Микроскоп стереоскопический для лабораторных исследований Stemi 305 с принадлежностями — инструкция и характеристики, РУ РЗН 2018/7373 | TenderMatch

Микроскоп стереоскопический для лабораторных исследований Stemi 305 с принадлежностями — инструкция и характеристики

РУ: РЗН 2018/7373 от 19.07.2018 · класс риска 2а

Производитель: "Карл Цейсс Сучжоу Ко., Лтд." (Китай)

Вид изделия: Микроскоп стереоскопический

Автоматически отфильтрованный фрагмент инструкции по применению (страницы, где похоже, что есть таблица технических характеристик) — не полный документ. Карточка РУ на портале Росздравнадзора →

Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ

Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.

Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно

Текст инструкции: технические характеристики

--- стр. 6 ---
АВТОРСКИЕ ПРАВА
ZEISS
Для эксплуатации данного прибора необходимо изучить настоящее руководство. Поэтому 
ознакомьтесь с содержанием данного руководства и обратите особое внимание на указания 
по безопасной эксплуатации прибора.
Мы сохраняем за собой право на внесение изменений с целью технического 
совершенствования; данное руководство не подлежит пересмотру.
© Передача или копирование данного документа, а также использование и передача его 
содержания без соответствующего разрешения запрещены. В случае нарушения 
виновные будут обязаны выплатить компенсацию.
Все права, относящиеся к выдаче патентов и регистрации полезных моделей, 
защищены.
Carl Zeiss Suzhou Со.,Ltd 
Выпущено: Modern Industrial Square 3-
B, No. 333, Xing Pu Road, 
SIP 215126, Suzhou, China
microscopy@zeiss.com
www.zeiss.com/microscopy
Carl Zeiss Suzhou Co.,Ltd 
Modern Industrial Square 3- 
B, No. 333, Xing Pu Road, 
SIP 215126, Suzhou, China
SAP №:
Дата издания (редакция 6):
435063-7044-001 
28.01.2015 г.
435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 7 ---
ВВЕДЕНИЕ 
Общая информация ZEISS
1 ВВЕДЕНИЕ
1.1 Общая информация
Микроскоп стереоскопический для лабораторных исследований серии Stem) 305 
разработан, изготовлен и испытан в соответствии с требованиями стандартов безопасности 
DIN EN 61010-1 (IEC 61010-1) и IEC 61010-2-101 «Требования безопасности электрического 
оборудования для измерения, управления и лабораторного использования».
Данный прибор отвечает требованиям Директивы ЕС 98/79/ЕС, Приложение 1 (медицинское 
оборудование для диагностики в лабораторных условиях). Директивы 2011/65/ЕС 
(об ограничении использования некоторых вредных веществ в электрическом и электронном 
оборудовании) и имеют маркировку С €•
В настоящем руководстве приведены сведения и предупреждения, которые должны 
соблюдаться оператором.
Утилизация приборов должна выполняться в соответствии с Директивой ЕС 2012/19/ЕС 
(утилизация отходов производства электрического и электронного оборудования).
В руководстве используются следующие предупреждающие и уведомляющие символы:
ОСТОРОЖНО!
Ж Данный символ является предупреждением, указывающим на  
потенциальную опасность для пользователя.
Ж
ОСТОРОЖНО!
Светодиод группы риска 2 согласно DIN EN 62471:2009.  
Световое излучение. Избегайте прямого воздействия  
светового излучения на органы зрения. Это может привести  
к повреждению глаз.
ОСТОРОЖНО! Ультрафиолетовое излучение большой  
мощности!
Опасность повреждения глаз и кожного покрова!
А
ОСТОРОЖНО!
Горячая поверхность!
ОСТОРОЖНО!
Перед любым вмешательством в работу прибора  
отключите кабель питания!
ш
ВНИМАНИЕ!
Данный символ обозначает потенциальную опасность  
повреждения прибора или системы.
12? ВНИМАНИЕ!
Данный символ обозначает информацию, которая требует  
особого внимания.
Янв. 2015 г. 435063-7044-001


--- стр. 8 ---
ZEISS
ВВЕДЕНИЕ
Указания по технике
безопасности
1.2 Указания по технике безопасности
А
А
А
Ш
А
А
А
При невозможности соблюдения какой-либо меры предосторожности эксплуатация 
прибора должна быть прекращена, а прибор должен быть защищен от случайного 
срабатывания. При необходимости ремонта прибора обращайтесь в отдел 
обслуживания компании Zeiss или Carl Zeiss Microscopy.
Необходимо соблюдать указания по технике безопасности и установке микроскопа 
Stemi 305 (4350636044-008), указания по эксплуатации Stemi 305 (435063-8044-000), а 
также указания по эксплуатации источников света.
Не допускается использование прибора и его принадлежностей, включенных в 
комплект поставки, в потенциально взрывоопасной среде, а также при наличии 
парообразных анестетиков или воспламеняемых растворителей (например, спирт, 
бензол и другие химические вещества).
Эксплуатация прибора осуществляется только теми лицами, которые ознакомлены 
с потенциальными опасностями в связи с использованием микроскопов и сферами их 
применения. Микроскоп представляет собой высокоточный прибор, неправильное 
обращение с которым может привести к ухудшению его характеристик или выходу 
из строя.
Перед вводом прибора в эксплуатацию убедитесь, что имеющийся источник питания 
подходит для прибора.
Перед открытием прибора убедитесь, что сетевая вилка отсоединена от розетки.
Микроскоп не оснащен специальными устройствами для защиты от коррозии, 
потенциально инфекционных, токсичных, радиоактивных и других веществ, которые 
могут быть опасны для здоровья человека. При обращении с данными веществами 
необходимо соблюдать все законодательные требования, в частности 
соответствующие национальные правила техники безопасности по предупреждению 
несчастных случаев.
Светодиодные осветители отраженного и проходящего света классифицируются в 
соответствии с группой риска 2 для светодиодов и согласно европейскому стандарту 
DIN EN 62471:2009. Избегайте прямого воздействия светодиодного излучения на 
органы зрения.
При эксплуатации прибора с внешним источником люминесцентного излучения 
(большой мощности) старайтесь не заглядывать в оптоволоконный выход источника 
люминесцентного излучения. Это может привести к ослеплению и слепоте.
А
Никогда не накрывайте открытое гнездо световода или оптоволоконный выход. Это 
может привести к возникновению пожара!
Во всех случаях избегайте накрытия открытого гнезда световода или оптоволоконного 
выхода рукой или любой другой частью тела. Это может привести к ожогам!
435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 9 ---
ВВЕДЕНИЕ
Указания по технике
безопасности
ZEISS
А
А
А
Ш
Ш
Ш
Безопасное отключение от сети питания обеспечивается только за счет отключения 
сетевой вилки. Выключатель на микроскопе осуществляет переключение только в 
режим ожидания.
Запрещается осуществлять замену съемных кабелей питания кабелями с 
несоответствующими характеристиками. Необходимо ислользовать только указанные 
кабели питания.
Микроскоп и светодиодный контроллер К оснащены настольным блоком питания с 
диапазоном напряжения от 100 до 240 В ±10 % и частотой 50 / 60 Гц без 
необходимости изменения установки напряжения в приборе.
Настольный блок питания отвечает требованиям класса защиты II (с защитной 
изоляцией). В случае повреждения корпуса дальнейшая эксплуатация блока питания 
запрещается. Эксплуатация микроскопа допускается только с настольным блоком 
питания, входящим в комплект поставки.
Замена ламп на источнике люминесцентного излучения осуществляется только в 
соответствии с руководством по эксплуатации от производителя. В случае 
несоблюдения соответствующих указаний существует опасность получения ожогов и 
воспламенения при замене ламп.
Утилизация неисправных приборов вместе с бытовыми отходами не допускается; 
необходимо руководствоваться положениями соответствующих законодательных 
актов.
Утилизация образцов осуществляется также согласно положениям соответствующих 
законодательных актов и внутренних правил эксплуатации.
Микроскоп стереоскопический Stemi 305 и принадлежности к нему допускается 
применять только по методикам, изложенным в настоящем руководстве. 
Производитель не несет ответственности в случае применения прибора, его модулей 
или отдельных деталей в иных целях. Внесение изменений и техническое 
обслуживание микроскопа и других приборов, спряженных с ним, осуществляется 
только обслуживающим персоналом нашей компании или уполномоченными 
специалистами. Производитель прибора не несет никакой ответственности за его 
повреждение по причине вмешательства неуполномоченных лиц. Более того, 
подобные вмешательства приведут к аннулированию всех гарантийных
Грязь и пыль могут ухудшить характеристики прибора. Поэтому прибор должен быть 
максимально защищен от подобного воздействия, а неиспользуемый микроскоп 
должен накрываться пылезащитным чехлом. Перед накрытием прибора убедитесь, что 
он действительно выключен. Существенные колебания температуры, прямое 
воздействие солнечного света и вибрации должны быть исключены.
Блокировка или закрытие вентиляционных отверстий может привести к 
теплообразованию, которое может вызвать повреждение прибора и даже 
возникновение пожара. Вентиляционные отверстия должны всегда оставаться 
открытыми. Не допускайте попадания в них посторонних предметов. Все 
электрические компоненты и блоки должны быть расположены на удалении не менее 
15 см от источников нагревания.
Янв. 2015 г. 435063-7044-001


--- стр. 10 ---
ZEISS
ВВЕДЕНИЕ
Указания по технике
безопасности
ш
ш
ш
При эксплуатации Stemi 305 соблюдайте соответствующие указания, включая меры 
предосторожности перед вводом прибора в эксплуатацию.
При необходимости эксплуатации Stemi 305 с внешним оптоволоконным источником 
люминесцентного излучения соблюдайте соответствующие указания, включая меры 
предосторожности перед вводом данного источника прибора.
Не допускайте контакта настольного блока питания с влагой.
Для транспортировки на большие расстояния прибор должен быть частично разобран и 
перевозиться в оригинальной упаковке.
Для транспортировки на большие расстояния используйте оригинальную упаковку 
или транспортировочный кейс для Stemi 305/508 и для Stemi 305
Для подключения светодиодных осветителей для системы Stemi 305 используются 
шестиштыревые модульные соединители, предназначенные для телекоммуникаций 
(тип: RJ 12).
К гнездам RJ 12 на корпусе микроскопа и штативах подключаются только 
подходящие светодиодные осветители. Необходимо использовать только 
соединительные кабели, поставляемые вместе с прибором.
Не допускается использование коммерчески доступных кабелей с соединителями RJ 12 
или подключение к гнездам RJ 12 Stemi 305 факсов, модемов или другого 
телекоммуникационного оборудования.
10 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 14 ---
ZEISS
ОПИСАНИЕ
Типы микроскопов и сферы 
_______применения_______
Рис. 4. Микроскоп типа Stem! 305 на  
штативе К EDU
2.3 Типы микроскопов
Stem! 305 на штативе К EDU
• корпус stem! 305 на штативе К EDU;
• встроенный регулируемый 
вертикальный осветитель;
• точечный осветитель отраженного света 
с регулировкой высоты и угла, 
масштабируемый;
• компактный блок проходящего света для 
светлого и темного поля;
• для применения в лабораторных 
условиях.
Stem! 305 на штативе К LAB:
• корпус Stemi 305 на штативе К LAB;
• встроенный регулируемый 
вертикальный осветитель;
• точечный двойной осветитель с 
регулировкой высоты и угла;
• модуль отраженного света для светлого 
и темного поля и рельефного контраста;
• подставка для рук (по заказу);
• для применения в лабораторных 
условиях.
Рис. 5. Микроскоп типа Stemi 305 на  
штативе К LAB
Полный перечень штативов представлен в приложении 1.
14 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 15 ---
ОПИСАНИЕ 
Интерфейсы на корпусе 
микроскопа Stem! 305
ZEISS
2.4 Механические интерфейсы на  
корпусе микроскопа Stemi 305
1 Дополнительное крепление для 
окулярных вставок диаметром 26 мм.
2 Тубус для съемных окуляров.
3 Переходник цифровой камеры
с диагональю до 2/3 дюйма (только 
для Stemi 305 trino).
Внутренняя резьба М52х1,0 для 
крепления фронтальной линзы и других 
приспособлений.
Крепление диаметром 66 мм для 
кольцевого осветителя.
Крепление диаметром 76 мм для 
корпуса микроскопа.
Крепление диаметром 84 мм для 
предметных столов и съемных пластин.
Направляющая для крепления 
точечного осветителя отраженного 
света.
Резьба М8 для крепления внешних 
осветительных устройств 
(только штатив К).
Рис. 7. Механические интерфейсы на  
микроскопе Stemi 305 со штативом К  
LED (схематическое изображение)
При помощи интерфейса диаметром 76 мм 
Stemi 305 может также применяться в 
сочетании с другими штативами из 
модульного комплекта системы
стереомикроскопа; на штатив К также могут 
устанавливаться и другие микроскопы ZEISS 
(например, Stemi 508).
Фронтальные линзы, Stemi 305
• Наружная резьба М52х1,0 для крепления 
в корпусе Stemi 305.
• Внутренняя резьба М49х0,75 для 
крепления оптических фильтров и 
анализатора для работы в 
поляризованном свете.
Рис. 8. Фронтальная линза, Stemi 305  
(пример)
Янв. 2015 г. 435063-7044-001 15


--- стр. 16 ---
ZEISS
ОПИСАНИЕ 
Обзор системы
2.5 Обзор системы
Обзор системы см. в Приложение 1.
Характеристики комплектуюющих и принадлежностей см. в Прилоежниии 3 и Приложении 4.
16 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 17 ---
ZEISS
ОПИСАНИЕ
Технические данные
2.6 Технические данные Система  
микроскопа Stemi 305 на штативе К  
EDU. Размеры:
Допустимая погрешность +/- 5%.
Система микроскопа Stem! 305 на  
штативе К LAB. Размеры:
Масса
Stem! 305 на штативе К EDU не более. 4,6 кг
Масса
Stemi 305 на штативе К LAB не более. 6,2 кг
Допустимая погрешность +/- 5%.
18 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 18 ---
ОПИСАНИЕ
Технические данные ZEISS
Условия окружающей среды  
При хранении (в упаковке)
Допустимая температура окружающей среды........................................................... от 10 до 40 °С
Допустимая влажность воздуха..........................................не более 75 % при температуре 35 °С
(без конденсации)
При транспортировке (в упаковке)
Допустимая температура окружающей среды.................................................... от -  40 до + 70 °С
При эксплуатации
Допустимая температура окружающей среды.................................................... от + 10 до + 40 °С
Допустимая влажность воздуха.....................................................................................не более 75 %
Атмосферное давление .........................................................................................от 800 до 1060 гПа
Стелень загрязнения................................................................................................................................2
Область применения..........................................................................................закрытые помещения
Высота области применения......................................................................................не более 2000 м
Эксплуатационные данные: настольные блоки питания, микроскоп  
и светодиодный контроллер К
Класс безоласности.................................................................................................................................II
Исполнение.......................................................................................................................................IP 20
Электробезопасность..............................соответствие стандарту DIN EN 61010-1 (IEC 61010-1)
с учетом правил CSA и UL
Степень загрязнения................................................................................................................................2
Категория перенапряжения.....................................................................................................................2
Напряжение сети питания...............................................................................от 100 до 240 В ± 10 %
В связи с тем, что прибор оснащен блоком питания с возможностью работы при различных 
напряжениях, регулировка напряжения не требуется!
Частота напряжения сети питания...............................................................................от 50 до 60 Гц
Энергопотребление: настольный блок питания с подключенным микроскопом не более 40 ВА 
На выходе настольного блока литания для микроскола
и светодиодного контроллера К ...........................................12 В лостоянного тока, не более 2 А
На входе настольного блока литания для микроскопа
и светодиодного контроллера К ........................................100-240 В, 50-60 Гц, не более 0,55 А
Янв. 2015 г. 435063-7044-001 19


--- стр. 19 ---
ZEISS
ОПИСАНИЕ
Технические данные
Классификация оптических приборов по группе риска согласно DIN EN 62471:2009
Прибор в сборе .............................................................группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Встроенный вертикальный осветитель ...................группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Точечный осветитель К LED
(освещение отраженным светом) ............................группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Точечный двойной осветитель К LED
(освещение отраженным светом) .............................группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Блок проходящего света на штативе К LAB ............группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Блок проходящего света на штативе К EDU ...........группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Светодиодный осветитель
отраженного света, макс, при 460 нм......................группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Светодиодный осветитель
проходящего света, макс, при 465 нм.....................группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Дополнительные характеристики см. в Приложении 5.
20 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 20 ---
УСТАНОВКА 
Общая информация ZEISS
3 УСТАНОВКА
3.1 Общая информация
р-' т. Перед установкой и ввода прибора в эксплуатацию внимательно прочитайте 
указания по технике безопасности (см. раздел 1.2, стр. 8).
Микроскоп stem! 305 вместе с необходимыми инструментами и дополнительным 
оборудованием поставляется в нескольких стандартных упаковках.
• Достаньте все блоки из упаковки и проверьте их наличие в соответствии с накладной.
P'7 -:. Для установки и (или) транспортировки микроскопа или штатива пользуйтесь 
специальной ручкой (рис. 3/5).
• Удалите крепежные приспособления для транспортировки (клейкую ленту и т. д.)
• Сохраните оригинальную упаковку на случай длительного хранения прибора, его 
возврата производителю или надлежащей утилизации.
3.2 Установка микроскопа
• Установите штатив на ровную и надежную 
опору.
• Если корпус Stem! 305 (рис. 10/2) еще не 
установлен, вставьте его в опору Stem! 
(рис. 10/4), выполните его выравнивание и 
закрепите при помощи зажимного винта 
(рис. 10/6).
Необходимый торцевой ключ (рис. 10/9) 
находится в основании в задней части 
прибора.
• Если два окуляра (рис. 10/1) еще не 
установлены, вставьте их до упора в 
тубус окуляра.
• Снимите две защитные крышки с окуляров 
(рис. 9/1) и защитную крышку (рис. 9/2) с 
объектива при помощи вращения.
Янв. 2015 г. 435063-7044-001 21


--- стр. 22 ---
УСТАНОВКА
Установка дополнительных
компонентов
ZEISS
3.3 Установка дополнительных компонентов
3.3.1 Установка дополнительного осветителя отраженного света
В зависимости от области применения могут быть использованы различные 
осветители. Для крепления на микроскопе имеются определенные интерфейсы.
3.3.1.1 Установка точечного или
точечного двойного осветителя
• Переместите корпус микроскопа 
(рис. 12/1) в крайнее верхнее положение 
при помощи регулятора фокусировки 
(рис. 12/2).
• Установите точечный осветитель 
(рис. 12/7) на штатив, устанавливая 
держатель (рис. 12/5) в направляющую 
штатива (рис. 12/4) снизу вверх до 
нужного положения.
• Вставьте соединительный кабель 
(рис.12/6) точечного осветителя в 
нижнее гнездо опоры Stem! (рис. 12/3).
Установка точечного двойного
1 3 осветителя осуществляется 
аналогично.
Рис. 12. Установка точечного  
осветителя
Янв. 2015 г. 435063-7044-001 23


--- стр. 23 ---
ZEISS
УСТАНОВКА
Установка дополнительных
компонентов
Рис. 13. Установка кольцевого  
осветителя на корпусе  
микроскопа
Рис. 14. Установка кольцевого  
осветителя на фронтальную  
линзу 3
3.3.1.2 Установка светодиодного
кольцевого осветителя К  
(сегментируемого)
Установка кольцевого осветителя на
корпусе микроскопа
• Вставьте соединительный кабель 
(рис. 13/1) кольцевого осветителя 
(рис. 13/4) в нижнее гнездо 
фис. 13/2) опоры Stemi и в гнездо 
кольцевого осветителя.
• Вставьте кольцевой осветитель 
снизу в корпус микроскопа 
(рис. 13/3) и закрепите его при 
помощи винта с накатанной 
головкой (рис. 13/5).
Установка кольцевого осветителя на  
фронтальную линзу 3
• Установите переходник с прорезью
(рис. 14/4), поставляемый вместе с 
прибором (наружный диаметр
66 мм, внутренний диаметр 58 мм), 
на фронтальную линзу (рис. 14/1) 
снизу. Установочное кольцо (рис. 
14/3) внутри переходника
необходимо зафиксировать на 
наружной канавке (рис. 14/2) линзы.
• Установите кольцевой осветитель
(рис. 14/6) на переходник и
закрепите его при помощи
зажимного винта (рис. 14/7).
Наилучшая 
достигается, 
(рис. 14/5) 
зажимной
фиксация 
когда прорезь 
переходника и 
винт (рис. 14/7)
осветителя поворачиваются в 
горизонтальной плоскости
относительно друг друга на 90°.
24 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 24 ---
УСТАНОВКА
Установка дополнительных
компонентов
ZEISS
3.3.1.3 Внешний источник света
Включите внешний источник 
света (рис. 15/1), отрегулируйте 
интенсивность освещения и 
установите освещение при 
помощи двух S-образных 
гибких световодов (рис. 15/2) 
таким образом, чтобы 
обеспечивалась оптимальная 
освещенность образца.
Рис. 15. Установка внешнего  
источника света
Для этого также см. отдельные 
инструкции по эксплуатации, 
касающиеся источника 
холодного света.
3.3.1.4 Установка насадок на окуляры
Окуляры оснащены резиновыми насадками, защищающими очки 
пользователя от царапин. При желании данные насадки для очков могут 
быть заменены антибликовыми насадками для окуляров (рис. 16/1).
• Для этого снимите защитные кольца для очков (рис. 16/2) с 
окуляров и установите антибликовые насадки (рис. 16/1).
3.3.1.5 Дополнительные вставки в  
окуляр
Регулируемые окуляры могут 
использоваться вместе с
дополнительными вставками (окуляр- 
микрометры, сетчатые микрометры и др.).
• Отвинтите упор (рис. 16/6) от 
окуляра (рис. 16/3).
• Извлеките стопорное кольцо
(рис. 16/4).
• Вставьте дополнительную вставку в 
окуляр (рис. 16/5).
• Вставьте стопорное кольцо обратно 
и привинтите упор.
Если вставка окуляр-
микрометра осуществляется 
пользователем, то установкой 
необходимо убедиться в 
наличии перевернутого
изображения, а после вставки -  
в наличии конгруэнтного 
изображения.
Для вставки или замены пластин окуляров необходимо надевать чистые 
хлопчатобумажные перчатки.
Рис. 16. Установка дополнительной  
вставки в окуляр
Янв. 2015 г. 435063-7044-001 25


--- стр. 25 ---
ZEISS
УСТАНОВКА
Подключение стереомикроскопа к сети питания
Небольшое смещение изображения из-за толщины дополнительного стекла, которое 
учитывается на диоптрийной шкале по исходному положению, отображается не белой 
(рис. 16/W), а красной точкой (рис. 16/R).
Окуляры с заранее вставленными дополнительнымивтавкми можно заказать 
непосредственно у компании ZEISS.
3.4
3.5
Подключение микроскопа к сети  
питания
Вставьте кабель питания (рис. 17/2) в 
гнездо питания (рис. 17/1) на штативе.
Подключите кабель питания (рис. 17/2) к 
розетке сети питания.
Включение и  
выключение микроскопа
Для включения и выключения 
стереомикроскопа используйте 
переключатель питания (рис. 17/3),
Рис. 17. Подключение микроскопа
л Безопасное отключение от сети питания обеспечивается только за счет 
/ | \  отключения сетевой вилки. Выключатель на микроскопе осуществляет 
‘ ‘ ^ переключение только в режим ожидания.
Запрещается осуществлять замену съемных кабелей питания кабелями с 
несоответствующими характеристиками. Необходимо использовать только 
указанные сети питания.
Ш
26 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 26 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ 
Регулировка стереомикроскопа ZEISS
4 ЭКСПЛУАТАЦИЯ
4.1 Регулировка стереомикроскопа
Итак, микроскоп уже подключен и включен.
1. Расположите образец (рис. 18/7) по 
центру на стеклянной или пластиковой 
вставки (рис. 18£) и осветите его (рис. 
18/5).
Функциональные возможности 
регулятора для осветителя 
отраженного света описаны в 
разделе 4.2 на стр. 28.
2. Установите компенсацию диоптрий на 
регулируемых окулярах (рис. 18/1) на 
«О».
«О» на белой точке (без 
дополнительной вставки в 
окуляр). «О» на красной точке (со 
вставкой), см. рис. 19.
Проверьте, чтобы окуляры были 
вставлены в тубус до упора.
3. Установите межзрачковое расстояние 
за счет перемещения окуляров в 
стороны (рис. 18/2) до тех пор, пока 
через оба окуляра не будет видно 
только одно полное световое пятно 
(поле образца).
р-;-:. Для этого между глазами и 
окулярами должно удерживаться 
расстояние около 2 см.
Рис. 18. Регулировка
стереомикроскопа
Рис. 19. Регулировка окуляров
4. Сначала установите масштабирование (рис. 18/3) на минимальное увеличение.
5. Сфокусируйтесь на какой-либо конкретной точке в центре образца (рис. 18/4).
6. Установите максимальное значение масштабирования (рис. 18/3). Возможно, 
увеличение сделает данную точку расплывчатой, и она уже не будет располагаться 
в центре изображения.
7. Увеличьте резкость изображения образца за счет фокусировки, затем переместите 
образец, найдите эту же точку и выполните точную фокусировку (рис. 18/4).
8. После этого установите масштабирование на минимальное значение и устраните 
расплывчатость изображения для каждого глаза отдельно за счет компенсации 
диоптрий на регулируемых окулярах (не при помощи регулятора фокусировки, 
рис. 18/4) (компенсация аметропии).
9. После регулировки стереомикроскопа фокус остается без изменения на протяжении 
всего диапазона масштабирования.
При смене наблюдателя необходимо повторить указанные выше пункты
3-8.
Янв. 2015 г. 435063-7044-001 27


--- стр. 29 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Настройка освещения
отраженным светом
4.2.4 Кольцевой осветитель
• Последовательным нажатием кнопки 
(рис. 23/2) пользователь может выбрать 
один из четырех режимов освещения 
кольцевого осветителя (рис. 23/3):
1. Нажатие: полный круг.
2. Нажатие: полукруг.
3. Нажатие: сектор.
4. Нажатие: два сектора (противоположные 
друг другу).
• При включении режима освещения 
полукругом или сектором освещение 
образца начинается со стороны стойки 
штатива.
• Однократным нажатием кнопки (рис. 23/1) 
регулируемый сегмент поворачивается по 
часовой стрелке на четверть оборота при 
каждом нажатии.
• Нажатием и удержанием кнопки (рис. 23/1) 
в течение более 2 секунд регулируемый 
сегмент устанавливается в режим 
непрерывного вращения (шаг вращения 1/8 
круга, 1 секунда на оборот при каждом 
нажатии).
Повторным нажатием кнопки (рис. 23/1) вращение останавливается, и образец снова 
освещается сзади.
Для включения/выключения и регулировки интенсивности освещения см. 
раздел 4.2.1, стр. 28.
Рис. 23. Кольцевой осветитель
30 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 30 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Настройка освещения
отраженным светом
ZEISS
4.2.5 Светодиодный контроллер К
Контроллер К (рис. 24/4) используется 
для активации вертикального освещения 
корпуса Stem! 305 или кольцевого 
осветителя в случае применения с 
телескопическими штативами U или 
дополнительными штативами.
• Установка штативов U, включая
крепление корпуса Stem! 305 к опоре 
Stemi, описана в инструкциях по 
эксплуатации телескопических
штативов.
• Привинтите систему фронтальных 
линз 0,5х/185мм (рис. 24/9) к корпусу 
микроскопа.
• При использовании кольцевого
осветителя присоедините его к 
системе фронтальных линз (рис. 24/9) 
при помощи переходника,
поставляемого вместе с прибором 
(внутренний диаметр 58 мм, наружный 
диаметр 66 мм).
• Прикрепите клейкую сторону 
магнитной пластины (рис. 24/7) к 
подвижному штативу .
• Вставьте соединительный кабель, 
поставляемый вместе с прибором 
(длина 1  м) (рис. 24/2), в гнездо 
(рис. 24/8) на корпусе микроскопа или 
кольцевого осветителя и в гнездо 
(рис. 24/3) на задней стороне 
контроллера К (рис. 24/4).
• Расположите контроллер К (рис. 24/4) рядом с магнитной пластиной (рис. 24/7).
• Подключите контроллер К к блоку питания (рис. 24/1).
• Выполните выравнивание подвижного штатива с (рис. 24/6) для обеспечения 
эргономичного рабочего положения.
• Вращайте регулятор (рис. 24/5) на контроллере К для включения вертикального 
(или кольцевого) осветителя и регулировки интенсивности освещения.
• Расположите образец в освещенном поле.
• Установите начальные настройки стереомикроскопа (см. раздел 4.1 на стр. 27).
Рис. 24. Светодиодный контроллер К
Янв. 2015 г. 435063-7044-001 31


--- стр. 31 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Осветители проходящего света
Рис. 25. Модуль проходящего света на  
штативе К EDU
4.3 Осветители проходящего света
4.3.1 Модуль проходящего света на  
штативе К EDU
Включите освещение проходящим 
светом нижним регулятором (рис. 25/2).
При включенном проходящем свете 
вращайте данный регулятор для 
регулировки интенсивности освещения.
При помощи рычага (рис. 25/3) 
осуществляется переключение
освещения по методам светлого и 
темного поля.
- Переднее положение: темное поле 
(DF).
-  Заднее положение: светлое поле (BF).
Нажмите верхний регулятор 
(рис. 25/1) для совмещения с 
отраженным светом (см. раздел 4.2 
на стр. 28).
32 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 41 ---
Сайт: www.optecgroup.com
оптэк
Объединяя решения
ООО «оптэк»
Телефон: 8-800-2000-567 
(звонок по России 
бесплатный)
Факс: (495) 933-51-55
Электронная почта: 
servicedesk@optecgroup.com
44 435063-7044-001 Янв. 2015 г.


--- стр. 42 ---
Приложение 1
Коитрсил*р огмтигалл  
МС 750.
к«илролл*р осмтигем  
МС 1000
К втролм р «cavTMTtJM 
смтодиодного К.
Stemi 305 со  
штативом К МАТ
Stemi 305 со  
штативом К EDU
Stemi 305 со  
штативом К LAB
*Осмтмтея» точечиии
сж«1одиоднн )1 CasACO 
+ *Помрммгор точгч-  
инй для ocMTVfTtm
‘Стержень удлмиигеяемый
LiJraTHB К EDU / К МАТ
•Кемс транспортировочный для Stemi 305/S08  
•Кейс транспортировочный для Stemi 305
Штатив К LAB
Лии1а фронталеная 3 O.Si 
*тст 1но10чиое юямю
Лини фроитаяьмм 3 0.75* Лммм фронтальная 3 1,5» Лмны фронтальная 3 2.0*  
‘устанооочное яолыдо ‘ устаиоаочное кольцо Атаноаочное кольио
^ Для штативов К
Аналюатор/втягтром 46 ми  
с паротоднмч иоям«о*|| дмама-  
тром 52 нм
Осмтнтеяь «ояьцемм смтодивАнни  
Осогппель кальцоаом сьстодмодний CasyLED
контрояяер осястшеля
МС 750.
Контроллер осмплсля  
»4С 1000.
контроллер осоетктсля
ч«»вл амлеиацитнми.  
Набор пилеморегнин 1.  
Набор пмлезащитммн 2,  
Салфетки да* чмстяи оатти
Вставка стеклянная, диаметр м  мм 
Встаяка стеклянная проарачная, диаметр 14 ы 
Встаема стемяииая матояая, диаметр 44 мм  
вставка с клейким локрвггнем. диаметр 44 мм
Модуль проходящего света М LED
Вставка чермо^слая пластиковая для штатива к 
встаека черно-бели пластикомя. диаметр 44 мм.
‘ Полярилатор S
‘ помцим без рисунка


--- стр. 43 ---


--- стр. 44 ---
Вставка S металличе­
ская. 237 х 157 х 3
Вставка S стеклянная. 
237x157x3 мм Рамка для столика 
предметного моша>тая
Встмм '«ерно-^лм пл«спми>-  
и я  дм  U/T3THM К.
Встмма че(жо-белт пмстмко'  
ыя. диаметр и**
Встата сгмлянная, диаметр
Вставка стекмню*  *  прозрач- встаем стмлмтная  
ная, дааи*^ 84 им. мтовая, диаметр S4
Вставка с кяеиким 
покрсктием, диаметр
Препаратоводигеле
Препарате держ
Столик предметньм  
скользяи^й
Столик предметный  
скользящий механическим
Столик предметним скольм- [  
щ т  вращмндиися
столик пре^аетмми  
накясжнмй вращаюирапсн
Лямбда-ал а стм иэ 
а слайдере
Вставка стеклянная, диаметр 72
Столик прсдметнии  
шарммрмыи
Адаптер для столика  
предметного
0
Крепление корпуса 
лмкроскопа Steini для  
колонны с приводом
•Адаптер для осве- ^  
тителя
Штатив К
Креплега^е корпуса 
микроскопа StefTH U
*0сНОваНИе для осветителя (стммтся рядом со штативом мифосиии.
сколу не крелктся}
•Основание штатива SDA 
+
Штанга выносная (не более 2 шт.)
*Штанга выносная поворотная для BMS. 
*Штанга выносная поворотная U.
*Штанга выносная поворотная двойная SDA.
•Штанга выносная поворотная.
Основание штатива для колонны диаме­
тром 32 мм.
Основание штатива для колонны диаме­
тром 32 мм тяжелое.
Колонна штатива, размеры 32 мм/б50 мм. 
Колонна вяатива, размеры 32 мм/450 мм. 
Колонна штатива, размеры 32 мм/350 мм.
Вставка черно-белая пластико­
вая, диаметр 120 мм •Позиция без рисунка


--- стр. 45 ---


--- стр. 46 ---
Переходник S, диаметр
Контроллер осветителя свето­
диодного К
Блок литания
Осветитель 
кольцевой 
щелевой 1500
Осветитель
диффузный
длина 1 м 
Осветитель кольцевой 
щелевой 1500 ECO, 
длина 2 м
Осветитель
вертикальный
Держатель осветителя
5ажимдля световода
Насадка фокусиру- :  
ющая, диаметр 6 J
Поляризатор для и
фокусирующей j
насадки на световод J
Насадка фокусирующая 
с комплектом свето­
фильтров
Световод гибкий, диаметр 8 
мм. длина 1000 мм
Световод с фокусирующей 
осадкой, диаметр б мм,  
длина 1000 мм
Световод гибкий, диаметр 5 
мм^ длина 22Х мм.
Световод гибкий двойной 
ЕС0,диам^ 4,5  
1000 мм
Световод гибкий, диаметр 5 
мм, длина 1000 мм
Световод гибкий двоимой, 
диаметр 4,5 мм. длина 620 
мм
О^овод гибкий, диаметр  
4.5 мм, длина 600 мм
Осветитель линеиныи
Осветитель д иффузный
Световод гибкий, диаметр 5,6 мм, длина 
2000 мм
Световод гибкий, диаметр4,5 мм, длина  
1000 мм.
Световод гибкий, диаметр 4,5 мм, длина 
вОО мм.
Световод гибкий двойной, диаметр 5,6 мм 
длина 1000 мм.
Световод гибкий двойной, диаметр 4,5 мм
Источник холодного света CL1500 HAL+  
{Светофильтр конверсионный.
Лампа галогенная)
I Источник холодного света CL 4500 LED
I  CRI90
Источник холодного света CL 6000 LED  
Источник холодного света CL 9000 LED
Светофильтр галогенный 
Светофильтр синий 
Светофильтр зеленый 
Светофильтр желтый 
Светофильтр красный 
Светофильтр дневной 
Светофильтр нейтральный 
Светофильтр галогенный 
для источника CL45O0 LEO
Педаль ножная
'Позиции без рисунка


--- стр. 47 ---


--- стр. 48 ---
Приложение 2
Микроскоп стереоскопический для лабораторных исследований Stemi 305 с 
принадлежностями
I. Состав:
1. Корпус микроскопа, варианты исполнения: Stemi 305 / Stemi 305 trino / 
Stemi 305 cam.
2. Штатив, варианты исполнения: К EDU / К МАТ / К LAB / К / М / М LED / 
N/U.
3. Кабель соединительный для штатива К EDU / К МАТ / К LAB / К / М / М 
LED (не более 5 шт., по требованию)
4. Окуляр 10х/23 (2 шт.).
5. Крышка окуляра (2 шт.).
6. Кабель электропитания (по требованию).
7. Блок питания (по требованию).
8. Съемный носитель со специальным программным обеспечением (не более 
4 шт. - по требованию).
9. Линза фронтальная 3 0,5х / 3 0,75х / 3  1,5х / 3 2,Ох, с установочным 
кольцом (не более 4 шт. -  по требованию).
10. Крышка для корпуса микроскопа.
11. Крышка для фотопорта.
12. Насадка на окуляр защитная для очков (не более 4 шт.)
II. Принадлежности:
1. Крепление корпуса микроскопа Stemi U.
2. Крепление корпуса микроскопа S с опорой.
3. Крепление корпуса микроскопа Stemi для колонны с приводом.
4. Крепление штатива U.
5. Колонна штатива, размеры 32 мм/650 мм.
6. Колонна штатива, размеры 32 мм/450 мм.
7. Колонна штатива, размеры 32 мм/350 мм.
8. Привод грубой/тонкой фокусировки с колонной Т.
9. Основание штатива SDA.
10. Основание штатива 300 для отраженного света.
11. Основание штатива 300 для проходящего света.
12. Основание штатива для колонны диаметром 32 мм.
13. Основание штатива для колонны диаметром 32 мм тяжелое.
14. Модуль проходящего света М LED.
15. Модуль светлого поля проходящего света М LED.
16. Штанга выносная (не более 2 шт.)
17. Штанга выносная поворотная для BMS.
18. Штанга выносная поворотная и.
19. Штанга выносная поворотная двойная SDA.
20. Штанга выносная поворотная.
21. Осветитель вертикальный (не более 2 шт.).
22. Осветитель диффузный.
23. Осветитель диффузный плоский.
24. Осветитель кольцевой с неоновой лампой, в составе:
-  корпус с двумя установочными винтами
-  неоновая кольцевая трубка за проволочной сеткой
-  блок управления
-  блок питания с кабелем сетевым и комплектом из четырех адаптеров.


--- стр. 49 ---
25. Осветитель кольцевой щелевой 1500.
26. Осветитель кольцевой VisiLED S, 80-25 BF.
27. Осветитель кольцевой VisiLED S, 80-55 BF.
28. Осветитель кольцевой VisiLED S, 40-10 DF.
29. Осветитель кольцевой светодиодный.
30. Осветитель кольцевой щелевой 1500 ECO, длина 1  м.
31. Осветитель кольцевой щелевой 1500 ECO, длина 2 м.
32. Осветитель кольцевой светодиодный EasyLED.
33. Осветитель светодиодный для проходящего света EasyLED.
34. Осветитель линейный (не более 2 шт.).
35. Осветитель точечный светодиодный (не более 2 шт.).
36. Осветитель точечный светодиодный EasyLED.
37. Осветитель точечный светодиодный двойной для колонны диаметром 32 
мм, в составе:
-  осветитель точечный светодиодный двойной
-  крепление для колонны диаметром 32 мм с зажимным кольцом
-  блок управления
-  блок питания с кабелем сетевым и комплектом из четырех адаптеров.
38. Осветитель точечный светодиодный двойной для крепления S в составе:
-  осветитель точечный светодиодный двойной
-  держатель ветвей
-  блок управления
-  блок питания с кабелем сетевым и комплектом из четырех адаптеров. 
Осветитель точечный светодиодный двойной К.
Осветитель проходящего света S.
Стержень удлинительный (не более 6 шт.).
Держатель осветителя (не более 2 шт.).
Держатель осветителя шарнирный (не более 2 шт.).
Зажим для световода (не более 3 шт.).
Стопорное кольцо (не более 2 шт.).
Основание для осветителя (не более 2 шт.).
Адаптер для осветителя (не более 2 шт.).
Комплект из трех переходных колец для одновременной фиксации 
VisiLED BF+DF 
49. Держатель для VisiLED DF.
Переходник S, диаметр 66 мм, высота 57 мм.
Переходник S, диаметр 66 мм, высота 40 мм.
Контроллер осветителя МС 750.
Контроллер осветителя МС 1000.
Контроллер осветителя светодиодного К.
Контроллер осветителя МС 1500.
Источник холодного света CL 9000 LED (не более 2 шт.).
Источник холодного света CL 6000 LED (не более 2 шт.).
Источник холодного света CL 4500 LED CR190 (не более 2 шт.).
Источник холодного света CL 1500 HAL (не более 2 шт.).
Окуляр 16х/14 (не более 2 шт.).
Окуляр 16х/16 (не более 2 шт.).
Окуляр 25х/10 (не более 2 шт.).
Объект-микрометр.
Объект-микрометр калиброванный.
Микрометр окулярный со шкалой 10 мм, диаметр 21 мм (не более 2 шт.).
39.
40.
41.
42.
43.
44.
45.
46.
47.
48.
50.
51.
52.
53.
54.
55.
56.
57.
58.
59.
60. 
61. 
62.
63.
64.
65.


--- стр. 50 ---
66. Микрометр окулярный с перекрестием и шкалой 10 мм, диаметр 21 мм (не 
более 2 шт.).
67. Микрометр окулярный сетчатый, диаметр 21 мм (не более 2 шт.).
68. Микрометр окулярный с перекрестием и шкалой 14 мм, диаметр 26 мм (не 
более 2 шт.).
69. Микрометр окулярный с форматной сеткой, диаметр 26 мм (не более 2 
шт.).
70. Микрометр окулярный с перекрестием и шкалой 10 мм, диаметр 26 мм (не 
более 2 шт.).
71. Микрометр окулярный сетчатый, диаметр 26 мм (не более 2 шт.).
72. Вставка стеклянная, диаметр 84 мм.
73. Вставка стеклянная, диаметр 72 мм.
74. Вставка стеклянная, диаметр 120 мм.
75. Вставка S стеклянная, 237x157x3 мм.
76. Вставка стеклянная прозрачная, диаметр 84 мм.
77. Вставка стеклянная матовая, диаметр 84 мм.
78. Вставка черно-белая пластиковая для штатива К.
79. Вставка черно-белая пластиковая, диаметр 84 мм.
80. Вставка черно-белая пластиковая, диаметр 120 мм
81. Вставка S металлическая, 237 х 157 х 3 мм.
82. Вставка с клейким покрытием, диаметр 84 мм.
83. Поляризатор проходящего света.
84. Поляризатор S, диаметр 84 мм.
85. Поляризатор S, диаметр 75 мм.
86. Поляризатор для осветителей VisiLED и Easy LED.
87. Поляризатор для фокусирующей насадки на световод (не более 4 щт.).
88. Поляризатор точечный для осветителя EasyLED (не более 2 шт.).
89. Поляризатор К.
90. Световод гибкий, диаметр 4,5 мм, длина 600 мм.
91. Световод гибкий, диаметр 8 мм, длина 1000 мм.
92. Световод гибкий, диаметр 5,6 мм, длина 2000 мм
93. Световод гибкий, диаметр 5 мм, длина 1000 мм
94. Световод гибкий, диаметр 4,5 мм, длина 1000 мм.
95. Световод гибкий, диаметр 4,5 мм, длина 800 мм.
96. Световод гибкий, диаметр 5 мм, длина 2200 мм.
97. Световод гибкий с фокусирующей насадкой, диаметр 6 мм, длина 1000 мм.
98. Световод гибкий двойной, диаметр 5,6 мм, длина 1000 мм.
99. Световод гибкий двойной, диаметр 4,5 мм, длина 560 мм.
100. Световод гибкий двойной, диаметр 4,5 мм, длина 620 мм.
101. Световод гибкий двойной ECO, диаметр 4,5 мм, длина 1000 мм.
102. Световод гибкий двойной с креплением для колонны, диаметром 4,5 мм, 
длина 200 мм.
103. Светофильтр конверсионный (не более 2 щт.).
104. Светофильтр галогенный (не более 2 щт.).
105. Светофильтр дневной (не более 2 шт.).
106. Светофильтр синий (не более 2 шт.).
107. Светофильтр зеленый (не более 2 шт.).
108. Светофильтр желтый (не более 2 шт.).
109. Светофильтр красный (не более 2 шт.).
110. Светофильтр нейтральный (не более 2 шт.).
111 .Светофильтр галогенный для источника СЕ 4500 LED.


--- стр. 51 ---
112. Насадка фокусирующая с комплектом светофильтров (не более 8 шт.), в 
соетаве: светофильтр красный, светофильтр зеленый, светофильтр синий, 
светофильтр желтый.
113. Адаптер для столика предметного.
114. Анализатор диаметром 49 мм с переходным кольцом диаметром 52 мм.
115. Лямбда-пластина в слайдере.
116. Системный блок управления, обработки изображения и архивации данных 
(не более 2 шт.).
117. Препаратодержатель (не более 8 шт.).
118. Держатель световода (не более 16 шт.).
119. Кабели сетевые (не более 25 шт.).
120. Кабели соединительные (не более 25 шт.)
121. Камера цифровая Axiocam ERc 5s.
122. Камера цифровая Axiocam ICc 1.
123. Камера цифровая Axiocam ICc 5.
124. Камера цифровая Axiocam ICml.
125. Камера цифровая Axiocam 105 color.
126. Камера цифровая Axiocam 503 color.
127. Камера цифровая Axiocam 506 color.
128. Камера цифровая Axiocam 512 color.
129. Камера цифровая Axiocam 503 mono.
130. Камера цифровая Axiocam 506 mono.
131. Камера цифровая Axiocam 702 mono.
132. Кейс транспортировочный для Stemi 305/508.
133. Кейс транспортировочный для Stemi 305.
134. Комплект принадлежностей к камере цифровой, в составе:
- Блок питания камеры с кабелем;
- Кабель соединительный;
- Карта памяти;
- Картридер;
- Пульт дистанционного управления;
- Комплект из четырех адаптеров.
135. Лампа галогенная (не более 5 шт.).
136. Лампа неоновая (не более 5 шт.).
137. Лампа светодиодная (не более 5 шт.).
138. Модуль памяти оперативной (не более 4 шт.).
139. Монитор (не более 2 шт.).
140. Набор электрических адаптеров
141 .Насадка на окуляр антибликовая (не более 4 шт.)
142. Насадка фокусирующая, диаметр 10 мм (не более 8 шт.).
143. Насадка фокусирующая, диаметр 6 мм (не более 8 шт.).
144. Клавиатура (не более 2 шт.).
145. Мышь (не более 2 шт.).
146. Педаль ножная (не более 2 шт.).
147. Перекрестие окулярное (не более 3 шт.).
148. Подставка для рук.
149. Препаратоводитель (не более 2 шт.).
150. Рамка для столика предметного монтажная
151. Рамка для столика предметного переходная.
152. Стекло защитное (не более 2 шт.).
153. Столик предметный скользящий.
154. Столик предметный скользящий механический.


--- стр. 52 ---
155. Столик предметный скользящий вращающийся
156. Столик предметный наклонный вращающийся.
157. Столик предметный щарнирный.
158. Указатель окулярный (не более 4 щт.).
159.Чехлы для окуляров двойные (не более 2 шт.)
160.Чехлы для окуляров одинарные (не более 4 щт.)
161. Чехол пылезащитный (не более 10 щт.):
-  Чехол пылезащитный, размер 450х 150x500 мм
- Чехол пылезащитный, размер 650x270x500 мм
-  Чехол пылезащитный, размер 300x190x400 мм
-  Чехол пылезащитный, размер 570x135x650 мм
-  Чехол пылезащитный, размер 650x200x570 мм
-  Чехол пылезащитный, размер 520x240x470 мм
-  Чехол пылезащитный, размер 300x190x500 мм.
162. Набор пылезащитный 1, в составе: чехол пылезащитный 650x200x570 мм, 
чехол для окуляров двойной или 2 чехла для окуляров одинарных, заглущка 
защитная,
163. Набор пылезащитный 2, в составе: чехол для окуляров двойной или 2 чехла 
для окуляров одинарных, заглущка защитная.
164. Салфетки для чистки оптики (не более 5 уп.).
165. Плата видеозахвата (не более 2 щт.).
166. Разветвитель (не более 2 щт.).
167. Жесткий диск (не более 2 щт.).
168.Отвертка сервисная SW1.5 (не более 2 щт.).
169.Отвертка сервисная SW2.0 (не более 2 щт.).
170.Отвертка сервисная SW3.0 (не более 2 щт.).
171.Отвертка сервисная SW5.0 (не более 2 щт.).
172.Ключ щестигранный сервисный (не более 4 щт.).


--- стр. 53 ---
Приложение 3
Техническая характеристика комплектующих
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
Корпус микроскопа 
Stemi 305
435063-
9000-000
Предназначен для получения 
стереоскопического увеличенного 
изображения объекта Оптическая 
схема Грену Coдepжv^т систему 
переменного увеличения с 
коэффициентом 5:1. Угол наклона 
окулярных трубок 45®  Окуляры 
кратностью 10х, поле зрения 23 мм.
Соединительные кабели
1,24 180x120x15
о
л *
Корпус микроскопа 
Stem! 305 trino
35063-9010-
000
Предназначен для получения 
стереоскопического увеличенного 
изображения объекта и 
фотографирования объектов 
Оптическая схема Грену. 
Содержит систему переменного 
увеличения с коэффициентом 5:1 
Угол наклона окулярных трубок 
45® . Окуляры кратностью 10х, поле 
зрения 23 мм. Соединительные 
кабели.
1,32 180x120x15
о


--- стр. 54 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
3. Корпус микроскопа 
Stemi 305 cam
35063-9020-
000
Предназначен для получения 
стереоскопического увеличенного 
изображения объекта и 
фотографирования объектов на 
встроенную фотокамеру. 
Оптическая схема Грену. 
Содержит систему переменного 
увеличения с коэффициентом 5:1 
Угол наклона окулярных трубок 
45° Окуляры кратностью Юх. поле 
зрения 23 мм Соединительные 
кабели
1,68 180x120x15
о
4"
1
4. Штатив К EDU 435425-
9000-000
(включая стеклянную  
пластину и
пылезащитный чехол)
Интерфейс: диаметр 84 
мм для ступени, колонна 
диаметром 250 мм с 
приводом и ручкой, 
диапазон подъема 145 
мм, диаметр крепления 
76 мм.
Допустимая нагрузка 5кг 
Регулируемое крепление;
2 гнезда для IVI (что 
это?) и осветителя К LED 
RL (что означает?) 
контроль для 
вкл/выкл/регулирования 
яркости
Встроенный блок 
питания
12V DC 24W/100...240V 
AC/50...60HZ 
Включает стеклянную и
4,1 Размер
основания;
310мм X  
200мм X  35 
мм
Рабочая
поверхность
195x160 мм


--- стр. 55 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
черно-белый 
пластиковую пластину 
______размером______
5. Штатив К МАТ 435425-
9020-000
Интерфейс: диаметр 84 
мм для ступени, колонна 
диаметром 250 мм с 
приводом и ручкой, 
диапазон подъема 145 
мм, диаметр крепления 
76 мм.
Допустимая нагрузка 5 кг 
Регулируемое крепление: 
2 гнезда для IV1 (что 
это?) и осветителя К LED 
RL (что означает?) 
контроль для 
вкл/выкл/регулирования 
яркости
Включает черно-белый 
пластиковую пластину 
размером 84 х 5 мм 
Функция ESD защиты: 
антистатическая 
поверхности 
(для чего пластина? как 
выглядит?)
и пылезащитный чехол
4,1 Размер
основания:
310мм X  
200мм X  35 
мм
Рабочая
поверхность
195x160 мм


--- стр. 56 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
6. Штатив К LAB 435425-
9010-000
(включая стеклянную  
пластину и
пылезащитный чехол)
Рабочая поверхность 
195x160 мм - 
Интерфейсы D = 84 мм 
для ступеней и d = 45 мм 
для TL поляризатора
- Колонна 250 мм с 
приводом и ручкой,
диапазон подъема 145 мм 
- Stem! крепление d = 76 
мм, (что это?) 
Допустимая нагрузка 5 
кг, регулируемое трение 
- Встроенный 
светодиодный (LED) 
блок просвечивания с 
возможностью вращения 
и скользящим зеркалом 
для светлого поля, 
темного поля и 
наклонного 
просвечивания 
- 2 гнезда для 1V 1 (что 
это?) и осветителя К LED 
(что это?) - Отдельные 
элементы управления RL 
/ TL (что это?) для 
включения / выключения 
/ затемнения
- Встроенный блок 
питания блок 12V DC
24W / 100... 240В АС/50
4,7 310мм X 
200мм X 90 
мм


--- стр. 57 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
... 60 Гц Дополнительно 
включает:
- стеклянную и черно­
белую пластиковую
пластину D = 84x5 мм 
(что это?)
- для конкретной страны 
кабель питания EURO С8
- пылезащитный чехол
7. Штатив К 435424-
9000-000
Интерфейс: диаметр 84 
мм для ступени, колонна 
диаметром 250 мм с 
приводом и ручкой, 
диапазон подъема 145 
мм, диаметр крепления 
76 мм.
Допустимая нагрузка 5кг 
Резьба 2х М8 для 
крепления 
принадлежностей 
Включает черно-белый 
пластиковую пластину 
размером 84><5 мм 
и пылезащитный чехол
3,22 Размер
основания:
310x200x35
мм,
Размер 
рабочей 
поверхности 
:  195x160 
мм
8. Штатив М 435424-
9100-000
Размеры рабочей 
поверхности 255x215 мм •  
Интерфейс d=84 мм
3,5 340 мм хЗО О  
мм х35 мм


--- стр. 58 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
9. Штатив М LED 435425-
9100-000
Колонна 360 мм (высота 
подъема 190 мм). 
Встроенная светодиодная 
электроника и источник 
питания.
Включает: стеклянную 
вставку and черно-белую 
вставку D=84x5 мм, 
силовой кабель для 
конкретной страны, 
крышкуот пыли
3,5 340 мм хЗОО 
мм х35мм
Штатив N 455107-
0000-000
- подставка штатива
370x440мм 
- черно-белая 
пластиковая контрастная 
пластина D=84mm
- 2 клеммы столика 
микроскопа и безопасное
кольцо
4,2 370 ммх440 
мм X  350 мм
I


--- стр. 59 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
И. Штатив и 000000-
1222-199
Stand и with articulated  
suspension arm (D)
Штатив и с шарнирным 
подвесным кронштейном
- настольное крепление 
изделия и 210 мм
- настольный зажим U 
(для стола толщиной
5.. .75мм)
- шарнирный подвесной 
кронштейн и 580мм 
(высота подъема 500мм, 
грузоподъемность
2.. .4.8кг)
- головка штатива U 
32/100мм
- крепление U для 
источника холодного 
света KL 300 LED
- консоль и для 
источников холодного 
света
1500/2500/4500/6000/9000
8 650мм X 
300мм X 
150мм
1
12. Кабель
соединительный 
для штатива К EDU 
/ К МАТ / К LAB / 
К/М/М L E D
0,01 Длина 300 
мм


--- стр. 60 ---
№ Наименование
Окуляр 10х/23
Каталожны  
й номер
444036-
9000-000
Описание
Окуляр 10х/23
Масса,
кг
0,1
Размер
d= 40мм X  
50мм
Внешний вид
14. Крышка окуляра
Кабель
электропитания
0,01 Диаметр 35 
мм, толщина 
10 мм
0,15 длина 1500 
мм


--- стр. 61 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
16. Блок питания 417095-
9050-000
Блок питания 100...240V, 
50...60HZ (D) 
для VisiLED
0,5 150мм X 
60мм X  
60мм
17. Съемный носитель 
со специальным 
программным 
обеспечением
410373-
0100-000
Наименование ПО: 
ZEN 2.3 blue 
Версия 2.3
0,02 45 мм X  20 
мм X  7 мм
18. Установочное
кольцо
Установочное кольцо 
поставляется вместе с 
линзами фротальными
0,015 диаметр 66 
мм, высота 10 
мм
19. Линза фронтальная 435263- Фронтальная оптика 3 0,108 d=55MM X


--- стр. 62 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
3 0,5х 9050-000 O.SxFWD 185 mm 
-Наружная резьба 
М52х1,0 для крепления 
в корпусе Stemi 305.
- Внутренняя резьба 
М49х0,75 для 
крепления оптических 
фильтров и
анализатора для работы в 
поляризованном свете.
15 мм
О
20. Линза фронтальная 
3 0.75х
435263-
9070-000
-Наружная резьба 
М52х1,0 для крепления 
в корпусе Stem! 305.
- Внутренняя резьба 
М49х0,75 для 
крепления оптических 
фильтров и
анализатора для работы в 
поляризованном свете.
0,083 диаметр 70 
мм, высота 10 
мм
—
21. Линза фронтальная 
3 1,5х
435263-
9150-000
Фронтальная оптика 3 
1.5х FWD 56 mm 
-Наружная резьба 
М52х1,0 для крепления 
в корпусе Stemi 305.
- Внутренняя резьба 
М49х0,75 для 
крепления оптических 
фильтров и
анализатора для работы в 
поляризованном свете.
0,149 с1=55мм
хЗОмм


--- стр. 63 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Опиеание Масса,
кг
Размер Внешний вид
22. Л и н за ф рон тальн ая 
3 2,0х
435263-
9200-000
Ф р о н тал ьн ая о п ти ка 3 
2.0 х  F W D  43 m m  
-Н ар у ж н ая резьб а 
М 5 2 х 1 ,0 для креп лен и я 
в корп усе Stem i 305.
- В н утрен н яя резьба 
М 49х0,75 для 
кр еп л ен и я о п ти ч ески х 
ф и л ьтр о в и
ан ал и зато р а для раб оты  в 
п о л яр и зо ван н о м  свете.
0,306 б= 55м м  X 
45м м
ш
23. К р ы ш ка для 
корп уса 
м и кр о ско п а
0,04 Диаметр 80 
мм, толщина 
5 мм
ф
24. К р ы ш ка для 
ф ото п о р та
0,01 Диаметр 45 
мм, толщина 
10 мм.


--- стр. 64 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,
кг
Размер Внешний вид
25. К о л ьц о  защ и тн о е 
для о чков
0,003 Диаметр 30 
мм, толщина 
3 мм
О


--- стр. 65 ---
Приложение 4
Техническая характеристика принадлежностей
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5®/о
Размер ±5®/о Внешний вид
Крепление
корпуса
микроскопа Stemi
и
000000-
1222-247
Угол наклона: 0-90®, без  
привода
0,5 230мм X 90мм 
X  50 мм
2. Крепление
корпуса 
микроскопа S с 
опорой
435402-
0000-000
Диаметр опоры 76 мм 0.589 130 мм хЮО 
мм х80 мм
Крепление
корпуса
микроскопа Stemi 
для колонны с 
приводом
435424-
9301-000
Для колонны диаметром  
32 мм, с приводом  
Диаметр опоры 76 мм  
Допустимая нагрузка: 5  
кг.
Резьба 2х М8 для  
крепления  
принадлежностей
0,8 270мм X 
180мм X 
100мм
■


--- стр. 66 ---
№ Наименование Каталожны  
н номер
Описание Масса, 
кг ±5"/о
Размер ±5% Внешний вид
4. Крепление 
штатива U
000000-
1222-243
Предназначено для  
крепления микроскопа к  
стене
2,4 140мм X 
105мм X 80мм
5. Колонна штатива,
размеры 32 
мм/650 мм
475119-
0000-000
Колонна 32x650 1,439 (3=32мм X  650 
мм
6. Колонна штатива, 
размеры 32 
мм/450 мм
475120-
0000-000
Колонна 32x450 0,987 d=32MM X 450 
мм
Колонна штатива, 
размеры 32 
мм/350 мм
475123-
0000-000
Колонна 32x350 0,734 d=32MM X 350 
мм


--- стр. 67 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
Привод 
грубой/тонкой 
фокусировки с 
колонной Т
435433-
9000-000
Привод грубой/тонкой 
фокусировки с колонной Т 
350 мм - диапазон подъема 
220 мм,
- грузоподъемность 10 кг
- для резервных баз 300/450
- основание подставки 450 
с версией -9902, только без
наконечника
0,734 360мм X  
250мм X 
110мм
9. Основание
штатива SDA
435412-
0000-000
Основание штатива SDA 
350x350x50мм, с 
центральным отверстием 
для вкручивания штанги.
31,6 350 мм X  350 
мм X 50 мм
10. Основание
штатива 300 для 
отраженного 
света
435433-
9400-000
Основание штатива 300 для 
осветителя отражённого 
света 290x353x25мм с 
резьбовым отверстием 2х 
М8 и черно-белой плитой 
D = 120мм; совместимо с Т 
колонной 350мм и 
центральной профильной 
колонной 490мм; 
VisiLED для проходящего 
света(417095-9400) 
монтируется снизу, в 
дополнение стеклянной
5,2 290мм X 
353мм X 25мм


--- стр. 68 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
пластины D = 120 мм 
(435501-0002); 
для подставки d = 84мм 
необходим адаптер 84/120 
(435430-9010) 
дополнительно
11. Основание
штатива 300 для 
проходящего 
света
435533-
9500-000
Основание штатива 300 для 
проходящего света 
322x373x42мм Подставка с 
резьбовым отверстием 2х 
М8, 90 LED белого света 
проходящего света, 
регулятор яркости, разъем 
для педального 
переключателя S, 
прямолинейно 
передвигающаяся 
диафрагма и 3 
позиционных
револьверных головки для: 
1.Светлое поле плюс и 
косой контрастный свет, с 
возможностью сдвига 
диафрагмы
2 .однородное светлое поле 
с диаметром 67мм 
3. все стороны темного 
поля, а также односторонне 
движимой диафрагмой; 
Включительно: стеклянная 
пластина D = 120 мм, DF 
вставка диафрагмы 28/84, 
настольный источник 
питания 24В 60Вт и
5,53 32мм X  373мм 
X  42мм


--- стр. 69 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
принятый в стране сетевой 
шнур; совместимо с Т 
колонной 350мм и 
центральной колонной 
профиля 490мм; стадия d = 
84мм или d = 120 мм 
необходим дополнительно 
адаптер 84 + 120 (435533- 
9510). кроме скользящей 
ступени S 110x110
12. Основание
штатива для 
колонны
диаметром 32 мм
455101-
0000-000
Основание штатива для 
колонны диаметром 32 мм
4,785 330мм х380 
мм X  20 мм
13. Основание
штатива для 
колонны
диаметром 32 мм 
тяжелое
455113-
0000-000
Основание штатива для 
колонны диаметром 32 мм 
тяжелое
- выбирается высота 
колонны (350, 450 или 650
мм)
- массивная пластина 
стойки 330x380 мм 
-ч/б  пластиковая
контрастная пластина D = 
84 мм
- 2 ступени зажимов и 
кольца безопасности
21,5 200мм X 
280мм X 50мм


--- стр. 70 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
14. Модуль 
проходящего 
света М LED
435525-
9100-000
Возможность вращения и 
скольжения зеркала для 
светлого поля, темного 
поля и косого освещения. 
Полностью беспроводная.
л 340мм 
хЗООмм х58 
мм
15. Модуль светлого 
поля проходящего 
света М LED
435525-
9130-000
С рычагом для светлого и 
всестороннего темного 
поля.
Полностью беспроводная.
L5 300 мм 
х280мм х35 
мм
16. Штанга выносная 000000-
1046-525
Штанга выносная 035 х 
260мм
0,75 035 X 260мм
жX


--- стр. 71 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5Уо Внешний вид
17. Штанга выносная 
поворотная для 
BMS
000000-
1046-524
Штанга выносная 
поворотная для BMS 032 
X  200 мм
1,1 032 X  200 мм
18. Штанга выносная 
поворотная и
000000-
1222-246
Штанга выносная 
поворотная и 035 х 320 
мм
2,5 035 X  320 мм
i ■ ■  .!>
19. Штанга выносная 
поворотная 
двойная SDA
435411-
0000-000
Штанга выносная 
поворотная двойная SDA 
670 мм X  200 мм X  170 мм. 
Длина штанги 360-690мм 
(включая крепление Stemi). 
Угол вращение 360°, 
бесступенчатая назгузка 
8кг;
Наклон/вращение головки 
с колонной 32/200 и 
вертикальной колонны 
SDA 40/610 с крепежным 
винтом М16 и кольца для 
____фиксации высоты____
22,2 670 мм X  200 
мм X  170 мм


--- стр. 72 ---
№ Наименование
20. Штанга выносная 
поворотная
Каталожны
й номер
455117-
0000-000
Описание
Штанга выносная 
поворотная 040мм х 600мм
Масса,
кг ±5%
1,566
Размер ±5%
040мм X  
600мм
Внешний вид
21. Осветитель
вертикальный
435505-
9000-000
Осветитель вертикальный 
S. d=66MM, регулировка 
рекомендуется для 
освещения углублений 
образца и собирания на 
О.бЗх или l.Ox Discovery 
объектив, FWD 
уменьшается на 20мм, 
кроме того, требуется 
гибкий световод 1500, 5 / 
1000мм
0,11 090мм X 
30мм
22 . Осветитель
диффузный
435507-
0000-000
Осветитель диффузный S, 
телескопический, d=66 
мм/М8
Включительно световод 
8/1000мм;
88мм внешний диамерт 
позволяет устанавливать 
револьверную головку 
микроскопа;
45...84мм длина 
регулируемого стола для 
среднего размера FWD или 
в случае длинного FWD
0,9 280мм X  
200мм X  70мм


--- стр. 73 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
монтируется с помощью 
М8-М8 близко к образцу
23. Осветитель
диффузный
плоский
435508-
0000-000
Осветитель диффузный 
плоский М8 с световодом 
(D) с излучающей 
поверхностью 78х30мм, 
внешние размеры 
140х58х22мм, 
включительно; световод 
8/1000мм и М6/М8 
винтовым адаптером
0,63 250мм X 
170мм X 45мм
24. Осветитель
кольцевой с 
неоновой лампой 
в составе:
-  корпус с двумя 
установочными 
винтами
-  неоновая 
кольцевая трубка 
за проволочной 
сеткой
-  блок 
управления
-  блок питания е 
кабелем сетевым 
и набором 
адаптеров.
417040-
9100-000
Осветитель кольцевой с 
неоновой лампой 5500К, 
d=58/66MM (D) для 
гомогенной и низко­
теневого отраженного 
света
- корпус с 2-мя 
установочными винтами
для крепления на 
объективе или 
удерживающем кольце
- неоновая кольцевая
трубка 5500К за 
проволочной сеткой
—  блок управления с 
переключателем 2 
ступенями яркости
-  блок питания
0,15 170x98x37
0,10
0,15
0,30
070x20
96x64x29
60x30x40


--- стр. 75 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
28. Осветитель
кольцевой 
VisiLED S, 40-10 
DF
417095-
9300-000
Осветитель кольцевой 
VisiLED S 40-10 DF (D), 
свободное рабочее 
расстояние 5... 15 мм
0,2 0190мм X  
30мм
29. Осветитель
кольцевой 
светодиодный
435525-
9050-000
Осветитель кольцевой К 
светодиодный 
сегментируемый 
- 48 светодиодов в 2 ряда, 
наклоненные 
-FWD 50 ... 300 мм, 
крепление d = 66 мм
- отдельные средства
управления для 
сегментации и вращения
- 4 режимах: полный, 
половина, четверть круга, 2
четверти окружности 
- Ручной поворот на 90° 
или непрерывное вращение 
- Для стендов К EDU / LAB 
/ МАТ или контроллер К 
LED
0,25 14ммх 100мм 
X 20мм


--- стр. 76 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
30. Осветитель
кольцевой 
щелевой 1500 
ECO, длина 1  м
435540-
9005-000
Щелевой кольцевой 
осветитель 1500 ECO, 066 
мм, 9/1000 мм
0,51 066X 1000
мм
31. Осветитель
кольцевой 
щелевой 1500 
ECO, длина 2 м
435540-
9006-000
Осветитель кольцевой 
щелевой 1500 ECO 066 мм, 
9/2000 мм
066 X 2000
мм
32. Осветитель
кольцевой 
светодиодный 
EasyLED
417096-
9200-000
Осветитель кольцевой 
светодиодный EasyLED
- рабочее расстояние 65 ...
115 мм
- 45 светодиодов, 
интегрированные в 
затемнитель и 
переключатель включения/ 
выключения
- съемный блок питания 12 
В постоянного тока вкл. 
входной сетевой штекер
ЕС, GB. US / JP. AU
0,390 066 X 30 мм


--- стр. 77 ---
№ Наименование
33. Осветитель
светодиодный для 
проходящего 
света EasyLED
Каталожны  
й номер
417096-
9400-000
Опнсанне
Осветитель светодиодный 
для проходящего света 
EasyLED Н, D = 84 мм (D)
- светлое поле с D = 50 мм
- затемнитель и 
переключатель включения / 
выключения 
интегрированы
- съемный блок питания 12 
В постоянного тока вкл. 
входной сетевой штекер
ЕС, GB, US/JP, AU
Масса,
кг ±5%
0,3
Размер ±5%
084 мм X  
2000 мм
Внешний вид
34. Осветитель
линейный
000000-
1063-307
Осветитель линейный S, 
1=50 мм (D)
0,5 270мм X  
190мм X 45мм
35. Осветитель
точечный 
светодиодный
435525-
9010-000
Светодиодный точечный  
осветитель К
- одно место для светлого
поля и темного поля 
отраженного света 
- Резьба М24х0.5 для 
поляризатора
- Регулировка по высоте,
наклону, масштабу
- Для штативов К EDU /
LAB / МАТ
0,13 250мм X 
200мм X 
150мм


--- стр. 78 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Опнсанне Масса,
кг ±5®/о
Размер ±5% Внешний вид
36. Осветитель
точечный 
светодиодный 
EasyLED
417096-
9100-000
EasyLED spot Мб (D) 0,25 015 мм X 60  
мм
37. Осветитель 
точечный 
светодиодный 
двойной для 
колонны
диаметром 32 мм 
в составе;
- Осветитель 
точечный 
светодиодный 
двойной
- крепление для 
колонны
диаметром 32 мм 
с зажимным 
кольцом
- блок 
управления
- блок питания с 
кабелем сетевым 
и набором 
адаптеров.
417040-
9450-000
-Осветитель точечный 
светодиодный двойной для 
колонны диаметром 32 мм 
(светодиод Hi-Power 
двойное пятно5500К, 
S-образные ветви, 2х 
570мм)
- крепление для колонны 
диаметром 32 мм с 
зажимным кольцом 
- Блок управления 2-х 
канальный
- Блок питания настольный 
100-250В 
кабель сетевой и 
набор адаптеров (4 шт.)
0,35 032х 570 мм
0,05 50 X 20 х40
мм
0,15 40x50x90 мм
0,3 60x40x30 мм
05x1500 мм
0,02 ЗО.хЗОхЗО мм


--- стр. 79 ---
№
38.
Наименование
Осветитель 
точечный 
светодиодный 
двойной для 
крепления S в 
составе:
- осветитель 
точечный 
светодиодный 
двойной
- держатель 
ветвей
- блок 
управления
- блок питания с 
сетевым кабелем 
и набором 
адаптеров.
Каталожны
й номер
417040-
9560-000
Описание
Осветитель точечный 
светодиодный двойной 
(светодиод Hi-Power 
двойное пятно5500К, 
S-образные ветви, 2х 
570мм)
- держатель ветвей 
- Блок управления 2-х 
канальный
- Блок питания 100-250В 
сетевой кабель и 
набор адаптеров
Масса,
кг ±5%
0,05
0,15
0,3
0,02
Размер ±5%
50x20x40 мм 
40x50x90 мм
60x30x40 мм 
05 X  1500 мм 
30x30x30 мм
Внешний вид
39. Осветитель 
точечный 
светодиодный 
двойной К
435525-
9020-000
Осветитель точечный 
светодиодный двойной К
- S-образные ветви, 2х 
160мм для переменного
отраженного света
- 2 нити М24х0.5 для
поляризатора
- Регулировка по высоте
- Для штативов К EDU /
LAB / МАТ
0,48 200мм X 
150мм X 
40мм


--- стр. 81 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
44. Зажим для 
световода
435442-
0000-000
Зажим S для световода (D) 0,023 65ммх 35мм X 
20мм
45. Стопорное кольцо 435444-
0000-000
Стопорное кольцо 2х М8 
для колонны 32
0,042 060мм X 
20мм
О
46. Основание для 
осветителя
435446-
9020-000
Основание для осветителя 
М8+М6, 100 мм
1,2 0100мм X 
20мм
47. Адаптер для 
осветителя
455149-
0000-000
Адаптер для встроенного 
осветителя
0,027 75мм X 30мм 
X 10мм


--- стр. 82 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5"/о Внешний вид
48. Комплект трех  
переходных колец  
для
одновременной  
фиксации VisiLED  
BF+DF
417095-
9500-000
Для одновременной 
фиксации (D) 
для VisiLED BF + DF к 
цели S с FWD
ОД,
0,05,
0,15
Диаметры 
(слева на 
право): 66 мм, 
66 мм, 70 мм 
Высота (слева 
на право): 50 
мм, 20 мм, 50 
мм
49. Держатель для 
VisiLED DF
417095-
9510-000
Держатель для VisiLED DF 
066 мм
0,14 0 1 10мм X 
35мм
50. Переходник S, 
диаметр 66 мм, 
высота 57 мм
435448-
0000-000
Переходник S, 066 мм х 57 
вытягивает диаметр 66 мм 
цилиндр объектива на 57 
мм, например, для монтажа 
темного поля кольцевого 
осветителя на Discovery 
объективе Plan 1х или Plan 
Аро О.бЗх или дважды 
используется на Achromat 
0.5.x
0,112 066мм X 
57мм


--- стр. 83 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
51. Переходник S, 
диаметр 66 мм, 
высота 40 мм
435449-
0000-000
Переходник S, диаметр 66 
мм, высота 40 мм 
вытягивает диаметр 
66 мм цилиндр объектива 
на 40 мм, например, для 
монтажа темного поля 
кольцевого осветителя на 
объективе Discovery 
Achromat lx или 1.25х или 
Plan Аро 1х или дважды 
используется на Achromat 
О.бЗх
0,093 066мм X  40 
мм
- « г : J *
52. Контроллер 
осветителя МС 
750
417095-
9010-000
Контроллер МС 750 для 
VisiLED (D) 
с непрерывным 
затемнением и встроенной 
функцией регулирования 
температуры светодиода 
для одного VisiLED 
осветителя
0,25 120мм X 80мм 
X 70мм
у'
" ■* ’
'Щ ^ С!tibV  *
•  ' I -' v; ; ■ I
53. Контроллер 
осветителя МС 
1000
417095-
9040-000
Контроллер осветителя МС 
1000 for VisiLED (D) с 3-мя 
вращающимися ручками 
для регулировки яркости, 
сегментация (4 режима) и 
его вращения, для 
управления одним из 
осветителей VisiLED
0,15 200мм X 
120мм X 30мм


--- стр. 84 ---
№ Наименование
54. Контроллер
осветителя 
светодиодного К
55. Контроллер
осветителя МС 
1500
Каталожны  
й номер
435525-
9200-000
417095-
9000-000
Описание
Контроллер осветителя 
светодиодного К 
- Для включения / 
выключения 
переключатель и для 
изменения яркости 
осветителя К LED
- Магнитная пластина для
монтажа на штатива.\
- Съемный блок питания 
12V DC 24W/ 100... 240 В 
переменного тока / 50 ... 60
Гц, вкл. Вход сети EU 
вилка, GB, US / JP, AU и 
силовой кабель конкретной 
страны EURO С8 для 
других стран 
- RJ12 кабель 1  м для 
осветителя К LED
Контроллер осветителя МС 
1500 для VisiLED(D) 
Для 2 VisiLED 
осветителей, ножной 
переключатель и адаптер 
RS232, с 5
режимами сегмента, 4 
клавиши памяти, 
непрерывное затемнение и 
встроенным светодиодным 
контролем температуры
Масса,
кг ±5%
0,11
0,4
Размер ±5%
230мм X 
140мм X 
100мм
180мм X 
120мм X  50мм
Внешний вид


--- стр. 85 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
56. Источник
холодного света 
CL 9000 LED
435700-
9000-000
Источник холодного света 
CL 9000 LED CAN (D)
- До 900 лм светового 
потока при 9 мм диаметре
выходного волокна. 
Цветовая температура 
6500К
- Мин. 50000 часов работы 
до спада интенсивности до
70%
- Контроль интенсивности 
и 6 запоминающих ячеек с
помощью роторной 
нажимной ручки и 
светодиода
- 10 мм зажимной патрон с
датчиком на 1500 
световодах
- Слайдер фильтр для 2-х 
установленных фильтров
35 X 26 X 4 мм и со 
свободным отверстием
- Макс. 80Вт питания с 
щироким диапазоном для
немерцающая света, 
бесщумный вентилятор
- 2,5 мм гнездо втулки для 
включения / выключения с
помощью опциональной 
ножной кнопки S
- BNC разъем для триггера
входа
- 2 CAN разъема RJ45 для 
управления освещением по
3,1 241x192x118
мм


--- стр. 86 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
EMS3
- CAN кабель RJ45 1  м, 
кабель питания конкретной 
страны
57. Источник
холодного света 
CL 6000 LED
435700-
9101-000
Источник холодного света 
CL 6000 LED (D) - До 900 
лм светового потока при 9 
мм диаметре выходного 
волокна. Мин. 6200К 
цветовая температура. 
50000 рабочих часов до 
спада интенсивности до 
70%
- контроль интенсивности 
и 6 запоминающих ячеек с
помощью роторной 
нажимной ручки и 
светодиода
- 10 мм зажимной патрон с
датчиком на 1500 
световодах
- фильтр слайдер для 2 
установлены фильтры
35х26.х4 мм и со 
свободным отверстием
- макс. 70Вт питания с 
широким диапазоном для
немерцающая света, 
бесшумный вентилятор
- 2,5 мм разъем втулка для 
включения / выключения с
помощью опциональной 
кнопки лапка S, розетка
3,1 241x192x118
мм


--- стр. 87 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
USB
сетевой шнур конкретной 
страны
58. Источник
холодного света 
CL 4500 LED 
CRI90
435700-
9200-000
Источник холодного света 
CL 4500 LED CR190
- До 450 лм светового 
потока при 9 мм диаметре
выходного волокна, 
непрерывное затемнение
- 5400К цветовая 
температура и 90 Индекс
цветопередачи
- мин.50000 часов 
наработки до падения на 
70% начальной яркости
- 10 мм цанговый патрон с 
датчиком для 200/1500
световодов
- слайдер фильтра для 2 
фильтров CL LED и со 
свободным отверстием
- 2 наращиваемых образец,
2 М4 втулки в нижней 
части
- макс , 50Вт питания с 
широким диапазоном для
немерцающая света, 
бесшумный осевой 
вентилятор
- 2,5 мм разъем втулка для 
включения / выключения с
помощью опциональной 
кнопки лапка S, розетка
3,1 241x192x118
мм.


--- стр. 88 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
USB
сетевой шнур конкретной 
страны
59. Источник
холодного света 
CL 1500 HAL
435710-
9000-000
Источник холодного света 
CL 1500 HAL
- До 600 лм светового 
потока при 9 мм диаметре
выходного волокна, 
непрерывный в 
электронном виде 
затемнением,
- ЖК-дисплей для яркости
в % или цветовой 
температуры в К или 
включения питания часов,
- Вкл. лампа 15В 150Вт 
галогенные лампы с
отражателем, срок службы 
ок 150ч при 80% = 450лм,
- 10мм зажимной гайки с 
датчиком для световода
1500,
- Слайдер фильтр для 
одного фильтра d = 28мм и 
со свободным отверстием,
- Макс, питания с широким
диапазоном 180Втдля 
немерцаюшего света, 
бесшумный осевой 
вентилятор,
- сетевой шнур конкретной
_________страны_________
4,2 250мм X  
200мм X 
170мм


--- стр. 89 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
60. Окуляр 16х/14 435063-
9160-000
Окуляр 16х/14 0,08 040мм X 
50мм
61. Окуляр 16х/16 444054-
9000-000
Окуляр 16х/16 0,1 040мм X 
50мм
62. Окуляр 25х/10 455046-
9901-000
Окуляр 25х/10 0,076 040мм X 
50мм


--- стр. 90 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
63. Объект-
микрометр
474025-
0000-000
Объект-микрометр 25 + 
50/10 мм
25 линий с интервалом в 
мм в направлении оси х 
- 50 линий с 1  / 10мм 
интервалами в 
направлении оси у
0,027 76мм X  26мм 
X 1мм
64. Объект-
микрометр 
калиброванный
474025-
9800-000
65. Микрометр
окулярный со 
шкалой 10 мм, 
диаметр 21 мм
434011-
0000-000
66. Микрометр
окулярный с 
перекрестием и 
шкалой 10 мм, 
диаметр 21 мм
434013-
0000-000
Объект-микрометр 
калиброванный 25 + 50/10 
мм;
- 25 линий с интервалом в 1  
мм в направлении оси х 
- 50 линий с 1  / 10мм 
интервалами в 
направлении х
0,027 76мм X 26мм 
X 1мм
Микрометр окулярный со 
шкалой 10 мм, диаметр 21 
мм
0,002 0 2 1  мм .X 1  мм
Микрометр окулярный с 
перекрестием и шкалой 10 
мм, диаметр 21 мм
0,002 021мм X 1мм
. . .
; _ ' 4 * 0 ^ ^
• " i . ,
’ ’ '/J-v'''-" ■  Р-
* ^ ■- »«к '  ,1 ' г’ " '
...


--- стр. 91 ---
№ Наименование
67. Микрометр
окулярный 
сетчатый, диаметр 
21 мм
68. Микрометр
окулярный с 
перекрестием и 
шкалой 14 мм, 
диаметр 26 мм
69. Микрометр
окулярный с 
форматной 
сеткой, диаметр 
26 мм
70. Микрометр
окулярный с 
перекрестием и 
шкалой 10 мм, 
диаметр 26 мм
Каталожны  
й номер
454020-
0000-000
454060-
0000-000
454075-
0000-000
474066-
9901-000
Описание
Микрометр окулярный 
сетчатый, диаметр 21 мм
Микрометр окулярный с 
перекрестием и шкалой 14 
мм, диаметр 26 мм
Микрометр окулярный с 
форматной сеткой, диаметр 
26 мм
Микрометр окулярный с 
перекрестием и шкалой 10 
мм, диаметр 26 мм
Масса, 
кг ±5%
0,006
0,003
0,003
0,003
Размер ±5%
021мм X  1мм
026мм X1мм
026 мм X  1мм
026мм X1мм
Внешний вид


--- стр. 92 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
71. Микрометр
окулярный 
сетчатый, диаметр 
26 мм
474068-
0000-000
Микрометр окулярный 
сетчатый 12,5х12,5/5;10, 
диаметр 26 мм
0,004 d=26MM X
1мм
72. Вставка
стеклянная, 
диаметр 84 мм
435425-
9310-000
Вставка стеклянная, 84x5 
мм
- для штатива К/М
0,041 084мм X 5 
мм
73. Вставка
стеклянная, 
диаметр 72 мм
473378-
0000-000
Вставка стеклянная d=72 
мм для предметного 
столика
0,026 075мм X  5мм


--- стр. 93 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
74. Вставка 
стеклянная, 
диаметр 120 мм
Вставка стеклянная 0120 
мм для предметного 
столика
0,067 0120мм X 
5мм
75. Вставка S 
стеклянная, 
237x157x3 мм
435465-
9053-000
Вставка стеклянная 
237x157x3 мм для 
предметного столика
0,134 237x157x3
мм
76. Вставка 
стеклянная 
прозрачная, 
диаметр 84 мм
475265-
0001-000
Вставка стеклянная 
прозрачная
0,066 4=84мм X 5мм
- \  •  4 ^ >  1


--- стр. 94 ---
№ Наименование
77. Вставка
стеклянная 
матовая, диаметр 
84 мм
78. Вставка черно­
белая пластиковая 
для штатива К
79. Вставка черно­
белая
пластиковая, 
диаметр 84 мм
Каталожны  
й номер
475291-
0000-000
435425-
9320-000
475290-
9901-000
Описание
Вставка стеклянная 
матовая, диаметр 84 мм
Вставка черно-белая 
пластиковая для штатива 
К/М
Вставка черно-белая 
пластиковая, диаметр 84 
мм
Масса, 
кг ±5%
0,06
0,056
0,031
Размер ±5%
d=84MM X 5мм
084мм X 5 
мм
084 X 5 мм
Внешний вид


--- стр. 95 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5*/о
Размер ±5“/о Внешний вид
80. Вставка черно­
белая
пластиковая, 
диаметр 120 мм
435430-
0120-010
Черно-белая пластиковая 
вставка,
0120 мм
0,063 0120 X 5 мм
□
81. Вставка S 
металлическая, 
237х 157x3
435465-
9052-000
Металлическая 
прямоугольная вставка 237 
X 157 X 3 мм
0,3 237 мм X 157 
мм X 3 мм
82. Вставка с клейким 
покрытием, 
диаметр 84 мм
475288-
0000-000
Вставка с клейким 
покрытием, диаметр 84 мм
0,05 084 X 5 мм
•


--- стр. 96 ---
№ Наименование Каталожны 
н номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
83. Поляризатор
проходящего
света
435526-
9020-000
Поляризатор проходящего 
света К/М
0,09 050мм X 5мм
84. Поляризатор S. 
диаметр 84 мм
435531-
0000-000
Поляризатор S D=84 мм 0,056 О90мм X 
10мм
?:=;v:ry
85. Поляризатор S, 
диаметр 75 мм
455174-
0000-000
Поляризатор S 0,036 075мм X 5мм


--- стр. 97 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
86. Поляризатор для 
осветителей 
VisiLED и Easy 
LED
417095-
9550-000
Поляризационный фильтр 
для осветителей 
VisiLED/EasyLED (D) 
соответственно 417095- 
9255 или 417096-9200/- 
9300
0,1 0130мм X 
25мм
' ■ ; ' '  \
87. Поляризатор для 
фокусирующей 
насадки на 
световод
417065-
0000-000
Поляризатор для 
фокусирующей насадки на 
световод d=6 мм (D) для 
417060-9901 или 417059- 
9901
0,007 025мм X 
10мм
ш
88. Поляризатор 
точечный для 
осветителя 
EasyLED
417096-
9600-00
Поляризатор точечный для 
осветителя EasyLED
0,01 030мм X 
10мм
‘  V'' 5  ^  ^ 'JfT'if- j"' ' *  , ч  ' .4


--- стр. 98 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
89. Поляризатор К 435526-
9010-000
Поляризатор К LED 0,08 030мм X  
10мм
90. Световод гибкий, 
диаметр 4,5 мм, 
длина 600 мм
417052-
9901-000
Световод гибкий 1500, 
4.5/600 мм (D)
0,582 04,5 мм X 
600мм
91. Световод гибкий, 
диаметр 8 мм, 
длина 1000 мм
417063-
9901-000
Световод гибкий 1500, 
8/1000 мм (D)
0,368 08мм X 1000 
мм
' ' '


--- стр. 99 ---
№ Наименование Каталожны 
й номер
Описание Масса, 
кг ±5Уо
Размер ±5% Внешний вид
92. Световод гибкий, 
диаметр 5,6 мм, 
длина 2000 мм
417069-
9001-000
Световод гибкий 1500, 
5.6/2000 мм (D)
0,293 05,6мм X 
2000 мм
93. Световод гибкий, 
диаметр 5 мм, 
длина 1000 мм
417075-
9100-000
Световод гибкий 1500, 
5/1000мм (D)
0,3 05мм X 1000 
мм
iQ
94. Световод гибкий, 
диаметр 4,5 мм, 
длина 1000 мм
0,2 04,5мм X  
1000 мм


--- стр. 100 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,  
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
95. Световод гибкий, 
диаметр 4,5 мм, 
длина 800 мм
435540-
9001-000
ECO, 4.5/800 мм (D)
Световод гибкий 1500 
ECO, 4.5/800 мм (D)
0,1 04,5мм X  
800мм
96. Световод гибкий, 
диаметр 5 мм, 
длина 2200 мм.
417075-
9220-000
0,9 05мм X 
2200мм
0 \
97. Световод с 
фокусирующей 
насадкой, диаметр 
6 мм, длина 1000 
мм
455145-
0000-000
Встроенный световод 1500 
с упором крепления (D)
- Гибкий светопроводящей 
6/1000 мм с фокусировкой
крепления
- Прочный металлический
шланг из ПВХ 
Диапазон регулировки 45 
мм для размещения мест в 
держателе 
светопроводящей
0,272 020мм X 1000 
тмм
-о


--- стр. 101 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,  
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
98. Световод 
двойной, диаметр 
4,5 мм, длина 560 
мм
417040-
9210-000
Гибкий двойной световод 
1500-90°, 2х4.5/560мм (D)
0,7 2 ветви 
04,5мм X  560 
мм
99. Световод гибкий 
двойной, диаметр 
5,6 мм, длина 
1000 мм
417072-
0000-000
Световод гибкий двойной 
1500, 2х 5.6/1000 мм (D)
0,39 2 ветви 05,6 
мм X 1000 мм
100. Световод гибкий  
двойной,  
диаметр 4,5 мм,  
длина 620 мм.
417075-
9040-000
0,71 2 ветви 
диаметр 4,5 
мм, длина 
620 мм


--- стр. 102 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,  
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
101. Световод гибкий 
двойной ECO, 
диаметр 4,5 мм, 
длина 1000 мм
435540-
9002-000
Световод гибкий двойной 
1500 ECO,
2х 4.5/1000 мм (D)
0,17 2 ветви 
04,5 ммх 
1000 мм
О
102. Световод гибкий 
двойной с 
креплением для 
колонны.
диаметром 4,5 мм. 
длина 200 мм
455146-
0000-000
Универсальный падающий 
луч осветительной системы 
колонны 32(D) гибкий 
световод 1500, 6.5/1000 мм 
гибкий световод 2 х 4,5 / 
200 мм с 90 ° согнутыми 
вы.ходами
0,830 2 ветви  
06,5 мм X  
1000 мм
©>
103. Светофильтр
конверсионный
000000-
1063-317
Светофильтр 
конверсионный с1=28мм 
(D)
0,01 028мм X  2мм ^  С ' 1


--- стр. 103 ---
№ Наименование Каталожны  
и номер
Описание Масса,  
кг ±5Уо
Размер ±5% Внешний вид
104. Светофильтр
галогенный
435700-
9020-000
Светофильтр галогенный 
CL LED (D)
0,006 035мм X  
26мм X  4мм
105. Светофильтр
синий
435700-
9022-000
для CL LED (D) 0,006 диаметр 32мм 
толщина 2 мм
•  •
106. Светофильтр
зеленый
435700-
9023-000
для CL LED (D) 0.006 диаметр 32мм 
толщина 2 мм
107. Светофильтр
желтый
435700-
9024-000
для CL LED (D) 0,006 диаметр 32мм 
толщина 2 мм
108. Светофильтр
красный
435700-
9025-000
для CL LED (D) 0,006 диаметр 32мм 
толщина 2 мм
109. Светофильтр
дневной
435700-
9021-000
для CL LED (D) 0,006 диаметр 32мм 
толщина 2 мм
1
ПО. Светофильтр
нейтральный
435700-
9026-000
для 0.25 CL LED (D) 0,006 диаметр 32мм 
толщина 2 мм
у .*  'дУ


--- стр. 104 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса,  
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
111. Светофильтр 
галогенный для 
источника CL 
4500 LED
435700-
9219-000
для CL 4500 LED (D) 0,006 диаметр 32мм 
толщина 2 мм
112. Насадка
фокусирующая с 
комплектом 
светофильтров, в 
составе: 
светофильтр 
красный, 
светофильтр 
зеленый, 
светофильтр 
синий, 
светофильтр 
желтый
417060-
9901-000
Насадка фокусирующая с 
комплектом светофильтров
0,07 85мм X 60мм 
X 35мм
• < » ' • •
113. Адаптер для 
столика 
предметного
435430-
9010-000
Адаптер Stage 84/120 63 мм 
freedia, 3 невыпадающие 
винты, для монтажа блока 
D = 84мм на интерфейс d = 
120 мм
0,15 0120мм X 
5мм
О
114. Анализатор 
диаметром 49 мм 
с переходным 
кольцом
диаметром 52 мм
435526-
9000-000
Анализатор диаметром 49 
мм с переходным кольцом 
диаметром 52 мм
0,12 055мм X 
10мм
•о


--- стр. 105 ---
№ Наименование
115. Лямбда-пластина 
в слайдере
Каталожны
й номер
455172-
0000-000
Описание
Лямбда-пластина в 
слайдере
Масса,
кг ±5%
0,03
Размер ±5%
150ммх 60мм 
X 5мм
Внешний вид
16. Системный блок 
управления, 
обработки 
изображения и 
архивации данных
410201-
9908-000
Hewlett-Packard, модель 
Р920, параметры: CPU Intel 
Core 15, жесткий диск 2 Тб, 
USB 3.0
11 500 мм X  600 
мм X 250 мм
117. Блок питания 417095-
9050-000
Блок питания 100...240V, 
50...60Гц (D) 
для VisiLED
0,5 150мм X  60мм 
X 60мм


--- стр. 106 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание Масса,
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
118. Препаратодержат 
ель
473371-
9902-000
Препаратодержатель 0,02 60мм X  
10мх15мм
119. Держатель
световода
417085-
9002-000
Держатель световода для 
крепления (D)
0,05 D=25mmx
90мм
120. Кабели сетевые 0,1 05 X 1500 мм


--- стр. 130 ---
X» Наименование Каталожны  
и номер
Описание Масса,
кг ±5Уо
Размер ±5% Внешний вид
137. Лампа неоновая 417040-
9120-000
Лампа неоновая 5500К. 
запасная.
Запасная трубка для 
417040-9100-000
0,1 110мм X  
80мм X 15мм
138. Лампа
светодиодная
000000-
0552-377
Лампа светодиодная 
Зх2Вт. дневного света 
6000К, GU5.3
0,053 50 мм X 50  
мм X 50 мм
/ й1^1
139. Модуль памяти 
оперативной
410201-
0802-000
Память 8 Гб (2x4) DDR3- 
1600 МГц без ЕСС RAM 
небуферизован (О), 
состоящий из 2 X  4 ГБ 
модулей
0,1 150 мм X 50 
мм X 5 мм


--- стр. 131 ---
№ Наименование Каталожны
й номер
Описание
Монитор TFT 24" HP Z24i 
(диагональ 61 cm) (О) 
производитель: Hewlett- 
Packard
Масса,
кг ±5%
Размер ±5"/о Внешний вид
140. Монитор 410350-
2404-000
9,2 580мм X 
380мм X 80мм
141. Набор
электрических 
адаптеров
Для конкретной страны 
(4 шт.)
0,02 30x30x30 мм
(для (для каждого
каждо адаптера)
го
адапте
ра)
142. Насадка на окуляр 
антибликовая
444801-
0000-000
0,004 Диаметр 35 
мм, толщина 
10 мм.


--- стр. 132 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
143. Насадка 
фокусирующая, 
диаметр 10 мм
417089-
0000-000
Насадка фокусирующая, 
диаметр 10 мм
0,03 020 .\ 30 мм
i :.v' V -,- ' .л
144. Насадка 
фокусирующая, 
диаметр 6 мм
435540-
9003-000
Насадка фокусирующая, 
диаметр 6 мм без фильтра
0,02 40мм X  30мм 
X  25мм
.1*1 .■ * ■ *  " '
145. Клавиатура Производства Hewlett- 
Packard
1 400 мм X 150 
ммх 50мм
146. Мышь Производства Hewlett- 
Packard
0,3 80 мм X 80 
мм 50 мм


--- стр. 133 ---
№ Наименование Каталожны  
й номер
Описание Масса, 
кг ±5%
Размер ±5% Внешний вид
147. Педаль ножная 435602-
9010-000
Педаль ножная S (D) 
100х70х28мм 
пластмассовое покрытие, 
1.9т кабель и 2.5 мм с 
контактным разъемом
0,08 100мм X 70мм 
X 28мм
148. Перекрестие
окулярное
474064-
0000-000
Перекрестие окулярное 
d=26 мм
0,003 026мм X1мм
149. Подставка для рук 435425-
9010-010
Подставка для рук для 
штатива К LAB 
- Для повышения 
операционной эргономики
1,21 400мм X 
170мм X 60мм
150. Препаратоводител
ь
413455-
0000-000
Препаратоводитель 75x25 
для предметного стекла
0,245 100мм X 100 
мм X 15мм


--- стр. 142 ---


--- стр. 143 ---
Эксплуатационные данные
Приложение 5
Stemi 508
Оптическая схема Грену
Базовый коэффициент трансфокации 8х
Базовое увеличение 6,3х...50х
Рабочее расстояние при базовом  
увеличении 92 мм
Максимальный диапазон общего  
увеличения 2х...250х
Максимальное рабочее расстояние 286 мм
Фокусировочный привод Ручной
Предметный столик
Механический координатный 
предметный столик 
Поворотный предметный столик 
Столик на шаровой шарнирной основе 
Скользящий предметный столик
Осветительная система проходящего  
света Наличие
Окуляры 10х, 16х, 25х
Методы исследования в падающем свете
Светлое поле 
Темное поле
Поляризационный контраст
Методы исследования в  
проходящем свете
Светлое поле 
Темное поле
Поляризационный контраст
Программное обеспечение Axio Vision / ZEN
Система регистрации изображения Цветная или монохромная цифровая 
камера, фотоаппарат
Технические характеристики
Тип микроскопа Стереоскопический микроскоп, схема 
Г рену
Конструкция Две зум системы, сходящиеся под 
стерео углом
Стереоскопическое наблюдение Объемное через окуляры
Апохроматически скорректированная 
оптика
Изображение без цветовых искажений 
во всем диапазоне увеличений
Оптические характеристики базовой сист
линз
емы (окуляры 10х, без фронтальных
Диапазон увеличений 6.3х-50х
Рабочее расстояние 92 мм
Максимальное разрешение 225 пл/мм -  2.2 мкм
Максимальное поле зрения на предмете 37 мм
Оптические характеристики системы (окуляры, фронтальные линзы)
Диапазон увеличений 1.9х-250х
Рабочее расстояние 35-287 мм
Максимальное разрешение 450 пл/мм -1.1 м км
Максимальное поле зрения на предмете 123 мм
Корпус микроскопа
Диапазон увеличений 8:1 (О.бЗх - 5.Ох)
Качество зуммирующей системы Апохроматически скорректированная.


