Набор реагентов для подготовки библиотек фрагментов ДНК генов HLA I и II классов для генотипирования высокопроизводительным секвенированием (NGS) HLA-Эксперт по ТУ 21.20.23-100-46482062-2019 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 3 ---
ЛИК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению ЛистЗ
HLA-Эксперт Листов 62
ВВЕДЕНИЕ
HLA (от Human Leukocyte Antigens, антигены лейкоцитов человека) - главный
комплекс генов гистосовместимости человека (синоним: МНС - major histocompatibility
complex), компактно расположен на коротком плече 6-ой хромосомы человека [9].
Каждый человек обладает индивидуальным набором НЕА-молекул и, соответственно,
индивидуальным набором НЕА-генов, кодирующих эти молекулы. Ребенок наследует по
одному аллельному варианту каждого НЕА-гена от своих биологических родителей.
«Классические» гены НЕАI и II классов играют ключевую роль в развитии
приобретенного иммунного ответа на антигены чужеродных и измененных собственных
белков. Их основная физиологическая функция - эффективный иммунный ответ на вирусные
и бактериальные инфекции. Гены НЕА з^гаствзлот в репродзлстивной фзпкции человека.
Установлена связь определенных вариантов НЕА-генов с развитием инфекционных,
аллергических, аутоиммунных и онкологических заболеваний [6-8, 11-13].
«Классические» гены НЕА I (НЕА-А, НЕА-В, НЕА-С) и II классов (HEA-DRB1, НЕА-
DQB1 и HEA-DPB1) и «неклассические» гены НЕА II класса DRB3/4/5 являются самыми
вариабельными из числа всех известных на сегодняшний день генов человека. В настоящее
время общее количество аллелей этих генов составляет около 22 ООО. Белки, кодируемые
вариабельной частью «классических» НЕА-генов, образуют антигенсвязывающий домен, в
котором происходит удержание собственных и чужеродных пептидов, что является
необходимым условием для распознавания их клетками иммунной системы [2,9].
Типирование НЕА-генов на уровне высокого разрешения подразумевает определение
всех НЕА аллелей, кодирующих одинаковую последовательность белка в
антигенсвязывающем домене, и исключение нулевых аллелей, имеющих полиморфизмы при
отсутствии экспрессии кодируемого белка на клетке [1]. Для решения этой задачи
использовано генотипирование 2 и 3 экзона для генов НЕА I класса и 2 экзона для генов
НЕА II класса. Для решения задачи определения истинных гомозигот и других
неопределенностей использовано генотипирование дополнительных экзонов и интронов.
Высокопроизводительное секвенирование нового поколения (Next Generation
Sequence -NGS), представляет собой одновременное (параллельное) прочтение нуклеотидной
последовательности нескольких миллионов «коротких» фрагментов исходного «длинного»
фрагмента ДНК с последующей «реконструкцией» исходного «длинного» фрагмента ДНК из
«коротких» с помощью биоинформационных методов [4,5,16].
Технологические этапы высокопроизводительного секвенирования:
1. Выделение ДНК из образца биоматериала;
2. Оценка качества выделенной ДНК;
--- стр. 4 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция no применению Лист 4
HLA-Эксперт Листов 62
3. фрагментация выделенной ДНК (физическая, ферментативная или наработка с
помощью ПЦР целевого участка гена для «таргетного» секвенирования);
4. Присоединение уникальных синтетических олигонуклеотидных
последовательностей (индексов) к фрагментам ДНК для обеспечения возможности
их последующей идентификации - маркировка «библиотеки» фрагментов ДНК;
5. Оценка соответствия качественно-количественных характеристик подготовленной
«библиотеки» требованиям, необходимым для проведения последующей
клональной амплификации;
6. Клональная амплификация (эмульсионная ПЦР или мостиковая ПЦР);
7. Автоматическое секвенирование (определение нуклеотидной последовательности
амплифицированной ДНК проводится на приборе для NGS);
8. Обработка результатов секвенирования (проюдится программным обеспечением прибора
для NGS);
9. Биоинформационный анализ данных.
1.
2.
3.
4.
8.
Список литературы:
Standards for histocompatibility immunogenetics testing
Marsh S.G.E.; by the WHO Nomenclature Committee for Factors of the HLA System.
Nomenclature for factors of the HLA system, update March 2017// HLA. 2017
Jul;90(l):70-76. doi: 10.1111/tan.l3054.
Middleton D., Hahn A.B., Marsh S.G.E. Publication Ethos in the Immunogenetics
community. // Int J Immunogenet. 2017 Aug;44(4);151-152. doi: 10.111 l/iji.l2326.
Jankevic T., Korostin D., Kochetkova T., Mukosey L, Shubina E., Almkhova O., Boldyreva
M., Trofimov D. Modification of amplicon and libraries preparation for NGS HLA-typing //
30th European Immunogenetics & Histocompatibility Conference, Kos, Greeee, 2016,
P.112.
Jankevic T., Korostin D., Kochetkova T., Mukosey I., Shubina E., Altukhova O., Boldyreva
M., Trofimov D.HLA-typing of 3 populations of Russia using a modified procedure NGS
typing// 30th European Immunogenetics & Histocompatibility Conference, Kos, Greece,
2016, P.161.
Riezzo I., Pascale N., La Russa R., Liso A., Salerno M., Turillazzi E. Donor Selection for
Allogenic Hemopoietic Stem Cell Transplantation; Clinical and Ethical Considerations. //
Stem Cells Int. 2017; 2017:5250790. doi: 10.1155/2017/5250790. Epub 2017 Jun 7.
Eapen M., Wang T., Veys P.A., Boelens J.J., St Martin A. et al. Allele-level HLA matching
for umbilical cord blood transplantation for non-malignant diseases in children: a
retrospective analysis.// Lancet Haematol. 2017 Jul; 4(7):e325-e333. doi: 10.1016/S2352-
3026(17)30104-7. Epub 2017 Jun 13.
Querol S., Mufti G.J., Marsh S.G.E. et al. Cord blood stem cells for hematopoietic stem cell
transplantation in the UK: how big should the bank be? // Haematologica. 2009 Apr; 94(4):
536-541.
--- стр. 5 ---
^^ЛНК-ТЕХНОЛОГИЯ
9 .
10.
11.
12.
13.
14.
15.
1 6 .
Инструкция по применению Лист 5
HLA-Эксперт Листов 62
Болдырева М.Н. HLA (класс II) и естественный отбор. «Функциональный» генотип,
гипотеза преимущества «функциональной» гетерозиготности. // Диссертация на
соискание ученой степени доктора медицинских наук, 2007.
Куранов А.Б. Аллельный полиморфизм генов HLA класса II в казахской популяции и
его прогностическое значение при ревматоидном артрите // Диссертация на соискание
ученой степени кандидата биологических наук, 2016.
Болдырева М.Н., Хаитов Р.М., Барцева О.Б., Гузов И.И., Барков И.Ю., Померанцева
Е.И., Богатова О.В., Гуськова И.А., Янкевич Т.Э., Хромова Н.А., Сергеев И.В.,
Филиппова Е.В., Алексеев Л.П. Исследование роли HEAD RB1-генов при
невынашивании беременности неясного генеза. // Иммунология. - 2004. - Том 25. -
№ 1.-С. 4-8.
Болдырева М.Н., Хаитов Р.М., Дедов И.И., Богатова О.В., Гуськова И.А., Янкевич
Т.Э., Зилов А.В., Осокина И.В., Евсеева И.В., Ганичева Л.Л., Кашенин М.Н. Алексеев
Л.П. Новый взгляд на механизм HLA ассоциированной предрасположенности к
сахарному диабету 1 типа. Теоретические и прикладные аспекты. // Иммунология. -
2005.-№ 6.-С . 324-328.
Болдырева М.Н., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М., Гуськова И.А., Богатова О.В., Янкевич
Т.Э., Хромова Н.А., Балановская Е.В., Балановский О.П., Пшеничнов А.С., Целинская
И.Н., Кашенин М.Н., Ганичева Л.Л., Поздеева О.С., Евсеева И.В., Сароянц Л.В. HLA-
генетическое разнообразие населения России и СНГ. I. Русские. // Иммунология. -
2005. - Т. 26 (5). - С.260-263.
Болдырева М.Н., Гуськова И.А., Богатова О.В., Янкевич Т.Э., Хромова Н.А., Тегако
О.В., Атраментова Л.А., Ищук М.В., Дубова Н.А., Ганичева Л.Л., Поздеева О.С.,
Балановская Е.В., Алексеев Л.П. НЕА-генетическое разнообразие населения России и
СНГ. II. Народы европейской части. //Иммунология. - 2006. - Т.27. - №4. - С. 198-202.
Хорошкеева О.В., Тетруашвили Н.К., Агаджанова А.А., Бурменская О.В., Трофимов
Д.Ю. Полная гистосовместимость матери и плода как один из факторов
преждевременных родов и плацентарной недостаточности. // Акушерство и
гинекология. 2015. №10. С.103-106.
Ребриков Д.В., Коростин Д.О., Шубина Е.С., Ильинский В.В. NGS:
высокопроизводительное секвенирование. — М.: «БИНОМ. Лаборатории знаний»,
2014.
--- стр. 6 ---
^^ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 6
НЕА-Эксперт Листов 62
1 НАЗНАЧЕНИЕ
1.1 Настоящая инструкция распространяется на Набор реагентов для подготовки
библиотек фрагментов ДНК генов HLAI и П классов для генотипирования
высокопроизводительным секвенированием (NGS) (НЕА-Эксперт), далее по
тексту набор реагентов.
1.2 Набор реагентов НЕА-Эксперт предназначен для типирования генов HEAI
(НЕА-А, НЕА-В, НЕА-С) и НЕА II (DRB1, DQB1, DPB1, DRB3/4/5) на уровне
высокого разрешения методом высокопроизводительного секвенирования (NGS)
на платформе Illumina с помощью программного обеспечения «НЕА-Эксперт» в
биологическом материале человека (периферическая кровь).
1.3 Функциональное назначение: Изделие предназначено для диагностики in vitro
(подготовка библиотек фрагментов геномной ДНК человека для последующего
типирования генов НЕА I и II классов на уровне высокого разрешения методом
высокопроизводительного секвенирования).
1.4 Показания к проведению исследования; НЕА-генотипирование потенциальных
доноров гемопоэтических стволовых клеток для включения в Регистр и
обследование потенциальных доноров и реципиентов с целью подбора
гистосовместимого донора при трансплантации органов и тканей, супружеских
пар с репродуктивными нарушениями и больных с иммуноопосредованными
заболеваниями.
1.5 В качеетве биологического материала для анализа используют цельную
периферическую кровь.
1.6 Набор реагентов может быть использован в клинико-диагностических
лабораториях медицинских учреждений и научно-исследовательской практике.
1.7 Применение медицинского изделия не зависит от популяционных и
демографических аспектов. Противопоказаний к применению нет.
1.8 Потенциальные пользователи: квалифицированный персонал, обученный
методам молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-
диагностической лаборатории.
1.9 Применять набор реагентов строго по назначению согласно данной инструкции
по применению.
--- стр. 7 ---
^;^днк-ТЕХнология Инструкция по применению Лист 7
HLA-Эксперт Листов 62
2 ХАРАКТЕРИСТИКА НАБОРА
2.1 Состав набора
Набор реагентов выпуекается в фасовке N (для ручного дозирования) и в фаеовке А (для
автоматизированного дозирования).
I. Фасовка N v3-600;
1) Комплект реагентов для амплификации и подготовки библиотек фрагментов ДНК
• Смесь для амплификации КВМ - 3 пробирки (по 1,2 мл);
Смесь для амплификации HLA 1-3 пробирки (по 1,0 мл);
Смесь для амплификации HLAII - 3 пробирки (по 1,0 мл);
Буфер для разведения ДНК - 6 пробирок (по 4,5 мл);
Смееь для амплификации библиотек ИЛМ - 1 пробирка (300 мкл);
Фермент-ТАТ (30) - 3 пробирки (по 30 мкл);
Фермент-ТАТ (100) - 3 пробирки (по 100 мкл);
Реагент L1 - 3 пробирки (по 340 мкл);
Реагент L2 - 3 пробирки (по 340 мкл);
Фермент-LIG - 3 пробирки (по 100 мкл);
Фермент-ТАТ (15) - 1 пробирка (15 мкл).
) Комплект индексов для подготовки библиотек фрагментов ДНК
Индексы ts 1 - ts96 - 1 микропланшет;
Индекеы ts97 - ts 192 - 1 микропланшет;
Индексы tsl93 - ts288 - 1 микропланшет;
Адгезивная плёнка - 3 шт.
) Комплект реагентов для очистки библиотек фрагментов ДНК
Раствор МЧ - 1 пробирка (2,4 мл);
Элюируюш;ий раствор TEL - 1 пробирка (3,0 мл).
4) Комплект реагентов для секвенирования v3-600:
Картридж е реагентами - 1шт.;
НТ1 буфер - 1 пробирка (4,5 мл);
PR2 буфер - 1 флакон (500 мл);
Проточная ячейка - 1 шт.
5) Дистрибутив с программным обеспечением «НЕА-Эксперт» (версия 2.0 и выше) - 1 шт.
--- стр. 8 ---
'^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 8
HLA-Эксперт Листов 62
II. Фасовка N v2-500:
1) Комплект реагентов для амплификации и подготовки библиотек фрагментов ДНК
• Смесь для амплификации КВМ - 3 пробирки (по 1,2 мл);
• Смесь для амплификации HLA1-3 пробирки (по 1,0 мл);
• Смесь для амплификации HLAII - 3 пробирки (по 1,0 мл);
• Буфер для разведения ДНК - 6 пробирок (по 4,5 мл);
• Смесь для амплификации библиотек ИЛМ - I пробирка (300 мкл);
• Фермент-ТАТ (30) - 3 пробирки (по 30 мкл);
• Фермент-ТАТ (100) - 3 пробирки (по 100 мкл);
• Реагент L1 - 3 пробирки (по 340 мкл);
• Реагент L2 - 3 пробирки (по 340 мкл);
• Фермент-LIG - 3 пробирки (по 100 мкл);
• Фермент-ТАТ (15) - 1 пробирка (15 мкл).
2) Комплект индексов для подготовки библиотек фрагментов ДНК
• Индексы tsl - ts96 - 1 микропланшет;
• Индексы ts97 - tsl92 - 1 микропланшет;
• Индексы tsl93 - ts288 - 1 микропланшет;
• Адгезивная плёнка - 3 шт.
3) Комплект реагентов для очистки библиотек фрагментов ДНК
• Раствор МЧ - 1 пробирка (2,4 мл);
• Элюируюший раствор TEL - 1 пробирка (3,0 мл).
4) Комплект реагентов для секвенирования v2-500:
• Картридж с реагентами - 1шт.;
• НТ1 буфер - 1 пробирка (4,5 мл);
• PR2 буфер - 1 флакон (500 мл);
• Проточная ячейка - 1 шт.
5) Дистрибутив с программным обеспечением «HLA-Эксперт» (версия 2.0 и выше) — 1 шт.
--- стр. 13 ---
^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 13
Н LA-Эксперт Листов 62
Комплект поставки включает:
- Набор реагентов в одном из вариантов исполнения - 1 шт.:
- Инструкция по применению набора реагентов - 1 экз.;
- Паспорт - 1 экз.;
- Программное обеспечение;
- Руководство пользователя.
Дистрибутив с программным обеспечением и Руководство пользователя поставляется на
электронном носителе (USB-флеш-накопитель) или по сети Интернет.
Программное обеспечение предназначено только для совместного применения с набором
реагентов HLA-Эксперт.
Инструкция по применению набора реагентов может предоставляться заказчику на
бумажном/электронном носителе или на указанном сайте изготовителя.
--- стр. 14 ---
^ ЛНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 14
HLA-Эксперт Листов 62
Компоненты набора реагентов
Фасовка N
Комплект реагентов для амплификации и подготовки библиотек фрагментов ДНК
Наименование компонентов Внешний вид Количество
пробирок, шт.
Номинальный объём
компонента
Смееь для амплификации КВМ Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 1,2 мл
Смесь для амплификации HLA I Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 1,0 мл
Смесь для амплификации HLAII Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 1,0 мл
Буфер для разведения ДНК Прозрачная бесцветная жидкость 6 по 4,5 мл
Смесь для амплификации библиотек
ИЛМ Прозрачная бесцветная жидкость 1 300 мкл
Фермент-ТАТ (30) Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 3 по 30 мкл
Фермент-ТАТ (100) Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 3 по 100 мкл
Реагент L1 Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 340 мкл
Реагент L2 Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 3 по 340 мкл
Фермент-LIG Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 3 по 100 мкл
Фермент-ТАТ (15) Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 1 15 мкл
Комплект индексов для подготовки библиотек фрагментов ДНК
Наименование компонентов Внешний вид Количество
Индексы tsl - ts96 Высушенные смеси в виде осадка
синего цвета 1 микропланшет
Индексы ts97 - tsl 92 Высушенные смеси в виде осадка
синего цвета 1 микропланшет
Индексы tsl93 - ts288 Высушенные смеси в виде осадка
синего цвета 1 микропланшет
Адгезивная плёнка Бесцветная прозрачная полиэфирная
плёнка с липким адгезивным слоем 3 шт.
Комплект реагентов для очистки библиотек фрагментов ДНК
Наименование компонентов Внешний вид Количество
пробирок, шт.
Номинальный объём
компонента
Раствор МЧ
Прозрачная бесцветная жидкость с
осадком, образующим взвесь
коричневого цвета при встряхивании
1 2,4 мл
Элюирующий раствор TEL Прозрачная бесцветная жидкость 1 3,0 мл
Комплект реагентов для секвенирования
Картридж с реагентами Резервуар, заполненный
реактивами 1 -
НТ1 буфер Прозрачная бесцветная жидкость 1 пробирка 4,5 мл
PR2 буфер Прозрачная бесцветная жидкость 1 флакон 500 мл
Проточная ячейка Ёмкость с проточной ячейкой в
буферном растворе 1 -
--- стр. 15 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 15
HLA-Эксперт Листов 62
Фасовка А
Комплект реагентов для амплификации и подготовки библиотек фрагментов ДНК
Наименование компонентов Внешний вид
Количество
пробирок/картриджей,
шт.
