Набор реагентов для выявления ДНК Pneumocystis jirovecii (carinii) в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией "АмплиСенс® Pneumocystic jirovecii (carinii) FL" по ТУ 9398-182-01897593-2011 — инструкция и характеристики

РУ: ФСР 2012/13617 от 29.06.2012 · класс риска 2б

Производитель: ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора (Россия)

В госконтрактах 44-ФЗ: 11 контрактов, медианная цена за единицу 13 129 ₽.

Автоматически отфильтрованный фрагмент инструкции по применению (страницы, где похоже, что есть таблица технических характеристик) — не полный документ. Карточка РУ на портале Росздравнадзора →

Текст инструкции: технические характеристики

--- стр. 1 ---
П р и к а з о м  Р о с з д р а в н а д з о р а 
о т  №
У Т В Е Р Ж Д А Ю 
Д и р е к т о р  Ф е д е р а л ь н о г о 
б ю д ж е т н о г о  у ч р е ж д е н и я  н аук и 
« Ц е н т р а л ь н ы й  н а у ч н о - 
и с с л е д о в а т е л ь с к и й  и н с т и т у т 
э п и д е м и о л о г и и »  Ф е д е р а л ь н о й 
с л у ж б ы  п о  н а ^ ^ зо р у  в с ф е р е 
з а щ и т ы  п р а в  п о т р е б и т е л е й  и 
б ;!а гЬ р ^ ^ л у ч и я  ч е д о в ^ а
В ^ П о к р о в с к и й 
«  ' m i J K . i  2 0 1 1  г.
И Н С Т Р У К Ц И Я
п о  п р и м е н е н и ю  н а б о р а  р е а г е н т о в 
д л я  в ы я в л е н и я  Д Н К  P n e u m o c y s t i s  j i r o v e c i i  (c a rin ii) 
в  к л и н и ч е с к о м  м а т е р и а л е  м е т о д о м 
п о л и м е р а з н о й  ц е п н о й  р е а к ц и и  ( П Ц Р ) 
с  г и б р и д и з а ц и о н н о - ф л у о р е с ц е н т н о й  д е т е к ц и е й
« А м п л и С е н с ®  P n e u m o c y s t i s  j i r o v e c i i  ( c a r i n i i ) ^ F L »
АмплиСенс
i j
Ф едеральное бю джетное учреждение науки 
«Ц ентральны й научно-исследовательский 
институт эпидем иологии»,
Российская Ф едерация, 111123,
город Москва, улица Новогиреевская, дом За IVD


--- стр. 2 ---
\
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.......................................................................................................... 3
НАЗНАЧЕНИЕ............................................................................................................................ 3
ПРИНЦИП МЕТОДА...................................................................................................................3
ФОРМАТЫ И ФОРМЫ ВЫПУСКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ..................................................4
АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ................................................................................ 5
МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ.............................................................................................. 5
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ОБОРУДОВАНИЕ..................................................7
ВЗЯТИЕ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА... 8
ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАЦИИ ДНК..............................8
ФОРМАТ FRT............................................................................................................................1 1
СОСТАВ..................................................................................................................................... 1 1
ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР-ИССЛЕДОВАНИЯ............................................................................... 12
ЭКСТРАКЦИЯ ДНК ИЗ ИССЛЕДУЕМЫХ ОБРАЗЦОВ.......................................................12
ПРОВЕДЕНИЕ АМПЛИФИКАЦИИ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО
ВРЕМЕНИ»................................................................................................................................13
А. Подготовка пробирок для амплификации................................................................. 13
Б. Проведение амплификации с детекцией в  режиме «реального времени»
......14
АНАЛИЗ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ................................................................. 15
СРОК ГОДНОСТИ. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ХРАНЕНИЯ ......................18
ПРИЛОЖЕНИЕ 1. Схема приготовления реакционных смесей......................................19
СИМВОЛЫ. ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ ..........................................20
ОГЛАВЛЕНИЕ