--- стр. 144 ---
высококонтрастная, без дисторсии
Парфокальность Объект остается в фокусе при смене 
увеличения
Эргономичный наклон окулярных трубок 35°
Межзрачковое расстояние 55 -  75 мм
Отсечки в диапазоне зуммирования 10 отсечек: О.бЗх, 0.8х, 1х, 1.25х. 1.6х, 
2х. 2.5х, 3.2х, 4х, 5х активируются по 
выбору
Поле зрения в пространстве изображений 23 мм
Документирование на Stemi 508 doc Фотопорт с полным переводом 
светового потока из правого канала, 
включает встроенный C-moimt адаптер 
кратностью 0,5х
Интерфейсы
Фронтальные линзы и анализатор d = 30 мм
Держатель корпуса d = 76 мм
Осветительные устройства d = 53мм, d = 66 мм (с переходным 
кольцом 53/66)
Каждый микроскоп включает окуляры 10х/23 Вг. foe и соединительный кабель RJ12
Системы на штативах К
Основание W200 X  D310 X  Н35 мм (К LAB; Н90 
мм)
Рабочая поверхность W160 X  D195 mm
Колонна с держателем корпуса, приводом фокусировки, рукояткой для переноса
Высота 250 мм
Диапазон подъема 145 мм
Крепление для микроскопа d = 76 мм
Крепление для столов d = 84 мм
Крепление для поляризатора d = 45 мм
Разъем для осветителей К В держателе корпуса
Включает стеклянную вставку или черно-белую вставку D = 84*5 мм, пылезащитный 
чехол
Штативы К
Штатив К без разъемов электропитания, с резьбовыми отверстиями 2*М8 для 
крепления осветительных устройств
Штатив К МАТ с отраженным поле)освещением и антистатической поверхностью
Штатив К EDU с отраженным и проходящим LED освещением (светлое и темное поле)
Штатив К LAB с отраженным и проходящим LED освещением (светлое и темное поле, 
наклонное освещение)
Отдельные кнопки управления для отраженным / проходящим света (включение / 
выключение / затемнение)
Встроенный блок питания, сменный 12 В постоянного тока 24 Вт / 100...240 
В переменного тока / 50...60 Lц
Оптические характеристики LED осветителей для штативов К
Цветовая температура около 5600 К
Срок службы Около 25000 часов (до снижения 
интенсивности до 70%)
Встроенный вертикальный LED осветитель 
(IV1)
Освещенность макс, около 20000 лк
Точечный осветитель К, регулируется по 
высоте и фокусу
Освещенность макс, около 30000 лк 
(центр поля зрения)
Осветитель точечный светодиодный 
двойной К
Освещенность макс, около 90000 лк 
(центр поля зрения)
Осветитель кольцевой светодиодный Освещенность макс, около 55000 лк
Рабочее расстояние 50...300 мм


--- стр. 145 ---
(применим с дополнительной линзой 
2х)
Встроенный осветитель проходящего света
Плоский осветительный модуль (штатив К 
EDU)
Освещенность макс, около 20000 лк 
(светлое поле)
Осветительный модуль с подвижным 
зеркалом (штатив К LAB)
Освещенность макс, около 25000 лк, 
переменный угол наклона лучей
Штатив N
Габариты основания W440xD370 мм
Высота/диаметр колонны 350 или 450 мм /в = 32 мм
Разъем для предметных столов 084 мм
Включает черно-белую вставку с основание D= 84 и предохранительное зажимное 
кольцо
Дополнительно необходим держатель корпуса микроскопа
Предметные столы для разъема 84 мм
Скользящий стол +\- 20 мм, поворотный, d= 84 мм
Столик предметный наклонный +\- 30 град., вращающийся, d= 84 мм
Поворотный стол для поляризационных исследований
Штатив и
Дина штанги\Высота 
подъема\Максимальная нагрузка
580 мм / 500 мм / 2 -  4,8 кг
Длина выносной штанги 735 мм, 1060 мм
Крепление штатива на стол Допустимая толщина крышки стола 5 -  
75 мм
Штанга Длина/Диаметр 100 мм / 0  32 мм
Дополнительно необходим Держатель корпуса микроскопа
Волоконно-оптические осветители
Источник холодного света CL 4500 LED CRI90
Лампа Светодиодная
Световой поток в диаметре 9 мм Около 450 лм
Цветовая температура Около 5400 К
Индекс цветопередачи >90
Срок службы источника Средняя продолжительность
Детектор световода Автоматическое отключение
Держатель светофильтров На 2 светофильтра
Блок питания Макс. 50 Вт
Источник холодного света CL 1500 HAL
Источник света 150 Вт галогеновая лампа
Световой поток в диаметре 9 мм Макс. 600 лм
ЖК дисплей Отображение яркости, цветовой 
температуры, отсчет времени работы 
лампы
Средний срок службы галогенной лампы 
мощностью 150 Вт
Около 150 ч
Держатель светофильтров На один светофильтр d = 28 мм
Световоды
Гибкие световоды одно- и двуплечевые 
Дополнительно требуются держатели
Наклонный свет, повышение 
объемности изображения
Г ибкие световоды одно- и двуплечевые Наклонный свет, повышение 
объемности изображения, 
самоподдерживающиеся
Кольцевой осветитель для светлого поля Бестеневое освещение
Кольцевой осветитель для темного поля Бестеневое освещение
Линейный свет 50 мм Гомогенное поверхностное освещение
Вертикальный осветитель Для освещения отверстий


--- стр. 146 ---
Диффузор S Бестеневой мягкий свет
Диффузный плоскостной осветитель Мягкий свет с резким теневым 
эффектом
Дополнительные аксессуары к осветителям
Фокусирующие насадки для световодов Повышение яркости
Поляризаторы для световодов и кольцевых 
осветителей
Снижающие блики
Допустимое отклонение ±5%
Ниже приведена таблица с материалами насадок на окуляры, имеющих контакт с 
человеком:
Наименование изделия: Материал Контакт
Насадка на окуляр защитная 
для очков
Нитриловый каучук NBR (CAS №9005- 
98-5) / Поливинилхлорид (CAS №9002- 
86-2) твердость по Шору 70
Кратковременный 
контакт с кожей
Насадка на окуляр 
антибликовая
Корпус микроскопа, 
варианты исполнения: Stemi 
305 / Stemi 305 trino / Stemi 
305 cam
- Термопластик АБС+ПК НР-1001
- Сплав EN AC-AI S112Cul(Fe)F
- Сплав CuZn40Pb2 F43
Кратковременный 
контакт с кожей
Окуляры:
Окуляр IOx/23, окуляр 
16x/14, окуляр 16x/16, 
окуляр 25x/l 0
- Нитриловый каучук NBR (CAS 
№9005-98-5) / Поливинилхлорид PVC 
(CAS №9002-86-2), твердость по Шору 
70
- Алюминиевый сплав FY12-CZ EN 
AW-2024
- Оптическое стекло HZK50
Кратковременный 
контакт с кожей


--- стр. 149 ---
Содержание
1 О настоящем документе..................................................................16
1.1 Используемые условные обозначения .................................................16
1.2 Отображение примечаний по технике безопасности и
предупреждающих табличек...................................................................16
1.3 Нормативные примечания.......................................................................17
2 Базовые принципы...........................................................................19
2.1 Введение...................................................................................................19
2.2 Получение изображений..........................................................................19
2.3 Обработка изображений..........................................................................19
2.4 Анализ изображений................................................................................20
2.5 Формат файла..........................................................................................20
2.6 Расширения..............................................................................................20
3 Начало работы..................................................................................21
3.1 Запуск программного обеспечения .......................................................21
3.2 Пользовательский интерфейс ...............................................................22
3.2.1 Заголовок окна..........................................................................22
3.2.2 Конфигурация рабочего пространства .................................23
3.2.3 Строка меню..............................................................................23
3.2.4 Панель инструментов ..............................................................23
3.2.5 Левая область инструментов..................................................24
3.2.6 Центральная область экрана.................................................24
3.2.7 Правая область инструментов...............................................25
3.2.8 Панель документов ..................................................................25
3.2.9 Строка состояния .....................................................................26
3.2.9.1 Системные сообщения ......................................27
3.3 Настройка языка пользователя.............................................................28
3.4 Активация режима Show АН ....................................................................29
3.5 Настройка компонентов микроскопа.....................................................29
3.6 Получение первого изображения ..........................................................31
3.7 Добавление аннотаций к изображению................................................33
3.8 Настройка живого изображения .............................................................34
3.9 Ручное масштабирование.......................................................................35
3.10 Завершение работы программного обеспечения ...............................36
4 Получение изображений..................................................................38
4.1 Настройка многоканальных экспериментов ..........................................38
4.1.1 Настройка нового эксперимента.............................................39
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 150 ---
Содержание
4.1.2 Вариант 1. Smart Setup (Быстрая настройка) .......................39
4.1.3 Вариант 2. Инструмент Channels (Каналы) ..........................42
4.2 Получение изображений срезов по оси Z.............................................43
4.2.1 Настройка эксперимента с изображением серии срезов по
оси Z в автоматическом режиме............................................44
4.2.2 Ручная настройка среза по оси Z (режим первой/последней
плоскости)..................................................................................45
4.2.3 Ручная настройка среза по оси Z (режим средней
плоскости)..................................................................................46
4.3 Получение изображений временной серии..........................................47
4.4 Отображение и настройка расчетной сетки в области изображения49
4.5 Получение конфокальных изображений...............................................50
4.6 Работа со стратегиями фокусирования................................................55
4.6.1 Введение...................................................................................55
4.6.2 Использование программной автофокусировки ..................56
4.6.3 Использование точной фокусировки в экспериментах с
временными сериями ..............................................................58
4.6.4 Использование локальных или общих фокальных
поверхностей.............................................................................58
5 Обработка изображений..................................................................61
5.1 Порядок обработки изображений ..........................................................61
5.2 Общие настройки.....................................................................................61
5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию .....................................63
5.4 Настраиваемая деконволюция ..............................................................67
5.4.1 Шаг 1. Усреднение гранул .......................................................67
5.4.2 Шаг 2. Создание PSF ...............................................................70
5.4.3 Шаг 3. Загрузка входного изображения для деконволюции74
5.4.4 Шаг 4. Задание параметров для деконволюции ..................75
5.4.5 Шаг 5. Выполнение деконволюции........................................80
5.4.6 Шаг 6. Активация и использование древовидного меню ....82
5.5 Извлечение отдельных флуоресцентных изображений из
многоканального изображения ..............................................................85
5.6 Пакетная обработка.................................................................................87
5.7 Кадрирование области интереса ...........................................................92
5.8 Создание EDF-изображения...................................................................96
5.9 Функции обработки изображений ..........................................................98
5.9.1 Деконволюция...........................................................................98
5.9.1.1 Деконволюция по умолчанию...........................98
5.9.1.2 Настраиваемая деконволюция ..........................99
5.9.1.3 Создание PSF ......................................................111
5.9.1.4 Bead Average (Усреднение гранулы) ...............112
5.9.1.5 Методы деконволюции bZEN..........................114
5.9.2 Настройка................................................................................119
5.9.2.1 Цветовой баланс ................................................119
5.9.2.2 Оттенок / Насыщенность / Яркость .................120
5.9.2.3 Баланс белого .....................................................120
5.9.2.4 Цветовая температура.......................................121
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 151 ---
Содержание
5.9.2.5 Яркость / Контрастность / Гамма .....................121
5.9.2.6 Коррекция серии срезов по оси Z ....................121
5.9.2.7 Коррекция равномерности освещения ..........122
5.9.2.8 Вычитание фона .................................................123
5.9.2.9 Выравнивание гистограммы.............................123
5.9.3 Границы...................................................................................124
5.9.3.1 Фильтрация верхних частот ..............................124
5.9.3.2 Оператор Робертса.............................................124
5.9.3.3 Максимальный градиент...................................125
5.9.3.4 Сумма градиентов..............................................125
5.9.3.5 Метод Собеля .....................................................125
5.9.3.6 Фильтр высоких частот Лапласа .......................125
5.9.3.7 Локальная дисперсия........................................125
5.9.4 Геометрические преобразования.........................................125
5.9.4.1 Выравнивание каналов ......................................125
5.9.4.2 Выравнивание серии срезов по оси Z ..............127
5.9.4.3 Сшивка..................................................................128
5.9.4.4 Наложение изображения..................................130
5.9.4.5 Вращение.............................................................131
5.9.4.6 Вращение двухмерных изображений .............132
5.9.4.7 Отражение ..........................................................133
5.9.4.8 Изменение ориентации.....................................133
5.9.4.9 Изменение размера ...........................................133
5.9.4.10 Ортогональная проекция ................................135
5.9.4.11 Shift (Смещение) ................................................136
5.9.4.12 Цветокодированная проекция ........................136
5.9.4.13 Уменьшение образца........................................136
5.9.4.14 Выравнивание каналов (расширенное) ........137
5.9.5 Морфологические преобразования.....................................138
5.9.6 Усиление резкости..................................................................140
5.9.6.1 Увеличенная глубина резкости ........................140
5.9.6.2 Очерчивание .......................................................141
5.9.6.3 Выделение контуров ..........................................142
5.9.6.4 Нерезкое маскирование....................................142
5.9.7 Сглаживание...........................................................................144
5.9.7.1 Медиана...............................................................144
5.9.7.2 Sigma (Сигма) ......................................................144
5.9.7.3 Низкочастотная фильтрация ............................144
5.9.7.4 Биномиальный фильтр......................................145
5.9.7.5 Gauss (Гаусс) ........................................................145
5.9.7.6 Однопиксельный фильтр...................................146
5.9.7.7 Упорядоченность...............................................146
5.9.7.8 Устранение шума...............................................146
5.9.8 Временные серии...................................................................147
5.9.8.1 Выравнивание временных точек .....................147
5.9.8.2 Скользящее среднее..........................................149
5.9.8.3 Временной дифференциал...............................149
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 152 ---
Содержание
5.9.8.4 Объединение изображений временной серии 
.............................................................................150
5.9.8.5 Кимограф.............................................................150
5.9.8.6 Сшивка изображений временной серии........151
5.9.9 Ари(фметические преобразования.......................................152
5.9.9.1 Сложение.............................................................152
5.9.9.2 Прибавление константы ....................................152
5.9.9.3 Вычитание ............................................................153
5.9.9.4 Умножение..........................................................153
5.9.9.5 Умножение константы .......................................153
5.9.9.6 Деление................................................................154
5.9.9.7 Квадрат .................................................................154
5.9.9.8 Квадратный корень.............................................154
5.9.9.9 Логарифмическая функция ...............................155
5.9.9.10 Экспоненциальная функция ............................155
5.9.9.11 Инвертирование ................................................155
5.9.9.12 Обратная величина ...........................................155
5.9.9.13 Average (Средний) .............................................155
5.9.9.14 Объединение .....................................................155
5.9.9.15 Minimum (Минимальный)................................156
5.9.9.16 Maximum (Максимальный) .............................156
5.9.10 Сегментация............................................................................156
5.9.10.1 Threshold (Пороговая величина) .....................156
5.9.10.2 Порог (автоматический)...................................157
5.9.10.3 Порог (динамический)......................................158
5.9.10.4 Долины................................................................159
5.9.10.5 Кэнни...................................................................160
5.9.10.6 Марр....................................................................160
5.9.11 Binary (Бинарный)...................................................................161
5.9.11.1 Заполнение отверстий......................................161
5.9.11.2 Брак.....................................................................161
5.9.11.3 Маркирование областей..................................161
5.9.11.4 «И».......................................................................161
5.9.11.5 «ИЛИ»..................................................................162
5.9.11.6 Исключаюш,ее «ИЛИ».......................................162
5.9.11.7 «НЕ».....................................................................162
5.9.11.8 Максимальная эрозия......................................162
5.9.11.9 Дистанционное преобразование ...................163
5.9.11.10 Утончение ..........................................................163
5.9.11.11 Экзоскелет .........................................................163
5.9.11.12 Разделение ........................................................163
5.9.11.13 Маркировка изображения...............................164
5.9.12 Служебные программы .........................................................164
5.9.12.1 Конвертация необработанных данных в
АроТоте..............................................................164
5.9.12.2 Деконволюция в АроТоте...............................165
5.9.12.3 Копирование аннотаций...................................165
5.9.12.4 Копирование изображений.............................165
5.9.12.5 Изменение типа пикселя..................................165
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 153 ---
Содержание
6
6.1
6.2
7
7.1
7.2
7.3
7.4
7.5
8
8.1
5.9.12.6 Наложение шума ...............................................166
5.9.12.7 Создание поднабора изображений ...............166
5.9.12.8 Слияние поднабора изображений .................168
5.9.12.9 Генератор изображений...................................168
5.9.12.10 Создание изображения в градации серого ...170
5.9.12.11 Image Calculator (Калькулятор изображения) 170
5.9.12.12 Добавление каналов ...............................................172
5.9.12.13 Создание пирамиды изображений ................172
5.9.12.14 Разделение на RGB............................................172
5.9.12.15 Воссоздание RGB-изображения ......................172
5.9.12.16 Разделение на HLS............................................173
5.9.12.17 Воссоздание HLS-изображения ......................173
5.9.12.18 Вычисление гистограммы ................................173
5.9.12.19 Разделение сцен (запись файлов) ...................175
5.9.12.20 Разделение сцен................................................176
5.9.12.21 Разделение многоблокового изображения ..176
5.9.12.22 Изображение с эталонной равномерностью
освещения из мозаичного изображения .......176
5.9.12.23 Обработка Airyscan............................................181
5.9.12.24 Преобразование в лямбду ..............................182
5.9.12.25 Линейное разделение......................................182
5.9.12.26 Корреляция ........................................................183
5.9.12.27 Конвертация необработанных данных в
VivaTome.............................................................183
5.9.13 Экспорт/Импорт.......................................................................183
5.9.13.1 Экспорт изображений.......................................183
5.9.13.2 Экспорт видео ....................................................190
5.9.13.3 Раздел ОМЕ TIFF Export.....................................195
5.9.13.4 Экспорт в ZVI-формат........................................198
5.9.13.5 Импорт изображения.......................................199
5.9.14 Анализ изображений .............................................................202
Анализ изображений......................................................................206
Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном 
изображении...........................................................................................206
Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра ............................213
Импорт/экспорт изображений .....................................................226
Последовательность операций экспорта/импорта ...........................226
Экспорт изображений............................................................................229
Экспорт видеофайлов............................................................................229
Экспорт многоканальных изображений .............................................230
Импорт изображений серии срезов по оси Z .....................................233
Обратная связь по эксперименту...............................................238
Введение.................................................................................................238
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 158 ---
Содержание
16.5
17
17.1
17.2
17.3
17.4
16.4.3.1 Шаг 1. Options (Опции) .....................................444
16.4.3.2 Шаги 2-4. Calibration (Калибровка) ................445
16.4.4 Мастер получения изображений..........................................446
16.4.4.1 Обзорная визуализация ..................................447
16.4.4.2 Определение лент.............................................449
16.4.4.3 Визуализация лент............................................450
16.4.4.4 Определение срезов.........................................450
16.4.4.5 Определение областей интереса ...................453
16.4.4.6 Визуализация областей интереса ...................454
16.4.4.7 Повторная съемка.............................................454
16.4.5 Мастер выравнивания серии срезов по оси Z ....................455
16.4.5.1 Импорт изображения.......................................455
16.4.5.2 Pre-Processing (Предварительная обработка)455
16.4.5.3 Image Review (Просмотр изображения) .........456
16.4.5.4 Alignment (Выравнивание) ..............................456
16.4.5.5 Manual Correction (Ручная коррекция) ...........457
16.4.5.6 Final Image Creation (Создание конечного
изображения)....................................................457
16.4.6 Мастер корреляции ................................................................457
16.4.6.1 Import Z-Stacks (Импорт серий срезов по оси Z) 
.............................................................................458
16.4.6.2 Корреляция........................................................458
16.4.6.3 Manual Correction (Ручная коррекция)...........459
16.4.6.4 Create Final Correlation Image (Создание 
конечного коррелированного изображения)459
Приложение............................................................................................460
16.5.1 Сопоставительные держатели образца .............................460
Модуль Confocal Topography.......................................................464
Введение.................................................................................................464
Последовательность действий при сканировании топографии .....464
17.2.1 Введение.................................................................................464
17.2.2 Получение топографических изображений ........................465
Последовательность действий при измерении толщины слоя .......470
17.3.1 Введение.................................................................................470
17.3.2 Измерение толщины слоя.....................................................470
Функции и их назначение.......................................................................476
17.4.1 Вкладка Applications ...............................................................476
17.4.2 Инструмент Topography ........................................................476
17.4.3 Мастер измерения топографии............................................477
17.4.3.1 Шаг 1. Определение...........................................478
17.4.3.2 Шаг 2. Z-Stack Acquisition ..................................478
17.4.4 Инструмент Layer Thickness Measurement (Измерение
толщины слоя) .......................................................................478
17.4.5 Мастер измерения толщины слоя (Layer Thickness
Measurement Wizard) .............................................................479
17.4.5.1 Шаг 1. Определение...........................................479
17.4.5.2 Шаг 2. Sectioning.................................................479
17.4.5.3 ШагЗ. Measurement (Измерения) ..................480
17.4.6 Инструменты настройки визуализации ...............................480
12 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 159 ---
Содержание
17.4.6.1 Tiles (Мозаики) ..................................................480
17.4.6.2 Channel (Канал) ..................................................481
17.4.6.3 Режим Acquisition (Получение изображений) 
.............................................................................482
17.4.6.4 Z-Stack (Серия срезов по оси Z) .......................484
18 Модуль Software Autofocus.........................................................486
18.1 Введение................................................................................................486
18.1.1 В каком случае с^)окусировка установлена правильно? ... 486
18.1.2 Программная авто(фокусировка в ZEN ...............................486
18.2 Функции и их назначение ......................................................................488
18.2.1 Введение.................................................................................488
18.2.2 Инструмент Software Autofocus ...........................................488
19 Приложения и компоненты.........................................................492
19.1 Slidescan.................................................................................................492
19.1.1 Введение.................................................................................492
19.1.2 Работа с ZEN slidescan..........................................................493
19.1.2.1 Настройка светлопольных, флуоресцентных или
поляризационных профилей ..........................493
19.1.2.2 Импорт имен, профилей и сцен ......................500
19.1.2.3 Использование настроек сканирования
этикеток со слайдами 4"хЗ" ............................502
19.1.2.4 Использование настроек сканирования
просмотра со слайдами 4"хЗ" .........................504
19.1.2.5 Реализация собственного алгоритма
обнаружения тканей.........................................506
19.1.2.6 Использование штрихкода для определения
имени, профиля и подпапки ...........................508
19.1.2.7 Настройка области интереса для изображения
предпросмотра..................................................509
19.1.2.8 Создание изображения с эталонной
равномерностью освещения из мозаичного 
изображения.....................................................511
19.1.2.9 Изображение с эталонной равномерностью
освещения из мозаичного изображения ......513
19.1.2.10 Настройки карты фокусировки (FL) .................518
19.1.2.11 Настройка параметров сканирования для
флуоресцентных профилей .............................529
19.1.2.12 Настройки карты фокусировки (BF) ................537
19.1.2.13 Настройка параметров сканирования для
светлопольных профилей ................................544
19.1.3 Мастеры Slidescan .................................................................550
19.1.3.1 Введение ............................................................550
19.1.3.2 Мастер быстрого выбора профиля
сканирования (автономный) ...........................551
19.1.3.3 Мастер создания профиля сканирования
(онлайновый).....................................................552
19.1.3.4 Расширенный мастер создания профиля
сканирования (онлайновый) ...........................554
19.1.3.5 Расширенный мастер создания профиля
сканирования (автономный) ...........................605
19.1.3.6 Мастер обнаружения тканей (автономный)..605
19.1.3.7 Мастер калибровки Axio Scan (онлайновый).608
19.1.4 Функции и их назначение .......................................................608
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 13


--- стр. 160 ---
Содержание
19.1.4.1 Вкладка Scan.....................................................608
19.1.4.2 Окно Magazine..................................................614
19.2 ApoTome.2 ............................................................................................621
19.2.1 Введение ...............................................................................621
19.2.2 Принцип визуализации с помощью метода
структурированного освещения .........................................621
19.2.3 Оптимальные условия для получения изображений ......625
19.2.4 Перечень рекомендованных объективов ..........................626
19.2.4.1 ЕС Plan-Neofluar................................................627
19.2.4.2 LCI Plan-Neofluar...............................................627
19.2.4.3 Plan-Apochromat...............................................628
19.2.4.4 LD LCIPIan-Apochromat ....................................628
19.2.4.5 CApochromat.....................................................628
19.2.4.6 LD CApochromat................................................629
19.2.4.7 a Plan-Apochromat............................................629
19.2.4.8 aPlan-Fluar........................................................629
19.2.5 Подготовка: с|)азовая калибровка .......................................629
19.2.6 Шаг 1. Определение каналов с помощью Smart Setup .....630
19.2.7 Шаг 2. Калибровка с})окуса сетки.........................................632
19.2.8 Шаг 3. Проведение эксперимента в АроТоте..................635
19.2.9 Шаг 4. Обработка результирующего изображения ..........637
19.2.10 Шаг 5. Получение серии срезов по оси Z ..........................640
19.2.11 Шаг 6. Выполнение деконволюции в АроТоте .................642
20 Часто задаваемые вопросы........................................................647
20.1 Что делать, если изображение слишком темное? ...........................647
20.2 Как можно сбалансировать цвет изображений? ..............................647
20.3 Откуда на изображении появляется пыль или тень, если
используемый образец чист?..............................................................648
20.4 Почему изображение выглядит так, словно чем-то прожжено (т. е.
присутствует тень от предыдущего образца)? .................................649
20.5 Как исправить оттенок градиента цвета?..........................................649
20.6 Что делать, если живое изображение низкого качества и
пикселизировано?.................................................................................650
20.7 Как исправить медленную передачу живого изображения?...........650
20.8 Что делать, если живое изображение больщей частью
красное/синие?......................................................................................651
20.9 Что делать, если живое изображение остается черным или белым
после настройки экспозиции? .............................................................652
20.10 Почему живое изображение отображается в предельных цветах по
сравнению с тем, что я наблюдаю в окуляры? ................................652
20.11 Почему разрешение изображения ниже заявленных характеристик
камеры?..................................................................................................653
20.12 Что делать, если живое изображение расфокусировано? ..............653
20.13 Почему цвет изображения отличается от наблюдаемого в окуляры? 
.................................................................................................................653
Глоссарий.......................................................................................................655
14 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 161 ---
Содержание
Алфавитный указатель.................................................................................661
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 15


--- стр. 162 ---
1 о настоящем документе | 1.1 Используемые условные обозначения
1 О настоящем документе
1.1 Используемые условные обозначения
Настоящий документ содержит следующие виды форматирования текста:
1.2
Пример
Иконка Save 
(Сохранить)
Кнопка On/Off 
(Вкл/Выкл)
Панель Image 
(Изображение)
Описание
Интерактивные элементы пользовательского 
интерфейса, например кнопки и иконки
Аппаратные кнопки на микроскопе
Неинтерактивные элементы пользовательского 
интерфейса, например название диалогового окна
Клавиша Ctrl 
Вводимый текст 
Ссылка  [►16]
Комбинация клавиш 
Текст, вводимый пользователем 
Ссылка на дополнительную информацию 
Дололнительная информация обозначается следующим образом:
1 Примечание
Настоящий документ содержит следующие виды форматирования текста:
Отображение примечаний по технике  
безопасности и предупреждающих табличек
в зависимости от уровня риска в документации и программном 
обеспечении используются следующие примечания по технике 
безопасности:
iP- 1
Риск получения травмы
«ОСТОРОЖНО!» обозначает потенциально опасную ситуацию, которая в 
случае игнорирования может привести к тяжелой травме или смерти.
16 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 163 ---
1 о настоящем документе | 1.3 Нормативные примечания
А вНИМАНИЕ!
Риск получения травмы
«ВНИМАНИЕ!» обозначает потенциально опасную ситуацию, которая 
может привести к получению травмы незначительной или средней степени 
тяжести.
П Р И М Е Ч А Н И Е
Риск повреждения оборудования
«ПРИМЕЧАНИЕ» указывает на вероятность повреждения оборудования. 
Также данная надпись используется в случае потери или повреждения 
данных.
Предупреждающие иконки и таблички на изделии или в документации 
обозначают потенциальную опасность или следующую информацию:
Иконка/ 
табличка
Название Описание
Защемление Эта иконка предупреждает о
пальцев возможном риске защемления
пальцев.
1.3 Нормативные примечания
Компания ZEISS обращает внимание пользователя на то, что информация 
и справочные материалы, содержащиеся в настоящей документации, 
могут быть изменены в результате технической модификации, связанной с 
постоянным усовершенствованием продукции компании ZEISS. 
Прилагаемая документация не содержит в себе какой-либо гарантии 
компании ZEISS в отношении технических процессов, описанных в 
документации, или определенных воспроизведенных характеристик 
продукции. Более того, компания ZEISS не несет никакой ответственности 
за любые возможные типографские ошибки или другие неточности 
настоящей документации за исключением случаев, подтвержденных тем, 
что данные ошибки или неточности были заранее известны компании или 
были допущены в результате явной небрежности с ее стороны и не были 
устранены должным образом. Таким образом, компания ZEISS обращает 
внимание пользователя на то, что данное руководство содержит только 
общее описание технических процессов, осуществление которых в 
отдельно взятом случае может не соответствовать приведенной здесь 
информации. В случае возникновения сомнений пользователю 
рекомендуется напрямую обратиться в компанию ZEISS.
Настоящая документация охраняется авторским правом. Компания ZEISS 
сохраняет за собой все права на данную документацию. Запрещается 
полное и частичное копирование, а также перевод настоящего 
руководства на другой язык за исключением случаев копирования для 
личного пользования.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 17


--- стр. 164 ---
1 о настоящем документе | 1.3 Нормативные примечания
Компания ZEISS обращает внимание на то, что информация, 
содержащаяся в настоящей документации, будет регулярно обновляться в 
соответствии с техническими модификациями и дополнениями в 
конструкции изделий, и, более того, настоящее руководство отражает 
техническое состояние продукции компании только на момент печати.
Техника безопасности
Перед установкой и применением программного обеспечения необходимо 
изучить все указания по технике безопасности, приведенные в 
документации к соответствующим приборам (например, к периферийному 
оборудованию микроскопа, камерам, компьютерам, дополнениям к 
компьютеру и т. д.).
Правовая оговорка
Автор не несет ответственности за любую информацию, на которую 
делается ссылка со страниц его веб-сайта, если только автор не 
осведомлен о ее незаконном содержании и не может воспрепятствовать 
просмотру этих страниц посетителями своего веб-сайта. В случае 
нанесения ущерба вследствие использования информации, 
представленной на внешних страницах, исключительную ответственность 
несет автор этих страниц, а не лицо, с веб-сайта которого был 
осуществлен переход на соответствующие страницы. Более того, автор не 
несет ответственности за любые публикации или сообщения, 
размещенные пользователями на форумах, в гостевых книгах или списках 
рассылок, представленных на его странице.
Обратите внимание, что данное программное обеспечение содержит 
расширение, которое позволяет подключаться к стороннему программному 
обеспечению ImageJ. Imaged не является продуктом компании ZEISS. 
Следовательно, компания ZEISS не предоставляет гарантию на Imaged, не 
заявляет, что Imaged или производные инструменты, например Fiji, или 
соответствующие макросы будут работать с ващим оборудованием, и не 
несет ответственности за любые повреждения, возникшие при 
использовании данного расширения. Используя это расширение, вы 
соглашаетесь с этой правовой оговоркой.
Уведомление со стороны производителя
Данный программный продукт разработан, реализован, проверен, 
подтвержден и выпущен в сертифицированной производственной среде. 
Система управления качеством сертифицирована в соответствии со 
стандартами DIN EN ISC 9001 и DIN EN ISO 13485.
Сферой применения программного обеспечения являются общие задачи и 
приложения в области микроскопии и, соответственно, визуализации (так 
называемое «готовое программное обеспечение»). Тем не менее 
пользователь подтверждает, что при любом использовании программного 
продукта конечный пользователь несет ответственность за подтверждение 
соответствия программного обеспечения конкретному применению с 
учетом всех требований соответствующих законодательных актов и 
стандартов (например, FDA/раздел 21, часть 11 свода федеральных 
нормативных актов США (CFR), Использование в медицинских изделиях 
для диагностики in vitro и т. д.). При необходимости конечный 
пользователь должен установить, задокументировать, внедрить и 
соблюдать специальную процедуру обеспечения соответствия всем 
правилам соответствующих законодательных актов и стандартам. Следует 
отметить, что представленные данные измерений (например, измерения 
длины) нельзя использовать непосредственно в качестве аналитических 
значений результатов диагностики.
КОМПАНИЯ CARL ZEISS НЕ ГАРАНТИРУЕТ, ЧТО НАСТОЯЩЕЕ 
ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ПРИГОДНО К РЕШЕНИЮ 
СПЕЦИАЛЬНЫХ ЗАДАЧ, КОТОРЫЕ ВЫХОДЯТ ЗА РАМКИ УКАЗАННОЙ 
СФЕРЫ ПРИМЕНЕНИЯ.
18 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 165 ---
2 Базовые принципы | 2.1 Введение
2 Базовые принципы
2.1 Введение
ZEN 2,3 (blue) — модульное программное обеспечение для цифровой 
микроскопии, предназначенное для получения, обработки и анализа 
изображений. Сокращение «ZEN» расшифровывается как ZEISS Efficient 
Navigation (Эффективная навигация ZEISS) и указывает на то, что оно 
может использоваться для управления всеми микроскопами и системами 
визуализации, выпускаемыми компанией ZEISS.
Помимо базовых функций получения, предварительной обработки и 
аннотирования изображений, анализа изображений и функций создания 
отчетов, доступны множество дополнительных модулей для 
специфических микроскопических исследований.
Базовая версия программного обеспечения ZEN lite предоставляется 
бесплатно. Помимо базовых функций получения, элементарной обработки 
изображений, анализа изображений и документации, в ZEN lite возможно 
подключение множества дополнительных модулей. Более подробная 
информация представлена в каталоге продукции.
2.2 Получение изображений
Программное обеспечение ZEN 2.3 (blue) позволяет использовать все 
микроскопы и камеры компании ZEISS в качестве эффективных и 
специализированных систем визуализации. Пройдя краткий курс обучения, 
вы сможете интерактивно управлять всем рабочим процессом, начиная с 
получения, обработки и анализа изображений.
В зависимости от используемой системы вы сможете получать отдельные 
изображения, многоканальные флуоресцентные изображения или 
видеофрагменты с максимальной глубиной изображения до 16 бит на 
канал видеоинформации. ZEN поддерживает функцию Smart Setup, 
которая обеспечивает оптимальные сочетания красителя и длины волны.
С ZEN 2.3 (blue) может использоваться целый ряд камер различных типов, 
начиная с простых телевизионных камер и заканчивая камерами для 
микроскопии с высокой разрешающей способностью и высокой 
чувствительностью. Полная интеграция камер в программное обеспечение 
позволяет создавать сложные изображения и видеофрагменты одним 
щелчком мыши. Для достижения наилучших результатов рекомендуется 
использовать камеры для микроскопии серии Axiocam компании ZEISS.
2.3 Обработка изображений
Сразу после получения изображение немедленно отображается на экране. 
После этого его можно оптимизировать с помощью следующих методов:
■ Регулировка контраста, яркости и цвета.
■ Подавление шума, сглаживание и выделение контуров.
■ Повышение резкости/выделение деталей.
■ Корректировка освещения и баланса белого.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 19


--- стр. 166 ---
2 Базовые принципы | 2.4 Анализ изображений
ZEN 2.3 (blue) также может использоваться для добавления аннотаций к 
изображениям. В программу интегрированы все элементы, начиная с 
масштабных линеек и заканчивая цветными метками в тексте и 
графическими изображениями.
2.4 Анализ изображений
Простые интерактивные измерения можно выполнять даже с помощью 
ZEN lite. Результаты измерений (например, длина, площадь и периметр) 
доступны в таблице данных, обработка которой может осуществляться с 
помощью редакторов электронных таблиц.
С помощью дополнительных модулей Image Analysis (Анализ 
изображения) и Measurement (Измерение) можно осуществлять 
профессиональный анализ, например создавать автоматизированные 
методики измерения или измерять микроскопические структуры в 
интерактивном режиме.
2.5 Формат файла
Для ПО ZEN был разработан специальный формат файла — *.czi 
(Carl Zeiss Image). Помимо самих данных изображения такой формат 
сохраняет множество дополнительных данных, например дату получения 
изображения, настройки микроскопа, значения экспозиции, данные о 
размере и масштабе изображения, использованные процедуры настройки 
контраста изображения. В этом файле также сохраняются все аннотации и 
результаты измерений.
Для получения дополнительной информации о формате файлов 
изображений ZEISS рекомендуем посетить форум по микроскопическим 
исследованиям компании ZEISS в сети Интернет 
(http://forums.zeiss.com/microscopy community/forum.php). На форуме вы 
можете принять участие в интересных дискуссиях или загрузить 
подробную документацию о формате файлов.
Данные
изображения
Размер изображения 
Тип пикселей 
Данные о масштабе 
для осей X, у и Z 
Пояснения к меткам
Настройки
микроскопа
Название микроскопа 
Сведения об объективе 
Тип рефлектора 
Метод
контрастирования
.czi - файл
Данные
документа
Название
Предмет
Ключевые
слова
Дата съемки
Настройки
камеры
Название
камеры
Биннинг
Рисунок 2.1. Файловый формат .CZI
2.6 Расширения
Концепция расширений позволяет динамически расширять 
функциональность ПО ZEN. С технической точки зрения она сродни 
концепции подключаемых модулей и надстроек. Для расширений в 
программном обеспечении зарезервирована специальная область 
(вкладка «Расширения»), в которой вы сразу найдете все загруженные 
расширения.
20 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 167 ---
3 Начало работы | 3.1 Запуск программного обеспечения
3 Начало работы
3.1 Запуск программного обеспечения
Необходимые предварительные условия ■ ПО ZEN 2.3 (blue) было установлено на ваш
компьютер.
Порядок действий 1 Дважды щелкните на иконку программы на Рабочем столе вашего
компьютера.
ш
Либо нажмите на Start | All Programs | Carl Zeiss Microscopy | ZEN | 
ZEN (blue edition) (Пуск | Bee программы | Инструменты для 
микроскопии Carl Zeiss | ZEN | ZEN (blue edition)) (синяя иконка).
Запустится программное обеспечение. Через мгновение появится 
экран входа в систему.
3 Нажмите на кнопку необходимого приложения. Доступность
приложений зависит от вашей лицензии и системы (например, если 
вы работаете с ЛСМ, то вам доступны только ZEN system (Система 
ZEN) и Image Processing (Обработка изображений)). Убедитесь, что 
используемые вами компоненты аппаратного обеспечения включены 
и готовы к работе.
Запустится программное обеспечение. Во время запуска программы 
произойдет инициализация настроек аппаратного обеспечения.
Вы успешно запустили программное обеспечение.
1 Примечание
После запуска программы для работы с изображениями, полученными в 
ходе предыдущей сессии, необходимо установить флажок напротив 
Reload Last Used Documents (Загрузить последние использованные 
документы) в меню Tools | Options | Startup (Инструменты | Опции | Пуск).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 21


--- стр. 168 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
3.2 Пользовательский интерфейс
Пользовательский интерфейс ZEN 2.3 (blue) разделен на три главных 
области. С помощью вкладок в левой области инструментов (4) вы 
получаете доступ ко всем основным инструментам управления 
микроскопом (вкладки определения местоположения (Locate), получения 
изображений (Acquisition), обработки изображений (Processing), анализа 
изображений (Analysis) и создания отчетов (Reporting)). В центральной 
области экрана (5) отображаются полученные изображения, в то время 
как в правой области инструментов (6) представлен список всех 
открытых документов, позволяющий осуществлять расширенное 
управление файлами.
И - ........
О  
I I
о  
о
о
ш
R1 Заголовок окна 
ет Строка меню
Панель инструментов 
т  Левая область инструментов 
СТ Центральная область экрана 
Q  Правая область инструментов 
51 Строка состояния
3.2.1 Заголовок окна
Параметр
Значок Help 
(Справка)
Minimize
(Свернуть)
Описание
Активирует функцию перетаскивания справки.
На курсоре мыши появится вопросительный знак. 
Переместите указатель мыши в то место 
программного обеспечения, где вам необходима 
помощь. Нажмите левой клавишей мыши в 
требуемом месте. Откроется интерактивная справка.
Сворачивает окно программы.
22 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 169 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
3.2.4
Параметр
Maximize Over 2 
Screens 
(Развернуть на 
два экрана)
Maximize
(Развернуть)
Restore Down 
(Свернуть в окно)
Описание
Разворачивает окно программы на два экрана, при 
наличии таковых. Эта опция доступна только при 
работе с двумя экранами с одинаковой 
разрешающей способностью.
Расширяет окно программы по границам основного 
экрана.
Уменьшает окно программы до необходимого 
размера.
Close (Закрыть) Закрывает окно программы.
3.2.2 Конфигурация рабочего пространства
Woricspace Zoom П Reset
Design Dark » Workspace
Рисунок 3.1. Конфигурация рабочего пространства
Здесь размещены настройки ващего рабочего пространства. Для 
настройки дизайна пользовательского интерфейса выберите опцию 
Light/Dark Design (Осветлить/затемнить дизайн), а для расщирения 
экрана воспользуйтесь ползунком Workspace Zoom (Масштабирование 
рабочего пространства). Вы также можете сохранять и повторно загружать 
все персональные настройки в конфигурации рабочего пространства. С 
помощью кнопки И Dock all tool windows (Закрепить все окна 
инструментов) в верхнем правом углу вы можете с легкостью закреплять 
все незакрепленные инструменты одним щелчком мыши.
3.2.3 Строка меню
File Edit View Acquisition Graphics Macro Tools Window Help
Рисунок 3.2. Строка меню
Строка меню содержит все меню, необходимые для управления, 
редактирования и просмотра ваших проектов.
Панель инструментов
Рисунок 3.3. Панель инструментов
Здесь вы можете получить быстрый доступ к важным функциям, например 
сохранению или открытию файлов. Правее расположены дополнительные 
настройки рабочего пространства, например Design (Дизайн) и Workspace 
(Рабочее пространство). Ознакомьтесь с персонализацией панели 
инструментов в разделе «Персонализация панели инструментов»
[► 240].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 23


--- стр. 170 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
3.2.5 Левая область инструментов
Здесь находятся основные вкладки с настройками микроскопа и камеры 
(вкладка Locate), получения изображений (вкладка Acquisition), 
обработки изображений (вкладка Processing), анализа изображений 
(вкладка Analysis) и создания отчетов (вкладка Reporting). Расположение 
основных вкладок соответствует типовому порядку проведения 
экспериментов в бионауке или материаловедении.
3.2.6
Рисунок 3.4. Левая область инструментов  
Центральная область экрана
Центральная область экрана состоит из 4 областей. Сверху расположена 
панель документов (1). Ниже, слева от изображения расположены 
вкладки для общего и предметного просмотра изображения (2).
В середине центральной области экрана расположена область 
изображений (3). В ней отображаются изображения, отчеты и таблицы. 
Под областью изображения находятся вкладки с параметрами общего и 
предметного просмотров (4). Вкладки управления предметным 
просмотром помечены синим уголком.
24 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 171 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
И
Рисунок 3.5. Центральная область экрана  
ЖШ Панель документов
ШШ Вкладки параметров просмотра изображений 
О Область изображений
О  Вкладки параметров общего и предметного просмотров
3.2.7 Правая область инструментов
Здесь расположена галерея Images and Documents (Изображения и 
документы), инструменты управления Microscope (Микроскоп), Stage 
(Столик), Focus (Фокусировка) и Definite Focus (Точная фокусировка), 
а также инструмент Macro (Макрокоманда) (зависит от модуля/лицензии).
3.2.8 Панель документов
Рисунок 3.6. Панель документов
Здесь отображаются вкладки всех открытых документов. Для просмотра 
изображения/документа нажмите на вкладку. На панели документов 
справа расположены кнопки переключения режимов просмотра с Expose 
(Экспозиция) на Splitter (Разделенный экран) и дополнительными опциями 
просмотра изображения (меню просмотра View).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 25


--- стр. 172 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
1 Примечание
Звездочка (*) рядом с названием изображения/документа указывает на то, 
что в документ внесены несохраненные изменения. Чтобы избежать 
потери данных, периодически сохраняйте изображения/документы.
3.2.9 Строка состояния
На этой панели отображается важная информация о состоянии системы:
Параметр
Scaling
(Масштабирование)
System Information 
(Сведения о 
системе)
Progress bar
(Индикатор
выполнения)
Индикаторы
производительности
Frame Rate 
(Частота кадров)
Описание
Отображает латеральный масштаб, 
используемый в текущий момент. Нажатие 
стрелки открывает диалоговое окно 
масштабирования. В нем вы получите доступ к 
расширенным настройкам масштабирования и 
мастеру масштабирования.
Постоянно отображает последний активный 
процесс, выполняемый в данный момент 
системой.
Отображает ход выполнения активного процесса. 
Каждый новый добавленный процесс заменяет 
старые, все еще активные процессы. Нажатие 
кнопки-стрелки открывает окно с перечнем всех 
процессов в хронологическом порядке. С 
помощью кнопки Stop (Стоп) можно остановить 
выполняемый в данное время процесс.
В этой группе отображаются показатели 
производительности отдельных компонентов 
компьютера:
■ Индикатор Free RAM (Свободная 
оперативная память) отображает объем 
доступной физической памяти.
■ Индикатор Free HD (Свободное 
пространство на жестком диске) 
отображает объем доступного 
пространства на жестком диске, на 
который будет производиться запись 
следующего изображения (см. Extras / 
Options / Save (Дополнительные 
возможности / Опции / Сохранить)).
■ Индикатор CPU (ЦП) отображает степень 
использования центрального процесса.
■ В небольшой строке состояния
отображается общая оценка 
использования системы.
Информация, двойным нажатием на область 
индикаторов производительности открывается 
Диспетчер задач Windows.
Отображается текущую частоту в кадрах в 
секунду (fps), используемую активной камерой 
для получения новых изображений. Обратите 
внимание: в большинстве случаев при скорости 
свыше 100 кадров в секунду данное значение не 
всегда определяется точно.
26 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке


--- стр. 173 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
Параметр
Pixel Value 
(Значение 
пикселей)
Position
(Позиция)
Информация (i)
Storage Folder 
(Папка хранения 
информации)
User
(Пользователь) 
Time (Время)
Описание
Отображает значение серого на изображении в 
текущей позиции указателя мыши. У многоканальных 
изображений значение насыщенности серого в 
одном канале отображается для 4 каналов.
Отображает X и Y координаты позиции указателя 
мыши на изображении (в пикселях).
Нажатие на данную иконку открывает окно с 
системными сообщениями  (System Messages)
[► 27].
Отображает путь к папке для автоматического 
сохранения новых изображений. Чтобы изменить 
путь, выберите в меню Tools | Options | Saving 
(Инструменты | Опции | Сохранение).
Отображает имя пользователя Windows, вошедшего 
в систему.
Отображает системное время Windows.
3.2.9.1 Системные сообщения
Нажатие правой клавишей мыши по системному сообщению открывает 
доступ к кнопке Сору (Копировать). Нажатием левой клавишей мыши на 
кнопку Сору (Копировать) сообщение копируется в буфер обмена. Затем 
вставьте сообщение в текстовый файл или электронное сообщение. Идея 
заключается в том, что пользователь легко может пересылать сообщения 
об ошибках, например, службе технической поддержки. Функция 
копирования/вставки применима ко всем системным сообщениям или 
сообщениям об ошибках внутри приложения.
Параметр
Информация
Предупреждения
Ошибки
Описание
Системная информация, которая появляется во 
время нормальной работы программного 
обеспечения. Системная информация не приводит к 
прерыванию рабочего процесса. Информационное 
окно не отображается автоматически.
Информация, требующая от пользователя 
определенных действий, например запрос на замену 
компонента микроскопа с ручным приводом 
фокусировки. Эта информация приводит к 
кратковременному отображению информационного 
окна. Тем не менее окно закрывается спустя 
несколько секунд.
Сообщения об ошибках указывают на неисправность 
системы. В этом случае появляется 
информационное окно, которое остается открытым. 
Система требует от пользователя определенных 
действий для продолжения работы.
1 Примечание
В ходе рабочей сессии могут накапливаться сотни сообщений. 
Отображаться могут не более 300 сообщений. Для отображения 
сообщений определенной категории установите или снимите 
соответствующие флажки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 27


--- стр. 174 ---
3 Начало работы | 3.3 Настройка языка пользователя
3.3 Настройка языка пользователя
Необходимые предварительные условия Приложение успешно запущено.
Порядок действий 1 Перейдите в меню Tools | Options (Инструменты | Опции).
Откроется диалоговое окно Options (Опции). Выберите элемент 
General (Общее) в группе Software (Программное обеспечение).
2 Снимите флажок Select Automatically (Выбрать автоматически), 
если хотите установить язык вручную.
1 Примечание
Если установлен флажок Select Automatically (Выбрать автоматически), 
программное обеспечение будет использовать язык, установленный в 
системных настройках вашего компьютера. Эта настройка используется по 
умолчанию.
3 Выберите язык из выпадающего списка Fixed Language 
(Фиксированный язык).
Software
General Language
Startup Select Automatically
Naming 1  ixpd Language English
Saving
Documents English
Acquisition
Reuse
User чштяштй
Data Tables 
Macro Editor 
ImageJ 
Hardware
г Ш Ш Т '
Появится сообщение о необходимости перезапуска приложения.
4 Нажмите ОК.
Закроется диалоговое окно Options (Опции).
5 Выполните выход из программы и перезапустите ее.
Вы успешно установили язык пользователя.
28 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 175 ---
3 Начало работы | 3.4 Активация режима Show All
3.4
Порядок действий
Активация режима Show All
1 в отключенном (по умолчанию) режиме Show All (Показать все) 
отображаются только основные функции окон инструментов и 
параметров просмотра.
Для отображения расширенных настроек либо экспертных функций 
окон инструментов и параметров просмотра нажмите на кнопку 
Show All (Показать все).
3.5 Настройка компонентов микроскопа
Этот раздел посвящен ручной настройке компонентов микроскопа в 
ZEN lite. Все определения компонентов микроскопа сохраняются в 
метаданных полученного изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 29


--- стр. 176 ---
3 Начало работы | 3.5 Настройка компонентов микроскопа
Необходимые предварительные условия Выбрана вкладка Camera (Камера).
Порядок действий 1 Нажмите на синий заголовок инструмента Microscope Components
(Компоненты микроскопа).
30 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 187 ---
Теперь в разделе Proposals (Предложения) отобразится графическое 
представление. В нем схематически представлены спектры красителей, 
расчетная интенсивность сигналов на краситель и спектральные помехи.
4 Получение изображений | 4.1 Настройка многоканальных экспериментов________________
F!uo'«s:cncc
' О п т ' * '
Sf. t.'.'e liafii ti. л;г./ о' Pulftpe-Ue
Sncvv D.Citdticn V  Shovs Cniiscior C <  C a r e d
1 Примечание
В зависимости от выбранного красителя и используемого аппаратного 
обеспечения микроскопа может отображаться до трех разных 
предложений (наилучший сигнал, самый быстрый сигнал, наилучшее 
сочетание). Они отличаются интенсивностью сигнала, перекрестными 
помехами и скоростью. Выберите предложение, наиболее подходящее 
для эксперимента.
7 Для выбора предложения (при наличии более одного) активируйте 
кнопку-переключатель в верхней части предложения.
8 Для дополнительной оптимизации настроек эксперимента нажмите 
кнопку Motif. По умолчанию активирована кнопка Automatic 
(Автоматически).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 41


--- стр. 188 ---
4 Получение изображений | 4.1 Настройка многоканальных экспериментов
I Примечание
Для получения высококачественного изображения (кнопка Quality 
(Качество)) либо для быстрого получения изображения, но при более 
низком качестве (кнопка Speed (Скорость)), с помощью кнопок Motif можно 
автоматически оптимизировать параметры получения изображений и 
настройки камеры. Более подробное описание кнопок Motif приводится в 
диалоговом окне Smart Setup (Быстрая настройка).
9 Для оптимизации настроек эксперимента примите предлагаемые 
параметры и закройте окно Smart Setup, нажав кнопку ОК.
Дополнительные каналы будут автоматически добавлены в 
инструмент Channels (Каналы).
10 Нажмите на кнопку Set Exposure (Установить экспозицию) в строке 
управляющих кнопок в верхней части вкладки Acquisition 
(Получение изображений).
Время экспозиции теперь измеряется последовательно для всех 
трех каналов. Оно перенесено в настройки данных каналов. Вслед 
за измерением времени экспозиции производится автоматическое 
получение многоканального изображения, которое отображается в 
центральной области экрана.
II Для сохранения эксперимента со всеми настройками нажмите кнопку
12
Options (Опции) менеджера экспериментов (Experiment 
Manager)
В выпадающем списке менеджера экспериментов (Experiment 
Manager) выберите Save (Сохранить).
Вы настроили многоканальный эксперимент с помощью функции Smart 
Setup (Быстрая настройка), провели его, а затем сохранили его 
конфигурацию. Теперь вы можете повторять этот эксперимент сколько 
угодно, используя те же настройки.
4.1.3
Порядок действий
Вариант 2. Инструмент Channels (Каналы)
1 Откройте инструмент Channels (Каналы) в группе Acquisition 
Parameter (Параметры получения изображений).
^  Channels ✓  ShowM
Please add а first track by pressing the respective button.
+LSM + Ш
Нажмите кнопку +WF.
Откроется диалоговое окно Add Dye or Contrast Method (Добавить 
краситель или метод контрастирования).
Выберите необходимый краситель или метод контрастирования. Вы 
можете выполнить поиск красителя по его названию (или начальной 
букве) в поле ввода Search (Поиск).
Нажмите кнопку Add (Добавить) в нижней части диалогового окна 
или просто дважды нажмите на строку ввода.
Канал будет добавлен в ваш эксперимент. Для добавления 
дополнительных каналов повторите последние два шага.
Нажмите кнопку Close (Закрыть).
42 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 189 ---
4 Получение изображений | 4.2 Получение изображений срезов по оси Z
Добавленные каналы появятся в инструменте Channels (Каналы).
Нажмите кнопку Set Exposure (Установить экспозицию) в строке 
основных кнопок верхней части вкладки Acquisition (Получение 
изображений).
Время экспозиции теперь измеряется последовательно для всех 
настроенных каналов. Оно также перенесено в настройки этих 
каналов. Для установки времени экспозиции для каждого канала в 
отдельности воспользуйтесь кнопкой Set Exposure (Установить 
экспозицию) в настройках канала инструмента Channels (Каналы). 
Вслед за измерением времени экспозиции производится 
автоматическое получение многоканального изображения, которое 
отображается в центральной области экрана.
Для сохранения эксперимента со всеми настройками нажмите кнопку
Options (Опции) менеджера экспериментов (Experiment 
Manager).
8 В выпадающем списке выберите Save (Сохранить).
Вы настроили многоканальный эксперимент с помощью инструмента
Channels (Каналы), выполнили его и затем сохранили его конфигурацию.
Теперь вы можете повторять этот эксперимент сколько угодно, используя
те же настройки.
4.2 Получение изображений срезов по оси Z
Необходимые предварительные условия ■ Микроскоп и его компоненты включены и
настроены.
■ Вы настроили новый эксперимент  [► 39], по крайней мере 
определили один канал, правильно отрегулировали фокусировку и 
время экспозиции.
■ Открыта вкладка Acquisition (Получение изображений).
В разделе Acquisition Dimensions (Измерения полученных 
изображений) установите флажок Z-Stack (Серия срезов по оси Z).
Порядок действий 1
В группе инструментов Multidimensional Acquisition (Получение 
многомерных изображений) появится инструмент Z-Stack (Изображение 
серий срезов по оси Z).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 43


--- стр. 195 ---
4 Получение изображений | 4.4 Отображение и настройка расчетной сетки в области 
изображения___________________________________________
4.4 Отображение и настройка расчетной сетки  
в области изображения
в этом разделе вы узнаете, как отображать и настраивать расчетную сетку 
в области изображений.
•
1 Примечание
Расчетная сетка отображается только на полученном изображении или 
живом изображении в непрерывном режиме (Continuous).
Необходимые предварительные условия ■ Открыто изображение, на котором
необходимо отобразить расчетную сетку.
Порядок действий 1 Выберите Grid (Расчетная сетка) в меню Graphics (Графические
элементы).
Расчетная сетка отобразится на изображении.
Щелкните правой клавишей мыши точно по линии сетки. 
Откроется контекстное меню.
В контекстном меню выберите Format Graphical Elements
(Форматировать графические элементы).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 49


--- стр. 196 ---
Отобразится диалоговое окно Format Grid (Форматирование расчетной 
сетки).
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений ___________________
• Certter TopLeft
^  Horizontal Lines V Vertical Lines V  Circles V Cross  
Pixel Synchronize
167,33 : 250,50 :
6 : п 4 t
3 ;
v: 1,00 с — Solid *
■  >  2,00 : — Solid
— Solid »
Set As New Default Reset
Установите флажок Synchronize (Синхронизировать). Эта функция 
означает, что любое изменение, например числа столбцов, 
одновременно изменяет и число рядов. Таким образом, расчетная 
сетка всегда остается квадратной.
Большее число столбцов устанавливается с помощью ползунка 
Columns (Столбцы). Также необходимое число можно ввести в поле 
ввода.
Изменения отображаются непосредственно на изображении.
Save6 Для сохранения настроек расчетной сетки нажмите ■
(Сохранить).
Откроется диалоговое окно Windows сохранения настроек.
7 Введите имя настройки и нажмите Save (Сохранить).
8 Закройте диалоговое окно Format Grid (Форматирование расчетной 
сетки).
Вы успешно вставили расчетную сетку в изображение, отредактировали и 
сохранили ее настройки.
4.5 Получение конфокальных изображений
Для получения конфокальных изображений необходимо сначала 
определить параметры получения изображений и настроить эксперимент. 
Поэтому рекомендуем использовать функцию быстрой установки Smart 
Setup, где будут автоматически предложены определенные параметры 
для настройки эксперимента, например, при получении изображений с 
помощью модуля Airyscan или с помощью камеры. В следующем разделе 
вы
50 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 197 ---
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений
узнаете, как использовать функцию быстрой установки Smart Setup, и 
получите первое конфокальное изображение. Вследствие огромного 
разнообразия образцов (и подходящих конфигураций для экспериментов) 
в этом разделе рассматриваются лишь основы получения конфокального 
изображения.
Необходимые предварительные условия
изображений).
Порядок действий 1
Открыта вкладка Acquisition (Получение 
Нажмите кнопку Smart Setup (Быстрая настройка).
Нажмите I Add (Добавить).
•irrart S » t» p
■  ' г ' ^  ■  •
Hieasp ad.d i !глгк by pressing the ч  button!
Spcv'.r j rjjlrt jfti >7 o f Pub:-p»'':trj
✓  4h*T\v tifot.-jtion ^  snow
Откроется диалоговое окно Add Dye (Добавить краситель).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 51


--- стр. 198 ---
3 Выберите красители, используемые в эксперименте. Двойным 
щелчком добавьте краситель в список.
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений ________________
4
5
ЗтаМЯ'(ии
(ArT'Vf Р -гг 
riuoTOTceiKO • »
’Л иуигтю ) * *
мл  1>уо or conDasttTK) Method T S
' с
R»4t4itly l>»iJ
Л'еюПч'ЭГДЯЯ •;i7nin ■
' т  Л, Ж f  иМ(ЯП 1 rm nm  ■
c S61 nen •
АкЫ т.:-. - .. ч1 ОЛП АСЬлт ■
1>>НЫ bUim  ■
Rhoibtmbw
m - liyc lietabsse
(none) ЧЮпт ■ ’*
1>(Гк 1-AM. 4/ЧПГГ1 ■ t
V-<ic tie :>Нте*«>п.fill И'>лт *
и i i м<.'Л'Иослгс»агск' Я'ипт
j. уд П/лгл »
CIJI Ш  nm «
Л ГЛМ SUnm ■
'| КП» -ifHnm *
•j lAfcVA 
Aj'I) at.
iC^nm ■ 
M7 nm ■
" .  .  J
r.-l«x y.vnm •
0 101 MB nm ■
6 -n Я ? п т ■
/ Mrt.M.yilf»-# П-А-ОИ №j nm
Adifc«da<1i Отсел tiiO WOnm ■ "
<  .ontr.xtinf} Meftyid; 
It MrKjhHiel-J
u wc 
и
It tx>rx].<*
TlPhaic
t
«/ 1 •/ <ho« ( л|к<:. X) ,V11 fie v
Нажмите Ок, чтобы закрыть диалоговое окно Smart Setup.
Убедитесь, что покровное стекло используемого образца 
направлено на объектив. Используйте иммерсионную среду, 
соответствующую объективу.
Для запуска непрерывного сканирования нажмите Continuous 
(Непрерывное сканирование).
В центральной области экрана появится изображение образца.
52 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 199 ---
7 Переместитесь в необходимую область образца и с помощью 
джойстика выполните фокусировку. Или же воспользуйтесь 
колесиком мыши, зажав клавишу Ctrl.
8 Для прекращения непрерывного сканирования нажмите Stop (Стоп).
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений _____________________
Нажмите кнопку Set Exposure (Установить экспозицию), чтобы 
автоматически применить параметры чувствительности детектора к 
яркости образца.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 53


--- стр. 200 ---
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений
10 Дополнительно: если вы работаете со слабо окрашенными
образцами, то можете попробовать увеличить мощность лазера в 
меню Channels | Lasers (Каналы | Лазеры). Затем повторите 
последний шаг, нажав Set Exposure (Установить экспозицию).
Channels -/'showAll
Trackl LSM Rhoda
>/ Track2 LSM AF488
ТгаскЗ LSM DAPI
yv + ® Focus Ref.
High Intensity Laser Range
Tracks
-✓  405 488 561 640
40' rrn 0,14 % i r 
460 pm j C  
1AU Max”
Образец отрегулирован должным образом.
650 V
54 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 202 ---
4 Получение изображений | 4.6 Работа со стратегиями фокусирования
Порядок действий Активируйте измерения полученного изображения (например, Tiles 
(мозаики), Time Series (временные серии)), необходимые в 
эксперименте.
2 Откройте инструмент Focus Strategy (Стратегия фокусирования).
Доступные стратегии фокусирования отобразятся в выпадающем 
списке.
1 Примечание
Число доступных стратегий фокусирования зависит от активированных 
измерений полученных изображений (например, мозаик, временной 
серии), используемых аппаратных средств (например, модуля точной 
фокусировки) и лицензии на программное обеспечение (например, модули 
Software Autofocus (Программная автофокусировка) и Tiles (Мозаики) 
позволяют использовать дополнительные стратегии фокусирования).
3 Определите наиболее подходящую для своего эксперимента 
стратегию. При проведении эксперимента с мозаиками (Tiles) 
программное обеспечение автоматически выберет наиболее 
подходящую стратегию фокусирования, если таковая не была 
выбрана заранее. Более подробное описание всех стратегий см. в 
разделе «Стратегия фокусирования».
Вы успешно выполнили общие подготовительные процедуры. В 
зависимости от определенной стратегии фокусирования следуйте одному 
из нижеприведенных наборов инструкций.
4.6.2 Использование программной автофокусировки
Данная стратегия фокусирования предназначена для автоматизации 
фокусирования используемого образца до и в ходе получения 
изображения с помощью программной автофокусировки (Software 
Autofocus). Эта стратегия особенно полезна при проведении 
экспериментов с временной серией (Time Series) или мозаиками (Tiles).
Необходимые предварительные условия ■ Для использования стратегии программной
автофокусировки (Software Autofocus) необходимо наличие модуля 
Autofocus (Автофокусировка).
56 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 203 ---
4 Получение изображений | 4.6 Работа со стратегиями фокусирования
Порядок действий 1
Успешно выполнены общие подготовительные процедуры  [► 55] 
для использования стратегий фокусирования (создан эксперимент, 
определен по крайней мере один канал, активированы измерения 
полученных изображений).
Во вкладке Acquisition (Получение изображений) открыт инструмент 
Focus Strategy (Стратегия фокусирования).
Из выпадающего списка выберите Software Autofocus 
(Программная автофокусировка). Обратите внимание, что Z- 
величины, определенные в настройках модуля Tiles (Мозаики), не 
учитываются.
Focus Strategy
Software Autofocus
Show All i!?
I Z  values defined by Tiles Setup are ignored.
О  Reference Channel
Bright ■')
Offset (pr )  
'Ref/'" O'^'"
Set as RefererKe Channel
О  Stabilization Event Repetitions and Frequency
3
4
5
6
7
8
В разделе Reference Channel (Опорный канал) выберите из списка 
канал, который необходимо использовать для фокусировки. 
Расширьте раздел, если он отображается не полностью.
Нажмите кнопку Set as Reference Channel (Установить в качестве 
опорного канала).
В разделах Time Series Loop (Контур временной серии) и (или) Tiles 
Loop (Контур мозаик) инструмента Focus Strategy (Стратегия 
фокусирования) вы можете определить момент фокусирования в 
ходе эксперимента.
Откройте инструмент Software Autofocus (Программная 
автофокусировка).
Введите параметры автофокусировки (например. Quality (Качество), 
Sampling (Дискретизация) и т. д.), соответствующие условиям 
проведения эксперимента, или для начала используйте настройки по 
умолчанию.
Настройте эксперимент с мозаиками и (или) временной серией.
Для запуска эксперимента нажмите кнопку Start Experiment (Начать 
эксперимент).
► Start Experiment
Вы успешно воспользовались инструментом Software Autofocus 
(Программная автофокусировка) для фокусировки изображений в ходе 
эксперимента.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 57


--- стр. 204 ---
4.6.3 Использование точной фокусировки в экспериментах с  
временными сериями
Выберите эту стратегию фокусирования, чтобы использовать модуль точной 
фокусировки для стабилизации фокуса в условиях колебания температур во время 
экспериментов с временными сериями (Time Series).
Необходимые предварительные условия ■ Чтобы воспользоваться стратегией
фокусирования Definite Focus (Точная фокусировка), вам потребуется модуль 
точной фокусировки Definite Focus.
■ Успешно выполнены общие подготовительные процедуры  [► 55] для 
использования стратегий фокусирования.
■ Во вкладке Acquisition (Получение изображений) открыт инструмент Focus Strategy 
(Стратегия фокусирования).
Порядок действий 1 Выберите Definite Focus (Точная фокусировка) из выпадающего списка
стратегий фокусирования. Обратите внимание, что Z-величины, определенные в 
настройках модуля Tiles, не учитываются.
2 В разделе Stabilization Event Repetitions and Frequency (Частота и повторения 
случаев стабилизации) выберите режим Standard (Стандартный). В этом режиме 
используются рекомендуемые нами стандартные настройки для стабилизации. 
Выбрав режим Expert (Экспертный), вы можете отрегулировать все настройки по 
вашему усмотрению.
3 Настройте эксперимент с временной серией (Time Series), более подробно см, 
раздел «Получение изображений временной серии» [► 47].
4 Для определения позиции фокусировки с помощью привода фокусировки 
воспользуйтесь режимом живого изображения (Live).
5 Для запуска эксперимента нажмите Start Experiment (Начать эксперимент).
4 Получение изображений | 4.6 Работа со стратегиями фокусирования______________________
Start Experiment
Стратегия Definite Focus (Точная фокусировка) инициализируется в начале 
эксперимента в текущей позиции фокусировки. Затем фокус стабилизируется в 
соответствии с настройками эксперимента с временной серией. На экране 
отобразится подсказка о необходимости соответствующим образом установить 
фокус перед началом эксперимента. Вы можете сделать это путем перехода в 
соответствующее местоположение (позицию или область мозаики) и запуска режима 
живого изображения или непрерывного режима. Затем вы можете продолжить или 
отменить выполнение эксперимента.
Вы успешно воспользовались стратегией фокусирования Definite Focus (Точная 
фокусировка) для стабилизации фокуса в ходе эксперимента с временной серией.
4.6.4 Использование локальных или общих фокальных поверхностей
Для использования локальных или общих фокальных поверхностей требуется  
выбрать стратегию фокусирования Use Focus Surface/Z Values Defined by Tiles 
Setup (Использовать фокальную noBepxHOCTb/Z-величины, определенные в  
настройках модуля Tiles). Эта стратегия выбирается по умолчанию, если вы  
приобрели лицензию на модуль Tiles. В таком случае вы можете получить  
мозаичные изображения вдоль локальных или общих фокальных поверхностей (в  
определенной области мозаики/позиции) и использовать стратегию фокусирования  
для достижения оптимальных результатов изображения.
Локальная/общая фокальная поверхность обеспечивает фокусировку всех мозаик на 
образцах с наклонной или неровной поверхностью. Локальные фокальные 
ловерхности для всех областей мозаик интерполируются в зависимости от позиций 
фокусировки контрольных точек. Позиции автоматически приобретают 
горизонтальную область фокусировки, которая определяется Z-величиной позиции.
58 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 206 ---
6 Для запуска эксперимента нажмите кнопку Start Experiment (Начать 
эксперимент).
4 Получение изображений | 4.6 Работа со стратегиями фокусирования______________________
►  Start Experiment
Получение мозаик областей мозаик и позиций осуществляется вдоль 
локальных фокальных поверхностей.
Если вы выполняете эксперимент в модуле Time Series, рекомендуем 
использовать функции Adapt Focus Surface/Z Values (Настройка 
фокальной пoвepxнocти/Z-вeличины), см. раздел «Стратегия 
фокусирования». Таким образом, вы сможете корректировать фокус при 
малых дрейфах, возникающих в ходе длительных экспериментов с 
многомерными временными сериями (например, с живыми клетками).
60 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 207 ---
5 Обработка изображений | 5.1 Порядок обработки изображений
5 Обработка изображений
5.1 Порядок обработки изображений
Во вкладке Processing (Обработка изображений) применяются функции 
обработки полученных или загруженных изображений. Основной порядок 
обработки изображений довольно прост:
■ Получите или откройте изображение, требующее обработки.
■ Откройте вкладку Processing (Обработка изображений).
При открытии вкладки в качестве входного изображения для функции 
обработки используется последнее активное изображение (например, из 
вкладки Acquisition (Получение изображений)).
При необходимости выбрать другое входное изображение загрузите новое 
изображение в меню Image Parameters | Input (Параметры изображения | 
Входное изображение). Обратите внимание: изображение должно быть 
заранее открыто в ZEN.
■ Выберите требуемую функцию обработки в меню Method (Способ), 
например Color Balance (Цветовой баланс). Поиск функций 
обработки также осуществляется в поле поиска (Search). Просто 
введите начальные буквы функций, которые требуется найти.
■ Установите параметры функции в меню Parameters (Параметры). 
Справочная информация по какой-либо функции и ее параметрам 
доступна при нажатии клавиши F1.
В интерактивной справке подробно описаны все функции.
■ Для просмотра применяемых функций нажмите кнопку Preview 
(Предварительный просмотр) в меню Image Parameters | Output 
(Параметры изображения | Выходные данные).
■ Для применения изменения обработки изображения нажмите кнопку 
Apply (Применить).
Будет создано новое изображение в новом графическом контейнере. 
Исходное изображение не изменится.
5.2 Общие настройки
Сохранение / загрузка настроек
В разделе Settings (Настройки) в верхней области инструмента функций 
Parameters (Параметры) вы можете сохранять и повторно загружать 
оптимизированные настройки. Если вы отрегулировали параметры 
функции, чтобы сохранить настройки под новым именем, просто нажмите 
Options I New (Опции | Новый).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 61


--- стр. 208 ---
5 Обработка изображений | 5.2 Общие настройки
” Wethod Parameters 
Parameters ✓  Shoiv А И
ж
Range to  Adjust  
Cyan »  Red  
Yellow  о  Blue  
M agenta о  Green
'O
Defaults
M idtones
Рисунок 5.1. Раздел Settings (Настройки)
Оптимизация настроек для канала
Если входное изображение — многоканальное, все настройки можно 
оптимизировать для каждого канала в отдельности. Для этого необходимо 
установить флажок Adjust per Channel (Поканальные настройки).
Настройки трехмерности
Если у входного изображения имеется несколько измерений и (или) 
включен режим отображения всех функций (Show all), пользователю 
станет доступен выпадающий список Third Dimension (Трехмерность). 
Здесь можно выбрать измерение, к которому требуется дополнительно 
применить функцию. В зависимости от входного изображения доступны 
несколько вариантов;
Вариант
2D Slices (Двухмерные срезы)
Z, Т ог С (Z, Т или С)
Функция
Эта функция используется в 
двухмерном режиме только с 
многомерными изображениями, 
полученными, например, во время 
покадровой съемки или серии 
срезов по оси Z.
Здесь вы можете выбрать, к какому 
дополнительному измерению 
следует применить функции;
ш  Z - серия срезов по оси Z
■ Т = время
■ С = каналы
Восстановление настроек по умолчанию
Восстановить настройки функций по умолчанию можно нажатием кнопки 
Defaults (Настройки по умолчанию).
62 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 209 ---
5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию
Успешное выполнение деконволюции зависит от качества изображения и 
типа образца. Для выполнения деконволюции доступно множество 
параметров, которые позволяют оптимизировать алгоритмы 
соответствующим образом. Это разнообразие параметров может быть 
огромным. С помощью метода Deconvolution (defaults) (Деконволюция по 
умолчанию) можно попытаться достигнуть хорошего первоначального 
результата, используя заранее выбранный набор параметров по 
умолчанию. Однако это будет возможно не для всех ситуаций. В таких 
случаях следует использовать метод настраиваемой деконволюции 
Deconvolution (adjustable).
5 Обработка изображений | 5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию_________________
Необходимые предварительные условия
изображений).
Открыта вкладка Processing (Обработка
Порядок действий 1
2
Получено или открыто флуоресцентное изображение, на котором 
необходимо выполнить деконволюцию.
Откройте инструмент Method (Метод) меню Method Selection
(Выбор метода).
Щелкните по группе Deconvolution (Деконволюция).
В списке отобразятся методы Deconvolution (defaults) 
(Деконволюция по умолчанию) и Deconvolution (adjustable)
(Настраиваемая деконволюция).
Выберите Deconvolution (defaults) (Деконволюция по умолчанию).
Откройте инструмент Parameters (Параметры) меню Method 
Parameters (Параметры метода).
Отобразятся 4 разных алгоритма деконволюции (Nearest Neighbor 
(Ближайший сосед). Inverse Filter (Обратный фильтр). Fast Iterative 
(Быстрый итеративный). Iterative (Итеративный)), которые вы можете 
автоматически применить к изображению.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 63


--- стр. 210 ---
5 Обработка изображений | 5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию
Для выбора алгоритма нажмите на соответствующий элемент.
Method Parameters
Simple., very fast (Nearest Neighbor)
Better, fast (Regularized Inverse Filter)
Good, m edium  speed (Fast Iterative)  
Excellent, slow (Constrained Iterative)
Откройте инструмент Input (Входное изображение) меню Image 
Parameters (Параметры изображения).
Отобразится инструмент Input (Входное изображение). Контейнер 
для входного изображения пуст.
Нажмите на пустой графический контейнер.
Image Parameters
Input Definition Г~ Set Input Autom atically  
Processing Method Г” A pply to  preview, only
After processing Switch to  O utput
Rem ain at current view
Откроется список предварительного просмотра всех открытых 
изображений.
64 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 211 ---
8 Нажмите на изображение, к которому необходимо применить 
деконволюцию.
5 Обработка изображений | 5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию __________
Image Parameters
Input Def 
Prccessiti 
After pro<
СНО-3-channel...nce.zvi 
22.74 MB
Теперь изображение находится в графическом контейнере и будет 
использовано в качестве входного изображения для обработки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 65


--- стр. 212 ---
9 Для выполнения деконволюции нажмите кнопку Apply (Применить).
5 Обработка изображений | 5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию________________
<  J.v
Processing t~ A r» h ^ a « .ittia b 'rtitjto  -
Function; Deconvolution (defaults)
Single Batch
У
Apply
Method
" Method Parameters
Parameters
“ Image Parameters
Nice_mitosts.c2i •• • *
Input Definition 
Prcceising tviethcd 
After prccessing
П  Set Input Autom atically  
r~ Apply to preview, only  
'•  Switch to O utput  
' Rem ain at current view
Output
«^ShowAI
Начнется выполнение деконволюции. После обработки будет создан 
новый (файл изображения, который автоматически откроется в 
центральной области экрана. Если вас устраивает качество обработки, 
сохраните обработанное изображение. Повторите деконволюцию, 
используя остальные параметры по умолчанию, для получения разных 
результатов. Если вы обладаете экспертными знаниями в данной области, 
можете самостоятельно настроить все параметры деконволюции, 
используя метод Deconvolution (adjustable) (Настраиваемая 
деконволюция).
66 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 213 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
5.4 Настраиваемая деконволюция
в нижеприведенной инструкции пошагово описывается метод проведения 
деконволюции изображения серий срезов по оси Z.
Мы будем использовать наилучший метод Constrained Iterative 
(Ограниченный итеративный) и фактическую функцию рассеяния точки 
(PSF).
Подготовка
Для выполнения данных инструкций потребуется изображение серий 
срезов по оси Z используемого образца и изображение серий срезов 
гранул по оси Z, полученные в одних условиях с использованием одной 
системы. Откройте ZEN 2.3 (blue) без загрузки изображений.
Общая схема
В настоящей инструкции описаны следующие шаги:
■ Шаг 1. Усреднение гранул
В этом разделе вы научитесь создавать изображение серии срезов 
по оси Z с усредненными гранулами.
■ Шаг 2. Создание PSF
В этом разделе вы научитесь создавать функцию рассеяния точки 
(PSF) из изображения серий срезов по оси Z с усредненными 
гранулами.
■ Шаг 3. Загрузка входного изображения
В этом разделе вы научитесь загружать входное изображение для 
метода настраиваемой деконволюции.
■ Шаг 4. Задание параметров
■ В этом разделе вы научитесь задавать параметры и добавлять
фактическую PSF.
■ Шаг 5. Обработка изображения
В этом разделе вы научитесь обрабатывать изображение и 
сравнивать его с входным.
5.4.1 Шаг 1. Усреднение гранул
в этом разделе вы создадите изображение серии срезов отдельной 
гранулы по оси Z, полученное из нескольких гранул посредством 
усреднения. Усреднение уменьшает шум изображения и улучшает 
качество полученной PSF.
Порядок действий 1 Откройте изображение с полученной гранулой.
2 Перейдите во вкладку Processing (Обработка изображений). 
Убедитесь, что выбран режим обработки отдельного изображения 
Single processing.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 67


--- стр. 214 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
В инструменте Method (Метод) в группе Deconvolution 
(Деконволюция) выберите Bead Average (Усреднение гранулы).
Method
Recently used
Split Scenes  
Im age Export  
Tim e Stitching  
Tim e Concatenation  
Gliding Average
Search X I
Deconvolution  
Deconvolution (defaults)  
Deconvolution (adjustable)  
Create PSF  
Bead average  
ж Adjust  
_TL Edges  
Geometric
В инструменте Input (Входное изображение) выберите изображение 
гранулы и снимите флажок Set Input Automatically (Задать входное 
изображение автоматически).
✓  Show»
63xBeads,czi
Input Definition Г~ Set Input Autom atically  
Processing Method Г ” A pply to preview, only
After processing '• Switch to O utput
Rem ain at current view
68 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 215 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Откройте инструмент Parameters (Параметры). Для используемого 
примера изображения достаточно параметров, установленных по 
умолчанию:
Parameters
Bead proxim ity  
fi7 Average Beads
Pre-Sm oothing  
Log Curvature  
Sigma  
Delta Sigma
Difference of Gaussians
О
Defaults
~5Щ )
o.o[:)
1.50 Li)
0.40 l^j
i Примечание
Для проверки настроек рекомендуем отключить опцию Bead Averaging 
(Усреднение гранул). В полученном изображении вы сможете просмотреть 
отдельные гранулы и определить, обнаружены ли с помогцью 
используемых параметров все подходящие гранулы. После проверки 
снова включите опцию и создайте окончательное изображение гранул.
6 Нажмите кнопку Apply (Применить).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 69


--- стр. 216 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Спустя несколько минут будет получен новый графический документ. 
На изображении будет представлена отдельная отцентрированная 
гранула со значительно сниженным уровнем шумов. Полученное 
изображение лучше просматривать в ортогональном виде (Ortho).
6 Сохраните результат под соответствующим именем.
Вы успешно выполнили усреднение гранулы и создали изображение серии 
срезов по оси Z из полученной отдельной усредненной гранулы.
5.4.2 Шаг 2. Создание PSF
На данном этапе вы создадите PSF из изображения гранулы, созданного в 
шаге 1. Данные изображения преобразованы в другой формат, все шумы 
изображения устранены, и рассчитаны параметры PSF.
Необходимые предварительные условия
быть открыто.
Изображение, созданное в шаге 1, должно
70 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 217 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Порядок действий 1 Во вкладке Processing (Обработка изображений) в группе 
Deconvolution (Деконволюция) выберите метод Create PSF 
(Создать PSF):
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке 71


--- стр. 218 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
В инструменте Input (Входное изображение) выберите изображение, 
созданное в шаге 1.
^ Adjust  
►  Л . Edges  
^ ^  G eom d
“ Method Раг| 
Z-stack соп^
I
П Circular avei 
Threshold cl
Threshold 
f~ Iterative rest
63xBeads.czi 
165.85 MB
■o
Defaults (
image Parart
63xBeads-PSF.czi 
3.03 MB
бЗхВРАЕ-Green.czi 
45.88 MB
бЗхВРАЕ-Green-CLczi 
45.88 MB
63xBPAE-Green...tr6.czi 
4S,fifi MR
;п[,| ■  *,cn r~ Set Input Automatically
ifte; procei':ing '• Switch to Output
Remain at current view
72 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1,0 на русском языке


--- стр. 219 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Откройте инструмент Method Parameters (Параметры метода).
Parameters
Z-stack correction  
П  Circular average  
1^ Threshold cropping
Threshold
Г ” Iterative restoration
./ShowAI
0.25 L i)
“0
Defaults
Как правило, установленные по умолчанию параметры 
обеспечивают хорошие результаты и не требуют изменения.
1 Примечание
При использовании гранул с диаметром, превышающим предел 
разрешающей способности объектива, следует воспользоваться опцией 
Iterative Restoration (Итеративное восстановление) и указать диаметр 
гранул.
4 Выполните функцию, нажав кнопку Apply (Применить).
Вскоре вы получите новый графический документ созданной PSF.
Сохраните документ под соответствующим именем.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 73


--- стр. 220 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Отобразится вкладка параметров PSF. Эта вкладка отображается только 
для документов PSF.
J^ShowAJ
Display I  PSF ^
f Export PSF Display M ode (Intensity PSF
Axial cut view  1^
Item Value
Storage Type Intensity PSF
Source External
Used Dimensions Three dim ensional
Instrum ent Conventional m icroscope
«f
k.'-Illum ination Epi-fluorescence
NA Objective 1.4
Особый интерес здесь представляют величины, определенные для 
поперечного и продольного разрешений. С помощью полосы прокрутки 
просмотрите содержимое таблицы:
Illum ination W avelength 493 nm
Detection W avelength 517 nm
Transverse Resolution (Ra^ 0.305 pm
Axial resolution (FW H M ) 0.692 pm  “
Здесь вы можете увидеть, как в реальных условиях может отличаться 
поперечное разрешение от конструктивных параметров объектива. В 
очень редких случаях это может быть связано только с качеством 
объектива, во всех остальных просто описывает реальные условия, в 
которых было получено изображение анализируемого образца, в том 
числе всех аберраций. В частности, сферическая аберрация отрицательно 
влияет на разрешение.
5.4.3 Шаг 3. Загрузка входного изображения для деконволюции
На данном этапе будет выбрано и загружено входное изображение для 
обработки методом деконволюции. Во время загрузки, чтобы подтвердить 
наличие всей информации, необходимой для деконволюции, 
осуществляется проверка метаданных изображения. В случае отсутствия 
каких-либо данных отобразится соответствующее сообщение об ошибке.
74 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 221 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Порядок действий Во вкладке Processing (Обработка изображений) в инструменте 
Method (Метод) в группе Deconvolution (Деконволюция) выберите 
метод Deconvolution (adjustable) (Настраиваемая деконволюция):
Deconvolution  
Deconvolution (defaults)  
Deconvolution (adjustable)  
Create PSF  
Bead average  
Л Adjust  
S L Edges 
Geometric
В инструменте Input (Входное изображение) выберите изображение, 
которое требуется восстановить из свертки.
i 63xBeads.czt
■ if.put '-П
j P>C'-e';:ing Methq 
' :^tter pi cccL';ir.g :
63xBeads-averaged.czi  
1.65 MB
63xBeads-PSF.czi  
3.03 MB
1 Примечание
Если в этот момент появится предупреждение, вероятно, в изображении 
отсутствуют параметры, необходимые для выполнения деконволюции. 
Впоследствии вы можете ввести или изменить эти значения в инструменте 
Parameters (Параметры).
5.4.4 Шаг 4. Задание параметров для деконволюции
На данном этапе задается желаемый алгоритм и связанные с ним 
параметры метода. Также изображению присваивается PSF, созданная в 
шаге 2. Наконец, выполняется деконволюция и сохраняется результат.Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 75


--- стр. 222 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Необходимые предварительные условия ■ Во вкладке Processing (Обработка
изображений) в группе Method Parameters (Параметры метода) 
выбран инструмент Parameters (Параметры).
Порядок действий 1
Parameters
------------------------------------у ............—....................
Deconvolution |PSF settings
^ShowM
A lgorithm  [ Nearest Neighbor
Enab e Channel Selection
Norm alization [A utom atic
IV ScL Sltciiglli Manually
W eak M edium  Strong
■  i) Corrections
О
Defaults
Сначала задайте желаемый алгоритм во вкладке Deconvolution 
(Деконволюция), Для примера используется итеративный, наиболее 
сложный алгоритм, но наиболее подходящий для использования с 
широкоугольным изображением.
Parameters
Deconvolution PSFsettings
Algorithm  (N earest Neighbor
[~  Enable Char Nearest Neighbor
____________ Regularized Inverse Filter
N orm alization Fast Iterative __________
V  Set SlienyllBjConstraincd Iterative
W eak M edium  Strong
!'► ) Corrections
О
Defaults
76 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 223 ---
5 Обработка изображений { 5.4 Настраиваемая деконволюция
Теперь во вкладке отображается ряд дополнительных параметров 
(режим Show All (Показать все)).
Parameters ./Show А Л
Deconvolution PSF settings.
Algorithm f Constrained Iterative
Enable Channel Selection
Normalization f Automatic
Set Strength Manually
Weak
Corrections 
Ф Advanced Settings 
.► ) Diagnostics
Medium Strong
“O
Defaults
Задайте желаемую степень восстановления изображения. С 
помощью ползунка вы можете определить, насколько сильным будет 
эффект восстановления. Однако большая степень восстановления 
повышает риск усиления шума изображения и отображения 
чрезмерно восстановленных данных. При использовании 
итеративного алгоритма при работе с высококачественными 
изображениями до образования артефактов, как правило, можно 
устанавливать степень до 6-8.
1^ Set Strength Manually m
Weak Medium Strong
В меню Corrections (Коррекции) выберите функцию Bleaching 
Correction (Осветление). Использование данного типа коррекции 
уместно, если флуоресцентный краситель обесцвечивается во 
время получения серии срезов по оси Z.
@ Corrections
П Lamp Flicker 
[i7 Fluorescent Decay 
r~ Background
Остальные типы коррекции должны использоваться по мере 
необходимости. Более подробная информация по данному вопросу 
содержится в интерактивной справке.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 77


--- стр. 224 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Откройте раздел Diagnosis (Диагностика) (режим Show АП 
(Показать все)). Во время обработки изображения выведите это окно 
на передний план. Таким образом удобнее всего наблюдать за 
ходом выполнения обработки.
Diagnostics  
Convergence History
i Примечание
В разделе Advanced Settings (Дополнительные настройки) представлены 
экспертные функции, которые обычно не требуются. Помните: 
неправильная настройка параметров в этом разделе может привести к 
неожиданным последствиям, например к чрезмерно долгим вычислениям. 
Более подробная информация по отдельным параметрам приводится в 
интерактивной справке.
5 Перейдите во вкладку PSF Settings (Настройки PSF).
В разделе Microscope Parameters (Параметры микроскопа) представлены 
все параметры, использованные во время получения изображения и 
сохраненные вместе с изображением. В случае отсутствия одного из 
параметров его можно самостоятельно ввести в соответствующее 
активное поле ввода.
Deconvolution PSF settings
ly) M icroscope parameters
M icroscope I Conventional m icroscope -1
N A  Objective L 4 C r 'Q
Im m ersion i 1.515 □ (O il
Scale lateral 0,102 pm /pixel “ •“D
Scale axial j 0,270 pm /slice 1  ] f Override )
[ M aster reset 1
Поскольку мы работаем с фактической PSF, мы пропустим 
дополнительные настройки и коррекцию аберрации,
6 Выберите опцию Use External PSF (Использовать внешнюю PSF).
Alexa Fluor 488
R7 Use external PSF ( Attach to in p u t)
78 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русскокл языке


--- стр. 225 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
7 Теперь откройте инструмент Input (Входное изображение). Здесь, 
рядом с уже выбранным входным изображением, отобразится 
вторая опция ввода PSF Channel 1 (Канал 1  PSF).
63xBPA£-Green.czi Щ Щ : jS
PSF Channel 1
8 Выберите в этом окне PSF-документ, который был создан в шаге 2.
бЗхВРАЕ-Green.cci
PSF Channel 1
Tree
j Input Definition n  Set Input Automatic!
PrcceL':!nq Method Г~ Apply to preview, on  
i After prccensing '•  Switch to Output  
t Remain at current vii
63xBeads,czi  
165.85 MB
Output
L.
63xBe3ds-averaged.c2  
1.65 MB
Для добавления фактической PSF ко входному изображению 
нажмите кнопку Link to Input (Связать с входным изображением).
Alexa Fluor 488
[17 Use external PSF [ Attach to  input 1
10 Теперь сохраните изменения, внесенные во входное изображение. 
Теперь вы легко выполните обработку этого изображения на других 
компьютерах, используя корректную фактическую функцию 
рассеяния точки (PSF).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 79


--- стр. 226 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
5.4.5 Шаг 5. Выполнение деконволюции
На последнем этапе выполняется деконволюция. Результирующее 
изображение сопоставляется с входным, и отмечаются детали, связанные 
с процедурой обработки.
Порядок действий 1 Перейдите во вкладку Deconvolution (Деконволюция) инструмента 
Parameters (Параметры) и выведите раздел Diagnosis 
(Диагностика) на передний план.
Нажмите кнопку Apply (Применить).
В окне Diagnosis (Диагностика), в котором строится график прогресса  
конвергенции относительно итераций, вы можете наблюдать за 
ходом выполнения деконволюции.
0  Diagnostics
Convergence History
i Примечание
Обработка исключительно больших изображений серии срезов по оси Z 
или продолжительных временных серий может занять некоторое время.
Во избежание нежелательного увеличения времени обработки 
рекомендуем не выполнять одновременно других сложных действий в ZEN 
или других программах на компьютере.
3 Сохраните результирующее изображение под соответствующим 
именем.
80 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русского языке


--- стр. 227 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Нажмите кнопку l i i l Split Mode (Режим разделения) на панели 
документов. Будет создано множественное изображение 
(разделенное изображение).
Workspace Zoom 
Design Dark •» Workspace
_ in # X
Reset
£iil «
Ъ  Images and Documents
c о
389.98 MB / 390,79 MB
3ChSD Tile.czi-
C •>  Ш
424,85 MB /  427,06 MB 
Astro...con.czi
$  C  Q
186,56 MB / 186,83 MB
И > «
В режиме Splitter (Разделенный экран) активное изображение 
загружается автоматически. Переместите входное изображение из 
галереи документов в правой области инструментов в разделенный 
документ.
1  t *Г * .
j А .
I
Во вкладке Split Display (Раздельное отображение) снимите флажок 
Synchronize Display (Синхронизировать отображение). Это 
позволяет определить отдельную настройку гистограммы для 
каждого изображения.
Нажмите на изображении, которое требуется изменить, и (если 
необходимо) отрегулируйте отображение, например, для 
оптимальной подгонки (Best Fit) используйте 0,01, а для значения 
черного и белого — гамму (Gamma), равную 0,8.
Повторите эту настройку для другого изображения.
Если во вкладке Split Display (Раздельное отображение) установлен 
флажок Synchronize Dimensions (Синхронизировать измерения), 
можно одновременно увеличивать изображения (колесиком мыши) и, 
зажав колесико мыши, перемещать содержимое изображения, 
сосредотачиваясь на интересующих областях.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 81


--- стр. 230 ---
5.5 Извлечение отдельных флуоресцентных
изображений из многоканального изображения
в этом разделе рассказывается, как извлечь отдельные флуоресцентные 
изображения из многоканального изображения.
Необходимые предварительные условия ■ Получено или открыто многоканальное
изображение (например, DVD 40 (09/2011)-(ZEN)\Example Image 
Databases\zf_psa.czi).
5 Обработка изображений | 5.5 Извлечение отдельных флуоресцентных изображений из
многоканального изображения_________________________________________________________
>
Порядок действий 1 Выберите вкладку Processing (Обработка изображений). Откройте 
инструмент Method (Метод), в меню Utilities (Служебные 
программы) выберите Create Image Subset (Создать поднабор 
изображений).
zf_pMLCD - ZEN ^stem 2012 - ' \  /
File Edit View Acquisition Graphics Macro Toots WirKJow
Lxcite l^essing
^ r.'ate imjco Subic-f
txtiKKied Depth o( focus 
'• CreatelmageSulKit” * " * * '» 
Stitchirtg 
Ima^e Import 
Copy Annotations
ApoTome RAW Convert 
ApoTome deconvdubon 
Copy Artnotations 
Copy Image 
Change Pud Type 
Impose Noise 
Create Image StAsrt 
fuse Image Subset
: Wetho^l Parameters
•  Ifiiacje Par.imfturs 
Input 
Output
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 85


--- стр. 231 ---
2 В разделе Image Parameters (Параметры изображения) откройте 
инструмент Input (Входное изображение) и выберите 
многоканальное изображение.
5 Обработка изображений | 5.5 Извлечение отдельных флуоресцентных изображений из
многоканального изображения______________________________________________________
В разделе Method Parameters (Параметры метода) откройте 
инструмент Parameter (Параметр) и выберите Channels (Каналы). 
Отключите красный и синий флуоресцентные каналы.
Теперь выбрано только зеленое флуоресцентное изображение.
^  ^ 7 4  .
Нажмите кнопку Apply (Применить).
Вы извлекли из многоканального изображения изображение в 
зеленом флуоресцентном канале. Активируйте соответствующий 
канал и отключите остальные каналы для извлечения других 
отдельных флуоресцентных изображений. Сохраните извлеченные 
части изображения в отдельных файлах.
86 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 232 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
5.6 Пакетная обработка
в этом разделе рассказывается, как экспортировать пакет всех 
изображений папки. Для каждого изображения вы можете использовать 
аналогичные или разные настройки экспорта.
Необходимые предварительные условия ■ Имеется папка с несколькими CZI-
изображениями, которые требуется конвертировать в новый тип 
изображения (например, TIFF, BMP, JPEG). В ней содержатся, 
например, два двухканальных изображения покадровой съемки, 
одно двухканальное изображение серии срезов по оси Z, одно 
трехканальное изображение продукта DVD 40 (09/2011)- 
(ZEN)\Example Image Databases\CaRationSeries.czi, kaedeSIsm.czi, 
ratbrainstack.czi, zf_psa.czi).
Порядок действий 1 Выберите вкладку Processing (Обработка изображений). Нажмите 
кнопку Batch (Пакет).
Откройте инструмент Method (Метод) и выберите Image Export 
(Экспорт изображения).
...О С Э  ! ^LC U ^,• I '
к
Processing Ana.yi.'s
Function: Image Export
Batch Method
Change Scaling 
Deconvolution (defaults) 
Deconvolution (adjustable) 
Attach PSF
ApoTome deconvolution 
ApoTome RAW Convert 
Image Export 
Movie Export 
ZVI Export
Image Analysis Program
Stitching
Undo Stitching
Draw Scale Bar Annotation
Extended Depth of Focus
Split Scenes (Write files)
OME TIFF-Export
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 87


--- стр. 233 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
В разделе Method Parameters (Параметры метода) откройте 
инструмент Parameters (Параметры).
Нажмите кнопку Add (Добавить) в инструменте Batch Processing 
(Обработка пакета). Выберите папку, отметьте все изображения, 
которые необходимо экспортировать и нажмите кнопку Open 
(Открыть),
•/UjebfAi* «» С Ч Л » 1 1 Л  rvWn Чгпгд
*’**%'ЗЛ V . ' ' Л ^
f-opf
SHKt fttst Add f ЙЙ tv pwwina ' <  twrun
Перечень изображений отобразится в инструменте Batch 
Processing (Обработка пакета).
88 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 234 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
Установите флажок Use Input Folder as Output Folder
(Использовать входную папку в качестве выходной) для сохранения 
экспортированных изображений в папке исходных изображений.
Нажмите на одно из изображений в списке и выполните экспорт 
настроек в инструменте Parameters (Параметры). В приведенном 
примере для всех временных точек и каналов используется TIFF- 
формат. Эта настройка действительна только для выбранного 
изображения, но может быть скопирована
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 89


--- стр. 235 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
в другие изображения списка с идентичными измерениями 
(например, двухканальное изображение временной серии).
Method Parameters 
ParametefS S h o w  A ll
Tagged Image File Format (TIFF)
■</ Convert to 8 Bit
Original Data
^  Apply Display Curve and Channel Color 
>/ Bum-in Graphics 
>/ Merged Channels Image 
Individual Channels Image
Use Full Set of Dimensions 
• Defirre Subset 
e Channels All
Ch2” Cli3
О Time
О Region 
О Tiles
0\Users\ZHCHS\Pictures
'/  Create folder 
'Z Generate xml file 
Generate zip file 
CaRatioSeries
Defaults
Нажмите кнопку Copy Parameters В гВ (К о п и р о в а т ь 
параметры). Выберите из списка изображение с идентичными
Paste Parametersизмерениями и нажмите кнопку Paste Parameters!
(Вставить параметры).
Выполните аналогичные действия с остальными изображениями в 
списке. Используйте команды Сору Parameters (Копировать 
параметры) и Paste Parameters (Вставить параметры) или 
определите настройки экспорта для каждого изображения в 
отдельности в инструменте Parameters (Параметры).
90 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 236 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
Нажмите кнопку Check All (Отметить все). Все изображения в списке, 
имеющие правильную настройку, будут отмечены зеленым 
маркером.
10 Нажмите кнопку Apply (Применить).
Все экспортированные изображения в списке будут отмечены маркером и 
экспортированы в отдельные папки во входной папке.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 91


--- стр. 237 ---
5.7 Кадрирование области интереса
в этом разделе рассказывается, как выполнить кадрирование области 
интереса на изображении.
5 Обработка изображений | 5.7 Кадрирование области интереса_________________________
Необходимые предварительные условия
изображение.
Получено или открыто многоканальное
Порядок действий 1 Выберите вкладку Processing (Обработка изображений). Откройте 
инструмент Method (Метод) и выберите в меню служебных 
программ Create Image Subset (Создать поднабор изображений).
ztjtiaxzi - ZEN system 2012
File Edit View Acquisition Graphics Macro Tools Window
1 »  W Г  - 4 - ApplyHai
/ Г -  t y A И
- . • FVoces$if>g
У .......Sir>gte
Method
Recently used 
Extended Dep№ Ы Focus
Арф
’'О и |1е1|!И 9«^1Л «'^ 
Stitching 
Image Import 
Copy Arwiotations
ApoTome RAW Convert 
АроТстпе deconvolution
Copy /^1Гю1вЬоп$
Copy Image 
Ch«>ge Pixel Type 
Impose Noise
''Oeete ImugiB Su te«'
Fuse !m ^  Subset <r-
>■ Method Paranieters
Parameters ^ShowAII
" I'Vi3ge rdfjm elorc
Input •r'Show AS
Output VShowMt
В разделе Image Parameters (Параметры изображения) откройте 
инструмент Input (Входное изображение) и выберите изображение.
92 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 238 ---
5 Обработка изображений | 5.7 Кадрирование области интереса
3 В разделе Method Parameters (Параметры метода) откройте 
инструмент Parameters (Параметры).
4 Откройте настройку измерения позиции по оси Z и выберите Extract 
Range (Извлечь диапазон) из выпадающего списка. С помощью 
ползунка установите начальную позицию на «11» и конечную 
позицию на «20».
5 Откройте настройку Region (Область) и выберите Rectangular 
Region (Прямоугольная область) из выпадающего списка.
6 Нажмите на начальную позицию области интереса в изображении и 
растяните прямоугольную область.
Вы выделили область интереса, которая подлежит кадрированию.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред, 1,0 на русском языке 93


--- стр. 239 ---
5 Обработка изображений | 5.7 Кадрирование области интереса
Нажмите кнопку Apply (Применить).
Отмеченная область интереса с определенными измерениями 
выделена из изображения. Теперь можно сохранить или обработать 
это изображение.
94 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 241 ---
5 Обработка изображений | 5.8 Создание EDF-изображения
5.8 Создание EDF-изображения
в этом разделе показано, как создать изображение серии срезов по оси Z 
с увеличенной глубиной резкости (EDF). Плоскости фокусировки всех 
позиций по оси Z рассчитаны для одного EDF-изображения.
Необходимые предварительные условия ■
срезов по оси Z.
Получено или открыто изображение серии
Порядок действий 1 Выберите вкладку Processing (Обработка изображений). Откройте 
инструмент Method (Метод) и в группе Sharpen (Усиление резкости) 
выберите Extended Depth of Focus (Увеличенная глубина резкости).
96 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 242 ---
5 Обработка изображений | 5.8 Создание EDF-изображения
В разделе Image Parameters (Параметры изображения) откройте 
инструмент Input (Входное изображение) и выберите изображение 
серии срезов по оси Z.
В разделе Method Parameters (Параметры метода) откройте 
инструмент Parameters (Параметры).
4 Выберите Wavelets (Волны) в выпадающем списке Method (Метод).
5 Выберите High (Высокий) в выпадающем списке Z-Stack Alignment 
(Выравнивание серии срезов по оси Z).
6 Нажмите кнопку Apply (Применить).
Processing
Functions Expended Dept" of Foe 
Single Bate,"
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 97


--- стр. 243 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Все плоскости фокусировки изображения серии срезов по оси Z теперь 
рассчитаны для одного EDF-изображения.
5.9 Функции обработки изображений
5.9.1 Деконволюция
5.9.1.1 Деконволюция по умолчанию
Этот метод позволяет использовать четыре разных алгоритма 
деконволюции без применения дополнительных настроек.
В инструменте Parameters (Параметры) представлены следующие 
алгоритмы:
Параметр
Простой, очень 
быстрый (Nearest 
Neighbor 
(Ближайший 
сосед))
Лучший, быстрый 
(Regularized Inverse 
Filter
(Упорядоченный 
обратный фильтр)
Хороший, средней 
скорости(Fast 
Iterative (Быстрый 
итеративный))
Превосходный,
медленный
(Constrained
Iterative
(Ограниченный
итеративный))
Описание
Использует быстрый метод ближайшего соседа, 
используя параметры по умолчанию.
Выполняет алгоритм упорядоченной обратной 
фильтрации для улучшения качества изображения.
Использует быстрый метод многокадрового 
восстановления.
Использует метод ограниченного количественного 
многокадрового восстановления.
98 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 244 ---
5.9.1.2 Настраиваемая деконволюция
Деконволюция может выполняться либо с использованием центрального 
процессора компьютера, либо видеокарты. Использование видеокарты 
может значительно ускорить выполнение деконволюции. Для этого 
потребуется видеокарта NVIDIA с поддержкой библиотеки вычислений 
CUDA. Свяжитесь с менеджером отдела продаж для получения 
дополнительной информации о поддерживаемых моделях видеокарт.
Подробный обзор всех методов деконволюции (и их комбинаций) см. в 
разделе «Методы деконволюции в ZEN»  [► 114]. Эти методы позволяют 
использовать и отдельно настраивать 4 разных алгоритма деконволюции. 
Под инструментом Parameters (Параметры) расположены две вкладки с 
настройками:
■ Во вкладке Deconvolution (Деконволюция) можно выбрать 
необходимый алгоритм и задать для него точные настройки, 
см. вкладку Deconvolution (Деконволюция)  [► 99].
■ Во вкладке PSF Settings (Настройки PSF) можно просмотреть и 
изменить все ключевые параметры для генерирования расчетной 
PSF, см. вкладку PSF Settings (Настройки PSF)  [► 106].
5.9.1.2.1 Вкладка Deconvolution (Деконволюция)
1 Примечание
Для определения некоторых настроек требуются экспертные знания. Если 
вы сомневаетесь, оставьте настройки без изменения.
Выпадающий список алгоритмов
Здесь можно выбрать используемый алгоритм. Доступны следующие 
алгоритмы:
■ Nearest Neighbor (Ближайший сосед).
■ Regularized Inverse Filter (Упорядоченный обратный фильтр).
■ Fast Iterative (Быстрый итеративный).
■ Constrained Iterative (Ограниченный итеративный).
Enable Channel Selection (Включить выбор канала)
Флажок установлен: настройки применяются в зависимости от канала.
Это позволяет устанавливать параметры направленно для каждого канала. 
Для каждого канала отобразится отдельная цветная вкладка.
Флажок убран: настройки применяются ко всем каналам многоканального 
изображения.
5.9.1.2.1.1 Раздел Normalization (Нормализация)
В разделе Normalization (Нормализация) указывается метод обработки 
данных результирующего изображения.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 99


--- стр. 245 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр 
Clip (Отсечение)
Automatic
(Автоматически)
Описание
Устанавливает отрицательные значения на О  
(черный).
Если во время вычисления значения превышаю 
максимально возможное значение серого 65636, то 
они ограничиваются значением 65636 (пиксел — 
100% белый).
Результаты разных входных изображений можно 
количественно сравнить между собой.
Автоматически нормализует выходное 
изображение.
В этом случае минимальное значение равно нулю, 
а максимальное значение равно максимально 
возможному значению серого в изображении 
(значение серого — 65636). Максимально 
допустимый диапазон значений серого всегда 
полностью используется в результирующем 
изображении.
Результаты разных вводных изображений не могут 
быть сопоставлены непосредственно между собой.
5.9.1.2.1.2 Раздел Set Strength Manually (Установить силу вручную)
Установка силы вручную
Если вы выбрали алгоритм Nearest Neighbor (Ближайший сосед), флажок 
будет установлен постоянно.
•
1 Примечание
Если вы выбрали алгоритм Fast Iterative (Быстрый итеративный), флажок 
будет установлен постоянно. С помощью ползунка вы можете затем 
напрямую ввести число итераций, поскольку в противоположность 
остальным методам упорядочение не производится.
Флажок установлен: степень восстановления вводится с помощью 
ползунка.
Чтобы добиться более сильного контраста, переместите ползунок в 
направлении Strong (Сильный).
Чтобы добиться меньшего контраста, переместите ползунок в 
направлении Weak (Слабый).
При слишком сильном контрасте возможно повышение шума изображения, 
могут появиться прочие артефакты, например кольцевые.
Флажок убран: автоматически определяет силу восстановления для 
достижения оптимального качества изображения.
Сила восстановления обратно пропорциональна силе так называемого 
упорядочения. Она определяется автоматически с помощью общей 
перекрестной проверки на достоверность (GCV).
100 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 246 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.1.2.1.3 Convergence History (История конвергенции)
Отображается только в режиме Show АН (Показать все).
Этот раздел отображается, только если выбран алгоритм Fast Iterative 
(Быстрый итеративный) или Constrained Iterative (Ограниченный 
итеративный).
Здесь в графической форме отображается ход вычисления. Параметр 
повышения качества измеряется для каждой итерации, как только 
достигается оптимальное или максимально допустимое число итераций, 
обработка прекращается. Этот индикатор позволяет напрямую наблюдать 
влияние итеративного метода на имеющиеся данные. Он также 
показывает число использованных итераций и время, затраченное на них.
5.9.1.2.1.4 Раздел Corrections (Коррекции)
Чтобы развернуть раздел Corrections (Коррекции), нажмите кнопку со 
стрелкой©.
Параметр
Lamp Flicker
(Мерцание
освещения)
Fluorescent Decay
(Затухание
флуоресценции)
Background (Фон)
Описание
Флажок установлен: анализирует общую яркость 
каждой плоскости по оси Z. В случае непостоянных 
изменений общей яркости между соседними 
плоскостями в расчет принимается поправочный 
коэффициент.
Активируйте эту функцию, если ваши изображения 
получены с помощью старой флуоресцентной 
лампы с сильными флуктуациями 
яркости/мерцанием.
Флажок установлен: корректирует осветление 
образца во время получения серии срезов по оси Z.
Эта функция активируется только для 
широкопольных изображений. Используйте ее, 
только если вовремя получения изображения 
используемый образец повергается сильному 
осветлению.
Флажок установлен: анализирует фон 
изображения и удаляет его перед расчетом 
деконволюции.
Это может предотвратить усиление фонового шума 
во время выполнения деконволюции.
5.9.1.2.1.5 Раздел Advanced Settings (Дополнительные настройки)
Отображается только в режиме Show АП (Показать все).
Раздел Advanced Settings (Дополнительные настройки) отображается, 
только если выбран алгоритм Inverse Filter (Обратный фильтр). Iterative 
(Fast) (Быстрый итеративный) или Iterative (Итеративный).
Чтобы развернуть этот раздел, нажмите на кнопку со стрелкой©
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 101


--- стр. 247 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
В зависимости от выбранного алгоритма доступны разные опции 
дополнительных настроек. В следующих разделах описаны настройки 
каждого из алгоритмов.
5.9.1.2.1.6 Дополнительные настройки (Regularized Inverse Filter
(Упорядоченный обратный фильтр))
Regularization (Упорядочение)
В этом разделе выбираются частоты  изображения, учитываемые во время  
упорядочения:
Параметр Описание
Regularization (Упорядочение)
Zero Order
(Нулевой
порядок)
First Order
(Первый
порядок)
GPU Acceleration
(Ускорение
графического
процессора)
Упорядочение на основе G-разности, 
смоделированной по Тихонову, но ускоренной.
Упорядочение на основе неровности по Гуду. При 
определенных обстоятельствах из зашумленных 
данных извлекается больше информации. 
Возможно, больше подойдет для обработки 
конфокального набора данных.
Доступен только при наличии подходящей 
видеокарты (NVIDIA, CUDA). В этом случае флажок 
установлен по умолчанию. Если флажок не 
установлен, вместо видеокарты используется ЦП.
5.9.1.2.1.7 Дополнительные настройки (Fast Iterative (Быстрый итеративный))  
Параметр Описание
Likelihood
(Правдоподобие)
-  Poisson (Meinel) 
(Пуассоновский 
(по Мейнелу))
-  Poisson
(Richardson-
Lucy)
(Пуассоновский 
(по Люси- 
Ричардсону))
Regularization
(Упорядочение)
В этом разделе вы можете выбрать 
предпочтительный метод вычисления 
правдоподобия:
Вычисление по методу Мейнела работает с одной 
кратностью на итерацию и обеспечивает более 
быстрое схождение, обычно за 4-5 итераций. 
Однако этот метод может приводить к 
возникновению артефактов.
Вычисление по методу Люси-Ричардсона, 
напротив, обычно требует сотни итераций и, 
следовательно, занимает значительно больше 
времени. Тем не менее этот метод вычисления 
несколько надежнее.
Для вычисления по методу Мейнела (Poisson 
(Meinel)) в качестве дополнительной возможности 
можно выполнять упорядочение нулевого порядка 
(G-разность). Однако это означает, что вычисление 
займет значительно больше времени и главное 
преимущество в скорости метода Мейнела будет 
утрачено.
102 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 248 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  None 
(Отсутствует)
-  Zero Order 
(Нулевой 
порядок)
-  Total Variation 
(Полная 
вариация)
Optimization
(Оптимизация)
-  Numerical Gradient 
(Числовой 
градиент)
Описание
Упорядочение не выполняется.
Упорядочение на основе G-разности, 
смоделированной по Тихонову, но ускоренной.
Если выбран этот параметр, предпринимается 
попытка заранее определить тенденцию итераций 
и экстраполировать ее на все вычисление. Это 
может значительно ускорить вычисление.
First Estimate (Первая оценка)
-  Input Image 
(Входное 
изображение)
-  Last Output Image 
(Последнее 
выходное 
изображение)
-  Average of Input 
Image (Среднее 
значение 
входного 
изображения)
Maximum Iterations
(Максимальное число
итераций)
Quality Threshold
(Порог качества)
GPU Acceleration
(Ускорение
графического
процессора)
GPU Tiling (Разбиение 
на мозаики в 
графическом 
процессоре)
Входное изображение используется для первой 
оценки рассматриваемой структуры (по 
умолчанию).
Результат последнего вычисления используется 
для оценки следующего вычисления. Это может 
ускорить вычисление, которое неоднократно 
выполняется с использованием незначительно 
отличающихся параметров.
Оценка не производится. Это наиболее жестко 
заданная область применения деконволюции, 
которая занимает продолжительное время.
Здесь указывается максимально допустимое 
число итераций. Если используется метод Люси- 
Ричардсона, следует указывать значительно 
больше итераций.
Определяет уровень качества, при достижении 
которого вычисление прекращается. Процентное 
отношение описывает разность улучшения 
качества между последней и предпоследней 
итерацией относительно наибольшей разности с 
момента начала вычисления. 1% — значение по 
умолчанию. Понижение порога может привести к 
незначительному улучшению качества.
Функция доступна только при наличии 
подходящей видеокарты (NVIDIA, CUDA). В этом 
случае флажок установлен по умолчанию. Если 
флажок не установлен, вместо видеокарты 
используется ЦП.
Функция доступна только для очень больших 
изображений, которые превышают объем 
свободной памяти видеокарты. С помощью этой 
функции изображение разбивается на меньшие 
части, соответствующие объему памяти 
видеокарты. Функция автоматически определяет, 
на сколько мозаик
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 103


--- стр. 249 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
необходимо разбить изображение, чтобы 
максимально эффективно использовать 
видеокарту. Полученные мозаики будут 
автоматически объединены для получения 
конечного выходного изображения.
Если функция отключена, разбиение на мозаики 
не осуществляется. Тем не менее в этом случае 
на видеокарте выполняются только определенные 
подфункции деконволюции, а увеличение 
скорости по сравнению с обработкой ЦП будет 
ниже. Качество изображения может быть выше, 
чем при разбиении на мозаики, поскольку сшивка 
не требуется.
5.9.1.2.1.8 Дополнительные настройки (Constrained Iterative (Ограниченный
итеративный))
Параметр
Likelihood
(Правдоподобие)
Описание
В этом разделе вы можете выбрать 
предпочтительный метод вычисления 
правдоподобия:
-  Poisson (Пуассон) Вычисление по Пуассону.
-  Gauss (Гаусс)
Regularization
(Упорядочение)
-  Zero Order 
(Нулевой 
порядок)
-  First Order 
(Первый порядок)
-  Second Order 
(Второй порядок)
Optimization
(Оптимизация)
-  Analytical (Newton 
Raphson) 
(Аналитический 
(по Ньютону- 
Рафсону))
-  Line Search 
(Линейный поиск)
First Estimate
(Первая оценка)
Вычисление по Гауссу.
В этом разделе вводятся частоты изображения, 
учитываемые во время упорядочения:
Упорядочение на основе G-разности, 
смоделированной по Тихонову, но ускоренной.
Упорядочение на основе неровности по Гуду. При 
определенных обстоятельствах из зашумленных 
данных извлекается больше информации. 
Подобное упорядочение иногда может давать 
лучшие результаты при обработке конфокальных 
наборов данных.
Регуляризация Тихонова-Миллера. Высокие 
частоты здесь забраковываются больше, чем в 
неровности по Гуду.
Здесь предпринимается попытка аналитической 
оптимизации итерации. Этот метод обычно 
быстрее, но он также может быть менее точным.
Точно и всесторонне выполняет поиск минимума. 
Следовательно, этот параметр более устойчив, но 
вычисление может занимать больше времени.104 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 250 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Input Image 
(Входное 
изображение)
-  Last Output Image 
(Последнее 
выходное 
изображение)
-  Average of Input 
Image (Среднее 
значение 
входного 
изображения)
Maximum Iterations
(Максимальное число
итераций)
Quality Threshold
(Порог качества)
GPU Acceleration
(Ускорение
графического
процессора)
GPU Tiling (Разбиение 
на мозаики в 
графическом 
процессоре)
Описание
Входное изображение используется для первой 
оценки рассматриваемой структуры (по 
умолчанию).
Результат последнего вычисления используется 
для оценки следующего вычисления. Это может 
ускорить вычисление, которое неоднократно 
выполняется с использованием незначительно  
отличающихся параметров.
Для следующей итерации оценка не 
производится. Это наиболее жестко заданная 
область применения деконволюции, которая 
занимает продолжительное время.
Здесь указывается максимально допустимое 
число итераций.
Определяет уровень качества, при достижении 
которого вычисление прекращается. Процентное 
отношение описывает разность улучшения 
качества между последней и предпоследней 
итерацией относительно наибольшей разности с 
момента начала вычисления. 1% — значение по 
умолчанию. Понижение порога может привести к 
незначительному улучшению качества.
Функция доступна только при наличии 
подходящей видеокарты (NVIDIA, CUDA). В этом 
случае флажок установлен по умолчанию. Если 
флажок не установлен, вместо видеокарты 
используется ЦП.
Функция доступна только для очень больших 
изображений, которые превышают объем 
свободной памяти видеокарты.
С помощью этой функции изображение 
разбивается на меньшие части, соответствующие 
объему памяти видеокарты. Эта функция 
автоматически определяет, на сколько мозаик 
необходимо разбить изображение, чтобы 
максимально эффективно использовать 
видеокарту. Полученные мозаики будут 
автоматически объединены для получения 
конечного выходного изображения.
Если функция отключена, разбиение на мозаики 
не осуществляется. Тем не менее в этом случае 
на видеокарте выполняются только определенные 
подфункции деконволюции, а увеличение 
скорости по сравнению с обработкой ЦП будет 
ниже. Качество изображения может быть выше, 
чем при разбиении на мозаики, поскольку сшивка 
не требуется.
5.9.1.2.1.9 Раздел Diagnosis (Диагностика)
Отображается только в режиме Show АН (Показать все).
Раздел Diagnosis (Диагностика) отображается только при выборе 
алгоритма Fast Iterative (Быстрый итеративный) или Iterative 
(Итеративный).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 105