Номинальный
объём компонента
Смесь для амплификации КВМ Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 1,2 мл
Смесь для амплификации HLA I Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 1,0 мл
Смесь для амплификации HLA II Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 1,0 мл
Смесь для амплификации библиотек
ИЛМ Прозрачная бесцветная жидкость 1 300 мкл
Картридж № I, ряд I и 2, ячейки I и 2
- Буфер для разведения ДНК Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 7,5 мл
Фермент-ТАТ (30) Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 3 по 30 мкл
Фермент-ТАТ (100) Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 3 по 100 мкл
Реагент LI Прозрачная бесцветная жидкость 3 по 340 мкл
Реагент L2 Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 3 по 340 мкл
Фермент-LIG Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 3 по 100 мкл
Фермент-ТАТ (15) Прозрачная бесцветная вязкая
маслянистая жидкость 1 15 мкл
Комплект индексов для подготовки библиотек фрагментов ДНК
Наименование компонентов Внешний вид Количество Номинальный объём
компонента
Индексы tsl - ts96 Высушенные смеси в виде осадка
синего цвета 1 микропланшет -
Индексы ts97 - tsl92 Высушенные смеси в виде осадка
синего цвета 1 микропланшет -
Индексы tsl93 - ts288 Высушенные смеси в виде осадка
синего цвета 1 микропланшет -
Адгезивная плёнка Бесцветная прозрачная полиэфирная
плёнка с липким адгезивным слоем 3 шт. -
Картридж № 2, ряд 1, ячейки 1 и 2
- Буфер для разведения ДНК Прозрачная бесцветная жидкость 3 шт. по 7,5 мл
Комплект реагентов для очистки библиотек фрагментов ДНК
Наименование компонентов Внешний вид Количество картриджей,
шт.
Номинальный
объём компонента
Картридж № 3, ряд 1, ячейка 1
- Раствор МЧ
Прозрачная бесцветная жидкость с
осадком, образующим взвесь
коричневого цвета при встряхивании 1
2,4 мл
Картридж № 3, ряд 1, ячейка 2
- Элюирующий раствор TEL Прозрачная бесцветная жидкость 3,0 мл
Комплект реагентов для секвенирования
Картридж с реагентами Резервуар, заполненный
реактивами 1 -
НТ1 буфер Прозрачная бесцветная жидкость 1 пробирка 4,5 мл
PR2 буфер Прозрачная бесцветная жидкость 1 флакон 500 мл
Проточная ячейка Ёмкость с проточной ячейкой в
буферном растворе 1 -
Примечание - Расположение индексов для подготовки библиотек фрагментов ДНК в пробирках
микропланшета приведено в Приложении 1.
--- стр. 16 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГМЯ Инструкция по применению Лист 16
HLA-Эксперт Листов 62
2.2 Число анализируемых проб
Набор реагентов предназначен для одноразового применения. Набор реагентов
рассчитан на 288 исследований.
2.3 Принцип метода
Метод: Полимеразная цепная реакция (ПЦР) и реакция лигирования; качественный
анализ.
В основе работы набора реагентов лежит принцип амплификации ДНК методом
ПЦР и лигирования дуплексов комплементарных олигонуклеотидов, несущих
биоинформатическую метку, с полученными ампликонами.
Процесс амплификации заключается в серии повторяющихся циклов температурной
денатурации ДНК, отжига праймеров комплементарных специфическому участку ДНК и
последующей достройке полинуклеотидных цепей с этих праймеров Taq-полимеразой. На
данном этапе происходит наработка целевых продуктов необходимой длины, что позволяет
исключить в дальнейшем этап фрагментации.
Использование мультиплексирования праймеров позволяет сократить количество
пробирок до 2-х, поскольку появляется возможность амплификации до 27 участков ДНК в
одной пробирке.
Для повышения чувствительности и специфичности реакции предусмотрено
применение «горячего старта», который обеспечивается модификацией полимеразы.
Используемый подход исключает неспецифический отжиг праймеров на ДНК-мишени при
начальном прогреве пробирки.
Исследование с применением набора реагентов для подготовки библиотек
фрагментов ДНК генов HLA I и II классов для генотипирования высокопроизводительным
секвенированием (NGS) состоит из следующих этапов:
1. Выделение ДНК.
2. Подготовка библиотек фрагментов ДНК.
2.1. Оценка качества и количества исходной ДНК методом количественной ПЦР.
Предварительная оценка количества и качества исходной ДНК методом
количественной ПЦР позволяет оценить количество ДНК без учета
разрушенной, а также определить в растворе ДНК наличие веществ, влияющих
на проведение ПЦР. Такой подход позволяет проводить нормализацию
(выравнивание) концентрации ДНК перед ПЦР-амплификацией.
--- стр. 17 ---
^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 17
HLA-Эксперт Листов 62
3.
4.
2.2. Нормализация концентрации ДНК.
Нормализация (выравнивание) концентрации ДНК проводится путем разведения
исходной ДНК буфером для разведения ДНК. Кратность разведения каждого
образца рассчитывается по формуле:
а=2^''Р'"ах-ь),где:
а - кратность разведения;
Ср max - значение Ср, по которому проводится нормализация;
Ь - Ср КВМ для данного образца.
2.2. ПЦР-амплификация ДНК для наработки ампликонов необходимой длины.
2.4. Присоединение индексов к полученным ампликонам с помощью реакции
лигирования.
Для маркировки фрагментов ДНК используются индексы (дуплексы
комплементарных олигонуклеотидов), которые имеют уникальную
последовательность, позволяющую в дальнейшем программному обеспечению
идентифицировать образцы. Маркировка библиотек фрагментов ДНК
индексами, происходит с помощью реакции лигирования. Фермент ДНК-лигаза
катализирует образование фосфодиэфирных связей между 3’-гидроксилом и 5’-
фосфатом расположенных рядом оснований в ДНК, за счет чего способна
«сшивать» двухцепочечные фрагменты ДНК.
В результате лигирования формируются библиотеки фрагментов ДНК,
соответствующие исследуемым образцам.
2.5. Дополнительная ПЦР-амплификация для наработки библиотек с двумя
индексами.
2.6. Пулирование (объединение) библиотек.
2.7. Подготовка библиотек к проведению секвенирования (разведение и
денатурация библиотек).
Проведение высокопроизводительного секвенирования.
Анализ данных с помощью программного обеспечения HLA-Эксперт.
4.1 Начальные этапы обработки данных - процедуры демультиплексирования и
генерации FASTQ файлов данных - выполняются на оборудовании производителя
(секвенаторе). В результате получаются FASTQ файлы с данными,
соответствующими анализируемым образцам.
4.2 Программное обеспечение HLA-Эксперт проводит анализ FASTQ файлов,
полученных с секвенатора, процедура анализа включает:
--- стр. 18 ---
^ ДИК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 18
HLA-Эксперт Листов 62
• Выравнивание последовательностей. Полученные последовательности
сравниваются с референтной последовательностью. Данные последовательностей
экзонов аллелей берут из базы данных IPD-IMGT/HLA. Для выравнивания
используется метод глобального выравнивания последовательностей, применяется
алгоритм Нидлмана-Вунша с использованием одинакового веса замен и аффинной
функции для вставок/удалений. На основании статистического анализа для каждого
аллельного варианта в образце формируются средние (консенсусные)
последовательности.
• Определение НЬА-генотипа. Проводится поиск полученных консенсусных
последовательностей групп в базе последовательностей экзонов IPD-IMGT/HLA по
каждому исследуемому гену. Для каждого аллельного варианта определяется его
значимость (ранг) в соответствии с количественной представленностью (весом)
экзонов. Аллели с лучшим рангом определяют результаты типирования.
Определение более двух аллелей свидетельствует о возможной контаминации. В
этом случае результат считается недостоверным. Если в процессе анализа
обнаружены варианты, не имеющие соответствия базе данных IPD-IMGT/HLA,
делается вывод о возможном присутствии нового аллеля.
• Вывод результатов. Найденные аллельные варианты выводятся для просмотра
в интерфейсе программы. В программе также предусмотрена возможность
генерации отчетов с результатами для вывода на печать, сохранения в формате pdf,
а также экспорт в файлы формата csv, xlsx.
Программное обеспечение предназначено только для совместного применения с
набором реагентов HLA-Эксперт.
ВНИМАНИЕ! Клинико-диагностическая лаборатория должна провести валидацию
медицинского изделия HLA-Эксперт перед началом процесса (при первичной подготовке
библиотек) с использованием референтных образцов. Для валидации медицинского изделия
в качестве контроля используются образцы с известными нуклеотидными
последовательностями HLA, например, образцы из референтных панелей СЕТ ЕРТ, IHWG,
UCLA.
2.4 Время проведения анализа (без учета пробоподготовки и проведения
секвенирования) - от 8 часов.
--- стр. 19 ---
Л днк-ТЕХИОЛОГМЯ Инструкция no применению Лист 19
HLA-Эксперт Листов 62
3 АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА
ЗЛ Предел обнаружения
Предел обнаружения - 5,0 нг ДНК человека на амплификационную пробирку, что
соответствует концентрации ДНК 1,0 нг/мкл. При использовании меньшего количества ДНК
производитель не гарантирует корректную работу набора.
3.2 Аналитическая специфичность
В отрицательном контрольном образце на этапе проведения гель-электрофореза
должны отсутствовать продукты амплификации длиной 329-377 п.н. для HLAI и 318-
375 п.н. для HLA П.
На этапе оценки библиотеки на электрофореграмме должны определяться пики
длиной от 440 до 520 п.н. После проведения секвенирования программное обеспечение
«НЕА-Эксперт» должно определить генотипы по HLA-A, HLA-B, HLA-C, DRB1, DPB1,
DQB1, В1ШЗ/4/5.
Реактивность (инклюзивность) проверена на коллекции из 70 образцов ДНК с
известным генотипом, предоставленной Европейским обществом иммуногенетиков EFI в
ходе проведения внешнего контроля качества НЕА-типирования (СЕТ2011-2017). В
коллекции представлены как образцы с самыми частыми, характерными для жителей
Европы, НЕА-генотипами, так и образцы с редкими НЕА-генотипами. В коллекциях
представлены как гетерозиготные, так и гомозиготные образцы. Генотипы всех испытанных
образцов были установлены в 100% случаев.
Интерферирующие вещества в концентрациях: билирубин - 684 мкмоль/л,
гемоглобин 2 г/л, холестерин 13 ммоль/л, триглицериды - 37 ммоль/л не влияют на
специфичность набора реагентов.
ВНИМАНИЕ! Набор не позволяет определять следующие нулевые аллели, необходимые для
типирования на уровне высокого разрешения в соответствии с международными
требованиями (NMDP Policy for Adult Donor and Patient HEA Confirmatory Typing Policy c
января 2015, версия базы IPD-IMGT/HEA 3.36.0): A*68:l IN и C*04:09N.
--- стр. 20 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГМЯ Инструкция по применению Лист 20
HLA-Эксперт Листов 62
3.3 Диагностические характеристики, точность, воспроизводимость
Диагностическая чувствительность (ДЧ), диагностическая специфичность (ДС),
правильность/точность
Показатель Кол-во ИП ИО ЛИ ЛО ДЧ(% ) ДС (%)
Точность,
(% ) 95% ДИ
HLA-A 96 96 0 0 0 100 но 100 96,2-100,0
HLA-B 96 96 0 0 0 100 но 100 96,2-100,0
HLA-C 96 96 0 0 0 100 но 100 96,2-100,0
HLA-DRB1 96 96 0 0 0 100 но 100 96,2-100,0
HLA-DQBl 96 96 0 0 0 100 но 100 96,2-100,0
HLA-DPB1 30 30 0 0 0 100 но 100 88,4-100,0
HLA-DRB3/4/5 30 30 0 0 0 100 но 100 88,4-100,0
Всего 540 540 0 0 0 100 но 100 99,3-100,0
Р ист 99,6
ИП - Истинно положительный результат
ИО - Истинно отрицательный результат
ЛИ - Ложноположительный результат
ЛО - Ложноотрицательный результат
ДИ - Доверительный интервал
НО - Не может быть определена
Показатели
сравнения
Воспроизводимость
М ежду
сериями
М ежду
вариантами
исполнения
М ежду вариантами исполнения +
между запусками
М ежду
приборами+
операторами
HLA-A 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (96/96) 100% (30/30)
HLA-B 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (96/96) 100% (30/30)
HLA-C 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (96/96) 100% (30/30)
HLA-DRB1 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (96/96) 100% (30/30)
HLA-DQB1 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (48/48) 100% (96/96) 100% (30/30)
HLA-DPB1 - 100% (30/30) 100% (30/30) 100% (30/30) 100% (30/30)
HLA-
DRB3/4/5
- 100% (30/30) 100% (30/30) 100% (30/30) 100% (30/30)
Совпадение
результатам
по всем
вариантам
еравнения
100% (1590/1590), Р„ст= 99,9
--- стр. 21 ---
^■^^ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 21
Н LA-Эксперт Листов 62
4 МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ
Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно
биологические исследования клинического материала с соблюдением методических
указаний МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы
амплификации нуклеиновых кислот, при работе с материалом, содержащим микроорганизмы
I-IV групп патогенноети» и с еоблюдением санитарно-эпидемиологичееких правил СП
1.3.2322-08 «Безопасноеть работы микроорганизмами III-IV групп патогенноети (опасноети)
и возбудителями паразитарных болезней». Исследуемые образцы рассматриваются как
потенциально-опасные.
К работе с набором реагентов допускается только персонал, обученный методам
молекулярной д иагностики и правилам работы в клинико-диагностической лаборатории.
При работе с набором следует надевать одноразовые перчатки без талька.
Использовать только новые наконечники и пробирки.
Приготовление реакционной емеси еледует проводить в ПЦР-боксах.
Вее лабораторное оборудование, в том числе дозаторы, штативы, лабораторная
посуда, халаты, головные уборы и пр., а также растворы реагентов должны быть строго
стационарными. Запрещается их перемещение из одного помещения в другое.
Дозаторы должны быть еоответствующим образом поверены (в аккредитованных
лабораториях) и промаркированы.
Удалять отходы с продуктами ПЦР необходимо только в закрытом виде. Не
допускается открывать пробирки после амплификации за исключением этапов проведения
детекции методом гель-электрофореза и подготовки библиотек, которые проводят в зоне 4
(МУ 1.3.2569-09).
Поверхности рабочих столов, а также помещений, в которых проводитея ПЦР,
еледует обязательно, до и поеле проведения работ, облучать бактерицидными облучателями
в течение 30 минут.
Использованные одноразовые расходные материалы (пробирки, наконечники)
должны сбрасываться в специальный контейнер, содержащий дезинфицирующий раствор.
Все поверхности в лаборатории (рабочие столы, штативы, оборудование и др.)
ежедневно подвергают влажной уборке с применением дезинфицирующих/моющих средств,
регламентированных санитарными правилами СП 1.3.2322-08.
При использовании набора реагентов для предотвращения контаминации этапы
выделения ДНК, ПЦР, детекции результатов амплификации и подготовки библиотек
фрагментов ДНК следует проводить в раздельных помещениях или тщательно
изолированных зонах, снабженных комплектами полуавтоматических дозаторов, халатами
и прочими принадлежностями.
--- стр. 29 ---
^ ДНК-ТЕХИОЛОГМЯ Инструкция по применению Лист 29
HLA-Эксперт Листов 62
7.2.3 Интерпретация результатов ПЦР (оценка пригодности ДНК).
• Допустимые значения Ср по каналу Fam не должны превышать 29,7, что
соответствует пределу обнаружения (5,0 нг на амплификационную пробирку
или 1,0 нг/мкл).
• В случае получения результата Ср больше 29,7 необходимо повторить
процедуру выделения данного образца.
Для образцов с концентрацией ДНК, близкой к пределу обнаружения, возможно нарушение
корреляции полученного значения Ср со значением концентрации ДНК, определённым
спектрофотометрическим методом (т.е. для образцов с концентрацией ДНК 1,0 нг/мкл, определённой
спектрофотометрическим методом, значение Ср может превышать 29,7). Это связано с тем, что при
измерении концентрации ДНК спектрофотометрическим методом определяется концентрация
тотальной ДНК (в т.ч. разрушенной) и не учитывается наличие в растворе ДНК веществ, влияющих
на проведение ПЦР. В связи с этим последующая нормализация концентрации ДНК в образцах
проводится только по значению Ср КВМ для этих образцов, результаты спектрофотометрии не
учитываются.
7.2.4 Нормализуйте концентрацию ДНК образцов:
7.2.4.1 Нормализация проводитея по образцу с наибольшим значением Ср КВМ в данной
постановке (обозначается Ср max) при условии, что это значение не превышает
предел обнаружения (Ср КВМ < 29,7). См.п.7.2.3
В случае, если полученный Ср тах<26,0, рекомендуется принять значение
Ср тах=27.
7.2.4.2 Кратноеть разведения полученной ДНК для каждого образца (а) рассчитывается по
формуле:
а = 2 (СР'"“ -'^),где:
а - кратность разведения данного образца;
Ср max - значение Ср КВМ, по которому проводится нормализация;
Ь - Ср КВМ для данного образца.
7.2.4.3 Нормализация концентрации ДНК:
• Промаркируйте необходимое количество пробирок (для каждого
исследуемого образца).
• Разведите каждый образец в необходимое количество раз (а - кратность
разведение данного образца), используя буфер для разведения ДНК.
Например: Ср КВМ образца = 27,0, Ср max =29,0 Разведение: 2^^’'^^*=2^=4
Исходную ДНК необходимо развести в 4 раза:
Для этого, в отдельную пробирку объемом 0,5 мл нужно добавить 10 мкл исходной ДНК и 30 мкл буфера для
разведения ДНК. Полученную разведенную ДНК использовать для проведения амплификации.
--- стр. 30 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 30
HLA-Эксперт Листов 62
7.3 Амплификация фрагментов ДНК
7.3.1 Проведение ПЦР (Фасовка N)
7.3.1.1 Инкубируйте при комнатной температуре от 18 °С до 25 °С «Смесь для
амплификации HLAI», «Смесь для амплификации HLAII» и «Буфер для
разведения ДНК» до полного размораживания содержимого. Встряхните
пробирки в течение 3-5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифуге-
вортексе.
7.3.1.2 Промаркируйте необходимое количество пустых пробирок объёмом 0,2 мл для
каждого исследуемого образца (включая образцы для валидации при первичной
подготовке) и две для отрицательного контрольного образца.
Например: необходимо проанализировать три образца. Нужно промаркировать
шесть пробирок для исследуемых образцов и две пробирки для «К-». Общее
количество пробирок - восемь (таблица 2).
