Набор реагентов для качественного и количественного определения ДНК вирусов папилломы человека 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 типов высокого канцерогенного риска методом полимеразной цепной реакции с детекцией в режиме "реального времени" "АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14" по ТУ 21.20.23-037-09286667-2019 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас 5 закупок, где это изделие полностью проходит по требованиям хотя бы в одной позиции.
| Закупка | Окончание подачи | Нач. цена |
|---|---|---|
| Поставка химических препаратов, применяемых в медицинских целях
№ 0319100005526000295 · ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "КРАСНОЯРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ ПРОФЕССОРА В.Ф. ВОЙНО-ЯСЕНЕЦКОГО" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ · Красноярский край |
10.11.2026 | 1 000 000 ₽ |
| Наборы реагентов для диагностики инфекций урогенитального тракта методом ПЦР
№ 0368300023326000244 · ГОСУДАРСТВЕННОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ "ЦЕНТРАЛЬНАЯ КЛИНИЧЕСКАЯ МЕДИКО-САНИТАРНАЯ ЧАСТЬ ИМЕНИ ЗАСЛУЖЕННОГО ВРАЧА РОССИИ В.А.ЕГОРОВА" · Ульяновская область |
11.11.2026 | 456 248 ₽ |
| Поставка медицинских расходных материалов
№ 0387200002826001076 · БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ХАНТЫ-МАНСИЙСКОГО АВТОНОМНОГО ОКРУГА - ЮГРЫ "ОКРУЖНАЯ КЛИНИЧЕСКАЯ БОЛЬНИЦА" · Ханты-Мансийский автономный округ — Югра |
13.11.2026 | 907 999 ₽ |
| Поставка реактивов для медицинских целей
№ 0337400000726001355 · МЕДИЦИНСКИЙ РАДИОЛОГИЧЕСКИЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР ИМЕНИ А.Ф. ЦЫБА - ФИЛИАЛ ФЕДЕРАЛЬНОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО БЮДЖЕТНОГО УЧРЕЖДЕНИЯ "НАЦИОНАЛЬНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР РАДИОЛОГИИ" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ · Калужская область |
13.11.2026 | 1 500 000 ₽ |
| Поставка наборов реагентов для выявления ДНК вируса папилломы человека
№ 0351300034826000492 · ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ НОВОСИБИРСКОЙ ОБЛАСТИ " ДЕТСКАЯ ГОРОДСКАЯ КЛИНИЧЕСКАЯ БОЛЬНИЦА № 3" · Новосибирская область |
16.11.2026 | 55 686 ₽ |
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 2 --- АмплиПрайм IVD Набор реагентов для качественного и количественного определения ДНК вирусов папилломы человека 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 типов высокого канцерогенного риска методом полимеразной цепной реакции с детекцией в режиме «реального времени» «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» по ТУ 21.20.23-037-09286667-2019 «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ ы Л ООО «НекстБио», Россия, 111394, г. Москва, ул Полимерная, д. 8, стр. 2, тел. (495) 620-08-73. e-mail: info@nextbio ru --- стр. 3 --- ОГЛАВЛЕНИЕ СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ....................................................................3 1. НАЗНАЧЕНИЕ................................................................................................................4 1.1. Область применения................................................................................................4 1.2. Показания к применению.........................................................................................4 1.3. Противопоказания к применению............................................................................4 2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА.......................................................................................4 2.1. Состав и комплектность...........................................................................................4 2.2. Принцип метода........................................................................................................5 2.3. Прослеживаемость значений калибраторов К1 ВПЧ скрининг и К2 ВПЧ скрининг.............................................................................................................................7 2.4. Техническое обслуживание и ремонт.....................................................................7 3. КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА.................................................................................................7 3.1. Внутренний контроль качества................................................................................7 3.2. Рекомендуемые контрольные материалы.............................................................9 4. ОГРАНИЧЕНИЯ МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЯ ........................................................9 5. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ ........................................10 6. ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЫ ........................................12 6.1. Взятие исследуемого материала..........................................................................12 6.2. Предварительная подготовка исследуемого материала, взятого в транспортную среду для жидкостной цитологии.........................................................12 6.3. Экстракция ДНК из исследуемых образцов..........................................................13 6.4. Амплификация, детекция продуктов амплификации, анализ и интерпретация результатов.....................................................................................................................13 7. ИССЛЕДУЕМЫЙ МАТЕРИАЛ.....................................................................................15 7.1. Мазки со слизистой оболочки влагалища.............................................................15 7.2. Соскобы эпителия со слизистой оболочки цервикального канала....................15 7.3. Соскобы эпителия со слизистой оболочки уретры.............................................18 7.4. Соскобы эпителия со слизистой оболочки прямой кишки..................................18 8. ПРОВЕДЕНИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ............................................................................. 18 8.1. Экстракция ДНК из исследуемого материала......................................................19 8.2. Подготовка реагентов для амплификации...........................................................19 8.3. Внесение проб ДНК, проведение амплификации и детекции............................20 8.4. Анализ и вычисление результатов ......................................................................21 8.5. Интерпретация результатов..................................................................................22 8.6. Возможные ошибки................................................................................................24 8.7. Диагностическое значение полученного результата..........................................24 9. ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА ................................................25 9.1. Предел обнаружения.............................................................................................25 9.2. Линейный диапазон измерения и предел измерения.........................................25 9.3. Аналитическая специфичность.............................................................................25 9.4. Воспроизводимость и повторяемость измерения...............................................26 9.5. Правильность измерения.......................................................................................28 9.6. Диагностическая специфичность и диагностическая чувствительность.........29 9.7. Оценка влияния интерферирующих веществ и ДНК человека..........................30 10 УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ. ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ НАБОРА. .. 31 10.1. срок годности......................................................................................................31 10.2. Транспортирование............................................................................................31 10.3. Хранение.............................................................................................................32 11. ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ..................................................................................32 12. СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ДОКУМЕНТАЦИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ...............33 --- стр. 4 --- CIN2+ Ct «АмплиПрайм" ВПЧ ВКР 14» В КО ВПЧ ВКР ДНК ДНКаза дНТФ иппп К- К1 К2 ок око ПЦР РУ удг дисплазия средней и высокой степени, рак шейки матки Cycle threshold (пороговый цикл) Набор реагентов для качественного и количественного определения ДНК вирусов папилломы человека 16,18, 31,33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 типов высокого канцерогенного риска методом полимеразной цепной реакции с детекцией в режиме «реального времени» «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» по ТУ 21.20.23-037-09286667- 2019 внутренний контрольный образец вирус папилломы человека высокого канцерогенного риска дезоксирибонуклеиновая кислота дезоксирибонуклеаза дезоксирибонуклеотидтрифосфаты инфекции, передаваемые половым путем отрицательный контроль ПЦР калибровочный образец 1, положительный контроль ПЦР калибровочный образец 2, положительный контроль ПЦР отрицательный контроль экстракции отрицательный контрольный образец полимеразная цепная реакция регистрационное удостоверение урацил-ДНК-гликозилаза --- стр. 5 --- 1. НАЗНАЧЕНИЕ Предназначен для качественного и количественного определения ДНК вирусов папилломы человека 16. 18, 31.33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 типов высокого канцерогенного риска в биологическом материале (соскобный материал или отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (мазки со слизистой оболочки влагалища, соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала (эктоцервикса и эндоцервикса, в том числе в транспортную среду для жидкостной цитологии), соскоб эпителия со слизистой оболочки уретры), прямой кишки) методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации в режиме «реального времени». Материалом для проведения ПЦР служат пробы ДНК, экстрагированные из исследуемого материала с помощью наборов реагентов, рекомендованных в инструкции по применению набора в разделе «Дополнительное оборудование и материалы». 1.1. Область применения Набор используется в клинической лабораторной диагностике для исследования биологического материала, полученного от лиц с подозрением на наличие инфекций урогенитального тракта. Результаты ПЦР-исследования учитываются в комплексной диагностике заболевания. 1.2. Показания к применению Набор используется для комплексного анализа, направленного на выявление ИППП в биологическом материале, полученном в ходе скрининговых исследований, с целью подтверждения диагноза и мониторинга лечения. 1.3. Противопоказания к применению Нарушение целостности упаковки, истекший срок годности, несоблюдение требований инструкции. 2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА 2.1. Состав и комплектность Состав набора и комплектность поставки указаны в таблице 1 и 2 соответственно. Набор рассчитан на проведение исследования 100 образцов, включая контроли. Набор предназначен для проведения амплификации ДНК с гибридизационно- флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени» и может использоваться совместно с амплификаторами планшетного и роторного типа. Для проведения полного исследования необходимо использовать наборы реагентов для экстракции ДНК. рекомендованные в разделе «Дополнительное оборудование и материалы». --- стр. 6 --- Набор может использоваться совместно с автоматическими станциями для приготовления и дозирования реакционных смесей. Таблица 1 Состав набора Реагент Объем, мл Количество Описание ПЦР-смесь ВПЧ- скрининг 1,10 1 пробирка Буферный раствор со специфическими праймерами, флуоресцентно-мечеными зондами и дНТФ. Прозрачная жидкость. Буфер В 0,60 1 пробирка Буферный раствор с термостабильной ДНК- полимеразой Taq, сульфатом магния и урацил- ДНК-гликозилазой. Прозрачная жидкость. К1 ВПЧ скрининг 0,12 1 пробирка Положительный контрольный образец, ДНК- калибратор. Прозрачная жидкость К2 ВПЧ скрининг 0,12 1 пробирка Положительный контрольный образец, ДНК- калибратор. Прозрачная жидкость. ОКО 1,10 1 пробирка Отрицательный контрольный образец. Прозрачная жидкость К- 0,26 1 пробирка Отрицательный контрольный образец. Прозрачная жидкость. Программное обеспечение «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14 ПО» версия 1.0’ - - На USB флэш-накопителе Таблица 2 Комплектность набора Компонент Формат Количество Набор реагентов - 1 Инструкция по применению набора в электронном виде на USB флэш- накопителе и на официальном сайте Производителя; http;//www. nextbio. ги/reaqents/ 1 Краткое руководство по применению набора в бумажном виде 1 Вкладыш к набору в бумажном виде 1 Паспорт качества в электронном виде на официальном сайте Производителя: http;//www. nextbio.ru/passport/ 1 Руководство оператора в электронном виде на USB флэш- накопителе и на официальном сайте Производителя: http://www. nextbio. ru/reaqents/ 1 2.2. Принцип метода Принцип тестирования основан на проведении одновременной реакции амплификации участков ДНК выявляемых типов ВПЧ ВКР и ДНК р-глобинового гена человека (внутренний эндогенный контроль) при помощи специфичных к этим участкам ' Класс безопасности программного обеспечения в соответствии с ГОСТ Р МЭК 62304 - класс А. Версия 25.06.20 5 --- стр. 9 --- для исследуемых образцов в постановке считаются недостоверными, необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить исследование всех исследуемых образцов, в которых обнаружена ДНК ВПЧ, и контроля, начиная с этапа экстракции. Отрицательный контроль (К-) тестируется, начиная с этапа ПЦР. и позволяет дополнительно контролировать возможную контаминацию ампликонами. В пробирке с отрицательным контролем не должна детектироваться ДНК ВПЧ. В случае несоответствия результата, полученного для контрольного образца, заданным критериям валидности, положительные результаты для исследуемых образцов в постановке считаются недостоверными, необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить исследование всех исследуемых образцов, в которых обнаружена ДНК ВПЧ, и контроля, начиная с этапа ПЦР. В качестве положительного контроля ПЦР используются реагенты К1 ВПЧ скрининг и К2 ВПЧ скрининг, входящие в состав набора. В случае несоответствия результатов для положительных контролей заданным критериям валидности, результаты для всех образцов в постановке считаются недостоверными, требуется повторить исследование всех исследуемых образцов и контролей, начиная с этапа ПЦР. 3.1.2. Анализ калибровки Количественная оценка концентрации ДНК исследуемых образцов проводится относительно количественно охарактеризованных калибровочных образцов К1 ВПЧ скрининг и К2 ВПЧ скрининг. Исследование калибровочных образцов К1 ВПЧ скрининг и К2 ВПЧ скрининг проводится параллельно с исследованием образцов, начиная с этапа ПЦР. Определение концентрации ДНК производится в соответствии с заданными значениями концентраций калибровочных образцов К1 ВПЧ скрининг и К2 ВПЧ скрининг и полученными значениями порогового цикла (Ct) для калибровочных образцов К1 ВПЧ скрининг и К2 ВПЧ скрининг и исследуемых образцов. Эффективность калибровки укладывается в заданный диапазон. Если эффективность калибровки не укладывается в заданный диапазон, необходимо повторить исследование, начиная с этапа ПЦР. 3.1.3. Контроль ингибирования и качества забора материала Для оценки качества забора биоматериала и контроля всех этапов исследования, эффективности экстракции ДНК и оценки влияния ингибиторов ПЦР предусмотрено использование эндогенного ВКО - ДНК (3-глобинового гена человека, который присутствует в каждом исследуемом образце, содержащем клинический материал от человека, и контрольных калибраторах. Результаты исследования ВКО должны --- стр. 10 --- соответствовать заданным критериям валидности для положительных и отрицательных исследуемых образцов, указанным в разделе «Интерпретация результатов». Если в исследуемых образцах не обнаружена ДНК (3-глобинового гена человека (эндогенный ВКО), то результаты исследования данных образцов считаются невалидными, требуется повторить их анализ, начиная с этапа забора материала. 3.1.4. Мониторинг лаборатории на наличие контаминации Рекомендуется раз в месяц проводить мониторинг лаборатории на контаминацию продуктами амплификации, исследуемыми образцами, положительными контрольными образцами. Оценка наличия/отсутствия контаминации проводится путем исследования смывов с различных объектов: пипеток, рабочих поверхностей лабораторной мебели, оборудования и поверхностей помещений. Взятие и исследование смывов следует проводить согласно процедуре, описанной в МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». При обнаружении контаминации необходимо провести обработку лаборатории моющими и дезинфицирующими растворами согласно указаниям, описанным в МУ 1.3.2569-09. 