--- стр. 251 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Чтобы развернуть этот раздел, нажмите на кнопку со стрелкой^).
Здесь в графической форме отображается ход вычисления. На экране 
отображаются различные параметры, цель вычисления — 
минимизировать их. Этот индикатор позволяет напрямую наблюдать 
влияние итеративного метода на имеющиеся данные.
5.9.1.2.2 Вкладка PSF Settings (Настройки PSF)
Во вкладке PSF Settings (Настройки PSF) отображаются все ключевые 
параметры для генерирования расчетной функции рассеяния точки (Point 
Spread Function (PSF)).
•
1 Примечание
Обычно изображения, полученные с помощью ZEN (типа *.czi), 
автоматически содержат все параметры микроскопа, следовательно, вам 
не придется задавать настройки на этой странице. Поэтому на дисплее 
большинство параметров выделены серым цветом. Тем не менее 
допускается, что из-за неправильной комплектации микроскопа значения 
могут отсутствовать или быть неверными. Изменить их можно в этой 
вкладке. Также здесь можно настроить коррекцию сферической 
аберрации.
5.9.1.2.2.1 Раздел Microscope parameters (Параметры микроскопа)
В разделе Microscope parameters (Параметры микроскопа) отображаются 
наиболее важные для генерирования функции PSF, общие для всех 
каналов, параметры микроскопа.
ПРИМЕЧАНИЕ
Ввод неверных значений может привести к некорректным вычислениям. 
Если значения явно ошибочны или отсутствуют, проверьте комплектацию 
микроскопа.
Параметр
Выпадающий список 
Microscope
(Микроскоп)
NA Objective
(Числовая апертура 
объектива)
Immersion
(Иммерсионная среда)
Описание
Отображает тип используемого микроскопа. 
Возможны два варианта: традиционный микроскоп 
(также известный как широкопольный микроскоп) 
и конфокальный микроскоп, к которому 
применяется дополнительный параметр «диаметр 
м икроотверстия ».
Отображает числовую апертуру объектива.
Отображает показатель преломления 
иммерсионной среды. Обратите внимание, что 
показатель преломления не может быть меньше 
числовой апертуры объектива. Из выпадающего 
списка рядом с полем ввода можно выбрать одну 
из типичных иммерсионных сред.
106 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 252 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Scale lateral
(Латеральный
масштаб)
Scale axial (Осевой 
масштаб)
Кнопка Override
(Ручная коррекция)
Описание
Отображает геометрическое масштабирование в 
направлении X/Y.
Отображает геометрическое масштабирование в 
направлении Z.
Нажмите на эту кнопку для изменения полей  
ввода, которые обычно отображаются серым 
цветом. Теперь поля ввода и выпадающие списки 
активны.
Затем текст на кнопке изменяется на Reset 
(Сброс). Для восстановления первоначальных 
значений, сохраненных в изображении, нажмите 
кнопку Reset (Сброс).
5.9.1.2.2.2 Раздел Advanced (Дополнительные настройки)
Отображается только в режиме Show АП (Показать все).
Чтобы развернуть раздел Advanced (Дополнительные настройки), нажмите 
кнопку со стрелкой. 0
Выпадающий список Phase Ring (Фазовое кольцо)
Если флуоресцентное изображение было получено с помощью фазово­
контрастного объектива, то фазовое кольцо, помещенное в объектив, 
указывается в списке. Эта настройка существенно влияет на расчетную 
функцию рассеяния точки (PSF).
Выпадающий список генерации PSF
Существуют две модели расчета PSF
Параметр
Scalar Theory
(Скалярная теория)
Vectorial Theory
(Векторная теория)
Описание
Волновые векторы света интерпретируются как 
электрическое поле = интенсивность и просто 
прибавляются. Это быстрый метод, которого в 
большинстве случаев достаточно (настройка по 
умолчанию).
Волновые векторы добавляются геометрически. 
Тем не менее вычисление занимает значительно 
больше времени.
Z-Stack (Серия срезов по оси Z)
Это поле можно изменять, только если невозможно было определить этот 
параметр во время получения изображения, например, из-за того, что не 
был известен тип микроскопа. Этот параметр указывает на направление 
получения серии срезов по оси Z:
Параметр
Descending
(Нисходящее)
Ascending
(Восходящее)
Описание
Серия срезов по оси Z отдаляется от объектива.
Серия срезов по оси Z поднимается по 
направлению к объективу. Эта настройка 
применяется только при работе с коррекцией 
сферической аберрации.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 107


--- стр. 253 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.1.2.2.3 Раздел Aberration correction (Коррекция аберрации)
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
В разделе Aberration correction (Коррекция аберрации) вы указываете, 
следует ли учитывать и корректировать сферическую аберрацию при 
расчете PSF. Как и в случае с остальными параметрами PSF, 
большинство значений извлекается автоматически из сведений о 
микроскопе, которые сохраняются после получения изображения. Поэтому 
опция ввода не активна.
Параметр
Enable Correction
(Включить коррекцию)
Embedding medium
(Заливочная среда)
Refractive index
(Показатель
преломления)
Manufacturer
(Производитель)
Depth variance
(Изменение глубины)
Описание
Флажок установлен: используется функция 
коррекции. Все опции активны, возможно 
редактирование.
Здесь можно выбрать из списка используемую 
заливочную среду.
Отображает показатель преломления выбранной 
заливочной среды. Введите соответствующий 
показатель преломления, если используется 
другая заливочная среда.
Отображается производитель, если таковой 
известен.
Если включена коррекция аберрации (Aberration 
Correction), также можно включить создание 
функции рассеяния точки с изменением по 
глубине. Данный метод значительно улучшает 
восстановление изображения образцов с большей 
толщиной путем создания аксиально различных 
расчетных PSF в виде функции от расстояния до 
покровного стекла и показателя преломления 
заливочной среды.
Для использования коррекции аберрации с 
изменением по глубине установите флажок. В 
поле редактирования счетчика вводится 
количество генерируемых PSF. Чем больше PSF 
генерируется, тем лучше результаты, однако это 
приводит к увеличению продолжительности 
обработки. Следует выбирать не менее 3 функций 
PSF.
В выпадающем списке вы можете выбрать метод 
анализа первичного компонента (РСА method) 
(Primary Component Analysis, М. Arigovindan et al., 
2005, IEEE Transactions on Image Processing 14. nr. 
4 p.450ff), наиболее подходящий для 
ограниченного итеративного и быстрого 
итеративного методов, или метод слоев (Strata 
method) (Myneni and Preza, Frontiers in Optics 2009, 
Optical Society of America, paper CThC4.), 
наиболее подходящий для метода 
упорядоченного обратного фильтра и итеративной 
деконволюции по Люси-Ричардсону.
108 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 254 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Distance to cover slip
(Расстояние до 
покровного стекла)
Cover slip type (Тип 
покровного стекла) 
(Толщина и тип)
Cover siip ref. index
(Показатель 
преломления 
покровного стекла)
Working distance
(Рабочее расстояние)
Override (Ручная 
коррекция)
Описание
Отображает расстояние полученной структуры до 
стороны покровного стекла, обращенного к 
заливочной среде. Половина высоты серии срезов 
по оси Z принимается за первоначальную 
величину расстояния до покровного стекла. 
Данное значение может быть скорректировано, 
если известно расстояние. По возможности, это 
расстояние должно быть измерено.
Имеющиеся в продаже покровные стекла делятся 
на разные группы в зависимости от толщины (О, 1, 
1,5 и 2), которую можно выбрать в выпадающем 
меню. Покровные стекла типа 1,5 имеют среднюю 
толщину 170 мкм. Однако в некоторых случаях в 
зависимости от производителя фактическая 
толщина стекла может значительно отличаться. 
Для достижения наилучших результатов 
рекомендуется использовать покровные стекла, 
толщина которых гарантированно составляет 
170 мкм. Значения, отличающиеся от указанного, 
можно ввести непосредственно в поле ввода.
Выберите в выпадающем списке материал, из 
которого выполнено покровное стекло. 
Соответствующий показатель преломления 
отобразится в соседнем поле ввода.
Отображает рабочее расстояние объектива 
(т. е. расстояние от передней линзы до 
поверхности покровного стекла, обращенной к 
объективу). Рабочее расстояние объектива 
автоматически определяется в соответствии с 
данными об объективе, если только объектив был 
правильно выбран в программе настроек МТБ 
2004. Тем не менее это значение может быть 
введено вручную.
Параметр активен, только если установлен 
флажок Enable Correction (Включить коррекцию).
Для сброса значений нажмите кнопку Reset 
(Сброс).
5.9.1.2.2.4 Раздел Channel specific (Специальные настройки канала)
В разделе Channel specific (Специальные настройки канала) приводятся 
все специальные настройки определенного канала. Это означает, что 
каждый канал настраивается по-разному.
Параметр
Опция Use external
PSF (Использование 
внешней PSF)
Описание
Флажок установлен: используется внешняя 
фактическая PSF. Под меню Image Parameters | 
Input (Параметры изображения | Входное 
изображение) отображается дополнительное окно 
ввода, в котором можно выбрать внешний файл 
PSF. Программное обеспечение проверит, 
соответствуют ли параметры микроскопа в файле 
PSF входному изображению. Аберрации 
(допускаются аберрации с длиной волны 10 нм) 
заставляют программу использовать расчетную 
PSF.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред, 1.0 на русском языке 109


--- стр. 255 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Кнопка Attach То 
Input (Прикрепить к 
входному 
изображению)
Поле индикации 
Illumination
(Освещение)
Поле индикации 
Detection
(Детектирование)
Поле индикации 
Sampling lateral
(Поперечная
дискретизация)
Поле индикации 
Sampling axial 
(Продольная 
дискретизация)
Поле индикации 
Pinhole
(Микроотверстие)
Поле индикации 
NA Cond. (Числовая 
апертура 
конденсатора)
Описание
Если выбран внешний файл PSF, то его можно 
прикрепить к входному изображению. Тогда 
сохраненное входное изображение будет 
содержать корректную фактическую PSF, Для 
подобного изображения также можно 
использовать расчетную PSF. Просто уберите 
флажок Use external PSF (Использовать 
внешнюю PSF).
Отображает длину волны возбуждения в 
нанометрах для канала красителя. Допустим 
максимум. Цветовое поле соответствует длине 
волны (насколько это возможно).
Отображает максимальную длину волны 
излучения для канала красителя. Цветовое поле 
соответствует длине волны (насколько это 
возможно).
Зависит от геометрического масштабирования в 
направлении X/Y и отображает степень 
передискретизации по Найквисту. Для достижения 
хороших результатов во время выполнения 
деконволюции это значение должно быть близким 
к «2» и более. Как и в случае с широкопольными 
микроскопами, эта величина обычно 
определяется объективом, переходником для 
камеры и самой камерой, и на нее может влиять 
только использование модуля Optovar.
Зависит от геометрического масштабирования в 
направлении Z и отображает степень 
передискретизации по Найквисту. Для достижения 
хороших результатов во время выполнения 
деконволюции это значение должно быть не 
меньше «2». Эта величина определяется 
дискретностью привода фокусировки во время 
получения серии срезов по оси Z и, 
следовательно, может легко изменяться.
Доступно, только если в параметрах микроскопа 
указан конфокальный микроскоп. Отображает 
размер конфокального микроотверстия в 
единицах Эйри (AU).
Доступно, только если используется 
традиционный микроскоп (Conventional 
Microscope), а в качества типа освещения выбран 
проходящий свет (Transmitted Light). Отображает 
числовую апертуру конденсатора, при которой 
осуществляется получение изображения в режиме 
проходящего света.
5.9.1.2.2.4.1 Раздел Microscope info (Сведения о микроскопе)
В разделе Microscope info (Сведения о микроскопе) отображаются 
сведения о микроскопе, которые в зависимости от канала влияют на 
форму PSF:
110 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 256 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Выпадающий список 
Illumination
(Освещение)
Image Formation
(Формирование
изображений)
Lateral Resolution
(Поперечное
разрешение)
Axial FWHM
(Продольная ПШПВ)
Описание
В этом списке можно выбрать способ освещения, 
при котором осуществляется получение данных. 
Если в параметрах микроскопа был указан 
Conventional Microscope (Традиционный 
микроскоп), в списке будут доступны следующие 
опции: Epifluorescence (Эпифлуоресценция), 
Multiphoton Excitation (Многофотонное 
возбуждение) и Transmitted Light (Проходящий 
свет). При использовании конфокальных 
микроскопов доступна только опция 
Epifluorescence (Эпифлуоресценция).
Этот параметр указывает, происходило 
формирование изображений в некогерентном 
излучении (традиционный микроскоп) или 
когерентном излучении (лазерный сканирующий 
микроскоп).
Отображает поперечное разрешение расчетной 
PSF.
Отображает полную ширину на половине высоты 
(ПШПВ) в качестве меры измерения продольного 
разрешения PSF.
5.9.1.2.2.4.2 Раздел просмотра PSF
Этот инструмент отображает PSF, рассчитанную для канала на основе 
текущих настроек. Если установлен флажок Auto Update (Автоматическое 
обновление), все изменения, внесенные в параметры PSF, сразу 
применяются в просмотре PSF. Это позволяет быстро проверить 
соответствие заданных настроек вашим ожиданиям.
5.9.1.3 Создание PSF
С помощью этого метода создается изображение с функцией рассеяния 
точки (PSF) из изображения серий срезов по оси 2 гранулы, полученного 
для измерения PSF. Для получения оптимального изображения 
соблюдайте следующие инструкции: использование гранул для измерения 
PSF.
Е1аилучшие результаты достигаются при создании среднего изображения 
серии срезов по оси Z из нескольких изображений гранул, полученных с 
помощью функции усреднения гранулы  [►112].
Результатом является так называемое PSF-изображение. Для 
оптимизации дополнительных настроек и опций используйте специальные 
элементы управления во вкладке PSF Display (Отображение PSF).
Возможно использование двух типов гранул:
■ Гранулы с диаметром, не превышающим разрешающей способности 
микроскопа. В этом случае изображение сразу преобразуется в 
соответствующий формат PSF.
■ Г ранулы с диаметром, превышающим разрешающую способность 
микроскопа. В этом случае PSF восстанавливается в ходе 
итеративной обработки с учетом известного диаметра гранул. 
Основным преимуществом здесь является то, что большие гранулы 
лучше видны, и во время получения изображения достигается 
лучшее расстояние сигнал/шум. Рекомендуется использовать 
гранулы диаметром 1,0 мкм.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 111


--- стр. 257 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Z-Stack Correction
(Коррекция серии 
срезов по оси Z)
Circular Average
(Круговое усреднение)
Threshold Cropping
(Пороговое
кадрирование)
Threshold (Пороговая 
величина)
Iterative Restoration
(Многокадровое
восстановление)
Описание
Флажок установлен: выполняет коррекцию фона 
серии срезов по оси Z перед обработкой.
Флажок установлен: форсирует PSF 
латеральной симметрией. Обычно не включают, 
поскольку латеральные асимметрии лучше 
соответствуют фактическому состоянию. Круговое 
усреднение рекомендуется выполнять, только 
когда фактическая PSF используется вместе с 
быстрым итеративным методом (Fast Iterative).
Флажок установлен: PSF ограничивается 
диапазоном насыщенности серого до 0,25% 
самого яркого воксела, если это значение 
уменьшается или опция отключается, то PSF 
может быть больше. При этом увеличивается 
время вычисления. Однако в этом случае также 
можно добиться немного лучших результатов. Эта 
опция включена по умолчанию.
С помощью ползунка или поля ввода задается 
процентное значение, начиная с которого PSF 
снижается, если выбрана опция Volume Clipping 
(Объемное отсечение).
Флажок установлен: Если для генерации PSF 
используются изображения серии срезов по оси Z 
гранул с диаметром, превышающим 
разрешающую способность микроскопа, следует 
выбрать эту опцию. Диаметр гранул можно 
вводить с помощью ползунка или поля ввода.
5.9.1.4 Bead Average (Усреднение гранулы)
Этот метод определяет позицию флуоресцентных гранул в изображении 
серии срезов по оси Z. Если эти гранулы располагаются слишком близко 
друг к другу, то при вычислении они не используются. Гранулы, 
расположенные достаточно далеко друг от друга, объединяются в одну 
гранулу, с помощью которой впоследствии можно рассчитать PSF, 
используя функцию Create PSF (Создать PSF).
Описание алгоритма
Функция состоит из серии этапов до и после обработки. Цель — 
обнаружить гранулы, расположенные достаточно далеко друг от друга. 
Р1иже приводится последовательность шагов обработки:
Выбор входного изображения.
Сглаживание изображения.
Сегментация
Выбор гранулы.
Центрирование обнаруженных гранул.
112 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 258 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
■ Усреднение обнаруженных гранул. 
Параметры
Параметр
Bead proximity
(Близость гранул)
Average Beads
(Усредненные
гранулы)
Pre-Smoothing
(Предварительное
сглаживание)
None
(Отсутствует)
-  Gaussian 
(Гауссовый 
фильтр)
-  Difference of 
Gaussians 
(Различие 
гауссовых 
фильтров)
Log Curvature
(Логарифмическая
кривая)
Sigma (Сигма)
Delta Sigma (Дельта­
сигма)
Описание
Определяет расстояние между двумя соседними 
гранулами в мкм. Гранула исключается из 
усреднения, если расстояние до соседней 
гранулы больше минимального заданного 
расстояния. При малом значении обнаруживается 
меньшее число гранул, хотя они и расположены 
дальше друг от друга; при большем значении 
обнаруживается большее число гранул, однако 
существует риск их частичного перекрытия.
Флажок установлен: создается изображение 
отдельной усредненной гранулы.
Флажок убран: создается изображение, в 
котором каждая обнаруженная гранула 
центрируется, но сохраняется в R-измерении. 
Затем во вкладке Dimensions (Измерения) 
появится ползунок для вращения гранулы (R- 
измерение).
С математической точки зрения сегментация 
изображений представляет собой «некорректно 
поставленную задачу». Для достижения более 
надежных результатов, изображение перед 
сегментацией можно сгладить, используя 
следующие параметры:
Сглаживание изображения не выполняется; шума 
изображения может привести к некорректным 
результатам.
Выполняет трехмерную гауссовою фильтрацию с 
использованием изотропного сигма ядра. Этот 
фильтр не сохраняет контуры.
Изображение сглаживается с помощью двух 
разных сигма ядер (сигма и дельта-сигма). Для 
сегментации используются различия двух 
изображений. Этот фильтр сохраняет контуры.
Здесь вы можете задать градиент кривой, который 
может использоваться для нахождения локальных 
максимумов интенсивности (т. е. гранул). При 
малом значении обнаруживается большее число 
гранул, но функция становится более 
чувствительной к шуму изображения. При 
большом значении обнаружение гранул меньше 
нарушается шумом изображения, но 
обнаруживается меньшее число гранул.
Здесь задается сила воздействия гауссова ядра, 
более подробно см. в разделе «Сигма»  [► 144].
Здесь задается разность сигмы между первой и 
второй гауссовой фильтрацией. Сигма второй 
фильтрации равняется сигма + дельта-сигма.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 113


--- стр. 259 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.1.5 Методы деконволюции в ZEN
ИсточникиМетод (общее 
название)
Nearest Neighbor
(Ближайший сосед)
К.
Кастелман
(К.
Castleman),
“Digital
image
processing’’, 
Prentice Hall 
1997 Г.
Настройки
Алгоритм (по 
умолчанию): 
Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Примечания
Специальный
«двухмерный
алгоритм
устранения
размытости»
фокусируется
на вычитании
размытости вне
фокуса.
Regularized Inverse Для G- Алгоритм (по Использует
(Упорядоченный разности умолчанию): различие в
обратный) нулевого Regularized наблюдении и
также известный как: порядка: Inverse Filter оценке в
Линейный метод Шефер (Упорядоченный качестве
наименьших (Schaefer) и обратный фильтр) условия
квадратов соавт. 
(2001 г.) Advanced settings | 
Regularization 
(Дополнительные 
настройки 1 
Упорядочение): 
Zero order 
(нулевой порядок)
упорядочения.
Regularized Inverse Для Алгоритм: Использует
(Упорядоченный упорядочен Regularized первую
обратный) ия первого Inverse производную
также известный как: порядка или (Упорядоченный оценки
Линейный метод неровности обратный) неровности по
наименьших по Гуду:
Advanced settings | Гуду в качестве
квадратов Фервеер Regularization условия
(Verveer) и 
соавт. 
(1997 г.)
(Дополнительные 
настройки 1  
Упорядочение): 
First order 
(первый порядок)
упорядочения.
Regularized Inverse Шефер Алгоритм: Патентованный
(Упорядоченный (Schaefer) и Regularized метод
обратный) соавт. Inverse максимального
также известный как: (2006 г.) (Упорядоченный использования
Линейный метод Шефер обратный) необработанны
наименьших (Schaefer) и Advanced settings | X изображений
квадратов
В комплексе с 
микроскопией 
структурированного 
освещения (модуль 
АроТоте)
соавт. (tbs) Regularization 
(Дополнительные 
настройки 1  
Упорядочение):
Zero / First order
(Нулевой/ первый 
порядок)
в АроТоте
Fast Iterative Мейнел Алгоритм (по Классический,
(Быстрый (Meinel) умолчанию): неупорядоченн
итеративный) (1986 г.) Fast Iterative ый алгоритм
Также известный как: 
Алгоритм Мейнела
(Быстрый
итеративный)
Мейнела.
114 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 263 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Метод (общее 
название)
Constrained
Iterative
(Ограниченный
итеративный)
Также
известный как: 
ICTM
Ограниченный 
итеративный 
по Тихонову- 
Миллеру
ван дер Воорт 
(van derVoort) 
и соавт. (1995 
г.) Фервеер 
(Verveer) и 
соавт. (1997 г.)
Шефер 
(Schaefer) и 
соавт. (2001 г.)
Источники Настройки
- Regularization 
(Упорядочение):
First order
(первый порядок)
Алгоритм:
Constrained 
Iterative
(Ограниченный 
итеративный)
Дополнительные 
настройки:
- Likelihood 
(Правдоподобие)
Gauss (Гаусс)
- Regularization 
(Упорядочение)
Second order
(Второй порядок)
Алгоритм:
Constrained 
Iterative
(Ограниченный 
итеративный)
Дополнительные 
настройки:
- Likelihood 
(Правдоподобие):
Poisson/Gauss
(Пуассоновский/по 
Г ауссу)
- Regularization 
(Упорядочение):
0/1/2nd order
(0/1/2-й порядок)
- Optimization 
(Оптимизация):
Line search /
Analytical
(Линейный поиск/ 
аналитический)
Список литературы
Schaefer, L.H., Schuster, D. & Herz, Н. Generalized accelerated maximum  
likelihood based image restoration approach applied to three-dimensional  
fluorescence microscopy,  Journal of Microscopy, 2004 (2001), Pt. 2, 99-107 
( PubMed)
Constrained
Iterative
(Ограниченный
итеративный)
Фервеер 
(Verveer) и 
соавт. (1997 г.) 
Schaefer et al. 
(2001)
Примечания
в качестве условия 
упорядочения.
Восстановление
характерного
сопряженного
градиента с
использованием
возведенной в
квадрат оценки для
введения
положительности.
Использует второй
дифференциальный
оператор Тихонова-
Миллера-Филлипса
в качестве условия
упорядочения.
Восстановление 
характерного 
сопряженного 
градиента с 
использованием 
возведенной в 
квадрат оценки для 
введения 
положительности.
По умолчанию для 
оптимизации -
быстрый 
аналитический 
метод (по Ньтону- 
Рафсону).
Линейный поиск 
может быть более 
точным, но также 
намного более 
медленным.
118 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 264 ---
Verveer, P.J. & Jovin, Т.М. (1997) Efficient superresolution restoration  
algorithms using maximum a posteriori estimations with application to  
fluorescence microscopy. J. Opt. Soc. Am.  A, 14, 1696-1706.
Meinel E.S., Origins of linear and nonlinear recursive restoration algorithms,
J. Opt. Soc. Am.  A., 1986, 3 (6): 787-799.
Biggs, D.S.C. 1998. Accelerated Iterative Blind Deconvolution.  Ph.D. Thesis, 
University of Auckland, New Zealand.
Schaefer, L.H. & Schuster, D. Structured illumination microscopy: Improved  
spatial resolution using regularized inverse filtering,  Proceedings of the FOM 
2006, Perth, Australia
Lucy L.B., An iterative technique for the rectification of obsen/ed distributions,  
Astron. J., 1974, 79: 745-754.
Richardson W.H., Bayesian-based Iterative method of image restoration, J. Opt.  
Soc. Am., 1972, 62 (6): 55-59.
van der Voort, H. T. M. and Strasters, K. C. (1995) Restoration of confoca!  
images for quantitative image analysis.  J. Microsc., 178, 165-181.
Tikhonov, A.N. & Arsenin, V.Y. (1977) Solutions of III Posed Problems.  Wiley, 
New York.
5.9.2 Настройка
5.9.2.1 Цветовой баланс
Метод Color Balance (Цветовой баланс) позволяет регулировать диапазон 
отдельных цветовых каналов изображения с реальными цветами.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений____________________________
Параметр
Range to Adjust
(Диапазон
регулировки)
- Shadows (Тени)
Описание
Здесь можно выбрать диапазон регулировки 
цветового баланса. Доступны 3 диапазона 
регулировки:
Настройка относится к тонам в диапазоне темных 
цветов.
Настройка относится к тонам в диапазоне средних 
цветов.
Настройка относится к тонам в диапазоне светлых 
цветов.
Настройку необходимого цветового баланса 
выполняют с помощью ползунка или поля ввода.
Настройку необходимого цветового баланса 
выполняют с помощью ползунка или поля ввода.
Настройку необходимого цветового баланса
- Midtones 
(Средние тона)
- Lights (Светлые 
тона)
Cyan - Red (Циан - 
красный цвет)
Yellow - Blue (Желтый
- синий)
Magenta - Green
(Пурпурный - зеленый) выполняют с помощью ползунка или поля ввода.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 119


--- стр. 265 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.Э.2.2 Оттенок / Насыщенность / Яркость
Метод Hue/Saturation/Lightness (Оттенок/Насыщенность/Яркость) 
позволяет регулировать оттенок, насыщенность и яркость изображения с 
реальными цветами.
Параметры 
Параметр 
Hue (Оттенок)
Saturation
(Насыщенность)
Lightness (Яркость)
Описание
Значение сдвига представляет собой угол на 
цветовом круге. Следовательно, величины -180 и 
+180 оказывают одинаковый эффект.  
Отрицательные значения угла сдвига изменяют 
цветовой оттенок в сторону синего цвета, а 
положительные — в сторону красного цвета.
Настройку изменения цветового тона выполняют с 
помощью ползунка или поля ввода.
Термином «насыщенность» описывается 
интенсивность цвета пикселя. Chromatic 
(хроматический) — максимальная степень 
насыщенности, achromatic (ахроматический) 
относится к цветам, лишенных тона в смысле 
цветового восприятия.
Настройку насыщенности выполняют с помощью 
ползунка или поля ввода.
Термин «яркость» описывает степень 
насыщенности пикселя светлыми или темными 
тонами. Наибольшая разница существует между 
черным и белым или между фиолетовым и 
желтым цветами.
Настройку яркости выполняют с помощью 
ползунка или поля ввода.
5.9.2.3 Баланс белого
Метод White Balance (Баланс белого) позволяет регулировать баланс 
белого в изображении Параметры
Параметр
Automatic
(Автоматически)
White Spot (Белое 
пятно)
Temperature Delta 
(Дельта температур)
Описание
Флажок установлен: белое пятно вычисляется 
автоматически на основе данных изображения.
Отображается, только если убран флажок 
Automatic (Автоматически). Определите белое
пятно, нажав кнопку W V  Pick (Выбрать). 
Указатель мыши приобретет вид пипетки. 
Щелкните пипеткой по белой области входного 
изображения. Рядом с кнопкой отобразятся 
координаты и значение цвета выбранного белого 
пятна.
Отрегулируйте дельту, прибавляемую к 
вычисленным значениям цвета. Отрицательные 
значения уменьшают цветовую температуру, а 
положительные — повышают. Значение «1» 
соответствует 10 К.
120 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 266 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.Э.2.4 Цветовая температура
Метод Color Temperature (Цветовая температура) позволяет настроить 
цветовую температуру изображения с реальными цветами. Используйте 
ползунок Temperature Delta.  Описание ползунка представлено в разделе
«Баланс белого» [>■ 120],
5.9.2.5 Яркость / Контрастность / Гамма
Метод Brightness/Contrast/Gamma (Яркость/Контрастность/Гамма)  
позволяет настроить яркость, контрастность и гамму изображения.
•
1 Примечание
В отличие от регулировок, выполняемых во вкладке Display 
(Отображение), здесь изменяются значения пикселей изображения.
Параметры
Параметр
Brightness (Яркость)
Contrast
(Контрастность)
Gamma (Гамма)
Описание
Настройку яркости выполняют с помощью 
ползунка или поля ввода. Изменение яркости 
означает, что каждое значение насыщенности 
серого или цвета увеличивается или уменьшается 
на одну и ту же величину. Тем не менее разность 
между наибольшим и наименьшим значениями 
насыщенности серого или цвета в изображении 
остается неизменной.
Настройку контрастности выполняют с помощью 
ползунка или поля ввода. Изменение 
контрастности означает, что значение 
насыщенности серого или цвета умножается на 
указанный коэффициент. Разность между 
наибольшим и наименьшим значениями 
насыщенности серого или цвета изменяется.
Настройку гаммы выполняют с помощью ползунка 
или поля ввода. Изменение гаммы означает, что 
значение насыщенности серого или цвета 
умножается на индивидуальные коэффициенты.
5.9.2.6 Коррекция серии срезов по оси Z
Метод Stack Correction (Коррекция серии срезов по оси Z) позволяет 
улучшить качество изображений серии срезов по оси Z, осветленных во 
время получения.
Параметры
Во вкладке Correction (Коррекция) можно выбрать один или несколько 
режимов коррекции.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 121


--- стр. 267 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр 
Decay (Затухание) 
Flicker (Мерцание)
Background (фон)
Описание
Этот режим компенсирует эффект осветления.
Этот режим компенсирует скачки напряжения 
лампы накаливания.
Этот режим уменьшает фоновый шум.
5.Э.2.7 Коррекция равномерности освещения
Метод Shading Correction (Коррекция равномерности освещения) 
позволяет улучшить изображения, качество которых снижено 
неравномерным освещением или виньетированием.
При желании выполнить коррекцию равномерности освещения перед 
проведением эксперимента (рекомендуется) необходимо использовать 
функцию коррекции равномерности освещения в инструменте Camera 
(Камера) раздела Postprocessing (Постобработка).
Параметры
Параметр Описание
Shading Mode (Режим
равномерности
освещения)
Camera shading 
(Равномерность 
освещения камеры)
Giobai shading 
(Общая
равномерность
освещения)
Automatic
(Автоматически)
Display Mode (Режим 
отображения)
-  Additive 
(Аддитивный)
- Muitipiicative 
(Мультипликативны 
й)
Offset (Смещение)
Применяет параметр Shading correction 
(Коррекция равномерности освещения) к каждой 
мозаике мозаичного изображения.
Применяет параметр Shading correction 
(Коррекция равномерности освещения) ко всему 
мозаичному изображению. Необходимо 
изображение с эталонной равномерностью 
освещения того же размера, что и мозаичное 
изображение.
Флажок установлен: функция автоматически 
вычисляет эталонное изображение коррекции 
равномерности освещения из входного 
изображения.
В этом режиме нормализованное эталонное 
изображение вычитается из каждого кадра 
камеры. Это влияет на яркость изображения.
В этом режиме каждый кадр камеры делится на 
нормализованное эталонное изображение. Это 
влияет на контраст изображения. Эта настройка 
используется по умолчанию.
До 20 кадров камеры усредняется во входное 
изображение и пропускается через 
низкочастотный фильтр, таким образом создавая 
имитирующее/автоматическое эталонное 
изображение.
С помощью ползунка или поля ввода 
отрегулируйте значение серого, которое будет 
добавлено к новым расчетным значениям серого. 
Если получаются отрицательные значения, то они 
приравниваются к нулю. Значения, превышающие 
максимальное значение серого, приравниваются к 
максимальному значению серого.
122 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 268 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.2.8 Вычитание фона
С помощью функции Background Subtraction (Вычитание фона) удаляется 
гладкий фон или корректируется неравномерное освещение. Эта 
процедура заимствована из соответствующей функции в Imaged и 
основана на алгоритме катящегося шара (S. Sternberg, “Biomedical image 
Processing”, IEEE Computer, January 1983).
Параметры 
Параметр 
Radius (Радиус)
Create Background 
only (Создать только 
фон)
Do smoothing 
beforehand 
(Предварительное 
сглаживание)
Light Background 
(Светлый фон)
Radius (Радиус)
Описание
Здесь задают радиус катящегося шара в пикселях. 
Это значение должно быть не меньше радиуса 
наибольшего объекта на изображении, не 
являющегося частью фона. Большие значения 
также будут подходить до тех пор, пока фон 
изображения не станет слишком неровным.
Если параметр включен, создается изображение, 
содержащее только обнаруженный фон. 
Используйте это изображение для последующего 
выполнения ручной коррекции фона, например, с 
помощью калькулятора изображения.
Если параметр активирован, перед анализом 
фона выполняется усреднение по пикселям (3x3). 
Используйте эту опцию, чтобы данные 
изображения после вычитания не оказались под 
фоном.
Используйте эту опцию, если изображение 
содержит светлый фон и темные объекты.
Здесь задают радиус катящегося шара в пикселях. 
Это значение должно быть не меньше радиуса 
наибольшего объекта на изображении, не 
являющегося частью фона. Большие значения 
также будут подходить до тех пор, пока фон 
изображения не станет слишком неровным.
5.9.2.9 Выравнивание гистограммы
Функция Histogram Equalization (Выравнивание гистограммы) повышает 
контраст путем линеаризации гистограммы изображения на равные 
области в гистограмме. Области (число пикселей, умноженное на 
диапазон насыщенности серого) всех значений серого в гистограмме 
полученного изображения одинаковы.
Параметр
АН Z (Все плоскости 
по оси Z)
АН Т (Все временные 
точки)
High Threshold 
(Верхнее пороговое 
значение)
Lower Threshold 
(Нижнее пороговое 
значение)
Описание
Если параметр активирован, функция 
применяется ко всем плоскостям по оси Z.
Если параметр активирован, функция 
применяется ко всем временным точкам.
Область пикселей, которая отобразится в 
наибольшем значении серого на выходном 
изображении.
Область пикселей, которая отобразится в нулевом 
значении серого.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 123


--- стр. 269 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.3 Границы
5.9.3.1 Фильтрация верхних частот
Метод Highpass (Фильтрация верхних частот) выполняет фильтрацию 
верхних частот. Фильтрация верхних частот — разница между исходным 
изображением и исходным изображением, прошедшим фильтрацию 
нижних частот.
Параметр
Параметр
Normalization
(Нормализация)
- Clip (Отсечение)
- Automatic 
(Автоматически)
- Wrap (Перенос)
- Shift (Смещение)
- Absolute
(Абсолютный)
Count (Счетчик)
Kernel Size (Размер 
ядра)
Описание
Доступность опций, представленных в списке, 
зависит от выбранной функции обработки 
изображения.
Уровням серого, не попадающим в указанный 
диапазон насыщенности серого, автоматически 
присваивается наименьшее/наибольшее значение 
серого (черный или белый). Этот эффект 
соответствует недоэкспонированию или 
переэкспонированию. Это означает, что в 
некоторых случаях происходит потеря 
информации.
Автоматическая нормализация значений серого 
до доступного диапазона насыщенности серого.
Если полученное значение больше 
максимального значения серого на изображении, 
то из него вычитается «максимальное значение 
серого +1».
Нормализует выходное изображение до величины 
равной «значение серого + максимальное 
значение серого/2».
Используются только положительные значения.
Здесь устанавливается число повторений. То есть 
число последовательных применений функции к 
соответствующему результату фильтрации. 
Эффект усиливается соответствующим образом.
Вы можете симметрично установить размер 
фильтра в направлениях X, Y, Z относительно 
зависимого пикселя. Это должен быть размер 
области перехода между объектами и фоном.
5.9.3.2 Оператор Робертса
Метод Roberts (Оператор Робертса) рассчитывает градиентное 
изображение с использованием матрицы оператора Робертса. Большие 
разности значений серого между соседними элементами отображаются 
как значения светло-серого. Отсутствие изменений обозначается 
величиной «О» (черный). Границы тоньше, чем при использовании метода 
Собеля.
124 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 270 ---
5.9.3.3 Максимальный градиент
Метод Gradient Мах (Максимальный градиент) выполняет фильтрацию 
градиента. Градиентное изображение рассчитывается на основе суммы 
матрицы 2x2 в направлении X и Y с использованием большего из двух 
компонентов. Границы получаются темнее, чем при использовании метода 
Gradient Sum (Сумма градиентов).
5.9.3.4 Сумма градиентов
Метод Gradient Мах (Максимальный градиент) выполняет фильтрацию 
градиента. Градиентное изображение рассчитывается на основе суммы 
матрицы 2x2 в направлении X и Y. Границы получаются ярче, чем при 
использовании метода Gradient Мах (Максимальный градиент).
5.9.3.5 Метод Собеля
Градиентное изображение рассчитывается с применением фильтра 
Собеля (Sobel)
Этот метод отмечает изменения значений серого на изображении.
Большим различиям между соседними элементами соответствует 
значение ярко-серого, при отсутствии изменений значение равняется «О» 
(ноль). Пиксели в выходном изображении рассчитываются с помощью 
дифференциального оператора Собеля на основе ядра 3x3x3 входного 
изображения.
5.9.3.6 Фильтр высоких частот Лапласа
Функция Laplace пропускает изображение через фильтр высоких частот 
Лапласа.
Вычисление производится на основе оператора Лапласа (3x3x3) во всех 
направлениях. Эта функция недостаточно хорошо отображает изменения 
значений серого.
5.9.3.7 Локальная дисперсия
Метод Local variance (Локальная дисперсия) осуществляет фильтрацию 
краев, рассчитывающую дисперсию каждого пикселя с соседними 
пикселями по размеру поперечного фильтра.
Параметр
Размер ядра по оси X/Y
Здесь можно симметрично задать размер матрицы в направлениях X и Y 
относительно пикселя. Kernel Size in X/Y (Размер ядра по оси X/Y) 
определяет степень сглаживания в направлении X и Y.
5.9.4 Геометрические преобразования
5.9.4.1 Выравнивание каналов
С помощью метода Channel Alignment (Выравнивание каналов) можно 
безошибочно автоматически выравнивать отдельные каналы 
многоканального изображения относительно друг друга.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений____________________________
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 125


--- стр. 271 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр Описание
Registration Method 
(Метод регистрации)
Здесь можно выбрать метод (или комбинацию 
методов) для выравнивания изображений.
- Translation
(Перемещение)
Соседние срезы серии срезов по оси Z 
смещаются относительно друг друга в 
направлении X и Y.
- Rotation 
(Вращение)
Соседние срезы серии срезов по оси Z вращаются 
относительно друг друга.
- Iso Scaling
(Масштабировани 
е по ISO)
Увеличение регулируется от среза к срезу.
- Skew Scaling
(Масштабировани 
е наклона)
Корректируется наклон/искривление соседних 
срезов серии срезов по оси Z.
- Affine (Аффинное 
преобразование)
Соседние срезы изображения серии срезов по оси 
Z смещаются в направлении X и Y и вращаются, 
увеличение регулируется от среза к срезу.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
Параметр Описание
Quality (Качество) Здесь можно выбрать уровень качества, 
обеспечиваемый функцией.
- Low (Низкое) Высокая скорость с низким качеством 
изображения.
- Medium (Среднее) Высокая скорость со средним качеством 
изображения.
- High (Высокое) Низкая скорость с высоким качеством 
изображения.
- Highest
(Наивысшее)
Самая низкая скорость с наивысшим качеством 
изображения.
Interpolation
(Интерполяция)
Здесь можно выбрать метод выполнения 
интерполяции: расчет пикселя из нескольких 
отдельных пикселей.
- Nearest Neighbor 
(Ближайший 
сосед)
Выходному пикселю присваивается значение 
серого цвета входного пикселя, расположенного 
рядом с ним.
- Linear (Линейное 
комбинирование)
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, полученное путем линейного 
комбинирования входных пикселей, 
расположенных рядом с ним.
- Cubic
(Кубический)
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, равное значению полиномиальной 
функции от входных пикселей, расположенных 
рядом с ним.
126 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 272 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
S.9.4.2 Выравнивание серии срезов по оси Z
Метод Z-Stack Alignment (Выравнивание серии срезов по оси Z) позволяет 
выравнивать отдельные плоскости изображения серии срезов по оси Z, 
если они расположены не точно друг под другом. Это происходит, когда, 
например, серии срезов по оси Z получают под наклоном с помощью 
стереомикроскопа.
Параметры
Параметр
Registration Method 
(Метод регистрации)
-  Translation
(Перемещение)
Rotation
(Вращение)
Iso Scaling 
(Масштабировани 
е по ISO)
Skew Scaling 
(Масштабировани 
е наклона)
Affine (Аффинное 
преобразование)
Описание
Здесь можно выбрать метод (или комбинацию 
методов) для выравнивания изображений.
Соседние срезы серии срезов по оси Z 
смещаются относительно друг друга в 
направлении X и Y.
Соседние срезы серии срезов по оси Z вращаются 
относительно друг друга.
Увеличение регулируется от среза к срезу.
Корректируется наклон/искривление соседних 
срезов серии срезов по оси Z.
Соседние срезы изображения серии срезов по оси 
Z смещаются в направлении X и Y и вращаются, 
увеличение регулируется от среза к срезу.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
Параметр
Quality (Качество)
- Low (Низкое)
- Medium (Среднее)
- High (Высокое)
- Highest 
(Наивысшее)
Interpolation
(Интерполяция)
- Nearest Neighbor 
(Ближайший 
сосед)
- Linear (Линейное 
комбинирование)
Описание
Здесь можно выбрать уровень качества, 
обеспечиваемый функцией.
Высокая скорость с низким качеством 
изображения.
Высокая скорость со средним качеством 
изображения.
Низкая скорость с высоким качеством 
изображения.
Самая низкая скорость с наивысшим качеством 
изображения.
Здесь можно выбрать метод выполнения 
интерполяции: расчет пикселя из нескольких 
отдельных пикселей.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого цвета входного пикселя, расположенного 
рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, полученное путем линейного 
комбинирования входных пикселей, 
расположенных рядом с ним.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 127


--- стр. 273 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Cubic
(Кубический)
Описание
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, равное значению полиномиальной 
функции от входных пикселей, расположенных 
рядом с ним.
5.9.4.3 Сшивка
Метод Stitching (Сшивка) позволяет автоматически и правильно 
выравнивать относительно друг друга отдельные мозаики мозаичного 
изображения.
Параметры
Параметр
Inplace (Замещение)
New Output (Новое
выходное
изображение)
Fuse Tiles
(Объединить
фрагменты)
Correct shading 
(Скорректировать 
равномерность 
освещения)
- Automatic 
(Автоматически)
- Источники
Описание
Сшивка применяется к исходному изображению.
В результате сшивки создается новое 
изображение. Исходное изображение не 
изменяется.
Отображается, только если нажата кнопка New 
Output (Новое выходное изображение).
Флажок установлен: все отдельные мозаичные 
изображения объединяются после выравнивания.
Флажок убран: отдельные мозаичные 
изображения выравниваются, но не 
объединяются.
Отображается, только если нажата кнопка New 
Output (Новое выходное изображение).
Флажок установлен: применяет функцию 
коррекции равномерности освещения 
(мультипликативный режим, см. раздел 
«Коррекция равномерности освещения»  [► 122]) 
к каждому изображению перед сшивкой.
Выберите из выпадающего списка эталонное 
изображение, которое необходимо использовать 
для коррекции равномерности освещения.
Функция автоматически вычисляет эталонное 
изображение из входного изображения.
Функция использует существующее эталонное 
изображение. Эту функцию следует выбирать в 
дополнение к входному изображению в 
инструменте Input (Входное изображение) в 
разделе Image Parameters (Параметры 
изображений).
Выбор эталонных измерений для сшивки
Раздел Select dimension references for stitching (Выбор эталонных 
измерений для сшивки) доступен только для многомерных входных 
изображений.
Выберите эталонное измерение (один канал, одну позицию по оси Z, одну 
временную точку) из многомерного массива данных. Данное эталонное 
измерение используется либо только для сшивки (остальные плоскости 
измерений не сшиваются), либо в качестве эталонного во время сшивки 
всех плоскостей измерений.
128 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 274 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Get all dimensions 
from 2d view 
(Получить все 
измерения из 
двухмерной 
проекции)
Z-Position (Позиция  
ПО оси Z)
Time (Время)
Channels (Каналы)
Описание
Считывает рассматриваемые плоскости 
измерений из двухмерной проекции.
С помощью этого параметра выбирается позиция  
ПО оси Z для двухмерного изображения.
С помощью этого параметра выбирается 
временная точка для двухмерного изображения.
С помощью этого параметра выбирается канал 
для двухмерного изображения.
Сшивка многомерных изображений
Раздел Select dimension references for stitching (Выбор эталонных 
измерений для сшивки) доступен только для многомерных входных 
изображений. Плоскости измерений, подлежащих сшивке, можно выбрать 
под соответствующим измерением.
Параметр
АН by reference 
(Все по эталонной)
Reference only 
(Только эталонная)
АН individually (Все 
по отдельности)
Параметры
Параметр
Edge Detector 
(Детектор контуров)
-  Yes (Да)
- No (Нет)
Minimal Overlap
(Минимальное
перекрытие)
Мах Shift
(Максимальное
смещение)
Comparer (Функция 
сравнения)
Описание
Все плоскости этого измерения сшиваются и 
отображаются в выходном изображении. Сшивка 
рассчитывается отдельно для каждой плоскости.
Для расчета сшивки учитывается только 
эталонная плоскость (двухмерное изображение) 
данного измерения. Все остальные плоскости 
сшиваются соответствующим образом и 
отображаются в выходном изображении.
Сшивается только выбранная эталонная 
плоскость (двухмерное изображение) этого 
измерения. Остальные плоскости на выходном 
изображении не отображаются.
Описание
Детектор контуров применяется для определения 
границ изображения. Это может улучшить 
результат сшивки.
Детектор контуров не применяется.
Задает размер области минимального перекрытия 
(в процентах) отдельных мозаик.
Задает максимальную степень смещения (в 
процентах) отдельных мозаик относительно друг 
друга.
Определяет метод оценки соответствия мозаик в 
перекрывающихся областях.
- Basic (Базовый) Элементарное сравнение (быстрое).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 129


--- стр. 275 ---
5 Обработка изображений [ 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
- Best (Наилучший)
- Optimized 
(Оптимизированн 
ый)
Global Optimizer
(Глобальный
оптимизатор)
- Basic (Базовый)
- Best (Наилучший)
Описание
Тщательное сравнение (медленное). 
Оптимизированное сравнение.
Определяет, какие перекрытия мозаик 
оцениваются.
Оценивается только одно перекрытие на мозаику. 
Оцениваются все перекрытия мозаики.
5.9.4.4 Наложение изображения
С помощью функции Image Overlay (Наложение изображения) можно 
выравнивать (или накладывать) два изображения, которые смещены 
относительно друг друга. Также можно совмещать отдельные плоскости 
изображения серии срезов по оси Z, в случае если они не располагаются 
точно одна поверх другой.
Вы можете определить 3 соответствующих точки как на входном (Input 
Pixel (входной пиксель)), так и на эталонном изображении (Reference 
Pixel (эталонный пиксель)), которое смещено относительно первого. 
Выберите в интерактивном режиме видимые точки, присутствующие на 
обоих изображениях. При нажатии кнопки Apply (Применить) функция 
вычисляет выходное изображение, в котором новые подходящие точки 
имеют те же координаты, что и на входном изображении.
Параметры
Параметр
Input Pixel 1 - С 
(Входной 
пиксель 1-3)
Reference Pixel 1-3  
(Эталонный 
пиксель 1-3)
Interpolation
(Интерполяция)
- Linear (Линейное 
комбинирование)
Cubic
(Кубический)
Описание
Нажав на соответствующие кнопки, можно 
определить 3 входных пикселя.
Выбранная точка отобразится на графической 
плоскости. Эта точка помогает ориентироваться 
во время нажатия на контрольные точки.
Нажав на соответствующие кнопки, можно 
определить 3 эталонных пикселя.
Здесь указывается степень влияния вращения на 
соседние пиксели.
Поворачиваемому пикселю присваивается 
значение серого, рассчитанное из линейной 
комбинации значений серого тона двух пикселей: 
ближайшего к поворачиваемому и его ближайшего 
соседа.
Поворачиваемому пикселю присваивается 
значение серого, равное значению 
полиномиальной функции от пикселя, 
расположенного рядом с поворачиваемым.
130 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 276 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.Э.4.5 Вращение
С помощью метода Rotate (Вращение) можно задавать углы поворота 
изображения. Эта функция специально разработана для вращения 
сложных (многомерных) изображений в доступных измерениях 
изображения. Функция может работать медленно, но предоставляет 
больше настроек для вращения. Для простых двухмерных вращений 
рекомендуем использовать более быструю функцию Rotate 2D (Вращение 
двухмерных изображений).
Параметр
Параметр
Third Dimension 
(Трехмерность)
2D Slices
(Двухмерные
срезы)
- Z, Т or С 
(Z, Т или С)
Adapt sizes 
(Адаптация 
размеров)
Adjust per Channel
(Поканальные
настройки)
interpolation
(Интерполяция)
Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Linear (Линейное 
комбинирование)
Cubic
(Кубический)
Описание
Отображается только для трехмерного входного 
изображения и (или) в режиме Show all (Показать 
все).
Здесь можно выбрать способ обработки 
многомерных изображений с помощью данной 
функции.
Эта функция используется в двухмерном режиме 
только с многомерными изображениями, 
полученными, например, во время покадровой 
съемки или серии срезов по оси Z.
Здесь можно выбрать, к какому дополнительному 
измерению следует применить функции.
Флажок установлен: размер выходного 
изображения регулируется в соответствии с 
настройками масштабирования.
Флажок убран: выходное изображение имеет тот 
же размер, что и входное. В зависимости от 
размера изображения и угла вращения области 
входного изображения могут быть частично 
невидимы на выходном изображении.
Отображается только для многоканального 
изображения.
Флажок установлен: можно отдельно 
настраивать параметры для каждого канала.
Здесь можно выбрать метод выполнения 
интерполяции: расчет пикселя из нескольких 
отдельных пикселей.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого цвета входного пикселя, расположенного 
рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, полученное путем линейного 
комбинирования входных пикселей, 
расположенных рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, равное значению полиномиальной 
функции от входных пикселей, расположенных 
рядом с ним.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 131


--- стр. 277 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр 
Angle (Угол)
Angle X (Угол по 
оси X)
Angle Y (Угол по  
оси Y)
Angle Z (Угол по 
оси Z)
Описание
Задайте величину угла вращения входного 
изображения с помощью ползунка или поля ввода. 
При положительных углах изображения 
вращаются по часовой стрелке.
Задайте величину угла вращения входного 
изображения по оси X с помощью ползунка или 
поля ввода.
Задайте величину угла вращения входного  
изображения по оси Y с помощью ползунка или 
поля ввода.
Задайте величину угла вращения входного 
изображения по оси Z с помощью ползунка или 
поля ввода.
Приведенные ниже параметры отображаются, только если убран флажок 
Adapt sizes (Адаптировать размеры).
Center X (Центр 
вращения по оси X)
Center Y (Центр 
вращения по оси Y)
Center Z (Центр 
вращения по оси Z)
Задайте координату центра вращения по оси X с 
помощью ползунка или счетчика/поля ввода.
«О» означает, что изображение вращается вокруг 
своей центральной точки. Отрицательное 
значение означает, что центр вращения 
изображения смещается влево от центральной 
точки изображения. Положительное значение 
смещает центр вращения вправо.
Задайте координату центра вращения по оси Y с 
помощью ползунка или счетчика/поля ввода.
«О» означает, что изображение вращается вокруг 
своей центральной точки. Отрицательное 
значение означает, что центр вращения 
изображения смещается вниз от центральной 
точки изображения. Положительное значение 
смещает центр вращения вверх.
Задайте координату центра вращения по оси Z с 
помощью ползунка или счетчика/поля ввода.
«О» означает, что изображение вращается вокруг 
своей центральной точки. Отрицательное 
значение означает, что центр вращения 
изображения смещен вперед от центральной 
точки изображения. Положительное значение 
смещает центр вращения назад.
5.9.4.6 Вращение двухмерных изображений
С помощью метода Rotate 2D (Вращение двухмерных изображений) можно 
вращать изображение по часовой стрелке вокруг осевой линии. Желаемый 
угол вращения задается с помощью ползунка. Также величину угла 
вращения можно напрямую ввести в поле ввода. Для выполнения 
вращения нажмите кнопку Apply (Применить) в верхней части вкладки 
Processing (Обработка изображений).
132 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 278 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.Э.4.7 Отражение
Метод Mirror (Отражение) позволяет отразить изображение слева направо 
или сверху вниз. При работе с многомерными изображениями, такими как 
серия срезов по оси 2 или изображения покадровой съемки, метод 
отражения можно использовать, чтобы задать обратную 
последовательность соответствующего измерения.
Параметры
Параметр
Display Mode (Режим 
отображения)
Описание
Horizontal (Слева направо) Отражает изображение слева направо.
Vertical (Сверху вниз) 
T/Z
Отражает изображение сверху вниз.
Отображается только для 
многоканального входного изображения. 
Инвертирует последовательность срезов 
(Z) или временных точек (Т).
5.Э.4.8 Изменение ориентации
С помощью функции Change Orientation (Изменение ориентации) можно 
изменить ориентацию изображения.
Параметры
Параметр
Ориентация
- Flip Horizontally (Отразить 
слева направо)
- Flip Vertically (Отразить 
сверху вниз)
- Rotate 90 CW (Повернуть 
на 90° по ч.с.)
- Rotate 90 CCW (Повернуть 
на 90° против ч.с.)
- Rotate 180
- Mirror at +45 Diagonal 
(Отразить при +45° по 
диагонали)
- Mirror at -45 Diagonal 
(Отразить при -45° по 
диагонали)
Описание
Отражает изображение слева направо. 
Отражает изображение сверху вниз.
Изображение поворачивается на 45° по 
часовой стрелке (по ч.с.).
Изображение поворачивается на 45° 
против часовой стрелки (против ч.с.).
Изображение поворачивается на 180°.
Изображение отражается на +45° по 
диагонали.
Изображение отражается на -45° по 
диагонали.
5.Э.4.9 Изменение размера
Метод Resample (Изменение размера) изменяет размер изображения в 
каждом измерении. Можно увеличить или уменьшить размер изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 133


--- стр. 279 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Third Dimension 
(Трехмерность)
- 2D Slices
(Двухмерные
срезы)
- -Z, Tore
(Z, Т или С)
Adapt sizes 
(Адаптация 
размеров)
Adjust per Channel 
(Поканальная
настройка)
Interpolation
(Интерполяция)
- Nearest Neighbor 
(Ближайший 
сосед)
- Linear (Линейное 
комбинирование)
- Cubic
(Кубический)
Описание
Отображается только для трехмерного входного 
изображения и (или) в режиме Show all (Показать 
все).
Здесь можно выбрать способ обработки 
многомерных изображений с помощью данной 
функции.
Эта функция используется в двухмерном режиме  
только с многомерными изображениями, 
полученными, например, во время покадровой 
съемки или серии срезов по оси Z.
Здесь можно выбрать, к какому дополнительному 
измерению следует применить функции.
Флажок установлен: размер выходного 
изображения регулируется в соответствии с 
настройками масштабирования.
Флажок убран: выходное изображение имеет тот 
же размер, что и входное. В зависимости от 
размера изображения и угла вращения области 
входного изображения могут быть частично 
невидимы на выходном изображении.
Отображается только для многоканального 
изображения.
Флажок установлен: можно отдельно 
настраивать параметры для каждого канала.
Здесь можно выбрать метод выполнения 
интерполяции: расчет пикселя из нескольких 
отдельных пикселей.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого цвета входного пикселя, расположенного 
рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, полученное путем линейного 
комбинирования входных пикселей, 
расположенных рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, равное значению полиномиальной 
функции от входных пикселей, расположенных 
рядом с ним.
Элементы управления
Параметр
Scaling in X 
(Масштабирование 
по оси X)
Scaling in Y 
(Масштабирование 
по оси Y)
Описание
Настройку масштаба по оси X выполняют с 
помощью ползунка или поля ввода.
Настройку масштаба по оси Y выполняют с 
помощью ползунка или поля ввода.
134 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 280 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Scaling in Z 
(Масштабирование 
no оси Z)
Описание
Настройку масштаба по оси Z выполняют с 
помощью ползунка или поля ввода.
Приведенные ниже параметры отображаются, только если убран флажок 
Adapt sizes (Адаптировать размеры).
Shift in X (Смещение  
по оси X)
Shift in Y (Смещение 
по оси Y)
Shift in Z (Смещение 
по оси Z)
С помощью ползунка или поля ввода задают  
величину смещения по оси X.
С помощью ползунка или поля ввода задают 
величину смещения по оси Y.
С помощью ползунка или поля ввода задают 
величину смещения по оси Z.
5.9.4.10 Ортогональная проекция
С помощью метода Orthogonal Projection (Ортогональная проекция) из 
трехмерных изображений можно извлекать определенные части. Для этого 
используются три возможные плоскости проекции: фронтальная — в 
направлении осей X и Y, сагиттальная — в направлении осей Y и Z, 
поперечная — в направлении осей X и Z. Доступны разные методы 
проецирования; общим в них является то, что пиксели анализируются 
наблюдателем вдоль воображаемого луча проекции. Также можно 
определить толщину плоскостей проекции и, следовательно, глубину 
проекции.
Параметры
Параметр
Projection Plane
(Плоскость
проекции)
Описание
Здесь выбирается тип плоскости проекции 
(фронтальная (ХЛ'), поперечная (X/Z), 
сагиттальная (Y/Z)).
Метод
Maximum
(Максимальный)
Minimum
(Минимальный)
Average
(Средний)
Weighted average 
(Средневзвешенн 
ое)
- Standard deviation 
(Стандартное 
отклонение)
Используется самый яркий пиксель вдоль луча 
проекции.
Используется самый темный пиксель вдоль луча 
проекции.
Рассчитывается среднее значение всех пикселей 
вдоль луча проекции.
Этот метод используется при вычислении 
увеличенной глубины резкости. Здесь 
предпочтительны структуры с улучшенной 
поперечной резкостью луча проекции. Выходное 
изображение содержит более выразительные 
детали.
Рассчитывает стандартное отклонение значений 
серого тона пикселя вдоль луча проекции.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 135


--- стр. 281 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Start position 
(Начальная позиция)
Thickness (Толщина)
Описание
Здесь устанавливается начальная позиция 
плоскости проекции (в пикселях или позициях 
серии срезов по оси Z в зависимости от 
выбранной плоскости проекции). Максимальный 
диапазон устанавливается автоматически в 
зависимости от размера входного изображения.
Здесь регулируется толщина секущей плоскости 
(в пикселях или сериях срезов по оси Z в 
зависимости от выбранной плоскости проекции). 
Максимальный диапазон устанавливается 
автоматически в зависимости от размера 
входного изображения.
5.9.4.11 Shift (Смещение)
Метод Shift (Смещение) позволяет смещать содержимое изображения в 
направлении 3 осей: X, Y и Z. Для настройки смещения воспользуйтесь 
соответствующими ползунками под инструментом Parameters 
(Параметры).
5.9.4.12 Цветокодированная проекция
Функция Color-coded projection (Цветокодированная проекция) создает 
проекционное изображение с максимальной интенсивностью вдоль Z- 
измерения или измерения времени многомерного массива данных. Вместо 
использования цветов, назначенных каналам, эта функция отображает 
позиции по оси Z или во времени с помощью градиента цвета.
Параметры
Параметр
Palette (Палитра)
ROI (Область 
интереса)
Dimension
(Измерение)
Описание
Здесь выбирается цветовой шаблон проекции.
Здесь задается диапазон измерения (выбранного 
ниже), который используется для создания 
проекции.
Здесь выбирается направление проекции: вдоль 
прямой времени (Т) или вдоль оси Z (Z). 
Отображаются только измерения, доступные в 
вашем наборе данных.
5.9.4.13 Уменьшение образца
С помощью функции Sample Down (Уменьшение образца) можно 
уменьшать размер изображения. Уменьшение производится вместе с 
усреднением соответствующего измерения. Если заданное значение 
параметра равно «1», то соответствующее измерение не изменяется.
Параметры
Параметр
Average Pixels X 
(Усреднение 
пикселей по оси X)
Описание
Здесь указывается количество пикселей, 
усредняемых в поперечном измерении по оси X 
для вычисления выходного изображения. Размер 
выходного изображения уменьшается на этот 
коэффициент.
136 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 282 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Average Pixels Y 
(Усреднение 
пикселей по оси Y)
Third Dimension 
(Трехмерность)
Описание
Здесь указывается количество пикселей, 
усредняемых в поперечном измерении по оси Y 
для вычисления выходного изображения. Размер 
выходного изображения уменьшается на этот 
коэффициент.
Если входное изображение имеет третье 
измерение, здесь можно задать параметр для 
изменения его размера.
■ Z (срезы изображения серии срезов по оси Z),
■ Т (временные точки временной серии),
■ С (Каналы)или
■ Н (Фазы).
■ Если выбрана функция 2D Slices (двухмерные 
срезы), размер третьего измерения не 
изменяется.
5.9.4.14 Выравнивание каналов (расширенное)
С помощью метода Channel Alignment (Выравнивание каналов) можно 
безошибочно автоматически выравнивать отдельные каналы 
многоканального изображения относительно друг друга.
Параметры
Параметр
Load transformation
(Загрузить
преобразование)
Save transformation
(Сохранить
преобразование)
Описание
Если параметр активирован: загружает результат
В
дыдущего преобразования. Нажмите кнопку
и выберите соответствующий файл *.хт1.
Если параметр активирован: результат процесса 
преобразования сохраняется в файле *.хт1 для 
последующего использования.
Параметр
Registration Method 
(Метод регистрации)
- Translation 
(Перемещение)
Rotation
(Вращение)
Iso Scaling 
(Масштабировани 
е по ISO)
Skew Scaling 
(Масштабировани 
е наклона)
Описание
Здесь можно выбрать метод (или комбинацию 
методов) для выравнивания изображений.
Соседние срезы серии срезов по оси Z 
смещаются относительно друг друга в 
направлении X и Y.
Соседние срезы серии срезов по оси Z вращаются 
относительно друг друга.
Увеличение регулируется от среза к срезу.
Корректируется наклон/искривление соседних 
срезов серии срезов по оси Z.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 137


--- стр. 283 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Affine (Аффинное 
преобразование)
Описание
Соседние срезы изображения серии срезов по оси 
Z смещаются в направлении X и Y и вращаются, 
увеличение регулируется от среза к срезу.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
Параметр 
Quality (Качество)
- Low (Низкое)
Описание
Здесь можно выбрать уровень качества,  
обеспечиваемый функцией.
Высокая скорость с низким качеством 
изображения.
- Medium (Среднее) Высокая скорость со средним качеством
изображения.
- High (Высокое)
- Highest
(Наивысшее)
Interpolation
(Интерполяция)
Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Linear (Линейное 
комбинирование)
Cubic
(Кубический)
Низкая скорость с высоким качеством 
изображения.
Самая низкая скорость с наивысшим качеством 
изображения.
Здесь можно выбрать метод выполнения 
интерполяции: расчет пикселя из нескольких 
отдельных пикселей.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого цвета входного пикселя, расположенного 
рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, полученное путем линейного 
комбинирования входных пикселей, 
расположенных рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, равное значению полиномиальной 
функции от входных пикселей, расположенных 
рядом с ним.
5.9.5 Морфологические преобразования
Морфологические функции применяют структурные элементы к 
изображениям. Структурный элемент подобен трафарету. Если на 
изображение помещен трафарет, то через его отверстия видны только 
некоторые пиксели. Выполняется сбор значений серого тона этих пикселей 
и производится вычисление внешнего значения серого (минимальное или 
максимальное).
Внешнее значение серого присваивается пикселю результирующего 
изображения, которое соответствует месту размещения трафарета на 
входном изображении. Если трафарет размещается на всех позициях 
входного изображения, внешнее значение серого присваивается всем 
пикселям результирующего изображения. Если требуются структурные 
элементы большего размера, то небольшие элементы подвергаются 
итерации с помощью параметра Count (Счетчик),
Доступны следующие функции:
138 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 284 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Функция 
Erode(Эрозия)
Dilate (Расширение)
Open (Размыкание)
Close (Закрыть)
Тор Hat (White) 
(Цилиндр (Белый))
Тор Hat (Black) 
(Цилиндр (Черный))
Gradient (Градиент)
Watersheds
(Водоразделы)
Описание
Сжимает яркие структуры на более темном фоне 
входного изображения. Тонкие связи между 
структурами и собственно малоразмерные 
структуры исчезают.
Расширяет яркие структуры на более темном фоне 
входного изображения. Небольшие промежутки 
между структурами заполняются, и эти структуры  
объединяются.
Яркие структуры на более темном фоне входного 
изображения сначала размываются (класс 
размытия), затем расширяются (класс расширения) 
на аналогичное число шагов. Таким образом, яркие 
структуры на более темном фоне разделяются, но 
практически сохраняют свой размер.
Яркие структуры на более темном фоне входного 
изображения сначала расширяются (класс 
расширения), затем размываются (класс размытия) 
на аналогичное число шагов. Таким образом, яркие 
структуры на более темном фоне соединяются, но 
сохраняют практически свой размер.
Вычитает разомкнутое изображение (класс 
размыкания) из исходного. Яркие структуры, 
сглаженные размыканием, усиливаются на 
полученном изображении. Это подобно цилиндру 
(размер равен операции размыкания), 
помещенному над структурой и сохраняющему 
только ту часть, которая попала внутрь.
Вычитает замкнутое изображение (класс 
замыкания) из исходного. Темные структуры, 
сглаженные замыканием, усиливаются на 
полученном изображении. Это подобно цилиндру 
(размер равен операции замыкания), помещенному 
под структурой с темной стороны и сохраняющему 
только ту часть, которая попала внутрь.
Вычитает изображение после эрозии из 
изображения после расширения (класс расширения 
и класс эрозии). Поскольку точка на изображении 
после расширения имеет максимальное значение 
серого, а соответствующая точка на изображении 
после эрозии имеет минимальное значение серого, 
следовательно, внутри структурного элемента для 
областей с постоянными значениями серого 
разность равна нулю и увеличивается на более 
крутых склонах или скатах.
Определяет барьеры между водосборными 
областями локальных минимумов на входном 
изображении с градацией серого. Локальный 
минимум представляет собой плато точек, из 
которых невозможно достигнуть точки нижнего 
значения серого, не достигнув сначала верхних 
значений серого. Водосборная область локального 
минимума представляет собой связанный элемент, 
содержащий этот
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 139


--- стр. 285 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Функция
Grey Reconstruction
(Восстановление
серого)
Параметры
Параметр
Structure Element
(Структурный
элемент)
Count (Счетчик)
Binary (Бинарный)
Описание
минимум и все точки, расположенные по 
направлению стока. Нисходящий поток — путь 
точек, вдоль которого значения серого неизменно 
уменьшаются. Таким образом, все водосборные 
области локальных минимумов расширяются до 
столкновения с другими водосборными областями.
В этих точках формируются барьеры 
(водоразделы). Выходное изображение бинарно и 
содержит все водоразделы. Если установлен флаг 
Basins (Водосборные области), на выходном 
изображении водосборные области отображаются в 
виде уникально маркированных связанных 
компонентов без разграничительных линий.
Работает, главным образом, как функция 
повторного расширения изображения (класс 
расширения), но в качестве второго входного 
изображения используется ограничительное 
изображение. После каждого расширения 
вычисляется пиксельный минимум расширенного и 
ограничительного изображений, после чего 
выдается следующее для расширения 
изображение. Вычисление прекращается 
автоматически, когда все расширенные пиксели 
превышают соответствующие пиксели 
ограничительного изображения.
Описание
Здесь выбирается требуемый структурный элемент. 
Доступны следующие элементы: Horizontal 
(Горизонтальный), Diagonal 45° (Диагональный при 
45°), Vertical (Вертикальный), Diagonal 135° 
(Диагональный при 135°), Cross 
(Перекрещивающийся), Square (Прямоугольный), 
Octagon (Восьмиугольный)
Здесь задается количество повторов для 
определения размера структурного элемента.
Доступен только для функций Erode (Эрозия), 
Dilate (Расширение), Open (Размыкание) и Close 
(Замыкание).
Флажок установлен: создается бинарное 
изображение. Отличается быстрым вычислением.
5.9.6 Усиление резкости
5.9.6.1 Увеличенная глубина резкости
С помощью метода Extended Depth of Focus (Увеличенная глубина 
резкости) резкие области отдельных срезов изображения серии срезов по 
оси Z объединяются для формирования целого изображения. Это 
позволяет получить глубину резкости значительно больше, чем 
полученная с помощью микроскопа.
Параметры
Параметр
Метод
Описание
140 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 286 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Wavelets 
(Волны)
-  Contrast 
(Контрастность
)
- Maximum 
Projection 
(Максимальная 
проекция)
- Variance 
(Дисперсия)
Выравнивание 
серии срезов по 
оси Z
No Alignment 
(Без
выравнивания)
Normal
(Нормальное)
High (Высокое)
Highest
(Наивысшее)
Wavelets
(Волны)
Contrast
(Контрастность
Описание
Волновое преобразование используется для выявления 
самых резких областей на изображениях.
Величиной данного метода является разность самого 
яркого и самого темного пикселя в «ядре».
В первую очередь формируются изображения с самыми 
яркими и самыми темными пикселями. Из них в качестве 
результирующего изображения используется 
изображение с наибольшей дисперсией.
Для данного метода дисперсия значений пикселей 
рассчитывается внутри «ядра».
Здесь указывается, следует ли выравнивать 
изображения серии срезов по оси Z перед вычислением, 
а также необходимый уровень качества. Если требуется 
получить изображения с помощью стереомикроскопа, 
изображения смещаются относительно друг друга. 
Подобное смещение может быть скорректировано. Чем 
точнее выравнивание, тем дольше вычисление. Если 
требуется получить изображения с помощью 
биологического микроскопа, выберите опцию 
No Alignment (Без выравнивания).
Изображение серии срезов по оси Z не выравнивается 
перед выполнением вычисления. Этот параметр 
следует выбирать в том случае, если изображения 
серии срезов по оси Z не были получены с помощью 
стереомикроскопа.
Высокая скорость с нормальным качеством 
изображения.
Низкая скорость с высоким качеством изображения.
Самая низкая скорость с наивысшим качеством 
изображения.
Волновое преобразование используется для выявления 
самых резких областей на изображениях.
Величиной данного метода является разность самого 
яркого и самого темного пикселя в «ядре».
Maximum
Projection
(Максимальная
проекция)
Variance
(Дисперсия)
В первую очередь формируются изображения с самыми 
яркими и самыми темными пикселями. Из них в качестве 
результирующего изображения используется 
изображение с наибольшей дисперсией.
Для данного метода дисперсия значений пикселей 
рассчитывается внутри «ядра».
5.Э.6.2 Очерчивание
Метод Delineate (Очерчивание) выделяет границы отдельных областей 
изображения. Он устраняет эффект ореола и влияет только на границы. 
Параметры
ОписаниеПараметр
Threshold
(Пороговая
величина)
Введите пороговую величину для определения границ с 
помощью ползунка или счетчика/поля ввода. Пороговая 
величина должна примерно соответствовать разности 
значений серого между объектами и фоном.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1,0 на русском языке 141


--- стр. 287 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр 
Size (Размер)
Описание
Введите размер фильтра распознавания границ с 
помощью ползунка или счетчика/поля ввода. 
Величина должна соответствовать размеру 
переходной области между объектами и фоном.
5.9.6.3 Выделение контуров
Метод Enhance Contour (Выделение контуров) позволяет выделять 
контуры изображения и подчеркивать области, в которых изменяются 
значения серого. Эта функция пригодна для наглядного выделения 
мелкоразмерных структур на изображении.
Параметры 
Параметр 
Strength (Степень)
Normalization
(Нормализация)
- Clip (Отсечение)
Automatic
(Автоматически)
Wrap (Перенос)
Shift (Смещение)
- Absolute 
(Абсолютный)
- Strength (Степень)
Описание
Здесь указывается коэффициент усиления 
выделения границ.
Здесь выбирается метод обработки значений 
серого/цвета, не входящих в диапазон значений.
Уровням серого, не входящим в указанный 
диапазон насыщенности серого, автоматически 
присваивается наименьшее/наибольшее значение 
серого (черный или белый). Этот эффект 
соответствует недоэкспонированию или 
переэкспонированию. В определенных условиях 
возможна потеря данных.
Автоматически нормализует уровни серого до 
доступного диапазона насыщенности серого.
Если полученный результат больше 
максимального значения серого на изображении, 
то из него вычитается «максимальное значение 
серого +1».
Нормализует выходное изображение до величины 
равной «значение серого + максимальное 
значение серого/2».
Преобразует отрицательные значения серого в 
положительные.
Здесь указывается коэффициент усиления 
выделения границ.
5.9.6.4 Нерезкое маскирование
С помощью метода Unsharp Mask (Нерезкое маскирование) можно 
увеличивать резкость структур изображения и, соответственно, получать 
изображение, насыщенное деталями. Эта функция позволяет 
целенаправленно усиливать контраст малоразмерных структур и границ.
142 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 288 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Strength
(Степень)
Ползунок Radius  
(Радиус)
Color Mode
(Цветовой
режим)
- RGB
- Luminance 
(Яркость)
Threshold Mode
(Пороговый
режим)
- None 
(Отсутствует)
-  Binary 
(Бинарный)
- Linear 
(Линейное 
комбинирова 
ние)
Threshold Low
(Нижний порог)
Threshold High 
(Верхний порог)
Clip То Valid Bits 
(Отсечение до 
битов
достоверности)
Описание
Введите степень нерезкого маскирования (Unsharp 
Masking) с помоидью ползунка или счетчика/поля 
ввода. Чем выше выбранное значение, тем больше 
степень усиления малоразмерных структур.
Введите радиус с помощью ползунка или 
счетчика^оля ввода. Радиусом определяется ширина 
структур, резкость которых необходимо повысить. 
Малый радиус повышает резкость малоразмерных 
деталей. При слишком большом радиусе, на границах 
может возникать эффект ореола.
В выпадаюьцем списке выберите желаемый цветовой 
режим.
Вычисляет резкость для каждого цветового канала в 
отдельности. Может измениться цветовая 
насыщенность и цвет структур, а также возникнуть 
цветовой шум.
Рассчитывает резкость только на основе 
установленного сигнала яркости. В этом режиме не 
проявляется цветовой шум и изменение 
насыщенности цвета производится должным образом.
Из выпадающего списка можно выбрать настройку для 
расчета границы между областями изображения с 
усиленной резкостью.
Режим эффективен, только если параметр Lower 
Threshold Value (Нижнее пороговое значение) не 
равен «О» или параметр Upper Threshold Value 
(Верхнее пороговое значение) не равен «100».
Настройки отсутствуют.
Переход выполняется в соответствии с пороговыми 
значениями.
Рассчитывает линейный курс.
Задайте нижнее пороговое значение с помощью 
ползунка или счетчика/поля ввода. Этим параметром 
определяется нижний предел, начиная с которого 
изменяются существующие контрастные структуры.
Задайте верхнее пороговое значение с помощью 
ползунка или счетчика/поля ввода. Благодаря этому 
предотвращается дальнейшее нежелательное 
повышение существующего высокого контраста.
Флажок установлен: диапазон значений серого/цвета 
выходного изображения регулируется до диапазона 
значений входного изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 143


--- стр. 289 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.7 Сглаживание
5.9.7.1 Медиана
Метод Median (Медиана) позволяет уменьшить шум изображения. Каждый 
пиксель замещается медианой соседних пикселей. Размер области 
рассматриваемых соседних пикселей определяется квадратной матрицей 
фильтров. Преобразуется центральный пиксель матрицы фильтров. 
Медиана — средняя величина значений серого тона пикселя и соседних 
пикселей, упорядоченных в порядке возрастания.
Параметр
Параметр
Kernel Size (Размер 
ядра)
Описание
Здесь можно настроить размер матрицы 
фильтров. В режиме Show All (Показать все) 
можно скорректировать параметры в направлении 
осей X, Y и Z по отдельности.
5.Э.7.2 Sigma (Сигма)
Метод Sigma (Сигма) позволяет уменьшать шум изображения. Каждый 
пиксель замещается усредненным значением соседних пикселей. Размер 
области рассматриваемых соседних пикселей определяется квадратной 
матрицей фильтров. Преобразуется центральный пиксель матрицы 
фильтров. Для вычисления среднего значения учитываются только 
значения серого, которые находятся в пределах указанного диапазона (+/- 
сигма) вблизи значения серого центрального пикселя. В результате 
мелкоразмерные структуры объектов не размываются; корректируются 
только значения серого в соответствующих областях изображения.
Параметр 
Параметр 
Sigma (Сигма)
Описание
Значение сигмы вводится с помощью ползунка 
или поля ввода.
Параметр
Kernel Size (Размер 
ядра)
Описание
Здесь можно настроить размер матрицы 
фильтров. В режиме Show All (Показать все) 
можно скорректировать параметры в направлении 
осей X, Y и Z по отдельности.
5.9.7.3 Низкочастотная фильтрация
Метод Median (Медиана) позволяет уменьшить шум изображения. Каждый 
пиксель замещается усредненным значением соседних пикселей. Размер 
области рассматриваемых соседних пикселей определяется квадратной 
матрицей фильтров. Преобразуется центральный пиксель матрицы 
фильтров.
144 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 290 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр 
Параметр 
Count (Счетчик)
Описание
Число повторений вводится с помощью ползунка 
или поля ввода. Функция может применяться к 
результату фильтрации несколько раз подряд. 
Это соответствующим образом усиливает 
эффект.
Параметр
Kernel Size 
(Размер ядра)
Описание
Здесь можно настроить размер матрицы 
фильтров. В режиме Show All (Показать все) 
можно скорректировать параметры в направлении 
осей X, Y и Z по отдельности.
5.9.7.4 Биномиальный фильтр
Метод Median (Медиана) позволяет уменьшить шум изображения. Каждый 
пиксель замещается средневзвешенным значением соседних пикселей. 
Коэффициенты взвешивания вычисляются из биномиальных 
коэффициентов в зависимости от размера фильтра. Биномиальный 
фильтр очень схож по своему действию с фильтром Гаусса.
Параметр
Параметр
Kernel Size 
(Размер ядра)
Описание
Здесь можно настроить размер матрицы 
фильтров. В режиме Show All (Показать все) 
можно скорректировать параметры в направлении 
осей X, Y и Z по отдельности.
5.9.7.5 Gauss (Гаусс)
Метод Median (Медиана) позволяет уменьшить шум изображения. Каждый 
пиксель замещается средневзвешенным значением соседних пикселей. 
Соседние пиксели взвешиваются в соответствии с двухмерной гауссовой 
кривой.
Параметр 
Параметр 
Sigma (Сигма)
Описание
Здесь можно задать значение сигмы. В режиме 
Show All (Показать все) можно скорректировать 
параметры в направлении осей X, Y и Z по 
отдельности.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 145


--- стр. 291 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.Э.7.6 Однопиксельный фильтр
С помощью функции Single Pixel Filter (Однопиксельный фильтр) можно 
устранить однопиксельные явления наподобие тех, которые возникают в 
случае формирования индуцированного заряда устройствами с 
электронным увеличением, снабженными ПЗС-матрицей, и шума 
радиотелеграфного сигнала КМОП-датчиками. Однопиксельный фильтр 
анализирует входное изображения и устраняет пиксели, чья 
интенсивность сильно отличается от средней интенсивности соседних 
пикселей.
Фильтр анализирует входное изображение и удаляет пиксели, которые 
«намного» больше медианы соседних пикселей. Принцип работы 
алгоритма:
1 Сортировка всех 9 пикселей по окрестности 3x3.
2 Определение медианы интенсивности отсортированных пикселей.
3 Умножение медианы на пороговый коэффициент для получения 
предельного значения.
4 Если интенсивность центрального пикселя превышает полученный 
предел, происходит замена пикселя на медиану.
Большие пороговые коэффициенты повышают предельное значение 
интенсивности и сокращают число заменяемых пикселей. Величина «1,5», 
установленная по умолчанию, является произвольной, но, видимо, 
устраняет индуцированный зарядами шум из изображений, полученных с 
помощью камер с электронным увеличением. Этот фильтр также можно 
использовать для удаления горячих пикселей с изображений.
Параметр
Параметр
Threshold
(Пороговая величина)
Описание
Здесь регулируется пороговое значение.
5.9.7.7 Упорядоченность
Метод Rank (Упорядоченность) выполняет упорядоченную фильтрацию. 
Уровни серого на результирующем изображении определяются 
вычислением ранжирования в пределах размера матрицы фильтра в 
направлениях X и Y. Четному числу автоматически присваивается 
следующее нечетное число. Нижнее значение очередности расширяет 
темные области, верхнее значение увеличивает яркие области 
изображения.
5.9.7.8 Устранение шума
Метод Denoise (Устранение шума) устраняет шум изображений с помощью 
вещественных или комплексных волновых преобразований. Процесс 
устранения шума на изображении можно разделить на три этапа:
146 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 292 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Расчет волнового преобразования зашумленного изображения. 
Волновое преобразование вычисляется по методу вещественных 
волн (Real Wavelet) и комплексных волн (Complex Wavelet).
Изменение коэффициента зашумленных волн.
Это выполняется с помощью двумерной усадки с оценкой локальной 
дисперсии (пороговая фильтрация). [Bivariate Shrinkage with Local 
Variance Estimator, Levent Sendur and Ivan W. Selesnick, IEEE Signal 
Processing Letters, Vol, 9, No. 12, December 2002]
Вычисление обратного преобразования с использованием 
пороговых коэффициентов.
Параметры
Параметр
Метод
Complex wavelets 
(Комплексные 
волновые 
преобразования)
-  Real wavelets 
(Вещественные 
волновые 
преобразования)
Strength (Степень)
Описание
Метод дуального разложения с применением 
комплексного волнового преобразования 
обеспечивает лучшие результаты в связи с тем, 
что он является почти однонаправленным и 
выделяет большее число направленных 
поддиапазонов. Полученные результаты будут 
меньше подвержены блочным артефактам. 
Однако этот метод в вычислительном отношении 
более интенсивен и, следовательно, занимает 
много времени.
В вещественном волновом преобразовании 
учитываются только три стороны (XYZ) и, 
следовательно, этот метод быстрее. Однако в 
результате могут отображаться блочные 
артефакты.
Здесь регулируется степень применения функции.
5.9.8 Временные серии
5.9.8.1 Выравнивание временных точек
Используя функцию Time Alignment (Выравнивание временных точек), 
можно автоматически выравнивать отдельные временные точки для 
компенсации смещений между временными точками.
•
1 Примечание
Для работы функции выравнивания необходимо наличие неподвижных и 
четко различимых структур объектов во временной серии. Также при 
выравнивании серии срезов по оси Z по прошествии некоторого времени 
следует обязательно использовать Z-измерение из выпадающего списка 
Third Dimension (Трехмерность). В противном случае каждая Z-плоскость 
будет выравниваться по прошествии некоторого времени, что может 
привести к артефактам в серии срезов по оси Z.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 147


--- стр. 293 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Параметр
Registration Method
(Метод регистрации)
-  Translation 
(Перемещение)
- Rotation 
(Вращение)
-  Iso Scaling 
(Масщтабировани 
е по ISO)
-  Skew Scaling 
(Масштабировани 
е наклона)
-  Affine (Аффинное 
преобразование)
Описание
Здесь можно выбрать метод (или комбинацию 
методов) для выравнивания изображений.
Соседние срезы серии срезов по оси Z 
смещаются относительно друг друга в 
направлении X и Y.
Соседние срезы серии срезов по оси Z вращаются 
относительно друг друга.
Увеличение регулируется от среза к срезу.
Корректируется наклон/искривление соседних 
срезов серии срезов по оси Z.
Соседние срезы изображения серии срезов по оси 
Z смещаются в направлении X и Y и вращаются, 
увеличение регулируется от среза к срезу.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
Параметр 
Quality (Качество)
-  Low (Низкое)
-  Medium (Среднее)
-  High (Высокое)
-  Highest
(Наивысщее)
Interpolation
(Интерполяция)
Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Linear (Линейное 
комбинирование)
Cubic
(Кубический)
Описание
Здесь можно выбрать уровень качества, 
обеспечиваемый функцией.
Высокая скорость с низким качеством 
изображения.
Высокая скорость со средним качеством 
изображения.
Низкая скорость с высоким качеством 
изображения.
Самая низкая скорость с наивысшим качеством 
изображения.
Здесь можно выбрать метод выполнения 
интерполяции: расчет пикселя из нескольких 
отдельных пикселей.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого цвета входного пикселя, расположенного 
рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, полученное путем линейного 
комбинирования входных пикселей, 
расположенных рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение 
серого, равное значению полиномиальной 
функции от входных пикселей, расположенных 
рядом с ним.
148 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 294 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.Э.8.2 Скользящее среднее
С помощью функции Gliding Average (Скользящее среднее) сглаживающий 
эффект достигается усреднением шума. Функция рассчитывает 
скользящее среднее изображения временной серии с учетом 
определенного числа временных точек по следующей схеме;
Входное изображение: Size! = 6
Средняя длина: AvL = 3
Выходное изображение: SizeT(выxoднoe) Size! -  AvL + 1 = 6 -3 +1 = 4
Параметр
Average Length 
(Средняя длина)
Scaling Factor
(Коэффициент
масштабирования)
Описание
Спределяет количество изображений, 
используемое для определения среднего 
значения. Максимальное значение коррелирует с 
числом временным точек.
Предустановленное значение — «1». К 
изображениям с низкой интенсивностью можно 
применять значения больше 1. В этом случае все 
значения пикселей умножаются на указанный 
коэффициент.
5.9.8.3 Временной дифференциал
Функция Time Differential (Временной дифференциал) рассчитывает 
дифференциал первого и второго порядка изображений покадровой 
съемки по следующей формуле и схеме:
Дифференциал первого порядка:
Стклик[1] = apryMeHT[t+1] -  аргумент[М]
-> разность последующих пикселей не вычисляется, таким образом, 
выходное изображение не является направленным. Дифференциал 
первого порядка представляет собой «скорость» (Speed).
Дифференциал второго порядка:
Отклик[1] = аргумент[М] + аргумент[1+1] -  2 х аргумент[1]
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 149


--- стр. 295 ---
-> Дифференциал второго порядка также известен как «лапласовский» и 
представляет собой «ускорение» (Acceleration). Дифференциал второго 
порядка усиливает мелкоразмерные детали на изображении (в том числе 
шум). Сглаживающее ядро помогает уменьшить этот шум.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений___________________________
Аргумент:
Отклик первого 
порядка:
Отклик второго 
порядка:
Параметр
Параметр
Derivative
(Производная)
Smoothing
(Сглаживание)
Normalization
(Нормализация)
t2 t3
t2 = 
t3- t|
t3 =  
t4 - t2
t2 = t3 =
t.4:-2b
Описание
Здесь можно указать, следует ли вычислять 
дифференциал первого (скорость) или второго 
порядка (ускорение).
Обозначает итеративный биномиальный 
сглаживающий фильтр. Этот фильтр уменьшает 
шум на дифференциальных изображениях, 
сохраняя максимумы и минимумы. Диапазон 
значений: 0-50
Определяет метод обработки отрицательных 
значений, полученных в ходе вычисления.
■ Clip (Отсечение): отрицательные значения 
заменяются нулем (0).
■ Absolute (Абсолютный): отрицательные 
значения преобразуются в положительные.
5.3.8.4 Объединение изображений временной серии
Функция Time Concatenation (Объединение изображений временной серии) 
объединяет два изображения для формирования нового изображения 
временной серии. Выберите необходимые изображения в инструменте 
Input (Входное изображение) и нажмите кнопку Apply (Применить).
•
1 Примечание
Данная функция вставит изображения с изменяющимися измерениями в 
разные блоки. На результирующем графическом документе появится 
ползунок Block (Блок) в блоке окна Dimensions (Измерения).
5.9.8.5 Кимограф
Метод Kymograph (Кимограф) создает кимограф. Входное изображение 
должно быть изображением временной серии, содержащим 
незаблокированный графический элемент (например, линию, стрелку, 
кривую или многоугольник).
150 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 296 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Параметр
Graphic tool
(Графический
инструмент)
Width (Ширина)
Описание
Здесь отображаются все графические инструменты, 
которые могут быть использованы. Выберите из списка 
желаемый инструмент. Обратите внимание, что 
инструмент также необходимо выбрать на 
изображении.
Здесь регулируется ширина графических 
инструментов (в ликселях). Этот инструмент 
определяет пиксели, которые будут использованы для 
вычисления среднего значения серого по ширине.
5.9.8.6 Сшивка изображений временной серии
С помощью функции Time Stitching (Сшивка изображений временной 
серии) сшиваются разнородные CZI-изображения для создания нового 
отдельного однородного изображения временной серии, содержащего все 
измерения и временные точки, расположенные в правильном порядке. Эта 
функция отличается от функции Time Concatenate (Объединение 
изображений временной серии), которая просто присоединяет одно 
изображение покадровой съемки к концу другого без учета 
соответствующего хронологического порядка или содержимого канала. 
Недостающие изображения могут быть компенсированы либо копиями 
предыдущего допустимого изображения в серии, либо черными 
изображениями.
При объединении временной серии с серией срезов по оси Z и временной 
серии без серии срезов по оси Z перед сшивкой изображений можно 
выбрать либо использование только центральной плоскости серии срезов 
по оси Z, либо создание проекции серии срезов по оси Z с увеличенной 
резкостью.
Параметр
Параметр
Fill Missing with
(Заполнить
отсутствующее)
-  Previous
(Предыдущее)
- Black (Черное)
Z-Stack (Серия срезов 
по оси Z)
-  Collapse (EDF) 
(Свернуть (EDF))
Collapse (Center 
Plane) (Свернуть 
(Центральная 
плоскость))
Expand
(Развернуть)
Описание
Заполняет недостающий индекс измерения 
копией последнего используемого изображения 
из этого индекса.
Заполняет индекс недостающего измерения 
черным изображением.
Уменьшает серию срезов по оси Z с 
увеличенной глубиной резкости до отдельного 
плоского изображения, которое затем 
присоединяется к выходному.
Используется только центральная плоскость из 
серии срезов по оси Z для выходного 
изображения.
Функция в неизменном виде копирует серию 
срезов по оси Z в выходное изображение, 
заполняет недостающие индексы в соответствии 
с параметром выпадающего списка Fill Missing 
with (Заполнить отсутствующее).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 151


--- стр. 297 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.9 Арифметические преобразования
5.9.9.1 Сложение
Функция Add (Сложение) попиксельно складывает два изображения 
(Inputi и Input2) и генерирует выходное изображение. Обратите 
внимание, что полученное значение серого может превышать 
максимальное значение серого на изображении.
Параметр
Параметр
Normalization
(Нормализация)
Automatic
(Автоматически)
Clip (Отсечение)
Shift (Смегцение)
Wrap (Перенос)
Описание
Доступность опций, представленных в списке, 
зависит от выбранной функции обработки 
изображения.
Автоматическая нормализация значений серого 
до доступного диапазона насыщенности серого.
Уровням серого, не входящим в указанный 
диапазон насыщенности серого, автоматически 
присваивается наименьшее/наибольшее значение 
серого (черный или белый). Этот эффект 
соответствует недоэкспонированию или 
переэкспонированию. Это означает, что в 
некоторых случаях происходит потеря 
информации.
Нормализует выходное изображение до величины 
равной «значение серого + максимальное 
значение серого/2».
Если полученное значение больше 
максимального значения серого на изображении, 
то из него вычитается «максимальное значение 
серого +1».
5.9.9.2 Прибавление константы
Функция Add Constant (Прибавление константы) прибавляет коэффициент 
слагаемого (Addend) к каждому пикселю входного изображения и 
генерирует выходное изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного 
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей 
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения, 
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное 
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные 
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное 
значение серого, округляются до максимально возможного значения 
серого.
Параметр
Параметр
Addend (Слагаемое)
Описание
Здесь определяется слагаемое.
152 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 298 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.9.3 Вычитание
Функция Subtract (Вычитание) попиксельно вычитает два изображения 
(Inputi и Input2) и генерирует выходное изображение. Обратите 
внимание, что полученное значение серого может быть меньше нуля (0).
Параметр
Параметр
Normalization
(Нормализация)
Automatic
(Автоматически)
Clip (Отсечение)
-  Shift (Смещение)
-  Wrap (Перенос)
Описание
Доступность опций, представленных в списке,  
зависит от выбранной функции обработки 
изображения.
Автоматическая нормализация значений серого 
до доступного диапазона насыщенности серого.
Уровням серого, не входящим в указанный 
диапазон насыщенности серого, автоматически 
присваивается наименьшее/наибольшее значение 
серого (черный или белый). Этот эффект 
соответствует недоэкспонированию или 
переэкспонированию. Это означает, что в 
некоторых случаях происходит потеря 
информации.
Нормализует выходное изображение до величины 
равной «значение серого + максимальное 
значение серого/2».
Если полученное значение больше 
максимального значения серого на изображении, 
то из него вычитается «максимальное значение 
серого +1».
5.9.9.4 Умножение
Функция Multiply (Умножение) попиксельно умножает два изображения 
(Inputi и Input2) и генерирует выходное изображение.
Параметр
Параметр
Factor
(Коэффициент)
Описание
Здесь устанавливается коэффициент 
масштабирования, на который делится результат 
умножения. С помощью этого коэффициента 
можно удерживать значения серого на выходном 
изображении в пределах диапазона от 0 до 
максимального значения серого. Значения, 
превышающие максимальное значение серого, в 
любом случае ограничиваются максимальным 
значением серого. Отрицательные значения 
заменяются нулем (0).
Диапазон значений: -20,000 ... +20,000
5.9.9.5 Умножение константы
Функция Multiply Constant (Умножение константы) умножает каждый 
пиксель входного изображения на регулируемый коэффициент и 
генерирует выходное изображение.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 153


--- стр. 299 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного 
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей 
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения, 
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное 
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные 
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное 
значение серого, округляются до максимально возможного значения 
серого.
Параметр
Параметр
Factor
(Коэффициент)
Описание
Здесь устанавливается умножаемый 
коэффициент.
5.9.9.6 Деление
Функция Divide (Деление) попиксельно делит изображение Inputl на 
Input2 и генерирует выходное изображение.
Параметр
Параметр
Factor
(Коэффициент)
Описание
Здесь устанавливается коэффициент 
масштабирования, на который умножается 
результат деления. С помощью этого 
коэффициента можно удерживать значения 
серого на выходном изображении в пределах 
диапазона от 0 до максимального значения 
серого. Значения, превышающие максимальное 
значение серого, в любом случае ограничиваются 
максимальным значением серого. Отрицательные 
значения заменяются нулем (0).
Диапазон значений: -20,000 ... +20,000
5.9.9.7 Квадрат
Функция Square (Возведение в квадрат) попиксельно возводит в квадрат 
входное изображение и генерирует выходное изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного 
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей 
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения, 
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное 
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные 
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное 
значение серого, округляются до максимально возможного значения 
серого.
5.9.9.8 Квадратный корень
Функция Square Root (Квадратный корень) попиксельно рассчитывает 
квадратный корень входного изображения и генерирует выходное 
изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного 
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей 
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения, 
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное 
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные 
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное 
значение серого, округляются до максимально возможного значения 
серого.
154 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 300 ---
5.9.Э.9 Логарифмическая функция
Логарифмическая функция (Logarithm) попиксельно рассчитывает 
логарифмическую функцию входного изображения и генерирует 
выходное изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного 
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей 
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения, 
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное 
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные 
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное 
значение серого, округляются до максимально возможного значения 
серого.
5.9.9.10 Экспоненциальная функция
Экспоненциальная функция (Exponential) попиксельно рассчитывает 
экспоненциальную функцию входного изображения и генерирует 
выходное изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного 
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей 
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения, 
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное 
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные 
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное 
значение серого, округляются до максимально возможного значения 
серого.
5.9.9.11 Инвертирование
Функция Invert (Инвертирование) аддитивно инвертирует значения серого 
тона входного изображения на выходном изображении. Светлые пиксели 
становятся темнее и наоборот. Для определения выходного диапазона 
используется параметр Operand (Операнд). В этом случае выполняемое 
математическое действие имеет вид: значение серого выходного 
изображения = константа -  значение серого входного изображения. 
Отрицательным значениям присваивается нулевое (0), а результатам, 
превышающим максимум, присваивается максимально возможное 
значение серого.
5.9.9.12 Обратная величина
Функция Reciprocal (Обратная величина) рассчитывает обратные 
величины значения серого тона входного изображения на выходном 
изображении. Светлые пиксели становятся темнее и наоборот. Для 
определения выходного диапазона используется параметр Factor 
(Коэффициент). В этом случае выполняемое математическое действие 
будет иметь вид: значение серого выходного изображения = 
коэффициент / значение серого входного изображения. Отрицательным 
значениям присваивается нулевое (0), а результатам, превышающим 
максимум, присваивается максимально возможное значение серого.
5.9.9.13 Average (Средний)
Функция Average (Среднее) попиксельно рассчитывает среднее двух 
изображений (Inputi и Input2) и генерирует выходное изображение.
5.9.9.14 Объединение
Функция Combine (Объединение) рассчитывает линейную комбинацию 
двух изображений на основе пикселей.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений____________________________
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 155


--- стр. 301 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Оба входных изображения сначала умножаются на установленный 
коэффициент, затем складываются. После этого можно настроить яркость 
выходного изображения. Комбинацию двух изображений можно 
использовать, например, для уменьшения шума. Это достигается путем 
получения нескольких изображений объекта и последующего их 
объединения.
Параметры 
Параметр 
Factor 1
Factor 2
Offset (Смещение)
Описание
Коэффициент взвешивания для входного 
изображения 1.
Диапазон значений: -1,00 ... +1,00
Коэффициент взвешивания для входного 
изображения 2.
Диапазон значений: -1,00 ... +1,00
Смещение между входными изображениями 1 и 2.
5.9.9.15 Minimum (Минимальный)
Функция Minimum (Минимум) попиксельно вычисляет максимальное 
значение двух изображений (Inputi и Input2).
5.9.9.16 Maximum (Максимальный)
Функция Maximum (Максимум) попиксельно вычисляет минимальные 
значения двух изображений (Inputi и Input2).
5.9.10 Сегментация
5.9.10.1 Threshold (Пороговая величина)
Функция Threshold (Пороговая величина) выполняет сегментацию на 
основе определения диапазона яркости (разделенного на цветовые 
каналы (красный, зеленый, синий)) для областей сегментирования. Все 
пиксели, чья насыщенность цветового тона находится в определенном 
цветовом диапазоне, отмечаются на результирующем изображении как 
региональные пиксели. Все пиксели, чья насыщенность цветового тона 
находится за определенным цветовым диапазоном, отмечаются как 
фоновые пиксели (черный).
На результирующем изображении региональным пикселям можно задать 
постоянное значение насыщенности цветового тона (белый) или оставлять 
их в неизменном виде. Если задать региональным пикселям постоянное 
значение (белый), в результате будет получено бинарное изображение, 
которое затем можно использовать как изображение маски для 
последующего автоматического измерения.
156 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 302 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Level Low (Нижний 
уровень)
Level High (Верхний 
уровень)
Описание
Определяет нижний порог яркости для 
сегментируемых регионов. Все пиксели, чьи 
значения серого находятся ниже этой пороговой 
величины, отмечаются как фоновые пиксели 
(черный).
Определяет верхний порог яркости для 
сегментируемых регионов. Все пиксели, чьи 
значения серого находятся выше этой пороговой 
величины, отмечаются как фоновые пиксели 
(черный).
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
Параметр
Create binary 
(Создать бинарное 
изображение)
Invert result
(Инвертировать
результат)
Описание
Флажок установлен: результирующее 
изображение бинарно. Пикселям в пределах 
вычисленного диапазона уровня серого 
присваивается максимальное значение серого 
(белый), а пикселям за лределами вычисленного 
диапазона уровня серого присваивается 0.
Флажок убран: результирующее изображение по 
типу аналогично входному. Пикселям в пределах 
вычисленного диапазона уровня серого 
присваивается исходное значение серого. 
Пикселям за пределами вычисленного диапазона 
уровня серого присваивается значение 0.
Флажок установлен: инвертирует результат 
применения функции. Сегментированным 
областям будет присвоено значение 0, а всем 
остальным пикселям — значение серого/белого 
или значение серого/цвета входного изображения.
5.9.10.2 Порог (автоматический)
Метод Threshold (auto) (Порог (автоматический)) выполняет 
автоматическую сегментацию значений серого. Функция рассчитывает два 
минимума в отдельных каналах на гистограмме насыщенности серого на 
входном изображении (Input) и использует их для сегментации.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show АП 
(Показать все).
Параметр
Метод
-  Otsu (Метод Оцу)
-  Maximum 
(Максимальный)
-  Peak (Максимум)
-  Iso Data 
(ИСОМАД)
Описание
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 157


--- стр. 303 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Triangle Threshold 
(Порог
треугольника)
-  Three Sigma 
Threshold (Порог 
трех сигм)
Process tiles 
separately  
(Раздельная 
обработка мозаик)
Параметры
Параметр
Create binary 
(Создать бинарное 
изображение)
Описание
Invert result
(Инвертировать
результат)
Описание
Флажок установлен: результирующее 
изображение бинарно. Пикселям в пределах 
вычисленного диапазона уровня серого 
присваивается максимальное значение серого 
(белый), а пикселям за пределами вычисленного 
диапазона уровня серого присваивается 0.
Флажок убран: результирующее изображение по 
типу аналогично входному. Пикселям в пределах 
вычисленного диапазона уровня серого 
присваивается исходное значение серого. 
Пикселям за пределами вычисленного диапазона 
уровня серого присваивается значение 0.
Флажок установлен: инвертирует результат 
применения функции. Сегментированным 
областям будет присвоено значение 0, а всем 
остальным пикселям — значение серого/белого 
или значение серого/цвета входного изображения.
5.9.10.3 Порог (динамический)
Метод Threshold (dynamic) (Порог (динамический)) выполняет адаптивную 
сегментацию значений серого. Эта процедура особенно хорошо подходит 
для сегментации малоразмерных структур на меняющемся фоне.
Функция изначально использует фильтр нижних частот и затем вычитает 
изображение, прошедшее низкочастотную фильтрацию, из входного 
изображения. Результат применения этой функции в основном зависит от 
размера матрицы фильтра: выберите меньшее значение параметра Size 
(Размер) для сегментации малоразмерных областей или областей с 
низким контрастом значений серого из фона. Выберите большее значение 
параметра Size (Размер) для сегментации больших областей из фона.
Параметры
Параметр
Kernel Size 
(Размер ядра)
Описание
Размер матрицы низкочастотного фильтра в 
направлениях X и Y симметрично вокруг 
рассматриваемого пикселя. Определяет степень 
сглаживающего эффекта. Поскольку затронутый 
пиксель находится в центре, то длина кромки 
матрицы фильтра всегда будет
158 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 304 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Threshold (Пороговая 
величина)
Описание
нечетной. Если с помощью клавиатуры ввести 
четное число, это число изменится на следующее 
большее нечетное число.
Этой величиной определяется разность значений 
серого между определяемыми областями и 
фоном. Сегментируемым пикселям присваивается 
максимальное значение серого (белый), а 
остальным — 0.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show АН 
(Показать все).
Параметр
Create binary 
(Создать бинарное 
изображение)
Invert result
(Инвертировать
результат)
Описание
Флажок установлен: результирующее 
изображение бинарно. Пикселям в пределах 
вычисленного диапазона уровня серого 
присваивается максимальное значение серого 
(белый), а пикселям за пределами вычисленного 
диапазона уровня серого присваивается 0.
Флажок убран: результирующее изображение по 
типу аналогично входному. Пикселям в пределах 
вычисленного диапазона уровня серого 
присваивается исходное значение серого. 
Пикселям за пределами вычисленного диапазона 
уровня серого присваивается значение 0.
Флажок установлен: инвертирует результат 
применения функции. Сегментированным 
областям будет присвоено значение 0, а всем 
остальным пикселям — значение серого/белого 
или значение серого/цвета входного изображения.
5.9.10.4 Долины
Метод Valleys (Долины) обнаруживает темные линии на светлом фоне 
(долины значений серого) и контуры светлых областей.
Параметр 
Параметр 
Sigma (Сигма)
Threshold (Пороговая 
величина)
Описание
Степень сглаживания входного изображения 
перед обнаружением долин. Коэффициент 
сглаживания может влиять на чувствительность 
распознавания. При задании малого значения 
обнаруживается большое число долин. При 
задании большого значения обнаруживается 
меньшее число долин.
Кривая на максимуме/минимуме дна долины. В 
зависимости от настроек обнаруживаются либо 
только сильно выраженные долины, либо еще и 
слабо выраженные.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 159


--- стр. 305 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.10.5 Кэнни
Функция Кэнни (Саппу) обнаруживает границы изображения. Эта функция 
обнаруживает сравнительно толстые контуры по краям светлых областей.
Параметр 
Параметр 
Sigma (Сигма)
Threshold (Пороговая 
величина)
Описание
Степень сглаживания входного изображения 
перед обнаружением границ. В качестве 
сглаживающей функции используется фильтр 
Гаусса. Коэффициент сглаживания может влиять 
на чувствительность распознавания. При задании 
малого значения обнаруживается большое число 
границ. При задании большого значения 
обнаруживается малое число границ. Если 
заданное значение равно 0, сглаживание не 
производится.
Обнаруживаемая крутизна краев. Малые значения 
означают «плоские» края с широким участком 
перехода между областями. В этом случае 
обнаруживается большое число краев. При 
использовании больших значений 
обнаруживается малое количество краев, 
поскольку только крутые переходные области 
интерпретируются как края.
5.9.10.6 Марр
С помощью этого метода обнаруживаются границы или области на 
изображении. В отличие от методов "Valleys" ("Долины") и "Саппу" 
("Кэнни"), здесь фильтр Лапласа рассчитывается с последующим 
сглаживанием с помощью фильтра Гаусса, и обнаруживаются границы 
(Display Mode (Режим обнаружения) | Edges (Границы)) или области 
(Display Mode (Режим отображения) | Regions (Области)).
Параметр
Параметр 
Sigma (Сигма)
Display Mode (Режим 
отображения)
-  Границы
Описание
Степень сглаживания входного изображения 
перед обнаружением границ или областей. В 
качестве сглаживающей функции используется 
фильтр Гаусса. Коэффициент сглаживания может 
влиять на чувствительность распознавания. При 
задании малого значения обнаруживается 
большое число границ. При задании большого 
значения обнаруживается малое число границ. 
Если заданное значение равно 0, сглаживание не 
производится.
Обнаруживает границы областей.
Regions (Области) Обнаруживает области, а не только их границы.
160 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 306 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.11 Binary (Бинарный)
5.9.11.1 Заполнение отверстий
С помощью метода Fill Holes (Заполнение отверстий) заполняются 
отверстия областей. Отверстия — это структуры со значением градации 
серого, равным нулю (0), которые полностью окружены пикселями со 
значением серого, равным нулю (0). Подразумевается, что области вне 
изображения — черного цвета. Черные зоны, которые касаются края 
изображения, сохраняются, даже если они обрамлены контуром.
5.9.11.2 Брак
Метод Scrap (Брак) удаляет области внутри определенного участка. 
Параметр
Параметр
Minimum Area
(Минимальная
площадь)
Maximum Area
(Максимальная
площадь)
Select in Range 
(Выбор в диапазоне)
Описание
Здесь устанавливается минимальная площадь в 
пикселях.
Здесь устанавливается максимальная площадь в 
пикселях.
5.9.11.3 Маркирование областей
Функции Mark Regions (Маркирование областей) отмечает бинарные 
области входного изображения. Для каждой области входного 
изображения проводится проверка, определяющая, был ли установлен 
пиксель в маркерном изображении.
Параметр
Параметр
Select Marked (Выбор
маркированной
области)
Описание
Флажок установлен: копирует маркированную 
область в выходное изображение.
Флажок убран: копирует немаркированную 
область в выходное изображение.
5.9.11.4 «И»
Метод And (И) выполняет вычисление побитового «И» для входных 
изображений (inputi и input2). Эта функция подходит для маскирования 
изображений. Все пиксели белого цвета на входном изображении 1 И 
входном изображении 2 становятся белыми на результирующем 
изображении. Пиксели белого цвета только на одном из двух входных 
изображений становятся черными.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 161


