Набор реагентов для определения ДНК энтеробактерий, стафилококков и стрептококков в_x000D_ биологическом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) для диагностики in vitro «АмплиСенс® ФлороЦеноз / Аэробы-FL» по ТУ 21.20.23-235-01897593-2018 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 ---
«УТВЕРЖДАЮ»
Директор Федерального бюджетного
учреждения науки «Центральный
научно-исследовательский институт
эпидемиологии» Федеральной
службы по надзору в сфере защиты
прав потребителей и благополучия
человека (ФБУН ЦНИИ
Эпидемиологии Р^орпотребнадзора)
В.Г. Акимкин
2019 г.
ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ
набора реагентов для определения ДНК энтеробактерий,
стафилококков и стрептококков в биологическом материале
методом полимеразной цепной реакции (ПЦР)
для диагностики in vitro
«АмплиСенс® ФлороЦеноз / Аэробы-FL»
АмплиСенс^
У
ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии
Роспотребнадзора,
Российская Федерация, 111123,
город Москва, улица Новогиреевская, дом ЗА IVD
--- стр. 2 ---
СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.................................................................................................................3
НАЗНАЧЕНИЕ.....................................................................................................................................3
ПРИНЦИП МЕТОДА.........................................................................................................................4
ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ.............................................................................................................5
АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ.......................................................................................6
МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И СВЕДЕНИЯ ОБ УТИЛИЗАЦИИ .......................................8
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ОБОРУДОВАНИЕ......................................................11
ВЗЯТИЕ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА ......12
ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАКЦИИ ДНК................................13
ИНТЕРФЕРИРУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА И ОГРАНИЧЕНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ ПРОБ
ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА...................................................................................................13
ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР-ИССЛЕДОВАНИЯ......................................................................................15
ЭКСТРАКЦИЯ ДНК ИЗ ИССЛЕДУЕМЫХ ОБРАЗЦОВ ............................................................15
ФОРМА 1 («ПЦР-комплект» вариант FRT-100 F) .....................................................................16
СОСТАВ.......................................................................................................................................16
АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» .................16
A. Подготовка проб для амплификации..........................................................................16
Б. Проведение амплификации с детекцией в режиме «реального времени» ......18
B. Анализ и интерпретация результатов ........................................................................19
СРОК ГОДНОСТИ. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ХРАНЕНИЯ ...........................23
ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГОТОВИТЕЛЯ...........................................................23
СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ................................................25
ПРИЛОЖЕНИЕ 1.............................................................................................................................26
--- стр. 3 ---
список СОКРАЩЕНИИ
- В настоящей инструкции применяются следующие
BKO-FL - экзогенный внутренний контрольный образец
гэ - геномные эквиваленты
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
дНТФ - дезоксирибонуклеозидтрифосфат
ИППП - инфекции, передаваемые половым путем
К1, К2 - ДНК-калибраторы
К- - отрицательный контроль ПЦР
НК - нуклеиновые кислоты
ОК - отрицательный контроль экстракции
ОКО - отрицательный контрольный образец
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РУ - регистрационное удостоверение
УДГ - урацил-ДНК-гликозилаза
ФБУН ЦНИИ
Эпидемиологии
Роспотребнадзора
- Федеральное бюджетное учреждение науки «Центральный
научно-исследовательский институт эпидемиологии»
Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав
потребителей и благополучия человека
FRT - флуоресцентная детекция в режиме «реального времени»
НАЗНАЧЕНИЕ
Набор реагентов «АмплиСенс® ФлороЦеноз / Аэробы-FL»
предназначен для количественного определения ДНК
энтеробактерий (семейства Enterobacteriaceae), стафилококков
{Staphylococcus spp.) и стрептококков {Streptococcus spp.) в
биологическом материале (мазок со слизистой влагалища)
методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией
продуктов амплификации в режиме «реального времени», при
диагностике инфекционно-воспалительных заболеваний
урогенитального тракта женщин.
Материалом для проведения ПЦР служат пробы ДНК,
экстрагированной из исследуемого материала.
Показания и противопоказания к применению набора
реагентов
Набор реагентов используется в клинической лабораторной
диагностике для исследования биологического материала,
полученного от женщин с подозрением на инфекционно
воспалительные заболевания урогенитального тракта.
Противопоказания отсутствуют, за исключением случаев,
когда забор материала не может быть осуществлен по
медицинским показаниям.
