Система дозирования жидкостей автоматическая прецизионная QIAgility с принадлежностями — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 2 ---
«УТВЕРЖДАЮ»
Г енеральный директор
рООдИнтерЛабСервис»
.А. Гущина
20 г.
9
ИНСТРУКЦИЯ
по применению
Система дозирования жидкостей автоматическая прецизионная QIAgility,
с принадлежностями
2012
--- стр. 3 ---
1 . НАЗНАЧЕНИЕ 5
2. ОСНОВНЫЕ ТЕХНИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ 6
3. ПРОТИВОПОКАЗАНИЯ К ПРИМЕНЕНИЮ 8
4. ПОДГОТОВКА К РАБОТЕ ИЗДЕЛИЯ 8
4.1 РАСПАКОВКА 8
4.2 КОМПЛЕКТАЦИЯ 9
4.2.1 СЕТЕВОЙ КАБЕЛЬ И ЭЛЕКТРОПИТАНИЕ 12
4.2.2 ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНЫЙ КАБЕЛЬ 12
4.2.3 КОМПАКТ-ДИСК С ПРОГРАММНЫМ ОБЕСПЕЧЕНИЕМ И РУКОВОДСТВО ПО
ЭКСПЛУАТАЦИИ 12
4.2.4 БЛОКИ И ШТАТИВЫ 14
4.2.4.1 Блоки для ПЦР смесей: 14
4.2.4.2 Блок с реактивами 15
4.2.4.3 Стандартные плоские штативы 15
4.2.5 НАБОР ДЛЯ ОБСЛУЖИВАНИЯ ДОЗАТОРА 16
4.2.6 НАКОНЕЧНИКИ ПИПЕТОК И ИХ ПОДСТАВКИ. 16
4.2.7 ПРОБИРКИ 18
4.2.7.1 Пробирки с плоским дном 5 мл: 18
4.2.7.2 Пробирки с плоским дном 2 мл: 18
4.2.7.3 Конические пробирки 1,5 цл 18
4.2.7.4 Пробирки PCR 200 цл. 19
4.2.7.5 Стрипы пробирок QIAGEN Rotor-Gene на 100 цл. 19
4.2.7.6 Стрипы пробирок на 200 цл. 19
4.2.8 КОНТЕЙНЕРЫ ДЛЯ ИСПОЛЬЗОВАННЫХ НАКОНЕЧНИКОВ 20
4.3 ПРИБОР 21
4.3.1 ДАТЧИК УРОВНЯ ЖИДКОСТИ 23
4.4 КОМПЬЮТЕР 23
5. ПОРЯДОК РАБОТЫ ИЗДЕЛИЯ 24
5.1 ТЕХНИКА БЕЗОПАСНОСТИ 24
5.2 УСТАНОВКА АВТОМАТА 25
5.3 ПОДКЛЮЧЕНИЕ АВТОМАТА 25
5.4 ИНСТАЛЛЯЦИЯ ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ 26
5.5 ДЕИНСТАЛЛЯЦИЯ ПРОГРАММЫ. 32
5.6 ДРУГИЕ ВОЗМОЖНОСТИ НА ДИСКЕ. 32
5.7 РАБОТА С НЕСКОЛЬКИМИ АВТОМАТАМИ НА ОДНОМ КОМПЬЮТЕРЕ. 32
5.8 ПЕРВЫЙ ЗАПУСК 32
5.8.1 НОРМАЛЬНАЯ ЭКСПЛУАТАЦИЯ ПРИ ПЕРВОМ ЗАПУСКЕ 33
5.8.2 ВИРТУАЛЬНЫЙ РЕЖИМ 34
5.9 ТИПЫ КАЛИБРОВОК. 34
5.10 КРЫШКА 35
6. ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ 36
6.1 ОБЗОР ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ. 37
6.2 ЗАПУСК ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ 38
6.3 ВЫБОР ПРОЦЕДУРЫ 39
6.4 РАБОЧИЙ СТОЛ ПРОГРАММЫ 39
6.5 ПАНЕЛЬ ИНСТРУМЕНТОВ 42
6.5.1 РАБОТА С УЛЬТРАФИОЛЕТОВЫМ СВЕТОМ. 43
6.5.2 РАБОТА НЕРА ФИЛЬТРА 44
6.6 МЕНЮ ФАЙЛОВ 45
6.6.1 ФАЙЛЫ ЗАДАНИЙ 46
6.6.2 КНОПКИ УПРАВЛЕНИЯ ШТАТИВАМИ 46
6.7 МЕНЮ УПРАВЛЕНИЯ 47
6.8 МЕНЮ МАСТЕРОВ/ Wizards Menu 48
6.9 МЕНЮ ОПЦИЙ/ Options Menu 49
6.9.1 УПРАВЛЕНИЕ КАЛИБРОВКОЙ/ Calibration Management 49
6.9.2 НАСТРОЙКА АВТОМАТА 50
6.9.2.1 Калибровка высоты штатива/ Calibrate Plate Height 52
Оглавление
--- стр. 4 ---
6.9.2.2 Калибровка объема 54
6.9.2.3 Интерфейс мастера калибровки объема 56
6.9.2.4 Калибровка расположения ш тативаУ С аИ Ь га1е Plate Position 71
6.9.2.5 Калибровка компенсации наконечника 72
6.9.2.6 Калибровка сбрасывателя наконечников 73
6.9.3 НАСТРОЙКИ ЗАДАНИЯ /Run Settings . 75
6.9.3.1 Использование определения уровня жидкости при пипетировании / Use liquid level when pipetting.
77
6.9.3.2 Игнорировать ошибки при выполнении задания? / Ignore errors during run? 78
6.9.3.3 Настройка опций использования наконечников / Set Tip Usage Options. 79
6.9.4 ОПЕРАЦИИ СО ШТАТИВАМИ / Plate Operations 80
6.9.5 ОПЕРАЦИИ С НАКОНЕЧНИКОМ / Tip Availability Menu 82
6.9.6 ДОБАВЛЕНИЕ ЯЧЕЕК В БАНК ОБРАЗЦОВ 84
6.9.7 ВЫБОР ПРАВИЛЬНОГО ШТАТИВА 84
6.9.8 ВЫБОР АКСЕССУАРОВ 86
6.9.9 ОПЕРАЦИИ СМЕШИВАНИЯ 87
6.10 МЕНЮ "СПРАВКА /Help Menu " 88
6.10.1 ОКНО 'О QIAGEN QIAGEN' 89
6.11 ПАНЕЛЬ СПРАВА 90
6.11.1 НАКОНЕЧНИКИ / Tips 91
6.11.2 СТАНДАРТЫ/Standards 93
6.11.3 РЕАКТИВЫ /Reagents 95
6.11.4 ПЦР СМЕСЬ/Master Mix 96
6.11.5 ОБРАЗЦЫ /Samples. 103
6.11.5.1 Импорт названий образцов. 107
6.11.6 РЕАКЦИИ / Reactions 109
6.11.6.1 Конфигурация реакции 112
6.11.6.2 Специальные опции (Специальное.../Special...) 117
6.12 ЗАПУСК ВЫПОЛНЕНИЯ ЗАДАНИЯ. 126
6.13 ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ 128
6.14 ПРЕДСТАРТОВЫЙ ОТЧЕТ 129
6.14.1 Q1AGEN QIAGEN: ЭТАП ПЕРЕД ВЫПОЛНЕНИЕМ ЗАДАНИЯ 130
6.14.2 ШТАТИВ РЕАКЦИЙ НА 96 ЯЧЕЕК (ВЕРТИКАЛЬНЫЙ) @ СОДЕРЖИМОЕ ЯЧЕЙКИ С2 131
6.14.3 СТАНДАРТ 1 КОНФИГУРАЦИЯ В БЛОКЕ РЕАКТИВОВ (СТАНДАРТ 200, ПЛОСКИЕ,
КОНИЧЕСКИЕ) 132
6.14.4 КОНФИГУРАЦИЯ СМЕСЕЙ, СОДЕРЖАЩИХ МАРКИРОВАННЫЕ ДВОЙНЫЕ ЗОНДЫ
(РАСПОЛОЖЕНЫ В ПОРЯДКЕ НАХОЖДЕНИЯ) В ШТАТИВЕ СО СМЕСЯМИ (5 ПОЗИЦИЙ ДЛЯ
ПРОБИРОК) ЯЧЕЙКА В 132
6.14.5 КОНФИГУРАЦИЯ БЛОКА ДЛЯ РЕАКТИВОВ (СТАНДАРТ 200, ПЛОСКИЙ, КОНИЧЕСКИЙ)
133
6.14.6 ИСПОЛЬЗОВАНИЕ НАКОНЕЧНИКОВ 133
6.14.7 ОБЪЕМ ВОЗДУХА 133
6.14.8 СКОРОСТЬ ПИПЕТИРОВАНИЯ 134
6.14.9 НАСТРОЙКИ ПРОГРАММЫ 134
6.15 ПРЕРЫВАНИЕ ВЫПОЛНЕНИЯ ЗАДАЧИ. 134
6.16 ОТЧЕТ О ВЫПОЛНЕНИИ ЗАДАНИЯ / Post-run Report 135
6.16.1 QIAGEN QIAGEN: ПОСЛЕ ВЫПОЛНЕНИЯ ЗАДАНИЯ 135
6.16.2 ПРОДОЛЖИТЕЛЬНОСТЬ 136
6.16.3 ИСКЛЮЧИТЕЛЬНЫЕ СИТУАЦИИ ПРИ ВЫПОЛНЕНИИ ЗАДАНИЯ 136
6.16.4 СОДЕРЖИМОЕ ШИАТИВА ДЛЯ РЕАКЦИЙ НА 96 ОБРАЗЦОВ @ ЯЧЕЙКА С2 136
6.17 ДЕЙСТВИЯ В ИСКЛЮЧИТЕЛЬНЫХ СИТУАЦИЯХ. 139
6.18 ВЫКЛЮЧЕНИЕ. 140
7. ПРОГРАММИРОВАНИЕ ТИПОВОГО ПРОЦЕССА ПЦР-ПРИМЕР 140
7.1 ИСХОДНАЯ НАСТРОЙКА 141
7.2 РЕАКТИВЫ 146
7.3 ПЦР СМЕСЬ 147
7.4 СТАНДАРТЫ 149
7.5 ОБРАЗЦЫ 150
7.6 РЕАКЦИИ 151
--- стр. 5 ---
7.7 на с тро й ка п а ра м е т ро в РАБОЧЕГО СТОЛА 153
8. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МАСТЕРОВ. 155
8.1 МАСТЕР ЗАДАНИЯ ПАРАМЕТРОВ PCR 155
8.2 МАСТЕР ОПТИМИЗАЦИИ / Optimisation Wizard 158
9. ПРАВИЛА ХРАНЕНИЯ И ИСПОЛЬЗОВАНИЯ 161
10. ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА 162
11. ПРИЛОЖЕНИЯ 163
11.1 ПРИЛОЖЕНИЕ А - ПОЛЕЗНЫЕ СОВЕТЫ 164
11.2 ПРИЛОЖЕНИЕ В - АККУРАТНОСТЬ И ТОЧНОСТЬ ИЗМЕРЕНИЙ - В ЧЕМ РАЗЛИЧИЕ? 167
11.3 ПРИЛОЖЕНИЕ С - ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ 169
11.4 ПРИЛОЖЕНИЕ D - ПОИСК И УСТРАНЕНИЕ НЕИСПРАВНОСТЕЙ 170
11.5 ПРИЛОЖЕНИЕ Е-КОДЫ НЕИСПРАВНОСТЕЙ 174
11.6 ПРИЛОЖЕНИЕ G - НОВЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ В V4.7 176
--- стр. 6 ---
Система дозирования жидкостей автоматическая прецизионная QIAgility, с
принадлежностями
1 . НАЗНАЧЕНИЕ
Система дозирования жидкостей автоматическая прецизионная QIAgility, с
принадлежностями, далее автоматизированная система QIAGILITY обеспечивает точность
приготовления смесей для ПЦР реакций, и позволяет минимизировать трудозатраты. Также
QIAGILITY может выполнять широкий круг операций пипетирования. Прибор может быть
точно настроен и запрограммирован на одновременное выполнение нескольких операций.
Устройство может применяться для приготовления разнообразных ПЦР смесей и
использовать различные группы образцов.
Для обеспечения максимальной точности, в QIAGILITY используются импрегнированные
графитом проводящие наконечники, обеспечивающие распознавание уровня жидкости.
Наконечник опускается немного ниже уровня поверхности жидкости, не доставая дна
пробирки, таким образом, предотвращая попадание материала на наружную поверхность
наконечника. Также в устройстве могут применяться непроводящие наконечники, при этом
не может быть использована функция распознавания уровня жидкости.
Программное обеспечение фирмы QIAGEN обеспечивает легкий в использовании
интерфейс, специально разработанный для приготовления смесей для реакции ПЦР.
Расположение модулей на экране соответствует расположению модулей в автомате. Статус
любого компонента можно проверить нажатием курсора мыши на компоненте, показанном
на экране. Аналогично, все изменения выполняются простым нажатием на соответствующий
компонент аппаратного обеспечения на экране и изменением необходимых параметров.
Ход работы программы можно отслеживать в режиме реального времени. Программное
обеспечение показывает положение головки пипетки на экране по мере ее перемещения.
Индикатор выполнения и таблица обновлений показывают ход выполнения задания. Отчеты
формируются до и после выполения программы и автоматически сохраняются для
обращения к ним впоследствии. Необходимость в трудоемких вычислениях отсутствует,
поскольку программное обеспечение рассчитывает количество реактивов, которое
необходимо для каждого протокола.
Кроме того, программное обеспечение для работы с автоматом может быть запущено в
виртуальном режиме. В виртуальном режиме можно настраивать порядок выполнения
программы, отслеживать ход работы программы и сохранять файлы, даже если автомат
отключен или не подсоединен. Поэтому существует возможность удаленной настройки
порядка выполнения программы. Виртуальный режим также представляет собой полезный
инструмент для обучения.
Для удобства Заказчика названия образцов могут быть экспортированы из любой
электронной таблицы текстового формата. Перечень реакций, созданный автоматом, также
может быть экспортирован в виде электронной таблице и загружен в другие программы,
такие как ПО PCR QIAGEN Rotor-Gene в режиме реального времени.
Для получения более подробной информации или технической поддержки, пожалуйста,
обращайтесь к специалистам команды QIAGEN или к ближайшему дистрибьютору
QIAGEN.
--- стр. 7 ---
с запросами общего характера, касающимися продуктов и продажи, обращайтесь по
электронному адресу:
2. ОСНОВНЫЕ ТЕХНИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ
Основные параметры
Значения
QIAgility
Instrument
QIAgility QIAgility
HEPAAJV HEPAAJV
Instrument (incl. Laptop)
Тип системы Система открытая для реагентов и пластика, 6-ти модульная
Н азначение Обеспечивает перенос проб в планш еты любого формата, а так
же пробирки
Типовые реакции
1 . П Ц Р смесь без образца
2. П Ц Р смесь со стандартом
3. П Ц Р смесь с лю бым банком образцов
4. Банк образцов без П Ц Р смеси (копирование банка образцов)
5 . Банк образцов с реактивами, не используемыми в П Ц Р смеси
6 . Банк образцов с П Ц Р смесью и реактивами, н е
используемыми в П Ц Р смеси
7 . Отрицательный контроль с П Ц Р смесью
8 . Чередовать образцы или стандарты с отрицательным
контролем
9. Пустые ячейки
П ропускная способность 384 операции пипетирования в час (протестированные в
соответствии с нормальными настройками PC R ).
Производительность 1 - 96 первичных проб
Количество ш тативов От 2 до 8
Вместимость рабочего стола
прибора
- 6 позиций для любых комбинаций ш тативов и с
наконечниками, микропланшетов 96 и 384 луночного формата
- 1 блок для размещ ения реагентов (пробирки 8x1,5 м л, 8x1,7
м л, 1 6x0,2 м л)
- 1 блок для приготовления смесей (пробирки 5x5 м л или 1 x 5
м л и 4x1,5 м л)
Н аконечники
50 мкл или 200 м кл стандартные наконечники (10 ш тативов по
96 наконечников)
50 мкл или 200 м кл наконечники с электропроводящ им
покрытием (10 ш тативов по 96 наконечников)
М етод оценки уровня жидкостиЕмкостной датчик
Пипетирующая система
Дозирующее устройство Одноканальное
Диапазон объемов дозированияОт 1 до 200 м кл
Точность пипетирования От 5 до 200 мкл, менее 1 % C .V .
От 2 до 5 мкл, менее 1 % C .V . в сырые ячейки
Погреш ность 1 % калибровка, объемы > 5 цЬ
Уровень погреш ности может быть установлен в программе
Скорость дозирования 20 - 15 0 мкл/сек
Оценка уровня жидкости
- 1 0 м ол буфера 1 0 х в пробирках 200 мкл PC R , находящ ихся в
алюминиевом блоке для реактивов.
- 20 мкл буфера 1 0 х в больш их пробирках, находящ ихся в
алюминиевом блоке для реактивов.
Крышка
Ф ункции
1 . Обеспечение изолированного пространства для
приготовления реакционных смесей.
2. Обеспечение безопасности процесса.
М атериал крыш ки Высокоударопрочный поликарбонат, материал, способный
100-процентно поглощ ать ультрафиолетовое излучение.
--- стр. 8 ---
Источник ультрафиолетового
излучения для стерилизации
рабочих поверхностей
поставляется как
дополнительное оборудование,
устанавливаемое на заводе-
изготовителе
Н ет в наличии Н аличие Н аличие
Комплект НЕРА фильтров для
создания положительного
давления под крыш кой
поставляется как
дополнительное оборудование,
устанавливаемое на заводе-
изготовителе
Н ет в наличии Н аличие Н аличие
М ин. т ехнические требования для запуска программного обеспечения Q IAG EN Q1AGILITY:
Коммуникационный интерфейсR S-232
Оперативная память 256 MB RAM
Процессор 3.0 GHz с процессором Pentium IV или аналог
Система Система W indows Х Р 2000 или более поздние версии
Ж есткий диск 40 G B H D D
Компью тер Ноутбук или настольный П К с последовательным портом
М онитор С разреш ением 1024x748 пикселей и вы ш е
Требования к элект ропит анию
П итание 220-240 В переменного тока, 2А
10 0 - 12 0 В переменного тока, 5А
Частота 50-60 Гц
Размеры прибора и требования к размещ ению
Габариты (Ш х Д х В ):
550 X 630 X 450 м м
С подключенными к задней панели установки кабелями
дополнительно 70 м м в глубину__________________
Вес 41 кг
П равила хранения и использования
Температура эксплуатации
От 4°С до 35°С - циклическое изменение температур не
допускается
- Высокие температуры могут вызвать избыточное
испарение некоторых реактивов___________________
Температура хранения От 5 до 40° С в упаковке изготовителя
Рабочая относительная
влажность
От 40 - 70%
- Пониженная влажность может повлиять на точность
вследствие возникновения испарения
Классиф икация
Электробезопасность 1 класс
Степень защ иты оболочки Обычная
Режим работы Продолжительный
АППАРАТНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ
Поздравляем Вас с приобретением Автоматизированной системы для манипуляций с
жидкостями QIAGILITY. Настоящий раздел посвящен распаковке QIAGILITY некоторым
его опциям, таким, как определение уровня жидкости, и принадлежностям, поставляющимся
в стандартной комплектации с автоматом. Для получения подробной информации о начале
работы с QIAGILITY, пожалуйста, обратитесь к разделу Настройка.
--- стр. 12 ---
3.24 Защитный экран (1 шт.).
3.25 Манипулятор «мышь» (1 шт.).
П. Принадлежности:
1 . Наконечники с фильтром объемом 200 мкл в штативах по 96 наконечников (1 уп., 10
штук в упаковке).
2. Наконечники с фильтром объемом 50 мкл в штативах по 96 наконечников (1 уп., 10
штук в упаковке).
3. Боксы для использованных наконечников (1 уп., 5 штук в упаковке).
4. Пробирки объемом 5 мл с закручивающейся крышкой (1 упаковка).
5. Блок для приготовления масетр-миксов для 5 пробирок объемом 5 мл (1 шт.).
6. Блок для реагентов для 17 пробирок объемом 5 мл (1 шт.).
7. Ванночки на 70 мл с крышкой (1 уп., 10 штук в упаковке).
8. Ванночки на 170 мл с крышкой (1 уп., 20 штук в упаковке).
9. Ванночки на 270 мл с крышкой (1 уп., 15 штук в упаковке).
10. Адаптер для 72 пробирок объемом 0,1 мл (1 шт.).
11. Адаптер для 36 пробирок объемом 0,2 мл (1 шт.).
12. Адаптер для 96 пробирок объемом 0,2 мл (1 шт.).
13. Адаптер для 36 пробирок объемом 0,5 мл (1 шт.).
14. Адаптер для 48 пробирок объемом 0,5 мл (1 шт.).
15. Адаптер для 33 пробирок объемом 1,5 мл (1 шт.).
16. Адаптер для 32 пробирок объемом 1,5 мл (1 шт.).
17. Адаптер для 33 пробирок объемом 1,8 мл (1 шт.).
18. Адаптер для 33 пробирок объемом 2 мл (1 шт.).
19. Адаптер для 24 пробирок объемом 5 мл (1 шт.).
20. Адаптер для ванночек (1 шт.).
21. Адаптер для 16 пробирок с держателями крышек (1 шт.).
22. Адаптер для планшета роторного типа на 100 ячеек (1 шт.).
23. Подъемник для адаптера (1 шт.).
24. Адаптер для планшета роторного типа на 72 ячейки (1 шт.).
25. Охлаждающий блок (1 шт.).
26. Адаптер для охлаждающего блока (1 шт.).
27. Адаптер для 96 пробирок объемом 0,1 мл (1 шт.).
28. Адаптер для 384-луночных планшет (1 шт.).
29. Адаптер для капилляров (1 шт.).
30. Адаптер для двух ванночек (1 шт.).
31. Адаптер для 1 2 x 2 пробирок объемом 0,2 мл (1 шт.).
32. Адаптер для MagNa Pure (1 шт.).
33. Адаптер с круглой основой (1 шт.).
34. Адаптер для BioRobot (1 шт.).
35. Адаптер для штатива на 100 ячеек (1 шт.).
36. Адаптер для штативов с наконечниками (1 шт.).
37. Подъемник для 32 пробирок объемом 1,5 мл (1 шт.).
38. Блок для реагентов для пробирок объемом 0,2 мл, 2 мл и 1,5 мл (1 шт.).
39. Блок для реагентов для пробирок объемом 0,2 мл и 1,5 мл (1 шт.).
Компьютер может поставляться или не поставляться с прибором, однако, для работы с
QIAGILITY компьютер необходим.
1 1
--- стр. 13 ---
Стандартный 3 жильный кабель для сети, соответствующий стандартам Международной
Электротехнической Комиссии (IEC) необходим для подключения Автоматизированной
системы обработки жидкостей QIAGILITY к электросети. Обычно эти кабели в точности
совпадают с кабелями питания компьютера. Необходимо использовать 3-жильный кабель,
поскольку провод для заземления является крайне важным для правильной работы датчика
уровня.
4.2.1 СЕТЕВОЙ КАБЕЛЬ И ЭЛЕКТРОПИТАНИЕ
В зависимости от типа электропитания имеются различные опции QIAGILITY (подробное
описание см. в разделе Спецификации).
4.2.2 ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНЫЙ КАБЕЛЬ
Последовательный кабель необходим для подключения Автоматизированной системы
обработки жидкостей QIAGILITY к последовательному порту RS-232 главного компьютера.
Последовательный кабель представляет собой кабель с входящим 9-штырьковым разъемом и
охватывающим разъемом на 9 штырьков для 'непосредственной вставки друг в друга'.
4.2.3 КОМПАКТ-ДИСК С ПРОГРАММНЫМ ОБЕСПЕЧЕНИЕМ И
РУКОВОДСТВО ПО ЭКСПЛУАТАЦИИ
Автоматизированная система для манипуляций с жидкостями QIAGILITY поставляется
вместе с руководством по использованию программного обеспечения и CD с последней
версией программного обеспечения. На CD с ПО находится последняя версия программного
обеспечения QIAGEN Software, предназначенного для управления Автоматизированной
системой QIAGILITY. Кроме того, на диск записана мультимедийная демонстрация
возможностей QIAGILITY. Также на диске есть руководство по эксплуатации в формате
PDF.
Версия руководства по эксплуатации в формате PDF автоматически составляется из
электронных справочных файлов, встроенных в ПО; такая версия предоставляет удобную
возможность распечатать руководство по эксплуатации целиком.