--- стр. 3 ---
♦
t o
список СОКРАЩЕНИЙ
В настоящей инструкции применяются следующие сокращения и обозначения;
ВКО Glob
К-
К +
ОКО
ОК
ПКО
ПЦР
ФБУН ЦНИИ
Эпидемиологии
Роспотребнадзора
FRT
- эндогенный внутренний контрольный образец
- отрицательный контроль ПЦР
- положительный контроль ПЦР
- отрицательный контрольный образец
- отрицательный контроль экстракции
- положительный контрольный образец
- полимеразная цепная реакция
- федеральное бюджетное учреждение науки «Центральный 
научно-исследовательский институт эпидемиологии» 
Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав 
потребителей и благополучия человека __________________
- флуоресцентная детекция в режиме «реального времени»
НАЗНАЧЕНИЕ
Набор реагентов «АмплиСенс® P n e u m o c y s tis  jiro v e c ii (carinU)-?Lv>
предназначен для выявления ДНК Pneumocystis jirovecii (carinii)  путем 
амплификации специфического фрагмента ДНК данного микроорганизма методом 
ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации. 
Материалом для проведения ПЦР служат пробы ДНК, выделенные из образцов 
бронхоальвеолярного лаважа, мокроты, аспиратов из ротоглотки и трахеи, 
биоптатов легких, смывов и мазков из ротоглотки.
ВНИМАНИЕ! Результаты ПЦР-исследования учитываются в комплексной 
диагностике заболевания\
ПРИНЦИП МЕТОДА
Выявление ДНК Pneumocystis jirovecii (carinii)  методом полимеразной цепной 
реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией включает в себя три 
этапа: экстракцию ДНК из образцов клинического материала, амплификацию участка 
ДНК данного микроорганизма и гибридизационно-флуоресцентную детекцию, 
которая производится непосредственно в ходе ПЦР. При экстракции ДНК из 
клиническо 1‘о материала, содержащего клетки, происходит амплификация участка 
ДНК генома человека (эндогенный внутренний контроль). Эндогенный внутренний 
контроль (ВКО Glob) позволяет не только контролировать этапы ПЦР-анализа 
(экстракция ДНК и проведение ПЦР), но и оценивать адекватность забора 
материала и его хранения. Затем с полученными пробами ДНК проводится реакция 
амплификации участка ДНК Pneumocystis jirovecii (carinii)  при помощи специфичных к 
этому участку ДНК праймеров и фермента полимеразы (TaqF). В составе
^  в соответствии с Директивой Европейского Союза 98/79/ЕС.


--- стр. 4 ---
f u
реакционной смеси присутствуют флуоресцентно-меченые олигонуклеотидные 
зонды, которые гибридизуются с комплементарным участком амплифицируемой 
ДНК-мишени, в результате чего происходит нарастание интенсивности 
флуоресценции. Это позволяет регистрировать накопление специфического 
продукта амплификации путем измерения интенсивности флуоресцентного сигнала. 
Детекция флуоресцентного сигнала осуществляется непосредственно в ходе ПЦР с 
помощью амплификатора с системой детекции флуоресцентного сигнала в режиме 
«реального времени».
ФОРМАТЫ И ФОРМЫ ВЫПУСКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ
Набор реагентов выпускается в 1  формате.
Формат FRT
Набор реагентов выпускается в 3 формах комплектации:
Форма 1  включает комплекты реагентов «РИБО-преп» вариант 50 и «ПЦР- 
комплект» вариант FRT-50 F.
Форма 2 включает комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант FRT-50 F;
Форма 3 включает наборы реагентов оптом, расфасованные по отдельным 
реагентам, с маркировкой реагентов на их оптовой фасовке.
Форма комплектации 1  предназначена для проведения полного ПЦР-исследования, 
включающего экстракцию ДНК из клинического материала и амплификацию ДНК 
Pneumocystis jirovecii (cahnii)  с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме 
«реального времени».
Форма комплектации 2 предназначена для проведения амплификации ДНК 
Pneumocystis jirovecii (cahnii)  с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме 
«реального времени». Для проведения полного ПЦР-исследования необходимо 
использовать комплекты реагентов для экстракции ДНК, рекомендованные ФБУН 
ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора.
Форма комплектации 3 предназначена для производственных целей для 
последующей маркировки на языке заказчика и комплектации по наборам.
ВНИМАНИЕ! Использование формы комплектации 3 производится только в 
соответствии с регламентом, утвержденным ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии 
Роспотребнадзора.