В случае если необходимо провести валидацию методики, для анализа трёх
исследуемых образцов и пяти контрольных образцов нужно промаркировать
шесть пробирок для исследуемых образцов, 10 пробирок для контрольных
образцов и две пробирки для «К-». Общее количество пробирок - 18.
Таблица 2 - Пример маркировки пробирок для проведения ПЦР
№ образца № амплификационной Наименование вносимой смеси для
пробирки амплификации
Образец 1
1-1 HLAI
1-2 HLAII
Образец 2
2-1 HLAI
2-2 HLAII
Образец 3
3-1 HLAI
3-2 HLAII
К- «К- 1» HLAI
«К- 2» HLAII
Примечание - Далее в тексте инструкции используется следующее обозначение для
промаркированных пробирок:
№ образца № амплификационной
пробирьси для образца X
Наименование вносимой смеси для
амплификации
Образец X Х-1 HLAI
Х-2 HLA II
где X - номер исследуемого образца
--- стр. 31 ---
^ ДНК-ТЕХИОЛОГМЯ Инструкция по применению Лист 31
HLA-Эксперт Листов 62
7.3.1.3 Встряхните пробирку «Фермент-ТАТ (100)» в течение 3-5 с и центрифугируйте в
течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
Примечание — Фермент-ТАТ (100) необходимо вынимать из морозильной камеры
непосредственно перед использованием.
7.3.1.4 Приготовьте смеси фермента-ТАТ (100) со смесями для амплификации HLA. Для
этого промаркируйте две пробирки объёмом 0,5 мл «HLA I» и «HLAII».
7.3.1.5 Смешайте в пробирке «HLAI»:
10 X (N-bl) мкл Смеси для амплификации HLAI,
20 X (N+1) мкл Буфера для разведения ДНК,
- 0,5 X (N+1) мкл Фермента-ТАТ (100),
где N - количество тестируемых образцов с учётом «К-».
7.3.1.6 Смешайте в пробирке «HLA II»:
10 X (N+1) мкл Смеси для амплификации HLA II,
20 X (N+1) мкл Буфера для разведения ДНК,
- 0,5 X (N+1) мкл Фермента-ТАТ (100),
где N - количество анализируемых образцов с учётом «К-».
7.3.1.7 Закройте крышки пробирок, ветряхните пробирки в течение 3-5 с и
центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифзте-вортексе.
7.3.1.8 Внесите в каждую пробирку «Х-1», промаркированную для внесения смеси
HLA I, по 30 мкл смеси для амплификации HLA I с ферментом-ТАТ (100).
7.3.1.9 Внесите в каждую пробирку «Х-2», промаркированную для внесения смеси
HLA II, по 30 мкл смеси для амплификации HLA II с ферментом-ТАТ (100).
Примечание - Для предотвращения контаминации следует перед внесением ДНК открывать
крышки только тех пробирок, в которые будет вноситься данный образец, и закрывать их перед
внесением следзчощего. Препараты ДНК следует вносить наконечниками с фильтром.
7.3.1.10
7.3.1.11
7.3.1.12
Внесите по 5,0 мкл выделенного и разведенного до нужной концентрации
препарата ДНК в еоответетвующие пробирки для иееледуемых образцов. При
проведении валидации внесите ДНК контрольных образцов в соответствующие
пробирки. В пробирки «К-» ДНК не вносится. Закройте крышки пробирок.
Внесите по 5,0 мкл отрицательного контрольного образца, прошедшего этап
выделения ДНК, в пробирки, маркированные «К-». Закройте крышку пробирки.
Центрифугируйте вее пробирки на микроцентрифуге-вортекее в течение 1-3 с.
--- стр. 32 ---
.'’^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 32
HLA-Эксперт Листов 62
7.3.1.13 Установите все пробирки в блок амплификатора и проведите ПЦР-амплификацию
с учетом объёма реакционной смеси, равного 35 мкл. Программа амплификации
приведена в таблице 3.
7.3.1.14 После окончания амплификации извлеките пробирки из амплификатора и
поместите на рабочий стол.
7.3.2 Проведение ПЦР (Фасовка А)
7.3.2.1 Инкубируйте при комнатной температуре от 18 °С до 25 “С «Смесь для
амплификации HLAI», «Смесь для амплификации HLAII» и «Буфер для
разведения ДНК» до полного размораживания содержимого. Встряхните
пробирку в течение 3-5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифуге-
вортекее.
7.3.2.2 Встряхните пробирку «Фермент-ТАТ (100)» в течение 3-5 с и центрифугируйте в
течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
Примечание - Фермент-ТАТ (100) необходимо вынимать из морозильной камеры
непосредственно перед использованием.
7.3.2.3 Установите картридж №1, пробирки со смесью для амплификации HLAI, смесью
для амплификации HLAII, с ферментом-ТАТ (100), с препаратами ДНК,
контрольными образцами ДНК (в случае проведения валидации) и отрицательным
контрольным образцом, прошедшим этап выделения ДНК, а также микропланшет
для ПЦР на рабочий етол ДТстрим и проведите дозирование компонентов
еогласно руководству по эксплуатации. Пример расположения реагентов на
рабочем столе ДТстрим приведен в приложении 3, рис.1.
7.3.2.4 Поместите аккуратно, не встряхивая микропланшет в подложку
герметизирующего устройетва ДТпак после завершения программы на
дозирующем уетройстве ДТстрим.
7.3.2.5 Запечатайте микропланшет адгезивной пленкой.
7.3.2.6 Центрифугируйте микропланшет при 1000 об/мин в течение 30 с.
7.3.2.7 Установите микропланшет в блок детектирующего амплификатора и проведите
ПЦР-амплификацию с учетом объёма реакционной смееи, равного 35 мкл.
Программа амплификации приведена в таблице 3.
7.3.2.8 После окончания амплификации извлеките микропланшет из амплификатора и
поместите на рабочий стол.
--- стр. 33 ---
,^ ДНК-ТЕХНОЛОГМЯ Инструкция по применению
Н LA-Эксперт
Лист 33
Листов 62
Таблица 3 - Программа амплификации
№ Температура, Время Число Режим оптических Тип блока
блока °С мин с циклов измерений*
1
80,0 2 30 1
- Цикл
94,0 3 30 -
94,0 0 30 5
- Цикл2 64,0 0 15
94,0 0 10 25
- Цикл3 64,0 0 15
4 60,0 20 00 1 - Цикл
5 10,0 Хранение - Хранение
*Режим оптических измерений устанавливается при использовании детектирующего амплификатора.
Примечание - Допускается хранение продукта амплификации при температуре от минус
18 °С до минус 22 °С не более 1 месяца.
7.3.3 Регистрация результатов ПЦР
После окончания реакции амплификации проанализируйте результаты.
7.3.3.1 Регистрация результата производится методом горизонтального гель-
электрофореза в 2,5% агарозном геле.
Примечание - При использовании детектирующего амплификатора регистрация результата
возможна путём оценки экспоненциального роста кривой по каналу Fam.
7.3.3.2 Осторожно внесите отдельным наконечником по 5,0 мкл продуктов
амплификации из каждой амплификационной пробирки в соответствующую
лунку агарозного геля под буфер. В соседние с первой и последней лунками
агарозного геля, в которые внесены продукты амплификации, внести по 5,0 мкл
маркера длин амплифицированных фрагментов (pUC19 ДНК/MspI).
7.3.3.3 Наденьте защитную маску или установите защитный экран, включите
трансиллюминатор и проанализируйте полученные результаты. Продукт
амплификации виден в ультрафиолетовом свете (длина волны 254 нм или 310 нм)
в виде светящейся полосы красно-оранжевого цвета.
7.3.3.4 В каждой дорожке геля, соответствующей лунке, в которую был внесен продукт
амплификации из пробирок, промаркированных как «Х-1», где X - номер
--- стр. 34 ---
^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 34
HLA-Эксперт Листов 62
исследуемого образца, должна быть видна светящаяся полоса оранжево-красного
цвета, соответствующая фрагментам амплифицированных продуктов размером
329-377 п.н. Допускается наличие светящихся полос длиной до 60 п.н. и разной
степени интенсивности.
7.3.3.5 В каждой дорожке геля, соответствующей лунке, в которую был внееен продукт
амплификации из пробирок, промаркированных как «Х-2», где X - номер
исследуемого образца, должна быть видна светящаяся полоса оранжево-красного
цвета, соответствующая фрагментам амплифицированных продуктов размером
318-375 п.н. Допускается наличие светящихея полос длиной до 60 п.н. и разной
степени интенсивности.
7.3.3.6 В дорожке геля, соответствующей лунке, в которую был внесен продукт
амплификации из пробирки, промаркированной «К- 1», не должно быть видно
светящихся полос оранжево-красного цвета, соответствующих фрагментам
специфических амплифицированных продуктов размером 329-377 п.н.
Допускается наличие светящихся полос длиной до 60 п.н. и разной степени
интенсивности.
В случае наличия продукта размером 329-377 п.н. результаты всей постановочной
серии считают недостоверными. В этом случае необходимо проведение
епециальных мероприятий для уетранения возможной контаминации.
7.3.3.7 В дорожке геля, соответствующей лунке, в которую был внесен продукт
амплификации из пробирки, промаркированной «К- 2», не должно быть видно
светящихся полос оранжево-красного цвета, соответствующих фрагментам
специфических амплифицированных продуктов размером 318-375 п.н.
Допускается наличие светящихся полос длиной до 60 п.н. и разной степени
интенсивности.
В случае наличия продукта размером 318-375 п.н. результаты всей постановочной
серии считают недостоверными. В этом случае необходимо проведение
специальных мероприятий для устранения возможной контаминации.
--- стр. 35 ---
л ЛИК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 35
HLA-Эксперт Листов 62
7.4 Подготовка библиотек фрагментов ДНК
7.4.1 Подготовка фрагментов ДНК к лигированию (Фасовка N)
Смешивание продуктов амплификации одного образца HLAI: HLAII в соотношении 7:1.
7.4.1.1 Промаркируйте необходимое количество пустых пробирок объёмом 0,5 мл для
каждого исследуемого образца (таблица 4).
7.4.1.2 Внесите в соответствующие пробирки, в каждую, отдельным наконечником по
20 мкл продукта амплификации из пробирок, промаркированных как «Х-1»,
где X - номер исследуемого образца.
7.4.1.3 Внесите в соответствующие пробирки, в каждую, отдельным наконечником по
3,0 мкл продукта амплификации из пробирок, промаркированных как «Х-2»,
где X - номер исследуемого образца.
7.4.1.4 Встряхните пробирку в течение 3-5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с на
микроцентрифуге-вортексе.
Таблица 4 - Пример маркировки пробирок для смешивания ампликонов
№ образца
№ пробирки для
смешивания
ампликонов
Название вносимого компонента
Количество
вносимого
компонента, мкл
Образец 1 «Атр-1»
Продукт амплификации из пробирки 1-1 20
Продукт амплификации из пробирки 1 -2 3
Образец 2 «Атр-2»
Продукт амплификации из пробирки 2-1 20
Продукт амплификации из пробирки 2-2 3
Образец 3 «Апзр-З»
Продукт амплификации из пробирки 3-1 20
Продукт амплификации из пробирки 3-2 3
Образец X «Атр-Х»
Продукт амплификации из пробирки Х-1 20
Продукт амплификации из пробирки Х-2 3
7.4.2 Подготовка фрагментов ДНК к лигированию (Фасовка А)
Смешивание продуктов амплификации одного образца HLA I : HLA II в соотношении 7:1.
7.4.2.1 Установите микропланшет с полученными ампликонами HLAI и HLAII, и
проведите дозирование компонентов согласно руководству по эксплуатации
дозирующего устройства. Пример расположения реагентов на рабочем столе
ДТстрим приведен в приложении 3, рис.2.
Примечание - Допускается хранение смешанных продуктов амплификации при температуре от
минус 18 °С до минус 22 °С не более 1 месяца.
--- стр. 36 ---
Л днк-тшологмя
7.4.3
7.4.3.1
7.4.3.2
7.4.3.3
7.4.3.4
Инструкция по применению Лист 36
HLA-Эксперт Листов 62
Лигирование библиотек фрагментов ДНК (Фасовка N)
Возьмите необходимое количество микропланшетов с индексами.
Внесите в соответствующие пробирки микропланшета с индексами, в каждую,
отдельным наконечником, по 2,0 мкл содержимого из пробирки (ампликоны),
промаркированной «Атр-Х», где X - номер исследуемого образца (таблица 4).
Зафиксируйте в протоколе постановки соответствие индексов и образца
(таблица 5).
Инкубируйте при комнатной температуре пробирки «Реагент Ы» и «Реагент L2»
до полного размораживания содержимого. Встряхните пробирки в течение 3-5 с и
центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
ВНИМАНИЕ! В пробирке с реагентом L1 возможно выпадение осадка.
Встряхивайте пробирку до полного растворения осадка. Не допускается
нагревания пробирки с реагентом L1. Не допускается использование реагента L1 с
нерастворенным осадком.
Таблица 5 - Пример заполнения протокола постановки
Обр.1
/tsl
Обр.9
/ts9
Обр.17
/tsl 7
Обр.25/
ts25
Обр.ЗЗ/
ts33
Обр.41/
ts41
Обр.49/
ts49
Обр.37/
ts37
Обр.63/
ts63
Обр.73
/ts73
Обр.81/
ts81
Обр.89/
ts89
Обр.2
/ts2
Обр.Ю/
tslO
Обр.18/
tsl8
Обр.26/
ts26
Обр.34/
ts34
Обр.42/
ts42
Обр.ЗО/t
s30
Обр.38/
ts38
Обр.66/
ts66
Обр.74/
ts74
Обр.82/
ts82
Обр.90/
ts90
Обр.З
/ts3
Обр.11/
tsll
Обр.19/
tsl 9
Обр.27/
ts27
Обр.ЗЗ/
ts33
Обр.43/
ts43
Обр.З 1/
ts31
Обр.39/
ts39
Обр.67/
ts67
Обр.73/
ts73
Обр.83/
ts83
Обр.91/
ts91
Обр.4
/ts4
Обр.12/
tsl2
Обр.20/
ts20
Обр.28/
ts28
Обр.36/
ts36
Обр.44/
ts44
Обр.32/
ts32
Обр.60/
ts60
Обр.68/
ts68
Обр.76/
ts76
Обр.84/
ts84
Обр.92/
ts92
Обр.З
/ts5
Обр.13/
tsl3
Обр.21/
ts21
Обр.29/
ts29
Обр.37/
ts37
Обр.43/
ts43
Обр.ЗЗ/
ts33
Обр.61/
ts61
Обр.69/
ts69
Обр.77/
ts77
Обр.83/
ts83
Обр.93/
ts93
Обр.6
/ts6
Обр.14/
tsl4
Обр.22/
ts22
Обр.ЗО/
ts30
Обр.38/
ts38
Обр.46/
ts46
Обр.34/
ts34
Обр.62/
ts62
Обр.70/
ts70
Обр.78/
ts78
Обр.86/
ts86
Обр.94/
ts94
Обр.7
/ts7
Обр.15/
tsl 5
Обр.23/
ts23
Обр.З 1/
ts31
Обр.39/
ts39
Обр.47/
ts47
Обр.ЗЗ/
ts33
Обр.63/
ts63
Обр.71/
ts71
Обр.79/
ts79
Обр.87/
ts87
Обр.93/
ts93
Обр.8
/ts8
Обр.16/
tsl6
Обр.24/
ts24
Обр.32/
ts32
Обр.40/
ts40
Обр.48/
ts48
Обр.36/
ts36
Обр.64/
ts64
Обр.72/
ts72
Обр.80/
ts80
Обр.88/
ts88
Обр.96/
ts96
7.4.3.5 Встряхните пробирку «Фермент-LIG» в течение 3-5 с и центрифугируйте в
течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
Примечание - Фермент-LIG необходимо вынимать из морозильной камеры непосредственно
перед использованием.
7.4.3.6 Приготовьте смесь реагентов L1 и L2 с Ферментом-LIG. Для этого смешайте в
отдельной пробирке объемом 0,5 мл:
- 3,5 X (N-Ы) мкл Реагента L1,
- 3,5 X (N-I-1) мкл Реагента L2,
--- стр. 38 ---
^«•^ДИК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению
HLA-Эксперт
Лист 38
Листов 62
индексами на рабочий стол ДТстрим и проведите дозирование компонентов
согласно руководству по эксплуатации. Пример расположения реагентов на
рабочем столе ДТстрим приведен в приложении 3, рис.2.
7.4.4.4 После завершения программы на дозирующем устройстве ДТстрим аккуратно, не
встряхивая, поместите микропланшет в подложку устройства для запечатывания
планшет ДТпак
7.4.4.5 Запечатайте микропланшет адгезивной плёнкой.
7.4.4.6 Центрифугируйте микропланшет при 1000 об/мин в течение 30 с.
1ЛЛ.1 Установите микропланшет в блок детектирующего амплификатора и проведите
реакцию лигирования с учетом объёма реакционной смеси, равного 35 мкл.
Программа для проведения лигирования приведена в таблице 6.
Таблица 6 - Программа лигирования
№ блока Температура,
°С
Время Число
циклов
Режим
оптических
измерений*
Тип блока
МИН с
1 17,0 60 00 1 - Цикл
2 85,0 10 00 1 - Цикл
5 10,0 Хранение - Хранение
*Режим оптических измерений при данной процедуре не устанавливается.
7.4.4.8 После окончания лигирования извлеките микропланшет из амплификатора и
поместите на рабочий стол.
В результате лигирования формируются библиотеки фрагментов ДНК,
соответствующие исследуемым образцам.
7.4.5 Пулирование, очистка и проведение амплификации библиотек
фрагментов ДНК (Фасовка N)
Пулирование библиотек проводится по 16 или 18 исследуемых образцов.
7.4.5.1 Промаркируйте по одной пустой пробирке объёмом 0,5 мл для каждого пула
образцов (см. пример в таблице 7).
7.4.5.2 Внесите в пробирки объемом 0,5 мл, промаркированные «Пул X-Z», где X-Z -
номера исследуемых образцов, по 30 мкл из соответствующих пробирок
микропланшета с библиотеками, закройте крышки, встряхните пробирки в
течение 3-5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
--- стр. 39 ---
^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 39
HLA-Эксперт Листов 62
ВНИМАНИЕ! Содержимое пробирок объёмом 0,5 мл, промаркированных
«Пул X-Z» не хранить и сразу использовать для дальнейшей постановки.