--- стр. 5 ---
начала экспоненциального увеличения флуоресцентного
сигнала (пороговый цикл, Cycle threshold, Ct). Для проведения
количественного теста амплификацию ДНК из исследуемых
образцов проводят одновременно с ДНК-калибраторами -
образцами с известной концентрацией ДНК-мишени. По
результатам амплификации ДНК-калибраторов строится
калибровочная линия, по которой происходит определение
концентрации ДНК-мишени в исследуемых образцах.
Набор реагентов содержит систему защиты от контаминации
ампликонами за счет применения фермента урацил-ДНК-
гликозилазы (УДГ) и дезоксиуридинтрифосфата. Фермент УДГ
распознает и катализирует разрушение цепей ДНК,
содержащих дезоксиуридин, но не ДНК, содержащей
дезокситимидин. Дезоксиуридин отсутствует в природной ДНК,
но всегда присутствует в ампликонах, поскольку
дезоксиуридинтрифосфат входит в состав смеси дНТФ в
реагентах для амплификации. Дезоксиуридин делает
контаминирующие ампликоны восприимчивыми к разрушению
ферментом УДГ до начала амплификации ДНК-мишени, и,
следовательно, они не могут быть в дальнейшем
амплифицированы.
Фермент УДГ термолабилен и инактивируется при
нагревании выше 50 °С и поэтому не разрушает ампликоны
мишени, нарабатываемые в процессе ПЦР.
На этапе амплификации одновременно в одной пробирке
проводятся 4 реакции - амплификация участков ДНК
энтеробактерий, стафилококков и стрептококков, а также
амплификация последовательности BKO-FL. Результаты
амплификации ДНК энтеробактерий, стафилококков и
стрептококков, а также ДНК BKO-FL регистрируются по 4
различным каналам флуоресцентной детекции:
Таблица 1
Канал для
флуорофора FAM JOE ROX Cy5
ДНК-мишень Enterobacteri-
aceae
Staphylococcus
spp.
Streptococcus
spp. ДНК BKO-FL
Область
амплификации
gene 16S
rRNA
gene 16S
rRNA
gene 16S
rRNA
искусственная
нуклеотидная
последовательность
ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ
Форма 1 включает комплект реагентов «ПЦР-комплект»
вариант FRT-100 F
--- стр. 6 ---
Форма 1 предназначена для проведения амплификации ДНК с
гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме
«реального времени» и позволяет выявлять ДНК в
количественном формате. Для проведения полного ПЦР-
исследования необходимо использовать комплект реагентов
для экстракции ДНК.
Форма 1 рассчитана на проведение 110 реакций
амплификации, включая контроли.
АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ
Для данного набора реагентов применимы следующие
характеристики:
Линейный диапазон измерения и аналитическая
чувствительность (предел обнаружения)
Таблица 2
Вид
исследуе
мого
материала
Транспортная
среда
Комплект
для
экстракции
ДНК
Комплект
для
амплифи
кации
Микроорганизм
Аналитическая
чувстви
тельность
(предел обнару
жения), ГЭ/мл''
Линейный
диапазон
измерения,
ГЭ/мл
Мазки со
слизистой
влагалища
«Транспортная
среда с
муколитиком
(ТСМ)»
«днк-
сорб-АМ»
ПЦР-
комплект
вариант
FRT-100 F
Enterobacteria-
сеае
2x103 1x10^-
1x108
Staphylococcus
spp.
Streptococcus
spp.
f
Данные значения характеристик достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделах «Взятие,
транспортирование и хранение исследуемого материала» и
«Подготовка исследуемого материала к экстракции ДНК».
Аналитическая специфичность
Отсутствовали неспецифические реакции при тестировании
образцов;
- ДНК человека в концентрации 5x10^ ГЭ/мл;
- ДНК следующих штаммов микроорганизмов из коллекции
АТСС (American Туре Culture Collection, США) и клинических
изолятов в концентрации 1x10^ ГЭ/мл: Lactobacillus spp.,
Gardnerella vaginalis АТСС® 14018^'^, Enterococcus faecium
ATCC® 35667'^'^, Neisseria gonorrhoeae ATCC® 4 9 9 2 6 '^^^
Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis, Ureaplasma
urealyticum, Trichomonas vaginalis, Candida albicans ATCC®
14053, HSV 1 и 2 типа (вирус простого герпеса типы 1 и 2),
^ Количество геномных эквивалентов микроорганизма (ГЭ) в биологическом материале
(мазок со слизистой влагалища), помещенном в указанную транспортную среду, в пересчете
на 1 мл.
--- стр. 7 ---
CMV (цитомегаловирус).