--- стр. 5 ---
I
АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ 
Аналитическая чувствительность
Вид клинического материала
Бронхоальвеолярный лаваж, 
мокрота,
аспираты из ротоглотки и трахеи,
биоптаты легких,
смывы и мазки из ротоглотки
Комплект для 
выделения ДНК
«РИБО-преп»
Аналитическая
чувствительность
500 копий/мл
Аналитическая специфичность
Набор реагентов обнаруживает фрагмент ДНК Pneumocystis jirovecii (cahnii).  
Специфическая активность набора реагентов доказана при исследовании 
клинического материала с последующим подтверждением результатов методом 
секвенирования фрагментов амплификации.
Показано отсутствие активности компонентов набора в отношении ДНК других 
грибов {Penicillium auzontiag, P.brevicompactunr, Ulocladium boffcytus\ Mucor  
racemosus, M.plumbeus\ Aspergillus versicolor, A.niger, A.flavus, A.fumigatus\  
Cryptococcus neoformans),  вирусов (вирус Эпштейна-Барр, вирус простого герпеса I  и 
II типа, вирус герпеса человека 6 типа, вирус герпеса человека 8 типа, вирус 
Варицелла-Зостер, Pan/ovirus  В19 и др.), бактериальных возбудителей 
{Streptococcus pyogenes, S.agalactiae; Staphylococcus aureus  и др.) и ДНК человека.
МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ
Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно­
биологические (ПЦР) исследования клинического материала на наличие 
возбудителей инфекционных болезней, с соблюдением санитарно-эпидемических 
правил СП 1.3.2322-08 «Безопасность работы с микроорганизмами III-1V групп 
патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней», СанПиН
2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с 
медицинскими отходами» и методических указаний МУ 1.3.2569-09 «Организация 
работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при 
работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности».
При работе всегда следует выполнять следующие требования:
- Следует рассматривать исследуемые образцы как инфекционно-опасные,
организовывать работу и хранение в соответствии с СП 1.3.2322-08
«Безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности
(опасности) и возбудителями паразитарных болезней».
- Убирать и дезинфицировать разлитые образцы или реактивы, используя


--- стр. 6 ---
дезинфицирующие средства в соответствии с СП 1.3.2322-08 «Безопасность 
работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и  
возбудителями паразитарных болезней».
- Лабораторный процесс должен быть однонаправленным. Анализ проводится в 
отдельных помещениях (зонах). Работу следует начинать в Зоне Выделения, 
продолжать в Зоне Амплификации и Детекции. Не возвращать образцы, 
оборудование и реактивы в Зону, в которой была проведена предыдущая стадия 
процесса.
- Удалять неиспользованные реактивы в соответствии с СанПиН 2.1.7.2790-10 
«Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими 
отходами».
ВНИМАНИЕ! При удалении отходов после амплификации (пробирок, содержащих 
продукты ПЦР) недопустимо открывание пробирок и разбрызгивание содержимого, 
поскольку это может привести к контаминации продуктами ПЦР лабораторной зоны, 
оборудования и реагентов.
- Применять набор строго по назначению, согласно данной инструкции.
- Допускать к работе с набором только специально обученный персонал.
- Не использовать набор по истечении срока годности.
f u  - Использовать одноразовые перчатки, лабораторные халаты, защищать глаза во 
время работы с образцами и реактивами. Тщательно вымыть руки по окончании 
работы.
- Избегать контакта с кожей, глазами и слизистой оболочкой. При контакте
немедленно промыть пораженное место водой и обратиться за медицинской
^  помощью.
ЯР
- Листы безопасности материалов (MSDS -  nriaterial safety data sheet) доступны 
по запросу.


--- стр. 8 ---
I
в режиме «реального времени» (например, Rotor-Gene 3000/6000 (Corbett 
Research, Австралия), Rotor-Gene Q (Qiagen, Германия), iCycler iQ5 (Bio-Rad, 
США), МхЗОООР (Stratagene, США) и рекомендованные ФБУН ЦНИИ 
Эпидемиологии Роспотребнадзора в методических рекомендациях по 
применению данного набора реагентов).
18.Одноразовые полипропиленовые пробирки для ПЦР объемом 0,2 мл или 0,1 мл:
а) тонкостенные пробирки для ПЦР объемом 0,2 мл с выпукпой крышкой 
(например, Ахудеп, США) -  при использовании прибора планшетного типа;
б) тонкостенные пробирки для ПЦР объемом 0,2 мл с плоской крышкой 
(например, Ахудеп, США), или пробирки для ПЦР к Rotor-Gene, объемом
0,1 мл в стрипах по 4 шт. с крышками (например, Corbett Research, Австралия; 
Qiagen, Германия) -  при использовании прибора роторного типа.
ВЗЯТИЕ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА
Перед началом работы следует ознакомиться с методическими рекомендациями 
«Взятие, транспортировка, хранение клинического материала для ПЦР- 
диагностики», разработанными ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва, 2008 г.
Материалом для исследования служат: бронхоальвеолярный лаваж, мокрота, 
аспираты из ротоглотки и трахеи, биоптаты легких, смывы и мазки из ротоглотки.
ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАЦИИ ДНК
—  бронхоальвеолярный лаваж. аспираты из ротоглотки и трахеи
Взятие бронхоальвеолярного лаважа, аспиратов из ротоглотки и трахеи 
производится в стерильную пробирку типа «Эппендорф» либо стерильные 
одноразовые контейнеры.
Для проведения исследования необходимо провести предобработку 
анализируемого материала. Образец тщательно ресуспендировать. 
Автоматической пипеткой, используя наконечник с фильтром, отобрать 1  мл 
материала и перенести в новую стерильную пробирку типа «Эппендорф» для 
проведения центрифугирования при 7000 g (8-10 тыс об/мин в центрифуге на 
24 места или 10-13 тыс об/мин в центрифуге на 12 мест) в течение 10 мин. 
Надосадочную жидкость аккуратно отобрать, используя наконечник с фильтром и 
оставляя над осадком 200 мкп жидкости, затем ресуспендировать материал на 
вортексе.
Допускается хранение бронхоальвеолярного лаважа, аспиратов из ротоглотки и 
трахеи и предобработанного материала в течение суток при температуре от 2 до 8 °С,