3.2. Рекомендуемые контрольные материалы В качестве контрольных материалов для проверки заявленных функциональных характеристик набора могут быть использованы зарегистрированные на территории Российской Федерации панели контрольных образцов, предназначенные для проведения внутреннего и внешнего контролей качества лабораторных исследований по обнаружению ДНК выявляемых микроорганизмов. 4. ОГРАНИЧЕНИЯ МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЯ 4.1. Набор применяется только для диагностики in vitro. 4.2. Набор предназначен для работы только с исследуемым материалом, указанным в разделе «Назначение». Исследование других видов биологического материала может привести к получению недостоверных результатов. 4.3. Получение достоверных результатов обеспечивается выполнением требований, предъявляемых к взятию, транспортированию и хранению образцов исследуемого материала (см. раздел «Исследуемый материал»). 4.4. Применение набора возможно только персоналом, обученным методам молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-диагностической лаборатории. --- стр. 11 --- / 4.5. При работе с набором следует использовать только амплификаторы с системой детекции флуоресцентного сигнала, характеристики которых удовлетворяют требования, указанные в разделе «Дополнительное оборудование и материалы». 5. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ 5.1. Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно биологические (ПЦР) исследования биологического материала на наличие возбудителей инфекционных болезней, с соблюдением санитарно- эпидемиологических правил СП 1.3.2322-08 «Безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней», СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами» и методических указаний МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». 5.2. При работе необходимо всегда выполнять следующие требования: - Применять набор строго по назначению в соответствии с данной инструкцией. Отклонение от прописанных процедур и порядка действий может привести к получению недостоверных результатов анализа. - Лабораторный процесс должен быть однонаправленным. Анализ следует проводить в отдельных помещениях (зонах) в соответствии с МУ 1.3.2569-09. Не возвращать образцы, оборудование и реагенты в зону, в которой была проведена предыдущая стадия процесса. - Рассматривать исследуемые образцы как инфекционно-опасные, организовывать работу и хранение в соответствии с СП 1.3.2322-08. - Убирать и дезинфицировать разлитые образцы или реагенты, используя дезинфицирующие средства в соответствии с СП 1.3.2322-08. - Удалять неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком годности, а также использованные реагенты, упаковку^, биологический материал'* *, включая материалы, инструменты и предметы, загрязненные биологическим материалом, в соответствии с требованиями СанПиН 2.1.7.2790-10. ВНИМАНИЕ! При удалении отходов после амплификации (пробирок, содержащих продукты ПЦР) недопустимо открывание пробирок и разбрызгивание содержимого. ^ Неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком годности, использованные реагенты, упаковка относятся к классу опасности медицинских отходов Г * Биологический материал, включая инструменты и предметы, загрязненные материалом, относятся к классу опасности медицинских отходов Б. --- стр. 12 --- / поскольку это может привести к контаминации продуктами ПЦР лабораторной зоны, оборудования и реагентов. - Использовать и менять при каждой операции одноразовые наконечники для автоматических дозаторов с фильтром. Одноразовую пластиковую посуду (пробирки, наконечники) необходимо сбрасывать в специальный контейнер, содержащий дезинфицирующее средство. которое может быть использовано для обеззараживания медицинских отходов. - Набор предназначен для однократного применения для проведения ПЦР- исследования указанного количества образцов (см. раздел «Состав и комплектность»). - К работе с набором допускается только персонал, обученный методам молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-диагностической лаборатории в установленном порядке (в соответствии с требованиями СП 1.3.2322- 08). - Не использовать набор, если нарушена внутренняя упаковка или внешний вид реагента не соответствует описанию. - Не использовать набор, если не соблюдались условия транспортирования и хранения согласно инструкции. - Не смешивать реагенты разных серий. - Не использовать набор по истечении срока годности. - Использовать одноразовые неопудренные перчатки, лабораторные халаты, защищать глаза во время работы с образцами и реагентами. Тщательно вымыть руки по окончании работы. Все операции проводятся только в перчатках для исключения контакта с организмом человека. - Не есть, не пить и не курить в процессе использования набора. Избегать контакта реагентов с кожей, глазами и слизистой оболочкой. Не глотать. - При контакте немедленно промыть пораженное место большим количеством воды и при плохом самочувствии обратиться за медицинской помощью. При попадании внутрь, рвоту не вызывать, прополоскать рот водой, обратиться к врачу при плохом самочувствии. 5.3. При использовании по назначению и соблюдении вышеперечисленных мер предосторожности набор безопасен. Реагенты набора содержат натрия азид в концентрации не более 0,1 % и соответственно не классифицируются как опасные и не требуют соблюдения специальных мер предосторожности. 5.4. Специфические воздействия набора на организм человека; - Канцерогенный эффект отсутствует. --- стр. 14 --- 6.2.4. Одноразовые наконечники для дозаторов переменного объема без фильтра до 200 мкл. 6.2.5. Штативы для пробирок объемом 1,5 мл и 5 мл. 6.2.6. Микроцентрифуга для пробирок типа «Эппендорф» объемом 1,5 мл с ускорением не менее 10 000 д. 6.2.7. Вакуумный отсасыватель с колбой-ловушкой для удаления надосадочной жидкости, 6.2.8. Центрифуга-вортекс. 6.2.9. Автоматический дозатор переменного объема на 1000 мкл. 6.3. Экстракция ДНК из исследуемых образцов 6.3.1. Набор реагентов для экстракции ДНК «МагноПрайм ФАСТ» (РУ № РЗН 2019/8043), «АмплиПрайм ДНК-сорб-АМ» (РУ № ФСР 2012/14204), «МагноПрайм ВПЧ», либо любой другой рекомендованный производителем набор, зарегистрированный в РФ и соответствующий следующим требованиям. - набор позволяет выделять ДНК из биологического материала (соскобный материал или отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (мазки со слизистой оболочки влагалища, соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала (эктоцервикса и эндоцервикса, в том числе в транспортную среду для жидкостной цитологии), соскоб эпителия со слизистой оболочки уретры, прямой кишки)) для последующего исследования методом полимеразной цепной реакции: - набор не относится к экспресс-методам экстракции ДНК; - набор позволяет исследовать образцы объемом не менее 100 мкл; - набор позволяет проводить элюцию очищенной ДНК в объеме не менее 100 мкл. ВНИМАНИЕ! При исследовании образцов, взятых в транспортную среду для жидкостной цитологии, необходимо использовать набор реагентов «МагноПрайм ВПЧ». 6.3.2. Дополнительные материалы и оборудование, необходимые для экстракции ДНК, - согласно инструкции к набору реагентов для экстракции ДНК. 6.4. Амплификация, детекция продуктов амплификации, анализ и интерпретация результатов 6.4.1. Одноразовые полипропиленовые пробирки, свободные от ДНКаз, следующих видов; - завинчивающиеся пробирки и крышки к ним или плотно закрывающиеся --- стр. 15 --- пробирки объемом 1,5 мл - для приготовления реакционной смеси; - тонкостенные пробирки для ПЦР объемом 0,2 мл с выпуклой или плоской оптически прозрачной крышкой или пробирки объемом 0,2 мл в стрипах по 8 шт. с прозрачными крышками - для проведения ПЦР при использовании прибора планшетного типа: - тонкостенные пробирки для ПЦР объемом 0,2 мл с плоской крышкой или пробирки для ПЦР объемом 0.1 мл в стрипах по 4 шт. с крышками - для проведения ПЦР при использовании прибора роторного типа. 6.4.2. Одноразовые наконечники, свободные от ДНКаз, для дозаторов переменного объема с фильтром от 100 до 1000 мкл. 6.4.3. Штативы для пробирок объемом 0,2 мл или 0,1 мл (в соответствии с используемыми пробирками для ПЦР). 