Таблица 7 - Пример маркировки пробирок для пулирования 16 библиотек фрагментов
ДНК
№ образца № библиотеки
Образец 1 Библиотека 1
Образец 2 Библиотека 2
Образец 3 Библиотека 3
Образец 4 Библиотека 4
Образец 13 Библиотека 13
Образец 14 Библиотека 14
Образец 15 Библиотека 15
Образец 16 Библиотека 16
№ пробирки для пула
Пул 1-16
7.4.5.3 Встряхните флакон «Раствор МЧ» в течение 3-5 с до получения раствора
равномерного коричневого цвета. Инкубируйте при комнатной температуре не
менее 30 мин.
7.4.5.4 Перед использованием встряхните флакон «Раствор МЧ» в течение 3-5 с до
получения раствора равномерного коричневого цвета.
7.4.5.5 Промаркируйте пустые пробирки объёмом 1,5 мл для каждого пула исследуемых
образцов (таблица 7).
7.4.5.6 Внесите в пробирки объёмом 1,5 мл, промаркированных «Пул X-Z» по 50мкл
раствора МЧ. Затем добавьте в каждую пробирку отдельным наконечником
70 мкл из соответствующих пробирок объемом 0,5 мл. Закройте крышки
пробирок, встряхните пробирки в течение 3-5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с
на микроцентрифуге-вортексе.
Примечание - Хранение оетатков пулов не допускается. Утилизация остатков пулов проводится
в соответствии с требованиями СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические
требования к обращению с медицинскими отходами».
7.4.5.7 Инкубируйте пробирки при комнатной температуре в течение 5 мин.
7.4.5.8 Приготовьте 70% этанол. Смешайте в отдельном флаконе:
- 1,0 X (N+1) мл 96% этанола,
- 360 X (N+1) мкл деионизированной воды.
--- стр. 40 ---
^ ЛНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 40
Н LA-Эксперт Листов 62
где N - количество подготавливаемых пулов.
ВНИМАНИЕ! Срок хранения 70% этанола не более 3-х дней. При превышении этого срока,
готовится новый раствор.
7.4.5.9 Поместите пробирки в магнитный штатив.
7.4.5.10 Инкубируйте пробирки при комнатной температуре в течение 3 мин либо до тех
пор, пока все магнитные частицы не соберутся у стенки пробирки.
7.4.5.11 Удалите жидкость с использованием дозатора, не задевая магнитные частицы.
7.4.5.12 Добавьте 200 мкл 70 % этанола.
7.4.5.13 Извлеките пробирки из магнитного штатива и поместите обратно, провернув
пробирку вокруг вертикальной оси на 180 градусов. Повторите 4 раза.
7.4.5.14 Удалите жидкость с использованием дозатора, не задевая магнитные частицы.
7.4.5.15 Закройте крышки пробирок. Центрифугируйте в течение 1-3 с на
микроцентрифуге-вортексе.
7.4.5.16 Верните пробирки в магнитный штатив и, используя дозатор, позволяющий
отбирать объёмы жидкости от 2 до 20 мкл, аккуратно уберите оставшуюся
жидкость со дна, не задевая магнитные частицы.
7.4.5.17 Инкубируйте пробирки с открытой крышкой при комнатной температуре 4 мин,
не вынимая из магнитного штатива.
7.4.5.18 Добавьте в пробирки 37 мкл элюирующего раствора TEL. Снимите пробирки с
магнитного штатива, встряхните в течение 5-10 с и центрифугируйте в течение 1-
3 с на микроцентрифуге-вортексе.
7.4.5.19 Поставьте в магнитный штатив, инкубируйте в течение 2-3 мин, пока жидкость не
станет прозрачной.
7.4.5.20 Промаркируйте по одной пустой пробирке объёмом 1,5 мл для каждого пула
исследуемых образцов (таблица 7).
7.4.5.21 Внесите в пробирки объёмом 1,5 мл, промаркированных «Пул X-Z» по 25 мкл
раствора МЧ.
7.4.5.22 Перенесите 35 мкл надосадочной жидкости из пробирок на магнитном штативе в
пробирки объёмом 1,5 мл с раствором МЧ с соответствзлощей маркировкой, не
задевая магнитные частицы. Закройте крышки, встряхните пробирки в течение 3-
5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифзте-вортексе.
7.4.5.23 Инкубируйте пробирки при комнатной температуре в течение 5 мин.
7.4.5.24 Поместите пробирки в магнитный штатив.
--- стр. 41 ---
Л днк-ТЕХИОЛОГМЯ Инструкция по применению
HLA-Эксперт
Лист 41
Листов 62
7.4.5.25 Инкубируйте 3 мин при комнатной температуре либо до тех пор, пока все
магнитные частицы не соберутся у стенки пробирки.
7.4.5.26 Удалите жидкость с использованием дозатора, не задевая магнитные частицы.
7.4.5.27 Добавьте 200 мкл 70% этанола.
7.4.5.28 Извлеките пробирки из магнитного штатива и поместите обратно, провернув
пробирку вокруг вертикальной оси на 180 градусов. Повторите 4 раза.
7.4.5.29 Удалите жидкость с использованием дозатора, не задевая магнитные частицы.
7.4.5.30 Закройте крышки пробирок. Центрифугируйте в течение 1-3 с на
микроцентрифуге-вортексе.
7.4.5.31 Верните пробирки в магнитный штатив, аккуратно уберите оставшуюся жидкость
со дна, не задевая магнитные частицы с использованием дозатора на 2-20 мкл.
7.4.5.32 Инкубируйте пробирки с открытой крышкой при комнатной температуре 4 мин,
не вынимая из магнитного штатива.
7.4.5.33 Добавьте в пробирки 27 мкл элюирующего раствора TEL.
7.4.5.34 Снимите пробирки с магнитного штатива, встряхните в течении 5-10 с и
центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифзл'е-вортексе.
7.4.5.35 Поставьте в магнитный штатив, инкубируйте в течение 2-3 мин, пока жидкость не
станет прозрачной.
7.4.5.36 Промаркируйте по одной пустой пробирке объёмом 0,2 мл для каждого пула
исследуемых образцов (таблица 7).
7.4.5.37 Перенесите 25 мкл жидкости в пробирку объёмом 0,2 мл с соответствующей
маркировкой, не задевая магнитные частицы.
Примечание - Допускаетея хранение очищенного продукта лигирования при температуре от
минус 18 °С до минус 22 °С не более 1 месяца.
7.4.5.38 Инкубируйте при комнатной температуре «Смесъ для амплификации
библиотек ИЛМ» до полного размораживания содержимого. Встряхните
пробирки в течение 3-5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с на
микроцентрифуге-вортексе.
7.4.5.39 Встряхните пробирку «Фермент-ТАТ (15)» в течение 3-5 с и центрифугируйте
в течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
Примечание - Фермент-ТАТ (15) необходимо вынимать из морозильной камеры
непосредственно перед использованием.
--- стр. 42 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГМЯ Инструкция по применению Лист 42
Н LA-Эксперт Листов 62
7.4.5.40 Внесите в отдельную пробирку объёмом 0,5 мл:
- 10 X (N+1) мкл Смеси для амплификации библиотек ИЛМ,
- 0,5 X (N+1) мкл Фермента-ТАТ (15),
где N - количество подготавливаемых пулов.
7.4.5.41 Закройте крышки пробирок, встряхните пробирки в течение 3-5 с и
центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
7.4.5.42 Осторожно добавьте в пробирки, содержащие пулы подготавливаемых библиотек,
в каждую, отдельным наконечником по 10 мкл приготовленной смеси, закройте
крышки пробирок, встряхните пробирки в течение 3-5 с и центрифугируйте в
течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
7.4.5.43 Установите все пробирки в блок амплификатора и проведите ПЦР-амплификацию
с учетом объёма реакционной смеси, равного 35 мкл. Программа амплификации
приведена в таблице 8.
7.4.5.44 После окончания амплификации извлеките пробирки из амплификатора и
поставьте на рабочий стол.
7.4.6 Пулирование, очистка и проведение амплификации библиотек
фрагментов ДНК (Фасовка А)
7.4.6.1 Приготовьте в отдельном флаконе 70% этанол:
- 12,0 мл 96% этанола,
- 4,3 мл деионизированной воды.
ВНИМАНИЕ! Срок хранения 70% этанола не более 3-х дней. При превышении этого срока,
готовиться новый раствор.
7.4.6.2
7.4.6.3
Инкубируйте при комнатной температуре «Смесь для амплификации библиотек
ИЛМ» до полного размораживания содержимого. Встряхните пробирки в течение
3-5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
Встряхните пробирку «Фермент-ТАТ (15)» в течение 3-5 с и центрифугируйте в
течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
Примечание - Фермент-ТАТ (15) необходимо вынимать из морозильной камеры
непосредственно перед использованием.
7.4.6.4 Установите Картридж №3, пробирки со смесью для амплификации библиотек
ИЛМ, ферментом-ТАТ (15), микропланшет с лигированными продуктами, а также
одноразовые пробирки объёмом 1,5 мл и объёмом 0,2 мл в стрипах по 8 шт. на
рабочий стол ДТстрим. Пример расположения реагентов на рабочем столе
ДТстрим приведен в приложении 3, рис.З.
--- стр. 43 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению
HLA-Эксперт
Лист 43
Листов 62
7.4.6.5 Внесите по 8,0 мл 70% этанола в картридж №3, ряд 5, ячейки 1, 2 и проведите
дозирование компонентов согласно руководству по эксплуатации.
7.4.6.6 Снимите два стрипа с раскапанной смесью для амплификации библиотек ИЛМ и
образцами с рабочего стола ДТстрим, установите в блок амплификатора и
проведите ПЦР-амплификацию с учетом объёма реакционной смеси, равного
35 мкл. Программа амплификации приведена в таблице 8.
Таблица 8 - Программа амплификации
№
блока
Температура,
°С
Время Число
ЦИКЛОВ
Режим оптических
измерений* Тип блока
МИН с
1 94,0 5 00 1 - Цикл
2
94,0 0 20
8
- Цикл
60,0 0 15 -
72,0 0 30 -
3 72,0 5 00 1 - Цикл
5 10,0 Хранение - Хранение
*Режим оптических измерений при данной процедуре не устанавливается.
7.4.7 Очистка библиотек фрагментов ДНК (Фасовка N)
7.4.7.1 Встряхните флакон «Раствор МЧ» в течение 3-5 с до получения раствора
равномерного коричневого цвета. Инкубируйте при комнатной температуре не
менее 30 минут.
7.4.7.2 Встряхните флакон «Раствор МЧ» в течение 3-5 с до получения раствора
равномерного коричневого цвета перед использованием.
7.4.7.3 Промаркируйте по одной пустой пробирке объёмом 1,5 мл, для каждого пула
исследуемых образцов (таблица 7).
7.4.7.4 Внесите в пробирки объемом 1,5 мл, промаркированных «Пул X-Z», где X-Z -
номера исследуемых образцов, по 25 мкл раствора МЧ и добавьте отдельными
наконечниками весь объём из соответствующих пробирок микропланшета с
библиотеками, закройте крышки, встряхните пробирки в течение 3-5 с и
центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентриф)те-вортексе.
7.4.7.5 Инкубируйте пробирки при комнатной температуре в течение 5 мин.
7.4.7.6 Поместите пробирки в магнитный штатив.
--- стр. 44 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 44
HLA-Эксперт Листов 62
1Л.1.1 Инкубируйте 3 минуты при комнатной температуре либо до тех пор, пока все
магнитные частицы не соберутся у стенки пробирки.
7.4.7.8 Удалите жидкость с использованием дозатора, не задевая магнитные частицы.
7.4.7.9 Добавьте 200 мкл 70% этанола.
7.4.7.10 Извлеките пробирки из магнитного штатива и поместите обратно, провернув
пробирку вокруг вертикальной оси на 180 градусов. Повторите 4 раза.
7.4.7.11 Удалите жидкость с использованием дозатора, не задевая магнитные частицы.
7.4.7.12 Закройте крышки пробирок. Центрифугируйте в течение 1-3 с на
микроцентрифуге-вортексе.
7.4.7.13 Верните пробирки в магнитный штатив, аккуратно уберите оставшуюся жидкость
со дна, не задевая магнитные частицы с использованием дозатора на 2-20 мкл.
7.4.7.14 Инкубируйте пробирки с открытой крышкой при комнатной температуре 4 мин,
не вынимая из магнитного штатива.
7.4.7.15 Добавьте в пробирки 37 мкл элюирующего раствора TEL. Снимите пробирки с
магнитного штатива, встряхните в течение 5-10 с и центрифугируйте в течение 1-
3 с на микроцентрифуге-вортексе.
7.4.7.16 Поставьте в магнитный штатив, инкубируйте в течение 2-3 мин, пока жидкость не
станет прозрачной.
7.4.7.17 Промаркируйте по одной пустой пробирке объёмом 1,5 мл для каждого пула
исследуемых образцов (таблица 7).
7.4.7.18 Внесите в пробирки объёмом 1,5 мл, промаркированных «Пул X-Z» по 25 мкл
раствора МЧ.
7.4.7.19 Перенесите 35 мкл надосадочной жидкости из пробирок на магнитном штативе в
пробирки объёмом 1,5 мл с раствором МЧ с соответствующей маркировкой, не
задевая магнитные частицы. Закройте крышки, встряхните пробирки в течение 3-
5 с и центрифугируйте в течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе.
7.4.7.20 Инкубируйте пробирки при комнатной температуре в течение 5 мин.
7.4.7.21 Поместите пробирки в магнитный штатив.
7.4.7.22 Инкубируйте 3 мин при комнатной температуре либо до тех пор, пока все
магнитные частицы не соберутся у стенки пробирки.
7.4.7.23 Удалите жидкость с использованием дозатора, не задевая магнитные частицы.
7.4.7.24 Добавьте 200 мкл 70% этанола.
7.4.7.25 Извлеките пробирки из магнитного штатива и поместите обратно, провернув
пробирку вокруг вертикальной оси на 180 градусов. Повторите 4 раза.
7.4.7.26 Удалите жидкость с использованием дозатора, не задевая магнитные частицы.
--- стр. 45 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 45
Н LA-Эксперт Листов 62
1 А.I l l Закройте крышки пробирок. Центрифугируйте в течение 1-3 с на
микроцентрифуге-вортексе.
7.4.7.28 Верните пробирки в магнитный штатив, аккуратно уберите оставшуюся жидкость
со дна, не задевая магнитные частицы с использованием дозатора на 2-20 мкл.
7.4.7.29 Инкубируйте пробирки с открытой крышкой при комнатной температуре 4 мин,
не вынимая из магнитного штатива.
7.4.7.30 Добавьте в пробирки 50 мкл элюирующего раствора TEL. Снимите пробирки с
магнитного штатива, встряхните в течение 5-10 с и центрифугируйте в течение 1-
3 с на микроцентрифуге-вортексе.
7.4.7.31 Поставьте в магнитный штатив, инкубируйте в течение 2-3 мин, пока жидкость не
станет прозрачной.
7.4.7.32 Промаркируйте по одной пустой пробирке объёмом 0,5 мл, для каждого пула
библиотек. Укажите номера внесенных индексов (таблица 9).
7.4.7.33 Перенесите 45 мкл жидкости в пробирку объёмом 0,5 мл с соответствующей
маркировкой, не задевая магнитные частицы.
Таблица 9 - Пример маркировки пробирок для готовой библиотеки
№ образца № пробирки для пула библиотек
Образец 1
«Пул Libl-16 tsl -ts 16»
Образец 2
Образец 3
Образец 4
Образец 13
Образец 14
Образец 15
Образец 16
Примечание - Допускается хранение библиотеки при температуре от минус 18 °С до
минус 22 °С не более 1 месяца или в морозильной камере на минус 70 °С не более 1 года.
7.4.8 Очистка библиотек фрагментов ДНК (Фасовка А)
7.4.8.1 После окончания амплификации извлеките пробирки из амплификатора и верните
на рабочий стол ДТстрим и проведите дальнейшее дозирование компонентов
согласно руководству по эксплуатации к дозирующему устройству.
--- стр. 46 ---
, ^ ДНК-ТЕХИОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 46
HLA-Эксперт Листов 62
8 ОЦЕНКА КОЛИЧЕСТВА И КАЧЕСТВА БИБЛИОТЕКИ
8.1 Оценка количества и качества полученных библиотек
Проведите оценку количества и качества полученных пулов библиотек на
флуориметре или флуоресцентном анализаторе согласно инструкции к набору
реагентов и прибору.
Для оценки качественного профиля библиотеки (длины представленных в
библиотеке фрагментов, долю лигированных продуктов) можно использовать
метод горизонтального гель-электрофореза в соответствии с инструкцией к
комплекту реагентов для детекции продуктов ПЦР методом гель-электрофореза.
8.2 На полученной электрофореграмме должны присутствовать основные пики длиной
от 442 до 520 п.н. Более короткие пики должны отсутствовать либо составлять не
более 20% от концентрации всего продукта. Допускается наличие прод)чстов
длиной более 520 п.н.
При проведении гель-электрофореза в каждой дорожке геля, в которую были
внесены пулы библиотек, должна быть видна светящаяся полоса оранжево
красного цвета, соответствующая фрагментам амплифицированных продуктов
размером 442 до 520 п.н. Более короткие полосы должны отсутствовать.
Допускается наличие светящихся полос длиной более 520 п.н. и разной степени
интенсивности.
8.3 Молярная концентрация библиотеки должна быть не менее 2000 пмоль/л (не менее
2 нмоль/л).
Если прибор выдаёт концентрацию в «нг/мкл», то для расчёта молярной
концентрации (нмоль/л) необходимо концентрацию, полученную в «нг/мкл»,
умножить на коэффициент 3,03.
8.4 Библиотеки готовы для дальнейшего проведения секвенирования.
9 ПРОВЕДЕНИЕ СЕКВЕНИРОВАНИЯ
Секвенирование библиотек следует проводить на приборе MiSeq (Illumina, USA,
РУ № РЗН 2014/1568) с использованием Комплекта реагентов для секвенирования из набора
реагентов НЕА-Эксперт, согласно Приложению 4 к данной инструкции и Инструкции к
прибору MiSeq.
--- стр. 49 ---
^^^ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 49
HLA-Эксперт Листов 62
11.3 указания по эксплуатации
11.3.1 Набор должен применяться согласно действующей версии утвержденной
инструкции по применению.