--- стр. 9 ---
в течение 7 сут при температуре не выше минус 16 °С, длительное хранение -  при 
температуре не выше минус 68 °С.
ВНИМАНИЕ! Многократное замораживание-оттаивание материала
недопустимо!
мокрота
Мокроту собирают в стерильные одноразовые контейнеры, после 
предварительного полоскания полости рта кипяченой водой.
Для проведения исследования необходимо провести предобработку 
анализируемого материала. В емкость с мокротой добавить реагент 
«МУКОЛИЗИН» (не входит в состав набора реагентов) в соотношении 5:1 
(5 частей «МУКОЛИЗИНА» к 1  части мокроты), ориентируясь по градуировке 
емкости. В процессе разжижения мокроты (20-30 мин) емкость необходимо 
периодически встряхивать. Затем автоматической пипеткой, используя 
наконечник с фильтром, отобрать 1  мл материала, поместить в 
завинчивающуюся пробирку емкостью 1,5 мл или пробирку «с защелкой», 
промаркировать ее и центрифугировать при 7000 g (8-10 тыс об/мин в 
центрифуге на 24 места или 10-13 тыс об/мин в центрифуге на 12 мест) в течение 
10 мин. С помощью вакуумного отсоса удалить надосадочную жидкость, осадок 
ресуспендировать в 100 мкл PBS-буфера (или физиологического раствора) и 
использовать для экстракции ДНК.
Допускается хранение вышеперечисленного материала до проведения 
исследования в течение 3 сут при температуре от 2 до 8 “С, в течение 7 сут при 
температуре не выше минус 16 °С, длительное хранение -  при температуре не 
выше минус 68 °С.
ВНИМАНИЕ! Многократное замораживание-оттаивание материала 
недопустимо!
биопсийный и аутопсийный материал
Взятие материала осуществляют из зоны предполагаемого местонахождения 
возбудителя инфекции, из поврежденной ткани или из пограничного с 
повреждением участка.
Кусочки ткани диаметром не более 5 мм помещают в одноразовые стерильные 
пробирки типа «Эппендорф» объемом 2 мл, содержащие 0,5 мл «Транспортной 
среды с муколитиком (ТСМ)» производства ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии 
Роспотребнадзора.


--- стр. 10 ---
Допускается хранение образцов при комнатной температуре в течение 6 ч, при 
температуре от 2 до 8 °С -  в течение 3 сут, длительное хранение -  при 
температуре не выше минус 16 °С.
Для проведения исследования из тканей большего объема необходимо 
поместить небольшой кусочек образца в стерильную фарфоровую ступку, 
добавить равный объем PBS-буфера. Тщательно растереть фарфоровым 
пестиком для получения однородной суспензии клеток. Отобрать аликвоту 
100 мкл в стерильную пробирку для экстракции ДНК. Допускается хранение 
суспензии при температуре не выше минус 16 °С.
—  смывы и мазки из ротоглотки берут стерильным зондом и помещают в 
«Транспортную среду для хранения и транспортировки респираторных мазков» 
производства ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора. Допускается 
хранение образцов при температуре от 2 до 8 °С не более суток и при 
температуре не выше минус 68 °С в течение года.
1 0