6.4.4. Бокс абактериальной воздушной среды (ПЦР-бокс). 6.4.5. Центрифуга-вортекс. 6.4.6. Автоматические дозаторы переменного объема. 6.4.7. Станция автоматическая с модулем для приготовления и раскапки реакционных смесей и комплект расходных материалов к ней согласно инструкции Производителя. 6.4.8. Программируемый амплификатор с системой детекции флуоресцентного сигнала в режиме «реального времени» роторного типа - Rotor-Gene Q, либо планшетного типа - QuantStudio 5 или С1000 Touch в комплекте с модулем CFX96, либо аналогичный, рекомендованный производителем, зарегистрированный в РФ и соответствующий следующим требованиям; - наличие независимых каналов флуоресцентной детекции для флуорофоров РАМ, R6G, ROX, Су5 с характеристиками, указанными в таблице 4. Таблица 4 Требуемые характеристики каналов флуоресцентной детекции Канал для флуорофора Длины волн, нм Возбуждения Детекции Минимум Максимум Минимум Максимум РАМ 450 470 510 530 R6G 515 532 545 580 ROX 565 585 605 650 Су5 620 640 660 690 - для приборов планшетного типа наличие подогреваемой крышки с температурой более 100°С; - точность поддержания температуры й ±0,4®С; --- стр. 16 --- - скорость нагрева не менее 2°С/сек; - скорость охлаждение не менее 1°С/сек. 6.4.9. Холодильник от 2 до 8 “С. 6.4.10. Отдельный халат, шапочки, обувь и одноразовые перчатки в соответствии с МУ 1.3.2569-09. 6.4.11. Емкость для сброса наконечников. 7. ИССЛЕДУЕМЫЙ МАТЕРИАЛ Материалом для исследования служит соскобный материал или отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (мазки со слизистой оболочки влагалища, соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала (эктоцервикса и эндоцервикса, в том числе в транспортную среду для жидкостной цитологии), соскоб эпителия со слизистой оболочки уретры, прямой кишки)). Взятие, транспортирование и хранение исследуемого биологического материала следует проводить в соответствии с нижеперечисленными требованиями, несоблюдение которых может привести к получению некорректных результатов исследования. 7.1. Мазки со слизистой оболочки влагалища Взятие материала провести из заднебокового свода влагалища с помощью стерильного одноразового зонда-тампона или универсального зонда в пробирку с транспортной средой с муколитиком в соответствии с инструкцией по применению зонда. Необходимо максимально полно собрать отделяемое. Рабочую поверхность зонда поместить в транспортную среду, обломав пластиковую основу. Допустимо минимальное присутствие примесей в виде слизи и крови. ВНИМАНИЕ! Во избежание контаминации, нельзя обрезать зонд ножницами! Биологический материал, помещенный в транспортную среду, хранить и транспортировать согласно требованиям, указанным в инструкции к используемой транспортной среде. 7.2. Соскобы эпителия со слизистой оболочки цервикального канала 7.2.1. Взятие материала Перед получением материала слизь и отделяемое влагалища с поверхности шейки матки удалить стерильным марлевым тампоном. Взятие материала провести из цервикального канала: - с помощью стерильной одноразовой цервикальной цитощетки в пробирку с транспортной средой с муколитиком в соответствии с инструкцией по применению цитощетки / зонда; --- стр. 20 --- 8.1. Экстракция ДНК из исследуемого материала Для экстракции ДНК использовать наборы реагентов, рекомендованные Производителем в разделе «Дополнительное оборудование и материалы». Порядок работы с наборами для экстракции ДНК смотрите в инструкции по их применению, ВНИМАНИЕ! При проведении исследования недопустимо использование экспресс- методов экстракции ДНК. Каждая группа экстрагируемых образцов должна сопровождаться постановкой отрицательного контроля (ОКО) в одном повторе. В процессе экстракции ДНК использовать следующие объемы реагентов и исследуемых образцов; - объем исследуемого образца - 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов: - объем реагента ОКО - 100 мкл в пробирку для ОКО; - объем реагента, используемого для элюции ДНК, - 100 мкл. 8.2. Подготовка реагентов для амплификации ВНИМАНИЕ! Компоненты реакционной смеси следует смешивать непосредственно перед проведением ПЦР. ВНИМАНИЕ! В случае приготовления реакционной смеси с помощью автоматической станции следуйте указаниям инструкции по ее использованию. 8.2.1. Рассчитать объемы для ПЦР-смеси ВПЧ-скрининг и Буфера В, требующиеся для приготовления реакционной смеси (см. таблицу 5). Смесь готовить на общее число исследуемых и контрольных образцов плюс запас не менее чем на одну реакцию. Таблица 5 Расчет объемов компонентов реакционной смеси Реагент Объем, мкл Обозначения ПЦР-смесь ВПЧ-скрининг 10,0*(N+1) N - количество образцов ДНК, полученных на этапе экстракции, включая контролиБуфер В 5,0*(N+1) 8.2.2. Перед смешиванием реагентов перемешать содержимое пробирок с ПЦР- смесью ВПЧ-скрининг и Буфером В, осадить капли на вортексе. 8.2.3. Приготовить реакционную смесь в отдельной пробирке, добавив компоненты в объемах, рассчитанных в п. 8.2.1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе. 8.2.4. Отобрать необходимое количество пробирок или стрипов для амплификации ДНК исследуемых и контрольных образцов, полученной на этапе экстракции. Выбор пробирок для амплификации зависит от используемого амплификатора с системой детекции в режиме «реального времени». --- стр. 21 --- г 8.2.5. Внести в пробирки по 15 мкл приготовленной реакционной смеси. ВНИМАНИЕ! Неиспользованные остатки реакционной смеси хранению не подлежат. 8.3. Внесение проб ДНК, проведение амплификации и детекции ВНИМАНИЕ! При добавлении проб ДНК, экстрагированных с помощью наборов реагентов для проведения экстракции методом сорбции на силикагеле или магнитной сепарации, необходимо избегать попадания сорбента в реакционную смесь. ВНИМАНИЕ! Программирование и запуск амплификатора проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для программирования амплификаторов указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. 8.3.1. Внести в подготовленные пробирки с реакционной смесью по 10 мкл проб ДНК, полученных в результате экстракции. 8.3.2. Внести контрольные образцы. Для качественного определения ДНК; а) положительный контроль ПЦР - в одну пробирку для образца К2 внести 10 мкл К2 ВПЧ скрининг б) отрицательный контроль экстракции - в одну пробирку для образца ОК внести 10 мкл пробы, экстрагированной из ОКО. в) отрицательный контроль ПЦР - в одну пробирку для образца К- внести 10 мкл реагента К-. Для количественного определения ДНК: а) Образец К1 - в одну пробирку внести 10 мкл К1 ВПЧ скрининг б) Образец К2 - в одну пробирку внести 10 мкл К2 ВПЧ скрининг в) отрицательный контроль экстракции (ОК) - в одну пробирку для образца ОК внести 10 мкл пробы, экстрагированной из ОКО г) отрицательный контроль ПЦР (К-) - в одну пробирку для образца К- внести 10 мкл реагента К- 8.3.3. Запрограммировать амплификатор с системой детекции в режиме «реального времени» для выполнения единой программы амплификации и детекции флуоресцентного сигнала (см. таблицу 6). Таблица б Единая программа амплификации и детекции флуоресцентного сигнала Цикл Температура, Время Детекция по каналам для фяуорофоров Количество шшмв 1 50 15 мин - 1 2 95 15 мин - 1 3 95 ' Юс _ 4560 20 с РАМ, R6G®, ROX, Су5 ® Детекция сигнала для флуорофора R6G осуществляется по каналу детекции для аналогичных флуорофоров HEX, JOE и VIC. --- стр. 22 --- примечание - С использованием единой программы можно одновременно проводить в одном приборе любое сочетание тестов, включая тесты с обратной транскрипцией и амплификацией. При одновременном проведении нескольких тестов детекция флуоресцентного сигнала назначается и по другим используемым каналам, помимо указанных в таблице. В случае если в одном приборе одновременно проводятся тесты только для выявления ДНК, можно удалить из данной программы первый шаг обратной транскрипции (50 “С - 15 минут) для экономии времени. 8.3.4. Установить пробирки или стрипы в ячейки реакционного модуля прибора. Примечание - Рекомендуется перед постановкой в амплификатор планшетного типа осадить капли со стенок пробирок на вортексе. 8.3.5. Запустить выполнение программы амплификации с детекцией флуоресцентного сигнала. 8.3.6. Прибор проводит регистрацию флуоресцентного сигнала автоматически в режиме «реального времени». 