значение порогового цикла, при этом на графике флуоресценции отсутствует участок характерного экспоненциального подъема ( график представляет собой приблизительно прямую линию). Необходимо проверить правильность выбранного уровня пороговой линии или параметров расчета базовой линии. Если результат получен при правильном уровне пороговой линии (базовой линии), требуется повторно провести амплификацию и детекцию для этого образца. стр. 60 из 75 --- стр. 61 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 6. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ б ( комплекты реагентов «АмплиПрайм® МАГНО-сорб-УРО» и «ПЦР-комплект» вариант FRT-100 FN) СОСТАВ Комплект реагентов «АмплиПрайм® МАГНО-сорб-УРО» вариант 100 С — комплект реагентов для экстракции ДНК из биологического материала — включает: Реагент Описание Объем, мл Количество Лизирующий раствор Прозрачная бесцветная 50 1 флакон МАГНО-сорб жидкость27 Компонент A-1 Прозрачная бесцветная 0,6 2 пробирки жидкость Раствор для отмывки 7 Прозрачная бесцветная 20 1 флакон жидкость Магнетизированная Суспензия черного цвета 0,6 2 пробирки сил и ка Буфер для элюции B Прозрачная бесцветная 1,2 1 З пробирок жидкость BKO-FL Прозрачная бесцветная 1,0 2 пробирки жидкость ОКО Прозрачная бесцветная 1,2 2 пробирки жидкость Комплект реагентов вариант 100С рассчитан на экстракцию ДНК из 100 проб, включая контроли. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-100 FN для амплификации фрагментов ДНК HSV и CMV с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме « реального времени» позволяет проводить ПЦР-исследование в качественном и количественном формате. Комплект реагентов включает: Реагент Описание Объем, мл Количество ПЦР-смесь HSV/CMV Прозрачная бесцветная 1,2 1 пробирка жидкость П Р-6yф p e Н Ц Прозрачная бесцветная 0,6 1 пробирка жидкость K1 complex Прозрачная бесцветная 0,2 1 пробирка жидкость K2 complex Прозрачная бесцветная 0,2 1 пробирка жидкость K_ Прозрачная бесцветная 0,2 1 пробирка жидкость Комплект реагентов рассчитан на проведение 110 реакций амплификации, включая контроли. К набору реагентов прилагается диск, содержащим руководство оператора и Z' При хранении лизирующего раствора МАГНО-сорб при температуре ниже 20 °С возможно образование осадка в виде кристаллов. стр. 61 из 75 --- стр. 68 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ б. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ человека в 1 Mn исследуемого образца при использовании набора реагентов для количественного определения ДНК человека. ВНИМАНИЕ! Подробную информацию по расчету значения «ГЭ ДНК человека в 1 мл» смотрите в инструкции по применению набора реагентов для количественного определения ДНК человека. Результат количественного ПЦР-исследования считать достоверным, если получены правильные результаты для контролей этапов экстракции и амплификации ДНК в соответствии с табл. 39 и вкладышем, прилагаемым к набору реагентов. Таблица 39 Результаты для контролей различных этапов количественного ПЦР-исследования Значение порогового цикла по каналу для Контроль Контролируемый этап л o 0 o a Сl ПЦР-исследования FAM JOE ROX определено ОК Экстракция ДНК отсутствует отсутствует меньше г аничного К- ПЦР отсутствует отсутствует отсутствует К1 ПЦР определено определено определено определено определено определено К2 ПЦР меньше меньше меньше г аничного г аничного г аничного Возможные ошибки: 1. Для положительного контроля ПЦР (К+) значение порогового цикла (Ct) по любому из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 37) отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 2. Для отрицательного контроля экстракции (ОК): a) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком- либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить ПЦР-исследование для всех образцово в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов, начиная с этапа экстракции ДНК; стр. 68 из 75 --- стр. 69 --- • ФОРМА КОМПЛЕКТАЦИИ 6. КАЧЕСТВЕННЫЙ И КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ ФОРМАТ б) по каналу для флуорофора ROX значение порогового цикла (Ct) отсутствует или определено больше граничного. Это означает, что ОК не выполнил функцию контроля контаминации. Требуется повторное П ЦР-исследован ие для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов, начиная с этапа экстракции ДНК. 3. Для отрицательного контроля ПЦР (К-) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE, и/или ROX определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком-либо этапе П ЦР-исследован ия. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить амплификацию и детекцию для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых микроорганизмов. 4. При проведении количественного ПЦР-исследования для ДНК-калибратора К1 отсутствует значение порогового цикла (Ct) по какому-либо из указанных каналов для флуорофоров (см. табл. 39). Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 5. При проведении количественного ПЦР-исследования для ДНК-калибратора К2 значение порогового цикла (Ct) по какому-либо из указанных каналов для флуорофоров ( см. табл. 39) отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 6. При проведении количественного П ЦР-исследования показатель эффективности E при построении калибровочной прямой менее 80% или более 120%. Необходимо проверить правильность заданных концентраций ДНК-калибраторов в соответствии с вкладышем к набору реагентов и правильность выбранного уровня пороговой линии. Если при правильно заданных концентрациях ДНК- калибраторов и уровне пороговой линии показатель эффективности не укладывается в требуемый диапазон, следует повторить амплификацию и детекцию для всех образцов. 7. Для исследуемого образца определено значение порогового цикла, при этом на графике флуоресценции отсутствует участок характерного экспоненциального подъема ( график представляет собой приблизительно прямую линию). Необходимо проверить правильность выбранного уровня пороговой линии или параметров расчета базовой линии. Если результат получен при правильном уровне пороговой линии (базовой линии), требуется повторно провести амплификацию и детекцию для этого образца. стр. 69 из 75 --- стр. 70 --- СРОК ГОДНОСТИ. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ХРАНЕНИЯ Срок годности. 12 мес. Набор реагентов с истекшим сроком годности применению не подлежит. Срок годности вскрытых реагентов соответствует сроку годности, указанному на этикетках для невскрытых реагентов. Транспортирование. Набор реагентов транспортировать при температуре от 2 до 8 °C не более 5 сут. Допускается транспортирование при температуре от 2 до 25 °C не более 3 сут. Комплект реагентов c АмплиПрацм® МАГНО-сорб-УРО» и « ПЦР- компле » вариант FRT-100, вариант FЕР-100-0,2, вариант FЕР-100-0,5 и вариант FRT-100 FN при получении разукомплектовать в соответствии с указанными температурами хранения. Хранение. Форма комплектации 1. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-100 хранить при температуре от 2 до 8 °C, кроме ПЦР-буфера-К. ПЦР-буфер-К хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °C. ПЦР-смесь HSV / CMV хранить в защищенном от света месте. Форма комплектации 2. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FЕР-100-0,2 хранить при температуре от 2 до 8 °C, кроме ПЦР-буфера-К. ПЦР-буфер-К хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °C. ПЦР-смесь HSV / CMV хранить в защищенном от света месте. Форма комплектации З. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FЕР-100-0,5 хранить при температуре от 2 до 8 °C, кроме ПЦР-буфера-K. ПЦР-буфер-К хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °C. ПЦР-смесь HSV / CMV хранить в защищенном от света месте. Форма комплектации 4. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-100 FN хранить при температуре от 2 до 8 °C, кроме ПЦР-буфера-Н. ПЦР-буфер-Н хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °C. ПЦР-смесь НSV / CMV хранить в защищенном от света месте. Форма комплектации 5. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-L хранить при температуре от 2 до 8 °C. ПЦР-смесь НSV / CMV-Lyo хранить в пакетах с влагопоглотителем в защищенном от света месте. Форма комплектации 6. Комплект реагентов «АмплиПрайм® МАГНО-сорб-УРО» хранить при температуре от 2 до 25 °C, кроме BKO-FL. BKO-FL хранить при температуре от 2 до 8 °C. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-100 FN хранить при температуре от 2 до 8 °C, кроме ПЦР-буфера-Н. ПЦР-буфер-Н хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °C. ПЦР-смесь HSV / CMV хранить в защищенном от света месте. п стр. 70 из 75 --- стр. 71 --- ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ПРОИЗВОДИТЕЛЯ Производитель гарантирует соответствие основных параметров и характеристик набора реагентов, требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение указанного срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и применения. Рекламации на качество набора реагентов «АмплиПрайм® HSV / CMV» направлять в адрес производителя 000 « Некстбио» (111394 г. Москва, ул. Полимерная 8, стр. 2) в отдел по работе с рекламациями ( тел. (495) 620-08-73, e-mail: info@nextbio.ru). При выявлении побочных действий, не указанных в инструкции по применению набора реагентов, нежелательных реакций при его использовании, фактов и обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских работников при применении и эксплуатации набора реагентов, рекомендуется направить сообщение в отдел по работе с рекламациями по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную регулирующую организацию ( в РФ - Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим законодательством. Согласовано: Главный врач ,% ФГБУЗ ГЦГ и Э ФМБА России _______________ ____________ C.A. Богдан стр. 71 из 75 --- стр. 72 --- СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ REF Номер в каталоге \/ Максимальное число тестов LOT Код партии Использовать до Изделие для in vitro Обратитесь к IVD Диагностике 1 руководству no эксплуатации ~\ i /— Не допускать VER Дата изменения попадания в солнечного света Ограничение температуры Дата изготовления ., Производитель • I Беречь от влаги Хрупкое. Осторожно Верх I ..... стр. 72 из 75 --- стр. 74 --- крышки. 12. Смыть магнетизированную силику перемешиванием на вортексе, затем осадить капли на вортексе. 13. Переставить пробирки в обычный штатив, открыть крышки и переставить в магнитный штатив на 1 мин. 14. Отобрать надосадочную жидкость, аналогично п. 10. Перенести пробирки в обычный штатив. 15. Высушить магнетизированную силику, оставив пробирки С открытыми крышками на магнитном штативе в течение 10 мин. 16.Добавить в пробирки по 100 мкл буфера для элюции В, перемешать на вортексе. ВНИМАНИЕ! В случае проведения амплификации с использованием «ПЦР- комплекта» вариант FRT-L необходимо проводить элюцию ДНК в 250 мкл буфера для элюции В. 17. Поместить пробирки в термостат с температурой 60° С на 5 мин. 18. Осадить капли на вортексе и переставить пробирки в магнитный штатив на 2 мин. Надосадочная жидкость содержит очищенную ДНК. Пробы готовы к постановке ПЦР. ВНИМАНИЕ! Отбор очищенных ДНК для проведения ПЦР осуществляется без снятия пробирок с магнитного штатива. Очищенная ДНК может храниться при температуре от 2 до 8 °С в течение недели, при температуре от минус 24 до минус 16 °С в течение 6 мес и при температуре не выше минус 68 °С в течение года. Для этого необходимо, не захватывая магнетизированную силику, перенести надосадочную жидкость в стерильную пробирку. ~J стр. 74 из 75 --- стр. 75 --- Лист вносимых изменений Редакция Место внесения Суть вносимых изменений изменений По тексту Исправлены опечатки дополнительные Уточнено, что комплект расходных материалов для материалы и автоматической станции для экстракции HK должен оборудование соответствовать инструкции П оизводителя Дополнены сведения об описание утилизации или уничтожения упаковки, биологического материала, 21.10.15 Меры предосторожности включая материалы, инструменты и предметы, загрязненные биологическим материалом с отдельным описанием п авил Изменены значения диагностических характеристик Диагностические (специфичности и чувствительности) на значения, характеристики полученные в результате клинико-лабораторных испытаний, с доверительной вероятностью 95% стр. 75 из 75 --- стр. 76 --- Всего /-/ ) листа 1 Главный вр ; - 1 C.A. Богдан