11.3.2 Допуекается хранить после вскрытия первичной упаковки при еледующих
условиях:
- Смесь для амплификации библиотек ИЛМ, Буфер для разведения ДНК, Раствор
МЧ, Элюирующий раствор TEL - при температуре от 2 °С до 8 °С в течение всего срока
годности;
- Фермент-ТАТ (15) - при температуре от минус 18 °С до минус 22 °С в течение
всего срока годности, допускается замораживание/размораживание до 3 раз.
11.3.3 Смесь для амплификации КВМ, Смесь для амплификации HLAI, Смесь для
амплификации HLA II, Индексы ts 1 — ts96. Индексы ts97 — ts 192, Индексы ts 193 —
ts288. Картридж с реагентами №1, Картридж с реагентами №2, Картридж с
реагентами №3 предназначены для одноразового использования.
11.3.4 PR2 буфер. Проточная ячейка, НТ1 буфер предназначены для одноразового
использования и должны быть извлечены из холодильника непоередственно перед
использованием.
11.3.5 Картридж е реагентами (из комплекта реагентов для секвенирования) должен быть
использован не позднее, чем через 6 часов после размораживания; до
использования необходимо хранить при температуре от 2 °С до 8 °С.
11.3.6 Фермент-ТАТ (30), Фермент-ТАТ (100), Реагент L1, Реагент L2, Фермент-LIG
предназначены для одноразового использования и должны быть извлечены из
морозильной камеры непосредственно перед использованием.
11.3.7 Наборы с истекшим сроком годности применению не подлежат.
12.1
12.2
12.3
12 УКАЗАНИЯ ПО УТИЛИЗАЦИИ
Наборы, пришедшие в непригодность, в том числе, в связи с истечением ерока
годности и неиспользованные реактивы, относятся к классу Б и подлежат
утилизации в соответствии с требованиями СанПиН 2.1.7.2790 и МУ 1.3.2569.
При использовании набора в клинико-диагностической лаборатории образуются
отходы классов А и Б, которые классифицируются и утилизируются в соответствии с
требованиями СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к
обращению е медицинскими отходами».
Жидкие компоненты, входящие в состав набора реагентов и пришедшие в
непригодность, перед сливом в канализацию должны быть предварительно
разбавлены водой 1:100. Упаковка набора реагентов (коробки, грипперы) после
использования по назначению, отноеится к отходам класса А и утилизируется с
бытовыми отходами.
--- стр. 50 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 50
HLA-Эксперт Листов 62
13 ГАРАНТИИ ИЗГОТОВИТЕЛЯ
12Л Предприятие-изготовитель гарантирует соответствие набора реагентов требованиям
технических условий при соблюдении условий транспортирования, хранения и
эксплуатации, установленных техническими условиями.
12.2 Срок годности набора реагентов и контрольных образцов к набору - 12 месяцев при
соблюдении всех условий транспортирования, хранения и эксплуатации.
14 РЕМОНТ И ТЕХНИЧЕСКОЕ ОБСЛУЖИВАНИЕ
Набор реагентов предназначен для одноразового использования и не подлежит
техническому обслуживанию и текущему ремонту.
15 СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ПРИ МАРКИРОВКЕ НАБОРА
IVD Медицинское изделие для
диагностики in vitro
Дата изготовления
i Температурный диапазон ЕЙ Обратитесь к инструкции по
применению
V Количество тестов |Ref| Каталожный номер
2 Г оден до nJ Адрес изготовителя
IlotI Серия набора Одноразовое использование
Д Не стерильно Не допускается воздействие
солнечного света
Репродуктивная токсичность Осторожно!
Содержит раздражающие компоненты
--- стр. 51 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 51
Н LA-Эксперт Листов 62
16 ПЕРЕЧЕНЬ ПРИМЕНЯЕМЫХ НАЦИОНАЛЬНЫХ СТАНДАРТОВ
ГОСТ 2.105-95 Общие требования к текстовым документам.
ГОСТ ISO 14971-2011 Изделия медицинские. Применение менеджмента риска к медицинским
изделиям.
ГОСТ Р 15.309-98 Система разработки и постановки продукции на производство. Испытания и
приёмка выпускаемой продукции. Основные положения.
ГОСТ Р 51088-2013 Медицинские изделия для диагностики инвитро. Реагенты, наборы
реагентов, тест-системы, контрольные материалы, питательные среды. Требованр1я к изделиям и
поддерживающей документации.
ГОСТ Р 51352-2013 Медицинские изделия для диагностики ин витро. Методы испытаний.
ГОСТ Р 53022.3-2008 Требования к качеству клинических лабораторных исследований, Ч.З.
Правила оценки клинической информативности лабораторных тестов.
ГОСТ Р ИСО 18113-1-2015 Медицинские изделия для диагностики in vitro. Информация,
предоставляемая изготовителем (маркировка). Часть 1. Термины, определения и общие
требования.
ГОСТ Р ИСО 18113-2-2015 Медицинские изделия для диагностики in vitro. Информация,
предоставляемая изготовителем (маркировка). Часть 2. Реагенты для диагностики in vitro для
профессионального применения.
ГОСТ Р ИСО 23640-2015 Медицинские изделия для диагностики in vitro. Оценка стабильности
реагентов для диагностики in vitro.
ГОСТ Р ИСО 15223-1-2014 Изделия медицинские. Символы, применяемые при маркировании на
медицинских изделиях, этикетках и в сопроводительной док)^ентации. 4.1. Основные
требования.
ГОСТ Р 52905-2007 (ИСО 15190:2003) Лаборатории медицинские. Требования безопасности.
Примечания
1 Указанные выше стандарты были действующими на момент утверждения инструкции по применению. В
дальнейшем, при пользовании документом, целесообразно проверить действие ссылочных нормативных
документов на текущий момент. Если ссылочный документ заменён или изменён, то при применении
настоящего документа следует пользоваться заменённым (изменённым документом).
2 Перечень стандартов, относящихся к программному обеспечению, приведён в руководстве пользователя.
--- стр. 52 ---
^^ЛНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению
Н LA-Эксперт
Лист 52
Листов 62
17 АДРЕС ДЛЯ ОБРАЩЕНИЯ
Производство наборов реагентов имеет еертифицированную еистему менеджмента
качеетва и еоответетвует требованиям стандарта систем менеджмента качества ISO 9001 в
области разработки, производства и продажи IVD реагентов и приборов для медицинской
молекулярно-генетической диагностики, и другого лабораторного применения и EN ISO
13485 в области разработки, производства и продажи IVD реагентов и приборов для
медицинской молекулярно-генетической диагностики.
Производитель: Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-Технология ТС»
ООО «ДНК-Технология ТС», Россия.
Адрес производителя: ООО «ДНК-Технология ТС», Роесия, 117246, г. Москва,
Научный проезд, д. 20, стр. 4.
Место производства: ООО «ДНК-Технология ТС», Россия, 117246, г. Москва,
Научный проезд, д. 20, стр.4.
Рекламации по вопросам качества набора реагентов HLA-Эксперт, следует
направлять по адресу: ООО «ДНК-Технология», 117587, г. Москва, Варшавское шосее,
д. 125 ж, К.6, этаж 5, ком. 14, тел./факс +7 (495) 640-17-71, www.dna-technologv.ru
Служба клиентской под держки:
8(800) 200-75-15 (звонок по России бесплатный),
+7(495) 640-16-93 (для стран СНГ и зарубежья, звонок платный).
E-mail: hotline@dna-technologv.ru
Научный сотрудник
ООО «НПФ ДНК-Технология»,
к.м.н.
СОГЛАСОВАНО
Директор ФГБУН КНИИГиПК
ФМБА России
Т.Э. Янкевич
« tP f» 2019 г.
И.В. Парамонов
« -//» 2019 г.
--- стр. 57 ---
,^ ДИК-ТЕХН 0Л0г1У Инструкция по применени!^^ Лист 57
Н LA-Эксперт Листов 62
Пример расположения реагентов на рабочем столе дозирующего устройства ДТстрим
на этапах очисток и амплификации библиотек фрагментов ДНК
1
А
оооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооо
2
О о о оо о о оо о о оо о о оо о о оо о о о
о о о оо о о оо о о оо о о оо о о оо о о о
3
о о о оо о о оо о о оо о о оо о о оо о о о
о о о оо о о оо о о оо о о оо о о оо о о о
4
Рис. 3
--- стр. 58 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГМЯ Инструкция по применению
HLA-Эксперт
Лист 58
Листов 62
Приложение 4
I.
ПРОВЕДЕНИЕ СЕКВЕНИРОВАНИЯ
Подготовка к проведению секвенирования: денатурирование и разбавление
библиотек
Проведение ееквенирования и подготовка к секвенированию проводится в
соответствии с Инструкцией к прибору MiSeq (Illumina, USA, РУ №РЗН 2014/1568 от
29.04.2014).
Данное приложение составлено на основе «Руководства по денатурированию и
разбавлению библиотек для системы MiSeq (документ № 15039740)», адаптировано к набору
реагентов НЕА-Эксперт.
Расположение Внешний вид Маркировка
компонента (англ)
Наименование в
инструкции
Комментарий
Коробка для
хранения при минус
18 °С - минус 22 °С
(минус 15 °С -
минус 25 °С)
Резервуар,
заполненный
реактивами
- MiSeq v2 Reagent
Tray
или
- MiSeq v3 Reagent
Tray
Картридж с
реагентами
Осторожно!
Содержит опасные
компоненты
(формамид).
См.раздел 4
Пробирка с
жидкостью
-H T l
- Hyb Buffer
- 4,5 ml
НТ1 буфер
Коробка для
хранения при 2 °С -
8°С
Флакон (бутыль) с
жидкостью
-PR2
- Incorporation
Buffer
- 500 ml
PR2 буфер Осторожно!
Содержит
раздражающие
компоненты
Ёмкость с
проточной ячейкой
в буфере
- PE MiSeq
FlowCell
Проточная ячейка
Для разведения и денатурирования библиотек требуются следующие реагенты и расходные
материалы:
• НТ1 буфер из комплекта реагентов для проведения секвенирования;
• 1,0 М раствор NaOH (для молекулярно-биологических исследований).
• Деионизированная вода (для молекулярно-биологических исследований).
• Реагент РЫХ Control производства Illumina, USA (Кат. номер FC-110-3001)
• Одноразовые пробирки вместимостью 1,5 мл.
--- стр. 59 ---
^ ^ ЛНК-ТЕХНОЛОГИЯ Инструкция по применению Лист 59
НГА’Эксперт Листов 62
1. Подготовка реагентов для денатурирования и разведения библиотек
1.1 Приготовить свежий раствор 0,2 М NaOH.
Для этого смешайте в отдельной пробирке 1,5 мл:
- 400 мкл деионизированной воды;
- 100 мкл 1 М NaOH.
Встряхнуть пробирку с 0,2 М NaOH в течение 3-5 с и центрифугировать в течение 1-
3 с на микроцентрифуге-вортексе
1.2 Подготовить НТ1 буфер:
Разморозьте при комнатной температуре НТ1 буфер из Комплекта реагентов для
секвенирования.
2. Приготовление библиотеки с концентрацией 4 нМ
2.1 Готовые библиотеки (п.8.6) смешайте эквимолярно. Повторите измерение
концентрации полученного пула библиотек или рассчитайте его концентрацию.
2.2 Рассчитайте кратность разведения полученной библиотеки.
Y=X/4
Где:
Y - кратность разведения библиотеки (п.2.1)
X - концентрация библиотеки (п.2.1).
2.3 Развести библиотеку до концентрации 4 нМ
Для этого смешайте в отдельной пробирке объёмом 1,5 мл:
- 10 мкл библиотеки,
- (10*Y) -10 мкл деионизованной воды.
Где Y - кратность разведения для данной библиотеки.
2.4 Встряхнуть пробирку с библиотекой 4 нМ в течение 3-5 с и центрифугировать в
течение 1-3 с на микроцентрифуге-вортексе
3. Денатурирование библиотеки 4 нМ
3.1 Смешайте в отдельной пробирке 1,5 мл библиотеки:
- 5 мкл Библиотеки 4 нМ;
- 5 мкл 0,2 М NaOH
3.2 Встряхнуть пробирку в течение 3-5 с и центрифугировать в течение 1-3 с на
микроцентрифуге-вортексе.
3.3 Инкубировать пробирку 5 мин при комнатной температуре
3.4 Развести библиотеку до 20 рМ:
--- стр. 64 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Организация-производитель
СОГЛАСОВАНО
ГйЙ^ШХЬНЫЙД] <?^ор
ГИЯ тс»
. Самарин
2019 г.
Организация-разработчик
УТВЕРЖДАЮ
|Ный директор
1Технология»
^П. Левичев
2019 г.
Руководство пользователя
Программное обеспечение «HLA-ЭКСПЕРТ»
Набор реагентов для подготовки библиотек фрагментов ДНК генов HLAI и II
классов для генотипирования высокопроизводительным секвенированием (NGS)
HLA-Эксперт
Версия 2.0 от 29.08.2019
--- стр. 65 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГМЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 2
Листов 52
СОДЕРЖАНИЕ
.......................41 Назначение программы..........................................................................................................
41.1 Функции HLA-Экеперт........................................................................................................................
41.2 Информационная безопаеность....................................................................................................................
....................52 Условия выполнения программы............................................................................................
2.1 Аппаратное обеспечение.................................................................................................................................^
2.2 Программное обеспечение..............................................................................................................................^
..........62.3 Уровень подготовки пользователя............................................................................................
73 Установка и обновление программы........................................................................................................
3.1 Установка HLA-Эксперт (ОС Windows)......................................................................................................^
3.2 Установка HLA-Эксперт (ОС семейства Unix, Мае OS).....................................................................
3.3 Обновление HLA-Эксперт...........................................................................................................................
3.3.1 Обновление программного обеспечения HLA-Эксперт.....................................................................Ю
3.3.2 Обновление базы данных IPD-1MGT/HLA.............................................................................................И
123.4 Настройка параметров HLA-Эксперт.......................................................................................................
133.4.1 Настройка темы HLA-Эксперт................................................................................................................
144 Выполнение программы..............................................................................................................................
144.1 Запуск программы........................................................................................................................................
4.2 Загрузка файлов образцов в HLA-Эксперт..............................................................................................
4.2.1 Статусы обработки файлов образцов......................................................................................................1^
4.2.2 Переход к просмотру результатов обработки файла образцов ........................................................17
184.2.3 Поиск файла образца.................................................................................................................................
1 Я4.2.4 Настройка отображения перечня файлов образцов............................................................................
204.2.5 Добавление файла образца в перечень.................................................................................................
214.2.6 Обновление перечня файлов образцов.................................................................................................
914.2.7 Настройка фильтрации файлов образцов.............................................................................................
9 94.2.8 Контроль качества файлов образцов.............................................................................................
^ 994.2.9 Анализ качества данных файлов FASTQ..............................................................................................
4.2.10 Распаковка gz-архивов файлов данных..............................................................................................
954.3 Проведение обработки файлов образцов...............................................................................................
4.3.1 Запуск обработки одного файла образца..............................................................................................
4.3.2 Запуск обработки нескольких файлов образцов.................................................................................26
--- стр. 66 ---
Л^ДНК-ТЕХНОЛОГНЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 3
Листов 52
/Г 9.64.3.3 Запуск обработки всех загруженных файлов образцов.....................................................................
264.3.4 Проведение обработки файла образца...................................................................................................
284.3.5 Остановка обработки файла образца.....................................................................................................
294 3 6 Повторный запуск обработки файла образца.......................................................................................
.................304 4 Работа с результатами типирования...............................................................................
..........................304.4.1 Просмотр результатов................................................................................................
4.4.1.1 Просмотр вариантов неоднозначности цис-транс положений......................................................31
314.4.1.2 Просмотр списка аллелей для гена..........................................................................................
........................324.4.2 Просмотр формы статистики .....................................................................................
.......................424.4.3 Обновление результатов................................................................................................
4.4.4 Редактирование атрибутов файла образца...........................................................................................
...................434.4.5 Печать результатов...........................................................................................................
434.5 Операции с файлами результатов ................................................................................................
4.5.1 Экспорт результатов типирования в файл формата *.csv..................................................................44
454.5.2 Печать результатов типирования...........................................................................................................
...464.5.3 Параметры экспорта..........................................................................................................................
4.6 Завершение работы с HLA-Эксперт...........................................................................................................47
474.7 Удаление HLA-Эксперт................................................................................................................................
484.8 Техническая поддержка................................................................................................................................
- 4 84.8.1 Отправка сообщения в Службу клиентской поддержки...................................................................
4.8.2 Контактные данные Службы клиентской поддержки .......................................................................
5 Адрес для обращения.....................................................................................................................................
Приложение А .......................................................................................................................................................
Перечень сокращении.......................................................................................................................................... 52
--- стр. 67 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 4
Листов 52
1 НАЗНАЧЕНИЕ ПРОГРАММЫ
Программное обеспечение HLA-Эксперт предназначено для получения результатов
типирования генов HLA I (HLA-A, HLA-B, HLA-C) и II (HLA-DRB1, HLA-DPBI, HLA-DQB1,
HLA-DRB3/4/5) классов, полученных методом высокопроизводительного секвенирования на
платформе Illumina с использованием набора реагентов для подготовки библиотек фрагментов
ДНК генов HLA I и II классов для генотипирования высокопроизводительным
секвенированием (NGS) HLA-Эксперт.
Перечень национальных стандартов, применяемых к HLA-Эксперт, представлен
в приложении А данного руководства.
1Л Функции HLA-Эксперт
Программное обеспечение HLA-Эксперт обеспечивает выполнение следующих функций;
- выбор файлов данных в формате *.fastq для обработки;
- настройка отображения параметров файлов для обработки;
- запуск обработки файлов;
- просмотр результатов типирования;
- печать результатов типирования;
- экспорт результатов типирования.
1.2 Информационная безопасность
В HLA-Эксперт не осуществляется хранение и обработка персональных данных, таким
образом к данной программе не применимы нормы и требования по защите персональных данных.
В HLA-Эксперт не предусмотрены встроенные средства защиты от
несанкционированного доступа (НД) и от копирования. Защита от НД осуществляется
стандартными средствами операционной системы (ОС), а именно настройкой прав пользователей
на дост)Л1 к программному обеспечению.
--- стр. 68 ---
,^^ЛНК-ТВСНОЛОГМЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 5
Листов 52
2 УСЛОВИЯ ВЫПОЛНЕНИЯ ПРОГРАММЫ
Корректное функционирование HLA-Эксперт возможно при соблюдении минимальных
требований к аппаратному и общесистемному программному обеспечению персонального
компьютера.