8.4. Анализ и вычисление результатов ВНИМАНИЕ! Обработку данных (флуоресцентных кривых), полученных в программном обеспечении прибора, используемого для проведения ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для обработки данных указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. ВНИМАНИЕ! Количественный анализ результатов возможно проводить только в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения к набору «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14 ПО» версии 1.0, согласно руководству оператора по применению программного обеспечения. Руководство оператора и программное обеспечение находятся на USB флэш-накопителе, входящем в состав набора, а также на официальном сайте Производителя по адресу: http://www.nextbio.ru/reagents/. Необходимые значения для расчета результатов указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. Обработка и расчет результатов происходит на основании наличия (или отсутствия) пересечения кривой флуоресценции S-образной (сигмообразной) формы с установленной на соответствующем уровне пороговой линией, что определяет наличие (или отсутствие) для данной пробы ДНК значения порогового цикла (Ct) в соответствующей графе таблицы результатов. Параметры обработки флуоресцентных кривых зависят от используемой модели амплификатора (см. вкладыш к набору и инструкцию по применению амплификатора). --- стр. 23 --- кривые накопления флуоресцентного сигнала анализируются по четырем каналам детекции (см. таблицу 7). Таблица 7 Детекция флуоресцентного сигнала Канал для ФямммЬооа FAM R6G ROX Су5 продукт амплификации ДНКВПЧ тип 16 ДНК ВПЧ тип 18 ДНК ВПЧ (типы: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68) ДНК 3-глобинового гена человека (ВКО Glob) На основании полученных значений порогового цикла (Ct) и заданных значений концентраций для калибраторов строится калибровочная кривая, по которой проводится расчет концентрации ДНК ВПЧ и количество геномов человека на 1 мл исследуемого образца/реакционную смесь. Полученные значения используются для расчета количества ДНК ВПЧ, приходящегося на 10^ клеток человека. Нормированные значения концентраций отражают количество копий возбудителя относительно клеток человека. Полученные значения концентраций ДНК человека позволяют оценить качество взятия биологического материала. Расчет нормированных значений концентрации ДНК ВПЧ производят по формуле: ig ( число копий ДНК ВПЧ в 1 мл число копий ДНК человека в 1 мл X 2 * 10^ ) = Ig (число копий ДНК ВПЧ на 10^ клеток человека) где 2 - это коэффициент пересчета количества копий ДНК человека в количество клеток. Нормированные значения концентраций отражают количество копий возбудителя относительно клеток человека. 8.5. Интерпретация результатов Интерпретацию результатов можно проводить в двух вариантах: - вручную в соответствии с таблицей 8 и вкладышем, прилагаемым к набору. Результат исследования считают достоверным, если получены правильные результаты для контролей в соответствии с таблицей 10; - в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения к набору «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14 ПО» версии 1.0, согласно руководству оператора по применению программного обеспечения и вкладышу, прилагаемому к набору. Используемые в программном обеспечении алгоритм интерпретации результатов для исследуемых образцов и критерии валидности результатов, полученных для контролей, представлены в таблицах 9 и 10 соответственно. --- стр. 24 --- Таблица 8 Интерпретация результатов для исследуемых образцов при проведении качественного анализа Результат Интерпретация Значение Ct по каналу Су5 не определено или определено выше граничного^ Невалидный Значение Ct по каналу для флуорофора FAM, определено не выше граничного и значение Ct по каналу Суб определено не выше граничного ДНК ВПЧ ВКР 16 типа обнаружена Значение Ct по каналу для флуорофора R6G, определено не выше граничного и значение Ct по каналу Су5 определено не выше граничного ДНК ВПЧ ВКР 18 типа обнаружена Значение Ct по каналу для флуорофора ROX, определено не выше граничного и значение Ct по каналу Суб определено не выше граничного Обнаружена ДНК ВПЧ ВКР одного или нескольких из перечисленных типов: 31, 33. 35, 39. 45, 51, 52, 56. 58, 59, 66, 68 Значения Ct по каналам для флуорофоров FAM, R6G и ROX, не определены или определены выше граничного значения, а значение Ct по каналу Суб определено не выше граничного ДНК ВПЧ ВКР не обнаружена Таблица 9 Интерпретация результатов для исследуемых образцов при проведении количественного анализа Результат Интерпретация Значение Ct по каналу для флуорофора Суб (ДНК человека) отсутствует или определено выше граничного’, или определено, но при этом рассчитанное количество клеток человека в исследуемом образце менее 500 в реакцию Невалидный! Недостаточное количество материала для анализа Значение Ct по всем каналам для ВПЧ отсутствует, значение Ct по каналу для флуорофора Суб (ДНК человека) определено не выше граничного, при этом рассчитанное количество клеток человека в исследуемом образце более 500 в реакцию ДНК выявляемых ВПЧ не обнаружена Менее 3 1д (ВПЧ на 10® клеток человека) Суммарная концентрация ВПЧ<3 1д, низкий риск развития дисплазии Выше 3 1д (ВПЧ на 10® клеток человека) Суммарная концентрация ВПЧ>3 1д, высокий риск развития дисплазии Таблица 10 Результаты для контролей Контроль Результаты амплификации по каналу для флуорофора РАМ R6G/ HEX /JOE/VIC ROX Суб ок (отрицательный контроль экстракции) Значение Ct отсутствует К- (отрицательный контроль ПЦР) Значение Ct отсутствует К1 ВПЧ скрининг (К1) Определено значение Ct К2 ВПЧ скрининг (К2) Определено значение Ct не выше граничного’ К1 ВПЧ скрининг (К1) К2 ВПЧ скрининг (К2) Показатель эффективности (Е) для калибраторов укладывается в диапазон 0,8 - 1.2 ^ Граничные значения Ct указаны во вкладыше, прилагаемом к набору Версия 25,06.20 --- стр. 25 --- у 8.6. Возможные ошибки 8.6.1. Для отрицательного контроля (ОК или К-) по каналу для флуорофора FAM, R6G, ROX и Су5 определено значение порогового цикла (Ct). Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов или исследуемых образцов на каком-либо этапе исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить исследование для всех образцов, в которых обнаружена ДНК анализируемых ВПЧ, начиная с этапа экстракции ДНК. 8.6.2. Если показатель эффективности Е для калибраторов не укладывается в диапазон 0,8 - 1,2, необходимо проверить правильность заданных концентраций калибраторов в соответствии с вкладышем к набору реагентов и правильность выбранного уровня пороговой линии. Если при правильно заданных концентрациях калибраторов и уровне пороговой линии показатель эффективности не укладывается в требуемый диапазон, следует повторить исследование, начиная с этапа ПЦР. 8.6.3. Для исследуемого образца определено значение порогового цикла, при этом на графике флуоресценции отсутствует участок характерного экспоненциального подъема (график представляет собой приблизительно прямую линию). Необходимо проверить правильность выбранного уровня пороговой линии или параметров расчета базовой линии. Если результат получен при правильном уровне пороговой линии (базовой линии), требуется повторно провести амплификацию и детекцию для этого образца. 8.6.4. В случае получения невалидных результатов требуется повторное исследование образца, начиная с этапа экстракции ДНК. В случае воспроизводимого результата рекомендуется повторно провести забор и исследование биологического материала. 8.7. Диагностическое значение полученного результата ПЦР-исследование является одним из методов всестороннего обследования пациента, на основании которых лечащий врач устанавливает диагноз и выбирает мероприятия по лечению пациента. Результаты, полученные при использовании набора, следует рассматривать и интерпретировать в сочетании с данными других клинических и лабораторных исследований. --- стр. 26 --- 9. ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА 9.1. Предел обнаружения^ Предел обнаружения набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» был определен с использованием пробит-анализа с 95%-ой доверительной вероятностью (см. таблицу 11). Значения характеристики, указанные в таблице 11, достигаются при соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал». Таблица 11 Предел обнаружения набора Тип ВПЧ Предел обнаружения по Probit 95%, копий/мл 95%-ый доверительный интервал, копий/мл ВПЧ ВКР 16 5x103 2 ,9 5 x1 0 3 -7 ,0 7 x1 0 3 ВПЧ ВКР 18 5x103 2,63x103 - 5,49x103 ВПЧ ВКР 31 5x103 3 ,2 4 x1 0 3 -8 ,1 1 x1 0 3 ВПЧ ВКР 33 5x103 2 ,7 3 x1 0 3 -6 ,6 1 x1 0 3 ВПЧ ВКР 35 5x103 2,77x103 - 6,52x103 ВПЧ ВКР 39 5x103 2 .7 2 x1 0 3 -6 ,6 2 x1 0 3 ВПЧ ВКР 45 5x103 2 ,6 9 x1 0 3 -5 ,6 2 x1 0 3 ВПЧ ВКР 51 5x103 3.07x103 - 7,57x103 ВПЧ ВКР 52 5x103 2 ,7 2 x1 0 3 -6 .6 2 x1 0 3 ВПЧ ВКР 56 5x103 2 ,9 2 x1 0 3 -7 ,2 7 x1 0 3 ВПЧ ВКР 58 5x103 2 ,5 2 x1 0 3 -5 ,9 9 x1 0 3 ВПЧ ВКР 59 5x103 2.92x103 - 7,27x103 ВПЧ ВКР 66 5x103 2 ,8 9 x1 0 3 -7 ,0 6 x1 0 3 ВПЧ ВКР 68 5x103 2,53x103 - 5,31x103 9.2. Линейный диапазон измерения и предел измерения Диапазон, в котором набор дает линейный ответ, находится в пределах от 8x10^ до 3x10® копий/мл. Предел измерения набора является нижним пределом линейного диапазона измерения набора. Указанные значения характеристики достигаются при соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал». 9.3. Аналитическая специфичность Набор реагентов «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» обнаруживает фрагменты ДНК ВПЧ ВКР типов: 16, 18, 31, 33, 35. 39, 45. 51, 52. 56, 58. 59, 66, 68. Аналитическая специфичность набора оценивалась тестированием ДНК микроорганизмов (см. таблицу 12) и геномной ДНК человека. ДНК микроорганизмов в концентрации не менее 1x10® копий/мл и геномную ДНК человека вносили в образцы биологического материала, не содержащие определяемые с помощью набора ® предел обнаружения - 95%-ое положительное пороговое значение концентрации (концентрация ДНК ВПЧ ВКР, при которой 95% тестов дают положительный результат). --- стр. 27 --- типы ВПЧ. Дополнительно подтверждалось отсутствие перекрестных реакций между выявляемыми типами ВПЧ. Таблица 12 Микроорганизмы, используемые для оценки аналитической специфичности Микроорганизм Микроорганизм Candida albicans Neisseria meningitides Candida glabrata Staphylococcus saprophyticus Candida krusei Staphylococcus agalactiae Chlamydia trachomatis Staphylococcus aureus Escherichia coli Shigella flexneri Enterobacter aerogenes Shigella sonnei Enterobacter cloacae Salmonella typhi Haemophilus influenza Salmonella enteritidis Listeria monocytogenes Salmonella abony Mycoplasma genitalium Pseudomonas aeruginosa Neisseria gonorrhoeae - При тестировании образцов ДНК вышеперечисленных микроорганизмов и геномной ДНК человека с использованием набора перекрестных реакций выявлено не было. 9.4. Воспроизводимость и повторяемость измерения Воспроизводимость и повторяемость измерений с помощью набора оценивали путем тестирования модельных образцов биологического материала, содержащих ДНК выявляемых типов ВПЧ в трех диапазонах концентраций (см. таблицу 13 и 14). Модельные образцы были приготовлены разведением стандартных образцов предприятия, содержащих ДНК выявляемых типов ВПЧ, в биологическом материале, не содержащем ДНК выявляемых типов ВПЧ. Каждый образец проходил все этапы исследования (экстракцию ДНК, амплификацию ДНК и детекцию результатов). Тестирование каждого разведения для оценки повторяемости проводилось в 16 повторах, для оценки воспроизводимости - в 32 повторах. Таблица 13 Повторяемость измерения Тип ВПЧ Исходное значение концентрации, копий/мл Среднее измеренное значение концентрации, iO»w Стандартное отклонение (SD), 1одю Коэффициент вариации (CV), % от 1x10® до 2x10® 6,15 0,08 1,33 ВПЧ 16 от 1x10® до 2x10® 5,18 0,03 0,66 от 1x10'* до 2x10'' 4,24 0,06 1,37 ВПЧ 18 от 1x10® до 2x10® 6,18 0,08 1,28 от 1x10® до 2x10® 5.19 0,03 0,61 --- стр. 29 --- Тип ВПЧ Исходное значение концентрации, копий/мл Среднее измеренное значение концентрации, iBO ie Стандартное отклонение (SD), logio Коэффициент вариации (CV), % от IxlO'* до 2x10'* 4.48 0,15 3,36 ВПЧ 68 от 1x10® до 2x10® 6,16 0,13 2,04 от 1x10® до 2x10® 5,09 0,06 1,19 от 1x10** до 2x10“ 3,99 0,30 7,47 ВПЧ 59 от 1x10® до 2x10® 6,65 0,25 3,76 от 1x10® до 2x10® 5,60 0,13 2.38 от 1x10“ до 2x10“ 4,62 0,13 2,78 ВПЧ 51 от 1x10® до 2x10® 6,68 0,14 2,08 от 1x10® до 2x10® 5,70 0,18 3,14 от 1x10“ до 2x10“ 4,62 0,11 2,28 ВПЧ 58 от 1x10® до 2x10® 6,56 0,26 3,93 от 1x10® до 2x10® 5,54 0,11 2,06 от 1x10“ до 2x10“ 4,52 0,18 4,02 ВПЧ 52 от 1x10® до 2x10® 6,45 0,15 2,27 от 1x10® до 2x10® 5,52 0,19 3.50 от 1x10“ до 2x10“ 4.57 0,15 3,27 ВПЧ 33 от 1x10® до 2x10® 6,09 0,06 1,01 от 1x10® до 2x10® 5,06 0,04 0.74 от 1x10“ до 2x10“ 4,01 0,10 2,56 ВПЧ 56 от 1x10® до 2x10® 6,34 0,16 2,58 от 1x10® до 2x10® 5,30 0,20 3,69 от 1x10“ до 2x10“ 4,21 0,26 6,14 ВПЧ 39 от 1x10® до 2x10® 6,36 0,22 3,40 от 1x10® до 2x10® 5,10 0,14 2,73 от 1x10“ до 2x10“ 4,12 0,28 6,82 ВПЧ 31 от 1x10® до 2x10® 6,52 0,26 4,01 от 1x10® до 2x10® 5,54 0,21 3,71 от 1x10“ до 2x10“ 4,49 0,27 6,02 ВПЧ 66 от 1x10® до 2x10® 6,41 0,18 2,76 от 1x10® до 2x10® 5.37 0,26 4,81 от 1x10“ до 2x10“ 4.23 0,25 5,95 9.5. Правильность измерения Правильность измерения с помощью набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» была определена путем тестирования стандартных образцов предприятия в 32 повторах (см. таблицу 15). Таблица 15 Правильность измерения Тип ВПЧ Среднее значение измерения, 1одю Установленное значение ИМдентрации, logn Систематическая погрешность (В) logic % ВПЧ 16 5,47 5,70 -0,23 -3,97 ВПЧ 18 5,55 5,70 -0.15 -2,68 ВПЧ 45 5,44 5,70 -0,26 -4,48 ВПЧ 35 5,19 5.70 -0,51 -8,89 ВПЧ 68 4,89 5,70 -0,81 -14.15 ВПЧ 59 5,22 5,70 -0,48 -8.37 ВПЧ 51 5,52 5,70 -0,18 -3.17 ВПЧ 58 5,46 5,70 -0,24 -4,23 --- стр. 30 --- Тип ВПЧ Среднее значение Установленное Систематическая погрешность (В) измерения, 1одююмцептрццм, logM logic % ВПЧ 52 5,23 5,70 -0,47 -8,19 ВПЧ 33 5,25 5,70 -0,45 -7,97 ВПЧ 56 5,23 5,70 -0,47 -8,26 ВПЧ 39 5,23 5,70 -0,47 -8,28 ВПЧ 31 5,63 5,70 -0,07 -1,22 ВПЧ 66 5.35 5.70 -0,35 -6,20 9.6. Диагностическая специфичность и диагностическая чувствительность Для определения диагностических характеристик набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» были использованы 500 образцов отделяемого слизистой оболочки влагалища (мазки) (в транспортной среде для мазков), 200 образцов соскобов эпителия со слизистой оболочки цервикального канала (в транспортной среде для мазков), 500 образцов соскобов эпителия со слизистой оболочки цервикального канала в транспортной среде для жидкостной цитологии (в том числе с гистологически подтвержденной дисплазией средней степени и выше (CIN2+)), 200 образцов соскобов эпителия со слизистой оболочки уретры (мужские образцы), 195 образцов соскобов эпителия со слизистой оболочки прямой кишки. В качестве наборов сравнения, с помощью которых устанавливали наличие или отсутствие ДНК ВПЧ ВКР, использовались следующие наборы реагентов: - Набор реагентов для количественного определения ДНК вирусов папилломы человека (ВПЧ) высокого канцерогенного риска (ВКР) 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 генотипов в биологическом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) для диагностики in vitro «АмплиСенс® ВПЧ ВКР скрин-титр-14- FL» по ТУ 9398-231-01897593-2015 (РУ № РЗН 2017/5387), - Набор реагентов для дифференциального выявления и количественного определения ДНК вирусов папилломы человека 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58 и 59 типов высокого канцерогенного риска методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (РеалБест ДНК ВПЧ ВКР генотип количественный) по ТУ 9398-320-23548172-2011 (РУ № ФСР 2012/13457), - Набор реагентов для выявления ДНК вируса папилломы человека 66 типа методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (РеалБест ДНК ВПЧ 66) по ТУ 9398-512-23548172-2015 (РУ № РЗН 2016/4013), - Набор реагентов для выявления ДНК вируса папилломы человека 68 типа методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (РеалБест ДНК ВПЧ 68) по ТУ 9398-426-23548172-2013 (РУ № РЗН 2015/2297). --- стр. 31 --- Таблица 16 Результаты тестирования образцов биологического материала с помощью набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» Исследуемые образцы Результаты тестирования Тип Количество Образцы АмплиПрайцР апчвк^и Набор Отделяемое слизистой оболочки влагалища (мазок) в транспортной среде для мазков 500 Положительных 149 149 Отрицательных 351 351 Соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала в транспортной среде для мазков 200 Положительных 101 101 Отрицательных 99 99 Соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала в транспортной среде для жидкостной цитологии (в том числе с гистологически подтвержденной дисплазией средней степени и выше (CIN2+)) 500 Положительных 162 162 Отрицательных 