. При тестировании образцов ДНК микроорганизмов,
относящихся к Enterobacteriaceae, Staphylococcus spp. и
Streptococcus spp., включая ДНК следующих штаммов из
коллекции АТСС (American Туре Culture Collection, США) и
клинических изолятов в концентрации не менее 7x10^ ГЭ/мл;
Escherichia coli АТСС® 25922^'^, Klebsiella pneumoniae АТСС®
27736^'^, Proteus mirabilis АТСС® 12453^'^, Staphylococcus aureus
АТСС® ббЗВР^”^, Staphylococcus epidermidis АТСС® 12228^'^,
Staphylococcus saprophyticus ATCC® 4990^^, Streptococcus
agalactiae ATCC® 12386^'^, Streptococcus pneumoniae ATCC®
49619'^'^, Streptococcus pyogenes ATCC® 19615^^ для каждой
группы были получены положительные результаты только по
каналу для детекции ДНК соответствующей группы
микроорганизмов, и отсутствовали неспецифические
результаты по другим каналам.
Информация об интерферирующих соединениях указана в
разделе «Интерферирующие вещества и ограничения по
использованию проб исследуемого материала».
Повторяемость, воспроизводимость и правильность
Повторяемость и воспроизводимость были определены
путем тестирования модельных образцов биоматериала.
Модельные образцы биоматериала были приготовлены
разведением стандартного образца предприятия, содержащего
ДНК Enterobacteriaceae, Staphylococcus spp., Streptococcus spp.
в концентрациях 1x10"^, 1x10® и 1x10® ГЭ/мл в биологическом
материале - мазки со слизистой влагалища, помещенные в
транспортную среду с муколитиком (ТСМ). Для приготовления
модельных образцов использовались пулированные образцы
мазков со слизистой влагалища, в которых содержание ДНК
определяемых набором реагентов групп бактерий не
превышало 1x10"^ ГЭ/мл. Условия повторяемости включали в
себя тестирование в одной и той же лаборатории, одним и тем
же оператором, с использованием одного и того же
оборудования в пределах короткого промежутка времени.
Условия воспроизводимости - тестирование в разных
лабораториях, разными операторами, с использованием
различного оборудования.
--- стр. 22 ---
Возможные ошибки:
1. Для ДНК-калибраторов (К1, К2) значения порогового цикла
(Cf) по каналам для флуорофоров FAM и/или JOE, и/или
ROX отсутствуют, или значение Ct для ДНК-калибратора К2
превышает граничное значение, или показатель
эффективности Е по графику стандартов меньше значения,
указанного во вкладыше. Необходимо повторить
амплификацию и детекцию для всех образцов.
2. Для отрицательного контроля экстракции (ОК) и/или
отрицательного контроля ПЦР (К-) рассчитанное значение
концентрации (в ГЭ/мл) ДНК энтеробактерий или/и
стафилококков, или/и стрептококков, превышает граничное
значение, указанное во вкладыше. Необходимо повторить
ПЦР-исследование для всех образцов, начиная с этапа
экстракции ДНК.
ФОРМА 1______________________________________________________________________
22
--- стр. 23 ---
СРОК годности. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ и
ХРАНЕНИЯ
Срок годности. 12 мес. Набор реагентов с истекшим сроком
годности применению не подлежит. Срок годности вскрытых
реагентов соответствует сроку годности, указанному на
этикетках для невскрытых реагентов, если в инструкции не
указано иное.
Транспортирование. Набор реагентов транспортировать при
температуре от 2 до 8 °С не более 5 сут в термоконтейнерах,
содержащих хладоэлементы, всеми видами крытых
транспортных средств. Допускается транспортирование при
температуре от 2 до 25 °С не более 3 сут. «ПЦР-комплект»
вариант FRT-100 F при получении разукомплектовать в
соответствии с указанными температурами хранения.
Хранение. «ПЦР-комплект» вариант FRT-100 F хранить в
холодильной камере при температуре от 2 до 8 °С, кроме
ПЦР-буфера-В и полимеразы (TaqF). ПЦР-буфер-В и
полимеразу (TaqF) хранить в морозильной камере при
температуре от минус 24 до минус 16 °С.
ПЦР-смесь-FL ФлороЦеноз / Аэробы хранить в защищенном от
света месте.
Холодильные и морозильные камеры должны обеспечивать
регламентированный температурный режим.
ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГОТОВИТЕЛЯ
Изготовитель гарантирует соответствие основных
параметров и характеристик набора реагентов, требованиям,
указанным в технической и эксплуатационной документации, в
течение указанного срока годности при соблюдении всех
условий транспортирования, хранения и применения.