Копии версии руководства по эксплуатации в формате PDF также можно загрузить с
вебсайта www.QIAGEN.com
Чтобы обеспечить использование последней версии ПО QIAGEN периодически следует
обращаться на вебсайт фирмы QIAGEN QIAGEN Pty. Ltd. Обновление ПО для обеспечения
наиболее эффективного использования всех возможностей прибора является обязанностью
пользователя.
Группа разработчиков ПО QIAGEN прилагает все возможные усилия для устранения
возможных ошибок в выпущенном ПО. Тем не менее, периодически выпускается
12
--- стр. 14 ---
обновленное программное обеспечение, в котором устранены ошибки, найденные в
предыдущих версиях. Перед выпуском полной версии ПО выпускается т.н. Бета-ПО. Для
обеспечения отсутствия ошибок в последней версии ПО, мы рекомендуем всем
пользователям нашего оборудования сперва использовать его пробную версию.
Обновленные версии ПО QIAGEN предоставляются всем пользователям приборов нашей
фирмы бесплатно. По нашему мнению, такой путь предоставляет пользователям
оборудования QIAGEN наиболее быстрый доступ к новым функциям ПО. Такой подход
подразумевает, что новые версии ПО должны выходить три раза в год.
13
--- стр. 15 ---
Автоматизированная система для манипуляций с жидкостями QIAGILITY поставляется с
большим количеством разнообразных блоков.
Такие блоки позволяют использовать пробирки, предназначенные для стандартного
использования автоматом.
Все блоки QIAGILITY изготавливаются из высококачественного алюминия,
отполированного и анодизированного (покрытого оксидной пленкой) для придания блоку
высокой износопрочности. Белые ножки изготовлены из высокотемпературной силиконовой
резины. Все блоки могут в полном объеме подвергаться обработке в автоклаве. Кроме того,
перед помещением блоков в автомат, для охлаждения содержимого пробирки блоки можно
хранить в холодильнике или морозильнике. Блоки можно промывать в хлорсодержащем
средстве или воде. Пожалуйста, помните, что некоторые разбавители и соли могут
повредить анодизированную поверхность.
Стандартные блоки, поставляемые в комплекте с QIAGILITY - только небольшая часть
широкого спектра блоков, поставляемых фирмой QIAGEN. Для получения полного списка
имеющихся в наличии блоков и вспомогательного оборудования. Вы можете заказать у
ближайшего дистрибьютора QIAGEN последний выпуск каталога или проверить раздел
«Изменение типа штатива» в ПО QIAGEN.
Согласно стандарту, с QIAGILITY поставляется семь блоков.
4.2.4 БЛОКИ И Ш ТАТИВЫ
4.2.4.1 Блоки для ПЦР смесей:
Существует два блока для ПЦР смеси. Первый блок может вмещать пять пробирок с
плоским дном по 5 мл каждая. Второй блок вмещает одну пробирку с плоским дном
вместимостью 5 мл и четыре конических пробирки вместимостью 1,5 мл. Оба блока
предназначены для размещения в рабочем пространстве автомата дилюента и ПЦР смеси.
Тем не менее, при необходимости их предназначение может изменяться.
5 X 5 мл с плоским дном 1 X 5 мл и 4 X 1,5 мл с плоским дном
14
--- стр. 16 ---
Один блок с реактивами поставляется в стандартной упаковке. Данный блок
сконструирован для размещения восьми конических пробирок емкостью 1,5 мл, восьми
пробирок с плоским дном по 2 мл и 16 пробирок PCR по 200ц1. Как правило, пробирки
большего диаметра используются для реактивов, а 16 меньших пробирок - для создания
серий разведений.
4.2А.2 Б л о к с р еак ти вам и
4.2.4.3 Стандартные плоские штативы
01AGILITY поставляется с четырьмя блоками стандартной площадью 128 х 86мм. Также
имеются в наличии два блока для 96 пробирок, аналогичных пробиркам PCR вместимостью
200 fil. Такие блоки можно использовать для стрипованных пробирок, а также плашек PCR
ПЦР пробирок.
15
--- стр. 17 ---
Также имеются два штатива, разработанных преимущественно для работы с прибором
Q1AGEN Rotor-Gene.
Такие штативы имеют по 36 и 72 ячейки для роторов QIAGEN Rotor-Gene соответственно на
36 и 72 ячейки. Блок на 36 ячеек вмещает 36 пробирок по 200 цл, тогда как блок на 72
ячейки поддерживает 72 пробирки по 100 цл.
- л -
г»
ф
Ф
Ф
I
Пожалуйста, обратите внимание на то, что блок на 72 ячейки поставляется оборудованным
фиксирующей пластиной. Во избежание поднятия пробирок в процессе пипетирования,
такая фиксирующая пластина должна находиться в зафиксированном положении.
4.2.5 НАБОР ДЛЯ ОБСЛУЖИВАНИЯ ДОЗАТОРА
Набор для обслуживания дозатора необходимо хранить в безопасном месте с тем, чтобы он
был легко доступен при необходимости проведения технического обслуживания пипетки
OIAGILITY. Как и в случае с ручными пипетками, для поддержания точности
пипетирования их необходимо периодически обслуживать. Данный набор и прилагаемая к
нему инструкция позволят пользователю (или подготовленному обслуживающему
персоналу) правильно провести обслуживание дозатора.
4.2.6 НАКОНЕЧНИКИ НИПЕТОК И ИХ ПОДСТАВКИ.
Автоматизированная система манипуляций с жидкостями Q1AGILITY поставляется с
четырьмя металлическими штативами для пипеток: как правило, используются наконечники
двух разных размеров по 200 цл и 50 цл, кроме того, с инструментом поставляются шесть
лотков на 96 наконечников по 200 цл и 14 лотков для наконечников 50 цл. Пожалуйста,
помните, что наконечники в упаковках стерильны.
Как правило, наконечники, используемые автоматом, пропитаны углеродом, обладают
высокой электропроводностью и содержат фильтр. Электропроводящие наконечники
позволяют OIAGILITY использовать свой датчик уровня жидкости для обеспечения
максимальной точности пипетирования. На OIAGILITY также могут быть использованы
непроводящие наконечники, хотя они не могут обеспечить функцию контроля уровня
жидкости. Поэтому, при использовании непроводящих наконечников отключите датчик
уровня жидкости. Использование непроводящих наконечников влияет на точность
пипетирования автомата и, следовательно, их применение не рекомендуется при проведении
важных процедур.
Во избежание потенциального загрязнения мы рекомендуем использование наконечников,
содержащих фильтр. Кроме того, поскольку OIAGILITY использует наконечники как на 200,
так и на 50 |л .л , если в автомат по ошибке вставляются наконечники по 50 цл вместо 200 цл,
дозатор также может оказаться загрязненным. В таком случае необходимо провести
16
--- стр. 23 ---
скипидар, ацетон, или разбавители. Из-за твердой структуры краски нельзя допускать
использование острых предметов, так как они могу привести к крошению краски. Также
привести к сколу краски может падение тяжелых объектов на окрашенную поверхность
(таких, как блоки для реагентов и смесей). Повреждение окрашенной поверхности
растворителями или вследствие неправильного ухода не покрывается гарантией.
Блоки для реактивов и ГЩ Р смеси QIAGIL1TY, также как и другие полированные
компоненты прибора (например, направляющие стола) изготавливаются из алюминия и
покрываются оксидной пленкой (анодизируются). Анодизация обеспечивает прочную и
долгостойкую отделку. Обратите внимание на то, что при использовании некоторых
чистящих средств полировка может испортиться.
Кронштейн (ось Y) аппарата обеспечивает поддержку головки для пипеток. Ни при каких
обстоятельствах пользователь не должен прикладывать силу к Y- оси. Это может
разрегулировать кронштейн, приведя к ошибкам при взятии образцов.
Пипетирующую головку можно увидеть под защитным колпаком. Она состоит из
пипетирующего механизма с механическим приводом с компенсацией отдачи. Механизм
аналогичен большинству ручных пипеток. Иипетирующая головка может быть разобрана
для техобслуживания.
Ножки установки регулируются по высоте и имеют нескользяющую силиконовую основу
для обеспечения прочного положения Q 1A G 1L1TY на лабораторной стойке. Не пытайтесь
сдвинуть аппарат со стойки, не поднимая его, так как это приведет к повреждению
силиконового покрытия ножек.
Крышка Q1AGILITY производится из ударопрочного поликарбоната. Дополнительная
информация приводится в разделе Крышка.
Все электронное оборудование, за исключением датчика уровня, размещается в заднем
отделе машины. У аппарата есть движущиеся части. Это оси X, Y и Z и пипетирующая
головка. Данные части не требуют сложного технического обслуживания. Главной задачей
при этом является безопасность. Крышка оборудована электронной блокировкой для
обеспечения нормальной работы аппарата при ее открытии.
В задней части аппарата имеется ряд соединителей. Такие соединители указаны ниже.
1 1одключение устройства описывается далее в разделе Установка.
Серийный номер
О
УФ Свет Периферийн
ые порты
RS
232
Подача Г нездо Вкл/
питания к питани Отк
перифери я от л.
й-ным сети
устстройс
22
--- стр. 24 ---
Для обеспечения максимальной точности. Автоматизированная система обработки
жидкостей QIAGILITY оборудована датчиком уровня жидкости. Работа такого датчика
обеспечивается проводящими наконечниками и позволяет автоматически распознавать
касание пипетки о поверхность жидкости в пробирке. Использование датчика уровня
жидкости позволяет избежать попадания материала на внешнюю поверхность наконечника.
Датчик уровня жидкости представляет собой высокочувствительный электронный прибор.
Устройство способно распознавать крайне малые количества жидкости (подробное описание
см. в разделе "Спецификации"). Работа устройства зависит от хорошего заземления
автомата. Как правило, заземление обеспечивается по сетевому кабелю. Кроме того,
заземление не должно вызывать электрических помех (дальнейшее описание см. в разделе
«Поиск и устранение неисправностей»).
При работе датчика уровня жидкости QIAGILITY используется показание электрической
емкости жидкости. Работа датчика уровня жидкости основана на значительных изменениях
в емкости при прикосновении наконечника к жидкости внутри пробирки. Оценивается
изменение электрической емкости между жидкостью в пробирке и металлом за ее
^ пределами; чем меньше объем жидкости в пробирке, тем меньше изменение в емкости при
касании жидкости проводящим наконечником. В конечном счете, распознаваемое изменение
в емкости «заглушается» электрическими помехами. 1'акой лимит помех определяет
минимальное количество распознаваемой жидкости (см. раздел «Спецификации»).
Кроме того, одни жидкости распознать легче, чем другие. Датчик уровня работает только с
токопроводящими жидкостями. Если жидкость является непроводящей, датчик уровня не
сможет распознать изменений в ее емкости. Например, к жидкостям, которые нельзя легко
распознать, принадлежат ультра чистая вода и масло. Отдельные жидкости, обычно
считающиеся непроводящими, можно сделать незначительно проводящими с помощью
добавления примесей (как правило, солей).
Такие незначительно проводящие жидкости можно детектировать в объемах гораздо
больших, чем минимальное показание сенсора.
В редких случаях может понадобиться пипстирова1ше из ячеек, содержащих жидкости
меньше минимального объема, расгюзнаваемого датчиком уровня. Может возникнуть
необходимость отключить датчик уровня или переустановить уровни обнаружения ошибок.
Также может оказаться необходимым откалибровать высоту штатива вручную ближе к
основанию пробирки.
4.3.1 Д А Т Ч И К У РО В Н Я Ж И Д К О С Т И
4.4 КОМПЬЮТЕР
Для управления автоматизированной системой QIAGILITY требуется персональный
компьютер с операционной системой Microsoft Windows. Компьютер может быть
предоставлен компанией QIAGEN QIAGEN Pty или ее агентом. Если персональный
компьютер обеспечивается пользователем, пожалуйста, соблюдайте следующие
минимальные технические требования для запуска программного обеспечения QIAGEN
QIAGILITY:
RS-232 порт
3.0 GHz с процессором Pentium IV
• Windows ХР
• 256 MB RAM
• 40 GB HDD
• Монитор с разрешением 1024x748 пикселей и выше
23
--- стр. 25 ---
С и с т е м ы W in d c n v s N T . W in d o w s 2 0 0 0 и W h n lo w s 9 S б о л ь ш е н е п о д О е р ж и в а ю т с я . Э т и
o n e p u ij u o f iu h ie с и с т е м ы м о г у т с о з д а в а т ь н е с т а б и л ь н о е и л и н е н а д е ж н о е ф у н к ц и о н и р о в а н и е
п р о г р а м м н о г о о б е с п е ч е н и я .
Переходники с USB-порта на RS-232 не поддерживаются. Если они используются,
невозможна поддержка программного или аппаратного обеспечения. Инженерами QIAGEN
было выявлено, что QIAGILITY может работать на таком оборудовании некоторое
количество времени, а затем следует сбой в системе.
5. ПОРЯДОК РАБОТЫ ИЗДЕЛИЯ
ТЕХНИКА БЕЗОПАСНОСТИ И УСТАНОВКА АВТОМАТА
Перед продолжением работы, пожалуйста, ознакомьтесь с разделом о технике безопасности.
В данном разделе приводится порядок настройки автоматизированной системы для
манипуляций с жидкостями QIAGILITY. В частности, приводится описание следующих тем:
- Регулировка положения прибора
- Подключение прибора к электропитанию и ПК
Установка программного обеспечения
Первый запуск программного обеспечения
Виртуальный режим
Калибровка
Крышка
Для проведения безопасной настройки, пожалуйста, следуйте следующим инструкциям.
5.1 ТЕХНИКА БЕЗОПАСНОСТИ
В Автоматизированной системе обработки жидкостей QIAGILITY присутствует большое
количество разнообразных движущихся частей. В устройстве присутствует большое
количество труднодостижимых мест. В интересах Вашей безопасности и во избежание
повреждения прибора, пожалуйста, соблюдайте следующие правила техники безопасности:
При перемещении автомата обязательно пользуйтесь фирменной упаковкой
Не поднимайте QIAGILITY в одиночку
- Не отключайте блокировку крышки
Не вмешивайтесь в работу автомата в процессе выполнения его заданий
Не передвигайте штативы или пробирки во время работы автомата
Ни в коем случае не помещайте руку под головку дозатора при ее опускании
При калибровке штативов с поднятой крышкой обязательно находитесь на
расстоянии от автомата. Кроме того, не нажимайте на мышь или клавиатуру
при близком наблюдении за калибровкой штативов
Не производите калибровку сбрасывателя наконечников до тех пор, пока не
убедитесь в надежности работы QIAGILITY
Пользуйтесь только рекомендованными наконечниками и штативами для них
Если возможно, всегда держите крышку прибора закрытой
НИКОГДА не кладите каких-либо предметов на Y кронштейн прибора
НИКОГДА не применяйте к кронштейну Y (пипетирующему кронштейну)
силу (руками или иным образом) в верхнем или нижнем направлении.
Для остановки/паузы автомата перед удалением штативов или пробирок
используйте кнопку «Стоп/Пауза» на панели инструментов.
24
--- стр. 46 ---
1 . Удалите из установки НЕРА фильтра винты с накатанными головками
2. Вертикально поднимите крышку фильтра и отложите ее в сторону
3. Поднимите фиксирующую пластину и отложите ее в сторону
4. Отложите НЕРА фильтры
5. Замените НЕРА фильтры и соберите установку заново
" ■ I ^ T hum b
S c re w s'
.
C over
НЕРА Fllta Base Frame
6.6 МЕНЮ ф а й л о в
Меню Файлов предоставляет доступ к определенному числу файловых функций. Некоторые
из функций Меню Файлов могут быть доступны через Панель Инструментов.
Untilled.C*54 •nrilitUiU. MODI** • Corbett Koboti
Caiitral W Lijiids C p b u -s S H e ip
CtrkN
C trH -t)
Q iM
1 I w a e . C A S 'l£ E s a m p i f t f o i - G c n r d s I : jp ic K ;. С А И
S T hriniai C yrtet ГМ 4
Ext
‘О
I о lO
CtrK-0
( • * * * * • * * • « •
Новый... (Ctrl+N)
Данная опция позволяет пользователю создать новую процедуру. Выбор данной опции
вызывает появление на экране диалогового окна «Выбор Процедуры».
Открыть... (Ctrl+O)
45
--- стр. 47 ---
Данная опция открывает существующий файл процедуры, который может быть изменен для
создания новой процедуры, или использован в оригинальном виде. Примечание: все опции
сохраняются как часть файла процедуры.
Сохранить... (Ctrl+S)
Данная опция сохраняет текущие настройки для нового файла процедур. Все параметры, за
исключением Доступность Наконечника», будут сохранены.
Лабораторный блокнот для заметок
Данная опция позволяет пользователю вводить комментарии по конкретной процедуре в
виде простого текста. Опция может быть использована как блокнот для заметок для
документирования целей проведения процедуры.
Выход (Ctrl+Q)
Данная опция закрывает Q1AGEN Software, которое осуществляет управление
манипулятором.
6.6.1 ФАЙЛЫ ЗАДАНИЙ
Файлы заданий автоматизированной системы для манипуляций с жидкостеями QIAG1L1TY
содержат всю информацию, необходимую для выполнения автоматом его задания. Такие
файлы создаются с расширением *.CAS4. Кроме информации о местонахождении
жидкостей и местах их перемещения, файлы заданий содержат информацию о настройках
программы. Такими настройками являются:
Статус датчика уровня жидкости Вкл./Откл. (в QIAGILITYN отсутствует)
Настройки повторного использования наконечника (включая настройки
диспенсера)
Настройки для повторного использования наконечников для стандартов и
смесей
Уровень ошибки
Объемы воздуха
Скорость пипетирования
Дополнительные объемы П Ц ,Р смеси или стандартов
Присутствие или отсутствие жидкости в целевом штативе
Названия стандартов и информация о дилюенте
Банки образцов и их названия
- Названия образцов, реактивов и ПЦР смеси
- Концентрации образцов
6.6.2 КНОПКИ УПРАВЛЕНИЯ ШТАТИВАМИ
Кнопки управления штативами располагаются в правом верхнем углу каждого из штативов.
Стандартно данные кнопки появляются только тогда, когда указатель «мыши» располагается
на одном из шести штативов, блоках реактивов или блоках для ПЦР смесей. Однако, кнопка
предупреждения является исключением из данного правила.
Ниже приведено описание четырех кнопок управления штативами:
46
--- стр. 48 ---
ш
Предупреждение - данный значок появляется в случае, если
отсутствюет калибровки положения или высоты. Кнопка остается
видимой до тех пор, пока процесс калибровки выбранного штатива не
завершится. Щелкнув по кнопке, вы можете произвести калибровку
штатива.
т
Масштабирование - щелчок кнопкой «мыши» данной кнопки дает
возможности увеличить изображение штатива. Щелчок по кнопке при
увеличенном изображении возвращает изображение в исходный вид.
Информация - щелчок по кнопке отображает информацию о выбранном
штативе.
Переключатель - щелкнув по кнопке, вы можете переключиться с
фотографического режима просмотра выбранного штатива на режим
схематического просмотра
6.7 МЕНЮ УПРАВЛЕНИЯ
Untitled.CAS4 ^ - V I R T U A L
г ? File Control Wizards Option:
Send robot home
Start,.,
P a u s e /A b o rt
Установить автомат в исходное ноложение/Send robot home
Данная опция приводит в действие процесс установки каждой оси автомата в исходное
положение. По окончании данного процесса кронштейн должен вернуться в положение
покоя справа сзади от рабочей площади. Доступ к данной опции также предоставляется
через панель управления на рабочем столе.
Пуск/ Start
Данная опция выводит на экран окно «Контрольная таблица». После того, как пользователь
подтвердит свое ознакомление с предупреждениями, автомат начинает выполнение
выбранного задания. Доступ к данной опции также предоставляется через панель
управления на рабочем столе.
Пауза/отмена Pause/Abort
Нажатие на эту иконку при вьшолнении автоматом задания вызовет его остановку. Такая
остановка должна записываться в отчете о выполнении задания. При остановке автомата и
открытии крышки во время выполнения задания необходимо проявлять особую
осторожность.
47
--- стр. 49 ---
6.8 М Е Н Ю М А С Т Е РО В / W izards M enu
lJ n ll1 te il.C A S 4 * ^ iR T llM u m i** - C o rh e tl R
Cortful I
i j yii
O p tliJ f 'S
РШ se(i.ip w c T T c l. .
'л 1 г а м |,.. ir ip c r t i s m p M * n a i m = < . c : ? - f l + l
Expert rs3izia-i da:a .. arl+t
fi=r(=r»e fepoft Qrl+P
ж т1р7ж агг5««пВ рР
Мастер приготовления смесей для ПЦР/ PCR Setup Wizard
Данная опция запускает мастер настройки PCR, тогда как в предыдущих версиях она
относилась к мастеру П Ц ,Р смеси. Данный мастер является очень полезным для пошаговых
настроек ПЦР. Подробное описание такого процесса приводится в разделе «Мастер
настройки параметров ПЦР».
Мастер оптимизации/ Optimisation Wizard
Выбор данной опции позволяет запустить Мастер оптимизации. Такой мастер разработан в
целях упрощения настройки специальных функций PCR - таких, как титрование хлорида
магния или оптимизация праймера/зонда. Подробное описание такого процесса приводится
в разделе «Мастер оптимизации».
Импортировать наименовапия образцов/ Import sample names... (Ctrl+I)
Программа делает возможным не только вырезание и вставку наименований образцов, но
также и импорт их текстовых электронных таблиц. См. раздел «Импорт Наименований
Образцов» для получения подробной информации.
Экспортировать список реакций/Export reaction list... (Ctrl+E)
Список реакций также может быть экспортирован. Компоненты и объем каждой реакции
могут быть экспортированы. Процесс экспорта списка реакций осуществляется так, что эта
же информация, воспринимаеся программой QIAGEN Rotor-Gene. См.раздел «Экспорт
Списка Реакций» для получения подробной информации.
Создать отчет/ Generate report (Ctrl+R)
На любой стадии выполнения задания можно создать отчет для просмотра краткого
описания параметров и реакций, настроенных на данный момент. По окончании настройки
задания, такой отчет должен совпадать с предстартовым отчетом и быть схожим с отчетом о
выполнении задания. Такие отчеты создаются в формате HTML и могут сохраняться в
качестве документального свидетельства о выполнении задания.
48
--- стр. 50 ---
6.9 М Е Н Ю О П Ц И И / O ptions M enu
07 \ Untitlccl.CAS 4 ‘“ VIRTUAL MODE** C orbett Hobo
'i? RIp Canhol Wiiards H elp
C s ib ra h m М г п а о я г п р п г ► ||
Рсйок S kuf > "
R l t i Silthgs >
v i№ o p c m s ►
ChDngc pbte type
Cl angc eciessor^
СЫпоР р|дг» furrtlnn ►
С помощью меню опций осуществляется большинство настроек автомата. Здесь задаются
параметры настройки процедур, калибровки и схем пипетирования. Меню Опций включает
следующие пункты:
Управление Калибровкой/ Calibration management
Данное подменю обеспечивает доступ к функциям, которые связаны с передачей данных о
параметрах калибровки (и других) с одного ПК на другой.
Наладка автомата/ Robot setup
Данное подменю содержит опции, касающиеся наладки автомата, такие, как калибровка.
Параметры настройки процедуры/ Run Settings
Данное меню обеспечивает доступ к первичным настройкам, имеющим отношение к
процедурам и включающим конфигурацию скорости пипеток и установку стандартного
превышения объема.
Также данное меню включает в себя опции, имеющие отношение к аппаратному
обеспечению и влияющие на выполняемые файлы. К ним относятся настройки датчика
уровня жидкости и опции повторного использования наконечников.
6.9.1 УПРАВЛЕНИЕ КАЛИБРОВКОЙ/ Calibration Management
Данное подменю обеспечивает доступ к функциям, которые управляют передачей
калибровочных и иных параметров QIAGEN Software и CAS120()() с одного ПК на другой.
I " * * ' ^
R o b o t * P
p ' u n
C h a n g e
С Н а п з * a c o w sa rj*
C h a n g e р Ь к г Ч г Ш т п
Сохранить данные калибровки на установочном диске/ Save calibrations on setup disk
Данная опция позволяет сохранять данные всех калибровок и множество других данных на
флоппи-диск. Этот диск называется Установочным Диском и является уникальным для
каждого манипулятора. Ни при каких обстоятельствах Установочный Диск, созданный для
одного манипулятора, не должен быть использован для другого - это может вызвать
повреждения манипулятора. Установочный Диск используется для передачи калибровочной
информации по каждому манипулятору в случае, если QIAGILITY подключается к новому
49
--- стр. 51 ---
компьютеру с заново установленным ПО. Диск можно не использовать в том случае, если
произошла замена текущей версии ПО на более новую.
Для создания Установочного Диска необходимо выполнить следующие действия:
1 . Щелкните кнопкой «мыщи» последовательно пункты «Опции/Управление
Калибровкой/Сохранить данные калибровки на установочном диске...». Options/Calibration
Management/Save calibrations on setup disk option.
2. Выберите местонахождение папки, где будет храниться информация о настройках (а:\
дисковод обычно является флоппи-дисководом а:\ drive is typically
the floppy disk drive). Если выбрано иное местонахождение, оно должно быть обозначено.
3. Щелкните кнопкой «мыши» кнопку «ОК».
Загрузка параметров настройки с установочного диска.../ Load calibrations from setup
disk
Данная процедура предсьавляет собой обратный порядок вышеуказанных шагов. Данные,
которые были предварительно сохранены на диске, могут быть восстановлены с помощью
данной функции. Для извлечения информации необходимо выполнить следующие действия;
1 . Щелкните кнопкой «мыши» последовательно пункты «Опции/Управление
Калибровкой/Загрузить данные калибровки с установочного диска...» Options/Calibration
Management/Load calibrations from setup disk option.
2. Выберите местонахождение папки, где будет храниться информация о настройках (а:\
дисковод обычно является флоппи-дисководом а:\ drive is typically the floppy disk
drive)
3. Щелкните кнопкой «мыши» кнопку «ОК».
6.9.2 НАСТРОЙКА АВТОМАТА
В данном разделе приводится описание функций, запускаемых через меню настройки
«Опции/Автомат» Options/Robot Setup Menu. В разделе поясняется порядок выполнения
широкого круга калибровок и почему данные калибровки являются настолько важными.
Кроме того, поясняется выбор порта СОМ.
Калибровка высоты штатива... Calibrate plate heights ___
ГГJ. возможно, что штатив Если в правом верхнем углу штатива загорается индикация L .
нуждается в калибровке высоты. См.раздел «Калибровка высоты штатива» для выполнения
данной процедуры. Калибровка высоты является наиболее критическим видом калибровки.
Если данная процедура проведена неправильно, то это может сильно повлиять на
пипетирование.
Калибровка объемов... Calibrate volumes
Для осуществления калибровки объема Q1AGILITY, см.раздел «Калибровка Объема» для
получения дополнительной информации.
Калибровка расположения штатива... Calibrate plate positions
Если в правом верхнем углу штатива загорается указанная выше индикация , возможно, что
штатив нуждается в калибровке расположения. Выполнение калибровки расположения не
вызывает трудностей. См.раздел «Калибровка Расположения» для выполнения данной
процедуры.
Калибровка компенсации наконечника/ Calibrate tip offset
По умолчанию программа предполагает, что конечная точка (самая нижняя точка
наконечника после его поднятия автоматом) наконечников на 200 цл и 50 цл имеет
постоянную компенсацию. Тем не менее, вследствие отклонений в процессе производства, у
50
--- стр. 52 ---
некоторых наконечников компенсация между наконечниками от 50 до 200 цл может быть
различной для каждой партии продукции. Для обеспечения гибкости при использовании
наконечников различных типов с различными отклонениями в длине, программа QIAGEN
позволяет пользователю производить калибровку всех штативов с наконечниками на 50 цл,
после чего откалибровывать компенсацию длины наконечника между наконечниками 50 цл
и 200 цл, программа автоматически определит правильную калибровку высоты
наконечников 200 цл. Без проведения калибровки компенсации наконечников возникла бы
необходимость калибровки каждого штатива со всеми наконечниками, доступными
автомату. Перед выполнением данного задания ознакомьтесь с разделом «Калибровка
компенсации наконечников». Пожалуйста, помните, что для запуска выполнения задания
подобная калибровка необязательна - она предоставляется в виде опции, применяемой в
случае обнаружения несоответствия между наконечниками.
Калибровка сбрасывателя наконечников Calibrate tip ejector
Калибровка сбрасывателя наконечников вьиюлняется в том случае, если автомат сбрасывает
наконечники неправильно. Более подробное описание такой калибровки приводится в
соответствующем разделе.
Выбрать СОМ-порт... Select СОМ port
Для подключения к компьютеру по умолчанию выбран СОМ-порт 1 . Если манипулятор
подключен к другому СОМ-порту, программа запустится в Виртуальном Режиме. В
виртуальном режиме, выберите СОМ-порт, к которому был подключен кабель
последовательного интерфейса. Убедитесь, что назначение нового СОМ-порта было
воспринято системой, перезапустив программу.
51
--- стр. 53 ---
6.9.2.1 Калибровка высоты штатива/ Calibrate Plate Height
Калибровка высоты штатива должна выполняться для каждого штатива, находящегося на
столе манипулятора, перед их первичной эксплуатацией. Для каждого типа штативов в
Q1AGEN Software установлены собственные значения калибровки. Таким образом, после
первой калибровки штативов, можно в последующем обращаться к этим значениям, даже на
этих местах использовались другие штативы.
Внимание! В процессе калибровки высоты при приподнятой крышке, манипулятор будет
совершать движения. Ни в коем случае не нажимайте никакие кнопки, пока части вашего
тела находятся в зоне действия манипулятора.
Калибровка высоты является важнейшей калибровочной процедурой для манипулятора.
Несмотря на то, что Q1AGILITY оборудована датчиком уровня жидкости, необходимо
произвести калибровку высоты автомата отдельно для каждого штатива. Такая высота по
умолчанию применяется при отключенном датчике уровня жидкости, пустой ячейке или при
недостатке в ячейке жидкости, распознаваемой соответствующим датчиком.
Установленные по умолчанию параметры калибровки используются в том случае, когда
манипулятор выполняет процессы перемешивания.
Важно, чтобы установленная по умолчанию высота была откалибрована в правильной
позиции - не слишком высоко и не слишком низко. Если наконечник откалиброван в
положении «слишком высоко», то в процессе выталкивания жидкости, на кончике
наконечника может сформироваться капля, которая в дальнейшем не попадет в пробирку из-
за действия силы поверхностного натяжения. Если наконечник откалиброван в положении
«слишком низко», наконечник может упереться в дно пробирки, заблокировать отверстие и
жидкость не будет поступать в пробирку; также наконечник может быть поврежден. Если
наконечник находится на правильной высоте, то наконечник должен быть выше дна
пробирки; после поступления жидкости, ее уровень будет находиться выше конца
наконечника.
X X ч /
Существует два способа калибровки высоты: ручной и автоматический. В процессе
автоматической калибровки высоты манипулятор опускает пипетирующую головку очень
медленно до тех пор, пока не достигнет дна пробирки. Далее высота калибровки будет
52
--- стр. 54 ---
определяться расстоянием до дна пробирки минус небольшое предварительно определенное
отклонение. Этап определения расстояния до дна пробирки может быть автоматически
повторен несколько раз для получения среднего значения. В процессе ручной калибровки
высоты, пользователь сам устанавливает расстояние между наконечником и дном пробирки.
Для выполнения автоматической калибровки высоты необходимо выполнить следующие
действия;
1 . Убедитесь, что расположение штатива, подвергающегося калибровке высоты, уже
откалибровано;
2. Убедитесь, что имеются в наличии наконечники объемом 50 цл, штативы наконечников
откалиброваны и правильно выбранные наконечники установлены как доступные;
3. Убедитесь, что количество пробирок, установленных в первых позициях, равно среднему
количеству пробирок, которое будет задействовано (см.ниже).
4. Выберите последовательно пункты Опции/Настройка манипулятора/ Калибровать высоты
штативов... Options/Table Setup/Calibrate heights
5. Прочтите уведомление о смене значений калибровок и выберите «Да»/Ок.
6. Появится Окно Калибровки Высоты.
7. Вверху окна отобразится список доступных штативов/пробирок. Примечание:
сегментированные штативы (например, для реактивов) упоминаются в списке несколько раз,
каждый раз идентифицируя различный тип пробирок для каждого сегмента.
8. Выберите штативы для выполнения калибровки высоты в автоматическом режиме,
устанавливая флажок в поле рядом с наименованиями штативов из списка. Также вы можете
выбрать все штативы, щелкнув кнопкой «мыши» кнопку «Выбрать Все».
9. Выберите, какое количество пробирок будет тестироваться для определения стеднего
показателя, щелкая кнопкой «мыши» по кнопкам «вверх/вниз» up/down. QIAGEN QIAGEN
Pty. Ltd. рекомендует выбрать 4 пробирки для определения среднего значения.
1 0. Опция «Использовать наконечники повторно во время измерения высоты / Reuse tips
during height probe» позволяет пользователю определить, использовать ли каждый раз новый
наконечник для каждого следующего измерения высоты - или использовать один и тот же.
Примечание: применение данной опции возможно только для пробирок одного и того же
штатива (например, пробирки из одной и той же группы для определения среднего); опция
повторного использования наконечников действительна только для того штатива, для
которого она была активирована.
11. Щелкните кнопкой «мыши» на кнопку «Автоматическое распознавание/ Autodetect» в
нижней части окна.
12. Манипулятор начнет калибровку высоты выбранных штативов, в ходе которой
измеренные значения должны быть приняты или отклонены. Если средние значения для
одного штатива отличаются друг от друга не более чем на 10 единиц, эти значения могут
быть приняты. Если разница превышает 10 единиц, проверьте правильность установки всех
пробирок, а также отсутствие изгиба наконечника. Если процесс калибровки отменен, его
необходимо повторить.
13. Щелкните кнопкой «мыши» кнопку «Закрыть/ Close» по завершении всех калибровок.
Для выполнения ручной калибровки высоты необходимо выполнить следующие
действия:
1 . Убедитесь в том, что расположение штатива, подвергающегося калибровке высоты, уже
откалибровано.
2. Убедитесь в том, что имеющиеся в наличии наконечники имеют объем 200 мкл,
держатели наконечников откалиброваны и правильно выбранные наконечники установлены
как доступные.
53
--- стр. 55 ---
3. Убедитесь в том, что каждый штатив, подвергающийся калибровке, имеет одну пробирку,
установленную в первой позиции.
4. Выберите последовательно пункты Опции/Настройка манипулятора/Калибровать высоты
штативов Options/Table Setup/Calibrate heights.
5. Прочтите уведомление о смене значений калибровок и выберите «Да / Ок».
6. Появится Окно Калибровки Высоты.
7. Вверху окна отобразится список доступных штативов/пробирок. Примечание:
сегментированные штативы (например, для реактивов) упоминаются в списке несколько раз,
каждый раз идентифицируя различный тип пробирок для каждого сегмента.
8. Выберите штативы для выполнения калибровки высоты, при этом выбранный штатив
должен быть выделен.
9. Щелкните кнопкой «мыши» кнопку «Ручная Установка / Manual Setup».
10. Если калибровки штатива производились ранее, программа спросит, нужно ли сбросить
значение высоты на О (верхнее значение) или Вы хотите оставить текущую настройку. Если
текущая настройка остается, а штатив находится слишком высоко, наконечник может
врезаться в штатив и погнуться. ^
11. Используйте кнопки-стрелки «вверх/вниз» up/down, расположенные в окне ручной W
калибровки высоты, для изменения высоты расположения пипетирующей головки. Для ^
правильной регулировки высоты, следуйте изложенным выше инструкциям для регулировки
расстояния между наконечником и дном пробирки. В большинстве случаев, расстояние
между наконечником и дном невозможно увидеть; оно должно быть подобрано опытным
способом подъемом пробирки из поддерживающего штатива.
12. В том случае, если пипетирующая головка была случайно сдвинута слишком далеко по
оси Z и коснулась дна, убедитесь при помощи функции ручной перенастройки, что головка
по-прежнему правильно позиционирована. Для этого щелкните кнопкой «мыши» кнопку
«Исходное положение оси Z / Ноте Z-axis».
13. Щелкните кнопкой «мыши» кнопку «ОК» по завершении установки правильных
значений высоты калибровки.
14. Щелкните кнопкой «мыши» кнопку «Закрыть / Close» по завершении всех калибровок.
6.9.2.2 Калибровка объема ^
Калибровка - это набор операций по установлению отношения между реально
диспенсируемым объемом и соответствующим номинальным или выбранным объемом
пипетки.
Данный процесс в упрощенном виде требует, чтобы с помощью пипетки было отобрано
нужное количество жидкости с учетом погрешности и при повторных операциях отбиралось
это же количество с учетом разброса.
Например, пипетка должна вносить ровно 100 цЬ, и это должно происходить каждый раз
при диспенсировании 100 цЬ.
Погрешность и разброс определяются при помощи гравиметрических измерений.
Т.е. чистая вода весит 1 мг/цЬ и объем распределенный пипеткой подтверждается этим
весом: 5 цЬ весят 5 мг, 50 цЬ - 50 мг и т.д.
Ошибка
54
--- стр. 56 ---
в процессе калибровки пипетки существует множество факторов, которые необходимо
учитывать с целью минимизации ошибки в погрешности и разбросе. В обшем виде сюда
входят гравиметрическая и пипеточная ошибки.
Гравиметрическая ошибка - это те факторы, которые влияют на ошибку измерения веса:
• Точность весов,
• Минимальная единица измерения,
• Барометрическое давление
• Температура окружающей среды
• Влажность.
• Давление пара используемой жидкости и
• Разница температур жидкости и воздуха.
Пипеточная ошибка - это те факторы, которые оказывают влияние на ошибку при
^ распределении жидкости из пипетки:
^ • Факторы, влияющие на гравиметрические измерения,
• Возраст и состояние пипеточного механизма (уплотнительных колец и пр.),
• Метод проведения операции (индивидуальная манера),
• Характеристики способности к удержанию жидкости наконечника пипетки и
• Вязкость распределяемой жидкости.
Факторы, влияющие на погрешность и разброс, определяются как систематические и
случайные ошибки, а размер ошибки обратно пропорционален объему калибровки.
Ошибка в погрешности (систематическая ошибка) - это разница между требуемым
диспенсируемым объемом и реальным диспенсируемым объемом. Систематическая ошибка
определяется на основании среднего значения 10 измерений.
Ошибка в разбросе (случайная ошибка) - отклонение диспенсируемого объема от среднего
значения диспенсируемых объемов. Случайная ошибка определяется на основании
9 повторяющегося стандартного отклонения в 10 измерениях.
Калибровка объема
Калибровка объема автомата производится при помощи мастера калибровки (см.
изображение экрана ниже). Мастер имеет дружественный интерфейс и пошаговую
структуру. Существует два метода калибровки объема: ручная и гравиметрическая поверка.
Одним из видов гравиметрической поверки является возможность использования
подтвержденных данных гравиметрического процесса, полученных третьими лицами.
Кроме значений калибровки по умолчанию 2, 5, 10, 20, 50, 100, 150, и 200 цЬ пользователь
может выбрать четыре других значения в рамках диапазона по умолчанию. Имеется также
возможность просмотра текущих и прошлых настроек калибровки и при необходимости
возврата к прошлым настройкам или настройкам производителя, установленным по
умолчанию.
Деления Р-оси
Электронный двигатель перемещает плунжер пипетки вверх и вниз по вертикальной оси.
Существует прямая взаимосвязь между врап;ением вала двигателя и вертикальным
55
--- стр. 57 ---
движением плунжера пипетки. Эта взаимосвязь известна как деления или шаги Р-оси.
Номинально имеется 26 делений или шагов на каждый 1 цЬ отсасываемой или
распределяемой жидкости.
Чтобы открыть "Мастер калибровки объема", в главном меню выберите Options
(onunn)>Robot Setup (настройка автомата) >Calibrate Volumes (калибровать объемы).
Прочитайте предупреждение и выберите 'Yes' (да).
6.9.2.3 Интерфейс мастера калибровки объема
Я V o lu m e Calibratio n W izard
irtiaducton
' i ' o u fff - Ч v r t u T i f t f s г л Ц у г + п п i ftr n t й * л » n h n f r < r ^ l ^ n Q г и г с . г л п а н г
S p r> rrc 6 l^ ‘ . i dffnfi' П ' ж Ь » о ! и г » ^ л r h f s P e » » i s m c t y m u y h л v rH u n e o fIq iiii I h e 1% T r h r r r t t o i л r .r t ^ in h r ii v rtiD M C r t r c ^ h n r v m m r/ irr.M r 1 | * л г ) Td js f t i• й ч .1 д Ь г . v e l i c w I r o m 0 b 2 0 0 u ( . H r w r n n « r f Н ^ в a p l K o s
Q c t o ^ x
L i» fu i« « I'ld o ip « > ilir) g . S d u v ^ie c^kuial»; F a k ti jntv.
2-I L o i b r 2 f b u « r a ( i n o D c u ’ o j v o lim e 6 . H c b o t p c ^ t o r r n ^ p p i i ^ r a U c o r a id
------* г^гл№гН Snfrwnrr гл1г.|Лл?лч P лвг. iiriL*c rite tt v 6 ui»c accftcd i? o fti« a rc c o fc u o t& s P unu.
3 I ( a k f c r a h ^ r 'v f V iiia ly R ab at p ^ ih - f n i» mppfting U w i rrtws P e x a — « J itib t i t t » ! * b f c i H iir l. I < « i t i lA o r v u lif H »
* I C o n f q ir e л «г d s f n e d c iJ f c t a J ic h v d irw t.
± 1 V ie w c u ip r n ' r .f l f B w b r t i . ' . l y h r g A o t i d ic v 't v » c -n lh 'o ? b n h f A t o ’ j »
JLj L j d d f d C t u i V O t K e u L '
Опция 1 Калибровать при помощи измерительных весов. Автомат выполняет пипеточный
забор. Пользователь вводит вес трубки до и после отбора. Программа подсчитывает деления
Р-оси.
Опция 2 Калибровать при помощи измеренных объемов. Автомат выполняет пипеточный
забор. Пользователь проверяет и вводит отобранные объемы. Программа подсчитывает
деления Р-оси.
Опция 3 Калибровать вручную. Автомат не выполняет пипетирование. Пользователь вводит
деления Р-оси непосредственно для каждого объема калибровки.
Опция 4 Конфигурировать объемы калибровки, заданные пользователем.
Опция 5 Просмотреть текущие настройки калибровки и истории калибровки.
Опция 6 Установить значения производителя по умолчанию.
56
--- стр. 58 ---
о п ц и я 1 Калибровка при помощи измеренных весов. Автомат выполняет
пипетирование. Пользователь вводит вес пробирки до и после отбора жидкости.
Программа подсчитывает деления Р-оси.
Опция 1 рекомендуется в качестве метода калибровки автомата. Пользователь
предварительно взвешивает ПЦР пробирки 200 цЬ и вводит вес каждой пробирки в таблицу
предварительных весов. Чтобы произвести стандартную калибровку, вам потребуется 8
объемов по умолчанию х количество повторений для каждого веса, выбранного
пользователем. Автомат производит забор объемов по умолчанию и объемов, заданных
пользователем (см. Опция 4) из заданной пользователем емкости с пробиркой, содержащей
воду, соответствующую стандартам ПЦР. Затем пользователь повторно взвешивает
пробирки и заносит новые средние веса пробирок в таблицу результатов взвешивания.
Настройка калибровки предварительного объема
Поместите штатив с наконечниками на 200 цЬ в положение SBS В1 и штатив с
^ наконечниками на 50 цЬ в положение SBS 82.
^ Более подробно см. "Калибровка положения штатива".
Убедитесь в том, что позиции С1 и С2 SBS определяются в окне “Plate layout” как “96-well
vertical”, а в окне “Plate type” как “96-well column”. Следите также, чтобы функции для
данных штаитвов были установлены. Более подробно см. "Калибровки расположения
штативов".
Для калибровки объема поместите в пробирку с дилюентом блока для ПЦР смеси
достаточное количество воды стандарта ПЦР.
Калибровка объема:
При выборе опции 1 открывается окно "Мастер калибровки объема - конфигурировать
Volume Calibration Wizard - Configure " .
57
--- стр. 72 ---
6.9.2.4 Калибровка расположения штатива/Calibrate Plate Position
Калибровки расположения штатива должны выполняться для каждого штатива,
расположенного на столе манипулятора, перед первым использованием. После выполнения
первичной калибровки расположения, обычно не требуется проведения последующих
калибровок. Для каждого типа штативов в QIAGEN Software установлены собственные
значения калибровки. Таким образом, после первой калибровки П 1татива можно будет,
вернуться к заданным при этом значениям через некоторое время, даже если в течение этого
времени использовались другие штативы.
Внимание! В процчссе калибровки высоты при приподнятой крышке, манипулятор Стк'т
совершать движения. Ни в коем случае не па.ж'имайте никакие кнопки, пока части ваи(его
тела находятся в зоне действия манипулятора.
Калибровка расположения обеспечивает правильное движение манипулятора относительно
каждой пробирки, расположенной в штативе. Для выполнения калибровки расположения
необходимо выполнить следующие действия:
1. Открыть крышку манипулятора.
2. Поместить штативы, предназначенные для калибровки, на стол манипулятора. По мере
возможности, не размещайте пробирки в штативах. Калибровка расположения штативов
должна выполняться при правильном расположении пробирок в штативах, не допуская
наклона штатива в результате сдвига плохо установленной пробирки.
3. Убедитесь, что хотя бы в одном штативе установлены доступными наконечники объемом
50 [1 Л .
4. Выберите последовательно пункты Опции/Настройка манипулятора/Калибровать
расположение штативов Options/Table Setup/Calibrate plate positions.
5. Прочтите уведомление о смене значений калибровки и выберите «Да/yes».
6. Появится Окно Калибровки Высоты.
7. Выберите штатив для выполнения калибровки расположения из списка, находящегося в
левой части окна. Калибровка расположения может быть выполнена для каждого штатива по
очереди. В первую очередь калибровке подвергаются штативы для наконечников.
Примечание: штативы для наконечников представлены в списке как штативы на 96
пробирок, это не является ошибкой.
8. На схеме, расположенной в правой части окна, выделяется вертикальный ряд,
выбираемый для проведения процедур калибровки. Пробирки ряда окрашены в красный
цвет.
9. Опустите пипетирующую головку манипулятора несколькими нажатиями на кнопку
«Опустить Наконечник/Lower Tip». Подведя пипетирующую головку вплотную к штативу,
выбранному для калибровки, вы сможете провести процедуру калибровки с большей
точностью. Перед продолжением выполнения процедуры, убедитесь, что наконечник не
касается ни одного из штативов или наконечников.
10. Используя кнопки-стрелки «Расположение X/X-position» и «Расположение Y/Y-position»,
расположите манипулятор ровно над центром пробирки (или наконечника), выделенной
красным цветом. Посмотрите на положение манипулятора прямо и сбоку для обеспечения
правильной центровки. Для облегчения центрирования, пипетирующая головка может быть
опущена еще ниже.
11. По завершении процедуры позиционирования, щелкните кнопкой «мыши» кнопку
«Сохранить/Save». Если кнопка «Сохранить/Save» не была нажата, текущее расположение
не будет сохранено в качестве откалиброванного значения.
71
--- стр. 73 ---
12. В случае необходимости, щелкните кнопкой «мыши» кнопку «Проверить
Расположение/'Check Position» для получения подтверждения сохранения текущего
расположения.
13. Если требуется выполнение последующих калибровок расположения, щелкните кнопкой
«мыши» следующий штатив из списка и повторите действия, начиная с пункта 7.
Пргшечсите: При кашбровке штативов, необходимо установить пакоиечиик в
ттетирующую головку манипулятора, что может быть выполнено в ручном режиме или.
если штативы для наконечников были откалиброваны и выбраны правильные наконечники,
щелкнув кнопкой «.xwntiu» кнопку «Установить Новый ИакоиечникЮе! New T ip > > .
По завершении всех калибровок расположения, щелкните кнопкой «мыши» кнопку
«Закрыть/Close».
6.9.2.S Калибровка компенсации наконечника
Калибровка компенсации наконечника не является обязательной и производится на выбор
пользователя. Такая калибровка может учитывать производственный допуск между
различными типами наконечников. Например, размер окаймлениия наконечников на 50 цл и
200 |лл как правило должен быть одинаковым; тем не менее, в отдельных случаях
происходят незначительные отклонения - см. изображение ниже.
A ltliU L y h b u th
tpG aratro
satre lengti, a
s:lig h 1
enlargsmeni ir
C O latG EO
ir is h p ? 1 h f i
innuLtip = 4 t
h o re r The
m ota: I h e
200uLtp
d p p s a r s h t J r t f * !
ontfiB ^doot
The le-ath
П1Г Ч Р1 aecoirils
for this.
L e n c l ^ o P f e e t
Although both Tipps are the same length, a
slight enkargement incollar size makes the
2()0|iL tip sit higher. This makes the 200 [лЬ
Tipp appear shorter on the robot.
Хотя у обоих наконечников длина
одинакова, небольшое увеличение в размере
каймы приводит к более высокой посадке
наконечника 200 |^л. Поэтому в автомате
наконечник на 200 цл выглядит короче.
The length offset accounts for this. За это отвечает функция компенсации
Length offset Компенсация длины
Для того, чтобы обеспечить гибкость при незначительных изменениях длины между
различными типами наконечников, программа Q1AGEN дает пользователю возможность
откалибровать различия в длине между наконечниками. Преимущество калибровки такой
компенсации раз состоит в том, что программа автоматически установит правильную
72
--- стр. 74 ---
калибровку высоты для наконечников по 200 | 1 л, принимая за основу калибровку высоты для
наконечников 50 цл.
Для выполнения калибровки компенсации длины наконечника выполните следующие
действия:
1. Убедитесь в наличии штатива для реакций с размером ячеек, достаточно большим для
калибровки наконечников как на 50, на и на 200 цл. Например, для таких целей мог бы
подойти штатив на 96 ячеек с пробирками ПЦР на 200 цл. При этом должны быть
откалиброваны положение и высота штатива.
2. Установите пробирку в первую ячейку штатива.
3. Убедитесь в том, что присутствуют и отмечены доступными наконечники объемом 50 и
200 |хл, штативы для наконечников откалиброваны и наконечники установлены в них
правильно.
4. Выберите Опции/Настройка столаУКалибровать компенсацию наконечников Options/Table
Setup/Calibrate tip offsets.
^ 5. Прочтите предупреждение об изменении таких калибровок и нажмите «Да/yes».
6. При этом появится окно Калибровка компенсации длины наконечника.
7. Если на рабочем столе присутствует более одного штатива для реакций, выберите
подходящий штатив нажатием кнопки «...»
8. Выберите наконечник для калибровки нажатием на поле возле него (как правило, в списке
выводятся только наконечники по 200 цл).
9. Для расчета средней компенсации выберите количество повторяющихся тестируемых
образцов.
11. Теперь автомат для подсчета компенсации сверит высоту штатива с использованием
наконечника по 50 |лл и выбранным наконечником.
12. по завершении калибровки нажмите кнопку «Закрыть/Close».
6.9.2.6 Калибровка сбрасывателя наконечников
Очень важно правильно произвести калибровку сбрасывателя наконечников. Для
правильного сбрасывания наконечников и предотвращения повреждения вакуумной втулки
(устройства, поднимающего наконечник) автомат полагается на правильную калибровку
сбрасывателя. Калибровка сбрасывателя наконечников должна выполняться раньше всех
остальных настроек автомата.
Выполнение калибровки сбрасывателя наконечников может оказаться несколько сложным.
Желательно, чтобы было достаточно места вокруг левой стороны автомата. В некоторых
положениях может оказаться полезным наличие карманного фонаря. Процесс калибровки
относится к осям автомата X, Y и Z. Ось X отвечает за движение влево/вправо кронштейна
автомата , ось Y двигает головку дозатора вперед/назад, а ось Z поднимает и опускает ее.
Для завершения калибровки выполните следующие действия:
Нажмите на Опции/Настройка стола/ Настроить сбрасыватель наконечника Options/Table
Setup/Set up tip ejector.
При выведении предупреждения о кaJшбpoвкe сбрасывателя прочтите предупреждение и
выберите «Да/Yes».
На экране появится следующее окно для выбора сбрасывателя наконечников,
установленного в Q1AGILITY. Для выбора модели сбрасывателя нажмите на его
изображение.
73
--- стр. 77 ---
Скорость перемешивания это скорость, которая контролирует все операции перемешивания.
QIAGEN QIAGEN рекомендует устанавливать эту скорость на максимум для лучшего
перемешивания.
Скорости пипетки могут быть установлены в значение по умолчанию через меню Настроек
задачи.
Использовать ли функцию оценки уровня жидкости при пипетировании? Use liquid
level when pipetting?
Включение данной функции позволяет замерять уровень жидкости, а также контролировать
последующее поведение наконечников пипеток после аспирации из жидкостей.
Игнорировать ошибки во время выполнения задачи? Ignore errors during run?
Все ошибки, возникающие во время выполнения задачи, игнорируются. Не требуется
вмешательства пользователя.
Настройка дополнительного объема ПЦР смеси /Set master mix extra volume .
QIAGILITY может быть использован для приготовления ПЦР смеси, необходимой для
выполнения отдельных заданий. Для этого программа производит расчет количества ПЦР ^
смеси, необходимого для проведения реакций. Дополнительно к фактически необходимому
объему, автомат потребует производство дополнительного объема («мертвого объема»).
Данная опция позволяет установить такой дополнительный объем ПЦР смеси. Обратите
внимание на то, что фактически приготовленный дополнительный объем рассчитывается в
количествах, кратных количеству реакций до тех пор, пока дополнительный объем не
превысит размер, указанный в данной опции.
Например, если для одной реакции необходимы 20 цл ПЦР смеси, а дополнительный объем
установлен в размере 50 цл, то будет дополнительно приготовлено 60 цл ПЦР смеси. Это
произойдет потому, что 60 цл является целым числом, кратным 20 цл и превышающим 50
цл.
Как и с дополнительными стандартами, данная опция может быть использована в том
случае, если ПЦР смесь потребуется для других ручных или будущих автоматических
исследований. Фирма QIAGEN QIAGEN Pty. Ltd. рекомендует использовать в пробирках ^
PCR на 200 цл минимальный дополнительный объем в размере 20 цл. Для больших ^
пробирок данный объем должен быть увеличен. W
Установка дополнительного объема стандартов / Set standard extra volume
QIAGILITY может автоматически создавать разведения стандартов, необходимые для
выполнения отдельных заданий. Для этого программа подсчитывает объем стандарта,
необходимый для выполнения конкретной задачи.
Дополнительно к необходимому объему, автомату потребуется дополнительный объем
(«мертвый объем»).
Данная опция позволяет Вам установить такой дополнительный объем приготовливаемого
стандарта. Данная опция может оказаться полезной в случае необходимости
дополнительного стандарта для прочих ручных или будущих автоматических исследований.
Фирма QIAGEN QIAGEN Pty. Ltd. рекомендует использовать дополнительный объем в
размере как минимум 40 |д .л .
Настройка опций использования наконечников / Set tip usage options.
76
--- стр. 78 ---
Пользователь имеет возможность конфигурировать использование наконечников при работе
с QIAGILITY. Дальнейшее описание данной функции приводится в разделе Опции
использования наконечников.
Втягивание оси Z при диспенсироваиии /Retract z-axis whilst dispensing .
QIAGILITY располагает опцией втягивания оси Z при диспенсироваиии жидкости. Данная
опция снижает удержание жидкости на наружной поверхности наконечника, таким образом
повышая точность операций пипетирования.
Установить расположение фа 1 1лов по умолчанию / Set default file location.
Местом расположения файлов по умолчанию для всех сохраняемых файлов,
устанавливаемым на заводе-изготовителе, является c;\Program Files\QIAGEN4\Data. В этой
директории хранятся файлы с заданиями. Кроме того, в данной директории располагаются
две поддиректории - для журналов выполнения заданий и отчетов - в которых хранятся
создаваемые автоматически файлы с журналами выполнения заданий и отчеты о
выполнении заданий. Место расположения файлов по умолчанию может изменяться на
более подходящее. Обратите внимание на то, что директории журналов и отчетов будут
автоматически создаваться как поддиректории и в новом месте хранения файлов.
Сохранить текущие настройки как новые параметры по умолчанию / Save current
settings as new defaults
Bee опции, изменяющиеся через меню опций, можно менять и устанавливать на новые
параметры по умолчанию программы. Изменение любой опции и установка ее в качестве
параметра по умолчанию приводит к тому, что такая опция будет включаться при каждом
запуске программы. Такими опциями и их значениями по умолчанию, устанавливаемыми на
заводе-изготовителе, являются:
Датчик уровня жидкости: Вкл./ Level Sensor: On
Режим сообщения об ошибках: не игнорировать ошибки / Error Mode: Do not
ignore errors
Скорость пипетирования: всегда 60 [лл/сек, за исключением реактива (вязкий)
- 30,4 цл/сек. / Pipetting Speeds: all 60 ^iL/sec with the exception o f reagent
(viscous) 30.4 |j,l/sec
Стандартный дополнительный объем: 20 цл. / Standard Extra Volume: 20 цЬ
- Дополнительный объем ПЦР смеси: 50 цл. / Master Mix Extra Volume: 50 цЕ
Быстрая симуляция: Откл. / Fast Simulation: Off
- Объемы воздуха: всегда 7 цл / Air volumes: all 7 цЕ
Повторное использование наконечника: только 1 раз / Tip re-use: once only
Обратите внимание на то, что в данную опцию не включаются калибровочные настройки.
Калибровочные настройки хранятся отдельно и не могут переустанавливаться на настройки
завода-изготовителя.
Установить настройки на параметры по умолчанию от завода-изготовителя / Reset
settings to factory defaults.
Данная функция устанавливает значения всех приведенных выше опций на параметры по
умолчанию, устанавливаемые на заводе-изготовителе. Эта опция не распространяется на
калибровочные настройки.
6.9.3.1 Использование определения уровня жидкости при пинетировании / Use liquid
level when pipetting.
Для обеспечения максимальной точности работы. Автоматизированная система для
манипуляций с жидкостями QIAGILITY оборудована датчиком уровня жидкости. Работа
77
--- стр. 79 ---
такого датчика уровня основана на использовании проводящих наконечников и позволяет
устройству автоматически распознавать касание проводящим наконечником жидкости
внутри пробирки. Использование датчика уровня помогает предотвратить попадание
материала на наружную поверхность наконечника. Подробное описание данного свойства
приводится в разделе «Датчик уровня жидкости».
Не использовать уровень жидкости / Do not use liquid level
Огщия использует данные калибровки заранее установленной высоты. Откалиброванная
высота равняется опредеяемой высоте пробирки минус небольшая заранее определенная
компенсация; либо, в случае калибровки высоты вручную, пользователь может
самостоятельно принимать решение об установке расстояния между концом наконечника и
основаниями пробирок.
Но завершении операций пипетирования, до того как аспирировать жидкость наконечник
вытягивается вниз до указанного уровня.
Данный метод может оказаться менее точным вследствие попадания жидкости за пределы
наконечников.
Использовать датчик уровня жидкости? / Use liquid level sensor?
Датчик уровня жидкости сообщает автомату о касании наконечника пипетки с жидкостью.
Определение уровня происходит только при условии использования наконечников,
обогащенных углеродом (черные проводящие наконечники). Преимущество использования
показания уровня жидкости состоит в том, что автомат опускает наконечник чуть ниже, чем
соприкасания с поверхностью жидкости (мениском). При включении датчика уровня
повышается точность пипетирования. При отключении датчика уровня (опция не отмечена
«галочкой») наконечник будет двигаться до достижения высоты, откалиброванной для
конкретного типа пробирок, т.е. до высоты по умолчанию.
Использовать оценку уровня жидкости / Use liquid level estimate.
Использует информацию об объемах используемой жидкости и типах потребляемых
материалов, получаемую через Мастер настройки PCR, для определения подсчитанной
высоты жидкости в каждой ячейке / пробирке на рабочем столе автомата.
6.9.3.2 Игнорировать ошибки при выполнении задания? / Ignore errors during run?
Автоматизированная система QIAGILITY оборудована датчиком уровня, дающим прибору
возможность распознавать прикосновение наконечника пипетки к поверхности жидкости. И
наоборот - автомат может распознать недостаточное содержание жидкости в пробирке. Если
в процессе выполнения задания в пробирке осталось жидкости меньше, чем необходимо для
продолжения работы, как правило, на экран выводится сообщение об ошибке.
Спецификация QIAGILITY определяет лимит распознавания для датчика уровня жидкости.
В отдельных случаях, может оказаться необходимым сознательно поместить в пробирку
меньше жидкости, чем указанный лимит в данной пробирке. При таких обстоятельствах,
каждое аликвотирование со штатива образцов вынуждает автомат сообщать об ошибке,
каждый раз требуя вмешательства пользователя.
Для обеспечения автономной работы без вмешательства пользователя, в программе QIAGEN
присутствуют три различных уровня ошибок. Все ошибки, рассматриваемые в данной
опции, являются ошибками распознавания уровня. Указанные три уровня и их действие
приводятся ниже.
78
--- стр. 80 ---
Не игнорировать ошибки / Do not ignore errors.
Это установка по умолчанию в программе QIAGEN. Отчеты об ошибках во время
выполнения задачи выводятся на экран, требуя вмешательства пользователя каждый раз,
когда случается ошибка.
Игнорировать ошибки сенсоров уровня жидкости в штативе с образцами / Ignore sample
plate liquid sensing errors.
Bee ошибки сенсора уровня жидкости в штативе с образцами игнорируются, не требуется
вмешательства пользователя. Ошибки на других штативах, включая реактивы, смеси и
стандарты, не игнорируются.
Игнорировать все ошибки / Ignore all errors.
Когда выбрана эта опция, все ошибки сенсоров на всех штативах игнорируются.
Независимо от уровня ошибки, все ошибки включаются в отчет о выполненной задаче. Эту
функцию нельзя отключить.
6.9.3.3 Настройка опций использования наконечников / Set Tip Usage Options.
Особой опцией CAS-1820 является возможность конфигурировать использование
наконечников пипетки. Результатом применения данного свойства, как правило, является
резкое снижение количества наконечников, необходимых для выполнения задания. После
выбора / Run Settings/ Set tip usage options, на экран будет выведено следующее окно:
Tip Usage
-Settings"'
Use each tip for one operation on!
Will use one tip for each take/eject chicle. Gives highest
precision, but will use large numbers of tips for all operations
increasing run cost and run completion tim e.
Maxim um number of tim es to re-use tips?
Allow multiple ejections off a single liquid pickup? Г
D isable a n on r r iu lli-is ie c l:? Г "
O K
Cancel
После нажатия мышкой на ниспадающее окно, пользователю предоставляются две опции
использования наконечников:
1. Использовать каждый наконечник только для одной операции / Use each tip for one
operation only. Данная опция позволяет использовать только один наконечник для каждого
цикла поднятия/сбрасывания. Опция обеспечивает наиболее высокую точность но может
привести к использованию большого количества наконечников, повышая, таким образом,
расходы на выполнение задания и увеличивая время его выполнения.
79
--- стр. 85 ---
Клавишная комбинация быстрого вызова
Для переключения между "доступным" и "недоступным" статусом наконечников была
добавлена удобная клавишная комбинация: Просто щелкните на отдельных наконечниках,
удерживая кнопку "Ctrl". Статус наконечника будет меняться между "доступным" и
"недоступным".
6.9.6 ДОБАВЛЕНИЕ ЯЧЕЕК В БАНК ОБРАЗЦОВ
Если на данном этапе еще не существует банка образцов, пользователю может быть
предложено ввести название банка образцов. Введите название банка образцов и нажмите
«ОК» или «ввод». При этом будет создан банк образцов и добавлены новые образцы.
Если банк образцов уже существует, на экран выведется окно «Банк образцов/5атр1е Bank».
Select Sample Bank
G t,Q U B..1J8..w sll5U a.ffl5!!5J..,
Group 2 (4 wells) (4 wells)
OK
Cancel
New Bank
В данном окне можно создать новый банк образцов либо добавить новые ячейки в уже
существующий банк. Если нужно добавить новый банк в список банков образцов - нажмите
«Новый банк/New Bank», при этом пользователю еще раз будет предложено ввести имя.
Если нужно добавить ячейки к уже существующему банку - выберите банк, в который их
нужно добавить и нажмите «ОК». При этом в выбранный банк будут добавлены новые
ячейки.
6.9.7 ВЫБОР ПРАВИЛЬНОГО Ш ТАТИВА
Выбор штатива правильного типа и функциональности для настройки стола автомата
является важным моментом. Только при условии выбора правильного типа штатива,
правильно выбранные значения калибровки выбранного штатива произведут нужный
эффект. OIAGILITY имеет восемь мест, способных поддерживать разные типы штативов
пробирок, загрузочных блоков и штативов наконечников. Такими местами являются:
Блок ПЦР смеси вверху экрана слева (задняя панель автомата слева)
Блок реактивов внизу (напротив) блока для ПЦР смеси
Шесть мест для штативов с наконечниками, блоков с адаптерами
штативов для стандартов размером 128 мм на 76 мм.
или
Изменение типа штатива
84
--- стр. 86 ---
в связи с широким ассортиментом производимых штативов и необходимостью
использования их в различных процедурах, в ПО предусмотрена возможность изменения
типа блока или штатива. Для этого необходимо совершить следующие действия:
1. Поместите указатель «мыши» над ячейкой штатива, параметры которого должны быть
изменены
2. Нажмите правую кнопку «мыши»
3. В появившемся меню, выберите «Изменить тип штатива /Change plate type»
4. Появится окно Конфигуратора штатива
■ I ’U cQ m figurjiliitn О
( Ь » i i e m г г с * ; с 1 с 4 в * у n a t r f w
2 A w e l£ v e f3 « ti p i s te !{ r« 4 ifd '« ro w 4 l ■ a
^ и е 1Я гЗ г:» -<
’ ■ j e i t c t tte Ы Ж |* m w 'f c O f t f u r f j :
P C w r -
P u b f
f y t »£ x b p ^ ! «s t t b i i T K c c « itc ib iJ to n
ИГ1Р1И((Ш ИИИИИИИИИИИ| ' A - > v « r l » „ H f l n p r lli.i. ? < 8 i * > i P a s e f - t w #1 1 ' Ш; Р С Й|- s a i.« iii « .rtih ;* s M t
?ft>;^»r:36NM d!*75uLU O ase
! f b '« 8 li2 ? 5 u L V Й Ж ' Ь ч у ж З Ь - « ^ ! Л д а .К 1 а > .^ « еi b i V 3 r r 9 h w r i : f i c < L r e i i i X U .Ш и. О ^ - р Ч / ф ■ / А и м а г 9 6 - v t * i P a # ' i S 2 X 0 4 D e » p W e J i l S - ^ r a ^ r i ^ j U w M } W r i l 1 4 » * ? n r r ) i t D i * ^ ' V /й f 5 u p « ‘ r t * i ' w l j V f l i l V . I J . l i
( З е г к т а о П л г й l U U J t .E f c b i f t t Q N I Y
(1«п1й« i m t d . и г к « и Ь » г -
••••••••
I л!
C » v H
М я г Г с
!7 M e ! * »r r ,p ir ~ F a v itjik s »
f r - 3 * f c i a i ( » J ’ C r fc - D W I
P « V » jn » 9 !
В левой верхней части окна Конфигурации штатива приводятся различные планировки
штатива. В такие планировки включаются штативы на 96 ячеек как в вертикальной, так и в
горизонтальной конфигурации (по колонкам или рядам), штативы на 384 ячейки и многие
другие. Окно вверху справа показывает фактический тип штатива - например, адаптер
QIAGEN, поддерживающий индивидуальные пробирки PCR на 200 цл.
Для выбора наиболее подходящего штатива, прокрутите список, пока не найдете штатив
используемого в настоящее время артикула или аналогичный. Если вы не можете найти
штатив, который сходен с тем, который вы в настоящее время используете, обратитесь в
QIAGEN Support Team.
В нижней правой части окна Конфигуратора штативов указывается число фильтров. Для
просмотра всех штативов, доступных для выбора, убедитесь, что все фильтры включены.
Для просмотра только щтативов для наконечников, оставьте включенным только один
фильтр сортировки по наконечникам.
Наиболее часто используемые штативы можно добавить в «Избранное /Favourites». Для
добавления наименования штатива в поле «Избранное/Favourites», выберите кнопку
«Добавить в Избранное /Add to favourites». Аналогично, вы можете удалить наименование
штатива из поля «Избранное/Favourites». Для просмотра списка наиболее часто
используемых штативов, убедитесь, что включен только фильтр сортировки
«Избранное/Favourites».
85
--- стр. 87 ---
После выбора требуемого штатива, щелкните кнопкой «мыши» кнопку «ОК». Наименование
выбранного штатива появится на рабочей панели.
Изменение типа штатива также может оказаться полезным в случае необходимости
конфигурации различных штативов. Это особенно важно для Блока реактивов. При выборе
блока реактивов вы увидите несколько блоков, приведенных в окне «Планировки штатива
/Plate Layout» (вверху слева). Справа, в окне «Тип штатива /Plate Туре», Вы увидите
несколько различных планировок. Например, не смотря на то, что физически блок остается
тем же, можно выбрать планировку из двух стандартных банков по восемь пробирок или
блок из одного стандартного банка на 16 пробирок. Не смотря на то, что физически блок
остается тем же, программа требует, чтобы пользователь откалибровал различные
планировки штатива - так, как будто используются различные блоки.
Сепиенты ш гативов
Некоторые штативы могут разбиваться на несколько сегментов. Например, блок реактивов
по умолчанию имеет четыре сегмента - два сегмента по 8 ячеек для серий разведений,
сегмент из 8 конических ячеек для реактивов и второй набор из восьми ячеек для реактивов ^
с плоским дном. Прочие штативы также могут иметь различную сегментацию. Большинство
штативов на 96 и 384 пробирки имеют один сегмент, где все пробирки принадлежат к
одному сегменту. Сегментация является фабричной настройкой и не может быть изменена.
Функциональность сегмента штатива может быть изменена независимо от других сегментов
этого же штатива.
Изменение функциональности штатива
По завершении выбора правильного типа штатива, возможно изменение функциональности
штатива. Это позволит пользователю выбрать, какие именно пробирки будет вмещать
данный штатив - с образцами, для проведения реакций, с реактивами или иными группами
жидкостей.
Для изменения функциональности штатива необходимо совершить следующие действия:
1. Поместите указатель «мыши» на пробирку штатива, функциональность которого должна
быть изменена
2. Выберите штатив, нажав правую кнопку «мыши» ^
3. В появившемся меню, выберите «Изменить функции штатива /Change plate function» ^
4. В подменю появится список доступных функций W
5. Выберите нужную функцию
Примечание: на некоторых штативах, подсекции могут выполнять различные функции.
Например, штатив с реактивами совмещает стандарты и реактивы на одном штативе. Если
штатив разбит на более чем один сегмент, функция сегмента может быть изменена таким же
способом. Просто щелкните правой кнопкой «мыши» сегмент, функциональность которого
должна быть изменена.
6.9.8 ВЫБОР АКСЕССУАРОВ
В некоторых случаях может возникнуть необходимость поместить аксессуар под штатив. В
большинстве случаев, это будет блок охлаждения для поддержания определенной
температуры, необходимой для хранения образцов и проведения реакций. Помещение
аксессуара под штатив влияет на калибровку высоты штатива.
Чтобы добавить аксессуар для штатива, необходимо выполнить следующие действия:
86
--- стр. 100 ---
Следующим этапом при приготовлении ПЦР смеси является добавление реактивов. Для
этого нажмите на кнопку «Конфигурировать смесь /Configure Mix». При этом на экран
выведется окно «Выбор компонента ПЦР смеси /Master Mix Component Selection».
Подробная информация о добавлении реактивов приводится в соответствующем разделе.
По завершении добавления реактивов, добавленные реактивы приводятся в таблице внизу
правой панели как показано ниже.
■Mix Selection-
p s e Master M ix | f?
U se pte-mixed M aster M ix? Г
Master Mix name:
Load
Save
Mix С
~ Pte-mixed Master Mix-
Master M i;-! volume per satiple:
- Machine-mixed Master Mix-
Configure Master Mix reagent names and default volumes from 'reagent' screen.
Vol. of Master Mix per sample: 20uL
Total vol. of Master Mix to make: OuL (-ь OuL extra)
Wait for confirmation after creating mix? Г*
No. of times to mix each reagent:
No. of times to mix at end: 5 Л .
Config. Mix... Insert Order..
Source Well Name Volume 1
Mix Block ;a Ii Water И 0.65 I
Reagent Block A j n O x Buffer 2.5
Reagent Block в MgC;l2 1.5
Reagent Block с dNTPs '! 1 1
Reagent Block D [ Primer (fwd) 1
Reagent Block E 1 Primei (rev) 1
Reagent Block |F ! Probe 1 o ' s.....
Reagent Block ■ G ! Probe 2 0.5
Reagent Block H 1 Tag (viscous) _________: 0.35 1
В данной таблице реактивы приводятся в том порядке, в котором они были добавлены в
пробирку с ПЦР смесью. Желательно вначале добавить большой объем, после чего
добавлять объемы в порядке уменьшения, а в самом конце добавить еще один большой
объем. Такой порядок обеспечивает наилучшие результаты перемешивания. Кроме того, все
буферы, содержащие детергенты, желательно также добавлять в конце - это снижает
вероятность образования на ПЦР смеси пены.
Для изменения порядка добавления реактивов в ПЦР смесь нажмите на кнопку «установить
порядок добавления /Adjust Insertion Order». При этом на экране появится окно «Порядок
добавления /Insertion Order».
99
--- стр. 101 ---
I M a st« r M ix R ea g en t In se r tio n O r d e r
U sp Ih p up m .ii Jiim i ctnitinli b j ih r if itta F t!)n i r t^ M ijt- r its
W ill b« intw'iiit i'Ci th« Maittit M U
II 25 jLDilucn-
S .S u L I D K t * .» : !1 ':^ 1 м д а г
2uL dNTP
I XPnmct^vdi
I uLf t4Tiir(fcv;
OSuLRt-bel
0? > ;и 1 Tni|
C ti Up £Id«*
Для перемещения реактивов вверх или вниз по списку просто выберите реактив и
используйте кнопки «Вверх» и «Вниз». Данную процедуру необходимо повторить для всех
реактивов. После того, как нужный порядок установлен, нажмите на кнопку
«Закрыть/Close».
Объем ПЦР смеси
11а правой панели приводится общий объем ПЦР смеси, который необходимо приготовить, а
также ее дополнительный объем. Первоначальное значение указанных объемов
устанавливается равным О - до тех пор, пока не обозначены реакции, в которые необходимо
добавить ПЦР смесь. Пожалуйста, убедитесь в том, что размер пробирки является
достаточным для того, чтобы в нее поместилась сумма обоих объемов ПЦР смеси. При
выборе маленькой пробирки программа выдаст сообщение об ошибке, которую необходимо
устранить до продолжения выполнения задания. Более подробная информация об установке
дополнительных объемов для приготовления ПЦР смеси приводится в разделе о повторном
использовании наконечников. Повторное использование наконечников может повлиять на
размер необходимого дополнительного объема ПЦР смеси.
Дополнительные ПЦР смеси
Для настройки параметров приготовления другой ПЦР смеси нажмите на другую пробирку
для ПЦР смеси и повторите операции, приведенные выше. Заметьте, что реактивы, общие
для разных ПЦР смесей, можно просто добавлять как сказано выше. Если отдельные ПЦР
смеси состоят из одинаковых реактивов, но требуют разный их объем (например, при
оптимизации), объем реактива можно изменять в окне «Выбор компонента ПЦР смеси
/Master Mix Component Selection».
Приготовление ПЦР смеси без проведении реакции
01AG1LITY можно использовать для приготовления ПЦР смесей без добавления их в
реакции. Для этого выберите ПЦР смесь как указано выше без настройки каких-либо
реакций и запустите выполнение задания. После нажатия на кнопку «Пуск /start»
пользователю предлагается внести количество запланированных реакций ПЦР смеси.
Пинегирование ПЦР смеси
1 0 0
--- стр. 102 ---
ПЦР смесь всегда хорошо пипетируется в пробирку с реакцией потому, что, как правило,
она обеспечивает наибольший объем в реакции. Данное свойство установлено в программе
01AGEN и не может изменяться.
Внесение предварительно заданной смеси /Load pre-set mix
Доступ к данной опции открывается нажатием кнопки «Впрыск» («Load») в разделе «Выбор
смеси /Mix Selection» на правой панели. Это позволяет пользователю вносить ПЦР смесь,
обозначенную ранее и сохраненную как предварительно заданная. При открытии файла
появляется окно «Выбор реактива /Reagent Selector». Поскольку в предварительно заданных
ПЦР смесях используются реактивы, которые могут бытьеще не заданы, пользователь
должен обозначить положение каждого реактива, используемого в предварительно заданной
ПЦР смеси. При первом появлении окна «Выбор реактива /Reagent Selector» отдельные
места для реактивов уже могут использоваться реактивами, указанными ранее.
Если название реактива, используемого в предварительно заданной ПЦР смеси, идентично
реактивам, которые уже были заданы, подобные реактивы будут помещаться в местах,
заданных ранее. Каждому реактиву должно быть присвоено отдельное место; в противном
случае, импорт реактивов прекратится.
В правой части экрана каждый реактив, который необходимо назначить, представлен в
белом поле. Для назначения реактиву определенного места нажмите и протащите белое поле
на ячейку, которую нужно использовать. Либо, если наличие точного места не играет роли,
нажмите и протащите на нужный сегмент с реактивами белое поле «Авто /Auto» из нижнего
правого угла. При этом места будут присваиваться реактивам автоматически. После того,
как каждому реактиву будет присвоено место, белые поля поменяют цвет на серый.
Кнопка «Сбросить все /Reset АП» отменяет все присвоенные реактивам места (отличные от
тех, которые были присвоены в данном экране).
Для продолжения нажмите кнопку «Далее /Next».
Сохранить предварительно заданную смесь...
Данная опция дает пользователю возможность сохранить ПЦР смесь, определенную как
«предварительно заданная /pre-set». Это особенно полезно в том случае, если ПЦР смесь
используется регулярно, но часто изменяются образцы и конфигурация реакции.
Выбор компонента ПЦР смеси
Для выбора или изменения реактивов, содержащихся в 1ЩР смесях, а также для изменения
объема ПЦР смеси на одну реакцию, выполните операции, приведенные в настоящем
разделе.
Изображенное ниже окно позволяет контролировать компоненты ПЦР смеси. Таблица
позволяет добавлять реактивы простым нажатием на графу «Использовать? /Use?». Объемы
также можно изменять для каждой приготовляемой ПЦР смеси.
Вверху окна введите объем ПЦР смеси на одну реакцию. Значение можно внести в текстовое
поле вручную либо воспользоваться клавишами со стрелками возле текстового поля.
Клавишу «Ввод /Enter» нажимать не нужно.
Введите используемое значение объема образца (обратите внимание на то, что при
конфигурировании реакции такой объем образцов можно редактировать). Затем
101
--- стр. 129 ---
в случае, когда нет никаких предупреждений и ошибок, окно проверки опций выглядит так:
SChscklhl k Ш Ш Ш
ш
FiM ie э:кго«1М ог th: п « я « а э е » arc ht O K » o co ib n ije ,
D ltc rrccsM C i o re w arnnij! aid m u s b: diKliOj to c o n tiiu c.R o d n titK o a cs a ic eiioij a n d cfrvoit ih c lu n rro m jtart'a
01 М о ггэзо
Г ~ 1 Н м .м - J 1 J I C iH c lip '1 гр зз< |!Ь о х в « я р И /
Р З dl b w te 'v h > . O K to rfc riw is .
R epcfl C . ~ n c m \
Если пользователь хочет посмотреть предстартовый отчет, это можно сделать, кликнув на
кнопке «предстартовый отчет / pre-run report».
После нажатия кнопки «ОК» начнется выполнение задачи.
Ход выполнения задачи будет отображаться в правой панели.
6.13 ПРЕДУПРЕЖ ДЕНИЯ
V
Предупреждения и ошибки показываются символом в панели инструментов или
красным и синим сообщениями в предстартовом окне проверки опций.
Источник ошибки или предупреждения можно установить, кликнув на символе в панели
инструментов. Предупреждения не являются критическими, и запуск задачи может начаться,
несмотря на них. Пожалуйста, обратите внимание, что предупреждения и сообщения об
ошибках включаются в отчет о выполненной задаче и в любые пакеты поддержки.
Следующие сообщения являются предупреждениями и не влияют на запуск задачи, но могут
привести к ошибкам.
• Не хватает малых наконечников / Not Enough Small Tips - недостаточно
наконечников объемом 50 цл
• Не хватает больших наконечников / Not Enough Large Tips - недостаточно
наконечников объемом 200 цл
• Ячейка переполнится / Well Too Full - слишком много жидкости нужно внести в
пробирку
1 2 8
--- стр. 130 ---
• Ячейка слишком мала Well Too Small - ячейка не может вместить необходимое
количество жидкости.
• Вносимый объем недостаточен / Eject Volume Too Low - в сухую ячейку будет
помещена жидкость объемом менее 5 мкл.
• Будет контаминировать / Will Contaminate - в задаче есть элементы реакции, которые
будут контаминировать ячейки с образцами.
• Объем слишком мал /Volume Too Small - задача требует слишком малого объема
пипетирования.
• Мультиэжекция / Multi Eject - в задаче установлена функция мультиизвлечения, что
может привести к снижению точности.
О ш и б к и , ко то р ы е д о л ж н ы б ы ть р а зр е ш е н ы перед за п у с ко м зад ачи .
• не хватает лунок /Not Enough Output Wells - на штативе для реакций не хватает
свободных лунок
• слишком много стандартов / Too Many Standards - программа может обрабатывать
только ограниченное количество серий разведений.
• неверная конфигурация образцов / Invalid Sample Config - банки образцов заданы
некорректно
• операция невозможна / Operation Impossible - одно действие или комбинация в списке
реакции не могут быть выполнены.
• Разведение невозможно /Dilution Out Of Range - установлены недостижимые значения
концентрации образца и итогового продукта
• неверная конфигурация штатива / Bad Plate Config - конфигурация штатива непригодна к
использованию.
• имя реактива / Reagent Name - в мастере оптимизации возникли проблемы с именем,
заданным реактиву.
Коды системных ошибок смотрите в Приложении.
6.14 ПРЕДСТАРТОВЫ Й ОТЧЕТ
При нажатии на кнопку «старт» пользователю предлагается меню проверки опций. Это окно
проверки позволяет пользователю просмотреть предстартовый отчет. Отчет суммирует
установки запуска и выводит их в текстовом формате. Файл создается в формате HTML и
поэтому может быть открыт на любом компьютере с любой версией Internet Explorer. Отчет
содержит следующую информацию:
- о том, в каком режиме запускается задача.
- содержание отдельно для каждой ячейки во всех штативах для реакций
- конфигурация всех стандартов и серий разведений, используемых в процессе выполнения
задания
- конфигурация ПЦР смесей, и, если автомат подготовлен, объемы реактивов на одну
реакцию, используемые в ПЦР смесях
- о конфигурации реактивов, их расположении и количестве, требуемом для задачи
- все установки программы, включая объемы воздуха, скорость пипетирования, параметры
задачи и другие опции
- текущее время и дату.
Предстартовый отчет предлагает сохранить отчет (в формате HTML , распечатать его,
послать по электронной почте (доступно только на компьютерах, на которых установлены
1 2 9
--- стр. 131 ---
почтовые клиенты) и экспортировать в Microsoft Word. Эти опции доступны в панели
инструментов в верхней части отчета. Экспорт в Microsoft Word позволяет при
необходимости редактировать отчет, а также добавлять дополнительную информацию.
Print
Щ ( = Z } 1
Save As I Email Т о Word
i Close
Отчет можно закрыть, нажав на кнопку «X» или «закрыть / Close».
Элементы предстартового отчета описаны ниже.
Р е а к ц и и / R eactions (см . раздел 4 .1 4 .2 )
Как видно из приведенного ниже примера «Предстартовый отчет», список реакций содержит
информацию о содержимом каждой ячейки и конечном объеме в каждой ячейке. Такая
информация - в частности, конечный объем - может оказаться крайне полезной для быстрой
проверки правильности настройки выполнения задания.
С т а н д а р т ы / S ta n d a rd s (см . раздел 4 .1 4 .3 ) ^
В секции стандартов приводится информация о сериях разведений, создаваемых автоматом.
В частности, на экран выводится общий объем приготовленного стандарта, а также
компоненты, из которых приготовляется индивидуальный стандарт.
П Ц Р смесь / M a s te r M ix (см . раздел 4 .1 4 .4 )
Конфигурация ПЦР смеси выводит на экран все реактивы, используемые в ПЦР смеси, а
также их расположение. Кроме того, приводится краткая информация об объеме каждого
реактива (из расчета на одну реакцию) в ПЦР смеси. Заметьте, что объемы, приведенные в
этой секции, являются объемами, настраиваемыми в окне выбора компонентов ПЦР смеси, и
могут отличаться от объемов по умолчанию, установленных для реактивов. Под таблицей
приводится краткая информация об общем объеме ПЦР смеси на одну реакцию и общем
объеме ПЦР смеси, которая может быть приготовлена для выполнения такого задания.
Р е а ге н ты / R eagents (см . раздел 4 .14 .5 )
В секции реактивов приводится расположение реактивов, название реактива, его объем по
умолчанию и общий объем, необходимый для выполнения задания. Обратите внимание на
то, что реактив помечается как неиспользованный только в том случае, если он не
используется при выполнении задания, независимо от того, оставлено ли поле с его
названием пустым и установлено ли его значение равным 0. Если реактивы настраиваются
как отдельные блоки (или сегменты блоков), в отчете могут отображаться две или более
таблиц, в которых приводится конфигурация реактивов.
Н а с т р о й к и / Settings (см . разделы 4 .1 4 .6 -4 .1 4 .9 )
Все настройки, имеющие отношение к выполнению задания, приводятся в четырех
таблицах. В такие таблицы включаются:
Использование наконечников / Tip Usage (см. раздел 4.14.6)
Объемы воздуха / Air Volumes (см.раздел 4.14.7)
- Скорости пипетирования / Pipetting Speeds (см. раздел 4.14.8), а также
Настройки программы / Program Settings (см. раздел 4.14.9)
В основании отчета записаны дата, время и номер версии программы
6.14.1 Q IA G E N Q IA G E N : Э Т А П П Е Р Е Д В Ы П О Л Н Е Н И Е М З А Д А Н И Я
Конфигурация
130
--- стр. 140 ---
6.17 ДЕЙСТВИЯ В ИСКЛЮ ЧИТЕЛЬНЫ Х СИТУАЦИЯХ.
Во время выполнения задачи, в случае возникновения исключительной ситуации (ошибка
или неисправность), перед пользователем откроется окно, схожее с изображенным ниже
(при опорожнении наконечников в процессе выполнения задачи, изображается другое окно).
Как и при предупреждениях, прозвучит 30-секундный сигнал, повторяющийся с интервалом
в 30 сек. В окне будет содержаться информация о случившейся ошибке.
Corbett Robotics
The robot can't find liquid in a well on M ix Block. User
intervention is required. Selecting 'Retry' w ill send the
■'V ejector head to a safe position, allowing you to refill the
well if necessary. 'Ignore' w ill continue without retrying
this well.
^Sbort’run^^]^ Retry operation| ignore error
Выбор кнопки «отмена» («Abort run») прервет выполнение задачи. При выборе кнопки
«повторить операцию / Retry operation» автомат сбросит текущий наконечник и передвинет
пипетирующую головку в заднюю правую часть. Это предоставит доступ к рабочему столу и
неисправность может быть устранена. Появится окно, предлагающее пользователю нажать
«ок» и возобновить задачу. Если выбрано «Игнорировать ошибку / Ignore error», автомат
продолжит операцию, как будто ничего не произошло.
При выполнении задания закончился запас наконечников
Если для выполнения процесса необходимо больше наконечников, чем имеется в наличии,
программа до начала выполнения задания выведет на экран соответствующее
предупреждение. Если данное предупреждение игнорируется и во время выполнения
задания наконечники заканчиваются, автомат остановится и позволит пользователю
пополнить запас наконечников. При этом на экране появится окно «Заменить наконечники /
Replace Tips».
Replace Tips
At 12:17:54 PM (1/07/2005) the machine has run out of 200uL tips. Please replace the tips on one of
the available tip locations for that type, then select the location from the diagram on the screen. Make
sure you use the right variety of tips.
" D K -
Cancel
Plates
lO O uL T ecan tip, A1
139
--- стр. 141 ---
Выберите штатив с наконечниками, на котором были заменены наконечники, поставив
напротив нужного штатива «галочку». После этого для продолжения процедуры нажмите
«ОК». И наоборот: при нажатии кнопки «Отмена / Cancel» процесс прервется. За один раз
можно добавить несколько подставок для наконечников. Обратите внимание на то, что
исчерпание запаса наконечников отобразится в отчете о выполнении задания.
Остальные сообщения об ошибках подробно проанализированы в Приложении.
6 .18 В Ы К Л Ю Ч Е Н И Е .
Программа OIAGEN может быть закрыта нажатием на «15Й1» в правом верхнем углу или
выбором опции «выход / Exit» в меню файла.
При закрытии программы Q1AGEN и отключении Автоматизированной системы обработки
жидкостей OIAGILITY существуют две опции. Первая опция относится к «Переходу в
безопасное положение / Moving to а Safety Position», а вторая - к закрытию «Немедленно /
Immediately».
П е р ед в и ж ен и е в безопасное п о л о ж ен и е / M o v in g to а S afety Position
Автомат совершит обратный путь и приведет пипеточную головку в изначальное безопасное
положение. Пользователю будет предложено выключить автомата, когда это будет
безопасно. Все оси автомата разобщены и могут быть передвинуты. При отключении
автомата головка для пипетирования должна опуститься на 1-2 мм ниже - при этом
раздастся легкий щелчок. Такой метод закрытия является рекомендованным.
С р о ч н о е з а к р ы т и е / Im m e d ia te ly
Данный метод закрытия является более быстрым. При нем оси автомата остаются
включенными, а головка для пипетирования остается в верхнем положении. После
выключения автомата головка для пипетирования должна опуститься примерно на 70 мм.
Это не должно повредить автомат, но может случайно поднять наконечник пипетки.
Основным методом закрытия является метод, приведенный выше.
7. П Р О Г Р А М М И Р О В А Н И Е Т И П О В О Г О П Р О Ц Е С С А П Ц Р - П Р И М Е Р
В данном разделе описывается программирование типового процесса PCR. Данный процесс
основывается на наборе GAPDH, который, как правило, поставляется с установкой QIAGEN
Rotor-Gene. Хотя в настройке и можно описать используемые химические параметры, это не
является целью настоящего раздела. Такие параметры описываются в прочих настройках
Q1AGILITY, включая калибровку.
Параметры ПЦР смеси настраиваются вручную (без использования мастера настройки PCR).
Обратите внимание на то, что файл задания в настоящем разделе является частью
инсталляции программы QIAGEN и сохраняется в директории c:\Program
Files\QIAGEN4\Data\Pre-made под именем example! *.CAS4.
Настраиваемый процесс должен удовлетворять следующим требованиям:
18 образцов должны быть протестированы по 3 раза. Образцы хранятся в первых 18
ячейках (А1-ВЗ) штатива ПЦР на 96 ячеек.
140
--- стр. 142 ---
- Должна быть трижды создана стандартная кривая с 5-ю порядками величин;
концентрация первого стандарта будет равна 3 х 10,8 копий на 1 мл, т.е. 1,5 х 10,6 на
5 мл.
- Необходимо трижды повторить негативный контроль.
- Автомат должен приготовить из отдельных реактивов ПЦР смеси как приведено
ниже.
Необходимо приготовить реакции по 25 цл, состоящие из 5 цл образца/стандарта и 20
[1 Л ПЦР смеси.
- Все реакции необходимо подготовить с учетом использования ротора в установке
QIAGEN Rotor-Gene на 72 ячейки.
Параметры ПЦР смеси (из расчета на 1 реакцию) должны задаваться следующим образом:
Вода 8,75 цл (в пробирке для разбавителя)
- Буфер 10х объемом 2,5 цл (в конической пробирке 1,5 цл)
- MgC12 (50 мМ) 1,5 |хл (в конической пробирке 1,5 цл)
- dNTP (2,5 мМ) 2 цл (в конической пробирке 1,5 цл)
- GAPDH праймер (fwd) (5uM) 1,5 цл (в пробирке с плоским дном на 2 мл)
- GAPDH праймер (rev) (5uM) 1,5 цл (в пробирке с плоским дном на 2 мл)
- FAM (2uM) 2 |хл (в конической пробирке на 1,5 мл)
- Taq (5U/ цл) 0,25 цл (в пробирках 2 мл с плоским дном)
При настройке должны задаваться следующие характеристики:
Исходная настройка - выбор правильных штативов, правильных функций щтативов и
наличия наконечников
Реактивы - введение названий и объемов
ПЦР смесь - выбор реактивов для ПЦР смеси
Стандарты - программирование серий разведений
Образцы - программирование образцов
Реакции - программирование реакций на штативее реакций
Программирование стола - размещение пробирок на QIAG1LITY
7.1 ИСХОДНАЯ н а с т р о й к а
Для ускорения процесса необходимо настроить рабочий стол и правильные штативы. В этой
секции описывается порядок выбора подходящего штатива для выполнения приведенного
примера. В данном разделе также поясняются прочие опции - такие, как повторное
использование наконечников при выполнении настоящего задания.
Прежде всего, необходимо определить параметры штативов/пробирок. Таковыми являются:
ПЦР смесь /
Образцы в штативе на 96 ячеек
Реакции должны выполняться в QIAGEN Rotor Gene на 72 ячейки
- Использование стандартов является обязательным
Реактивы присутствуют как в конических пробирках на 1,5 мл, так и в
пробирках на 2 мл с плоским дном
Наконечники
Запуск
Убедитесь в том, что автомат включен и подключен к компьютеру. Запустите программу
Q1AGEN, выберите в открывшемся окне «Пустой проект» и ответьте «Да», чтобы перейти к
параметрам по умолчанию.
141
--- стр. 143 ---
ПЦР смесь
Для проведения реакции необходимо 18 образцов, отрицательный контроль и 5 стандартов -
по три комплекта каждого наименования.
Таким образом, получится 72 реакции по 20 |лл ПЦР смеси в каждой. Минимальный
необходимый объем ПЦР смеси равен 1440 цл. Хорошим дополнением к анализу в 72
ячейках был бы дополнительный объем на 4 реакции.
Пожалуйста, помните, что количество дополнительных ПЦР смесей может изменяться в
зависимости от типа приготовляемой ПЦР смеси. Кроме того, четыре дополнительных
реакции дают дополнительные 80 |хл. Таким образом, приготовляемая ПЦР смесь общим
объемом в 1520 |лл должна быть приготовлена с использованием пробирки такой же емкости
или больше.
Выберите подходящий блок для ПЦР смеси при помощи следующих операций:
1. Выберите ячейку блока ПЦР смеси, расположенную в верхнем левом углу рабочего стола, w
нажатием на нее левой кнопкой мыши
2. Нажмите на блоке левой кнопкой мыши
3. Выберите «Изменить тип штатива / Change plate type»
4. Выберите нужный блок (либо с 5-ю, либо с 4-мя отверстиями) в левом окне
5. В правом углу выберите блок, в котором присутствует необходимый объем - таким
объемом должны быть 5 мл дилюента и 5 мл ПЦР смеси (в конические пробирки вмещается
только 1,5 мл)
6. Нажмите «ОК»
7. Теперь выбирается нужный блок ПЦР смеси
8. Нажмите правой кнопкой мыши на ячейку в блоке смесей, которая должна использоваться
в качестве ячейки для ПЦР смеси - в данном случае ячейки С (ячейка выбирается
произвольно, но в настоящем примере мы будем использовать ячейку С)
9. Выберите «Изменить функцию штатива/ Change plate function»
10. Убедитесь в том, что функция штатива установлена на «Смеси» (,,Mix“)
Заметьте, что до начала процесса блок ПЦР смеси может быть удален из автомата и
помещен в морозильник. Это поможет удерживать ПЦР смесь в охлажденном состоянии при
приготовлении реакций автоматом.
Образцы
Образцы хранятся в ПЦР штативе на 96 ячеек. Такой штатив должен выбираться с помощью
программы. Выберите штатив следующим образом:
1. Выберите на рабочем столе штатив С 1 нажатием на нее левой кнопкой мыши
2. Нажмите на штатив С1 левой кнопкой мыши
3. Выберите «Изменить тип штатива / Change plate type»
4. Включите фильтры «Q1AGEN» и «Другие/ Other» в нижем правом углу, проставив
напротив них «галочки»
5. В левом углу выберите «Штатив на 96 ячеек (вертикальный) / 96-well plate (vertical)».
Вертикальный штатив необходим потому, что 18 образцов хранятся в штативе в ячейках А1
- ВЗ в колонке
6. В правом окне выберите штатив «Однородный, с юбкой, конический 200 цл / Generic,
skirted, tapered 200 цЬ».
7. Нажмите «ОК»
8. Теперь необходимо выбрать штатив с образцами
8. Еще раз нажмите на С1 правой кнопкой мыши
142
--- стр. 145 ---
10. [выберите «Изменить функцию штатива / Change plate function»
11. Убедитесь в том, что функция штатива установлена на «Стандарт / Standard»
12. Нажмите правой кнопкой мыши на сегмент в центре
13. Убедитесь в том, что функция штатива установлена на «Реактив / Reagent»
14. Нажмите правой кнопкой мыши на сегмент справа
15. Убедитесь в том, что функция штатива установлена на «Реактив / Reagent»
Помните, что перед началом процесса блок реактивов можно удалить из автомата и
поместить в морозильник. Это поможет удерживать реактивы в охлажденном состоянии при
приготовлении реакций автоматом.
Наконечники
Поскольку для выполнения данного задания не требуется более каких-либо пробирок или
штативов для подставок с наконечниками можно выбрать оставшиеся на рабочем столе
места А1, А2, В1 и В2. Для выполнения настоящего задания требуются наконечники как на
50 цл, так и на 200 |хл. Выбор подставки для наконечников осуществляется следующим
образом:
1. Для выбора штатива А1 на рабочем столе нажмите на него левой кнопкой мыши
2. Нажмите на штативе Л1 правой кнопкой мыши
3. Выберите «Изменить тип штатива / Change plate type»
4. Выберите только фильтр «Наконечники / Tips» в нижнем углу справа проставлением
галочки в поле «Наконечники» и очищения остальных - при этом на экране будут показаны
только подставки для наконечников
5. Поскольку в левом окне единственным доступным «штативом» для наконечников
является «Штатив на 96 ячеек (вертикальный) / 96-well plate (vertical)», он будет выбран
автоматически
6. В правом окне выберите «Штатив для наконечников Тесап 200 цл / 200 цЬ Тесап Tip Plate»
7. Нажмите «ОК»
8. Теперь выбран правильный тип штатива
Повторите приведенные выше операции для мест А2, В1 и В2, выбрав для них подставки на
50 цл.
Если все используемые подставки для наконечников новые - нажмите правой кнопкой
мыши на любом штативе для наконечников и выберите «Отметить все наконечники на всех
штативах доступными / Set all tips on all plates to available». Если подставки для
наконечников не новые и некоторые наконечники отсутствуют - убедитесь в том, что в
качестве доступных были выбраны правильные наконечники. Указанные действия описаны
ниже в разделе «Операции со штативами». Теперь подставки для наконечников можно
поместить на автомат (подробная информация приводится в разделе «Наконечники и
подставки для наконечников»).
Если для штативов выбирается фотографический внешний вид (это производится нажатием
на иконку в правом верхнем углу каждого штатива), на экран будет выведена следующая
настройка рабочего стола.
144
--- стр. 146 ---
Изменение внешнего вида стола обратно на схематический производится повторным
нажатием на иконку.
Настройка прочих опций
Для того, чтобы обеспечить исправную работу автомата, при настройке процессов
необходимо проверять прочие опции. Подробное описание всех опций приводится в разделе
Меню опций. В целях выполнения данного задания, все опции можно оставить заданными
по умолчанию на заводе-изготовителе. К таким опциям относятся следующие;
- Все объемы воздуха должны быть установлены на 7 цл / АН air volumes set to
l\iL
- Скорости пипетирования устанавливаются на 150 цл/сек (для вязких реагентов
скорость будет равна до 70 цл/сек.) / Pipetting speeds set to 150 |^L/sec (viscous
reagent speed to 70 |iL/sec)
Два наиболее важных параметра, влияющие на точность, приведены в нижнем правом углу
рабочего стола; этими параметрами являются повторное использование наконечников и
оценка уровня жидкости. Убедитесь в том, что датчик уровня жидкости показывает
«Уровень жидкости: Датчик наконечника / Liquid level: Tip Sensor», a повторное
использование наконечников «отключено» /Tip re-use is 'disabled. Если это не так - нажмите
два раза на любой опции в основании рабочего стола или измените опцию через Меню
опций.
Продолжайте настройку процесса используя настройки реактивов.
145
--- стр. 147 ---
В настоящем разделе описано задание реактивов. На данном этапе нужный штатив уже
выбран. В этом разделе приводится описание настройки объемов реактивов и ввод
наименований реактивов.
Реактивами, необходимыми для выполнения поставленного задания, являются:
- Буфер 10Х 2,5 цл (в конической пробирке на 1,5 мл)
- MgC12 (50 мМ) 1,5 цл (в конической пробирке на 1,5 мл)
- dNTP (2,5 мМ) 2 цл (в конической пробирке на 1,5 мл)
- GAPDH праймер (fwd) (5uM) 1,5 цл (в пробирке с плоским дном на 2 мл)
- GAPDH праймер (rev) (5uM) 1,5 цл (в пробирке с плоским дном на 2 мл)
- FAM (2uM) 2 |хл (в конической пробирке на 1,5 мл)
- Taq (5U/ цл) 0,25 цл (в пробирках 2 мл с плоским дном)
Для задания этих реагентов выполните следующие действия:
1. Установите указатель мыши на ячейку в центральном сегменте блока с реактивами —
2. При этом должно появиться всплывающее окно, в котором содержится информация о "
типе ячейки. Если были выполнены предыдущие рекомендации по настройке, ячейка в ^
центральном сегменте должна являться пробиркой с плоским дном на 2 мл. Аналогичным
образом, всплывающее окно над правым сегментом покажет нам, что ячейки справа
являются коническими пробирками на 1,5 мл. Если был выбран блок для реактивов старой
модели, порядок ячеек будет обратным.
3. Нажмите левой кнопкой мыши на сегменте с пробирками с плоским дном
4. При этом появится правая панель с реактивами
5. Поставьте «галочку» в поле «Использовать реактивы / Use reagents» вверху правой панели
6. На экране появится таблица со списком всех ячеек в данном сегменте
7. Нажмите левой кнопкой мыши на поле с названием первой ячейки
8. Удалите любое название, которое может в нем присутствовать
9. Введите наименование первого реактива пробирки с плоским дном - «GAPDH праймер
(fwd) (5uM) 1,5 цл»
10. Нажмите «ОК»
11. Нажмите на поле объема по умолчанию для указанного реактива и нажмите «1,5»
12. Нажмите «ОК» ^
13. Повторите операции 7-12 для следующих двух ячеек (как указано ниже).
7 .2 Р Е А К Т И В Ы
146
--- стр. 149 ---
3. Поставьте галочку в опции «Использовать МЦР смесь / Use Master Mix».
4. Нажмите левой кнопкой мыши в поле с наименованием и введите «ПЦР смесь GAPDH».
5. Нажмите левой кнопкой мыши на кнопке «Конфигурировать смесь / Configure Mix»
6. На экране появится окно «Выбор компонентов ПЦР смеси / Master Mix Component
Selection».
7. Установите значение поля «Готовить смесь до достижения объема / Маке mix up to this
volume» вверху окна равным 20 цл.
8. Установите значение поля «Объем образца по умолчанию для данной смеси / Default
sample volume for this mix» равным 5 |хл.
9. Теперь значение поля «Объем реакции по умолчанию / Default reaction volume» должно
равняться 25 цл.
10. Для каждого реактива, включаемого в ПЦР смесь, измените значение в колонке
«Использовать?/ Use?» с «Нет/ No» на «Да / Yes». Это можно сделать двойным нажатием
левой кнопки мыши на каждом поле с последующим нажатием малой кнопки «ОК»,
выведенной на экран.
г- Wix 5 « ie clcn -
U 5 c M a 5 .! a M K ? р
j M w C
Lood
I
Mazier M« ranip:
FVc rriiccd М ойсгМ к
M s
Mac(-meflri>ed Master M к -------------------- ------
C'Dihguts М к reagent narnet and detaul: л1шпв! irom' eiQ 6rt' scfe«n.
Vol c i Mix |iw siiniiite
T old vd. cf M aster M ix to т«кс 1 ^ 3 1 25uL |-t 50.5U. otic)
W a* for ccrtrrralion гПэг ^ e a trs itiK? Г
Мэ ol :1гпз: to nnix roagent:
No C f! lirrts» ter mix d m d
Cuiiliu. M k . hucit
Sf.ucfi IW r ll IN ^ rtr V ilu r.ie 1
M i< A 1
Р в л й р п г P lij t : k ; ■ ! ) 1
Pi:aeent B lo c hВ МейЗ
F iB o tia itD fo '.k c(J N T P 2
R caceritE tack D P im sJiw d I1 1
П e o g e r r t C lo c k r ^ itr c ific v i
R eisgeiit B lo ckif Pictcl T J S
n««5« n l C lo c kIG * Pictc2 ’ i 0 , 5
R a a g C T t B lo c k■ H Г a q (vboom )______|Q2S _____
11. После того, как в ПЦР смесь были «добавлены» все компоненты, убедитесь в том, что
объем воды был автоматически рассчитан в размере 8,75 |д ,л на одну реакцию. Если этого не
произошло - существует высокая вероятность того, что не был добавлен какой-либо
реактив, неправильно установлен объем ПЦР смеси на одну реакцию или был неправильно
установлен объем реактива по умолчанию. Обратите внимание на то, что объем реактива в
таблице можно легко изменить нажатием на поле с величиной объема. Объем по умолчанию,
установленный для данного реактива ранее, не изменится, но изменится объем в данной
ПЦР смеси.
12. Нажмите «ОК».
148
--- стр. 150 ---
13. После этого, в нижнем правом углу правой панели появится перечень реактивов.
14. Нажмите на кнопку «Настроить порядок внесения / Adjust Insertion Order».
15. В Окне Введения порядка выберите Буфер 10Х нажатием на него левой кнопкой мыши.
16. Для того, чтобы переместить Буфер 10Х в конец списка, еще раз нажмите кнопку «Вниз /
Dn». Как уже было ранее описано для ПЦР смеси, это обеспечит наилучшее смешивание, а
также снижение вероятности формирования пены на поверхности ПЦР смеси.
17. Нажмите на кнопку «Закрыть / Close».
18. Все остальные опции на экране должны оставаться установленными по умолчанию.
■ Mix Selecttar i
UseMasleiMK? П ?
Uw ргс mwed Master M ix? Г
Load
Save
M etier M к narae- |CMPDH irmsto niiij
Pre Tiiieii M oKcr M«
M i l M i s - A J i j r i w p ? - t a r r p e .
M ad'ine-nriiied M odtet Mk-
Lor>hguis M M ik re ig e n t narne? and detaul; v o lfn e t Item ' eegert' screen.
V o l of Master Mix pet гапгрИ ?OuL
T o ld v d . d Mastei Mi* lo T d < c 2 0 X f t 40U . cntra)
W 3 t tor ccntrrralron d la r o re a trg m x? ( '
lla Dl lirrss to mrn ээзЬ roagont; | ; [ £
No ol lirrtss lo mix d a id
Conlig.Mx. I hiertQrdsi... □ a e
\vell iN.ir# 1 IVdune 1
М 1 .:В 1 .м :1 < A W .ati4 i
....
я кавег t В 1 г д :1 ,;d fiiiFDH PK iiK filM .i)1 n 1
ПеадегА Block ■ i C iA F O H r'liiief'ieivi 1 5
Reaaenl 0lor:l. M l Г as) (SU'^jLl I'/ijcajsl Q S
Reauent БЬск И .Х 12
Reagent D Ioc к . к dfJTP
Reagent 9loc I : ;r F A M 2
Reaaeiit B loch [A 1tt< B ut!er_______" 25___________
Ha этом настройка параметров ПЦР смеси закончена - теперь цвет ячейки С с ПЦР смесью
должен измениться на желтый.
М 1-
‘О 'О
сО
Ю бО
Цвет реактивов изменится со светло-оранжевого на более яркий оранжевый.
Следующим этапом процедуры является задание стандартов.
7.4 СТАНДАРТЫ
В данной секции описана настройка параметров стандартов.
1. Нажмите левой кнопкой мыши на левом сегменте штатива с реактивами.
149
--- стр. 151 ---
2. В правой части экрана появится правая панель для стандартов.
3. Поместите «галочку» в опции «Использовать стандарты / Use standards».
4. Название «Standard 1», присвоенное по умолчанию, можно оставить.
5. Введите значенгие первого стандарта равным 1500000.
6. Очистите поле «Менять наконечники после каждого разведения / Change tips after each
dilution».
7. Нажмите один раз левой кнопкой мыши на стрелку «вверх» в поле «Количество
стандартов / No. of standards» для того, чтобы увеличить их количество до 2
8. Убедитесь в том, что коэффициент разбавления в таблице установлен в диапазоне от 1 до
10.
9. Нажмите один раз левой кнопкой мыши на стрелку «вверх» в поле «Количество
стандартов / No. of standards» для того, чтобы увеличить их количество до 5.
10. В таблице будут приведены величины концентрации разбавленных стандартов.
Standads Uptons
Die sSarriopis? fv
Use ИС rtiK cd jtendards? Г ”
SlAriridiiiridme ISiandadl
Sfandads
N o . oUland^ds ; 6 -
O'
r b la n d a d U iU c n O D tc fis---
C o n -sn e a cfi Ы Р .Г К «arcatc:
ЕгйЬЬ tf:iic(ig during (ИшиГ!"!
N 0, of litrss to r»K d t.e n i arc! R
jif lllJ
frienge lips лЛ т e a rh dlulitn? Г "
S in iid a iJ D f lb
Fiist ncljdei 15uL еж иа, Othe w e iU - iicluite SiljL estia
1 0 i. loto I &:noofytal;on | Wao! | S arapla | T о'а!
62 ! 1 trt 1 C C )1
Й Г ) h h 10 : 0 C I 1
М \\ in 1 C ; r j r j o i
65 i ’ i'' ID a n c if f l
in 10 I O U O Oj I
DuL
Ha этом настройка параметров стандартов закончена. Пять ячеек в сегменте со стандартами
штатива с реактивами будут окрашены в коричневый цвет. Следуюшим этапом является
настройка параметров образцов.
7.5 ОБРАЗЦЫ
Ниже приводится настройка параметров 18-ти образцов. В данном примере не приводится
функция импорта. При этом предполагается, что необходимый штатив с образцами уже
выбран.
150
--- стр. 152 ---
1. Нажмите левой кнопкой мыши на штативе с образцами в положении С 1 на рабочем столе.
2. При этом на экран выводится правая панель для образцов.
3. Нажмите на штативе правой кнопкой мыши.
4. Выберите «Добавить первые п ячеек на штативе в банк образцов / Add first n wells on plate
to sample bank».
5. Когда Вам будет предложено ввести количество добавляемых образцов, введите «18»
(заметьте, что для добавления образцов в банк образцов существует несколько других
способов, описываемых в разделе «Образцы» и под заголовком «Операции со штативами»).
6. Когда Вас просят ввести наименование банка образцов, введите «Bank 1».
7. Справа вверху экрана, в списке банков образцов, под «Standard 1» и «Water» появится
«Bank 1».
8. Еще раз нажмите левой кнопкой мыши на штативе с образцами. При этом список
образцов внизу слева обновится и выведет на экран все образцы из банка образцов белым
цветом.
На этом настройка параметров образцов закончена. Первые 18 ячеек на штативе с образцами
будут отмечены цветом.
С1: Sam ple (200uL PCRtiibe) ------
l 2 J 4 5 6 7 8 9 I O t l i ; !
7.6 РЕАКЦИИ
Последним этапом при настройке параметров программы является создание списков
реакций. Всего в форме трех различных комплектов будут запрограммированы 72 реакции.
Такими комплектами являются:
ПЦР смесь плюс стандарт
ПЦР смесь плюс образцы
ПЦР смесь плюс вода (отрицательный контроль)
Все названные выше реакции должны настраиваться для выполнения по три раза. Для
проведения указанных реакций выполните следующие операции:
1. Нажмите левой кнопкой мыши на штативе для реакций в позиции С2 рабочего стола.
2. При этом на экране появляется правая панель для реакций.
3. Нажмите левой кнопкой мыши на кнопку «Добавить / Add».
4. При этом на экран выводится окно Конфигурации реакций.
5. В секции образцов нажмите на падающее меню и выберите «Standard 1».
6. В секции «Смеси» поместите галочку напротив опции «ПЦР смесь GAPDH»
7. Заметьте, что реактивы, содержащиеся в ПЦР смеси исчезают из списка.
8. Внизу слева по умолчанию будет выбран штатив для реакций на 72 ячейки.
9. Убедитесь в том, что объемы в верхней правой части экрана установлены правильно (5 цл
для образцов, полученных из настроек объемов по умолчанию при выборе компонентов
ПЦР смеси, и общий объем величиной 25 цл).
10. В поле «Количество ячеек / Number of wells» введите число 15.
11. Нажмите левой кнопкой мыши «ОК».
151
--- стр. 153 ---
12. Теперь 15 ячеек на штативе для реакций будут отмечены коричневым цветом; они
представляют собой 5 стандартов - по 3шт. каждого.
13. Нажмите левой кнопкой мыши на наименование, появившееся в списке реакций.
14. Нажмите левой кнопкой мыши на кнопку «Копировать / Сору».
15. В списке реакций появится вторая строка.
16. Нажмите левой кнопкой мыши на второй строке в списке.
17. Нажмите левой кнопкой мыши на «Редактировать / Edit».
18. Появится экран «Конфигурация реакции / Reaction Configuration».
19. Обратите внимание на то, что установленные параметры являются параметрами,
установленными немногим ранее.
20. В секции образцов падающего меню выберите «ВапкЬ> - наши образцы.
21. В поле «Количество ячеек / Number of wells» введите 54.
22. Нажмите «ОК».
23. На штативе для реакций появится 54 цветных ячейки - 18 по 3.
24. Нажмите левой кнопкой мыши на второй строке списка реакций.
Reaction List
Pipette SuL of Standard 1 + GAPDH master mix to C2. (15 wells)
Pipette SuL o f Sample Set 1 + GAPDH master mix to C2. (54 wells)
Pipette SuL o f Water + GAPDH master mix to C2. (3 wells)
Add. F ^ d i tDuplicate
Special... 1 Select A ll | [jelete |1 Show Info j fin 1
------1 4 ------------------------------------------------------------------------------------------------------
25. Нажмите левой кнопкой мыши на кнопку «Копировать / Сору».
26. Выберите «копировать до конца списка / сору to the end of the list», когда на экране
появится соответствующее предупреждение.
27. В списке реакций появится третья строка.
28. Нажмите левой кнопкой мыши на третью строку в списке.
29. Нажмите левой кнопкой мыши на «Редактировать / Edit».
30. На дисплей будет выведен экран «Конфигурация реакций / Reaction Configuration».
31. В секции образцов падающего меню выберите «Вода», отрицательный контроль.
32. В поле «Количество ячеек / Number of wells» выберите 3.
32. Нажмите на ОК.
33. На штативе для реакций появятся три голубых ячейки - тройной отрицательный
контроль.
34. Теперь штатив для реакций полностью заполнен.
На этом настройка параметров процесса выполнения задания завершена; рабочий стол
должен выглядеть следующим образом;
1 52
--- стр. 154 ---
M l......—
'(§ «о
‘Q
• О to
R t--------
■ Z .ф Ф
>#> : o
* » > •© i< «
I» < !0 ЮI»
'O *o
~ Ю-0
ira
<0,0
f 2 1 4 у e • ♦ ? P I » j r
I ♦•••#•*•«*•«
e « ; T l ^ i.m tl - - - - - - -I r > • ? « ! • e • « > м г
* #•••«< ••#«'•#«
Cl; S«r«r*« t PC« bri»«*
I ; } ; i < < 4 7 « i » t i u
A «••в«В«‘9 в 9 « - ч З >I •••eeeoxaaexoct
» ♦ • O t t O O O d « O C O» ♦ • o e o o c ' : > o ^ > c o
< i ♦•oeooooooc-o » ♦ I 0 e < > 0 c ' 0 « 0 c < 0
A?: Т1|л <2«0ut. T«cAnt)|»i -----------------
' : 1 « e • « ! » » 3 I t < i
m
i \i i.« ■ !«• > « • » M W
i3 (3 ^ S3
Повторяющиеся вещества пипетируются в штатив для реакций группами таким образом, что
один и тот же образец группируется. В приведенном выше примере образец из ячейки А1
пипетируется в последовательные ячейки В8, С1 и С2. Такое свойство группировки ячеек с
образцами зафиксировано в программе и не может изменяться. Тем не менее, при создании
других используемых файлов с заданиями можно настроить другой порядок выполнения
задачи.
7.7 НАСТРОЙКА ПАРАМ ЕТРОВ РАБОЧЕГО СТОЛА
Для завершения настройки параметров в нашем примере реакции, необходимо настроить
параметры рабочего пространства автомата.
Убедитесь в том, что все штативы были размещены и откалиброваны по высоте. Также
убедитесь в том, что калибровка по высоте выполнялась и для расходных материалов,
которые должны быть использованы в текущем эксперименте.
На данный момент параметры наконечников уже настроены, а необходимые наконечники
установлены в доступное положение. Настроенные параметры реакций можно легко
проверить разместив курсор мыши над пробиркой с ПЦР смесью. Все ячейки, в которые
вносится ПЦР смесь, на экране выделяются. Аналогично, если курсор мыши располагается
над реактивами, пробирка с ПЦР смесью будет выделена, демонстрируя тем самым, что в
ПЦР смесь подаются реактивы. Для того, чтобы приготовить штатив с реакциями, поместите
72 пробирки (18 стрипов по 4 пробирки) Rotor-Gene на 100 цл в штатив на 72 ячейки и
убедитесь в том, что пробирки крепко зафиксированы фиксирующей пластиной. Поместите
штатив на 72 ячейки в положение С2 на рабочем столе автомата. Ячейка А1 размещается в
левой задней части положения штатива.
Для того, чтобы подготовить блок ПЦР смеси, поместите коническую пробирку на 5 мл в
положение С на блоке ПЦР смеси.
153
--- стр. 155 ---
Расположите курсор мыши над ячейкой с дилюентом (верхний левый угол на блоке с ПЦР
смесью). Программа сообщит количество дилюента, необходимое для выполнения
настоящего задания. В данном случае необходимо 959,03 цл. Поскольку размер ячейки с
дилюентом довольно большой, мы рекомендуем внести хотя бы 50-100 цл дилюента
дополнительно. Итак, залейте в ячейку с дилюентом 1 1 0 0 цл воды стандарта PCR.
Поместите в позицию С1 на автомате штатив на 96 ячеек. Ячейка А1 должна располагаться в
левой задней части штатива.
Поместите стрип с пробирками по 200 [хл в верхний левый угол штатива с реактивами.
Расположение мышки над ячейкой А1 штатива с реактивами на рабочем столе программы
выведет на экран объем стандарта, необходимого для первой ячейки. В нашем случае
необходимы 37,22 цл. Рекомендуется заливать в пробирку дополнительно минимум 20 |хл.
Итого, поместите в первую пробирку со стандартами минимум 57,22 цл. Аналогичным
образом, можно определить правильное расположение и необходимый объем реактивов.
Поместите реактивы на блок с реактивами как указано в программе. В каждой пробирке
должно дополнительно присутствовать по 20 цл каждого реактива.
Убедитесь в том, что все пробирки открыты, а их крышки не заслоняют остальные
пробирки.
Закройте крышку автомата; нажмите на кнопку ^ на панели инструментов. Если
настройки всех параметров были выполнены правильно, в предстартовом контрольном
списке не должно присутствовать предупреждений или ошибок.
Поставьте «галочку» в поле «Отметить все / Check all».
B C b e c k H st
ш
a:k/!Ov,<ocqc ?ho folowng rroiioaa: згй h f c OK coriinuc.
Eije rnpsxHyr* fltr natnr g i mdnuzt cbscKed (осгг'<1|ше
B e O v iu iv d rid Ifie m fi t i o №
□ R & 3 « & г м к в 1 з р d s o o s d f Ь о к i * e r c f/
1 5 ^ dt bv-A? d r 4 ^ii OK lo
I
Для запуска выполнения задания нажмите «ОК».
154
--- стр. 156 ---
8. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МАСТЕРОВ.
Программа QIAGEN использует мастера для упрощения настройки параметров отдельных
типов процедур выполнения заданий. Мастера предлагают управляемый поэтапный подход
к настройке широкого спектра опций. В настоящий момент программа предлагает для
использования два мастера, которые можно выбрать из Меню мастеров или другим образом
путем выбора их в процессе создания нового задания.
Во многом объяснение работы с мастерами приводится в ходе их использования. Основная
часть следующих разделов будет посвящена главным аспектам работы с мастерами.
В настоящее время программа предлагает к использованию следующие мастера:
Мастер задания параметров ПЦР / PCR Setup W izard
Мастер задания параметров PCR позволяет полностью настраивать все процессы PCR, в
которые включается одна и более ПЦР смесей.
Кроме того, в данном мастере присутствует опция настройки параметров только для ПЦР
смесей.
Мастер оптимизации / Optimisation W izard
Мастер оптимизации можно использовать при настройке параметров оптимизаций -
например, титровки магния или оптимизации праймераУзонда.
8.1 МАСТЕР ЗАДАНИЯ ПАРАМ ЕТРОВ PCR
Для задания параметров типовых реакций ПЦР с образцами, стандартами и ПЦР смесями
можно использовать мастер задания параметров ПЦР. Мастер дает пользователю
возможность настраивать параметры использования реактивов, после чего использовать их
для приготовления ПЦР смесей. Кроме того, мастер можно использовать для настройки
параметров ПЦР смесей без настройки параметров реакций.
В зависимости от того, какая именно опция выбирается, может быть использована только
определенная часть экрана.
Вводный экран
При запуске мастера на дисплей выводится вводный экран. При этом пользователя просят
выбрать:
- Необходимо ли использовать реактивы только для создания ПЦР смеси /Just
set up reagents and master mix, или же настроить параметры всего процесса
выполнения задания с использованием образцов, стандартов, реактивов и ПЦР
смеси /I want to set up the whole run from inside the wizard.
Кроме того, пользователю будут поставлены следующие вопросы:
- Необходимо ли приготовить только одну ПЦР смесь /1 want to set up only a
single master mix/ или несколько. Если выбирается только одна ПЦР смесь,
пользователю предоставляется возможность выбора из комплекта заранее
запрограммированных ПЦР смесей. Список доступных ПЦР смесей с заранее
запрограммированными параметрами представлен в выпадающем меню. Такой
список может быть добавлен, как описано выше в настоящем разделе.
- Нужно ли данном процессе использовать стандарты (серии разведений) /I want
to use standarts in this run/
Нужно ли автоматически присваивать названия банкам образцов /Automatically
name sample banks/. Обратите внимание на то, что такая настройка относится к
присваиванию названий не отдельных образцов, а банков образцов. Преимуществом
155
--- стр. 157 ---
автоматического присваивания названий банкам образцов является относительно более
быстрая настройка процесса выполнения задания, причем пользователю приходится
выбирать меньше опций.
Н а с т р о й к а р аб о чего стола пр и б о р а
Программу необходимо настраивать с применением штативов, которые необходимо
использовать в дальнейшем. Такой процесс очень похож на процесс, описанный в разделе
«Выбор правильного типа штатива». Кроме того, программе необходимо «знать», какие
параметры присвоены каждому штативу. Как и в главной программе, изменение типов
штативов и функций может производиться нажатием правой кнопкой мыши на штативе и
выбором нужного его типа. Подобную операцию можно проделать и с функциями штативов.
И наоборот: можно выбрать тип штатива и для изменения типа штатива и функции
использовать, соответственно, кнопки «Выбрать штатив / Set Plate» и «Выбрать функцию /
SetFunction».Для продолжения нажмите кнопку «Далее / Next».
Ввод р е а к т и в а
Экран ввода реактива позволяет настраивать параметры реактивов на всех штативах, чьи
функции были определены как «реагент / reagent». После нажатия на сегмент с реактивом
левой кнопкой мыши, пользователю представляется таблица «Пожалуйста, введите
подробное описание реактива / Please enter reagent details». Введите наименования реактивов
и укажите, если реактив является вязким. Обозначение реактива как вязкого снижает
скорость пипетирования. Если оставить поле для названия реактива незаполненным, на
следующем этапе оно будет недоступным. Нажмите ОК.
Если используются реактивы из блока реактивов, тип пробирки (с плоской основой или
конической) можно определить расположением курсора мыши над ячейкой. Информация о
типе пробирки содержится во всплываюш,ем поле.
Для продолжения нажмите кнопку «Далее / Next».
В ы бор ш т а т и в а /я ч е е к P la te A V e ll S elector
Данный экран требует от пользователя задать положение ПЦР смеси. Это можно сделать
нажатием на отдельную ячейку в подсвечиваемой области рабочего пространства автомата.
К о н ф и гу р а ц и я П Ц Р смеси
Если необходимо приготовить больше одной ПЦР смеси, на дисплей выводится экран
конфигурации ПЦР смеси. В нем отдельным ПЦР смесям можно присваивать наименования,
редактировать, загружать из предварительно запрограммированных смесей или сохранять
как новые заранее запрограммированные смеси. Кроме того, расположение ПЦР смеси
может быть выведено на рабочий стол автомата при нажатии кнопки «Показать / Show».
Для того, чтобы создать новую ПЦР смесь из заранее определенных реактивов, гюставьте
«галочку» в поле напротив ПЦР смеси. Запомните местоположение ПЦР смеси. После
проставления «галочки» или нажатия кнопки «Редактировать / Edit» на дисплее появится
Окно выбора компонентов ПЦР смеси. Это то же самое окно, которое используется для
конфигурирования ПЦР смесей в основной программе. В дальнейшем за подробной
информацией о добавлении реактивов в ПЦР смесь об!ращайтесь к настоящему разделу.
Нажатием на кнопку «Сохранить / Save» определенную ПЦР смесь можно сохранить для
последующего использования в качестве заранее запрограммированной смеси.
Это сделает ПЦР смесь доступной для использования на следующих стадиях; таким
образом, отпадет необходимость в повторном задании реактивов. Аналогичным образом,
нажмите кнопку «Загрузить / Load» для загрузки ранее запрограммированной ПЦР смеси.
156
--- стр. 158 ---
Выбор реактив / Reagent Selector
При использовании заранее запрограммированной ПЦР смеси на экране появляется Окно
выбора реактивов. Поскольку в ПЦР смеси с заранее запрограммированными параметрами
используются реактивы, которые на данном этапе еще могут быть не определены,
пользователь должен обозначить местоположение каждого реактива, используемого в
предварительно запрограммированной ПЦР смеси. Когда на дисплей впервые выводится
Экран выбора реактивов, отдельные места реактивов уже могут быть заняты ранее
определенными реактивами.
Если название реактива, используемого в предварительно запрограммированной ПЦР смеси,
идентично уже настроенным реактивам, они будут автоматически располагаться в
указанных местах. Все реактивы должны быть назначены на определенные места; в
противном случае, импорт реактива прекратится.
В правой части экрана каждый назначаемый реактив появляется в белом поле. Для того,
чтобы назначить реактив на определенное место, нажмите на белое поле и тяните его к
ячейке, которую необходимо использовать. И наоборот: если точное место не имеет
значения, нажмите на белое поле «Авто / Auto» и тяните его из левого нижнего угла к
нужному сегменту реактива. Реактивы будут автоматически приписываться к определенным
местам. Когда реактиву назначается место, белые поля становятся серыми.
Нажатие кнопки «Сбросить все / Reset АП» отменяет все назначения реактивов (отличные от
определенных при внесении данных в данный экран).
Для продолжения нажмите кнопку «Далее / Next».
Редактор стандартов
Если во вводном экране были выбраны стандарты, на дисплее появится Редактор
стандартов. Здесь можно присваивать имена сериям разведений, редактировать их,
загружать из предварительных настроек параметров или сохранять в качестве
предварительно настроенных стандартов.
Кроме того, расположение стандарта выводится на рабочий стол автомата при нажатии
кнопки «Показать / Show».
Для того чтобы назначить стандарт частью выполнения задания, поставьте «галочку» в поле
возле стандарта. Запомните расположение стандарта. После проставления «галочки» или
нажатия на кнопку «Редактировать / Edit», на дисплей выводится окно, позволяющее
пользователю определить стандарт. В этом окне выберите количество стандартов в серии
разведений, введите концентрацию первого стандарта (обратите внимание на то, что
концентрация используется только в целях документации) и, наконец, укажите коэффициент
разведения.
После того, как будет определен стандарт, нажмите «ОК».
Для того чтобы сохранить стандарт в качестве предварительно настроенной конфигурации,
нажмите на кнопку «Сохранить / Save». Это откроет доступ к сериям разведений на
следующем этапе и, следовательно, отпадет необходимость в их повторном определении.
Аналогично, для того, чтобы загрузить серии разведений, определенные ранее, нажмите на
кнопку «Загрузить / Load».
Д л я п р о д о л ж е н и я н а ж м и те к н о п к у «Д алее / N e x t» .
1 5 7
--- стр. 159 ---
Редактор образцов
Экран редактора образцов используется для настройки параметров банков образцов. Банки
образцов можно добавлять, редактировать или удалять так же, как это делается в основной
программе. Дальнейшая информация и пояснения о банках образцов приводится в разделе
«Образцы». Для того, чтобы добавить новый банк образцов, нажмите на штативе, с которого
Вы желаете добавить банк образцов. Если опция автоматического проставления названий
банков образцов была отменена, пользователю будет предложено ввести название банка
образцов. После ввода названия на дисплее появится окно, с помощью которого ячейки
будут добавлены в банк образцов. По окончании нажмите «ОК».
Для того, чтобы добавить в банк или удалить из него ячейки, необходимо «отредактировать»
банк. Выделите в списке банк, который нужно отредактировать, и нажмите на кнопку
«Редактировать банк / Edit Bank». В окне, появившемся вслед за этим, добавьте или удалите ^
ячейки нажатием на них левой кнопкой мыши. w
Для того, чтобы переименовать банк, выберите банк, который нужно переименовать и ^
нажмите на «Переименовать банк / Rename Bank». Для того, чтобы удалить банк, выделите
его и нажмите на «Удалить банк / Delete Bank».
Для продолжения нажмите кнопку «Далее / Next».
Редактор реакций
Для завершения настройки Мастера программирования ПЦР необходимо сконфигурировать
реакции. Для этого можно использовать Редактор реакций. Как правило, реакции состоят из
11ЦР смеси, объединенной либо со стандартом, либо с образцом. Реакции приготовливаются
на заданном штативе в большом количестве.
В зависимости от количества выполненных настроек параметров, выберите ПЦР смесь в
выпадающем меню. Аналогично, выберите во втором выпадающем меню образец, стандарт
или отрицательный контроль, который нужно объединить с выбранной ПЦР смесью. ^
Выберите количество повторов в выбранном банке образцов. Также нажатием на кнопку
«...» выберите нужный целевой штатив. Для добавления в список реакций нужной реакции, ^
нажмите на кнопку «Добавить / Add».
Дополнительные комбинации реакций можно добавить аналогичным образом. По окончании
нажмите кнопку «Далее / Add».
На этом использование мастера закончено. Теперь реакции будут перенесены в основную
часть программы. При необходимости реакции можно отредактировать в главной
программе, в противном случае можно перезапустить мастер и внести изменения через него.
8.2 МАСТЕР ОПТИМ ИЗАЦИИ / Optimisation Wizard
Мастер оптимизации создает матричные комбинации реакций, основанные на различных
концентрациях реактивов. Например, если нужно оптимизировать зонд и праймер
(комбинация прямого и обратного). Потенциально, можно попробовать испробовать три
различных концентрации зонда и три различных концентрации праймеров. В результате
получилась бы матрица из десяти реакций. Мастер настраивает параметры таких матриц
Д л я п р о д о л ж е н и я н а ж м и те к н о п к у «Д алее / N e xt» .
158
--- стр. 160 ---
автоматически. Использование мастера предоставляет возможность нескольких
оптимизаций.
Автомат не создает различные концентрации реактивов. Ожидается, что пользователь сам
обеспечит все необходимые концентрации всех оптимизируемых переменных.
Для запуска мастера выберите в Меню мастеров «Мастер оптимизации / Optimisation wizard»
либо выберите мастер оптимизации при создании нового процесса выполнения задания.
В ведение в м астер о п т и м и з а ц и и
Данный экран позволяет пользователю выбрать три опции оптимизации. Такими
оптимизациями являются:
m
Данная оптимизация создает одну переменную для оптимизации. Например, ее можно
использовать для оптимизации хлорида магния или флуорофора.
—— i Данная опция устанавливает два реактива в качестве переменных для оптимизации.
Эту опцию можно использовать для оптимизации зонда/праймера.
3
Третья опция устанавливает три переменных для оптимизации. Ее можно использовать
для оптимизации зонда/праймера, в которых праймеры прямые и обратные стоят раздельно.
Для настройки необходимых переменных в мастере объединены несколько экранов.
Элементы мастеров являются одинаковыми и, независимо от того, сколько переменных
должны оптимизироваться - одна, две или три - процесс является крайне схожим. В
настоящем разделе суммируются основные свойства каждого экрана мастера.
Обратите внимание на то, что мастер только предоставляет возможность настройки матрицы
оптимизации, но не позволяет настраивать параметры ПЦР смеси. В мастере присутствует
опция использования заранее заданной ПЦР смеси, но с его помощью нельзя настроить
параметры ПЦР смеси из отдельных реактивов. Это можно сделать с использованием
Мастера программирования ПЦР или с помощью основной программы. Желательно задать
ПЦР смесь до запуска мастера оптимизации, но это можно сделать и позднее. Кроме того,
частью ПЦР смеси должны стать контрольные ДНК.
О п т и м и з и р о в а н н ы е р е а к т и в ы
В зависимости от того, сколько реактивов используется - один, два или три - данный экран
повторяется нужное количество раз. Введите наименование реактива, подлежащего
оптимизации (как правило, название присваивается по умолчанию и общего характера).
Выберите объем реактивов на одну реакцию. Кроме того, пользователь должен обозначить
количество различных концентраций реактива, которые должны быть протестированы в
матрице.
Кроме того, нужно ввести значения различных концентраций. Это можно сделать нажатием
на ячейку со значением концентрации и ввести величину. Обратите внимание на то, что
такие концентрации используются только в целях ведения документации и не влияют на
выполнение функций.
Данный экран будет повторяться для различных реактивов необходимое количество раз. Для
продолжения нажмите кнопку «Далее».
В ы бор р е а к ти в о в
Пользователь должен указать местоположение каждого реактива, используемого при
оптимизации.
159
--- стр. 161 ---
Каждый реактив, для которого должно быть задано место, выводится в белом поле в правой
части экрана. Для того, чтобы назначить реактиву определенное место, нажмите на белое
поле и тяните его к ячейке, которую нужно использовать. И наоборот; если точность
местоположения не имеет значения, нажмите на белое поле «Авто / Auto» и протащите его
из нижней правой части экрана к нужному сегменту с реактивами. Реактивам будет
автоматически присвоено расположение. После того, как каждому реактиву присваивается
значение, белые поля становятся серыми. Отмена всех присвоенных реактивам
местоположений производится нажатием кнопки «Сбросить все / Reset АН».
Если реактивы используются в блоке реактивов, тип пробирки (с плоским дном или
конический) можно определить, расположив над ячейкой курсор мыши. Информация о типе
пробирки содержится в появляющемся при этом всплывающем окне.
Для продолжения нажмите кнопку «Далее / Next».
Количество повторов ^
При настройке параметров можно выбирать количество повторов. Например, при ™
оптимизации двух переменных 3 х 3 на одно повторение будут использованы 9 ячеек. Если А
оптимизация должна выполняться дважды или трижды, соответственно потребуется 18 или
27 ячеек.
На данном этапе в выполнение задания можно включить 11ЦР смесь. Мастер не позволяет
программировать ПЦР смесь из самого мастера. Это можно сделать лучше с использованием
мастера настройки PCR или из главной программы. Если параметры ПЦР смеси не были
заданы ранее или должна использоваться предварительно смешанная ПЦР смесь, нажмите
на кнопку «Создать предварительно смешанную ПЦР смесь / Create Premixed ММ».
Пользователю предлагается выбрать местоположение предварительно смешанной ПЦР
смеси, после чего предлагается ввести значение объема ПЦР смеси на одну реакцию.
Обратите внимание на то, что в данный объем не должен включаться объем
оптимизируемого реактива.
Для проведения реакций необходимо выбрать целевой штатив; целевой штатив можно ^
выбрать нажатием кнопки «...». ^
Параметры реакций уже могут быть настроены; их можно очистить проставлением галочки
в поле «Очистить существующие реакции / Clear existing reactions».
Для продолжения нажмите кнопку «Далее».
На этом использование мастера закончено.
Методика редактирования параметров ПЦР смеси приводится в разделе о приготовлении
ПЦР смеси. Теперь реакции будут перенесены в основную часть программы. При
необходимости, параметры реакций можно отредактировать в основной программе.
160
--- стр. 162 ---
9. ПРАВИЛА ХРАНЕНИЯ И ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Автоматизированная система для манипуляций с жидкостями Q1AGILITY требует
минимального обслуживания. Тем не менее, существуют несколько полезных советов
относительно поддержания QIAG1LITY в должном рабочем состоянии.
Обезжиривание дозатора
Головка дозатора нуждается в регулярном обслуживании. Тесты показали, что после
выполнения порядка 500 О О О пипетирований, 0-кольца пипетирующей головки должны
быть заменены и поршни обезжирены. ПО имеет встроенный счетчик обслуживания,
который напомнит пользователю о необходимости профилактики пипетирующей головки
после выполнения 300 О О О пипетирований. Профилактические работы представляют собой
несложную процедуру. В стандартную поставку QIAGILITY входит набор для
профилактики дозатора. Храните данный набор в безопасном месте до момента наступления
времени профилактического обслуживания. Набор содержит все запасные части,
необходимые для проведения полного цикла обслуживания.
Направляющие
Направляющие изготавливаются из закаленной стали и поддерживают линейные
подшипники, позволяющие автомату легко скользить взад и вперед. Не вытирайте
направляющие с использованием ткани. Протирка приведет к удалению смазки. Поскольку
направляющие изготовлены из закаленной стали, они могут быстро заржаветь, если на них
не нанесен слой смазки. Если направляющие начинают ржаветь, коррозию необходимо
удалить как можно быстрее. После этого направляющую нужно повторно смазать.
Подшипники опор оснащены уплотнителями, не допускающими попадания пыли и более
крупных частиц. Направляющие и опоры качения были протестированы в составе
QIAGILITY, после выполнения 2 О О О О О О проходов не было обнаружено никаких признаков
ухудшения качества поверхностей.
Чистка
QIAGILITY должен содержаться в чистоте. Все поверхности (за исключением
направляющих) могут протираться мягкой тканью. Также можно использовать слабый
раствор хлорной извести для очистки всех поверхностей. Обычные спиртосодержащие
жидкости, такие, как изопропанол, этанол или метанол, были также опробованы и признаны
безопасными.
Тем не менее, внешние кромки (черного цвета) крышки не должны контактировать ни с
какими спиртосодержащими веществами или растворителями.
Белая краска обеспечивает достаточно твердое покрытие, отличающееся износостойкостью
и способностью выдерживать коротковолновое ультрафиолетовое излучение. Однако, в
связи с твердостью, краска подвержена сколам. Не допускайте падения элементов оснастки
на поверхность манипулятора, так как слой краски может облупиться или пойти трещинами.
Любые растворители, вступающие во взаимодействие с краской, такие, как нефтяной
скипидар, разбавители краски и ацетон ни в коем случае не должны находится в
непосредственной близости к манипулятору.
161
--- стр. 166 ---
Наименования образцов не только могут быть импортированы с использованием функции
импорта, но также могут быть скопированы и вставлены. Открыв электронную таблицу,
скопируйте колонку, содержащую информацию о наименовании образцов. В ПО QIAGEN,
щелкните правой кнопкой «мыши» по ячейке, в которую необходимо поместить
скопированные данные. Выберите «Вставить в текущую ячейку / Paste to current cell», и
наименования будут скопированы.
К о п и р о в а н и е и в с та в к а
Функции копирования и вставки доступны во всех таблицах ПО. Просто щелкните правой
кнопкой «мыщи» по выбранной ячейке или ячейкам для отображения меню
Копировать/Вырезать/Вставить, copy/cut/paste
П о в то р н о е и сп о л ьзов ан и е н а к о н е ч н и к о в и п и н е т и р о в а н и е
Повторное использование наконечников является полезной практикой, позволяющей
сэкономить средства и время. Экономия времени происходит за счет устранения
необходимости захвата дополнительных наконечников. Однако, повторное использование
наконечников приводит к снижению точности пипетирования. Пожалуйста, см.информацию
о точности пипетирования в Приложении.
М у л ь т и э ж е к ц и я с н и ж а е т то ч н о с ть п и п е т и р о в а н и и
Функция мультиэжекции позволяет значительно снижать расход наконечников. Однако,
многократное тестирование этой функции показало, что точность при использовании
мультиэжекции уступает точности функции «повторное использование наконечников».
Помните об этом когда используете эту функцию. Для того чтобы пользователь не забывал
об этом обстоятельстве при использовании этой функции прибор выводит на экран
предупреждение.
К а л и б р о в к а объема и З а д е р ж к а ж и д к о с т и
Калибровка объема имеет побочный эффект, выражающийся в том, что используется объем,
несколько больщий, чем ожидаемый. Это, в основном, происходит из-за задержки жидкости
в наконечниках пипеток. Рассмотрим ситуацию, в которой манипулятор, не прошедший
калибровку объема, пипетирует 19,7 цл при заданном уровне в 20 цл. Калибровка объема
может устранить эту разницу. Если калибровка объема была произведена, манипулятор
будет доставлять заданные 20 цл. Однако, для доставки необходимого объема в 20 цл,
манипулятор должен произвести забор аликвоты объемом в 20,3 мл. Появление лишних 0,3
|хл является результатом задержки жидкости в наконечнике. Если данный объем должен
быть пипетирован на штатив с 96 пробирками, манипулятор по всей видимости израсходует
на 28,8 цл больше заданного объема (однако, QIAGEN QIAGEN Pty. Ltd. Пе гарантирует
точность в работе при использовании наконечников, отличных от рекомендованных).
Данная проблема не имеет простого решения - единственным выходом может быть
использование наконечников с низким уровнем задержки. Пользователь должен знать о
существующем недостатке и точно рассчитывать объем жидкости и заливке ее в резервуары
манипулятора.
В ы р е з а н и е и в с т а в к а н а и1и е н о в а н и й о б р а з ц о в
165
--- стр. 167 ---
Использование джойпада (устройства ручного ввода, используемого в игровых целях, с
кнопками, но без рычага) позволяет более точно осуществить позиционирование. Джойпад с
USB интерфейсом может быть подключен к компьютеру, управляющему
Автоматизированной системой для манипуляций жидкостями QIAGILITY. В процессе
калибровки, пользователь может использовать джойпад для управления движением
направляющих манипулятора, что значительно ускорит процесс калибровки, особенно
позиционирования.
М н о го р а зо в о е и сп о л ь зов ан и е м етода «подбора с ем я н » для ш т а т и в а
В ходе описания образцов было продемонстрировано, как образцы можно добавлять в ^
выбираемые случайно, несовместные места на штативе с образцами - т.н. «подбор семян». w
Данное свойство может быть использовано для выполнения задания при работе с А
несколькими штативами - например, с библиотекой штативов, когда из каждого штатива
нужно взять несколько образцов и последовательно добавить их в новый штатив на 96 ячеек.
Для настройки параметров подобного задания для каждого штатива в библиотеке нужно
создать банк образцов. Для каждого отдельного банка (штатива из библиотеки) определите
ячейки, принадлежащие банку. Видимо, вся подобная операция произойдет на одном
штативе с образцами. Таким образом, может появиться определенное количество
«накладывающихся» банков образцов, что не представляет собой проблемы.
При настройке параметров реакций настройте первую реакцию на забор проб из первого
банка образцов. Второй «реакцией» должна стать пауза «Ждать до получения
подтверждения / Wait until confirmation», задаваемая из Специального меню. Если
пользователя просят ввести комментарий, он должен звучать в формате «Изменить штатив в
положении С1 на штатив 2 из библиотеки».
Поскольку процесс выполнения задания продвигается, пользователю периодически будет ^
предлагаться изменить штативы, после чего автомат будет производить забор нужных
порций из всех штативов.
М а с с и в ы п р ай м е р о в
Хотя программа и содержит определенные заданные названия групп жидкостей, которыми
являются образцы, реакции, стандарты, дилюент и ПЦР смесь, это не должно вводить
пользователя в заблуждение. Образцы можно заменить такими реактивами, как праймеры
(primers). Таким образом, ПЦР смесь можно приготовить с любыми другими реактивами,
включая образец ДНК. С праймерами можно обращаться как с образцами. В результате
будут происходить реакции не с образцами, а с праймерами.
Д ж ой п ад
166
--- стр. 168 ---
11.2 ПРИЛОЖ ЕНИЕ В - АККУРАТНОСТЬ И ТОЧНОСТЬ ИЗМЕРЕНИЙ - В
ЧЕМ РАЗЛИЧИЕ?
Аккуратностьность и точность пипетирования являются первичными характеристиками
любого прибора для пипетирования, автоматизированного или с ручным управлением.
Данное примечание содержит краткое описание терминов «точность» и «аккуратность».
Точность
При упоминании в связи с приборами для пипетирования, точность может быть определена
как приближенность объема, предназначенного для пипетирования, общепризнанному
стандарту в 1 л (или его доли). Обычно, точность описывается как абсолютное отклонение
объема, например +/- мл на заданный объем. Также точность может быть выражена в
процентах, например +/- %.