--- стр. 307 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.11.5 «ИЛИ»
Метод Or (ИЛИ) выполняет вычисление побитового «ИЛИ» для входных 
изображений (Inputi и Input2). Эта функция используется для 
объединения бинарных масок или областей. Все пиксели белого цвета на 
входном изображении 1 ИЛИ входном изображении 2 становятся белыми 
на результирующем изображении. Это означает, что все пиксели белого 
цвета на двух входных изображениях становятся белыми на 
результирующем изображении.
5.9.11.6 Исключающее «ИЛИ»
Метод Хог (Исключающее «ИЛИ») выполняет вычисление побитового 
исключающего «ИЛИ» для входных изображений (Inputi и Input2). Эта 
функция используется для объединения бинарных масок или областей. 
Все пиксели белого цвета на входном изображении 1 или входном 
изображении 2 становятся белыми на результирующем изображении. 
Пиксели белого цвета на обоих входных изображениях становятся 
черными.
5.9.11.7 «НЕ»
Функция Not («НЕ») выполняет бинарную операцию «НЕ» на всех битах 
двоичного представления значения серого входного пикселя. 0-бит 
входного пикселя становится 1-бит соответствующего выходного пикселя, 
а 1-бит входного пикселя становится 0-бит выходного пикселя. На 
интегральных изображениях полученное выходное значение серого 
представляет собой разность максимально возможного значения серого 
минус входное значение серого, а на плавающих изображениях 
результаты являются неоднозначными из-за неоднородного плавающего 
формата.
5.9.11.8 Максимальная эрозия
Функция Ultimate Erode (Максимальная эрозия) аналогична «нормальной 
эрозии». Структуры на входном изображении уменьшаются. Тонкие связи 
между областями исчезают. Отличие этой функции от нормальной эрозии 
заключается в том, что структуры уменьшаются до их полного 
исчезновения на последующем этапе эрозии. С помощью эрозии 
рассматриваемому пикселю на результирующем изображении 
присваивается нулевое значение серого (черный). Для областей 
(пикселей) по краям изображения подразумевается, что пиксели вне 
изображения — белого цвета.
Параметр
Параметр
Structure Element
(Структурный
элемент)
Описание
Здесь выбирается предпочтительное 
направление морфологического изменения 
(т. е. Cross (перекрещивающееся), Diagonal 
(диагональное)).
Count (Счетчик)
Converge (Затухание)
Здесь устанавливается число повторений. Это 
означает, что функция применяется 
установленное число раз после получения 
результата фильтрации. Это соответствующим 
образом усиливает эффект.
Будучи активированной, функция автоматически 
повторяется до тех пор, пока все области не будут 
удалены на последующем этапе эрозии.
162 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 308 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.11.9 Дистанционное преобразование
С помощью метода Distance (Дистанционное преобразование) из 
бинарного изображения создается дистанционно-преобразованное 
изображение (дистанционная карта, дистанционное изображение). 
Евклидово расстояние до следующего фонового пикселя (значение 
серого 0) рассчитывается для каждого пикселя внутри белых областей 
бинарного изображения (входного изображения) и кодируется как 
значение серого. Светлые пиксели (верхние значения серого) означают 
большое расстояние до фона.
5.9.11.10 Утончение
Метод Thinning (Утончение) утончает объекты до линии толщиной в один 
пиксель.
Параметр
Параметр
Thinning Element
(Элементы
утончения)
-  Arcelli (Арчелли)
-  Levialdi 
(Левиальди)
Count (Счетчик)
Prune(Отсечение)  
Converge (Затухание)
AxioVision 
Compatibility 
(Совместимость с 
AxioVision)
Описание
Здесь выбирается необходимый метод утончения.
Выполняет утончение по методу Арчелли. 
Выполняет утончение по методу Левиальди.
Задает число повторений.
Это означает, что функция применяется 
установленное число раз после получения 
результата фильтрации. Это соответствующим 
образом усиливает эффект. Если число 
повторений равно «0», то функция автоматически 
повторяется до тех пор, пока все области не будут 
максимально утончены. Диапазон значений: 
0...256.
Отсекает концы утонченных линий.
Прекращает утончение, если дальнейшие 
изменения не возможны.
Выполняет функцию, как и в AxioVision для 
достижения идентичных результатов.
5.9.11.11 Экзоскелет
С помощью метода Exoskeleton (Экзоскелет) генерируется изображение с 
экзоскелетом зоны влияния областей. Анализируется фон входного 
изображения и определяется скелет зон влияния объектов. Затем это 
изображение сохраняется как бинарное во вкладке Output image 
(Выходное изображение).
5.9.11.12 Разделение
С помощью функции Separation (Разделение) можно попытаться 
автоматически разделить соприкасающиеся объекты, которые не удалось 
разделить сегментацией.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 163


--- стр. 309 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Параметр
Separation Mode 
(Режим разделения)
-  АгсеШ (Арчелли)
-  Levialdi 
(Левиальди)
Count (Счетчик)
Описание
Здесь выбирается необходимый метод утончения.
Выполняет утончение по методу Арчелли. 
Выполняет утончение по методу Левиальди.
5.9.11.13 Маркировка изображения
С помощью функции Label Image (Маркировка изображения) каждому 
объекту бинарного изображения присваивается значение серого.
Параметры
Параметр
Label Background 
(Маркировка фона)
Описание
Флажок установлен: присваивает значения 
серого фоновым объектам с возможностью 
подключения 4.
Флажок убран: присваивает значения серого 
фоновым объектам с возможностью 
подключения 8.
5.9.12 Служебные программы
5.9.12.1 Конвертация необработанных данных в АроТоте
Метод АроТоте RAW convert (Конвертация необработанных данных в 
АроТоте) принимает только необработанные данные АроТоте.
Здесь можно ввести настройки, аналогичные настройкам во вкладке 
АроТоте (опция просмотра изображений АроТоте).
Параметр
Описание параметров приводится во вкладке АроТоте. К RAW-данным 
АроТоте вы можете применить следующие методы коррекции:
No correction (Без коррекции).
Local bleaching (Локальное обесцвечивание).
Global bleaching (Общее обесцвечивание).
Phase errors (Фазовые погрешности).
Phase errors and global bleaching (Фазовые погрешности и общее 
обесцвечивание).
Phase errors and local bleaching (Фазовые погрешности и локальное 
обесцвечивание).
Функция также доступна для пакетной обработки. Это позволяет легко 
конвертировать серию необработанных изображений АроТоте в 
восстановленные из свертки изображения.
164 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 310 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.2 Деконволюция в АроТоте
Метод АроТоте RAW convert (Конвертация необработанных данных в 
АроТоте) принимает только необработанные данные АроТоте.
Метод извлечен из модуля деконволюции и доступен в каждой 
лицензионной версии ZEN 2.3 (blue). Он содержит настройки и параметры, 
которые подходят только для деконволюции в АроТоте.
Параметр
Описание параметров приводится под параметрами Deconvolution 
(adjustable) (Деконволюция регулируемая). Этот метод также применяется 
с пакетной обработкой.
5.9.12.3 Копирование аннотаций
С помогцью метода Сору Annotations (Копирование аннотаций) аннотации 
одного изображения копируются в другое.
5.9.12.4 Копирование изображений
С помогцью метода Сору Image (Копирование изображений) создается 
копия изображения.
5.9.12.5 Изменение типа пикселя
Метод Change Pixel Type (Изменение типа пикселя) позволяет изменять 
тип пикселя изображения. Этот метод может пригодиться, если 
необходимо сравнить или объединить изображения с разными типами 
пикселей.
Параметры
Параметр
Pixel Format (Формат 
пикселей)
-  8 Bit ВЛЛ/ (8-
битный ч/б)
16 Bit B/W (16- 
битный ч/б)
32 Bit B/W Float 
(32-битный ч/б, 
плавающий)
2x32 Bit Complex
(2х32-битный,
комплексный)
-24 Bit RGB (24- 
битный, RGB)
Pixel Format (Формат 
пикселей)
Описание
Выберите в выпадающем списке необходимый 
формат пикселей.
Выходное изображение монохромно; 
целочисленные значения серого тона 
изображения расположены в диапазоне от О  до 
255.
Выходное изображение монохромно; 
целочисленные значения серого тона 
изображения расположены в диапазоне от О  до 
65535.
Выходное изображение монохромно, в качестве 
значений пикселей используются вещественные 
числа.
Выходное изображение монохромно в качестве 
значений пикселей используются комплексные 
числа (вещественная часть и мнимая часть). 
Подобные изображения обычно создаются 
посредством преобразования в Фурье- 
пространстве.
Цветное выходное изображение; целочисленные 
значения цвета изображения в красном, зеленом 
и синем каналах располагаются в диапазоне от О  
до 255.
Выберите в выпадающем списке необходимый 
формат пикселей.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 165


--- стр. 311 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
48 Bit RGB (48- 
битный, RGB)
2x32 Bit RGB Float 
(2х32-битный, 
RGB, плавающий)
3x64 Bit RGB 
Complex (3x64- 
битный, RGB, 
комплексный)
Описание
Цветное выходное изображение; целочисленные 
значения цвета изображения в красном, зеленом 
и синем каналах располагаются в диапазоне от О  
до 65535.
Цветное выходное изображение, в качестве 
значений цвета в красном, зеленом и синем 
каналах используются вещественные числа.
Цветное выходное изображение, в качестве 
значений цвета в красном, зеленом и синем 
каналах используются комплексные числа 
(вещественная часть и мнимая часть). Подобные 
изображения обычно создаются посредством 
преобразования в Фурье-пространстве.
5.9.12.6 Наложение шума
С помощью функции Impose Noise (Наложение шума) в целях 
тестирования на изображения накладывается определенный уровень 
шума.
Параметр
Signal to Noise Ratio
(Соотношение
«сигнал-шум»)
Distribution
(Распределение)
-  Poisson (Пуассон)
- Gauss (Гаусс)
Описание
Регулирует соотношение сигнал-шум. 
Диапазон: 0,10-100,00.
Накладывает шум, распределенный по закону 
Пуассона.
Накладывает шум, распределенный по закону 
Гаусса.
5.9.12.7 Создание поднабора изображений
Метод Create Image Subset (Создание поднабора изображений) позволяет 
извлекать части из одного изображения и использовать их для создания 
нового изображения. Можно произвольно выбирать части отдельных 
измерений изображения.
•
1 Примечание
Каждый раздел, описанный ниже, отображается только в том случае, если 
входное изображение имеет соответствующее измерение.
Параметр 
Параметр 
Channels (Каналы)
Z-Position, Time, 
Block(Позиция по  
оси Z, Время, Блок)
Описание
Здесь можно выбрать используемые каналы 
входного изображения. По умолчанию выбраны 
все каналы. Для отмены выбора канала нажмите 
на кнопку соответствующего канала.
Здесь можно выбрать части входного 
изображения, используемые для получения 
результирующего изображения.
166 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 312 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Extract АН 
(Извлечь все)
Extract Single 
(Извлечь 
отдельное 
изображение)
Extract Range
(Извлечь
диапазон)
Extract Multiple
(Извлечь
множество)
Get current 
position (Получить 
текущую позицию)
Interval
(Интервал)
Region (Область)
Full (Целое 
изображение)
Rectangle region 
(ROI)
(Прямоугольная
область)
Keep tiles
(Удерживать
мозаики)
Описание
Этот параметр позволяет извлечь все части 
соответствующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь отдельное 
изображение.
Этот параметр позволяет извлечь определенный 
диапазон изображений.
Этого параметр позволяет выбрать несколько 
непрерывных диапазонов и отдельных срезов. 
Введите в поле ввода один или несколько срезов, 
которые необходимо выбрать. Для этого введите 
первый срез, за которым следует знак «минус», и 
затем последний срез. Если вы желаете 
определить интервал, то после последнего среза 
поставьте двоеточие и затем укажите интервал. 
Запись «2-10:2» означает, что от среза 2 до среза 
10 выбран каждый второй срез.
Если требуется указать еще один срез, после 
первого среза поставьте запятую. Также можно 
выбирать отдельные срезы, разделяя их 
запятыми. Запись «2-10:2,14-18,20,23» означает, 
что выбран каждый второй срез, со среза 2 по 
срез 10, за которыми следуют срезы с 14 по 18, а 
также срезы 20 и 23.
Заимствует позицию с текущего дисплея в 
области изображения.
Флажок установлен: включен режим интервалов. 
Отображается счетчик/поле ввода интервала.
Введите желаемый интервал. Например, при 
значении «2» учитывается только каждое второе 
значение диапазона.
Здесь можно указать, необходимо использовать 
целое изображение или только область (область 
интереса) входного изображения.
При выборе этой опции для создания нового 
изображения используется целое изображение.
Выбрав эту опцию, можно нарисовать 
прямоугольную область интереса, используемую 
для создания нового изображения.
После выделения прямоугольной области можно 
просматривать и изменять ее координаты, 
редактируя поля ввода X/Y/W/H.
Оказывает влияние, только если выделена 
область интереса (ROI).
Флажок установлен: извлекает выделенную 
область вместе с цельными мозаиками. Эту 
настройку рекомендуется выбирать, если 
необходимо применить вычислительные функции 
деконволюции на результирующем изображении.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 167


--- стр. 313 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.8 Слияние поднабора изображений
Метод Fuse Image Subset (Слияние поднабора изображений) позволяет 
вставлять поднабор изображений обратно в исходное изображение. Его 
содержимое заменяется содержимым поднабора изображений. С 
помощью этого метода можно обрабатывать ранее созданный поднабор 
изображений, используя функции обработки изображения, и копировать 
полученное изображение обратно в исходное.
Параметры 
Параметр 
In Place (Локально) 
Subset (Поднабор)
Описание
Содержит описание метода создания входного 
изображения в качестве поднабора.
Показывает, какие срезы были выбраны при 
создании поднабора изображений для каждого 
измерения (каналы, серия срезов по оси Z, 
временная серия), а также для определенного 
среза изображения.
Пример:
Запись «Z (1-8:2) | Т (2-7)» означает, что части 
изображения состоят из срезов 1, 3, 5, 7 с 
интервалами от 2 до 7 входного изображения.
5.9.12.9 Генератор изображений
С помощью функции Image Generator (Генератор изображений) создается 
синтезированное изображение, в котором могут быть определены 
измерения.
Параметр
Width (Ширина)
Height (Высота)
Z Slices (Срезы по 
оси Z)
Channels (Каналы)
Time Slices 
(Временные срезы)
Мин. Gray Value
Max Gray Value (Макс, 
значение серого)
Pixel Type (Тип 
пикселя)
Pattern (Шаблон)
-  Uniform
(Одинаковое
значение)
Описание
Ширина изображения (по оси X).
Высота изображения (по оси Y).
Число срезов изображения по оси Z. Если 
значение больще «1», то изображение станет 
серией срезов по оси Z.
Число каналов изображения. Если значение 
больше «1», то изображение станет 
многоканальным.
Число временных срезов. Если величина больше 
«1», то изображение станет изображением 
временного ряда.
Минимальное значение серого для генерации 
изображения.
Максимальное значение серого для генерации 
изображения.
Указывает тип пикселя изображения.
Все пиксели изображения имеют идентичное 
минимальное значение серого.
168 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 314 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
2D Gray Scale Vertical 
(Градация серого 
двухмерного 
изображения сверху 
вниз)
2D Gray Scale 
Horizontal (Градация  
серого двухмерного 
изображения по 
горизонтали)
Ramp (Линейное 
изменение)
-  Gaussian (Гауссовый 
фильтр)
Checkerboard 
(Шахматный узор)
Cosine Checkerboard 
(Косинусный 
шахматный узор)
Chirp Cosine 
(Косинусоида с ЛЧМ)
-  Chirp Checker
(Шахматный узор с 
ЛЧМ)
Random Spheres 
(Беспорядочно 
распределенные 
сферы)
Sphere Array 
(Упорядоченное 
распределение 
сфер)
Single Sphere 
(Отдельная сфера)
Sphere Diameter 
(Диаметр сферы)
Number of Spheres 
(Число сфер)
Описание
Градация серого на изображении: от 
минимального значения до максимального
сверху вниз.
Градация серого на изображении: от 
минимального значения до максимального
слева направо.
Значения серого на изображении линейно 
изменяются от минимального до 
максимального от каждого угла к центру 
изображения.
Градация серого на изображении имеет форму 
нормального распределения значений от 
минимального до максимального от границ к 
центру изображения.
Изображение содержит шахматный узор, в 
котором «темные» поля имеют минимальное 
значение серого, а «светлые» поля имеют 
максимальное значение серого.
Изображение содержит шахматный узор с 
наложенной косинусоидальной модуляцией, в 
котором «темные» поля имеют минимальное 
значение серого, а «светлые» поля имеют 
максимальное значение серого.
Изображение содержит шахматный узор с 
наложенной внутриимпульсной ЛЧМ, в котором 
«темные» поля имеют минимальное значение 
серого, а «светлые» поля имеют максимальное 
значение серого.
Изображение содержит шахматный узор с 
наложенной внутриимпульсной ЛЧМ, в котором 
«темные» поля имеют минимальное значение 
серого, а «светлые» поля имеют максимальное 
значение серого.
Создается ЗD-изoбpaжeниe (серия срезов по 
оси Z), содержащее Number of Spheres число 
сфер диаметром Sphere Diameter, 
беспорядочно распределенных по изображению.
Создается ЗС-изображение (серия срезов по 
оси Z), содержащее Number of Spheres число 
сфер диаметром Sphere Diameter, равномерно 
распределенных по изображению.
Создается трехмерное изображение (серия 
срезов по оси Z), содержащее единственную 
сферу диаметром Sphere Diameter в центре 
изображения.
Диаметр создаваемых сфер.
Количество сфер, создаваемых в 3D- 
изображении.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 169


--- стр. 315 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.10 Создание изображения в градации серого
Метод Create Gray Scale Image (Создание изображения в градации серого) 
позволяет создавать изображения в градации серого.
Параметры
5.9.12.11
Параметр 
Pattern (Шаблон)
- Uniform (Одинаковое 
значение)
-  2D Gray Scale Vertical 
(Градация серого 
двухмерного 
изображения сверху 
вниз)
-  2D Gray Scale 
Horizontal (Градация 
серого двухмерного 
изображения по 
горизонтали)
Width (Ширина)
Height (Высота)
Мин. Gray Value
Макс. Gray Value
Pixel Type (Тип пикселя)
-  8 Bit ВЛЛ/
(8-битный ч/б)
16 Bit ВЛ/V 
(16-битный ч/б)
24 Bit RGB 
(24-битный, RGB)
48 Bit RGB 
(48-битный, RGB)
Описание
Здесь выбирается желаемый шаблон 
изображения в градации серого.
Все пиксели имеют идентичное значение 
серого/цвета.
Градация серого осуществляется сверху 
вниз, начиная со значения серого, 
выбранного в параметре Min. Gray Value 
(Мин. значение серого).
Градация серого осуществляется слева 
направо, начиная со значения серого, 
выбранного в параметре Min. Gray Value 
(Мин. значение серого).
С помощью ползунка или поля ввода задайте 
необходимую ширину выходного 
изображения в пикселях.
С помощью ползунка или поля ввода 
установите необходимую высоту выходного 
изображения в пикселях.
С помощью ползунка или поля ввода 
установите минимальное значение градации 
серого.
С помощью ползунка или поля ввода задайте 
максимальное значение градации серого.
Здесь задается необходимый тип пикселя.
Выходное изображение монохромно; 
целочисленные значения серого тона 
изображения расположены в диапазоне от 0 
до 255.
Выходное изображение монохромно; 
целочисленные значения серого тона 
изображения расположены в диапазоне от 0 
до 65535.
Цветное выходное изображение; 
целочисленные значения цвета изображения 
в красном, зеленом и синем каналах 
располагаются в диапазоне от 0 до 255.
Цветное выходное изображение; 
целочисленные значения цвета изображения 
в красном, зеленом и синем каналах 
располагаются в диапазоне от 0 до 65535.
Image Calculator (Калькулятор изображения)
Метод Image Calculator (Калькулятор изображения) позволяет применять 
арифметические операции к изображениям в форме калькулятора.
Можно обработать отдельное изображение или объединить два 
изображения.
170 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 316 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Все операции выполняются попиксельно. 
Параметры
Параметр
Channel Input 1 
(Канал входного 
изображения 1)
Channel Input 2 
(Канал входного 
изображения 2)
First Images (Первые 
изображения)
Formula (Формула)
Input 1
Input 2
Absolute Intensities
(Абсолютные
интенсивности)
Normalize Intensities 
0..1 (Нормализация 
интенсивности 0..1)
Operators...
(Операторы...)
Delete (Удаление)
Undo (Отмена ввода)
Описание
Здесь указывается, следует ли использовать для 
выполнения вычислений отдельный канал или все 
каналы первого входного изображения.
Здесь указывается, следует ли использовать для 
выполнения вычислений отдельный канал или все 
каналы второго входного изображения.
Флажок установлен: при работе со вторым 
входным изображением для выполнения 
вычислений используются только первые 
временные точки изображения покадровой 
съемки. Это позволяет, например, нормализовать 
изображение покадровой съемки до значений 
интенсивности первых временных точек.
С помощью поля вода задайте количество 
изображений, необходимое для использования во 
время вычисления.
С помощью клавиатуры или цифровой клавишной 
панели введите расчетную формулу. В качестве 
прототипа для первого входного изображения 
используйте «51», а для второго входного 
изображения -  «52».
Вставляет прототип для первого входного 
изображения в поле ввода Formula (Формула) в 
текущей позиции курсора.
Вставляет прототип для второго входного 
изображения в поле ввода Formula (Формула) в 
текущей позиции курсора.
Активируйте эту кнопку-переключатель, если 
входное изображение 1 и входное изображение 2 
имеют одинаковый тип пикселя.
Активируйте эту кнопку-переключатель, если 
входное изображение 1 и входное изображение 2 
имеют разные типы пикселя. Для объединения 
подобных изображений перед выполнением 
вычислений значения интенсивности двух 
изображений нормализуются до диапазона 
значений от О  до 1.
Открывает перечень всех доступных операторов. 
Здесь можно выбрать необходимый оператор. 
Двойное нажатие на строку списка вставляет ее в 
поле ввода Formula (Формула) в текущей позиции 
курсора.
Удаляет содержимое поля ввода Formula 
(Формула).
Отменяет ввод последних данных в поле Formula 
(Формула).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 171


--- стр. 317 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.12 Добавление каналов
Метод Add Channels (Добавление каналов) позволяет объединять два 
входных изображения с разными каналами, но с одинаковым измерением 
(серия срезов по оси Z, временная серия, мозаика, сцена). Создается 
изображение, содержащее все каналы входных изображений.
Если два входных изображения отличаются друг от друга в измерениях 
(серия срезов по оси Z, временная серия, мозаика, сцена), то входное 
изображение 1 и входное изображение 2 копируются во входное 
изображение в виде двух отдельных блоков.
5.9.12.13 Создание пирамиды изображений
Метод Generate Image Pyramid (Создание пирамиды изображений) 
позволяет вычислять пирамиду разрешений изображения. Пирамида 
разрешений позволяет крайне эффективно перемещаться по мозаичным 
изображениям очень большого размера и отображать отдельные области 
в окне изображения.
Параметры 
Параметр 
Background (фон)
-  Auto
(Автоматическое)
-  Black (Черное)
-  White (Белый)
Списание
Эта опция влияет на представление фона 
пирамиды изображения.
Сбласть вне сцен сохраняет значение серого тона 
изображения, т. е. белое для светлопольных 
изображений и черное — для флуоресцентных 
изображений.
Сбласть вне сцен отображается черным.
Сбласть вне сцен отображается белым.
5.9.12.14 Разделение на RGB
Метод Split into RGB (Разделение на RGB) разделяет входное RGB- 
изображение на отдельные цветовые каналы: красный, зеленый и синий. 
Результирующие изображения в красном, зеленом и синем каналах 
принимают вид серых изображений.
Параметры
Параметр
Output Pixel type (Тип 
выходного пикселя)
Описание
Здесь выбирается необходимый формат 
выходного изображения, например 8-битный, ч/б.
5.9.12.15 Воссоздание RGB-изображения
Метод Combine RGB (Воссоздание RGB-изображения) создает цветное 
изображение из трех входных изображений с отдельными цветовыми 
каналами: красным, зеленым и синим.
172 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 318 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Output Pixel type (Тип 
выходного пикселя)
Описание
Здесь выбирается необходимый формат 
выходного изображения, например 24-битный, 
RGB.
5.9.12.16 Разделение на HLS
Метод Split into HLS (Разделение на HLS) разделяет входное HLS- 
изображение на отдельные цветовые каналы. Результирующие 
изображения в каналах «оттенок-яркость-насыщенность» принимают вид 
серых изображений.
5.9.12.17 Воссоздание HLS-изображения
Метод Combine HLS (Воссоздание HLS-изображения) создает HLS- 
изображение из отдельных каналов: оттенок, яркость, насыщенность.
5.9.12.18 Вычисление гистограммы
Метод Calculate Histogram (Вычисление гистограммы) вычисляет 
распределение выбранных параметров таблицы данных измерений по 
гистограмме.
Параметры
Параметр
Columns (Столбцы)
Class Boundaries 
(Границы классов)
—  >= <
— > =<
Automatic
Classification
(Автоматическая
классификация)
Описание
Задайте параметры измерений для 
классификации, произвольно введя номера 
столбцов, например 1,3,5, или 1-6, или 1,3-7,8.
Чтобы открыть диалоговое окно Select columns
(Выбрать столбцы), нажмите кнопку ^1 . 
Установив соответствующий флажок, в этом 
диалоговом окне можно включить или отключить 
имена столбцов данных.
Здесь определяются границы классов на 
вычисленной гистограмме.
Числовое значение попадает в класс 
гистограммы, если оно больше или равно (>=) 
нижней границе класса или меньше (<) верхней 
границы класса.
Числовое значение попадает в класс 
гистограммы, если оно больше (<) нижней 
границы класса или меньше или равно (=<) 
верхней границе класса.
Флажок установлен: на основе имеющихся 
данных границы класса вычисляются 
автоматически. Диапазон значений от самого 
низкого до самого высокого значения данных 
разделяется на столько классов равной ширины, 
сколько было установлено в поле ввода Class 
Number (Число классов).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 173


--- стр. 319 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Logarithmic
(Логарифмический)
Class Count (Счетчик 
классов)
Display Mode (Режим 
отображения)
-  Count (Счетчик)
Count Cumulative
(Накопленное
число)
Percentage
(Процентное
отношение)
Описание
Пример:
Минимальное значение: О  
Максимальное значение: 10000 
Диапазон: 10000 единиц 
Число классов: 4
Тогда границы классов следующие:
Class 1:0 .. 2500 
Класс 2: 2501 .. 5000 
Class 3 : 5001 .. 7500 
Класс 4: 7501 .. 10000
Параметр активен, только если установлен 
флажок Automatic Classification (Автоматическая 
классификация).
Флажок установлен: границы классов 
отображаются на логарифмической шкале.
Пример:
Минимальное значение: 0 
Максимальное значение: 10000 
Диапазон: 10000 единиц 
Число классов: 4
Тогда границы классов следующие:
Класс 1: о ... 1 о 
Класс 2: 11 ... 100 
Класс 3: 101 ... 1000 
Класс 4: 1001 ... 10000
Определяет число создаваемых классов.
Здесь определяется метод вычисления значений 
гистограммы.
Гистограмма показывает количество массивов 
данных, входящих в соответствующий класс, и 
содержит частоту значений в рассматриваемом 
классе.
Гистограмма накапливает количество значений в 
каждом классе. Класс 1 содержит количество 
значений для класса 1, Класс 2 содержит сумму 
значений класса 1 и класса 2, класс 3 содержит 
сумму значений класса 2 и класса 3 и т. д.
Гистограмма показывает процент массивов 
данных, входящих в соответствующий класс, и, 
следовательно, содержит процентную долю 
значений в рассматриваемом классе.174 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 320 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Percentage 
Cumulative 
(Накопленный 
процент)
-  Sum (Сумма)
-  Sum Cumulative 
(Накопленная 
сумма)
Percentage Sum
(Суммарный
процент)
Percentage Sum
Cumulative
(Накопленный
суммарный
процент)
Описание
Гистограмма накапливает количество значений (в 
процентах) в каждом классе. Класс 1 содержит 
проценты для класса 1, класс 2 содержит сумму 
процентов класса 1 и класса 2, класс 3 содержит 
сумму процентов класса 2 и класса 3 и т. д.
Следовательно, последний класс содержит 100%.
Гистограмма содержит сумму числовых значений 
массивов данных, входягцих в соответствующий 
класс; значения массивов данных, входящих в 
рассматриваемый класс, соответственно 
суммируются.
Гистограмма накапливает суммы значений в 
каждом классе. Класс 1 содержит сумму числовых 
значений класса 1, класс 2 содержит сумму 
числовых значений класса 1 и класса 2, класс 3 
содержит сумму числовых значений класса 2 и 
класса 3 и т. д. Последний класс, соответственно, 
содержит сумму всех отдельных значений.
Гистограмма показывает процентную долю общих 
числовых значений в соответствующем классе.
Гистограмма накапливает процент сумм значений 
всех величин, принадлежащих к классу. Класс 1  
содержит процент всех числовых значений класса 
1, класс 2 содержит сумму процентов всех 
числовых значений класса 1 и класса 2, класс 3 
содержит сумму процентов всех числовых 
значений класса 2 и класса 3 и т. д.
Следовательно, последний класс содержит 100%.
5.9.12.19 Разделение сцен (запись файлов)
Метод Split Scenes (Write files) (Разделение сцен (запись файлов)) 
сохраняет отдельные сцены (мозаики или позиции) многосценового 
изображения (т. е. изображения многолуночного планшета) в виде 
отдельных изображений в папке в CZI-формате.
Параметр
Параметр
Display field (Поле 
отображения)
Описание
Путь к папке назначения отображается 
автоматически в поле отображения. Для
изменения папки нажмите кнопку 
поля отображения.
I справа от
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1,0 на русском языке 175


--- стр. 321 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Include Scene Information 
in Generated File Name 
(Включить информацию о 
сцене в имя
сгенерированного файла)
Overwrite existing files 
(Заменить существующие 
файлы)
Compression (Сжатие)
Описание
Флажок установлен: включает 
информацию о сцене в имя отдельного 
изображения.
Флажок установлен: при повторном 
применении этой функции все файлы в 
целевой папке удаляются.
Здесь выбирается тип сжатия, например 
исходный Original (без сжатия) или сжатый 
Compression (JPEG XR).
5.9.12.20 Разделение сцен
Метод Split Scenes (Разделение сцен) выделяет сцены из мозаичного или 
позиционного изображения. Отдельные изображения отображаются в 
центральной области экрана. Обратите внимание, что изображения, 
полученные с помощью этого метода, в отличие от метода Split Scenes 
(write files) (Разделение сцен (запись файлов)) автоматически не 
сохраняются в папке.
5.9.12.21 Разделение многоблокового изображения
Метод Split Multiblock Image (Разделение многоблокового изображения) 
сохраняет отдельные блоки/измерения (мозаики или позиции) 
многоблокового изображения (т. е. изображения неоднородного 
эксперимента) в папке в CZI-формате.
Параметр
Параметр
Split Mode (Режим 
разделения)
-  Homogeneous 
groups
(Однородные
группы)
-  Single blocks 
(Отдельные 
блоки)
Display field (Поле 
отображения)
Описание
Выберите режим разделения многоблокового 
изображения.
Разделяет многоблоковое изображение на 
отдельные измерения. Блоки при этом 
сохраняются.
Разделяет многоблоковое изображение на 
отдельные блоки.
Путь к папке назначения отображается 
автоматически в поле отображения. Для
изменения папки нажмите кнопку 
поля отображения.
справа от
5.9.12.22 Изображение с эталонной равномерностью освещения из мозаичного  
изображения
С помощью метода Shading Reference from Tile Image (Изображение с 
эталонной равномерностью освещения из мозаичного изображения) из 
многоканальных мозаичных изображений можно создавать изображения с 
эталонной равномерностью освещения.
Параметры (светлопольное изображение)
Для обработки светлопольного изображения (Brightfield image) можно 
выбрать следующие параметры:
176 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 322 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Parameters Show All
All Scenes
Selected Scene
Save directly as Shading Reference 
Channel-specific
Autoadjust Intensity
Multiply Factor 1.0 :
Apply Gaussian Filter
Sigma
Defaults
Обратите внимание, что параметр Selected Scene (Выбранная сцена) и 
кнопка-флажок АП Scenes (Все сцены) доступны только при обработке 
многосценового изображения.
Параметр
Save directly as 
Shading Reference 
(Сохранить как 
изображение с 
эталонной 
равномерностью 
освещения)
Описание
Флажок установлен: программное обеспечение 
создает изображение с эталонной 
равномерностью освещения (Shading Reference) и 
сохраняет его непосредственно в менеджере 
калибровки (Calibration Manager).
Программное обеспечение не позволяет 
просмотреть изображение перед сохранением, 
поэтому рекомендуется убрать флажок и 
выполнить эту функцию. Система создаст 
эталонные изображения и выведет их на экран. 
Если изображения имеют хорошее качество, 
можно установить флажок и повторно выполнить 
эту функцию.
Обратите внимание, что после активации этой 
опции необходимо ознакомиться с системными 
сообщениями (под знаком «i» в нижней части 
экрана). Если, к примеру, результирующее 
изображение с эталонной равномерностью 
освещения слишком тусклое, система не будет 
использовать его в качестве действительного 
изображения с эталонной равномерностью 
освещения, что будет
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 177


--- стр. 323 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Channel-specific
(Поканальное
выравнивание
освещенности)
Multiply Factor 
(Множитель)
Auto Adjust Intensity
(Авторегулировка
интенсивности)
Apply Gaussian Filter 
(Применить фильтр 
Гаусса)
Описание
указано в системных сообщениях. После 
успешного завершения импорта базы данных 
эталонных сообщений отобразится 
соответствующее системное сообщение!
Флажок установлен: программное обеспечение 
выполняет поканальную коррекцию 
равномерности освещения. В этом случае 
используемый блок флуоресцентных фильтров 
сохраняется с файлом равномерности освещения.  
Для этого учитываются следующие компоненты:
Метод контрастирования и конденсатор, 
флуоресцентный фильтр, увеличение: объектив и 
модуль Optovar; глубина цвета камеры и режим 
RGB / ч/б, тип и расположение разъема камеры.
Флажок убран: система выполняет 
всеканальную (АН Channel) калибровку и 
коррекцию равномерности освещения, зависящую 
от используемого объектива.
Для этого учитываются следующие компоненты: 
увеличение (объектив и модуль Optovar); глубина 
цвета камеры и режим RGB/ч/б, тил и 
расположение разъема камеры.
Здесь можно применить множитель, при этом 
программное обеспечение умножит интенсивность 
каждого пикселя изображения с эталонной 
равномерностью освещения на указанную 
величину.
При использовании собственного образца в 
большинстве случаев изображения получаются 
очень тусклыми и интенсивность пикселей не 
достигает значений, необходимых для 
использования в менеджере калибровки 
изображения с эталонной равномерностью 
освещения, а значит, этот образец будет 
отклонен.
В случае активации этот параметр на основе 
значений серого тона изображения автоматически 
рассчитывает множитель и необходимые 
значения серого для использования изображения 
в менеджере калибровки изображения с 
эталонной равномерностью освещения.
Если Auto Adjust Intensity (Авторегулировка 
интенсивности) включен, параметр Multiply Factor 
(Множитель) никак не влияет на создание 
изображения.
В случае активации фильтр Гаусса применяется 
после усреднения видимых зон мозаичного 
изображения. Это позволяет сглаживать 
изображение с эталонной равномерностью 
освещения. Сигма-коэффициент определяет силу 
сглаживания.
178 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 324 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Используйте этот фильтр и сигма-коэффициент с 
большой осторожностью, так как могут быть 
удалены элементы, реальные равномерно 
освещенные структуры. Рекомендуется 
использовать этот параметр при малом, не 
способном увеличиться при определенных 
обстоятельствах количестве мозаик 
сканированного изображения.
Параметры (многоканальное изображение)
Все параметры (см. описание выше) многоканального (например, 
флуоресцентного) изображения могут настраиваться поканально.
Обратите внимание, что параметр Selected Scene (Выбранная сцена) и 
кнопка-флажок АП Scenes (Все сцены) доступны только при обработке 
многосценового изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 179


--- стр. 325 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Adjust per Channel
(Поканальные
настройки)
Описание
После активации можно регулировать настройки 
для каждого канала в отдельности. Выберите 
Process Channel (Обработать канал), чтобы 
использовать канал, или Skip Channel 
(Пропустить канал), чтобы не обрабатывать 
канал.
Настройки Save directly as Shading Reference
(Сохранить как изображение с эталонной 
равномерностью освещения) и Channel-specific 
(Поканальное выравнивание освещенности) 
применяются отдельно для каждого канала. Если 
необходимо использовать одинаковые настройки 
для всех каналов, уберите флажок.
180 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 326 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.23 Обработка Airyscan
Функция Airyscan Processing (Обработка Airyscan) открывает доступ к 
данным сверхвысокого разрешения изображений, полученных с помощью 
модуля Airyscan.
Параметры
Параметр
3D Processing
(Трехмерная
обработка)
Auto Filter
(Автоматический
фильтр)
Adjust per Channel
(Поканальные
настройки)
Fuse Tiles
(Объединить
фрагменты)
Описание
Эта опция доступна только для изображений с 
пятью и более позициями по оси Z.
Будучи активированной, эта опция улучшает 
разрешение в продольном и поперечном 
направлениях. Массив данных должен иметь не 
менее 5 срезов по оси Z, полученных с 
оптимальным размером шага. Трехмерная 
обработка медленнее двухмерной. Для 
выполнения трехмерной обработки необходимо, 
чтобы вся серия срезов по оси Z (отдельный 
канал и временная точка) вмещалась в 
физическую память.
После включения фильтр автоматически 
определяет подходящий для обработки в модуле 
Airyscan параметр Super Resolution 
(Сверхвысокое разрешение) для выбранного 
массива данных.
Для регулировки параметра Super Resolution 
(Сверхвысокое разрешение) вручную уберите 
флажок. Затем определите подходящие значения 
с помощью соответствующей функции в блоке 
просмотра модуля Airyscan во вкладке Airyscan. 
Обратите внимание, что функция 
предварительного просмотра доступна только для 
двухмерной обработки в модуле Airyscan. Функция 
предварительного просмотра для трехмерной 
обработки в модуле Airyscan отсутствует. Для 
настройки параметров трехмерной обработки 
следует сначала обработать массив данных после 
использования автоматического фильтра (Auto 
Filter), а затем проверить величину, которая в 
действительности была применена функцией 
обработки модуля Airyscan. Эта величина 
хранится в метаданных обработанного 
изображения и доступна для просмотра с 
помощью меню Info (Информация).
Отображается, только если убран флажок Auto 
Filter (Автоматический фильтр).
Доступен только для изображений с двумя и 
более каналами Airyscan.
После активации можно вручную устанавливать 
параметры обработки для каждого канала в 
модуле Airyscan.
Доступен только для изображений с областями 
мозаик.
Если параметр активирован, сшивка выполняется 
автоматически после получения изображений в 
модуле Airyscan.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 181


--- стр. 327 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.24 Преобразование в лямбду
С помощью функции Convert То Lambda (Преобразование в лямбду) серии 
срезов лямбда, полученные с помощью LSM 800, можно преобразовать в 
файл с аналогичным видом, что и внутри области просмотра Lambda 
(Лямбда). В отличие от универсального формата необработанных данных 
серии срезов лямбда, эти файлы нормально открываются и 
анализируются в ZEN (black).
5.9.12.25 Линейное разделение
С помощью функции Linear Unmixing (Линейное разделение) из сильно 
перекрывающихся мультифлуоресцентных данных, полученных в 
многоканальных изображениях или сериях срезов лямбда, можно 
извлекать излучение отдельных флуоресцентных красителей (например, 
только GFP, только YFP и т. д.) (доступно только в режиме визуализации 
ЛСМ).
Зная спектральные характеристики отдельных компонентов 
многокомпонентного образца, из экспериментального многоканального 
массива данных можно математически извлечь даже сильно 
перекрывающиеся отдельные спектральные характеристики. Этот метод 
является процедурой исключительно попиксельного анализа изображений. 
В условиях эксперимента полученные спектры флуоресценции образцов с 
одной меткой сохраняются в базе данных спектров в виде внешнего 
источника. Затем из образца с несколькими метками извлекается 
многоканальное изображение или серия срезов лямбда. Отдельные 
компоненты извлекаются математическим способом с использованием 
данных эталонных спектров. Для создания 10-канального выходного 
изображения без частичного перекрытия каналов в алгоритме на основе 
подбора методом наименьших квадратов можно использовать до десяти 
разных опорных сигналов.
Избегайте насыщения флуоресцентного сигнала в разделяемом массиве 
данных. Насыщенность генерирует сильный сигнал в остаточном канале. 
Если образцы с одной меткой отсутствуют, то эталонные изображения 
могут быть получены следующими способами:
■ В интерактивном режиме посредством выбора областей 
изображения, где присутствует только один флуоресцентный 
краситель (доступно только в меню Unmixing (Разделение)).
■ Автоматически с помощью программных анализов отдельных 
спектральных параметров. Эта функция обработки называется 
автоматическим извлечением компонентов (АСЕ, от англ. Automatic 
Component Extraction).
Обратите внимание, что в некоторых случаях спектрально полученные 
изображения не подходят для АСЕ, а линейное разделение может 
привести к ошибочным результатам.
Параметры
Параметр
Components
(Компоненты)
Autoscale
(Автоматическое
выравнивание)
Описание
Здесь устанавливается число спектрально 
различимых флуоресцентных компонентов, 
доступных для выбора в визуализированном 
образце. Число извлекаемых компонентов не 
должно превышать число полученных каналов. 
Максимально возможное число компонентов: 10.
Приводит интенсивность неразделенных каналов 
к одинаковым уровням.
182 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 328 ---
5 Обработка изображений { 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Calculate Residuals 
(Вычисление 
остаточных величин)
Описание
Создает дополнительный канал, в котором 
величины интенсивности представляют собой 
разность полученных спектральных данных и 
подобранной линейной комбинации эталонных 
спектров. Проще говоря, остаточная величина — 
это наибольший остаток, полученный в 
результате подбора методом наименьших 
квадратов. Остаточные величины — общий 
показатель правильности подбора алгоритма. Чем 
выше интенсивность дополнительного канала, тем 
хуже пригодность спектров к массиву данных.
5.9.12.26 Корреляция
С помощью функции Correlation (Корреляция) можно отображать 
конфокальные наборы данных вместе с пространственной или временной 
корреляцией изображения или серии изображений. Тип проводимой 
корреляции можно выбрать, установив соответствующие флажки.
Параметры
Параметр
Cross Correlation 
(Кросс-корреляция)
X.Y
Z
Time (Время)
Описание
Если параметр активирован, можно сопоставлять 
два изображения. Обратите внимание, что второе 
входное изображение должно иметь аналогичную 
размерность и размер.
Сопоставляет сигнал в направлении X или Y.
Сопоставляет сигнал в направлении Z. Доступен 
только для массивов данных, содержащих срезы 
по оси Z.
Сопоставляет сигнал во времени. Доступен только 
для массивов данных временной серии.
5.9.12.27 Конвертация необработанных данных в VivaTome
5.9.13 Экспорт/Импорт
5.9.13.1 Экспорт изображений
Метод Image Export (Экспорт изображений) позволяет экспортировать
отдельные изображения в различные типы файлов для их последующего 
использования в других программах. Многомерные изображения 
(многоканальные, серии срезов по оси Z, покадровой съемки, мозаичные 
изображения) экспортируются как отдельные изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 183


--- стр. 329 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Parameters ✓  Show А»
JPEG File Interchange Form at (JPEG)
1  , , .............95
140 100% ;
I Original Data
^  A pply Display Curve and Channel Color  
✓  Burn-in Graphics  
Use channel names
• Use Full Set of Dimensions  
Define Subset
I . ри|MC:\Users\M18MUCPK7\Pktures
Create folder  
Generate xml file  
Generate zip file
Defaults
Рисунок 5.3. Параметр Image Export (Экспорт изображений)
П/п Описание
1 Здесь регулируются настройки типа файла, например формат или 
сжатие.
Точное описание функций см, в разделе «File Туре»  (Тип файла)» 
[►  185]. Тип файла, выбранного для экспорта изображения, влияет 
на изменение настроек остальных параметров.
2 Здесь указываются действия, выполняемые с данными 
изображения во время экспорта, например запись графических 
элементов на картинку.
Точное описание функций см. в разделе «Image Data»  (Данные 
изображения) [►  186].
3 Здесь указываются действия, выполняемые с измерениями, 
например экспорт всех или только некоторых измерений 
изображения.
Точное описание функций см. в разделе «Dimensions»
(Измерения) [►  187].
4 Здесь определяются остальные настройки экспорта, например 
папка экспорта.
Точное описание функций см. в разделе «Export to...»  (Экспорт в...) 
[►  189].
184 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 330 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.13.1.1 Раздел File Туре  
Параметр
File Туре (Тип файла)
Quality (Качество)
Resize (Изменение 
размера)
Convert to 8 Bit 
(Преобразование в 8- 
битное изображение)
Compression
(Сжатие)
-  None 
(Отсутствует)
-  LZW
-  ZIP
Loss less (Без 
потери данных)
Описание
Выберите необходимый тип файла из 
выпадающего списка:
■ JPEG (формат обмена файлами JPEG)
■ BMP (Точечный рисунок Windows)
■ TIFF (теговый формат файлов изображения)
■ BigTIFF (Tiff-формат (64-битный))
■ PNG (переносимая сетевая графика)
■ WDP (JPEG XR)
Обратите внимание, что доступность опций 
зависит от выбранного типа файла.
Доступно только для файлов типа JPEG и JPEG 
XR. С помощью ползунка или поля ввода введите 
качество изображения, влияющее на размер 
файла. Низкие значения приводят к появлению 
файлов очень малого размера, при этом качество 
изображения может быть значительно снижено.
Настройка размера изображения (в процентах) 
производится с помощью ползунка или поля 
ввода.
Доступно только для файлов типа TIFF, BigTIFF, 
PNG и JPEG XR.
Флажок установлен: преобразовывает 16-битное 
полутоновое изображение в 8-битное 
полутоновое, или 48-битное цветное изображение 
в 24-битное цветное.
Доступно только для файлов типа TIFF и BigTIFF. 
Доступны следующие виды сжатия объема 
данных:
Сохраняет объем данных исходного изображения. 
Сжатие не производится.
Доступен только для файлов типа TIFF.
Производит сжатие без потери данных в 
соответствии с алгоритмом Лемпеля-Зива-Велша 
(LZW).
Доступен только для файлов типа TIFF.
Производит сжатие без потери данных по ZIP- 
методу.
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Производит сжатие без потери данных в 
соответствии с алгоритмом Лемпеля-Зива-Велша 
(LZW).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 185


--- стр. 331 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Lossy (С потерей 
данных)
BigTIFF
Описание
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Производит сжатие с потерей данных по методу 
JPEG XR (расширенный диапазон).
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Флажок установлен: генерирует изображение в 
формате BigTIFF. Максимальный размер 
изображения больше 4 Гб.
Флажок убран: генерирует изображение в 
формате TIFF с максимальным размером 4 Гб.
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Флажок установлен, генерирует новые 
прямоугольные мозаики для работы с 
внутренними данными.
Флажок убран: объединяет мозаики в полосы для 
работы с внутренними данными.
Pyramid (Пирамида) Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Флажок установлен: вычисляет пирамиду 
изображения.
TIFF Tiles (Мозаики в 
формате TIFF)
Merge All Scenes 
(Объединение всех 
сцен)
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Флажок установлен: генерирует одно 
изображение, включающее все сцены. Если 
флажок убран, генерирует изображения с 
отдельными сценами.
5.9.13.1.2 Раздел Image Data
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АП 
(Показать все).
Параметр
Original Data 
(Исходные данные)
Shift Pixel (Сдвиг 
пикселей)
Apply Display Curve 
and Channel Color 
(Применить кривую 
отображения и цвет 
канала)
Описание
Флажок установлен: экспортирует изображение с 
исходными цветами каналов и исходной кривой 
характеристик отображения.
Флажок установлен: сдвигает значение серого 
тона 10-битного или 12-битного изображения до 
16-битного.
Флажок установлен; экспортирует изображение 
с измененными настройками цвета канала и 
кривой характеристик отображения. Эти настройки 
применяются к значениям пикселей 
экспортируемых изображений. Они 
исключительно важны, если необходимо 
использовать темные изображения с 
динамическим диапазоном более 8 бит в других 
программах.
186 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 332 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
1 Примечание
Должен быть установлен по меньшей мере один из двух флажков. Если 
установлены оба флажка, можно в один прием экспортировать исходные 
изображения и изображения с измененными настройками.
Параметр
Burn In Graphic 
(Запись графических 
элементов)
Merged channels 
image (Изображение 
с объединенными 
каналами)
Individual Channels 
image (Изображение 
с отдельными 
каналами)
Описание
Флажок установлен: производится запись 
графических элементов на изображение. При этом 
пиксели под графическим элементом (например, 
масштабные линейки) перезаписываются. 
Записанные графические элементы изменить 
нельзя.
Отображается только для многоканальных 
изображений.
Флажок установлен: экспортирует 
псевдоцветное изображение всех выбранных 
каналов.
Отображается только для многоканальных 
изображений.
Флажок установлен: экспортирует отдельное 
цветное изображение всех выбранных каналов.
1 Примечание
Должен быть установлен по меньшей мере один из трех флажков. Если 
установлены флажки Merged channels image (Изображение с 
объединенными каналами) и Individual Channel image (Изображение с 
отдельными каналами), в один прием можно экспортировать отдельные 
цветные и псевдоцветные изображения.
Параметр
Use channel names 
(Использование 
имен каналов)
Описание
Отображается только для многоканальных 
изображений.
Флажок установлен: включает имя канала в имя 
экспортируемого изображения.
5.9.13.1.3 Раздел Dimensions
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
Параметр
Use Full Set of 
Dimensions 
(Использовать 
полный набор 
измерений)
Define Subset 
(Определить 
поднабор)
Описание
Выберите, если необходимо экспортировать все 
измерения без внесения изменений.
Выберите, если требуется экспортировать только 
отдельные измерения или поднаборы отдельных 
измерений.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 187


--- стр. 333 ---
*
1 Примечание
Каждый раздел, описанный ниже, отображается, только если 
на входном изображении имеется соответствующее измерение.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений___________________
Параметр 
Channels (Каналы)
Z-Position, Time,
Block(Позиция по
оси Z, Время, Блок)
-  Extract АН 
(Извлечь все)
-  Extract Single 
(Извлечь 
отдельное 
изображение)
-  Extract Range 
(Извлечь 
диапазон)
-  Extract Multiple 
(Извлечь 
множество)
Get current 
position (Получить 
текущую позицию)
Interval
(Интервал)
Region (Область)
Описание
Здесь можно выбрать используемые каналы 
входного изображения. По умолчанию выбраны 
все каналы. Для отмены выбора канала нажмите 
на кнопку соответствующего канала.
Здесь можно выбрать части входного 
изображения, используемые для получения 
результирующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь все части 
соответствующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь отдельное 
изображение.
Этот параметр позволяет извлечь определенный 
диапазон изображений.
Этого параметр позволяет выбрать несколько 
непрерывных диапазонов и отдельных срезов.
Введите в поле ввода один или несколько срезов, 
которые необходимо выбрать. Для этого введите 
первый срез, за которым следует знак «минус», и 
затем последний срез. Если вы желаете 
определить интервал, то после последнего среза 
поставьте двоеточие и затем укажите интервал. 
Запись «2-10:2» означает, что от среза 2 до среза 
10 выбран каждый второй срез.
Если требуется указать еще один срез, после 
первого среза поставьте запятую. Также можно 
выбирать отдельные срезы, разделяя их 
запятыми. Запись «2-10:2,14-18,20,23» означает, 
что выбран каждый второй срез, со среза 2 по 
срез 10, за которыми следуют срезы с 14 по 18, а 
также срезы 20 и 23.
Заимствует позицию с текущего дисплея в 
области изображения.
Флажок установлен: включен режим интервалов. 
Отображается счетчик/поле ввода интервала.
Введите желаемый интервал. Например, при 
значении «2» учитывается только каждое второе 
значение диапазона.
Здесь можно указать, необходимо использовать 
целое изображение или только область (область 
интереса) входного изображения.
188 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 334 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Full (Целое 
изображение)
-  Rectangle region 
(ROD
(Прямоугольная
область)
Keep tiles
(Удерживать
мозаики)
Описание
При выборе этой опции для создания нового 
изображения используется целое изображение.
Выбрав эту опцию, можно нарисовать 
прямоугольную область интереса, используемую 
для создания нового изображения.
После выделения прямоугольной области можно 
просматривать и изменять ее координаты, 
редактируя поля ввода X/Y/W/H.
Оказывает влияние, только если выделена 
область интереса (ROI).
Флажок установлен: извлекает выделенную 
область вместе с цельными мозаиками. Эту 
настройку рекомендуется выбирать, если 
необходимо применить вычислительные функции 
деконволюции на результирующем изображении.
5.9.13.1.4 Раздел Export to...  
Параметр
Export to (Экспорт в)
Описание
Путь к папке экспорта отображается 
автоматически в поле отображения.
Для изменения пути к файлу нажмите кнопку 
справа от поля отображения.
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
Параметр
Create folder 
(Создать папку)
Create xml file 
(Создать xml-файл)
Generate zip file 
(Создать zip-файл)
Описание
Флажок установлен: создает отдельную папку с 
именем входного изображения.
Флажок установлен: создает два XML-файла с 
метаданными входного изображения.
■ Meta.xml содержит всю дополнительную 
информацию о входном изображении 
(например, настройки аппаратного 
обеспечения, измерения).
■ Info.xml содержит только дополнительную 
информацию об экспортированных отдельных 
изображениях(например, имена,измерения, 
размеры).
Флажок установлен: создает ZIP-файл, в 
котором сохраняются все экспортируемые 
отдельные изображения, в том числе XML-файлы.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 189


--- стр. 335 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр 
Prefix (Префикс)
Описание
Здесь можно отредактировать заданный префикс 
или ввести новое имя. Имя исходного 
изображения указывается по умолчанию.
5.9.13.2 Экспорт видео
Функция Movie Export (Экспорт видео) позволяет экспортировать 
многомерные изображения (например, временные серии или изображения 
серии срезов по оси Z) в различные типы файлов в виде видеоряда с 
возможностью их использования в других программах.
*
1 Примечание
Если необходимо экспортировать MOV-файлы (Н264 или MPEG4), 
загрузите приложение FFmpeg (например, здесь: http;//wvvw.ffmpeg,org/ 
или здесь: http://ffmpeg.zeranoe.com/blog/?p=178 ). Скопируйте ffmpeg.exe в 
папку с файлом ZEN.exe.
5.9.13.2.1 Раздел File Туре  
1 Примечание
Для 32-разрядной операционной системы Windows доступен только режим 
AVI (MS-Video1).
Параметр
Режим
Format (Формат)
-  Original Size 
(Исходный 
размер)
Описание
Выберите необходимый режим. Для экспорта 
видео доступны следующие форматы.
■ AVI (сжатие M-JPEG)
■ AVI (без сжатия)
■ AVI (DV)
■ WMF (WindowsMedia)
■ MOV(H.264)
■ MOV(MPEG4)
■ AVI (MS-Videol)
Выберите необходимый формат.
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS- 
Videol).
Использует высоту и ширину входного 
изображения и устанавливает частоту в 5 кадр/с.
190 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 336 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  User-Defined 
(Определяемый 
пользователем)
720x576/2 5f ps 
(PAL 576р/25)
720x480/29.97fps
(NTSC)
1280x720/50fps 
(HD 720p/50)
-  1920x1080/25fps
(HD 1080p/25)
-  1920x1080/
29.97fps (HD 
1080p/29.97)
Width (Ширина)
Height (Высота)
Frame Rate (Частота 
кадров)
Quality (Качество)
Описание
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS- 
Videol).
Введите необходимые значения в поля ввода 
Width (Ширина), Height (Высота) и Frame Rate 
(Частота кадров).
Используется видеоразрешение PAL (Phase 
Alternating Line) с частотой кадров 25 кадр/с.
Используется видеоразрешение NTSC (National 
Television Systems Committee) c частотой кадров 
29,97 кадр/с.
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS- 
Videol).
Используется видеоразрешение HD (High 
Definition 720) с частотой кадров 25 кадр/с.
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS- 
Videol).
Используется видеоразрешение HD (High 
Definition 1080) c частотой кадров 25 кадр/с.
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS- 
Videol).
Используется видеоразрешение HD (High 
Definition 1080) c частотой кадров 29,97 кадр/с.
Параметр активен, только если в выпадающем 
списке Format (Формат) выбрана опция User- 
Defined (Определяемый пользователем).
Здесь можно ввести ширину изображения в 
пикселях (рх).
Параметр активен, только если в выпадающем 
списке Format (Формат) выбрана опция User- 
Defined (Определяемый пользователем).
Здесь можно ввести высоту изображения в 
пикселях (рх).
Параметр активен, только если в выпадающем 
списке Format (Формат) выбрана опция User- 
Defined (Определяемый пользователем).
Здесь можно ввести частоту кадров (fps (кадр/с)).
Отображается, только если в выпадающем списке 
Mode (Режим) выбран режим AVI (сжатие М- 
JPEG) или MOV
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 191


--- стр. 337 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Здесь можно задать качество изображения с 
помощью ползунка или счетчика/поля ввода. Это 
влияет на размер файла. Низкие значения 
приводят к появлению файлов очень малого 
размера, при этом качество изображения может 
быть значительно снижено.
5.9.13.2.2 Раздел Image Data
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АН 
(Показать все).
Параметр
Burn In Graphic 
(Запись графических 
элементов)
Merged channels 
image (Изображение 
с объединенными 
каналами)
Individual Channels 
image(Изображение 
с отдельными 
каналами)
Описание
Флажок установлен: производится запись 
графических элементов на изображение. При этом 
пиксели под графическим элементом (например, 
масштабные линейки) перезаписываются. 
Записанные графические элементы изменить 
нельзя.
Отображается только для многоканальных 
изображений.
Флажок установлен: экспортирует 
псевдоцветное изображение всех выбранных 
каналов.
Отображается только для многоканальных 
изображений.
Флажок установлен: экспортирует отдельное 
цветное изображение всех выбранных каналов.
5.9.13.2.3
1 Примечание
Должен быть установлен по меньшей мере один из трех флажков. Если 
установлены флажки Merged channels image (Изображение с 
объединенными каналами) и Individual Channel image (Изображение с 
отдельными каналами), в один прием можно экспортировать отдельные 
цветные и псевдоцветные изображения.
Раздел Fitting
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АП 
(Показать все).
Параметр 
Fitting (Подгонка)
- Fit АП
(Uniform) (Подогнать 
все (Обычное))
-  Fit and Crop 
(Uniform to Fill) 
(Подогнать и обрезать 
(Однородное 
заполнение))
-  Fit and
Stretch (Fill) (Подогнать 
и растянуть 
(заполнение))
Описание
Выберите здесь требуемый тип подбора.
Изображение подгоняется под выбранное 
разрешение. Исходное соотношение сторон 
изображения сохраняется.
Изображение подгоняется под выбранное 
разрешение и обрезается. Исходное 
соотношение сторон изображения не 
сохраняется.
Изображение растягивается до выбранного 
разрешения. Исходное соотношение сторон 
изображения не сохраняется.
192 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 338 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
- Crop (None) 
(Кадрирование 
(отсутствует))
Описание
Изображение обрезается по выбранному 
разрешению. Исходное соотношение сторон 
изображения сохраняется.
5.9.13.2.4 Раздел Sequence
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АП 
(Показать все).
Измените последовательность измерений, в которых требуется создать 
видеофайл.
Кнопка
Перемещает выбранное измерение на одну строку вверх. 
Кнопка "V
Перемещает выбранное измерение на одну строку вниз.
5.9.13.2.5 Раздел Mapping  
Параметр
Mapping
(Картирование)
-  Fixed Duration 
(Фиксированная 
продолжительное 
ть)
-  1 Frame per Image
(1
кадр/изображение
)
Image count (Число 
изображений)
Final Movie Length 
(Полная длина 
видеофайла)
Описание
Выберите способ обозначения изображений.
С помощью ползунка или счетчика/поля ввода 
введите значение времени (в секундах) для 
каждого изображения. Общая продолжительность 
отображается в поле Final Movie Length (Полная 
длина видеофайла).
Одному кадру соответствует одно изображение.
Число изображений указывается в поле ввода.
Указывает полную длину результирующего 
видеофайла, зависящую от выбранной 
последовательности и временного обозначения 
изображения.
5.9.13.2.6 Раздел Dimensions
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АП 
(Показать все).
Параметр
Use Full Set of 
Dimensions 
(Использовать 
полный набор 
измерений)
Define Subset 
(Определить 
поднабор)
Описание
Выберите, если необходимо экспортировать все 
измерения без внесения изменений.
Выберите, если требуется экспортировать только 
отдельные измерения или поднаборы отдельных 
измерений.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке 193


--- стр. 339 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
1 Примечание
Каждый раздел, описанный ниже, отображается только в том случае, если 
входное изображение имеет соответствующее измерение.
Параметр 
Channels (Каналы)
Z-Position, Time,
Block(Позиция по
оси Z, Время, Блок)
-  Extract АП 
(Извлечь все)
-  Extract Single 
(Извлечь 
отдельное 
изображение)
-  Extract Range 
(Извлечь 
диапазон)
-  Extract Multiple 
(Извлечь 
множество)
Get current 
position (Получить 
текущую позицию)
Interval
(Интервал)
Region (Область)
Описание
Здесь можно выбрать используемые каналы 
входного изображения. По умолчанию выбраны 
все каналы. Для отмены выбора канала нажмите 
на кнопку соответствующего канала.
Здесь можно выбрать части входного 
изображения, используемые для получения 
результирующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь все части 
соответствующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь отдельное 
изображение.
Этот параметр позволяет извлечь определенный 
диапазон изображений.
Этого параметр позволяет выбрать несколько 
непрерывных диапазонов и отдельных срезов.
Введите в поле ввода один или несколько срезов, 
которые необходимо выбрать. Для этого введите 
первый срез, за которым следует знак «минус», и 
затем последний срез. Если вы желаете 
определить интервал, то после последнего среза 
поставьте двоеточие и затем укажите интервал. 
Запись «2-10:2» означает, что от среза 2 до среза 
10 выбран каждый второй срез.
Если требуется указать еще один срез, после 
первого среза поставьте запятую. Также можно 
выбирать отдельные срезы, разделяя их 
запятыми. Запись «2-10:2,14-18,20,23» означает, 
что выбран каждый второй срез, со среза 2 по 
срез 10, за которыми следуют срезы с 14 по 18, а 
также срезы 20 и 23.
Заимствует позицию с текущего дисплея в 
области изображения.
Флажок установлен: включен режим интервалов. 
Отобразится счетчик/поле ввода интервала.
Введите желаемый интервал. Например, при 
значении «2» учитывается только каждое второе 
значение диапазона.
Здесь можно указать, необходимо использовать 
целое изображение или только область (область 
интереса) входного изображения.
194 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 340 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Full (Целое 
изображение)
-  Rectangle region 
(ROI)
(Прямоугольная
область)
Keep tiles
(Удерживать
мозаики)
Описание
При выборе этой опции для создания нового 
изображения используется целое изображение.
Выбрав эту опцию, можно нарисовать 
прямоугольную область интереса, используемую 
для создания нового изображения.
После выделения прямоугольной области можно 
просматривать и изменять ее координаты, 
редактируя поля ввода X/Y/W/H.
Оказывает влияние, только если выделена 
область интереса (ROI).
Извлекает выделенную область вместе с 
цельными мозаиками. Эту настройку 
рекомендуется выбирать, если необходимо 
применить вычислительные функции 
деконволюции на результирующем изображении.
5.9.13.2.7 Раздел Export to...  
Параметр
Export to (Экспорт в)
Описание
Путь к папке экспорта отображается 
автоматически в поле отображения.
Для изменения пути к файлу нажмите кнопку 
справа от поля отображения.
Параметр 
Prefix (Префикс)
Описание
Здесь можно отредактировать заданный префикс 
или ввести новое имя. Имя исходного 
изображения указывается по умолчанию.
5.9.13.3 Раздел ОМЕ TIFF Export
С помощью функции ОМЕ TIFF Export (Экспорт в ОМЕ TIFF) можно 
экспортировать изображения в формате ОМЕ TIFF (для загрузки в 
Открытую микроскопную среду, от англ. Open Microscopy Environment) для 
последующего использования изображений в других программах. После 
этого изображения будут доступны в виде многостраничного TIFF-файла.
5.9.13.3.1 Раздел Image Format
Параметр Описание
Resize (Изменение Настройка размера изображения (в процентах)
размера) производится с помощью ползунка или
счетчика/поля ввода.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
BigTIFF Флажок установлен: создает изображение в
формате BigTIFF, размер которого может 
превышать 4 Гб, и использует 64-битный сдвиг.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 195


--- стр. 341 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр 
Compress (Сжатие)
Use Tiles
(Использование
мозаик)
Shift Pixel (Сдвиг 
пикселей)
Merge АН Scenes 
(Объединение всех 
сцен)
Описание
Флажок установлен: выполняет внутреннее 
сжатие TIFF-файла.
Флажок установлен: выполняет внутреннее 
разбиение изображения на мозаики.
Обратите внимание, что эта опция 
рекомендуется для изображений больших 
размеров, поскольку некоторые программы 
считывания TIFF-изображений не 
поддерживают большие изображения.
Флажок установлен: сдвигает значение 
серого тона 10-битного или 12-битного 
изображения до 16-битного.
Флажок установлен: генерирует одно 
изображение, включающее все сцены. Если 
флажок убран, генерирует изображения с 
отдельными сценами.
5.9.13.3.2 Раздел Image Data
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АП 
(Показать все).
Параметр
Original Data (Исходные 
данные)
Apply Display Curve and 
Channel Color 
(Применить кривую 
отображения и цвет 
канала)
Burn In Graphics 
(Запись графических 
элементов)
Описание
Флажок установлен: экспортирует 
изображение с исходными цветами каналов и 
исходной кривой характеристик отображения.
Флажок установлен: экспортирует 
изображение с измененными настройками 
цвета канала и кривой характеристик 
отображения. Эти настройки применяются к 
значениям пикселей экспортируемых 
изображений. Они исключительно важны, если 
необходимо использовать темные 
изображения с динамическим диапазоном 
более 8 бит в других программах.
Флажок установлен: производится запись 
графических элементов на изображение. При 
этом пиксели под графическим элементом 
(например, масштабные линейки) 
перезаписываются. Записанные графические 
элементы изменить нельзя.
5.9.13.3.3 Раздел Dimensions
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АП 
(Показать все).
Параметр
Use Full Set of 
Dimensions
(Использовать полный 
набор измерений)
Define Subset 
(Определить поднабор)
Описание
Выберите, если необходимо экспортировать 
все измерения без внесения изменений.
Выберите, если требуется экспортировать 
только отдельные измерения или поднаборы 
отдельных измерений.
196 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 342 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
1 Примечание
Каждый раздел, описанный ниже, отображается только в том случае, если 
входное изображение имеет соответствующее измерение.
Параметр 
Channels (Каналы)
Z-Position, Time,
Block(Позиция по
оси Z, Время, Блок)
-  Extract АН 
(Извлечь все)
-  Extract Single 
(Извлечь 
отдельное 
изображение)
-  Extract Range 
(Извлечь 
диапазон)
- Extract Multiple 
(Извлечь 
множество)
Get current 
position (Получить 
текущую позицию)
Interval
(Интервал)
Region (Область)
Описание
Здесь можно выбрать используемые каналы 
входного изображения. По умолчанию выбраны 
все каналы. Для отмены выбора канала нажмите 
на кнопку соответствующего канала.
Здесь можно выбрать части входного 
изображения, используемые для получения 
результирующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь все части 
соответствующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь отдельное 
изображение.
Этот параметр позволяет извлечь определенный 
диапазон изображений.
Этого параметр позволяет выбрать несколько 
непрерывных диапазонов и отдельных срезов.
Введите в поле ввода один или несколько срезов, 
которые необходимо выбрать. Для этого введите 
первый срез, за которым следует знак «минус», и 
затем последний срез. Если вы желаете 
определить интервал, то после последнего среза 
поставьте двоеточие и затем укажите интервал. 
Запись «2-10:2» означает, что от среза 2 до среза 
10 выбран каждый второй срез.
Если требуется указать еще один срез, после 
первого среза поставьте запятую. Также можно 
выбирать отдельные срезы, разделяя их 
запятыми. Запись «2-10:2,14-18,20,23» означает, 
что выбран каждый второй срез, со среза 2 по 
срез 10, за которыми следуют срезы с 14 по 18, а 
также срезы 20 и 23.
Заимствует позицию с текущего дисплея в 
области изображения.
Флажок установлен: включен режим интервалов. 
Отобразится счетчик/поле ввода интервала.
Введите желаемый интервал. Например, при 
значении «2» учитывается только каждое второе 
значение диапазона.
Здесь можно указать, необходимо использовать 
целое изображение или только область (область 
интереса) входного изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 197


--- стр. 343 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Full (Целое 
изображение)
Rectangle region 
(ROI)
(Прямоугольная
область)
-  Keep tiles 
(Удерживать 
мозаики)
Описание
При выборе этой опции для создания нового 
изображения используется целое изображение.
Выбрав эту опцию, можно нарисовать 
прямоугольную область интереса, используемую 
для создания нового изображения.
После выделения прямоугольной области можно 
просматривать и изменять ее координаты, 
редактируя поля ввода X/Y/W/H.
Оказывает влияние, только если выделена 
область интереса (ROI).
Флажок установлен: извлекает выделенную 
область вместе с цельными мозаиками. Эту 
настройку рекомендуется выбирать, если 
необходимо применить вычислительные функции 
деконволюции на результирующем изображении.
5.9.13.3.4 Раздел Export to...  
Параметр
Export to (Экспорт в)
Описание
Путь к папке экспорта отображается 
автоматически в поле отображения.
Для изменения пути к файлу нажмите кнопку 
справа от поля отображения.
Параметр 
Prefix (Префикс)
Описание
Здесь можно отредактировать заданный префикс 
или ввести новое имя. Имя исходного 
изображения указывается по умолчанию.
5.9.13.4 Экспорт в ZVI-формат
С помощью функции ZVI Export (Экспорт в ZVI-формат) можно 
экспортировать изображения в ZVI-формат для последующего 
использования в ПО AxioVision.
5.9.13.4.1 Раздел Export to...  
Параметр
Export to (Экспорт в)
Описание
Путь к папке экспорта отображается 
автоматически в поле отображения.
Для изменения пути к файлу нажмите кнопку 
справа от поля отображения.
198 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 344 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр 
Prefix (Префикс)
Описание
Здесь можно отредактировать заданный префикс 
или ввести новое имя. Имя исходного 
изображения указывается по умолчанию.
5.9.13.5 Импорт изображения
С помощью функции Image Import (Импорт изображения) можно 
создавать многомерные изображения (многоканальные, серии срезов по 
оси Z, покадровой съемки, мозаичные, позиционные изображения) из 
отдельных изображений. Отдельные изображения могут иметь любой из 
внешних форматов, поддерживаемых ZEN (см. ниже). Результирующее 
изображение можно затем сохранить в формате CZI и далее обработать, 
используя функции, доступные в ZEN.
Поддерживаемые типы файлов:
■ JPG.
■ BMP.
■ TIFF.
■ PNG.
■ GIF.
■ Изображения DeltaVision.
■ Изображения MetaFluor.
■ Многостраничные изображения.
Параметры
Параметр
Multichannel
(Многоканальные)
Use Channel 
Name as Identifier 
(Использовать 
имя канала как 
идентификатор)
Z-Stack (Серия 
срезов по оси Z)
Описание
Флажок установлен: активирует настройки для 
импорта многоканальных изображений.
Отрегулируйте настройки импорта 
многоканальных изображений (см. список ниже).
Флажок установлен: использует имя, указанное в 
столбце Name (Имя), для идентификации канала. 
Имя канала появится в поле предварительного 
просмотра в разделе Specify the Identifiers 
(Определение идентификаторов).
Флажок убран: активирует столбцы Identifier 
(Идентификатор), Start Index (Начальный 
индекс) и Interval (Интервал) в разделе Specify 
the Identifiers (Определение идентификаторов).
Флажок установлен: активирует настройки 
импорта изображений серии срезов по оси Z.
Отрегулируйте настройки импорта изображений 
серии срезов по оси Z (см. список ниже).
Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 199


--- стр. 345 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Interval 
(Интервал)
-  Slices (Срезы)
-  Range (Диапазон)
Extended
Microscope
Parameters
(Дополнительные
параметры
микроскопа)
Временные серии
-  Interval 
(Интервал)
Cycles (Циклы)
-  Duration
(Продолжительно
сть)
Tiles (Мозаики)
-  Columns 
(Столбцы)
Описание
Здесь вводится расстояние (в мкм) между 
отдельными срезами. Из этого значения и числа 
срезов автоматически вычисляется общая высота 
серии срезов по оси Z.
Здесь вводится число срезов в серии срезов по 
оси Z.
Здесь вводится общая высота (диапазон) серии 
срезов по оси Z (в мкм).
Из этой величины и числа срезов автоматически 
вычисляется расстояние между отдельными 
сериями срезов по оси Z и отображается в поле 
Interval (Интервал).
Активирует дополнительные параметры, 
необходимые для последующей обработки 
импортированного изображения (например, для 
деконволюции):
■ Magnification (Увеличение):
Здесь выбирается увеличение объектива, 
которое использовалось для получения 
изображения.
■ Aperture (Апертура):
Здесь вводится значение числовой апертуры 
объектива, которая использовалась для 
получения изображения.
■ Immersion (Иммерсионная среда):
Здесь выбирается иммерсионная среда, 
которая использовалась для получения 
изображения.
Флажок установлен: активирует настройки 
импорта изображений временной серии.
Здесь вводится величина интервала между 
отдельными временными точками. Выберите 
единицы времени из выпадающего списка справа 
от поля ввода.
Здесь вводятся настройки циклов временной 
серии. В зависимости от выбранного параметра 
введенное значение влияет на 
продолжительность/интервал.
Здесь можно задать продолжительность всей 
временной серии. Выберите единицы времени из 
выпадающего списка справа от поля ввода. Число 
временных точек указывается в поле ввода Time 
Points (Временные точки).
Флажок установлен: активирует настройки для 
импорта мозаичных изображений.
Здесь вводится число столбцов мозаичного 
изображения.
200 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 346 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
-  Overlap 
(Перекрытие)
-  Rows (Ряды)
-  Meander (Меандр)
-  Comb (Гребень)
Positions (Позиции) 
Scalings
(Масштабирование)
- Use Current 
Scaling
(Использовать
текущее
масштабирование
Описание
Здесь вводится процентное значение перекрытия 
мозаик.
Здесь вводится число рядов мозаичного 
изображения.
Выберите эту опцию, если импортируемые 
изображения были получены в режиме 
получения/распространения меандра.
Выберите эту опцию, если импортируемые 
изображения были получены в режиме 
получения/распространения гребня.
Флажок установлен: активирует настройки 
импорта изображений отдельных позиций.
Чтобы развернуть этот раздел, нажмите кнопку в
виде стрелки
Использует выбранное геометрическое 
масштабирование и отображает в 
соответствующем поле значения Scale (X) (Шкала 
(X)) и Scale (Y) (Шкала (Y)) в используемых 
единицах измерения.
-  Define scaling 
(Определить 
масштабирование
)
Automatic
(Автоматически)
-  Import From 
(Импортировать 
из)
Sequential
(Последовательный)
-  Import From 
(Импортировать 
из)
Введите необходимые значения в поле ввода 
Scale (X) (Шкала (X)) и счетчике/поле ввода 
Scale (Y) (Шкала (Y)). В выпадающем списке 
справа от каждого поля ввода выберите единицы 
масштабирования.
При выборе этого параметра выполняется 
автоматический импорт всех изображений в папке 
импорта.
Здесь выбирается папка импорта.
Specify the Identifiers
(Определить
идентификаторы)
Для выбора папки нажмите кнопку m LJm справа 
от поля отображения. Имена изображений 
отображаются в списке File Name (Имя файла) 
под полем отображения.
При выборе этого параметра последовательность 
изображений импортируется в определенном 
порядке (например, измерения изображения, 
закодированные с помощью чисел в имени 
изображения).
Здесь можно импортировать изображения в 
соответствии со списком файлов (File List) или 
многостраничным изображением (Multi page 
image).
Нажмите кнопку H L S  справа от поля 
отображения. Имена изображений отображаются 
в списке File Name (Имя файла) под полем 
отображения.
Здесь можно ввести и проверить все настройки, 
необходимые для идентификации изображений.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 201


--- стр. 347 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.14 Анализ изображений
В группе Image Analysis (Анализ изображений) доступны четыре варианта 
анализа изображений в одиночном и пакетном режимах. Данные 
измерений могут быть включены в изображение или сохранены в списке 
данных *csv.
Processing
Fu'Kticii:
Metfiod
Recently used
Analyze Batch 
Anal^e ' ”
Analyze to File 
Analyze Batch to File 
White Balance
►  Binary 
k e  Utilities
►  e  Export/Import 
U Image Analysis
Analyzi^
Analyze to File 
Analyze Batch 
Analyze Batch to File
Method Parameters
Parametere
Imaae Paiameters
•У Show A ll
Анализ
Функция Analyze (Анализ) применима только к одному изображению: его 
следует выбрать в инструменте Input (Входное изображение). Данные 
измерений включаются в изображение.
202 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1,0 на русском языке


--- стр. 348 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Анализ в файл
Функция Analyze (Анализ) применима только к одному изображению: его 
следует выбрать в инструменте Input (Входное изображение). Данные 
измерений сохраняются в списке данных *csv и не включаются в 
изображение.
Поддерживаются следующие типы файлов:
■ CZI.
Параметр
Data Folder (Папка 
данных)
Base Name 
(Основное имя)
Описание
Папка, в которой сохраняются списки данных *csv. 
Имя списка данных.
Пакетный анализ
Функция Analyze Batch (Пакетный анализ) позволяет выполнять анализ 
всех изображений, сохраненных в папке.
•
1 Примечание
Функция Analyze Batch (Пакетный анализ) может применяться только к 
изображениям типа *czi.
Данные измерений включаются в каждое исходное изображение.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 203


--- стр. 349 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
r  ''P»ametef5'
d ♦  Root 
4 Oasscsl
C\OADVOutpu^CZI Images
Параметр
Image Folder (Папка c 
изображениями)
Описание
Папка с изображениями *czi, подлежащими 
измерению.
Пакетный анализ в файл
Функция Analyze Batch to File (Пакетный анализ в файл) позволяет 
анализировать все изображения в папке. Данные измерений сохраняются 
в списке данных *csv и не включаются в изображение.
Поддерживаются следующие типы файлов:
■ CZI.
■ ZVI.
■ BMP.
■ TIF.
■ JPG.
' №rameters
л ♦  Root 
j  O asscsl
C;\OA0\lnpuftZV! !inages\Round' 
0\QftD\Output I
204 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке


--- стр. 350 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Image Folder (Папка с 
изображениями)
Data Folder (Папка 
данных)
Base Name 
(Основное имя)
Append Data 
(Добавление 
данных)
Описание
Папка с изображениями, подлежащими 
измерению.
Папка, в которой сохраняются списки данных *csv.
Имя списка данных.
Флажок установлен; для каждого класса 
сохраняется сборный список данных *csv, 
содержащий данные измерений всех 
изображений.
Флажок убран: для каждого изображения 
сохраняется один список данных на класс.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 205


--- стр. 351 ---
6 Анализ изображений
изображении ___
6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
6 Анализ изображений
6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в  
многоканальном изображении
Этот раздел содержит инструкции по настройке программы измерений с 
помощью мастера анализа изображений (Image Analysis Wizard). После 
чего программа может быть использована для измерения интенсивности 
флуоресценции в многоканальном изображении.
В качестве примера используем многоканальное изображение с двумя 
каналами (1-й канал — синий, DAPI / 2-й канал — красный, mRFPI) 
меченых флуоресцентным красителем клеток. Сначала определим 
меченые синим ядра клеток в первом канале. Затем измерим 
интенсивность флуоресценции обоих каналов этого канала.
Настройка программы измерений с помощью мастера анализа 
изображений
Необходимые предварительные условия ■ Открыто многоканальное изображение.
■ Выбрана вкладка Analysis (Анализ).
Порядок действий 1 Откройте инструмент Image Analysis (Анализ изображений).
д  Image Analysis
Select а program  or create a new one.
Л ^  Root
Classesl
Classl AFexa Floor 488
Setup Im age Analysis
Analyze Interactive
Analyze
Откройте меню Options (Опции).
206 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 352 ---
3 Нажмите на строку New (Новый) и введите имя вашей программы 
измерений.
6 Анализ изображений | 6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
изображении_______________________________________________________________________
Порядок действий
4 Для сохранения программы нажмите кнопку Ш УЯ  Save 
(Сохранить).
5 Нажмите кнопку Setup luiage Analysis (Настроить анализ 
изображения).
Откроется Мастер анализа изображения (Image Analysis Wizard). В левой
части экрана будут отображаться настройки семи этапов процесса
конфигурации.
Шаг 1. Classes (Классы)
1 Выберите из списка Classi (Класс 1) и введите DAPI Individual 
Nuclei (Окрашивание отдельных ядер DAPI) в поле ввода Name 
(Имя).
2 Выберите из списка Classes 1 (Классы 1) и введите DAPI All Nuclei 
(Окрашивание всех ядер DAPI) в поле ввода Name (Имя).
1 Classes
Root
4i DAPI All Nuclei 
■  DAPI Individual Ni DAPI
f Add Class 'ц' Pemove Class
Name I DAPI Individual Nuclei
Channel DAPI
1 .
Color
Порядок действий
3 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 2. Measurement frame (Измерение фрейма)
1 Снимите флажок Interactive (Интерактивно).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 207


--- стр. 353 ---
6 Анализ изображений | 6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
изображении ___________________________________________________________________
Порядок действий
Шаг 3. Automatic segmentation (Автоматическая сегментация)
1 Выберите в списке строку DAPI Individual Nuclei (Окрашивание 
отдельных ядер DAPI).
2 В разделе Threshold (Пороговое значение) установите значение 
параметра Tolerance (Отклонение) на 1%.
3 Нажмите на меченые синим ядра клеток на изображении.
Обнаруженные ядра окрасятся в синий цвет. Пороговые значения 
отображаются в разделе Threshold (Порог) в полях ввода Lower 
(Нижний) / Upper (Верхний).
4
5
Нажимайте на области меченых синим клеточных ядер, которые не 
были обнаружены, до их полного окрашивания в синий цвет.
Установите флажок Fill (Заполнение).
Все отверстия обнаруженных клеточных ядер будут заполнены.
В выпадающем списке раздела Separate (Разделить) выберите 
Watersheds (Водоразделы) и задайте значение «3».
208 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 354 ---
6 Анализ изображений | 6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
изображении
Между клеточными ядрами теперь отображаются четкие 
разделительные линии.
Порядок действий
Порядок действий
Порядок действий
7 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 4. Condition (Условие)
1 Снимите флажок Execute (Выполнить).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 5. Interactive segmentation (Интерактивная сегментация)
1 Снимите флажок Interactive (Интерактивно).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 6. Measurement features (Свойства измерения)
1 Выберите в списке строку DAPI Individual Nuclei (Окрашивание 
отдельных ядер DAPI).
2 В разделе Region Features (Свойства области) нажмите кнопку Edit 
(Редактировать).
Откроется диалоговое окно Feature Selection (Выбор свойств).
3 Последовательно дважды щелкните по Mean Value (Средняя 
величина), Intensity Mean Value of channel 'DAPI' (Средняя 
величина интенсивности канала 'DAPI') и Intensity Mean Value of 
channel 'mRFPI' (Средняя величина интенсивности канала 
'mRFPI').
Свойства отобразятся в списке Selected Features (Выбранные 
свойства) слева.
4 Удалите из списка ненужные свойства (например, Area (Площадь), 
Perimeter (Периметр)). Выберите свойство и нажмите на кнопку
Delete (Удалить).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 209


--- стр. 360 ---
6 Анализ изображений | 6.2 Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра
4 Нажмите на синюю иконку канала в разделе Channel (Канал).
^ ^  Root 
л Nudei
IndMdiial
Add Class Remove Class
Individud Nudeus
Порядок действий
Вы настроили классовую пару для ядер.
1 Нажмите кнопку Add Class (Добавить класс).
2 Выберите из списка ClassesS и введите Signals (Сигналы) в поле 
ввода Name (Имя).
3 В выпадающем списке раздела Color (Цвет) выберите зеленый цвет.
4 Выберите в списке строку Class3 и введите Individual Signal 
(Отдельный сигнал) в поле ввода Name (Имя).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 215


--- стр. 361 ---
5 Нажмите на зеленую иконку канала в разделе Channel (Канал).
6 Анализ изображений | 6.2 Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра___________
Image Analysis Wizard
I Ч„.К =  ?''
^  / t .  Root
Л Nudei
A Individual NudeuE DAPI
"л Ф Sgiials '-t -
H  Incfividual Si^piai GFP
Add dass Remove Class
Signals
Порядок действий 
Порядок действий
Порядок действий
Вы настроили классовую пару (дочерний класс) для сигналов внутри 
класса Individual Nucleus (Отдельное ядро) (родительский класс).
1 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 2. Measurement frame (Измерение фрейма)
1 Снимите флажок Interactive (Интерактивно).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 3. Automatic segmentation (Автоматическая сегментация)
1 Выберите в списке строку Individual Nucleus (Отдельное ядро).
Под списком отобразятся параметры сегментации (Smooth 
(Сглаживание), Sharpen (Усиление резкости), Minimum Area 
(Минимальная площадь) и т. д.).
2 В выпадающем списка раздела Smooth (Сглаживание) выберите 
опцию Gauss (По Гауссу) и установите параметр Sigma (Сигма) 
на 1.5.
3 Нажмите на меченые синим ядра клеток на изображении.
216 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 362 ---
6 Анализ изображений | 6.2 Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра
Обнаруженные ядра окрасятся в синий цвет. Пороговые значения 
отображаются в разделе Threshold (Порог) в полях ввода Lower 
(Нижний) / Upper (Верхний).
4 Нажимайте на области меченых синим клеточных ядер, которые не 
были обнаружены, до их полного окрашивания в синий цвет,
5 В выпадающем списке раздела Separate (Разделить) выберите 
строку Watersheds (Водоразделы) и задайте значение «17».
Между клеточными ядрами теперь отображаются четкие  
разделительные линии.
6 Выберите в списке строку Individual Signal (Отдельный сигнал).
Под списком отобразятся параметры сегментации (Smooth 
(Сглаживание), Image Sharpness (Резкость изображения). Minimum 
Area (Минимальная площадь) и т. д.).
7 В выпадающем списка раздела Smooth (Сглаживание) выберите 
опцию Gauss (По Гауссу) и установите параметр Sigma (Сигма) 
на 1.5.
8 Нажмите на меченые зеленым сигналы на изображении.
Обнаруженные сигналы окрасятся в зеленый цвет. Пороговые 
значения отображаются в разделе Threshold (Порог) в полях ввода 
Lower (Нижний) / Upper (Верхний).
9 Нажимайте на области зеленых сигналов, которые не были 
обнаружены, до их полного окращивания в зеленый цвет.
10 Установите флажок Fill (Заполнение).
11 Все отверстия обнаруженных сигналов будут заполнены.
12 В выпадающем списке раздела Separate (Разделить) выберите 
строку Watersheds (Водоразделы) и задайте значение «17».
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 217


--- стр. 363 ---
Между сигналами теперь отображаются четкие разделительные линии.
6 Анализ изображений | 6.2 Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра_____________
.« V *
Порядок действий
Порядок действий
Порядок действий
13 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 4. Condition (Условие)
1 Снимите флажок Execute (Выполнить).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 5. Interactive segmentation (Интерактивная сегментация)
1 Снимите флажок Interactive (Интерактивно).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг б. Measurement features (Свойства измерения)
1 Выберите в списке строку Nuclei (Ядра).
2 В разделе Region Features (Свойства области) нажмите на кнопку 
Edit (Редактировать).
Откроется диалоговое окно Feature Selection (Выбор свойств).
3 Дважды кликните на идентификационный номер (ID) в списке справа.
Свойства отобразятся в списке Selected Features (Выбранные 
свойства) слева.
4 Удалите из списка ненужные свойства. Выберите свойство и 
нажмите на кнопку B lie  Delete (Удалить).
218 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 371 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.1 Последовательность операций экспорта/импорта
7 Импорт/экспорт изображений
7.1 Последовательность операций экспорта/импорта
в примере описывается последовательность операций экспорта 
изображений (Image Export). Обычная последовательность операций 
одинакова как для экспорта, так и для импорта изображений.
Необходимые предварительные условия ■
изображений).
Порядок действий 1 Выберите метод
Выбрана вкладка Processing (Обработка
В инструменте Method (Метод) откройте группу Export/Import 
(Экспорт/Импорт) и выберите метод Image Export (Экспорт 
изображений).
Processing
Functicn:
Method
Recently used
Impose Noise 
Calculate Histogram
Ё1 Utilities 
Л f it  Export'lmport 
Image Export 
Movie Export 
OME TIFF-Export 
ZVI Export 
Image Import 
^ Image Analysis
226 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 372 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.1 Последовательность операций экспорта/импорта
Задайте параметры метода.
В меню Method Parameters | Parameters (Параметры метода | 
Параметры) задайте необходимые настройки экспорта, например 
тип файла, качество, папка экспорта и т. д.
Lcc:;te Processing
Function: Image E.-ipcrt
Method
Method Paraneiers 
Parameters
l ilrt p =  JPEG File Interchange Format (JPEG) ▼  
Jn. 95 :
100% :
0\Users\M18MUCPK7\Pictures
■O
Defaults
3 Выберите изображение для экспорта
В меню Image Parameters | Input (Параметры изображения | Входное 
изображение) выберите изображение, которое необходимо 
экспортировать. Для этого нажмите на небольшое изображение для 
предварительного просмотра в инструменте Input (Входное изображение). 
Будет доступен предварительный просмотр всех открытых изображений. 
Выберите нужное изображение, нажав на него. Это необходимо, только 
если открыто несколько изображений
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 227


--- стр. 373 ---
одновременно. По умолчанию выбранное изображение всегда 
используется в качестве входного.
7 Импорт/экспорт изображений | 7.1 Последовательность операций экспорта/импорта
4 Экспортируйте изображение
В верхней части вкладки Processing (Обработка изображений) 
нажмите кнопку Apply (Применить).
Вы успешно экспортировали выбранное изображение.
228 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 374 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.2 Экспорт изображений
7.2 Экспорт изображений
с помощью функции Quick Export (Быстрый экспорт) изображения можно 
автоматически экспортировать одним щелчком мыши, без настройки 
параметров метода.
Необходимые предварительные условия 
Порядок действий
Получено или открыто изображение.
1 В правой области инструментов в нижней части окна Images and 
Documents (Изображения и документы) нажмите на кнопку Quick 
Export (Быстрый экспорт).
Images and Documents
CKST.tch.czi
C □
389,9в MB/390,79 MB
. ,r.- . ■  . 3ChSD Tile.czr
c □
424,85 MB / 427,06 MB Au  
if ,, BrineShrimp.c ★  it
$ c □
95,94 MB / 96,28 MB  
Arabi..,ane.czi
138,53 MB / 138,61 MB
Ы T t  ж
Или же в меню File | Export/Import (Файл 
на Quick Export (Быстрый экспорт).
Экспорт/Импорт) нажмите
Выбранное изображение будет автоматически экспортировано со 
стандартными настройками метода Image Export (Экспорт изображений) 
(JPEG, качество: 95%, размер: 100%), Изображение находится в одной из 
подпапок папки изображений Windows (.../User/Му Pictures).
•
1 Примечание
Тип и источник риска
Если изображение покадровой съемки экспортируется с помощью функции 
Quick Export (Быстрый экспорт), то автоматически создается видеофайл с 
использованием настроек по умолчанию метода Movie Export (Экспорт 
видеофайлов).
7.3 Экспорт видеофайлов
с помощью функции Quick Export (Быстрый экспорт) видеофайлы можно 
автоматически экспортировать одним щелчком мыши, без настройки 
параметров метода.
Необходимые предварительные условия ■ Получено или открыто изображение
временной серии или изображение серии срезов по оси Z.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке 229


--- стр. 375 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.4 Экспорт многоканальных изображений
Порядок действий 1 В правой области инструментов в нижней части окна Images and 
Documents (Изображения и документы) нажмите на кнопку Quick 
Export (Быстрый экспорт).
Ъ Images and Documents
С □
389,98 MB/390,79 MB
.. 3ChSD Tile.CEt'
■  C <* □
424,85 MB / 427,06 MB 
^  ^  BrineShrimp.c; ★  *
$ C □i-,# h ' *  -
95,94 MB / 9§,28 MB
Arabi...ane.czi
138,53 MB / 138,61 MB
W TP* *
Или же в меню File | Export/lmport (Файл 
на Quick Export (Быстрый экспорт).
Экспорт/Импорт) нажмите
Выбранный эксперимент будет автоматически экспортирован со 
стандартными настройками метода Movie Export (Экспорт видеофайлов) 
(AVI, исходный размер). Видеофайл можно находится в одной из подпапок 
папки изображений Windows (.../User/Му Videos).
7.4 Экспорт многоканальных изображений
в этом разделе вы научитесь экспортировать отдельные изображения из 
многоканального изображения с тремя каналами и автоматически 
сохранять их в ZIP-архиве. Вы также узнаете, как экспортировать целое 
многоканальное изображение (псевдоцветное изображение) в виде 
отдельного изображения.
Необходимые предварительные условия
изображение.
Получено или открыто многоканальное
Порядок действий 1 Во вкладке Processing (Обработка изображений) откройте 
параметры Image Export (Экспорт изображений) (Ctrl+6  или в меню 
File I Export/lmport | Export (Файл | Экспорт/Импорт | Экспорт)).
230 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 376 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.4 Экспорт многоканальных изображений
На экране отобразятся настройки по умолчанию параметров 
экспорта изображения. Убедитесь, что активирован режим Show All 
(Показать все).
/Т* ^
.... Processing
Function; Image E.xpc.'t
Method
" IVethod Parameters 
Parameters
▼  ▼
JPEG File Interchange Format (JPEG)
Original Data
У  Apply Display Curve and Channel Color 
</ Burn-in Graphics 
«/ Merged Channels Image 
I Individual Channels Image 
Use channel names
• Use Full Set of Dimensions 
Define Subset
C:\Users\M18MUCPKAPictures
Create folder 
Generate xml file 
v/ Generate zip file
BrineShrimp
•o
Defaults
Установите флажок Individual Channels Image (Изображение c 
отдельными каналами).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 231


--- стр. 377 ---
Изображение будет экспортировано из каждого канала. Флажок 
Multichannel Image (Многоканальное изображение) установлен по 
умолчанию. Это означает, что псевдоцветное изображение 
(изображение со смешанными цветами из всех каналов) будет 
экспортировано в виде отдельного изображения.
7 Импорт/экспорт изображений | 7.4 Экспорт многоканальных изображений________________
Parameters ✓  ShoxrA»
- #
JPEG File Interchange Format (JPEG)
Original Data
✓  Apply Display Curve and Channel Color 
>/ Burn-in Graphics
% / М р г п рН ГНлппрк Imanp  
V  Individual Channels Image 
j Use ctiannel names
• Use Full Set of Dimensions 
Define Subset
‘ C:\Users\M18MUCPICAPictures
' / Create folder 
Generate xml file 
Generate zip file
BrineShrimp
Defaults
Установите (флажок Generate zip file (Создать zip-4)aiin) под строкой 
Export to (Экспортировать в). Установите флажок Create folder 
(Создать папку) для создания подпапки с префиксом в имени.
232 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке


--- стр. 378 ---
ZIP-архив сохранится в подпапке.
7 Импорт/экспорт изображений | 7.5 Импорт изображений серии срезов по оси Z
Parameters ✓  Show А* 
▼ ^  ^
JPEG File I n te rc h a n g e  F o rm a t (JPEG)
95 :
100% ;
O riginal D ata
V' A p p ly  D isplay C un^e a n d  C h a n n e l C o lo r 
« / B urn-in G raphics
M e rg e d  C h a n n e ls I m a g e  
V  Individual C h a n n e ls I m a g e  
„  U se c h a n n e l n a m e s
•  U se Full Set o f D im e n sio n s 
D efine S u b se t
h • f:c i  tc C :\U ser5 \M 1 8 M U C P K 7 \P ictu res 
✓  C reate fo ld er
Hffnpr.atii vml fifA
>/ G en erate zip file 
-' • *  B rineS hrim p
Defaults
Нажмите кнопку Apply (Применить) в верхней части вкладки 
Processing (Обработка изображений).
Вы успешно экспортировали изображения отдельных каналов и 
псевдоцветное изображение вашего многоканального изображения и 
автоматически сохранили их в ZIP-формате. ZIP-архив с 4 изображениями 
находится в указанной папке экспорта.
7.5 Импорт изображений серии срезов по оси Z
Необходимые предварительные условия ■ Отдельные изображения серии срезов по оси
Z сохранены в папке на вашем компьютере. Изображениям были 
систематически присвоены имена, например: lmage_Z0, lmage_Z01 
и т. д.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 233


--- стр. 379 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.5 Импорт изображений серии срезов по оси Z
Порядок действий Во вкладке Processing (Обработка изображений) откройте 
параметры Image Import (Импорт изображений) (или в меню File | 
Exportyimport I Import (Файл | Экспорт/Импорт | Импорт)).
На экране отобразятся настройки по умолчанию параметров 
импорта изображения.
Установите флажок Z-stack (Серия срезов по оси Z). Отключите все 
остальные измерения.
Processing
Function: Imago import
Method
Vethod »^агапетег5 
Parameters
Multichannel
У Z-Stack
0,02 pm
Time Series
Positions 
О Scalings
n
Defaults
Введите интервал для серии срезов по оси Z. Число плоскостей 
устанавливается автоматически, если изображениям были 
систематически присвоены имена.
234 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 380 ---
4 В разделе Import from (Импорт из) выберите папку, в которой 
размещаются отдельные изображения серии срезов по оси Z.
7 Импорт/экспорт изображений | 7.5 Импорт изображений серии срезов по оси Z
^  ! А
Processing !
Function; Image Import
Method
Method Parameters
’^Parameters
J Multichannel
^  Z-Stack
lie: 0,02 pm t
Time Series
, ! Positions 
О Scalings
•o
D efaults
Automatic
C:\Users\M18MUCPK7\Pictures\Z-Stack\ »
File Name 
Z-Stack_z01.jpg 
Z-Stack_z02.jpg 
Z-Stack_z03.jpg 
Z-Stack_z04.jpg 
Z-Stack_z05.jpg 
Z-Stack_z06.jpg 
Z-Stack_z07.jpg 
Z-Stack_z08.jpg 
Z-Stack_z09.jpg 
Z-Stack_zl0.jpg
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 235


--- стр. 383 ---
8 Обратная связь по эксперименту | 8.1 Введение
8 Обратная связь по эксперименту
8.1 Введение
Функция «Обратная связь по эксперименту» (условному или 
настраиваемому эксперименту) ПО ZEN позволяет определять 
специальные правила и действия, которые должны выполняться во время 
проведения эксперимента. Например, изменение хода выполнения 
эксперимента в зависимости от текущего состояния системы или природы  
полученных данных во время выполнения эксперимента. Более того, 
возможна интеграция определенных задач, таких как запись данных или 
запуск внешнего приложения непосредственно в эксперимент 
визуализации. В основном но не только, подобный эксперимент сочетает в 
себе выбор изображения с автоматическим анализом изображений в 
режиме онлайн.
Эксперименты с обратной связью можно настраивать и контролировать с 
помощью инструмента Experiment Feedback (Обратная связь по 
эксперименту) и Script Editor (Редактор сценариев). Обратите внимание, 
что функция «Обратная связь по эксперименту» является частью модуля 
Advanced Processing (Расширенная обработка). Примерная 
последовательность операций обратной связи по эксперименту описана в 
разделе «Последовательность операций обратной связи по  
эксперименту»  [► 238].
Обратите внимание, что здесь не дается подробное описание обратной 
связи по эксперименту, поскольку подробная инструкция по выполнению 
экспериментов с обратной связью и множество других руководств 
представлена на DVD-диске ZEN в папке... /Other/Experiment 
Feedback/Example Tutorials.
8.2 Последовательность операций обратной связи  
по эксперименту
Рисунок 8.1. Последовательность операций обратной связи по  
эксперименту
238 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 384 ---
8 Обратная связь по эксперименту 
эксперименту________________
I 8.2 Последовательность операций обратной связи по
На данной блок-схеме изображена типовая последовательность операций 
в экспериментах с обратной связью. В ней указаны наиболее важные 
этапы:
Этап
Определить
эксперимент
Определить
анализ
изображений
Определить 
правила и 
измеряемые 
величины
Начать
эксперимент
Описание
Необходимо тщательно спланировать эксперимент, 
подобрать правильные параметры (временная 
серия, серия срезов по оси Z, многоканальное 
изображение и т. д.), необходимые для получения 
точных результатов в исследовании После 
определения эксперимента рекомендуется получить 
образец данных, которые затем будут 
использоваться для проверки анализа изображения.
На данном этапе используется мастер анализа 
изображений для создания и визуализации канала 
анализа для последующего использования внутри 
сценария обратной связи (Т]- С помощью сценария 
доступны только указанные параметры и 
настоятельно рекомендуется протестировать канал 
анализа изображений, чтобы гарантировать, что 
полученные результаты имеют значение.
Дополнительно можно создавать настройки анализа 
изображений программным путем с помощью 
макрофункции разработки открытых приложений 
(ОАО, от англ. Open Application Development).
На данном этапе принимается решение о том, как на 
самом деле должен работать сценарий. Что следует 
соблюдать и как должен реагировать эксперимент на 
определенное событие [Л После выяснения 
основной идеи можно приступать к определению 
правил в сценарии обратной связи.
На данном этапе можно начинать эксперимент и 
наблюдать за его результатами. Общий замысел 
этой последовательности операций можно описать в 
виде цикла получения изображения. Каждый раз 
после «чего-то», обычно получения изображения, 
выполняется определенный сценарий. Проверяются 
правила и, если необходимо, выполняются 
определенные задачи.
Помимо этого, можно экспортировать или 
записывать данные в текстовый файл и (или) 
запускать внешнее приложение в любой момент 
выполнения эксперимента. Наиболее подходящий 
момент для выполнения подобных действий зависит 
от типа приложения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 239


--- стр. 385 ---
9 Персонализация приложения | 9.1 Выбор дизайна
9 Персонализация приложения
9.1
Порядок действий
Выбор дизайна
1 Из выпадающего списка Design (Дизайн) в области конфигурации 
рабочего пространства выберите Light (Светлый)/Оагк (Темный) 
дизайн.
9.2 Персонализация панели инструментов
Необходимые предварительные условия ■ Открыто меню Tools | Customize Application
(Инструменты | Персонализация приложения).
Порядок действий
■ Вкладка Toolbar (Панель инструментов) выбрана по умолчанию.
1 Нажмите на строку в списке Available Toolbar Items (Доступные 
элементы панели инструментов).
Отобразится список всех доступных элементов в этой группе.
2 Дважды нажмите на элемент.
Элемент будет добавлен в список выбранных элементов панели 
инструментов (Selected Toolbar Items) и появится на панели 
инструментов (Toolbar) приложения. Добавить элемент также можно 
путем перетаскивания.
3 Для изменения порядка расположения символов на панели 
инструментов воспользуйтесь кнопками Вверх/Вниз.
4 Чтобы удалить иконку с панели инструментов, нажмите на кнопку 
■ м Н  Delete (Удалить).
5 Нажмите кнопку Close (Закрыть), чтобы закрыть диалоговое окно. 
Изменения сразу вступят в силу.
Панель инструментов (Toolbar) успешно персонализирована.
240 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 395 ---
Форум пользователей
Форум пользователей был создан для обмена макрокомандами между 
пользователями и обсуждения программных решений. На форуме вы 
найдете множество примеров макрокоманд и дополнительную 
документацию. Форум пользователей доступен по ссылке: 
www.zeiss.com/ZEN-OAD .
11.2 Запуск существующей макрокоманды
Необходимые предварительные условия ■ Наличие лицензированной версии ZEN 2.3
(blue), например ZEN pro, ZEN desk или ZEN system. Обратите 
внимание, что в ZEN lite макросреда отсутствует.
■ Отсутствие лицензионного модуля макросреды (Macro Environment).
■ Наличие файла макрокоманды, который необходимо воспроизвести 
bZEN.
Скопируйте файл макрокоманды в папку:
/User/My Documents/Carl Zeiss/ZEN/Documents/Macros.
Запустите ПО ZEN.
В правой области инструментов откройте инструмент Macro 
(Макрокоманды).
Макрокоманда отобразится в списке под заголовком User 
Documents (Пользовательские документы).
11 Разработка открытого приложения (OAD) | 11.2 Запуск существующей макрокоманды_______
Порядок действий 1
2
3
4 Выберите свою макрокоманду.
5 Нажмите кнопку Run (Запустить).
Ваша макрокоманда выполнена. Вы успешно воспроизвели макрокоманду 
bZEN.
250 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 396 ---
11 Разработка открытого приложения (ОАО) | 11.3 Запись макрокоманды
11.3 Запись макрокоманды
в этом разделе приводятся инструкции по записи макрокоманды простого 
процесса обработки.
Необходимые предварительные условия ■ Наличие лицензионного модуля макросреды
(Macro Environment),
■ Открыт инструмент Macro (Макрокоманды) в правой области 
инструментов.
1 Нажмите кнопку Record (Запись).Порядок действий
3
4
5
6 
7
^ iWacro
О Selection 
О Preview 
О Properties
Run Stop
M acro Editor.,.
Загрузите цветное изображение с помощью меню File | Open... 
(Файл I Открыть...).
Перейдите во вкладку Processing (Обработка изображений).
Под заголовком Method (Метод) выберите Edges | Sobel (Границы | 
По Собелю).
В меню Method Parameters | Normalization (Параметры метода | 
Нормализация) выберите элемент Clip (Отсечение).
Под заголовком Image Parameters (Параметры изображения) 
установите цветное изображение для входного изображения (Input).
В верхней части вкладки Processing (Обработка изображений) 
нажмите кнопку Apply (Применить).
К используемому изображению будет применен метод Собеля. 
Будет создано выходное изображение и открыто в новом 
графическом контейнере.
В инструменте Macro (Макрокоманды) нажмите кнопку Stop (Стоп).
Macro
О Selection  
О Preview  
О Properties
Macro Editor...
Вы успешно записали макрокоманду для простого процесса обработки. 
Данный процесс теперь можно повторять автоматически путем 
воспроизведения записанного файла макрокоманды.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 251