Запрещается потребителю использовать компоненты из
разных серий наборов реагентов.
Медицинское изделие техническому обслуживаю и ремонту
не подлежит.
Рекламации на качество набора реагентов направлять по
адресу 111123, г.Москва, ул. Новогиреевская, дом ЗА, e-mail:
cs@pcr.ru®
При выявлении побочных действий, не указанных в
® Отзывы и предложения о продукции «АмплиСенс» вы можете оставить, заполнив анкету
потребителя на сайте: www.amplisens.ru.
23
--- стр. 24 ---
реакций при его использовании, фактов и обстоятельств,
создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских
работников при применении и эксплуатации набора реагентов,
рекомендуется направить сообщение по адресу, указанному
выше, и в уполномоченную государственную регулирующую
организацию (в РФ - Федеральная служба по надзору в сфере
здравоохранения)
законодательством.
в соответствии действующим
Заведующий НПЛ ОМДиЭ
ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии
Роспотребнадзора
Е.Н. Родионова
Главный врач ФГБУ «Поликлиника
УДП РФ Е.в.Ржевская
24
--- стр. 28 ---
НПЛ ОМДиЭ ФБУН ЦНИИ МИ-СМК-30 Версия № 5 стр. 1 из 4Эпидемиологии Роспотребнадзора Ф-21 Дата изменения 31.05.18
СОГЛАСОВАНО
Директор Федерального бюджетного
учреждения науки «Центральный
научно-исследовательский институт
эпидемиологии» Федеральной
службы по надзору в сфере защиты
прав потребителей и благополучия
человека (ФБУН ЦНИИ
Эпидемиолог)Л 1/Роспотребнадзора)
I
ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ
стандартного образца предприятия № 171
«Положительный контрольный образец, содержащий ДНК
M.hominis, U.parvum, U.urealyticum, С. albicans, C.glabrata,
C.krusei, C.tropicalis, C.parapsilosis, Enterobacteriaceae,
Staphylococcus spp., St. saprophyticus, Streptcoccus spp. и ДНК
человека» (СОП № 171 ПКО ФЛОРА)
ш1
ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии
Роспотребнадзора,
Российская Федерация, 111123,
город Москва, улица Новогиреевская, дом За
--- стр. 29 ---
НПЛ ОМДиЭ ФБУН ЦНИИ МИ-СМК-30 Версия № 5 стр. 2 из 4Эпидемиологии Роспотребнадзора Ф-21 Дата изменения 31.05.18
1 ОБЩИЕ УКАЗАНИЯ
1.1 Инструкция устанавливает порядок и условия применения стандартного
образца предприятия № 171 «Положительный контрольный образец, содержащий
ДНК M.hominis, U.parvum, U.urealyticum, С.albicans, C.glabrata, C.krusei, C.tropicalis,
C.parapsilosis, Enterobacteriaceae, Staphylococcus spp., St. saprophyticus,
Streptcoccus spp. и ДНК человека» (СОП № 171 ПКО ФЛОРА), предназначенного
для проведения испытаний наборов реагентов «АмплиСенс® ФлороЦеноз /
Аэробы-FL», «АмплиСенс® ФлороЦеноз / Микоплазмы-FL», «АмплиСенс®
ФлороЦеноз / Кандиды-FL», которые применяются для оценки микрофлоры
влагалища в биологическом материале методом полимеразной цепной реакции
(ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального
времени».
1.2. Проверку упаковки, маркировки и целостности СОП № 171 ПКО ФЛОРА
проводят путем внешнего осмотра.
2 МЕРЫ БЕЗОПАСНОСТИ. УДАЛЕНИЕ ОТХОДОВ
При работе с СОП № 171 ПКО ФЛОРА и при постановке ПЦР следует
соблюдать положения МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий,
использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с
материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». При работе
всегда следует выполнять следующие требования:
- Использовать одноразовые перчатки, лабораторные халаты, защищать глаза
во время работы с образцами и реагентами. Тщательно вымыть руки по
окончании работы.
- Использовать и менять при каждой операции одноразовые наконечники для
автоматических дозаторов с фильтром. Одноразовую пластиковую посуду
(пробирки, наконечники) необходимо сбрасывать в специальный контейнер,
содержащий дезинфицирующее средство, которое может быть использовано
для обеззараживания медицинских отходов.
- Неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком годности, а также
использованные реагенты, упаковку следует удалять в соответствии с
требованиями СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические
требования к обращению с медицинскими отходами».