338 338 Соскоб эпителия со слизистой оболочки уретры (мужские образцы) 200 Положительных 101 101 Отрицательных 99 99 Соскоб эпителия со слизистой оболочки прямой кишки 195 Положительных 98 98 Отрицательных 97 97 Значения диагностической специфичности и чувствительности набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» с доверительной вероятностью 95 %, рассчитанные, исходя из полученных данных, приведены в таблице 17. Таблица 17 Диагностические характеристики набора Тип образцов Диагностическая специфичность, % Диагностическая чувствительность, % Отделяемое слизистой оболочки влагалища (мазок) в транспортной среде для мазков 99,2-100 98,0-100 Соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала в транспортной среде для мазков 97,0-100 97,1 -100 Соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала в транспортной среде для жидкостной цитологии 99,1 - 100 98,2-100 Соскоб эпителия со слизистой оболочки уретры (мужские образцы) 97,0-100 97,1 -100 Соскоб эпителия со слизистой оболочки прямой кишки 97,0-100 97,0-100 9.7. Оценка влияния интерферирующих веществ и ДНК человека Влияние интерферирующих веществ, потенциально содержащихся или присутствующих в исследуемом биоматериале, на эффективность ПЦР при использовании набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» отсутствует. Не выявлено ингибирование реакции амплификации при добавлении к образцам отделяемого слизистой оболочки влагалища и образцам отделяемого слизистой оболочки прямой --- стр. 32 --- кишки на этапе экстракции интерферирующих веществ, представленных в таблице 18, в максимально возможной концентрации для данных видов биоматериала. Таблица 18 Вид биоматериала Интерферент Концентрация интерферента в образце отделяемое слизистой оболочки влагалища муцин 0,23 мг/100 мкл гемоглобин 0,20 ммоль/100 мкл мочевина 0,033 ммоль/100 мкл лубриканты 5 мкг/100 мкл семенная жидкость 5 мкг/100 мкл мирамистин 0,001 % действующего вещества итраконазол 6,5 мкг/100 мкл метронидазол 5 мкг/100 мкл дидрогестерон 5 мкг/100 мкл прогестерон 5 мкг/100 мкл отделяемое слизистой оболочки прямой кишки гликохолат натрия 11,1 нг/100 мкл натрий таурохолат гидрат 3,8 нг/100 мкл хлорофилл 0,26 мкг/100 мкл Также при использовании набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» не выявлено ингибирование реакции амплификации при добавлении к образцам отделяемого слизистой оболочки влагалища искусственно-синтезированной ДНК человека в максимально возможной концентрации (3,0x10® копий/100 мкл) для данного вида биоматериала. Ю.УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ НАБОРА 10.1. Срок годности Срок годности набора составляет 12 месяцев от даты изготовления. После вскрытия реагенты использовать до истечения срока годности набора. Набор с истекшим сроком годности применению не подлежит. 10.2. Транспортирование Набор транспортировать при температуре от 2 до 8 °С всеми видами крытых транспортных средств в термоконтейнерах с хладоэлементами или в авторефрижераторах. Не допускается замораживание реагентов. Допускается транспортирование при температуре от 8 до 25 °С не более 3 суток. Набор, транспортированный с нарушением указанного температурного режима, применению не подлежит. --- стр. 33 --- 10.3. Хранение Набор хранить при температуре от 2 до 8 °С в защищенном от света месте в течение всего срока годности набора. Не допускается замораживание реагентов. Реагенты после вскрытия хранить в тех же условиях, что и реагенты до вскрытия. Невскрытые и вскрытые реагенты стабильны в течение срока годности, указанного на этикетке, при соблюдении указанных условий хранения. Реакционная смесь, приготовленная из ПЦР-смеси ВПЧ-скрининг и Буфера В. хранению не подлежит. Набор, хранившийся с нарушением указанного режима хранения, применению не подлежит, 11.ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ Производитель гарантирует соответствие характеристик набора требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение указанного срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и применения. Рекламации на качество набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» направлять в адрес производителя ООО «НекстБио»; 111394, г. Москва, ул. Полимерная, 8 стр. 2, тел. (495) 620-08-73, e-mail: info@nextbio.ru. При выявлении нежелательных реакций при использовании набора, фактов и обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских работников при обращении и эксплуатации набора, рекомендуется направить сообщение по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную регулирующую организацию (в Российской Федерации - Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим законодательством. Консультацию по работе с набором, а также по вопросам, касающимся качества набора, можно получить по контактам, указанным на официальном сайте Производителя; www.nextbio.ru. --- стр. 34 --- REF Номер по каталогу ш Л Изготовитель LOT Код партии Дата изготовления IVD V Медицинское изделие для диагностики in vitro Содержимого достаточно для проведения п- количества тестов t Использовать до Температурный диапазон □ 0 Обратитесь к инструкции по применению Не допускать попадания солнечного света --- стр. 39 --- ЭКСТРАКЦИЯ ДНК из ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА Для экстракции ДНК использовать наборы реагентов, рекомендованные Производителем в инструкции по применению набора «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14». Порядок работы с наборами для экстракции ДНК смотрите в инструкции по их применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции ДНК с помощью рекомендуемых наборов реагентов, указаны в таблице ниже. Добавляемый реагент / образец Исследуемые образцы 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для ОК (отрицательного контроля экстракции) Реагент для элюции ДНК 100 мкп в каждую пробирку АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ВНИМАНИЕ! Для внесения в пробирки реагентов, проб ДНК и контрольных образцов использовать одноразовые наконечники с фильтрами. 1. Рассчитать объем реагентов, необходимый для приготовления реакционной смеси, согласно таблице; Реагент Объем, мкл Обозначения ПЦР-смесь ВПЧ-скрининг 10,0*(N+1) N - количество образцов ДНК, полученных на этапе экстракции, включая контролиБуфер В 5,0*(N+1) ВНИМАНИЕ! Компоненты реакционной смеси следует смешивать непосредственно перед проведением ПЦР. ВНИМАНИЕ! В случае приготовления реакционной смеси с помощью автоматической станции следуйте указаниям инструкции по ее использованию. 2. Перед смешиванием реагентов перемешать содержимое пробирок с ПЦР-смесью ВПЧ-скрининг и Буфером В, осадить капли на вортексе. 3. Приготовить реакционную смесь в отдельной пробирке, добавив компоненты в объемах, рассчитанных в п. 1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе. 4. Отобрать необходимое количество пробирок или стрипов для амплификации ДНК исследуемых и контрольных образцов, полученной на этапе экстракции. 5. Внести в подготовленные пробирки реакционную смесь и образцы согласно таблице: Добавляемый реагент / образец Внести по 15 мкл Приготовленной реакционной смеси в пробирки для исследуемых и контрольных образцов Внести по 10 мкл ВНИМАНИЕ! Избегать попадания сорбента в реакционную смесь. Пробы ДНК, экстрагированной из исследуемого образца в пробирки для исследуемых образцов Пробы ДНК, экстрагированной из ОКО в пробирку для образца ОК (отрицательного контроля экстракции) Реагента К- в пробирку для образца К- (отрицательного контроля ПЦР) К2 ВПЧ скрининг (при проведении качественного и количественного анализа) в пробирку для образца К2 К1 ВПЧ скрининг (при проведении только количественного анализа) в пробирку для образца К1 6. Запрограммировать амплификатор с системой детекции в режиме «реального времени» согласно инструкции по его применению для выполнения следующей программы: --- стр. 40 --- Цикл Температура, ‘'С Время Детекция по каналам для флуорофоров Количество Ш1КЛОВ 1 50 15 мин - 1 2 95 15 мин - 1 3 95 Ю с - 45 60 20 с РАМ, R6G\ ROX, Су5 Примечания 1) Рекомендуемые параметры для программирования амплификаторов указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. 2) В случае, если в одном приборе одновременно проводятся тесты только для выявления ДНК, можно удалить из указанной программы первый шаг (50 °С - 15 мин) для экономии времени. 7. Установить пробирки или стрипы в ячейки реакционного модуля прибора. Примечание - Рекомендуется перед постановкой в амплификатор планшетного типа осадить капли со стенок пробирок на вортексе. 8. Запустить выполнение программы амплификации с детекцией флуоресцентного сигнала согласно инструкции по применению используемого амплификатора. АНАЛИЗ. ВЫЧИСЛЕНИЕ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ВНИМАНИЕ! Обработку данных (флуоресцентных кривых), полученных в программном обеспечении прибора, используемого для проведения ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для обработки данных указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. Анализ, вычисление и интерпретацию результатов можно проводить; - в качественном и количественном формате в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения к набору «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14 ПО» версии 1.0 согласно руководству оператора по применению программного обеспечения. Руководство оператора и программное обеспечение находятся на USB фпэш-накопителе, входящем в состав набора, а также на официальном сайте Производителя по адресу: http;// www.nextbio.ru/reagents/ . Необходимые значения для расчета результатов указаны во вкладыше, прилагаемом к набору: - в качественном формате в ручном режиме с помощью программного обеспечения прибора, используемого для проведения ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», согласно инструкции по его применению и инструкции к набору. ’ Детекция сигнала для флуорофора R6G осуществляется по каналу детекции для аналогичных флуорофоров HEX. JOE, VIC. --- стр. 41 --- пронумеровано, скреплено и прошито Y лист (qZoB) Генеральный директор Общества с V --- стр. 46 --- список СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ Ct - Cycle threshold (пороговый цикл) ВПЧ - вирус папилломы человека ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота К1 - калибратор 1 (положительный контроль) К2 - калибратор 2 (положительный контроль) ОК - отрицательный контроль ПО - программное обеспечение --- стр. 47 --- 1. НАЗНАЧЕНИЕ ПРОГРАММЫ Программное обеспечение «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14 ПО» версии 1.0 предназначено для автоматической обработки исходных данных и получения формализованных результатов при использовании набора реагентов для качественного и количественного определения ДНК вирусов папилломы человека 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 типов высокого канцерогенного риска методом полимеразной цепной реакции с детекцией в режиме «реального времени» «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14» по ТУ 21.20.23- 037-09286667-2019. ПО позволяет проводить автоматическую обработку и анализ исходных данных, полученных в программном обеспечении используемого амплификатора с детекцией в режиме «реального времени», а также автоматическую интерпретацию результатов и формировать бланк с формализованными результатами. ПО предназначено для работы на персональных компьютерах в учреждениях медицинского профиля (клинико-диагностических лабораториях), применяющих в своей работе набор реагентов «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14». ПО предоставляется на USB флэш-накопителе в составе набора реагентов «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14», а также в электронном виде на официальном сайте Производителя по адресу: http://www.nextbio.ru/reagents/. 2. УСЛОВИЯ ВЫПОЛНЕНИЯ ПРОГРАММЫ 2.1. Минимальный состав технических средств Минимальный состав используемых технических средств включает: a. Компьютер со следующими характеристиками: ■ Операционная система Windows 7 и выше; ■ Оперативная память объемом не менее 2 Гб; ■ Процессор с тактовой частотой не менее 1,5 ГГц. b. Устройство для вывода бланка с результатами на печать (опционально). 2.2. Минимальный состав программных средств Минимальный состав используемых программных средств включает: a. Операционную систему Windows 7 и выше: b. Microsoft .NET Framework 4.5 и выше. 2.3. Требования к пользователю (оператору) Пользователями ПО (операторами) должны являться сотрудники клинико- диагностической лаборатории, обладающие практическими навыками работы с персональным компьютером. --- стр. 48 --- 3. ПРИНЦИП РАБОТЫ В качестве исходных данных ПО использует значения порогового цикла амплификации (Ct) исследуемых образцов и контролей по соответствующим канапам для флуорофоров. Для начала работы исходные данные должны быть получены в программном обеспечении испопьзуемого прибора, в соответствии с инструкцией по применению к используемому прибору. Попя вкладки ПО «Параметры» заполняют значениями из вкладыша к используемой серии набора реагентов «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14». Далее значения порогового цикла (Ct) по каждому каналу флуоресцентной детекции размещают во вкладке ПО «Расчет результатов» в соответствующих столбцах таблицы «Данные прибора». После нажатия кнопки «Расчет результатов» ПО автоматически проводит расчет концентрации специфических мишеней, оценку полученных значений для контрольных образцов в соответствии с заданными критериями и интерпретацию результатов. 4. ВЫПОЛНЕНИЕ ПРОГРАММЫ 4.1. Загрузка и запуск программы Запустить инсталлятор ПО, находящийся на USB флэш-накопителе^ или загруженный с официального сайта Производителя по ссылке: http://www.nextbio.ru/reagents/. Следовать указаниям в появившемся окне Мастера установки. После установки ПО на рабочем столе автоматически будет создан ярлык (рис. 1). АмплиПрайм® ВПЧ ВКР и Рисунок 1 Для запуска программы необходимо запустить ярлык с рабочего стола. 4.2. Обновление программы После запуска ПО автоматически проверяет наличие обновления. В случае если обновление доступно, предлагается его загрузить и установить (рис. 2). Поставляется в составе набора реагентов «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14». --- стр. 49 --- о Доступна новая версия АмплиПраймЗ ВПЧ 6КР14 (Версий 1.0 год 2.43). Обновить? Да ~ ~| Нет Рисунок 2 При нажатии кнопки «Да» будет загружен инсталлятор с обновлением, по окончании загрузки будет выдано сообщение о готовности обновления к установке (рис. 3). X Загрузка завершена. Программа будет закрыта и обновлена. ок Рисунок 3 После нажатия кнопки «ОК» программа закроется, и инсталлятор с обновлением будет запущен. Для установки обновления ПО необходимо следовать указаниям Мастера установки. 4.3. Выполнение программы Для проведения анализа исходных данных необходимо внести значения во вкладку «Параметры» и в таблицу «Данные прибора» во вкладке «Расчет результатов». 4.3.1. Заполнение таблицы «Параметры» Пустые поля таблицы «Параметры» (рис. 4) должны быть заполнены в соответствии с вкладышем к используемой серии набора реагентов «АмплиПрайм® ВПЧ ВКР 14». Параметры Green FAM Yellow R6G Orange ROX Red Cy5 <1 (ВПЧ скрининг) K2 (ВПЧ скрининг) 500000 1000 500000 500000 1000 1000 OK (ВПЧ скрининг) К2 (ВПЧ скрининг) Исследуемые образцы (ВПЧ скрининг) щт - Рисунок 4 --- стр. 50 --- 4.3.2. Заполнение таблицы «Данные прибора» Для проведения корректной обработки данных заполнение таблицы «Данные прибора» (рис. 5) во вкладке «Расчет результатов» должно проводиться без ошибок. Рисунок 5 Столбцы таблицы следует заполнять путем копирования данных (значений Ct) непосредственно из программного обеспечения прибора, используемого для проведения амплификации и детекции флуоресцентного сигнала, либо из файла экспорта данных в Microsoft Excel, соблюдая при этом соответствие каналов для флуорофоров. В ПО предусмотрено копирование данных без заголовков столбцов. Для этого используется кнопка «Игнорировать заголовки столбцов при копировании» (рис. 6). Рисунок 6 По умолчанию функция копирования данных без заголовков столбцов включена. Если изначально возможно внесение данных без заголовков столбцов, функцию необходимо отключить путем нажатия кнопки (рис. 6), чтобы избежать потери данных для первого образца. В столбец «Образец» необходимо внести обозначения исследуемых и контрольных образцов. Обозначение контрольных образцов вносить строго в соответствии с таблицей 1. В случае правильного обозначения контролей цвет их названия меняется с черного на синий. Таблица 1 Обозначение контрольных образцов Контрольный образец Возможные обозначения Отрицательный контроль (используется в каждой постановке) РУС: ОК/ок/ОКО/око I IUJ 1СЛОПЫИ ^UП I ^UJID Калибратор 1 (используется в каждой постановке)______________________