--- стр. 397 ---
12 Расширение ImageJ | 12.1 Введение
12 Расширение ImageJ
12.1 Введение
в по ZEN включено бесплатное расширение ImageJ, которое обладает
следующими возможностями:
Ш Позволяет выполнять быстрый обмен изображениями, от простых - 
двухмерных изображений до более сложных, многомерных 
объектов, таких как серии срезов по оси Z, временные серии и т. д. 
Обмен может производиться в обоих направлениях: от ZEN в ImageJ 
и наоборот.
■ Пользователь может выполнять функции ImageJ на ImageJ, не 
покидая среды ZEN.
В И наконец, расширение ImageJ позволяет пользователю сочетать 
два преимущества, упомянутых выше: пользователи могут 
отправлять изображение ZEN в ImageJ, обрабатывать его в нем, и 
затем пересылать результирующее изображение обратно в ZEN в 
один прием.
Обратите внимание, что существуют разные версии и варианты ImageJ и
Fiji. Настоящее руководство основывается на ImageJ/Fiji версии 1.46.
См. примечания по характерным отличиям остальных версий и вариантов.
Для простоты при упоминании расширения ImageJ далее по тексту также
подразумевается Fiji.
12.2 Подготовительные процедуры
1 Примечание
Помните, что в ZEN lite расширение ImageJ отсутствует.
Порядок действий 1 Установите ImageJ на компьютер. Убедитесь, что используется 
последняя версия расширения (после завершения установки 
проверьте обновления в режиме онлайн).
2 Загрузите файл loci_tools.jar и сохраните в папке ImageJ/plugins.
3 Обозначьте имя папки предпочтительным альтернативным именем. 
Несмотря на то, что вы можете свободно переключаться между 
средами, целесообразно придерживаться одной и той же среды, 
после того как вы начали добавлять собственные программы и 
макрокоманды.
4 Папка ImageJ/Fiji, которую вы впоследствии будете использовать, 
может принадлежать либо только вам, либо использоваться 
совместно с остальными пользователями системы. Решать вам: 
если вы — единственный пользователь, никто не получит доступ к 
содержимому вашей папки (изображениям, макрокомандам и т. д.), 
но в будущем вам придется копировать и распространять ее 
содержимое, если оно будет представлять интерес для остальных 
пользователей системы.
Вы успешно выполнили все необходимые предварительные условия.
Теперь можно перейти к настройке ImageJ в ПО ZEN.
252 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 399 ---
12 Расширение ImageJ | 12.4 Отправка и загрузка изображений
12.4
Порядок действий
Порядок действий
Отправка и загрузка изображений
1 в левой области инструментов нажмите на вкладку Analysis 
(Анализ).
Отобразится группа инструментов ImageJ с инструментом Apply 
(Применить).
A n a ly s is j j g g ^ o ^ i n g
Л  Interactive Measurement 
Л  Analysis ..... "
✓  ShowAI Я
" ImageJ
r i p p l y
j D isc la im e r
D M e th o d
у
4 4
A p p ly  1 S e n d  I m a g e R e trie v e  I m a g e
к _______________________________ _ _ _J
Г  M e th o d ■ Н Г
^  P a r a m e te r s ж
Для пересылки изображения из ПО ZEN в расширение ImageJ 
выберите изображение в ZEN.
Нажмите кнопку Send Image (Отправить изображение).
Изображение будет отправлено в ImageJ и открыто в новом фрейме 
изображения. Теперь можно редактировать изображение в 
приложении ImageJ.
3 Для загрузки изображения из приложения ImageJ в ZEN выберите 
изображение в ImageJ.
4 Нажмите кнопку Retrieve Image (Загрузить изображение). 
Изображение откроется в ZEN.
Вы успешно выполнили обмен изображениями между ZEN и ImageJ.
12.5 Использование методов ImageJ
Расширение предлагает возможность отправки изображений в ImageJ для 
обработки и (или) загрузки результата обработки. Ниже приведены 
основные шаги по применению методов обработки изображений в ImageJ.
Необходимые предварительные условия Открыта вкладка Analysis (Анализ) в ImageJ.
254 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 400 ---
12 Расширение ImageJ 112.5 Использование методов ImageJ
Порядок действий В инструменте Methods (Методы) выберите команду или метод, 
который необходимо применить, например макрокоманду ImageJ.
Loc«te A «SEi£!i
. Ф  ,. ■  A
j p  In te ra c tiv e  M e a s u r e m e n t
^  flirwageAnalys
ImageJ
Й £ ^
►  I Disclaimer
U Method BatchModeCalculator
ч  ч *>  I»
Apply Send Image Retrieve Image
Recently used
ш Ш
S e a rc h  | X  I
macros 
^ tools  
^ toolsets
AnimatedGaussianBtur
AnimationMacros
BatchModeCalculator
BatchModeTest
Calculations
2 В инструменте Parameters (Параметры) укажите, использовать в 
выбранном методе входное и (или) результирующее изображение.
3 Для выполнения команды в инструменте Apply (Применить) 
нажмите кнопку Apply.
Вы успешно применили выбранный метод к изображению.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 255


--- стр. 401 ---
12.6 Типы изображений, используемые при  
отправке/загрузке
Из ZEN в ImageJ
12 Расширение ImageJ | 12.6 Типы изображений, используемые при отправке/загрузке
Тип изображения Получено
как...
Примечания
.tif, .jpg, .bmp, png, gif Исходное
.ome.tif Исходное
Двухмерное, ч/б, .czi 32-битное
(RGB)
Преобразуйте изображение в 
ImageJ в необходимый тип 
пикселя с помощью команды 
Image > Туре (Изображение > Тип)
Двухмерное, 24/48- 
битное, цветное, .czi
32-битное
(RGB)
Двухмерное, 36/42- 
битное, цветное, .czi
Преобразуйте CZI-изображение в 
24/48-битное перед отправкой или 
использованием в выбранном 
методе.
Многоканальное х 
серия срезов по оси Z 
X временная серия
Многомерное
изображение При необходимости измените 
измерения, например с помощью 
команды Image > Hyperstacks 
(Изображение > Гиперстеки). 
Цвета каналов могут отличаться 
от установленных в ZEN.
Мозаичные
изображения
— Загружается только первая 
мозаика.
12-битные, ч/б Ошибка в 
ImageJ
Обходное решение: 
преобразовать в ZEN тип пикселя 
изображения в 16-битный
Из ImageJ в ZEN
Тип изображения Получено
как...
Примечания
.tif, .jpg, .bmp, .png, .gif Исходное
.ome.tif Исходное
Двухмерное, ч/б или 
RGB
ч/б, RGB TIF
Многоканальное x 
серия срезов по оси Z 
X временная серия
Многомерное
изображение
Совет: выберите RGB в Quick 
Color Setup (Быстрая настройка 
цвета) для получения тех же 
цветов каналов, что и в ImageJ.
Мозаичные
изображения
— Загружается только первая 
мозаика.
256 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 434 ---
4 В режиме Live (Живое изображение) для корректировки Z-величины 
воспользуйтесь инструментом Focus (Фокусировка) (или SW Autofocus 
(Программная автофокусировка)).
5 Нажмите кнопку Set Z and Move to Next (Установить Z-величину и 
переместиться к следующей).
Проверенная контрольная точка будет отмечена зеленой галочкой.
Столик автоматически переместится в следующую контрольную точку в 
списке.
6 Выполняйте последние 3 шага, пока не проверите все контрольные 
точки.
После этого отобразится сообщение: “All points have been verified” 
(«Все точки подтверждены»).
7 Закройте диалоговое окно Verify Tile Regions/Positions (Проверить 
области мозаики/позиции).
Вы скорректировали и проверили Z-величины всех контрольных точек.
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями__________________________
1 Примечание
Позиции всегда имеют горизонтальную локальную фокальную 
поверхность, которая определяется Z-величиной позиции. Если позиции 
используются в дополнение к областям мозаик, то подтвердить Z- 
величины позиций можно с помощью аналогичного диалогового окна. 
Откройте диалоговое окно, нажав кнопку Verify Positions... (Проверить 
позиции...) в разделе Positions (Позиции) инструмента Tiles (Мозаики).
13.1.9.2.3
Порядок действий
Выбор степени интерполяции
1 Выберите уровень интерполяции в выпадающем списке Interpolation 
Degree (Степень интерполяции) раздела Focus Surface (Фокальная 
поверхность).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 289


--- стр. 435 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями
1 Примечание
Минимально необходимое число контрольных точек на область мозаики 
указывается для каждого элемента выпадающего списка Interpolation 
Degree (Степень интерполяции). Надежность вычисления повышается, 
если число контрольных точек превышает это минимальное значение. 
Поэтому рекомендуется повышать только степень интерполяции, 
насколько позволяет поверхность образца, даже если задано больше 
контрольных точек. Если число контрольных точек не соответствует 
минимальному числу для выбранной степени интерполяции, то степень 
интерполяции будет уменьшена автоматически.
Вы успешно создали локальную фокальную поверхность. Теперь можно 
начать эксперимент. Чтобы гарантировать получение мозаик с фокальной 
поверхностью, программное обеспечение автоматически выберет 
наиболее подходящую стратегию фокусирования. Более подробно о 
стратегиях фокусирования см. в разделе «Работа со стратегиями  
фокусирования»  [►  55] в интерактивной справке ZEN.
13.1.9.3 Создание общей фокальной поверхности
Для создания общей фокальной поверхности необходимо распределить 
контрольные точки по подложке и указать их позицию фокусировки. Зона 
фокусировки по подложке затем интерполируется из величин этих 
контрольных точек.
13.1.9.3.1 Распределение контрольных точек
Необходимые предварительные условия ■ Заданы общие параметры для настройки
эксперимента с мозаиками (создан эксперимент, определен по крайней 
мере один канал, активированы измерения в модуле Tiles).
■ Для создания общей фокальной поверхности необходим модуль Tiles 
(Мозаики).
■ Открыта вкладка Acquisition (Получение изображений) в инструменте 
Tiles (Мозаики).
Порядок действий 1 Откройте раздел Sample Carrier (Подложка).
290 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 436 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
2 Нажмите кнопку Select... (Выбрать...).
Откроется диалоговое окно Select Template (Выбрать шаблон). 
3 Выберите необходимый шаблон подложки.
4 Нажмите кнопку Options (Опции) 
(Копировать и редактировать...).
и выберите Сору And Edit...
Копия существующего шаблона будет создана и открыта в редакторе 
подложки (Sample Carrier Editor).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 291


--- стр. 442 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями
Либо отредактируйте имя (Name) области мозаики/позиции, нажав в 
модуле Tiles (Мозаики) на соответствующее имя в разделе Tile 
Regions (Области мозаик) или Positions (Позиции).
5 Повторяйте эту операцию, когда требуется переименовать разные 
области мозаик или позиций.
1 Примечание
Для отображения в последующем имени области мозаики/позиции на 
полученных изображениях откройте меню Graphics | Frequent 
Annotations | More... (Графические элементы 1  Часто используемые 
аннотации | Дополнительно) и выберите lmage.Scene.Name (Имя сцены 
изображения) из списка Metadata (Метаданные).
6 Для присвоения или редактирования областей мозаик/позиций 
необходимо сначала установить флажки напротив всех областей 
мозаик/позиций, которые необходимо сгруппировать в одной категории.
7 Во вкладке Properties (Свойства) нажмите кнопку Options (Опции) под 
элементом Category (Категория).
8 В выпадающем списке выберите строку New... (Новый...).
Откроется окно New Category (Новая категория).
9 Введите имя (Name) и добавьте описание (Description) к выбранным 
областям мозаик/позициям.
10 Выберите цвет (Color) для новой категории, нажав на цветную полосу и 
выбрав желаемый цвет.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 297


--- стр. 443 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями
11 Для создания новой категории нажмите ОК.
Окно New Category (Новая категория) закроется, и будет создана новая 
категория.
12 В выпадающем списке Category (Категория) выберите для выбранных 
областей мозаик/позиций необходимую категорию.
Ticf'".; Лиг: :ctup 'Properties t Po;nt 2
Properties of Selected Tile Regions  
^  Use for Acquisition  
A1
.•f" I
0,0 pm Set Current 2
Default
Областям мозаик/позициям будет присвоена выбранная категория.
1 Примечание
Обратите внимание, что предопределенную категорию можно применить к 
дифференцированному выбору областей мозаик/позиций из нескольких 
лунок.
Также обратите внимание, что присвоенный цвет используется как 
свойство только во вкладке Tiles (Мозаики) (левая область панели 
инструментов).
1 Примечание
Для отображения свойств категории области мозаики/позиции (Name 
(Имя) и (или) Description (Описание)) в полученном изображении 
перейдите в меню Graphics | Frequent Annotations | More... (Графические 
элементы | Часто используемые аннотации | Дополнительно).
Введите в строку поиска слово “category” («категория») и выберите 
свойство, которое необходимо отобразить (несмотря на наличие опции 
Color (Цвет), программное обеспечение данный элемент не отображает).
1 Примечание
Для настройки параметров аннотаций (например, размера шрифта) 
нажмите на аннотации правой кнопкой мыши и перейдите в меню Format | 
Graphical Elements (Формат | Графические элементы).
298 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 444 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями
Отображение категорий в списке мозаикУпозиций (Tiles/Positions List) 
(левая область инструментов)
Необходимые предварительные условия ■ Выбраны разные позиции или области мозаик
и присвоены разные категории.
Порядок действий 1 В разделе Positions (Позиции) или Tiles (Мозаики) модуля Tiles (левая 
область инструментов) выберите позицию или область мозаики.
Щелкните правой кнопкой мыши по выбранной позиции/мозаике и 
выберите Sort | By Category (Упорядочить | По категории).
S* Tiles ✓  XI IS
Ltve in Seijjfate Ccntainer
e  Tile Regions
Advanced
Setup
stcgoi, ti
sOiJiteAlr. ■'
Позиции/области мозаик будут упорядочены по алфавиту в соответствии с 
присвоенными категориями.
13.1.11 Перемещение подложки после инкубации
Если вы хотите получить изображения позиций/областей мозаик на 
подложке, снятой со столика, например, для инкубации или замены 
иммерсионной среды, следуйте инструкции по перемещению подложки.
Запуск эксперимента
Необходимые предварительные условия ■ Выполнена калибровка столика и размещен
образец, см. раздел «Калибровка столика и выбор канала»  [►  263].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 299


--- стр. 447 ---
9 В качестве метода калибровки (Calibration Method) выберите Search 
Reference Point (Поиск контрольной точки).
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями_______________________
Please select th e m eth o d  ho w  the sam ple carriet %vill be calibrated.  
Search Reference P oint (1 Point!
Me>t S/
10 Нажмите кнопку Next (Далее).
11 Нажмите кнопку Set Current X/Y (Установить текущую позицию по 
оси ХА').
Be sure that the correct sample carrier is placed on the microscope 
stage and search th e defined reference point.
...., ,I»., Multiwell6
Relative Reference P oint on th e S am ple Carrier
- : :ri ■  • Top Left
i'iM i’i' 0 pm
- ( r ' 0 pm
M o v e  the stage to  th e reference point and click th e Set C urrent X /V  
bu tto n w hen fo u n d . Th e current stage position is typically located in  
th e  center of th e Live im age.
16142.4 pm
7373.4 pm
Set C urrent X 'V
12 В инструменте Tiles (Мозаики) нажмите кнопку Advanced Setup 
(Расширенные настройки) и добавьте позиции/области мозаик в 
интересующие местоположения.
1 Примечание
Увеличение или уменьшение области выполняется колесиком мыши, а 
перемещение столика в центральную область экрана к интересующей 
точке — двойным щелчком на подложку.
13 После определения всех позиций/областей мозаик нажмите на кнопку
I Options (Опции) во вкладке Acquisition (Получение 
изображений) менеджера экспериментов (Experiment Manager).
14 Сохраните настройки эксперимента, включая списки позиций/областей 
мозаик, нажав либо на Save As (Сохранить как), либо на Export 
(Экспорт).
302 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 448 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями
1 Примечание
Нажатие кнопки Save As сохраняет настройки непосредственно в 
менеджере экспериментов (Experiment Manager).
Нажатие кнопки Export сохраняет настройки в выбранной папке.
15 Начните эксперимент и запишите изображения выбранных 
позиций/областей мозаик.
16 Уберите образец со столика и поместите, например, обратно в 
инкубационную камеру.
17 Закройте программное обеспечение.
Вы выполнили все настройки для успешного перемещения подложки 
после проведения эксперимента.
Перемещение подложки после экслеримента 
*
1 Примечание
Если вы выключили и включили электропитание микроскопа, программное 
обеспечение предложит откалибровать столик и (или) приводы 
фокусировки. Таким образом, если калибровка многолуночного планшета 
проводилась в тех же условиях, то калибровка подложки не потребуется. 
Тем не менее следует удостовериться, что остальные параметры, такие 
как ориентация планшета и его размещение на микроскопе, не были 
изменены.
Порядок действий 1 Перезапустите программное обеспечение.
2 Во вкладке Acquisition (Получение изображений) перейдите в 
менеджер экспериментов (Experiment Manager), в котором загрузите 
(Reload) или импортируйте (Import) настройки эксперимента, а также 
список позиций/областей мозаик.
В инструменте Tiles (Мозаики) под заголовком раздела Sample Carrier 
(Подложка) нажмите на кнопку Calibrate (Калибровать).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 303


--- стр. 449 ---
Откроется мастер калибровки подложки (Sample Carrier Callibration 
Wizard).
4 Переместите ранее выбранную контрольную точку образца в центр 
перекрестия.
5 Нажмите кнопку Next (Далее).
6 Напротив элемента X/Y Position (Позиция по оси X/Y) нажмите на Set 
Zero (Установка нулевой точки).
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями_________________________
Т о  be able to  te fo ta te  x/'y p o titio n i, yo u  need to calibrate th e  
coordin.ate ey^tem  and th erefo re le t th e  zero p o y tic rr of th e it.age  
either m an u ally or au to m atically.
The manual mode sets the current v 'y  position to rcro. The 
automatic mode sets the z&o position by means of a reference
movement to Ihe mechanical end positions of the stage drrve. In 
addition, a reference point can be located on a calibration slide (e.g. 
the home slide).
Set Zero C alib rate
fjest
7 Нажмите кнопку Next (Далее).
8 В качестве метода калибровки (Calibration Method) выберите Search 
Reference Point (Поиск контрольной точки).
9 Нажмите кнопку Next (Далее).
10 Нажмите на кнопку Set Current X/Y (Установить текущую позицию по 
оси X/Y).
Be sure that the correct sample carrier is placed on the microscope  
stage and'search th e defin ed reference po int.
.--i M u ltiw e llS
R elative Reference P oint on th e S am ple Carrier
. I'l'  Top Left
0 pm
M o ve th e stage to  th e reference point and click th e Set C urrent K /V  
button w hen fo u n d . Th e current stage position is typically located in  
th e  center of th e Live im age.
16142.4 pm
7373.4 pm
Set C urrent X/Y
304 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 450 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями
13.1.12
13.1.12.1
11 Теперь необходимо проверить и подтвердить смещение позиций по оси 
Z. Для этого следуйте соответствующим указаниям, приведенным в 
разделах «Корректировка Z-вепичин областей мозаики»  [►  283] и 
«Корректировка Z-величин позиций»  [►  284].
Теперь всем выбранным позициям/областям мозаик присвоены верные 
X/Y/Z-величины относительно (уникальной, легко опознаваемой) 
контрольной точки.
Теперь можно возобновить эксперимент и записать изображения 
выбранных позиций/областей мозаик.
Использование подложек
Воспользуйтесь шаблоном для отображения размера и внешнего вида 
используемой подложки (например, слайда или многолуночного планшета) 
в разделе Advanced Setup (Расширенные настройки). Благодаря этому 
области мозаик или позиции легко распределяются по используемой 
подложке.
Выбор шаблона подложки
Необходимые предварительные условия ■ Заданы общие параметры для настройки
эксперимента с мозаиками (создан эксперимент, определен по крайней 
мере один канал, активированы измерения в модуле Tiles).
■ Открыта вкладка Acquisition (Получение изображений) в инструменте 
Tiies (Мозаики).
Порядок действий Откройте раздел Sample Carrier (Подложка). 
Нажмите кнопку Seiect... (Выбрать...).
Откроется диалоговое окно Select Sample Carrier Template (Выбор 
шаблона подложки).
3 Выберите существующий шаблон подложки или создайте новый, 
нажав на кнопку
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 305


--- стр. 451 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями
1 Примечание
Пользовательские шаблоны можно выводить на экран или
редактировать, нажав на кнопку m v  и выбрав Display/Edit... 
(Отобразить/редактировать...). Шаблоны Zeiss не редактируются. Для 
создания редактируемой пользовательской копии выберите Сору And 
Edit... (Копировать и редактировать...).
4 Чтобы закрыть диалоговое окно, нажмите на кнопку ОК.
5 Откалибруйте подложку, нажав на кнопку Calibrate... (Калибровать...
Откроется мастер калибровки подложки (Sample Carrier Callibration 
Wizard).
6 Следуйте инструкциям мастера калибровки до полной калибровки 
подложки.
По завершении калибровки, в разделе Sample Carrier (Подложка) 
появится сообщение: “The sample carrier is calibrated” («Подложка 
откалибрована»).
■»
1 Примечание
Обратите внимание, что калибровочные значения сохраняются в 
эксперименте и могут быть повторно использованы при условии, что вы 
работаете с абсолютными координатами посредством калибровки 
конечных точек столика и приводов фокусировки, а настройки аппаратного 
обеспечения не изменяются. Это поможет сэкономить немало времени, 
если вы постоянно работаете с одной моделью подложки и в одном 
режиме получения изображений.
Вы успешно выбрали подложку.
13.1.12.2 Персонализация шаблона подложки
Если вы работаете с подложкой, отсутствующей в базе данных шаблонов, 
то создайте новый шаблон, выполнив следующие действия.
Необходимые предварительные условия ■ Выполнены все предварительные условия
проведения эксперимента в модуле Tiles & Positions.
306 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 452 ---
■ Определен по меньшей мере один канал.
■ Установлен флажок Tiles (Мозаики).
Порядок действий 1 Перейдите во вкладку Acquisition (Получение изображений).
2 Откройте инструмент Tiles (Мозаики) и включите режим Show all 
(Показать все).
3 Откройте раздел Sample Carrier (Подложка) и нажмите на кнопку 
Select... (Выбрать...).
Откроется диалоговое окно Select Template (Выбрать шаблон).
13 Модуль Tiles & Positions { 13.1 Работа с мозаиками и позициями
4 Нажмите на кнопку Options и выберите New Template... (Новый 
шаблон...).
Откроется диалоговое окно New Sample Carrier Template (Новый 
шаблон подложки).
5 Выберите категорию (Category), соответствующую типу используемой 
подложки и присвойте имя (Name) шаблону.
New Sample Camer Template
Container
C ,C '. tnir 
0 00 тп*>-
Container Area
■  Cf litf •  ''I (,■ 'itrf
flit',’ *0 I r‘‘5h r
Reference Point
Loca: cn *  lode Center
/ь () X  '4Д1 ti'ni, 0 (,'ont
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 307


--- стр. 453 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями
1 Примечание
В соответствии с категорией (Category) можно задать разные параметры 
шаблона.
Например, если выбрать слайд (Slide), можно настроить ширину 
(Width) и высоту (Height) слайда, отрегулировать местоположение 
контрольной точки (Reference Point).
Если выбрать шаблон Multislide, Petri Dish, Multiwell (Совмещенное 
предметное стекло, чашка Петри, многолуночный планшет) или 
Multichamber (Мультикамера), можно настраивать и корректировать 
дополнительные параметры используемой подложки.
Если необходимо изменить один из ранее использованных шаблонов, 
выберите опцию Category (Категория), которая отображается рядом 
используемой подложкой, перейдите во вкладку Category (Категория) и 
выберите опцию Custom (Индивидуальный).
1 Примечание
При выборе Custom (Индивидуальный) доступно изменение 
дополнительных предустановленных опций шаблона.
Вы персонализировали шаблон подложки или создали индивидуальный.
13.1.13 Экспорт мозаичных изображений
Необходимые предварительные условия ■ Получено или открыто мозаичное
изображение.
Порядок действий 1 Во вкладке Processing (Обработка изображений) откройте параметры 
Image Export (Экспорт изображений) {Ctrl+6 или в меню File | 
Export/Import I Export (Файл | Экспорт/Импорт | Экспорт)).
На экране отобразятся настройки параметров экспорта изображения. 
Убедитесь, что включен режим Show All (Показать все).
2 Выберите желаемый тип файла. Рекомендуем использовать формат 
PNG, поскольку этот формат отличается сжатием без потерь при 
приемлемом размере файла.
1 Примечание
Тип и источник риска
В случае исключительно большого размера мозаичных изображений 
рекомендуем уменьшить размер тех изображений, которые необходимо 
экспортировать. Для этого задайте с помощью ползунка Resize 
(Изменение размера) процент уменьшения размера изображений для 
экспорта, например 25%.
Установите флажок Apply Display Curve and Channel Color
(Применить кривую отображения и цвет канала). Изображения 
экспортируются с учетом заданных настроек, например с 
корректировками градации тонов или контраста. Если установлен 
флажок Original Data (Исходные данные), изображения экспортируются 
без изменений. В этом случае настройки кривой отображения, 
например корректировки градации тонов и контраста, не принимаются.
308 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 454 ---
4 Выберите кнопку-переключатель Define Subset (Определить поднабор). 
Откроются настройки имеющихся измерений.
5 Откройте настройки измерения Tiles (Мозаики).
13 Модуль Tiles & Positions | 13.1 Работа с мозаиками и позициями__________________________
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 309


--- стр. 456 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
7 Нажмите кнопку Apply (Применить) в верхней части вкладки 
Processing (Обработка изображений).
Вы экспортировали отдельные мозаики мозаичного изображения. 
Файлы расположены в указанной папке экспорта.
13.2 Функции и их назначение
13.2.1 Инструмент Tiles
1 Примечание
Инструмент Tiles (Мозаики) отображается, только если вы приобрели 
лицензию и активировали этот модуль в Менеджере модулей (Modules 
Manager). Кроме того, следует установить соответствующий флажок во 
вкладке Acquisition (Получение изображений) менеджера 
экспериментов (Experiment Manager).
В инструменте Tiles (Мозаики) настраивается функция получения 
изображений, состоящая из нескольких полей изображения. 
Соответственно, вы определяете области мозаик (Tile Regions) или 
позиции (Positions). Здесь также можно настроить фокальные поверхности 
(Focus Surfaces) и шаблоны подложки (Sample Carrier Templates).
Инструмент Tiles (Мозаики) находится в левой области инструментов  
под элементом Multidimensional Acquisition (Получение многомерных 
изображений).
К Tiles ✓  Shovt A M  ГЯ
Live m Separate Container
0  Tile Regions  
О  Positions  
О  Sample Carrier  
О  Focus Surface (Verify)
О  Options
Рисунок 13.1. Инструмент Tiles  
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ( Ред. 1.0 на русском языке
Advanced
Setup
311


--- стр. 457 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Live in Separate 
Container (Живое 
изображение в 
отдельном 
контейнере)
Advanced Setup
(Расширенные
настройки)
Описание
В случае активации живое изображение открывается 
в отдельном графическом контейнере. Особо 
рекомендуем активировать эту опцию при 
использовании двух отдельных мониторов.
Открывается окно расширенных настроек  модуля 
Tiles (Мозаики) [►  324] в центральной области 
экрана
13.2.1.1
1 Примечание
Разделы Sample Carrier (Подложка), Focus Surface (Фокальная 
поверхность) и Options (Опции) отображаются только в режиме Show All 
(Показать все).
Если модуль Tiles (Мозаики) не лицензирован, доступны только разделы 
Tile Regions (Области мозаик). Positions (Позиции) и Options (Опции).
Раздел Tile Regions
В разделе Tile Regions (Области мозаик) можно определять необходимые 
области мозаик и добавлять их к изображению.
Параметр 
Contour(Контур)
Описание
Отображается только в режиме Show All (Показать 
все).
Здесь выбирается форма или контур добавляемой 
области мозаики. Для выбора желаемого контура 
нажмите на соответствующую кнопку. Выбранный 
контур будет выделен синим цветом.
- Rectangle 
(Прямоугольник)
Параметр позволяет создавать прямоугольные 
области мозаик.
312 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 458 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
- Circle (Круг)
Режим
- Tiles (Мозаики)
Size (Размер)
• Add (Добавить)
Описание
Параметр позволяет создавать круглые области 
мозаик.
- Stake (Маркеры)
Tile Regions List  
(Список 
областей 
мозаик)
- Checkbox 
(Флажок)
- Name (Имя)
- Contour (Контур)
Необходимо задать количество мозаик для расчета 
размера области мозаики.
Введите число мозаик в поля ввода X/Y. В случае 
добавления круглой области мозаики в поле ввода 
Diameter (Диаметр) укажите число мозаик в диаметре.
Необходимо задать размер мозаик для расчета 
размера области мозаики.
Введите размер области мозаики в поля ввода X/Y. В 
случае добавления круглой области мозаики в поле 
ввода Diameter (Диаметр) введите диаметр области 
мозаики.
Параметр определяет область мозаики путем 
размещения не менее двух маркеров (координаты 
столика по осям X/Y, заданные пользователем).
Чтобы изменить область мозаики 
(расширить/уменьшить), отрегулируйте область 
мозаики до необходимого размера. После 
определения области мозаики нажмите кнопку Done 
(Выполнено). Чтобы таким образом создать круглые 
или прямоугольные области мозаик, выберите 
соответствующий контур.
Добавляет область мозаики к изображению. 
Добавленная область мозаики также появится в 
списке областей мозаик (Tile Regions List) и будет 
активирована для получения изображений.
Добавленные области мозаик отобразятся в виде 
красных расчетных сеток в поле обзора столика в 
разделе Advanced Tiles Setup (Расширенные 
настройки модуля Tiles).
Отображает добавленные области мозаик. Список 
содержит следующие столбцы:
Активирует соответствующий элемент списка для 
полученного изображения.
Здесь редактируется имя области мозаики.
Отображает контур области мозаики.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 313


--- стр. 459 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
- Category (Категория)
- Tiles (Мозаики) 
-Z
Описание
Отображает категорию области мозаики. 
Категории определяются в настройках области 
просмотра Advanced Tiles Setup 
(Расширенные настройки модуля Tiles) во 
вкладке Properties (Свойства).
Отображает число мозаик в области мозаики.
Отображает позицию области мозаики по оси
- Size (Размер)
Verify Tile Regions...  
(Проверить области  
мозаик...)
Отображает размер области мозаики.
Открывает диалоговое окно Verify Tile 
Regions (Проверить области мозаик). В 
диалоговом окне можно проверить фокус и 
позицию каждой точки области мозаики.
Опции списка Tile Regions List
Параметр 
Вверх и Вниз
Delete (Удаление)
Описание
Кнопки вверх/вниз перемещают выбранный 
элемент на одну позицию вверх или вниз в 
списке областей мозаик (Tile Regions List). Это 
позволяет изменять порядок получения 
изображений.
Удаляет выбранный элемент списка.
Lock(Блокировка)
Options (Опции)
■  Set Current Z for 
Selected Tile Regions 
(Установить текущую 
позицию по оси Z для 
выбранных областей 
мозаик)
- Set Current K/Y/Z for 
Selected Tile Regions 
(Установить текущую 
позицию по оси ХЛ'/Z 
для выбранных 
областей мозаик)
■  Delete (Удалить)
■  Delete АН (Удалить все)
• Activate (Активировать)
■  Deactivate 
(Деактивировать)
■  Unlock (Разблокировать)
■  Unlock АН
(Разблокировать все)
Разблокирует выбранные элементы списка 
для редактирования.
При нажатии на кнопку отобразятся 
следующие опции:
Устанавливает текущую позицию по оси Z для 
всех выбранных областей мозаик.
Устанавливает текущую позицию по оси ХЛ'/Z 
для всех выбранных областей мозаик.
Удаляет текущую область мозаики.
Удаляет все области мозаик.
Активирует текущую область мозаики для 
получения изображения.
Деактивирует текущую область мозаики для 
получения изображения.
Разблокирует текущую область мозаики.
Разблокирует все заблокированные области 
мозаик.
314 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 460 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
- Sort
(Упорядочить)
- Convert to 
Positions... 
(Преобразовать 
в позиции...)
Описание
By Center Position (Y -> X) (По центральной позиции 
(Y -> X)) упорядочивает все области мозаик по их 
общей Y-позиции.
By Center Position (X -> Y) (По центральной позиции 
(X -> Y)) упорядочивает все области мозаик по их 
общей Х-позиции.
By Category (По категории) упорядочивает все 
области мозаик по категории.
Преобразовывает выбранную область мозаики в 
позиции (Positions) или массив позиций (Position 
Array).
13.2.1.2 Раздел Positions
Раздел Current Position
Отображает текущую позицию столика.
Параметр
X Position (X- 
позиция)
Y Position (Y- 
позиция)
Сложение
Описание
Отображает Х-координату текущей позиции. 
Отображает Y-координату текущей позиции.
Добавляет текущую позицию в список позиций 
(Positions List) и активирует ее для получения 
изображения.
Раздел Display mode 
Параметр Описание
Single Positions 
(Одиночные 
позиции)
Position Arrays 
(Массивы 
позиций)
Отображает список одиночных позиций (Single 
Positions List).
Более подробно об одиночных позициях см. термин 
«позиция» в глоссарии.
Отображает список массивов позиций (Position 
Arrays List) и список позиций выбранного массива 
(Positions of selected Array List), содержащий 
полный список одиночных позиций (Single Positions 
List) для выбранного массива.
Более подробно о массивах позиций см. термин 
«позиция» в глоссарии.
Список Single Position List
Отображает добавленные позиции. Список содержит следующие столбцы 
и кнопки:
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 315


--- стр. 461 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Checkbox
(Кнопка-
флажок)
Название
Category
(Категория)
X
Y
Z
Перемещение по 
списку
и 'V
Delete
(Удаление)
Описание
Активирует соответствующий элемент списка для 
полученного изображения.
Здесь редактируется имя одиночной позиции.
Отображает категорию одиночной позиции. Категории 
определяются в настройках области просмотра 
Advanced Tiles Setup (Расширенные настройки модуля 
Tiles) во вкладке Properties (Свойства).
Отображает Х-позицию одиночной позиции.
Отображает Y-позицию одиночной позиции.
Отображает позицию одиночной позиции по оси Z.
Кнопки вверх/вниз перемещают выбранный элемент 
на одну позицию вверх или вниз в списке областей 
мозаик (Tile Regions List). Это позволяет изменять 
порядок получения изображений.
Обратите внимание, что флажок Tile 
Regions/Positions (Области мозаик/Позиции) 
необходимо убрать, см. раздел «Опции модуля Tiles»  
[►  342].
Удаляет выбранный элемент списка.
Lock Разблокирует выбранные элементы списка для
(Блокировка) редактирования.
Options (Опции) Открывает параметры редактирования одиночных  
позиций [►  317].
Список Position Array List
Отображает добавленные массивы позиций. Список содержит следующие 
столбцы и кнопки:
Параметр
Checkbox
(Кнопка-
флажок)
Название
Описание
Активирует соответствующий элемент списка для 
полученного изображения.
Здесь редактируется имя области мозаики. 
Contour (Контур) Отображает контур массива позиций.
Отображает число позиций в массиве.Positions
(Позиции)
Size (Размер) Отображает размер массива позиций.
316 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 462 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Перемещение по списку
и
Delete (Удаление)
Lock(Блокировка)
Options (Опции) 
Раздел Verify Positions  
Параметр
Verify Positions...  
(Проверить позиции...)
Описание
Кнопки вверх/вниз перемещают 
выбранный элемент на одну позицию 
вверх или вниз в списке областей мозаик 
(Tile Regions List). Это позволяет 
изменять порядок полученных 
изображений.
Удаляет выбранный элемент списка.
Разблокирует выбранные элементы 
списка для редактирования.
Открывает параметры редактирования  
массивов позиций  [►  318].
Описание
Открывает диалоговое окно Verify Tile 
Regions (Проверить области мозаик) или  
Verify Positions (Проверить позиции)
[►  322].
13.2.1.2.1 Опции для редактирования одиночных позиций
Параметр
Set Current Z for Selected  
Positions (Установить  
текущую позицию по оси Z  
для выбранных позиций)
Set Current XYZ for Selected  
Position (Установить  
текущую позицию по оси  
X/Y/Zдля выбранной  
позиции)
Delete (Удаление)
Delete АП (Удалить все)
Activate (Активировать)
Deactivate (Деактивировать)
Sort (Упорядочить)
- By Center 
Position (Y -> X) (По 
центральной позиции (Y ->
X) )
- By Center
Position (X -> Y) (По 
центральной позиции (X ->
Y) )
- By Category (По категории) Упорядочивает все позиции по их
Описание
Устанавливает текущую позицию по оси Z 
для всех выбранных позиций.
Устанавливает текущую позицию по оси 
XfVIZ для выбранной позиции.
Удаляет текущую позицию.
Удаляет все позиции.
Активирует текущую позицию для 
получения изображения.
Деактивирует текущую позицию для 
получения изображения.
Упорядочивает элементы списка по 
выбранному параметру.
Упорядочивает все позиции по их общей 
Y-позиции.
Упорядочивает все позиции по их общей 
Х-позиции.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 317


--- стр. 463 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
категории.
318 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 464 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
13.2.1.2.2 Параметры редактирования массивов позиций
Описание
Удаляет текущий массив позиций. 
Удаляет все массивы позиций.
Параметр
Delete (Удаление)
Delete All 
(Удалить все)
Activate
(Активировать)
Deactivate
(Деактивировать)
Unlock
(Разблокировать)
Unlock АП
(Разблокировать
все)
Sort
(Упорядочить)
- By Center 
Position (Y -> X) 
(По центральной 
позиции (Y -> X))
- By Center
Position (X -> Y) 
(По центральной 
позиции (X -> Y))
Активирует текущий массив позиций для получения  
изображения.
Деактивирует текущий массив позиций для получения 
изображения.
Разблокирует текущий массив позиций.
Разблокирует все заблокированные массивы 
позиций.
Упорядочивает элементы списка по выбранному 
параметру.
Упорядочивает все позиции по их общей Y-позиции.
Упорядочивает все позиции по их общей Х-позиции.
13.2.1.3 Раздел Sample Carrier
Отображается только в режиме Show АН (Показать все)
Параметр
Sample Carrier (Подложка) 
Select... (Выбрать...)
(Редактировать 
контрольные точки)
Delete (Удаление)
Calibrate... (Калибровать...)
Описание
Отображает выбранный шаблон подложки.
При отсутствии выбранного шаблона 
отображается None (Отсутствует).
Открывает диалоговое окно Select Template  
(Выбор шаблона)  [►  324].
Здесь выбирается шаблон подложки.
Открывает диалоговое окно 
выбора/редактирования шаблона подложки. 
Здесь можно редактировать и добавлять 
общие контрольные точки в выбранную 
подложку.
Удаляет выбранную подложку из поля 
подложки. Шаблон будет по-прежнему 
доступен в диалоговом окне Select Sample 
Carrier Template (Выбор шаблона 
подложки).
Открывается мастер калибровки подложки 
(Sample Carrier Callibration Wizard). Мастер 
калибровки проведет вас через процесс 
калибровки подложки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 319


--- стр. 465 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Move Focus Drive to Load  
Position Between 
Containers (Переместить  
привод фокусировки в  
позицию загрузки между 
контейнерами)
Описание
Флажок установлен: перемещает привод 
фокусировки в позицию загрузки во время 
перемещения столика к другому контейнеру 
подложки (например, лунки или предметного 
стекла). Это предотвращает возможные 
повреждения.
13.2.1.4 Раздел Focus Surface (Verify)
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
Вкладка Local (per Tile Region)
Отображает добавленные локальные контрольные точки выбранной 
области мозаики. Локальные контрольные точки можно отредактировать в 
параметрах области просмотра Advanced Tiles Setup (Расширенные 
настройки модуля Tiles) во вкладке Support Points (Контрольные точки). 
Список содержит следующие столбцы и кнопки:
Параметр Описание
X Отображает Х-координату контрольной точки
фокусировки.
Y Отображает Y-координату контрольной точки
фокусировки.
Z Отображает Z-координату контрольной точки
фокусировки.
Добавляет новую контрольную точку в выбранную 
Add (Добавить) область мозаики в текущей позиции столика и 
фокусировки.
Delete
(Удаление)
Options (Опции)
Удаляет выбранный элемент списка.
Открывает параметры (Options) редактирования 
контрольных точек (Support Points).
Вкладка Global (on Carrier) Support
Отображает добавленные общие контрольные точки выбранной подложки. 
Общие контрольные точки можно отредактировать в диалоговом окне 
Seiect Sample Carrier Template (Выбор шаблона подложки).
Поскольку список не сильно отличается от списка локальных контрольных 
точек (Local Support Points List), далее описываются только 
дополнительные столбцы:
Параметр Описание
Container Позволяет упорядочивать общие контрольные точки
(Контейнер) по их контейнеру на подложке.
320 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 466 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Verify Support Points...  
(Проверить 
контрольные точки...)
Описание
Открывает диалоговое окно Verify Z Position 
(Проверка позиции по оси Z).
Параметр
Interpolation Degree
(Степень
интерполяции)
Описание
Отображает выбранную степень 
интерполяции.
Степень интерполяции выбирается из 
выпадающего списка.
1 Примечание
Чем изменчивее поверхность используемого образца, тем выше следует 
выбирать степень интерполяции. Для более высоких степеней требуется 
больше контрольных точек. Минимальное число контрольных точек для 
каждой степени интерполяции приводится в выпадающем списке. 
Поскольку превышение минимального числа гарантирует надежность 
расчетов, рекомендуем использовать минимальную степень 
интерполяции, даже если добавлено больше контрольных точек. 
Повышайте степень интерполяции, насколько того требует поверхность 
образца.
Если при выбранной степени интерполяции добавлено слишком мало 
контрольных точек, то будет использоваться предыдущая степень 
интерполяции, соответствующая используемому минимальному 
количеству контрольных точек.
13.2.1.5 Раздел Options
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
В этом разделе задавать такие параметры, как получение изображений и 
режим перемещения столика во время проведения эксперимента. 
Изменения в этом разделе инструментов влияют на все элементы, 
позиции, массивы позиций и получение мозаик.
Параметр
Tile Overlap 
(Перекрытие мозаик)
Stage Т ravel 
Optimization 
(Оптимизация 
перемещения столика)
Перемещение по 
областям мозаик
- Meander (Меандр)
Описание
Определяет перекрытие (в процентах) 
отдельных мозаик в областях мозаик.
Значение по умолчанию: 10%.
Обратите внимание, что низкий процент 
перекрытия может приводить к возникновению 
артефактов. Правильная сшивка изображений 
возможна только при наличии перекрытий.
В этом разделе можно настроить 
перемещение столика во время эксперимента.
Получает области мозаик по типу меандра — 
поочередно с обоих направлений движения 
(слева направо; справа налево). Подобное 
сканирование выполняется быстрее.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 321


--- стр. 467 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
- Comb (Гребень)
- Spiral (Спираль)
Tile Regions/Positions  
(Области мозаик/Позиции)
- Sort by X, then Y 
(Упорядочить по X, затем 
по Y)
- Sort by Y, then X 
(Упорядочить по Y. затем 
по X)
Лунки/контейнеры
подложки
Use Stage  
Speed from
Stage Tool (Использовать  
скорость столика из  
инструмента Stage)
Stage and Focus Backlash  
Correction (Коррекция  
люфта столика и фокуса)
Keep Number of Tiles  
Constant on Re-scaling
(Сохранение числа мозаик  
при изменении масштаба)
Split Scenes into Separate  
Files (Разделение сцен на  
отдельные файлы)
Stitching During Acquisition  
(Сшивка во время  
получения изображений)
Описание
Получает области мозаик по типу гребня — 
только с одного направления движения 
(слева направо). Подобное сканирование 
выполняется точнее.
Получает области мозаик по типу спирали — 
от центра области к внешним границам по 
часовой стрелке. Этот режим подходит 
только для областей с прямоугольными или 
эллиптическими контурами.
Флажок установлен: получение отдельных 
позиций и областей мозаик происходит не в 
той последовательности, в какой они были 
определены в списке областей мозаик (Tile 
Regions).
Перемещение столика будет автоматически 
подстроено под расположение отдельных 
областей мозаик и позиций. В случае 
добавления или удаления областей мозаик 
или позиций порядок получения также 
изменяется.
Области мозаик и позиции упорядочиваются 
по их абсолютной позиции (сначала X, затем 
Y).
Области мозаик и позиции упорядочиваются 
по их абсолютной позиции (сначала Y, затем 
X).
Флажок установлен: применяет выбранные 
типы перемещений (см. описание выше) во 
время получения мозаик с использованием 
лунок/контейнеров.
Флажок установлен: программное 
обеспечение использует скорость 
перемещения столика, установленную в 
инструменте Stage (Столик) правой области 
инструментов.
Флажок установлен: позиционирование 
столика и фокусировки выполняется с 
коррекцией люфта; подобное 
позиционирование точнее, но медленнее.
Флажок установлен: число мозаик 
(столбцов и рядов) остается постоянным при 
изменении масштаба, например из-за смены 
объектива. При активации этой опции 
площадь сканирования на столике не 
является фиксированной. Она зависит от 
текущего размера мозаики.
Флажок установлен: сцены (например, 
области мозаик и позиции) сохраняются в 
отдельных физических файлах. Но они по- 
прежнему объединены в один логический 
файл изображения.
Флажок установлен: сшивка мозаик 
выполняется во время получения.
322 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 468 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Image pyramid
during
acquisition
(Пирамида
изображения во
время
получения)
Описание
Флажок установлен: пирамида изображения 
создается во время получения. При этом изображение 
оптимизируется для быстрого отображения. Если эта 
опция отключена, полученное изображение не будет 
отображаться и обновляться в области документов во 
время получения.
13.2.1.6 Диалоговое окно Verify Tile Regions или Verify Positions
Обратите внимание, что Z-величины позиций, общие и локальные 
контрольные точки проверяются в отдельных диалоговых окнах, доступ к 
которым осуществляется через соответствующие разделы. Поскольку 
диалоговые окна содержат схожие элементы и параметры проверки Z- 
величин, их описание приводится только один раз.
Параметр
Tile Regions/  
Positions List  
(Список областей  
мозаик/позиций)
- Status (Статус)
- Name (Имя)
- Z (pm) (мкм)
- Tile Region 
(Область мозаики)
- Array (Массив)
Опции
Verification Helper  
Method
(Вспомогательный  
метод проверки)
- None
(manual
adjustment)
(Отсутствует
(ручная
регулировка))
Autofocus (AF) 
(Автофокусировка 
(АФ))
Definite Focus (DF) 
(Точная
фокусировка (ТФ))
Описание
Отображает выделенные области мозаик (TR), 
позиции (Р) или контрольные точки (SP). Список 
содержит следующие столбцы и кнопки:
Здесь можно проверить, подтверждена ли позиция 
по оси Z. Затем в соответствующем ряду появится 
зеленая галочка.
Отображает имя выбранной контрольной точки.
Отображает позицию по оси Z области мозаики или 
позиции.
Отображает область мозаики локальной 
контрольной точки.
Показывает, является ли позиция частью массива 
позиций (Position Array).
Открывает меню опций для проверки областей 
мозаик/позиций, см. описание ниже.
При выборе этого параметра необходимо вручную 
отрегулировать фокус для каждой проверяемой 
точки.
Параметр доступен только при наличии в системе 
электропривода фокусировки (по оси Z).
При выборе этого параметра используется 
программная автофокусировка для регулирования 
фокуса для каждой проверяемой точки. Затем в 
диалоговом окне появятся соответствующие кнопки.
Параметр доступен только при наличии в системе 
модуля точной фокусировки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 323


--- стр. 469 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Move to Current Point 
(Переместить в текущую 
точку)
Include Z when Moving to 
Points (Включить Z- 
величину при 
перемещении в точки)
Set Z & Move to Next 
(Установить Z-величину и 
переместить в 
следующую точку)
Run AF (or DF) and Set Z  
(Запустить АФ (или ТФ) и 
установить Z-величину)
Run AF (or DF) and Set Z  
(Запустить АФ (или ТФ) и  
установить Z-величину)
Use AF (or DF) to Verify 
the Remaining 
(Использовать АФ (или 
ТФ) для проверки 
оставшихся точек)
Описание
При выборе этого параметра используется точная  
фокусировка для регулирования фокуса для каждой  
проверяемой точки. Ниже, в диалоговом окне  
появятся соответствующие кнопки.
Перемещает столик в текущую точку.
Флажок установлен; запускается программная  
автофокусировка и для контрольной точки задается  
определенная Z-величина.
Устанавливает текущую Z-величину для выбранной  
контрольной точки и меняет статус на  
подтвержденный. Затем программное обеспечение  
перемещает столик в следующую контрольную точку.
Эта кнопка отображается, только если в качестве  
вспомогательного метода (Helper Method) выбрана  
автофокусировка (АФ) (Autofocus (AF)) или точная  
фокусировка (ТФ) (Definite Focus (DF)).
Запускает программную автофокусировку/точную  
фокусировку и меняет статус позиции по оси Z на  
подтвержденный.
Эта кнопка отображается, только если в качестве  
вспомогательного метода (Helper Method) выбрана  
автофокусировка (АФ) (Autofocus (AF)) или точная  
фокусировка (ТФ) (Definite Focus (DF)).
Запускает программную автофокусировку/точную  
фокусировку и меняет статус позиции по оси Z на  
подтвержденный.
Эта кнопка отображается, только если в качестве  
вспомогательного метода (Helper Method) выбрана  
автофокусировка (АФ) (Autofocus (AF)) или точная  
фокусировка (ТФ) (Definite Focus (DF)). 
Автоматически перемещается к оставшимся точкам и  
с помощью программной фокусировки определяет  
для них Z-величину.
Параметры проверки областей мозаик/позиций
Параметр
Current Point Verified 
(Текущая точка 
подтверждена)
Set all Points as Verified 
(Изменить статус всех 
точек на подтвержденный)
Reset Verification State of all 
Points (Сбросить статус  
всех точек)
Set Current Z for Selected 
Points (Установить 
текущую Z-величину для 
выбранных точек)
Set Current Z for all Points 
(Установить текущую Z- 
величину для всех точек)
Описание
Здесь можно изменить статус выбранной  
контрольной точки с подтвержденного на  
неподтвержденный (или наоборот).
Изменяет статус всех точек на подтвержденный.
Изменяет статус всех точек на неподтвержденный.
Текущая Z-величина устанавливается для всех  
выбранных точек.
Текущая Z-величина устанавливается для всех  
точек.
324 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 470 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
Apply Z-Offset... 
(Применить 
смещение по 
оси Z...)
Описание
Открывает диалоговое окно для применения 
смещения по оси Z для всех или выбранных точек.
13.2.1.7 Диалоговое окно Select Template
IIK S
?* <  i4 m m  ■  го m m  C *t»»
mm ^ijO ovnC eccrSt^ 
76 mm Ю  * jO nwn to n e 
M tibciw rbn 1 2
6M tK.he?nb*( ЗИ 
Ше»ОшЫва%
Ш ш ш Ь
Ш М тФ% 
ih^D shi& K Tiffi 
»тО*Ф<Ьв1р^(п 
S l« l« 3 » *8 i» n n  ’ ^ к к Т & х ^  f/itn $ М «  7 6 x 7 6  т л >
а ,,  fo ^ 4  к > ! edit oloeiijs Sijpt'iort prjint^ ор*чь the Млси unndt.xM.
Параметр
User Templates
(Пользовательские
шаблоны)
ZEISS Templates 
(Шаблоны ZEISS)
Add (Добавить)
Delete (Удаление)
Options (Опции) 
Preview
(Предварительный
просмотр)
Описание
Отображает все персонализированные шаблоны 
подложек.
Отображает предустановленные шаблоны ZEISS 
для нескольких подложек.
Открывает диалоговое окно Edit Sample Carrier 
Template (Редактировать шаблон подложки) для 
создания нового шаблона.
Удаляет выбранный шаблон подложки.
Открывает параметры (Options) редактирования 
шаблонов подложек.
Обеспечивает предварительный просмотр 
выбранного шаблона подложки.
13.2.2 Меню Tiles Advanced Setup
В меню Tiles Advanced Setup (Расширенные настройки модуля Tiles) 
можно выполнять расширенную настройку и планировать проведение 
эксперимента в модуле Tiles & Positioлs. В центральной области экрана 
отображается поле обзора столика  [►  325]. При открытии окна Advanced 
Tiles Setup (ATS) (Расширенные настройки модуля Tiles) поле обзора 
столика «расширяется» на
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке 325


--- стр. 471 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
предустановленный коэффициент. Размер поля можно изменить во 
вкладке Dimensions | Zoom (Измерения | Размер окна) или вращением 
колесика мыши.
Для перемещения по экрану доступны следующие опции:
В каждом углу и вдоль каждой кромки расположены стрелки, нажимая на 
которые, можно перемещать поле обзора в направлении каждой из 
стрелок. Для центрирования поля обзора на текущей позиции столика 
нажмите кнопку Center to Stage Position (Центрировать по позиции 
столика). Дополнительные настройки и инструменты, используемые при 
работе с областями мозаик или позициями, находятся в опциях 
предметного просмотра.
1 Поле обзора столика (Stage View)  [► 325].
2 Центрировать по позиции столика
3 Опции предметного просмотра:
Вкладка Preview Scan (Сканирование просмотра)  [►  326]. 
Вкладка Carrier (Подложка)  [►  327].
Вкладка Tile Region Setup (Настройка области мозаики)  [►  329]. 
Вкладка Position Setup (Настройка позиции)  [►  332].
Вкладка Properties (Свойства)  [►  336].
Вкладка Support Points (Контрольные точки)  [►  339].
13.2.3 Поле обзора столика
в центральной области экрана отображается весь диапазон 
перемещения столика микроскопа, а также текущая позиция столика, 
графическое представление подложек и полученные изображения мозаик. 
Управлять полем обзора столика можно с помощью стрелок по краям 
области изображения. Поле обзора можно расширять, уменьшать или 
перемещать с помощью элементов общего управления.
326 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 472 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Символ Параметр Описание
Selected/Active Выделяет выбранный/активный
(Выбранный/активный) контейнер/лунку синим контуром.
Live Navigator (Живой  
навигатор)
Tile Region (Область  
мозаики)
Positions (Позиции)
Position Arrays  
(Массивы позиций)
Local Support Point  
(Локальная 
контрольная точка)
Global Support Point  
(Общая контрольная  
точка)
Отображает текущую позицию 
столика, а также живое 
изображение в виде синего 
фрейма. Для перемещения 
фрейма дважды щелкните по 
необходимой позиции. Или 
переместите мышь, удерживая 
левую кнопку мыши на 
инструменте Live Navigator (Живой 
навигатор). Рамка также служит 
для управления получением 
изображения. При нажатии на 
одну из синих стрелок рамки будет 
получено изображение. 
Инструмент Live Navigator (Живой 
навигатор) перемещается в 
соответствующем направлении на 
расстояние, равное ширине 
одного фрейма. Подобным 
способом можно создавать 
мозаичные изображения 
используемого образца.
Выделяет области мозаик в поле 
обзора столика красной расчетной 
сеткой.
Выделяет позиции в поле обзора 
столика знаком «плюс» желтого 
цвета.
Выделяет массивы позиций в поле 
обзора столика соответствующими 
знаками позиций, окруженными 
пунктирной линий.
Выделяет локальные контрольные 
точки в поле обзора столика 
желтым кругом с точкой в центре.
Выделяет общие контрольные 
точки в поле обзора столика 
белым кругом с точкой в центре.
13.2.4 Опции предметного просмотра
13.2.4.1 Вкладка Preview Scan
Во вкладке Preview Scan (Сканирование просмотра) можно задать 
настройки сканирования просмотра. Обычно для этого используется 
объектив с малым увеличением и канал, предохраняющий используемый 
образец (например, проходящий свет). Это обеспечит обзор образца с 
низким разрешением для выделения областей мозаик и (или) позиций.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 327


--- стр. 473 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
1 Примечание
Обратите внимание, что выбранный объектив для сканирования 
просмотра связан с настройками эксперимента. Смена объектива 
отразится в настройках во вкладке Locate (Местоположение) или 
Acquisition (Получение изображений). Таким образом, чтобы 
использовать другой объектив для проведения эксперимента, после 
сканирования просмотра вам придется быстро переставить объектив.
Параметр
Start Preview Scan (Начать  
сканирование просмотра)
Delete Existing Preview
Images(Удалить
существующие
изображения
предварительного
просмотра)
Objective/Optovar
(Объектив/модуль
Optovar)
Use Existing Experiment  
Settings (Использовать  
существующие настройки  
эксперимента)
Описание
Запускает сканирование просмотра для 
получения обзорных изображений.
Флажок установлен: удаляет 
существующие изображения 
предварительного просмотра при 
получении следующего изображения.
Здесь можно выбрать объектив и модуль 
Optovar, которые будут использоваться для 
сканирования просмотра.
Для получения обзорных изображений всех 
активных мозаик и позиций переключитесь 
на объектив с малым увеличением. 
Установите время экспозиции канала и 
начните получение обзорных изображений.
Флажок установлен: использует 
существующие настройки эксперимента. 
Эта настройка используется по умолчанию.
Флажок убран: открываются 
дополнительные опции Camera (Камера) и 
Channels (Каналы). Это позволяет 
выполнять независимую 
активацию/деактивацию каналов. Параметр 
Use Binning from Experiment  
(Использовать биннинг из эксперимента) 
позволит определять настройки биннинга 
независимо от используемых в 
эксперименте.
При использовании биннинга 
автоматически компенсируется время 
экспозиции во избежание насыщенности. 
Изменение этих параметров не влияет на 
настройки, которые будут использоваться 
для проведения эксперимента.
13.2.4.2 Вкладка Carrier
Отображается только при выборе подложки.
Во вкладке представлено графическое изображение используемой 
подложки.
328 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 474 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
1 Примечание
Учитываются только контейнеры/лунки, чьи области мозаик и позиции 
были определены опцией Setup by Carrier  (Определение по подложке) 
[►  331] вкладки ТМе Regions Setup (Настройка областей мозаик) или 
опцией Setup by Gamer (Определение по подложке) [►  335] вкладки 
Positions Setup (Настройка позиций).
Обратите внимание на следующие особенности отображения: 
Символ Описание
□.О
о
Пустые контейнеры/лунки выделяются 
серым цветом, что означает, что области 
мозаик или позиции не были определены 
опцией Carrier (Подложка)
Активные контейнеры/лунки выделяются 
синим контуром.
Контейнеры/лунки, заполненные только 
областями мозаик, выделяются заливкой 
желтого цвета.
Контейнеры/лунки, заполненные только 
позициями, выделяются заливкой 
оранжевого цвета.
Контейнеры/лунки, заполненные 
областями мозаик и позициями,
выделяются одновременно желтой и 
оранжевой заливкой.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 329


--- стр. 475 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
1 Примечание
Правой кнопкой мыши вызывается небольшое контекстное меню. С его 
помощью можно копировать содержимое выбранной лунки или вставлять 
содержимое во все или выбранные лунки.
13.2.4.3 Вкладка Tile Region Setup
Во вкладке Tile Region Setup (Настройка области мозаики) можно выбрать 
настройки областей мозаик. Для выбора доступны три варианта настроек:
13.2.4.3.1 Setup by Contour
Опция Setup by Contour (Определение по контуру) позволяет определить 
области мозаик по контуру.
Раздел Contour
В разделе Contour (Контур) можно выбрать контур области мозаики. 
Пользователю доступны следующие инструменты:
Параметр 
Режим выбора
Прямоугольник
Овал
Описание
Чтобы переместить или отредактировать 
уже созданную область мозаики, нажмите 
на нее с помощью этого инструмента.
С помощью этого инструмента можно 
создать прямоугольную область мозаики.
С помощью этого инструмента можно 
создать овальную область мозаики.
Многоугольник
Keep Tool (Удерживать  
инструмент)
С помощью этого инструмента можно 
создать многоугольную область мозаики.
Флажок установлен: выбранный 
инструмент остается активным. Можно 
использовать инструмент несколько раз 
подряд без необходимости его повторного 
выбора.
13.2.4.3.2 Setup by Predefined
В опции Setup by Predefined (Определение по предустановленным 
значениям) можно задать количество или размер областей мозаик.
Раздел Tool
В разделе Tool (Инструмент) можно выбрать требующийся инструмент. 
Пользователю доступны следующие инструменты:
Параметр
Выделение
Описание
Выбирает элемент в поле обзора столика для 
редактирования или перемещения.
330 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 476 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Добавить
область
мозаики
Keep Tool
(Удерживать
инструмент)
Описание
Добавляет текущее определение мозаики в область 
изображения.
Флажок установлен: выбранный инструмент остается 
активным. Можно использовать инструмент несколько 
раз подряд без необходимости его повторного выбора.
Раздел Contour
Отображается только в режиме Show АН (Показать все).
В разделе Contour (Контур) можно выбрать контур области мозаики. 
Пользователю доступны следующие инструменты:
Параметр
Прямоугольник
Описание
Добавляет прямоугольную область мозаики. 
Добавляет круглую область мозаики.
Круг
Раздел Mode 
Параметр 
Tiles (Мозаики)
Size (Размер)
Stake (Маркеры)
Описание
Необходимо задать количество мозаик для 
расчета размера области мозаики. Введите 
количество мозаик в поля ввода X/Y. В 
случае добавления круглой области 
мозаики в поле ввода Diameter (Диаметр) 
укажите число мозаик в диаметре.
Необходимо задать размер мозаик для 
расчета размера области мозаики. Введите 
размер области мозаики в поля ввода X/Y.
В случае добавления круглой области 
мозаики в поле ввода Diameter (Диаметр) 
введите диаметр области мозаики.
Определяет область мозаики путем 
размещения не менее двух маркеров 
(координаты столика по осям >7Y, заданные 
пользователем). Чтобы изменить область 
мозаики (расширить/уменьшить), 
отрегулируйте область мозаики до 
необходимого размера. После определения 
области мозаики нажмите кнопку Done 
(Выполнено). Чтобы таким образом создать 
круглые или прямоугольные области 
мозаик, выберите соответствующий контур.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 331


--- стр. 477 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Сложение
Описание
Добавляет область мозаики в список 
областей мозаик (Tile Regions List) и 
активирует ее для получения изображения.
Добавленные области мозаик отобразятся 
в виде красных расчетных сеток в поле 
обзора столика в разделе Advanced Tiles  
Setup (Расширенные настройки модуля 
Tiles).
13.2.4.3.3 Setup by Carrier
Опция Setup by Carrier (Определение no подложке) позволяет 
автоматически определить области мозаик по коэффициенту заполнения 
подложки.
1 Примечание
Подложка должна быть выбрана в разделе Sample Салл/ел (Подложка) 
[► 318] инструмента Tiles (Мозаики).
1 Примечание
При переключении в режим определения области мозаики по подложке 
созданные вручную области мозаик и позиции (определенные по контуру 
и предустановленным значениям) будут удалены. Если необходимо 
объединить ручной и автоматический способы определения, то сначала 
воспользуйтесь определением по подложке (Setup by Carrier), а затем 
перейдите в режим ручного определения.
Областям мозаик, автоматически созданным определением по подложке 
(Carrier), по умолчанию назначается контейнер, за которым они 
закрепляются, после чего на них устанавливается защита от 
редактирования вручную. Разблокировать области мозаик можно в 
инструменте Tiles (Мозаики), выбрав необходимую область мозаики и 
нажав на кнопку разблокировки.
332 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 478 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр 
Create (Создать)
Remove (Удалить)
Fill Factor (Коэффициент  
заполнения)
Columns/Rows
(Столбцы/Ряды)
Описание
Активен, только если выбран контейнер во 
вкладке Сагг/ег (Подложка) [►  327] или в 
поле обзора столика  [►  325].
Автоматически создает области мозаик с 
заданным коэффициентом залолнения в 
выбранном контейнере лодложки.
Удаляет все области мозаик в выбранном 
контейнере.
Здесь задается коэффициент, 
ислользуемый для залолнения выбранного 
контейнера.
Здесь можно добавить в контейнер 
одиночные области мозаик, указав число 
столбцов и рядов мозаики. Область 
мозаики всегда размещается в центре 
контейнера лунки.
13.2.4.4 Вкладка Position Setup
Во вкладке Position Setup (Настройка позиции) можно выбрать настройки 
позиций. Для выбора доступны три варианта настроек.
13.2.4.4.1 Setup by Location
Опция Setup by Location (Определение по местоположению) позволяет 
определить позиции по местоположению. Различные позиции в поле 
обзора столика добавляются с помощью мыши.
Параметр
Выделение
Сложение
Описание
Выбирает элемент в поле обзора столика 
для редактирования или перемещения.
Добавляет новую позицию в поле обзора 
столика.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 333


--- стр. 479 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Keep Tool (Удерживать  
инструмент)
Описание
Флажок установлен: выбранный 
инструмент остается активным. Можно 
использовать инструмент несколько раз 
подряд без необходимости его повторного 
выбора.
Параметр
X Position/Y Position (X-  
позиция/ Y-позиция)
Сложение
Описание
Отображает текущую позицию столика 
(X/Y).
Добавляет новую позицию при текущем 
положении столика.
13.2.4.4.2 Setup by Array
Опция Setup by Array (Определение по массиву) позволяет определять 
позиции по массиву позиций. В поле обзора столика можно добавлять 
различные контуры массивов позиций.
1 Примечание
Массивы позиций — это группы, состоящие из нескольких отдельных 
позиций. Обычно массивы позиций содержат несколько сотен отдельных 
позиций. Они облегчают работу с правильно и равномерно 
распределенными образцами.
Раздел Contour
В разделе Contour (Контур) можно выбрать контур области мозаики. 
Пользователю доступны следующие инструменты;
334 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 480 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр 
Режим выбора
Прямоугольник
Овал
Описание
Чтобы переместить или отредактировать 
уже созданный массив позиций, нажмите на 
него с помощью этого инструмента.
С помощью этого инструмента можно 
создать прямоугольный массив позиций.
С помощью этого инструмента можно 
создать овальный массив позиций.
Keep Tool (Удерживать  
инструмент)
Флажок установлен: выбранный 
инструмент остается активным. Можно 
использовать инструмент несколько раз 
подряд без необходимости его повторного 
выбора.
Раздел Number  
Параметр 
Number (Число)
Описание
Отображает текущее число позиций, 
распределенных по новому массиву позиций. 
Измените это число, чтобы увеличить или 
уменьшить число одиночных позиций, 
полученных с помощью массива позиций.
Раздел Bias
Отображается только в режиме Show АП (Показать все).
В разделе Bias (Смещение) можно задать смещение распределения 
одиночных позиций, созданных для нового массива позиций.
Параметр 
Bias (Смещение)
- None (Отсутствует)
- Center (Центр)
- Edge (Край)
Random (Случайное)
Описание
Корректирует общее положение одиночных 
позиций в массиве позиций.
Одиночные позиции массива позиций 
равномерно распределяются внутри массива.
Одиночные позиции массива позиций 
распределяются главным образом вблизи центра 
массива позиций. По краям массива 
располагается меньшее число позиций.
Позиции массива позиций распределяются по 
краям массива. В центре массива располагается 
меньшее число позиций.
Флажок установлен: одиночные позиции 
массива распределяются внутри него в 
случайном порядке. Общее смещение по- 
прежнему учитывается.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 335


--- стр. 481 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
13.2.4.4.3 Setup by Carrier
Опция Setup by Carrier (Определение по подложке) позволяет 
автоматически определять позиции по соответствующей подложке 
образца.
1 Примечание
Подложку следует выбрать в разделе Sample Carrier (Подложка) 
инструмента Tiles (Мозаики).
1 Примечание
При переключении в режим определения области мозаики по подложке 
созданные вручную области мозаик и позиции (определенные по контуру 
и предустановленным значениям) будут удалены. Если необходимо 
объединить ручной и автоматический способы определения, сначала 
воспользуйтесь определением по подложке (Setup by Carrier), а затем 
перейдите в режим ручного определения.
Tile Region Setup Position Setup ' Properties Support Points
Setup by Location Array Carrier
Create or Remove Position Arrays for Selected Carrier Container
+ Create Remove
Distribute Positions bv Number
Number ю
Center None
Random
Параметр 
Create (Создать)
Remove (Удалить)
Описание
Активен, только если выбран контейнер во 
вкладке Сагг/ег (Подложка) [►  327] или в поле 
обзора столика  [►  325].
Автоматически создает области мозаик с 
заданным коэффициентом заполнения в 
выбранном контейнере подложки.
Удаляет все области мозаик в выбранном 
контейнере.
336 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 482 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Раздел Number 
Параметр 
Number (Число)
Описание
Отображает текущее число позиций, 
распределенных по новому массиву позиций. 
Измените это число, чтобы увеличить или 
уменьшить число одиночных позиций, 
полученных с помощью массива позиций.
Раздел Bias
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
В разделе Bias (Смещение) можно задать смещение распределения 
одиночных позиций, созданных для нового массива позиций.
Параметр 
Bias (Смещение)
- None (Отсутствует)
- Center (Центр)
- Edge (Край)
Random (Случайное)
Описание
Корректирует общее положение одиночных 
позиций в массиве позиций.
Одиночные позиции массива позиций 
равномерно распределяются внутри массива.
Одиночные позиции массива позиций 
распределяются главным образом вблизи центра 
массива позиций. По краям массива 
располагается меньшее число позиций.
Позиции массива позиций распределяются по 
краям массива. В центре массива располагается 
меньшее число позиций.
Флажок установлен; одиночные позиции 
массива распределяются внутри него в 
случайном порядке. Общее смещение по- 
прежнему учитывается.
13.2.4.5 Вкладка Properties
Во вкладке Properties (Свойства) можно управлять свойствами выбранной 
области мозаики или позиции.
1 Примечание
Для просмотра параметров, доступных в этой вкладке, необходимо 
выбрать область мозаики или одиночную позицию. Просматривать и 
управлять параметрами целого массива позиций невозможно.
13.2.4.5.1 Свойства выбранных областей мозаик
В разделе Properties of selected Tile Regions (Свойства выбранных 
областей мозаик) можно управлять свойствами выбранной области 
мозаики.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 337


--- стр. 483 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Рисунок 13.2. Вкладка Properties (режим о т о б р а ж е н и я  в с е х  ф ун к ц и й )
Параметр
Use for Acquisition  
(Использовать для  
получения изображений)
Название
Size (Размер)
Tiles (Мозаики)
Position (Позиция)
Set Current Z (Установить  
текущую позицию по оси  
Z)
Описание
Флажок установлен: использует 
выбранную область мозаики для получения 
изображения.
Здесь вводится имя выбранной области 
мозаики.
Здесь можно просматривать и 
редактировать размер области мозаики в 
измерениях X/Y/Z.
X/Y-измерения областей мозаик, созданных 
с помощью опции Setup by Carrier  
(Определение по подложке) [►  331], 
редактировать нельзя, поскольку они 
установлены размером контейнера/лунки.
Здесь можно просматривать число мозаик 
в измерениях X/Y.
Число мозаик отредактировать нельзя, 
поскольку оно определяется размером 
области мозаики.
Здесь можно указать позицию выбранной 
области мозаики в X/Y-измерениях.
Позиции областей мозаик, созданные с 
помощью опции Setup by Carrier  
(Определение по подложке) [►  331], 
редактировать нельзя, поскольку они 
определяются контейнером/лункой.
Устанавливает Z-измерение в текущей 
позиции по оси Z привода фокусировки.
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
338 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 484 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Здесь можно присваивать категории областям мозаик. Определения 
категорий отобразятся в соответствующем столбце таблицы инструмента 
Tiles (Мозаики). Это значение также записывается в метаданные 
изображения. Таким образом, переменные или схемы определений лунок 
могут создаваться и сохраняться в качестве элемента шаблона 
эксперимента.
Параметр
Category (Категория)
Options (Опции)
- New... (Создать...)
-Edit...
(Редактировать...)
- Delete (Удалить)
Описание
Отображает текущую присвоенную категорию 
выбранной области мозаик. Категория Default 
(По умолчанию) устанавливается для всех новых 
областей мозаик.
Открывает параметры редактирования и 
создания категорий.
Открывает диалоговое окно New Category 
(Новая категория) для создания новой категории.
Открывает диалоговое окно Edit Category  
(Редактировать категорию) для редактирования 
выбранной категории.
Удаляет выбранную категорию и присваивает 
этой категории области мозаик значение Default 
(По умолчанию).
13.2.4.5.2 Свойства выбранных позиций
В разделе Properties of selected Positions (Свойства выбранных позиций) 
можно управлять свойствами выбранной позиции.
Рисунок 13.3. Вкладка Properties (режим отображения всех функций)
Параметр Описание
Use for Acquisition Флажок установлен: использует выбранную 
(Использовать для позицию для получения изображения, 
получения 
изображений)
Название Здесь вводится имя выбранной позиции.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке 339


--- стр. 485 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
X/Y/Z
Set Current X/Y/Z 
(Установить текущую  
позицию по оси 
X/Y/Z)
Set Current Z  
(Установить текущую  
позицию по оси Z)
Описание
Здесь можно просматривать и редактировать 
положение выбранной позиции на столике в 
X/Y/Z-измерениях.
Устанавливает X/Y/Z-измерение в текущей 
позиции по оси X/Y/Z столика/привода 
фокусировки.
Устанавливает Z-измерение в текущей позиции 
по оси Z привода фокусировки.
Отображается только в режиме Show АП (Показать все).
Здесь можно присваивать категории областям мозаик. Определения 
категорий отобразятся в соответствующем столбце таблицы инструмента 
Tiles (Мозаики). Это значение также записывается в метаданные 
изображения. Таким образом, переменные или схемы определений лунок 
могут создаваться и сохраняться в качестве элемента щаблона 
эксперимента.
Параметр
Category
(Категория)
Options (Опции)
- New... 
(Создать...)
-Edit...
(Редактировать.
- Delete (Удалить)
Описание
Отображает текущую присвоенную категорию 
выбранной области мозаик. Категория Default 
(По умолчанию) устанавливается для всех новых 
областей мозаик.
Открывает параметры редактирования и создания 
категорий.
Открывает диалоговое окно New Category (Новая 
категория) для создания новой категории.
Открывает диалоговое окно Edit Category  
(Редактировать категорию) для редактирования 
выбранной категории.
Удаляет выбранную категорию и присваивает этой 
категории области мозаик значение Default (По 
умолчанию).
13.2.4.6 Вкладка Support Points
Во вкладке Support Points (Контрольные точки) можно создавать, 
распределять и управлять свойствами выбранных локальных и общих 
контрольных точек.
340 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 486 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Tile Region Setup " Pcsiticn Setup ' Properties’ Support Points
Properties of Selected Support Points
X C  Set Cun ent i •: i.
Set Current Z
Distribute Support Points on Selected Tile Regions
Columns 2 Rows 2 ! t Distribute
Set One Support Point into Center Position 
Add Support Point at Current Stage and Focus Position
Раздел Properties of Selected Support Point
Раздел Properties of Selected Support Point (Свойства выбранной 
контрольной точки) содержит следуюгдие столбцы и кнопки:
Параметр 
Position (Позиция)
Set Current X/Y/Z (Установить 
текущую позицию по оси 
X/Y/Z)
Set Current Z (Установить 
текущую позицию по оси Z)
Описание
X/Y-измерения отображаются, только в 
режиме Show All (Показать все).
Здесь можно просматривать и 
редактировать положение выбранной 
позиции на столике в X/Y/Z-измерениях.
Отображается только в режиме Show 
All (Показать все).
Устанавливает X/Y/Z-измерение в 
текущей позиции по оси X/Y/Z 
столика/привода фокусировки.
Устанавливает Z-измерение в текущей 
позиции по оси Z привода фокусировки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 341


--- стр. 487 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
1 Примечание
Свойства общих контрольных точек
Свойства выбранных общих контрольных точек слегка отличаются от 
свойств локальных контрольных точек, поскольку X/Y-измерения 
определяются выбранным шаблоном подложки и не редактируются. 
Поэтому в разделе общих контрольных точек отсутствует кнопка 
Set Current X/Y/Z (Установить текущую позицию X/Y/Z). Если необходимо 
отредактировать количество и XY-измерения общих контрольных точек, 
это можно сделать непосредственно в разделе Sample Carrier (Подложка) 
инструмента Tiles (Мозаики).
Режим Show All (Показать все) не влияет на отображение 
дополнительных опций общих контрольных точек, а также опций 
локальных контрольных точек.
Раздел Distribute Support Points on Selected Tile Regions  
1 Примечание
Раздел Distribute Support Points on Selected Tile Regions (Распределение 
контрольных точек по выбранным областям мозаик) отображается, только 
если выбрана одна или более областей мозаик или локальная 
контрольная точка области мозаики. При выборе локальной контрольной 
точки отключаются функции раздела распределения контрольных точек.
Раздел Distribute Support Points on Selected Tile Regions (Распределение 
контрольных точек по выбранным областям мозаик) содержит следующие 
поля ввода и кнопки:
Параметр
Columns (Столбцы)
Rows (Ряды)
Distribute (Распределить)
Set One Support Point into  
Center Position  
(Установить одну  
контрольную точку в  
центр)
Add Support Point at  
Current Stage and Focus  
Position (Добавить  
контрольную точку в  
текущей позиции столика  
и фокусировки)
Описание
Определяет число столбцов контрольных 
точек в выбранной области мозаики.
Определяет число рядов контрольных 
точек в выбранной области мозаики.
Распределяет по области мозаики 
заданное в полях ввода столбцов и рядов 
число контрольных точек. Ранее 
определенные контрольные точки будут 
удалены.
Отображается только в режиме Show All 
(Показать все).
Устанавливает одну контрольную точку в 
центр выбранной области мозаики. Ранее 
определенные контрольные точки будут 
удалены.
Отображается только в режиме Show All 
(Показать все).
Добавляет контрольную точку в текущей 
позиции столика и фокусировки. Не влияет 
на ранее определенные контрольные 
точки.
342 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 488 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
13.2.5 Опции модуля Tiles
Дополнительные опции модуля Tiles (Мозаики) позволяют настраивать 
несколько параметров получения изображений и дополнительной информации. 
Диалоговое окно опций модуля Tiles находится в меню Tools |  Options... | 
Acquisition |  Tiles (Инструменты | Опции... | Получение изображений | Мозаики). 
Раздел Tiles
Параметр
Automatically Start Live  
Mode in the Advanced  
Setup View 
(Автоматически  
запускать режим живого  
изображения в окне 
расширенных настроек)
Additionally Open Snap  
Images as Separate  
Documents
(Дополнительно открыть  
моментальные снимки в  
отдельных документах)
Show Information Title in  
the Advanced Setup View  
(Показывать  
информационный 
заголовок в окне  
расширенных настроек)
Show Snap Animation  
(Показывать анимацию  
моментального снимка)
Automatic Snap by  
Clicking the Live Navigator  
Buttons (Автоматический  
моментальный снимок  
нажатием кнопки Live 
Navigator)
Enable Stage Moving with  
Live Navigator Handle  
(Активировать  
перемещение столика с  
помощью манипулятора  
живого навигатора)
Описание
Флажок установлен: автоматически запускает 
режим живого изображения в центральной 
области экрана при нажатии на кнопку 
Advanced Setup (Расширенные настройки) во 
вкладке Acquisition (Получение изображений) 
инструмента Tiles (Мозаики).
Отключите эту опцию для предотвращения 
обесцвечивания образца.
Флажок установлен: при нажатии кнопки 
Advanced Setup (Расширенные настройки) во 
вкладке Acquisition (Получение изображений) 
инструмента Tiles (Мозаики) создается новый 
файл в отдельном контейнере для 
моментального снимка, а не просто миниатюра 
в области предварительного просмотра.
Флажок установлен: при нажатии на кнопку 
Advanced Setup (Расширенные настройки) во 
вкладке Acquisition (Получение изображений) 
инструмента Tiles (Мозаики) над окном 
Advanced Setup (Расширенные настройки) 
отображается панель, которая содержит 
дополнительную информацию.
Флажок установлен: показывает 
моментальный снимок, анимированный во 
время получения моментального снимка нового 
изображения в окне Advanced Setup 
(Расширенные настройки).
Флажок установлен: делает снимок во вкладке 
Advanced Setup (Расширенные настройки)  
модуля Tiles (Мозаики) каждый раз при 
перемещении инструмента Live Navigator 
(Живой навигатор) с помощью стрелок 
перемещения.
В инструменте Live Navigator (Живой навигатор) 
отображает текущую позицию столика, в том 
числе живое изображение в виде фрейма, 
выделенного синим. Для перемещения фрейма 
дважды щелкните по необходимой позиции. 
Рамка также служит для управления 
получением изображения.
Флажок установлен: получает изображение 
при нажатии на одну из синих стрелок фрейма. 
Инструмент Live Navigator (Живой навигатор) 
перемещается в соответствующем направлении 
на расстояние, равное ширине одного фрейма. 
Подобным способом можно создавать 
мозаичные изображения используемого 
образца.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 343


--- стр. 489 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Show Label on Sample  
Carrier Container  
(Показывать метку на  
контейнере подложки)
Show Tool Tip on Sample  
Carrier Container  
(Показывать  
всплывающую  
подсказку на 
контейнере подложки)
Delimiter for CSV Export/  
Import (Разделитель  
для экспорта/импорта  
CSV)
Ask Whether Support  
Points/Positions Should  
be Overwritten 
(Спрашивать, заменять  
ли контрольные  
точки/позиции)
Enable Removing of  
Focus Surface Outlier  
(Активировать  
устранение точек за  
пределами фокальной  
поверхности)
- Maximum Interpolation 
Degree for Outlier 
Detection (Макс. 
Степень интерполяции 
для определения 
выпадающих точек)
- Threshold in Terms of the 
Standard Deviation 
(Sigma) (Пороговая 
величина при 
стандартном 
отклонении (Сигма))
Activate Stitching During  
Acquisition for New  
Experiments 
(Активировать сшивку  
во время получения  
изображения для 
новых экспериментов)
Описание
Флажок установлен: показывает метку на 
каждом контейнере/лунке выбранной 
подложки.
Флажок установлен: во вкладке Carrier 
(Подложка) при наведении мыши показывает 
подсказку с именем контейнера/лунки.
Определяет разделитель для экспорта или 
импорта CSV-файла. Выберите запятую 
(Comma) (по умолчанию), точку с запятой 
(Semicolon) или табуляцию (Tab).
Если контрольные точки и (или) позиции 
определяются программной 
автофокусировкой, существующие точки могут 
быть заменены новыми Z-величинами.
Флажок установлен: отображает окно 
сообщения, в котором предлагается заменить 
точки при наличии Z-величины, определенной 
автофокусировкой.
Флажок установлен: игнорирует контрольные 
точки, расположенные далеко за пределами 
интерполированной фокальной поверхности.
В этом разделе доступны следующие опции:
Эта значение может равняться О  или 1. При 
значении «1» для определения выпадающих 
контрольных точек используется линейное 
приближение. Эта опция используется по 
умолчанию. При «О» для определения 
выпадающих опорных точек используется 
среднее значение.
Этот параметр устанавливает пороговое 
значение для определения контрольных точек, 
выпадающих из процесса приближения. Она 
определяется стандартным отклонением 
(среднеквадратическое значение), заданным в 
счетчике. Контрольные точки, не 
соответствующие этому критерию, как 
следствие, игнорируются при определении 
фокальной поверхности.
Флажок установлен: активирует сшивку во 
время получения изображения по умолчанию 
для всех новых экспериментов
Для проведения нового эксперимента это 
значение заменяется соответствующей 
опцией в разделе настроек модуля Tiles 
(Мозаики).
344 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 490 ---
13 Модуль Tiles & Positions | 13.2 Функции и их назначение
Параметр
Use Local Focus Surface  
for Preview Scans  
(Использовать  
локальную фокальную  
поверхность для сканов  
предпросмотра)
Binning Compensation of  
Exposure Time in Preview  
Scans(Компенсация  
биннинга для 
определения времени  
экспозиции на сканах  
предпросмотра)
Описание
Флажок установлен: для получения сканов 
предпросмотра используйте значения 
локальных фокальных поверхностей (Z- 
величины позиций, области мозаик и, если 
определены, интерполированные локальные 
поверхности, определенные по контрольным 
точкам).
Обратите внимание, что при активации 
измерения в модуле Tiles (Мозаики) 
предварительно устанавливается 
соответствующая стратегия Use Focus  
Surface Defined by Tiles Setup  
(Использовать фокальную поверхность, 
определенную в настройках модуля Tiles).
Определяет силу изменения коэффициента 
биннинга с целью автоматического 
определения времени экспозиции, 
используемой для сканирования просмотра, 
где настройки биннинга отличаются в 
интервале между экспериментом и 
сканированием просмотра. Значением по 
умолчанию является «2.0», то есть 
квадратичное. Таким образом, например, 
время экспозиции будет уменьшено в четыре 
раза, если биннинг эксперимента составляет 
1 х1, а биннинг сканирования просмотра — 
2x2. Это значение может варьироваться в 
интервале между 1.0 и 2.0 с шагом 0.1.
Live Image in Sample  
Carrier Calibration Wizard  
(relevant only for systems  
with camera) (Живое 
изображение в мастере  
калибровки подложки 
(только для систем,  
снабженных камерой))
- Use Imaging Device from 
Selected Channel with 
“Acquisition” Settings 
(Использовать 
устройство визуализации 
из выбранного канала с 
настройками вкладки 
Acquisition)
- Use Active Camera with 
“Locate” Settings 
(Использовать активную 
камеру с настройками 
вкладки Locate)
Флажок установлен: настройка по 
умолчанию для живого изображения, 
обеспечивающая взаимодействие навигации 
и фокуса во время калибровки подложки.
Эта опция относится только к системам с 
фотоприемником с большим полем зрения.
Флажок установлен: обеспечивает 
возможность использования настроек 
камеры, определенных во вкладке Locate 
(Местоположение), в мастере калибровки 
подложки (в режиме живого изображения). 
По умолчанию будут использованы 
настройки эксперимента для выбранного 
канала/трека.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 345


--- стр. 491 ---
14 Модуль Dynamics | 14.1 Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)
14 Модуль Dynamics
14.1 Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)
14.1.1 Введение
Используя автономные функции MeanROI, можно отмечать произвольные 
области измерений (области интереса) после получения эксперимента с 
покадровой съемкой и анализировать изменения интенсивности во 
времени. Кривые интенсивности можно отобразить на диаграммах или 
экспортировать значения в виде таблиц. Эта базовая функция доступна 
для изображений временной серии, открываемых в ZEN 2.3 (blue) (за 
исключением ZEN lite).
Модуль Dynamics расширяет автономные функции MeanROI, позволяя 
рассчитать коэффициенты диалогового/автономного режима (во 
время/после получения изображений), и предоставляет дополнительные 
функции анализа и виды отображения информации (шкала времени, 
отслеживание областей интересов и т. д.).
Необходимые предварительные условия ■ Получен эксперимент с временными сериями.
Эксперимент открыт, и первая временная точка отображается в 
двухмерной проекции (2D).
Порядок действий 1 Выберите из вкладок просмотра изображений в центральной области 
экрана вкладку MeanROI.
Откроется окно MeanROI.
Теперь можно начать работу в окне MeanROI. В следующих разделах 
будут описаны первые шаги.
346 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 497 ---
Все данные измерений сохраняются в виде значений, разделенных 
запятыми, в CSV-файле. Этот файл содержит данные о времени, 
площадь областей интереса и результаты измерения интенсивности 
трех типов (средней, интегральной, максимальной) для каждого канала 
и каждой области интереса.
14.1.5 Использование коррекции фона
Используйте функцию Background Correction (Коррекция фона) для 
вычитания значений фона из результатов измерения. Коррекция фона 
позволит лучше сравнить магнитуду изменений интенсивности 
флуоресценции во время проведения эксперимента. Значения фона 
определяйте либо с помощью функции Background ROI (Фоновая область 
интереса), либо фиксированным значением.
Определение фоновой области интереса
Необходимые предварительные условия ■ Открыто окно MeanROI или MeanROI Setup.
Порядок действий 1 В первой временной точке временной серии переместите область
интереса в область изображения, содержащую только фоновый сигнал 
во всех каналах.
2 Перейдите во вкладку MeanROI |  Background Correction (MeanROI | 
Коррекция фона) и активируйте кнопку-переключатель ROI (Область 
интереса).
3 Выберите номер области интереса, определенной в шаге 1.
14 Модуль Dynamics | 14.1 Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)___________________
Display M e a n  R 0 1 1  Laycut Charts Export Ratio FOl Tracing 
U se  G r a p h ic s  T a b  t o  c r e a t e  a n d  m a n a g e  R O Is
Measurements
•  M e a n  I n te n s ity  
I n te g r a l I n te n s ity  
M a x im u m  I n te n s ity
Background Correction 
N o n e
C o n s t a n t  Q  i t
•  R O I 2
R e c a lc u la te
4 Для редактирования фоновой области интереса (Background ROI) 
просто создайте новую область интереса и выберите ее из 
выпадающего списка.
Вы успешно определили фоновую область интереса (Background ROI). 
Средняя интенсивность фоновой области интереса вычитается из 
результатов измерения областей интереса в зависимости от канала и 
временной точки. Скорректированные значения копируются во все 
диаграммы и таблицы.
Определение фиксированного значения фона  
Необходимые предварительные условия ■ Открыто окно MeanROI или MeanROI Setup
352 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 498 ---
14 Модуль Dynamics | 14.1 Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)
Порядок действий 1 Во вкладке MeanROI в разделе Background Correction (Коррекция 
фона) выберите опцию Constant (Константа).
Активируется соответствующее поле ввода.
2 Введите фиксированное значение фона в поле ввода Constant 
(Константа).
3 Нажмите кнопку Enter (Ввод) для обновления измерений.
Установленное значение фона вычитается из всех измеренных значений 
областей интереса.
14.1.6 Расчет коэффициентов
14.1.6.1 Расчет коэффициента для одной длины волны
Необходимые предварительные условия ■ Для расчета коэффициентов (соотношение
двух значений интенсивности флуоресценции) и вывода на экран 
изображений коэффициента потребуется модуль Dynamics.
■ Открыт соответствующий массив данных.
■ Открыто окно MeanROI во вкладке Ratio (Коэффициент) (опция 
просмотра).
Порядок действий 1 В выпадающем списке Method (Метод) выберите Single Wavelength
(F/Fo) (Одинарная длина волны (F/Fq)).
2 В выпадающем списке Calculation (Вычисления) выберите канал для 
расчета соотношения.
3 В разделе Reference image (Fto) Set-up (Настройки эталонного 
изображения (Fto)) определите фреймы изображения временной серии, 
на основе которых необходимо рассчитать эталонное значение Fto.
4 Нажмите кнопку Recalculate (Пересчитать).
Будет выполнен расчет значений коэффициентов. Изображение 
коэффициента и диаграмма коэффициентных значений отображаются 
в окне MeanROI.
Вы успешно рассчитали коэффициент для красителя с одинарной длиной
волны типа Fluo-4.
14.1.6.2 Расчет коэффициента для двух длин волны
Необходимые предварительные условия ■ Для расчета коэффициентов (соотношение
двух значений интенсивности флуоресценции) и вывода на экран 
изображений коэффициентов потребуется модуль Physiology.
■ Открыт соответствующий массив данных.
■ Открыто окно MeanROI во вкладке Ratio (Коэффициент) (опция 
просмотра).
Порядок действий 1 В выпадающем списке Method (Метод) выберите элемент Dual
Wavelength (Двойная длина волны).
2 В выпадающих списках Calculation (Вычисления) выберите каналы для 
расчета соотношения.
3 Нажмите кнопку Recalculate (Пересчитать).
Будет выполнен расчет значений коэффициентов. Изображение 
коэффициента и диаграмма коэффициента отображаются в окне 
MeanROI.
Вы успешно рассчитали коэффициент для красителя с двойной длиной
волны типа Fura-2.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 353


--- стр. 499 ---
14.2 Порядок проведения экспериментов в модуле
Dynamics
14.2.1 Введение
Используя настройки MeanROI инструмента Dynamics, можно отмечать 
произвольные области измерений (области интереса) до получения 
эксперимента с покадровой съемкой и анализировать изменения 
интенсивности во времени в диалоговом режиме во время эксперимента. 
Коэффициенты также можно рассчитывать и отображать в режиме 
онлайн — это обычные функции, используемые в физиологических 
экспериментах.
14 Модуль Dynamics | 14.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics_________
Перед проведением эксперимента
Предварительным условием для проведения физиологического 
эксперимента является наличие эксперимента с временной серией,  
который проводится в инструменте Time Series. Инструмент снабжен 
кнопкой для открытия окна MeanROI Setup (Настройка областей интереса). 
В нем можно создавать области мозаик и настраивать вид отображения 
результатов измерений. Открытие окна настроек автоматически приводит 
к созданию моментального снимка, на основе которого можно настроить 
проведение последующих экспериментов. Структура MeanROI Setup 
(Настройка областей интереса) основана на структуре окна MeanROI 
(Область интереса), что упрощает ее освоение.
В ходе выполнения эксперимента
После начала проведения физиологические эксперименты отображаются 
в режиме реального времени в окне MeanROI (Область интереса). Это 
позволяет анализировать и отслеживать эксперимент во время получения 
изображения. Структура и опции в основном соответствуют окну MeanROI 
(Область интереса) в автономном режиме. Поэтому рекомендуем 
ознакомиться со структурой окна MeanROI (Область интереса) (в 
автономном режиме) перед проведением физиологического эксперимента.
После выполнения эксперимента
После выполнения эксперимента в модуле Physiology, результаты 
эксперимента отобразятся в окне MeanROI (Область интереса) в режиме 
офлайн и будут доступны для анализа, обработки и экспорта. Более 
подробно см. раздел «Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)».
Необходимые предварительные условия ■ Для проведения физиологических
экспериментов потребуется модуль Dynamics.
■ Создан новый эксперимент [►  39], определен по крайней мере один 
канал [►  38] и отрегулированы фокус и время экспозиции.
■ Открыта вкладка Acquisition (Получение изображений).
Активируйте инструмент Time Series (Временная серия) в разделе 
Acquisition Dimensions (Измерения полученных изображений).
В левой области инструментов под элементом Multidimensional 
Acquisition (Получение многомерных изображений) появится 
инструмент Time Series (Временная серия).
2 Активируйте инструмент Dynamics в менеджере экспериментов.
Инструмент Dynamics отобразится в левой области инструментов  
под элементом Applications (Приложения).
Порядок действий 1
354 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 500 ---
14 Модуль Dynamics | 14.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
1 Примечание
Инструмент Dynamics недоступен, если активированы измерения серии 
срезов по оси Z, изображений из мозаик или панорамных 
изображений. Для доступа к инструменту Physiology отключите эти 
измерения.
3 Настройте эксперимент с временной серией  [►  47].
4 Откройте инструмент Dynamics.
5 Нажмите кнопку MeanROI Setup (Настройки области интереса).
Вы выполнили общие предварительные условия для проведения 
эксперимента в модуле Dynamics.
14.2.2 Настройка расчета онлайнового коэффициента
Необходимые предварительные условия ■ Вы ознакомились с разделом «Введение»
[►  353].
Порядок действий 1 В окне MeanROI Setup (Настройки области интереса), в опциях области 
просмотра, выберите вкладку Online Ratio (Онлайновый коэффициент).
Установите флажок Activate Live Ratio Generation (Активировать 
потоковое генерирование коэффициента).
В выпадающем списке Method (Метод) выберите метод расчета 
коэффициента,
1 Примечание
Если для расчета онлайнового коэффициента выбрать метод Single 
wavelength (F/FO) (Одинарная длина волны (F/F0)), необходимо 
определить эталонное изображение. Для определения эталонного 
изображения в поле ввода Reference Image Set-up (Настройка эталонного 
изображения) вкладки Online Ratio (Онлайновый коэффициент) укажите 
количество изображений, из которых следует усреднить эталонное 
изображение. Затем для получения изображений нажмите кнопку Define 
(Определить) и вычислите из них эталонное изображение.
Если для вычисления онлайнового коэффициента необходимо 
использовать коррекцию фона, активируйте соответствующую опцию 
напротив элемента Background Correction (Коррекция фона).
В формуле для вычисления коэффициента напротив элемента 
Calculate (Рассчитать) появится поле ввода, в котором необходимо 
указать постоянное значение фона (элемент Constant).
Элемент ROI (Область интереса) доступен для выбора только после 
определения области интереса на изображении.
Напротив элемента Calculate (Рассчитать) заполните формулу для 
вычисления онлайнового коэффициента, выбрав необходимые 
элементы из выпадающих списков и указав значения в полях ввода.
Напротив элемента Color (Цвет) можно изменить LUT (Look-Up-Tabelle 
(Справочная таблица)) для отображения изображения коэффициента.
Установите флажок Threshold (Порог), если необходимо установить 
пороговое значение в проводимом эксперименте.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 355


--- стр. 501 ---
14 Модуль Dynamics | 14.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
1 Примечание
В ПО ZEN коэффициент R отдельного пикселя ху в случае использования 
красителя с двойной длиной волны вычисляется по следующей формуле:
Ch\x\>
Rx\’ =
Ch2x\>
где:
Chixy = О, если (Chixy -  фон Chi) < порог Chi 
Chixy = Chixy - фон Chi, если (Chixy -  фон Chi) > порог Chi 
To же самое верно для Ch2xy с использованием соответствующих 
значений фона и порога.
8 При необходимости можно отрегулировать настройки для вычисления 
коэффициента, изображение предпросмотра в окне MeanROI Setup 
(Настройка области интереса) будет скорректировано 
соответствующим образом. Нажмите кнопку Snap (Моментальный 
снимок), если требуется обновить изображения.
Вы успешно активировали/скорректировали вычисление онлайнового 
коэффициента.
14.2.3 Проведение эксперимента в окне MeanROI Setup
Необходимые предварительные условия ■ Вы ознакомились с разделом «Введение»
[►  353].
Порядок действий 1 Установите флажок Dynamics в менеджере экспериментов.
В инструменте Dynamics нажмите кнопку MeanROI Setup (Настройка 
области интереса).
Откроется окно MeanROI Setup (Настройка области интереса).
Автоматически будет получено изображение, на основе которого можно 
редактировать настройки. Для обновления изображения вы в любое 
время можете нажать на кнопку Snap.
14.2.3.1 Создание областей интереса
Необходимые предварительные условия ■ Открыто окно MeanROI или MeanROI Setup
(Настройка областей интереса) во вкладке Acquisition (Получение 
изображений).
Порядок действий 1 Перейдите во вкладку Graphics (Графические элементы) в опциях 
области просмотра.
356 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 508 ---
2 В диалоговом окне Smart Setup (Быстрая настройка) добавьте канал 
Fura-2.
3 Установите флажок Time Series (Временная серия) в разделе 
Acquisition Dimensions (Измерения полученных изображений).
Откройте инструмент Channels (Каналы).
Выберите в списке канал Fura-2.
14 Модуль Dynamics | 14.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics________
4
5
O ptions (Опции) и выберите элемент Duplicate
14.2.5.2
Порядок действий
6 Нажмите кнопку 
(Дублировать).
7 Выберите в списке первый канал Fura-2.
8 Нажмите кнопку СЗЭ Options (Опции) и выберите элемент Rename 
(Переименовать).
Теперь можно переименовать канал, например в “Fura-2 340 nm”.
9 Повторите Шаги 7 и 8 для переименования второго канала, например в 
“Fura-2 380 nm”.
10 Выберите канал Fura-2 380 nm.
11 Выберите в выпадающем списке другую справочную таблицу (LUT), 
например, для красного.
12 Выберите элемент 21 НЕ Ех. FURA 380 в выпадающем списке 
возбуждающих светофильтров.
Возбуждающий светофильтр будет применен к данному каналу.
13 Отрегулируйте время экспозиции и фокусировку для обоих каналов.
Вы создали каналы для эксперимента.
Шаг 2. Настройка временной серии и создание переключателей
1 Откройте инструмент Time Series (Временная серия).
2 С помощью ползунка Duration (Продолжительность) и выпадающего 
списка единиц измерения укажите продолжительность эксперимента, 
например 10 мин.
3 С помощью ползунка Interval (Интервал) и выпадающего списка единиц 
измерения укажите величину интервала получения изображений, 
например 1 секунда.
4 Для создания интерактивных переключателей откройте раздел 
Interactive Switches (Интерактивные переключатели) инструмента 
Time Series (Временная серия). Этот раздел отображается только в 
режиме Show All (Показать все).
5 Нажмите кнопку 1^1 Add (Добавить).
Будет добавлен новый переключатель.
6 Отредактируйте переключатель, нажав на черную стрелку справа от 
переключателя.
Отобразятся свойства переключателя.
7 Введите имя, например Fast (Быстро). Установите флажок Color (Цвет) 
и выберите цвет, например синий. Укажите действие, которое 
необходимо выполнить при активации кнопки, например As fast as  
possible (Максимально быстро).
Вы успешно настроили временную серию и создали переключатель.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 363


--- стр. 509 ---
14 Модуль Dynamics | 14.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
14.2.5.3
Порядок действий
14.2.5.4
Порядок действий
14.2.5.5
Порядок действий
Шаг 3. Настройка онлайнового коэффициента
1 Откройте инструмент MeanROI Setup (Настройка области интереса).
Снимки настроенных каналов будут автоматически получены и 
отображены в центральной области экрана. Справа будут 
представлены диаграммы для каждого изображения.
2 Из опций области просмотра выберите вкладку Ratio (Коэффициент) и 
активируйте потоковое генерирование коэффициента.
3 В разделе Method (Метод) в выпадающем списке выберите элемент 
Dual W avelength (Двойная длина волны).
4 В разделе Calculation (Вычисления) в выпадающем списке числителя 
формулы выберите Fura-2 340 nm.
5 В разделе Calculation (Вычисления) в выпадающем списке 
знаменателя формулы выберите Fura-2 380 nm.
На экране отобразится коэффициент, рассчитанный в соответствии с 
настройками коэффициента.
Вы успешно активировали функции расчета коэффициента и указали
метод расчета коэффициента.
Шаг 4. Настройка области интереса
1 В инструменте Dynamics нажмите кнопку MeanROI Setup (Настройка 
области интереса).
2 Во вкладке Graphics (Графические элементы) выберите инструмент 
для создания области интереса, например Circle (Круг).
3 Установите флажок Keep tool (Удерживать инструмент).
4 Создайте область интереса в одном из изображений.
5 Снимите флажок Keep tool (Удерживать инструмент) и повторно 
выберите инструмент выделения (стрелка).
6 В разделе Measure (Измерение) вкладки Mean ROI (Область интереса) 
выберите тип измерения интенсивности, который необходимо вывести 
на экран, например Mean Intensity (Средняя интенсивность).
7 Во вкладке Layouts (Разметки) выберите вид отображения 
изображения и диаграммы, например Multi-Image Multi-Chart 
(Множественные изображения, множественные графики).
8 Откройте вкладку Charts (Графики), напротив элемента X Units 
(Единицы оси X) нажмите кнопку Fixed (Фиксированные) и выберите в 
выпадающем списке единицы измерения, например секунды.
9 В верхней левой области окна MeanROI Setup (Настройки области 
экрана) нажмите кнопку Exit (Выход).
Вы успешно настроили и отрегулировали окно MeanROI Setup (Настройка
области интереса).
Шаг 5. Запуск, анализ и изменение эксперимента
1 Запустите эксперимент, нажав кнопку Start Experiment (Начать 
эксперимент).
Начнется эксперимент. В нашем примере изображение будет поступать 
каждую секунду в течение 10 минут. Эксперимент откроется в режиме 
реального времени в окне MeanROI (Область интереса), в котором 
отображаются текущие изображения и измерения.
364 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 510 ---
2 Активируйте созданный переключатель в нужной временной точке. Для 
этого откройте раздел Switches (Переключатели) инструмента Time 
Series (Временная серия). Нажмите на переключатель, как только 
возникнет необходимость в выполнении заданного для него действия, 
например, для максимально быстрого последовательно получения 
следующих изображений нажмите на переключатель Fast. Маркером на 
оси X соответствующим переключателю цветом (например, синим) 
будет отмечена временная точка, в которой он был активирован.
3 По завершении временной серии эксперимент можно 
проанализировать в автономном режиме в окне MeanROI (Область 
интереса), обработать его и экспортировать его значения.
Вы успешно провели эксперимент.
14 Модуль Dynamics { 14.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 365


--- стр. 528 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
3 Нажмите кнопку Set correlation points (Установить корреляционные 
точки) для установки корреляционных точек. Всегда начинайте с 
установки 3 точек в левом (живом изображении), затем переходите к 
установке идентичных точек (в аналогичном порядке) в загруженном 
изображении.
4 После установки всех 6 корреляционных точек будет автоматически 
выполнена корреляция изображения.
Коррелированное изображение появится в третьем графическом 
контейнере под живым и загруженным изображениями.
15.3 Функции и их назначение
15.3.1 Пользовательский интерфейс
Рисунок 15.11. Пользовательский интерфейс
■ Инструмент Shuttle & Find в левой области инструментов (1)
■ Поле обзора S&F в центральной области экрана(2)
■  Опции S&F и S&F Correlation (Корреляция в S&F) под центральной 
областью экрана (3)
15.3.2 Инструмент Shuttle & Find
Инструмент Shuttle & Find позволяет выбрать и откалибровать держатели 
образцов. Инструмент отображается, только если установлен флажок 
Shuttle & Find в менеджере экспериментов (Experiment Manager).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 383


--- стр. 529 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
Рисунок 15.12. Инструмент Shuttle & Find
Параметр Описание
Sample holder
(Держатель
образца)
Здесь отображается имя и изображение 
предпросмотра выбранного держателя 
образца.
Select...
(Выбрать...)
Открывает диалоговое окно Select Template 
(Выбрать шаблон). В нем можно выбрать 
предпочтительный держатель образца или 
создать новые шаблоны держателей, 
см. «Выбор держателя о6разца»[>369].
Calibrate...
(Калибровать...)
Открывает мастер калибровки держателя  
образца  (Sample Holder Calibration Wizard)
[►  390]. В нем можно откалибровать 
выбранный держатель образца.
Apply to Image 
(Применить к 
изображению)
Отображается только в режиме Show All 
(Показать все).
Используйте эту кнопку только в том 
случае, если забыли откалибровать 
держатель перед получением изображения.
Применяет калибровку к полученному 
изображению. Не извлекайте образец из 
сопоставительного держателя в интервале 
между получением изображения и калибровкой.
Инструмент Shuttle & Find для SEM
Отображается только, если запущена программа SEM в ПО ZEN 2.3 (blue).
Окно инструментов адаптировано под требования процесса корреляции на 
SEM.
384 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 530 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
0  S h u ttle  a n d  F in d
Sample Holden  
Life Science cover glass 22x22
Select..
Calibrate...
Apply to Image
i SEM Snap
Scale bar Annotation Bar
Рисунок 15.13. Инструмент Shuttle & Find в программе SEM в ПО ZEN
Параметр
Scale bar
(Масштабная
линейка)
Функция
Добавляет масштабную линейку к полученному 
изображению.
Annotation bar Добавляет панель аннотаций к полученному 
(Панель аннотаций) изображению.
Select... После нажатия на эту кнопку открывается
(Выбрать...) диалоговое окно выбора параметров для панели
аннотаций. Для панели аннотаций можно выбрать 
максимум 9 параметров.
15.3.3 Поле обзора Shuttle & Find
Помимо инструмента Shuttle & Find в левой области инструментов, в 
центральной области экрана ПО ZEN отображается область обзора 
S&F (Shuttle & Find). При выборе поля обзора S&F на экране под 
областью изображения в качестве опций предметного просмотра появятся 
вкладки S&F и S&F Correlation (Корреляция в S&F).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 385