3 МАТЕРИАЛЫ, ОБОРУДОВАНИЕ, РЕАГЕНТЫ И УСЛОВИЯ ОКРУЖАЮЩЕЙ
СРЕДЫ, НЕОБХОДИМЫЕ ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ ПЦР-АНАЛИЗА
3.1 Материалы и оборудование, необходимые для проведения ПЦР-анализа,
согласно ТУ и/или инструкции к испытуемому набору реагентов.
3.2 Реагенты из испытуемого набора реагентов.
З.ЗТемпература в помещении лаборатории от 20 до 28 °С, относительная влажность
от 15 до 75%.
4 ПОДГОТОВКА К ПРИМЕНЕНИЮ
Перед началом работы достать из холодильника пробирку с СОП № 171 ПКО
ФЛОРА и дать нагреться до комнатной температуры. СОП № 171 ПКО ФЛОРА
--- стр. 30 ---
НПЛ ОМДиЭ ФБУН ЦНИИ МИ-СМК-ЗО Версия № 5 стр. 3 из 4Эпидемиологии Роспотребнадзора Ф-21 Дата изменения 31.05.18
I
i
должен представлять собой прозрачную жидкость, не содержащую каких-либо
включений и посторонних примесей. Оценивают визуально.
5 ПОРЯДОК ПРИМЕНЕНИЯ
5.1 Содержимое лробирки с СОП № 171 ПКО ФЛОРА перемешивают и осаждают
капли на вортексе. Открывают пробирку и, используя наконечник с аэрозольным
барьером, отбирают необходимый объем (см. следующий пункт), пробирку
закрывают.
5.2Готовят разведения, указанные в ТУ к испытуемому набору реагентов с
использованием ТЕ-буфера, приложенного к СОП. Приготовленные разведения
СОП, имеющие концентрацию не менее 10^ ГЭ/мл, можно хранить при
температуре от 2 до 8 °С в течение недели. Приготовленные разведения СОП,
имеющие концентрацию менее 10^ ГЭ/мл, хранению не подлежат и готовятся
заново из разведения СОП с концентрацией 10^ ГЭ/мл.
Разведения готовятся по следующей схеме:
1) исходный препарат, имеющий концентрацию NxlO"^, разводится N-кратно до
ближайшего разведения 10"^ с коэффициентом 1 (1x10'^).
Разведение проводят согласно расчету, с использованием следующих
формул:
Nx10^/1x10^=N(1)
C/N=A (2)
С-А=В (3), где
NxlO"^ - исходная концентрация СОП № 171 ПКО ФЛОРА,
1x10"^ - ближайшее к исходной концентрации разведение с коэффициентом 1
ГЭ/мл.
N - во сколько раз необходимо развести исходный препарат, для того чтобы
получить ближайшее к исходной концентрации разведение с коэффициентом 1
(при необходимости полученное число округлить до целого),
А - объем исходного СОП, который необходимо взять для приготовления С
мкл раствора, содержащего СОП в концентрации IxlO'^, ближайшего к
исходной концентрации разведения с коэффициентом 1 (мкл),
В - объем ТЕ-буфера, который необходимо взять для приготовления С мкл
раствора, содержащего СОП в концентрации 1x10'^, ближайшего к исходной
концентрации разведения с коэффициентом 1 (мкл);
С - объем раствора, содержащий СОП в концентрации 1x10"^.
2) Полученный препарат СОП с концентрацией 1x10"^ ГЭ/мл разводится
последовательно десятикратно до получения первого разведения СОП с
концентрацией, указанной в ТУ к испытуемому набору реагентов;
3) Из полученного первого разведения СОП с коэффициентом 1, указанного в
ТУ, готовят последующие разведения, указанные в ТУ, путем
последовательных двукратных, пятикратных и/или десятикратных разведений.
Например, СОП имеет концентрацию 4x10® ГЭ/мл, необходимо подготовить
разведения с концентрациями 1,0x10®, 1,0x10^, 1,0x10®, 1,0x10® и 1,0x10"^ ГЭ/мл:
- маркируют пробирки вместимостью 1,5 мл «1x10®», «1x10^», «1x10®»,
«1x10®» и «1x10"^»;
- рассчитывают объем ТЕ-буфера, который необходимо взять для
приготовления 400 мкл (или другого необходимого объема) раствора,
содержащего СОП в концентрации 1x10® ГЭ/мл:
- для получения концентрации 1x10^ ГЭ/мл