Рекомендуется обеспечить подключение персонального компьютера пользователя к сети
Интернет. Наличие подключения позволит пользователю обновлять базу данных IPD-IMGT/HLA
и отправлять сообщения в Службу клиентской поддержки. Данный функционал расширяет
возможности программы, но не является основным, таким образом наличие сети Интернет -
целесообразное, но не обязательное условие корректного функционирования программы.
2Л Аппаратное обеспечение
Минимальные требования к аппаратному обеспечению приведены в таблице 1.
Наименование
Количество и тип процессоров
Требование
8-ядерный процессор или 4-ядерный с гиперпоточностью
Объем оперативной памяти 8 ГБ
Дисковая подсистема Жесткий диск с интерфейсом IDE или SATA и емкостью
100 ГБ
Сетевой контроллер Fast Ethernet (100 Мбит/с)
Графический контроллер Работа с разрешением 1280x960,
объем памяти 8 ГБ
Видеомонитор ЖК-монитор с рабочим разрешением не менее 1280x960
USB-разъем Требуется наличие свободного порта в компьютере,
соответствующего стандарту USB 2.0 High-speed
Клавиатура Требуется наличие русифицированной клавиатуры,
совместимой с ПК пользователя
«Мышь» Требуется наличие двухкнопочной «мыши»
2.2 Программное обеспечение
Минимальные требования к программным средствам (ПС), обеспечивающим выполнение
HLA-Эксперт, представлены в таблице 2.
--- стр. 70 ---
.^ ЛНК-ТЕХИОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 7
Листов 52
3 УСТАНОВКА И ОБНОВЛЕНИЕ ПРОГРАММЫ
ЗЛ Установка HLA-Эксперт (ОС Windows)
Для установки HLA-Эксперт в операционной среде Windows выполните нижеописанные
действия.
Шаг 1. Запустите установочный файл программного обеспечения HLA-Эксперт 2.0 для
Windows.
Примечание. Установочный файл поставляется на USB-флэш-накопителе, также может
быть получен по сети Интернет.
На экране отобразится окно с выбором языка, на котором будет выполняться установка
программы (рисунок 1).
Sebct Setup Languace ^
Selec.thslanauaastoLisedjriratie
IT** instalbtion;
Pycooif
OK Cancel
Рисунок 1 - Выбор языка, используемого при установке программы
С помощью раскрывающегося списка выберите вариант Русский / English и нажмите
кнопку [ОК].
Шаг 2. На экране отобразится окно с выбором каталога для установки HLA-Эксперт. По
умолчанию указывается папка «HLAExpert» в каталоге «DNA-Technology» диска С.\ (рисунок 2).
Установка — HLA-Эксперт, версия 2.0
Выбор 1ИП1Ш уста поа т
В какую папку вы хотите уаановить HLA-Экетерт?
Прогрвмиа установит HLA-Эксперт в следующую папку.
Нажмите «Далее*, чтобы продошкить. Еети вы хотите выбрать другую папку,
нажмите «^зор*.
С: V3NA-TedinologyHAExpert Обзор..
Требуется как минимум 422,0 Мб свободного дискового пространства.
Далее > Отмена
Рисунок 2 - Выбор каталога для установки HLA-Эксперт
Примечание. Для изменения каталога установки используйте кнопку [Обзор...].
--- стр. 71 ---
,^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя Лист 8
HLA-Эксперт Листов 52
Нажмите кнопку [Далее!. На экране отобразится окно с подтверждением создания нового
каталога. Нажмите кнопку [Да].
Шаг 3. Для создания ярлыка программы на Рабочем столе установите флаг выбора в
строке «Создать значок на Рабочем столе» (рисунок 3).
Нажмите кнопку [Далее].
У ста и о в и — H LA -Эксперт, версил 2.0
Выберите дополинтельные задачи
Какие дополнительные задачи необходжо выполнить?
X
Выберите дополнительные задачи, которые должны выполниться при
установке HLA-Эксперт, после этого нажните «Далее»;
Дополнительные значки:
0 р>иаппь.з^^
< Назад | | Далее > | | Отиена
Рисунок 3 - Создание ярлыка HLA-Эксперт на Рабочем столе пользователя
Шаг 4. Мастер установки сообщит о готовности начать установку программы HLA-
Эксперт (рисунок 4).
Проверьте выбранные ранее параметры (папка установки, папка в меню «Пуск», создание
ярлыка на Рабочем столе) и нажмите кнопку [Установить].
Установка — H LA -Эксперт, версия 2.0
Вое готово к установке
Програнма установки готова начать установку HLA-Эксперт на ваш
компьютер.
X
Нажмите «Установить», чтобы продолжить, или 4^азад», если вы хотите
просмотреть или измелпъ отняла устаювки.
Папка установки:
C:pNA-TechnologyHAExpert
Допотительные задачи:
Дополнительные значки:
Создать значок на Рабочем столе
V
<
< Назад 1 Г у с т а н о ^ ь I [ Отмена
Рисунок 4 - Проверка выбранных параметров установки
На экране отобразится процесс установки HLA-Эксперт (рисунок 5).
--- стр. 72 ---
Рисунок 5 - Процесс установки HLA-Эксперт на ПК пользователя
По завершении процесса установки в окне Мастера отобразится соответствующее
сообщение (рисунок 6).
•i» Устаиока — HLA-Эксперт, версия 2.0
HLA-Эксперт
Завершение Мастера установки
HLA-Эксперт
Програииа HLA-Эксперт установлена на ваш компьютер.
Приложение можно запустить с помощью
соответствующего значка.
Нажмите «Завершить», чтобы выйти из программы
установки.
Завершит^!
Рисунок 6 - Сообщение об успешной установке HLA-Эксперт
Шаг 5. Нажмите кнопку [Завершить] для выхода из Мастера установки.
В результате установки HLA-Эксперт на ПК пользователя;
1. На Рабочем столе появится ярлык для запуска программы.
2. В меню Пуск отобразится каталог «DNA-Technology», содержащий ярлык для запуска
программы HLA-Эксперт (рисунок 7).
Щ ДНК-Тет(нологня
Ё Э H LA -Э ксперт
Рисунок 7 — Каталог программы HLA-Эксперт в меню Пуск
--- стр. 74 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 11
Листов 52
4* Обновление HLA-Эксперт
О
Программные модули HLA-Эксперт версия 2.0 от 29.08.2019 (сборка 14)
получены с сервера и готовы к установке.
Для завершения процедуры приложение HLA-Эксперт будет закрыто,
Закрыть HLA-Эксперт сейчас и установить обновление?
(В случае отказа систему можно будет обновить позднее)
Рисунок 9 - Установка обновления HLA-Эксперт
Нажмите кнопку [Да]. Запустится процесс обновления программы, по завершении
которого на экране отобразится соответствующее сообщение (рисунок 10).
□
О
Информа 1дия э
Устамовлекы программные модули
HLA-Эксперт версия 2.0 от 29.08.2019 [сборка 14)
За1фыть
Рисунок 10 - Завершение установки обновлений
Нажмите кнопку [Закрыть], после чего HLA-Эксперт будет перезапущен автоматически.
3.3.2 Обновление базы данных 1PD-IMGT/HLA
Для обновления базы данных IPD-IMGT/HLA выберите пункт «Обновление данных
IMGT-HLA» меню «Сервис».
В случае наличия обновлений с сервера будет загружена последняя версия файлов данных
IMGT-HLA, после чего на экране отобразится окно с сообщением о продолжении процесса
установки обновления (рисунок И).
•
• □ X
Внимание! О
Доступно обновление
База данных IMGT/HLA 3.37.0 от 05.07.2019.
Уаановить его?
1 Нет
Рисунок 11 - Сообщение о наличии новой базы данных IMGT-HLA
--- стр. 75 ---
,’^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя Лист 12
HLA-Эксперт Листов 52
Далее программа обновит файлы данных MGT-HLA, после чего на экране отобразится
соответствующее сообщение (рисунок 12).
О
Инф орм ация
В системе установлено обновление
База данных IMGT/HLA 3.37.0 от 05.07.2019
□ X
О
Рисунок 12 — Успешное обновление файлов данных IMGT-HLA
3.4 Настройка параметров HLA-Эксперт
Для настройки параметров HLA-Эксперт выберите пункт «Параметры приложения» в
меню «Сервис».
На экране отобразится окно с параметрами HLA-Эксперт (рисунок 13).
В Параметры приложения
О бщ ие парам е’р ы п р и л ож ен и и
Приложение
Q Полиоэкраиный режим при запуске приложения
Обработка образцов
Код актуальной версии HLA Ыа_3_37_0_001
в Выбор отдельных файлов каталога для обработм^
Экспорт данных
Формат файла экспорта XLSX
Пут» для сохранения C:\DNA Technology\HLAExpert\lemp
файлов
Приложение для C:\Program FilesSMicroioft Office\rool\Office16\EXCELE;
Просмотра XLSX файлов
Рисунок 13 — Настройка параметров приложения
В качестве настройки HLA-Эксперт доступны для редактирования следующие параметры:
— полноэкранный режим при запуске приложения — при установленном флаге выбора
HLA-Эксперт после запуска будет отображаться во всю ширину Рабочего стола;
--- стр. 76 ---
,^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя Лист 13
HLA-Эксперт Листов 52
- код актуальной версии HLA - переключение между версиями БД IPD-IMGT/HLA (по
умолчанию выбрана последняя версия);
- возможность выбора отдельных файлов каталога для обработки - при установленном
флаге выбора пользователь сможет добавлять отдельные файлы для обработки, а не весь каталог
целиком;
- формат экспорта - выбор формата файла, создаваемого при выгрузке данных (*.xlsx или
*.csv);
- путь для сохранения файлов - каталог, в котором будут сохраняться файлы с данными;
- приложение для просмотра xlsx-файлов - сторонняя программа, предназначенная для
просмотра файлов указанного формата (например, Microsoft Excel).
После изменения параметров нажмите кнопку [Сохранить].
3.4.1 Настройка темы HLA-Эксперт
Программа HLA-Эксперт реализована в двух графических интерфейсах (темах).
Переключение между ними осуществляется нижеописанным способом.
Откройте пункт «Темы» в меню «Сервис» и выберите интересующую вас тему:
«Классическая» или «Светлая» (выбрана по умолчанию). Изменение интерфейса произойдет
автоматически без перезапуска программы.
--- стр. 77 ---
,''^ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя Лист 14
HLA-Эксперт Листов 52
4 ВЫПОЛНЕНИЕ ПРОГРАММЫ
4Л Запуск программы
Запуск программы HLA-Эксперт осуществляется одним из следующих способов:
1. В ОС Windows:
- С помощью ярлыка на Рабочем столе;
- с помощью пункта «HLA-Эксперт» в меню «Пуск» (путь по умолчанию Пуск -
DNA-Technology).
2. В ОС семейства Unix или Мае:
- запустив на выполнение файл HLAExpert.jar;
- с помощью командной строки: >[Путь к папке Java Runtime Environment]\bin\java -jar
HLAExpert.jar.
В результате загрузки на экране отобразится окно программы (рисунок 14).
HLA-Эадпврт 2.0
Работа с обра»аами CepMic
- □ X
еэ ® О
е
Выберите файлы обраэиов для обработки.
Так же JTO можно сделать мереэ главное меню
"Работе с образцами’
Рисунок 14 - Стартовое окно HLA-Эксперт
4.2 Загрузка файлов образцов в HLA-Эксперт
Получение результатов типирования осуществляется на основании файлов в формате
*.fastq, содержащих сведения об исследуемых образцах.
Файлы необходимо получить с компьютера, управляющего прибором. За получением
детальных инструкций о получении файлов в формате *.fastq, следует обратитьея к
эксплуатационной документации производителя, поставляемой е прибором.
--- стр. 80 ---
,>^ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 17
Листов 52
- «Новый» - файл только что загружен, обработка не выполнялась;
- «Обработан» - обработка файла успешно завершена;
- «Ожидание» — файл в очереди на обработку;
-«Ошибка» - возникла ошибка при обработке файла или обработка файла была
остановлена пользователем.
4.2.2 Переход к просмотру результатов обработки файла образцов
Ниже перечня загруженных файлов отображается экспресс-панель для быстрого перехода
к просмотру результатов последних просмотренных файлов (рисунок 18).
Q ||1игп1ПЭ_е^;зтр1е_20Г^.01_24 х
Ц Q, Поиск X V
N Идентифика... Инде... Файл образца
1 4AG161 S196 4AG161.S196_L001_Rl_001.fastq
2 4AG162 5197 4AG162_S197_L001_Rl_001.faslq
3 4AG163 5198 4AG163_S198_Ш01_R1.001.fastq
4 4AG164 5199 4AG164_S199_L001_R1.001.fastq
5 4AG165 5200 4AG165.S200_L001_R1.001.fastq
5201 |4AG166.5201.L001_R1_001.1astq [
SS5 cS e @ 1 О
К о н -ф о л ь О б р аб ст1с а
Н о в ы й ►
Новый ►
Новый ►
Новый ►
Новый ►
5202 4AG167_S202_L001.R1_001 .fastq
5203 4AG168_S203_L001,R1_001.fastq
5204 4AG169_S204_L001_R1_001.fastq
j| Г” >ЛС 1ЛЛ9 П4 ЛП4
Новый ►
Новый ►
Новый ►
Перейти к образцу
Рисунок 18 - Экспресс-панель для перехода к просмотру результатов обработки
Данная экспресс-панель содержит порядковые номера десяти недавно просмотренных
файлов образцов, при этом текущий открытый файл выделяется цветом.
Дополнительно в программе реализована возможность быстрого перехода к
определенному файлу - для этого введите порядковый номер нужного файла в поле «Перейти к
образцу» и нажмите клавишу <Enter>. Программа выделит указанный файл в перечне и отобразит
результат его обработки, если типирование уже было проведено (рисунок 19).
■ 7 4AG167 5202 4AG167_S202.U)01_R1.00l.fastq Новый ►
■ 8 4AG168 S203 4AG168_S203_L001.R1.001.fastq Новый ►
■ I 9|4AG169 S204 ]4AG169_S204_L001_R1_001,fastq I ►
■ 10 4AG170 5205 4AG170.5205_L001_R1_001.fastq ►
■ 11 4AG171 S206 4AG171.S206_L001.R1.001.fastq Човыи^ ►
Недавние Перейти к 9
Рисунок 19 - Пример перехода к образцу
--- стр. 81 ---
,< ^ д н к -т ш о л о г и я
Руководство пользователя Лист 18
HLA-Эксперт Листов 52
4.2.3 Поиск файла образца
Поиск файла образца осуществляется по частичному соответствию введенных данных
искомым параметрам.
Для поиска нужного файла образца введите искомый фрагмент названия объекта в
текстовое поле, расположенное над реестром файлов образцов, и нажмите клавишу <Enter>.
Строка с файлом образца, отвечающему параметру поиска, будет выделена (рисунок 20).
Q illurm na.e.«aiviple_20l9_01_2-i х
Q, 1S 5 V
- f r
3 4AG1 3
;фцка-. Инде... Файл образца
cil Й @ [>
Контроль Обработка
5196 4AG163_S198_L001_R1.001.fastq
5199 4AG164_5199_L001_R1_001.fastq
Новый
Новый
5j4A G 1« |520сГ |4А С 1 & 5 _ 5 г0 0 _ 1 0 0 1 -Д ^ -0 0 1 ^Ц |
J
6 4AG166
7 4AG167
5201 4AG166_S201_L001_R1.001.fastq
5202 4AG167_S202_L001_R1_001.faetq
Новый ►
Новый ►
Рисунок 20 - Пример выполнения поиска файла образца
4.2.4 Настройка отображения перечня файлов образцов
В HLA-Эксперт реализована возможность настройки сведений, которые отображаются в
перечне файлов образцов в столбцах «Идентификатор» и «Индексы» (рисунок 21).
iilumma_'SX3fnple.2019_01 х Н
в ш Поиск V t®3 i® g о
п Н Идентификатор Индексы Файл образца Контроль Обработка
■ 11 161 S196 4AG161_S196_U»1_R1_001.fastq 35305 ДО |T| 54 41 Обработан 0
■ 1 162 197 4AG162_S197_L001_R1.001.fastq Э00М Д5 58 47 Обработан 0 >
■ 2 163 198 4AG163_S198_L001.R1_001.fastq Новый ►
■ 3 164 199 4AG164_S199_l001_R1_001.fastq Новый ►
■ 4 165 200 4AG165J200_L001_R1.001.fastq Новый ►
■ 5 166 201 4AG166_S201_L001.R1_001.fastq новый ►
Рисунок 21 - Столбцы с настраиваемым содержимым
Сведения для данных столбцов берутся из имени файла образца и заполняются
автоматически, согласно заданным настройкам.
Го«Для настройки параметров отображения нажмите кнопку над реестром файлов. На
экране отобразится окно редактирования параметров просмотра (рисунок 22).
S
--- стр. 82 ---
,^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 19
Листов 52
( 3 Параметры каталога образцов
Параметры просмотра и печати
Обработка имени файла, позиф*и параметров
Идентификатор 1 исключить 4AG
Индекс! 2 исключить S
Индвкс2 О исключить
Параметры просмотра
Вариант печати результата Группа Р
Показывать размер и дату создания файла И
Разрешить выбор каталога результатов Н
Рисунок 22 - Окно редактирования параметров просмотра
Для настройки идентификатора образца укажите номер позиции в имени файла,
содержащей идентификатор образца. В поле «исключить» укажите данные, которые присутствуют
на указанной позиции, но не являются частью идентификатора (рисунок 23).
Пример. Предположим, есть файл образца с именем «4AG161_S196_L001_Rl_00b>, его
идентификатор — «161». Как видно из имени файла идентификатор расположен в самом начале, в
комбинации «4AG161». Символ «_» разделяет имя файла на условные позиции (также возможно
использование символа «-»). Комбинация «4AG161» - первая позиция. Таким образом, в поле
«Идентификатор» указываем значение «1», а так как «4AG» не является частью идентификатора, в
поле «исключить» указываем «4AG». После сохранения настроек в столбце «Идентификатор» для
данного файла образца будет указано «161».
Рисунок 23 - Настройка идентификатора
--- стр. 83 ---
ЛИК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 20
Листов 52
Столбец «Индексы» может включать до двух параметров, записанных через «/».