--- стр. 531 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
15.3.3.1
15.3.3.1.1
Рисунок 15.14. Поле обзора Shuttle & Find  
Вкладка S&F
Здесь находятся полезные опции и инструменты для создания и 
перемещения областей интереса (ROI) или точек интереса (POI) на 
изображении образца.
Options (Опции) 
Параметр Описание
Mirror image 
(Зеркальное 
изображение)
Здесь с помощью двух кнопок справа вы 
можете отразить изображение по 
горизонтали или по вертикали. 
Выравнивание изображений зависит от 
микроскопа (прямой/инвертированный) и 
ориентации держателя образца.
Keep tool (удерживать 
инструмент)
Флажок установлен: выбранный инструмент 
остается активным. Это полезно в тех случаях, 
если необходимо создать несколько 
областей/точек интереса.
Auto color (Автоцвет) Флажок установлен: использует новый 
цвет для каждого нового созданного 
элемента.
Snap to Pixel 
(Привязка к пикселю)
Флажок установлен: создает графические 
элементы с помощью пиксельной сетки.
Use fine
calibration value 
(Использовать 
значение точной 
калибровки)
Флажок установлен: использует измеренную 
точную калибровку.
386 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 532 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
Параметр Описание
Точность перемещения и, следовательно, 
качество наложенного изображения можно 
повысить путем определения величины 
смещения. Этой величиной описывается 
смещение между загруженным и живым 
изображениями. Определенная величина 
смещения действительна только для 
загруженного изображения, которое 
отображается в контейнере. При открытии 
другого изображения или закрытии диалогового 
окна величина смещения удаляется. 
Определите смещение путем идентификации 
точки интереса (POI, от англ. Point Of Interest) на 
полученном изображении. Для определения 
точки интереса воспользуйтесь кнопками 
раздела Regions (Области). При нажатии 
кнопки Set Offset (Установить смещение) столик 
перемещается в предполагаемую позицию 
образца. Сравните позицию образца на живом 
изображении с установленной точкой интереса 
и скорректируйте позицию столика до 
совмещения обеих позиций. Подтвердите 
выполнение точной калибровки, нажав на 
кнопку ОК. Теперь точная калибровка измерена, 
а флажок установлен.
Более подробно, см. раздел «Точная  
калибровка держателя образца»  [►  380].
Double click in 
image to move stage 
(Перемещение 
столика no 
двойному щелчку 
на изображении)
Флажок установлен: перемещает столик в 
позицию, указанную двойным нажатием 
мыши.
Refocus after
stage movement
(Выполнять
повторную
фокусировку
после
перемещения
столика)
Флажок установлен: автоматически 
регулирует фокусировку после перемещения 
столика.
Move stage in z- 
direction before x/y 
movement 
(Перемещать 
столик в
направлении оси 
Z перед
перемещением по 
осям X/Y)
Флажок установлен: перемещает столик в 
позицию загрузки перед перемещением к 
следующему корреляционному 
калибровочному маркеру.
Show splitter view 
(Отображать 
разделенную область 
просмотра)
Флажок установлен: активирует режим 
раздельной области просмотра в 
центральной области экрана.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 387


--- стр. 533 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
15.3.3.1.2 Параметры Regions, Find и Dimensions
Center ROI/PCa
М Name
Scaled 
47213 :
426.90 :
369.23 i 
45.76 :
Ш ЙГ
Рисунок 15.15. Параметры Regions, Find, Dimension  
Панель инструментов Regions (Области) и Find (Поиск)
Параметр Описание
Выбирает области или точки интереса в области 
изображения. Воспользуйтесь этой кнопкой, чтобы 
Режим выбора переключиться из другого режима в режим Selection 
(Выбор).
Создает прямоугольник (область интереса (ROI)), 
Нарисовать стороны которого параллельны краям изображения, 
прямоугольник
Создает точку маркера (точку интереса (POI)).
Нарисовать
маркер
Перемещает столик в центр открытого изображения.
Центр
R01/P0I
Перемещает столик в выбранную область/точку 
Область/точка интереса,  
интереса
Показать
позицию
столика
Показывает текущую позицию столика в виде 
прямоугольника на изображении.
Раздел Dimension
В разделе Dimension (Измерения) представлены координаты и измерения 
выбранного графического элемента в списке. Если установлен флажок 
Scaled (Масштабный), используемой единицей измерения является «мкм», 
в противном случае — «пиксель».
388 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 534 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
■ Параметр X: отображает горизонтальную позицию (Х-координата) 
центра графического элемента.
■ Параметр Y: отображает вертикальную позицию (Y-координата) 
центра графического элемента.
■ Параметр W: отображает ширину графического элемента.
■ Параметр Н; отображает высоту графического элемента.
Список графических элементов
Ниже приведен список всех создаваемых областей/точек интереса.
Параметр Описание
«Глаз» Показывает/скрывает область/точку интереса на 
изображении.
«Замок» Запирает область/точку интереса, предотвращая 
изменения.
Туре(Тип)
Отображает иконку типа инструмента (ROI/POI). Для 
форматирования графического элемента дважды 
нажмите на иконку. Откроется диалоговое окно 
Format Graphic Elements (Форматирование 
графических элементов).
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
ID (Номер) Отображает номер графического элемента. Для этого 
установите флажок напротив соответствующего 
элемента списка.
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
А
Отображает аннотации к графическому элементу 
(ROI). Для этого установите флажок напротив 
соответствующего элемента списка. Затем дважды 
нажмите на кнопку-флажок. Откроется диалоговое 
окно Format Graphic Elements (Форматирование 
графических элементов). В выпадающем списке 
Annotation (Аннотация) выберите аннотацию, которую 
необходимо отобразить на изображении.
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
М Отображает результаты измерения графического 
элемента. Для этого установите флажок напротив 
соответствующего элемента списка.
Название
Отображает имя графического элемента. Для 
изменения имени дважды нажмите на поле ввода 
Name (Имя). Затем введите необходимый текст.
15.3.3.2 Вкладка S&F Correlation
Во вкладке S&F Correlation (Корреляция в S&F) расположены все функции 
для наложения (соотнесения) двух изображений.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 389


--- стр. 535 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
Рисунок 15.16. Вкладка S&F Correlation  
ОписаниеПараметр
Transform
(Преобразовать)
Здесь выбирается изображения для преобразования. С 
помощью кнопок Left Image/Right Image (Правое 
изображение/Левое изображение) выберите 
изображение, которое необходимо преобразовать в 
другое. Во время преобразования пиксель наложенного 
изображения вычисляется с помощью пикселей двух 
исходных изображений, которые должны быть 
совмещены/объединены.
Interpolation
(Интерполяция)
Здесь вы можете выбрать один из следующих 
методов интерполяции:
- Nearest Neighbor 
(Ближайший 
сосед)
Значение серого тона результирующего пикселя в 
наложенном изображении рассчитывается из соседнего 
пикселя. Это высокоскоростной метод интерполяции.
Linear
(Линейное
комбинирование
)
Результирующему или вычисленному пикселю 
наложенного изображения присваивается значение 
серого, которое является результатом линейной 
комбинации значений пикселей, расположенных 
поблизости (в исходном изображении).
- Cubic
(Кубический)
Результирующему или вычисленному пикселю 
наложенного изображения присваивается значение 
серого, которое рассчитывается с помощью 
полиномиальной функции с использованием значений 
серого тона пикселей исходных изображений; эти 
пиксели располагаются рядом с вычисленным 
пикселем.
Mirror image 
(зеркальное 
изображение)
Здесь вы можете отразить изображение по 
горизонтали или по вертикали. Просто нажмите на 
соответствующую кнопку.
Отражение изображения необходимо в тех случаях, 
когда ориентация загруженного изображения 
отличается от ориентации живого изображения.
Show
Correlation
(Показать
корреляцию)
Флажок установлен: открывает коррелированное 
изображение в новом графическом документе/новом 
контейнере.
390 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 536 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
Параметр
Set correlation 
points
(Установить 
корреляционн 
ые точки)
Описание
Позволяет устанавливать 6 точек (по 3 точки в каждом 
изображении) подряд в виде корреляционных 
маркеров, см. раздел «Корреляция двух загруженных  
изображений»  [►380].
Reset (Сброс) Удаляет все корреляционные точки на изображениях.
Create
Correlation
(Создать
корреляцию)
Активен только при установке всех точек в обоих 
изображениях.
Создает корреляционное наложенное изображение. 
Третий графический контейнер с коррелированным 
изображением будет открыт в центральной области 
экрана, флажок Show Correlation (Показать 
корреляцию) будет установлен автоматически.
15.3.4 Мастер калибровки держателя образца
#♦л -
% ^
Рисунок 15.17. Мастер калибровки держателя образца
С помощью мастера калибровки держателя образца (Sample Holder 
Calibration Wizard) калибруется выбранный корреляционный держатель 
образца. Мастер открывается в инструменте Shuttle & Find. Убедитесь, что 
активирован инструмент Shuttle & Find и выбран держатель образца, см. 
раздел «Выбор держателя образца»  [►369].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 391


--- стр. 537 ---
15 Модуль Shuttle & Find | 15.3 Функции и их назначение
15.3.4.1 Шаг 1. Options (Опции)
Sample Holder Calibration Wizard
Set options for the calibration and click next to proceed. 
Save marker images
Move the stage to load position before xy movement  
^  Automatic movement to next marker  
Use Autofocus at each marker position  
sf Use automatic marker detection  
Use settings for marker detection
high
Рисунок 15.18. Опции мастера калибровки держателя образца
Опция
Save marker images 
(Сохранить маркерные 
изображения)
Описание
Флажок установлен: маркерные изображения 
сохраняются во время калибровки. 
Впоследствии изображения могут 
использоваться для проверки калибровки. 
Нажмите кнопку Select Folder (...) (Выберите 
папку (...)) для выбора папки хранения данных.
Move the stage to load 
position before x/y 
movement
(Перемещать столик в 
позицию загрузки 
перед перемещением 
по осям X/Y)
Флажок установлен: перемещает столик в 
позицию загрузки перед перемещением к 
следующему корреляционному калибровочному 
маркеру.
При использовании AxioObserver револьверная 
головка объектива перемещается в позицию 
загрузки.
Automatic movement 
to next marker 
(Автоматическое 
перемещение к 
следующему маркеру)
Флажок установлен: при нажатии на кнопку 
Next (Далее) в мастере калибровки столик 
автоматически перемещается к следующему 
калибровочному маркеру.
Use Autofocus at each 
marker position 
(Использовать 
автофокус в позиции 
каждого маркера)
Эта опция активна только в том случае, если 
установлен флажок Automatic movement to 
next marker (Автоматическое перемещение к 
позиции следующего маркера).
Флажок установлен: фокусировка выполняется 
автоматически после перемещения к позиции 
следующего маркера.
392 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 546 ---
16 Модуль CAT I 16.2 Общие подготовительные процедуры
■ Мастер корреляции, см. раздел «Мастер корреляции»  [►  456].
16.2 Общие подготовительные процедуры
16.2.1 Подготовка образца
Тип подложек/покровных стекол
Рекомендуем использовать покровные стекла, покрытые оксидом индия и 
олова и снабженные координатными метками. Оксид индия и олова 
минимизирует эффекты образования зарядов в растровом электронном 
микроскопе. Покровные стекла с координатными метками требуют 
выполнения дополнительных подготовительных процедур после 
визуализации образца с помощью оптического микроскопа и перед 
визуализацией с помощью растрового электронного микроскопа.
Нанесение серийных срезов на покровное стекло
■ Последовательность серийных срезов
Во время разделения на серийные срезы проверьте свое знание 
последовательности лент, а также точек начала и окончания лент.
■ Расположение серийных срезов на покровном стекле
Важно размещать серийные срезы в центре покровного стекла. Если 
срезы расположены слишком близко к краю покровного стекла, 
объектив может коснуться подложки во время получения изображения. 
В особенности это может произойти при использовании 
иммерсионных объективов. Это приведет к ошибочному расчету 
карты фокусировки или получению расфокусированных изображений.
■ Несколько лент (серийных срезов) на покровном стекле
Следите за тем, чтобы единичные серийные срезы не располагались 
в непосредственной близости друг к другу, поскольку это может 
нарушить программный алгоритм нумерации и привести к 
неправильной нумерации.
16.2.2 Предварительные настройки (оптический микроскоп)
Перед началом работы с модулем CAT необходимо проверить следующие 
настройки оптического микроскопа (аппаратные и программные настройки). 
Обычно система калибруется специалистом по техобслуживанию, но мы 
рекомендуем повторно проверять настройки после смены компонентов, 
например объективов или рефлекторных модулей. Поскольку эти общие 
настройки не описываются в настоящем руководстве, обратитесь к 
вашему специалисту по техобслуживанию или к интерактивной справке 
ZEN.
■ Проверка парцентричности и парфокальности
Обратите внимание, что калибровка парцентричности и 
парфокальности должна выполняться на TFT-дисплее микроскопа.
■ Проверка ориентации камеры и перемещения столика
Перед проверкой перемещения столика необходимо сначала 
проверить правильность ориентации камеры. Ориентация камеры 
должна соответствовать полю обзора, наблюдаемому в окуляр 
микроскопа. В противном случае измените ориентацию камеры в 
инструменте Camera (Камера).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 401


--- стр. 547 ---
16 Модуль CAT I 16.2 Общие подготовительные процедуры
Для проверки перемещения камеры рекомендуем получить мозаичное 
изображение и проверить правильность сшивки мозаик. В случае 
отрицательного результата нужно закрыть ПО ZEN и открыть ПО 
МТВ 2011, В списке конфигураций раздела Motorized Stage 
(Электроприводный столик) следует изменить инверсию столика.
■ Коррекция равномерности освещения
Перед началом работы с CAT необходимо выполнить коррекцию 
равномерности освещения в ПО ZEN. Для этого ознакомьтесь с 
соответствующим разделом интерактивной справки ZEN.
16.2.3 Настройки эксперимента
Для работы в модуле CAT требуется сначала настроить эксперимент в ПО 
ZEN. Поскольку этот процесс описан в интерактивной справке ZEN, 
остановимся на наиболее важных для работы с модулем CAT настройках:
■ В меню Tools I Options | Acquisition | Acquisition (Инструменты | 
Опции I Получение изображений | вкладка «Получение изображений») 
необходимо установить флажок Enable Advanced Imaging Setup 
(Активировать расширенные настройки визуализации).
■ В инструменте Imaging Setup (Настройка визуализации) требуется 
включить режим Show All (Показать все).
■ В инструменте Imaging Setup (Настройка визуализации) необходимо 
включить режим Advanced Imaging Setup (Расширенные настройки 
визуализации).
■ В инструменте Imaging Setup (Настройка визуализации) в окне 
светового тракта требуется отрегулировать следующие настройки:
- Опцию Microscope Manager (Менеджер микроскопа) следует 
исключить из всех настроек. Для исключения настройки нажмите на 
иконку компонента/параметра. Появится меню, в котором можно 
установить/убрать флажок Include in this Setting (Включить в эту 
настройку). Если флажок не установлен, компонент/параметр будет 
исключен из выбранной настройки. Обратите внимание, что вам 
необходимо выбрать каждый параметр Before/After (До/После), 
проверить, исключены или включены эти компоненты, и 
отрегулировать их соответствующим образом.
- Опцию TL / RL Switch (Переключатель «Проходящий 
свет/Отраженный свет») следует исключить из всех настроек.
- Все опции TL / RL Shutters (Затворы «Проходящий свет/Отраженный 
свет») в оптическом пути должны быть включены во все настройки. 
Обратите внимание, что иконки включенных настроек будут выделены 
синим цветом.
- Все источники света (TL / RL (Проходящий свет/Отраженный свет)) в 
оптическом пути должны быть включены во все настройки.
- Все настройки интенсивности света должны быть одинаковыми 
(например, 2 В).
■ В общем для настроек Before Experiment (До эксперимента) и After 
Experiment (После эксперимента) выполните следующие регулировки:
- Все затворы (Shutters) должны быть закрыты.
■ Пример настроек фазового контраста (Phase Contrast):
- Для настроек Before TL Phase (До фазы проходящего света) 
выполните следующие регулировки:
- Затвор проходящего света (TL Shutter) должен быть открыт.
- Затвор отраженного света (RL Shutter) должен быть закрыт.
402 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 548 ---
16 Модуль CAT I 16.3 Последовательность операций в CAT
-  Для настроек After TL Phase (После фазы проходящего света) 
выполните следующие регулировки:
- Затвор проходящего света (TL Shutter) должен быть закрыт.
- Затвор отраженного света (RL Shutter) должен быть закрыт.
■ Пример настройки одного флуоресцентного канала (Fluorescence 
Channel) (здесь DAPI):
Для настроек Before DAPI (До DAPI) выполните следующие  
регулировки:
- Затвор проходящего света (TL Shutter) должен быть закрыт.
- Затвор отраженного света (RL Shutter) должен быть открыт.
-  Для настроек After DAPI (После DAPI) выполните следующие 
регулировки:
- Затвор проходящего света (TL Shutter) должен быть закрыт.
- Затвор отраженного света (RL Shutter) должен быть закрыт.
16.3 Последовательность операций в CAT
16.3.1 Введение
в этом разделе приведена информация о типичной последовательности 
операций в CAT. В этом разделе приводится вводная информация и 
последовательность операций в CAT. Начиная с общих подготовительных 
процедур и до получения изображения на оптическом микроскопе (LM) в 
этом разделе также описывается процедура получения изображений в 
растровом электронном микроскопе (SEM). После получения изображения 
мы подробно остановимся на выравнивании и корреляции изображений.
Обратите внимание, что здесь не приводится подробное описание 
процедуры настройки эксперимента, поскольку данный шаг выходит за 
рамки настоящего раздела, который посвящен, главным образом, 
последовательности операций в CAT. Вместо этого ознакомьтесь с 
разделом «Общие подготовительные процедуры»  [►400], где 
описываются наиболее важные предварительные условия для проведения 
эксперимента в CAT. Здесь также не описывается процесс последующей 
обработки результирующих изображений.
16.3.2 Создание нового образца
Если вы настроили эксперимент в ZEN (например, многоканальный 
эксперимент), следующим этапом будет создание и выбор образца. Если 
вы впервые начинаете работу с программным обеспечением, вам сначала 
потребуется создать новый образец.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 403


--- стр. 567 ---
16 Модуль CAT I 16.3 Последовательность операций в CAT
16.3.6.8
5 Нажмите кнопку Verify Support Points (Проверить контрольные 
точки).
Программа проведет вас через данный процесс так же, как и в 
шаге 3 Ribbon Imaging (Визуализация лент).
После проверки всех имеющихся контрольных точек появится 
сообщение “АН points have been verified” («Все точки 
подтверждены»).
6 Нажмите кнопку Acquire Images (Получить изображения).
Будет выполнена визуализация областей интереса. Следующий шаг 
может быть использован для проверки каждого изображения 
областей интереса и повторного получения (повторная съемка) 
изображений из областей интереса, которые не соответствуют 
ожиданиям. Для перехода к следующему шагу нажмите кнопку 
Next (Далее).
Повторная съемка областей интереса
Этот шаг обычно используется для повторного получения изображений из 
областей интереса, которые находятся вне фокуса.
Необходимые предварительные условия 
Порядок действий 1
Вы находитесь в шаге 7/7 Повторная съемка.
Проверьте, активирован ли режим Select Tiles (Выбрать мозаики). 
Этот режим должен быть выбран по умолчанию при переходе в этот 
шаг.
Для перемещения по сериям областей интереса можно 
воспользоваться стрелками с каждой стороны изображения или 
ползунком Z-Position (Позиция по оси Z) во вкладке Dimensions 
(Измерения).
Выберите изображение для повторного получения, нажав на него 
левой кнопкой мыши.
Изображение будет выделено пунктирной рамкой зеленого цвета.
422 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 568 ---
16 Модуль CAT I 16.3 Последовательность операций в CAT
4 Перейдите к проверке и выбору изображений, которые необходимо 
получить повторно.
5 Выбрав все изображения, нажмите кнопку Acquire (Получить). 
Программа перейдет к первому выбранному изображению.
6 Отрегулируйте фокусировку и нажмите кнопку Snap (Моментальный 
снимок).
7 Для замены старого изображения новым нажмите кнопку Replace 
(Заменить).
Программа автоматически переместится к следующему выбранному 
изображению.
8 Повторяйте эту операцию, пока не получите все выбранные 
изображения.
9 Нажмите кнопку Finish (Готово).
Вы успешно прошли мастер получения изображений лент с 
оптического микроскопа. Перейдите к процедуре, описанной в 
следующем разделе настоящего руководства.
16.3.7 Получение SEM-изображений
16.3.7.1 Общие подготовительные процедуры
Для получения SEM-изображений необходимо выполнить следующие 
общие подготовительные процедуры.
Необходимые предварительные условия ■ Получено LM-изображение в соответствии с
инструкциями раздела «Получение LM-изображения»  [►  409].
■ Данные изображения с оптического микроскопа 
скопированы/перемещены в SEM.
Запустите программу Smart SEM. Обратите внимание, что ПО SEM 
используется для настройки параметров получения изображений, 
например: настроек детектора, увеличения, настроек отображения и 
скорости сканирования.
Запустите программу ZEN SEM, Проследите за тем, чтобы перед 
запуском ПО ZEN, была запущена программа SmartSEM.
На экране отобразится вкладка SEM Acquisition (Получение SEM- 
изображений) и инструмент Correlative Array Tomography (CAT).
Порядок действий 1
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 423


--- стр. 569 ---
16 Модуль CAT 116.3 Последовательность операций в CAT
3 В инструменте CAT нажмите кнопку Select / Specify...
(Выбрать/У казать...).
4 Выберите файл, который был создан во время получения LM- 
изображений. Он должен располагаться в папке LM, созданной 
автоматически.
5 Выберите используемый держатель образца.
6 Выполните калибровку держателя образца, описанную в разделе 
«Калибровка»  [> 404].
Вы успешно выполнили общие подготовительные процедуры. 
Теперь можно перейти к получению SEM-изображения.
16.3.7.2 Получение SEM-изображения
Необходимые предварительные условия ■ Вы выполнили общие подготовительные
процедуры, см. раздел «Общие подготовительные процедуры»  
[►  422].
Порядок действий 1 В инструменте CAT нажмите кнопку Start Acquisition Wizard (Запуск 
мастера получения изображений).
Откроется первый шаг мастера «Overview Imaging» (Обзорная 
визуализация).
2 Нажмите кнопку Load Image (Загрузить изображение).
3 В папке CAT / LM файловой системы выберите файл-изображение, 
содержащий области интереса.
Появится изображение с областями интереса.
424 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 573 ---
16 Модуль CAT I 16.3 Последовательность операций в CAT
10 Переместите столик SEM так, чтобы его позиция совпала с точкой 
коррекции на LM-изображении.
11 Если позиции полностью совпали, подтвердите это, нажав на кнопку 
ОК
Столик автоматически переместится к следующей точке коррекции. 
Повторите последние три шага для остальных точек коррекции.
428 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 574 ---
16 Модуль CAT I 16.3 Последовательность операций в CAT
После коррекции смещения снова перейдите к проверке 
контрольных точек. Так как эта процедура аналогична процедуре 
получения LM-изображения, ознакомьтесь с разделами 
«Визуализация лент»  [>412] и «Визуализация областей интереса»  
[►420]. Помните, что регулировка параметра SEM осуществляется 
на панели управления SEM.
12 После подтверждения контрольных точек нажмите на кнопку Acquire 
(Получить).
Будет выполнена визуализация областей интереса с помощью SEM. 
Длительность этого процесса зависит от настроек эксперимента.
16.3.8 Выравнивание изображения серии срезов по оси Z
Мастер включает в себя шесть шагов:
■ Импорт изображения.
■ Pre-Processing (Предварительная обработка).
■ Image Review (Просмотр изображения).
■ Alignment (Выравнивание).
■ Manual Correction (Ручная коррекция).
■ Final Image Creation (Создание конечного изображения).
Порядок действий 1 В инструменте CAT нажмите кнопку Start Z-Stack Alignment Wizard
(Запуск Мастера выравнивания изображения серии срезов по оси Z).
Откроется первый шаг мастера Image Import (Импорт изображения).
Нажмите кнопку Load Image (Загрузить изображение) и выберите в 
файловой системе полученное изображение серии срезов по оси Z.
В этом примере мы выберем LM-изображение. Аналогичные 
операции выполняются и для SEM-изображения.
В центральной области экрана появится изображение серии срезов 
по оси Z.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 429


--- стр. 575 ---
16 Модуль CAT I 16.3 Последовательность операций в CAT
Нажмите кнопку Next (Далее).
Откроется шаг 2/6 Pre-Processing (Предварительная обработка).
Если используется мозаичное изображение, для устранения 
смещения между отдельными мозаиками нажмите кнопку Apply 
Stitching (Применить сшивку).
Если изображение получено с помощью SEM, нажмите кнопку 
Histogram Equalization (Выравнивание гистограммы), чтобы 
настроить отображение изображения.
Нажмите кнопку Next (Далее).
Откроется шаг 3/6 Image Review (Просмотр изображения). Обратите 
внимание, что на данном этапе получение изображений невозможно. 
Можно только заменить изображение следующим или предыдущим 
изображением серии срезов по оси Z.
430 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 583 ---
16 Модуль CAT I 16.3 Последовательность операций в CAT
14 По завершении выравнивания изображения нажмите кнопку Accept 
(Принять). Скоррелированные изображения серии срезов по оси Z 
можно просмотреть с помощью ползунка Z-Position (Позиция по оси 
Z) во вкладке Dimensions (Измерения).
15 Нажмите кнопку Next (Далее).
Откроется шаг 4/4 Create Final Correlation Image (Создание 
конечного коррелированного изображения).
16 Нажмите кнопку Create Final Z-Stack (Создать конечную серию 
срезов по оси Z).
Будет создано коррелированное изображение серии срезов по оси Z.
438 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ( Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 584 ---
16 Модуль CAT { 16.4 Функции и их назначение
17 Нажмите кнопку Finish (Готово) для выхода из мастера.
Вы успешно создали коррелированное изображение серии срезов по 
оси Z.
16.4 Функции и их назначение
16.4.1 Введение
в этом разделе приводится подробное описание всех параметров модуля 
CAT. Этот раздел предназначен для начинающих пользователей, которые 
желают получить общее представление о всех функциях программного 
обеспечения, а также для экспертов, ищущих информацию о конкретной 
функции.
16.4.2 Инструмент CAT
Инструмент CAT позволяет калибровать и управлять держателями 
образцов, запускать мастеры настройки, используемые для получения 
изображений из серийных срезов, генерирования изображений серий 
срезов по оси Z из единичных изображений, а также коррелировать два 
изображения серии срезов по оси Z, полученных с помощью оптического 
микроскопа (LM) и растрового электронного микроскопа (SEM).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 439


--- стр. 585 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
MySampleOOl
и? Correlatwe’lkrrayTomography ■  ./fto w Й1 ■  gj
Select /  Specify,.
Calibration ----------------------
Sample Holder  
Life Science cover glass 22x22
Select... 
Calibrate...  
Apply to Image
► Start Acquisition Wizard
► Start Z-Stack Alignment Wizard
► Start Correlation Wizard
3
4
5
Рисунок 16.3. Инструмент CAT
Параметр Описание
Определение 
образца (1)
- Select / Specify... 
(Выбрать/У казать..
Открывает диалоговое окно Select Sample (Выбор 
образца), см. раздел «Диалоговое окно Select Sample»  [►  
440].
В нем из списка выбирается лист данных образца или 
указывается новый образец с пользовательскими 
данными. Указанная ин(формация об образце 
используется для обработки изображения (например, 
выравнивания серии срезов по оси Z) или для 
управления данными.
Калибровка 
держателя образца  
(2)
- Select... 
(Выбрать...)
Открывает диалоговое окно Select Template (Выбрать 
шаблон). В нем можно выбрать предпочтительный 
держатель образца или создать новые шаблоны 
держателей, см. «Выбор держателя образца»  [►404].
- Кнопка Calibrate... 
(Калибровать...)
Открывает мастер калибровки держателя образца  
(Sample Holder Calibration Wizard)  [►442]. В нем можно 
откалибровать выбранный держатель образца.
- Кнопка Apply 
to Image 
(Применить к 
изображению)
Отображается только в режиме Show АП (Показать все).
Используйте эту кнопку только в том случае, если  
забыли откалибровать держатель перед получением  
изображения.
440 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 586 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Применяет калибровку к полученному изображению. Не 
извлекайте образец из сопоставительного держателя в 
интервале между получением изображения и калибровкой. 
Исключение составляют случаи, когда корреляционные 
маркеры располагаются на держателе образца.
Запуск мастера  
получения 
изображений 
(3)
Запускает мастер получения изображений (Acquisition  
Wizard), более подробно см. здесь  [►  445].
Запуск мастера  
выравнивания  
серии срезов  
по оси Z (4)
Запускает мастер выравнивания серии срезов по оси Z 
(Z-Stack Alignment Wizard), более подробно см. здесь  [►  454].
Запуск мастера  
корреляции(5)
Запускает мастер корреляции (Correlation Wizard), более 
подробно см. здесь  [►  456].
16.4.2.1 Диалоговое окно Select Sample
В диалоговом окне Select Sample (Выбор образца) можно выбирать или 
создавать листы данных образца.
Select Sample
Select or Specify Sample. To specify a sample click on the + button or go into options. For select a sample click on the 
a sample definition listed below.
F  vt'Jp г C;\Us.ers\micku\Pictures\CAT Samples ' “
NewSample_001
MySampleOOl
‘• ‘.чтрк .'тгтг Covergl .155
Ztcilcn thKknt.^ 1С Ю  nm
Over.lew im.Kje C:\Usefs\mlcku\Prcturec\CAT SamplesV.
OK Cancel
Рисунок 16.4. Диалоговое окно Select Sample  
П/п Параметр Описание
1 Folder Показывает место хранения файлов.  
(Папка)
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 441


--- стр. 587 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
П/п Параметр Описание
Чтобы изменить место хранения файлов, нажмите кнопку
\ Путь и папка по умолчанию: 
C:\Users\user\Pictures\CAT Samples.
В этой папке каждый образец сохраняется в своей 
подпапке. Изображения, полученные с помощью 
мастера получения изображения CAT (CAT Acquisition 
Wizard), сохраняются в эту подпапку автоматически.
Для большей ясности, при каждом последующем запуске 
CAT в мастере получения изображений CAT создаются 
подпапки с именем «[Дата] [Время]». Если имя файла 
превышает определенное количество символов, оно 
сокращается с помощью знака «°».
Показывает образцы, которые уже указаны в 
программном обеспечении.
Если выбрать образец из списка и нажать кнопку ОК, 
выбранный образец будет использоваться в 
эксперименте.
List of
specified
samples
(Список
указанных
образцов)
При нажатии на кнопку откроется диалоговое окно
New Sample (Новый образец). В нем можно создать 
новый образец, который будет добавлен в список, см. 
«Создание нового образца»  [►  402].
При нажатии кнопки Options (Опции) отобразятся 
дополнительные опции управления образцами, такие как 
Show/Edit (Показать/Редактировать) или Refresh 
Sample List (Обновить список образцов).
Информац Отображает информацию об указанном образце,
ИЯ например: описание, число подложек, подложку и
толщину среза.
442 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 588 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
16.4.3Мастер калибровки держателя образца
С помощью мастера калибровки держателя образца (Sample Holder 
Calibration Wizard) калибруется выбранный сопоставительный держатель 
образца. Мастер открывается с помощью инструмента. Убедитесь, что вы 
выбрали необходимый держатель образца, см. раздел «Выбор держателя  
образца»  [►404].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 443


--- стр. 592 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
1/7 Overview Imaging (Обзорная визуализация) [►446].
2/7 R ibbon Specification  (Определение лент (по усмотрению)) [► 448].
3/7 R ibbon Im aging  (Визуализация лент (по усмотрению)) [► 449].
4/7 Section Specification  (Определение срезов) [► 449].
5/7 RO I D efinition  (Определение областей интереса) [► 452].
6/7 RO I Im aging  (Визуализация областей интереса) [► 453].
7/7 ReS/Joof (Повторная съемка (ло усмотрению)) [► 453].
16.4.4.1 Обзорная визуализация
В шаге Overview Imaging (Обзорная визуализация) можно получить общее 
изображение, позволяющее перемещаться по образцу. На подложке 
отображаются позиции серийных срезов. Для получения обзорного 
изображения обычно используется объектив с малой кратностью 
увеличения. Получение изображения ускоряется благодаря широкому 
полю обзора и ограниченному числу мозаик.
Также можно получать изображения с объективами с большей кратностью 
увеличения. Но помните, что при этом из-за малого поля обзора 
увеличивается количество мозаик, а также длительность получения 
изображения.
1 Примечание
Для получения изображений рекомендуем использовать фазово-контрастные 
изображения. Наиболее надежным в этом случае является алгоритм для 
автоматического определения срезов, см. шаг 4.
Опция
Image
Acquisition /
Load Image
(Получение
изображений/
Загрузка
изображения)
Описание
С помощью соответствующей кнопки можно либо 
получить обзорное изображение, либо загрузить 
изображение.
Image Selection
(Выбор
изображения)
Experiment
(Эксперимент)
Нажав на загрузку изображения (Load Image), вы 
можете выбрать сохраненный файл изображения в 
файловой системе. Поэтому просто нажмите на 
кнопку ... и перейдите к необходимому файлу.
В зависимости от информации, сохраненной в 
загруженном изображении, мастер перейдет к 
соответствующему шагу.
Если вы нажали на кнопку Image Acquisition  
(Получение изображений), вам потребуется выбрать 
эксперимент в списке Experiment (Эксперимент).
Обратите внимание, что эксперимент должен быть 
настроен и сохранен заранее, до входа в мастер.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 447


--- стр. 593 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Objective Здесь можно выбрать необходимый объектив, который
(Объектив) будет использован для получения обзорного
изображения. Как упоминалось выше, рекомендуем 
использовать объектив с малой кратностью увеличения 
(например, 2.5х или 5х).
Channels Здесь можно выбрать каналы, которые будут
(Каналы) использоваться для получения обзорного изображения.
Можно использовать несколько каналов одновременно, 
если микроскоп снабжен конденсором с 
электроприводом.
Selected Light  
Source 
(Выбранный  
источник света)
Здесь можно выбрать источник света, который будет 
использоваться для получения обзорного изображения.
Возможна настройка интенсивности света при выборе 
соответствующего источника.
Camera Settings
(Настройки
камеры)
Software
Autofocus
(Программная
автофокусиров
ка)
Overview Image
Definition
(Определение
обзорного
изображения)
Здесь можно регулировать настройки, например время 
экспозиции или включение/выключение коррекции 
равномерности освещения.
Если в выбранном эксперименте была выполнена и 
активирована коррекция равномерности освещения, в 
мастере флажок будет установлен автоматически.
Здесь можно активировать функцию Software Autofocus 
(Программная автофокусировка) и применить ее к 
обзорному изображению.
Если опция включена, можно выбрать позиции для 
выполнения фокусировки. Во время фокусировки 
живое изображение не отображается.
Обратите внимание, что чувствительные 
флуоресцентные метки во время автофокусировки 
могут обесцветиться.
Здесь можно определить размер обзорного 
изображения, указав начальную и конечную позиции.
Start
t
I______
■
End
Программа рассчитает площадь на основе
448 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 594 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
определенных начальной и конечной позиций 
(= обзорное изображение). Под кнопками будет 
указано число мозаик и объем используемой 
памяти.
- Set start position 
(Установить 
начальную позицию)
Устанавливает текущую позицию столика в 
качестве начальной позиции области изображения.
- Set end position 
(Установить 
конечную позицию)
Устанавливает текущую позицию столика в 
качестве конечной позиции области изображения.
- Move to start position 
(Переместить в 
начальную позицию)
Автоматически перемещает столик в заданную 
начальную позицию. Обратите внимание, что 
начальную позицию следует определить заранее.
- Move to end position 
(Переместить в 
конечную позицию)
Автоматически перемещает столик в заданную 
конечную позицию. Обратите внимание, что 
конечную позицию следует определить заранее.
No. of sample carrier  
(Номер подложки)
Активен только при использовании нескольких 
подложек для одной корреляционной серии срезов 
по оси Z.
Здесь можно выбрать номер используемой 
подложки. Общее число используемых подложек 
указывается в инструменте CAT, напротив 
элемента Select / Specify sample (Выбрать/Указать 
образец).
Move the stage to load 
position before xy  
movement
(Перемещать столик  
в позицию загрузки  
перед перемещением 
по осям X/Y)
Флажок установлен; перемещает столик в 
позицию загрузки перед перемещением к 
следующему корреляционному калибровочному 
маркеру.
При использовании AxioObserver револьверная 
головка объектива перемещается в позицию 
загрузки.
Acquire Overview  
Image(Получить  
обзорное 
изображение)
Запускает процесс получения изображения. 
Процесс получения изображения можно остановить 
в любое время. В этом случае значение кнопки 
изменится на Restart (Перезапустить). Перед 
повторным запуском процесса получения 
изображения можно изменить настройки.
Статус процесса получения изображения 
отображается в строке состояния программы.
После получения обзорного изображения можно 
выполнить сшивку. При нажатии кнопки Apply 
Stitching (Применить сшивку) будет выполнена 
сшивка изображения.
Next (Далее) Перемещает вас к следующему шагу мастера.
16.4.4.2 Определение лент
Шаг Ribbon Definition (Определение лент) используется по усмотрению. В 
случае необходимости он позволяет визуализировать ленты с большей 
кратностью увеличения. Например, требуется определить области 
интереса по структуре образца, которая может быть идентифицирована 
только при использовании линз с большей кратностью увеличения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ( Ред. 1.0 на русском языке 449


--- стр. 595 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
Таким образом, вы можете выделить очертания ленты на используемом 
образце. Если структуры образца не различимы из-за использования 
объектива с малой кратностью увеличения при получении обзорного 
изображения, вы можете повторно визуализировать образец, используя 
объектив с большей кратностью увеличения.
Для выделения очертаний на изображении воспользуйтесь инструментами 
из вкладки Ribbon Definition (Определение лент) (например. Rectangle 
(Прямоугольник), Circle (Круг) или Polygon (Многоугольник)).
16.4.4.3 Визуализация лент
В шаге Ribbon Imaging (Визуализация лент) отобразится разделенный 
экран. Слева появится живое изображение. Справа отобразится обзорное 
изображение с определенными лентами.
1 Примечание
Для изменения живого изображения или изображения с определенными 
лентами нажмите на соответствующий контейнер. Активированный 
контейнер будет выделен белой рамкой.
Как и в шаге 1 для обзорного изображения, необходимо выбрать объектив, 
канал, источник света и настроить время экспозиции. Кроме того, 
потребуется создать фокальную поверхность, чтобы обеспечить 
нахождение используемого образца в фокусе в ходе процесса получения 
изображения.
При нажатии на кнопку Create Ribbon Image (Создать изображение ленты) 
будет получено изображение ленты.
16.4.4.4 Определение срезов
Для определения позиций областей интереса (ROI) в срезах необходимо 
указать срезы. Линии срезов образуют эталонную систему позиций 
областей интереса. Срезы отмечаются и выделяются рамкой.
1 Примечание
Обратите внимание, что на каждой ленте следует отметить один срез. То 
есть при наличии на образце трех лент необходимо отметить три среза.
Для определения среза рекомендуем использовать фазово-контрастные 
изображения. Алгоритм, используемый для автоматического определения 
среза, наиболее надежен, если используются фазово-контрастные 
изображения. При использовании светлопольных изображений алгоритм 
может быть недостаточно оптимальным. В этом случае можно вручную 
добавить или переместить контуры среза.
Во вкладке Section Definition (Определение срезов) размещены 
инструменты и опции для создания срезов на изображении.
450 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 596 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Reference Section 
(Эталонный срез)
- Select (Выбрать) Активирует режим выбора (по умолчанию).
- Contour (Контур) При выборе этого режима можно отметить 
контурную линию среза.
- Keep
(Удерживать)
Выбранный инструмент остается активным. Можно 
использовать инструмент несколько раз, без 
необходимости его повторного выбора.
- Step Backward 
(Шаг назад)
Отменяет последнее действие.
- Step Forward (Шаг 
вперед)
Повторяет последнее действие.
- Delete (Удаление) Удаляет выбранный графический элемент.
Section Index  
(Указатель срезов)
Здесь можно определить начальное число лент. Это 
важно в тех случаях, когда ленты образца 
размещены на нескольких подложках.
Selected Channel
(Выбранный
канал)
Detection
Sensitivity
(Чувствительность
обнаружения)
Отображает выбранный канал, который 
используется для обнаружения.
Здесь с помощью ползунка можно отрегулировать 
чувствительность обнаружения с низкой (Low) до 
высокой (High).
Чувствительность регулируется путем изменения 
порогов контраста, используемых в алгоритме 
обнаружения срезов.
При установке низкой чувствительности срезы будут 
распознаваться даже при низком контрасте между 
срезом и субстратом. Недостаток: срезы будут 
распознаваться даже там, где серийные срезы 
отсутствуют.
При установке высокой чувствительности алгоритм 
распознает срезы только при высоком контрасте 
между срезом и субстратом. Если распознаны не 
все срезы, можно скопировать или отметить контуры 
срезов.
Section Detection
(Обнаружение
срезов)
- Apply 
(Применить)
Запускает процесс обнаружения срезов на образце. 
Программа пытается обнаружить каждый срез в 
ленте.
Contrast Method 
(Метод
контрастирования)
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 451


--- стр. 597 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Auto
(Автоматическое
)
Автоматический режим используется по умолчанию. 
Система автоматически распознает метод 
контрастирования изображения.
Ph. Contrast Применяет метод фазового контрастирования. Даже 
(Фазовое при использовании светлопольного изображения 
контрастировани фазовый контраст будет применяться в качестве 
е) метода контрастирования.
Brigthfield 
(Светлое поле)
Применяет метод светлопольного контрастирования. 
Даже при использовании фазового-контрастного 
изображения светлое поле будет применяться в 
качестве метода контрастирования.
Use Internal
Structure
(Использовать
внутреннюю
структуру)
Устанавливайте флажок только в тех случаях, когда 
структуры образца четко видны на срезах.
Тогда помимо разности контраста между срезами и 
субстратом, для обнаружения срезов используются 
структуры образца.
В случае неправильного обнаружения срезов можно 
либо отметить, либо скопировать контуры срезов.
Post Definitions  
(Пост­
определения)
Инструмент
Stamp
(Штамп)
С помощью этого инструмента можно отметить срезы, 
не обнаруженные после завершения детектирования 
срезов.
В этом случае просто выберите инструмент и 
переместите курсор мыши в область рядом с 
последним обнаруженным срезом. Курсор превратится 
в штамп, и вы сможете отметить недостающие контуры 
срезов.
Accept Ref. 
Срез
При нажатии на эту кнопку эталонные контуры будут 
преобразованы в контуры срезов.
При необходимости по завершении обнаружения срезов можно 
воспользоваться рядом различных опций по их сортировке. Нажмите 
правой кнопкой мыши на обнаруженных срезах. Появится контекстное 
меню со следующими опциями:
452 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 598 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр  
Sort (Упорядочить)
Описание
■  Sort all sections in reverse order  
(Упорядочить все срезы в обратном  
порядке)
Упорядочивает все срезы, имеющие 
контур. Первоначальный срез с 
номером 1 становится последним, а 
последний срез становится первым с 
номером 1.
■  Sort selected Ribbon elements in reverse  
order (Упорядочить выбранные  
элементы ленты в обратном порядке)
Упорядочивает выбранные срезы на 
ленте. Первоначальный срез с номером 
1  становится последним, а последний 
срез становится первым с номером 1.
Сору selected sections  
from here (Копировать  
выбранные срезы)
Копирует выбранные срезы.
Сору selected Ribbon  
sections from here  
(Копировать 
выбранные срезы  
ленты)
Копирует все контуры срезов на выбранной 
ленте.
Paste Section(s) to here  
(Вставить срез(ы))
Вставляет контуры срезов (набор 
определенных контуров среза или всех срезов 
ленты) в выделенную позицию.
Exchange numbering of  
selected Ribbon sections  
(Заменить нумерацию  
выбранных срезов  
ленты)
Заменяет нумерацию выбранных срезов на 
разных лентах.
Highlight Related Ribbon  
Sections (Выделить  
связанные срезы  
ленты)
Выделяет выбранные срезы на ленте.
Merge two Ribbon 
Sections (Объединить  
два среза ленты)
Объединяет срезы на двух разных лентах в 
один.
16.4.4.5 Определение областей интереса
В шаге ROI Specification (Определение областей интереса) можно 
проверить используемый образец на наличие областей интереса и 
отметить эту область графическим элементом. На одном срезе можно 
определить несколько областей интереса.
Во вкладке ROI Definition (Определение областей интереса) можно 
создать прямоугольник, окружность или нарисовать от руки 
многоугольник/контур. Нажмите кнопку Apply (Применить) для 
автоматического определения области интереса во всех срезах. Также 
можно отменить и восстановить действие, воспользовавшись 
соответствующими кнопками Undo / Redo (Отменить/Восстановить). Для 
удаления графического элемента выберите его и нажмите на кнопку 
Delete (Удалить).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 453


--- стр. 599 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
1 Примечание
С помощью клавиш-стрелок клавиатуры можно перемещаться по серии от одной 
области интереса к другой, проверяя, по-прежнему ли располагается 
интересующая структура в пределах определенной области интереса.
16.4.4.6 Визуализация областей интереса
В шаге ROI Imaging (Визуализация областей интереса) можно 
визуализировать области интереса, обнаруженные и отмеченные в 
предыдущем шаге. Мозаичные изображения автоматически генерируются 
из всех определенных областей интереса.
i Примечание
Размер полученных мозаичных изображений серии областей интереса может 
изменяться из-за количества мозаик, необходимых для визуализации 
определенной области интереса. Количество мозаик может варьироваться из-за 
изгибов ленты.
16.4.4.7 Повторная съемка
Шаг Re-Shoot (Повторная съемка) полезен в тех случаях, когда некоторые 
мозаики или области интереса оказываются размытыми. Подобные 
мозаики/области можно заменить путем повторного получения выбранных 
мозаик или мозаичных изображений. Это выполняется следующим 
образом:
■  Сначала выберите все размытые мозаики.
■  Установите фокус на каждой позиции мозаики.
■  Получите новые изображения.
Параметр Описание
Select Tiles  
(Выбрать  
мозаики)
В этом режиме можно выбрать мозаики, которые 
требуется переснять.
С помощью ползунка Z-Position (Позиция по оси Z) во 
вкладке Dimensions (Измерения) или стрелок в области 
изображения прокрутите полученные изображения.
При обнаружении мозаичного изображения, которое 
необходимо переснять, просто щелкните по нему мышью. 
Цвет фрейма изображения изменится с красного на 
зеленый.
Обратите внимание, что перед повторным получением 
изображений необходимо определить все мозаики или 
размытые области.
Acquire
(Получить
изображение)
В этом режиме можно повторно получить изображения 
выбранных мозаик после ручной корректировки резкости.
При нажатии на эту кнопку столик переместится к первой 
мозаике и появятся следующие кнопки:
- Snap 
(Моментальный 
снимок)
Получает новое изображение.
454 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 600 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр
- Replace 
(Заменить)
Описание
Заменяет старую мозаику новой.
- Correct Если мозаика ярче или темнее, вы можете
Brightness отрегулировать яркость изображения мозаик. 
(Корректиров 
ать яркость)
Для выхода из мастера нажмите кнопку Finish (Готово).
16.4.5 Мастер выравнивания серии срезов по оси Z
Мастер выравнивания серии срезов по оси Z (Z-Stack Alignment Wizard) 
используется для выравнивания отдельных изображений серии срезов по 
оси Z. Мастер включает в себя шесть шагов, описанных в следующих 
разделах:
1/6 Image Import  (Импорт изображения) [►454]
2/6 Pre-Processing  (Предварительная обработка) [► 454]
3/6 Image Review  (Просмотр изображения) [►455]
4/6 /\//gnmenf (Выравнивание) [►455]
5/6 Manual Correction  (Ручная коррекция (по усмотрению)) [►456]
6/6 Final Image Creation  (Создание конечного изображения) [►456]
16.4.5.1 Импорт изображения
В шаге Image Import (Импорт изображения) загружаются полученные 
изображения серии срезов по оси Z, которые необходимо выровнять. 
Просто нажмите на кнопку Load (Загрузить) и выберите файл- 
изображение в файловой системе.
16.4.5.2 Pre-Processing (Предварительная обработка)
В шаге Pre-Processing (Предварительная обработка) выполняется 
предварительная обработка загруженного изображения, например: сшивка 
(Stitching) (только для мозаичных изображений), коррекция яркости и 
контраста (Brightness and Contrast Correction) (только для SEM- 
изображений).
Параметр Описание
Кнопка Apply 
Stitching 
(Выполнить  
сшивку)
Clip Limit  
(Предел по 
отсечению)
Отображается только после загрузки мозаичного 
изображения.
При нажатии на кнопку выполняется автоматическая 
сшивка изображения. Сшивка может быть отменена 
(Undo) или выполнена повторно (Redo) с помощью 
кнопок-стрелок.
Уменьшает шум изображения. Чем выше предел по 
отсечению, тем ниже уровень шума. Предел по 
отсечению может регулироваться в диапазоне от О  до 
10%.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 455


--- стр. 601 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
16.4.5.3
Параметр Описание
Region Size
(Размер
области)
Определяет область выравнивания гистограммы. Чем 
меньше площадь, тем выше контраст, но при этом 
усиливается шум. Размер области может 
регулироваться в диапазоне от 16 до 1024 пикселей.
Выравнивание
гистограммы
При нажатии на эту кнопку SEM-изображения 
приводятся к выбранным значениям. Выравнивание 
гистограммы может быть отменено (Undo) или 
выполнено повторно (Redo) с помощью кнопок-стрелок.
Image Review (Просмотр изображения)
Шаг Image Review (Просмотр изображения) используется для просмотра 
отдельных изображений серии срезов по оси Z. Эта функция необходима, 
поскольку некоторые изображения могут не годиться для создания 
трехмерных изображений из-за проблем, возникающих во время 
получения изображения или подготовки образца (складки или трещины в 
срезе). Эти области можно заменить либо предыдущим, либо следующим 
изображением. Просматриваемые изображения могут быть представлены 
в виде единичных двухмерных изображений в двухмерной проекции или в 
виде серии изображений в галерее.
Параметр Описание
2D View
(Двухмерная
проекция)
Позволяет просмотреть единичные изображения серии 
срезов по оси Z в двухмерной проекции (2D).
Перемещение по единичным изображениям 
осуществляется с помощью ползунка Z-Position  
(Позиция по оси Z).
Чтобы заменить изображение, выберите изображение и 
нажмите либо на кнопку Replace with next (Заменить 
следующим), либо Replace with previous (Заменить 
предыдущим).
Нажатие кнопки Undo (Отменить) отменяет последнее 
выполненное действие.
Gallery View 
(Галерея)
Позволяет просматривать единичные изображения в 
галерее. Единичные изображения серии срезов по оси 
Z отображаются в виде коллекции изображений.
При обнаружении изображения, не соответствующего 
критериям, просто выберите его и замените следующим 
или предыдущим изображением.
16.4.5.4 Alignment (Выравнивание)
В шаге Alignment выполняется выравнивание изображения. Для этого 
просто нажмите кнопку Start Alignment (Выполнить выравнивание). Для 
отмены выравнивания нажмите кнопку Stop (Стоп).
456 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 602 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
1 Примечание
Перед выравниванием выберите один опорный канал (например, DAPI, так 
как он окрашивает ядро, которое подходит для выравнивания).
Во время выравнивания доступен режим разделенного экрана. В левом 
контейнере отображаются исходные изображения, в правом контейнере — 
выравненные изображения.
16.4.5.5 Manual Correction (Ручная коррекция)
В шаге Manual Correction (Ручная коррекция (по усмотрению)) можно 
перемещаться по выравненным изображениям и проверять результат 
выравнивания.
В случае неудовлетворительных результатов выравнивание изображений 
можно исправить вручную. Ошибки в выравнивании могут происходить при 
отсутствии отличительных структур на изображениях.
16.4.5.6 Final Image Creation (Создание конечного изображения)
Последний, но не менее важный шаг Final Image Creation (Создание 
конечного изображения), в котором создается конечное изображение.
Параметр Описание
Total (Целое 
изображение)
Для создания изображения используется всё 
изображение.
ROI (Область  
интереса)
Для создания изображения используется только область 
интереса.
Кнопка Create 
final image 
(Создать  
конечное 
изображение)
Создает конечное выравненное изображение серии 
срезов по оси Z.
Для выхода из мастера нажмите кнопку Finish (Готово).
16.4.6 Мастер корреляции
Мастер корреляции (Correlation Wizard) используется для сопоставления 
изображения серии срезов по оси Z, полученного с помощью оптического 
микроскопа (LM), и изображения серии срезов по оси Z, полученного с 
помощью растрового электронного микроскопа (SEM). Мастер включает в 
себя четыре шага, описанных в следующих разделах:
■ 1/4 Import Z-Stacks  (Импорт серий срезов по оси Z) [►457]
■ 2/4 Correlation  (Корреляция) [►457]
■ 3/4 Manual Correction  (Ручная коррекция) [►458]
■ 4/4 Create Final Correlation Image  (Создание конечного 
коррелированного изображения) [►458]
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке 457


--- стр. 603 ---
16 Модуль CAT I 16.4 Функции и их назначение
16.4.6.1 Import Z-Stacks (Импорт серий срезов по оси Z)
В шаге Import Z-Stacks (Импорт серии срезов по оси Z) можно 
импортировать изображения серии срезов по оси Z из LM и SEM, 
например, изображение серии срезов по оси Z из LM в левом контейнере, 
а изображение серии срезов по оси Z из SEM в правом контейнере.
Если нажать на кнопку Left Container (Левый контейнер), изображение 
откроется в левом графическом контейнере.
Если нажать на кнопку Right Container (Левый контейнер), изображение 
откроется в правом графическом контейнере.
16.4.6.2 Корреляция
В шаге Correlation (Корреляция) выполняется сопоставление изображений.
Параметр Описание
Transform
(Преобразовать)
Здесь выбирается серия срезов по оси Z, которую 
требуется преобразовать. Во время 
преобразования пиксель наложенного изображения 
серии срезов по оси Z вычисляется с помощью 
пикселей двух исходных изображений, которые 
должны быть совмещены/объединены.
Interpolation
(Интерполяция)
Здесь вы можете выбрать один из следующих 
методов интерполяции:
- Nearest Neighbor 
(Ближайший сосед)
Значение серого тона результирующего пикселя в 
наложенном изображении рассчитывается из 
соседнего пикселя. Это высокоскоростной метод 
интерполяции.
- Linear (Линейное 
комбинирование)
Результирующему или вычисленному пикселю 
наложенного изображения присваивается значение 
серого, которое является результатом линейной 
комбинации значений пикселей, расположенных 
поблизости (в исходном изображении).
- Cubic (Кубический) Результируюгцему или вычисленному пикселю
наложенного изображения присваивается значение 
серого, которое рассчитывается с помощью 
полиномиальной функции с использованием 
значений серого тона пикселей исходных 
изображений; эти пиксели располагаются рядом с 
вычисленным пикселем.
Режим Здесь выбирается режим алгоритма:
- 3-Points (3- 
точечный)
Этот режим позволяет устанавливать 6 
корреляционных точек после нажатия на кнопку Set 
Points (Установить точки) (3 точки в каждой серии 
срезов по оси Z в каждом контейнере).
- 4-Points (4- 
точечный)
Этот режим позволяет устанавливать 8 
корреляционных точек после нажатия на кнопку Set 
Points (Установить точки) (4 точки в каждой серии 
срезов по оси Z): 3 точки — в первом срезе по оси 
Z, последнюю точку — в последнем срезе.
Correlation Points
(Корреляционные
точки)
С помощью кнопки Set Points (Установить точки) 
устанавливаются корреляционные точки.
458 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 604 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Число корреляционных точек соответствует 
выбранному алгоритму. Указатель мыши превратится в 
пипетку. Для установки точек просто нажмите на 
изображение. Начните с установки первых трех точек в 
левом контейнере, после чего установите 
соответствующие корреляционные точки в правом 
контейнере. После установки корреляционной точки 
появится зеленая галочка перед соответствующей 
точкой.
При выборе 4-точечного алгоритма (4-Points-Algorithm) 
дисплей автоматически переместится к последнему 
изображению серии срезов по оси Z. Установите 
четвертую корреляционную точку в обоих контейнерах. 
Убедитесь, что позиции в обеих сериях срезов по оси Z 
идентичны. После установки всех точек пипетка 
обратно превратится в курсор.
Кнопкой Reset (Сброс) удаляются все корреляционные 
точки на изображении.
Create При нажатии на эту кнопку будет создана
correlated Z- коррелированная серия срезов по оси Z, которая
Stack (Создать откроется в новом графическом контейнере.
коррелирован
ную серию
срезов по оси
Z)
16.4.6.3 Manual Correction (Ручная коррекция)
В шаге Manual Correction (Ручная коррекция) можно вручную исправить 
корреляцию, перемещая и вращая преобразованное изображение.
Для этого просто нажмите кнопку Start (Пуск). Вы сможете интерактивно 
перемещать изображение, перетаскивая его мышью, или вращать 
изображение с помощью ползунка Rotation (Вращение) или круглой кнопки 
в верхней части зеленого фрейма изображения. С помощью 
соответствующего ползунка можно изменять непрозрачность (opacity) 
изображения.
Если нажать на кнопку Accept (Принять), ручная коррекция будет 
применена к коррелированному изображению.
16.4.6.4 Create Final Correlation Image (Создание конечного коррелированного  
изображения)
В шаге Create Final Correlation Image (Создание конечного 
коррелированного изображения) создается конечное коррелированное 
изображение. Для этого просто нажмите кнопку Create final Z-Stack  
(Создать конечную серию срезов по оси Z). Для выхода из мастера 
нажмите на кнопку Finish (Готово).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 459


--- стр. 605 ---
16 Модуль CAT I 16.5 Приложение
16.5 Приложение
16.5.1 Сопоставительные держатели образца
Название
Life Science для 
покровных стекол 
22x22
Life Science для 
сеток ПЭМ
Покровное 
стекло с 
координатными 
метками 22x22
Изображение
460 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 609 ---
17 Модуль Confocal Topography | 17.1 Введение
17 Модуль Confocal Topography
17.1 Введение
Для наших клиентов-материаловедов, например лабораторий по изучению 
свойств материалов, в дополнение к ПО ZEN мы разработали модуль 
Confocal Topography (Конфокальная топография). Модуль включает в 
себя следующие функции:
Сканирование топографии
Инструмента Topography (Топография) позволяет сканировать и изучать 
поверхности или структуры поверхностей образцов различных типов 
(например, подложек, солнечных фотоэлементов). Мастера измерения 
топографии (Topography Measurement Wizard) помогает получать 
конфокальные изображения используемого образца. Расширенный анализ 
топографического изображения выполняется программой ConfoMap, 
включенной в пакет программного обеспечения.
В разделе «Функции и их назначение» подробно описаны функции 
инструмента Topography  [►  475] и мастера измерения топографии
Topography Measurement Wizard  [►  476].
В разделе «Последовательность действий при сканировании  
топографии» приводятся подробные инструкции по сканированию 
топографии, см. «Введение»  [►  463].
Измерение толщины слоя
С помощью инструмента Layer Thickness Measurement (Измерение 
толщины слоя) можно получать изображения серий срезов по оси Z и 
измерять толщину одного или нескольких прозрачных слоев (например, 
покрытий, сплавов). Также в этом инструменте имеется мастер измерения 
толщины слоя (Layer Thickness Measurement Wizard), который проведет 
вас через данный процесс. Полученные значения могут быть 
скорректированы показателем преломления покрытия.
В разделе «Функции и их назначение» подробно описаны функции 
инструмента Layer Thickness Measurement  [►  477] и мастера измерения 
толщины слоя Layer Thickness Measurement wizard  [►  478].
В разделе «Последовательность действий при измерении толщины  
слоя» приводятся подробные инструкции по измерению толщины слоев, 
см. «Введение»  [►  469].
17.2 Последовательность действий при сканировании  
топографии
17.2.1 Введение
В этом разделе приводится последовательность действий при измерении 
топографии в ПО ZEN. Этот раздел предназначен для пользователей, 
которым необходима вводная информация по процессу сканирования 
топографии. Вы ознакомитесь с процессом сканирования топографии 
начиная с общих подготовительных процедур и до передачи данных в 
программу ConfoMap для анализа.
464 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 610 ---
Обратите внимание, что здесь не описывается процесс анализа данных в 
Confomap, поскольку он изменяется в зависимости от образца. По этому 
вопросу рекомендуем обратиться к руководствам и документации по 
Confomap, в которых подробно описываются наиболее важные операции.
17.2.2 Получение топографических изображений
Для получения топографического изображения в ПО ZEN необходимо 
запустить мастер измерения топографии.
Необходимые предварительные условия ■ Открыта вкладка Applications (Приложения),
в которой размещен инструмент Topography (Топография).
Порядок действий 1 Нажмите кнопку Start (Пуск).
17 Модуль Confocal Topography 117.2 Последовательность действий при сканировании
топографии ________________________________________________________________________
Откроется мастер. В левой области инструментов откроется шаг 
1/2 Setup (Настройка), в котором настраиваются параметры получения 
топографического изображения. В центральной области экрана в 
непрерывном режиме отобраэится живое изображение используемого 
образца.
По умолчанию система настроена на получение только одной серии 
срезов по оси Z. Если область интереса (ROI) расположена в поле 
обзора (FoV), перейдите к шагу 5 данного руководства. Если область 
интереса больше поля обзора, можно настроить получение мозаик в 
инструменте Tiles.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 465


--- стр. 611 ---
17 Модуль Confocal Topography
топографии _____
17.2 Последовательность действий при сканировании
Введите необходимое число мозаик в поля ввода X и (или) Y, например 
3x3. Будет создано изображение из девяти (3x3) единичных мозаик.
Тор О g Г  а р hy М еа S U Г  е m с nt
bperirrcnt'
Number of tiles
Start position mode 
Start position
Center
X: 2300,04
: V: 3
Y: 2300.04
Set stage position
I Caution: Please make sure that all your tiles are within the  
travel range of the scanning stage,
О Navigation
Current tile T
Нажмите кнопку Set stage position (Установить позицию столика), 
чтобы установить точку привязки мозаичного скана в текущей позиции 
столика.
В разделе Navigation (Навигация) (его следует сначала расширить) с 
помощью кнопок-стрелок переключайтесь по изображениям единичных 
мозаик. Функция позволяет проверить, покрывают ли мозаики всю 
область интереса.
466 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 612 ---
17 Модуль Confocal Topography |
топографии
17.2 Последовательность действий при сканировании
5 В инструменте Acquisition Mode (Режим получения изображений) 
отрегулируйте настройки параметров Objective (Объектив), Frame Size 
(Размер фрейма) и Bits per Pixel (Бит/пиксель) в соответствии с 
требованиями.
Acquisition Mode ✓ sn»wAii
С Epiplan-Apcchromat 5х>Т52 Die ■ »
m e  Size 1024 px t 1 0 24 px ^  t X  ■■ V »F ra m e  Size 1024 px 
8 Optimal
Sc an Speed 
Averaging
t.-.- TfC 
0,00 • : 
0,00" ;
0 8
HDR Illumination 
Scan Area
1—»  ■' 0,0 ргп : с
1 0,0 pm : с
• 0.9 X * V:
Reset Scan Area
i Примечание
Обратите внимание, что изменять параметры Frame size (Размер фрейма) 
и Bits per Pixel (Бит/пиксель) в непрерывном режиме (Continuous) (Живое 
изображение) нельзя. Для отключения непрерывного режима нажмите 
кнопку Stop (Стоп) в левом верхнем углу.
Выполните фокусировку на поверхности. Настройка микроотверстия по 
умолчанию — Мах. (Максимальное). Это позволяет легко 
фокусироваться на поверхности, как при использовании 
широкопольного микроскопа. Безусловно, возможна фокусировка и 
через окуляры.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 467


--- стр. 613 ---
17 Модуль Confocal Topography
топографии _______
17.2 Последовательность действий при сканировании
Отрегулируйте микроотверстие до необходимого диаметра. Для 
обеспечения наилучшей производительности системы рекомендуем 
установить размер микроотверстия на 1  единицу Эйри (кнопка 1AU). 
Поскольку у конфокальных изображений уменьшится глубина поля 
зрения, возможно, потребуется слегка отрегулировать позицию 
фокусировки.
Отрегулируйте интенсивность лазера. Для этого выполните 
фокусировку на светлом срезе серии срезов по оси Z. Отрегулируйте 
интенсивность лазера с помощью ползунка 405 пт (405 нм) или 
Master Gain (Среднее усиление). Регулируйте интенсивность до 
исчезновения всех переэкспонированных пикселей (отмечены красным).
Настройте серию срезов по оси Z, отрегулировав диапазон по оси Z 
(верхнюю и нижнюю границы серии срезов по оси Z). Для этого 
рекомендуем использовать режим первой и последней плоскостей 
(First/Last).
Убедитесь, что вся поверхность, которую необходимо измерить, 
находится внутри этих пределов. При сканировании мозаик, чтобы 
переходить к разным мозаикам, можно использовать стрелки навигации 
в инструменте Tiles.
10 Нажмите кнопку Next (Далее).
468 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 614 ---
17 Модуль Confocal Topography
топографии
17.2 Последовательность действий при сканировании
Мастер перейдет к шагу 2/2 Z-Stack Acquisition (Получение серии 
срезов по оси Z) и начнет получение изображения.
О(Jог|га р11у М еаSU f ('ч п(.*111
EacL
Z-Stack acqut?ition running...
После получения изображения автоматически будет создано 
топографическое изображение (карта высот). После получения и 
обработки изображение появится в центральной области экрана.
11 При необходимости отрегулируйте пороговые значения с помощью 
ползунка Noise Cut (Отсечение шума). Обратите внимание, что пиксели 
ниже нижнего порогового значения выделены синим цветом, а пиксели 
выше верхнего порогового значения — красным цветом.
Topography Measurement
Bdck /Ч
Noise Cut:
Save Surface Save Z-Stack
Export to ConfoMap
i Примечание
Если функция Automatic Noise Cut (Автоматическое отсечение шума) в 
инструменте Topography (Топография) включена, этот шаг будет 
пропущен, а топографическое изображение будет автоматически 
экспортировано в ConfoMap.
12 Завершите работу в ZEN, выбрав следующие опции:
- При нажатии на кнопку Export to Confomap (Экспортировать в 
Confomap) топографическое изображение будет сразу открыто в 
программе анализа ConfoMap.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 469


--- стр. 615 ---
- Нажатием на кнопку Save Topography (Сохранить топографию) 
топографическое изображение сохраняется в файловой системе.
- Нажатие на кнопку Save Z-Stack (Сохранить серию срезов по оси Z) 
сохраняет исходные данные серии срезов по оси Z.
Вы успешно получили топографическое изображение. Поскольку анализ 
изображений выполняется программой ConfoMap, для получения 
подробной информации ознакомьтесь с документацией ПО ConfoMap.
17 Модуль Confocal Topography | 17.3 Последовательность действий при измерении толщины
слоя________________________________________________________________________________
17.3 Последовательность действий лри измерении
толщины слоя
17.3.1 Введение
в этом разделе приводится последовательность операций по измерению 
толщины слоя в ПО ZEN. Этот раздел предназначен для пользователей, 
которым необходима вводная информация по процессу измерения 
толщины слоя. Вы ознакомитесь с процессом получения изображений и 
измерения толщины слоя, начиная с общих подготовительных процедур.
17.3.2 Измерение толщины слоя
Для измерения толщины слоя в ПО ZEN необходимо запустить мастер
измерения топографии.
Необходимые предварительные условия ■ Открыта вкладка Applications (Приложения),
в которой размещен инструмент Layer Thickness Measurement
(Измерение толщины слоя).
Порядок действий 1 Нажмите кнопку Start (Пуск).
Откроется мастер. В левой области инструментов откроется шаг 1/3 
Setup (Настройка), в котором вводятся параметры получения 
топографического изображения. В центральной области экрана в 
непрерывном режиме отобразится живое изображение используемого 
образца.
470 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 616 ---
17 Модуль Confocal Topography
слоя
17.3 Последовательность действий при измерении толщины
В инструменте Acquisition Mode (Режим получения изображений) 
отрегулируйте настройки параметров Objective (Объектив), Frame Size 
(Размер фрейма) и Bits per Pixel (Бит/пиксель) в соответствии с 
требованиями.
1 Примечание
Обратите внимание, что изменять параметры Frame size (Размер фрейма) 
и Bits per Pixel (Бит/пиксель) в непрерывном режиме (Continuous) (Живое 
изображение) нельзя. Для отключения непрерывного режима нажмите 
кнопку Stop (Стоп) в левом верхнем углу.
Выполните фокусировку на поверхности. Настройка микроотверстия по 
умолчанию — Мах (Максимальное). Это позволяет легко 
фокусироваться на поверхности, как при использовании 
широкопольного микроскопа. Безусловно, возможна фокусировка и 
через окуляры.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 471


--- стр. 617 ---
17 Модуль Confocal Topography
слоя
17.3 Последовательность действий при измерении толщины
Отрегулируйте микроотверстие до необходимого диаметра. Для 
обеспечения наилучшей производительности системы рекомендуем 
установить размер микроотверстия на 1  единицу Эйри (кнопка 1AU). 
Поскольку у конфокальных изображений уменьшится глубина поля 
зрения, возможно, потребуется слегка отрегулировать позицию 
фокусировки.
Отрегулируйте интенсивность лазера. Для этого выполните 
фокусировку на светлом срезе серии срезов по оси Z. Отрегулируйте 
интенсивность лазера с помощью ползунка 405 пт (405 нм) или 
Master Gain (Среднее усиление). Регулируйте интенсивность до 
исчезновения всех переэкспонированных пикселей (отмечены красным).
Настройте серию срезов по оси Z, отрегулировав диапазон по оси Z 
(верхнюю и нижнюю границы серии срезов по оси Z). Для этого 
рекомендуем использовать режим первой и последней плоскостей 
(First/Last).
Убедитесь, что все слои, которые необходимо измерить, находятся 
внутри этих пределов. При сканировании мозаик, чтобы переходить к 
разным мозаикам, можно использовать стрелки навигации в 
инструменте Tiles.
7 Нажмите кнопку Next (Далее).
472 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 618 ---
17 Модуль Confocal Topography | 17.3 Последовательность действий при измерении толщины
слоя
Мастер перейдет к шагу 2/3 Sectioning (Вычерчивание сечения) и 
начнет получение изображения.
Layer Thickness Measurement
Блс1. /Ч
Z-St/sck a c q u iM lio n  f u n n in g
Neit
После получения и обработки изображение отобразится в центральной 
области экрана.
8 Нажмите на кнопку X-Z Layer или Y-Z Layer для создания
соответствующего поперечного сечения и его подробного анализа.
9 Нажмите кнопку Next (Далее).
Мастер перейдет к шагу 3/3 Measurement (Измерение).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 473


--- стр. 620 ---
17 Модуль Confocal Topography
слоя
17.3 Последовательность действий при измерении толщины
Над профилем появится таблица с данными измерения.
1 Примечание
Значения расстояния в этой таблице представляют собой толщину слоя по 
отношению к оптическому пути. Они не корректируются показателем 
преломления слоя.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 475


--- стр. 621 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
12 Нажмите кнопку Add measurement to table (Добавить результаты 
измерения в таблицу) для переноса данных в таблицу результатов 
слева. В таблице можно переименовывать слои и вычислять истинную 
толщину слоя, прибавляя показатель преломления.
Add measurement to table
Name П.’а*тп,:е Pefreatt. ,e index Crneried
г
; ■  »  » •
Layer 1 135.423 pm im *. « 195.415 pm С
Layer 2 SJ91 pm ’ » В Ш м го 1!
Layer 3
4  ■  "
112179 pm 1.443
Л
1ШЪ\  pm Ж
Save sefecteH'profile
Save table
13 Для сохранения полученных результатов имеются три опции:
- Кнопка Save table (Сохранить таблицу) сохраняет таблицу в файловой 
системе.
- Кнопка Save selected profile (Сохранить выбранный профиль) 
экспортирует созданный профиль в стороннее программное 
обеспечение для проведения анализа.
- Кнопка Save Z-Stack (Сохранить серию срезов по оси Z) сохраняет 
исходные данные серии срезов по оси Z в файловой системе.
Вы успешно измерили толщину слоя используемого образца, сохранили 
таблицу результатов, профили и исходные данные серии срезов по оси Z.
17.4 Функции и их назначение
17.4.1 Вкладка Applications
Во вкладке Applications (Приложения) доступны следующие инструменты:
■ Инструмент Topography (Топография)
для получения или загрузки существующей конфокальной серии срезов 
по оси Z и ее экспорта в программу ConfoMap ПО ZEISS для 
последующей обработки.
■ Инструмент Layer Thickness Measurement (Измерение толщины слоя) 
для получения или загрузки существующей конфокальной серии срезов 
по оси Z и выполнения измерений толщины слоя.
17.4.2 Инструмент Topography
Параметр Описание
Image
Acquisition
(Получение
изображений)
Позволяет получить изображение с помощью мастера 
измерения топографии (Topography Measurement 
wizard).
476 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 622 ---
17 Модуль Confocal Topography 1 17.4 Функции и их назначение
Параметр
Load Z-Stack 
(Загрузить 
серию срезов по 
оси Z)
Automatic Noise 
Cut
(Автоматическое 
отсечение шума)
- Thresholds 
(Пороговые 
значения)
Start (Пуск)
Описание
Этот мастер проведет вас через весь процесс 
получения изображения. Затем вы сможете 
экспортировать изображение в программу ConfoMap 
для последующей обработки.
Мастер запускается кнопкой Start (Пуск) в нижней 
области инструмента.
Позволяет загрузить существующую конфокальную 
серию срезов по оси Z из файловой системы.
Для этого просто нажмите на значок папки и выберите 
изображение серии срезов по оси Z в файловой 
системе. При нажатии на кнопку Start (Пуск) мастер 
топографии (Topography) автоматически перейдет к 
последнему шагу, в котором выполняется отсечение 
шума и передача данных в программу ConfoMap.
Флажок установлен: мастер автоматически выполнит 
шумоустраняющую фильтрацию с параметрами, 
предварительно установленными в инструменте.
Флажок убран: шумоустраняющая фильтрация 
является дополнительным шагом в мастере 
измерения топографии (Topography Measurement 
wizard).
Здесь устанавливаются пороговые значения для 8- 
битных или 16-битных изображений.
Запускает мастер измерения топографии {Topography  
Measurement Wizard)  [►  476].
17.4.3 Мастер измерения топографии
Если вы выбрали опцию Image Acquisition (Получение изображения) в 
инструменте Topography, мастер измерения топографии будет состоять 
из двух шагов:
Шаг 1/2. Определение
Этот шаг позволяет выбрать эксперимент или настроить параметры 
визуализации для получения нового изображения, например число мозаик, 
режим получения изображения или создание серии срезов по оси Z, более 
подробно см. Шаг 1. Setup (Настройка)  [►  477].
Имейте в виду, что в случае выбора опции Load Z-Stack (Загрузить серию 
срезов по оси Z) в инструменте Topography и запуска мастера, этот шаг 
становится недоступным.
Step 2/2. Z-Stack Acquisition
Второй шаг — получение серии срезов по оси Z. Процесс получения 
изображений осуществляется автоматически. Дополнительно, вы можете 
применить шумоустраняющую фильтрацию. Пиксели, которые не 
соответствуют пороговым значениям, будут выделены красным (верхнее 
пороговое значение) или синим цветом (нижнее пороговое значение), 
см. Шаг 2. Z-Stack Acquisition (Получение серии срезов по оси Z)  [►  477].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 477


--- стр. 623 ---
17 Модуль Confocal Topography | 17.4 Функции и их назначение
1 Примечание
Шумоустраняющая фильтрация будет пропущена, если установлен 
флажок Automatic Noise Cut (Автоматическое отсечение шума) в 
инструменте Topography (Топография). Предустановленные параметры 
немедленно будут применены к изображению, и мастер перейдет к 
экспорту данных в ConfoMap.
17.4.3.1 Шаг 1. Определение
После запуска мастера в центральной области экрана появится живое 
изображение (режим Continuous (Непрерывный)) используемого образца. 
Настройка параметров получения изображения осуществляется в левой 
части экрана. Отдельные шаги описываются в следующих разделах.
Имейте в виду, что описываемые здесь инструменты установлены в ПО 
ZEN (blue) по умолчанию и настроены на получение топографических 
изображений, см. раздел «Инструменты для настройки получения 
изображения».
17.4.3.2 Шаг 2. Z-Stack Acquisition
Параметр
Noise Cut
(Отсечение
шума)
Save Surface
(Сохранить
поверхность)
Описание
Здесь можно вручную настроить параметры отсечения 
шума. Для этого воспользуйтесь ползунком или 
введите нижнее и верхнее значения в поля ввода.
Сохраняет изображение поверхности в файловую 
систему.
Export to Экспортирует изображение в программу ConfoMap.
ConfoMap При нажатии на эту кнопку программа ConfoMap
(Экспортировать запустится автоматически, 
в ConfoMap)
17.4.4 Инструмент Layer Thickness Measurement (Измерение  
толщины слоя)
Параметр
Image
Acquisition
(Получение
изображений)
Load Z-Stack 
(Загрузить 
серию срезов 
по оси Z)
Start (Пуск)
Описание
Позволяет получить изображение с помощью мастера 
измерения толщины слоя (Layer Thickness 
Measurement wizard).
Этот мастер проведет вас через весь процесс 
получения изображения. Затем вы сможете 
экспортировать изображение в программу ConfoMap 
для последующей обработки.
Мастер запускается кнопкой Start (Пуск) в нижней 
области инструмента.
Позволяет загрузить существующую конфокальную 
серию срезов по оси Z из файловой системы.
Для этого просто нажмите на значок папки и выберите 
изображение серии срезов по оси Z в файловой 
системе.
Запускает мастер измерения толщины слоя (Layer 
Thickness Measurement wizard) (см. раздел > [►  478])
478 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 624 ---
17 Модуль Confocal Topography | 17.4 Функции и их назначение
17.4.5 Мастер измерения толщины слоя (Layer Thickness  
Measurement Wizard)
17.4.5.1
17.4.5.2
Если вы выбрали опцию Image Acquisition (Получение изображения) в 
инструменте Layer Thickness Measurement (Измерение толщины слоя), 
то мастер измерения толщины слоя (Layer Thickness Measurement 
wizard) будет включать в себя три шага:
Шаг 1/3. Определение
В этом шаге выбирается эксперимент или вводятся параметры 
визуализации для получения новой серии срезов по оси Z, например: 
настройка отслеживания, режим получения изображения, настройки серии 
срезов по оси Z, более подробно см. Шаг 1. Setup (Настройка)  [►  478].
Шаг 2/3. Sectioning
В этом шаге (вычерчивание поперечного сечения) требуется определить 
поперечное сечение образца, которое необходимо проанализировать. 
Здесь, помимо центральной области обзора (оси X/Y; синий фрейм), 
присутствуют сечения по осям X/Z (сверху, зеленый фрейм) и осям Y/Z 
(справа, красный фрейм), см. Шаг 2. Sectioning (Вычерчивание сечения)
[►  478].
Шаг 3/3. Measurement (Измерения)
В этом шаге создается один или несколько профилей распределения 
интенсивности в поперечном срезе. В этих профилях можно выполнять 
измерения, а также создавать таблицы с результатами измерений. 
Наконец, можно сохранить профиль, серию срезов по оси Z или таблицу 
результатов, см. Шаг 3. Measurement (Измерение)  [►  479].
Шаг 1. Определение
После запуска мастера в центральной области экрана появится живое 
изображение (режим Continuous (Непрерывный)) используемого образца. 
Настройка параметров получения изображения осуществляется в левой 
части экрана. Отдельные шаги описываются в следующих разделах. 
Обратите внимание, что описываемые здесь инструменты установлены в 
ПО ZEN (blue) по умолчанию и настроены на получение изображений с 
измерениями толщины слоя.
Шаг 2. Sectioning
Здесь можно настроить параметры для вычерчивания сечения.
Параметр
X-Z Layer (Слой 
X-Z) (зеленый)
Y-Z Layer (Слой 
Y-Z) (красный)
Cut Lines 
(Секущие 
линии)
Кнопка Mid 
(Середина)
Описание
Для дальнейшего изучения используется сечение X-Z.
Для дальнейшего изучения используется сечение Y-Z.
Здесь определяется позиция секущей линии. Для этого 
воспользуйтесь ползунком или введите координаты 
позиции непосредственно в поле ввода.
При нажатии на эту кнопку соответствующая секущая 
линия будет размещена в середине (центре) 
изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ( Ред. 1.0 на русском языке 479


--- стр. 625 ---
17 Модуль Confocal Topography | 17.4 Функции и их назначение
Параметр
Line Width (Ширина 
линии)
Описание
Здесь регулируется ширина соответствующей 
секущей линии. Значение по умолчанию: 1  (в 
пикселях)
17.4.5.3 Шаг 3. Measurement (Измерения)
Здесь настраиваются параметры измерений.
Параметр
Profile mode (Режим 
профиля)
- Arrow (Стрелка)
- Rectangle 
(Прямоугольник)
Add measurement to 
table (Добавить 
измерение в таблицу)
Save selected profile 
(Сохранить 
выбранный профиль)
Save Z-Stack 
(Сохранить серию 
срезов по оси Z)
Save table (Сохранить 
таблицу)
Описание
Здесь выбирается режим профиля для 
выполнения измерения:
Этот режим позволяет начертить стрелку в 
профиле. При этом профиль будет измерен 
вдоль прочерченной линии стрелки.
Этот режим позволяет начертить прямоугольник 
в профиле. При этом профиль будет измерен по 
всей площади прямоугольника.
Результат измерения добавляется в таблицу 
измерения слева. В этой таблице можно 
переименовать профиль и скорректировать 
результат, используя показатель преломления.
Выбранный профиль сохраняется в .czt-файле.
Изображение серии срезов по оси Z 
сохраняется в .czi-файле.
Выбранная таблица сохраняется в .czt-файле.
17.4.6 Инструменты настройки визуализации
17.4.6.1 Tiles (Мозаики)
В инструменте Tiles (Мозаики) настраиваются параметры получения 
мозаик. Пользователю доступны следующие параметры:
Параметр
Number of Tiles (Число 
мозаик)
Set stage position 
(Установить позицию 
столика)
Start position mode 
(Режим начальной 
позиции)
- Center (Центр)
Описание
Здесь вводится необходимое число мозаик по 
осям X и Y.
Текущая позиция столика принимается за 
начальную позицию для получения мозаик.
Здесь определяется выравнивание мозаичного 
скана относительно определенной позиции.
Центр мозаичного скана принимается за 
начальную позицию.
480 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 626 ---
17 Модуль Confocal Topography | 17.4 Функции и их назначение
Параметр
- Upper Left 
(Верхний левый 
угол)
Navigation
(Навигация)
Start position
(Начальная
позиция)
Описание
Верхний левый угол мозаичного скана принимается за 
начальную позицию.
Нажмите на кнопку-стрелку для отображения всего 
среза.
Перед началом получения изображения здесь можно 
проверить, находится ли в фокусе каждое единичное 
изображение мозаичного изображения.
Чтобы проверить настройки серии срезов по оси Z, 
перемещайтесь от одной мозаики к другой с помощью 
кнопок-стрелок или посредством ввода X/Y-координат.
Отображает X- и Y-значения начальной позиции для 
получения мозаик.
17.4.6.2 Channel (Канал)
С помощью этого инструмента можно управлять лазером и регулировать 
его мощность. Пользователю доступны следующие параметры:
Параметр
405 нм
Pinhole
(Микроотверстие)
-1 AU
- Мах
(Максимальный)
(установлен по 
умолчанию)
Master Gain
(Среднее
усиление)
Описание
Здесь с помощью ползунка, кнопок-стрелок или 
посредством ввода значений в поле ввода 
указывается необходимое ослабление (в процентах) 
лазерного излучения.
Регулирует диаметр микроотверстия.
Диаметр указывается в микрометрах (мкм). В тексте 
ниже этот диаметр переводится в единицы Эйри (AU) 
и толщину среза.
Для измерений конфокальной топографии 
рекомендуемый размер микроотверстия составляет 
1AU.
Приводит диаметр микроотверстия к рекомендуемой 
величине 1AU (единицы Эйри).
Микроотверстие открывается на максимальный 
диаметр.
Также это установленный по умолчанию параметр. 
Это позволяет легко фокусироваться на поверхности, 
как при использовании широкопольного микроскопа. 
Безусловно, возможна фокусировка и через окуляры.
Здесь можно управлять напряжением ФЭУ. Высокое 
напряжение повышает усиление ФЭУ. Изображение в 
этом случае становится светлее, и возможно 
уменьшение мощности лазера. При высоком 
напряжении повышается уровень шума изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 481


--- стр. 627 ---
17 Модуль Confocal Topography | 17.4 Функции и их назначение
Параметр
Digital Offset
(Цифровое
смещение)
Digital Gain 
(Цифровое 
усиление)
Описание
Оптимальное соотношение усиления и шума зависит от 
требований к эксперименту и используемого образца. 
Максимальное напряжение многощелочного ФЭУ 
составляет 900 В.
Здесь выполняется регулировка на фоне изображения.
Здесь можно в цифровой форме усиливать сигнал 
лазера.
17.4.6.3 Режим Acquisition (Получение изображений)
Здесь можно регулировать параметры сканирования и получения 
изображений, которые будут применяться на протяжении всего 
эксперимента.
Параметр
Objective
(Объектив)
Frame Size
(Размер
фрейма)
- Кнопка «X X Y»
- Кнопка Optimal 
(Оптимальный)
- Bits per Pixel 
(Бит/пиксель)
Direction
(Направление)
Описание
Выберите здесь необходимый для получения 
изображения объектив.
Необходимый размер фрейма (в пикселях) 
отображаемого изображения определяется значениями 
двух полей ввода.
Для изменения размера фрейма следует остановить 
получение живого изображения.
Позволяет выбрать размеры фрейма из списка 
значений по умолчанию (например, 128x128 или 
512x512).
В случае измерения топографии и толщины слоя 
рекомендуем начинать с размера фрейма 
«1024x1024».
Размеру фрейма (разрешение изображения) 
присваивается оптимальное значение в соответствии с 
оптическим увеличением (объективом) и 
коэффициентом увеличения.
Это обеспечивает получение изображения без потери 
данных и отсутствие пустых данных вследствие 
оптимальной выборки. Оптимальная величина 
рассчитывается для выбранного объектива и настроек 
увеличения, что соответствует двукратной 
передискретизации по Найквисту. Измерения 
прямоугольного изображения сохраняются.
В выпадающем списке регулируется глубина цвета до 8 
бит или 16 бит (т. е. в значениях серого — 256 или 
65536).
Для изменения глубины цвета следует остановить 
получение живого изображения.
Для выбора доступны следующие направления 
сканирования:
482 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 628 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр
- Unidirectional 
(Однонаправленное)
- Bi-directional 
(Двунаправленное)
Scan Speed
(Скорость
сканирования)
Averaging
(Усреднение)
- Number (Число)
Method (Метод)
Scan Area (Область 
сканирования)
Offset (Смеидение)
Описание
Лазер выполняет сканирование только в одном 
направлении, затем возвращается обратно для 
сканирования следующей линии.
Лазер также выполняет сканирование при обратном 
перемещении, т. е. время сканирования 
сокращается вдвое.
Если в результате двунаправленного сканирования 
возникает заметный сдвиг пикселей между 
поступательным и обратным движением (двойное 
изображение), устраните сдвиг с помощью 
ползунков Correction X / Correction Y (Коррекция по 
оси Х/Коррекция по оси Y).
При нажатии на кнопку Auto (Авто) выполняется 
автоматическая коррекция сканирования.
С помощью ползунка отрегулируйте скорость 
сканирования в диапазоне от 1 (медленно) до 16 
(очень быстро).
Обратите внимание, что максимально доступная 
скорость сканирования зависит от выбранного 
размера фрейма (Frame Size) и коэффициента 
увеличения (Zoom Factor).
Выберите число изображений, которое необходимо 
усреднить (1-16).
Выберите метод усреднения:
■Mean (Среднее):
Используется среднее значение всех 
изображений.
■Sum (Сумма):
Используется сумма всех изображений.
В этом разделе регулируется позиция области 
сканирования.
Внешняя рамка соответствует полю обзора 
микроскопа.
Внутренняя рамка представляет собой область 
сканирования. Все изменения (Offset (Смещение), 
Rotation (Вращение), Zoom (Увеличение)), 
внесенные в этом разделе, автоматически 
применяются к области сканирования.
Доступны следующие функции:
Корректируйте смещение с помощью ползунка Left/ 
Right (Влево/Вправо) или Up / Down (Вверх/Вниз). 
Кроме того, определенное значение можно ввести в 
поле ввода.
Н1ажатием на кнопку «С», расположенную за полем 
ввода, смещенная позиция устанавливается в 
центр.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ) Ред. 1.0 на русском языке 483


--- стр. 629 ---
17 Модуль Confocal Topography | 17.4 Функции и их назначение
Параметр
- Rotation 
(Вращение)
- Zoom 
(Увеличение)
- Reset Scan 
Area
(Восстановить
настройки
области
сканирования по 
умолчанию)
Описание
Нажмите левой кнопкой мыши на внутреннем фрейме 
и, удерживая ее в нажатом положении, свободно 
перемещайте область сканирования. Позиции, 
указанные в полях ввода, будут изменены в 
соответствии с регулировками.
Угол поворота устанавливается с помощью ползунка 
Rotation (Вращение). Кроме того, определенное 
значение можно ввести в поле ввода. Нажатием на 
кнопку «О», расположенную за полем ввода, угол 
поворота восстанавливается до значения по 
умолчанию (0°).
Степень увеличения (О.бх^Ох) регулируется с 
помощью ползунка Zoom (Увеличение). Кроме того, 
определенное значение можно ввести в поле ввода.
Нажатием на кнопку «1/2», расположенную за полем 
ввода, степень увеличения восстанавливается до 
значения по умолчанию (0.5х).
Возвращает все настройки к значениям по умолчанию.
17.4.6.4 Z-Stack (Серия срезов по оси Z)
Здесь настраивается получение изображения серии срезов по оси Z.
*
1 Примечание
Получение изображений серии срезов по оси Z осуществляется снизу 
вверх независимо от того, какая (верхняя или нижняя) плоскость по оси Z в 
серии срезов определена в качестве первой плоскости по оси Z. Такой 
порядок получения изображений повышает точность позиционирования по 
оси Z.
Для ручной настройки серии срезов по оси Z доступны два режима: 
Параметр Описание
First / Last 
(Первая 
плоскость/  
Последняя 
плоскость)
Центр
Можно настроить серию срезов по оси Z, указав первую 
и последнюю позиции серии срезов по оси Z, более 
подробно см. раздел «Ручная настройка среза по оси  
Z (режим первой/поспедней плоскости)»  [►  45].
Можно настроить серию срезов по оси Z, определив 
центральную плоскость серии срезов по оси Z, более 
подробно см. раздел «Ручная настройка среза по оси  
Z (режим средней плоскости)»  [►  46].
В зависимости от активированного режима для настройки серии срезов по 
оси Z доступны следующие параметры:
484 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 630 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр
Set Last/Set First 
(Установить первую 
позицию/Установить 
последнюю 
позицию)
Range(Диапазон)  
Slices (Срезы) 
Interval (Интервал)
Optimal
(Оптимальный)
Keep (Удерживать)
Центр
Offset (Смещение)
Описание
Доступен только в режиме First/Last (Первая 
плоскость/Последняя плоскость).
С помощью кнопок Set Last (Установить 
последнюю позицию) и Set First (Установить 
первую позицию) текущая позиция указывается в 
качестве последней или первой позиции серии 
срезов по оси Z.
Показывает диапазон настроенной серии срезов 
по оси Z от последней до лервой плоскости среза.
Здесь вводится число Z-срезов в серии срезов по 
оси Z.
Здесь вводится необходимое расстояние между 
Z-срезами.
Числовое значение на кнопке означает 
расстояние, вычисленное для набора каналов и 
используемого микроскопа по Найквисту. 
Нажатием на эту кнопку данная величина 
автоматически вносится в поле ввода Interval 
(Интервал).
■Interval (Интервал):
В случае изменения параметров в инструменте 
Z-Stack (Серия срезов по оси Z) сохраняет 
установленный интервал между плоскостями 
среза постоянным.
■Slice (Срез):
Сохраняет установленное число срезов 
постоянным.
Доступен только в режиме Center (Центральная 
плоскость).
Текущая позиция принимается за среднюю 
плоскость по оси Z. Также можно ввести 
необходимое значение в поле ввода справа от 
кнопки.
Здесь можно ввести величину смещения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 485


--- стр. 631 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.1 Введение
18 Модуль Software Autofocus
18.1 Введение
Модуль Software Autofocus (Программная автофокусировка, сокр. SWAF) 
обладает функцией настраиваемого на основе изображения автофокуса, 
которая перебирает ряд аксиально ступенчатых изображений, анализируя 
резкость каждого. Z-величина изображения, которая выдает 
максимальную резкость, устанавливается в качестве новой плоскости 
наблюдения.
Для работы модуля микроскоп должен быть снабжен электроприводом по 
оси Z. Ему не требуется ни Z-пьезоактуатор, ни Z-пьезоэлемент, 
используемые SWAP в текущей комплектации. Во вкладке Acquisition 
(Получение изображений) или Locate (Местоположение) можно изменять 
настройки SWAP в инструменте Software Autofocus (Программная 
автофокусировка). Настройки также можно вызывать (и тестировать) 
кнопкой Auto Pocus (Автофокусировка) на панели основных кнопок рядом с 
вкладкой Acquisition (Получение изображений). Настройки SWAP 
сохраняются вместе с экспериментом во вкладке Acquisition (Получение 
изображений).
Конфигурация обеспечивает соответствие функции SWAP условиям, в 
которых должна быть установлена фокусировка. Описание основных 
функций, настраиваемых отдельными элементами управления см. в 
разделе «Функции и их назначение»  [►  487]. Однако перед описанием 
каждого параметра, мы попытаемся прояснить несколько вопросов: Каким 
образом SWAP ПО ZEN пытается установить фокус? И как настройка 
параметров влияет на работу SWAP?
18.1.1 В каком случае фокусировка установлена правильно?
в микроскопии под фокусом подразумеваются такие параметры 
изображения, как контраст или интенсивность, которые варьируются в 
зависимости от позиции плоскости наблюдения объектива на образце и 
уровня детали образца в данной плоскости. Однако алгоритм, который 
пытается определить (и максимизировать) подобные значения, будет 
выдавать только осевую позицию, которая соответствует плоскости 
интереса, в случае их совпадения (обычно это происходит при 
использовании (тонких) образцов с отдельной дискретной плоскостью 
детали).
Это значительно затрудняется использованием линз с высокой числовой 
апертурой (NA), более толстых образцов и менее выраженных деталей 
(модулируемых как изменение контраста или интенсивности в 
результирующем изображении). В связи с этим SWAP не следует 
принимать за средство поиска фокуса, программная автофокусировка 
может использоваться в качестве метода надежного поиска по заданному 
осевому диапазону и определения местоположения данной плоскости на 
образце. Таким образом, несмотря на то, что не все образцы и условия 
визуализации подходят для данного модуля, SWAP является средством, 
которое позволяет определять плоскость фокусировки, первого шага для 
последующей визуализации.
18.1.2 Программная автофокусировка в ZEN
В основном SWAP выполняет поиск (с предустановленным шагом по оси 
Z) в заданном для плоскости изображения диапазоне Z-величин, в 
результате чего определяется максимальное значение «резкости». Размер 
шага или частота дискретизации SWAP определяется числовой апертурой 
объектива и длиной волны (более подробно см. далее). В свою очередь, 
область (автоматического) поиска также
486 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 632 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.1 Введение
в большинстве случаев определяется числовой апертурой объектива. 
Безусловно, то, что объективы с высокой числовой апертурой имеют 
меньшую область поиска и наоборот, продиктовано оптикой. Для того 
чтобы SWAP был эффективен в определенной области применения, 
плоскость изображения, которая определяет максимальную резкость, в 
идеале должна соответствовать плоскости интереса образца 
(т. е. свойства образца определяют, подходит ли SWAP для правильного 
обнаружения необходимой плоскости исследования). Компонентные 
алгоритмы и функции SWAP, их взаимозависимость и последовательность 
основных операций SWAP наглядно представлены на рисунке ниже:
Вычисляет и передает 
значение резкости с 
изображения текущей 
позиции по оси Z
Получение
изображения
Z-привод 
Переход к 
величине
Рисунок 18.1. Последовательность операций в SWAP
SWAP приводится в действие и управляется максимизатором, который 
попеременно управляет Z-приводом и камерой для получения серии 
изображений через предустановленные осевые интервалы. Каждое из 
этих изображений последовательно передается в оценочную функцию, 
которая вычисляет значение резкости для данного изображения. 
Полученное значение передается на максимизатор, где ведется таблица 
значений резкости. Максимизатор выполняет поиск (с помощью 
однонаправленного (Pull) либо двунаправленного (Smart) осевого 
перемещения) и определяет момент обнаружения величины 
максимальной резкости. Следующее выравнивание данных выполняется 
локально, вблизи указанного максимума для уточнения его позиции. Затем 
SWAP устанавливает эту Z-величину в качестве результирующей осевой 
позиции Z-привода. Если максимум не установлен, максимизатор 
определяет состояние ошибки и выдает соответствующие исключение 
(сообщение об ошибке). В этом случае Z-привод возвращается в исходную 
позицию, таким образом минимизируя вероятность столкновения 
объектива с образцом.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 487


--- стр. 633 ---
18 Модуль Software Autofocus | 18.2 Функции и их назначение
18.2 Функции и их назначение
18.2.1 Введение
Модуль Software Autofocus имеет ряд настроек, которые можно изменять 
непосредственно в инструменте Software Autofocus, присутствуюи^ем во 
вкладке Locate (Местоположение) или Acquisition (Получение 
изображений). Обратите внимание, что изменения, сделанные во вкладке 
Locate (Местоположение), не переносятся на настройки вкладки Acquisition 
(Получение изображений). Поэтому настройки, используемые в ходе 
эксперимента, должны быть выполнены и во вкладке Acquisition 
(Получение изображений). Безусловно, эти настройки сохраняются в 
файле эксперимента и могут в дальнейшем использоваться по мере 
необходимости.
Однако обратите внимание, что параметры, зависящие от линзы 
объектива (например, шаг, используемый с конкретной частотой 
дискретизации), изменятся автоматически, если тот же самый эксперимент 
будет проводиться с другим объективом. В следующем разделе 
описываются доступные пользователю отдельные настройки:
18.2.2 Инструмент Software Autofocus
Параметр Описание
Режим Здесь выбирается режим измерения резкости.
- Auto
(Автоматически)
- Contrast 
(Контрастность)
- Intensity 
(Интенсивность)
- Reflex 
(Отражение)
Эта настройка используется по умолчанию. Программа 
делает выбор на основе конфигурации микроскопа.
Так, например, при использовании широкопольных 
методов или проходящего света резкость всегда 
зависит от контраста (Contrast).
С другой стороны, при использовании методов 
выделения оптических срезов (например, 
вращающийся диск) программа автоматически 
выбирает метод определения значений резкости на 
основе интенсивности (Intensity).
Если комплектация микроскопа не определяется 
автоматически, выбрать режим измерения резкости 
можно вручную.
Резкость определяется на основе контраста.
Резкость будет определяться на основе интенсивности.
Доступен только в системах ЛСМ.
Если параметр активирован: обнаруживает отражение 
лазера на поверхности покровного стекла.
488 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 634 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.2 Функции и их назначение
Параметр
Quality (Качество)
- Default (По 
умолчанию)
- Low Signal 
(Слабый сигнал)
Search (Поиск)
- Smart
(Интеллектуальный)
Full (Полный)
Описание
Смещение используется для фокусировки образца. 
Оно однократно добавляется с помощью кнопки 
Find Offset (Обнаружить смещение), когда образец 
находится в фокусе объектива. Для этого метода 
требуется несовпадение показателя преломления 
между иммерсионной средой и покровным стеклом, 
а это значит, что он не подходит для масляно­
иммерсионных объективов.
При использовании режима Reflex (Отражение) 
параметр поиска Search должен быть по 
возможности установлен на Smart 
(Интеллектуальный). После определения смещения 
область поиска можно сузить вручную, что позволит 
сократить время фокусировки. Параметры 
получения изображения (например, линия лазера, 
усиление ФЭУ, эмиссионные фильтры) 
настраиваются автоматически.
Этот параметр определяет оценочную функцию, 
которая используется для вычисления величины 
контраста изображения, когда для измерения 
резкости программой SWAF (Программная 
автофокусировка) используется режим Contrast 
(Контрастирование).
При выборе этого параметра используется композит 
взвешенных оценочных функций.
Используйте этот параметр, если образец 
покрывает большую часть поля обзора камеры.
Для определения значения используется простая 
оценочная функция.
Используйте этот параметр, когда изображение 
зашумлено или когда образец покрывает малую 
область поля обзора камеры. Подобное возможно 
при работе с калибровочным слайдом или 
гранулами.
Имеются две опции: Smart и Full. Они 
устанавливают разные типы основного 
максимизатора, используемого для запуска SWAF, 
который, в свою очередь, определяет ряд 
дополнительных свойств и параметров всего 
процесса. Более подробно о параметрах см. раздел 
«Часто задаваемые вопросы».
Используется альтернативный максимизатор, 
который выполняет поиск, перемещаясь в двух 
направлениях, и останавливается при обнаружении 
локального максимума значений резкости 
(т. е. значительного снижения резкости в обоих 
направлениях по оси Z). Напомним, если 
интеллектуальный максимизатор обнаруживает 
ошибку, он выдает соответствующее исключение.
Максимизатор, применяемый с этими настройками, 
использует однонаправленное перемещение Z- 
привода, пошагово перемещаясь по всей 
относительной или постоянной области поиска, 
определенной в инструменте SWAF (см. раздел 
«Область поиска автофокусировки»).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 489


--- стр. 635 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.2 Функции и их назначение
Параметр
Sampling
(Дискретизация)
- Default (По 
умолчанию)
- Fine (Частая 
дискретизация)
- Medium (Средняя 
дискретизация)
- Coarse (Грубая 
дискретизация)
Autofocus Search 
Range (Область 
поиска
автофокусировки)
- Relative Range 
(Относительная 
область)
- Automatic Range 
(Автоматически 
определяемая 
область)
Range (Область 
поиска)
- Step Size (Шаг)
- Fixed Range 
(Постоянная 
область поиска)
Описание
Полный максимизатор определит общий максимум 
для выполнения автофокусировки или выдаст 
соответствующее исключение, если будет 
установлено состояние ошибки.
Здесь можно определить размер шага 
дискретизации области поиска.
Использует размер шага по умолчанию (dz = 1/кв. 
корень(2) * 2 * п* лямбда/NA).
Использует малое расстояние по оси Z (0,5 * dz) 
между отдельными сфокусированными 
изображениями, используемыми для вычисления 
наилучшей позиции фокусировки.
Вследствие этого количество срезов по оси Z в 
заданной области поиска удваивается.
Использует среднее расстояние по оси Z (2 * dz) 
между отдельными сфокусированными 
изображениями, используемыми для вычисления 
наилучшей позиции фокусировки.
Вследствие этого количество срезов по оси Z в 
заданной области поиска уменьшается вдвое.
Использует большое расстояние по оси Z (4 * dz) 
между отдельными сфокусированными 
изображениями, используемыми для вычисления 
наилучшей позиции фокусировки.
Вследствие этого количество срезов по оси Z в 
заданной области поиска уменьшается вчетверо.
Здесь можно выбрать один из подходов, 
применяемых к области поиска автофокусировки:
Этот режим используется по умолчанию. 
Программная автофокусировка определяется по 
относительной области. Более подробно см. раздел 
«Относительная область поиска SWAF».
Флажок установлен: автоматически вычисляет 
область поиска автофокусировки в зависимости от 
установленного объектива.
Параметр активен, только если установлен флажок 
Automatic Range (Автоматическая область поиска).
Здесь можно ввести область, которая будет 
использоваться для поиска автофокусировки.
Отображает расстояние между отдельными 
сфокусированными изображениями, заданное 
напротив элемента Range (Область поиска).
Программная автофокусировка определяется по 
постоянной области.
490 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 636 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.2 Функции и их назначение
Параметр
- Set Last 
(Установить 
последнюю 
позицию)
Range (Область 
поиска)
Step Size (Шаг)
- Set First 
(Установить 
первую 
позицию)
Autofocus ROI 
(Область 
интереса SWAF)
- Spot Meter
/Focus ROI
(Область
точечного
экспонометра /
Область
фокусировки)
Описание
Более подробно см. раздел «Постоянная область 
поиска SWAF».
Определяет текущую позицию по оси Z как конечную 
(последнюю) точку для программной автофокусировки. 
Необходимое значение можно также ввести в поле 
ввода слева от кнопки.
Отображает область, которая используется для поиска 
автофокусировки. Задайте область с помощью кнопок 
Set Last (Установить последнюю позицию) / Set First 
(Установить первую позицию) или соответствующих 
полей ввода.
Отображает выбранное расстояние дискретизации 
(Sampling) между отдельными фокусными снимками.
Определяет текущую позицию по оси Z как начальную 
(первую) точку для программной автофокусировки. 
Необходимое значение можно также ввести в поле 
ввода слева от кнопки.
Здесь вы можете определить область для точечного 
экспонометра (Spot Meter ROI) или фокусировки (Focus 
ROI), чтобы пиксели, оцениваемые SWAF, 
ограничивались областью изображения, определяемой 
пользователем.
Эта функция исключительно полезна при 
использовании координатной метки (например, частица 
пыли или иной стойкий артефакт), которая с течением 
времени служит ориентиром для фокусировки образца 
в фиксированной позиции.
Область автофокусировки отображается на живом 
изображении образца, что позволяет пользователю 
размещать и изменять ее размеры по мере 
необходимости. В качестве дополнительного 
вспомогательного средства фокусировки также можно 
использовать функцию фокусированной линейки 
живого изображения, которая отслеживает контраст 
живого изображения, или область точечного 
экспонометра (Spot Meter ROI).
Флажок установлен: для определения позиции 
фокусировки использует только величины области 
точечного экспонометра (Spot Meter ROI) / фокусировки 
(Focus ROI).
Область фокусировки (Focus ROI) отображается на 
живом изображении в виде пунктирного 
прямоугольника красного цвета. Вы можете изменить 
ее, нажав на рамку и изменив размер и позицию.
Обратите внимание, что эта опция недоступна для 
изображений, полученных с помощью ЛОМ.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 491