Аккуратность
При упоминании в связи с приборами для пипетирования. Аккуратность, как характеристика
измерения, определяет, насколько одинаковы пипетируемые объемы, участвующие в
повторных реакциях. Аккуратность описывается как абсолютное отклонение объема,
например +/- мл на заданный объем. Также, согласно методическим указаниям к прибору
Q1AGILITY, правильность может представлять собой статистическую оценку, коэффициент
отклонения или %К.О.
В качестве иллюстрации рассмотрим пример, где каждый крестик означает операцию
пипетирования или статистический случай. Кривая представляет собой величину
пипетируемого объема. На иллюстрации также представлены данные эксперимента, где
объем в 20 |хл пипетируется 10 раз подряд.
Inaccurate and imprecise
■X..X....Х-ХХ....X...Х'-Ж'Х'
20mL
Accurate but imprecise
X X X -------X-------X - p--------X—
20mL
Inaccurate but precise
Accurate and precice
Inaccurate and imprecise
Accurate but imprecise
Inaccurate but precise
Accurate and precise
20mL
*
20mL
Неточный и неаккуратный
Точный но неаккуратный
Неточный но аккуратный
Точный и аккуратный
Коэффициент отклонения
Коэффициент вариации (CV) определяется как
167
--- стр. 169 ---
С точки зрения математической статистики, CV показывает, что 66% всех образцов попадут
в пределы плюс/минус одно стандартное отклонение от среднего значения (согласно кривой
нормального распределения). В технических характеристиках прибора 1% CV означает, что
производитель гарантирует величину стандартного отклонения менее 1% от среднего
значения. Например, для 50 образцов объемом 20 цл каждый среднее значение составит 19,3
|ал. Производитель гарантирует, что 66% всех образцов попадут в пределы 19,107 цл -
19,493 цл. Это означает, что в комплекте из 50 образцов количество образцов, не
попадающие в данный предел, не превысит 16. Также существует вероятность, что какой-
либо образец будет иметь объем 18,9 цл, а другой - 20,0 цл. С точки зрения математической
статистики, возможно, что какой-либо из образцов будет иметь объем только 10,0 цл - хотя
такая вероятность очень мала и может свидетельствовать о неисправности прибора.
Значение объема 19,3 цл, имея 3,5% отклонение от заданного объема 20 |лл, относится к
проблеме точности измерений, которая может быть решена с помощью калибровки объема. ^
Точность (Калибровка объема) ^
Различные жидкости имеют различные значения поверхностного натяжения и вязкость. Эти
физические свойства значительно влияют на степень задержки жидкости в наконечнике и
максимально допустимые скорости пипетирования. В зависимости от выбора жидкости, с
помощью которой производится калибровка объема, будут получены различные результаты.
Рекомендуется проводить калибровку объема с использованием чистой воды
(дистиллированной или PCR). После проведения профилактического обслуживания
дозатора, значения откалиброванного объема могут немного измениться.
Проверка аккуратности
Проверка правильности пипетирования может быть проверена множеством способов.
Комплект пипетируемых образцов взвешивается и анализируется статистически. Хотя этот
способ является наилучшим, он занимает много времени в связи с необходимостью
взвешивания пробирок. Также аккуратность пипетирования может быть оценена
посредством пипетирования окрашенного (с явной флуоресценцией) раствора на оптически ^
чистый штатив и затем считывание образцов считывающим устройством. ^
01AGEN. использует видимые красители и считывает их поглощаюпщм? устройством.
Аккуратность пипетирования Q1AGILITY не должна определяться посредством выполнения
процедуры амплификации. Химические процессы могут характеризоваться слишком
большим числом вариабельных величин.
C V = ( с т а н д а р т н о е о т к л о н е н и е /с р е д н е е з н а ч е н и е ) * 1 0 0 %
16 8
--- стр. 170 ---
11.3 П Р И Л О Ж Е Н И Е С - Ч А С Т О З А Д А В А Е М Ы Е В О П Р О С Ы
В разделе «Часто задаваемые вопросы» приводится дополнительная информация,
прилагаемая в качестве дополнительного документа.
З ачем н у ж н о п р о и зв о д и ть п о в то р н у ю к а л и б р о в к у ш т а т и в а , если я и зм ен я ю ее
о р и е н т а ц и ю с го р и зо н та л ь н о й н а в е р ти к а л ь н у ю ?
Не смотря на то, что физически тип штатива остается тем же, параметры программы
настроены таким образом, что программа принимает его как иное лицо. Данное правило
применяется ко всем штативам, которые задаются в программе.
П и н е т и р о в а н и е менее 5 цл
Пипетирование менее 5 |хл может снизить точность и правильность работы. Это, в
частности, относится к тем случаям, когда пипетирование производится в пустые ячейки.
^ Основной проблемой при пипетировании в сухие ячейки является поверхностное натяжение,
которое необходимо преодолеть для того, чтобы обеспечить поступление жидкости в ячейке
а не смещение ее на наружный край наконечника. Кроме того, точность снизит и
пипетирование на уровнях менее 1% максимального смещения поршня.
Например, в случае с QIAGILITY, максимальное смещение поршня равно 200 цл.
Следовательно, любой объем менее 2 цл (1%) будет меньше идеального. Спектр объемов
ручных пипеток колеблется от 10% до 100% максимального (например, от 20 до 200 цл).
Р аб о та с объ ем ам и м енее 1 цл
QIAGILITY можно успешно использовать при работе с объемами, равными 1 |ял в реакциях
объемом 10 цл или 20 |л ,л . Тем не менее, в большинстве случаев мы не рекомендуем
использовать автомат в подобных целях.
169
--- стр. 171 ---
11.4 П Р И Л О Ж Е Н И Е D - П О И С К И У С Т Р А Н Е Н И Е Н Е И С П Р А В Н О С Т Е Й
Дополнительная информация также приводится в Приложении «Полезные советы».
П р и за п ус ке п р о гр а м м ы не р асп озн ается а в т о м а т
Параметром подключения к компьютеру по умолчанию является СОМ порт 1. Если автомат
подключен к другому СОМ порту, программа будет запущена в виртуальном режиме. При
работе в виртуальном режиме выберите СОМ порт, к которому был подключен
последовательный кабель от QIAGILITY. Чтобы убедиться в том, что настройки СОМ порта
вступили в силу, перезапустите компьютер.
З а ко н ч и л а с ь П Ц Р смесь
Убедитесь в том, что все пробирки для реак гивов в одном сегменте штатива - одного и того
же типа. Также убедитесь в том, что используемые пробирки являются пробирками, для
использования которых автомат был откалиброван. Не смотря на то, что пробирки очень
схожи на вид, на самом деле они являются довольно разными. Если наконечник пипетки
сталкивается с основанием пробирки, очень возможно, что при этом образуется пробка и
будут отпипетированы неадекватные объемы жидкости. Например, если Taq подается в
пробирку, у которой основание располагается выше, чем у прочих пробирок, переместите
Taq в другую пробирку. Или, наоборот, убедитесь в том, что датчик уровня включен и в
пробирке находится достаточно много Taq.
Убедитесь в том, что подается достаточный объем всех реактивов; рекомендуется добавлять
дополнительно минимум по 20 цл каждого реактива. Если автомат обнаруживает в пробирке
жидкость, он втянет установленный объем, даже если часть его будет воздухом. В таком
случае, при обнаружении жидкости в Отчете о выполнении задания не будет показываться
ошибка.
Являются ли наконечники на 50 цл и 200 цл разными по длине? Более подробная
информация приводится в разделе о калибровке для компенсации длины.
Скорость пипетирования может влиять на пипетированный объем, если реактив является
особенно густым; повторите попытку с более низкой скоростью пипетирования.
Присутствуют ли в пробирке с реактивами воздушные пузырьки? Воздушные пузырьки и
воздушные карманы значительно влияют на фактически отпипеттированный объем.
Проблему может представлять собой остаток жидкости в наконечнике. Наконечник может
удерживать до 0,8 цл, причем нормальный остаточный объем приблизительно равен 0,4 цл;
это значительным образом влияет на используемый объем жидкости. Например, в том
случае, если автомат откалиброван на использование объема и должен отпипетировать 20
|хл. Калибровка объема предусматривает остаток в наконечнике объемом 0,4 |хл. Таким
образом, для того, чтобы доставить 20 [хл, автомат фактически возьмет 20,4 цл. Если это
повторяется для штатива на 96 ячеек, 0,4 цл сразу увеличивается до 40 [хл. Из-за этого может
показаться, что автомат использует больше ПЦР смеси, чем необходимо. Простое решение
для данной проблемы не предусмотрено. Может оказаться необходимым приготовить
дополнительное количество ПЦР смеси. Аналогичная проблема возникает при повторном
использовании наконечников. После того, как наконечник был использован один раз (т.е.
наконечник был смочен), он стремится втянуть небольшой объем в наконечник для
пипетирования посредством капиллярного эффекта. Это происходит сразу, как только
наконечник вступает в контакт с жидкостью. Такой малый объем втягивается в наконечник
до того, как поршень для пипетирования начинает двигаться. Таким образом, каждый раз,
когда забирается опеределенная порция из пробирки с ПЦР смесью, в наконечник
170
--- стр. 172 ---
€
С
дополнительно втягивается небольшое количество жидкости - как правило, между 0,3 и 0,5
цл. Опять же, при работе с 96 ячейками данный объем автоматически умножается до
дополнительных 30-50 цл ПЦР смеси. Обратите внимание на то, что такой дополнительный
объем попадает в конечную реакцию при впрыскивании воздуха для того, чтобы
проконтролировать впрыскивание нужного количества жидкости.
Р азны е у р о в н и в п р о б и р к а х д л я р е а к ц и й
Причиной разных уровней в пробирках для реакций может послужить попадание воздушных
пузырьков в пробирки с образцами или в пробирки с ПЦР смесью. В частности, любое
образование пены на жидкости приведет к ошибке в пипетировании. Причиной этого
является то, что датчик уровня жидкости подаст одинаковый сигнал при контакте как с
пеной, так и с самой жидкостью.
П р о гр а м м а з а кр ы л а с ь и л и зав исл а - з а щ и т а э к р а н а (screen saver) и р е ж и м э ко н о м н о го
п о тр еб л е н и я э н е р ги и
Работа в режиме экономного потребления энергии, особенно для жесткого диска, может
негативно повлиять на работу автомата. Рекомендуется отменить использование защиты
экрана, а также режим экономного потребления энергии монитором и жестким диском.
Подробное описание данных настроек приводится в разделе «Установка программного
обеспечения».
О сь Z не п о д н и м а ется после в к л ю ч е н и я п и т а н и я
Если загорается зеленый LED на передней панели автомата, но ось Z (головка дозатора) не
втягивается, это означает, что в автомате произошла внутренняя неполадка. Для проведения
технического обслуживания обратитесь к представителю фирмы QIAGEN.
Если LED не загорается - убедитесь в том, что все электропровода надежно подключены.
П о в то р ы н ед о с тато ч н о пло гны е?
Проверьте настройку параметров. Если автомат используется для производства ПЦР смеси -
убедитесь в том, что для каждого реактива были введены правильные величины объемов.
Правильно ли размешивается ПЦР смесь? Для того, чтобы смешать ПЦР смесь вручную,
выберите опцию «Ждать подтверждения после приготовления смеси /Wait for confirmation
after creating mix».
Какой объем ДНК пипетируется в каждую пробирку для реакций? Для достижения
наилучших результатов в качестве объемов образца рекомендуется использовать объемы
величиной 5 цл и более.
Встречаются ли пузырьки воздуха в пробирках? Также проверьте пробирки с образцами.
Перед использованием штатива с образцами в автомате может оказаться необходимым
прокрутить его.
Для того, чтобы проверить, что является причиной погрешностей - пипетирование автомата
или проблемы анализа реактивов - сделайте несколько повторов вручную, вдоль реакций,
приготовленных автоматом.
Если повторы стандартов недостаточно плотные - проверьте, правильно ли стандарты
смешиваются.
171
--- стр. 173 ---
Иногда воздушные пузырьки попадают в стандарт при добавлении в него дилюента или
более концентрированного стандарта. Увеличение объема дополнительно приготовленного
стандарта обусловливает снижение риска пипетирования воздуха (вследствие образования
воздушных пузырьков) вместо жидкости.
П р о гр а м м а р аб о та е т очень м едленно - средства борьбы с в и р усам и
Отдельные антивирусные сканеры могут мешать работе программы. Как правило, такие
сканеры крайне замедляют работу программы. Фирма QIAGEN QIAGEN Pty. Ltd. Советует
проявлять внимание при установке программы QIAGEN на компьютеры с установлеными
автивирусными сканерами.
Причиной медленного выполнения отдельных операций может оказаться скорость
управляющего компьютера. Как правило, к таким операциям относятся операции на
штативах со стандартами и штативах на 384 ячейки. Если выполнение реакции затягивается
слишком надолго, это также может вызвать значительное падение скорости программы.
Б есперебойная но дача п и т а н и я (U P S ) 9
Выполнение многих установленных параметров требует установки на автомат и на А
управляющий компьютер источника бесперебойного питания (UPS). Как правило,
присутствие такого источника значительно улучшает работу устройств. Следует заметить,
что, вследствие принципа работы большинства источников бесперебойного питания от их
батарей, подача питания может оказаться довольно шумной. Это может привести к
неправильной работе датчика уровня. В отдельных случаях, датчик уровня может
неправильно работать даже при питании UPS от сети.
А в т о м а т п р о и зв о д и т п и п е т и р о в а н и е в воздухе / Ж и д к о с т ь р азб р ы зги в а ется везде /
Ж и д к о с т ь не п и п е т и р у е тс я
Как правило, указанные ошибки являются первым признаком неправильной работы датчика
уровня. Чтобы убедиться в том, что датчик работает неправильно, отключите его и
повторите попытку. Если теперь процесс работает правильно - высока вероятность того, что
датчик уровня неисправен.
Неисправность работы датчика уровня часто вызывается низким напряжением в сети или ^
неправильным заземлением инструмента. Попробуйте перенести автомат в другое
помещение или подключить его к другому источнику питания.
Если между металлическим соплом пипетирующей головки и металлической структурой
вокруг нее скапливается влага, это также может привести к ошибке датчика уровня. Удалите
любую скопившуюся жидкость. Убедитесь в том, что черный провод, идущий от
металлического наконечника, не касается прочих металлических деталей.
В отдельных редких случаях неправильная работа датчика уровня может быть вызвана
скоплением на пробирках или штативах статического электричества. Как правило, это
происходит только в штативах с глубокими ячейками. Как было установлено, такой
недостаток можно устранить пистолетом для ликвидации статического электричества,
используемого для устранения статики с виниловых записей.
Если ни один из предложенных вариантов не помогает решить проблему - свяжитесь с
ближайшим представителем QIAGEN.
П о л у ч е н о сообщ ение об о ш и б к е « З а к о н ч и л а с ь ж и д к о с т ь » , но в я ч е й к е и с т о ч н и к а
ж и д к о с т ь ещ е п р и с у тс тв у е т.
1 7 2
--- стр. 174 ---
Автомат может быть сконфигурирован для захвата наконечников, которые отсутствуют на
подносе с наконечниками. Убедитесь в том, что параметры конфигурации наконечников
были установлены правильно.
Неправильными могут оказаться параметры калибровки высоты штатива. Если высота
штатива откалибрована таким образом, что ее положение установлено слишком высоко,
наконечник не сможет опуститься достаточно низко в пробирку для того, чтобы втянуть всю
жидкость.
в о тч ете о в ы п о л н е н и и зад а н и я в с тр е ч а ю тс я соо б щ ен и я об о ш и б к а х , то гд а к а к процесс
п р о ш е л н о р м а л ь н о .
Объемы реактивов или образцов могут оказаться ниже минимума, необходимого для работы
датчика уровня жидкости. При этом пипетка пойдет ко дну ячейки на высоту,
откалиброванную по умолчанию. Если бы в пробирке присутствовала жидкость, она была
бы отпипетирована но, поскольку жидкость не была обнаружена, в отчете о выполнении
задания могло присутствовать сообщение об ошибке.
С Сверх каждого необходимого объема жидкости рекомендуется добавлять еще минимум 20
W | 1 л. Мы рекомендуем разбавлять образцы и реактивы и пипетировать большие объемы
вместо пипетирования малых объемов концентрированных растворов.
П р и за п у с ке п р о гр а м м ы я п о л у ч а ю соо б щ ение с соо б щ ен ием об о ш и б к е , ко то р о е
н ев о зм о ж н о п р о ч и т а т ь .
Как правило, это относится к инсталляции или обновлению программы. Существует
возможность - в частности, при изменении версий программы - того, что не были
установлены правильные параметры штатива. Это может привести к возникновению
сообщений об ошибке при запуске программы. Самым простым решением в данной
ситуации является полное удаление программы и установка ее новой версии.
П р о гр а м м а не з а п у с к а е тс я , п р и этом н а э к р а н в ы в о д и тся н ад п и с ь « Н у ж н ы й ф айл
б и б л и о те ки н е п р ав и л ь н о у с та н о в л е н и л и за р е ги с т р и р о в а н » .
Присутствует конфликт версий с одной из предыдущих версий программы. Удалите все
версии программы.
Переустановите последнюю версию программы QIAGEN.
П р о гр а м м а р аб о та е т н е п р а в и л ь н о , п р и этом на э к р а н в ы в о д и тся сообщ ение « О ш и б к а
п р о гр а м м ы : а в а р и й н а я о с т а н о в к а » .
Прерывается канал связи с автоматом. Убедитесь в том, что последовательный порт, для
которого был сконфигурирован автомат, не используется другими устройствами (например,
модемом). Кроме того, постарайтесь сконфигурировать автомат на использование другого
последовательного порта и подключить автомат к нему.
17 3
--- стр. 175 ---
Существует несколько источников сообщений об ошибках. Сюда относятся ошибки в
установках, машинные ошибки и ошибки программы. Подробнее об ошибках настроек см.
раздел, посвященный предупреждениям.
П р о гр а м м н ы е о ш и б к и
Ошибки с номерами 55556 являются результатом сбоя программы. Следующий ряд ошибок
может возникнуть случайно. Они могут быть быстро устранены.
- жидкость не обнаружена / Couldn't find liquid - датчик уровня не обнаружил в пробирке
жидкость, добавьте еще
- нет наконечников / No tips - больше наконечников нет, добавьте еще
- автоматическая ошибка / Robot error - см. выше
- прекращено пользователем / User aborted job
- пользователь открыл крышку / User opened lid
- пользователь приостановил работу / User paused job
- пользователь возобновил работу / User resumed job
- ошибка программы или конфигурации / Software or configuration error - возможно, ошибка
при установке
- ошибка при сбросе наконечников / Tip ejection failed - наконечник не сброшен с головки
дозатора
- ошибка при захвате наконечников / Tip pickup failed - наконечник не захваен головкой
дозатора
М а ш и н н ы е о ш и б к и
Машинные ошибки имеют номера начиная 40 О О О . Сюда же добавляются все
нижеперечисленные коды ошибок. Если у вас возникли подобные ошибки, свяжитесь со
службой поддержки Q1AGEN.
1. Переполнение FIFO / FIFO overrun error
2. Неверная контрольная сумма / bad checksum error
3. Неправильный номер оси / bad axis number - если он не устанавливается командой
4. Если была дана неизвестная команда / robot is sent an unknown command
5. Если датчик пониженного давления не может определить наличие вакуума / vacuum
sensor cannot sense vacuum
6. Если ось не активирована / ап axis is not enabled
7. Если датчик наконечника не обнаружил жидкость / the tip sensor did not detect liquid
8. Если датчик наконечника не мог быть переустановлен / tip sensor could not be reset
9. Если какой-либо выключатель исходного положения не находится в допустимых
пределах / the home switch could not be found within limit
10. 82C55 I/O иглы не закреплены / 82C55 I/O pins are unstable
11. Ошибка интерфейса программирования / an error has occurred in SPl coms
129. Выбрана неправильная ось / an invalid axis was specified
130. Автомат не отвечает на первый запрос / the robot did not respond with the first reply
1 3 1 . Автомат не отвечает на второй запрос / the robot did not respond with a second reply
132. Неисправность порта коммуникации / the com port has problems
133. Несоответствие микроаппаратных средств / the micro firmware is mismatched
134. Выбран неправильный COM-порт / an invalid COM port was chosen
135. Попытка повернуть ось на недопустимый угол / ап attempt was made to move an axis
beyond its limit
1 1 .5 П Р И Л О Ж Е Н И Е Е - К О Д Ы Н Е И С П Р А В Н О С Т Е Й
174
--- стр. 176 ---
136. Слишком много запросов в пакете отправки / too many replies were specified in send
Packet
137. Неверная контрольная сумма в принимаемом пакете / in а received packet а wrong
checksum was encountered
138. Первый запрос искажен / the first reply was corrupt
139. Второй запрос искажен / the second reply was corrupt
140. Местный принимающий FIFO переполнен / the local receive FIFO overflowed
141. Получен неверный номер запроса / an incorrect number of replies was received
142. Указанный пакет ID не найден / if specified packet ID could not be found in collection
143. Указанный номер дополнительного порта не существует / specified accessory port
number does not exist
144. Указанный дополнительный порт свободен / specified accessory port unoccupied
145. Обнаружено неизвестное дополнительное оборудование / an unknown accessory was
detected
146. Получено неверное значение температуры / а bad temperature reading was taken
147. Получено неправильное значение размера пакета / а bad packet length was received
148. В процессе обработки получены дополнительные данные / more data was received
while processing
1 75
--- стр. 177 ---
t
Основные расширения
Ползунок скорости пипетирования - теперь скорости пипетирования можно
изменять от 20 |л ,л до 150 цл в секунду для всех классов жидкости (образцов,
реакций, стандартов, смесей и реактивов), возможных на настоящий момент.
Поддержка Gene-Disk [72] - для более легкой загрузки Rotor-Gene в программу
была включена функция QIAGEN Research Gene-Disk.
Мастер программирования ПЦР - Мастер программирования ПЦР был полностью
видоизменен для обеспечения большей гибкости и упрощения настройки
параметров реакций.
Мастер оптимизации - мастер оптимизации был добавлен для обеспечения легкой
настройки параметров титровки магния и оптимизации праймеров/зондов
Нормализация образцов - добавление свойства нормализации образцов позволяет
добавлять образцы разной концентрации (которая может изменяться внутри
одного порядка величин) в конечную реакцию так, чтобы достичь необходимой
концентрации
Расширенные стандарты - переменные коэффициенты разбавления сейчас можно ^
задавать от одного стандарта к другому
- Усовершенствования списков банков образцов - сейчас в списке наименований
образцов можно проверять, является ли индивидуальный образец частью банка
образцов. Кроме того, образцы можно добавлять и удалять из банка образцов
через этот список.
Объем воздуха, сохраненный в файлах
- Просмотр типов штативов в таблице - на рабочем столе теперь могут быть
представлены фотографические изображения
Усовершенствованный мастер калибровки объема - калибровка объема была
существенно усовершенствована
- Мастер настройки сбрасывателя наконечников - калибровку сбрасывателя
наконечников теперь можно выполнять при помощи программы. Для
минимизации ошибок при калибровке, к калибровке сбрасывателя наконечников
были добавлены значительные расширения функции безопасности
Калибровка компенсации наконечника - для обеспечения изменений длины и 9
использования наконечников на 50 цл и 200 цл, была добавлена функция ^
калибровки компенсации. Выполнение такой калибровки является "
необязательным
Использование ультрафиолетового света - при инсталляции программы
предлагаются усовершенствованные опции установки функции
ультрафиолетового света
Счетчик выполнения задания - для оценки времени, необходимого для
выполнения задания, в программу был заново внедрен индикатор выполнения
задания
Улучшенное выполнение импорта/экспорта. Можно копировать и вставлять
данные с координатной привязкой из/в Главные безошибочные варианты в
формате Excel
Счетчик наконечников
- Датчик создания объема стандартов
Модификация положения закрытия (ожидания)
- Усовершенствованное создание и смешивание ПЦР смеси
Оценка времени, необходимого для выполнения задания
Много прочих функций
1 1 .6 П Р И Л О Ж Е Н И Е G - Н О В Ы Е Э Л Е М Е Н Т Ы В V 4 . 7
176
--- стр. 178 ---
О О О « И н т е р Л а б С е р в и с » -
о ф и ц и а л ь н ы й д и с тр и б ь ю т о р п р о д у к ц и и Q IA G E N в России
1 15 035, М о с к в а , ул . С а д о в н и ч е с к а я , д. 2 0 /1 3 , стр .2
% И н т е р Л а б С е р в и с
тел .: (4 9 5 ) 664 2 8 8 4 | ф акс: (4 9 5 ) 664 2889
w w w .in te rla b s e rv ic e .ru | O IA G E N @ iiite r la b s e r v ic e .r u
177