Настройка столбца осуществляется аналогично настройке идентификатора. Если для индекса
указать значение «0», данный индекс выводиться не будет (рисунок 24).
Р*6от| с обришии С«р*мс
а
^ C i n o i^ a c ^
N Ид»ит»*фк4катср Индексы ФаЯя обрит
ie i S196 4AG161.S196.L001.R1_001.<astq
1 162 197 4AG162_S197.L001.R1_001.f»rtq
U%,UX>1,R1_001.fJrtq
JoJ ^ (D О 0 *^’71.“06_ta0T _R 1.00l.tetq
Коктроя» Обреботы
з е т ев [7] м *i Обрлботах 0
г 163^
3 16
4 1 6 5 ^
5 166
6 167
7 168
б 169
9 170
10 171
Значение индекса по
результатам настройки iJJXdJIl.OOl.fartu
J_L00I.R1_001.fa«tq
4AG1M
4AG167_S202J.001,R1_001.f*tq
4AG168J 2(e.U»1jn_00Vfa«q
4AG169_S204JJ)01.R1.001.tetq
4AG170_S205.L001_R1.001.fastq
4AG17tJ206J^01_R1.001.f*jt4
Номер позиции
с индексом J -
Инлкс1 Ж К Л Ю Ч И Т Ъ
И ндеш 2 о исхлю ч1пъ
Пвраииры просмодм
Вариаит печати результата Группа G
Показывать размер и дату создания файла Ш
Разрешить выбор итааота результатов ■
• • • О
Перейти к образцу
Е:МЖ\Шм1|а.
: ноамй
бесслг<
К*т«ло-- Е:\В
Рисунок 24 - Настройка индексов
Вариант печати результата позволяет выбрать вид отчета с полученными результатами
по списку образцов, используемый по умолчанию.
Показывать размер и дату создания файла добавляет в колонке имени файла
информацию о его размере и дате создания файла.
Разрешить выбор каталога результатов позволяет выбирать каталог для хранения
результатов расчета. Если данная настройка не установлена (по умолчанию), данные результатов
расчетов хранятся в каталоге исходных файлов образцов - *.fastq.
4.2.5 Добавление файла образца в перечень
Для добавления файла образца в сформированный перечень нажмите кнопку
расположенную над реестром файлов (рисунок 25).
--- стр. 84 ---
.^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 21
Листов 52
1 Q tesljastq X Ц
т О . Поиск X V g ^ |= ] О
D N Ид>1^.. Инде... Файл образца Контроль
,---------g _ . .. д ■ -------------— ^
Обрабска
0 □
---------
145
— 1
’ 1
145.S1_U»1.R1.0_^ .. 8M I»li»l|F||«4||80l Обработан 0 1
■ 2 146 2 146.S2.L001_R1_0... (MOTS 1 »4 II F II B3 II те 1Обработан 0
■ 3 150 6 150_S6.L001_R1.0.. Д 321B7 ГйПГЯГёЛ М Обработан 0
Рисунок 25 — Кнопка для добавления файла образца
На экране отобразится стандартное окно ОС для поиска и выбора файлов. Укажите
нужный файл образца и нажмите кнопку (Открыть]. Выбранный файл отобразится в общем
перечне.
4.2.6 Обновление перечня файлов образцов
Для обновления перечня файлов образцов нажмите кнопку iO расположенную над
реестром файлов (см. рисунок 25). После чего данные в перечне будут обновлены.
4.2.7 Настройка фильтрации файлов образцов
В HLA-Эксперт реализована возможность фильтрации загруженных файлов образцов.
Для настройки фильтра нажмите кнопку V над реестром файлов образцов (рисунок 26).
Q testjastq X
Щ Q поиск ® cgb « 1 ] с>
, N Идентифика... Инде... Контроль Обработка
I ф ф 5 [ l |l^S -S 1 --[ Ж О бработан ® [~]|
2 146 S2__. «41» И Ш И И Обработан ©
6 150_S6__ А 32И7 « Обработан®
2 146
3 150
4 191 47 191.S47... Д « 'И И И И О Г ] Обработан ® ►
5 192 48 192.S48- ® ««и И Е Н Ж И Ж ! Обработан ®
Рисунок 26 - Кнопка для настройки параметров фильтрации
На экране отобразится окно с параметрами фильтрации (рисунок 27).
--- стр. 85 ---
^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 22
Листов 52
и
Параметры фильтра
Условия на сообщения по результатам об^работеи
I Образцы с предалреждениями об ошибках
Щ Образцы с предупреждениями по результатам
■ Образцы с предупреждением о новом аллеле
Контроль камества и состояние
Статус о6рэ6от1си Обработан
Качество данных FASTQ-файда Хорошее
Число РИДОВ (мемее) 78444
Процент объединения R1.R2 (менее)
Процент клатеризации (менее)
Процент типированных (менее)
Дополнительные условия
В Образцы из слис 1са групп (задать в окне ниже через:)
В*15Ю1Ю1С:С*07Л4Ю1С
0.00
0.00
0.00
Установить 4-ильтр Отменить фильтр
Рисунок 27 - Параметры фильтрации файлов образцов
Установите параметры фильтрации, используя предоставленные настройки.
Нажмите кнопку [Установить фильтр]. В реестре файлов образцов отобразятся только те
записи, что полностью соответствуют заданным параметрам (рисунок 28).
1 Q testjastq X
Ш Ш Q. П о и ск X 1 (V 5 ) @ в Э с>
в N И д ен ти ф и1с з...И н д е... Ф зй л образц аК о н тр о л ь О б раб отка_ _ — ^ ,, --------—1 ' ....— - 1 '
0 sjiso б |l5 0 _ S 6 _ L 0 0 1 _ R 1 _ 0 0 1 .faS q |1^[ 3 2 1 Ч Г ГкТЯаЛ « [ О бм ботан 0 |
Рисунок 28 - Пример настройки фильтрации
Чтобы снять параметры фильтрации, нажмите кнопку W . На экране отобразится окно с
параметрами фильтрации файлов образцов, нажмите кнопку [Отменить фильтр]. В перечне
файлов вновь отобразятся все загруженные файлы образцов без ограничений.
4.2.8 Контроль качества файлов образцов
При обработке образца файла осуществляется контроль качества данного файла.
Критериями качества выступают:
- количество рядов в образце;
- процент объединения R1 и R2;
- качество данных FASTQ файла;
--- стр. 86 ---
^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя 1 Лист 23
HLA-Эксперт Листов 52
- процент кластеризованных ридов;
- процент РИДОВ, использованных в результатах типирования.
Данные о качестве отображаются непосредственно в строке с записью о файле в столбце
«Контроль». При наведении курсора на значение параметра на экране отобразится всплывающая
подсказка с детальной информацией по результатам контроля (рисунок 29).
в N Идентиф... Инде... Файл обрзз... . _____^___________________^
■вПГТ’« Fn^VI.LOoJ d I А---1---1-------1----J--------» ^......
Q 2 146
В 3 ISO
в 4 191
В S 192
146 S2_L00... в« 7 в ri« 1
■ Объединено ридов ; 79773 <95Лб%)
150_S6_LX... Д [Ё ] Качество данных FASTQ файла: Хорошее
Клапериэовано ридов: 78541 (94,18%J
47 191 S47 Ш... Д ® Иотольювано для типирования; 6WS5 Рй32%
48 192J48J.C,. * I ^ II Д 2 ) | Т О I О боаботзч 0 ►
Рисунок 29 - Просмотр результатов контроля качества
Параметр «Качество данных FASTQ файла» определяет средневзвешенное качество
чтения позиций в ридах FASTQ файла и может принимать значение: Хорошее, Среднее или
Плохое (подробнее см. п. 4.2.9).
4.2.9 Анализ качества данных файлов FASTQ
Для выполнения анализа вызовите контекстное меню для нужного файла образца
(выделите запись о файле и нажмите правую кнопку мыши) и выберите нужный тип
анализа (рисунок 30).
В программе реализованы следующие виды анализа файла FASTQ.
- анализ качества объединенного FASTQ файла (R1+R2),
- анализ качества FASTQ файла (R1);
- анализ качества FASTQ файла (R2).
И Щ Q Поиск X V ® g в Э О в
145.
о N Идент^ф... Инде. Файл Образ... Контроль Обработка Ген
:_____________— ■— •>- -----------------------------------------------------к
D l|l4S 1
Q> Обработать вся отмеченные файлы
В 2 146 2 146_S2_L0^ Анализ качеава объединенного Fastq файла (R1+R2) г
в 3 150 б 150^6_LO Анализ качества Fastq файла (R1)
в 4 191 47 191_547_L ^ Анализ качеава Fastq файла (R2)
в 5 192 48 192_S48_LД Обновить список образцов 1
Рисунок 30 - Переход к анализу качества FASTQ файла
Данные с результатами анализа отобразятся на новой вкладке (рисунок 31).
--- стр. 87 ---
Л днк-ТЕХИОЛОГМЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 24
Листов 52
Работа с образцами Сервис
о 0
L y O IjR I XQ testjastc X I
fc\DHK\HLA.4\ttrt_fBrtq\145_S1_LP01_R1.001.fc*lq
качество данных FASTU кайла Статлстхка овьединениа - перекрытие Статистика овьединения •* эшиОок
Качество данных объединениого FASTQ файла
40
«-аГ
30
о 25 «
§20
“ 15
10
тПэ>И1»«Я ■ р»ЧИв166
Средмввэкшенное «чктво = 37.15 (версч 1тиссть ошибки 193е04)
Количество риАОв - 79773 i
Пэоценп*/ь качести 9С% = 38 (уровень вероятности омибки 1,5ве-С4) j
Плли«.идь КЛЯ.1ЯО Тте = 38 ()|*»ьв» Bepo«inw.tH уынбяи 1,:ве-С4)
Пх)Цвтеь качества 255t = 37 (уровень вероятности оиибви2,СОе-С4) {
Пэоцентм/ьквчестмКЯЬ» 37 (ypoBeitb вероятности оцм6яи2.«1с-С4) !
20 40 W 80 100 120 Ш 160 160 100 220 240 260 280 300 320 340 360 S80 406
Позиция
Рисунок 31 - просмотр анализа качества FASTQ файла
На диаграмме представлены средневзвешенные значения показателей качества чтения (Q)
символов в Ридах. Данные берутся из FASTQ файла. Уровнем значений хорошего качества
считается Q>=28, среднего - 28>Q>20, плохого - Q<20.
Значение Q представлено по оси Y, по оси X — позиции символов в ридах.
Графические элементы диаграммы:
- синяя кривая - средневзвешенное значение Q;
- желтый прямоугольник — значение процентиля Q от 25% до 75%;
- черный отрезок - значение процентиля Q от 10% до 90%
- красная метка - среднее значение Q.
4.2Л0 Распаковка gz-архивов файлов данных
Чтобы извлечь fastq-файлы из архива формата *.gz, выберите пункт «Распаковка gz-
архивов» в меню «Сервис».
На экране отобразится окно с полями для выбора *.gz файла, а также каталога, в котором
будут сохранены разархивированные файлы *.fastq (рисунок 32).
и
Распаковка g z -архивов ф айлов данны х
Пути кданным
Выбор gz-apxHBog
Каталог назначения
Рисунок 32 - Окно выбора исходного каталога и каталога назначения
--- стр. 101 ---
,»^ДНК-ТЕХНОЛОГНЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 38
Листов 52
Информация на вкладке состоит из двух таблиц - «Статистика учета ридов по
образцу» (таблица 5) и «Статистика использования ридов» (таблица 6).
Таблица 5 - Описание данных, представленных в таблице «Статистика учета ридов по образцу»
Колонка таблицы Описание
Наименование показателя
Кол-во Количество ридов
% Процентное соотношение показателя от общего количества ридов в
образце
Таблицаб - Описание данных, представленных в таблице «Статистика использования ридов»
Колонка таблицы Описание
Г ен-экзон Выведено имя гена и номер экзона
Кластеризовано Количество кластеризованных на этот ген-экзон ридов
Отобрано Количество ридов по данному ген-экзону, отобранных для
дальнейшего использования по критериям качества
Точно совпало Количество ридов, точно совпавших с каким-либо экзоном.
Выравнивается Количество ридов, которые выравниваются на какой-либо экзон
Учитывается <Точно совпало> + <Выравнивается>
% Отношение = <Учитывается>*100/<Кластеризовано>
Вкладка «Группы ридов»
На вкладке «Группы ридов» представлена таблица (рисунок 55), в которой приведены
данные выравнивания ридов.
--- стр. 102 ---
Г^ДНК-ТЕХНОЛОГМЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
HLA-Эксперт 2Х>
в !§ !
Q Е<ШОЯ5 f аОТЭЯЛ-ЕЕ-ШЮ! X £ t
e\HGS.DATA^lRORS\r*fult»\201*-07-22-1K101\lCKV1_4_S4_U>01.Jn-0ei
j Сервис
(1)
Группы по средним иоелвдовотельностям
О SB S i l Q
Кол-во 1
-1
< =.
i
; i
СрОшибка 1 Средняя после-. |
группы
ГенЭк»
йридое
P i 0® \ш о сА-2 » Без других генов ^
1 Кодгруппы
\ * " * * * i вы ранм ш пеГемЭкэон
группы 1
Алмль ________ 1
Длина^
............1
Кол-во
mm..
М А*02Л1Л16 8S6|A-2|56634 1332 696 642 8.88 GCTCTCACTCC... l 5 ± _
А*02Ю1Л16 ■5«IA-2|S««34
А-2 А*03:01411в 834|А-2156967 282 143 149 8.93 встсадстсс... : а-2 А*03Я1Л1О 834|A-2|SCM7
847|А-2|9513б 24 11 13 3.33 6СТСССАСТСС... А-2 A*02r01A1G 8S6
А>2 861|А'2)114Ш 11 б 5 1.69 баСТСАСТСС... а-2 А*02:01Л1в 856
А-2 890 8 4 4 8.62 6СТСТСАСТСС... А-2 А*02:01:01в 856
87б|А-2|11Э804 5 2 3 1.88 еСТСТСАСТСС... А-2 A*02:01A1G 856
А-2 8&в 3 3 1,00 еасссАС тсс... А-2 A*02:01:01G •56|A-2|117S27 278
925 3 1 2 1.67 бСТСТСАСТСС... А-2 А*02:01Л1в 856
А-2 A*02r01:01G 856 278
А-2 A*02«1^1G •56|A-2|114830 278
А-2 А*02:в1Ю1в •5S|A.2|70140 270
А-2 847|A-2|«:3& 270
А-2 A-02«1:01G 85«|A-2|75428 270
А-2 А*02:01Я1О 856 278
А-2 A*02:01:016 Кв!А-2{111221 278
А-2 A*02«1:01G 856 278
А-2 A*02:01:016 •56|А-2|88884 270
S О й Q
' Последреательность >
-.1 -
273 GCTCTCACTCCATQAG...
i1 баСССАСТССАТВАб...
S бСТСТСЛаССАТбАб...
3 eCTCTCACaCATfiAG...
2 GCTCTCAaCCATGAfi...
« GCTCTCACTCCAT6A6...
S GCTCTCACTCCATGA6..,
1 естстсАСТссАТбАа...
4 eaCTCACTCCATSAS..
2 6CTCTCACTCCATGA6..
t GCTCTCACTCCATCAG..
3 6CTCCCACTCCATCA6..
2 GCTCTCACTCCATGAG..
4 6CTCTCACTCCATGA6..
4 GCTCTCACTCCATGAG..
4 GaCTCACTCCATGAG..
1 GCCCTCACTCCAT6A6..
Рисунок 55 - Просмотр вкладки «Группы ридов»
Информация на вкладке состоит из двух таблиц - «Группы по средним
последовательностям» (таблица 7) и «Группы по совпадению последовательностей
ридов» (таблица 8).
Таблица 7-Описание
последовательностям»
данных, представленных в таблице «Группы по средним
Колонка таблицы Описание
Г ен-экзон Выведено имя гена и номер экзона
Аллель Выводится значение аллеля, в случае если группа участвует в
типировании.
Код группы Идентификатор группы | Г ен-экзон ] Идентификатор
последовательности ген-экзона.
=> Кол-во прямых ридов в группе
<= Кол-во обратных ридов в грзшпе
СрОшибка Средняя ошибка вычисляется следующим образом; для каждого рида
в группе определяется количество расхождений от средней
последовательности. Далее это количество суммируется и делится на
общее количество ридов группы 1
--- стр. 103 ---
,^ ЛНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 40
Листов 52
Колонка таблицы Описание
Средняя
последовательность
Средняя нуклеотидная последователь группы
Таблица 8-Описание данных, представленных в таблице «Группы по совпадению
Колонка таблицы Описание
Г ен-экзон Выведено имя гена и номер экзона
Длина Длина последовательности группы
Совпадение/ Для точно совпавщих ридов выводится:
выравнивание <Ген>-<Экзон>-<ИдЭкзона>
Для точно выравненных ридов выводится:
~ <ИдЭкзона>
Кол-во Кол-во ридов в группе
=> Кол-во прямых ридов в группе
<= Кол-во обратных ридов в группе
Элементы управления;
В] - скрыть панель средних последовательностей.
- информация о последовательности группы. При расположении курсора на строке
группы вызывается форма Информация о DNA последовательности группы аналогично рисунку
50.
□□ - установить/отменить маску для сравнения. Используется для возможности
сравнивать последовательности в выделенных строках с выравниванием на выбранную запись с
последовательностью группы.
- сравнение выделенных. Вызывается форма выравнивания последовательностей
групп по выделенным ячейкам аналогично рисунку 51.
S - выделить все записи группы. Для текущей записи группы выделяются все
соответствующие ей записи групп в таблице «Группы по совпадению последовательностей
РИДОВ».
--- стр. 104 ---
,|^ ЛНК-ТЕХИОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 41
Листов 52
21 - поиск ближайших аллелей. Происходит поиск аллелей по базе данных IMGT/HLA в
которые входит последовательность из текущей записи группы с количеством возможных
расхождений не более 5. Результат выводится в отдельную вкладку (рисунок 56).
- фильтр по гену и номеру экзона.
Без других генов _ ф^дь^р до принадлежности записей к указанному гену.
- очистить фильтр.
Q - поиск по текущему столбцу.
•г HLA-3un^24
I
В ®
0 ERRORS |201»^.2Мв2101 х £ | >:4V1.4-«.l-001.R1.001.calc X
о
Аллели
Ju-lc r v r ^ x iл ^ < i..
С'06;11/С0-
С»07Л1Л1й..
С * а 7 Л 1 Л 5
СТ)7Л2Ю2
С*07«2!0в/С..
СТ)7Л2Ю9
С*07Ю2:10
С*07Л2:100
С*07Л2:101
С*07Юг:11МС
СЧ)7Л2:11
<?07Л2:13
C*07«2;14
С*07Л2:18
C W 0 2 :1 9
С*07Л2:25
с«07< ад»
57165 ■
56140 •
56488 -
77975 -
81136 -
84205 -
78011 ■
72219 -
90066 ■
90540 О
116681 <
71616 •
72615 ■
66199 •
68677 >
68074 <
117296 ■
116678 ■
GCTCCCACTCCATGAGGTATTTCGACACCGCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGCrrCATCTCAGTGGGCIACGTGGACGA^®
GaCCCACTCCATGAGGTATnCGACACCGCCGTGTOXGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGCTTCAiaCAGTGGGaACOTGGACGAt
GaCCCAaCCAT6AGGTATnCGACACCGCCOTGTCCCGGCCCGGCCGCG6AGA6CCCCGCTTCATaCAGTGGGaACGTGGACGA(
GaCCCAaCCATGAGGTAnTCGACACCGCCGTGTCCCGGCCCGGCCaGGAGAGCCCCGOTCATaCAGTGGGaACGTGGACGAE
GaCCCAaCCATGAGGTATrTCGACACCaCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGOTCATaCAGTGGGaACGTGGACGAE
GaCCCAaCCATGAGGTATnCGACACCGCC6T6TCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCCaTCATaCAGTGGGaACGTGGACGA<
GCTCCOKTCCATGAGGTATTTCGACACCaCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGarCATaCAGTGGGaACGTGGACGAt
GaCCCAaCCATGAGGTAmCGACACCGCTGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGOTCATaCAOTGGGaACCTGGACGAt
GaCCCAaCCATGAGGTATTTCGACACCGCC6TGTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGCnCATaCA6TGGGaACOTGGAC6A(
GCTCCCAaCCAT6AGGTATTTCGACACCGCCOT6TCCCG6CCCGGCCGCGGAGAGCCXCGaTCATaCAOTGGGaAC6TGGACGA<
GaCCCAaCCATGAGGTATTTCGACACCGCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGCrrCATaCAGTGGGaACGTGGACGAf
GaCCCAaCCATGAGGTATnCGACACCGCCGTGTCCCGGCCCGaCGCGGGGWSCCCCGCTTCATCTCAGTCGGaACGTGGA^GAC
GaCCCAaCCATGAGGTATnCGACACCGCCGTCTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGCnCATaCACTGGGa^GTGGACGAC
GaCCCAaCCATGAGGTATTTCGACACCeCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGCTTCATaCACTGGGaACGTGGAC6A<
GaCCCAaCCATGAGGTATnCGAC4£CGCCGTGTCCCG6CCCGGCCGCGGA6AGCCCCGaTCATaCAGTGGGaAC6TGGAC6A(
GaCCCACTCCATGAG6TAmC6ACACCGCC6T6TCCCGGCCCGaCGCGGAGAGCCCCGCTTCATaCAGTGGGaAC6TGGACGA<
GaCGCAaCCATGAGGTATTTCGACACCGCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGAGAGCCCCGCTTCATaCAGTGGGaACGTGGACGA»
GaCCCATrCCATGAGGTATTTCGACACCGCCGTGTCCCGGCCCGaCGCGGAGAGCCCCGCTTCATaCAGTGGGaACCTGGACGAt
С07Ю2Ю16
СЧ17Л2ЛЗ
С'07Л2Л4
С*07Л2Ю5
С*07Л2Л6
С07Л2Л7
С*07Л2:10г
С*07Л2;109
С*07Ю2:110
С*07Л2;111
С*07Л2:12
С*07Л2:15
С’07Л2:16
С*07Л2:17
С*07Л2Л0
С07Л2Д2
С*07Л2:24
С*07Л2Л8
С07Ю2:32
С*07Л234
С*07Л2Л5
С*07Ю237
С*07Л2-38
C*07«2i45
С'07Л2>46
С*07Ю2!47
С*07Ю2й8
С * 0 7 Л г :4 9
С*07Л252
С*07Л2:55
С*07Ю257
С*07Л258
Рисунок 56 - Поиск ближайших аллелей
Элементы управления:
О - выполнить поиск аллелей. Вызывается форма ввода последовательности для
поиска (рисунок 57).
- сравнение выделенных последовательностей. Вызывается форма выравнивания
последовательностей по выделенным ячейкам аналогично рисунку 51.
- открыть NCBIBLAST+. При наличии сети Интернет в браузере откроется сайт:
https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web_ncbiblast/toolform.ebi?tool=ncbiblast&context=nucle
otide&database=imgthla.
Q - поиск по текущему столбцу.
--- стр. 105 ---
,<-^ЛНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 42
Листов 52
Поиск аллелей, на которые выравнивается последовательность
Последовательность
GCTCTCACTCCATGAGGTATTTCTTCACATCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCrTCATCGCAG
TGGGaACGTGGACGACACGCAGTTCGTGCGGTTCGACAGCGACGCCGCGAGCCAGAGGATGGAGCCGCG
GGCGCCGTGGATAGAGCAGGAGGGTCCGGAGTATTGGGACGGGGAGACACGGAAAGTGAAGGCCCACGC
ACAGACTCACCGAGTGGACaGGGGACCaGCGCGGa ACTACAACCAGAGCGAGGCCG
Рисунок 57 - Окно ввода последовательности для поиска
4.4.3 Обновление результатов
Для обновления результатов типирования используйте кнопку
таблицей результатов (рисунок 58).
О, расположенную над
4AG161_S196_L001.R1_001.fastq Q
Г е н ^ \ N Г руппа G Группа Р
А ©
1 А*11Ю1;01С
? A*?4:03:01G
АМ1Л1Р
Д*гД:03Р
Рисунок 58 — Обновление результатов проведения типирования
4.4.4 Редактирование атрибутов файла образца
В HLA-Эксперт предусмотрены следующие атрибуты файла образца:
- идентификатор образца;
- индекс;
- комментарий.
Для редактирования данных атрибутов выполните нижеописанные действия.
Шаг 1. Нажмите кнопку ^ над результатами обработки файлов образцов. На экране
отобразится форма редактирования атрибутов файла результата (рисунок 59).
--- стр. 106 ---
^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
— Лист 43
HLA-Эксперт Листов 52
и Изменить
Параметры образца
Идентификатор образца 164
Индекс(ы) 199
Комментарий //комментарий
Рисунок 59 - Форма редактирования атрибутов файла результатов
Шаг 2. Внесите необходимые изменения в соответствующие поля формы.
Шаг 3. Нажмите кнопку [Сохранить].
Внесенные изменения будут сохранены. Данные атрибуты отображаются при печати
файла результата типирования (рисунок 60).
Ht>-3ncnepT. Версия 2.0 (сОорм 14|Д М TBO ieiienill Mlp^лlfw* dwHecbnofogy.
Рмуяьтаты H L A типнрощ аим я
Обраэви: 16*
Файл образца: 4Aei64.$199.L001.R1.001.fa*tq
Мндакс: 199
Локус N Групп* G Группа Р кк
А
1 А*24:02:01С А*24:029
2 А*Э1:01:02С Д*31:01Р
•
1 В«40:01:01С | 9-40:80 ■-40:01Р 1 9-40:80
2 9*4в:01:01С | ■•48:09:01 9*48:01Р 1 В*49:03Р
С
С*03:04:01С С*ОЭ:04Р
2 C*08:01:01G С-08:01Р
D M 1
I O R ai*U :01:01G DR91-12:01P
Рисунок 60 - Пример отображения атрибутов в файле результатов типирования
4.4.5 Печать результатов
Для печати результата типирования нажмите кнопку ^ , расположенную над таблицей
результатов.
На экране отобразится форма предварительного просмотра (см. рисунок 60).
Для печати данных нажмите кнопку ^ в верхней части формы. Чтобы сохранить данные
в pdf-файл нажмите кнопку
4.5 Операции с файлами результатов
Итоговая информация о результатах типирования образцов сохраняется в файлах
результатов. Реализованные операции с файлами результатов обеспечивают фиксацию результата
--- стр. 107 ---
Л^ДНК-ТЕХИОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 44
Листов 52
на бумажном носителе, а также реализуют способы передачи информации (обмена) в
вышеетоящие системы (например, лабораторные информационные еистемы) посредетвом
передачи файлов. Реализованные епособы передачи не являются исчерпывающими. Возможна
доработка механизмов передачи информации (обмена) для конкретных решений.
В настоящий момент в HLA-Экеперт предуемотрены следующие операции с файлами
результатов:
- экспорт результатов типирования в файл формата *.csv,
- печать результатов;
- параметры экспорта результатов.
Далее каждая операция раеемотрена более подробно.
4.5Л Экспорт результатов типирования в файл формата *.csv
Для записи результатов типирования всех обработанных файлов образцов в один файл
формата *.csv выполните нижеопиеанные действия.
Шаг 1. Нажмите кнопку ^ над перечнем файлов образцов (рисунок 61).
Q illumin3_-3:<am ple_2019.01_24 [2 4AGl61.S196_L001_R1_001_calc X
X Y (§3 1=] ОШ Q . Поиск
N Идентиф.. Инде... Файл об... _ Контроль Обработка
1 4AG161 S196 4AG161.. аеэи « Щ 54 4i Обработан 0 ►
2 4AG162 S197 4AG162... зияв <и Ц ] аа 47 Обработан 0 ►
Рисунок 61 - Переход к экспорту результатов типирования
На экране отобразится окно для ввода имени и пути сохранения еоздаваемого csv-
файла (рисунок 62).
0
□ X
Экспорт результатов в CSV-файл
CSV файл данных |c\DNA-Technology\HLAExpen\repom\oijtput\hla.fesult.expottcs\ ^
Рисунок 62 - Имя и путь сохранения esv-файла
Шаг 2. В поле «CSV файл данных» отображаетея имя и системный путь до создаваемого
файла. В елучае необходимости отредактируйте автоматически сформированные данные.
Шаг 3. Нажмите кнопку [Экспорт].
--- стр. 108 ---
,^^ДНК-ТЕХИОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 45
Листов 52
На экране отобразится окно с указанием системного пути до созданного csv-
файла (рисунок 63).
•у* Информация □ X
Файл сохранен:
C:\DNA-Technology\H LAExpert\reports\output\hla_tesult_export.csv
Рисунок 63 - Системный путь до созданного файла с результатом типирования
Примечание. По умолчанию все файлы сохраняются в подкаталог \reports\output
каталога, в который была установлена программа HLA-Эксперт.
Шаг 4. Нажмите кнопку [Закрыть].
Ознакомиться с содержимым созданного csv-файла можно с помощью сторонней
программы, например, Microsoft Excel.
4.5.2 Печать результатов типирования
Для печати результатов типирования всех обработанных файлов образцов выполните
нижеописанные действия.
Шаг 1. Нажмите кнопку ^ над перечнем загруженных файлов образцов. На экране
отобразится окно выбора данных для печати (рисунок 64). Доступны следующие варианты;
- группа G;
- группа Р;
- список аллелей.
И □ X
Печать результатов по списку файлов
Вариант печати результата Группа G
Формат файла отчета XLSX
Рисунок 64 - Выбор данных для печати
Шаг 2. Выберите вариант печати результатов, а также формат файла отчета с помощью
соответствующих раскрывающихся списков и нажмите кнопку [Продолжить].
--- стр. 109 ---
.■^^ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 46
Листов 52
На экране отобразится процесс формирования отчета. По завершении форматирования
отчета на экране отобразится вкладка предварительного проемотра, в елучае HTML - формата
файла отчета, либо сообщение о сохраненном файле XLSX - отчета и вызове внешней программы
дтя просмотра, если такая была настроена в Параметрах работы приложения (см. п. 3.4 данного
руководства).
4.5.3 Параметры экспорта
Для экспорта результатов типирования обработанных файлов образцов, выделите нужные
файлы (флаг В в начале строки) и нажмите кнопку @ , расположенную над реестром
файлов (рисунок 65).
1 iliumina_e.>;ample_20l9_Cil_24 4AG161_S196_L001_R1.001.C3lc X
S Щ Q Поиск X V @ а
■ N Идентиф... Инде... Файл об... Контроль
"в 1 4AG161 S1% 4AG161.. ЗвЭСб со ГП В4 41 Обработан 0 ►
в 2 4AG162 S197 4AG162... ЗООМ С6 |Т] М 47 Обработан 0 ►
■ 3 4AG163 5198 4AG163... Новый ►
Рисунок 65 - Пример экспорта обработанных файлов образцов
На экране отобразится окно с параметрами экспорта (рисунок 66).
Укажите необходимые сведения и нажмите кнопку [Экспорт].
И
Параметры экспорта реэультатов
I
Файл выгрузки
Номер
выгрузки
Файл выгрузки CADNA-Technology\HlAExpert\temp\export_reestr_1.KtsK
П^иетры формирования
■ Экспортировать данные файлов с наличием ошибок
■ Выводить данные о цис-транс неоднозначностях
И /^пировать вывод данных о гомозиготах
■ Выводить данные DRB3/4/5
Рисунок 66 - Параметры экспорта результатов
Результаты будут сохранены в файл формата *.xlsx, а на экране отобразится окно с
указанием системного пути до созданного файла (рисунок 67).
--- стр. 110 ---
,|^ ДНК-ТЕХИОЛОГИЯ
Руководство пользователя Лист 47
HLA-Эксперт Листов 52
•т
D X
Информация О
Выгружено записей образцов: 2
Файл сохранен:
C:\DNA-Technology\HLAExpert\tempVexport_reestr_1jdsx
1 Закры ть
Рисунок 67 — Системный путь до созданного файла
Примечание. Выбор формата создаваемого файла (*.xlsx или *.csv), а также внешней
программы просмотра, осуществляется в настройках программы (см. п. 3.4 данного руководства).
4.6 Завершение работы с HLA-Эксперт
Завершение работы с HLA-Эксперт осуществляется одним из следующих
способов (рисунок 68):
— выберите пункт «Завершение работы» меню «Работа с образцами»,
— используйте стандартные средства ОС для закрытия программы;
— нажмите кнопку ^ на Панели инструментов.
Н 1 А -Э 1 с с п ^ 2 .0
Сервис
Q Обработка файлов образцов
□ X
Рисунок 68 - Завершение работы с программой
Далее подтвердите свой выбор, нажав кнопку [Да] в окне, отобразившемся на экране,
после чего работа с программой будет завершена.
4.7 Удаление HLA-Эксперт
Удаление HLA-Эксперт с компьютера пользователя осуществляется стандартными
средствами ОС. При этом каталог, в который была выполнена установка программы, удаляется со
всем содержимым, в том числе подкаталог «data», содержащий базы данных IPD-IMGT/HLA.
--- стр. 113 ---
Л днк-ТЕХНОЛОГНЯ
Руководство пользователя
HLA-Эксперт
Лист 50
Листов 52
5 АДРЕС ДЛЯ ОБРАЩЕНИЯ
Производитель: Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-Технология ТС»;
ООО «ДНК-Технология ТС», Россия.
Адрес производителя: ООО «ДНК-Технология ТС», Россия, 117246, г. Москва,
Научный проезд, д. 20, стр. 4.
Место производства: ООО «ДНК-Технология ТС», Россия, 117246, г. Москва,
Научный проезд, д. 20, стр.4.
Рекламации по вопросам качества набора реагентов HLA-Эксперт и работы
программного обеспечения HLA-Эксперт следует направлять по адресу: ООО «ДНК-
Технология», 117587, г. Москва, Варшавское шоссе, д. 125 ж, к.6, этаж 5, ком. 14,
тел./факс +7 (495) 640-17-71,
www.dna-technologv.ru
Служба клиентской поддержки:
8 (800) 200-75-15 (звонок по России бесплатный),
+7 (495) 640-16-93 (для стран СНГ и зарубежья, звонок платный).
Email: hotline@dna-technologv.ru
СОГЛАСОВАНО
Директор ФГБУН КНИИГиПК
ФМБА России И.В. Парамонов
« //» г'^ 2 0 1 9 г.
--- стр. 114 ---
,’^ ДНК-ТЕХНОЛОГИЯ
Руководство пользователя Лист 51
HLA-Эксперт Листов 52
приложение А
(справочное)
ПЕРЕЧЕНЬ ПРИМЕНЯЕМЫХ НАЦИОНАЛЬНЫХ СТАНДАРТОВ
Перечень национальных стандартов, применяемых к HLA-Эксперт, вюгючает:
-ГОСТ Р ИСО/МЭК 12119-2000 Информационная технология. Пакеты программ.
Требования к качеству и тестирование;
-ГОСТ Р ИСО/МЭК 9126-93 Информационная технология. Оценка программной
продукции. Характеристики качества и руководства по их применению;
- ГОСТ Р ИСО 9127-94 Системы обработки информации. Документация пользователя и
информация на упаковке для потребительских программных пакетов;
- ГОСТ 28195-89 Оценка качества программных средств. Общие положения;
- ГОСТ Р ИСО/МЭК ТО 9294-93 Информационная технология. Руководство по
управлению документированием программного обеспечения;
-ГОСТ Р 51188-98 Защита информации. Испытания программных средств на наличие
компьютерных вирусов. Типовое руководство;
-ГОСТ Р МЭК 62304-2013 Изделия медицинские. Программное обеспечение. Процессы
жизненного цикла.
Примечание. Указанные выше стандарты действительны на момент утверждения
Руководства пользователя.
--- стр. 115 ---
Л днк-ТЕХИОЛОГИЯ
Руководство пользователя Лист 52
HLA-Эксперт Листов 52
ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИИ
БД - база данных
ГОСТ - межгосударственный етандарт
ГОСТР - государственный стандарт России
ИСО (ISO) - Международная организация по стандартизации
МЭК (ШС) - Международная электротехническая комиссия
НД - несанкционированный доступ
ООО - общество с ограниченной ответственностью
ос - операционная система
ПК - персональный компьютер
ПС - программное средство
HLA - Human Leukocyte Antigens
ШЕ - Integrated Drivv'Electronics
IPD - Immuno Polymorphism Database
IMGT - International Immuno-Genetics Database
JRE - Java SE Runtime Environment
NGS - Next Generation Sequencing
SATA - Serial Advanced Technology Attachment