--- стр. 637 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
19 Приложения
19.1 Slidescan
19.1.1 Введение
щ Ам1о Scan.ZI
Рисунок 19.1. Система Axio Scan.ZI
ZEN slidescan — пакет программ, обладающий всеми инструментами и 
функциями, необходимыми для управления системой Axio Scan.ZI. 
Например, он включает в себя возможность создания серии срезов по оси 
Z и изображений с увеличенной глубиной резкости. С помощью этого 
программного обеспечения вы можете автоматически создавать 
высокоразрешающие изображения (виртуальные слайды) из 
используемых образцов. Система способна создавать сканы в 
светлопольном, а также многоканальном флуоресцентном режиме. Axio 
Scan.ZI управляется главным образом программными средствами. Более 
подробную информацию о работе аппаратного обеспечения и прочих 
процедурах, связанных с аппаратными средствами (например, замена 
набора фильтров и т. д.) см. в последней версии руководства Axio Scan.ZI. 
Поскольку Axio Scan.ZI снабжен встроенной кассетой на 12 или 100 
слайдов, программное обеспечение сопровождает сканирование образцов, 
управляет кассетой и слайдами (включая статус слайдов). Все это 
визуализируется интуитивным графическим пользовательским 
интерфейсом.
В настоящем руководстве описывается работа программного обеспечения 
ZEN slidescan, а не общая функциональность ПО ZEN; более подробно о 
ПО ZEN см. общее справочное руководство ZEN. Информация, 
приведенная в данном документе, также доступна в интерактивной 
справке (F1). Здесь вы получите удобный доступ к информации, 
организованной по вкладкам и мастерам.
492 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 642 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Теперь необходимо выполнить фокусировку образца, например, нажав 
на кнопку Smart Focus (Быстрая фокусировка). Также можно 
воспользоваться опциями ручной настройки фокуса.
1 Примечание
В большинстве случаев достаточно использовать Smart Focus (который 
представляет собой сочетание грубой (Coarse Focus) и точной 
фокусировки (Fine Focus)). Если функция Smart Focus не работает, 
проверьте расширенные настройки фокусировки в расширенном мастере 
создания профиля сканирования (Advanced Profile Wizard).
После выполнения фокусировки следует просмотреть ту область 
образца, которая не вошла в поле обзора. Теперь можно 
оптимизировать настройки до получения подходяидего вида 
изображения, без признаков переэкспонирования и 
недоэкспонирования. Проверьте распределение интенсивности по 
кривой отображения.
Display
Histogram
Auto Min/Max Best Fit
i Примечание
Обратите внимание, что настройки интенсивности вспышки точные, а 
настройки продолжительности вспышки грубые. Продолжительность 
вспышки не должна превышать 10 мкс.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 497


--- стр. 643 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
9 Следующий шаг — выбор толщины образца (Sample Thickness) и 
серии срезов по оси Z (Z-Stack). Для использования серии срезов по 
оси Z установите флажок Z-Stack (Серия срезов по оси Z). Толщина 
используется для расчета не только параметра Z-Stack (Серия срезов 
по оси Z), но и для точного определения области фокусировки. Это 
означает, что данная величина должна быть дважды проверена и 
отрегулирована, даже если не установлен флажок Z-Stack (Серия 
срезов по оси Z)
10 Если пользователь уже работал над профилем из пула в Smart Profile 
Selection (Быстрый выбор профиля), он может активировать серию 
срезов по оси Z, если того требует область исследования. Тем не 
менее следует также перепроверять параметры. В данном случае — 
толщину образца.
Back л
Insert the approxim ate thickness o f y o u r specim en.
О more...
The thickness is im portant for the calculation o f the z-stack, but 
also for the adaption o f the fine fo c u s range.
5.0 prn C
To perform  a z-stack activate the c o rre sp o n d in g  checkbox.
О more...
The softw are will calculate autom atically the optim a! param eters for 
the nu m b e r of le v d s агк1 distance betw een these levels d e p e n d in g 
on the sam ple thickness and the focal depth o f the scanning 
objective.
Z-Stack
ie > .T v '
Ha основе толщины программное обеспечение вычислит количество 
уровней фокусировки, а также расстояние между уровнями — 
используемого объектива.
Наконец, можно либо сохранить серию срезов по оси Z, либо применить 
увеличенную глубину резкости (EDF, от англ. Extended Depth of 
Focus).
498 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ( Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 644 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
Для этого следует установить флажок EDF.
Insert the approximate thickness of your specimen.
О  more.
The thickness is important for the calculation of the z-stack, but  
also for the adaption of the fine fcKus range.
5.0 pm
To perform a z-stack activate the conesponding checkbox.
О  more...
The software will calculate automatically the optimal parameters for  
the number of levels and distance between these levels depending  
on the sample thickness and the focal depth of the scanning  
objective.
У  Z-Stack
If the z-stack should be prcxessed as extended depth of focus, EDF  
must be activated.
О more...
Ejctended depth of focus is a technique which detects in focus  
regions of each image of the z-stack automatically. The in-fcxus  
patches are then blended together to generate the final image.  
Thus the final image consists only of a single plain compared to a  
z-stack.
V  EDF Active
Next 4^
11 Последний шаг — Profile Name and Description (Имя и описание
профиля). Функция Save as New Profile (Сохранить как новый профиль) 
позволяет сохранить профиль сканирования под новым именем. Кроме 
того, можно изменить описание или ввести новое. Рекомендуется по 
крайней мере изменить описание профиля, чтобы можно было легко 
проследить базовую настройку профиля.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 499


--- стр. 645 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Back /Ч
Check and eventually adapt the descnptron o f th e scan profile,  
йеаи- activate the checkbox if you want to Mve the adapted profile  
under a new name.
О more...
If Save as New Profile к activated you can insert a new name for  
this adapted profile.
12 Чтобы сохранить результаты изменения и закрыть мастер, нажмите 
кнопку Finish (Готово).
Вы успешно настроили светлопольный профиль сканирования.
19.1.2.2 Импорт имен, профилей и сцен  
*
1 Примечание
Перед началом импорта необходимо сначала вставить кюветы с 
предметными стеклами в кассету, так как только при наличии этой 
информации система может выполнять логические двойные проверки.
Импорт выполняется с помощью файла данных с разделителями- 
запятыми (csv). Для каждого слайда должен использоваться один ряд. 
Каждая строка для каждого определенного слайда должна иметь 
следующие данные:
■ номер кюветы (абсолютный),
■ номер слайда (абсолютный),
■ имя изображения,
■ имя профиля,
■ scenel, scene2, scenes и т. д.
500 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 646 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Номер кюветы и предметного стекла вводится обязательно, остальные 
параметры — по усмотрению. Можете пропустить определенные поля 
ввода, и они не будут изменены во время импорта. Присвоение имен 
сценам начинается с верхнего левого объекта с перемещением вправо. 
После того как всем объектам будет присвоено определенное имя, 
программа сместится влево, на вторую строку объектов, и продолжит 
присвоение имен с перемещением влево и т. д.
Пример порядка присвоения имен сценам:
1 2 3 4
5 6 7 8
9 10 11 12
Пример А
1,1 ,Mouse1 ,Profile001 ,brain1 ,brain2,brain3
Первому слайду первой кюветы система присвоит имя изображения 
Mousel и применит профиль ProfileOOI. Если предпросмотр обнаружит 
несколько сцен, система присвоит первой сцене имя braini, второй 
сцене — brain2 и т. д.
Пример В
1.1, Mousel
1.2, Mouse2
1.3, Mouses
Здесь система присвоит указанной позиции кюветы и предметного стекла
только имена изображений.
Пример С
1.1., ProfileOOI
1.2., Profile002
1.3., Profile003
Здесь система присвоит указанной позиции кюветы и предметного стекла
только имена профилей.
Примечания
■ Если в файле импорта будет указан профиль, который отсутствует в 
списке доступных профилей, программное обеспечение выдаст 
предупреждение и профиль применен не будет.
■ Если в файле импорта определена позиция, не занятая слайдом, 
программное обеспечение выдаст предупреждение и отменит импорт 
для данной позиции слайда.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 501


--- стр. 647 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Если определено больше сцен, чем обнаружит система во время 
предпросмотра, система не выдаст предупреждение, но остановит 
присвоение имен после последней обнаруженной сцены.
Если определено меньше сцен, чем обнаружит система во время 
предпросмотра, система присвоит все доступные имена сценам и 
остановит присвоение имен, но все сцены будут просканированы.
По умолчанию в качестве разделителя используется запятая (,). 
Выбрать другой разделитель (табулятор, точка с запятой, пробел) 
можно в меню Tools -> Options -> Acquisition -> Scan (Инструменты -> 
Опции -> Получение изображений -> Сканирование).
19.1.2.3 Использование настроек сканирования этикеток со слайдами 4”хЗ”
При установке слайдов 4”хЗ’’ в разделе Label Scan Settings (Настройки 
сканирования этикеток) станут доступны дополнительные функции. Это 
происходит потому, что изображение предпросмотра этикетки создается 
двумя изображениями с камеры предварительного просмотра.
1 Примечание
В режиме Snap (Моментальный снимок) для слайдов 4”хЗ” доступен 
только расширитель Recognition (Распознавание) и Label Orientation 
(Ориентация этикетки), поэтому на экране отображаются два сшитых 
изображения.
Если открыть этот шаг, система автоматически активирует режим живого 
изображения (Live) для верхнего изображения.
Back /Ч
Define settinqi to «.iptute and interpret the label iirea.
Upper Side Lower Side
Переключать режимы просмотра живого изображения можно с помощью 
кнопок Upper Side (Вверх) и Lower Side (Вниз).
502 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 648 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Back
Define setting*, to capture and interpret the label area.
Upper Side Lower Side
Здесь можно оценить время экспозиции, баланс белого, интенсивность 
света и применить настройки, перечисленные в расширителях под 
графическими пользовательскими элементами. Эта обработка аналогична 
той, что применяется к остальным типам слайдов (ГхЗ” и 2”хЗ”).
По завершении настройки параметров (обычно подходят стандартные 
настройки, которые не требует регулировки) можно перейти в режим 
моментального снимка (Snap), нажав на кнопку Snap.
Теперь система создаст два изображения и выполнит их сшивку. Это 
изображение отобразится на экране, и пользователь сможет адаптировать 
область захвата красным фреймом. Содержимое красного фрейма будет 
запечатлено во время предварительного просмотра/сканирования слайда 
и сохранено вместе с изображением.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 503


--- стр. 649 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
1 Примечание
Остальные настройки (например, Recognition (Распознавание)) 
аналогичны настройкам слайдов других типов.
19.1.2.4 Использование настроек сканирования просмотра со слайдами 4”хЗ”
При установке слайдов 4”хЗ” в разделе станут доступны дополнительные 
функции. Это происходит потому, что изображение предпросмотра 
поверхности образца создается двумя изображениями с камеры 
предварительного просмотра.
Если открыть этот шаг. система автоматически активирует режим живого 
изображения (Live) для верхнего изображения.
504 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ( Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 650 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
3 "r:fviev
Back /ч
Dcfiru- '.fttinqs to < jpturf the «.pe-firTicn .iri-.i.
Upper Slide Lower Side
Переключать режимы просмотра живого изображения можно с помощью 
кнопок Upper Side (Вверх) и Lower Side (Вниз).
Define settings, to t.ipture the specimen .ire.i.
Back /Ч
Upper Side Lower Side
Здесь можно оценить время экспозиции, баланс белого, интенсивность 
света и применить настройки, перечисленные в расширителях под 
графическими пользовательскими элементами. Эта обработка аналогична 
той, что применяется к остальным типам слайдов (ГхЗ” и 2”хЗ’’).
По завершении настройки параметров (обычно подходят стандартные 
настройки, которые не требует регулировки) можно перейти в режим 
моментального снимка (Snap), нажав на кнопку Snap.
Теперь система создаст два изображения и выполнит их сшивку. Это 
изображение отобразится на экране, и пользователь сможет адаптировать 
область захвата красным фреймом. Содержимое красного фрейма будет 
запечатлено во время сканирования слайда и сохранено вместе с 
изображением.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 505


--- стр. 651 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
1 Примечание
Остальные настройки (например, Recognition (Распознавание)) 
аналогичны настройкам слайдов других типов.
19.1.2.5 Реализация собственного алгоритма обнаружения тканей
У вас есть возможность интегрировать собственный алгоритм 
обнаружения тканей в стандартную последовательность операций.
Это выполняется с помощью расширения, написанного на языке С#; 
расширения должны быть выполнены в виде динамически компонуемой 
библиотеки (DLL). Оболочка должна быть написана на языке С#, код для 
обнаружения тканей может быть написан на любом выбранном вами языке 
программирования.
Основная последовательность действий будет следующей: система 
создает CZI-файл и перемещает изображение в ваше расширение. На 
основе этого изображения алгоритм должен выполнить обнаружение 
тканей, а в качестве обратной связи для стандартной последовательности 
операций вы должны добавить аннотации в изображение. Аннотациями 
будут отмечены области для сканирования.
506 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 653 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
EiacI’
Mv'Ti; 5  ueD ete ctio n
Если вы выберете свое расширение, все остальные возможности 
настройки обнаружения тканей будут скрыты.
С помощью кнопки Test (Тест) вы можете протестировать ваш алгоритм, 
проверив его выполнение и эффективность.
1 Примечание
Чтобы больше узнать о нашем файловом формате и получить 
дополнительную информацию, перейдите по ссылке www.zeiss.com/czi 
и зарегистрируйтесь на сайте.
19.1.2.6 Использование штрихкода для определения имени, профиля и  
подпапки
Если требуется использовать информацию со штрихкода для определения 
имени изображения, использованного профиля или подпапки, необходимо 
активировать функцию Name and Profile from barcode (Имя и профиль со 
штрихкода). Функция находится в инструменте Naming Definition 
(Определение именования) в левой области экрана.
Штрихкод можно использовать для определения используемой выходной 
подпапки, имени и профиля. Для этого в полях маски определяются 
позиции символов в строке (=штрихкоде). Вы можете определять области 
с помощью символа «-». Более того, символы, расположенные в разных 
частях строки, можно связывать запятой.
Пример А
Строка символов: AXIO_SCAN_123 
Маска: 1-4AXI0 
Маска: 6-9 SCAN 
Маска: 1-4,11-13 AXI0123
Пример В
Штрихкод: Path_DoeJohn_003_FAST_HE 
Path — путь для сохранения.
508 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 654 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
DoeJohn — имя изображения.
003_FAST_HE — имя профиля.
Элемент управления штрихкодом для приведенного выше примера 
выглядел бы следующим образом:
Naming Definition
Name a.nd profile from barcode
Match only the beginning of scan profile name
date * increment
2014 07 28 0715
19.1.2.7
Необязательно использовать все три возможности, можно использовать 
только одну-две из трех возможностей. Если вы не хотите использовать 
какой-либо параметр, оставьте это поле ввода пустым.
Если напротив элемента Name (Имя) указан диапазон, программное 
обеспечение вставит в строку Naming (Именование) (в окне Magazine 
(Кассета)) текст “Name from barcode” («Имя со штрихкода»), поскольку 
системе до этого момента не будет известен штрихкод. Как только система 
считает штрихкод, в строку будет введено полученное имя. То же самое 
относится и к профилю, в этом случае вводимый текст — профиль, 
считанный со штрихкода (Profile from barcode).
Если профиль был получен со штрихкода, система извлечет информацию 
об этикетке (в том числе тип штрихкода и т. Д.) из профиля, выбранного в 
разделе Default Scan Profile (Профиль сканирования по умолчанию) во 
вкладке Scan (Сканирование).
При администрировании и создании профилей желательно использовать 
описательные имена для легкого распознавания профилей (например, 
FF04_CF08_HE_23). Однако кодировка подобных профилей в штрихкоде 
использует очень много памяти и уязвимы к ошибкам. В этом случае 
можно активировать опцию Match only the beginning of scan profile name  
(Находить соответствие только по начальным символам имени профиля 
сканирования). Система использует только первые символы для 
идентификации профиля. Имя может начинаться, например, с 
недвусмысленного номера, используемого для идентификации. Например, 
именем профиля может быть 005_FF04_CF08_HE_23. В этом случае вы 
бы ввели «1-3» в маску профиля и активировали опцию Match only the  
beginning of scan profile name  (Находить соответствие только по 
начальным символам имени профиля сканирования). Теперь для 
идентификации профиля будет использоваться только номер «005». 
Убедитесь, что существует только одно имя профиля, которое начинается 
с символов «005».
Настройка области интереса для изображения предпросмотра
Важной и необходимой настройкой является определение области 
интереса (ROI) для изображения предварительного просмотра образца. 
Система сфотографирует и зафиксирует эту область интереса. К области 
интереса также будет применена функция обнаружения ткани (если 
выбрана пользователем).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 509


--- стр. 655 ---
19 Приложения и коушоненты 119.1 Slidescan
Она включает в себя сохраненное и сканированное изображения, а также 
изображение области этикетки. Область интереса на живом изображении 
может быть скорректирована с помощью красного прямоугольника:
Красный прямоугольник можно перемещать путем перетаскивания. Чтобы 
изменить размер области интереса, поместите курсор на край или границу 
прямоугольника, нажмите левую кнопку мыши и удерживайте ее, 
передвигая края или границы до получения нужного размера.
1 Примечание
Для достижения наилучших результатов красная рамка должна покрывать 
весь слайд и некоторое пространство по периметру. Для обнаружения 
пустых областей на слайде, для автоматической коррекции равномерности 
освещения на стекле особенно важно, чтобы красная рамка не была 
слишком маленькой (например, только вокруг ткани). В противном случае 
образец может быть принят за пустую область. Это приведет к 
недостаточной коррекции равномерности освещения. Если требуется 
ограничить область обнаружения тканей, воспользуйтесь красным 
фреймом в разделе Tissue Detection Settings (Настройки обнаружения 
тканей) в следующем шаге. Не допускайте того, чтобы красный фрейм 
затрагивал область этикетки на слайде.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display 
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются 
в профиле! Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine 
(Кассета), а также на отображение области образца в окне Magazine 
(Кассета).
510 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 656 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
19.1.2.8 Создание изображения с эталонной равномерностью освещения из  
мозаичного изображения
Функция Shading Reference From Tile Image (Изображение с эталонной 
равномерностью освещения из мозаичного изображения) используется для 
создания изображений с эталонной равномерностью освещения. Эта 
функция создает для каждого канала обработанного изображения отдельное 
изображение с коррекцией равномерности освещения. Это изображение 
можно напрямую сохранить в менеджере калибровки (Calibration manager). 
Обратите внимание, что эта функция не обрабатывает изображения 
покадровой съемки и изображения серии срезов по оси Z.
•
1 Примечание
Поскольку нам требуется свыше 300 мозаик, эта функция ограничивается 
главным образом калибровкой с использованием объектива с 
увеличением 20 и более крат. Остальные объективы (особенно с 
увеличением 2.5х и 5х) требуют ручной калибровки во вкладке 
Locate (Местоположение).
Необходимые предварительные условия ■ Создано изображение со всеми каналами, для
которых необходимо создать изображение с эталонной равномерностью 
освещения. Хорошее эталонное изображение должно иметь свыше 300 
мозаик на изображение/сцену.
■ Избегайте пере- или недоэкспонирования в результирующем изображении. 
Если сигнал всего лишь очень тусклый, допускается использование функции 
Multiply Factor (Множитель) или Autoadjust Intensity (Автонастройка 
интенсивности), с помощью которых можно осветлить эталонное 
изображение. В зависимости от типа камеры потребуется обеспечить 
определенную степень покрытия динамического диапазона.
■ Для камеры Orcaflash покрытие должно составлять не менее 30% от 
общего динамического диапазона. В противном случае результирующее 
эталонное изображение не будет принято в качестве действительного 
эталонного изображения. Для цветных камер, используемых для получения 
светлопольных изображений, степень покрытия должна быть не менее 40%.
■ Помните, что изображение должно быть получено без использования 
функции Shading correction (Коррекция равномерности освещения).
■ Использование флуоресцентных слайдов для создания флуоресцентных 
эталонных изображений имеет несколько недостатков (например, 
рассеянное распределение сигнала, обесцвечивание). Таким образом, 
следует рассмотреть возможность использования для стандартных 
флуоресцентных каналов (таких как DAPI, GFP, СуЗ) стандартного 
гематоксилин-эозинового образца и применить автофлуоресценцию этого 
образца.
■ Поскольку рекомендуется выполнять сканирование без перекрытия, за 
исключением остальных вышеуказанных настроек, для этой цели мастер 
создания профилей (Smart Profile Wizard) предоставляет специальный 
профиль. Откройте мастер создания профилей (Smart Profile Wizard), 
выберите эталонные слайды (Reference Slides) и далее флуоресцентный 
слайд (FL Slide) для коррекции равномерности освещения. Используйте этот 
профиль в качества профиля запуска калибровки данного типа.
■ Поскольку рекомендуется выполнять сканирование без перекрытия, за 
исключением остальных вышеуказанных настроек, для этой цели мастер 
создания профилей (Smart Profile Wizard) предоставляет специальный 
профиль. Откройте мастер быстрого выбора профиля сканирования (Smart 
Scan Profile Selection Wizard), выберите эталонные слайды (Reference 
Slides) и далее флуоресцентный слайд (FL Slide) для коррекции 
равномерности освещения. Используйте этот профиль в качества профиля 
запуска калибровки данного типа.
Порядок действий 1 Откройте изображение в ПО ZEN.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 511


--- стр. 657 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Во вкладке Processing (Обработка изображений) под элементом 
Method (Метод) откройте функцию Shading Reference From Tile Image 
(Изображение с эталонной равномерностью освещения из мозаичного 
изображения).
В инструменте Input (Входное изображение) откройте созданное 
изображение.
Задайте необходимые параметры. Подробное описание параметров см. 
в разделе «Изображение с эталонной равномерностью освещения из 
мозаичного изображения».
Если изображение содержит несколько сцен, независимо от методов 
визуализации отобразится ползунок / счетчик.
512 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 658 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
В инструменте Output (Выходное изображение) укажите имя созданных 
файлов (если файлы сохраняются непосредственно в менеджере 
калибровки, то это никоим образом не повлияет на именование). 
Функции аналогичны остальным функциям обработки изображений, 
обеспечивающим возможность именования файлов в инструменте 
Naming... (Именование...).
7 Для запуска функции обработки нажмите кнопку Apply (Применить). 
•
1 Примечание
Если изображение многоканальное и по крайней мере одному каналу 
присвоен атрибут Skip Channel (Пропустить канал), в разделе Output 
(Выходное изображение) по-прежнему будут отображаться все каналы 
выбранного изображения.
19.1.2.9 Изображение с эталонной равномерностью освещения из мозаичного  
изображения
С помощью метода Shading Reference from Tile Image (Изображение с 
эталонной равномерностью освещения из мозаичного изображения) из 
многоканальных мозаичных изображений можно создавать изображения с 
эталонной равномерностью освещения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 513


--- стр. 659 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Параметры (светлопольное изображение)
Для обработки светлопольного изображения (Brightfield image) можно 
выбрать следующие параметры:
Обратите внимание, что параметр Selected Scene (Выбранная сцена) и 
кнопка-флажок АН Scenes (Все сцены) доступны только при обработке 
многосценового изображения.
Параметры
Save directly as 
Shading 
Reference 
(Сохранить как 
изображение с 
эталонной 
равномерностью 
освещения)
Описание
Флажок установлен: программное обеспечение 
создает изображение с эталонной равномерностью 
освещения (Shading Reference) и сохраняет его 
непосредственно в менеджере калибровки (Calibration 
Manager).
Программное обеспечение не позволяет просмотреть 
изображение перед сохранением, поэтому 
рекомендуется убрать флажок и выполнить эту 
функцию. Система создаст эталонные изображения и 
выведет их на экран. Если изображения имеют 
хорошее качество, можно установить флажок и 
повторно выполнить эту функцию.
514 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 660 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
Параметры
Channel-specific
(Поканальное
выравнивание
освещенности)
Multiply Factor 
(Множитель)
Auto Adjust 
Intensity
(Авторегулировка
интенсивности)
Описание
Обратите внимание, что после активации этой опции 
необходимо ознакомиться с системными 
сообщениями (под знаком «i» в нижней части 
экрана). Если, к примеру, результирующее 
изображение с эталонной равномерностью 
освещения слишком тусклое, система не будет 
использовать его в качестве действительного 
изображения с эталонной равномерностью 
освещения, что будет указано в системных 
сообщениях. После успешного завершения импорта 
базы данных эталонных сообщений отобразится 
соответствующее системное сообщение!
Флажок установлен: программное обеспечение 
выполняет поканальную коррекцию равномерности 
освещения. В этом случае используемый блок 
флуоресцентных фильтров сохраняется с файлом 
равномерности освещения. Для этого учитываются 
следующие компоненты:
Метод контрастирования и конденсатор, 
флуоресцентный фильтр, увеличение: Объектив и 
модуль Optovar; глубина цвета камеры и режим 
RGB / ч/б, тип и расположение разъема камеры.
Флажок убран: система выполняет всеканальную 
(All Channel) калибровку и коррекцию равномерности 
освещения, зависящую от используемого объектива.
Для этого учитываются следующие компоненты: 
увеличение (объектив и модуль Optovar); глубина 
цвета камеры и режим RGB/ч/б, тип и расположение 
разъема камеры.
Здесь можно применить множитель, при этом 
программное обеспечение умножит интенсивность 
каждого пикселя изображения с эталонной 
равномерностью освещения на указанную величину.
При использовании собственного образца в 
большинстве случаев изображения получаются 
очень тусклыми и интенсивность пикселей не 
достигает значений, необходимых для 
использования в менеджере калибровки 
изображения с эталонной равномерностью 
освещения, а значит, этот образец будет отклонен.
В случае активации этот параметр на основе 
значений серого тона изображения автоматически 
рассчитывает множитель и необходимые значения 
серого для использования изображения в менеджере 
калибровки изображения с эталонной 
равномерностью освещения.
Если Auto Adjust Intensity (Авторегулировка 
интенсивности) включен, параметр Multiply Factor 
(Множитель) никак не влияет на создание 
изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 515


--- стр. 661 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Параметры
Apply Gaussian 
Filter
(Применить 
фильтр Гаусса)
Описание
В случае активации фильтр Гаусса применяется после 
усреднения видимых зон мозаичного изображения. Это 
позволяет сглаживать изображение с эталонной 
равномерностью освещения. Сигма-коэффициент 
определяет силу сглаживания.
Используйте этот фильтр и сигма-коэффициент с 
большой осторожностью, так как могут быть удалены 
элементы, реальные равномерно освещенные 
структуры. Рекомендуется использовать этот параметр 
при малом, не способном увеличиться при 
определенных обстоятельствах, количестве мозаик 
сканированного изображения.
Параметры (многоканальное изображение)
Все параметры (см. описание выше) многоканального (например, 
флуоресцентного) изображения могут настраиваться поканально.
Обратите внимание, что параметр Selected Scene (Выбранная сцена) и 
кнопка-флажок All Scenes (Все сцены) доступны только при обработке 
многосценового изображения.
516 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 662 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметры
Adjust per 
Channel 
(Поканальные 
настройки)
Описание
После активации можно регулировать настройки для 
каждого канала в отдельности. Выберите Process 
Channel (Обработать канал), чтобы использовать 
канал, или Skip Channel (Пропустить канал), чтобы не 
обрабатывать канал.
Настройки Save directly as Shading Reference
(Сохранить как изображение с эталонной 
равномерностью освещения) и Channel-specific 
(Поканальное выравнивание освещенности) 
применяются отдельно для каждого канала. Если 
необходимо использовать одинаковые настройки для 
всех каналов, уберите флажок.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 517


--- стр. 663 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.10 Настройки карты фокусировки (FL)
19.1.2.10.1 Регулировка настроек карты грубой фокусировки (FL)
В этом разделе приводятся способы регулировки настроек карты грубой 
фокусировки (Coarse) в расширенном мастере создания профиля 
сканирования (Advanced Scan Profile Wizard).
Взек /Ч
Define settings for the creation of the fine and coarse focus map.
Coarse
Find Focus
i* Smart Setup
О Light Path Settings 
О Acquisition Mode
О Channels
О Software Autofocus
О Focus
Use adaptive focus point distribution 
О Focus point distribution strategy set
Необходимые предварительные условия ■ В шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в
разделе AF (Autofocus) Contrast Type Coarse (Контрастная грубая 
автофокусировка) выбран элемент Channel (Канал).
Порядок действий 1 Запустите Smart Setup (Быстрая настройка) и укажите канал, который 
необходимо использовать для фокусировки. Более подробно см. 
раздел Smart Setup в интерактивной справке ZEN. Хороший канал для 
грубой фокусировки отличается коротким временем экспозиции (для 
минимизации обесцвечивания и сокращения времени фокусировки) и 
очень важно, чтобы флуорофор был равномерно распределен по 
образцу, благодаря чему программное обеспечение постоянно будет 
обнаруживать сигнал, подходящий для фокусировки. После 
выполнения настроек в Smart Setup программное обеспечение 
автоматически рассчитает конфигурацию канала (Channel 
configuration)
По умолчанию в качестве объектива грубой фокусировки система 
укажет объектив, находящийся первым в револьверной головке 
объектива. При необходимости объектив можно изменить в настройках 
оптического пути (Light Path Settings). Для этого активируйте опцию
518 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 665 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Низкие значения интенсивности источника света даже при длительной 
экспозиции обычно приводят к меньшему обесцвечиванию.
7 Следующий шаг — фокусировка образцов, настройка времени 
экспозиции (Time) и значений интенсивности источника света. Для 
просмотра живого изображения с камеры необходимо включить режим 
Live (Живое изображение), а для получения единичного снимка всех 
выбранных каналов — нажать кнопку Snap (Моментальный снимок). 
Будьте внимательны во время работы в режиме Live, поскольку этот 
режим может привести к обесцвечиванию образца. Осмотрительно 
пользуйтесь этим режимом и, по возможности, используйте 
репрезентативную область вне области сканирования.
8 Вы можете воспользоваться кнопкой Find Focus (AF) (Выполнить 
автофокусировку) для выполнения автофокусировки с выбранным 
(выделенным) каналом. При выключенной фокусировке и (или) 
несоответствующем времени экспозиции следует воспользоваться 
ручным управлением фокусировки (в разделе Focus (Фокусировка)).
520 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 666 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Возможно, вам также потребуется отрегулировать время экспозиции (в 
разделе Channels/Time (Каналы/Время)) и (или) интенсивность 
источника(-ов) света.
9 Необязательно увеличивать экспозицию, охватывая тем самым весь 
динамический диапазон камеры. Для отображения сигнала на экране, 
даже если охватывается всего 5% диапазона, можно отрегулировать 
кривую отображения на гистограмме.
10 После выполнения фокусировки время экспозиции можно 
скорректировать вручную (в меню Channels/Time (Каналы / Время)) или 
автоматически, нажатием кнопки Set Exposure (Установить 
экспозицию). Время экспозиции будет определено так, чтобы охват 
диапазона камеры соответствовал значению, установленному в опции 
Shift (Сдвиг).
11 Следующий шаг — настройка программной автофокусировки (Software 
Autofocus). Настройки элемента Quality (Качество) определяют тип 
используемого алгоритма автофокусировки. Опция Range Coverage 
(Диапазон перемещения) определяет, следует ли выполнять 
автофокусировку по всей серии срезов по оси Z (Full) или только до 
первого обнаружения локального максимума (Smart). Full — наиболее 
надежный принцип, а Smart — быстрый. В режиме Full система может 
обнаружить и два максимума. В опции Sampling (Дискретизация) 
указывается шаг серии срезов по оси Z. Выбранное значение 
отображается в поле Step size (Шаг) (доступный диапазон и размер 
шага зависят от объектива и остальных оптических параметров). Для 
объективов с кратностями увеличения 2.5х и 5х рекомендуемый размер 
шага составляет приблизительно 20 мкм и приблизительно 15 мкм 
для 10х. Опция Sharpness Measure (Определение резкости) 
определяет, должны ли системы использовать для определения 
автофокусировки усредненный контраст (Contrast) или интенсивность 
(Intensity), или программное обеспечение должно автоматически 
выбрать один из двух параметров (Auto).
12 Найдите текущую позицию по оси Z (в поле Position (Позиция), в нашем 
случае — 4550 мкм). Позиция по оси Z должна находиться в диапазоне, 
указанном в элементах Set First (Установить первую позицию) и Set 
Last (Установить последнюю позицию). В нашем случае она идеально 
располагается в этом диапазоне. В противном случае придется 
отрегулировать диапазон. Можно увеличить количество срезов (в опции 
Slices (Срезы)).Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) \ Ред. 1.0 на русском языке 521


--- стр. 667 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Это приведет к увеличению диапазона, при этом фокусировка займет 
больше времени. Также диапазон можно расширить, изменив 
параметры Set First (Установить первую позицию) и Set Last 
(Установить последнюю позицию).
13 Следующий шаг — настройка набора стратегий распределения точек 
фокусировки (Focus point distribution strategy set). Значение по 
умолчанию (Number of points (количество точек) = 6) наилучшим 
образом подходит для подавляющего числа образцов (в экранной 
таблице отображается только один параметр, если требуется 
отобразить и остальные параметры (при наличии таковых, например, 
для Onion skin (Кожица лука)), дважды нажмите на элемент таблицы). 
Исключением могут быть тканевые микропанели (Tissue Micro Arrays), 
для которых рекомендуется использовать центр тяжести (Center of 
gravity). Описание всех имеющихся стратегий представлено в разделе 
«Набор стратегий распределения точек фокусировки»  [►  574].
Use adaptive focus point distribution 
e  Focus point distribution strategy set
Support Point Distribution Strategy
Number of points
Par3t'ie‘ei
6
522 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 668 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
14 Для изменения набора стратегий распределения точек
фокусировки дважды нажмите на элемент списка. Появится окно, в 
котором из выпадающего меню можно выбрать другую стратегию и 
отрегулировать параметры данной настройки. При нажатии на кнопку 
Modify (Изменить) будут применены изменения.
Modify focus point distribution strategy
Siiategy: Every Nth tile
Modify Cancel
Вы отрегулировали настройки для карты грубой фокусировки. Теперь 
можно перейти к регулировке настроек для карты точной фокусировки в 
том же шаге мастера.
19.1.2.10.2 Регулировка настроек карты точной фокусировки (FL)
В этом разделе приводятся способы регулировки настроек карты точной 
фокусировки (Fine) в расширенном мастере создания профиля 
сканирования (Advanced Scan Profile Wizard). Обратите внимание, что 
сначала необходимо отрегулировать настройки карты грубой фокусировки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 523


--- стр. 669 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Back /Ч
Define settings for the creation of the firve and coarse focus map.
Coarse
Find Focus Live
Smart Setup
О Light Path Settings 
О Acquisition Mode 
О Channels 
О Software Autofocus 
О Focus
Use adaptive focus point distnbution 
О Focus point distribution strategy set
Необходимые предварительные условия ■ В шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в
разделе AF (Autofocus) Contrast Type Fine (Контрастная точная 
автофокусировка) выбран элемент Channel (Канал).
Порядок действий 1 Запустите Smart Setup (Быстрая настройка) и укажите канал, который 
необходимо использовать для фокусировки. Более подробно о Smart 
Setup см. раздел «Быстрая настройка». Для точной фокусировки (Fine 
Focus) используйте тот же канал, что и для грубой фокусировки 
(Coarse Focus). После настройки параметров Smart Setup 
программное обеспечение автоматически рассчитает конфигурацию 
канала (Channel configuration).
2 По умолчанию в качестве объектива точной фокусировки система 
укажет объектив с кратностью увеличения 20х. В случае 
необходимости вы можете изменить объектив в настройках оптического 
пути (Light Path Settings). Для этого активируйте элемент Before 
Experiment: Before Exp. (До эксперимента). Отобразится конфигурация 
оптического пути. Выберите другой объектив и нажмите кнопку Go! 
(Пуск). Система поместит выбранный объектив в оптический путь. 
Обратите внимание, что для точной фокусировки следует 
использовать тот же объектив, что и для сканирования.
524 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 670 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
В разделе Acquisition Mode (Режим получения изображений) измените 
биннинг с 1x1 на 2x2 или выше, поскольку качество изображения для 
фокусировки не важно. Это сократит время экспозиции и тем самым 
минимизирует обесцвечивание и время фокусировки.
Теперь переместитесь к образцу с помоидью инструмента 
Stage (Столик). Также можно нажать на слайд, отображаемый во 
вкладке Navigation (Навигация), и программное обеспечение 
переместит образец в выбранную позицию.
В разделе Channels (Каналы) перечислены все определенные каналы. 
В случае выделения определенного канала аппаратное обеспечение 
изменит оптический путь.
Для выбора эталонного канала для фокусировки (Focus Reference) 
выделите нужный канал и нажмите на кнопку Focus Ref. Убедитесь, что 
этот канал отмечен флажком, а все остальные каналы — нет. При 
наличии двух источников света (например, Colibri.2 и НХР 120 V) можно 
выбрать один, а также задать его интенсивность.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 525


--- стр. 671 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Низкие значения интенсивности источника света даже при длительной 
экспозиции обычно приводят к меньшему обесцвечиванию.
О Channels 
^ОАРГ Ref.'в
V-» А  i Cl Focus Rof.
Colibri
'Z 365
50.0%
*% » Hamamatsu Camera
r 50 % * Auto Exposure
Shading Correction Specific
20.000 : ms *
Set Exposure
Define
0.00 pm
Fluorescence Auto Best-Fit Set Erase
Следующий шаг — фокусировка образцов, настройка времени 
экспозиции (в меню Channels / Time (Каналы / Время)) и значений 
интенсивности источника света. Для просмотра живого изображения с 
камеры необходимо включить режим Live (Живое изображение), а для 
получения единичного снимка — нажать кнопку Snap (Моментальный 
снимок). Будьте внимательны во время работы в режиме Live, 
поскольку этот режим может привести к обесцвечиванию образца. 
Осмотрительно пользуйтесь этим режимом и, по возможности, 
используйте репрезентативную область вне области сканирования.
Вы можете воспользоваться кнопкой Find Focus (AF) (Выполнить 
автофокусировку) для выполнения автофокусировки с выбранным 
(выделенным) каналом. При выключенной фокусировке и (или) 
несоответствующем времени экспозиции следует воспользоваться 
ручным управлением фокусировки (в разделе Focus (Фокусировка)).
526 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 672 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Возможно, вам также потребуется отрегулировать время экспозиции 
(в разделе Channels/Time (Каналы/Время)) и (или) интенсивность 
источника(-ов) света.
9 Необязательно увеличивать экспозицию, охватывая тем самым весь 
динамический диапазон камеры. Для отображения сигнала на экране, 
даже если охватывается всего 5% диапазона, можно отрегулировать 
кривую отображения на гистограмме.
10 После выполнения фокусировки время экспозиции можно 
скорректировать вручную (в разделе Channels/ Time (Каналы/Время)) 
или автоматически, нажатием кнопки Set Exposure (Установить 
экспозицию). Время экспозиции будет определено так, чтобы охват 
диапазона камеры соответствовал значению, установленному в опции 
Shift (Сдвиг).
11 Следующий шаг — настройка программной автофокусировки (Software 
Autofocus). Настройки элемента Quality (Качество) определяют тип 
используемого алгоритма автофокусировки. Опция Range Coverage  
(Диапазон перемещения) определяет, следует ли выполнять 
автофокусировку по всей серии срезов по оси Z (Full) или только до 
первого обнаружения локального максимума (Smart). Full — наиболее 
надежный принцип, а Smart — быстрый. В опции Sampling 
(Дискретизация) указывается шаг серии срезов по оси Z. Выбранное 
значение отображается в поле Step size (Шаг) (доступный диапазон и 
размер шага зависят от объектива и остальных оптических параметров). 
Для объективов с кратностью увеличения 20х рекомендуемый размер 
шага составляет приблизительно 2 мкм. Опция Sharpness Measure  
(Определение резкости) определяет, должны ли системы использовать 
усредненный контраст (Contrast) или интенсивность (Intensity) для 
определения автофокусировки, или программное обеспечение должно 
автоматически выбрать один из двух параметров (Auto). В поле Range  
(Диапазон) указывается диапазон поиска автофокусировки на основе 
грубого фокуса, определенного в первом шаге. Если для грубой 
фокусировки используется объектив с увеличением 2.5х, то для точной 
фокусировки понадобится диапазон поиска до 250 мкм. Если 
используется объектив с увеличением 5х или 10х, диапазон
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 527


--- стр. 673 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
поиска может уменьшиться до 80 мкм. Это также зависит от настроек 
фокусировки и равномерности образца.
Риск повреждения объектива
Исходя из рабочего расстояния объективов, максимальный диапазон 
фокусировки должен составлять 100 мкм для Р1ап-Аро 40х, а для всех 
остальных объективов допускается диапазон фокусировки менее 600 мкм. 
Здесь учитывается толщина стандартного покровного стекла (170 мкм) и 
толщина образца около 10 мкм. При использовании только диапазона 
точной фокусировки 60 мкм максимальная толщина образца может 
составлять 50 мкм. Больший рабочий диапазон может привести к 
повреждению объектива, а в худшем случае — к повреждению слайда.
12 Следующий шаг — адаптация набора стратегий распределения  
точек фокусировки  [►  574]. Значение по умолчанию (Onion skin 
(Кожица лука) с плотностью — 0,1 и максимальным числом точек 
фокусировки — 24; в таблице отображается только значение плотности 
(Density), при необходимости отобразить и остальные параметры (при 
наличии) дважды нажмите на элемент таблицы)
528 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке


--- стр. 674 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
наилучшим образом подходит для подавляющего числа слайдов с 
образцами большого размера. Исключением могут быть тканевые 
микропанели (Tissue Micro Arrays), для которых рекомендуется 
использовать центр тяжести (Center of gravity).
13 Для изменения набора стратегий распределения точек
фокусировки дважды нажмите на элемент списка. Появится окно, в 
котором из выпадающего меню можно выбрать другой набор 
стратегий распределения точек фокусировки и отрегулировать 
параметры данной настройки. При нажатии на кнопку Modify 
(Изменить) будут применены изменения.
Modify focus point distribution strategy •
I n fo r r 'ijtjo r
Every Nth tile
Modify Cancel
14 Для выполнения повторной проверки нажмите кнопку Find focus 
(Выполнить фокусировку). Если все параметры настроены правильно, 
система выполнит фокусировку образца, не выдавая никаких 
предупреждений/сообщений об ошибках. При возникновении проблем 
перепроверьте вышеуказанные настройки.
»
1 Примечание
Описанная процедура подходит для образцов с деталями равного 
размера. Поскольку стратегия распределения точек фокусировки зависит 
от размера деталей образца, система обладает возможностью так 
называемого адаптивного распределения точек фокусировки. Более 
подробно см. раздел «Адаптивное распределение точек фокусировки».
19.1.2.11
Порядок действий
Настройка параметров сканирования для флуоресцентных профилей
1 Первый шаг — регулировка настроек оптического пути (Light Path 
Settings). Настройка выполняется вручную или с помощью мастера 
Smart Setup (Быстрая настройка), см. раздел «Быстрая настройка».
Рекомендуем использовать мастер быстрой настройки Smart Setup не 
только потому, что он включает в себя двойные проверки, но также из- 
за простоты использования. После запуска мастера Smart Setup 
необходимо добавить используемые красители, дважды нажав на 
красители в расширенном списке. После чего система предложит одну 
или несколько возможных конфигураций. Количество вариантов, 
предлагаемых системой, зависит от конфигурации аппаратного 
обеспечения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 529


--- стр. 675 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
При выборе определенной настройки (например, Best Signal 
(Наилучший сигнал)) система автоматически примет настройки 
оптического пути (Light Path Settings). Smart Setup позволяет 
определить до четырех каналов. Если требуется определить более 
четырех каналов, необходимо перейти в настройки оптического пути 
(Light Path Settings) и вручную добавить дополнительные каналы.
О Liqht Path Settinqs
Befonf Ejqserimirnt: Befone Exp РШЧ, fTTC) Smart
Before DAPI: Before [DAPI] Smart 
After DAPI: After (ОАР!) Srnart 
Before FTTC; Before [ПТС] Smart 
After FTTC; After (FITCl Smart 
After Experiment; After Exp [DAPE FTTC] Smart
P reviou s N e rt
AjnoCjrrt M 1^  Carrt^rf j  (^h МллсЫ HV
jnsm •  Colibn/Coh Cicfsed
45S0 00
^  Cknf^d
V0O%
По умолчанию в качестве сканирующего объектива в настройках 
оптического пути (Light Path Settings) система укажет объектив с 
кратностью увеличения 20х. Чтобы сменить объектив, откройте 
расширитель настроек оптического пути (Light Path Settings) и 
активируйте элемент Before Experiment: Before Exp. (До эксперимента). 
Отобразится конфигурация оптического пути. Напротив объектива с 
кратностью увеличения 20х будет установлен флажок, поскольку это 
значение по умолчанию. Если требуется использовать другой объектив, 
выберите его и нажмите на кнопку Go! (Пуск). Система поместит 
выбранный объектив в оптический путь.
530 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 676 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения устройства
В одном скане, а значит и в настройках сканирования (Scan Settings), 
используйте только Colibri.2 или НХР 120, В Colibri переключатель 
светодиодов и НХР не рассчитан на большое количество циклов.
1 Примечание
Чтобы сделать профиль более универсальным, можно выбрать больше 
каналов, чем требуется на самом деле, а на последующих этапах можно 
выбирать и отключать отдельные каналы.
1 Примечание
В случае замены объектива убедитесь, что для точной фокусировки вы 
используете тот же объектив.
В разделе Acquisition Mode (Режим получения изображений) 
расположены дополнительные настройки, которые установлены на 
оптимальные уровни и не требуют вмешательства оператора. 
Например, с целью минимизации обесцвечивания или даже 
сокращения времени сканирования можно уменьшить значения 
параметра времени экспозиции. Этого можно достигнуть усилением 
сигнала камеры (если таковой имеется для определенной камеры) или 
повышением биннинга. Однако следует отметить, что это уменьшит 
разрешение и (или) повысит уровень шума в изображении.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 531


--- стр. 677 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Переместитесь к образцу с помощью инструмента Stage (Столик). 
Также можно нажать на слайд, отображаемый во вкладке 
Navigation (Навигация), и программное обеспечение переместит 
образец в выбранную позицию.
В списке раздела Channels (Каналы) отображаются все определенные 
каналы. Чтобы включить/выключить любой канал, достаточно 
установить/убрать соответствующий флажок. В случае выделения 
определенного канала аппаратное обеспечение изменит оптический 
путь. Здесь необходимо указать канал, используемый для сшивки 
(Stitching). Этот канал будет отмечен меткой «Ref.». Для изменения 
канала сшивки выделите канал и нажмите на кнопку Stitching Ref. 
(Канал сшивки). Убедитесь, что выбранный канал сшивки включен. 
Подходящим канал — это тот, в котором краситель равномерно 
распределен по образцу (а значит, системе достаточно структур для 
выполнения сшивки). Большие структуры с мелкими деталями 
(например, цитоскелеты) предпочтительны, если равномерно 
распределены по образцу. При наличии двух источников света 
(например, Colibri.2 и НХР 120 V) из списка каналов
532 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 679 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Необязательно увеличивать экспозицию, охватывая тем самым весь 
динамический диапазон камеры. Для отображения сигнала на экране, 
даже если охватывается всего 5% диапазона, можно отрегулировать 
кривую отображения на гистограмме.
После выполнения фокусировки время экспозиции можно 
скорректировать повторно (в разделе Time (Время)). Это можно 
сделать вручную с помощью ползунка Time (Время) или автоматически 
нажатием кнопки Set Exposure (Установить экспозицию). Время 
экспозиции будет определено так, чтобы охват диапазона камеры 
соответствовал значению, установленному в опции Shift (Сдвиг). 
Обязательно проверьте несколько областей образца (используя 
элементы управления инструментов Navigator (Навигатор) или Stage 
(Столик)), чтобы определить, имеют ли определенные области более 
высокую концентрацию флуорофора. Повторите этот шаг для 
определения времени экспозиции для всех остальных отмеченных 
каналов.
Раздел Z-Stack Configuration (Конфигурация серии срезов по оси Z) 
важен, если необходимо автоматически получить серию срезов по 
оси Z с увеличенной глубиной резкости (EDF) или без нее. Такую 
возможность следует рассматривать при использовании неровных или 
очень толстых образцов. Обратите внимание, что, в зависимости от 
объектива, конденсора и камеры, объектив Р1ап-Аро с кратностью 
увеличения 20х имеет глубину фокусировки примерно 1 мкм, а 
объектив Р1ап-Аро с кратностью увеличения 40х имеет глубину 
фокусировки примерно 0,5 мкм. Неровность может быть результатом 
неоптимально выполненных подготовительных процедур или 
стремления пользователя просканировать толстые или цитологические 
образцы.
Наилучший способ оценить оптимальность настроек — перейти к 
репрезентативной области образца, выполнить автоматическую 
фокусировку размытого изображения до получения резкого 
изображения первых структур и отметить Z-величину. Перемещайтесь 
по всем образцам, пока последние области образцов в поле обзора из 
резких не станут размытыми, и снова отметьте Z-величину. Разность Z- 
величин составляет высоту серии срезов по оси Z. Рекомендуется 
повторить эту процедуру для разных областей образца. В дальнейшем 
будет использоваться наибольший диапазон по оси Z. Практические 
исследования показали, что к установленному диапазону по оси Z 
следует прибавлять 20%, поскольку автофокусировка не всегда 
располагается точно в центре образца. Теперь на основе диапазона по 
оси Z необходимо определить размер шага. Теоретически размер шага 
находится в диапазоне между глубиной фокусировки и ее половинным 
значением, таким образом, для объектива Р1ап-Аро с кратностью 
увеличения 20х шаг будет равен 0,5-1,0 мкм. Однако это может 
привести к большему числу шагов по оси Z и медленной скорости 
сканирования. Если вы не хотите сохранять серию срезов по оси Z и 
работаете с изображениями меньших размеров, можно активировать 
увеличенную глубину резкости (EDF активна).
534 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 680 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
При активной EDF программное обеспечение использует изображения, 
полученные в разных плоскостях фокусировки, для каждого поля 
изображения и объединит области сильнейшего контраста данных 
изображений серии срезов по оси Z в изображение, которое содержит 
участки максимального контраста всех изображений, записанных для 
этого поля изображения. Этот метод гарантирует максимальную 
глубину резкости. Настоятельно рекомендуется использовать 
стандартные параметры, так как они наилучшим образом обеспечивают 
требуемую глубину резкости. Подробное описание отдельных 
параметров см. в справке к стандартным функциям EDF в ZEN. 
Сканирование с EDF выполняется несколько быстрее аналогичного 
сканирования с серией срезов по оси Z. Важно отметить, что 
увеличенную глубину резкости также можно применить на 
последующем этапе, однако если она применена в профиле, то в этом 
случае серия срезов по оси Z не восстанавливается.
О Z-Stack Configuration
У' Z-Stack full Z-Stack per Channd
10.00 pm
1 .00 p m
• Interval
'/EDF active 
MethcxI Maximum Projection
iT)
Defaults
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения объектива
Исходя из рабочего расстояния объективов, максимальный диапазон 
фокусировки должен составлять 50 мкм для Р1ап-Аро 40х, а для всех 
остальных объективов допускается диапазон фокусировки менее 300 мкм. 
Здесь учитывается толщина стандартного покровного стекла (170 мкм). 
Больший рабочий диапазон может привести к повреждению объектива, а в 
худшем случае — к повреждению слайда.
10 Последний этап настройки — раздел Online Processing (Онлайн- 
обработка). В этом разделе указывается режим выполнения сшивки: 
онлайновый (Online), т. е. во время получения изображения, 
автономный (Offline), либо сшивка не выполняется (None). 
Стандартной настройкой является онлайновая сшивка, так как она 
обеспечивает оптимальное время обработки слайда.
В автономном (Offline) режиме сначала выполняется сканирование, ; 
затем — сшивка. Эта процедура занимает больше времени, чем 
онлайновая сшивка. Разница зависит от размера образца, т. е. чем 
больше образец, тем автономный режим медленнее онлайнового.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 535


--- стр. 681 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
При обработке образцов малого размера разница во времени 
обработки едва заметна. Если сшивку необходимо выполнить позже с 
помощью измерительных функций ZEN или отдельной программы 
после экспорта, допускается использование только режима None (Без 
сшивки). Поскольку сшивка крайне важна для флуоресцентных 
образцов, для малых образцов должен использоваться по крайней 
мере автономный режим. В автономном режиме пользователь может 
активировать функцию Fuse (Слияние). С помощью функции Fuse 
(Слияние) система создает мозаику, тем самым улучшая 
равномерность освещения.
Опция Pyramid active (Пирамида активирована) должна быть 
постоянно включена, так как она ускоряет просмотр изображения. Тем 
не менее пирамиду также можно создать позже. При открытии 
непирамидального изображения определенного размера программное 
обеспечение будет выводить запрос о необходимости создания 
пирамиды.
Эти окончательные настройки позволяют оптимизировать сжатие во 
время онлайновой обработки. Если опция JpegXR active (JpegXR 
активна) отключена, изображение будет сохранено без сжатия. Если 
установлен флажок JpegXR active (JpegXR активна), изображение 
будет сохранено без потерь (Lossless compression), это значит, что 
изображение будет сжато до такой степени, при которой исключается 
потеря данных. Если установлен флажок Lossy compression (Сжатие с 
потерями), сжатие всегда будет проходить с потерей данных. Если этот 
флажок установлен, можно определить степень качества (Quality).
О Online Processing
Online Offline
v' JpegXR active
Lossless compression lossy compression
536 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 682 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.12 Настройки карты фокусировки (BF)
19.1.2.12.1 Регулировка настроек карты грубой фокусировки (BF)
Взск /ч
Define settings for the creation of ttie fine and coarse focus map.
Coarse
О Camera
О Exposure 
О Post Processing 
О White Balance 
О Objective 
О Focus
Use adaptive focus point distribution 
О Focus point distribution strategy set
О Sharpness measure set
Порядок действий 1 В разделе Camera (Камера) выберите активную камеру.
Выбирайте здесь только цветную камеру Hitachi. Не выбирайте 
монохромную камеру или AxioCamIC, так как профиль окажется 
нерабочим!
2 В разделе Objective (Объектив) выберите соответствующий объектив. 
В этом случае рекомендуем выбрать объектив с кратностью 
увеличения 5х. Если таковой отсутствует, используйте объектив 10х 
или 2.5х.
3 Переместитесь к образцу с помощью инструментов, размещенных в 
нижней части окна. Можно нажать на слайд, отображаемый во вкладке 
Navigation (Навигация), и программное обеспечение переместит 
образец в выбранную позицию. Для более точной навигации можно 
воспользоваться виртуальным джойстиком во вкладке Stage (Столик).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 537


--- стр. 683 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
В главной части окна отображается живое изображение с камеры.
В разделе Focus (Фокусировка) нажмите кнопку Run Auto Focus 
(Выполнить автофокусировку). Если система не сможет выполнить 
автофокусировку, ее можно выполнить вручную, например с помощью 
ползунка, расположенного рядом с виртуальным представлением серии 
срезов по оси Z.
Как только образец окажется в фокусе, дважды проверьте, не слишком 
ли светлое или темное изображение, правильный ли баланс белого.
Найдите текущую позицию по оси Z (в поле Position (Позиция), в 
нашем случае — 4200 мкм). Позиция по оси Z должна находиться в 
диапазоне, указанном в элементах Set First (Установить первую 
позицию) и Set Last (Установить последнюю позицию). В нашем случае 
она идеально располагается в этом диапазоне. В противном случае 
придется отрегулировать диапазон. Можно увеличить количество 
срезов (в опции Slices (Срезы)). Это приведет к увеличению диапазона, 
при этом фокусировка займет больше времени. Также диапазон можно 
расширить, изменив параметры Set First (Установить первую позицию) 
и Set Last (Установить последнюю позицию). Для параметра Interval 
рекомендуются следующие настройки: 2.5х: 20 мкм; 5х: 20 мкм;
10х: 15 мкм.
7 Следующий шаг — адаптация набора стратегий распределения  
точек фокусировки  [►  574]. Значение по умолчанию (Number of points 
(количество точек) = 6) наилучшим образом подходит для 
подавляющего числа образцов (в экранной таблице отображается 
только один параметр, если требуется отобразить и остальные 
параметры (при наличии таковых, например, для Onion skin (Кожица 
лука)), дважды нажмите на элемент таблицы).
538 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 684 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Исключением могут быть тканевые микропанели (Tissue Micro Arrays), 
для которых рекомендуется использовать центр тяжести (Center of 
gravity).
Use adaptive focus point distnbution 
О Focus point distribution strategy set
Support Feint Disiributicn Strategy
Number of points
Paranieter
Для изменения стратегии дважды нажмите на элемент списка.
Появится окно, в котором из выпадающего меню можно выбрать другой 
набор стратегий распределения точек фокусировки и 
отрегулировать параметры данной настройки. При нажатии на кнопку 
Modify (Изменить) будут применены изменения.
Modify focus point distribution strategy
Infcnriat,or,:
Strategy Every Nth tile
Modify Cancel
9 Последний шаг — настройка наборов измерения резкости  [►  592].
В нашем случае Best (Наилучший) или Basic (Базовый) — самые 
подходящие варианты для грубой фокусировки светлопольного 
изображения.
10 Для выполнения повторной проверки нажмите кнопку Run Auto Focus 
(Выполнить автофокусировку). Если все параметры настроены 
правильно, система выполнит фокусировку образца, не выдавая 
никаких предупреждений/сообщений об ошибках. При возникновении 
проблем перепроверьте вышеуказанные настройки. Чтобы прервать 
процесс фокусирования, нажмите кнопку Stop Auto Focus (Остановить 
автофокусировку).
11 Следующим шагом по умолчанию будет регулировка настроек точной 
фокусировки (Fine Focus).
1 Примечание
Описанная процедура подходит для образцов с деталями равного 
размера. Поскольку стратегия распределения точек фокусировки зависит 
от размера деталей образца, система обладает возможностью так 
называемого адаптивного распределения точек фокусировки. Более 
подробно см. раздел «Адаптивное распределение точек фокусировки».
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 539


--- стр. 685 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.12.2 Регулировка настроек карты точной фокусировки (BF)
:к
Define settings for the creation of the firve and coarse focus map.
Coarse I
О Camera 
О Exposure 
О Post Processing 
О White Balance 
О Objective 
О Focus
Use adaptive focus point distribution 
О Focus point distribution strategy set
О Sharpness measure set
Необходимые предварительные условия ■ Предварительно отрегулированы настройки
грубой фокусировки (Coarse Focus), см. раздел Регулировка настроек  
карты грубой фокусировки (ВР)[>  536]
Порядок действий 1 В разделе Camera (Камера) выберите активную камеру.
Выбирайте здесь только цветную камеру Hitachi. Не выбирайте 
монохромную камеру или AxioCamIC, так как профиль окажется 
нерабочим!
Выберите соответствующий объектив в разделе Objective (Объектив). 
Это тот же объектив, который использовался бы для сканирования 
образца.
Переместитесь к образцу с помощью инструментов, размещенных в 
нижней части окна. Можно нажать на слайд, отображаемый во вкладке 
Navigation (Навигация), и программное обеспечение переместит 
образец в выбранную позицию. Для более точной навигации можно 
воспользоваться виртуальным джойстиком во вкладке Stage (Столик).
540 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке


--- стр. 686 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
В главной части окна отображается живое изображение с камеры.
В разделе Focus (Фокусировка) нажмите кнопку Run Auto Focus 
(Выполнить автофокусировку). Если система не сможет выполнить 
автофокусировку, ее можно выполнить вручную, например, с помощью 
ползунка, расположенного рядом с виртуальным представлением серии 
срезов по оси Z. Если до этого была выполнена грубая фокусировка, а 
программное обеспечение не определяет фокус, значит, параметры 
точной фокусировки отрегулированы неправильно.
Как только образец окажется в фокусе, дважды проверьте, не слишком 
ли светлое или темное изображение, правильный ли баланс белого.
Теперь необходимо настроить диапазон (Range). Можно изменить 
интервал (Interval), но, как правило, значительных изменений не 
требуется. Для параметра Interval рекомендуются следующие 
настройки: 2.5х: 20 мкм; 5х: 8 мкм; 10х: 4 мкм; 20х: 2 мкм; 40х: 1,5 мкм, 
при этом рекомендуется изменить количество срезов (Slices).
Конечный оптимальный диапазон зависит от нескольких параметров, 
таких как число фокусных точек, ровность образца и объектив, 
используемый для грубой фокусировки (Coarse Focus). Если для 
грубой фокусировки используется объектив с кратностью увеличения 
5х или 10х, диапазон поиска при точной фокусировке может составлять 
приблизительно 70 мкм. Если для грубой фокусировки используется 
объектив с кратностью увеличения 2.5х, диапазон поиска должен 
составлять не менее 150 мкм.
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения объектива
Исходя из рабочего расстояния объективов, максимальный диапазон 
фокусировки должен составлять 100 мкм для Р1ап-Аро 40х, а для всех 
остальных объективов допускается диапазон фокусировки менее 500 мкм. 
Здесь учитывается толщина стандартного покровного стекла (170 мкм) и 
толщина образца около 10 мкм. При использовании только диапазона 
точной фокусировки 60 мкм максимальная толщина образца может 
составлять 50 мкм. Больший рабочий диапазон может привести к 
повреждению объектива, а в худшем случае — к повреждению слайда.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 541


--- стр. 687 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
7 С помощью параметра Offset (Сдвиг) к карте фокусировки можно 
применить фиксированную величину сдвига (в мкм). Величина сдвига 
будет прибавлена ко всем Z-величинам карты фокусировки.
О Focus
80.00 pm 
41
2.00 pm
25
3794.03 pm
Run Auto Foais
Следующий шаг — адаптация набора стратегий распределения  
точек фокусировки  [►  588]. Значение по умолчанию (Onion skin 
(Кожица лука) с плотностью — 0,1 и максимальным числом точек 
фокусировки — 24; в таблице отображается только значение плотности 
(Density), при необходимости отобразить и остальные параметры 
(при наличии) дважды нажмите на элемент таблицы) наилучшим 
образом подходит для подавляющего числа слайдов с образцами 
большого размера. Исключением могут быть тканевые микропанели 
(Tissue Micro Arrays), для которых рекомендуется использовать центр 
тяжести (Center of gravity).
Для изменения стратегии дважды нажмите на элемент списка.
Появится окно, в котором из выпадающего меню можно выбрать другой 
набор стратегий распределения точек фокусировки и 
отрегулировать параметры данной настройки. При нажатии на кнопку 
Modify (Изменить) будут применены изменения.
542 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 688 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
Modify focus point distribution strategy
f “S f- :
Every Nth tile
Modify Cancel
10 Последний шаг — настройка наборов измерения резкости  [►  592].
В нашем случае Best (Наилучший), Basic (Базовый), или HG 2*8 — 
самые подходящие варианты для грубой фокусировки светлопольного 
изображения. Последний алгоритм фокусируется больше на ядрах.
11 Для выполнения повторной проверки нажмите кнопку Run Auto Focus 
(Выполнить автофокусировку). Если все параметры настроены 
правильно, система выполнит фокусировку образца, не выдавая 
никаких предупреждений/сообщений об ошибках. При возникновении 
проблем перепроверьте вышеуказанные настройки. Чтобы прервать 
процесс фокусирования, нажмите кнопку Stop Auto Focus (Остановить 
автофокусировку).
1 Примечание
Описанная процедура подходит для образцов с деталями равного 
размера. Поскольку стратегия распределения точек фокусировки зависит 
от размера деталей образца, система обладает возможностью так 
называемого адаптивного распределения точек фокусировки. Более 
подробно см. раздел «Адаптивное распределение точек фокусировки».
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 543


--- стр. 689 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.13 Настройка параметров сканирования для светлопольных профилей
Back /N
Define settings how to scan the specimen (scan region).  
О Camera 
О Exposure 
О Post PrcKt'ssing 
О While Balante  
О Objective
О Focus
О Z-Stack Configuration  
О Online Processing
В разделе Camera (Камера) не переключайтесь на монохромную камеру 
или AxioCamIC, так как профиль окажется нерабочим!
Необходимые предварительные условия ■ При использовании камеры Hitachi-HV-F202
можно выбрать глубину цвета изображения: 8-бит, 10-бит или 12-бит. 
Обратите внимание, что глубина цвета свыше 8-бит приводит к 
увеличению размера изображения.
Порядок действий 1 В разделе Objective (Объектив) проверьте правильность 
подключенного объектива. Следует использовать тот же объектив, что 
использовался для точной фокусировки, или по крайней мере объектив 
с меньшей кратностью увеличения.
О Objective
Otojiective
Plan-Apochromat 20х/0.8 М27
544 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 690 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Переместитесь к образцу с помощью инструментов, размещенных в 
нижней части окна. Можно нажать на слайд, отображаемый во вкладке 
Navigation (Навигация), и программное обеспечение переместит 
образец в выбранную позицию. Для более точной навигации можно 
воспользоваться виртуальным джойстиком во вкладке Stage (Столик). 
В главной части окна отображается живое изображение с камеры.
Для оценки качества изображения сначала необходимо выполнить 
фокусировку (в разделе Focus (Фокусировка)). Этот раздел 
предназначен только для фокусирования и не влияет на 
фокусирование во время последующего сканирования, так как 
настройки были выполнены в предыдущем шаге. Для выполнения 
автоматической фокусировки воспользуйтесь кнопкой Run Auto Focus 
(Выполнить автофокусировку). Во время выполнения автоматической 
фокусировки прервать процесс фокусирования можно нажатием кнопки 
Stop Auto Focus (Остановить автофокусировку).
О Focus
3797 pm
Run Auto Focus
Для корректировки баланса белого (White Balance) и времени экспозиции 
(Exposure) переместитесь в область за пределами образца. 
Воспользуйтесь кнопкой Measure and White Balance (Измерение и баланс 
белого) в расширителе Exposure (Экспозиция) для автоматической 
настройки экспозиции и баланса белого (при нажатии на кнопку Measure 
(Измерить) программное обеспечение автоматически определит только 
экспозицию). Если интенсивность определена неверно, экспозицию можно 
настроить в расширителе Exposure (Экспозиция). Время экспозиции для 
камеры регулировать нельзя, так как это фиксированное значение. Можно 
изменять только настройки источника света. Поскольку система снабжена 
светодиодной вспышкой, можно настроить длительность (Flash duration) и 
интенсивность вспышки (Flash intensity). Длительность вспышки — 
это длительность каждой вспышки, а интенсивность вспышки — это 
интенсивность каждой вспышки. Интенсивность вспышки можно усилить 
до 300%. Интенсивность вспышки позволяет выполнять очень точные 
настройки результирующей интенсивности. Изменения длительности 
вспышки определяют грубую настройку.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 545


--- стр. 691 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Выполнение ручной настройки рекомендуется начинать с интенсивности 
вспышки равной приблизительно 250%, а длительность вспышки 
регулировать до получения соответствующего сигнала и только после 
этого по мере необходимости повышать интенсивность вспышки.
Описание настроек для баланса белого и постобработки см. в общем 
описании аналогичных функций в руководстве к ПО ZEN. В разделе Post 
Processing (Постобработка) можно включить функцию Unsharp Mask 
(Нерезкое маскирование). Нерезкое маскирование повышает контраст 
результирующих изображений, однако, ее следует применять 
осмотрительно во избежание неестественности изображения. Этот 
инструмент может быть чрезвычайно полезен при увеличении 40х, 
поскольку увеличение 40х приводит к передискретизации, а нерезкое 
маскирование может выделить структуры. При усилении резкости скорость 
сканирования слегка снижается. Равномерность освещения (Shading) 
должна быть постоянно включена.
В разделе Post Processing (Постобработка) также можно включить 
коррекцию цвета, подключив опцию Apply Color Profile (Применить 
цветной профиль). Установив флажок On, выберите цветной профиль. По 
умолчанию применяется цветной профиль srgb. Если программное 
обеспечение не находит профиль, вероятно, цветной профиль был удален, 
или калибровка цветов не была выполнена. В этом случае необходимо 
повторно выполнить калибровку цветов с помощью мастера калибровки 
Axio Scan (Axio Scan Calibration Wizard).
Раздел Z-Stack Configuration (Конфигурация серии срезов по оси Z) 
позволяет автоматически получить серию срезов по оси Z с увеличенной 
глубиной резкости (EDF) или без нее. Такую возможность следует 
рассматривать при использовании неровных или толстых образцов. 
Обратите внимание, что, в зависимости от объектива, конденсора и 
камеры, объектив Р1ап-Аро с кратностью увеличения 20х имеет глубину 
фокусировки примерно 1 мкм, а объектив Р1ап-Аро с кратностью 
увеличения 40х имеет глубину фокусировки примерно 0,5 мкм. Неровность 
может быть результатом неоптимально выполненных подготовительных 
процедур или стремления пользователя просканировать толстые или 
цитологические образцы. Наилучший способ оценить оптимальность 
настроек — перейти к репрезентативной области образца, выполнить 
фокусировку размытого изображения до лолучения резкого изображения 
первых структур и отметить Z-величину.
546 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 692 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Перемещайтесь по всем образцам, пока последние области образцов в 
поле обзора из резких не станут размытыми, и снова отметьте Z-величину. 
Разность Z-величин составляет высоту серии срезов по оси Z. 
Рекомендуется повторить эту процедуру для разных областей образца. В 
дальнейшем будет использоваться наибольший диапазон по оси Z. 
Практические исследования показали, что к установленному диапазону по 
оси Z следует прибавлять 20%, поскольку автофокусировка не всегда 
располагается точно в центре образца. Теперь на основе диапазона по 
оси Z необходимо определить размер шага. Теоретически размер шага 
находится в диапазоне между глубиной фокусировки и ее половинным 
значением, таким образом, для объектива Р1ап-Аро с кратностью 
увеличения 20х шаг будет равен 0,5-1,0 мкм. Однако это может привести к 
большему числу шагов по оси Z и медленной скорости сканирования. Если 
вы не хотите сохранять серию срезов по оси Z и работаете с 
изображениями меньших размеров, можно активировать увеличенную 
глубину резкости (EDF активна). При активной EDF программное 
обеспечение использует изображения, полученные в разных плоскостях 
фокусировки, для каждого поля изображения и объединит области 
сильнейшего контраста данных изображений серии срезов по оси Z в 
изображение, которое содержит участки максимального контраста всех 
изображений, записанных для этого поля изображения. Этот метод 
гарантирует максимальную глубину резкости. Настоятельно 
рекомендуется использовать стандартные параметры, так как они 
наилучшим образом обеспечивают требуемую глубину резкости. 
Подробное описание отдельных параметров см. в справке к стандартным 
функциям EDF в ZEN. Сканирование с EDF выполняется несколько 
быстрее аналогичного сканирования с серией срезов по оси Z. Важно 
отметить, что увеличенную глубину резкости также можно применить на 
последующем этапе, однако, если она применена в профиле, то в этом 
случае серия срезов по оси Z не восстанавливается.Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 547


--- стр. 693 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
О Z Slack Configuration
Z-Stack
20.00 pm
21
1.00 pm
• Interval
'/ EOF active
Method Variance
Z-Stack Alignment Wo Alignment  
Contra'it lengthw:ale
Smoothing
Recon ^ruction
Decay Flicker Correction
О
Defaults
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения объектива
Исходя из рабочего расстояния объективов, максимальный диапазон 
фокусировки должен составлять 50 мкм для Р1ап-Аро 40х, а для всех 
остальных объективов допускается диапазон фокусировки менее 300 мкм. 
Здесь учитывается толщина стандартного покровного стекла (170 мкм). 
Больший рабочий диапазон может привести к повреждению объектива, а в 
худшем случае — к повреждению слайда.
Последний этап проверки — раздел Online Processing (Онлайн- 
обработка). В этом разделе указывается режим выполнения сшивки: 
онлайновый (Online), т. е. во время получения изображения, 
автономный (Offline), либо сшивка не выполняется (None).
Стандартной настройкой является онлайновая сшивка, так как она 
обеспечивает оптимальное время обработки слайда. В автономном 
(Offline) режиме сначала выполняется сканирование, а затем — сшивка. 
Эта процедура занимает больше времени, чем онлайновая сшивка. 
Разница зависит от размера образца, т. е. чем больше образец, тем 
автономный режим медленнее онлайнового. При обработке образцов 
малого размера разница во времени обработки едва заметна.
Сшивка не применяется (None) только в тех случаях, когда ее 
необходимо выполнить позже с помощью измерительных функций 
ZEN или отдельной программы после экспорта.
548 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 697 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Эталонные слайды
1 Примечание
Обратите внимание, что по умолчанию сканирующим объективом для всех 
пул-профилей выбран объектив с кратностью увеличения 20х, за 
исключением двух профилей в разделе Reference slides (Эталонные 
слайды) под соответствующими названиями.
Мастер калибровки проведет вас через процесс подбора подходящего 
профиля для последующих изменений. Каждый вариант сопровождается 
выбором отдельных опций. Чтобы выбрать необходимую опцию, дважды 
щелкните по ней кнопкой мыши либо отметьте ее и нажмите кнопку 
Next (Далее) внизу окна.
По завершении мастера выбранный профиль из пула профилей будет 
скопирован в доступную пользователю папку. В ней можно выбрать 
профиль в качестве профиля сканирования. В последнем шаге можно 
изменить имя профиля и активировать опцию, которая запустит мастер 
создания профиля сканирования (Scan Profile Wizard) сразу после 
мастера быстрого выбора профиля сканирования (Smart Scan Profile 
Selection).
Затем профиль можно изменить с помощью мастера создания профиля 
сканирования (Scan Profile Wizard) или расширенного мастера создания 
профиля сканирования (Advanced Scan Profile Wizard).
Мастер содержит раздел под названием Reference slides (Эталонные 
слайды). Этот раздел содержит семь предустановленных профилей. Пять 
из них используются для контроля качества.
На заводе просканированы два образца (если система имеет опцию 
Polarization (Поляризация) — три образца):
1 BF 20х -> Образец BF 03 (почка крысы; гематоксилин-эозин) из набора 
светлопольных образцов (474032-9010-000) при увеличении 20х (если 
система снабжена объективом 20х);
2 BF 40х -> Образец BF 03 (почка крысы; гематоксилин-эозин) из набора 
светлопольных образцов (474032-9010-000) при увеличении 40х (если 
система снабжена объективом 40х)
3 FL 20х -> FluoCells® подготовленный слайд N° 3 (почка мыши; F-24630) 
при увеличении 20х (если система снабжена объективом 20х и 
флуоресценцией);
4 FL 40х -> FluoCells® подготовленный слайд № 3 (почка мыши; F-24630) 
при увеличении 40х (если система снабжена объективом 40х и 
флуоресценцией);
5 Polarization 20х -> Образец POL 01 (коленный сустав крысы; Сириус 
красный) из набора поляризационных образцов (474032-9020-000) при 
увеличении 20х (если система снабжена поляризацией).
Таким образом, вышеуказанные образцы можно сканировать без внесения 
изменений в эти профили. Оставшиеся два профиля предназначены для 
специальных целей, касающихся коррекции равномерности освещения 
для флуоресценции (более подробно см. разделы 4.8 [►  510] и 4.9 [►  512]).
19.1.3.3 Мастер создания профиля сканирования (онлайновый)
В мастере создания профиля сканирования (Scan Profile Wizard) можно 
изменять настройки существующих профилей сканирования.
552 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 698 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
sd'x^rd % « a n  p cbtf w JI t^ 4 ? «
L%- wi«i4l Mith Oit tri a tw'<i tugri in(i> C !h'
I . 4.«i Ыии*';111ГЧ им
t « SllKrt ""tb
f*lca\e vrl«.1 tl>c ihdc »vnK.»i Xiw subiciji.'rfU profile «Japi or. b.iird co
Рисунок 19.4. Мастер создания профиля сканирования  
Возможно редактирование следующих настроек:
Настройки светлопольных профилей
■ Определение расчетной сетки, если сетка является частью профиля.
■ Считывание штрихкодов.
■ Функция OCR (Оптическое распознавание символов).
■ Выбор сканирующего объектива.
■ Настройка интенсивности и длительности вспышки.
■ Параметры серии срезов по оси Z (включая автоматическое 
определение числа срезов и интервала по толщине образца).
■ EDF (увеличенная глубина резкости).
Настройки флуоресцентных профилей
■ Определение расчетной сетки, если сетка является частью профиля.
■ Считывание штрихкодов.
■ Функция OCR (Оптическое распознавание символов).
■ Выбор сканирующего объектива.
■ Включение/отключение каналов.
■ Определение канала сшивки.
■ Настройка времени экспозиции.
■ Настройка значений интенсивности источника света.
■ Параметры серии срезов по оси Z (включая автоматическое 
определение числа срезов и интервала по толщине образца).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке 553


--- стр. 699 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
EDF (увеличенная глубина резкости).
19.1.3.4 Расширенный мастер создания профиля сканирования (онлайновый)
Это онлайновый мастер, таким образом, если кювета со слайдом еще не 
размещена на столике, система извлечет ее из кассеты. Система будет 
непрерывно транслировать живое изображение с соответствующих камер 
(камеры предварительного просмотра / камеры сканирования), перемещая 
при этом слайд в соответствии с командами оператора.
Этот режим важен, если требуется отрегулировать такие настройки, как 
время экспозиции и области интереса, а также метки и области 
предварительного просмотра. Это означает, что вы будете работать с 
реальным стеклянным слайдом. В то же время этот режим может 
занимать много времени, поскольку приходится перемещать реальный 
стеклянный слайд. Если необходимо изменить настройки, которые не 
связаны непосредственно с живым изображением, можно использовать 
автономный расширенный мастер создания профиля (Advanced Profile 
Wizard).
Так как настройки флуоресцентного и светлопольного профилей в этом 
мастере отличаются, их описания приводятся в двух разделах.
thovMmcl « р| > ?  !о tbw' Л pfoflp anri «VP If
the  main confi<juiat»ori poims of piofife on ihl^
p<xjc Stjbsfquimt Kisrd on fhirso
Рисунок 19.5. Расширенный мастер создания профиля сканирования
554 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 700 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.1 Настройки флуоресцентных профилей
19.1.3.4.1.1 Глобальные данные
1 Примечание
Для доступа ко всем функциям и свойствам, описанным в этом разделе, 
необходимо включить режим Show All (Показать все), установив флажок в 
верхнем правом углу левой области инструментов.
В разделе Global Data (Глобальные данные) можно определить 
глобальные настройки профиля сканирования. Глобальные настройки 
автоматически определяют работу мастера и последовательность 
операций.
FL_Cells_TwoCok>rs._BlueGreen_(X)l - test g2xsspf
Fluorescence - Cdh. with Marker detection with two Colors 
Blue and  Green / z-stack
Brightfietd Ruorescence
Automatic
Tissue Marker
Scan cam Preview cam
Channel
Channel
Параметр Описание
Profile Отображает имя выбранного профиля сканирования.
(Профиль) Здесь имя отредактировать нельзя.
Описание Отображает описание профиля сканирования. Имя
профиля содержит ограниченную информацию, здесь 
можно ввести дополнительные данные, выделив 
наиболее важные настройки профиля (например,  
увеличение/настройки серии срезов по оси Z/настройки 
карты фокусировки).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 555


--- стр. 701 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр
Profile Туре (Тип 
профиля)
Tissue Detection 
Mode(Режим 
обнаружения 
тканей)
- Automatic 
(Автоматический)
- interactive 
(Интерактивный)
- Manually 
(Вручную)
TD Recognition 
Туре(Тип 
распознавания 
тканей)
Marker (Маркер)
Tissue (Ткань)
Описание
Здесь можно выбрать либо светлопольный 
(Brightfield), либо флуоресцентный (Fluorescence) тип 
профиля. Если выбран светлопольный профиль, 
настройки контрастной автофокусировки (AF Contrast 
Туре) отображаться не будут.
Здесь выбирается тип обнаружения тканей. 
Пользователю доступны три режима:
В этом режиме система обнаруживает ткани 
автоматически.
Это наиболее используемый режим (наряду с 
Marker (Маркер)), поскольку он не зависит от вида 
образца и его подготовки.
Если запущен пакетный файл, система 
приостанавливает процесс и ожидает ввода данных 
ручного определения областей интереса. Поскольку 
система приостанавливает процесс сканирования до 
завершения обмена данными, эту функцию следует 
использовать очень внимательно.
В этом режиме в следующем шаге мастера можно 
вручную определить область интереса для 
сканирования или расчетную сетку. Выбирайте этот 
режим, только если необходимо выбрать поднабор 
тканей на слайде (в случае если ткань едва заметна), 
система не может достоверно обнаружить образец или 
образец имеет регулярную структуру на слайде.
Если вы используете данную функцию, то на всех 
слайдах профиля определенные области будут 
одинаковыми; таким образом, функция может 
применяться только при фиксированной области 
сканирования (например, мазки Папаниколау).
Функция недоступна, если включен ручной режим 
обнаружения тканей.
Здесь необходимо выбрать между обнаружением 
тканей по пороговым величинам (Tissue) и 
использованием маркера (Marker) для обведения 
образца вручную на лицевой стороне реального 
слайда. В этом случае пороговое значение будет 
использоваться для обнаружения маркера. Все, что 
находится внутри этого маркера, будет отсканировано.
При выборе этого параметра система выполнит 
сканирование просмотра с помощью отдельной 
камеры предварительного просмотра.
556 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 702 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр
AF Contrast Туре 
Coarse & Fine 
(Контрастная 
грубая и точная 
автофокусировка)
Описание
Позволяет определить для опции based on image 
from (на основе изображения с) камеру, с которой 
поступает входное изображение:
■ Preview cam (Камера предварительного 
просмотра)
Создает изображение с помощью камеры 
предварительного просмотра. Этот режим 
создает изображения с низким разрешением, 
специальные методы контрастирования не 
используются.
Рекомендуем использовать этот режим, если 
образец четко виден на слайде (например, при 
очень толстом образце).
■ Scan cam (Камера сканирования)
Создает изображение с помощью камеры 
сканирования и выбранного объектива с 
контрастированием с помощью круговой 
апертуры (RAC).
Рекомендуем использовать этот режим, если 
исследуемый образец едва заметен (т. е. не 
виден невооруженным глазом).
Параметр доступен только для флуоресцентных 
профилей.
Здесь можно определить тип контрастирования, 
который будет использоваться для грубой и точной 
фокусировки.
Channel (Канал)
RAC
Система будет использовать флуоресцентный 
сигнал для выполнения фокусировки.
Наиболее подходит при флуоресцентном 
контрастирующем окрашивании образца (например, 
DAPI). Убедитесь, что флуоресцентный краситель 
равномерно распределен по образцу; это позволит 
системе обнаружить достаточное число сигналов в 
точке фокусировки и обеспечит надежную 
автофокусировку.
Система использует контрастирование с помощью 
круговой апертуры (RAC) для выполнения 
фокусировки.
Рекомендуется при отсутствии флуоресцентного 
контрастирующего окрашивания и (или) крайней 
подверженности флуорофоров к обесцвечиванию.
Он также предпочтителен при визуализации образца 
с помощью метода светлопольного 
контрастирования. Это означает, что при 
использовании данного метода контрастирования 
визуализация распластывания клеток не возможна.
19.1.3.4.1.2 Настройки сканирования этикеток
В разделе Label Scan Settings (Настройки сканирования этикеток) можно 
выбрать параметры захвата области этикетки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 557


--- стр. 703 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Баск ^
Define settings to capture and interpret the label area. 
О  Label Orientation
©  Camera 
О Exposure 
О  White Balance
©  Label Lamp
©  Recognition
Ne.rt V”
Область интереса в области этикетки обозначается красным 
прямоугольником на живом изображении. Вы можете произвольно 
изменять размер и положение фрейма для совмещения с этикеткой 
используемого слайда. Захват области этикетки выполняется с помощью 
отраженного света и отдельной камеры (AxioCam 1С).
Рисунок 19.6. Область этикетки слайда (красный прямоугольник)
558 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 704 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
1 Примечание
Дополнительная регулировка настроек камеры и (или) источников света 
обычно не требуется, поскольку эти заводские настройки по умолчанию 
должны быть оптимальными. По этой причине подробное описание этих 
настроек (Camera (Камера), Exposure (Экспозиция), White Balance 
(Баланс белого) и Label Lamp (Лампа этикетирования)) в данном разделе 
не приводится.
Параметр
Label Orientation
(Ориентация
этикетки)
Recognition
(Распознавание)
Описание
Здесь настраивается выравнивание этикетки на 
слайде.
Изображение этикетки можно поворачивать на 90° по 
часовой стрелке (CW) или использовать исходную 
ориентацию (Original). Выбор параметра Use Barcode 
Orientation (Использовать ориентацию штрихкода) 
подразумевает наличие на слайде стикера со 
штрихкодом. В таком случае программное 
обеспечение определит ориентацию штрихкода и 
применит ее к ориентации области этикетки 
используемого слайда. Для использования этой 
функции необходимо снабдить слайд этикеткой со 
штрихкодом и в разделе Recognition (Распознавание) 
включить опцию Barcode Recognition active 
(Распознавание штрихкода активировано).
Вы также можете изменить ориентацию позднее в 
программном обеспечении во время просмотра 
слайдов. Если на всех слайдах этикетка повернута, 
рекомендуется изменить ориентацию этикеток в этом 
разделе.
Здесь можно проверить распознавание штрихкода или 
символов.
Если нажать на кнопку Test (Проверить), система 
отобразит область интереса с заданной ориентацией и 
выполнит распознавание штрихкода или OCR. 
Результат отобразится в поле Recognized 
(Распознано).
О Recogr.rticn
02021268
Barcode:
Type; Inter 2o5 
Value 02021258 
Ofietttation; Right To Left 
Angle 181302002
О Barcode
'Z  Baicodc Recognition active  
О Barcode types
О Orientation  
О Options
О OCR
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русского языке 559


--- стр. 705 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр
Barcode
(Штрихкод)
OCR
(Оптическое
распознавание
символов)
Описание
Если установлен флажок Barcode Recognition active
(Распознавание штрихкода активировано), система 
распознает штрихкод и сохранит информацию 
штрихкода в виде метаданных в изображении.
Если требуется использовать информацию штрихкода 
в имени изображения, необходимо применить 
автоматическое именование и с помощью ключевого 
слова “RecognizedCode (%N)” сделать штрихкод 
частью имени изображения.
По умолчанию система проверяет все используемые 
типы штрихкодов и все ориентации. Необязательно 
определять особый штрихкод. Если этикетка содержит 
два и более штрихкодов разного типа, рекомендуем 
указывать конкретный тип искомого штрихкода. Для 
активации определенного штрихкода откройте 
расширитель Barcode types (Типы штрихкодов) и 
активируйте только штрихкод, который необходимо 
считать.
Обратите внимание, что функция OCR работает только 
с английским текстом.
Наилучшим образом функция работает с отчетливо 
напечатанными числами и (или) буквами. Рекомендуем 
использовать OCR_A или OCR_B в качестве шрифтов 
для OCR.
Не рекомендуем использовать в тексте нижние 
подчеркивания (_) или специальные символы. Для 
оптимизации качества распознавания можно выбирать 
разные опции, но подойти должен и стандартный 
параметр. Печатный текст должен иметь очень точную 
ориентацию. Наклон текста после выполнения 
ориентации изображения должен быть минимальным.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display 
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются 
в профиле. Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine 
(Кассета).
19.1.3.4.1.3 Настройки сканирования просмотра
Вид и функции пользовательского интерфейса изменяются в зависимости 
от настроек раздела Global Data (Глобальные данные). В следующих двух 
разделах описываются две наиболее часто используемые настройки 
сканирования просмотра (Preview Scan Settings) с использованием 
объектива (предварительного сканирования) или камеры 
предварительного просмотра(предпросмотра).
560 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 706 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.1.3.1 Сканирование просмотра с использованием объектива  
(предварительного сканирования)
Back Хч
Define settings to rapture the specifnen area.
First draw the region of interest under the preview cam and 
afterwards define the settings of the prescan.
Set up region of Interest Set up presoan
О Camera
О Exposure  
О White Balance
О Preview Lamp
Next •V
Необходимые предварительные условия
■ В шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue Detection 
Mode (Режим обнаружения тканей) должен быть включен либо 
параметр Automatic (Автоматический), либо Interactive 
(Интерактивный).
■ В разделе Tissue Recognition Type (Тип распознавания ткани) должны 
быть активированы параметры Tissue (Ткань) и Scan cam (Камера 
сканирования) опции based on image from (на основе изображения с).
С помо1цью этих настроек система выполнит сканирование просмотра с 
использованием сканирую1цего объектива (известного как объектив 
предварительного просмотра), а также выполнит грубую фокусировку. 
Пользователю доступны следующие параметры:
Параметр
Set up region 
of interest 
(Настройка 
области 
интереса)
Set up prescan 
(Настройка 
предваритель 
ного
сканирования
Описание
После нажатия на эту кнопку вы можете использовать 
центральную область экрана для настройки области 
предварительного сканирования, изменяя позицию и 
размер красного фрейма области предварительного 
сканирования. Так как предварительное сканирование 
занимает намного больше времени, чем предпросмотр, 
рекомендуем выбрать сравнительно небольшие области.
Позволяет настроить метод сканирования области 
интереса с помощью функции предварительного 
сканирования.
Можно выбрать либо RAC, либо флуоресценцию (канал). 
Эти настройки зависят от настроек грубой фокусировки 
(Coarse Focus) в разделе Global Data (Глобальные 
данные). Если для грубой фокусировки задан параметр 
RAC, предварительное сканирование выполняется с 
использованием метода RAC; если задан параметр 
Channel (Канал), предварительное сканирование 
выполняется с использованием флуоресцентного 
сигнала.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке 561


--- стр. 707 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр
Настройки
камеры
(Camera
(Камера),
Exposure
(Экспозиция),
White Balance
(Баланс
белого))
Preview lamp
(Лампа
просмотра)
Описание
Этот принцип основан на связи предварительного 
сканирования с грубой фокусировкой. Для выполнения 
сфокусированного предварительного сканирования 
системе необходима автофокусировка. Поскольку 
автофокусировка уже выполнена с помощью 
предварительного сканирования, то нет необходимости 
выполнять следующие шаги по грубой фокусировке. По 
этой причине грубая фокусировка будет отключена в 
настройках карты фокусировки (Focus Мар Settings), 
если включено предварительное сканирование.
Здесь задаются параметры получения изображения 
для предварительного сканирования и настройки серии 
срезов по оси Z (для автофокусировки). Поскольку 
процесс создания параметров получения изображений 
аналогичен процессу установки настроек фокусировки, 
для получения более подробной информации см. 
раздел настроек фокусировки.
Здесь можно регулировать настройки камеры и 
освещения. Однако мы не рекомендуем изменять эти 
параметры, чтобы гарантировать получение 
воспроизводимых результатов. Настройки камеры 
описываются в соответствующих разделах 
интерактивной справки ZEN. Изменить камеру 
просмотра нельзя, потому что это постоянный 
параметр.
Здесь можно отрегулировать интенсивность лампы 
просмотра для области образца (проходящий свет). 
Настоятельно рекомендуем не изменять установленное 
значение.
19.1.3.4.1.3.2 Сканирование просмотра с камерой просмотра
Необходимые предварительные условия
562 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 708 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
■ В шаге 1  Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue Detection 
Mode (Режим обнаружения тканей) должен быть включен либо 
параметр Automatic (Автоматический), либо Interactive 
(Интерактивный).
■ В разделе Tissue Recognition Type (Тип распознавания ткани) следует 
нажать на кнопки Tissue (Ткань) и Preview cam (Камера просмотра) 
опции based on image from (на основе изображения с).
Или:
■ В шаге 1  Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue Detection 
Mode (Режим обнаружения тканей) должен быть включен параметр 
Manually (Вручную).
■ В разделе Tissue Recognition Type (Тип распознавания ткани) следует 
нажать на кнопку Marker (Маркер).
Во всех случаях система выполняет предварительный просмотр с
помощью отдельной камеры просмотра и создает изображение просмотра
(предварительного просмотра) посредством моментального снимка.
Параметр
Camera
(Камера),
Exposure
(Экспозиция),
White Balance
(Баланс
белого)
Preview lamp
(Лампа
просмотра)
Описание
Здесь можно регулировать настройки камеры и 
освещения. Однако мы не рекомендуем изменять эти 
параметры, чтобы гарантировать получение 
воспроизводимых результатов. Так как элементы 
управления аналогичны стандартным элементам 
управления ZEN, более подробно см. соответствующие 
разделы интерактивной справки ZEN. Изменить камеру 
просмотра (опция Camera) нельзя, так как это 
постоянный параметр.
Здесь можно отрегулировать интенсивность лампы 
просмотра для области образца (проходящий свет). 
Настоятельно рекомендуем не изменять установленное 
значение.
19.1.3.4.1.4 Настройки обнаружения тканей
Вид настроек обнаружения тканей (Tissue Detection Settings) зависит от 
настроек, сделанных в первом шаге мастера в разделе Global Data 
(Глобальные данные). В следующих разделах описываются четыре 
возможных варианта настроек.
1 Примечание
Вы можете реализовать собственный алгоритм обнаружения тканей и 
интегрировать его в рабочий процесс, более подробно см. раздел 
Реализация собственного алгоритма обнаружения тканей  [►  505].
19.1.3.4.1.4.1 Вариант А. Автоматический режим / На основе порогового значения
Необходимые предварительные условия ■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные
данные) в разделе Tissue Detection Mode (Режим обнаружения тканей) 
вы выбрали опцию Automatic (Автоматически), а
■ в разделе TD Recognition Туре (Тип распознавания ткани) нажали 
кнопку Tissue (Ткань), настройки обнаружения тканей имеют 
следующий вид:
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 563


--- стр. 709 ---
19 Приложения и компоненты |  19.1 Slidescan
Back /Ч
Define settings to detect the region to be scanned within the 
specimen area.
Automatic 
Threshold based 
Test Live update
>/ Automatic
3.25
10 .....1
I-',- i i .-T .f:,T 2.5 ______ 1
8 1
■О
Right Left Top Bottom 
Sort
Область интереса для обнаружения тканей  
•
1 Примечание
Если вы создали собственные области, убедитесь, что они содержат 
ткани. Пустая область может привести к созданию неточной карты 
фокусировки, так как программное обеспечение будет использовать всю 
начерченную область для создания стратегии распределения точек 
фокусировки.
564 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 710 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Красный прямоугольник на живом изображении в центральной области 
экрана представляет собой область интереса для обнаружения тканей. 
Сканируются только области, находящиеся внутри области интереса. 
Остальные области, расположенные вне области интереса и (или) 
соприкасающиеся с ней, игнорируются. Чтобы изменить размер области 
интереса, необходимо скорректировать размер красного прямоугольника. 
•
1 Примечание
Если два или несколько объектов расположены очень близко друг к другу 
и поэтому выглядят как один объект, возможно, имеет смысл разделить 
эти объекты с помощью функции Split (Разделение), доступной в 
контекстном меню после нажатия правой кнопкой мыши.
Если нажать на кнопку Test (Тест), программное обеспечение выполнит 
введенные параметры и отобразит результаты в средней области окна. 
Обнаруженные объекты (каждый объект — это единичная сцена) будут 
обозначены зеленой границей.
Все объекты перечислены во вкладке Graphics (Графические элементы). 
Вы можете удалять объекты и добавлять новые. Однако результат будет 
действителен только для данного слайда.
Чтобы активировать непрерывное обновление данных, установите флажок 
Live update (Автоматическое обновление). Обратите внимание, что после 
изменения параметра обновление может занять несколько секунд. Ниже 
приведено описание основных параметров этого шага:
Параметр
Mode & Method 
(Режим и 
метод)
Region dilation 
size (Величина 
расширения 
области)
Описание
Здесь отображается режим и метод обнаружения 
тканей, выбранные в разделе Global Data (Глобальные 
данные).
Здесь можно ввести расстояние от обнаруженной ткани 
до обрамляющей ее границы.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 565


--- стр. 711 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
Параметр
Specimen
(Образец)
Min region size  
(Мин. размер 
области)
Air border dilate
(Величина
расширения
воздушной
границы)
Over the peak 
factor (Над пик- 
фактором)
Max elongation
(Макс.
удлинение)
Описание
Здесь пороговые величины определяют верхнюю и 
нижнюю границы образца. Чтобы перемещать границы 
вверх и вниз, щелкните по одной из них и нажмите 
правую кнопку мыши. Если режим Live update 
(Автоматическое обновление) включен, результат 
будет отображаться с определенной задержкой слева 
от центра экрана. Верхняя граница (правая сторона) — 
это граница светлых красителей, а нижняя граница 
(левая сторона) — это граница влияния на темные 
красители. Таким образом, при перемещении правой 
стороны вправо выделяются светлые красители. При 
леремещении левой стороны влево выделяются 
темные красители.
Здесь можно ввести минимальный размер области 
сканирования. Система не будет обнаруживать 
области, если они меньше установленного значения.
Воздушная граница — это граница вокруг реального 
стеклянного слайда, т. е. пространство за пределами 
стеклянного слайда, ограниченное красным фреймом. 
Это значение определяет степень расширения 
воздушной границы. Все, что находится внутри этой 
расширенной воздушной границы, не будет распознано 
как ткань/маркер. Этот параметр гарантирует, что края 
слайда и покровного стекла не будут определены как 
области, подлежащие сканированию.
Этот параметр отображается, только если установлен 
флажок Automatic (Автоматически).
Он определяет расстояние между пиком стеклянного 
слайда и верхним пороговым значением для 
обнаружения образца. Таким образом, если установлен 
флажок Automatic (Автоматически), верхнее значение 
будет определено автоматически.
Эта настройка важна при удалении краев покровного 
стекла. Края покровного стекла представляют собой 
структуры с большим коэффициентом отношения 
длинной стороны к короткой. Это означает, что любая 
структура, у которой соотношение длинной стороны к 
короткой превышает установленное значение, будет 
исключена.
Reset (Сброс) Возвращает настройки к значениям по умолчанию.
Задав соответствующие настройки, вы можете сохранить их нажатием на 
кнопку New (Новый) в Options (Опции) раздела Settings (Настройки). Вы 
можете использовать сохраненные настройки в другом профиле, выбрав 
соответствующий элемент выпадающего списка. Необязательно сохранять 
эти настройки отдельно, так как они сохраняются в профиле. Их 
необходимо сохранять только в том случае, если они будут 
использоваться в другом профиле.
566 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 712 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Порядок сортировки в разделе Sort Order (Порядок сортировки) вы можете выбрать схему 
сортировки (нумерации) обнаруженных объектов (областей/сцен). 
Чтобы применить выбранную схему, нажмите на кнопку Sort 
(Сортировать). Для выбора доступны восемь разных схем. Первый 
элемент списка (например, Left Right (Слева направо)) осуществляет 
сортировку по первой схеме, второй элемент списка (например, Тор 
Bottom (Сверху вниз)) — по второй схеме.
Пример 1. Слева направо / сверху вниз
Первая схема сортировки — слева направо (красная стрелка), вторая 
схема сортировки — сверху вниз (зеленая стрелка):
Пример 2.
Ш Ш  C S I
Сверху вниз / слева направо
Первая схема сортировки — сверху вниз (красная стрелка), вторая схема 
сортировки — слева направо (зеленая стрелка):
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 567


--- стр. 713 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
*5^
о ФО
в ® ® О 
ООО
19.1.3.4.1.4.2 Вариант В. Автоматический режим / Распознавание маркера
Необходимые предварительные условия
■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue  
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию 
Automatic (Автоматически), а
■ в разделе TD Recognition Туре (Тип распознавания ткани) нажали на 
кнопку Marker (Маркер), настройки обнаружения тканей будут иметь 
следующий вид:
568 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 714 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
В зек ич
Define settings to detect the region to be scanned within the
specimen area.
Automatic
Marker recognition
V  Live update
Automatic
•o
Reset
Right left Top Bottom
Настройки ограничиваются пороговой величиной маркера (сопоставимой с 
пороговой величиной ткани, описанной выше). Единственным 
дополнительным регулируемым параметром является минимальный 
размер области (Min region size), чья функция аналогична описанной в 
варианте А.
Обратите внимание, что параметр создания порядка сортировки (Sort 
Order) и кнопка Sort (Сортировать) имеют одинаковую функцию, 
описанную в варианте А.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 569


--- стр. 715 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
1 Примечание
Если вы используете маркер на реальном стеклянном слайде, убедитесь, 
что выделенные области содержат образцы. Пустая область может 
привести к созданию неточной карты фокусировки, так как программное 
обеспечение будет использовать всю отмеченную область для создания 
стратегии распределения точек фокусировки.
19.1.3.4.1.4.3 Вариант С. Ручной режим / Создание графических элементов  
Необходимые предварительные условия
■ Если в шаге 1  Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue  
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию 
Manually (Вручную), настройки обнаружения тканей будут иметь 
следующий вид:
л '1  *
Back /S
Define settings to detect the region to be scanned within the
specimen area.
Manually
draw graphics use grid definition
Right Left top Bottom ▼
Создание областей обнаружения тканей вручную
Выбрав опцию draw graphics (создать графические элементы), вы можете 
вручную создавать области внутри области интереса. Для создания 
областей вы можете использовать инструменты вкладки Graphics  
(Графические элементы) в опциях общего вида центральной области  
экрана. Создание областей в целом аналогично аннотированию 
изображений в ПО ZEN. Созданные области сохраняются и используются 
на протяжении всего времени применения профиля, следовательно, эта 
опция может использоваться только при точном определении областей на 
слайде (например, мазки Папаниколау).
Обратите внимание, что параметр создания порядка сортировки (Sort 
Order) и кнопка Sort (Сортировать) имеют одинаковую функцию, 
описанную в варианте А.
570 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 716 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
*
1 Примечание
Если требуется выделить едва заметный образец, для изменения 
настроек отображения (в частности, посредством корректировки кривой 
гамма-распределения) можно воспользоваться кривой отображения 
(Display curve) что позволит увидеть даже неокрашенный образец 
приемлемой толщины.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display 
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются 
в профиле. Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine 
(Кассета), а также на отображение области образца в окне Magazine 
(Кассета).
19.1.3.4.1.4.4 Вариант D. Ручной режим / Определение расчетной сетки 
Необходимые предварительные условия
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 571


--- стр. 717 ---
19 Приложения и компоненты |  19.1 Slidescan
Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue  
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию 
Manually (Вручную), настройки обнаружения тканей будут иметь 
следующий вид:
Выбрав опцию use grid definition (использовать определение расчетной 
сетки), вы можете определить ее с помощью прямоугольников или 
окружностей обычного шаблона опции Element Types (Типы элементов). 
Контрольной точкой для данной сетки является верхний правый угол 
области образца (красный прямоугольник). По ней вы можете определить 
смещение от верхнего левого угла по оси X (А) и Y (В) в мм, а также шаг 
сетки по оси X (С) и Y (D).
На основе выбранной геометрической формы (окружность или 
прямоугольник) вы можете определить радиус или размеры по оси X (F) и 
по оси Y (Е). Число элементов по оси X (в этом примере: 6) и по оси Y 
(в этом примере: 3) определяет количество элементов.
572 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 718 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.1.5
Сетка создается с помощью кнопки Create (Создать). Сетка отобразится 
поверх изображения. Ручная настройка сетки может быть выполнена 
таким же способом, что и настройка стандартных графических элементов 
в ПО ZEN.
Обратите внимание, что параметр создания порядка сортировки (Sort 
Order) и кнопка Sort (Сортировать) имеют одинаковую функцию, 
описанную в варианте А.
Настройка карты фокусировки
Г . , , , Ч  . г 4...:. ....
Влек /N.
[)efine settings for the creation of tfie fine and coarse focus map.
Coarse Fine
О Camera  
О Exposure  
О Post Processing  
О Objective  
О Focus
Use adaptive focu.s point distribution  
О Focu.'; point distribution strategy set
О Sharpness measure set
Соответствующие настройки карты фокусировки (Focus Map Settings) 
важны для достижения хорошего качества фокусировки по всей площади 
образца. Карта фокусировки создается в два этапа:
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 573


--- стр. 719 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
■  С помощью объектива с малым увеличением создается карта грубой 
фокусировки. Для карты грубой фокусировки требуется всего несколько 
точек фокусировки. Для выполнения грубой фокусировки рекомендуем 
использовать объектив Fluar с увеличением 5х, поскольку смещение 
между объективом 5х и сканирующим объективом (главным 
образом 20х) минимально.
■ С помощью объектива с большим увеличением (обычно сканирующего 
объектива) создается карта точной фокусировки. В этом случае 
требуется больше точек фокусировки, число которых обычно 
определяется плотностью. Карта точной фокусировки составляется на 
основе карты грубой фокусировки.
Фокусировка не является традиционной автофокусировкой, которая 
должна точно достичь самой резкой Z-величины. Система получит серию 
срезов по оси Z (определяемую в следующем шаге) и рассчитает кривую 
по значению фокусирования (например, значению контраста). Эта кривая 
используется для определения пикового значения. Это позволяет охватить 
большой диапазон с сохранением быстрой фокусировки.
Если профиль сконфигурирован так, что включает в себя предварительное 
сканирование (сканирование с объективом), то грубая фокусировка  
(Coarse focus) отключается, поскольку она выполняется во время 
предварительного сканирования области интереса.
Так как настройки вкладок Camera (Камера), Exposure (Экспозиция), Post 
Processing (Постобработка), Objective (Объектив) и Focus (Фокусировка) 
описываются в соответствующих разделах интерактивной справки ПО ZEN, 
далее будут описаны только специальные настройки ZEN slidescan.
Также рекомендуем ознакомиться с нижеуказанными разделами с 
подробными инструкциями по настройкам фокусировки:
Регулировка настроек карты грубой фокусировки (FL)  [►  517].
Регулировка настроек карты точной фокусировки (FL)  [►  522].
19.1.3.4.1.5.1 Набор измерения резкости  
Параметр Описание
Basic
(Базовый)
Best
(Наилучший)
Автофокусировка осуществляется на основе контраста, 
поэтому алгоритм ориентирован на наивысшее 
значение контраста в серии срезов по оси Z. Это 
простая, но быстрая автофокусировка.
Автофокусировка также осуществляется на основе 
контраста, поэтому алгоритм ориентирован на 
наивысшее значение контраста в серии срезов по оси 
Z. Данный тип фокусировки несколько медленнее, чем 
Basic (Базовый), но точнее для определенных 
образцов. Обратите внимание, что Best (Наилучший) не 
всегда означает, что этот алгоритм лучше, чем Basic 
(Базовый), поскольку зависит от вида ткани/образца.
574 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 720 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
Параметр
FFT
HG 2'^г
Contrast Power  
(Степень
контрастирования)
Описание
Эта настройка автофокусировки использует 
алгоритм преобразования Фурье, определяющий 
наилучшее значение фокусировки. Этот алгоритм 
медленнее остальных алгоритмов и должен 
использоваться только в случаях контрастирования 
с помощью круговой апертуры. Он не подходит для 
стандартного светлопольного контрастирования или 
флуоресценции, так как выполняет поиск двух 
контрастных пиков и локального минимума между 
ними.
Это усовершенствованный алгоритм по сравнению с 
Basic (Базовый) и Best (Наилучший). Этот алгоритм 
в меньшей степени ориентирован на большие 
окрашенные структуры и в большей — на малые 
локальные структуры, а значит, данный алгоритм, 
например, больше фокусируется на ядрах, чем на 
неокрашенных структурах (например, красители, 
используемые в иммуногистохимии).
С учетом текущего состояния оценки это означает, 
что HG2^8 подойдет для автофокусировки, когда 
необходимо сконцентрироваться на ядрах.
Недостаток: увеличивается масса загрязнений,  
из-за чего данный алгоритм следует  
использовать только для точной, а не грубой  
фокусировки.
Этот алгоритм сопоставим с алгоритмом HG 2^8.
19.1.3.4.1.5.2 Набор стратегий распределения точек фокусировки  
1 Примечание
Набор стратегий распределения точек фокусировки применяется к каждой 
сцене, т. е. как отдельный обнаруженный объект в каждой сцене. Если 
выбрать шесть фиксированных точек для грубой фокусировки, 
программное обеспечение создаст в каждой сцене шесть фокусных точек.
Некоторые наборы стратегий распределения точек фокусировки
снабжены дополнительной кнопкой-флажком Prefer border (Предпочитать 
границу). Если установить этот флажок, система разместит больше точек 
фокусировки на границе обнаруженного образца. Это целесообразно в том 
случае, если граница образца имеет по сравнению с остальными частями 
объекта близкие фокусные значения.
Если настройка Density (Плотность) является частью набора стратегий  
распределения точек фокусировки, эта величина определяет 
процентное соотношение сгенерированных точек фокусировки и общего 
числа мозаик объекта (например, если объект состоит из 2 000 мозаик и 
этот параметр установлен на 0,1 (= 10%), система сгенерирует 200 
фокусных точек). Поскольку для больших объектов создается особенно 
много фокусных точек (обратите внимание, большое количество фокусных 
точек не всегда автоматически обеспечивает высокое качество 
фокусировки), мы рекомендуем определить максимальное количество 
фокусных точек (макс, число).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 575


--- стр. 721 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
Если вы используете автоматическое обнаружение тканей и определяете 
величину расширения границы, система вычтет величину расширения до 
распределения фокусных точек, исключив тем самым размещение 
фокусных точек в зоне расширения. Это применимо только к 
автоматическому обнаружению тканей.
Чтобы гарантировать размещение фокусных точек внутри ткани, система 
отодвинет фокусные точки от границы на определенное число видимых 
зон. Это значение корректируется в меню Tools |  Options ... |  Acquisition | 
Axio Scan |  Minimum Margin of focus point distribution in tile(s)  
(Инструменты | Опции | вкладка Получение изображений | расширитель 
Axio Scan I Минимальный предел при распределении точек фокусировки в 
мозаиках). Значение по умолчанию — 1. Это обеспечивает очень хорошие 
результаты при использовании разнообразных образцов. Обратите 
внимание, что в программном обеспечении ZEN 2012 slidescan и ZEN 2012 
slidescan SP2 значением по умолчанию являлось «2» (и постоянным 
неотображаемым параметром).
Параметр
Onion skin  
(Кожица лука)
Описание
Это схема плотности фокусировки. Результирующие 
фокусные точки отображаются в виде слоев кожицы 
лука, при этом обеспечивается равномерное 
распределение, а также достаточное количество 
фокусных точек особенно на границе. Это стандартная 
настройка карты точной фокусировки. Этот параметр 
представляет собой плотность со стандартной 
настройкой 0,1. Это означает, что 10% от общего числа 
видимых зон используются в качестве точек фокусировки 
для расчета фокальной поверхности. При использовании 
больших образцов это число может значительно 
увеличиться, но большое количество фокусных точек не 
всегда автоматически гарантирует качественный расчет 
фокальной поверхности. По этой причине пользователь 
также может определить максимальное число фокусных 
точек. Обычно это число находится в диапазоне от 24 до 
36 точек. Эта стратегия распределения точек 
фокусировки рекомендуется для средне- и 
большеразмерных объектов.
Пример (плотность: 0,1; макс, число: 24):
Every Nth tile Система разместит расчетную сетку поверх образца с 
(Каждая п-я указанным расстоянием (N) между двумя фокусными
мозаика) точками в полях обзора камеры по оси X и оси Y.
576 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 722 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Это четко определенный метод создания фокусных 
точек. При создании большего количества фокусных 
точек потребуется больше времени на создание карты 
фокусировки. Эта стратегия распределения точек 
фокусировки рекомендуется для объектов средних и 
малых размеров.
Пример: (каждая 5-я мозаика):
Every tile
(Каждая
мозаика)
Number of focus  
points (Число  
фокусных  
точек)
Density
(Плотность)
Система будет фокусироваться на каждой мозаике. 
Занимает исключительно много времени при обработке 
сканов с большим увеличением и (или) больших 
образцов, однако, обеспечивает наилучшие результаты 
для крайне неровных образцов.
Здесь пользователь указывает постоянное число 
фокусных точек на объект (сцену). Настройка по 
умолчанию для грубой фокусировки составляет шесть 
фокусных точек на сцену.
Пример (п = 24):
Плотность схожа с плотностью «кожицы лука», разница 
состоит в том, что структура не распределяется 
аналогично слоям кожицы лука. Распределение по 
образцу/сцене более равномерно. Эта настройка также 
может использоваться для
Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке 577


--- стр. 723 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
определения максимального числа фокусных точек. 
Создание этой карты фокусировки — случайное (как 
видно из примера), поэтому схема Onion skin (Кожица 
лука) предпочтительнее, чем Density (Плотность).
Пример (плотность: 0,1; макс, число: 24):
Grid cell size 
(Размер ячеек 
расчетной 
сетки)
Center of 
Gravity (Центр 
тяжести)
Чтобы разместить фокусные точки на фокальной 
поверхности, данная настройка устанавливает 
фиксированную расчетную сетку над образцом. 
Единица измерения - мкм. Эта настройка не зависит от 
текущего размера фрейма/датчика используемой 
камеры. Если требуется использовать настройку, 
которая опирается на размер кристалла камеры, 
используйте схему Every Nth tile (Каждая n-я мозаика).
Пример (1000 мкм 1000 мкм):
Система помещает одну фокусную точку в каждую 
сцену / объект. Позицией этой фокусной точки является 
центр тяжести, таким образом, на весь объект 
приходится только одна фокусная точка. Это полезная 
настройка для малоразмерных объектов (например, 
тканевых микропанелей). Обратите внимание, что у 
определенных структур (например, в форме 
полумесяца) центр тяжести может находиться за 
пределами ткани, следовательно, система не имеет 
точки фокусировки. В таких случаях
578 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 724 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
опции Number of focus points (Число фокусных точек) 
задайте значение «1». Центр тяжести — допустимый 
параметр (например, для тканевых микропанелей 
(Tissue Micro Arrays)) для размещения только одной 
фокусной точки в каждом ядре.
19.1.3.4.1.6 Настройки сканирования
Back /ч
Define settings how to scan the specimen (scan region).
Find Focus
Smart Setup
О Light Path Settings 
О Acquisition Mode
О Channels
О Focus
О Z Stack Configuration
О Online Processing
В этом шаге мастера можно регулировать настройки сканирования 
(Scan Settings). Как регулировать настройки сканирования, написано в 
разделе «Настройка параметров сканирования для флуоресцентных  
профилей»  [►  528].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 579


--- стр. 725 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
19.1.3.4.2 Настройки светлопольных профилей
19.1.3.4.2.1 Глобальные данные
Здесь можно задать глобальные настройки. Глобальные настройки 
автоматически определяют работу мастера и последовательность 
операций.
Параметр
Profile
(Профиль)
Описание
Profile Туре 
(Тип профиля)
Tissue Detection  
Mode (Режим 
обнаружения 
тканей)
Описание
Отображает имя выбранного профиля сканирования. 
Здесь имя отредактировать нельзя.
Отображает описание профиля сканирования. Имя 
профиля содержит ограниченную информацию, здесь 
можно ввести дополнительные данные, выделив 
наиболее важные настройки профиля (например, 
увеличение/настройки серии срезов по оси 
Z/настройки карты фокусировки).
Здесь можно выбрать либо светлопольный  
(Brightfield), либо флуоресцентный (Fluorescence) тип 
профиля. Если выбран светлопольный профиль, 
настройки контрастной автофокусировки (AF Contrast 
Туре) отображаться не будут.
Здесь выбирается тип обнаружения тканей. 
Пользователю доступны три режима;
- Automatic 
(Автоматический)
В этом режиме система обнаруживает ткани 
автоматически. Это наиболее используемый режим 
(наряду с Tissue (Ткань)), поскольку он не зависит от 
вида образца и его подготовки.
580 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 726 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр
- Interactive 
(Интерактивный)
- Manually 
(Вручную)
TD Recognition  
Туре (Тип 
распознавания  
тканей)
- Marker 
(Маркер)
Tissue (Ткань)
Описание
Если запущен пакетный файл, система 
приостанавливает процесс и ожидает ввода данных 
ручного определения областей интереса. Поскольку 
система приостанавливает процесс сканирования до 
завершения обмена данными, эту функцию следует 
использовать очень внимательно.
В этом режиме, в следующем шаге мастера, можно 
вручную определить область интереса для 
сканирования или расчетную сетку. Выбирайте этот 
режим, только если необходимо выбрать поднабор 
тканей на слайде (в случае если ткань едва заметна), 
система не может достоверно обнаружить образец или 
образец имеет регулярную структуру на слайде.
Если вы используете данную функцию, то на всех 
слайдах профиля определенные области будут 
одинаковыми; таким образом, функция может 
применяться только при фиксированной области 
сканирования (например, мазки Папаниколау).
Функция недоступна, если включен ручной режим 
обнаружения тканей.
В обоих случаях система выполнит сканирование 
просмотра с помощью отдельной камеры 
предварительного просмотра.
Используется для обведения образца вручную на 
лицевой стороне реального слайда. В этом случае 
пороговое значение будет использоваться для 
обнаружения маркера. Все, что находится внутри этого 
маркера, будет отсканировано.
Обнаружение тканей осуществляется по пороговым 
величинам.
19.1.3.4.2.2 Настройки сканирования этикеток
В разделе Label Scan Settings (Настройки сканирования этикеток) можно 
выбрать параметры захвата области этикетки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 581


--- стр. 727 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Баск УЧ,
Define bettings to capture and interpret the fabel area.
О Label Orientation
О Camera
45 Eiposure  
О White Balance
О Label Lamp
45 Recognition
Next V'
Область интереса в области этикетки обозначается красным 
прямоугольником на живом изображении. Вы можете произвольно 
изменять размер и положение фрейма для совмещения с этикеткой 
используемого слайда. Захват области этикетки выполняется с помощью 
отраженного света и отдельной камеры (AxioCam 1C).
Рисунок 19.7. Область этикетки слайда (красный прямоугольник)
582 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 728 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
1 Примечание
Дополнительная регулировка настроек камеры и (или) источников света 
обычно не требуется, поскольку эти заводские настройки по умолчанию 
должны быть оптимальными. По этой причине подробное описание этих 
настроек (Camera (Камера), Exposure (Экспозиция), White Balance 
(Баланс белого) и Label Lamp (Лампа этикетирования)) в данном разделе 
не приводится.
Параметр
Label Orientation
(Ориентация
этикетки)
Recognition
(Распознавание)
Описание
Здесь настраивается выравнивание этикетки на 
слайде.
Изображение этикетки можно поворачивать на 90° по 
часовой стрелке (CW) или использовать исходную 
ориентацию (Original). Выбор параметра Use Barcode  
Orientation (Использовать ориентацию штрихкода) 
подразумевает наличие на слайде стикера со 
штрихкодом. В таком случае программное 
обеспечение определит ориентацию штрихкода и 
применит ее к ориентации области этикетки 
используемого слайда. Для использования этой 
функции необходимо снабдить слайд этикеткой со 
штрихкодом и в разделе Recognition (Распознавание) 
включить опцию Barcode Recognition active  
(Распознавание штрихкода активировано).
Вы также можете изменить ориентацию позднее в 
программном обеспечении во время просмотра 
слайдов. Если на всех слайдах этикетка повернута, 
рекомендуется изменить ориентацию этикеток в этом 
разделе.
Здесь можно проверить распознавание штрихкода или 
символов.
Если нажать на кнопку Test (Проверить), система 
отобразит область интереса с заданной ориентацией и 
выполнит распознавание штрихкода или OCR. 
Результат отобразится в поле Recognized  
(Распознано).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ( Ред. 1.0 на русском языке 583


--- стр. 729 ---
19 Приложения и компоненты |  19.1 Slidescan
Параметр
Barcode
(Штрихкод)
OCR
(Оптическое
распознавание
символов)
Описание
Если установлен флажок Barcode Recognition active
(Распознавание штрихкода активировано), система 
распознает штрихкод и сохранит информацию 
штрихкода в виде метаданных в изображении.
Если требуется использовать информацию штрихкода 
в имени изображения, необходимо применить 
автоматическое именование и с помощью ключевого 
слова “RecognizedCode (%N)” сделать штрихкод 
частью имени изображения.
По умолчанию система проверяет все используемые 
типы штрихкодов и все ориентации. Необязательно 
определять особый штрихкод. Если этикетка содержит 
два и более штрихкодов разного типа, рекомендуем 
указывать конкретный тип искомого штрихкода. Для 
активации определенного штрихкода откройте 
расширитель Barcode types (Типы штрихкодов) и 
активируйте только штрихкод, который необходимо 
считать.
Обратите внимание, что функция OCR работает только 
с английским текстом.
Наилучшим образом функция работает с отчетливо 
напечатанными числами и (или) буквами. Рекомендуем 
использовать OCR_A или OCR_B в качестве шрифтов 
для OCR.
Не рекомендуем использовать в тексте нижние 
подчеркивания (_) или специальные символы. Для 
оптимизации качества распознавания можно выбирать 
разные опции, но подойти должен и стандартный 
параметр. Печатный текст должен иметь очень точную 
ориентацию. Наклон текста после выполнения 
ориентации изображения должен быть минимальным.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display 
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются 
в профиле. Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine 
(Кассета).
584 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 730 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.2.3 Настройки сканирования просмотра
Во всех случаях система выполняет предварительный просмотр с 
помощью отдельной камеры просмотра и создает изображение просмотра 
с помощью моментального снимка.
Параметр
Camera
(Камера),
Exposure
(Экспозиция),
White Balance
(Баланс
белого)
Preview lamp
(лампа
просмотра)
Описание
Здесь можно регулировать настройки камеры и 
освещения. Однако мы не рекомендуем изменять эти 
параметры, чтобы гарантировать получение 
воспроизводимых результатов. Так как элементы 
управления аналогичны стандартным элементам 
управления ZEN, более подробно см. соответствующие 
разделы интерактивной справки ПО ZEN 2.3 (blue) / 
инструмент Camera (Камера). Изменить камеру 
просмотра (опция Camera) нельзя, так как это 
постоянный параметр. См. также приведенную ниже 
информацию об оптимальной настройке времени 
экспозиции.
Здесь можно отрегулировать интенсивность лампы 
просмотра для области образца (проходящий свет). 
Однако менять эту величину не следует, она должна 
равняться 100%.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 585


--- стр. 731 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
1 Примечание
Избегайте любого переэкспонирования изображения (особенно за 
пределами слайда). Переэкспонированное изображение может привести к 
недостаточной коррекции равномерности освещения. То же самое 
относится и к слишком тусклым изображениям: здесь переэкспонирование 
также может привести к недостаточной коррекции равномерности 
освещения. Во избежание этого установите флажок для наблюдения за 
переэкспонированием (опция Range Indicator (Индикатор экспонирования) 
в нижней части окна во вкладке Dimensions). Регулируйте время 
экспозиции камеры (расширитель Exposure (Экспозиция) и настройка 
Time (Время)), пока не увидите первые красные пиксели, указывающие на 
переэкспонирование, теперь постепенно уменьшайте время экспозиции на 
1 мс до исчезновения красных пикселей. Как только исчезнут красные 
пиксели, уменьшите время экспозиции еще на 1  мс, чтобы гарантировать 
отсутствие переэкспонирования.
Примечания по настройке области интереса для изображения  
просмотра
Важной и необходимой настройкой является определение области 
интереса (ROI) для изображения предварительного просмотра образца. 
Система сфотографирует и выполнит захват этой области интереса, после 
чего применит к ней функцию обнаружения тканей (в случае выбора 
таковой). Она включает в себя сохраненное и сканированное изображения, 
а также изображение области этикетки.
Область интереса корректируется в средней части центральной области  
экрана с помощью красного прямоугольника:
Красный прямоугольник корректируется с помощью фрейма.
586 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 733 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.2.4 Настройка карты фокусировки
Bark ич
Define settings for the creation of the fine and coarse foms nvap.
О Camera
О Exposure
© Post ProcessifXj
0  Wfiite Balance
О Objective
© Foots
Coarse
J  Use adaptive focus point distribution  
О Foois point distribution strategy set
Support Poirot Oistnbytsen Strategy 
Number of points
Patametef
О Sharpness measure set
Соответствующие настройки карты фокусировки (Focus Map Settings) 
важны для достижения хорошего качества фокусировки по всей площади 
образца. Карта фокусировки создается в два этапа:
588 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 734 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
19.1.3.4.2.4.1
■  С помощью объектива с малым увеличением создается карта грубой 
фокусировки. Для карты грубой фокусировки требуется всего несколько 
точек фокусировки. Для выполнения грубой фокусировки рекомендуем 
использовать объектив Fluor с увеличением 5х, поскольку смещение 
между объективом 5х и сканирующим объективом (главным 
образом 20х) минимально.
■ С помощью объектива с большим увеличением (обычно сканирующего 
объектива) создается карта точной фокусировки. В этом случае 
требуется больше точек фокусировки, число которых обычно 
определяется плотностью. Карта точной фокусировки составляется на 
основе карты грубой фокусировки.
Фокусировка не является традиционной автофокусировкой, которая 
достичь Z-величины при самом резком изображении. Система получит 
серию срезов по оси Z (определяемую в следующем шаге) и рассчитает 
кривую по значению фокусирования (например, значению контраста). Эта 
кривая используется для определения пикового значения. Это позволяет 
охватить большой диапазон с сохранением быстрой фокусировки.
Так как мы рекомендуем не изменять большинство настроек, здесь мы 
сосредоточимся на двух важных настройках: Focus Point Strategy  
(Стратегия распределения точек фокусировки) и Sharpness Measure sets  
(Наборы измерения резкости). Подробное описание этих двух настроек 
приводится в следующем разделе.
Также рекомендуем ознакомиться с нижеуказанными разделами с 
подробными инструкциями по настройке грубой и точной фокусировок:
■ Регулировка настроек карты грубой фокусировки (BF)  [►  536]
■ Регулировка настроек карты точной фокусировки (BF)  [►  539]
Набор стратегий распределения точек фокусировки
1 Примечание
Набор стратегий распределения точек фокусировки применяется к каждой 
сцене, т. е. как отдельный обнаруженный объект в каждой сцене. Если 
выбрать шесть фиксированных точек для грубой фокусировки, 
программное обеспечение создаст в каждой сцене шесть фокусных точек.
Некоторые наборы стратегий распределения точек фокусировки
снабжены дополнительной кнопкой-флажком Prefer border (Предпочитать 
границу). Если установить этот флажок, система разместит больше точек 
фокусировки на границе обнаруженного образца. Это целесообразно в том 
случае, если граница образца имеет по сравнению с остальными частями 
объекта близкие фокусные значения.
Если настройка Density (Плотность) является частью набора стратегий  
распределения точек фокусировки, эта величина определяет 
процентное соотношение сгенерированных точек фокусировки и общего 
числа мозаик объекта (например, если объект состоит из 2 000 мозаик и 
этот параметр установлен на 0,1 (= 10%), система сгенерирует 200 
фокусных точек). Поскольку для больших объектов создается особенно 
много фокусных точек (обратите внимание, большое количество фокусных 
точек не всегда автоматически обеспечивает высокое качество 
фокусировки), мы рекомендуем определить максимальное количество 
фокусных точек (макс, число).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 589


--- стр. 735 ---
19 Приложения и компоненты |  19.1 Slidescan
Если вы используете автоматическое обнаружение тканей и определяете 
величину расширения границы, система вычтет величину расширения до 
распределения фокусных точек, исключив тем самым размещение 
фокусных точек в зоне расширения. Это применимо только к 
автоматическому обнаружению тканей.
Чтобы гарантировать размещение фокусных точек внутри ткани, система 
отодвинет фокусные точки от границы на определенное число видимых 
зон. Этот параметр можно регулировать в меню Tools -> Options ... -> 
Acquisition -> Axio Scan: Minimum Margin of focus point distribution in 
tile(s) (Инструменты -> Опции -> вкладка Получение изображений -> 
расширитель Axio Scan -> Минимальный предел при распределении точек 
фокусировки в мозаиках). Значение по умолчанию — 1. Это обеспечивает 
очень хорошие результаты при использовании разнообразных образцов. 
Обратите внимание, что в программном обеспечении ZEN 2012 slidescan и 
ZEN 2012 slidescan SP2 значением по умолчанию являлось «2» (и 
постоянным неотображаемым параметром).
Параметр
Onion skin 
(Кожица лука)
Описание
Это схема плотности фокусировки. Результирующие 
фокусные точки отображаются в виде слоев кожицы 
лука, при этом обеспечивается равномерное 
распределение, а также достаточное количество 
фокусных точек особенно на границе. Это стандартная 
настройка карты точной фокусировки. Этот параметр 
представляет собой плотность со стандартной 
настройкой 0,1. Это означает, что 10% от общего числа 
видимых зон используются в качестве точек 
фокусировки для расчета фокальной поверхности. При 
использовании больших образцов это число может 
значительно увеличиться, но большое количество 
фокусных точек не всегда автоматически гарантирует 
качественный расчет фокальной поверхности. По этой 
причине пользователь также может определить 
максимальное число фокусных точек. Обычно это 
число находится в диапазоне от 24 до 36 точек. Эта 
стратегия распределения точек фокусировки 
рекомендуется для средне- и большеразмерных 
объектов.
Пример (плотность: 0,1; макс, число: 24):
590 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 736 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр
Every Nth tile 
(Каждая n-я 
мозаика)
Описание
Система разместит расчетную сетку поверх образца с 
указанным расстоянием (N) между двумя фокусными 
точками в полях обзора камеры по оси X и оси Y. Это 
четко определенный метод создания фокусных точек. 
При создании большего количества фокусных точек 
потребуется больше времени на создание карты 
фокусировки. Эта стратегия распределения точек 
фокусировки рекомендуется для объектов средних и 
малых размеров.
Пример: (каждая 5-я мозаика):
Every tile
(Каждая
мозаика)
Number of focus  
points (Число  
фокусных  
точек)
Система будет фокусироваться на каждой мозаике. 
Занимает исключительно много времени при обработке 
сканов с большим увеличением и (или) больших 
образцов, однако, обеспечивает наилучшие результаты 
для крайне неровных образцов.
Здесь пользователь указывает постоянное число 
фокусных точек на объект (сцену). Настройка по 
умолчанию для грубой фокусировки составляет шесть 
фокусных точек на сцену.
Пример (п = 24):
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 591


--- стр. 737 ---
19 Приложения и компоненты |  19.1 Slidescan
Параметр
Density
(Плотность)
Grid cell size 
(Размер ячеек 
расчетной 
сетки)
Описание
Плотность схожа с плотностью «кожицы лука», разница 
состоит в том, что структура не распределяется 
аналогично слоям кожицы лука. Распределение по 
образцу/сцене более равномерно. Эта настройка также 
определяет максимальное число фокусных точек. 
Создание этой карты фокусировки — случайное (как 
видно из примера), поэтому схема Onion skin (Кожица 
лука) предпочтительнее, чем Density (Плотность).
Пример (плотность: 0,1; макс, число: 24):
Чтобы разместить фокусные точки на фокальной 
поверхности, данная настройка устанавливает 
фиксированную расчетную сетку над образцом. 
Единица измерения — мкм. Эта настройка не зависит 
от текущего размера фрейма/датчика используемой 
камеры. Если требуется использовать настройку, 
которая опирается на размер кристалла камеры, 
используйте схему Every Nth tile (Каждая n-я мозаика). 
Как видно из образца, эта схема не такая точная как 
Every Nth tile (Каждая n-я мозаика), поэтому Every Nth 
tile (Каждая n-я мозаика) предпочтительна при 
использовании Grid cell size (Размер ячеек расчетной 
сетки).
Пример (1000 мкм 1000 мкм):
592 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 738 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slidescan
Параметр
Center of 
Gravity (Центр  
тяжести)
Описание
Система помещает одну фокусную точку в каждую сцену 
/ объект. Позицией этой фокусной точки является центр 
тяжести, таким образом, на весь объект приходится 
только одна фокусная точка. Это полезная настройка 
для малоразмерных объектов (например, тканевых 
микропанелей). Обратите внимание, что у определенных 
структур (например, в форме полумесяца) центр тяжести 
может находиться за пределами ткани, следовательно, 
система не имеет точки фокусировки. В таких случаях 
опции Number of focus points (Число фокусных точек) 
задайте значение «1». Центр тяжести — допустимый 
параметр (например, для тканевых микропанелей (Tissue 
Micro Arrays)) для размещения только одной фокусной 
точки в каждом ядре.
19.1.3.4.2.4.2 Набор измерения резкости
Параметр
Basic
(Базовый)
Best
(Наилучший)
FFT
HG 2''8
Contrast Power  
(Степень  
контрастиров  
ания)
Описание
Автофокусировка осуществляется на основе контраста, 
поэтому алгоритм ориентирован на наивысшее значение 
контраста в серии срезов по оси Z. Это простая, но 
быстрая автофокусировка.
Автофокусировка также осуществляется на основе 
контраста, поэтому алгоритм ориентирован на 
наивысшее значение контраста в серии срезов по оси Z. 
Данный тип фокусировки несколько медленнее, чем 
Basic (Базовый), но точнее для определенных образцов. 
Обратите внимание, что Best (Наилучший) не всегда 
означает, что этот алгоритм лучше, чем Basic (Базовый), 
поскольку зависит от вида ткани/образца.
Эта настройка автофокусировки использует алгоритм 
преобразования Фурье, определяющий наилучшее 
значение фокусировки. Этот алгоритм медленнее 
остальных алгоритмов и должен использоваться только 
в случаях контрастирования с помощью круговой 
апертуры. Он не подходит для стандартного 
светлопольного контрастирования или флуоресценции, 
так как выполняет поиск двух контрастных пиков и 
локального минимума между ними.
Это усовершенствованный алгоритм по сравнению с 
Basic (Базовый) и Best (Наилучший). Этот алгоритм в 
меньшей степени ориентирован на большие окрашенные 
структуры и в большей — на малые локальные 
структуры, а значит, данный алгоритм, например, 
больше фокусируется на ядрах, чем на неокрашенных 
структурах (например, красители, используемые в 
иммуногистохимии).
С учетом текущего состояния оценки это означает, что 
Meza'S подойдет для автофокусировки, когда 
необходимо сконцентрироваться на ядрах.
Недостаток: увеличивается масса загрязнений, из-за  
чего данный алгоритм следует использовать только  
для точной, а не грубой фокусировки.
Этот алгоритм сопоставим с алгоритмом HG 2''Ъ.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 593


--- стр. 739 ---
19 Приложения и компоненты |  19.1 Slidescan
19.1.3.4.2.5 Настройки сканирования
Bat к Ич
Define settings how to scan the specimen (scan region). 
О Camera 
О Exposure 
О Post Processing
О White Balance
О Objective
О Focus
О  Z-Stack Configuration
О Online Processing
19.1.3.4.2.5.1
В этом шаге мастера можно регулировать настройки сканирования (Scan 
Settings). Эти настройки важны, поскольку они определяют качество 
изображения, получаемого пользователем при настройке времени 
экспозиции, баланса белого и т. д. Настройки вкладок Post Processing  
(Постобработка) и White Balance (Баланс белого) схожи со стандартными 
инструментами ПО ZEN. Как регулировать настройки сканирования, 
написано в разделе «Настройка параметров сканирования для  
светлопольных профилей»  [►  543].
Сопоставление режима сжатия с размером файла
Размер файла
9124 Мб/кв.см.
Режим сжатия
Без сжатия 
Без потерь (JPEG XR) 4997 Мб/кв.см.
916 Мб/кв.см.90%-качество JPEG 
XR
80%-качество JPEG 
XR
60%-качество JPEG 
XR
40%-качество JPEG 
XR
30%-качество JPEG 
XR
392 Мб/кв.см. 
263 Мб/кв.см. 
198 Мб/кв.см. 
157 Мб/кв.см.
594 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 740 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.2.6 Настройки обнаружения тканей
Вид настроек обнаружения тканей (Tissue Detection Settings) зависит от 
настроек, сделанных в первом шаге мастера в разделе Global Data 
(Глобальные данные). В следующих разделах описываются четыре 
возможных варианта настроек.
1 Примечание
Вы можете реализовать собственный алгоритм обнаружения тканей и 
интегрировать его в рабочий процесс, более подробно см. раздел 
Реализация собственного алгоритма обнаружения тканей  [►  505].
19.1.3.4.2.6.1 Вариант А. Автоматический режим / На основе порогового значения
Необходимые предварительные условия ■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные
данные) в разделе Tissue Detection Mode (Режим обнаружения тканей) 
вы выбрали опцию Automatic (Автоматически), а
■ в разделе TD Recognition Туре (Тип распознавания ткани) нажали 
кнопку Tissue (Ткань), настройки обнаружения тканей имеют 
следующий вид:
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 595


--- стр. 741 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
р.лгк ^
Define settings to detect the region to be scanned within the 
specimen area.
Automatic
Threshold based
Live update
Automatic
Prefer center for Shading Scan Area 
Show Shading Scan Area
^  oi.; _  Left Right Top Bottom
Область интереса для обнаружения тканей 
»
1 Примечание
Если вы создали собственные области, убедитесь, что они содержат 
ткани. Пустая область может привести к созданию неточной карты 
фокусировки, так как программное обеспечение будет использовать всю 
начерченную область для создания стратегии распределения точек 
фокусировки.
596 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 742 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Красный прямоугольник на живом изображении в центральной области 
экрана представляет собой область интереса для обнаружения тканей. 
Сканируются только области, находящиеся внутри области интереса. 
Остальные области, расположенные вне области интереса и (или) 
соприкасающиеся с ней, игнорируются. Чтобы изменить размер области 
интереса, необходимо скорректировать размер красного прямоугольника.
1 Примечание
Если два или несколько объектов расположены очень близко друг к другу 
и поэтому выглядят как один объект, возможно, имеет смысл разделить 
эти объекты с помощью функции Split (Разделение), доступной в 
контекстном меню после нажатия правой кнопкой мыши.
Если нажать на кнопку Test (Тест), программное обеспечение выполнит 
введенные параметры и отобразит результаты в средней области окна. 
Обнаруженные объекты (каждый объект — это единичная сцена) будут 
обозначены зеленой границей.
Все объекты перечислены во вкладке Graphics (Графические элементы). 
Вы можете удалять объекты и добавлять новые. Однако результат будет 
действителен только для данного слайда.
Чтобы активировать непрерывное обновление данных, установите флажок 
Live update (Автоматическое обновление). Обратите внимание, что после 
изменения параметра обновление может занять несколько секунд. Ниже 
приведено описание основных параметров этого шага:
Параметр
Mode & Method 
(Режим и 
метод)
Region dilation 
size (Величина 
расширения 
области)
Описание
Здесь отображается режим и метод обнаружения 
тканей, выбранные в разделе Global Data (Глобальные 
данные).
Здесь можно ввести расстояние от обнаруженной ткани 
до обрамляющей ее границы.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 597


--- стр. 743 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Параметр
Specimen
(Образец)
Описание
Здесь пороговые величины определяют верхнюю и 
нижнюю границы образца. Чтобы перемещать границы 
вверх и вниз, щелкните по одной из них и нажмите 
правую кнопку мыши. Если режим Live update 
(Автоматическое обновление) включен, результат 
будет отображаться с определенной задержкой слева 
от центра экрана. Верхняя граница (правая сторона) — 
это граница светлых красителей, а нижняя граница 
(левая сторона) — это граница влияния на темные 
красители. Таким образом, при перемещении правой 
стороны вправо выделяются светлые красители. При 
перемещении левой стороны влево выделяются 
темные красители.
Здесь можно ввести минимальный размер области 
сканирования. Система не будет обнаруживать 
области, если они меньше установленного значения.
Воздушная граница — это граница вокруг реального 
стеклянного слайда, т. е. пространство за пределами 
стеклянного слайда, ограниченное красным фреймом. 
Это значение определяет степень расширения 
воздушной границы. Все, что находится внутри этой 
расширенной воздушной границы, не будет распознано 
как ткань/маркер. Этот параметр гарантирует, что края 
слайда и покровного стекла не будут определены как 
области, подлежащие сканированию.
Этот параметр отображается, только если установлен 
флажок Automatic (Автоматически).
Он определяет расстояние между пиком стеклянного 
слайда и верхним пороговым значением для 
обнаружения образца. Таким образом, если установлен 
флажок Automatic (Автоматически), верхнее значение 
будет определено автоматически.
Эта настройка важна при удалении краев покровного 
стекла. Края покровного стекла представляют собой 
структуры с большим коэффициентом отношения 
длинной стороны к короткой. Это означает, что любая 
структура, у которой соотношение длинной стороны к 
короткой превышает установленное значение, будет 
исключена.
Reset (Сброс) Возвращает настройки к значениям по умолчанию.
Min region size 
(Мин. размер 
области)
Air border dilate
(Величина
расширения
воздушной
границы)
Over the peak 
factor (Над пик- 
фактором)
Max elongation
(Макс.
удлинение)
Prefer Center for 
Shading Scan 
Area
(Предпочитать 
центр области 
сканирования с 
коррекцией 
равномерности 
освещения)
Если включена: программное обеспечение исключает 
влияние, например, краев покровного стекла, на 
область, которая используется для коррекции 
равномерности освещения в средней части слайда при 
увеличении скана не менее 20х. По умолчанию эта 
опция отключена.
Если на сканированном изображении присутствуют 
мозаичные артефакты, рекомендуем активировать эту 
опцию и повторно проверить качество коррекции 
равномерности освещения. Если опция активирована, 
может происходить
598 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 744 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр
Show Shading 
Scan Area 
(Отображать 
область 
сканирования с 
коррекцией 
равномерности 
освещения)
Описание
разделение области на малые области (программное 
обеспечение ограничено по области поиска, потому что 
внешние области выходят за пределы), что приводит к 
снижению скорости сканирования с коррекцией 
равномерности освещения, но при сравнении с общим 
сканированием несколько секунд не оказывают 
сильного влияния на время сканирования.
Если включена: программное обеспечение отобразит 
область, используемую для создания изображения с 
эталонной равномерностью освещения для этого 
слайда. При определенных увеличениях скана эта 
область отображается, даже если не будет 
использоваться.
Раздел Sort Order
Задав соответствующие настройки, вы можете сохранить их нажатием на 
кнопку New (Новый) в Options (Опции) раздела Settings (Настройки). Вы 
можете использовать сохраненные настройки в другом профиле, выбрав 
соответствующий элемент выпадающего списка. Необязательно сохранять 
эти настройки отдельно, так как они сохраняются в профиле. Их 
необходимо сохранять только в том случае, если они будут 
использоваться в другом профиле.
В разделе Sort Order (Порядок сортировки) вы можете выбрать схему 
сортировки (нумерации) обнаруженных объектов (областей/сцен). Чтобы 
применить выбранную схему, нажмите на кнопку Sort (Сортировать). Для 
выбора доступны восемь разных схем. Первый элемент списка (например. 
Left Right (Слева направо)) осуществляет сортировку по первой схеме, 
второй элемент списка (например. Тор Bottom (Сверху вниз)) -  по второй 
схеме.
Пример 1. Слева направо / сверху вниз
Первая схема сортировки — слева направо (красная стрелка), вторая 
схема сортировки — сверху вниз (зеленая стрелка):
Пример 2. Сверху вниз / слева направо
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 599


--- стр. 745 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Первая схема сортировки — сверху вниз (красная стрелка), вторая схема 
сортировки — слева направо (зеленая стрелка):
■ В  ш Ш
19.1.3.4.2.6.2 Вариант В. Автоматический режим / Распознавание маркера
Необходимые предварительные условия
■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue 
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию 
Automatic (Автоматически), а
■ в разделе TD Recognition Туре (Тип распознавания ткани) нажали на 
кнопку Marker (Маркер), настройки обнаружения тканей будут иметь 
следующий вид:
600 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 746 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
; I i ' t U I i S
Back /Ч
Define settings to detect the region to be scanned within the 
specimen area.
‘ ‘ Automatic
Marker recognition
Live update
r ч!;Г'Ч( 4V
Automatic
*0
Reset
Prefer center for Shading Scan Area 
Show Shading Scan Area
I eft Right Top Bottom
Настройки ограничиваются пороговой величиной маркера (сопоставимой с 
пороговой величиной ткани, описанной выше). Единственным 
дополнительным регулируемым параметром является минимальный 
размер области (Min region size), чья функция аналогична описанной в 
варианте А.
Обратите внимание, что опции равномерности освещения (Shading), 
параметр создания порядка сортировки (Sort Order) и кнопка Sort 
(Сортировать) имеют одинаковую функцию, описанную в варианте А.
Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 601


--- стр. 747 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Если вы используете маркер на реальном стеклянном слайде, убедитесь, 
что выделенные области содержат образцы. Пустая область может 
привести к созданию неточной карты фокусировки, так как программное 
обеспечение будет использовать всю отмеченную область для создания 
стратегии распределения точек фокусировки.
19.1.3.4.2.6.3 Вариант С. Ручной режим / Создание графических элементов  
Необходимые предварительные условия
■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue 
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию 
Manually (Вручную), настройки обнаружения тканей будут иметь 
следующий вид:
1$ЬУ€ 1.,*У iiOri byitillQS
Back /s.
Define settings to detect the region to be scanned within the
specimen area.
>1^ Manually
* draw graphics use grid definition
,,.j Prefer center for Shading Scan Area
J  Show Shading Scan Area
■iff r - I Left Right Top Bottom
Создание областей обнаружения тканей вручную
Выбрав опцию draw graphics (создать графические элементы), вы можете 
вручную создавать области внутри области интереса. Для создания 
областей вы можете использовать инструменты вкладки Graphics 
(Графические элементы) в опциях общего вида центральной области 
экрана. Создание областей в целом аналогично аннотированию 
изображений в ПО ZEN. Созданные области сохраняются и используются 
на протяжении всего времени применения профиля, следовательно, эта 
опция может использоваться только при точном определении областей на 
слайде (например, мазки Папаниколау).
Обратите внимание, что опции равномерности освещения (Shading), 
параметр создания порядка сортировки (Sort Order) и кнопка Sort 
(Сортировать) имеют одинаковую функцию, описанную в варианте А.
602 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 748 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Если требуется выделить едва заметный образец, для изменения 
настроек отображения (в частности, посредством корректировки кривой 
гамма-распределения) можно воспользоваться кривой отображения 
(Display curve) что позволит увидеть даже неокрашенный образец 
приемлемой толщины.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display 
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются 
в профиле. Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine 
(Кассета), а также на отображение области образца в окне Magazine 
(Кассета).
19.1.3.4.2.6.4 Вариант D. Ручной режим / Определение расчетной сетки 
Необходимые предварительные условия
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) J  Ред. 1.0 на русском языке 603


--- стр. 749 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue 
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию 
Manually (Вручную), настройки обнаружения тканей будут иметь 
следующий вид:
Define setttnyis to detect the region to be scanmni within the 
specimen area.
Manually
draw graphics • use grid definition
t, •, ! • Circle
2.0 mm
Rectangle
3.0 mm Z
10.0 mm t
3.0 mm C r
10.0 mm » • У
1
Create
Prefer center for Shading Scan Area 
Show Shading Scan Area
Left Right Top Bottom
Выбрав опцию use grid definition (использовать определение расчетной 
сетки), вы можете определить ее с помощью прямоугольников или 
окружностей обычного шаблона опции Element Types (Типы элементов). 
Контрольной точкой для данной сетки является верхний правый угол 
области образца (красный прямоугольник). По ней вы можете определить 
смещение от верхнего левого угла по оси X (А) и Y (В) в мм, а также шаг 
сетки по оси X (С) и Y (D).
На основе выбранной геометрической формы (окружность или 
прямоугольник) вы можете определить радиус или размеры по оси X (F) и 
по оси Y (Е). Число элементов по оси X (в этом примере: 6) и по оси Y 
(в этом примере: 3) определяет количество элементов.
604 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ( Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 750 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Сетка создается с помощью кнопки Create (Создать). Сетка отобразится 
поверх изображения. Ручная настройка сетки может быть выполнена 
таким же способом, что и настройка стандартных графических элементов 
в ПО ZEN.
Обратите внимание, что опции равномерности освещения (Shading), 
параметр создания порядка сортировки (Sort Order) и кнопка Sort 
(Сортировать) имеют одинаковую функцию, описанную в варианте А.
19.1.3.5 Расширенный мастер создания профиля сканирования (автономный)
Расширенный мастер создания профиля сканирования (автономный) 
(Advanced Scan Profile Wizard (offline)) является автономным, это означает, 
что система не перемещает кювету (слайд), а вы не видите живое 
изображение с камер. Но вы по-прежнему можете изменять параметры. 
Этот режим подходит, если необходимо изменить параметры, не 
связанные непосредственно с живым изображением, например настройки 
серии срезов по оси Z и EDF (увеличенная глубина резкости).
Перемещать реальные стеклянные слайды для регулировки этих настроек 
не нужно. Вследствие этого функциональность мастера по сравнению с 
расширенным мастером создания профиля сканирования  
(онлайновым) (Advanced Profile Wizard (online)) ограничена, но не 
включает в себя больше настроек. Более подробно об определенных 
функциях см. расширенный мастер создания профиля сканирования 
(онлайновый).
19.1.3.6 Мастер обнаружения тканей (автономный)
1 Примечание
Мастер обнаружения тканей (автономный) (Tissue Detection Wizard (offline)) 
активируется, только если предварительно было выполнено сканирование 
просмотра. После того как система начала сканирование просмотра, вы 
можете сразу запустить мастер обнаружения тканей (Tissue detection 
wizard) и работать параллельно с ним.
Мастер размещен в опциях профилей сканирования (Scan Profiles).
Здесь вы за один шаг можете изменить следующую область сканирования. 
В мастере отсутствует возможность изменения настроек кроме 
обнаружения тканей; тем не менее можно перемещаться к следующему 
(Next slide) или предыдущему слайду (Previous slide). Благодаря этому 
переключение слайдов выполняется быстро и удобно.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 605


--- стр. 751 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
A’l
1 ! ГСtirin S ‘ 0ttincis
P re v io u s  s lid e
'Z  Keep display settings over all previews
Define settings to detect the region to be scanned within the 
specimen area.
Automatic
Metiu J: Threshold based
>Z L ive u p d a t e
V  Automatic
Air bcrde; di;ate; 10
Over rhe peaL f 2.5________
Max etongat'ion: 8
.......”■'0 ....
R e s e t
1 P r e f e r  c e n t e r  f o r  S h a d in g  S c a n  A re a  
;  S h o w  S h a d in g  S c a n  A re a
Left Right Top Bottom
606 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 753 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Настройки обнаружения тканей в основном аналогичны настройкам, 
описанным в подразделе «Расширенный мастер создания профиля 
сканирования» раздела «Настройки обнаружения тканей».
19.1.3.7 Мастер калибровки Axio Scan (онлайновый)
1 Примечание
Первое отделение кюветы должно вмещать слайд для геометрической 
калибровки (474029-9030-000), второе — слайд для калибровки цветов 
(474029-9041-000).
Кювету с калибровочными слайдами следует поместить в первое 
отделение кассеты.
Можно отредактировать или проверить следующие настройки:
■ Парфокальность объективов.
■ Парацентричность объективов.
■ Регулировка камеры просмотра и камеры сканирования.
■ Определение фокусного расстояния объективов.
■ Определение угла поворота камеры (это повторная проверка); если 
угол поворота камеры превышает предполагаемый диапазон (меньше 
или равно 0,5°), обратитесь в ремонтную службу компании ZEISS.
■ Калибровка цветов (для выполнения калибровки потребуется слайд для 
калибровки цветов (474029-9041-000)) может быть пропущена.
Мастер поэтапно проведет вас через весь процесс калибровки. Шаги, как 
правило, выполняются без участия пользователя (только на этапе 
калибровки цветов требуется взаимодействие с пользователем, загрузка 
калибровки, следовательно, данная калибровка должна быть доступна 
пользователю). Требуется только запускать действие в каждом шаге.
О завершении каждого действия сигнализирует зеленый индикатор. После 
чего можно перейти к следующему шагу. Последний шаг — сохранение 
данных в системе.
19.1.4 Функции и их назначение
19.1.4.1 Вкладка Scan
Во вкладке Scan (Сканирование) представлены наиболее важные 
функции, необходимые для управления системой Axio Scan.ZI. Вкладка 
тесно связана с окном Magazine (Кассета), расположенным в 
центральной области экрана. В верхней части вкладки находится раздел 
Default Scan Profile (Профиль сканирования по умолчанию) (1), в 
котором можно выбирать предустановленные профили сканирования или 
создавать новые. Кроме того, найти, изменить или создать подходящий 
профиль вам помогут мастер быстрого выбора профиля сканирования 
(Smart Profile Selection) (2) и мастер создания профиля сканирования 
(Scan Profile Wizard) (3). С помощью главных кнопок сканирования (4) 
можно запускать сканирование или сканирование просмотра.
608 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 754 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Рисунок 19.8. Вкладка Scan
П/п Параметр
1 Раздел Default  
Scan Profile 
(Профиль 
сканирования 
по умолчанию)
Smart Profile
Selection...
(Быстрый
выбор
профиля...)
Scan Profile 
Wizard...
(Мастер
создания
профиля
сканирования...)
Описание
В выпадающем списке можно выбрать профиль 
сканирования по умолчанию, который будет 
использован в случае введения новых вставок. 
Система присваивает выбранный профиль всем 
устанавливаемым слайдам. Нажмите на кнопку
Options чтобы открыть контекстное меню
Default Scan Profile Options  (Опции профиля 
сканирования по умолчанию) [►  609].
Запускает мастер быстрого выбора профиля 
сканирования (Smart Scan Profile Selection 
wizard). Мастер поможет вам открыть 
предустановленные профили. Это самый 
быстрый и интуитивно понятный способ 
присваивания и создания профилей 
сканирования.
Запускает мастер создания профиля 
сканирования (Scan Profile Wizard). Мастер 
позволяет легко менять/изменять существующие 
профили сканирования.
В дальнейшем можно менять профиль каждой 
вставки в окне Magazine (Кассета). В случае 
изменения профиля по умолчанию, этот профиль 
также будет присвоен всем необработанным 
слайдам.
Кнопки
сканирования
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 609


--- стр. 755 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
П/п Параметр
- Start Preview 
Scan (Начать 
сканирование 
просмотра)
- Start Scan
(Начать
сканирование)
Описание
Запускает сканирование просмотра всех 
выбранных слайдов.
Для выбора слайда перейдите в окно Magazine 
(Кассета) и установите флажок в столбце Process 
(Обработка). Флажок активируется по умолчанию, 
если будут установлены вставки. Для выполнения 
сканирования просмотра используются настройки, 
определяемые присвоенным профилем. 
Сканирование просмотра светлопольных образцов 
состоит из снимка области этикетки (отраженный 
свет) и области образца (проходящий свет). 
Результат отобразится в столбце Preview 
(Предпросмотр) слайда. Для расширения окна 
дважды нажмите на изображение. Программное 
обеспечение откроет изображение в отдельной 
вкладке. Для применения областей сканирования 
воспользуйтесь расширенным мастером 
создания профиля сканирования (Advanced Scan 
Profile Wizard) или мастером обнаружения тканей 
(Tissue Detection Wizard).
Запускает сканирование всех выбранных слайдов.
Сканирование включает в себя сканирование 
просмотра (области этикетки и области образца), 
обнаружение тканей, создание карты фокусировки 
и сканирование образца с высоким разрешением. 
Используются настройки, определяемые 
присвоенным профилем.
Чтобы открыть изображение, дважды нажмите на 
него мышью, и оно откроется в отдельной вкладке в 
центре экрана.
19.1.4.1.1 Опции раздела Default Scan Profile
Пункт меню
New Scan Profile... 
(Новый профиль 
сканирования...)
Smart Profile 
Selection... (Быстрый 
выбор профиля...)
Advanced Scan 
Profile Wizard... 
(Расширенный 
мастер создания 
профиля 
сканирования...)
Описание
Создает новый профиль. Если был создан новый 
профиль, он автоматически присваивается всем 
слайдам в окне Magazine (Кассета).
Открывает мастер выбора предустановленного 
профиля. Пользователю потребуется ответить на 
ряд вопросов об образце, в результате чего 
мастер подберет наиболее подходящий профиль 
для оцифровывания. Затем рекомендуется 
обработать этот профиль в мастере создания 
профиля сканирования (Scan Profile Wizard).
Открывает мастер для адаптации всех 
возможных настроек профиля и позволяет 
пользователю использовать всю гибкость 
системы. Мастер рекомендуется для опытных 
пользователей.
610 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 756 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Пункт меню
Scan Profile Wizard... 
(Мастер создания 
профиля 
сканирования...)
Rename
(Переименовать)
Save as (Сохранить 
как)
Delete (Удаление)
Описание
Открывает мастер для адаптации базовых 
настроек профиля, например: 
штрихкод/ОСК/сканирующий объектив/серия 
срезов по оси Z.
Переименовывает выбранный профиль.
Сохраняет пользовательский профиль под 
другим именем.
Удаляет выбранный профиль.
19.1.4.1.2 Инструмент Naming Definition
Naming Definition
date + increment
2014_10_06_0056
Import Name, Profile and Scene names
! Name, Profile and Folder from Barcode
Рисунок 19.9. Инструмент Naming Definition
В инструменте Naming Definition (Определение именования) можно 
определить принципы именования полученных файлов/изображений. В 
выпадающем списке необходимо выбрать несколько определений для 
имен файлов. Имя автоматически включает в себя содержимое 
обнаруженного штрихкода, если обнаружение штрихкода включено для
действующего профиля. Нажмите на кнопку Options (Опции), чтобы 
определить новые, отредактировать или удалить существующие 
определения имен.
1 Примечание
В поле Preview (Предпросмотр) отображается настроенное имя файла.
Параметр
Опции
инструмента
Naming
Definition
- New (Новый)
Описание
Здесь можно создать новое определение именования. 
Система попросит ввести имя определения, после чего 
в диалоговом окне вы сможете настроить определение 
именования.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 611


--- стр. 757 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Параметр
- Edit
(Редактировать)
- Rename 
(Переименовать)
Save as
(Сохранить
как)
Delete
(Удаление)
Import Names, 
Profiles and 
Scenes names 
(Импорт имен, 
профилей и 
имен сцен)
Name, Profile and 
Folder from 
Barcode (Имя, 
профиль и 
папка из 
штрихкода)
Описание
Здесь можно редактировать текущее определение 
именования.
Здесь можно переименовать текущее определение 
именования.
Здесь можно сохранить текущее определение 
именования под другим именем.
Здесь можно удалить выбранное определение 
именования.
Позволяет импортировать имена изображений и 
используемые профили. Также позволяет присваивать 
имена сценам. Перед запуском импорта необходимо 
установить все слайды. Программное обеспечение 
применит импортированные параметры только к 
слайдам со статусом New (Новый).
Более подробно об импорте см. в разделе «Импорт 
имен, профилей и сцен».
Позволяет использовать информацию штрихкода для 
именования изображений, назначения профилей и 
поддиректорий.
Более подробно об импорте см. в разделе 
«Использование штрихкода для определения имени,  
профиля и подпапки»  [►  507].
19.1.4.1.3 Инструмент Storage Location
'Storage Location •
DAUsers\zh- tsadmVDeStopVK
Рисунок 19.10. Инструмент storage location
В инструменте Storage Location (Место хранения) можно указать место 
хранения созданных изображений. Можно указать локальный путь на 
используемом компьютере, а также сетевую папку для хранения данных на 
удаленном сервере. Рекомендуется хранить изображения на компьютере, 
так как в зависимости от свойств сети, соединение может быть 
недостаточно надежным для сохранения данных. Сбой в соединении с 
сетью может приводить к остановке процесса сканирования или 
замедлению передачи данных в случае медленной скорости соединения.
В случае выбора сетевой папки, рекомендуемая скорость передачи 
данных составляет 100 Мб/с. В выпадающем списке можно выбрать 
доступные пути, которые использовались ранее. С помощью кнопки Create 
New Folder (Создать новую папку) в диалоговом окне Browse Folder 
(Выбор папки) создается новая папка для хранения файлов.
612 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 758 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.4.1.4 Инструмент Axio Scan
Axio Scan у Show All
т S '»  
©
Door status:
Open
6
#  7
#  8
Stage status:
#  8
#  ^8 Tray Information:
i ■  , r'. i!' , 3
Ф Ш Ш f'-Ъ  '  - High-precisHon 1x3
#  ШШШ NotAvailable
ф 1в
ф 17 Slide scanner status information;
•  18  
# Safe
•  го
•  iw s m
, . 1:.:.; Ready
ш ш т
Рисунок 19.11. Инструмент Axio Scan  
Параметр Описание
Door status
(Статус
дверцы)
Stage status
(Статус
столика)
Tray Information 
(Сведения о 
кювете)
Здесь можно видеть, открыта или закрыта та или иная 
дверца. В зависимости от текущего статуса дверцу 
можно открыть или закрыть с помощью кнопки 
Close/Open (Закрыть/Открыть). Эта функция 
аналогична кнопке Open/Close (Открыть/Закрыть) на 
самом устройстве.
Здесь можно видеть, загружена кювета или нет. Чтобы 
загрузить кювету, дважды нажмите на кнопки кюветы, 
расположенные слева от инструмента. Если кювета 
загружена, появится кнопка Unload tray (Извлечь 
кювету). При нажатии на эту кнопку кювета, 
расположенная на столике, будет загружена в кассету.
Здесь отображается информация о кювете и вставке. 
Информация в полях просмотра отображается при 
наведении курсора мыши на кнопки кюветы. Цвета 
сигнала перед кнопками указывают на текущий статус 
кювет. Эти сигналы соответствуют сигналам на самом 
устройстве. Более подробное описание см. в
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке 613


--- стр. 759 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Параметр
- Tray Position 
(Позиция 
кюветы)
- Tray Туре (Тип 
кюветы)
- Тray Status 
(Статус кюветы)
Slide Scanner
status
information
(Информация о
текущем
состоянии
сканера
слайдов)
Описание
руководстве по эксплуатации. Двойное нажатие на 
кнопку кюветы устанавливает вставку. При установке 
другой вставки предыдущая удаляется автоматически.
Отображает позицию кюветы/вставки в кассете.
Отображает тип установленной вставки (например, 
High-precision 1x3 или High-precision 2x3).
Отображает статус фрейма (например, обработан, 
просмотрен).
Раздел содержит данные о позиции столика (Stage 
Position) (например, безопасная позиция) или 
рабочем состоянии (Working State) (например, 
состояние готовности) устройства. Эта информация 
также отображается с помощью главного индикатора 
самого устройства (готовность, обработка, 
предупреждение).
19.1.4.2 Окно Magazine
В окне Magazine (Кассета) представлена общая информация о кассете 
Axio Scan.ZI. Вы можете присваивать профили и условные обозначения 
слайдам, отображать статус и перемещать кюветы вверх или вниз (с 
помощью операции перетаскивания) для изменения последовательности 
сканирования. Система начнет обработку всех активированных слайдов 
сверху вниз (по галочкам в столбце Process (Обработка)). Это окно тесно 
связано с вкладкой Scan (Сканирование) в левой области инструментов.
614 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 760 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
л п А ад *-.tU| '.с ли 
1
О ГгауТ цж : М10» |р гм ш м  iJ d  
Тпу 9«Я*М >Я )
9 tr9f T ]t|w  1 я 9
iu (! %гНл'At ад
>n ЛЛ !t5r*flanr W.’ • в •
И Г ■*fb  «1лт1л»'; . О »
Ч» • Л*
1 ЛЛ4,.1!).»^Х'1М
2 Л}14.Ш ,С)^,.ООИ
i гон и» о/ m 2
Ш .ЛН,^*эг¥)ягв тг<? » в* i  Л1И.1и,{1/_ЕНЧ|*
i Л1н.га.02_ш»2
T n yiM M tM .' •
о  ftv rfy p c ; Htg^^prwW oHАжД
О trmf  TjrfMt HIgli prxM aii l« i 
Тпу(иММ«. I
О Tray Ту и- н ц ^ ^члшал  Ш  
Infpombmi  •
О Tray Тур* HIgfc pr*rtil*w t» i 
Ti*y|w«tte« le
О TtayTypc. MebpiKiUonlaB
Tray yatWB. 11 
О TrayTypr Нч»'ргаснмя4м1 
Tray э**1Ц»и: U
О TfvyType Mtgfc-prariira* Ш
Traypm traw IT 
О Tray fyp*- pracMow ix l
H T 2П » •.(jrw Jaid гч^«г • ft»
Рисунок 19.12. Окно Magazine
Примечания
■ После закрытия дверцы (с помощью программного обеспечения или на 
самом устройстве) система определяет все кюветы внутри кассеты и 
устанавливает тип кюветы и кюветные отделения в кассете, занятые 
реальными слайдами.
■ По умолчанию система также проверяет все слайды (см. столбец 
Process (Обработка)) и присваивает профиль сканирования (Scan 
Profile) (определенный во вкладке Scan) каждому новому слайду. Даже 
после запуска процесса пакетной обработки слайдов можно сменить 
профиль и изменить прочие настройки (если в данный момент слайды 
не обрабатываются/не сканируются).
■ На экране отображаются только установленные слайды. Пустые 
позиции в кювете не отображаются. Загруженная кювета выделяется 
оранжевым фреймом по периметру вставки (на примере это — 
кювета 4).
Основные кнопки (1)
Позволяют легко регулировать вид и настройки окна Magazine (Кассета).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 615


--- стр. 763 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
Рисунок 19.13. Увеличенное изображение просмотра
19.1.4.2.1 Контекстное меню окна Magazine
Элемент меню Описание
Load tray (Загрузить кювету)
Assign scan profile (Присвоить 
профиль сканирования)
Mark all slides in highlighted trays 
for processing (Отметить все 
слайды выделенных кювет для 
обработки)
Unmark all slides in highlighted 
trays for processing (Снять все 
метки со слайдов выделенных 
кювет для обработки)
Expand all highlighted trays 
(Развернуть все выделенные 
кюветы)
Collapse all highlighted trays 
(Свернуть все выделенные 
кюветы)
Система извлечет выбранную кювету 
из кассеты и поместит на столик, 
автоматически убрав со столика 
предыдущую кювету. Установленная 
кювета будет выделена оранжевым 
прямоугольником.
Открывает выпадающее меню, в 
котором пользователь может 
присвоить всем выделенным 
слайдам существующий профиль.
Выбирает все слайды выделенных 
кювет для обработки (возможен 
множественный выбор слайдов).
Отменяет выделение всех слайдов 
выделенных кювет для обработки 
(возможен множественный выбор 
слайдов).
Раскрывает все выделенные кюветы 
одним щелчком мыши. Для 
выделения кюветы нажмите клавишу 
Ctrl и выберите с помощью мыши 
необходимые кюветы.
Сворачивает все выделенные 
кюветы одним щелчком мыши.
618 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 764 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.4.2.2 Контекстное меню Slide
Элемент меню
Move to Prescan position 
(Переместить в позицию 
предварительного 
сканирования)
Move to Scan position 
(Переместить в позицию 
сканирования)
Assign scan profile (Присвоить 
профиль сканирования)
Open image(s) (Открыть 
изображение(-я))
Mark all highlighted slides for 
processing (Отметить все 
выделенные слайды для 
обработки)
Unmark all highlighted slides for 
processing (Снять все метки с 
выделенных слайдов для 
обработки
Reset Scan status to new 
(Изменить статус сканирования 
на «новый»)
Reset Scan status to previewed 
(Изменить статус сканирования 
на «предварительно 
сканирован»)
Описание
Перемеидает выбранный слайд в 
позицию предварительного 
сканирования.
Перемеидает выбранный слайд в 
позицию сканирования.
Здесь можно выбрать профиль 
сканирования и присвоить его 
выбранному слайду. Если выбраны 
несколько слайдов, выбранный 
профиль будет присвоен всем 
слайдам.
Параметр активен, если создано 
изображение просмотра или 
завершено сканирование.
Программное обеспечение откроет 
изображение просмотра или 
сканированное изображение слайда. 
Если выбраны несколько слайдов, 
откроются все изображения из этих 
слайдов.
Отмечает все выбранные 
(выделенные) слайды для обработки.
Отменяет выделение всех 
выбранных (выделенных) слайдов 
для обработки.
Изменяет статус сканирования 
выбранного слайда на “new” 
(«новый»).
Изменяет статус сканирования 
выбранного слайда на “previewed” 
(«предварительно сканирован»).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 619


--- стр. 765 ---
19 Приложения и компоненты | 19.1 Slidescan
19.1.4.2.3 Опции Scan Profile
Пункт меню
Open advanced wizard 
(Открыть
расширенный мастер)
Open advanced wizard 
in offline mode 
(Открыть
расширенный мастер 
в автономном режиме)
Open tissue detection 
wizard (Открыть 
мастер обнаружения 
тканей)
Save adapted scan 
profile (Сохранить 
адаптированный 
профиль 
сканирования)
Описание
Открывает расширенный мастер создания 
профиля сканирования (онлайновый режим).
В этом режиме система извлекает кювету со 
слайдом из кассеты (только если кювета со 
слайдом еще не размещена на столике). Можно 
просматривать живое изображение с разных 
камер (камеры просмотра/камеры 
сканирования) и перемещаться по слайду.
Этот режим подходит, если необходимо 
отрегулировать, например, время экспозиции, и 
разместить окна в режиме реального времени. 
Таким образом, вы будете работать с реальным 
стеклянным слайдом. В то же время этот режим 
может занимать много времени, поскольку 
приходится перемещать реальный стеклянный 
слайд.
Открывает расширенный мастер создания 
профиля сканирования (автономный режим).
В этом режиме система не перемещает кювету 
(слайд), и камеры не транслируют живое 
изображение.
Этот режим подходит, если необходимо 
изменить параметры, не связанные 
непосредственно с живым изображением, 
например настройки серии срезов по оси Z и 
EDF (увеличенная глубина резкости) или 
настройки фокусировки. Перемещать реальные 
стеклянные слайды для регулировки этих 
настроек не нужно.
Параметр активен, только если создано 
изображение просмотра.
Открывает мастер обнаружения тканей (Tissue 
Detection Wizard).
Позволяет менять область, которую затем 
будет сканировать система. Вы можете 
перемещаться непосредственно к следующему 
или предыдущему слайду. Благодаря этому 
переключение слайдов выполняется быстро и 
удобно. Перемещать реальные стеклянные 
слайды для регулировки этих настроек не 
нужно.
Этот мастер можно запускать даже во время 
сканирования просмотра остальных слайдов.
Параметр активен, только если адаптирован 
профиль сканирования.
Здесь можно сохранить адаптированный 
профиль сканирования (адаптированный 
профиль сканирования отображается с 
помощью иконки шестеренки перед именем 
профиля). После
620 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 766 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Пункт меню
Properties (Свойства)
Описание
активации этой функции появится диалоговое 
окно Save As... (Сохранить как...), в котором 
можно выбрать и сохранить соответствующее 
имя для адаптированного профиля.
Позволяет просмотреть свойства профиля. 
Откроется средство просмотра XML-файлов со 
всеми сведениями о профиле сканирования. 
Эта информация представляет интерес только 
для более опытных пользователей.
19.2 АроТоте.2
19.2.1 Введение
в следующих разделах описывается, как калибровать АроТоте для 
проведения двухканального эксперимента и получать двухканальное 
изображение. Это изображение будет использоваться как основа для 
демонстрации параметров обработки изображений. После этого будет 
получено изображение серии срезов по оси Z, которое будет 
восстановлено из свертки в АроТоте.
Фазовая калибровка, если еще не проводилась, выполняется во вкладке 
Locate (Местоположение), а остальные шаги — во вкладке Acquisition 
(Получение изображений).
Калибровка фокуса сетки (Grid Focus Calibration) — важный этап. Чтобы 
гарантировать одинаковые оптические условия, лучше всего выполнять 
данную калибровку на образце, изображение которого необходимо 
получить в будущем. Если образец подвержен значительному 
обесцвечиванию, можно воспользоваться поставляемым в комплекте 
слайдом.
Дополнительная информация по АроТоте приводится в разделах:
■ Принцип визуализации с помощью метода структурированного  
освещения  [►  620]
■ Оптимальные условия для получения изображений  [►  624]
■ Перечень рекомендованных объективов
19.2.2 Принцип визуализации с помощью метода  
структурированного освещения
Оптическая система микроскопа рассчитана на анализ очень тонких 
образцов. При использовании объектива с коррекцией на толщину 
покровного стекла все оптические вычисления выполняются для очень 
тонких объектов, которые располагаются непосредственно под покровным 
стеклом. Все объективы с коррекцией на толщину покровного стекла, 
производимые компанией ZEISS, оптимизированы для подобного 
использования и имеют оптимальную функцию рассеяния точки (PSF) для 
длин волн, на которые они рассчитаны.
Однако в биологических областях применения подавляющее большинство 
используемых образцов не соответствует этим оптимальным требованиям. 
Иногда используются толстые срезы биологических тканей, например для 
анализа клеток ткани с использованием флуоресцентных маркеров.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 621


--- стр. 767 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
В таких случаях во время микроскопического анализа и особенно во время 
документирования, заданная фокальная плоскость скрывается частями 
изображения, возникающими из областей, расположенных выше и ниже 
фактической фокальной плоскости. В результате изображение 
оказывается тусклым, со сниженным контрастом и светлым фоном.
В худшем случае могут быть скрыты важные структуры и детали 
изображения.
Рисунок 19.14. Входное изображение (схематически)
Данный эффект показан на представленном выше микроскопическом 
изображении клеточных ядер ткани. Для предотвращения или 
инвертирования этого эффекта можно использовать ряд методов, таких 
как конфокальная лазерная сканирующая микроскопия или трехмерная 
деконволюция.
Принцип структурированного освещения
В АроТоте 2 применяется принцип структурированного освещения. Эта 
технология включает в себя введение сеточной структуры с линиями 
определенной ширины в плоскость полевой диафрагмы осветителя на 
оптическом пути отраженного света. Так как полевая диафрагма 
осветителя сопряжена с фокальной плоскостью, во время наблюдения 
через окуляр видна сетка, наложенная на фактический образец.
Рисунок 19.15. Изображение сетки
Изображение сетки показано на рисунке выше схематически. 
В действительности линии сетки намного тоньше.
Перемещение сеточной структуры
Механизм сканирования в слайдере АроТоте 2 используется для 
перемещения сеточной структуры в плоскости образца по меньшей мере в 
три определенных этапа. Сетка перемещается очень быстро (менее чем 
за 20 мс). Цифровое изображение поступает с каждой позиции сетки. На 
следующем рисунке схематически показано перемещение сетки:622 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1  Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 768 ---
19 Приложения и компоненты | 19.2 АроТоте.2
Позиция 1 Позиция 2 Позиция 3
Оптический срез
Три необработанных изображения совмещаются на ПК в режиме онлайн и 
отображаются в виде оптического среза. Это совмещенное 
результирующее изображение представляет собой оптический срез 
образца со следующими характеристиками:
■ Сеточная структура удалена из необработанных изображений.
■ Части изображения вне фокуса невидимы.
■ Резкость и контраст изображения усилены.
■ Разрешающая способность изображения в аксиальном направлении 
повышена.
Рисунок 19.16. Выходное изображение (схематическое)
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 623


--- стр. 769 ---
19 Приложения и компоненты | 19.2 АроТоте.2
Рисунок 19.17. Изображение образца: клеточные ядра
На рисунке выше представлено черно-белое изображение клеточных ядер 
(срез головного мозга личинки). Сверху слева: традиционный 
флуоресцентный срез; снизу справа: оптический срез.
Почему результирующее изображение является оптическим срезом?
Схематическое изображение сетки
Один из возможных способов объяснить это — использовать изображение 
сетки в образце;
Рисунок 19.18. Изображение сетки (схематическое)
Изображение сетки предоставляет необходимые сведения о расстоянии от 
установленной фокальной плоскости до различных структур образца 
(см. рисунок выше). Некоторые структуры образца расположены в фокусе, 
а другие — выше или ниже фокальной плоскости и проникают в 
установленную фокальную плоскость.
В методе сеточной проекции используется тот факт, что изображение 
сетки выше и ниже фактической фокальной плоскости размыто и 
проникает в размытые области образца. При перемещении линии сетки на 
фокальной поверхности появляются значительные яркостные контрасты 
(= контраст).
624 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 770 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Вне фокальной плоскости контрасты незначительны, поскольку образец и 
изображение сетки практически размыты. Яркостные контрасты 
обнаруживаются с помощью алгоритма, используемого для объединения 
необработанных изображений, а также удаления частей изображения, 
расположенных вне фокуса.
Режим исходных данных
Для просмотра исходных данных перейдите в режим отображения 
исходных данных Raw Data во вкладке АроТоте.
Difiwnucnt
Р К м * 1  --------- В
Zoorn
Took
i ^  i L:H  J ■
9 Ш  •c jT ’ ^T*^! г
V A H tom
$wi^Ch«Mcl
Htvi^jCw ) ^Intwpotaban 
Г Range Indkatof
CfMiimoge I
Bo вкладке Dimensions (Измерения) появится ползунок Phase (Фаза). 
Здесь можно выбрать отдельные позиции сетки. Этот режим отображения 
используется для поиска ошибок, например источника остаточных полос в 
обработанном результирующем изображении.
19.2.3 Оптимальные условия для получения изображений
Для создания оптимальных изображений в АроТоте должны выполняться 
следующие требования:
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 625


--- стр. 771 ---
19 Приложения и компоненты | 19.2 АроТоте.2
Время экспозиции камеры: устанавливается так, чтобы 
использовалось приблизительно 80% динамического диапазона камеры. 
Чем меньше динамический диапазон образов линий, тем зашумленнее 
будут результирующие изображения.
Правильная калибровка: хорошие результаты достигаются только при 
правильно выполненной калибровке. Для калибровки желательно 
использовать собственный образец. Если при этом не достигаются 
хорошие результаты, воспользуйтесь калибровочным слайдом, 
поставляемым в комплекте.
Достаточный контраст сетки на образце: хорошее изображение 
среза достигается только в том случае, если линии сетки в живом 
изображении четко просматриваются во всех областях объекта. При 
определенных обстоятельствах образцы с очень однородным 
окрашиванием могут не подходить для визуализации в АроТоте.
Избегайте вибраций во время получения изображений, так как любое 
смещение позиции сетки в ходе процесса получения изображения 
может привести к возникновению линейных артефактов.
Число фаз: несмотря на то, что три позиции сетки (также называемые 
фазами) могут полностью охватить структуры объекта, находящиеся в 
фокусе, и, следовательно, достаточны для создания оптических срезов, 
значительно лучшие результаты достигаются при получении 5 и более 
фаз. Поэтому в качестве стандарта используются 5 фаз.
Правильный выбор частоты сетки: в обычных обстоятельствах 
наилучшие результаты достигаются при автоматическом выборе сетки. 
Во время работы с трудными образцами, например при слабом 
окрашивании, выбор другой сетки вручную может обеспечить лучшие 
результаты.
Избегайте электрических помех: сканер АроТоте снабжен 
высокоточной системой управления. Во избежание неправильного 
позиционирования сетки избегайте воздействия электронных помех, 
например от близко расположенных к АроТоте сотовых телефонов.
19.2.4 Перечень рекомендованных объективов
В следующем перечне приводится общее описание рекомендованных 
объективов и их совместимость с некоторыми микроскопами. По ссылкам 
доступны подробные характеристики каждого объектива.
Общая схема
■ ЕС Plan-Neofluar (Axio Observer / Axio Zoom.VI6) EC Plan-Neofluar  
[►  626]
■ LCI Plan-Neofluar (Axio Observer / Axio Zoom.V16) LCI Plan-Neofluar  
[►  626]
■ Plan-Apochromat (Axio Observer / Axio Zoom.V16) Plan-Apochromat  [►  627]
■ LD LCIPIan-Apochromat (Axio Observer) LD LCIPIan-Apochromat  [►  627]
■ C-Apochromat (Axio Observer) CApochromat  [►  627]
■ LD C-Apochromat (Axio Observer) LD CApochromat  [►  628]
■ A Plan-Apochromat (Axio Observer) a Plan-Apochromat  [►  628]
■ A Plan-Fluar (Axio Observer) a Plan-Fluar[>  628]
626 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 772 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Микроскопы
■ Объективы для Axio Observer.
■ Объективы для Axio Zoom.VI6.
19.2.4.1 ЕС Plan-Neofluar
V Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза 
при 490 нм [RU/mkm]
DAPI с 
FS 34
DAPI с 
FS 49
Верхняя
сетка
Средняя
сетка
Нижняя
сетка
10х 0,3 Воздух 2,9/31,9 1,7/18,2 0,9/9,9 Да Да
20х 0,5 Воздух 2,4/9,2 1,4/5,3 0,7/2,9 Да Да
40х 0,75 Воздух 1,6/2,8 0,9/1,6 0,5/0,9 Да Да
40х 1,3 Масло 2,5/2,2 1,4/1,2 0,8/0,7 Да Да
бЗх 0,95 Воздух 1,0/1,1 0,6/0,7 0,4/0,4 Да Нет
бЗх 1,25 Масло 1,6/1,5 0,9/0,9 0,5/0,5 Да Да
ЮОх 1,3 Масло 1,0/0,9 0,6/0,5 0,4/0,3 Да Да
19.2.4.2 LCI Plan-Neofluar
V Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза 
при 490 нм [RU/mkm]
DAPI с 
FS 34
DAPI с 
FS 49
Верхняя
сетка
Средняя
сетка
Нижняя
сетка
25х 0,8 Масло, вода или 
глицерин
2,9/6,6 1,7/3,7 0,9/2,0 Да Да
бЗх 1,3 Вода или 1,5/1,3 0,9/0,7 0,5/0,4 Да Да
глицерин
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 627


--- стр. 774 ---
19 Приложения и компоненты | 19.2 АроТоте.2
бЗх
40х
бЗх
ЮОх
ЮОх
Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза 
при 490 нм [RU/mkm]
DAPI с 
FS 34
DAPIc 
FS 49
1,2 Вода 1,4/1,3 0,8/0,7 0,5/0,4 Да Да
19.2.4.6 LD CApochromat
Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза 
при 490 нм [RU/mkm]
DAPIc 
FS 34
DAPIc 
FS 49
Верхняя
сетка
Средняя
сетка
Нижняя
сетка
1,1 Вода 2,1 /2,3 1,3/1,4 0,7/0,7 Да Да
19.2.4.7 а Plan-Apochromat
Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза 
при 490 нм [RU/mkm]
DAPI с 
FS 34
DAPI с 
FS 49
Верхняя
сетка
Средняя
сетка
Нижняя
сетка
1,46 Масло 1,5/1,0 0,9/0,6 0,5/0,3 Да Да
1,46 Масло 1,0/0,7 0,6/0,4 0,3/0,2 Да No (Нет)
19.2.4.8 а Plan-Fluar
Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза 
при 490 нм [RU/mkm]
DAPI с 
FS 34
DAPIc 
FS 49
Верхняя
сетка
Средняя
сетка
Нижняя
сетка
1,45 Масло 1,0/0,7 0,6/0,4 0,3/0,2 No (Нет) No (Нет)
19.2.5 Подготовка: фазовая калибровка
Перед использованием АроТоте для проведения экспериментов, следует 
установить оптимальный угол наклона сканера на АроТоте 2. Эта тонкая 
регулировка сканера проводится только один раз после установки системы. 
Для этого используются зеркальное предметное стекло и специальный 
уголковый отражатель, поставляемые в комплекте с АроТоте 2.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 629


--- стр. 775 ---
19 Приложения и компоненты | 19.2 АроТоте.2
Калибровку необходимо выполнить только для одной сетки и одного 
объектива. Рекомендуется калибровать сетку для малой кратности 
увеличения (сетка, обозначенная литерой «L» для «малого увеличения») с 
использованием объектива 20х.
Позиционирование камеры также оптимизируется в диалоговом окне 
фазовой калибровки. Для достижения оптимальных характеристик 
горизонтальная плоскость камеры должна максимально точно 
располагаться параллельно линиям сетки АроТоте 2.
Процесс калибровки сопровождается мастером калибровки. Запустите 
мастер фазовой калибровки АроТоте (АроТоте Phase Wizard) в меню 
Acquisition (Получение изображений).
Мастер проведет вас через процесс калибровки, состоящий из пяти шагов. 
Следуйте указаниям в текстовом поле мастера.
1 Примечание
Для выполнения фазовой калибровки потребуется поставляемое в 
комплекте зеркальное предметное стекло и калибровочный рефлекторный 
модуль (424930-9902-000). Модуль предназначен для использования с 
источником белого света, например НХР120С, и не может использоваться 
со светодиодным источником света Colibri. Если ваша система АроТоте 
была заказана и поставлена исключительно с Colibri, то в комплекте 
должен присутствовать подходящий калибровочный рефлекторный 
модуль (424930-9000-000). Если источник света Colibri модернизирован, а 
калибровочный рефлекторный модуль отсутствует, фазовая калибровка 
невозможна. В этом случае обратитесь к торговому представителю 
компании ZEISS.
19.2.6 Шаг 1. Определение каналов с ломощью Smart Setup
Порядок действий
Цель
В этом щаге выполняется настройка двухканального эксперимента. Для 
этого воспользуемся функцией быстрой настройки Smart Setup. АроТоте 
находится в первом фиксированном положении, т. е. в пустом положении 
без сетки.
1 Поместите образец на столик микроскопа, выполните 
позиционирование с помощью функций вкладки Locate 
(Местоположение) и фокусировку.
630 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 776 ---
19 Приложения и компоненты | 19.2 АроТоте.2
2 Перейдите во вкладку Acquisition (Получение изображений) и создайте 
новый эксперимент в менеджере экспериментов (Experiment 
Manager):
Experiment Manager
f ApoTome »1
I yt Smart Setup Г Show all T New
Rename
AF а &
Find Focus Set Exposure Live Continuous
tSi :i-,c 
Sna Save As
П Z-Stack 
ritles 
[ Panorama 
Г  Time Series 5.51L
Im port
Export
Delete
3 Откройте диалоговое окно Smart Setup (Быстрая настройка)
Г  ^ Smart SetujT' l
4 Выберите соответствующие красители (в нашем случае Alexa 488 и 
Alexa 568);
Smart Setup
ContfiQufe youi esrperimcrit
P ro p o sa l
Atfd Dye or Contrasting Method U S
ftceently Used
I Aleij Fluor 4Д1 MTfsm □
|Ai ««4 Fluor Ш 60 3rvn ■
Aina Fluor 669 691 nm ■
Ш ? ЫЯптО
mWPl .2 Ы2 fsm ■
TL efT^httitld
Search
Dye Oalabase
i I ANS 4T9fvn □  •
\ 2-rfod«cy}t€Jotulrt» »S nm ■
j 2-Meth>'^«n;oia7cl« КЮпт ■
1 3 3-thmethyloiatineait>ocya 712 nm ■ j-.
' 5-CNF
' 5-fAM SlS rxm □ 1
5 ROX 694 run ■ t
5-TAMRA 567nmQ&
6-CR60 S47nm O f
6 HfX 5»nm □ 1
6 X)t 548 n m D |
6-UI М2 nm a  ^
7-M* 0 Counsann AcOM 91 nm ■ 1
Ai£eondjck Green iJOnmDI
AG SO S nm □ J
CoMtaKii^ Methedt
^  U Br.ghttield
i TICK
ILCarfctield
ILPtwxc й
n  Per ......... ............J
1 Add 1 ' C)o« :
ShowExcrutiort V$h«wEmru«n
5 Закройте диалоговое окно, нажав OK.
В инструменте Channels (Каналы) появятся два канала.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 631


--- стр. 788 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Порядок действий 1 Установите флажок Deconvolution (Деконволюция).
•:— г: 7 4  I I D epbyi
2e«»4 1 о '*<%!
Т о Ы »
S 9S  s/AOoF A
q i йм f ; V
Sei9le ChwMiel Г IUn9t In^iutw Г QwKh Cc 4oi )
R w ft* « >
Mock .. и|Л>.|Ь »«Kbv'’>«t| 
V С п в Ы »  io tttc b o r*
Co<*tct90n
founef f4tcr
f Г  No«nwiU4t»n
i«) Г  PCl««correction 
'.!«j & п4г72Л 1.1П п
f< 7  O O C O T h O lu e iO A  V S e t S tre n g th  M o n u o l^
Wm ); Moekim Sbong P *A |4 S ^rtK e n w o lijt« w  1
1  C < C 4 U M U ^
Убедитесь, что также активирована опция Set Strength Manually
(Установить силу вручную). Ползунок Strength (Сила) установлен на 
Medium (Средняя) по умолчанию. Пока оставьте эту настройку без 
изменений.
2 Нажмите кнопку Apply deconvolution (Применить деконволюцию).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 643


--- стр. 789 ---
19 Приложения и компоненты | 19.2 АроТоте.2
В зависимости от размера изображения и характеристик компьютера 
обработка займет от нескольких секунд до нескольких минут. Не 
забудьте также отрегулировать яркость и контраст, используя 
настройки во вкладке Display (Отображение) (с помощью кнопок 
Min/Max (Мин/Макс)).
Ш 1Я  •
1 —  ------------------------"
2«вп ; о  j” t
.-1* г: : ■  -
— ‘  V4«u4or»t
"— Т иш *
’ Single Ch«4nii * ft4nqilndU4ta» Оинк Cc4c*$wiup ' 
R«U4< -.1
Oipl*,
MuR>pi«Ch«nn*K 
A t ^
, V » Aufo Wivfci#»
../ 1  ......
G jm m a  in :'!0А5,1Д
Просмотрите полученную серию срезов по оси Z с помощью ползунка 
Z-Position (Позиция по оси Z) во вкладке Dimensions (Измерения).
644 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 790 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
4 Измените настройку Strength (Сила) во вкладке АроТоте до заметного 
улучшения качества изображения и исчезновения искажающего 
фонового шума.
5 Чтобы сохранить полученное изображение в отдельном графическом 
документе, нажмите кнопку Create image (Создать изображение).
АроТоте
Display Mode |  Optical Secttonirvg _ Normal'e^ion
iV Enable correction Decorrvotved image present!
Correction 
Fourier Filter
( Local bleaching
lOff
r~ Phase correction
Grid 272.37 I7rwn
F7 Deconvolution f~ Aberration conection
!7 Set Strength Manually
) I t •  < till
Weak Medium %ong  
f Create image )
Apply deconvolution J
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 645


--- стр. 797 ---
20 Часто задаваемые вопросы | 20.9 Что делать, если живое изображение остается черным
или белым после настройки экспозиции?_____________________________________________
20,9 Что делать, если живое изображение остается
черным или белым после настройки экспозиции?
Убедитесь, что кривая отображения не примыкает к правой/левой границе. 
Попытайтесь восстановить настройки кривой отображения по умолчанию, 
нажав кнопку Reset (Сброс) во вкладке Display (Отображение).
i ^ A S
I Histogram (З р -'''e Мо<Зе
i Г  Auto [  M ir/M axJ__^st Fit ]; 2.0-0 [ t * Гэ.О: | ' i ! CCurrent j * ' 'Ъ  ' Reset
I ('ll
: B'ack ■  0 Gam m a Ьз.45 Т ; ( !'0.45 1.0; W n te 5"Гбз'54'^ '“
20.10 Почему живое изображение отображается в
предельных цветах по сравнению с тем, что я  
наблюдаю в окуляры?
Причиной может быть неотрегулированная кривая отображения. 
Порядок действий 1 Нажмите кнопку Reset (Сброс).
2 Нажмите кнопку 0.45 или установите значение гаммы (Gamma) на 0,45.
3 Кроме того, вы можете нажать кнопку Min/Max (Мин/Макс) или Best Fit 
(Оптимальная подгонка).
AU j
Disp ay ROI Toois' Chart Tooi^E)qx>f^ RatK^
Histogram Sp ire M ode
Auti I (^M irA M axfB est Fit fi.O O  '(1 1 ! 0.01 [ 1 f s  Current j •» i I й ■ '((ft т ( Reset
Blackic Гс [J l Gam m a |"o.45 ' !_l" (_0.45 J W  ' W h te ri63S 4
652 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 798 ---
20 Часто задаваемые вопросы | 20.11 Почему разрешение изображения ниже заявленных
характеристик камеры? _____________________________________ __________________
20.11 Почему разрешение изображения ниже  
заявленных характеристик камеры?
Возможно, выбрана неправильная или неподходящая настройка.
Порядок действий 1 В инструменте Camera (Камера) раздела Acquisition ROI (Получение
изображения области интереса) нажмите кнопку Maximize 
(Максимизировать).
Acquisition ROI
( Maximize ]( Center )
Size
113SS у  
Offset
<! iwo UJ
[о Ц!
f _
f Refresh O^’en^iew ]
Pixel Size 6.45 X 6.45 ргг
2 В разделе Mode (Режим) убедитесь, что параметр Binning (Биннинг) 
установлен на 1x1.
Mode
Color Mode ВЛУ] Live Speed I S ow
Resolution (1538x1040 H | ’ Binning Г 1x1
20.12 Что делать, если живое изображение  
расфокусировано?
Повторно выполните фокусировку образца в микроскопе. В качестве 
дополнительной помощи вы также можете использовать панель 
фокусирования.
Порядок действий 1 Откройте контекстное меню, щелкнув правой кнопкой мыши по живому
изображению.
2 Выберите элемент Focus Ваг (Панель фокусирования).
В живом изображении отобразится панель фокусирования.
20.13 Почему цвет изображения отличается  
от наблюдаемого в окуляры?
в большинстве случаев это зависит от цвета используемого источника 
света. В следующей инструкции предполагается, что используемый 
источник света установлен на белый.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 653


--- стр. 799 ---
20 Часто задаваемые вопросы | 20.13 Почему цвет изображения отличается от наблюдаемого 
в окуляры?
Порядок действий 1 Нажмите кнопку Default (По умолчанию) в инструменте Camera
(Камера) раздела Settings (Настройки) для восстановления заводских 
настроек камеры.
Settings
Default 1 • 1  f5Tvl f Reload'
2 Нажмите кнопку Set Exposure (Установить выдержку).
АГ
rind Focus
a
Set Exposure i Live
CSi
Continuous
(S)
Snap
r~ Link Cameras
Active Camera I AxioCamHR3.......................
SettT.gs
■  Defau* • 1
Exposure t'fne 
Time -------- •
f Reload'
11.6 [ I f  1 rns !'•
Auto Exposure Set Exposure J
3 Bo вкладке Display (Отображение) нажмите кнопку 0.45. Если эта 
кнопка не отображается, включите режим Show all (Показать все).
Display RdTools'l'Chart'Tooi^Export^
(Vihcr, Д ■ ’ j.
Histogram
A u to f M in/M axT ’sest Fit '] [ г В ^  ifo H ~ T ]
Г So,ire Mooe
654 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 802 ---
Глоссарий
Regularized Inverse  
Filter
(Упорядоченный  
обратный фильтр)
Обратный фильтр — это подлинный трехмерный метод, который обычно 
достигает лучших результатов, чем алгоритм Nearest Neighbor (ближайший 
сосед). В основном он включает в себя деление преобразования Фурье 
(FT) объема на FT функции PSF, что может вычисляться очень быстро. В 
вещественном пространства это соответствует деконволюции. Кроме того, 
применяется статистический метод (Общая перекрестная проверка на 
достоверность, GCV), который определяет составляющую шума в 
изображении и автоматически устанавливает оптимальную силу 
восстановления. Этот процесс также известен, как регуляризация. Этот 
метод очень хорошо подходит для обработки нескольких серий 
изображений с целью предварительного выбора изображений для 
применения итеративного «высококлассного» метода. Однако получение 
серий срезов по оси Z должно происходить с корректным расстоянием 
(Найквиста). Рекомендуем получать дополнительные плоскости по оси Z 
выше и ниже структуры интереса.
Smart Setup Smart Setup — интеллектуальный и удобный в использовании центр 
(Быстрая управления флуоресцентными изображениями. Просто выберите 
настройка) флуорохром из более чем 500 хранимых красителей, и ПО ZEN
автоматически определит оптимальные сочетания фильтров и настройки 
получения изображений для вашего эксперимента.
Визуализация с  
широким полем 
обзора
В
Классические микроскопы часто называются «широкопольными» для того, 
чтобы отличать их от систем микроскопии с возможностью выделения 
оптических срезов, таких как лазерные сканирующие микроскопы. В 
отличие от подобных систем, широкопольные микроскопы не способны 
распознавать данные изображения в продольном направлении (по оси Z), 
что приводит к созданию размытых изображений, и поэтому они, по 
существу, являются слабыми системами трехмерной визуализации. 
Существуют методы, которые компенсируют отсутствующую возможность 
продольного выделения срезов в широкопольных микроскопах, такие как 
трехмерная деконволюция или структурированное освещение (АроТоте, 
Elyra-S).
Гауссовское
распределение
Излучение флуоресцентного света фактически имеет пуассоновское 
распределение. Однако если во время визуализации преобладает шум 
детектора или образы изображения незначительно превосходят шум 
камеры и, следовательно, очень темные, то к подобным изображениям 
обычно применяется нормальное распределение по Гауссу.
Деконволюция
д
Деконволюция — метод, используемый для улучшения изображений, в 
частности флуоресцентных. Визуальная информация, полученная с 
помощью микроскопа, не может полностью воспроизвести структуры 
реального объекта. Э то  о б усл о в л ен о  тем, что  во время получения 
изображения возникают неминуемые искажения, создаваемые оптикой и 
электроникой. Кроме того, особенно в случае с флуоресцентными 
микроскопами, в которых не предусмотрены методы создания оптических 
срезов, в получаемое изображение постоянно проникает свет из областей 
объекта, расположенных за пределами фокальной плоскости объектива. 
Это относится к структурам, которые пользователь в действительности 
хочет видеть, но которые приводят к снижению контраста и, как следствие, 
видимому разрешению. Подобные электронно-оптические эффекты могут
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 657


--- стр. 803 ---
Глоссарий
быть описаны математически в виде функции рассеяния точки (PSF). Если 
известна PSF, то с помощью деконволюции можно в значительной степени 
устранить негативные эффекты. Благодаря ей создается абсолютно 
резкое контрастное изображение объекта. Обычно деконволюция 
применяется к серии срезов по оси Z, т. е. используется в качестве 
трехмерного метода. Однако она также может ограниченно использоваться 
для улучшения качества двухмерных изображений. Основательный обзор 
деконволюции можно найти в руководстве Wallace et al., 2001: А 
Workingperson's guide to deconvolution in light microscopy; Biotechniques 31: 
1076-1097.
Коррекция
обесцвечивания
К
Кимограф Кимограф — двухмерное представление движущегося объекта во
времени. Перемещение объекта отслеживается с помощью линии или 
кривой заданной толщины с построением динамичного графика 
интенсивности. Кимографическое изображение отображает значения 
интенсивности вдоль линии по оси X, а временные точки наносятся по 
оси Y. С помощью этого метода можно визуализировать и анализировать 
скорость перемещения и ускорение объектов с помощью простого 
двухмерного представления.
Кнопки Motif С помощью кнопок Motif можно оптимизировать получение изображений по 
таким параметрам, как скорость или качество. Все параметры (например, 
разрешающая способность камеры или динамический диапазон) в режиме 
Acquisition (Получение изображений) или инструменте Channels (Каналы) 
определены автоматически. Они в основном влияют на настройки камеры, 
детектора и освещения.
Характеристики широкопольного флуоресцентного микроскопа основаны 
на предположении, что все плоскости по оси Z имеют одинаковую общую 
яркость независимо от позиции фокусировки. Обесцвечивание 
корректируется посредством применения поправочного коэффициента к 
каждой плоскости по оси Z. Однако это предположение не относится к 
методам, результатом применения которых является создание оптических 
срезов, таких как конфокальные изображения.
Яркость микроскопных изображений зачастую уменьшается к краям. Это 
обусловлено, например, смещенным или неравномерным освещением, 
непостоянными условиями освещения или загрязненной оптикой. ПО ZEN 
способно устранить подобные помехи с помощью так называемой 
коррекции равномерности освещения (Shading Correction). Для начала вам 
понадобится белое изображение. Оно будет выполнять функцию 
эталонного фона изображения, которое необходимо скорректировать.
Критерий Критерий Найквиста констатирует, что сигнал должен быть обнаружен по 
Найквиста меньшей мере с удвоенной точностью для надежного получения всех 
частот сигнала. При получении изображений с низкой разрешающей 
способностью могут возникать нежелательные эффекты, такие как 
наложение. Это означает, в практическом смысле, что для выполнения 
деконволюции микроскопные изображения должны иметь разрешающую 
способность, которая по меньшей мере вдвое превышает оптическое 
разрешение как в поперечном, так и продольном направлениях.
Коррекция
равномерности
освещения
Мастер анализа 
изображений
М
Мастер анализа изображений позволяет очень легко создавать 
подпрограммы автоматических измерений. Данный мастер обеспечивает 
получение точных результатов без необходимости тратить время на 
программирование. Это позволяет выполнять даже сложные измерения за 
несколько минут.
658 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 804 ---
Глоссарий
Область мозаики
Общая 
перекрестная 
проверка на 
достоверность  
(GCV)
Принцип работы  
модуля Airyscan
Пуассоновское
распределение
В экспериментах с мозаиками областью мозаики называется группа 
отдельных полей изображения (мозаик), подходящих друг к другу и 
организованных в форме сетки. С помощью областей мозаик можно 
получать участки с измерениями, которые превышают размер отдельного 
поля изображения. В рамках эксперимента ряд областей мозаик можно 
получить в различных позициях на образце. Каждая область мозаики 
опирается на X- и Y-координаты столика и Z-координату привода 
фокусировки. Области мозаик определяются с помощью инструмента Tile. 
После получения отдельные области мозаик отображаются в виде сцен.
Регуляризация, которая уменьшает влияние шума во время восстановления 
изображения, обычно управляется параметром, который в большинстве 
случаев определяется эвристически, методом проб и ошибок. Метод общей 
перекрестной проверки на достоверность (GCV) позволяет рассчитать этот 
параметр даже в сложных условиях минимизации пуассоновского 
максимального правдоподобия.
П
Обычный конфокальный микроскоп подсвечивает одну точку на образце для 
определения сигнала флуоресценции. Расфокусированное световое 
излучение проходит через точечную диафрагму, размер которой 
определяет, сколько узоров Эйри будет выявлено детектором. Вы можете 
увеличить разрешение, уменьшив размер точечной диафрагмы, но значение 
отношения «сигнал-шум» значительно снизится, так как точечная диафрагма 
будет пропускать меньше светового излучения. Модуль Airyscan ZEISS 
воплощает собой новую концепцию. Вместо пропускания света через 
точечную диафрагму, 32-канальный детектор области одновременно 
собирает весь свет в узоре Эйри. Каждый из элементов детектора 
функционирует как отдельная, очень маленькая точечная диафрагма.
Знание траектории пучка и расположения в пространстве каждого узора 
Эйри обеспечивает возможность сверхлегкой, эффективной визуализации: 
теперь вы можете использовать все фотоны, собранные объективом вашего 
устройства.
Излучение фотонов флуорохромами имеет статистическое распределение, 
известное как «пуассоновское распределение». Это предпочтительная 
модель, принятая за основу для расчета деконволюции. Она применяется в 
случаях, когда преобладающая доля шума изображения вызвана дробовым 
шумом (шум типа «соль и перец»). Это предположение применяется к 
изображениям, которые были получены с помощью качественных, 
малошумных детекторов с использованием их динамического диапазона.
Режим исходных  
данных
Модуль АроТоте объединяет преимущества широкоугольных систем 
визуализации и преимущества выделения оптических срезов. Изображения, 
полученные во вкладке Acquisition (Получение изображений), содержат все 
изображения, полученные из сетки. Эти изображения сетки также 
называются фазовыми или необработанными изображениями. Такой 
принцип обладает рядом преимуществ: 1) все полученные данные 
сохраняются и не исключаются; 2) сам процесс получения изображений не 
замедляется ресурсоемкостью обработки; 3) предоставляется доступ к 
различным методам коррекции, обеспечивая гибкость в обращении с 
образцом должным образом сразу после получения изображения; 4) 
фазовые ошибки (=в позиции сетки), возникающие во время получения 
изображения и вызываемые, к примеру, вибрациями микроскопа, могут быть 
с большой вероятностью устранены с помощью фазовой коррекции без 
необходимости повторного получения изображения; 5) вы можете 
достигнуть заметного повышения разрешения и контраста с помощью
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 659


--- стр. 805 ---
Глоссарий
специально адаптированного к АроТоппе режима деконволюции, 
присутствующего во всех системах; 6) режим исходных данных облегчает 
анализ изображений, который выявляет ошибки или артефакты в 
разделенном на срезы изображении, которые в другом случае остались бы 
незаметны.
Сферическая
аберрация
Флуоресцентные
гранулы
Функция
Drag&Drop
Функция 
рассеяния точки  
(PSF)
Для достижения максимальной оптической разрешающей способности 
каждый объектив должен использоваться с определенной иммерсионной 
средой. В микроскопии, особенно в бионауке, не всегда возможно поместить 
образец в среду с необходимым показателем преломления. Если луч света 
проникает в заливочную среду с неподходящим показателем преломления, 
то это приводит к возникновению сферической аберрации. Чем дальше от 
покровного стекла измеряется PSF, тем больше она становится 
асимметричной. На практике это проявляется в виде увеличения потери 
яркости по мере увеличения расстояния до покровного стекла. 
Компенсировать сферическую аберрацию можно с помощью объективов с 
корректирующими кольцами либо объективов, рассчитанных на 
определенные заливочные среды (например, водные растворы). Тем не 
менее в ограниченных пределах сферическую аберрацию можно 
компенсировать во время деконволюции, учитывая параметры, 
ответственные за данный эффект, во время расчета теоретической PSF. 
Более подробно о сферической аберрации см. S. F. Gibson, F. Lanni, 
“Experimental test of an analytical model of aberration in an oil-immersion 
objective lens used in three-dimensional light microscopy”. J. Opt. Soc. Am. A, 
vol. 8, no. 10, pp. 1601-1613, October 1991.
Ф
Флуоресцентные гранулы часто используются для измерения функции 
рассеяния точки (PSF). Диаметр этих гранул, как правило, значительно ниже 
предела разрешающей способности используемого объектива. Зная форму 
и размер гранул, можно определить различные оптические параметры 
микроскопа. Для измерения PSF, при использовании объектива с числовой 
апертурой 1,4, следует использовать гранулы диаметром 50-170 нм.
Дословно переводится как «перетащить и опустить». Осуществляет 
перемещение объектов (например, файлов, иконок и т. д.) на экране из 
одной папки в другую. Н1ажатием и удерживанием левой кнопкой мыши 
объект перемещается в место назначения вместе с мышью.
Все электронно-оптические эффекты, которые влияют на создание 
микроскопного изображения могут быть описаны математически в виде 
функции рассеяния точки (PSF), Если известна PSF, в большинстве случаев 
для устранения негативных эффектов на микроскопных изображениях 
можно использовать деконволюцию. Существует три возможных способа 
определить PSF: теоретический — с помощью известных ключевых 
оптических параметров, экспериментальный — с помощью измерений с 
использованием флуоресцентных гранул известного диаметра, слепой — с 
помощью метода, который работает на основе предварительных знаний. В 
ПО ZEN реализована теоретическая модель Пенни и Гибсона, которая также 
моделирует асимметрии, наподобие тех, которые могут возникать из-за 
сферических аберраций (см. S. F. Gibson, F. Lanni, “Experimental test of an 
analytical model of aberration in an oil-immersion objective lens used in three- 
dimensional light microscopy”, J. Opt. Soc. Am. A, vol. 8, no. 10, pp. 1601-1613, 
October 1991).
Эффект ореола Ореол — это (как правило, нежелательный) эффект в цифровой обработке 
изображения («ореол» вокруг объекта изображения).
660 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 806 ---
Алфавитный указатель
Category (Категория)
Область мозаики 338, 339 
Позиции 338, 339 
Присвоение 297 
Создание новой 297 
Упорядочивание 299 
Create (Создать)
Категория 297
Локальная фокальная поверхность 286 
Области мозаик 275, 276 
Общая фокальная поверхность 290 
Позиции 277,280 
Сканирование просмотра 272 
Шаблон подложки 306
Distribute (Распределить) 29
Локальные контрольные точки 286 
Общие контрольные точки 290
Options (Опции) 
Мозаики 342
Properties (Свойства) 
Вкладка 336
контрольных точек 339 
областей мозаик 336 
позиций 338
Select (Выбрать)
Диалоговое окно Sample Carrier 
Template 324 
Категория 297 
Степень интерполяции 295 
Шаблон подложки 305 
Shuttle & Find 382
Распределение контрольных точек 286 
Создание 275, 276
Быстрый выбор профиля 492
В
Введение 491
Величина расширения воздушной 
границы 565, 597 
Вкладка
Контрольные точки 339 
Настройка области мозаики 329 
Настройка позиции 332 
Подложка 327 
Свойства 336 
Вкладка Carrier 327 
Вкладка Preview Scan 326 
Вкладка Processing
Концепция настроек 61 
Последовательность операций 61 
Вкладка Scan 607 
Вкладка Setup 329 
автоматическая 44 
Настройка серии срезов по оси Z
Настройка серии срезов по оси Z, 
ручная 45
Получение изображений срезов по оси 
Z 43
Ручная настройка 483 
Создание EDF-изображения 96 
Вращение двухмерных изображений 132 
Вращение 131 
Выбор дизайна 240 
Выполнение деконволюции 
Настраиваемая 67 
По умолчанию 63 
Выравнивание каналов 125 
Выравнивание каналов(расширенное) 137 
Выравнивание серии срезов по оси Z 127
Tile Region (Область мозаики) 
Категория 338, 339 
Копирование 281 
Присвоение имени 296 
Присвоение категории 297
Геометрические преобразования 125, 137
Глобальные данные светлопольных 
профилей 579
Глобальные данные флуоресцентных 
профилей 554
Границы / Фильтрация верхних частот 124
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 661


--- стр. 807 ---
Алфавитный указатель
д
Деконволюция 98 
Диалоговое окно
Выбор шаблона подложки 324 
Дискретизация 133 
Добавление аннотаций 33
Запуск программного обеспечения 21 
Запуск сканирования просмотра 609 
Запуск сканирования 609 
Значение пикселей 27
И
Измерение интенсивности флуоресценции в 
многоканальном изображении 206 
Измерение толщины слоя 463 
Изображение с эталонной равномерностью 
освещения из мозаичного 
изображения 510 
Изображения временной серии 47 
Импорт изображения
Поддерживаемые типы файлов 199 
Индикатор выполнения 26 
Индикаторы производительности 26 
Инструмент Axio Scan 612 
Инструмент Naming Definition 610 
Инструмент Storage Location 611 
Инструменты 
Инструменты 476 
Инструменты 477
К
Кадрирование области интереса 92 
Калибровка
Столик 258, 263 
Шаблон подложки 306 
Калибровка держателя образца 
М а с те р  3 9 0 , 4 4 2  
Камера
Настройка ориентации 260,265 
Категории
Позиции 338 
Компоненты 29 
Контраст 35
Контрастная грубая и точная 
автофокусировка 556 
Контрольные точки
Вкладка 339 
Локальные 319 
Общие 319 
Проверка Z-величин 288 
Проверка позиций по оси Z 293 
Распределение по области мозаики 286 
Распределение по подложке 290 
Конфигурация рабочего пространства 23 
Копировать
Область мозаики 281 
Позиция 281
Л
Лаплас 125
Локальная дисперсия 125 
Локальная фокальная поверхность 286
М
Макс, градиент 125 
Макс, удлинение 565, 597 
Массивы позиций 316 
Опции 318
Мастер калибровки Axio Scan 607 
Мастер обнаружения тканей 604 
Мастер создания профиля сканирования 551 
Мастеры 476 
Мастеры 478
Модуль Confocal Topography 463 
Модуль 463 
Мозаики и позиции
Выбор степени интерполяции 289 
Настройка простого эксперимента с 
мозаиками 267
Настройка простого эксперимента с 
позициями 269
Мозаики 311
Опции 320, 342
Проверка области мозаик / позиций 322
Н
Набор измерения резкости 
FFT 574, 592 
HG 2''8 574, 592
Базовый 573, 592 
Наилучший 573, 592 
Степень контрастирования 574, 592 
Набор стратегий распределения точек 
фокусировки 
Каждая п-я 575, 590 
Каждая мозаика 576, 590
662 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке


--- стр. 808 ---
Алфавитный указатель
Кожица лука 575, 589 
Плотность 576,591 
Размер ячеек расчетной сетки 577, 591 
Центр тяжести 577, 592 
Число фокусных точек 576, 590 
Настройка микроскопа
Настройка области интереса для изображения 
предпросмотра Флуоресцентные 
профили 508
Настройка ориентации камеры 260, 265 
Настройка позиций по оси Z 283 
Настройка физиологического 
эксперимента 353 
Настройка языка пользователя 28 
Настройки карты фокусировки 572, 587 
Настройки обнаружения тканей 562, 594 
Настройки сканирования просмотра 
светлопольных профилей 584
Настройки сканирования светлопольных 
профилей 593
Настройки сканирования этикеток 556, 580
Области мозаики
Настройка Z-величин 283 
Область интереса для
обнаружения тканей 563, 595 
Обнаружение тканей 566, 598 
Обработка изображений
Сохранение настроек для функции 
обработки изображений 61 
Обработка изображений 61 
Обработка 146 
Обратная связь по эксперименту 
Концепция 238
Последовательность операций 239 
Общая фокальная поверхность 286 
Одиночные позиции 315 
Опции 317
Однопиксельный фильтр 146 
Окно Magazine 613
Представление данных о слайде 615 
Сведения о кювете 615 
Окно S&F 384 
Оператор Робертса 124 
Определение
Области мозаик 329 
по контуру 275, 329 
по массиву 277, 333 
по местоположению 277, 332
по подложке (мозаики) 276, 331 
по подложке (позиции) 280, 335 
по предустановленным значениям 275, 
329
Позиции 332
Оптимизация настроек живого 
изображения 34
Оптическое распознавание символов 
(OCR) 556, 580 
Опции масштабирования 26 
Опции модуля Tiles 342 
Опции предметного просмотра 327 
Ориентация этикетки 558, 582 
Ортогональная проекция 135 
Открепление/закрепление окон 
инструментов 241 
Отобразить/Скрыть области 241 
Отражение 133
П
Пакетная обработка — экспорт 
изображения 87 
Панель документов 25 
Панель инструментов 23 
Shuttle & Find 382 
Мозаики 311
Программная автофокусировка 488 
Сканирование просмотра 326 
Папка хранения 27 
Параметр Image Export 184 
Перемещение
Подложка 299 
Подложка 318
Выбор шаблона 305 
Диалоговое окно Select Template 324 
Калибровка шаблона 306 
Перемещение 299 
Персонализация шаблона 306 
Распределение контрольных точек 290 
Создание шаблона 306
Подсчет числа флуоресцентных каналов на 
ядра 213
Позиции 315
Вкладка Setup 332 
Категория 338, 339 
Копирование 281 
Н1астройка Z-величин 284 
Опции 317 
Присвоение имени 296 
Присвоение категории 297
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 663


--- стр. 809 ---
Алфавитный указатель
Создание 277, 280 
Поле обзора столика 325 
Получение изображений временной серии 47 
Получение изображения в АроТоте 620 
Получение многоканальных изображений 38 
Получение мозаичных изображений 
Введение 257 
Использование подложек 305 
Калибровка столика 258, 263
Копирование области мозаики или 
позиции 281
Модуль Tiles & Positions с расширенными 
настройками 271 
Настройка позиций по оси Z 283 
Перемещение подложки после 
инкубации 299
Присвоение категорий областям мозаик и 
позициям 296
Пользовательский интерфейс 22 
Последовательность операций 61 
Правая область инструментов 25 
Правдоподобие 102 
Присвоение 
Имя 296 
Категория 297 
Проверка позиций по оси Z 
контрольных точек 293 
Программная автофокусировка 488 
Профиль сканирования по умолчанию 608
Позиции 317
Свойства (контрольные точки) 339 
Свойства (мозаики) 336 
Свойства(позиции) 338 
Режим Show all 29 
Ручное масштабирование 35
Сведения о системе 26 
Сглаживание изображения 146 
Сканирование просмотра с камерой 
(предварительного) просмотра для 
флуоресцентных профилей 562 
Сканирование просмотра с объективом 
(предварительного сканирования) для 
флуоресцентных профилей 560 
Смещение 136
Создание поднабора изображений 92 
Создание сканирования просмотра 272 
Создание частей изображения 85 
Срез
Подложка 318 
Позиции 315
Фокальная поверхность 319 
Строка меню 23 
Строка состояния 26 
Сумма градиентов 125 
Схема сортировки 566, 598 
Сшивка 128
Коррекция равномерности освещения 128
Работа в окне MeanROI 345 
Работа со стратегиями фокусирования 55 
Распознавание штрихкода 556, 580 
Расчет коэффициента для двух длин 
волны 352
Расчет коэффициента для одной длины 
волны 352
Расширение ImageJ в ОАО 252 
Концепция ОАО 249 
Расширенные настройки модуля Tiles 324 
Расширенный мастер создания профиля 
сканирования 553
Регулировка настроек живого изображения 
Гамма 35 
Контраст 35 
Яркость 35
Регулировка настроек сканирования(FL) 528 
Редактировать
Массивы позиций 318 
Одиночные позиции 317
Тип распознавания тканей 
Топография 463
555, 580
Увеличение/уменьшение рабочего 
пространства 241 
Увеличенная глубина резкости 96 
Упорядочение 102
Ф
Фильтр Собеля 125 
Фокальная поверхность 319 
Локальная 286 
Общая 286
Создание локальной 286 
Создание общей 290 
Функции обработки изображений
Коррекция равномерности освещения 122
664 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке