Амплификатор нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 8 ---
Глава 1 О системе
Блоки VeriFlex"
Блоки VeriFlex
Сбор данных
Применяемая технология Applied Biosystems VeriFlex™ обеспечивает наличие
независимых температурных зон, облегчающих функциональность и точный
контроль проведения количественной полимеразной цепной реакции (ПЦР).
В системе Applied Biosystems QuantStudio 5 для количественного обнаружения
продуктов ПЦР в режиме реального времени - шесть программируемых зон
для 96-луночного блока в формате 0,2 мл. Указанные независимые зоны
идеально подходят для оптимизации количественной ПЦР, обеспечивая
возможность проводить несколько экспериментов одновременно. В отличие
от стандартного градиентного подхода с сигмоидальной кривой
температуры, соединяющей колонки, блоки VeriFlex™ помогают
обеспечивать точные температуры по каждой зоне.
Сбор исходных данных флуоресценции в системах для количественного
обнаружения продуктов ПЦР в режиме реального времени "Амплификатор
нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-
флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени»
происходит во время цикла ПЦР в различных точках, в зависимости от типа
выполняемой ПЦР:
Тип ПЦР Точка сбора данных
В режиме
реального
времени
Стандартная кривая
Относительная стандартная
кривая
Сравнительная Ст (АДСт)
Кривая плавления
Во время составления протокола
термического циклирования. Как
правило, сбор данных выполняют
во время каждого цикла
отдельной стадии ПЦР или
непрерывно во время стадии
плавления.
После
проведения
ПЦР (в
конечных
точках)
• Генотипирование
• Наличие/Отсутствие
После завершения
термического циклирования.
(Для экспериментов на
наличие/отсутствие сбор
данных до проведения ПЦР
не обязателен, но
желателен).
(Дополнительно) Перед
началом термического
циклирования; сбор данных
во время проведения ПЦР
может помочь при поиске и
устранении неисправностей.
Во время составления протокола система выполняет сбор исходных данных
флуоресценции в различных запрограммированных точках. В каждой точке
система выполняет сбор данных из одного или нескольких каналов
оптического фильтра.
--- стр. 9 ---
Фильтры, используемые в системах, и поддерживаемые системами красители
Глава 1 О системе
Фильтры, используемые в системе, и поддерживаемые
системой красители
Системные
красители
в «Амплификаторе нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с
гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме
реального времени» используются наборы связанных четырехцветных или
несвязанных шестицветных фильтров, поддерживающих красители,
показанные в нижеприведенной таблице. За дополнительной информацией о
наборах реагентов для спектральной калибровки на флуоресцентные
красители, имеющихся в наличии для системы "Амплификатор нуклеиновых
кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной
детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени», обращайтесь в
службу поддержки.
Таблица 1: Системные красители, поддерживаемые системой “Амплификатор
нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной
Пиков
ый
диапазо
_н_____
Цвет
Длина волны фильтра
(нм)П1 Красители с
предварительной
калибровкой
Пример
шшшавкктт
красителей
ВоЗбуа^Нй!Испускание
x1-m1 Синий 470 ±15 520 ±15 FAM~hSYBR®
зеленые
SYT09
x2-m2 Зеленый 520 ±10 558 ±12 VIC™ HEX™, ТЕТ™ и
JOE™ [2]
x3-m3 Желтый 550 ±10 587 ±10 ABY®, NED™ и
TAMRA™
Су®3
x4-m4 Оранжев
ый
580 ±10 623 ±14 JUN®hROX™ Техасский
красный™
x5-m5 Красный 640 ±10 682 ±14 Су®5 и MUSTANG
PURPLE®
LIZ™
x6-m6 Глубокий
красный
662 ±10 711 ±12 Нет(з] Су®5.5
П Центральные длины волн являются оптимизированными.
Красители HEX™ and ТЕТ~от компании Термо Фишер Сайентифик (Thermo Fisher Scientific) входят в
диапазон длины волны излучения системы, таким образом, их можно добавлять и адаптировать
для экспериментов, выполняемых с использованием системы. Чтобы добавить любой из этих
красителей в библиотеку красителей, выполняют калибровку на пользовательские красители. С
дополнительной информацией можно ознакомиться в Приложении С «Получение расходных
материалов для калибровки».
Данный набор фильтров в настоящее время не поддерживает красители от компании Термо
Фишер Сайентифик (Thermo Fisher Scientific).
PI
Длина волны
(нм)
Спектры
испускания
Фильтры
6 6 6 11
--- стр. 10 ---
Рис. 1 Системные красители
0 x1-m1 — FAM™, SYBR® зеленые
О 2 х2-т2 —VIC™
0 хЗ-тЗ —ABY®, NED™, Су®3 и TAMRA^
0 х4-т4 —JUN®, ROX™ и техасский
0 красный™
5 х5-т5 — Су®5 И MUSTANG PURPLE*
Глава 1 О системе
11
--- стр. 23 ---
Настройки системы
Глава 2 Управление системой в ручном режиме
Настройки системы
Примечание: Пошаговые инструкции по использованию каждой настройки
можно найти в разделе «Справка» (Help)
Меню настроек
Настройки системы
Техническое обеспечение и
обслуживание
Подменю
Имя системы
Дата/Время
Режим ожидания
Сетевое соединение
Температура нагревательной крышки
Восстановление заводских настроек по
умолчанию
Обновление программного обеспечения
Самопроверка
Контроль
Журнал
Статистика системы
Резервная копия/Восстановить
* Резервная копия
* Восстановить
Примечание: Опция
«Восстановить» доступна, только
если вы вошли в систему как
администратор
Описание
Позволяет администратору вводить имя
системы. Администратор также может
добавлять аватар системы с экрана
«Имя прибора» (Instrument name).
Система поддерживает только форматы
файлов изображений .jpg, ,png и.gif
Примечание: Убедитесь, что вы
сохранили файлы изображения только в
корневой папке USB-накопителя, а не в
порпапке______________
Позволяет выбрать временной пояс и
форматы даты и времени для системы
Позволяет активировать режим
ожидания, чтобы неиспользуемый
прибор потреблял меньше энергии
Позволяет выбирать между проводным и
беспроводным сетевым соединением
Позволяет устанавливать температуру
нагревательной крышки
Позволяет восстанавливать заводские
настройки системы по умолчанию
Позволяет обновлять ПО сенсорного
экрана через USB или облачный сервис.
Позволяет выполнять проверку
аппаратного обеспечения системы
Позволяет отправлять события системы
и выполнять контроль графиков
амплификации с панели инструментов
учетной записи Thermo Fisher Cloud
Позволяет просматривать журнал
прогона и связанных с ним событий
хода
Отображает переменные значения
системы, например. Счет циклов блока
(Block Cycle Count) и Срок службы
светодиода (LED Life)
Позволяет создавать резервные
копии настроек системы,
пользовательских учетных записей и
методов на иЗВ-накопителе или в
«облаке»
Позволяет просматривать файлы,
для которых были созданы
резервные копии на USB-накопителе
или в «облаке»
21
--- стр. 24 ---
Глава 2 Управление системой в ручном режиме
Настройки системы
Меню настроек Подменю Описание
Техническое обеспечение и
обслуживание
Калибровки
* рассматриваемой области и на
однородность
* на флуоресцентные красители
■ «История и напоминания»
* заданные пользователем
Позволяет выполнять калибровки
рассматриваемой области и на
однородность, на флуоресцентные
красители и калибровки, заданные
пользователем. Также можно
устанавливать напоминания о
калибровках и просматривать историю
калибровок с экрана «История и
напоминания»
Режим подготовки к отправке Предлагает инструкции по подготовке
системы к безопасной транспортировке
Тест-система для количественного
определения РНКазы Р для проверки
рабочих характеристик системы
Предлагает инструкции по проверке
рабочих характеристик прибора при
помощи тест-системы для
количественного определения РНКазы Р
О системе О системе Отображает характеристики системы:
номер модели, версию прошивки и
серийный номер термоблока
Лицензионное соглашение Отображает лицензионное соглашение
с конечным пользователем
программного обеспечения и
ограниченную гарантию качества
изделия
Примечание; Лицензионное соглашение
можно экслоотиоовать на USB-накопитель
История прогонов • Отображает перечень прогонов,
выполненных с использованием
системы.
• Отображает запущенные файлы,
сохраненные в системе.
Сохраненные запущенные файлы
можно переносить или удалять.
Уведомления Позволяет активировать и
просматривать уведомления системы,
например, обновления ПО, оповещения
и пр. Количество уведомлений,
доступных для просмотра, отображается
над Настройками на Главном экране
Управление пользователями
Примечание:
Администратором
становится первый
пользователь,
создавший локальную
учетную запись в
системе.
Функция «Управление
учетными записями»
доступна только при
наличии прав
администратора
Таймер выхода Позволяет вводить продолжительность
отсутствия активности пользователя
прежде, чем выйти из системы
Управление клиентами
• Система
• Облако
• Все учетные записи
Отображает информацию учетной
записи для системы и
соответствующую учетную запись
облачного сервиса
21
--- стр. 25 ---
Краткое описание функций сенсорного экрана прибора
прибор оснащен интерфейсом с сенсорным экраном, который можно
использовать следующим образом:
• Редактировать
• Выполнять запуск
• Контролировать ход экспериментов
• Выполнять техническое обеспечение
Сенсорный экран обеспечивает доступ к большей части функций прибора.
Такие функции, как анализ экспериментов и дистанционное уведомление,
доступны только при использовании настольного программного обеспечения
QuantStudio Design and Analysis и облачного программного обеспечения
QuantStudio Design and Analysis.
В нижеприведенной таблице представлены функции, которые можно
выполнять с сенсорного экрана прибора.
,, , Глава 2 Управление системой в ручном режиме I
Краткое описание функции сенсорного экрана системы Настройки системы I
Категория I Функция
Операционные Создание экспериментов на основе матриц
Запуск экспериментов
Контроль экспериментов
Передача и удаление экспериментов, матриц и
результатов в/из облака Thermo Fisher Cloud или
USB-накопителя
Калибровка прибора
Техническое обеспечение Создание резервных копий и восстановление
настроек прибора
Выполнение самопроверки прибора
Установка и протоколирование новой лампы [“ Ч
Обновление прошивки прибора
Администрирование Определение даты и времени
Определение настроек прибора
Определение сетевых настроек
Определение напоминаний о техническом
обслуживании
Управление пользовательскими учетными записями
Просмотр статистики
Просмотр информации о версиях приборов
Просмотр журнала
Г! При повреждении лампы обратитесь в службу поддержки.
22
--- стр. 31 ---
Глава 2 Управление прибором в ручном режиме
Запуск и проведение эксперимента с сенсорного экрана
Во В1сладке с конфигурацией луночной таблицы активируйте
прикасанием кнопку «Редактировать» (Edit) для редактирования
имен образцов. Введите имя образца при помощи буквенно
цифровой клавиатуры.
6, Активируйте кнопку «Начать прогон» (Start run), чтобы
эксперимент.
начать
Создание
эксперимента
1.
На Главном экране активируйте кнопку «Загрузить эксперимент» (Load
Experiment), затем выберите исходную позицию, чтобы определить
местонахождение эксперимента, который вы собираетесь запустить.
КвЛ
LoKj Eifovntn OtamTampbii Кипиш
Load Experimant © ®
Where is your file located?
Ss O B
Claud My Inal гитам
ВАЖНО! Если учетная запись системы не связана с учетной записью сервиса Thermo
Fisher Cloud, кнопка на Главном экране показана не будет.
28
--- стр. 32 ---
Глава 2 Управление прибором в ручном режиме
Запуск и проведение эксперимента с сенсорного экрана
Для загрузки
эксперимента из. Вы увидите следующее
л Платформы Thermo
Fisher Cloud
lo a d b ip e o n w il 0 ®
uMesi
Й # * eW i w eisew iW tie
Примечание: Вы увидите только
запущенные файлы с матрицей (EDT) в
«облаке».
(3 USB
Системы
QuantStudio® 3 или 5
для обнаружения
продуктов ПЦР в
реальном времени
или окна «Моя
система»
2. Редактируйте параметры эксперимента в соответствии с разделом
«Создать эксперимент из матрицы» на стр. 23.
3. Активируйте кнопку «Начать прогон» (Start Run), чтобы начать
эксперимент.
29
--- стр. 33 ---
Глава 2 Управление прибором в ручном режиме
Запуск и проведение эксперимента с сенсорного экрана
Запуск
эксперимента
1. На Главном экране активируйте кнопку
2. Когда откроется передний ящик, загрузите плашку. Убедитесь, что платку
правильно расположена в держателе, причем I
• А1 находится в правом верхнем углу адаптера для плашки.
• штрих-код обращен к лицевой части прибора.
3. Откройте эксперимент, который вы хотите запустить. Инструкции по
созданию эксперимента на базе матрицы или по открытию существующего
эксперимента см. в разделе «Создание эксперимента на основе матрицы»
на стр. 23 или «Создание эксперимента» на стр. 27, соответственно.
4. В открытом эксперименте активируйте прикасанием окно «Управлять
операциями» (Manage Steps), чтобы при необходимости менять параметры
эксперимента.
На экране «Управлять операциями» (Manage Steps), активируйте следующие
кнопки:
• «Добавить/Удалить стадии» (Add/Remove Stages), чтобы добавить
или удалить стадию в/из температурного профиля
• «Добавить/Удалить операции» (Add/Remove Steps), чтобы добавить
или удалить операцию в/из температурного профиля
• «Кривая плавления» (Melt Curve), чтобы добавить кривую
плавления к концу температурного профиля
• «Местоположение сбора данных» (Data Collection Location) для
определения места, где вы хотите хранить экспериментальные
данные
30
--- стр. 34 ---
Глава 2 Управление прибором в ручном режиме
Запуск и проведение эксперимента с сенсорного экрана
«Дополнительные параметры» (Advanced Options) для
редактирования параметров зон VeriFlex™, «Скорость изменения» Olamp
Rates), или «Добавить паузу» (Add Pause);
Примечание: Для всех зон VeriFlex можно установить температурный диапазон 25®С.
Примечание: Максимальная программируемая скорость изменения температуры образца -
3,66°С/сек
5. После завершения изменения параметров, активируйте кнопку «Готово» (Done).
6. Для запуска эксперимента активируйте «Начать проведение эксперимента» (Start Run)
7. На экране «Прогон» (Run), активируйте кнопку «Редактировать» (Edit), чтобы изменить
число циклов, затем нажмите «Пауза» (Pause), чтобы приостановить эксперимент или
«Остановить прогона» (Stop Run), чтобы его остановить.
Примечание: Чтобы перемещаться между экранами, используйте кнопку прокрутки (►).
SUndard Curve123
5 0 .0 'С
01:29:53
~ i- _ t_ -С-
Примечание: После завершения эксперимента, активируйте ^ , чтобы разгрузить плашку.
31
--- стр. 35 ---
Глава 2 Управление прибором в ручном режиме
Запуск и проведение эксперимента с сенсорного экрана
8. Если прибор подключен к сети, перенесите результаты экспериментов в
компьютер, либо скопируйте данные на USB-устройство.
Примечание: Если при редактировании параметров эксперимента во
вкладке «Свойства» (Properties) вы выбрали папку назначения для данных,
результаты эксперимента будут передаваться в это место автоматически.
Передача матриц можете переносить эксперименты, матрицы и полученные в ходе
И результатов ^^^^^^римента данные в/из системы при помощи флэш-накопителя USB. Перед
экспериментов передачей данных вставьте накопитель в USB-nopx под сенсорным экраном.
Примечание: В качестве альтернативы можно использовать три USB-порта на
задней панели прибора. При этом четвертый - углубленный - порт
предназначен только для использования с дополнительным беспроводным
электронным ключом.
31
--- стр. 36 ---
Глава 2 Управление прибором в ручном режиме
Запуск и проведение эксперимента с сенсорного экрана
Копирование результатов эксперимента на USB-накопитель или в
«облако»
Результаты эксперимента можно копировать на USB или в «облако» одним
из следующих способов:
Примечание: Для копирования экспериментальных данных на USB вставьте
USB-накопитель в USB-порт под сенсорным экраном.
Опция Описание
После прогона с
экрана завершения
прогона
1. Активируйте Файл передачи (Transfer File) в
поле «Узнать статус» (Status dial) после
завершения прогона.
2. Выберите место назначения (USB или «облако»),
3. Активируйте «Передать данные» (Transfer).
Перед прогоном,
установив место
назначения для
передачи данных во
вкладке «Свойства»
(Properties)
1. Откройте вкладку «Свойства» (Properties) в открытом
эксперименте.
2. Активируйте Место назначения для передачи данных
«Редактировать» (Edit) ► Место назначения данных».
(Data Destination) для ввода USB или «облака» как
места назначения для передачи данных по
умолчанию после завершения прогона.
Из истории прогонов 1, На Главном экране войдите в настройки истории
прогонов «Настройки» (Settings) ► «История
прогонов» (Run History).
2. Выберите прогон(-ы), которые вы хотите перенести
на USB или в «облако», затем активируйте
«Передать данные» (Transfer).
Извлеките USB-устройство.
Удаление результатов
После получения с прибора данных можно удалить файлы с жесткого диска
системы при помощи сенсорного экрана.
1. На Главном экране активируйте историю прогонов «Настройки»
(Settings) ► «История прогонов» (Run History).
2. В списке прогонов активируйте интересующий(-е) вас прогон(-ы), затем
нажмите «Удалить» (Delete).
3. На запрос о подтверждении удаления нажмите кнопку «Да» (Yes).
4. Для выхода из экрана «Истории прогонов» (Run History) активир^гйте
кнопку «Готово» (Done)
32
--- стр. 37 ---
проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
Калибровка и проверка рабочих
характеристик прибора
График калибровки................................................................................... 33
Описание калибровки................................................................................. 34
Обзор калибровочного статуса прибора..................................................... 34
Выполнение калибровки рассматриваемой области/калибровки на
однородность, фоновой калибровки и калибровки на флуоресцентный
краситель................................................................................................ 35
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашек для
количественного определения РНКазы Р....................................................44
График калибровки
Прибор имеет заводскую калибровку и не требует проведения калибровки при
установке. Для обеспечения оптимальных рабочих характеристик калибровку
выполняют с указанной ниже периодичностью.
ВАЖНО! Калибровку выполняют и эксперименты проводят в условиях
окружающей среды, описанных в Приложении D «Спецификация и
конфигурация прибора». Воздействие предельных температур может
отрицательно сказаться на результатах эксперимента, а также сократить срок
службы компонентов прибора.
Тип калибровки Периодичность
Калибровка рассматриваемой
области/калибровка на
однооолность
Один раз в два года
Фоновая калибровка
Калибровка на чистый
флуоресцентный краситель
Количественное
определение РНКазы Р для
проверки рабочих
характеристик прибора
• После установки или перемещения прибора
• При необходимости в дальнейшем
для проверки рабочих характеристик
прибора
Примечание: Информацию о подготовке плашек пользовательских красителей и
о пользовательских калибровках см. в Приложении С «Подготовка расходных
материалов для калибровки».
33
--- стр. 38 ---
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки дря количественного определения РНКазы РГлава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Описание калибровок
Описание калибровок
Тип калибровку
Назначение Описание Критерии прохождения
Калибровка
рассматриваемой
области/
калибровка на
однородность
Данные калибровки
используются для
отображения усиления
флуоресцентного сигнала
к лункам на плашке во
время последовательных
прогонов
• Объясняет
незначительные
различия в оптической
траектории
• Оценивает
постоянство сигнала
от лунки к лунке
Программное обеспечение
фиксирует изображение
плашки для каждого
оптического фильтра
На изображении для
каждого фильтра
различимы все лунки
плашки.
Каждая лунка на
изображении должна
быть отчетлива видна
при одной и той же
световой мощности
по отношению к
другим лункам на
изображении.
Фоновая
калибровка
Данные калибровки
используются для удаления
фонового флуоресцентного
сигнала во время прогона.
Примечание; Данный вид
калибровки также можно
использовать для
определения, относится ли
загрязнение к блоку
образцов или плашке.
Программное обеспечение
фиксирует фоновое
изображение для каждого
оптического фильтра в
отсутствии образца и
реактива, и сравнивает
флуоресцентный сигнал от
каждой лунки со средним
значением для плашки.
Изображения плашек для
всех фильтров не имеют
аномальной
флуоресценции.
Калибровка на
флуоресцентный
краситель
Данные калибровки
используют для
характеристики и
выделения вклада каждого
отельного красителя в
суммарный
флуоресцентный сигнал,
полученный прибором.
Программное обеспечение
выделяет спектральный
профиль для каждого
стандарта красителя, затем
производит набор
спектральных профилей в
виде графика,
показывающего зависимость
флуоресценции от фильтра
Спектральный пик
красителя в
пределах одного
фильтра всей группы
Спектры красителей
могут незначительно
отклоняться при
других длина волн.
Отображение калибровочного статуса прибора
Калибровочный статус прибора может отображаться на сенсорном экране
системы Applied Biosystems QuantStudio 5 или опции «Соединение прибора»
(Instrument Connect) в сервисе Термо Фишер Клауд (Thermo Fisher Cloud).
Отображение
калибровочного
статуса с прибора
1. На Главном экране активируйте «Настройки» (Settings) ►
«Техобслуживание и сервис» (Maintenance and service) ► «Калибровки»
(Calibrations) ► «История и напоминания (History & Reminders).
2. На экране «Напоминания о калибровках» (Calibration Reminders)
калибровочный статус прибора отображается в колонке «Статус» (Status)
3. Для экспорта протокола калибровки активируйте «Экспорт» (Export).
34
--- стр. 39 ---
Отображение статуса калибровки прибора
Отображение
статуса
калибровки со
страницы
«Подключение
прибора»
(Instrument
Connect)
Активация или
изменение
напоминаний о
калибровки
1.
щелкните
На странице перехода сервиса «Термо Фишер Клауд» (Thenno Fisher Cloud)
ш для перехода на страницу «Подключение прибора» (Instrument Coimect)
2. Выберите любую из зарегистрированных систем для количественного
обнаружения продуктов ПЦР в режиме реального времени "Амплификатор
нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-
флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени».
Щелкните В, чтобы расширить таблицу калибровок для отображения
статуса калибровки прибора.
Настройки напоминании о калибровке позволяют пользователю конфигурировать
облачное программное обеспечение QuantStudio Design and Analysis для
вычислений и анализа, а также систему Applied Biosystems QuantStudio 5 с тем,
чтобы прибор оповещал о необходимости проведения калибровки. Опция
настроек уведомлений является дополнительной и не влияет на рабочие
характеристики системы.
ВАЖНО! Опция напоминаний о калибровке требует установки соединения между
компьютером системы и компьютерной сетью. Убедитесь, что для вашей сети предусмотрены
необходимые меры безопасности, защищающие данные от нежелательных воздействий,
например, компьютерных вирусов.
Настройка напоминаний о калибровке на приборе
1. На Главном экране прибора активируйте «Настройки» (Settings) ►
«Техническое обслуживание» (Maintenance) и «Сервис» (Service) ►
«Калибровки» (Calibrations) ► «История и Напоминания» (History & Reminders)
2. На экране «Напоминания о калибровке» (Calibration Reminders) активируйте
«Редактировать» (Edit), чтобы выбрать и войти в настройки напоминаний о калибровке.
Для каждого типа калибровки:
а. Активируйте кнопку-переключатель в колонке «Выкл./Вкл.» (Off/On), чтобы
переключать напоминания о калибровке из положения «Выкл.» в положение «Вкл.» и.
обратно. \
б. Введите интервал истечения срока и напоминания в колонках «Интервал истечения
срока» (Ехр. Interval) и «Напомнить» (Remind me), соответственно.
3. Для сохранения настроек нажмите «Сохранить» (Save), для выхода - «Отменить» (Cancel).
Настройка напоминаний о калибровке в облачном программном обеспечении
QuantStudio Design and Analysis.
1. В облачном ПО QuantStudio Design and Analysis щелкните W «Подключение прибора»
(Instrument Connect), чтобы открыть страницу, отображающую все зарегистрированные
системы Applied Biosystems QuantStudio 5.
2. Щелкните систему Applied Biosystems QuantStudio 5, для которой вы хотите установить
напоминания о калибровке. В итоговой вкладке (Summary tab) отобразятся надписи
«Свойства прибора» (Instrument Properties), «Калибровки» (Calibrations) и «Напоминания о
калибровке» (Calibration Reminders).
3. Щелкните D для расширения окна «Напоминания о калибровке» (Calibration Reminders),
затем введите настройки.
Настройки автоматически сохранятся.
35
--- стр. 40 ---
Выполнение калибровки рассматриваемой области/калибровки
на однородность, фоновой калибровки и калибровки на
флуоресцентный краситель
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Выполнение калибровок: рассматриваемой области/на однородность, фоновой калибровки и на флуоресцентный
Процедура
калибровки
Калибровки можно выполнять в следующих конфигурациях и необходимо
выполнять в следующем порядке:
Выполните калибровку рассматриваемой области/калибровку на однородность
(всегда выполняют с фоновой калибровкой)
Подготовьте
калибровочную
плашку
Выполните фоновую калибровку
(всегда выполняют с калибровкой рассматриваемой области/калибровкой на
однородность)
▼
Выполните калибровку на флуоресцентный краситель
(всегда выполняют после калибровки рассматриваемой области/калибровки на
однородность и фоновой калибровки)
Материалы, необходимые для подготовки калибровочной плашки
Плашка (плашки) для выполняемой калибровки (Калибровочные плашки,
имеющиеся в наличии, и их номера по каталогу см. в разделе «Наборы,
расходные материалы и принадлежности» на стр. 74):
• Плашка для калибровки рассматриваемой области/калибровки на
однородность (требуется одна плашка для калибровки рассматриваемой
области)
• Плашка для фоновой калибровки
• Плашки для калибровки на флуоресцентный краситель
Примечание: Рекомендуется выполнять калибровку с использованием
плашек для спектральной калибровки на флуоресцентный краситель 1, 2 и
3, даже если вы не используете на плашках все красители.
Примечание: Не выбрасывайте упаковку из-под калибровочных плашек.
Любую плашку, хранящуюся в оригинальной упаковке при
температуре от -15 до -25°С, можно использовать 3 раза в течение 6
месяцев
• Центрифуга с адаптером для плашки, стаканы, обработанные перед
использованием
• Неопудренные перчатки
• Защитные очки
36
--- стр. 41 ---
Оттаивание, перемешивание на вихревой мешалке и
центрифугирование плашки
1. Извлеките калибровочную плашку из морозильной камеры, затем
подвергните ее оттаиванию в упаковке в соответствии с
нижеприведенной инструкцией. Во время калибровки плашки должны
быть защищены от воздействия солнечного света.
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Выполнение калибровок: рассматриваемой области/на однородность, фоновой калибровки и на флуоресцентный
Тип плашки для калКбровкиОттаивание
в течение
Использование в
течение
Калибровка рассматриваемой
области или фоновая
калибровка
30 минут 2 часов
Калибровка на флуоресцентный
краситель
ВАЖНО! После оттаивания используйте плашки в течение вышеуказанного
времени.
ВАЖНО! Флуоресцентные красители в лунках калибровочных плашек являются
фоточувствительными. Продолжительное воздействие солнечного света может
привести к уменьшению их способности флуоресцировать.
2. Используя неопудренные перчатки, извлеките калибровочную плашку из
упаковки, сохраните упаковку. Не удаляйте оптическую пленку.
3. Перемешайте плашку на вихревой мешалке в течение 5 секунд, затем
центрифугируйте в течение 2 минут со скоростью 750 -1000 o6 j4 ih h х г
ВАЖНО! Необходимо выполнить тщательное перемешивание и
центрифугирование плашки
4. Убедитесь, что жидкость в каждой лунке калибровочной плашки
находится на дне лунки. В противном случае снова подвергните плашку
центрифугированию на более высокой скорости в течение более
продолжительного времени.
ВАЖНО! Не допускайте загрязнения дна плашки. Жидкости и другие
загрязняющие вещества, оставшиеся на дне плашки, могут загрязнить
блок для образцов и вызвать аномально высокий фоновый сигнал.
Правильно Неправильно
V
Жидкость на дне лунки.• Недостаточно интенсивное центрифугирование
• Недостаточно продолжительное
центрифугирование
37
--- стр. 42 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Выполнение калибровок: рассматриваемой области/на однородность, фоновой калибровки и на флуоресцентный
Выполнение
калибровок
1.
На Главном экране:
Тип калибровки Активировать j
Калибровка
рассматриваемой
области/на
однородность
«Настройки» (Settings) ► «Техническое обслуживание и сервис»
(Maintenance and Service) 4 «Калибровки» (Calibrations) » ■ «Калибровка
рассматриваемой области и на однородность» (ROI and Uniformity)
Фоновая «Настройки» (Settings) ► «Техническое обслуживание и сервис»
(Maintenance and Service) ► «Калибровки» (Calibrations) ►
«Пользовательская» (Custom) «Фоновая» (Background)
Dye Settings4Maintenance and Service4Calibrations4Dye
На краситель «Настройки» (Settings) ► «Техническое обслуживание и сервис» (Maintenance
and Service) «Калибровки» (Calibrations) *■ «На краситель» (Dye)
2. Чтобы начать калибровку, следуйте инструкциям на экране. Только для
калибровки на флуоресцентный краситель: Активируйте кнопку-
переключатель рядом с надписью «Плашка для калибровки на флуоресцентный
краситель» (Dye Plate), затем нажмите кнопку «Далее» (Next).
3. Загрузите плашку.
a. Активируйте А , чтобы выдвинуть ящик прибора
b. Загрузите плашку на адаптер для плашки таким образом, чтобы:
• Лунка А1 плашки находилась в левом верхнем углу адаптера для плашки
• Штрих-код был обращен к лицевой панели прибора.
О
ВАЖНО! Плашки должны загружать и выгружать операторы, прошедшие специальную
подготовку и предупрежденные об опасности повреждения движущимися частями.
С. Активируйте — , чтобы закрыть ящик прибора.
4. Нажмите «Пуск» (Start).
60,0 “С г.
00:01:25 г
38
--- стр. 43 ---
5. Кода прогон завершен, а на экране появляется надпись «Калибровка выполнена»
(Calibration Complete), активируйте окно «Просмотреть результаты» (View Results), чтобы
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Выполнение калибровок: рассматриваемой области/на однородность, фоновой калибровки и на флуоресцентный
Статус
калибровки Действие
Пройдена Нажмите «Далее» (Next), чтобы перейти к следующей
требуемой калибровке
Не пройдена См.:
«Поиск и устранение неисправностей при калибровке
рассматриваемой области» на стр. 41
• «Поиск и устранение неисправностей при фоновой
калибровке» на стр. 42
• «Поиск и устранение неисправностей при калибровке на
флуоресцентный краситель» на стр. 43
Примечание: Калибровочное изображение можно увидеть только после успешного
прохождения калибровки рассматриваемой области/калибровки на однородность и
фоновой калибровки.
6. Выгрузите плашку: Активируйте = , чтобы извлечь плашку, затем нажмите А .
ВНИМАНИЕ! ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО ТРАВМИРОВАНИЯ Во воемя пябптм
0?Т1Й?Ддостигать 100“С. Прежде чем брать плавку, д§йте ей
Примечание: Если не удается выгрузить плашку из прибора, извлеките ее в соответствии с
указаниями раздела «Извлечение застрявшей в приборе плашки» на стр. 44.
7. Снова положите плашку в оригинальную упаковку.
Не выбрасывайте упаковку из-под калибровочных плашек. Любую плашку, хранящуюся в
оригинальной упаковке при температуре от -15 до -25°С, можно использовать 3 раза в
течение 6 месяцев.
8. После завершения калибровки см. раздел «Просмотр калибровочных изображений и перенос|
результатов на USB» на стр. 39. "
Прибор выполняет калибровку рассматриваемой области, калибровку на
однородность и фоновую калибровку по очереди. Калибровочные
изображения можно просматривать после завершения фоновой калибровки.
1. На экране «Калибровочный статус» активируйте кнопку «Детали» (Details).
Просмотр
калибровочных
изображений и
перенос
результатов на
USB
39
--- стр. 44 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Выполнение калибровок: рас Calibrtiiens Status
калибровки И на флуоресцентный
Calibrations passed
Т hi> hav tlic RQI/Un4orrn»ly and 8ai.k<iraijnd
(al'hral<N
40
--- стр. 45 ---
2. На экране «Детали» (Details) активируйте кнопку с названием калибровки,
изображения которой вы хотите увидеть.
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Выполнение калибровок: рассматриваемой области/на однородность, фоновой калибровки и на флуоресцентный
Тип калибровки
Просмотр изображения калибровки
рассматриваемой области для каждого фильтра,
настроенного путем выбора необходимого
сочетания фильтров из выпадающего списка
«Настройка фильтра» (Filter Set) на экране Детали
(Details) для калибровки рассматриваемой
области,
Калибровка на однородность: Просмотр данных
анализа для калибровки на однородность на экране
«Детали» (Details).
Фоновая калибровка; Просмотр данных фоновой
калибровки на экране «Детали» (Details)
Используйте кнопки *‘1**, и ^ для перемещения,
увеличения и уменьшения изображения,
соответственно.
Примеры результатов
Если все лунки обведены зелеными кружками, это
говорит об успешном выполнении калибровки.
41
--- стр. 46 ---
3. На экране «Статус Калибровки» (Calibration Status):
a. Активируйте кнопку «Принять результаты» (Accept Results), чтобы
принять данные калибровки или «Отклонить результаты» (Reject
Results), чтобы отклонить результаты калибровки.
При принятии результатов данные калибровки сохраняются в
приборе и записываются поверх существующих данных.
b. Активируйте кнопку «Перенести редакции» (Transfer Eds), чтобы
перенести данные калибровки на USB.
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора R V
Выполнение калибровок: рассматриваемой области/на однородность, фоновой калибровки и на флуоресцентный В Я
Поиск И устранение неисправностей при калибровке рассматриваемой области
Результат Возможная причина Рекомендуемое действие
ЖРезультаты калибровки
рассматриваемой области
неудовлетворительны
• Размытое изображение
данных калибровки
рассматриваемой
области
• Бледное изображение
данных калибровки
рассматриваемой
области
Не выполнено
надлежащее
центрифугирование
плашки
Реактивы, используемые
на плашке, старые или их
количества недостаточно
Неправильно установлен
термоблок или
нагревательная крышка
Результаты калибровки на
однородность
неудовлетворительны
Спектры одной или
нескольких лунок
значительно отличаются от
спектров остальных лунок
на плашке.
2.
3.
ВНИМАНИЕ!
ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО
ТРАВМИРОВАНИЯ. Во время работы
прибора температура плашки может
достигать 100* *С. Прежде чем брать
плашку в руки, дайте ей охладиться до
комнатной температуры.
Извлеките плашку из прибора и
осмотрите лунки. Если жидкость в лунках:
• Не находится на дне лунок,
подготовьте новую плашку,
подвергните ее более длительному
центрифугированию, затем
повторите калибровку.
■ Разного объема - плашка не закрыта
надлежащим образом, и реактивы
выпарились. Подготовьте новую
плашку и повторите калибровку.
Если плашка выглядит нормально,
подготовьте новую плашку и повторите
калибровку.
Закажите другую плашку. Если ситуация не
изменилась, обратитесь в службу
поддержки.
1. Изучите данные калибровки, чтобы
определить местонахождение лунки (лунок)
с аномальным сигналом.
2. Поверните плашку на 180°, затем
повторите калибровку.
3. Снова определите местонахождение
загрязненных лунок. Если вышеуказанная
лунка(лунки) находится:
• В одном месте - загрязнен
термоблок. Очистите термоблок от
загрязнений.
• В противоположных местах-
загрязнена плашка для калибровки
рассматриваемой области. Повторите
калибровку с новой плашкой.
4. Если ситуация не изменилась,
обратитесь в службу поддержки.
41
--- стр. 47 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Выполнение калибровок: рассматриваемой области/на однородность, фоновой калибровки и на флуоресцентный
Поиск и устранение неисправностей при фоновой калибровке
Результат
Результаты фоновой
калибровки
неудовлетворительны
Возможная причина
Не выполнено
надлежащее
центрифугирование
плашки.
Реактивы,
используемые на
плашке, старые или
их количества
недостаточно.
Неправильно установлен
термоблок или
нагревательная крышка.
Спектры одной или
нескольких лунок на
плашке для фоновой
калибровки превышают
максимальный предел,
предусмотренный
прибором
Рекомендуемое действие
Ж ВНИМАНИЕ!
ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО
ТРАВМИРОВАНИЯ. Во время работы
прибора температура плашки может
достигать 100°С. Прежде чем брать
плашку в руки, дайте ей охладиться до
комнатной температуры.
Извлеките плашку из прибора и
осмотрите лунки. Если жидкость в лунках:
• Не находится на дне лунок,
подготовьте новую плашку,
подвергните ее более длительному
центрифугированию, затем
повторите калибровку.
• Разного объема - плашка не закрыта
надлежащим образом, и реактивы
выпарились. Подготовьте новую
плашку и повторите калибровку.
Если плашка выглядит нормально,
подготовьте новую плашку и повторите
калибровку.
Закажите другую плашку. Если
ситуация не изменилась, обратитесь в
службу поддержки.
Если результаты калибровки снова
неудовлетворительны, определите
источник загрязнения в соответствии с
указаниями раздела «Определение
загрязнения» на стр. 43.
42
--- стр. 48 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Выполнение калибровок; рассматриваемой области/на однородность, фоновой калибровки и на флуоресцентный
Поиск и устранение неисправностей при калибровке на флуоресцентный краситель
Результат Возможная причина Рекомендуемое действие
Результаты калибровки на
флуоресцентный краситель
неудовлетворительны
Один или несколько исходных
спектров имеют пороговое
значение, установленное для
калибровки, или ниже
Не выполнено
надлежащее
центрифугирование
плашки.
Реактивы,
используемые на
плашке, старые или
их количества
недостаточно.
Ж ВНИМАНИЕ!
2.
3.
ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО
ТРАВМИРОВАНИЯ. Во время работы
прибора температура плашки может
достигать 100°С. Прежде чем брать
плашку в руки, дайте ей охладиться до
комнатной температуры.
Извлеките плашку из прибора и
осмотрите лунки. Если жидкость в лунках:
• Не находится на дне лунок,
подготовьте новую плашку,
подвергните ее более длительному
центрифугированию, затем
повторите калибровку.
• Разного объема - плашка не
закрыта надлежащим образом, и
реактивы выпарились. Подготовьте
новую плашку и повторите
калибровку.
Если плашка выглядит нормально,
подготовьте новую плашку и повторите
калибровку.
Закажите другую плашку. Если ситуация
не изменилась, обратитесь в службу
поддержки._______________________
Неожиданные пики или пики,
превышающие максимальный
предел
• Спектры содержат пики,
определяемые
несколькими фильтрами.
• Один или несколько
спектров превышают
предел, предусмотренный
прибором.
На термоблоке или плашке для
калибровки на флуоресцентный
краситель присутствуют
флуоресцентные загрязняющие
вещества.
Выполните фоновую калибровку, чтобы
определить загрязнение термоблока. Если при
фоновой калибровке загрязнение не
определяется, может быть загрязнена плашка для
калибровки на флуоресцентный краситель.
Дополнительные
калибровочные
процедуры
Определение загрязнения
Сигналы, превышающие предел нормальной фоновой флуоресценции, могут
свидетельствовать о наличии флуоресцентных загрязняющих веществ на
калибровочной плашке или термоблоке. Обычные загрязняющие вещества
включают остатки чернил от перманентных маркеров, тальк от одноразовых
перчаток и пыль.
Для определения и решения возможной проблемы загрязнения:
1. При просмотре данных фоновой калибровки изучите перечень лунок, не
прошедших контроль качества.
2. Извлеките плашку для фоновой калибровки из прибора, поверните плашку
на 180°, затем повторите процедуру фоновой калибровки.
43
--- стр. 49 ---
3. Снова определите местонахождение загрязненных лунок, как указано в
шаге 1 на стр. 43.
3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
I фоверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
Если загрязненные
лунки находятся... Значит...
В одном месте Загрязнен термоблок. Очистите термоблок от
загрязнений в соответствии с указаниями раздела
«Очистка термоблока от загрязняющих веществ»
на стр. 53.
В противоположных
местах
Загрязнена плашка для фоновой калибровки.
Замените плашку и выполните фоновую
калибровку с использованием новых фоновых
расходных материалов.
4. Если после замены плашки для фоновой калибровки и очистки
термоблока от загрязняющих веществ результаты калибровки по-
прежнему, неудовлетворительны, обратитесь за помощью в службу
поддержки.
Извлечение застрявшей в приборе плашки
Если прикасанием к сенсорному экрану не удается выдвинуть плашку из
прибора, возможно, из-за клейкого покрытия плашка приклеилась к
нагревательной крышке внутри прибора. В этом случае извлеките плашку из
прибора, выполнив следующие действия:
1. Отключите прибор от источника питания. Подождите 15 минут, затем
снова включите прибор и выдвиньте плашку.
2. Если плашка не выдвигается, отключите питание прибора и выньте шнур
питания из сети, затем откройте ящик прибора.
3. Используя неопудренные перчатки, откройте прибор, извлеките плашку из
нагревательной крышки и закройте ящик прибора.
4. Выполните фоновую калибровку, чтобы убедиться, что термоблок не был
загрязнен.
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием
плашки для количественного определения РНКазы Р
Перед проверкой рабочих характеристик прибора необходимо выполнить
калибровку рассматриваемой области/на однородность, фоновую калибровку и
калибровку на флуоресцентный краситель.
44
--- стр. 50 ---
Описание и график проверки рабочих характеристик прибора
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
Назначение Описание Критерии прохождения Периодичность
Подтверждает
соответствие
рабочих
характеристик
прибора
требованиям
Количественное
определение
копий гена
человеческой
РНКазы Р в
образцах с
известными
концентрациями
матрицы ДНК
[(C^')-3(acT2)]>[(CT’) + 3(ocTi)]
где:
• С'''^ = Среднее число копий
неизвестной популяции А
• <7ст1 = Стандартное отклонение
неизвестной популяции А
• С ^2 = Среднее число копий
неизвестной популяции В
• CJCT2 = Стандартное отклонение
неизвестной популяции В
Прибор успешно показывает различия
между неизвестными популяциями А и В
со степенью статистической
достоверности 99,7%
После установки
или перемещения
прибора
При необходимости
в дальнейшем, для
подтверждения
соответствия
рабочих
характеристик
прибора
установленным
требованиям
Плашка для
количественного
определения
РНКазы Р для
проверки
рабочих
характеристик
прибора
Плашка для количественного определения РНКазы Р содержит реактивы,
необходимые для определения и количественного анализа геномных
копий гена человеческой РНКазы (гена с одной копией, кодирующего
фрагмент РНКазы энзима РНКазы Р). Каждая лунка содержит: мастер-смесь
продуктов ПЦР, праймеры РНКазы Р, зонд, маркированный
флуоресцентным красителем РАМ™, и известную концентрацию матригц»!
ДНК человеческого генома.
О О О О О О О
OOOOOGJP
QQOOOOO
О QgD QIO 0^
OlOOlD
J i!j n
oooocoooocooooc
ooooooo
00000(® D
OQQQOOO
OOOOC
OOOOC
OOQOd
Рис. 2 96-луночная плашка для количественного определения РНКазы Р
0 Неизвестное А(5000) 0 STD 5000 копий
0 NTC (контроль без матрицы) 0 STD10000 копий
0 STD 1250 копий 0 STD 20000 копий
0 STD2500 копий 0 Неизвестное В(ЮООО)
45
--- стр. 51 ---
3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
11роверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
Аналитическая
рабочая
характеристика
Требования к
установке
Подготовка плашки
для
количественного
определения
РНКазы Р
D 5 э 5 3 D
D Э D Г ) D D
:> Г ) 3 э э О D
3 3 D 3 3 3
3 3 3 3 Э 3 3
3333333 3333333 3333333
3 J 3 3 3 3 3
3333333
3333333
3333333
к1Ш
е
Рис. 3 384-луночная плашка для количественного определения РНКазы Р
© NTC (контроль без матрицы) ^
^стгз^осл - © STD10000 копии© STD1250 копии
/^стпзклл - ® STD10000 копий(3) STD 2500 копии X .
® стгчсллл - CD Неизвестное А (5000)STD 5000 копии X © Неизвестное В (10000)
Встроенное программное обеспечение выполняет анализ данных, полученных при
верификации прибора, вне зависимости от типа используемых расходных материалов.
После прогона программное обеспечение рассчитывает следующие значения, необходимые
для анализа системы "Амплификатор нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с
гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального
времени» для количественного обнаружения продуктов ПЦР в режиме реального времени:
[(СТ2) - 3(аст2)] > [(СТ1) -ь 3(аст1)]
где:
• = Среднее число копий неизвестной популяции А
• аст 1 = Стандартное отклонение неизвестной популяции А
• С^^ = Среднее число копий неизвестной популяции В
• ост 2 = Стандартное отклонение неизвестной популяции В
Система "Амплификатор нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с
гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального
времени» для количественного обнаружения продуктов ПЦР в режиме реального времени
отвечает требованиям к установке, если неравенство сохраняется, и прибор успешно
показывает различия между неизвестными популяциями А и В со степенью статистической
достоверности 99,7%.
Материалы, необходимые для
определения РНКазы Р
подготовки плашки для количественного
• Плашка для количественного определения РНКазы Р для проверки рабочих
характеристик прибора
• Центрифуга с адаптером для плашки, обработанные перед использованием стаканы
• Неопудренные перчатки
• Защитные очки
Оттаивание, перемешивание на мешалке и центрифугирование плашки для
количественного определения РНКазы Р
1. Извлеките плашку из морозильной камеры, дайте ей нагреться до комнатной
температуры в оригинальной упаковке (около 5 минут).
Плашку используют в течение 30 минут после хранения.
2. Используя неопудренные перчатки, извлеките плашку из упаковки.
3. Перемешивайте на вихревой мешалке в течение 5 минут, затем
центрифугируйте в течение 2 минут со скоростью <1500 об./мин.
ВАЖНО! Плашку необходимо подвергнуть тщательному перемешиванию и
центрифугированию
46
--- стр. 52 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКаэы Р
4. Убедитесь, что жидкость в каждой лунке калибровочного планшета
находится на дне. В противном слз^ае снова подвергните планшет
центрифугированию на более высокой скорости в течение более
продолжительного времени.
ВАЖНО! Не допускайте загрязнения дна планшета. Жидкости и другие
загрязняющие вещества, оставшиеся на дне планшета, могут загрязнить
блок для образцов и вызвать аномально высокий фоновый сигнал.
Правильно Неправильно
V Ф Ф
Жидкость на дне лунки • Недостаточно интенсивное центрифугирование
• Недостаточно продолжительное
центрифугирование.
Прогон плашки для
количественного
определения
РНКазы Р
1. На Главном экране активируйте «Настройки» (Settings) и
«Техническое обслуживание и сервис» (Maintenance and Services) u
Определение РНКазы Р (RNaseP Verification)
2, Загрузите плашку.
a. Нажмите —, чтобы выдвинуть ящик прибора
b. Загрузите плашку на адаптер таким образом, чтобы:
• Лунка А1 в верхнем левом углу плашки находилась на адаптере.
• Штрих-код был обращен к лицевой панели прибора.
О
ВАЖНО! Плашки должны загружать и выгружать операторы,
предупрежденные об опасности повреждения движущимися частями
и прошедшие специальную подготовку.
с. Нажмите Д , чтобы закрыть выдвижной ящик прибора
47
--- стр. 53 ---
3. Нажмите «Пуск» (Start).
Для выполнения запуска может потребоваться до 10 минут, пока
нагревательная крышка не нагреется до требуемой температуры.
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
4. Когда запуск выполнен, а на экране отображается надпись «Проверка
завершена» (Verification Complete), активируйте кнопку «Показать
результаты» (View Results) для подтверждения статуса прогона.
Статус
калибровкиДействие
Пройдена Прибор готов к использованию
Не пройденаСм. «Неудовлетворительные результаты проверки рабочих
характеристик прибора с использованием плашек для
[количественного определения РНКазы Р» на сто. 49
5. На экране «Статус проверки рабочих характеристик прибора с
использованием тест-системы для количественного определения
РНКазы Р» (RNase Р Verification Status) активируйте кнопку «Принять
результаты» (Accept Results), чтобы сохранить результаты на приборе,
«Отклонить результаты» (Reject Results), чтобы удалить результаты
проверки рабочих характеристик с использованием тест-системы для
количественного определения РНКазы Р, или «Экспортировать
результаты» (Export Results), чтобы перенести результаты калибровки
на USB.
48
--- стр. 54 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
Поиск и устранение неисправностей при проверке рабочих характеристик прибора с
использованием тест-системы для количественного определения РНКазы Р
Результат Возможная причина Рекомендуемое действие
Ж
Неудовлетворительные
результаты проверки рабочих
характеристик прибора с
использованием плашек для
количественного определения
РНКАЗЫ Р
Загрязнение
Недостаточная герметизация
Неточный перенос
жидкости при
изготовлении плашки
Недостаточное
центрифугирование
ВНИМАНИЕ!
ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО
ТРАВМИРОВАНИЯ, Во время работы
прибора температура плашки может
достигать 100°С. Прежде, чем брать
плашку в руки, дайте ей охладиться до
комнатной температуры.
Убедитесь, что:
I. Вы используете требуемую плашку для
количественного определения РНКАзы Р.
!. Плашка для количественного определения
РНКАзы Р была подвергнута тщательному
оттаиванию.
I. Жидкость находится на дне лунок.
Снова запустите плашку для количественного
определения РНКАзы Р.
5. Закажите новую плашку. Если ситуация не
изменилась, обратитесь в службу поддержки.
Плашка не выдвигается из
прибора (застряла)
Из-за клейкого покрытия плашка
приклеилась к нагревательной
крышке
Извлеките плашку из прибора в соответствии с
указаниями раздела «Извлечение застрявшей
в приборе плашки» на стр. 44.
На лунке отображается метка
BADROX, указывающая на то,
что сигнал инертного красителя
не приемлем для
нормализации сигнала от
репортерного красителя
Капли на сторонах лунок
Недостаточная
герметизация или утечка
через уплотнение
Конденсат на плашке
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Выберите лунку (лунки) с меткой в
конфигурации плашки или луночной таблице.
2. Изучите график амплификации (Rp vs. Cycle) и
данные в регионе Су на наличие аномалий.
3. Осмотрите плашку на наличие конденсата
и/или неправильный объем реакционной
смеси.
4. Закажите другую плашку для количественного
определения РНКазы в Термо Фишер
Сайентифик (Thermo Fisher Scientific).
Повторите тест и убедитесь, что расходный
материал для определения РНКазы был
подвергнут тщательному центрифугированию.
Если при использовании новой плашки
ситуация не изменилась, обратитесь в службу
поддержки.
49
--- стр. 55 ---
1 ”лава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристтс прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
На лунке отображается метка
BLFAIL, указывающая на то, что
программное обеспечение не
может вычислить исходную
отметку, наиболее подходящую
для данных
Слишком поздняя
амплификация
Отсутствие амплификации
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Выберите лунку (лунки) с меткой в
конфигурации плашки или луночной таблице,
2. Изучите график амплификации (Rp vs,
Cycle и Drp vs. Cycle) и проверьте на
раннюю, позднюю, низкую амплификацию
или ее отсутствие.
3. Закажите другую плашку для количественного
определения РНКазы в Термо Фишер
Сайентифик (Thermo Fisher Scientific).
Повторите тест и убедитесь, что расходный
материал для определения РНКазы был
подвергнут тщательному центрифугированию.
Если при использовании новой плашки
ситуация не изменилась, обратитесь в службу
поддержки.
50
--- стр. 56 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
Результат Возможная причина Рекомендуемое действие
На лунке отображается метка
CTFAILL, указывающая на то,
что программное
обеспечение не может
вычислить пороговый цикл Ct
Слишком ранняя
амплификация
Слишком поздняя
амплификация
Низкая амплификация
Отсутствие амплификации
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Выберите лунку (лунки) с меткой в
конфигурации плашки или луночной
таблице.
2. Изучите график амплификации (Rn vs.
Cycle и DRn vs. Cycle) и проверьте на
раннюю, позднюю, низкую амплификацию
или ее отсутствие.
3. Закажите другую плашку для количественного
определения РНКазы в Термо Фишер
Сайентифик (Thermo Fisher Scientific).
Повторите тест и убедитесь, что расходный
материал для определения РНКазы был
подвергнут тщательному центрифугированию.
Если при использовании новой плашки
ситуация не изменилась, обратитесь в службу
поддержки.
На лунке отображается метка
EXPFAIL, указывающая на то,
что программное обеспечение
не может определить
экспоненциальный регион
графика амплификации ts_
Слишком ранняя
амплификация
Слишком поздняя
амплификация
Низкая амплификация
Отсутствие амплификации
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Выберите лунку (лунки) с меткой в
конфигурации плашки или луночной
таблице.
2. Изучите график амллификации (Rn vs.
Cycle и Dpn vs. Cycle) и проверьте на
раннюю, позднюю, низкую амплификацию
или ее отсутствие.
3. Закажите другую плашку для количественного
определения РНКазы в Термо Фишер
Сайентифик (Thermo Fisher Scientific).
Повторите тест и убедитесь, что расходный
материал для определения РНКазы был
подвергнут тщательному центрифугированию.
Если при использовании новой плашки
ситуация не изменилась, обратитесь в службу
поддержки.
51
--- стр. 57 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКаэы Р
На лунке отображается метка
HIGHSD, указывающая на то,
что стандартное отклонение
Су для группы повторов
превышает текущую
настройку метки
Капли на сторонах
лунок
Недостаточная
герметизация или
утечка через
уплотнение
Конденсат на плашке
Неправильные
объемы
реакционных смесей
на всей плашке
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Выберите лунку (лунки) с метками и
соответствующую группу (группы)
повторов в конфигурации плашки или
луночной таблице.
2. Изучите график амплификации (Rn vs. Cycle)
и данные в регионе Cj на наличие аномалий.
3. Поднесите плашку к источнику света и
проверьте на конденсат или испарение.
Если объемы жидкости различаются,
проверьте термоплавкое уплотнение
лунок с меньшим объемом смесей на
признаки повреждений и испарения
4. Закажите другую плашку для количественного
определения РНКазы в Термо Фишер
Сайентифик (Thermo Fisher Scientific).
Повторите тест и убедитесь, что расходный
материал для определения РНКазы был
подвергнут тщательному центрифугированию.
Если при использовании новой плашки
ситуация не изменилась, обратитесь в службу
поддержки.
_____
51
--- стр. 58 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
Результат Возможная причина Рекомендуемое действие
На лунке отображается
метка NOAMP, указывающая
на то, что амплификация
образца не произошла
• Отсутствие матрицы
- Прекращение работы
источника
возбуждения в
приборе
На лунке отображается метка
NOISE, указывающая на то, что
в данной лунке уровень шума
был выше, чем в других лунках
плашки
Капли на сторонах
лунок
Недостаточная
герметизация или
утечка через
уплотнение
Конденсат на плашке
На лунке отображается метка
NOSIGNAL, указывающая на
очень низкий флуоресцентный
сигнал или его отсутствие
Отсутствие реакционной
смеси в результате ошибки
дозирования
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Выберите лунку (лунки) с метками и
соответствующую группу (группы) повторов
в конфигурации плашки или луночной
таблице.
2. Изучите график амплификации (Rn vs. Cycle)
и данные в регионе Су на наличие аномалий.
3. Поднесите плашку к источнику света и
проверьте на конденсат или испарение.
Если объемы жидкости различаются,
проверьте термоплавкое уплотнение лунок с
меньшим объемом смесей на признаки
повреждений и испарения
4. Закажите другую плашку для
количественного определения РНКазы в Термо
Фишер Сайентифик (Thermo Fisher Scientific).
Повторите тест и убедитесь, что расходный
материал для определения РНКазы был
подвергнут тщательному центрифугированию.
Если при использовании новой плашки
ситуация не изменилась, обратитесь в службу
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Выберите лунку (лунки) с метками и
соответствующую группу (группы)
повторов в конфигурации плашки или
луночной таблице.
2. Изучите график амплификации (Rn vs.
Cycle) и данные в регионе Су на наличие
аномалий.
3. Поднесите плашку к источнику света и
проверьте на конденсат или испарение.
Если объемы жидкости различаются,
лроверьте термоплавкое уплотнение
лунок с меньшим объемом смесей на
признаки повреждений и испарения
4. Закажите другую плашку для
количественного определения РНКазы в
Термо Фишер Сайентифик (Thermo Fisher
Scientific). Повторите тест и убедитесь, что
расходный материал для определения
РНКазы был подвергнут тщательному
центрифугированию. Если при использовании
новом nnamifM гмтуаиия не м.чцанмпяг^к____
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Рассмотрите пропущенную лунку
при анализе
2. Отметьте местонахождение каждой лунки с
меткой и проверьте каждую соответствующую
метку на плашке на испарение или низкий объем
реакционной смеси.
3. Закажите другую ллашку для
количественного определения РНКазы в Термо
Фишер Сайентифик (Thermo Fisher Scientific).
Если при использовании нового расходного
;ситуация не изменилась, обратитесь в службу
лоддержки.
51
--- стр. 59 ---
Глава 3 Калибровка и проверка рабочих характеристик прибора
Проверка рабочих характеристик прибора с использованием плашки для количественного определения РНКазы Р
Результат
На лунке отображается метка
OFFSCALE, указывающая на
то, что флуоресцентный
сигнал от одного или
нескольких красителей в
лунке превышает
максимальный диапазон
обнаружения,
предусмотренный прибором,
для одного или нескольких
циклов
На лунке отображается метка
SPIKE, указывающая на то, что
кривая амплификации
содержит одну или несколько
точек замера, не совпадающую
с другими точками кривой
На лунке отображается метка
THOLDFAIL, указывающая на
то, что программное
обеспечение не может
вычислить пороговое значение
Возможная причина
Флуоресцентное
загрязняющее вещество
на плашке или
термоблоке
Флуоресцентное
загрязняющее вещество
в реакционной смеси
• Пузырьки в реакционной
смеси
• Испарение во время
денатурации вследствие
недостаточной
герметизации или утечки
через уплотнение
• Слишком ранняя
амплификация
• Слишком поздняя
амплификация
• Низкая амплификация
• Отсутствие амплификации
На лунке отображается метка
OUTLIERRG. указывающая на
то. что значение Ct лунки
значительно отклоняется от
значений Ct в
соответствующей группе
повторов (метка используется
только для аномальных
значений)
• Загрязнение
Недостаточная герметизация
или утечка через уплотнение
Рекомендуемое действие
1. Выполните фоновую калибровку. При
обнаружении флуоресцентного
загрязняющего вещества очистите
термоблок.
Закажите другую плашку для количественного
определения РНКазы в Термо Фишер
Сайентифик (Thermo Fisher Scientific). Если при
использовании нового расходного материала
ситуация не изменилась, обратитесь в службу
поддержки
Закажите другую плашку для количественного
определения РНКазы в Термо Фишер
Сайентифик (Thermo Fisher Scientific). Повторите
тест и убедитесь, что расходный материал для
определения РНКазы был подвергнут
тщательному центрифугированию. Если при
использовании новой плашки ситуация не
изменилась, обратитесь в службу поддержки.
При наличии метки на лунке подтвердите
результаты:
1. Выберите лунку (лунки) с меткой в
конфигурации плашки или луночной
таблице.
2. Изучите график амплификации (Rn vs.
Cycle и DRn vs. Cycle) и проверьте на
предмет ранней, поздней, низкой
амплификации или ее отсутствия.
3. Закажите другую плашку для
I количественного определения РНКазы в
Термо Фишер Сайентифик (Thermo Fisher
Scientific). Если при использовании нового
расходного материала ситуация не
изменилась, обратитесь в службу
1. Очистите рабочую область и
пипеточные дозаторы от
загрязняющих веществ
Закажите другую плашку для количественного
определения РНКазы в Термо Фишер
Сайентифик (Thermo Fisher Scientific). Повторите
тест и убедитесь в надежной герметизации
расходного материала. Если при использовании
новой плашки ситуация не изменилась,
обратитесь в службу поддержки.
52
--- стр. 60 ---
Техническое обслуживание
■ Очистка термоблока от загрязнений ..........................................................53
■ Замена плавких предохранителей прибора.................................................55
■ Включение, отключение, хранение, транспортировка...............................56
ВАЖНО! Данная глава содержит описание всех процедур, которые могут
выполнять пользователи "Амплификатора нуклеиновых кислот Applied
Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной детекцией
продуктов ПЦР в режиме реального времени». Операции, не описанные в
настоящем документе, выполняет квалифицированный специалист службы
технической поддержки Термо Фишер Сайентифик Сервис.
Очистка термоблока от загрязнений
Данную процедуру выполняют для удаления флуоресцентных загрязняющих
веществ с термоблока, используемого в приборе. В большинстве случаев о
наличии загрязнений свидетельствуют неудовлетворительные результаты
фоновых калибровок, когда в одной или нескольких лунках стабильно
проявляются аномально высокие сигналы.
А ' ВНИМ АНИЕ! ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО ТРАВМИРОВАНИЯ. Не снимайте крышку прибора. Внутри прибора нет компонентов,
безопасное обслуживание которых можно обеспечить самостоятельно.
Если вы предполагаете наличие какой-либо проблемы, обратитесь в службу поддержки.
ВНИМ АНИЕ! ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО ТРАВМИРОВАНИЯ. Во время работы прибора температура термоблока может достигать 100°С. Прежде чем брать термоблок в руки, дайте ему остыть до комнатной температуры.
А
Необходимые
материалы
ВНИМ АНИЕ! Перед применением метода очистки или удаления
загрязняющих веществ, отличных от методов, рекомендованных Термо
Фишер Сайентифик (Thermo Fisher Scientific), свяжитесь с
представителями компании Термо Фишер Сайентифик (Thermo Fisher
Scientific), чтобы подтвердить отсутствие риска повреждения
оборудования в результате применения данного метода.
• Гипохлорит натрия, 10% раствор
• Безворсовая ткань
• Хлопчатобумажные или нейлоновые тампоны и куски безворсовой ткани
• Этиловый спирт, 95% раствор
• Защитные очки
• Пипетка (100-мкл) с микродозаторами
• Неопудренные перчатки
• Отвертка
• Дистиллированная вода
53
--- стр. 61 ---
Очистка термоблока от загрязнений Главаг4Техническое обслуживание
Очистка
термоблока ВНИМ АНИЕ! ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО ТРАВМИРОВАНИЯ Во ^емя работы прибора температура термоблока может достигать 100°С. прежде чем брать термоблок в руки, дайте ему остыть до комнатной температуры
ВАЖНО! При выполнении данной процедуры используйте неопудренные
перчатки.
1. Определите местонахождение загрязненных лунок термоблока (см.
«Обнаружение загрязнения» на стр. 43).
2. Отключите прибор от сети питания и дайте ему остыть в течение 15 минут.
3. С усилием нажмите ручку термоблока и извлеките его из прибора.
4. Используя дистиллированную воду, очистите загрязненные лунки термоблока:
a. При помощи пипетки поместите небольшое количество
дистиллированной воды в каждую лунку.
b. Для промывки каждой лунки пипетируйте воду вверх и вниз несколько раз.
С. При помощи пипетки поместите воду в стакан д^я отходов.
d. Для вычищения каждой загрязненной лунки используйте
хлопчатобумажный тампон.
e. Для впитывания излрппков дистиллированной воды используйте
безворсовую ткань.
5. Закройте дверцу для доступа внутрь прибора.
6. Вставьте шнур прибора в розетку, включите питание.
7. Выполните фоновую калибровку, подтверждающую удаление загрязнений.
8. Если загрязнение осталось, повторите шаги 2-5, затем очистите загрязненные
лунки термоблока, используя 95% раствор этилового спирта:
а. Отмерьте при помощи пипетки небольшое количество 95% этилового
спирта для помещения в каждую загрязненную лунку.
б. Для промывки каждой лунки пипетируйте раствор вверх и вниз несколько
раз.
в. При помощи пипетки поместите раствор в стакан ддя отходов.
54
--- стр. 62 ---
9. Повторите шаги 5-9, чтобы промыть лунки, и убедитесь, что загрязнения
удалены.
ВАЖНО! После очищения лунок при помощи раствора гипохлорита натрия или
этилового спирта обязательно промойте лунки дистиллированной водой.
10. Если загрязнение осталось, повторите шаги 2-5, затем очистите загрязненные
лунки термоблока, используя 10% раствор гипохлорита натрия:
а. Отмерьте при помощи пипетки небольшое количество 95% этилового спирта
для помещения в каждую загрязненную лунку.
б. Для промывки каждой лунки пипетируйте раствор вверх и вниз несколько
раз.
в. При помощи пипетки поместите раствор в стакан для отходов.
11. Чтобы убедиться, что загрязнение удалено, промойте лунки термболока,
повторив шаги 5-9.
ВАЖНО! После очищения лунок при помощи раствора гипохлорита натрия или
этилового спирта обязательно промойте лунки дистиллированной водой.
12. Если загрязнение осталось, обратитесь в службу поддержки.
Главаг4Техническое обслуживание
Замена плавких предохранителей
Замена плавких предохранителей
Необходимые
материалы
Замена
предохранителей
Плавкие предохранители "Амплификатора нуклеиновых кислот Applied
Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной детекцией
продуктов ПЦР в режиме реального времени» заменяют, когда они выходят из
строя.
ОСТОРОЖНО! ОПАСНОСТЬ ВОЗГОРАНИЯ. Чтобы обеспечить длительную защиту от опасности возгорания, предохранители можно менять на указанные и сертифицированные предохранители того же типа и номинального тока, что и предохранители, используемые в приборе Applied Biosystems QuantStudio 5
• Предохранители, lOA, задержка срабатывания Т, 250 В, 5 х 20 нмм (2)
• Защитные очки
• Неопудренные перчатки
• Отвертка с плоской головкой
1. Выключите прибор и отсоедините шнур от сети. Дайте прибору остыть в
течение 15 минут.
2. При помощи отвертки с плоской головкой открутите болты и извлеките
держатель предохранителя.
з п и
пт > ■
55
--- стр. 63 ---
Главаг4 Техническое обслуживание _
Включение, выключение, хранение и транспортировка ^
3. Извлеките все предохранители из держателей и проверьте на повреждения.
Внутренние части предохранителя, как правило, имеют следы нагара.
3 исправном состоянии Перегоревший
I 1/
Замените каждый перегоревший предохранитель плавким
предохранителем 12,5А, с задержкой срабатывания Т, 250В, 5 х 20 нмм
Примечание: Напряжение и сила тока указаны на держателе
предохранителя.
Примечание: Для Австралии и Новой Зеландии: перегоревшие
предохранители заменяют плавкими предохранителями 6,ЗА, с
задержкой срабатывания, 250В, 5 х 20 нмм.
Установите держатель плавкого предохранителя.
Подключите прибор к источнику питания, затем включите. Установка
прошла успешно, если питание включено.
Примечание: Плавкий предохранитель может перегореть из-за колебаний
напряжения в источнике гштания. Для предотвращения выходов из строя в
дальнейшем, предусмотрите установку электрических защитных устройств,
например, ИБП или стабилизатора напряжения. Если проблема с
предохранителями не будет устранена, обратитесь в службу поддержки.
Выключение, включение, хранение и транспортировка
Установка
прибора в режим
ожидания
Прибор, неиспользуемый в течение некоторого времени (около двух часов), в
целях экономии электроэнергии автоматически переходит в режим ожидания
(активируемый по умолчанию).
Включение
прибора Чтобы включить прибор из выключенного состояния:
1. Прикоснитесь к любому месту на экране, чтобы определить, не находится
ли прибор в режиме ожидания.
После прикасания на сенсорном экране появился Главный экран?
• Да - Прибор готов к использованию. Переходите к шагу 3.
• Нет - Переходите к шагу 2.
56
--- стр. 64 ---
2. Включите питание прибора. Включите кнопку питания на задней панели
прибора и дождитесь запуска.
Главаг4 Техническое обслуживание
Включение, выключение, хранение и транспортировка
Прибор готов к использованию, когда на сенсорном экране появляется
Главный экран.
3. Включите компьютер и запустите настольное программное обеспечение
QuantStudio Design and Analysis или войдите в облачное программное
обеспечение QuantStudio Design and Analysis.
Выключение
прибора
Хранение
инструмента
Необходимые
материалы
Подготовка
прибора
Когда прибор не используется, включается энергосберегающий режим; при
этом прибор можно полностью отключить от питания, чтобы мощность не
передавалась компонентам.
Примечание: Если в течение длительного периода времени активация прибора
не требуется, выполните его подготовку для хранения в соответствии с
указаниями раздела «Хранение прибора» на стр. 57.
1. Отключите прибор от источника питания, нажав кнопку питания на
задней панели.
2. Отключите компьютер.
Прибор можно отключать и хранить в течение длительного периода времени.
От продолжительности хранения зависит выбор метода, который следует
использовать для отключения прибора.
Реакционная плашка (неиспользованная)
1. Если вы намерены хранить прибор дольше одной недели, либо
собираетесь перевозить его в другое место, загрузите в прибор
неиспользованную плашку:
Примечание: Пустая плашка защищает внутренние компоненты прибора во
время транспортировки или если прибор не используется дольше одной
недели.
i, чтобы выдвинеть ящик прибора, поместите плашку на
---- — чтобы задвинуть выдвижной ящик
а. Нажмите
адаптер и снова нажмите
обратно.
б. На Главном экране активируйте «Настройки» (Settings) ► «Настройки
прибора» (Instrument Settings) ► «Режим ожидания» (Sleep Mode), чтобы
перевести прибор в энергосберегающий режим.
57
--- стр. 65 ---
Транспортировка
прибора
2, Отключите кнопку питания на задней панели прибора.
3. Отключите компьютер.
Данную процедуру выполняют в целях безопасной транспортировки прибора
на близкие расстояния (например, между лабораториями одного здания).
Главаг4 Техническое обслуживание _
Включение, выключение, хранение и транспортировка ^
Z !\ ОСТОРОЖНО! ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО ТРАВМИРОВАНИЯ. Не пытайтесь поднять прибор или другие тяжелые предметы без соответствуюп^ей подготовки. Неправильные действия при подъеме могут
стать причиной тяжелой и иногда хронической боли в спине. Поднимая'^и перемещая прибор, используйте соответствующие приемы. Чтобы поднять прибор, требуется не менее двух человек. ^
ВАЖНО! Перемещение прибора может привести к незначительным
изменениям в настройках оптической системы прибора. При необходимости
выполните повторную калибровку п р и б о р а .________
Транспортируйте прибор с соблюдением нижеперечисленных указаний:
• Убедитесь, что поверхность, на которую вы собираетесь установить Applied
Biosystems QuantStudioS, может выдержать не менее 35 кг (77 фунтов).
• Убедитесь, что на пути транспортировки прибора нет препятствий.
• Для того чтобы поднять и перенести прибор, требуется не менее двух человек.
• Держите спину в удобном нейтральном положении.
• Согните ноги в коленях, ноги должны участвовать в процедуре подъема.
• Не допускается поднимать предмет и поворачивать туловище одновременно.
• Прежде чем поднять и перенести прибор, согласуйте действия с помощником.
Повторная установка прибора
1. Соедините повторно компоненты “Амплификатора нуклеиновых кислот
Applied Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной
детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени». Инструкции см. в
разделе «Установка прибора» на стр. 60.
2. Выполните запуск тест-системы для количественного определения РНКазы
Р для проверки рабочих характеристик прибора. Если результаты
проверки:
• Положительные - Повторная калибровка прибора не требуется.
Дополнительные действия не требуются.
• Отрицательные - Выполните следующие типы калибровок в указанной
последовательности:
а. Калибровка рассматриваемой области/на однородность
б. Фоновая калибровка
в. Калибровка на флуоресцентный краситель
Прежде чем возвратить прибор в компанию для обслуживания:
• Перенесите с прибора все файлы с экспериментами (с расширением .eds) в
соответствии с разделом «Перенос матриц и результатов экспериментов»
на стр. 31. Это действие обеспечит сохранность данных во время
обслуживания.
• Перед отключением прибора на Главном экране активируйте «Настройки»
(Settings), затем «Техническое обслуживание и сервис» (Maintenance &
Service) ► «Режим подготовки к транспортировке» (Ship Prep Mode), чтобы
опустить нагревательную крышку для транспортировки.
Возврат
прибора на
обслуживание
58
--- стр. 66 ---
Главаг4 Техническое обслуживание
Включение, выключение, хранение и транспортировка
Для возвращения прибора на обслуживание:
1. Свяжитесь с региональным центром обслуживания заказчиков или группой
технической поддержки для получения копии Свидетельства об очищении
прибора от загрязнений, сервисного сообщения, номер телефона службы
сервиса и упаковки (при необходимости).
2. Выполните очищение прибора от загрязнений.
ВАЖНО! При загрязнении термоблока для удаления загрязняющих веществ
используйте коммерчески доступное дезинфицирующее средство. Прибор, из
которого не удалены загрязнения, обслуживанию не подлежит.
3. Заполните и подпишите копию Свидетельства об очгацении прибора от
загрязнений.
4. Отправьте копию вышеуказанного Свидетельства по факсу в центр
обслуживания заказчиков.
5. Упакуйте прибор в предлагаемую упаковку без вспомогательных
принадлежностей и шнуров питания. Вложите в коробку бумажную копию
Свидетельства об очищении прибора от загрязнений.
Примечание: Ремонт приборов без Свидетельства об очищении прибора от
загрязнений производится с задержкой.
6. Прикрепите к коробке предлагаемую почтовую марку и погрузите прибор
на соответствующее транспортное средство.
Ремонт займет 2-3 недели.
59
--- стр. 68 ---
Приложение А Установка
Установка прибора
(З) Соединение между
компьютером и монитором,
ф Соединение между компьютером и
портативным сканером штрих
кодов.
(D Соединение между компьютером и
клавиатурой
ф Соединение между компьютером и
мышью
Установка
продукта
1. Установите прибор Applied Biosystems QuantStudio 5 на лабораторный
стол.
2. Вставьте кабель питания одним концом в порт питания на задней панели
системы, а другим - в розетку.
3. Подключите систему к сети в зависимости от конфигурации и
используемого программного обеспечения. Можно выбрать один из
следующих вариантов:
Вариант установки Описание
Автономная Переходите к шагу 4 на стр. 61,
Совмещенная (при
использовании настольного
программного обеспечения
QuantStudio Design and
Analysis)
1. Подсоедините один конец стандартного кабеля
САТ5 для подключения к сети Ethernet в порт RJ-
45 на задней панели прибора, а другой - к
сетевому порту компьютера.
2. Переходите к шагу 4 на стр. 61.
Сетевая (при
использовании облачного
программного обеспечения
QuantStudio Design and
Analysis)
1. Подсоедините один конец стандартного кабеля
САТ5 для подключения к сети Ethernet к порту RJ-
45 на задней панели прибора, а другой - к
незанятому сетевому порту
или
Вставьте беспроводной адаптер IEEE 802.11 b/g/n
в USB-разъем на задней панели прибора.
2. Переходите к шагу 4 на стр. 61.
4. Включите питание прибора, затем:
Вариант установки Описание
Автономная 1. На экране прибора «Настройки»
(Setup), активируйте «Ни одна»
(Neither)/ «Выбрать позже»
(Decide Later), затем выполните
инструкции на экране для
установки названия прибора,
времени и временной зоны.
2. Переходите к шагу 6 на стр, 62.
Совмещенная (при
использовании настольного
программного обеспечения
QuantStudio Design and
Analysis)
При использовании настольного
облачного обеспечения QuantStudio
Desian and Analysis
Переходите к шагу 5 на стр. 61.
5. На экране прибора «Настройки» (Setup), нажмите «Проводное» (Wired) или
«Беспроводное» (Wireless).
61
--- стр. 69 ---
Приложение А Установка b W
Установка прибора
Вариант
Проводное
Беспроводное
Выполните процедуру...
Соединение с сетью;
• Автоматически:
Активируйте DHCP OK, При выборе DHCP появится отметка
«галочка»
• Вручную:
Активируйте «Статический 1Р-адрес» (Static IP), зайдите в
соответствующий IP-адрес прибора. «Маска подсети» (Subnet Mask), и
дополнительно, «Шлюз по умолчанию» (Default Gateway), и «Первичный»
(Primary) и «Вторичный» (Secondary) сервер DNS, затем нажмите
«Готово» (ОК).
На экране «Соединение с сетью» (Network Connection) выберите
беспроводную сеть из списка доступных сетей или нажмите
«Подключиться к другой сети» (Join Other Network).
• Выбрав сеть из доступного списка, введите пароль и создайте
соединение с сетью,
• Выбрав соединение с другой сетью:
а. На экране «Поиск сети и сетевое соединение» (Find and Join а
Network) введите имя и тип безопасности сети.
б. Нажмите «Подключиться» (Join), введите необходимые пароли,
затем нажмите «Соединиться» (Join) ► «Готово» (ОК).
Примечание: При вводе неправильной информации появится
экран «Соединение с сетью не установлено» (Network Connection
Failed), следовательно, необходимо вернуться назад и повторить
указанные действия
6. На экране «Конфигурация сети» (Network Configuration) введите название прибора, дату,
время и временную зону.
7. Создайте учетную запись в сервисе «Термо Фишер Клауд» (Thermo Fisher Cloud). См.
инструкции в разделе «Регистрация в Термо Фишер Клауд» («Register for Thermo Fisher
Qoud») на стр. 63.
8. Создайте в приборе локальную учетную запись администратора и соедините ее с «Термо
Фишер Клауд» (Thermo Fisher Cloud). См. инструкции в разделе «Создание и соединение
учетной записи администратора с «Термо Фишер Клауд» на стр. 63.
9. Установка/Доступ к программному обеспечению.
• (Только для пользовашелей настольного П О ) Установите настольное программное
обеспечение QuantStudio Design and Analysis.
ВАЖНО! FlacToabHoe программное обеспечение могут устанавливать только
пользователи с правами администратора. •
• {Т олько д ля п о льзо ва т елей облачного П О ) Войдите в облачное программное обеспечение
QuantStudio Design and Analysis через учетную запись в Thermo Fisher Cloud. См.
указания в разделе «Создание учетной записи администратора и соединение с Thenno
Fisher Cloud на стр. 63.
10. См. инструкции по проверке рабочих характеристик прибора в разделе «Выполнение
проверки рабочих характеристик прибора с использованием плашек для количественного
определения РЬ1Казы Р» на стр. 44.
Примечание: Прибор Applied Biosystems QuantStudio 5 прошел заводскую калибровку.
При этом мы рекомендуем перед запуском эксперимента на приборе проверить
рабочие характеристики прибора.
62
--- стр. 70 ---
Приложение А Установка
Установка прибора
Регистрация в
«Термо Фишер
Клауд» (Thermo
Fisher Cloud)
Создание учетной
записи
администратора и
переход в «Термо
Фишер Клауд»
(Thermo Fisher
Cloud)
ВАЖНО! Если у вас уже есть учетная запись lifetechnologies.com для доступа к
платформе Термо Фишер 1Слауд (Thermo Fisher Cloud platform), используйте
существующее имя пользователя и пароль.
Платформа Термо Фишер Клауд (Thermo Fisher Cloud) представляет собой
набор инструментов, обеспечивающих анализ и надежное хранение всех
данных в одном месте. Для доступа к аналитической платформе Термо Фишер
Клауд (Thermo Fisher Cloud) и запоминающему устройству для хранения данных
с объемом памяти 10 ГБ зарегистрируйтесь онлайн на сайте lifetechnologies.com.
1. Перейдите на главную страницу lifetechnologies.com, затем щелкните
вкладку Термо Фишер Клауд (Thermo Fisher Cloud) в верхней части
страницы.
2. Щелкните «Получить немедленный доступ» (Access it now), затем введите
свое имя пользователя и пароль для lifetechnologies.com, или щелкните
«Создать учетную запись» (Create ап account).
3. Заполните необходимые поля, затем инициализируйте выполнение.
По умолчанию первым пользователем, создающим учетную запись в приборе
Applied Biosystems QuantStudio 5, является администратор.
Примечание: Для соединения учетной записи администратора прибора с
платформой Термо Фишер Клауд (Thermo Fisher Cloud) у вас должна быть
создана учетная запись Термо Фишер Клауд (Thermo Fisher Cloud).
После установки сетевого соединения:
1. На экране «Создать учетную запись администратора» (Create Administrator
Account) нажмите «Прибор» (Instrument).
Примечание: Вы будете автоматически направлены с экрана
«Конфигурация сети» (Network Configuration) на экран «Создать учетную
запись администратора» (Create Administrator Account)
2. Создайте имя пользователя и PIN прибора. Активируйте учетную
запись «Создать» (Create).
63
--- стр. 80 ---
Части и материалы
Порядок заказа...................................................................................................73
■ Наборы, расходные материалы и комплектующие.......................................74
Порядок заказа
Вы можете заказать материалы и комплектующие через интернет
непосредственно на складе компании «Термо Фишер Сайентифик» (Thermo
Fisher Scientific).
Примечание: Наличие продукта и порядок формирования цены может
варьироваться в зависимости от региона иди страны покупателя. Справочную
информацию можно получить в службе поддержки.
Для заказа через сайт:
• Убедитесь, что ваш компьютер имеет выход в интернет.
• Для доступа к сайту компании «Лайф Текнолоджис» (Life Technologies) мы
рекомендуем воспользоваться следующими программами просмотра и
версиями Adobe® Acrobat® Reader:
Операционная
система
Microsoft®
Internet
Explorer®
Apple®
Safari®
Mozilla®
Firefox® :
Adobe®
Acrobat®
Reader
М icrosoft® Windows®v6.x или
более
поздняя
веосия
Нет!'Ч v2.x или
более
поздняя
версия
v4.0 или
более
поздняя
версия
Macintosh® НетИ V2.0.4 или
более
поздняя
версия
Cl Для данной платформы программа просмотра не предусмотрена.
121 [1]
Примечание: Для правильной работы сайта убедитесь, что файлы cookie и
Javascript включены.
73
--- стр. 81 ---
Приложение В Части и материалы
Наборы, расходные материалы и комплектующие ш
Порядок заказа на
сайте «Лайф
Текнолоджис»
(Life Technologies)
Выберите один из следующих вариантов:
Для заказа... Порядок действий
Тест-систем и
реактивов 1, Зайдите Hawww.lifetechnologies.com.
2. На странице «Купить все продукты» (Shop АП Products)
выберите интересующий продукт.
Частей и
комплектующих
прибора или
Наборов для
калибровки
1. Зайдите Hawww.lifetechnologies.com.
2. Щелкните «Купить все продукты» (Shop АП Products) •
«Стандарты, принципиальные схемы и средства
управления» (Standards, Ladders & Controls) ►
«Наборы для калибровки прибора» (Instrument
Calibration Kits), «Стандарты и реактивы» (Standards &
Reagents) ► «Наборы и реактивы для калибровки
прибора для количественного обнаружения
продуктов ПЦР в режиме реального времени» (Real-
TimePCRInstrumentCalibrationKits& Reagents).
3. Выберите нужные компоненты, затем завершите заказ
в соответствии с инструкциями.
См. полный перечень совмеснимых деталей прибора,
принадлежностей и наборов в разделе «Наборы, расходные
материалы и принадлежности» на стр. 74,
Наборы, расходные материалы и принадлежности
С "Амплификатором нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с
гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме
реального времени» используются следующие расходные материалы.
Примечание: Дата истечения срока годности реактива или расходного
материала указана на упаковочном ярлыке.
Расходные
материалы для
96-луночного
блока в формате
0,2 мл
Расходный материал №
части ГС)
Срок
годности
при
указанной
темнрцр|
Плашка 1 для спектральной калибровки 96-луночного
блоков фолате 0,^^мл (сод^жащая красители
РАМ .VIC ,ROX mSYBR®)
А26331
Плашка 2 для спектральной калибровки 96-луночного
блока в формате 0,2 мл (содержащая красители ABY®,
JUN® и MUSTANG PURPLE®)
А26332 Использова
ть
Плашка Здля спектральной калибровки 96-луночного
блока в^формат^0,2 мд (содержащая красители
TAMRA , NED и Су®5)
А26333 <-20 расходный
материал
до
истечения
96-луночные плашки для калибровки
рассматриваемой области и фоновой калибровки (2
HIT )
4432364
срока
годности,
указанного
Плашка для 96-луночного блока в формате 0,2 мл
для проверки рабочих характеристик прибора с
использованием РНКазы Р
4432382
на упаковке
74
--- стр. 82 ---
Приложение В Части и материалы
Наборы, расходные материалы и комплектующие
Материалы и
расходные
материалы
^ ^ Ш Й ^ ““плектующие № части
ТМ
Универсальное съемное устройство MicroAmp 1 шт. 4313950
ТМ
Устройство для установки крышек (ручка) MicroAmp 1 шт. 4330015
ТМ
Оптическая клейкая пленка MicroAmp 25 шт. 4481193
» ТМ
Аппликатор для оптической клейкой пленки MicroAmp5 шт. 4481196
Вода со степенью чистоты для ПЦР в режиме реального времени- АМ9935
Портативный сканер штрих-кодов 4453271
Беспроводной адаптер А26774
75
--- стр. 91 ---
Калибровка
пользовательским
красителем
Изготовление плашки с пользовательским красителем
Приложение С Подготовка расходных материалов для калибровки М Я
Изготовление плашки с пользовательским красителем для калибровки у Г
ВАЖНО! При изготовлении плашки с красителями используйте неопудренные
перчатки.
Изготовьте плашку, заполненную пользовательским красителем, разведенным до
оптимальной концентрации:
1. Разведите пользовательский краситель в буфере до оптимальной
концентрации. Подготовьте достаточный объем смеси, придерживаясь
рекомендуемого диапазона 10-20 мкл на лунку для 96-луночной и 384-луночной
плашек.
2. Добавьте при помощи пипеточного дозатора необходимое количество
разведенного пользовательского красителя во все лунки оптической
реакционной плашки, затем герметично закройте плашку.
3. Подвергните плашку перемешиванию на вихревой мешалке в течение 5 секунд,
затем центрифугируйте в течение 2 минут со скоростью < 1500 об./мин.
Убедитесь, что жидкость находится на дне каждой лунки. В противном случае,
подвергните плашку повторному центрифугированию на более высокой
скорости и в течение более длительного периода времени.
Добавление пользовательского красителя в программное обеспечение •
1. На Главном экране соответствующего программного обеспечения:
Вариант I t Действие
— .....1__________1_________________ _ . . . ■ а“-.:
Сенсорный экран
прибора Applied
Biosystems
QuantStudio 5
Нажмите «Настройки» (Settings) ► «Техническое обслуживание»
(Maintenance) и «Услуги» (Services) ► «Калибровки» (Calibrations) ►
«Пользовательский» (Custom) ► «Калибровки» (Calibrations) ►
«Пользовательский краситель (Custom Dye)
Настольное ПО
QuantStudio
Design and
Analysis
Щелкните «Инструменты» (Tools) ► «Библиотека красителей» (Dye
Library).► «Новый» (New).,.
Облачное ПО
QuantStudio
Design and
Analysis
Щелкните «Определить» (Define) ► ► «Управлять красителями
тест-системы» (Manage Assay Dyes)
Примечание: В облачном программном обеспечении QuantStudio®
доступ к вкладке «Определить» (Define) можно получить, только
когда эксперимент открыт.
2. Добавьте пользовательский краситель в соответствии со следующими
инструкциями:
• Сенсорный экран прибора Applied Biosystems QuantStudio 5
а. На экране «Пользовательский краситель» (Custom Dye) создайте новый
или выберите существующий краситель:
- Нажмите «Добавить пользовательский краситель» (Add Custom Dye)
для ввода названия нового пользовательского красителя.
- Нажмите кнопку с названием красителя, чтобы выбрать
существующий пользовательский краситель.
а. Нажмите «Новый краситель» (New Dye).
б. В диалоговом окне «Библиотека красителей» (Dye Library) нажмите
«Новый» (New).
в. Закройте диалоговое окно «Новый краситель» (New Dye), нажмите OK
г. Нажмите «Закрыть» (Close).
84
--- стр. 92 ---
б. На экране «Добавить пользовательский краситель» (Add Custom Dye):
а. Введите детали нового красителя.
Приложение С Подготовка расходных материалов для калибровки Ш Я |
Изготовление плашки с пользовательским красителем для калибровки
Поле/вариант |Действие
Название
пользовательского
красителя (Custom
Dye Name)
Длина волны
Тип
Введите название пользовательского красителя.
ВАЖНО! Убедитесь, что при вводе названия
пользовательского красителя вы не используете
название системного красителя.
Введите длину волны, при которой краситель
флуоресцирует
Выберите:
- Репортер (Reporter), если краситель
работает во взаимодействии с гасителем для
сообщения об увеличении продукта ПЦР,
- Гаситель (Quencher), если краситель
подавляет флуоресценцию репортерного
красителя до амплификации продукта ПЦР,
- Оба (Both), если краситель сообщает об
увеличении продукта ПЦР без помощи
гасителя. •
б. Нажмите «Сохранить» (Save), чтобы добавить
пользовательский краситель или «Отменить» (Cancel), чтобы
выйти из экрана без сохранения деталей нового красителя.
в. На экране «Калибровка красителем» (Dye Calibration) введите настройки
температуры для калибровки. Установите значение, которое должно
соответствовать значению температуры, при которой вы намерены
выполнять калибровку. Например, температура для всех системных
красителей Термо Фишер Сайентифик составляет 60°С, поскольку сбор
данных для реактивов TaqMan® происходит в ходе ПЦР на этапе
расширения при температуре 60°С.
• Настольное программное обеспечение QuantStudio®
а. В диалоговом окне «Новый краситель» (New Dye) введите название и
длину волны (дополнительно) для нового красителя.
б. Выберите один из следующих типов: «Репортер» (Reporter),
«Гаситель» (Quencher) или «Оба» (Both)
в. Щелкните «Сохранить» (Save) для сохранения нового красителя или
«Отменить» (Cancel) для выхода из диалогового окна.
• Облачное программное обеспечение QuantStudio®
а. В диалоговом окне «Управлять деталями красителя» (Manage Dye
Details) щелкните «Добавить» (Add) 0 .
б. Введите имя и длину волны красителя.
в. Выберите кнопку-флажок «Репортер» (Reporter) или «Гаситель»
(Quencher).
г. Щелкните «Закрыть» (Close) для сохранения нового красителя и
выхода из диалогового окна.
85
--- стр. 93 ---
Выполнение калибровки красителем
Приложение С Подготовка расходных материалов для калибровки < 1Я |
Изготовление плашки с пользовательским красителем для калибровки |S V
ВАЖНО! При добавлении пользовательского
красителей, содержащуюся в настольном
красителя в библиотеку
* . — или облачном программном
обеспечении QuantStudio Design and Analysis, перед выполнением калибровки
прибора красителем вам потребуется повторно ввести информацию о
пользовательском красителе на сенсорный экран прибора Applied Biosystems
QuantStudio 5. Инструкции по добавлению пользовательского красителя на
сенсорный экран прибора Applied Biosystems QuantStudio 5 см. в разделе
«Добавление пользовательского красителя в программное обеспечение» на стр
84.
1. Загрузите соответствующую плашку с красителем на адаптер для плашки,
нажмите «Пуск» (Start), чтобы начать калибровку.
В большинстве случаев допустимыми являются спектры красителей с
пиком в пределах одного фильтра своей группы и незначительными
различиями между длинами волн. Например:
т мйпи гя* м» BQD
•ме-aiis к
• н м 19
1М9-9Ш 14:114) «et
1Н>»19 НЛ14>МТ
1 М М « 1 9
ми _
Рис. 8 Спектры красителей, показанные при помощи настольного программного
обеспечения QuantStudio Design and Analysis
2. После завершения калибровки нажмите «Просмотреть результаты» (View
Results), чтобы увидеть данные калибровки.
ЖЖ ОСТОРОЖНО! ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО ТРАВМИРОВАНИЯ.Во время эксплуатации прибсша температура плашки может достигать 100°С. Прежде чем орать плашку в руки, дайте ей остыть до комнатной температуры.
3. Проверьте группировку спектров красителя:
а. На схеме расположения плашки выберите лунки плашки.
86
--- стр. 94 ---
б. Проверьте необработанные данные. Для каждого спектра убедитесь, что:
• Пик находится в пределах диапазона обнаружения "Амплификатора
нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 с
гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме
реального времени».
• Отсутствуют аномальные спектральные пики.
• Пик присутствует на правильном фильтре для красителя.
Примечание; Между лунками, содержащими один и тот же краситель,
различия в спектральном положении и положении пика вызваны
незначительными различиями в оптических свойствах и энергии возбуждения
между отдельными лунками.
4, Проверка статуса калибровки. Если калибровка:
• Показала удовлетворительные результаты - если все спектры
допустимы, завершите калибровку:
- Нажмите «Принять результаты» (Accept Results) для сохранения данных
калибровки
- «Отклонить результаты» (Reject Results) для отклонения результатов.
- «Перенести ред.» (Transfer Eds) для переноса данных калибровки на USB
приложение С Подготовка расходных материалов для калибровки j e j
Изготовление плашки с пользовательским красителем для калибровки
Custom Dye CsliOration
• Показала неудовлетворительные результаты - Создайте другую плашку
с пользовательскими красителями, используя следующий краситель в
концентрации, превышающей концентрацию, определенную в разделе
«Определение оптимальной концентрации красителя» на стр. 82, затем
выполните калибровку повторно.
5. Выгрузите плашку из прибора и выбросьте.
ОСТОРОЖНО! ОПАСНОСТЬ МЕХАНИЧЕСКОГО
ТРАВМИРОВАНИЯ. Во время эксплуатации прибора температура
плашки может достигать 100®С. Прежде чем орать плашку в руки,
дайте ей остыть до комнатной температуры
Поиск и устранение неисправностей при калибровке красителем
Наблюдение Возможная причина Рекомендуемое действие
Калибровка выполнена,
но спектральные пики
наблюдаются не в тех
фильтрах
Прогон плашки произведен
в неправильном
налравлении
Убедитесь, что прогон плашки произведен в
правильном направлении. В противном
случае, повторите калибровку с размещением
плашки в нужном направлении.
87
--- стр. 95 ---
Приложение С Подготовка расходных материалов для калибровки
Изготовление плашки с пользовательским красителем для калибровки ш
Наблюдение Возможная причина Рекомендуемое действие |
Один или несколько
необработанных спектров
находятся ниже порога
обнаружения для калибровки.
• Не выполнено
надлежащее
центрифугирование
плашки
• Реактивы, используемые
на плашке, старые или их
количества недостаточно.
ВНИМАНИЕ! ОПАСНОСТЬ
МЕХАНИЧЕСКОГО
ТРАВМИРОВАНИЯ. Во время
эксплуатации системы температура
плашки может достигать 100*С.
Прежде чем извлекать плашку, дайте
ей остыть до комнатной температуры.
1. Разгрузите систему и изучите лунки
калибровочной плашки. Если жидкость:
• Находится не на дне лунок,
подвергните плашку более
длительному центрифугированию,
затем повторите калибровку.
• Разного объема - плашка не
закрыта надлежащим образом, и
реактивы выпарились. Выбросьте
плашку и выполните прогон с другой
плашкой.
4. Если плашка выглядит нормально,
подготовьте и выполните прогон новой
плашки.
5. Если ситуация не изменилась,
Невозможно представить
краситель в достаточной
концентрации
Изготовьте новую плашку с
пользовательским красителем, используя
следующий краситель в концентрации,
превышающей оптимальное значение, затем
повторите калибровку.
Один или несколько
необработанных спектров
превышают максимальный
предел, предусмотренный
прибором.
Флуоресцентные красители
находятся на термоблоке
(термоблоках) или плашке для
калибровки красителем
В ходе фоновой калибровки убедитесь в
отсутствии загрязняющих веществ. Если
фоновая калибровка не показывает, что
термоблок загрязнен, может быть загрязнена
калибровочная плашка. Выбросьте плашку для
калибровки красителем и выполните прогон
новой плашки.
Примечание: Подробные инструкции по
проведению фоновой калибровки см. в
Руководстве по техническому использованию
своей системы
Слишком высокая концентрация
красителя
Изготовьте новую плашку, используя
краситель, выходящий за пределы
обнаружения, в меньшей концентрации
Спектры содержат пики в
нескольких фильтрах.
На термоболоке (термоблоках)
или плашке для калибровки
красителем присутствуют
загрязняющие вещества.
В ходе фоновой калибровки убедитесь в
отсутствии загрязняющих веществ. Если
фоновая калибровка не показывает
загрязнения термоблока, может быть
загрязнена калибровочная плашка. Выбросьте
плашку для калибровки красителем и
выполните прогон новой плашки.
Подробные инструкции по проведению
фоновой калибровки см. в Руководстве по
техническому использованию вашей системы.
Результаты калибровки
неудовлетворительны.
Ряд возможных причин. 1. Повторите калибровку.
2. Если проблема не устранена, свяжитесь
со службой поддержки
88
--- стр. 96 ---
Характеристики и конфигурация
прибора
■ Размеры настроенной системы........................................................................89
■ Обеспечение доступа к прибору..................................................................90
■ Требования по электропитанию .....................................................................90
■ Требования к окружающей среде.................................................................91
■ Требования сети................................................................................................91
Примечание; Информацию о компонентах прибора и соединениях см. в
разделе «Компоненты и соединения прибора» см. на стр. 11.
Размеры настроенной системы
Предусмотрите место для настроенного прибора. Стандартная схема установки показана на Рис. 1.
I- 27,0см{10,63д.)-1
207,0см (81,5д.) ----------------------------
30,5 см (12 д.)
Рис. 9
89
--- стр. 97 ---
Обеспечение доступа к прибору
Обеспечение доступа к прибору
При установке и техническом обслуживании прибора необходимо обеспечить
доступ к его задней и боковым панелям. Если задняя панель прибора обращена
к стене, предусмотрите пространство, достаточное для того, чтобы
поворачивать прибор на лабораторном столе.
ВАЖНО! В целях безопасности, обеспечьте постоянный доступ к электрической
розетке для подачи питания к прибору.
Компонент Сверху Спереди ^сторонам Сзади
Прибор Applied Biosystems
QuantStudio 5
30,5 см
(12 дюймов)
30,5 см
(12 дюймов)
15,25 см
(6 дюймов)
15,25 см
(б дюймов)
Компьютер* (Дополнительно.
Компьютер не входит в состав
МИ)
— 15,25 см
(б дюймов)
— 15,25 см
(6 дюймов)
Требования к электропитанию
/А ВНИМ АНИЕ! В целях безопасности, необходимо обеспечить постоянный
доступ к электрической розетке для подачи питания к прибору.
Информацию о пространстве, которое следует предусмотреть меж%^
стенкой и прибором, см. в разделе «Обеспечение доступа к прибору». В
случае необходимости оператор должен иметь возможность немедленно
прекратить подачу питания к оборудованию. Обеспечьте достаточное
пространство между стенкой и оборудованием, чтобы в случае
возникновения аварийной ситуации отсоединить шнур.
Электрическая вилка: с двумя штырями и заземляющим контактом
Максимальное рассеивание мощности: 960 Вт (приблизительно, без
компьютера и монитора)
Допустимое отклонение напряжения сети переменного тока не должно
превышать ±10 процентов от номинального напряжения
Устройство Номинальное
напряжение
Цепь Номинальная
частота мощность
Прибор Applied Biosystems
QuantStudio 5
100-240±10%В[11 10 А 50/60 Гц 960 Вт
Компьютер (настольный)*
100-240 ±10% В 10А 50/60 Гц
125 ВА
Монитор* 65 ВА
Компьютер (переносной)* 100-240 ±10% В 10 А 50/60 Гц 90 ВА
f 1 При перепадах напряжения может потребоваться источник стабилизированного питания. Высокое или низкое напряжение может
отрицательно сказаться на электронных компонентах прибора.
’Компьютер или ноутбук не входит в состав медицинского изделия “Амплификатор нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio
5 с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени» и не поставляется вместе с ним.
Внешний компьютер (ноутбук) с установленным программным обеспечением может быть подключен к прибору для удобства
пользователя.
90
--- стр. 98 ---
приложение D Характеристики и конфигурация прибора
Требования к окружающей среде
Требования к окружающей среде
В месте установки необходимо обеспечить надлежащие условия окружающей среды.
Условие Допустимый диапазон ,
Место установки Использовать только в помещении
Электромагнитн
ые помехи
Не используйте устройство рядом с источниками сильного электромагнитного излучения
(например, неэкранированные источники намеренных радиочастот). Сильное
электромагнитное излучение может создавать помехи для нормальной работы устройства.
Данное оборудование было разработано и протестировано Международным
специальным комитетом по радиопомехам (CISPR11), присвоен класс А. Прибор
может создавать радиопомехи в бытовых условиях. Может потребоваться принять
определенные меры по уменьшению последствий помех.
Высота Между уровнем моря и 2000 м (6500 футов) над уровнем моря
Влажность (прибор
и компьютер*)
15%-80% (без конденсации)
Температура
(прибор и
компьютер*)
15“С-30“С (60Т-85Т)
Примечание: Комнатная температура не должна меняться более чем на 2°С в течение двух
часов.
Колебания Убедитесь, что прибор не примыкает к источникам сильных колебаний, например,
центрифуге, насосу или компрессору. Чрезмерная вибрация может оказать влияние на
рабочие характеристики прибора.
Степень загрязненияПрибору присвоена степень загрязнения II. Прибор можно устанавливать только в среде,
в которой присутствуют непроводящие загрязнения, например, частицы пыли или
древесная стружка. К типичным средам со степенью загрязнения II относятся
лаборатории и торговые зоны.
Выходная мощность шумов работающего прибора ПбО дБ.
Прочие условия Обеспечьте размещение прибора на достаточном расстоянии от любых вентиляционных
отверстий, из которых на компоненты системы могут попадать аэрозольные продукты.
Избегайте размещения прибора и компьютера рядом с нагревательными приборами,
охладительными каналами, а также воздействия прямого солнечного света.
Требования сети
Прибор имеет конфигурацию заводской настройки для связи IPv4 TCP/IP, и
включает адаптер для подключения к высокоскоростной сети Etherment (10/100
Мб/с) с коннектором типа RJ45 для интегрирования устройства в локальную
сеть (LAN). Прибор может быть настроен для беспроводного соединения с
сетью посредством установки беспроводного адаптера, предлагаемого Термо
Фишер Сайентифик отдельно в качестве дополнительной комплектующей.
Если прибор должен быть подключен к локальной сети, перед
запланированной датой установки необходимо оборудовать прибор
функционирующим протестированным разъемом.
Примечание: Если установкой прибора занимается представитель службы
технической поддержки, во время установки также должен присутствовать
сотрудник вашего отдела ИТ, помогающий подсоединить прибор к сети.
91
--- стр. 99 ---
Требования сети
Необходимые материалы:
• Проводное соединение: Кабель САТ6 Ethernet достаточной длины с
коннекторами RJ45 (для подключения к сети со скоростью 1000 Мб/с или
CATS для подключения к сети со скоростью 100 Мб/с)
Беспроводное соединение: 802.11b/g/n однополосный беспроводной
адаптер (№ по каталогу: А26774)
91
--- стр. 105 ---
Безопасное обращение с прибором
Безопасное обращение с прибором
Общие положения
ОСТОРОЖНО! Не удаляйте с прибора защитные покрытия. Снятие защитных
панелей цли отключение блокирующих устройств может привести к
серьезной опасности, включая, среди прочего, поражение электрическим
разд^блен^^**^"^*^^ лазерного излучения, химических веществ или
/h
Механическо
е
травмирован
ие
ОСТОРОЖНО! Растворители и жидкости под давлением. При работе с любыми
жидкостями под давлением используйте защитные приспособления для глаз,
будьте осторожны при обращении с любыми полимерными трубками
находящимися под давлением.
При использовании воспламеняемых растворителей погасите все находящиеся
рядом горелки.
Не используйте слишком натянутые или изогнутые трубки.
Не используйте полимерные трубки с тетрагидрофураном, азотной или серной
кислотой.
Помните, что дихлорметан и диметилсульфоксид вызывают вспучивание
полимерных трубок и значительно снижают разрывное давление.
Помните, что высокая скорость потока растворителя (~40 мл/мин) может
привести к образованию электростатического заряда на поверхности трубки и
возникновению искр.
/А ОСТОРОЖНО! Возможность увечья при перемещении и подъеме прибора.
Прибор МОГУТ перемешать и устанавливать только сотрудники или ппгтявт 1тики
указанные в соответствующем руководстве по подготовке места работы.
Неправильные приемы подъема могут вызвать болезненные ощущения и
фонические боли в спине.
Перед подъемом или перемещением прибора или принадлежностей необходимо
З^итывать следующие факторы:
• В зависимости от веса, для перемещения или подъема прибора может
потребоваться двое и более человек.
• Если вы решите поднимать или перемещать прибор после того, как он был
установлен, не гтытайтесь делать это самостоятельно, без использования
соответствующего оборудования или приемов.
• Убедитесь, что вы удобно и надежно взялись за прибор или принадлежность.
• Убедитесь, что на пути перемещения прибора нет посторонних предметов.
• Не допускается поднимать предмет и поворачивать туловище одновременно.
Держите спину в удобном нейтральном положении, ноги должны участвовать
в процедуре подъема.
• Прежде чем поднять и перенести прибор, согласуйте действия с помощником.
• При обращении с упаковками меньших размеров, вместо того, чтобы
поднимать предмет из коробки, аккуратно наклоните коробку на бок и
удерживайте ее в устойчивом положении, пока ваш помощник скользящим
движением извлекает ее содержимое.
ОСТОРОЖНО! Движущие части могут стать причиной раздробления,
защемления или пореза. Работая с прибором, держите руки на
расстоянии от движущихся частей. Перед обслуживанием отключите
прибор от источника питания.
ВНИМАНИЕ! Не пытайтесь поднять или переместить прибор
самостоятельно. Используйте соответствующее оборудование и приемы,
неправильные действия могут привести к серьезным травмам.
98
--- стр. 106 ---
Требования техники безопасности и стандарты электромагнитной совместимое™
Электробезопасность
Z I\ ВНИМАНИЕ! Установка плавких предохранителей. Перед установкой
прибора убедитесь, что предохранители установлены правильно, а их
напряжение соответствует напряжению сети.
Замену производят только на предохранители, тип и номинал которых
соответствует спецификациям прибора. Неправильно выбранные
предохранители могут вызвать повреждение системы соединений
прибора и возгорание.
/h ВНИМАНИЕ! Переключатель напряжения. Перед установкой прибора убедитесь, что переключатель напряжения настроен на напряжение сети.
Это поможет предотвратить повреждение инструмента, снизить риск возгорания и обеспечить нормальную работу.
Z !\
/h
ВНИМАНИЕ! Убедитесь в правильной подаче питания. Для безопасной
работы прибора:
• Подключите систему в правильно заземленную розетку с допустимой
токовой нагрузкой.
• Убедитесь, что источник электропитания имеет требуемое напряжение.
• Запрещается пользоваться прибором без заземления. Для безопасной
работы прибора требуется обеспечить непрерывность цепи заземления.
ВНИМАНИЕ! Двужильные шнуры электропитания. Для подачи питания
используйте правильно сконфигурированные и утвержденные двужильные
шнуры.
/ А ВНИМАНИЕ! Отключение питания. Чтобы полностью отключить питание, отсоедините или выньте из розетки сетевой шнур, установив прибор таким
образом, чтобы обеспечить доступ к ышуру.
Очистка И
удаление
загрязняющих
веществ
ZIX Осторожно! Очистка и удаление загрязняющих веществ. Применяйте только
методы очистки и удаления загрязняющих веществ, указанные в документации производителя, предназначенной для пользователя.
Оператор (или другое ответственное лицо) обязан обеспечить соблюдение
следующих требований:
• Не используйте очищающие и дезинфицирующие средства, которые могут
создать ОПАСНОСТЬ в результате реакции с частями оборудования или
материалами, содержащимися в оборудовании.
• Прибор подлежит тщательному очищению, а) если на оборудование или
внутрь него попало опасное вещество, и/или б) перед обслуживанием
прибора на месте установки или отправлением на ремонт, техническое
обслуживание, продажей либо окончанием срока аренды (методы
удаления загрязнений можно уточнить в службе по работе с клиентами).
• Перед применением каких-либо методов очистки или удаления
загрязнений (кроме рекомендованных производителем), пользователи
должны получить подтверждение производителя о том, что предлагаемые
методы не станут причиной повреждения оборудования.
Требования техники безопасности и стандарты
электромагнитной совместимости (ЕМС)
Прибор спроектирован и изготовлен в соответствии со стандартами и
требованиями техники безопасности и электромагнитной совместимости,
как указано в нижеприведенной таблице:
99
--- стр. 107 ---
Требования техники безопасности и стандарты электромагнитной совместимости
Соответствие
требованиям
техники
безопасности
Электромагнитная
совместимость
Норматив Описание
Директива ЕС
2006/95/ЕС
Европейский Союз «Директива ЕС по низковольтному
оборудованию»
IEC61010-1
EN 61010-1
UL 61010-1
CSAC22.2NO.
61010-1
Требования техники безопасности к электрооборудованию
для измерения, контроля и лабораторного использования -
Часть 1: Общие требования
IEC 61010-2-010
EN 61010-2-010
Требования техники безопасности к электрооборудованию
для измерения, контроля и лабораторного использования -
Часть 2-010; Особые требования к лабораторному
оборудованию для нагревания материалов
IEC 61010-2-081
EN 61010-2-081
Требования техники безопасности к электрооборудованию
для измерения, контроля и лабораторного использования -
Часть 2-081: Особые требования к автоматическому и
полуавтоматическому лабораторному оборудованию для
использования в целях анализа и других целях
Норматив Описание
Директива 2004/108/ЕС Европейски Союз «Директива об электромагнитной
совместимости»
EN 61326-1/IEC 61326-1 Электрооборудование для измерения,
контроля и лабораторного использования -
Требования ЕМС - Часть1: Общие требования
AS/NZSCISPR11 Пределы и методы измерения характеристик
электромагнитного излучения радиочастотного
оборудования промышленного, научного и
медицинского назначения
ICES-001, Выпуск 4 Радиочастотные генераторы
промышленного, научного и медицинского
назначения
РССРаздел15 Подраздел В (47
CFR)
США Стандартные радиочастотные устройства
Оборудование прошло тестирование и соответствует предельным
значениям для цифровых устройств класса А, в соответствии с частью 15
Правил Федерального агентства связи США. Данные пределы
предусмотрены для обеспечения надлежащей защиты от вредных помех
при эксплуатации оборудования в коммерческой среде. Это оборудование
создает, использует и может испускать радиочастотную энергию, и, при
несоблюдении указаний руководства по использованию и установке,
может создавать вредные помехи для радиосвязи. Использование данного
оборудования в жилой зоне, вероятнее всего, приведет к созданию
вредных помех, и, в таком случае, пользователю потребуется устранить
неблагоприятное воздействие прибора за свой счет.
101
--- стр. 108 ---
Химическая безопасность
Природоохранное
проектирование
Норматив Описание
Директива
2012/19/EU
Европейский Союз - «Директива ЕС об утилизации
электрического и электронного оборудования»
Директива
2011/65/EU
Европейский Союз - «Директива ЕС по ограничению
использования некоторых вредных веществ в электрическом
и электронном оборудовании»
Директива
2006/66/ЕС
Европейский Союз -«Директива о батареях»
Химическая безопасность
Z !\ ВНИМАНИЕ! ОБЩИЕ ПРАВИЛА ОБРАЩЕНИЯ С ХИМИЧЕСКИМИ ВЕЩЕСТВАМИ. Для минимизации рисков сотрудники лаборатории должны изучить и применять на практике нижеприведенные общие инструкции по технике безопасности при использовании, хранении и утилизации химических веществ, а также ознакомиться с конкретными мерами предосторожности и указаниями, изложенными в соответствующих паспортах безопасности вещества.
Перед хранением, обращением или работой с любым химическим веществом внимательно
изучите паспорта безопасности вещества, предоставленные производителем химических
веществ. Чтобы получить паспорта безопасности вещества, обратитесь к разделу
«Документахщя и поддержка» настоящего документа.
Сократите продолжительность контакта с химическими веществами. При обращении с
веществами используйте соответствующие средства индивидуальной защиты (защитные
очки, перчатки или защитную одежду).
По возможности, не вдыхайте химические вещества. Не оставляйте контейнеры
открытыми. Используйте химические вещества только в помещении с достаточной
вентиляцией (например, с наличием вытяжного шкафа).
Проводите регулярные проверки на разливы и пропуски. В случае разлива или пропуска
выполните действия по их устранению, предусмотренные производителем, как указано в
паспорте безопасности вещества.
Для работы с химическими отходами используйте вытяжной шкаф.
Используйте первичные и вторичные контейнеры для отходов. (Первичный контейнер
для отходов содержит непосредственно отходы. Во вторичном контейнере для отходов
содержатся продукты разливов и утечек из первичного контейнера. Оба контейнера
должны быть изготовлены из материалов, совместимых с отходами, и отвечать
федеральным, региональным и местным требованиям к хранению контейнеров).
После опорожнения контейнера с отходами плотно закройте его предлагаемой крышкой.
Охарактеризуйте (по возможности, путем анализа) отходы, образуемые при определенном
применении, конкретными реактивами и субстратами, используемыми в вашей
лаборатории.
Обеспечьте хранение, перемещение, транспортировку и утилизацию отходов в
соответствии со всеми местными, региональными/областными и/или национальными
нормативами.
ВАЖНО! Радиоактивные или биологически опасные материалы могут требовать особых
приемов обращения, к ним также могут применять ограничения на утилизацию.
/А ВНИМАНИЕ! ОПАСНЫЕ ОТХОДЫ (ОТ ПРИБОРОВ). Отходы, образуемые во время работы прибора, относят к опасным. Следуйте инструкциям, изложенным в предыдущем разделе по общим правилам обращения с химическими веществами.
/ А ВНИМАНИЕ! Безопасное обращение с 4-литровыми бутылями для реактивов и отходов. 4-литровые бутыли для реактивов и отходов могут лопнуть и дать утечку.
Каждую 4-литровую бутыль следует поместить в контейнер из полипропилена низкой плотности с закрепленной крышкой и ручками, установленными в строго вертикальное положение.
101
--- стр. 115 ---
Обязанности клиента
Обязанности клиента
Представитель
службы техники
безопасности
лаборатории
Персонал
Координатор
подготовки места
М О нтажа/в ы п о л н е
ния монтажа
Обязанности
Получает и инспектирует оборудование.
Распаковывает и складирует реагенты и платы в соответствии с документацией.
Изучает руководство по подготовки места монтажа в части техники безопасности и
требований к оборудованию.
Координирует персонал и задачи.
Выбирает место монтажа.
Проверяет опросные листы с соответствующим персоналом и сервисным
представителем, чтобы убедиться в том, что место должным образом подготовлено.
Планирует монтаж и информирует персонал о дне монтажа.
Обеспечивает чистоту места монтажа от лишних материалов в день монтажа.
Присутствует во время монтажа для содействия сервисному представителю
Изучает руководство по подготовки места монтажа в части техники безопасности .
Обеспечивает меры ТБ и оборудование по ТБ на месте монтажа.
Присутствует во все время нахождения сервисного представителя на предприятии
клиента.[1 ]
Персонал
лаборатории/
основные
пользователи
Изучают информацию по ТБ.
Обеспечивают наличие на месте монтажа всех материалов, предоставляемых клиентом.
* Обеспечивают наличие всех основных пользователей (ответственных за обучение
остальных пользователей) на месте монтажа, чтобы они могли пройти обучение на
оборудовании.
Персонал
технических
служб
Обеспечивают соответствие следующим требованиям к месту монтажа:
Размеры места монтажа
Зазоры до стен помещения
Влажность и температура
Сбор мусора
Электроснабжение
Компьютерная техника
Материалы для монтажа и безопасности
Если возможно, перемещают упакованное оборудование к месту монтажа перед датой
монтажа.
Доступны во время монтажа для содействия сервисному представителю и персоналу
лаборатории.
Обеспечивают наличие не менее 2 человек для помощи сервисному представителю в
перемещении и позиционировании оборудования.
Требуется при моктаже оборудования сервисным представителем.
--- стр. 116 ---
Требования к месту монтажа
Требования к месту монтажа
Размеры и вес Примечание: Все размеры округлены до ближайшего целого или половинного
значения единицы измерения.
Компоненты (в упаковке)
ВНИМАНИЕ! ОПАСНОСТЬ ФИЗИЧЕСКОЙ ТРАВМЫ. Упаковки тяжелые. Не
пытайтесь поднимать или перемещать упаковки без профессиональной помощи.
Любое неправильное поднятие или перемещение упаковок может привести к
серьезной травме.____________________________________________________________
Убедитесь, что размеры здания позволяют свободный проход упаковки с прибором.
Упаковка Высота Длина (глубина) Ширина Вес
Прибор (на паллете) 63 см (25 ') 69 см (27 ‘) 42 см (16.5') 35 кг (77 фнт)
Компоненты (без упаковки)
Убедитесь в том, что стол на месте монтажа может вместить по размерам и
выдержать вес заказанной конфигурации оборудования.
Компонент Высота Длина (глубина) Ширина Вес
Прибор 40 см (16 ') 50 см (20 ') 27 см (10.5') 26 кг (57 фнт.)
Зазоры для В ходе монтажа прибора и его обслуживания необходим доступ к его задней панели,
установки Если задняя панель прибора обращена к стене, обеспечьте достаточное место на
прибора столе, чтобы повернуть прибор для доступа к задней панели.
Компонент Вверху Спереди По бокам Сзади
Прибор 30 см (12‘) 30 см(12‘) 15 см (6 ‘) 15 см (6 ‘)
Компьютер* — 15 см (6 ') — 15 см (6 ‘)
Компьютер или ноутбук не входит в состав медицинского изделия «Амплификатор нуклеиновых кислот Applied Biosystems
QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени» и не поставляете
вместе с ним.
Внешний компьютер (ноутбук) с установленным программным обеспечением может быть подключен к прибору для удобства
пользователя.
ВАЖНО! Для безопасности, розетка электропитания прибора должна быть доступна.
--- стр. 117 ---
требования к месту монтажа
Подключение
прибора к
компьютеру
(при
необходимости)
0 >
(D— I
( 2 Ь -
® — «ш»
® — 1 ш
© —
CD
Рис. 1 Задняя панель прибора
1 USB порты
2 WiFi USB порт—подключение USB
беспроводного адаптера для доступа к
беспроводной сети (заказывается
отдельно)
3 Порт Ethernet—RJ45 порт для
100/1,000 Mbps Ethernet соединения с
прибором
4 RS232 порт—только для
сервисного использования
5 Крышка предохранителя
6 Выключатель питания
7 Разъем питания— от 100 до 240
VAC
;•---'
С
л
Рис. 2 Подключение прибора к компьютеру (в конфигурации минитауэр)
1 Отключаемый кабель питания,
совместимый с местной электрической
розеткой.
2 Подключение прибора к компьютеру.
3 Соединение компьютера с монитором,
клавиатурой и мышью.
4 Соединение компьютера с ручным
сканером штрих-кодов (опционально).
--- стр. 118 ---
Требования к месту монтажа
Требования к
окружающей
среде
Table 1 Требования к окружающей среде
Параметр Допустимый диапазон
Место монтажа Использование только в помещении
Электромагнитные
помехи
Не используйте прибор в непосредственной близости от
сильных источников электромагнитного излучения (напр.,
неэкранированные источники РЧ сигналов). Сильное
электромагнитное излучение может нарушить правильную
работу прибора.
Высота над уровнем
моря
Между уровнем моря и 2000 м (6500 фт.) выше уровня моря
Условия эксплуатации • Влажность: 15-80% относительная влажность (без
конденсации)
• Температура: 15 - 30°С (59 - Зб^Р)
Примечание: Для обеспечения оптимальной работы
прибора избегайте быстрых или значительных
изменений температуры в помещении.
Условия хранения и
транспортировки
• Влажность ; 20-80% относительная влажность ( без
конденсации)
• Температура: -30 - в0°С (-22 - 140°Р)
Тепловыделение
прибора
При работе, на основе данных о фактическом потреблении
тока, тепловыделение прибора ожидается на уровне
примерно 960 Вт (3275 БТЕ/ч).
Вибрация Проследите, чтобы прибор не находился рядом с сильными
источниками вибрации, такими как центрифуги, насосы, или
компрессоры. Сильная вибрация повлияет на работу
прибора.
Степень загрязнения Прибор имеет II класс устойчивости к степени загрязнения.
Прибор может быть установлен только в помещениях, где
присутствуют только непроводящие загрязнения, такие, как
пыль и древесные щепки. Типичными помещениями с
такими условиями являются лаборатории и торговые или
коммерческие помещения.
Уровень шума прибора при работе < 60 dB.
Другие условия Проследите, чтобы прибор не находился рядом с любыми
вентиляционными каналами, из которых могут быть
выброшены аэрозольные продукты на компоненты прибора.
Не помещайте прибор и компьютер рядом с нагревателями,
охлаждающими каналами и под прямые солнечные лучи.
--- стр. 119 ---
Требования к месту монтажа
Требования к
эле ктро п ита н и ю
ВНИМАНИЕ! Для безопасности, розетка электропитания прибора должна быть
доступна. Информацию о необходимых зазорах мемоду стенами и прибором см.
в Зазоры для установки прибора " на стр.5. В случае аварийной ситуации вы
должны иметь возможность немедленно отключить все оборудование от
электросети. Обеспечьте достаточное пространство между стеной и
оборудованием, чтобы можно было отключить кабели питания в случае
аварии.
Электрическая розетка с заземлением
Максимальная рассеиваемая мощность: ~960 W (не включая компьютер и монитор)
Неравномерность напряжения в сети электропитания должна быть в пределах ±10 от номинального.
Прибор Номинальное
напряжение Максимал
ьныйток
Номинал ьн
ая частота
Номинальная
мощность
11рибор 100-240 ±10% VAC' 10А 50/60 Hz 960 W
' Если напряжение питания колеблется ниже номинального напряжения, может потребоваться стабилизатор напряжения.
Высокие или низкие напряжения могут отрицательно воздействовать на электронные компоненты прибора.
--- стр. 120 ---
требования к месту монтажа
Электрические
защитные в системах с большими колебаниями напряжения и мощности мы
устройства рекомендуем использование электрических предохранительных устройств.
Стабилизатор напряжения
Рекомендованные устройства
Стабилизатор напряжения 1.5-kVA
Используется там, где неравномерность напряжения в сети электропитания превышает ±10 от номинального.
Колебания напряжения могут отрицательно воздействовать на функции прибора и компьютера.
Примечание: Стабилизатор напряжения отслеживает входной ток и регулирует мощность, подаваемую на прибор или компьютер.
Он не защищает от скачков напряжения или отключения электропитания.
Сетевой фильтр
10-kVA сетевой фильтр
Используется в местах с частыми грозами или недалеко от «электрически шумных» приборов, таких как холодильники,
кондиционеры или центрифуги.
Короткие по времени импульсы высокого напряжения могут внезапно прервать функционирование прибора и компьютера.
Примечание: Выделенная линия и заземление между прибором, компьютером и главной электросетью здания также может
предотвратить проблемы, связанные с колебаниями напряжения.
Бесперебойный источник питания (UPS)
1.5-kVA бесперебойный источник питания (UPS)
Используются в местах с частыми перебоями в электропитании.
Отключения питания и другие события, которые внезапно прерывают функционирование прибора и компьютера, могут повредить
данные и возможно нанести ущерб системе.
ВНИМАНИЕ! ОПАСНОСТЬ ФИЗИЧЕСКОЙ ТРАВМЫ . Не пытайтесь поднимать UPS без помощи как минимум 2 человек.
Неправильное поднятие может привести к болезненной и тяжелой травме спины. За дополнительной информацией обратитесь к
эуководству пользователя от производителя UPS.
ВАЖНО! UPS обеспечивает электропитание в течение ограниченного времени. Он предназначен для задержки эффекта от
перебоя в электропитании, а не для обеспечения запасного источника питания. В случае отключения электропитания, если вы не
ожидаете включения питания в течение времени работы аккумуляторов UPS, выключите прибор и компьютер.
--- стр. 121 ---
требования к безопасноапи
Требования к безопасности
Техника
безопасности
Требуемое
оборудование
по ТБ
Представитель по ТБ от вашей организации должен обеспечить:
• Персонал должен установить и следовать всем
необходимым правилам ТБ для защиты персонала
лаборатории от потенциальных опасностей.
• Все необходимое оборудование и средства защиты
всегда доступны.
В вашей лаборатории установлены правила ТБ, разработанные для защиты
лабораторного персонала от имеющихся опасностей. Всегда выполняйте все
необходимые процедуры по ТБ.
На месте монтажа должно быть доступно следующее оборудование по ТБ и
средства защиты:
• Защита от любых источников опасных химикатов, радиации (напр., лазеров,
радиоизотопов, радиоактивных отходов, и загрязненного оборудования), и
потенциально заразного биологического материала, которые могут прис^ствовать
в месте, где будет работать сервисный представитель.
• Соответствующий огнетушитель:
Обеспечение соответствующего огнетушителя для использования на
оборудовании и вблизи него входит в ваши обязанности.
Типы и размеры огнетушителей должны подходить для тушения
электрических и химических возгораний, как определено в текущих законах,
положениях и/или стандартах и должны быть одобрены пожарной инспекцией или
иной уполномоченной организацией.
Установка соответствующих огнетушителей должна выполняться в
дополнение иным противопожаным системам, а не в качестве их замены или
альтернативы.
• Аварийный душ для промывания глаз
• Аварийный душ
• Защита глаз и рук
• Адекватная вентиляция, включая вытяжную трубу/ вытяжной колпак, если
применимо
• Контейнер для биологически опасных отходов, если применимо
• Оборудование первой помощи
• Оборудование для уборки разливов жидкости
• Применимые Паспорта безопасности (SDSs)
Получение и проверка груза
1. Убедитесь, что все компоненты в транспортной
накладной соответствуют заказанным в момент покупки.
2. Тщательно проверьте транспортную тару. Сообщите о
любом повреждении в службу поддержки клиентов.
Зафиксируйте любое повреждение и небрежное
обращение в транспортных документах.
3. Распакуйте и складируйте калибровочную плашку
РНКазы Р в соответствии с документацией.
10
--- стр. 137 ---
Настройка эксперимента
Глава 1 Общие правила настройки и проведения эксперимента
Присвоение
мишеней и
образцов лункам
Сохранение
эксперимента
• {Д ополниш ельно} только для экспериментов с использованием стандартной
кривой, относительной кривой и сравнительного Ст) Определите группы
биологических повторов в таблице «Группы биологических повторов»
(Biological Replicate Groups).
а. Нажмите 0 «Добавить» (Add), затем щелкните ячейку, чтобы ввести имя
и комментарии к каждой группе.
б. Щелкните ячейку с цветом, чтобы выбрать цвет.
Н и ж е п р ед ставл ен ы о б щ и е и н стр у кц и и . Д л я п о л у ч ен и я кон кретн ы х и н стр у к ц и й для
каж д о го т и п а эксп ер и м ен та см о тр и те соответствую щ ие главы н асто ящ его руководства
Важно, Можно начать прогон без назначения лунок, но графики амплификаций
отображаются только после того, как лунки назначены в ПО.
Во вкладке «Назначить» (Assign):
1. Назначьте мишень и задачу для каждой лунки. (В экспериментах по(
генотипированию назначьте тест-системы SNP вместо мишеней).
а. Выберите лунки в:::: конфигурации плашки или в таблице лунок
б. В таблице «Мишени» (Targets) выберите флажок напротив каждой
необходимой мишени, и выберите задачу из выпадающего списка.
2. Назначьте образец для каждой лунки.
а. Выберите лунки в ::::конфигурации плашки или в таблице лунок
б. В таблице «Образцы» (Samples) выберите флажок напротив
соответствующего образца.
3. (Д ополнит ельн о; только для экспериментов с использованием стандартной
кривой, относительной кривой и сравнительного Ст) Назначьте группы
биологических повторов для лунок.
а. Выберите лунки в:::: схеме заполнения плашки или в таблице лунок ^5.
б. В таблице «Группы биологических повторов» выберите флажок
напротив группы биологических повторов.
В любой вкладке нажмите «Сохранить» (Save).
Эксперименты, сохраненные перед запуском прогона, имеют расширение .edt.
После завершения прогона файл эксперимента с данными прогона имеет
расширение .eds.
Важно: Имя файла - это имя эксперимента, которое было введено в свойствах
эксперимента. Изменение имени эксперимента после первого сохранения не
изменяют имя файла. Для того чтобы изменить имя файла, выберите «Файл»
(File) ► «Сохранить как» (Save As).
См. также «Настройка эксперимента с использованием матриц» на стр. 77.
--- стр. 138 ---
Подготовка реакций
Глава 1 Общие правила настройки и проведения эксперимента
Ярлыки для
настройки
эксперимента
Можно использовать образец и мишень или значения SNP, которые были
сохранены в библиотеку. См. «Импортирование значений из библиотек» на стр.
73.
Также можно импортировать несколько или все настройки эксперимента:
Чтобы... Чтобы... Информация О настройке включает
Импортировать данные о
назначении образца и лунки
Импортировать файл
значений образца (стр. 75)
- Номер лунки
- Имя образца
(Дополнительно) Свойства пользовательского
образца
Данные настройки плашки:
- Номер лунки
- Имя образца
- Цвет образца
- Имя мишени
- Красители
(Дополнительно) Прочие данные лунки
Импортировать мишени
образцы и данные о
назначении лунок
Импортировать файг
настройки плашки (стр. 76)
Настроить конфигурацию
плашки в таблице без
сохранения в специальном
формате или использовать
набор колонок в таблице
конфигурации плашки
Вставить из файла *.xls (стр.
76)
Данные настройки плашки, как указано выше
Импортировать полную
настройку эксперимента
Создать эксперимент из
шаблона (стр. 77)
- Данные настройки плашки, как указано
выше
- Данные о реактиве
- Температурный протокол
- Параметры анализа
Подготовка реакций
Сведения о совместимых реактивах и материалах, необходимых для проведения
ПЦР, можно найти в Приложении С «Информация для заказа».
При подготовке реакций выполняйте инструкции производителя.
Следуйте другим рекомендациям, описанным в данном разделе.
Надлежащая
лабораторная
практика для
выполнения ПЦР и
ПЦР в режиме
реального времени
при подготовке образцов для амплификации ПЦР или ПЦР в режиме реального
времени:
• Используйте стерильные перчатки и чистый лабораторный халат (не
использованный ранее при работе с амплифицированными продуктами или
при подготовке образцов).
• Меняйте перчатки всякий раз, когда сомневаетесь в их стерильности.
• Предусмотрите отдельное место и специальное оборудования и материалы
для:
- Подготовки образцов и настройки реакции.
- Амплификации и анализа продукции.
• Не допускайте попадания амплифицированных образцов в зону настройки
реакции.
• Осторожно откройте и закройте все пробирки с образцами. Не допускайте
8
--- стр. 139 ---
разбрызгивания
или распыления
образцов.
Глава 1 Общие правила настройки и проведения эксперимента
--- стр. 140 ---
• Как можно более плотно закрывайте крышками реакционные смеси и
компоненты.
• Используйте пипеточный дозатор прямого вытеснения или наконечники с
аэрозольным барьером.
• Регулярно очигцайте лабораторные столы и оборудование 10% раствором
гипохлорита натрия или растворами DNAZap"^ (номер по каталогу
АМ9890).
Рекомендации по обращению с образцами и реактивами
• Используйте калиброванные пипеточные дозаторы и наконечники с аэрозольным барьером.
• Для приготовления реакционных смесей следуйте рекомендациям производителя для ваших мастер-
смесей и смесей для тест-систем.
• С учетом потерь, неизбежных во время переноса реактива, включите в расчеты дополнительный объем
реактивов.
• Для разведения образцов и любых стандартов используйте ТЕ буфер или воду.
• Проявляйте осторожность при разведении образцов и стандартов. Ошибки или неточности,
допугценные во время получения разведений, непосредственно влияют на точность данных.
• Храните разведения и смеси для тест-системы в месте, защищенном от света, в морозильной камере, до
момента использования. Чрезмерное воздействие света может повлиять на флуоресцентные зонды или
красители.
• Перед использованием:
- Тщательно перемешайте мастер-смесь путем взбалтывания бутыли.
- Подвергните смесь тест-системы повторному суспендированию путем перемешивания на вихревой
мешалке, а пробирки - непродолжительному центрифугированию.
- Подвергните любые замороженные образцы оттаиванию, поместив их на лед. После оттаивания
проведите повторное суспендирование образцов путем перемешивания на вихревой мешалке и
непродолжительное центрифугирование пробирок.
Рекомендации по подготовке реакций на плашках или в пробирках
• Следуйте инструкциям, приведенным в разделе «Надлежащая лабораторная практика для ПЦР и ПЦР
в режиме реального времени» на стр. 12.
• Убедитесь, что расположение ПЦР-реакций соответствует конфигурации плашки, отображенной в
настольном программном обеспечении QuantStudio 5.
• Убедитесь, что все реактивы находятся на дне лунок или пробирок. Подвергните плашки или
пробирки непродолжительному центрифугированию, чтобы переместить их содержимое на дно.
• Убедитесь, что плашки или пробирки герметично закрыты.
• Поместите реакционную плаш 1|у или пробирки в темное место с температурой 4°С до момента
загрузки в прибор.
• Не допускайте попадания влаги и загрязнений на дно реакционной плашки. Жидкости и другие
загрязняющие вещества, прилипающие ко дну реакционной плашки, могут привести к загрязнению
термоблока (термоблоков) и образованию аномально высокого фонового сигнала.
• При необходимости используйте перманентный маркер или ручку для маркировки пробирки и
стороны плашки. Не используйте флуоресцентные маркеры.
Глава 1 Общие правила настройки и проведения эксперимента
Подготовка реакций
10
--- стр. 141 ---
Общие процедуры анализа
результатов
■ Обзор таблицы результатов............................................................................. 15
■ Общая процедура анализа экспериментов ......................................................is
■ Рекомендации по рассмотрению и анализу результатов .............................18
■ Оценка результатов на графике амплификации ............................................is
■ Оценка результатов в виде таблицы лунок .....................................................23
■ Проверка точности сигнала красителя с помощью многокомпонентного
графика ........................................................................................... 2 4
■ Анализ меток в сводном отчете по КК .............................................................26
■ Определение точности сигнала с помощью графика необработанных
данных ........................................................................................ 26
■ Варианты опубликования проанализированных данных .............................27
■ Регулировка настроек анализа ...........................................................................27
■ Переопределение данных калибровки .............................................................29
■ Экспорт эксперимента ..................................................................................... 3q
В настоящей главе содержится информация об анализе результатов и
регулировке настроек анализа для всех видов экспериментов. Конкретную
информацию по каждому эксперименту см. в соответствующей главе.
Пошаговые инструкции по процедурам, описание которых отсутствует в
настоящем руководстве, можно найти в разделе «справка» программного
обеспечения.
11
--- стр. 142 ---
Обзор таблицы результатов
Глава 2. Общие процедуры анализа
Обзор таблицы результатов
Для рассмотрения и анализа данных эксперимента используется таблица
результатов. В таблице результатов два дополнительных инструмента
отображаются с правого конца строки рабочего процесса (Рисунок 1).
l>io|jw«ei Mittod
Рисунок 1. Строка рабочего процесса в таблице результатов
• Нажать Analyze (анализировать) для анализа данных после пропуска
лунок или изменений в настройках анализа
• Haжa|Q^ для доступа к настройкам анализа (в зависимости от вида
эксперимента)
Ф. О. V Ш ^ <s> Ampitfiutnn РЫ
•РЫТурв ДЯпу1Сус1е » OraphTyp* Log v РМСокм wax v
ША BB B e B d B e B f a s B h
Рисунок 2. Панель графика
1- Панель инструментов
графика (слева направо):
• Увеличить
• Уменьшить
• Напечатать график
• Скопировать график
• Сохранить график
как рисунок
• Задать свойства графика
• Спрятать/показать условные
обозначения к графику
• Спрятать/показать свойства графика
2 Настройки графика (в зависимости от
эксперимента)
3 Список выбора графика (в зависимости
от эксперимента)
4 Развернуть/свернуть дополнительные
настройки графика
12
--- стр. 143 ---
Глава 2. Общие процедуры анализа
Общее описание таблицы результатов
© - <S> Vi«w V
1 2 3 4 5
1
&
ЮС
о
^ illi
8 9 10 II 12
= - @
S ^ я » S т S 3
Ш '§ и 3 3 ф 3 3 ф ф 1 %
* f □“ J J ( i J J
ttb- Wb 411k
V V 9 ^ ^ Ш
Ш- * Ш к 'Ф к ^ 41 а ^91 Щ| 9F W ^ ^ щ W
>geft 4й|^ ^*‘SS ^ ЧМ А ^ ипЬЯ» цР 9г OF Й“ ulP W Ш* ш
U n fcn eШ
Untaw
ш
U nkngш
U n tato
Weis Ш М В 30 Q 8
Рисунок 3. Схема заполнения плашки.
1- Вид: выбрать свойства лунки для вывода на экран
2- Панель инструментов схемы заполнения плашки (слева
направо);
• Уменьшить
• Увеличить
® - Ф УК» 6>И»Ьг
• «м Он* fa* % т ым и«п« г«««1 ■
х м . 9 тхс К А 2
г Л 2 • 9
1 U д 1 П К Д 2
4 М О «А2
) 45 • 1U К «2
• М . в U4 М2
Г М о 1Е» М2
■ А| • >и М2
« М 0 1 ^ М2
Г«н 9рм Ct
МТС гш-ипз » ш
1ГД М О М О Mw-itfQ «т
fTANO M O fM *-M FQ 94U
STMOMO 4M *-aro- аш
sTiMbuv т**14Го> a 4u
itaWAiB FAw ННУ a ia
ГАММ FM A > H FQ lies
ГАМ О АвО FAM -H FQ - ||4П
8 Empty
• Развернуть плашку по размеру окна
• Выбрать схему заполнения плашки
• Выбрать таблицу лунок
©-Q Шт —0
*Я> OM W V < аоаи*в- ом*а»
aia
»М 1
мш
НАМ
otfi
Ota 1«мо
О О А ) i.oaoa
ом гомово
опт ю м о о о
оозй ишак
ам >оспд)
в AjBSian С о»
wimi I
ям»
W VKW
«СУМ
амем
H EV C IN
Рисунок 4. Таблица лунок.
1- Развернуть/ свернуть таблицу лунок (на этом рисунке таблица
развернута)
2- Вид: выбрать свойства лунки для вывода на экран
3- Сгруппировать по: выбрать параметр для группирования лунок
4-Панель инструментов лунок
(слева направо);
• Развернуть сгруппированные
ряды (группирование по
любому параметру, кроме
«Нет»)
• Свернуть сгруппированные
ряды (группирование по
13
--- стр. 144 ---
Глава 2. Общие процедуры анализа
любому параметру, кроме «Нет»)
Выбрать схему заполнения плашки
Выбрать таблицу лунок
14
--- стр. 145 ---
Общая процедура анализа экспериментов
Глава 2. Общие процедуры анализа
Общая процедура анализа экспериментов
По завершении прогона настольное программное обеспечение QuantStudio 5 автоматически
анализирует данные, используя различные настройки анализа по умолчанию, затем выводит на
экран График амплификации в таблице результатов.
Просмотр графика амплификации для подтверждения настроек пороговых
значений и базовой линии (страница 18)
▼
Оценка экспериментального графика для конкретного эксперимента (см.
соответствующую главу)
▼
Анализ данных по аномальным значениям и пропущенным лункам при необходимости
(страница 2 1)
Просмотр Многокомпонентного графика, если требуется (страница 24)
▼
При необходимости анализ меток в сводном отчете по КК (страница 26)
или регулировка настроек анализа (страница 27)
ВАЖНО! После пропуска лунок или регулировки настроек анализа нажать Analyze
(анализировать), чтобы выполнить повторный анализ эксперимента.
Рекомендации по рассмотрению и анализу результатов
• Информацию по настройке вида в таблице результатов см. раздел «Справка»
программного обеспечения.
• Для повторного анализа данных выбрать все лунки в схеме заполнения плашки и нажать Analyze.
• Чтобы включить автоматический анализ данных после прогона, выбрать
Tools (Инструменты)►Preferences (Параметры)►Experiment (Эксперимент), затем
поставить флажок в окне выбора Auto Analysis (Автоматический анализ).
Оценка результатов на графике амплификации
График
амплификации
На графике амплификации изображена простая амплификация в виде
функции контурного числа или лунки. Просмотреть график амплификации,
чтобы:
• подтвердить или исправить значения базовой линии и пороговые значения;
• определить аномальные значения;
• определить и исследовать аномальную амплификацию, в том числе:
- повышенную флюоресценцию в лунках отрицательного контроля;
- отсутствие определимой флуоресценции в расчетном цикле.
Примечание; Если обнаружена аномальная флюоресценция или
отсутствие флуоресценции, см. информацию по поиску и устранению
неисправностей в руководстве пользователя системы.
15
--- стр. 146 ---
Глава 2. Общие процедуры анализа
результатов
Имеются три графика. Каждый график можно рассматривать как линейный или
график в логарифмическом масштабе logio.
Таблица! Графики амплификации
Тип графика Описание Чтобы
ARn/ цикл ARn - амплитуда
нормализованного
флуоресцентного сигнала,
который создается репортеров во
время каждого цикла ПЦР-
амплификации.
Определить и исследовать
нестандартную
амплификацию и
проанализировать пороговые
значения и значения базовой
линии для прогона.
Rn/ цикл Rn - флуоресцентный сигнал,
создаваемый красителем
репортера и нормализованный до
флуоресцентного сигнала
пассивного стандарта.
Определить и исследовать
аномальную
амплификацию.
Ст/лунка Ст- номер цикла ПЦР, во время
которого флуоресценция достигает
порогового значения на графике
амплификации.
Определить положение
нестандартной амплификации
(аномальные значения).
Оценить общий
вид графиков
амплификации.
в таблице результатов обязательно выбрать следующее:
• График: Amplification Plot (график амплификации) (по умолчанию)
• Тип графика: ARn vs Cycle (ARn/ цикл) (по умолчанию)
• Тип кривой: Log (логарифмическая) (по умолчанию)
• Цвет графика: Well (лунка) (по умолчанию)
График амплификации показан для лунок, выбранных на схеме заполнения
плашки.
Рисунок 5. Типичный график амплификации.
Типичный график амплификации включает четыре отдельных фазы:
0 Базовая линия ф Линейная фаза
0 Экспонента (геометрическая 0 Фаза плато
фаза)
16
--- стр. 155 ---
Анализ меток в сводном отчете по КК
Глава 2. Общие процедуры анализа
Анализ меток в сводном отчете по КК
В сводном отчете КК отображается список программных меток, включая частоту
использования меток и их местонахождения.
Если данные на экране отсутствуют, нажать Analyze.
1. В таблице результатов выбрать QC Summary (сводный отчет КК).
2. Ороанализировать таблицу с данными меток и сводный отчет.
В таблице с данными меток указываются все лунки с метками.
3. (Дополнительно) В таблице с данными меток нажать на метку, отобразить
информацию о метке.
Дополнительную информацию по метке см. в разделе «Справка»
программного обеспечения.
Определение точности сигнала с помощью графика
необработанных данных
График
необработан
ных данных
Просмотр и
оценка графика
необработанных
данных
На экране графика необработанных данных отображается необработанный
флуоресцентный сигнал (не нормализованный) для каждого дополнительного
фильтра в каждом цикле ПЦР в режиме реального времени.
Проанализировать график необработанных данных, чтобы подтвердить
стабильное усиление (отсутствие резких изменений или падений) сигнада из
соответствующего фильтра.
Если данные на экране отсутствуют, нажать Analyze.
1 В таблице результатов обязательно выбрать следующее:
• График: График необработанных данных
• Условные обозначения к графику: отображаются
• Настройки 1ф>фика: отображаются
График необработанных данных показан для лунок, выбранных на схеме
заполнения плашки.
2. Нажать и перетащить с помощью курсора «Показать цикл» с цикла 1
на цикл 40 и подтвердить наличие характерного усиления сигнала для
каждого фильтра.
Набор фильтров для каждого системного красителя указан в Руководстве
по работе с прибором «Амплификатор нуклеиновых кислот Applied
Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной детекцией
продуктов ПЦР в режиме реального времени».
Рисунок 9. Пример графика необработанных данных.
25
--- стр. 156 ---
Глава 2, Общие процедуры анализа
Варианты опубликования
проанализированных данных
Чтобы Сделать следующее
Сохранить график как рисунок Нажать °*
Распечатать график Нажать * = *
Скопировать график в буфер обмена
данными
Нажать ®
Экспортировать данные Нажать Export (экспорт)
Распечатать схему заполнения плашек Выбрать File^Print...(файл на печать)
Создать слайды Выбрать File^Send to PowerPoint..(файл
для отправки в PowerPoint)
Распечатать отчет Выбрать File^ Print Report...(файл для
печати отчета)
Регулировка настроек анализа
Настройки
анализа
Просмотр и
регулировка
настроек
анализа
в настоящем разделе описаны настройки анализа, которые применяются ко
всем типам экспериментов, если не указано иное.
В настройках анализа задается порядок расчетов базовой линии, порогового
значения и порогового цикла (Ст), использование меток и прочие параметры
анализа для конкретного типа эксперимента. Для каждого типа эксперимента
используются разные настройки по умолчанию.
Рекомендуется сначала проанализировать эксперимент, используя настройки
анализа по умолчанию. Если настройки по умолчанию не подходят для
конкретного эксперимента, можно изменить настройки в диалоговом окне
«Настройки анализа», затем проанализировать эксперимент повторно.
Можно сохранить настройки анализа в Библиотеке настроек анализа.
См. также:
• «Настройки СТ» на странице 28
• «Настройки меток» на странице 29
• «Расширенные настройки» на странице 29
• «Настройки стандартной кривой» на странице 36
• «Настройки относительной количественной оценки» на странице 49
• «Настройки вызова (эксперименты по генотипированию)» на странице 56
• «Настройки вызова (эксперименты на присутствие или отсутствие)» на
странице 62
• «Настройки кривой плавления» на странице 66
1. В таблице результатов нажать О.
2. Просмотреть и при необходимости отрегулировать настройки анализа.
Пошаговые инструкции по регулировке настроек анализа представлены в
разделе «Справка» программного обеспечения.
3. Нажать Apply Analysis Settings (применить настройки анализа).
26
--- стр. 157 ---
Глава 2. Общие процедуры анализа
27
--- стр. 159 ---
Глава 2. Общие процедуры анализа результатов
Переопределение данных калибровки
Таблица 3. Рекомендации по ручной настройке порогового значения и базовой
линии
Настройка Рекомендация
Пороговое значение Указать значение в качестве порогового так, чтобы пороговое
значение было:
выше фона;
ниже плато и линейной области кривой амплификации;
в пределах экспоненциальной фазы кривой амплификации.
Базовая линия Выбрать значения начала цикла и конца цикла так, чтобы
базовая линия заканчивалась до того, как будет обнаружен
заметный флуоресцентный сигнал.
Настройки
меток
Расш иренные
настройки
Использовать вкладку настроек меток для:
регулировки чувствительности так, чтобы пометить метками большее или
меньшее число лунок;
изменения меток, примененных программным обеспечением для каждого типа
эксперимента.
Пошаговые инструкции по регулировке настроек меток представлены в разделе
«Справка» программного обеспечения.
Использовать вкладку Advanced Settings (расширенные настройки) для
изменения настроек базовой линии в отдельных лунках. Пошаговые
инструкции по регулировке расширенных настроек представлены в разделе
«Справка» программного обеспечения.
Расширенные настройки не предусмотрены для экспериментов с кривой
плавления.
Переопределение данных калибровки
В каждом файле эксперимента (.eds) сохраняются данные калибровки,
выполненной с помощью «Амплификатора нуклеиновых кислот Applied
Biosystems QuantStudio 5 с гибридизационно-флуоресцентной детекцией
продуктов ПЦР в режиме реального времени», в которой он проводился.
При необходимости можно использовать данные калибровки другого прогона.
Данные калибровки можно взять эксперимента другого типа, но тип блока
должен быть аналогичным.
Погпаговые инструкции по переопределению данных калибровки представлены в
разделе «Справка» программного обеспечения.
29
--- стр. 160 ---
Глава 2, Общие процедуры анализа результатов
т эксперимента
Экспорт эксперимента
Пошаговые инструкции по экспорту эксперимента представлены в разделе
«Справка» программного обеспечения.
Параметры экспорта
Тип данных Описание Формат файла или приложение
Файл настроек анализа
плашки для будущих
экспериментов.
Информация О настройках
ппашки, включая номер лунки,
наименование образца, цвет
образца, название мишени,
красители и прочие данные
реакционной плашки.
.txt (для импорта в дальнейшем)
.xls
.xlsx
Проанализированные
данные для
последующих анализов
Формат QuantStudio 5 ■txt
.xls
.xlsx
Формат RDML; для
стандартной кривой,
относительной стандартной
кривой, сравнительного
эксперимента Ст и
экспериментов с кривой
ПП«9ВПАЫиС1
.xml
30
--- стр. 161 ---
Подготовка к экспериментам со
стандартной
кривой
Эксперименты со стандартной кривой............................................................ 21
Настройка эксперимента со стандартной кривой в программном обеспечении.............................. 32
Подготовка и проведение реакций ПЦР........................................................................... 34
Анализ результатов 34
Эксперименты со стандартной кривой
Общие
сведения
Эксперимент со стандартной кривой проводится для определения
абсолютного целевого количества в образцах.
При эксперименте со стандартной кривой:
программное обеспечение определяет амплификацию мишени в серии
разведения стандартов и испытуемых образцах;
программное обеспечение разрабатывает стандартную кривую на основании
данных, полученных из серии разведения стандартов;
с помощью стандартной кривой программное обеспечение интерполирует
абсолютное целевое количество в испытуемых образцах.
31
--- стр. 162 ---
нШ
Глава 3. Подготовка к экспериментам со стандартной кривой
йка эксперимента со стандартной кривой в программном обеспечении
Типы реакции Эксперименты со стандартной кривой включают в себя следующие типы
реакции (задачи) для каждой мишени.
В рамках эксперимента со стандартной кривой можно анализировать несколько
мишеней, но для каждой мишени требуется отдельная стандартная кривая.
Тип реакции Описание образца
Стандартная Образец, в котором содержится известное количество мишени
Количество мишени следует предварительно определить в стандартном
образце специальным методом
Неизвестная Испытуемый образец
Контроль без шаблона (NTC) Вода или буфер
В лунках NTC амплификация мишени должна отсутствовать
Точность экспериментов по количественному определению повышается по мере увеличения числа
повторных реакций. Задать количество повторов в соответствии с требованиями эксперимента.
Для точных и тщательных измерений эффективности необходимо настроить серию разведенр1я
стандартов с как минимум пятью точками разведения в широком диапазоне количества стандартов
(кратность 10^ -10^). Лучше всего в этих целях использовать концентрированную матрицу, например,
плазмиду или продукт ПЦР.
Если количество стандарта ограничено, мишень мало распространена, или,
если известно, что мишень находится в заданном диапазоне, достаточно
будет узкого диапазона количества стандарта.
Варианты
ПЦР
Таблица 4. Варианты ПЦР для экспериментов со стандартной кривой
Однолокусная или
многолокусная ПЦР
ПЦР или ОТ-ПЦР1^1 Реактив
Однолокусная
Многолокусная
ПЦР
1- фазная ОТ-ПЦР
2- фазная ОТ-ПЦР
TaqMan®
SYBR® Green
Р) ОТ-П1_р; ПЦР с обратной транскриш^ей
Настройка эксперимента со стандартной кривой в
программном обеспечении
1. На главном экране создать ^ или открыть эксперимент.
2. На вкладке «Свойства» ввести данные эксперимента.
3. На вкладке «Метод» указать объем реакции для эксперимента.
Для большинства экспериментов подходит метод прогона, установленный по
умолчанию.
4. На вкладке «Выбор» нажать Add (добавить) в панели «Мишени», затем указать название мишени и
выбрать в выпадающем меню цвет, репортер и гаситель.
32
--- стр. 163 ---
Глава 3. Подготовка к экспериментам со стандартной кривой
Настройка эксперимента со стандартной кривой в
программном обеспечении
5. На вкладке «Выбор» нажать Add (добавить) в панели «Образцы», затем указать название и выбрать цвет
ДЛЯ каждого образца.
• Один образец для каждого разведения неизвестного образца.
• (Дополнительно) Стандартный образец для каждой мишени.
6. (Дополнительно) Если применимо, указать биологические группы повторов: на вкладке «Выбор» указать
название и цвет для каждой биологической группы повторов.
7. (Дополнительно) В панели инертного красителя на вкладке «Выбор» в выпадающем меню выбрать
инертный краситель.
8. На вкладке «Назначить» нажать Define and Set Up Standards (определить и настроить стандарты)
для настройки серий разведения стандартов.
a. Выбрать мишень, если требуется.
b. Задать параметры для серии разведения.
• Число точек разведения (рекомендуемое число 5).
• Число повторов (рекомендуемое число 3).
• Начальное количество: указать максимальное или минимальное количество стандарта без
единиц. ^
Например, количество можно выразить как «копий», «копий/мкл» или «нг/мкл».
• Коэффициент серийного разведения;
- Если начальное количество представляет максимальное значение, выбрать коэффициент серийного
разведения от 1:10 до 1:2.
- Если начальное количество представляет минимальное значение, выбрать коэффициент серийного
разведения от 2^ до 10х.
c. Выбрать и распределить лунки для стандартов.
• Выбрать распределение стандартов в столбцы или ряды.
• Выбрать Automatically Select Wells for Me (автоматический выбор лунок) или Let Me Select Wells
(ручной выбор лунок), затем с помощью курсора выбрать соответствующий блок лунок.
d. Нажать Apply (применить).
Можно также следовать рекомендациям раздела «Распределение разведения
стандартов вручную» на странице 72.
9. (Дополнительно) На вкладке «Назначить» выбрать лунки для серии разведения стандартов, затем
установить соответствующий флажок в таблице образцов.
10. На вкладке «Назначить» выбрать лунки, установить соответствующие флажки, чтобы назначить
образец и мишень, затем выбрать соответствующую задачу в выпадающем меню.
Тип реакции J Задача
Неизвестная (испытуемый образец) ш
Контроль без шаблона
11. (Дополнительно) На вкладке Assign (назначить) выбрать лунки, затем установить соответствующий
флажок в таблице биологических групп повторов.
33
--- стр. 164 ---
Подготовка и проведение реакций ПЦР
Глава 3. Подготовка к экспериментам со стандартной кривой
Подготовка и проведение реакций ПЦР
1. Подготовить реакции ПЦР в соответствии с инструкциями изготовителя реактивов и настройками
схемы заполнения плашки в программном обеспечении.
2. В настольном программном обеспечении открыть соответствий файл эксперимента, загрузить
реакционную плашку в систему и начать прогон.
См. также:
• «Подготовка реакций» на странице 12.
• «Загрузка и прогон ПЦР с помощью настольного программного обеспечения» на странице 14.
Анализ результатов
Общая
Процедура
анализа
экспериментов
со стандартной
кривой
Просмотр графика амплификации для подтверждения настроек пороговых
значений и базовой линии (страница 18)
Анализ графика стандартной кривой (страница 35)
Анализ данных по аномальным значениям и
пропущенным лункам при необходимости (страница 21)
Просмотр Многокомпонентного графика, если требуется (страница 24)
▼
При необходимости анализ меток в сводном отчете по КК (страница 26),
регулировка настроек анализа (страница 27)
ВАЖНО! После пропуска лунок или регулировки настроек анализа нажать
Analyze (анализировать), чтобы выполнить повторный анализ эксперимента.
34
--- стр. 169 ---
Глава 4. Подготовка к экспериментам с относительной стандартной кривой и сравнительным
экспериментам СТ
Сравнительные эксперименты СТ
Сравнительные эксперименты Ст;
1. Программное обеспечение определяет амплификацию целевой мишени и мишени эндогенного
контроля в референсном (калибровочном стандарте) образце и испытуемых образцах. Эндогенный
контроль - мишень, которая а равной степени выражена во всех образцах. Примеры эндогенного
контроля - бета-актин, глицеральдегид-З-фосфатдегидрогеназа и рибосомная 16S-PHK.
Программное обеспечение алгоритмически подставляет множественные
мишени эндогенного контроля
в расчеты относительного количества.
Референсный образец используется в качестве основания для результатов
определения относительного количества (или образец 1х). Например, при
исследовании действия лекарства на экспрессию генов контрольный
образец является соответствующим референсным образцом.
2. Измерения целевой мишени нормализуются в соответствии с эндогенным контролем.
3. Чтобы определить относительное количество мишени в испытуемых образцах, программное
обеспечение делит нормализованное количество мишени в образце на нормализованное количество
мишени в референсном образце.
См. «Определение относительного количества: относительная стандартная
кривая и сравнительный СТ» на странице 40, чтобы получить сведения о
сравнении данного метода с методом относительной стандартной кривой.
Типы реакции сравнительные эксперименты Ст включают в себя следующие типы реакции для
мишени эндогенного контроля и каждой заданной мишени.
Тип реакции Описание образца
Референсный образец Образец, который используется в качестве основания для результатов
определения относительного количества.
Неизвестная Испытуемый образец
Контроль без шаблона 1 Вода или буфер
(NTC) !
в лунках NTC амплификация мишени должна отсутствовать
Совместимые
варианты ПЦР
Точность экспериментов по количественному определению повышается по мере
увеличения числа повторных реакций. Задать количество повторов в
соответствии с требованиями эксперимента.
Таблица 6. Варианты ПЦР для сравнительных экспериментов Ст.
О днолокусная или
многолокусная ПЦР
ПЦР или ОТ-ПЦр1Ч Реагент ■ ■
О днолокусная ПЦР TaqMan®
М ноголокусная 1-фазная ОТ-ПЦР
SYBR® Green
?-гЬя1ня9 ПТ-ППР
^■4 ОТ-ПЦР; ПЦР с обратной транскрипцией
39
--- стр. 170 ---
Глава 4. Подготовка к экспериментам с относительной стандартной кривой и сравнительным
экспериментам СТ
Определение относительного количества: Относительная
стандартная кривая и сравнительный Ст
Эксперименты с относительной стандартной кривой и сравнительные
эксперименты Ст (ЛДСх) ставят перед собой одну и ту же цель - определить
относительное количество целевой мишени в испытуемом образце в сравнении
с референсным образцом. Эксперименты по определению относительного
количества, как правило, используются для:
сравнения уровня экспрессии гена в различных тканях;
сравнения уровня экспрессии гена в обработанном образце и необработанном образце;
сравнения уровня экспрессии целевого гена на разном генетическом фоне;
анализа изменений экспрессии генов с течением времени при конкретных условиях терапии.
Таблица 7. Сравнение экспериментов с относительной стандартной кривой и сравнительных
экспериментов Ст.
Характеристика Относительная стандартная кривая Сравнительный Ст
Типичное
использование
Лучше всего подходит для наборов с
недостаточной эффективностью ПЦР,
Лучше всего подходит для измерений с высокой
пропускной способностью относительной генной
экспрессии множественных генов во
множественных образцах.
Преимущества Требует проверки данных в минимальном
объеме, так как эффективность ПЦР мишени
и эндогенного контроля не обязательно
должна быть одинаковой.
Относительные уровни мишени в образцах можно
определить без использования стандартной кривой,
если эффективность ПЦР мишени и эндогенного
контроля примерно одинаковая.
Использование реактивов в меньшем объеме.
Больше свободного места на реакционной плашке.
Недостатки Для каждой мишени необходимо строить
стандартную кривую, для чего требуется
большее количество реактивов и больше
места на реакционной плашке.
При использовании наборов с недостаточной
низкой) эффективностью ПЦР результаты
могут быть неточными.
Прежде чем использовать метода сравнительного
Ст. рекомендуется убедиться, что эффективность
ПЦР в наборе мишеней и наборе эндогенного
контроля примерно одинаковая.
Настройка эксперимента с относительной стандартной
кривой в настольном программном обеспечении
1. На главном экране создать tei или открыть эксперимент.
2. На вкладке «Свойства» ввести данные эксперимента.
40
--- стр. 171 ---
Глава 4. Подготовка к экспериментам с относительной стандартной кривой и сравнительным
L, _ экспериментам СТ
Настройка эксперимента с относительной стандартной кривой в настольном программном обеспечении 40
3. На вкладке «Метод» указать объем реакции для эксперимента.
Для большинства экспериментов подходит метод прогона, установленный по умолчанию.
4. На вкладке «Выбор» нажать Add (добавить) в панели «Мишени», затем указать название мишени и
выбрать в выпадающем меню цвет, репортер и гаситель для каждого набора.
• Набор эндогенного контроля
• Набор (наборы) целевой мишени
Можно также импортировать данные мишеней для тест-системы экспрессии генов
TaqMan®H3 информационного файла о тест-системе (AIF) через библиотеку мишеней.
См. «Импорт мишени из библиотеки в эксперимент» на странице 73.
5. На вкладке «Выбор» нажать Add (добавить) в панели «Образцы», затем указать название и выбрать цвет
для каждого образца.
• Один образец для каждого разведения неизвестного образца.
• Референсный образец. '
• {Дополнительно) Стандартный образец для каждой мишени эндогенного контроля и заданной мишени.
6. (Дополнительно) Если применимо, указать биологические группы повторов; на вкладке «Выбор» указать
название и цвет для каждой биологической группы повторов.
7. На панели настроек анализа на вкладке «Выбор» выбрать референсный образец и эндогенный контроль
из выпадающего меню.
(Дополнительно) Можно выбрать несколько вариантов эндогенного контроля.
8. (Дополнительно) В панели инертного красителя на вкладке «Выбор» в выпадающем меню выбрать
инертный краситель.
9. На вкладке «Назначить» нажать Define and Set Up Standards (определить и настроить стандарты)
для настройки серий разведения стандартов.
a. Выбрать мишень, если требуется.
b. Задать параметры для серии разведения.
• Число точек разведения (рекомендуемое число 5).
• Число повторов (рекомендуемое число 3).
• Начальное количество: указать максимальное или минимальное количество стандарта без
единиц.
Например, количество можно выразить как «копий», «копий/мкл» или «нг/мкл».
• Коэффициент серийного разведения:
- Если начальное количество представляет максимальное значение, выбрать коэффициент серийного
разведения от 1:10 до 1:2.
- Если начальное количество представляет минимальное значение, выбрать коэффициент серийного
разведения от 2х до 10^.
c. Выбрать и распределить лунки для стандартов.
• Выбрать распределение стандартов в столбцы или ряды.
• Выбрать Automatically Select Wells for Me (автоматический выбор лунок) или Let Me Select Wells
(ручной выбор лунок), затем с помощью курсора выбрать соответствующий блок лунок.
41
--- стр. 172 ---
d. Нажать Apply (применить).
Глава 4. Подготовка к экспериментам с относительной
стандартной кривой и сравнительным
Можно также следовать рекомендациям раздела
«Распределение разведения стандартов вручную» на странице 72.
10. (Дополнительно) На вкладке «Назначить» выбрать лунки для серии разведения стандартов, затем
установить соответствующий флажок в таблице образцов.
11. На вкладке «Назначить» выбрать лунки, установить соответствующие флажки, чтобы назначить
образец и мишень, затем выбрать соответствующую задачу в выпадающем меню.
Тип реакции Задача
Неизвестная (испытуемый Ш
Контроль без шаблона
А 12. (Дополнительно) На вкладке Assign (назначить) выбрать лунки, затем установить соответствующий
^ флажок в таблице биологических групп повторов.
Для целевых мищеней и мищеней эндогенного контроля должны быть назначены лунки с
задачами разведения стандартов, неизвестными задачами и задачами контроля без шаблона, а
также соответствующими образцами.
Подготовка к сравнительным экспериментам Ст в настольном
программном обеспечении
1. На главном экране создать или открыться эксперимент.
2. На вкладке «Свойства» ввести данные эксперимента.
3. На вкладке «Метод» указать объем реакции для эксперимента.
Для большинства экспериментов подходит метод прогона, установленный по умолчанию.
4. На вкладке «Выбор» нажать Add (добавить) в панели «Мишени», затем указать название мишени и
^ выбрать в выпадающем меню цвет, репортер и гаситель для каждого набора.
• Набор эндогенного контроля
• Набор (наборы) заданной мишени
Можно также импортировать данные мишеней для тест-системы экспрессии генов TaqMan®H3
информационного файла о тест-системе (AIF) через библиотеку мишеней. См. «Импорт мишени
из библиотеки в эксперимент» на странице 73.
5. На вкладке «Выбор» нажать Add (добавить) в панели «Образцы», затем указать название и выбрать цвет
для каждого образца.
• Неизвестные (испытуемые) образцы
• Референсный образец.
6. (Дополнительно) Если применимо, указать биологические группы повторов: на вкладке «Выбор» указать
название и цвет для каждой биологической группы повторов.
7. На панели настроек анализа на вкладке «Выбор» выбрать референсный образец и эндогенный контроль
из выпадающего меню.
42
--- стр. 180 ---
Просмотр и оценка графика контроля качества
1. Нажать Results (результаты), затем выбрать QC Plot (график КК) в панели графика.
Если данные на экране отсутствуют, нажать Analyze.
2. В таблице мишеней отметить флажком мишени, которые следует отобразить, и выбрать цвет и форму в
выпадающем меню.
3. На вкладке «Просмотр результатов повторов» по желанию поставить флажок напротив образцов,
которые следует пропустить при анализе.
Endogenous Control Profile
Глава 4. Подготовка к экспериментам с относительной
стандартной кривой и сравнительным
экслериментам СТ
32-5
30.0
27.5
25Х)
22-5
200
175
165
123
10.0
73
50
23
0.0
^ Sample
Рисунок 13. Пример графика контроля качества
Чтобы изменить варианты эндогенного контроля, использующиеся в анализе:
• Нажать Define, затем Multiple Controls (несколько вариантов контроля) на панели настроек анализа.
• Нажать ^!^►Relative Quantification Settings (настройки определения относительного количества)
(см. «Настройки относительного количества» на стр. 49)
Нажать Analyze, чтобы применить настройки.
50
--- стр. 181 ---
Настройки
определения
относительно
го количества
Использовать вкладку «Настройки определения относительного количества» О
для изменения следующих параметров:
Глава 4. Подготовка к экспериментам с относительной
стандартной кривой и сравнительным
экспериментам КТ
Параметр
Тип анализа
Референсные образцы
Эндогенный контроль
Эффективность (только
сравнительные
эксперименты Ст)
Отклонение аномальных
значений (только
многолокусные пеакимм^
Расчет мин,/макс, значения
RQ
Описание
Выбрать однолокусный или многолокусный анализ
Задать референсный образец или
биологическую группу повторов в качестве
референсного образца.
Изменить эндогенный контроль или выбрать
несколько вариантов эндогенного контроля.
Задать эффективность амплификации для мишени,
(Эффективность амплификации для каждой
мишени рассчитывается на основании серии
разведения стандартов в экспериментах с
относительной стандартной кривой).
Аномальные значения, где значения ЛСт меньше
или равны указанному значению, отклоняются.
Определяет алгоритм, с помощью которого
рассчитываются минимальное и максимальное
значения относительного количества (RQ) (планки
погрешностей).
- Уровень достоверности; Выбрать для расчета
максимального и минимального значений RQ
на основании выбранного уровня
достоверности.
• Стандартные отклонения; Выбрать для
расчета максимального и минимального
значений RQ на основании выбранного числа
стандартных отклонений.
Пошаговые инструкции по регулировке настроек определения
относительного количества представлены в разделе «Справка»
программного обеспечения.
51
--- стр. 182 ---
Глава 4. Подготовка к экспериментам с относительной _
стандартной кривой и сравнительным
экспериментам КТ
Подготовка к экспериментам
по
генотипиро
ванию
Эксперименты по генотипированию.................................................................50
Подготовка к экспериментам по генотипированию в настольном
программном обеспечении.................................................................................51
Подготовка и проведение реакций ПЦР............................................................52
Анализ результатов..............................................................................................53
Эксперименты по генотипированию
Общие
сведенИ
я
Эксперименты по генотипированию используются для определения
генетических вариантов однонуклеотидного полиморфизма (SNP) в целевой
нуклеотидной последовательности.
В экспериментах по генотипированию используются готовые тест-системы
генотипирования SNP TaqMan®, которые включают в себя:
• Два специфических праймера для амплификации последовательностей,
содержащих рассматриваемый SNP.
• Два аллельспецифических зонда TaqMan®MGB.
- Для зонда аллели 1 используется репортерный краситель VIC^“.
- Для зонда аллели 2 используется репортерный краситель РАМ™.
1.
2.
3.
В ходе эксперимента по генотипированию:
Программное обеспечение нормализует флуоресценцию репортерных
красителей в соответствии с флуоресценцией
инертного красителя в каждой лунке.
Программное обеспечение наносит нормализованные интенсивности
(Rn) репортерных красителей в каждой лунке для пробы на график
аллельного разделения, с помощью которого сопоставляются
интенсивности (Rn) репортерных красителей с аллельспецифическими
зондами.
Программное обеспечение алгоритмически объединяет данные пробы в
кластеры и назначает вызов генотипа для проб в каждом кластере в
соответствии с положением на графике.
52
--- стр. 207 ---
Настройка 1.
пользовательско
го эксперимента 2-
в программном ^
обеспечении на
рабочем столе
7.
приложение А. Альтернативные процедуры и ускоренные методы ’Л'Т*
подготовки
Set up а Custom experiment
Tj -A- _tria главном экране создать или открыть &S эксперимент.
На вкладке «Свойства» ввести данные эксперимента.
На вкладке «Метод» изменить метод прогона по умолчанию в
соответствии с требованиями эксперимента.
На вкладке «Выбор» нажать Add (добавить) в панели «Мишени», затем
указать название мишени и выбрать в выпадающем меню цвет, репортер и
гаситель.
На вкладке «Выбор» нажать Add (добавить) в панели «Образцы», затем указать
название и выбрать цвет для каждого образца.
(Дополнительно) Если применимо, указать биологические группы повторов: на
вкладке «Выбор» указать название и цвет для каждой биологической группы
повторов.
(Дополнительно) В панели инертного красителя на вкладке «Выбор» в
выпадающем меню выбрать инертный краситель.
На вкладке «Назначить» выбрать лунки, затем установить соответствующие
флажки, чтобы назначить мишени, задачи и образцы.
(Дополнительно) На вкладке Assign (назначить) выбрать лунки, затем
установить соответствующий флажок в таблице биологических групп повторов.
77
--- стр. 208 ---
Приложение А. Альтернативные процедуры и ускоренные методы ^‘||rд
подготовки
Создание или редактирование экспериментального метода
На вкладке Method (метод) изменить метод прогона по умолчанию или
создать новый метод (см. Рисунок 18).
Пошаговые инструкции см. в разделе «Справка» программного обеспечения.
Таблица 18. Параметры метода эксперимента (прогона)
Пункт Примечания
Объем Объем реакции; мкл на лунку
См. «Расходные материалы системы QuantStudio 5
странице 82, где указаны максимальные объемы реакции
для ка>ццой плашки и пробирки.
Крышка Температура крышки регулируется посредством сенсорного
экрана системы.
Сбор данных вкл./выкл.Нажать BSI в стадии, чтобы включить сбор данных в режиме
реального времени для этой стадии.
Примечание; При включенном сборе данных можно
выполнять анализ данных, собранных в процессе ПЦР, а
также поиск и устранение неисправностей в режиме
реального времени.
Скорость линейного
изменения
Нажать на скорость линейного изменения, отображенную
для этапа, и с помощью стрелок вверх/вниз увеличить или
уменьшить скорость линейного изменения.
Навести курсор мыши, чтобы отобразить минимальную и
максимальную скорость линейного изменения.
Число циклов С помощью стрелок вверх/вниз увеличить или уменьшить
число циклов на стадии ПЦР.
AutoDelta
(расширенные
настройки)
Нажать O'в стадии ПЦР и перейти на вкладку
AutoDelta. Включить параметр AutoDeita, чтобы
увеличить или уменьшить температуру и (или) время
ожидания для каждого последующего цикла или
изменить начальный цикл для AutoDelta.
Если параметр AutoDelta включен, ^ отображается в
стадии ПЦР.
VeriFlex™ (расширенные
настройки)
Нажать О в стадии ПЦР, затем выбрать вкладку VeriFlex"'
Zones.
Использовать вкладку VeriFlex™ Zones для настройки
разной температуры в каждой зоне VeriFlex™ блока.
Прибавить/удалить этапНавести курсор мыши на стадию так, чтобы появились
кнопки ' и ' I, затем нажать на соответствующую
кнопку, чтобы добавить или удалить этап из данной
стадии.
78
--- стр. 209 ---
Приложение А. Альтернативные процедуры и ускоренные методы
подготовки
Настройки оптического
фильтра (только для
пользовательских
красителей)
Выбрать Action ►Optical filter settings (настройки
оптического фильтра), чтобы выбрать набор фильтров,
соответствующий пользовательскому красителю.
Не менять оптические фильтры для системных красителей.
79
--- стр. 215 ---
Назначение мишеней и образцов с помощью файла настроек
анализа плашки
Приложение А. Альтернативные процедуры и ускоренные методы IV ’J
L, . ^ подготовки
Назначение мишенеи и образцов с помощью файла настроек анализа плашки к эксперименту
Файл настроек
анализа плашки
Импорт настроек
анализа плашки
Файл настроек анализа плашки содержит информацию о настройках плашки,
включая номер лунки, наименование образца, цвет образца, название мишени,
красители и прочие данные реакционной плашки.
Файлы настроек анализа плашки можно экспортировать из предыдущих
экспериментов. Инструкции по экспорту эксперимента содержатся в разделе
«Экспорт эксперимента» на странице 30.
Можно импортировать настройки анализа плашки для нового эксперимента из
файла экспорта в следующем формате:
“ ^.eds: формат файла EDS
*.edt: формат файла шаблона EDS
*.txt: текстовый формат
*.xml: формат XML
’ ^.csv: формат с разделителями-запятыми
*.sdt: формат файла шаблона определения последовательности (SDS)
*.sds: формат 7900 v2.4 format
Можно импортировать информацию о настройках плашки из плашки с 96
Л5Ч1ками в плашку с 384 лунками при условии, что файл, из которого
импортируется информация, является текстовым файлом.
ВАЖНО! В файле должны содержаться только настройки анализа плашки, и он
должен соответствовать типу эксперимента.
1. На вкладке Properties (свойства) выбрать File^ Import Plate Setup (файл ► — импорт настроек плашки).
2. Нажать Browse, найти и выбрать файл для импорта, а затем нажать Select (выбрать).
Примеры файлов настройки предоставлены вместе с программным
обеспечением в папке:
<drme>:\Program Files {х86)\Applied BiosystemsXQuantStudio
Design & Analysis Software\examples\User Sample File
где <drive> - жесткий диск, на котором установлено программное
обеспечение.
3. Нажать Apply (применить).
Данные настроек из выбранного файла импортируются в открытый
эксперимент
Назначение мишеней, образцов и биологических групп
повторов с помощью файла *.xls
в случае лунок с одинаковыми мишенями можно вставить информацию о
назначении из файла *.xls схему заполнения плашки настольного
программного обеспечения QuantStudio 5.
Пример файла, который можно копировать и вставить, предоставлен вместе с
программным обеспечением в папке; <dr/i?e>:\Program Files (x86)\Applied
BioSystems\ (QuantStudio Design & Analysis Software \ examples \ User Sample Files
85
--- стр. 216 ---
Приложение А. Альтернативные процедуры и ускоренные методы iW ''
подготовки
к эксперименту
где <drive> - жесткий диск, на котором установлено программное обеспечение.
1. На вкладке пользовательских свойств в файле Excel, предоставленном в качестве примера, убедиться,
что столбец лунок сортирован в порядке от 1 до 96, затем выбрать столбец лунок и столбец названия
образца, включая заголовки.
2. На вкладке назначения в программном обеспечении выбрать
номера лунок расположены в порядке от 1 до 96.
таблицу лунок и убедиться, что
3. В таблице лунок навести курсор мыши на первую ячейку под заголовком образца (рядом с А1), правой
кнопкой мыши выбрать Paste (копировать) или Paste only samples (копировать только образцы).
Все столбцы, которые не удалось копировать, считаются НУЛЕВЫМИ
значениями для данных столбцов.
Подготовка к эксперименту с использованием шаблонов
Шаблоны
эксперимента
Можно использовать шаблон для создания нового эксперимента с
аналогичными параметрами эксперимента. Эксперименты можно сохранять
в виде незащищенных или защищенных (паролем) шаблонов.
Информация, сохраненная в шаблоне эксперимента (.edt), включает:
информацию о настройках плашки (заданные мишени и образцы, назначение
плашек для мишеней и образцов);
информацию о реактиве;
метод прогона (температурный протокол);
настройки анализа.
Примеры шаблонов предоставлены вместе с настольным программным
обеспечением QuantStudio 5 в папке:
<dnue>:\Prograin Files (х8б)\Applied Biosystems\QuantStudio
Design & Analysis Software\templates
где <drive>- жесткий диск, на котором установлено программное обеспечение.
86
--- стр. 217 ---
приложение А. Альтернативные процедуры и ускоренные методы
подготовки
Подготовка к эксперименту с использованием шаблонов ^ эксперименту
Варианты работы с незащищенными шаблонами
Чтобы Сделать следующее
Создать новый эксперимент с
помощью шаблона
На главном экране выбрать Create New Experiment^Template (создать
новый эксперимент - ^ шаблон).
Перейти и выбрать шаблон, затем нажать Open (открыть).
В файле нового эксперимента можно изменить настройки параметров
экспериментов.
Создание шаблона из файла
эксперимента для последующих
прогонов
Выбрать File^Convert Experiment to Template...(файл ► - создать
шаблон из эксперимента).
Перейти в нужное место, указать имя файла и нажать Save (сохранить).
Изменение текущего шаблона Открыть File^Open...
Перейти и выбрать шаблон, затем нажать Орел (открыть).
Изменить параметры эксперимента в соответствии с
требованиями. Можно изменять все параметры эксперимента.
• Нажать Save, чтобы сохранить изменения текущего
шаблона.
Выбрать File ►Save As ... (сохранить как) для сохранения изменений в
новом шаблоне.
Варианты работы с защищенными шаблонами
Чтобы Сделать следующее
Создать новый эксперимент с
помощью защищенного шаблона
Нажать File40pen...
Перейти и выбрать защищенный шаблон.
Нажать Open ► Enter experiment information (открыть ► -
ввести данные эксперимента)►OK (пароль не нужен).
В файле нового эксперимента можно изменить;
Параметры эксперимента: название, штрих-код, имя пользователя,
данные реактивов, комментарии
Названия образцов и назначения
Настройка экспорта
Сохранение файла
эксперимента в виде
защищенного шаблона для
последующих прогонов
Выбрать File^Save As Locked Template...(сохранить как защищенный
шаблон).
Ввести и подтвердить пароль, затем нажать ОК.
Перейти в нужное место, указать имя файла и нажать Save (сохранить).
87
--- стр. 218 ---
Изменение текущего защищенного
шаблона Перейти и выбрать защищенный шаблон.
Нажать Open ► Edit, ввести пароль и нажать ОК,
Изменить параметры эксперимента в соответствии с
требованиями. Можно изменять все параметры эксперимента.
Нажать Save , чтобы сохранить изменения текущего
защищенного шаблона.
Выбрать Flle^Save As Locked Template...(сохранить как
защищенный шаблон) для сохранения изменений в новом
защищенном шаблоне.
Приложение А. Альтернативные процедуры и ускоренные методы
подготовки
Открыть File ► Open... '' эксперименту
88
--- стр. 219 ---
--- стр. 230 ---
Содержание
ГЛАВА 1 Информация о продукте...........................................................................................7
Использование по назначению................................................................................................................... 7
Символы, используемые на приборе и в настоящем руководстве ..................................................8
Описание аппаратного обеспечения прибора........................................................................................9
Обзор прибора..................................................................................................................................................9
Требования к калибровке.............................................................................................................................9
Процедура сбора данных...............................................................................................................................9
Используемые фильтры и красители..................................................................................................... 10
Зоны VeriFlex™ ............... 11
Части прибора.................................................................................................................................................11
Части домашней страницы........................................................................................................................ 12
Глава 2 Общие процедуры по использованию прибора ..........................................13
Меры предосторожности во время работы...........................................................................................13
Включение прибора......................................................................................................................................14
Выключение прибора..................................................................................................................................14
Вход в систему................................................................................................................................................15
Выход из системы......................................................................................................................................... 15
Установка и извлечение планшета..........................................................................................................16
Замена адаптера планшета........................................................................................................................17
Перенос, просмотр и управление файлами и результатами, полученными с
использованием прибора............................................................................................................................18
Совместимые форматы USB........................................................................................................................18
Перенос файлов EDS с домашней страницы.........................................................................................18
Просмотр истории эксперимента, удаление или перенос файлов из прибора .........................18
Глава 3 Конфигурация прибора и управление профилями прибора ...................................19
Первое включение.........................................................................................................................................19
Обзор настроек прибора (Администратор)...........................................................................................20
Обзор настроек прибора (Стандарт или Гость)...................................................................................22
Управление профилями прибора.............................................................................................................23
Профили прибора и зарегистрированные пользователи.................................................................23
Создание профиля администратора при первом включении.........................................................23
Создание нового профиля............................................................................................... 24
Редактирование профиля прибора..........................................................................................................24
Управление всеми профилями прибора................................................................................................24
Обязательная регистрация в профиле прибора..................................................................................25
Управление таймером выхода из системы............................................................................................25
Управление именем прибора.....................................................................................................................25
Включение спящего режима......................................................................................................................26
Установка температуры для нагреваемой крышки в холостом режиме .....................................26
Установка даты и времени.........................................................................................................................26
Настройка проводного соединения........................................................................................................27
Сброс до заводских настроек.....................................................................................................................27
--- стр. 231 ---
Включение службы удаленного контроля ............................................................... 28
Глава 4 Калибровка и поверка прибора ........................................................................... 29
График калибровки и поверки.......................................................... 3q
Описание процессов калибровки................................................................. 3;!^
Просмотр статуса калибровки и настройка напоминаний................................................. 32
Выполнение калибровки ВО/равномерности, фона и красителя................................................. 32
Рабочий цикл: Калибровка.......................................................................................... 32
Подготовка калибровочного планшета............................................................... 33
Выполнение калибровок ............................................................................ 3^
Просмотр файлов калибровки и передача результатов на USB ...................................................35
Устранение неисправностей во время калибровки... ................................................................ _ _ _ 36
Идентификация загрязнений ......................... ЗУ
Создание фонового планшета [необязательно] ............................................ 37
Выполнение поверки прибора с использованием планшетов РНКазы Р ..................................38
Описание и график поверки прибора......................................................................... Зд
Планшет РНКазы Р для поверки прибора ........................................................................... 39
Критерии приемлемости производительности .............. 39 ^
Подготовка планшета РНКазы Р.......................................................................................... 4q
Выполнение поверки РНКазы Р....................................................... ........ .........
Устранение неисправностей во время поверки................... .............................................................42
Калибровка пользовательского красителя ........................................................................... 43
Обзор пользовательских красителей ........................................................................... 43
Использование серии разведений для определения оптимальной концентрации
пользовательского красителя................................................................................... 44
Калибровка пользовательского красителя ......................................................................... 46
Глава 5 Техническое обслуживание прибора............................................... ................49
Резервное копирование или восстановление прибора ..................................................... 49
Очистка модуля образцов............................................................................................. 5q
Необходимые материалы...................................................................................................... 5q
Процесс очистки модуля образцов............................................................................................ 50
Поэтапные процедуры очистки модуля образцов......................................................................... 52
Замена предохранителей.............................................................................................................. 53
Необходимые материалы ...................................... 53 А
Процесс замены предохранителей................................................................... 53 ^
Подготовка прибора к транспортировке или хранению................................................................. 54
Изменение местоположения прибора.................................................................................................. ..
Глава 6 Сетевое подключение.............................................................................................. 55
Поддерживаемые опции подключения прибора и компьютера ...................................................56
Сетевые устройства контроля и мониторинга...................................................................................56
Инструкции по сетевому подключению и практические рекомендации .................................57
Порты межсетевой защиты, которые должны быть открыты...................................................... 57
Обзор порта Ethernet.......................................................................................................................... 57
Приложение А Поиск и устранение неисправностей...............................................................58
Приложение В Спецификация и принципиальная схема прибора ....................................59
Габариты сконфигурированной системы............................................................................................60
Подключения прибора и компьютера...................................................................................................61
Изоляционные расстояния прибора......................................................................................................62
--- стр. 232 ---
Требования по электропитанию.............................................................................................................62
Требования к условиям среды.................................................................................................................63
Сетевые требования.........................................................................................................................
Приложение С Части и материалы........................................................................................
Комплекты, расходные материалы, вспомогательное оборудование и реагенты ......
Расходные материалы (формат 0,2 мл)......................................................................................
Вспомогательное оборудование..................................................................................................
Материалы общего назначения и расходные материалы....................................................
Приложение D Безопасность......................................................................................................
Символы, используемые на приборе..........................................................................................
Символы соответствия.....................................................................................................................
Предупреждающие символы, используемые на приборе.....................................................
Расположение предупредительных ярлыков на приборе....................................................
Безопасная работа прибора............................................................................................................
Общие сведения.................................................................................................................................
Риск получения травм.....................................................................................................................
Риск поражения током.....................................................................................................................
Очистка и обеззараживание..........................................................................................................
Утилизация компонентов прибора и вспомогательного оборудования ................
Стандарты безопасности и электромагнитной совместимости (ЭМС) ...................
Соблюдение техники безопасности...................................................................................
Проектирование с учетом экологических решений......................................................
Химическая безопасность......................................................................................................
Биологическая безопасность................................................................................................
Документация и поддержка клиентов...............................................................................
Связанная документация.......................................................................................................
Поддержка клиентов и техническая поддержка ............................................................
Ограниченная гарантия на изделие ...................................................................................
Указатель.....................................................................................................................................
.........64
.........65
.........65
.........65
.........66
.........66
....67
....67
....69
....69
....69
.....70
....70
....70
....71
....71
....71
....72
....72
....72
.........72
........73
........74
........75
..........75
........75
..........75
........76
--- стр. 237 ---
Р
Глава 1 И нформация о продукте
О писание аппарат ного обеспечения прибора
Описание аппаратного обеспечения прибора
Обзор прибора
в приборе Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx для проведения ПЦР в режиме реального времени
используются реагенты полимеразной цепной реакции (ПЦР] на основе флуоресценции для
выполнения:
• Количественного определения целевых последовательностей нуклеиновых кислот [целей].
• Качественного обнаружения целей (анализ конечных точек, генотипирование и
присзггствие / отсутствие].
• Качественного анализа продукта ПЦР (анализ кривой расплава после ПЦР].
Прибор сконфигурирован с 96-луночным 0,2-фиксированным модулем (6 цветов, раздельных] с
шестью зонами VeriFlex
Для удобства пользователя, прибор может быть подключен к внешнему компьютеру, на который
установлено ПО QuantStudio 5 Dx.
Примечание: Программное обеспечение IVD для Прибор Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx
совместимо с программным обеспечением TD для Прибор Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx и
программным обеспечением IVD для Прибор Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx.
Требования к калибровке
Прибор Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx калибруется на заводе и не требует калибровки
чистыми флуоресцентными красителями при установке. После установки прибора требуется
проведение калибровки с 96-луночной плашкой с реагентами для количественного определения
гена РНКазы Р для верификации прибора с термоблоком на 96 лунок (RNase Р 96-well instrument
verification plate], которая поставляется вместе с прибором.
Прибор Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx откалиброван на заводе для следующих системных
флуоресцентных красителей: РАМ VIC ROX ™ , SYBR ABY ™ JUN MUSTANG PURPLE ™
TAMRA™,NED™HCy®5.
Подробную информацию о специальных красителях и их калибровке см. в разделе «Калибровка
пользовательских красителей» на стр. 43.
Для обеспечения оптимальной производительности выполните калибровку с рекомендуемой
частотой (см. "График калибровки и поверки" на стр. 30].
Процедура сбора данных
Прибор собирает сырые данные флуоресценции в разных точках цикла ПЦР в зависимости от типа
выполняемого эксперимента. Точки сбора данных могут быть сконфигурированы для сбора
данных до, во время и после протокола термоциклирования.
Во время создания матрицы (файла EDT], можно настроить набор оптических фильтров, через
которые прибор собирает данные. Можно указать набор фильтров для всех протоколов
термической обработки ПЦР и, при необходимости, другой набор фильтров для этапов кривой
расплава.
--- стр. 238 ---
Глава 1 Информация о продукте
Описание аппаратного обеспечения прибора
Используемые фильтры и красители
Красители в системе
В приборе используется шестидиапазонный оптический фильтр, который поддерживает
красители, указанные в таблице и на рисунке ниже. Для полз^ения дополнительной информации
о спектральных наборах калибровки красителей, доступных для прибора, обратитесь в службу
поддержки.
Фильтр пика Цвет
Длина волны фильтра [нм] [i]
Красители, Пример
Возбуждение Излучение калиброванные на заводе пользовательского
1Л1ЙС1Г№ЛИ
xl-m l Синий 470 ± 15 520 ±15 FAM™,
SYBR™ Green SYT09
x2-m2 Зеленый 520±10 558 ±12 VIC™ HEX™, ТЕТ™, и JOE™[2]
x3-m3 Желтый 550 ± 10 587 ±10 АВГ“, NED™, TAMRA™ Cy®3
x4-m4 Оранжевый 580+ 10 623 ±14 JUN™, ROX™ Texas Red™
x5-m5 Красный 640 ± 10 682 ±14 Cy®5, MUSTANG PURPLE™ LIZ™
x6-m6 Темно
красный 662 ±10 711 ± 12 Нет [3] Cy® 5.5
[1) Центральными длинами волн являю тся оптимизированные длины волн.
|2) Красители HEX ™ и ТЕТ от Therm o Fisher Scientific попадают в диапазон длин волн излучения системы, поэтому их можно добавлять
и адаптировать для использования в экспериментах системы. Чтобы добавить любой из этих красителей в библиотеку красителей,
выполните обычную калибровку красителя.
[3] Этот набор фильтров в настоящее время не поддерживает красители, поставляемые Thermo Fisher Scientific.
0 x4-m4 - JUN"“. BOX'". Texas Red™
0 x5-m5 - Cy®5, MUSTANG PURPLE™
© xl-ml - FAM™. SYBR™ Green
© x2-m2-VIC™
Ф x3-m3 - ABY™. NED™, Cy^. TAMRA™
Пользовательские красители
Прибор может проводить эксперименты, разработанные с использованием специальных красителей
(красители, не поставляемые Thermo Fisher Scientific или красители, не откалиброванные на приборе на
заводе]. Пользовательские красители должны обеспечивать возбуждение между 455 - 672 нм и изл)^ение
между 505 - 723 нм. Выберите пользовательский краситель, который не перекрывается с другими
красителями, используемыми в ходе эксперимента [см. Таблицу длины волны фильтра в в разделе
"Красители в системе").
Чтобы использовать пользовательский краситель и добавить его в библиотеку красителей,
выполните обычную калибровку красителя (см. «Калибровка пользовательских красителей» на стр.
43}
11
--- стр. 239 ---
Зоны VeriFlex™
Технология Applied Biosystems ™ VeriFlex ™ обеспечивает независимые температурные зоны
которые обеспечивают расширенную функциональность и точный контроль над ПЦР в режиме
реального времени.
Модуль прибора имеет шесть программируемых зон VeriFlex как показано на рисунке ниже.
Глава 1 Информация о продукте
Описание аппаратного обеспечения прибора
9
О
10
о
11
о
12
О
о о о о
о осО
Оо о О
о о о о
о о о о
Оо о о
Оо Оо
\
Эти независимые зоны идеально подходят для оптимизации ПЦР в реальном времени или для
возможности выполнения нескольких протоколов в одном и том же режиме. В отличие от
стандартных градиентов, которые дают сигмоидальную температурную кривую по колонкам,
модули с зонами VeriFlex ™ обеспечивают точную температуру в каждой зоне.
Части прибора
а
о-
1. Сенсорный экран - Для управления прибором.
2. USB-порт - Для подключения внешнего сетевого накопителя или внешнего сетевого устройства
хранения данных.
3. Секция прибора - Для размещения планшета с образцами.
Прибор включает в себя три дополнительных USB-порта на задней панели.
Примечание: Инструмент распознает только одно внешнее запоминающее устройство за раз для
передачи данных.
10
--- стр. 248 ---
Конфигурация прибора
управление профилями прибора
и
Первое включение ...........................................................................................................................19
Обзор настроек прибора (Администратор) ...................................................................................20
Обзор настроек прибора (Стандарт или Г ость) ............................................................................22
Управление профилями прибора....................................................................................................23
Обязательная регистрация в профиле прибора............................................................................25
Управление таймером выхода из системы....................................................................................25
Управление именем прибора...........................................................................................................25
Включение спящего режима.............................................................................................................26
Установка температуры для нагреваемой крышки в холостом режиме ..................................26
Установка даты и времени...............................................................................................................26
Настройка проводного соединения.................................................................................................27
Сброс до заводских настроек............................................................................................................27
Включение службы удаленного контроля.....................................................................................28
Первое включение
Выполните эти задачи после восстановления заводских настроек (см. стр. 27).
1. Создайте профиль администратора (стр. 23).
2. [Необязательно) Настройте сеть (стр. 27) или выберите «Нет» / «Решить позже».
3. [Необязательно) Настройте имя прибора (стр. 25).
4. Установите дату и время (стр. 26).
19
--- стр. 249 ---
Глава 3 Конфигурация прибора и управление профилями прибора
Обзор настроек прибора (Администратор)
Обзор настроек прибора {Администратор)
Нажмите ® «Настройки» на домашней странице, чтобы настроить параметры прибора, по мере
необходимости. Доступ к большинству настроек ограничен профилями администратора.
Settings
Instrum ent Settings
About Instrum ent
{1} Notifications
M aintenance and Service
Run History
M anage U sers
Опции ОцисанЦе
Настройки прибора ,,
Имя прибора Введите уникальное имя прибора и [необязательно) установите аватар прибора.
Спящий режим Включите инструмент, чтобы перейти в спящий режим после установленного
периода бездействия.
Температура
нагреваемой крышки
Установите температуру нагреваемой крышки в холостом режиме (прежде чем
прибор перейдет в спящий режим).
Сетевой диск [ц Укажите сетевой диск по умолчанию для передачи файлов из прибора.
Дата/время Установите часовой пояс, формат даты и времени.
Сетевое подключение Установите проводное сетевое подключение для прибора.
Восстановление
заводских настроек
Сброс настроек прибора до заводских настроек.
ВАЖНО! Создайте резервную копию прибора перед сбросом до заводских
настроек (см. «Резервное копирование или восстановление прибора» на стр. 49).
Примечание: При восстановлении до заводских настроек устройства:
• Профили и файлы, хранящиеся на приборе, удаляются, включая все файлы
EDS и любые калибровки пользовательских красителей.
• Самые последние действительные калибровки ВО/равномерности, фона и
красителя не удаляются.
0 приборе
0 приборе [1J Отображается имя модели, 1Р-адрес, серийный номер и версия прошивки.
Лицензионное соглашение
[1]
Отображается лицензионное соглашение с конечным пользователем и
ограниченная гарантия на изделие. Вы можете экспортировать лицензионное
соглашение на USB-накопитель.
20
--- стр. 250 ---
Глава 3 Конфигурация прибора и управление профилями прибора
Обзор настроек прибора (Администратор)
Опции Описание
Уведомления [i]
Включение уведомлений об ошибках прибора на домашней странице.
Количество новых^ не просматриваемых уведомлений отображается над
настройками на домашней странице.
Техническое обслуживание и ремонт
Мониторинг Включите службу удаленного мониторинга, чтобы автоматически информировать
команду технической поддержки Thermo Fisher Scientific в режиме реального
времени по потенциальным проблемам с прибором,
Служба отслеживает и отправляет общие данные прибора, но не контролирует и
не отправляет данные клиента.
Статистика прибора [ij Отображает информацию об использовании прибора, включая оставшееся место
на диске, срок службы светодиодов и
Статус РНКазы Р.
Калибровки • Выполнение калибровок.
ВО и равномерность
- Краситель
- Пользовательская калибровка (в том числе Фоновая калибровка)
• Просмотр истории калибровки и установка напоминаний о калибровке в
параметре «История и напоминания».
Проверка РНКазы Р [ij Выполнение проверку производительности прибора с использованием планшетов
РНКазы Р.
Самопроверка [ij Проверка аппаратных функций прибора.
Журнал [1} Просмотр и экспорт Журнала запусков прибора.
Резервное копирование
/ Восстановление
• Резервное копирование параметров прибора [ц
• Восстановление резервной копии параметров прибора
Режим подготовки к
транспортировке [i]
Переход прибора в безопасное состояние для транспортировки или длительного
хранения.
История экспериментов [i]
Отображает список экспериментов прибора и перенос файлов EDS для
эксперимента. Выберите эксперимент, чтобы просмотреть все данные или чтобы
перенести или удалить [только администратор) файл EDS.
Управление пользователями
Обязательная
регистрация
Предоставление доступа только зарегистрированным пользователям для
выполнения любой задачи, включая доступ
Настройки. Включение этой функции отключает доступ гостевого профиля к
прибору.
Примечание: Начало эксперимента следует инициировать из настольного
программного обеспечения, а действия во время начала эксперимента
автоматически регистрируются в гостевом профиле прибора (даже если
пользователь был зарегистрирован).
Таймер выхода Установите длительность бездействия, прежде чем пользователь автоматически
выйдет из профиля.
Управление профилями Доступ к информации профиля для прибора.
[1] Также доступны стандартные и гостевые профили прибора.
21
--- стр. 251 ---
Глава 3 Конфигурация прибора и управление профилями прибора
Обзор настроек прибора (Стандарт или Гость^
Обзор настроек прибора (Стандарт или Гость)
Нажмите ® «Настройки» на домашней странице, чтобы настроить параметры прибора, по мере
необходимости. Доступ к большинству настроек ограничен профилями администратора.
Опции Описание
Настройки прибора
Сетевой диск Укажите сетевой диск по умолчанию для передачи файлов из прибора.
0 приборе ' ----------
0 приборе Отображается имя модели, 1Р-адрес, серийный номер и версия прошивки.
Лицензионное
соглашение
Отображается лицензионное соглашение с конечным пользователем и
ограниченная гарантия на изделие. Вы можете экспортировать лицензионное
соглашение на USB-накопитель.
Уведомления
Включение уведомлений об ошибках прибора на домашней странице.
Количество новых, не просматриваемых уведомлений отображается на/i
настройками на домашней странице.
Техническое обслуживание и ремонт
Статистика прибора Отображает информацию об использовании прибора, включая оставшееся место
на диске, срок службы светодиодов и
Статус РНКазы Р.
Проверка РНКазы Р Выполнение проверку производительности прибора с использованием
планшетов РНКазы Р.
Самопроверка Проверка аппаратных функций прибора.
Журнал Просмотр и экспорт Журнала запусков прибора.
Резервное копирование
Восстановление
Сетевого подключения прибора
Режим подготовки к
транспортировке
Переход прибора в безопасное состояние для транспортировки или длительного
хранения.
История эксперимента
Отображает список экспериментов прибора и перенос файлов EDS для
эксперимента. Выберите эксперимент, чтобы просмотреть все данные и
перенести файл EDS.
22
--- стр. 252 ---
Управление профилями прибора
Примечание: Профиль прибора - это учетная запись пользователя специально для прибора. Она не
связана с какой-либо другой учетной записью пользователя для системы или программного
обеспечения.
Глава 3 Конфигурация прибора и управление профилями прибора
Управление профилями Щ
Цель См.
Создание профиля • «Создание профиля администратора при первом включении» на стр. 23
• «Создание нового профиля» на стр. 24
Конфигурация профиля- «Редактирование профиля прибора» на стр. 24
Просмотр или
управление всеми
профилями
• «Управление всеми профилями прибора» на стр. 24
Профили прибора и зарегистрированные пользователи
Профиль прибора - это з^етная запись пользователя специально для прибора. Она не связана с какой-либо
Тип профиля прибора Разрешенные действия
Администратор Все задачи технического обслуживания и администрирования, включая
настройку прибора
Стандарт Просмотр статуса прибора, передача файлов и многие задачи обслуживания
(например, проверка РНКазы Р и самопроверка]
Гость
Просмотр статуса прибора, передача файлов и многие задачи обслуживания
(например, проверка РНКазы Р и самопроверка]
Примечание: Все эксперименты и действия во время запуска регистрируются в
профиле гостя (даже если пользователь вошел в систему вов ремя
эксперимента].
Эксперименты инициируются из настольного программного обеспечения. После начала
эксперимента зарегистрированный пользователь автоматически выходит из системы.
Примечание: Чтобы отключить доступ к гостевому профилю: Активируйте параметр в ®
Настройки l2l Управление пользователями 1 2 1 Обязательная регистрация.
Создание профиля администратора при первом включении
При «Первом включение» прибора автоматически запрашивается создание профиля
администратора.
• Первому профилю прибора, созданному во время установки, предоставляются привилегии
администратора.
• Администраторы могут предоставлять административные привилегии другим
пользователям (см. «Управление всеми профилями инструментов» на стр. 24].
1. Нажмите «Имя», введите имя пользователя и нажмите «Готово».
2. Нажмите PIN-код, введите четырехзначный цифровой пароль, затем нажмите «Ввод».
Примечание: Выберите ячейку «Показать PIN-код», чтобы включить или выключить
отображение PIN-кода.
3. Нажмите «Подтвердить PIN-код», а затем повторите шаг 2.
4. Нажмите «Создать профиль».
23
--- стр. 253 ---
ш
Глава 3 Конфигурация прибора и управление профилями прибора
Управление профилями прибора
Создание нового профиля
На домашней странице:
1. Нажмите® «Вход в систему», затем нажмите «Начать».
2. Нажмите «Имя», введите имя пользователя и нажмите «Готово».
Нажмите РШ-код, введите четырехзначный цифровой пароль, затем нажмите «Ввод»
Примечание: Выберите ячейку «Показать PIN-код», чтобы включить или выключить
отображение PIN-кода.
Нажмите «Подтвердить PIN-код», а затем повторите шаг 2.
Нажмите «Создать профиль».
3.
4.
5.
Редактирование профиля прибора
На домашней странице:
1. Нажмите® «Профиль пользователя».
Примечание: Администраторы также могут перейти на этот экран, нажав ® Настройки 0
Управление пользователями 0 Управления профилями
Нажмите «Редактировать».
Выберите поля для редактирования, а затем внесите изменения.
Нажмите «Готово».
2.
3.
4.
Управление всеми профилями прибора
На домашней странице:
1. Откройте вкладку «Все профили».
• Нажмите ® Профиль пользователя 0 Все профили.
• Выберите @ Настройки 0 Управление пользователями 0 Управление
профилями 0 Все профили
Отобразится список пользователей, дата создания профиля и тип пользователя.
2. Выберите профиль прибора для редактирования.
3. Отредактируйте профиль.
а. Чтобы удалить профиль, нажмите «Удалить профиль 0 Удалить».
Чтобы сбросить PIN-код, нажмите «Сбросить PIN-код 0 Сбросить».
- Пользователю будет предложено ввести новый PIN-код при следующем
входе в систему.
Чтобы включить или отключить привилегии администратора, переключитесь из
режима «Администратор» в «Стандарт», соответственно.
4. Нажмите «Готово».
Ь.
с.
24
--- стр. 254 ---
Глава 3 Конфигурация прибора и управление профилями прибора
Обязательная регистрация в
Обязательная регистрация в профиле прибора
На домашней странице:
1. Нажмите ® Настройки Ш Управление пользователями И Обязательная регистрация.
2. Установите ползунок в положение «Вкл».
3. Только зарегистрированные пользователи могут получить доступ к инструменту для
любой задачи, включая доступ к настройкам.
4. Нажмите «Готово».
Примечание: Начало эксперимента следует инициировать из настольного программного
обеспечения, а действия во время начала эксперимента автоматически регистрируются в
гостевом профиле прибора [даже если пользователь был зарегистрирован].
Управление таймером выхода из системы
На домашней странице:
1. Нажмите ® Настройки И Управление пользователями Ш Таймер выхода из системы.
2. Коснитесь поля «Изменить время», затем введите желаемый период бездействия перед
автоматическим выходом пользователя.
3. Нажмите «Ввод», затем нажмите «Готово».
Управление именем прибора
На домашней странице:
1. Нажмите ® Настройки Ш Настройки прибора Ш Имя прибора.
2. Коснитесь поля «Имя прибора», введите имя прибора и нажмите «Готово».
3. [Необязательно] Нажмите «Добавить аватар», чтобы привязать аватар с прибором.
Вставьте USB-накопитель с файлами изображений, чтобы использовать этот параметр.
4. Нажмите «ОК».
25
--- стр. 255 ---
Включение спящего режима
На домашней странице:
1. Нажмите® Настройки Ш Настройки прибора Ш Спящий режим.
2. Установите ползунок в положение «Вкл», чтобы активировать спящий режим.
3. Выберите «Изменить время», затем введите время бездействия, после которого прибор
переходит в спящий режим.
4. Нажмите «Ввод», затем нажмите «Готово».
Установка температуры для нагреваемой крышки в холостом режиме
На домашней странице:
1. Нажмите ® Настройки 0 Настройки прибора 0 Температура для нагреваемой крышки в
холостом режиме.
Установите ползунок в положение «Вкл», чтобы установить температуру для нагреваемой
крышки в холостом режиме.
Выберите поле «Изменить температуру», затем введите желаемую температуру в холостом
режиме.
Нажмите «Ввод», затем нажмите «Готово».
Глава 3 Конфигурация прибора и управление профилями прибора
Включение спящего режима
Установка даты и времени
На домашней странице:
1. Нажмите @ Настройки 0 Настройки прибора 0 Дата/Время.
2. В выпадающем списке выберите часовой пояс.
3. Выберите формат даты.
a. Нажмите «Формат даты», затем выберите предпочтительный формат даты.
b. Нажмите «Далее», коснитесь поля даты и введите дату.
c. Нажмите «Ввод», затем нажмите «Готово».
4. Выберите формат времени.
a. Нажмите «Формат времени».
b. Установите ползунок в положение для выбора 12-часового или 24-часового
формата.
c. Нажмите «Далее», коснитесь поля времени и установите время.
d. Нажмите «Ввод», затем нажмите «Готово».
5. Нажмите «Готово».
26
--- стр. 259 ---
Глава 4 Калибровка и поверка прибора
Графин налибровни и поверни
График калибровки и поверки
Прибор калибруется на заводе и не требует калибровки при установке. Для обеспечения
оптимальной производительности, выполняйте калибровку через рекомендуемые интервалы.
Примечание: Во время установки прибора представитель службы Thermo Fisher Scientific
выполняет поверку прибора с использованием планшета РНКазы Р.
ВАЖНО! Выполняйте калибровки и эксперименты в условиях окружающей среды, указанных в
разделе «Требования к условиям среды» на стр. 63. Воздействие экстремальных температур может
отрицательно сказаться на производительности прибора и сократить срок сл}окбы его
компонентов.
Установите частоту калибровки прибора: Выберите ® Настройки 1 3 Техническое обслуживание
и ремонт ШКалибровки 1 3 История и напоминания 1 3 Редактировать 1 3 Ожидаемый интервал.
Калибровка Рекомен^емый интервал
ВО/Равномерность • Один раз в год (рекомендуется)
Всегда выполняйте новые калибровки фона и красителя после калибровки
ВО/Равномерности.
Примечание: Выполнение калибровки ВО/Равномерности отменяет все другие
калибровки.
Фон • Один раз в год (рекомендуется)
• Калибровка фона также может быть выполнена, если необходимо:
- чтобы проверить уровень загрязнения (зависит от использования и
лабораторных условий).
чтобы получить наиболее точные данные для удаления фоновой
флуоресценции.
Примечание: Выполнение калибровки фона не отменяет все другие калибровки.
Краситель • Один раз в год (рекомендуется)
• Во время калибровки красителя, калибруются только красители на данном
спектральном калибровочном планшете.
Примечание: Выполнение калибровки красителя
не отменяет все другие калибровки.
Проверка РНКазы Р
прибора • После установки прибора
• После проведения калибровки прибора
• При необходимости, чтобы подтвердить производительность прибора
Примечание: Для подготовки планшетов пользовательских красителей и для выполнения
пользовательских калибровок см. «Калибровка пользовательских красителей» на стр. 43.
30
--- стр. 260 ---
Глава 4 К алибровка и п оверка прибора
Описание процессов калибровки
Описание процессов калибровки
Описание и цели процессов калибровки Критерии приемлемости
ВО/Равномерность
• Программное обеспечение фиксирует изображения для каждого
оптического фильтра.
• Программное обеспечение использует данные калибровки для
сопоставления увеличения флуоресценции к лункам планшета во время
последующих экспериментов и для оценки согласованности сигналов с
высокой точностью.
Изображение для каждого фильтра
различает все лунки планшета.
Каждая лунка на изображении
является четкой.
Фон
• программное обеспечение фиксирует фоновые изображения для
каждого оптического фильтра в отсутствие образца и реагента и
проверяет, что флуоресценция в каждой лунке ниже порога
флуоресценции.
• Программное обеспечение использует данные калибровки для
удаления фоновой флуоресценции во время эксперимента.
Примечание: Вы также можете запустить эту калибровку, чтобы
определить, связано ли загрязнение с модулем образца или планшетом.
Изображения планшета для всех
фильтров не имеют аномальной
флуоресценции.
Краситель
• Программное обеспечение извлекает спектральный профиль для
каждого стандарта красителя, а затем создает набор спектральных
профилей, построенных как флуоресценция в зависимости от фильтра.
• Программное обеспечение использует данные калибровки для
характеристики и определения индивидуального вклада каждого
красителя во все сигналы флуоресценции, собранные прибором.
Пик спектров красителя в том же
фильтре, что и их группа.
31
--- стр. 261 ---
i i Глава 4 Калибровка и поверка прибора
Просмотр статуса калибровки и настройка напоминаний
Просмотр статуса калибровки и настройка напоминаний
На домашней странице;
1. Выберите ® Настройки И Техническое обслуживание и ремонт ШКалибровки 0
История и напоминания.
2. На экране «Напоминания о калибровке» просмотрите состояние каждого типа калибровки.
3. (Необязательно] Выберите строку калибровки, чтобы просмотреть историю этого
конкретного типа калибровки, затем нажмите «Готово».
4. Нажмите «Изменить», чтобы установить настройки напоминания о калибровке. Для
каждого типа калибровки:
a. Установите ползунок в положение «Вкл», чтобы активировать напоминание о
калибровке.
b. Отредактируйте поля «Ожидаемый интервал» и «Напомнить».
c. Нажмите «Сохранить».
5. (Необязательно] Чтобы передать отчет о калибровке, нажмите «Экспорт», затем следуйте
указаниям на экране.
6. Нажмите «Готово».
Выполнение калибровки ВО/равномерности, фона и красителя
Рабочий цикл; Калибровка
Выполните калибровку ВО/равномерности
[После завершения автоматически будет предложено выполнить калибровку фона.)
Выполните калибровку фона
[Выполните в любое время, когда калибровка ВО/равномерности является актуальной.)
Выполните калибровку красителя
[Выполните в любое время, когда калибровка ВО/равномерности и фона является актуальной.)
32
--- стр. 267 ---
Глава 4 К алибровка и поверка прибора
Выполнение поверки прибора с использованием планшетов
Выполнение поверки прибора с использованием планшетов РНКазы Р
Для проведения поверки прибора требуются действительные калибровки ВО/равномерности,
фона и красителя.
Описание и график поверки прибора
Цель Описание
Подтверждает
работу прибора.
Определяет количеств
копий гена РНКазы Р
человека в образцах
с известными
концентрациями
соответствующей матрицы
ДНК.
Критерии приемлемости Частота
о|Прибор соответствует критериям
производительности, если
выполняется следующее
неравенство, и прибор успешно
определяет различия между
неизвестными популяциями А и В со
статистическим уровнем
достоверности 99,7%.
[(CtA) - 3(aCtA]] > [[CtB] + 3(aCtB}]
где:
CtA = Среднее значение С
неизвестной популяции А
Стал = Стандартное отклонение
неизвестной популяции А
CtB = Среднее значение С
неизвестной популяции В
• actB = Стандартное отклонение
неизвестной популяции В
После проведения
калибровки прибора
При
необходимости, чтобы
подтвердить
производительность
прибора
38
--- стр. 268 ---
Планшет РНКазы Р для поверки прибора
Планшет РНКазы Р содержит реагенты, необходимые для обнаружения и количественного
определения геномных копий гена РНКазы Р человека (ген с одной копией, кодирующий
фрагмент РНКазы фермента РНКазы Р). Каждая лунка содержит: Мастер-микс ПЦР, праймеры
РНКазы Р, зонд с маркировкой РАМ и известную концентрацию геномной ДНК человека.
Глава 4 К алибровка и п оверка прибора
Выполнение поверки прибора с использованием планшетов
Рисунок 1.96-луночный планшет РНКазы Р
1. Неизвестно А [5000)
2. КБМ [контроль без матрицы)
3. Стандарт 1250 копий
4. Стандарт 2500 копий
5. Стандарт 5000 копий
6. Стандарт 10000 копий
7. Стандарт 20000 копий
8. Неизвестно В [10000)
Критерии приемлемости производительности
После эксперимента программное обеспечение вычисляет средние значения количества копий и
значения стандартного отклонения. Прибор соответствует критериям производительности, если
выполняется следующее неравенство, и прибор успешно определяет различия между
неизвестными популяциями А и В со статистическим уровнем достоверности 99,7%.
[(CtA) - 3(стС1А}] > [(CtB] + 3((ТСГВ)]
где:
• CtA= Среднее значение Ct неизвестной популяции А
• CTctA = Стандартное отклонение неизвестной популяции А
• CtB = Среднее значение Ct неизвестной популяции В
• CTctB = Стандартное отклонение неизвестной популяции А
Программное обеспечение автоматически настраивает пороговое значение и пропускает
определенное количество лунок от неизвестных популяций для соответствия техническим
характеристикам. Чтобы просмотреть любые пропущенные лунки, откройте файл EDS для
проверки в настольном программном обеспечении.
39
--- стр. 269 ---
Подготовка планшета РНКазы Р
Материалы, необходимые для подготовки планшета РНКазы Р
• Планшет РНКазы Р для поверки прибора
• Центрифуга с адаптером планшета; бакет-роторы, очищенные перед использованием
• Неопудренные перчатки
• Защитные очки
Размораживание, встряхивание и центрифугирование планшета РНКазы Р
1. Извлеките планшет РНКазы Р из морозильной камеры, затем разморозьте планшет в
упаковке.
• Размораживайте планшет в течение около 5 минут.
• Используйте планшет в течение 30 часов после размораживания.
2. Наденьте неопудренные перчатки, извлеките планшет из упаковки и сохраните упаковку.
3. Встряхивайте планшет в течение 5 секунд, затем центрифугируйте при 750-1000 х g в
течение 2 минут.
4. Убедитесь, что жидкость в каждой лунке находится в нижней части лунки и в ней нет
пузырьков. В противном случае, центрифугируйте планшет повторно.
Глава 4 К алибровка и поверка прибора
Выполнение поверки прибора с использованием планшетов
ВАЖНО! Нижняя часть планшета должна быть чистой. Жидкости и другие загрязняющие
вещества на нижней части пластины могут загрязнить блок образца и вызвать аномально
высокий фоновый сигнал.
40
--- стр. 273 ---
ш
Глава 4 К алибровка и поверка прибора
Калибровка пользовательского красителя
Использование серии разведений для определения оптимальной концентрации
пользовательского красителя
Рекомендации по разведению пользовательского красителя
Подготовьте серию разведений для каждого индивидуального красителя.
Задайте несколько концентраций красителя в диапазоне 100-2000 нМ.
Выберите разницу в 2 или 3 раза в точках разведения.
Распределите по 10-20 }1л на лунку для 96-луночных планшетов.
Разбавьте краситель в буфере, совместимом с масетр-миксом.
[Только иишеркалирующие красители). Добавьте соответствующее
амплифицированного продукта ПЦР для генерации флуоресценции.
Подготовка планшета с разведением пользовательского красителя
ВАЖНО! Используйте неопудренные перчатки на протяжении всей процедуры.
количество
1. Подготовьте 2- или 3-кратную серию разведений пользовательского красителя.
2. Нанесите аликвоты каждого разведения в центр реакционного планшета, затем
герметично запакуйте планшет.
Полный планшет не требуется. См. рисунок ниже для предлагаемых реплик.
3. Встряхивайте планшет в течение 5 секунд, затем центрифугируйте при 750-1000 х g в
течение 2 минут.
4. Убедитесь, что жидкость в каждой лунке находится в нижней части лунки и в ней нет
пузырьков. В противном слзгчае, центрифугируйте планшет повторно.
ВАЖНО! Нижняя часть планшета должна быть чистой. Жидкости и другие загрязняющие
вещества на нижней части пластины могут загрязнить блок образца и вызвать аномально
высокий фоновый сигнал.
44
--- стр. 274 ---
Глава 4 К алибровка и п оверка прибора
Калибровка пользовательского красителя
Использование планшета с разведением для проведения эксперимента
1. Настройте эксперимент по генотипированию в модуле TD программного обеспечения
QuantStudio 5 Dx для Прибор Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx:
a. Нажмите «Создать новый эксперимент».
b. На вкладке «Свойства»:
• Выберите «Генотипирование» из выпадающего списка «Тип эксперимента».
• {Необязательно) Введите или отредактируйте другие свойства
эксперимента.
c. На вкладке «Метод»:
• Введите соответствующий объем реакции.
• Установите температуру удержания до 60 °С с удержанием в течение 2
минут.
• Деактивируйте параметр «Показание до проведения ПЦР» и «Усиление».
• Выберите Действие I?] Настройки оптического фильтра, затем убедитесь, что
выбран правильный фильтр для пользовательского красителя. Если Вы не
знаете правильные настройки фильтра, выберите полностью 21
комбинацию фильтров.
d. На вкладке «Планшет» введите информацию о серии разведений для лунок.
2. Установите планшет в прибор.
ВАЖНО! К работе с прибором допускается подготовленный персонал, знающий о риске
движущихся частей.
3. На вкладке «Выполнить» настольного ПО, после проведения эксперимента:
4. После завершения эксперимента, файл EDS автоматически переносится в настольное
программное обеспечение.
5. Извлеките планшет из прибора.
ВНИМАНИЕ! РИСК ПОЛУЧЕНИЯ ТРАВМЫ. Во время работы прибора температзфа планшета
может достигать 100 °С. Дайте ему остыть до комнатной температуры перед обработкой.
Примечание: Если прибор не выталкивает планшет, обратитесь в Службу поддержки.
Определение оптимальной концентрации красителя
Просмотрите данные сигнала красителя и выберите разведение для калибровки красителя.
1. На вкладке «Результаты» настольного ПО выберите «График исходных данных».
Этот график отображает исходный сигнал флуоресценции каждого оптического фильтра
для отдельных лунок.
2. Для каждой реплики популяции разведений, выберите лунки на «Схеме планшета» для их
отображения на графике.
3. Изучите исходные данные, чтобы идентифицировать лунки, дающие сигналы в диапазоне
800000 - 3200 000 для оптического фильтра, где краситель является самым ярким.
45
--- стр. 275 ---
р
4. [Необязательно] Экспортируйте исходные данные, затем вычислите среднее значение
флуоресценции для каждой концентрации.
5. Выберите самую низкую (оптимальную) концентрацию красителя, которая попадает в
допустимый диапазон сигналов.
Калибровка пользовательского красителя
Создание планшета с пользовательским красителем
Глава 4 К алибровка и п оверка прибора
Калибровка пользовательского красителя
ВАЖНО! При создании планшета для красителя надевайте неопудренные перчатки.
Создайте полный планшет пользовательского красителя, разведенного до оптимальной
концентрации:
Разведите пользовательский краситель до оптимальной концентрации в буфере.
Подготовьте достаточный объем, используя диапазон объема 10-20 цл на лунку.
Нанесите соответствующий объем разбавленного пользовательского красителя на
планшеты.
Герметично запакуйте планшет.
Встряхивайте планшет в течение 5 секунд, затем центрифугируйте при 750-1000 х g в
течение 2 минут.
Убедитесь, что жидкость в каждой лунке находится в нижней части лунки и в ней нет
пузырьков. В противном случае, центрифугируйте планшет повторно.
ВАЖНО! Нижняя часть планшета должна быть чистой. Жидкости и другие загрязняющие
вещества на нижней части пластины могут загрязнить блок образца и вызвать аномально
высокий фоновый сигнал.
46
--- стр. 276 ---
Добавление пользовательского красителя в приб^
1. На домашней странице прибора, выберите ® Настройки ^Техническое обслуживание и
ремонт Ш Калибровки S Пользовательские настройки И Пользовательский краситель.
2. Выберите «Добавить пользовательский краситель».
3. Введите информацию о красителе.
Глава 4 К алибровка и п оверка прибора
Калибровка пользовательского красителя
Поле/Опция Действие
Название
пользовательского
красителя
Введите название пользовательского красителя.
ВАЖНО!
Не используйте название красителя системы для пользовательского названия
красителя.
Названия красителей чувствительны к пробелам и не могут содержать
специальные символы.
Тип Выберите:
Репортерный - Краситель работает совместно с гасителем, чтобы сообщить об
увеличении продукта ПЦР.
Гаситель - Краситель подавляет флуоресценцию репортерного красителя до
усиления продукта ПЦР.
Одновременно - Краситель можно использовать в качестве репортерного
красителя или гасителя.
4. Нажмите «Сохранить».
ВАЖНО! Также необходимо добавить пользовательский краситель в библиотеку красителей
настольного ПО QuantStudio перед тем, как создавать, запускать или анализировать
эксперименты, в которых используются пользовательские красители. См. Руководство
пользователя программного обеспечения TD для QuantStudio™ 5 Dx [Номер издания 100049554].
Выполнение калибровки пользовательского красителя
1. Установите планшет в прибор.
ВАЖНО! К работе с прибором допускается подготовленный персонал, знающий о риске
движущихся частей.
2. На домашней странице прибора, выберите @ Настройки ШТехническое обслуживание и
ремонт Ш Калибровки Ш Пользовательские настройки 13 Пользовательский краситель.
3. Выберите пользовательский краситель для калибровки.
4. Просмотрите информацию о пользовательских красителях [необязательно], внесите
изменения, а затем нажмите «Обновить».
5. Введите температуру калибровки.
6. [Необязательно] Нажмите «Реагенты», затем введите информацию о реагентах.
7. Нажмите «Пуск».
8. Когда запуск завершен, и на экране отобразится «Калибровка завершена», нажмите
Просмотреть результаты 0 Подробности.
47
--- стр. 277 ---
9. Просмотрите график. Приемлемые результаты калибровки показывают равномерные
сигналы с пиками, соответствующими длине волны красителя.
иш Г ’-^зва4 К алибровка и п оверка прибора
Калибровка пользовательского красителя
Фильтр пика Длина волны фильтра (нм) [1]
Возбуждение Излучение
xl-ml 470 ±15 520 ±15
x2-m2 520 ±10 558 ± 12
x3-m3 550 ± 10 587 ±10
x4-m4 580 + 10 623 ± 14
x5-m5 640 ± 10 682 ± 14
x6-m6 662 ± 10 711 ±12
Примечание: Пример графика калибровки красителя.
Пики красителя могут совпадать с другим набором фильтров.
10. Выберите действие в зависимости от того, была ли калибровка пользовательского
красителя удачной или неудачной.
Статус калибровки Д ействие
Пройдено • Нажмите «П ринять результаты » или «О тклонить результаты ». Примечание:
П ринятие результатов сохраняет данны е калибровки в приборе н
перезаписы вает существующие данные.
• [Необязательно) Выберите «Перенести EDS» для передачи данны х калибровки на
USB.
Не пройдено • Создайте еще один специальный планш ет для красителя, используя следующую
концентрацию красителя, превыш аю щ ую концентрацию , определенную е
разделе «Определение оптимальной концентрации красителя» на стр. 45„ затем
вы полните калибровку снова.
• См. «Устранение неисправностей во время калибровки» на стр. 36
11. Извлеките планшет из прибора.
ВНИМАНИЕ! РИСК ПОЛУЧЕНИЯ ТРАВМЫ. Во время работы прибора температура планшета
может достигать 100 °С. Дайте ему остыть до комнатной температуры перед обработкой.
Примечание: Если прибор не выталкивает планшет, обратитесь в Службу поддержки.
48
--- стр. 278 ---
№ggsgs
Щ||Техническое обслуживание прибора
■ Резервное копирование или восстановление прибора......................................................................49
■ Очистка модуля образцов..........................................................................................................................50
■ Замена предохранителей...........................................................................................................................53
■ Подготовка прибора к транспортировке или хранению ...................................................................54
ВАЖНО! В этой главе содержатся процедуры обслуживания прибора. Процедуры, отличные от
описанных в настоящем документе, должны выполняться квалифицированным специалистом по
обслуживанию.
Резервное копирование или восстановление прибора
На домашней странице:
Выберите ® Настройки 0 Техническое обслуживание и ремонт 0 Резервное
копирование/Восстановление.
Цель Действие
Резервное копирование 1. Вставьте устройство USB в USB-порт на передней панели.
2. Выберите «Резервное копирование параметров прибора».
3. Выберите USB.
4. Введите имя файла резервного копирования, затем нажмите
«Готово».
5. Выберите определенные элементы для резервного копирования,
или выберите их все.
6. Выберите «Выполнить резервное копирование».
Восстановление (только
в режиме
«Администратор»)
1. Вставьте устройство USB, содержащее файл резервного
копирования, в USB-порт на передней панели.
2. Нажмите «Восстановить резервную копию».
3. Выберите Оз USB.
4. Выберите файл резервного копирования, затем нажмите
«Восстановить».
49
--- стр. 279 ---
Очистка модуля образцов
Выполните эту процедуру для устранения флуоресцентных загрязнений из модуля образцов
прибора. Загрязнение обычно проявляется в неудавшихся фоновых калибровках, где одна или
несколько лунок последовательно проявляют аномально высокие сигналы.
ВНИМАНИЕ! РИСК ПОЛУЧЕНИЯ ТРАВМЫ. Не снимайте крышку прибора. Внутри прибора нет
компонентов, которые можно безопасно обслуживать самостоятельно. Если Вы подозреваете
возникшую проблему, обратитесь в сл}окбу поддержки.
ВНИМАНИЕ! РИСК ПОЛУЧЕНИЯ ТРАВМЫ. Во время работы прибора температура модуля
образцов может достигать 100 '’С. Дайте ему остыть до комнатной температуры перед обработкой.
ВНИМАНИЕ! Перед применением метода очистки или дезактивации, отличного от
рекомендованного Thermo Fisher Scientific, получите подтверждение от Thermo Fisher Scientific, что
предлагаемый метод не повредит прибор.
Необходимые материалы
Защитные очки
Неопудренные перчатки
Ткань, без ворса
Ватные или нейлоновые тампоны и ткань без ворса
Микродозатор [100 рл) с микро-пипетками
Деионизированная вода
Этанол, 95%-ный раствор
Дезинфицирующий 10%-ный раствор
Процесс очистки модуля образцов
ВНИМАНИЕ! РИСК ПОЛУЧЕНИЯ ТРАВМЫ. Во время работы прибора температура модуля
образцов может достигать 100 °С. Дайте ему остыть до комнатной температуры перед обработкой.
ВАЖНО! При выполнении этой процедуры надевайте неопудренные перчатки.
ВАЖНО! Всегда используйте деионизированную воду для промывки лунок после очистки
дезинфицирующим раствором или раствором этанола.
1. Определите загрязненные лунке в модуле образцов [см. стр. 37).
2. Подготовьте прибор и получите доступ к модулю образцов:
a. Выключите питание и отсоедините прибор, затем дайте ему остыть в течение 15
минут.
b. Извлеките секцию прибора, чтобы открыть модуль образцов.
Глава 5 Т ехническое обслуж ивание прибора
Очистка модуля образцов
50
--- стр. 287 ---
A1S9 Поиск и
.. ^.
неисправностей
устранение
Проблема Вебоятная причина Рекомендуемое корректирующее действие
Соединение между прибором иСоединение
компьютером не распознается полностью.
-L
не установлено Выключите прибор, затем снова включите его.
■При использовании сетевойОбратитесь в отдел техподдержки, чтобы
конфигурации, прибор иубедиться, что прибор и компьютер находятся в
компьютер не находятся в однойодной маске подсети,
маске подсети.
При использовании сетевойОбратитесь в отдел техподдержки, чтобы
конфигурации, прибор или!убедиться, что IP-адреса действительны,
компьютер имеет неверный IP-
адрес.
Сообщение о недостаточномВ приборе недостаточно места на-i .. « " ' 1' " ’
пространстве на диске диске для сохранения файла EDSik Домашней странице прибора нажмите
для эксперимента. Настройки 0 История эксперимента
Настроить.
Сенсорный экран погас находится вПрибор
;режиме.
Прибор не включен.
2. Удалите (только администратор! или
спящем1Прикоснитесь к любому месту на сенсорном
экране прибора.
Если вы касаетесь сенсорного экрана прибора и
[он остается черным, проверьте, включен ли
|прибор. Выключатель питания расположен на
задней панели прибора.
Если прибор не включается, убедитесь, что
прибор правильно подключен.
Если прибор не включается, и прибор правильно
подключен, обратитесь в службу поддержки.
Высокий сигнал флуоресценции 10бъем реакции неправильный. Убедитесь, что объемы реакции на планшете
определены правильно и соответствуют объему
который указан на вкладке «Метод».
Сигналы, которые превышают^Осмотрите нижнюю часть планшета. В случае
пределы нормальнойзагрязнения, подготовьте новый планшет
|флуоресценции, могут указывать|повторите эксперимент.
на флуоресцентные загрязнители^--------- ----------------------------------------------
на планшете или в модул^^^Р®^®-^^^'^® местонахождение загрязнения
образцов. планшете или в модуле образцов.
1. Получите или подготовьте фоновый
планшет (см. стр. 37).
|2. Выполните процедуры, описанные
разделе «Идентификация загрязнений» на стр. 37.
58
--- стр. 288 ---
в i Спецификация и принципиальная
схема прибора
Габариты сконфигурированной системы..............................................................................................60
Требования по электропитанию..............................................................................................................62
Требования к условиям среды..................................................................................................................63
Сетевые требования ..................................................................................................................................64
59
--- стр. 289 ---
П рилож ение В С пециф икация и п ринципиальная схема прибора
Габариты сконфигурированной системы
Габариты сконфигурированной системы
Необходимо предусмотреть пространство для сконфигурированного прибора. Ниже показана
стандартная настройка с совместно расположенным мини-компьютером.
Примечание: Размеры округлены до ближайшего целого числа или среднего значения.
f 15 СМ (’ 6'дюймбвУ ‘ '
/Г
01о
гоо
^ ..
(10,5 дюймов>-^|
30 см (12 дюймов)
о
СТ)
207 см (81,5 дюймов)
--- стр. 290 ---
Соединения прибора и компьютера
Q - г
“— в
о—
о -
а
Рисунок 2. Задняя панель прибора
1. USB-порты использования
2. Порты WiFi USB — Не применимо 5. Крышка предохранителя
3. Порт Ethernet —RJ45 порт для 100/1,000 Мб/с 6. Выключатель питания
4.
Ethernet-соединения с прибором
Порт RS232 — Только для служебного
7. Силовой порт — от 100 до 240 В АС
Рисунок 3. Соединения между прибором и компьютером (минимальная конфигурация)
1. Съемный шнур питани5(^вместимый с 3. Соединение между компьютером и монитором,
локальной розеткой. клавиатурой и мышью.
2. Соединение между ком^1^тером и прибором. 4. Соединение между компьютером и
(необязат ельно) портативным сканером
штрих-кодов.
--- стр. 291 ---
При установке и обслуживании прибора необходимо получить доступ к задней части прибора.
Если задняя часть прибора обращена к стене, убедитесь, что на стенде достаточно свободного
места, чтобы повернзггь прибор и получить доступ к задней панели.
Изоляционные расстояния прибора
ВАЖНО! Для обеспечения безопасности, необходимо обеспечить доступ к розетке для прибора.
Компонент Верх Передняя сторона Боковая сторона Задаяя сторона
Прибор 30 см (12 дюймов] 30 см (12 дюймов) 15 см (6 дюймов] 15 см (6 дюймов)
Требования по электропитанию
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ! Для обеспечения безопасности, необходимо обеспечить постоянный
доступ к розетке для прибора. См. «Изоляционные расстояния прибора» для получения
информации о пространстве, которое требуется между стеной и прибором. В случае
возникновения чрезвычайной ситуации необходимо иметь возможность немедленно отключить
главный источник питания от всего оборудования. Обеспечьте достаточное пространство между
стеной и оборудованием, чтобы шнуры питания могли быть отключены в случае возникновения
чрезвычайной ситуации.
• Электрическая розетка с возможностью заземления
• Максимальная рассеиваемая мощность: ~ 960 Вт (не включая компьютер и монитор]
• Допустимые отклонения сетевого напряжения от сети переменного тока должны
составлять до ± 10 процентов от номинального напряжения
Устройство Номинальное
напряжение
Необходимая
сеть
Номинальная
частота
Номинальная
мопщость
Прибор 100-240 ±10% В АС[1] 10А 50/60 Гц 960 Вт
‘ ' » ................— I пвпрллчсиис, мижс 1 НОгрсооваться регуля
Высокое или низкое напряжение может отрицательно влиять на электронные компоненты прибора.
--- стр. 292 ---
--- стр. 293 ---
Приложение В Спецификация и принципиальная схема прибора
Сетевые требования
Требования к условиям среды
Таблица 2. Требования к условиям среды
Состояние Допустимый диапазон ■
Место установки Только для внутреннего использования
Электромагнитные помехи Не используйте это устройство в непосредственной близости от источников
сильного электромагнитного излучения (например, неэкранированные
интенсивные радиочастотные источники). Сильное электромагнитное
излучение может мешать правильной работе устройства.
Высота над уровнем моря Между уровнем моря и 2000 м (6500 футов) над уровнем моря
Условия эксплуатации Влажность. Относительная влажность 15-80% (без конденсации)
• Температура: От 15 до 30 ° С (от 59 до 86 ° F)
Примечание: Для обеспечения оптимальной производительности избегайте
резких или экстремальных колебаний температуры в помещении.
Условия хранения и
транспортировки Влажность: Относительная влажность 20-80% (без конденсации)
Температура: От -30 до 60 ° С (от -22 до 140 ° F)
Тепловая мощность Ожидается, что во время работы чистая тепловая мощность, основанная на
фактическом потреблении тока прибора, составит приблизительно 960 Вт
(3275 БТЕ/ч).
Вибрация Убедитесь, что прибор не находится рядом с сильными источниками
вибрации, такими как центрифуга, насос или компрессор. Чрезмерная
вибрация повлияет на производительность прибора.
Степень загрязнения Прибор имеет степень загрязнения класса II. Прибор может устанавливаться
только в среде с непроводящими загрязняющими веществами, такими как
пылевые частицы или древесная щепа. Приемлемыми средами со степенью
загрязнения класса II являются лаборатории и торговые и коммерческие
области.
Шумовой выход прибора составляет Ш 60 дБ во время работы.
Другие условия Убедитесь, что инструмент расположен вдали от любых вентиляционных
отверстий, которые могут вытеснять материал в виде частиц на компоненты
инструмента.
Че размещайте прибор и компьютер рядом с нагревателями, охлаждающими
каналами или под прямыми солнечными лучами.
--- стр. 294 ---
Приложение В Спецификация и принципиальная схема прибора
Требования кусловиям среды ш
Сетевые требования
Прибор настроен на заводе-изготовителе для соединения по протоколу TCP/IP IPv4. Он включает
в себя адаптер Ethernet [100/1000 Мбит / с] с разъемом типа RJ45 для интеграции устройства в
локальную сеть [LAN).
Чтобы представитель службы Thermo Fisher Scientific установил прибор:
• Если прибор подключен к локальной сети, до запланированной даты установки должно
быть установлено активное тестируемое сетевой разъем.
• Во время установки должен быть доступен представитель отдела информационных
технологий, который поможет подключить прибор к сети.
Необходимые материалы для подключения инструмента:
• Кабель Ethernet достаточной длины с разъемами RJ45
- Кабель CATS для сетевого соединения 100 Мбит / с
- CATSe или САТ 6 для сетевого соединения 1000 Мбит / с
--- стр. 295 ---
--- стр. 302 ---
Приложение D Безопасность
Химическая безопасность ш
Риск поражения током
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ! Установка предохранителей. Перед установкой прибора убедитесь, что
предохранители установлены правильно, а напряжение предохранителя соответствует
напряжению питания.
Заменяйте предохранители только предохранителями такого типа и номинала, как указано для
устройства. Неправильные предохранители могут повредить систему проводки прибора и
вызвать пожар.
ПРЕД УП РЕЖ ДЕНИЕ! Обеспечьте соответствующее электропитание. Для безопасной работы
прибора:
• Подключите систему к правильно заземленной розетке с достаточной токовой нагрузкой.
• Убедитесь, что электропитание имеет подходящее напряжение.
• Запрещается использовать прибор при отключенном заземлении. Для безопасной работы
прибора требуется постоянное заземление.
ПРЕД УП РЕЖ ДЕНИЕ! Сетевые шнуры питания. Используйте правильно сконфигурированные
шнуры питания, утвержденные на Вашем объекте.
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ! Отключение питания. Чтобы полностью отключить питание, отсоедините
или отключите шнур питания, расположив прибор таким образом, чтобы шнур питания был
доступен.
Очистка и обеззараживание
ВНИМАНИЕ! Очистка и обеззараживание. Используйте только те методы очистки и
обеззараживания, которые указаны в документации для пользователя.
Ответственность оператора [или другого ответственного лица) заключается в соблюдении
следующих требований: •
• Не используются обеззараживающие или чистящие средства, которые могут вызвать
ОПАСНОСТЬ в результате реакции с частями оборудования или с материалом,
содержащимся в оборудовании.
• Прибор надлежащим образом обеззараживается: а) если на материал или на него попал
опасный материал, и / или Ь) до того, как прибор будет обслужен на Вашем объекте или
отправлен для ремонта, обслз^ивания, обмена, удаления или прекращения ссуды [формы
обеззараживания могут быть запрошены службой поддержки клиентов].
• Перед использованием любых методов очистки или обеззараживания [за исключением
рекомендованных производителем) пользователи должны подтвердить у производителя,
что предлагаемый метод не повредит оборудование.
Утилизация компонентов прибора и вспомогательного оборудования
Чтобы минимизировать негативное воздействие на окружающую среду в результате утилизации
электронных отходов, запрещается утилизировать это изделие вместе с несортированными
бытовыми отходами. Соблюдайте местные муниципальные правила по утилизации отходов для
обеспечения надлежащего обращения и обратитесь в службу поддержки клиентов за
информацией о возможных вариантах утилизации.
71
--- стр. 303 ---
Стандарты безопасности и электромагнитной совместимости ГЭМС1
приложение D Безопасность
Стандарты безопасности и электромагнитной
Ссылка иписание --------------------
ibC/EN 61010-1 / Ul
61010-1 /
CSAC22.2№ 61010-1
1ребования безопасности для электрооборудования для измерения контроля и лабораторного использования ненин, контроля и
- Часть 1: Общие требования
ibC/EN 61010-2-010 Требования безопасности для электрооборудования для
лабораторного использования ^
матГриалоГ°' лабораторному оборудованию для нагрева
IbC/EN 61010-2-081 Требования безопасности для электрооборудования для измерения, контроля и
лабораторного использования ^
- Часть 2-081: Частные требования к автоматическому и полуавтоматическому
лабораторному оборудованию для анализа и других целей ^
IbC/EN 61010-2-101 электрооборудования для измерения, контроля й
^абораторного использования - Часть 2-101: Частные требования к медицинскому
оборудованию для диагностики in vitro (IVD) ^
ЭМС
Ссылка Цписание “
Директива
2014/30/EU Европейский союз «Директива по электромагнитной совместимости» '
EN 61326-1 / lEC
61326-1 контроля И лабораторного использования ■
ребования к электромагнитной совместимости - Часть 1: Общие требования
EN 613262-6 / lEC
61326-2-6 электрооборудование для измерения, контроля и лабораторного использования ^
ребования к электромагнитной совместимости - Часть 2-6: Частные требования -
Медицинское оборудование для диагностики in vitro (IVD)
AS/NZS CISPR 11 феделы и методы измерения характеристик электромагнитного возмущения
промышленного, научного и медицинского (ISM) радиочастотного оборудования
ICbb-UUl, выпуск 4
Промышленные, научные и медицинские (ISM) радиочастотные генераторы
л'f\ ---------------------------------------------
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ! Данное оборудование спроектировано и испытано на CISPR 11 класса А
В бытовых условиях это может вызвать радиопомехи, и в этом случае Вам может потребоваться
принять меры для смягчения помех. нлреооваться
^ -------V
Ссылка -icium JKUJIU1 ических решении
Описание ----------- — — — 1
Директива
2011/65/EU Европейский Союз «Директива RoHS» - Ограничение опасных веществ в
электрическом и электронном оборудовании
72
--- стр. 304 ---
Директива
2012/19/EU
Директива Европейского Союза «Директива Ш ЕЕЕ»^-с«У1«(вй®ЧИИ»9Я®ктрического и
электронного оборудования
Директива
2013/56/EU
Европейский союз «Директива по использованию аккумуляторных батареи»
--- стр. 311 ---
*
■' i
• >
i t
" к
* 1
f '.
.' .i'?-
ft-'
V-
--- стр. 312 ---
Содержание
ГЛАВА 1 Информация о продукте.............................................................................................^
Описание продукта........................................................................................ ........................................................^
Использование по назначению.........................................................................................................................
Символы, используемые в настоящем руководстве ................................................................................'
Обзор рабочего цикла программного обеспечения IVD.............................................. .......................- ^
Особенности программного обеспечения QuantStudio 5 ......................................................................
ГЛАВА 2 Установка и работа с матрицами.............................................................................^
Установка опубликованного файла-матрицы в программное обеспечение IVD ..........................9
Удаление матрицы из программного обеспечения IVD .........................................................................9
ГЛАВА 3 Настройка и проведение экспериментов..........................................................Ю
Рабочий цикл: Использование установленных матриц для проведения экспериментов ..... 10
Обзор разрешений на установку матрицы ..............................................................................................
Настройка параметров эксперимента ........................................................................................................
Сохранение файла-матрицы ............................................................................................................................
Визирование данных в настольном ПО..... ...............................................................................................
Сканирование штрих-кода с использованием опционального сканера штрих-кода .............14
Ввод информации о реагенте .........................................................................................................................
Элементы метода ...............................................................................................................................................
Выбор лунок на планшете ............................................................................................................................
Подготовка условий реакции................................................................................................... ......................
Надлежащая лабораторная практика проведения ПЦР и ПЦР в режиме реального времени16
Инструкции по обращению с образцами и реагентами....................................... ................................
Инструкции по подготовке условий реакции на планшете или в пробирке ..............................17
Начало и контроль проведения эксперимента........................ ...............................................................1^
Просмотр информации в режиме реального времени на настольном ПО ............................19
Просмотр информации в режиме реального времени на сенсорном экране прибора ...........19
Просмотр результатов эксперимента на настольном ПО....................................................................20
Содержание
ГЛАВА 4 Анализ результатов эксперимента...................................................................21
Описание цикла количественного определения (Cq) ...........................................................................21
Рабочий цикл; Общие процедуры анализа результатов эксперимента ........................................22
Анализ вкладки «Результаты»........................................................................................................................23
Конфигурация свойств графика ...........................................................................................-......................25
Просмотр результатов «Схема планшета» или в таблице «Лунки»..,...,.............. ..........................25
Изменение отображения «Схемы планшета» или таблицы «Лунки...... ..................................26
Отображение данных для выбранных лунок на графике ................................................................. 26
Анализ статуса амплификации для каждой лунки ........................................................... 27
Оценка результатов на графике амплификации......................................................................................27
Анализ графика усиления................................................................................................ 27
Оценка общей формы кривых на графике амплификации..................................................................28
Оптимизация дисплея отрицательного контроля на графике амплификации.........................29
Анализ данных для выбросов.........................................................................................................................20
--- стр. 313 ---
Обзор и оценка графика нескольких компонентов .......................................
Анализ профиля сигнала с использованием графика исходных дан™^^ ....................................
Обзор и оценка графика исходных данных............................................................................................. Ц
Анализ флагов в Резюме КК ............................... .................................................................................... ...
Обзор флагов КК ................................... .....................................................................................
Экспортирование данных и результатов эксперимента.... .........................................
Варианты экспортирования данных и результатов эксперимента".'.''!.’" !!" ! ........................
Сохранение графика в виде файла изображения..................... ........ог
Отправка результатов эксперимента в PowerPoint ...............!!'!!!! ................................................Л
Печать отчета по данным и результатам эксперимента ........................... ...............qc
Экспортирование данных и результатов эксперимента ........ .............................
Использование функций защиты, аудита и электронной подписи (ЗАЭпГвнастол^
Просмотр резюме аудита на настольном ПО ....................... ильном пил/
Просмотр отчета по аудиту EDT или EDS на настольном По'1"11'...............................................ЗУ
Экспортирование резюме аудита или подробных данных в настольное ............37
Просмотр электронных подписей на настольном ПО ....................... .............оп
ПРИЛОЖЕНИЕ А Поиск и устранение неисправностей ..........! ! ! ! ! ! ! ! ! .3 8
Поиск и устранение неисправностей прибора ..................................... .........og
Поиск и устранение неисправностей программного обеспечения ........................................... 4Q
Содержание .............................................
ПРИЛОЖЕНИЕ В Установка и управление настольным ПО... 40
Совместимые форматы USB................................................. ..................................................................... ^
Антивирусное программное обеспечение ............................ .........
Внешнее программное обеспечение .......................... .................
Установка программного обеспечения IVD QuantStudio 5 Dx ........................... ......................
Настройка глобальных приоритетов настольного ПО ....................... ' ...............л.1
ПРИЛОЖЕНИЕ С Обзор прибора ................................................. 42
Конфигурация, калибровка, обслуживание или сетевое подключение прибора......................42
Части прибора ............................................................. .....................
Части домашней страницы.......................................................... .............................................................
Общие процедуры по использованию прибора ......................................... ^4
Выключение прибора ........................................................ .........................................................
Установка и извлечение планшета........................................ 4^
Перенос, просмотр и управление файлами и результатами, полученными с
использованием прибора ....................................................... 4^
Перенос файлов EDS с домашней страницы............................................. ................
Просмотр истории эксперимента, удаление или перенос файлов из прибора..................... . 47
Документация и поддержка клиентов ...... ’ ло.......................................................................................
Оценка результатов в таблице «Лунки» ........................
Анализ таблицы «Лунки» ........ .............................................
Группировка или сортировка данных в таблице «Лунки»........................................................
--- стр. 316 ---
Глава 1 Информация о продука
И с п о л ь з о в а н и е п о н а з н а ч е н и ю I
Символы, используемые в настоящем руководстве
Символ Описание
d ПРОИЗВОДИТЕЛЬ
ЕС1REP АВТОРИЗОВАННЫЙ ПРЕДСТАВИТЕЛЬ НА ТЕРРИТОРИИ ЕВРОПЕЙСКОГО
СООБЩЕСТВА ---------------------------^ —
Ctlivol Для диагностического применения In Vitro
Обзор рабочего цикла программного обеспечения 1VD
2 —
Разработка матрицы (файл EDT)
Сохранение {ЯГзработанной матрицы
Q в качестве о т к р ы т о й м а т р и ц ы
Р Публикац 1Жоткрытой матрицы
С
Установка опубликованного файла-матрицы
в программное обеспечение 1VD _
Настройка условий нового эксперимента
из установленной матрицы
> ''— Проведение эксперимента
О
с ▼
Анализ результатов эксперимента (файл EDS)
1. См. И н с т р у к ц и ю п о р а б о т е с П О Q u a n t S t u d io 5 D x ( м о д у л ь Q u a n t S t u d io 5 D x T e s t D e v e lo p m e n t m o d e ] .
2 . Cm. настоящее И н с т р у к ц и ю n o р а б о т е с П О Q u a n t S t u d io 5 D x ( м о д у л ь Q u a n t S t u d io 5 D x m o d e )
3. Для выполнения этих задач у вас должны быть соответствующие разрешения ЗАЭП (по умолчанию, эти
разрешения есть у пользователя, которому присвоена роль администратора ЗАЭП).
--- стр. 317 ---
р м Глава 1 Информация о продукте
1УР О с о б е н н о с т и п р о г р а м м н о г о о б е с п е ч е н и я IV D д л я Q u a n tS tu d io 5 D x
Особенности программного обеспечения IVD QuantStudio 5 Dx
ПО IVD [1]
Вкладка «Свойства»
Редактирование названия эксперимента; ввод / сканирование штрих-кол'
планшета, ввод имени пользователя ^
Т п е р и м е и Т ' химического вещества, режим: —
Ввод информации о реагенте (подробных данных)
V
Вкладка «Метод»
ГиГт™ а'’“ “ ™ т™пературного протокола, объема реакции, выбор оптическогс —
Вкладка «Планшет»
Подвкладка «Быстрая настройка»
Определение атрибутов планшета ----------—
Определение или присвоение образцов -----------
Определение или присвоение целей или SNP-анализов --------------------- ^ ---------------
Иодвкладка «Расширенные настройки»
—
Присвоение образцов ✓
Определение целей или ЬМР-анализов —
Присвоение целей или SNP-анализов —
Вкладка «Эксперимент»
iidHcuiu и кин [роль хода проведения эксперимента
Просмотр оставшегося времени и графиков щ ^ -------- >/
Вкладка «Результаты» -------------------
Присмо 1 р результатов эксперимента (анализ данных эксперимента) V
Конфигурация настроек анализа
—
Вкладка «Экспорт»
■ ■ ■ ■ .
Выбор параметров экспортирования данных и результатов эксперимента (анализ
данных эксперимента)
Экспортирование данных эксперимента [2] >/'
* •' ГЛ--Х “ Г^^ W ^ u i t»lc*
матрицы по умолчанию.
[2] Эта функция также доступна на сенсорном экране прибора.
--- стр. 318 ---
Установка и работа с матрицами
Чтобы установить или удалить матрицу, вошедший в систему пользователь должен иметь
разрешение ЗАЭП для «Управления установленными матрицами». Для дополнительной
информации о разрешениях ЗАЭП см. Инструкцию по работе с ПО QuantStudio 5 Dx [модуль
QuantStudio 5 Dx Test Development mode).
Установка опубликованного файла-матрицы в программное обеспечение IVD
Примечание: Установите опубликованную матрицу на каждом компьютере, который будет
использовать матрицу для настройки параметров эксперимента.
1. Откройте программное обеспечение IVD QuantStudio 5 Dx.
2. После отображения соответствующего окна, войдите в учетную запись пользователя с
соответствующими разрешениями.
3. В строке меню выберите меню «Инструменты ШМатрицы».
4. Нажмите «Установить», затем нажмите «Да», чтобы подтвердить «Соглашение об
установке матрицы».
5. Перейдите к нужному опубликованной матрице [файл EDT) и нажмите «Открыть». Теперь
матрица установлена и доступна в меню «Матрица».
Примечание: Имя, отображаемое в меню «Матрица», определяется названием эксперимента,
введенным на вкладке «Свойства» опубликованной матрицы.
6. Нажмите «Закрыть».
Удаление матрицы из программного обеспечения IVD
ВАЖНО! При удалении матрицы, не можно будет открыть любой файл EDT, который был создан
из этой матрицы.
1. Откройте программное обеспечение IVD QuantStudio 5 Dx.
2. После отображения соответствующего окна, войдите в }Д{етную запись пользователя с
соответствующими разрешениями.
3. В строке меню выберите меню «Инструменты ЕМатрицы».
4. В окне меню «Матрица» выберите параметр удаления матрицы.
5. Нажмите «Удалить», затем нажмите «Да», чтобы подтвердить удаление матрицы.
6. Нажмите «Закрыть».
--- стр. 319 ---
Настройка и проведение
1 экспериментов
■ Рабочий цикл: Использование установленных матриц для проведения экспериментов .....10
■ Подготовка условий реакции ................................. .............................................. ..
■ Начало и контроль проведения эксперимента ........ ..............................о
Рабочий цикл: Использование установленных матриц для проведения экспериментов
™ Рабочему циклу в программном
Properties Method Plate Run Results Export
Этот рабочий цикл описывает использование установленной матрицы с разрешениями настройки
Д--нительной ^формации обТих
Откройте программное обеспечение IVD QuantStudio 5 Dx
▼
Настройка параметров эксперимента (стр. 12)
Создайте новую матрицу из установленной матрицы
▼
Введите или отредактируйте свойства матрицы
▼
Выберите метод эксперимента и укажите объем реакции
Т
Присвойте образцы лункам
▼
Начало и контроль проведения эксперимента [стр. 18)
Анализ результатов эксперимента (стр. 21)
Т
Экспортирование данных и результатов эксперимента (стр. 35)
10
--- стр. 320 ---
Обзор разреш ений на установку матрицы
• Во время публикации матрицы в программном обеспечении TD выбираются разрешения
для того, как матрица может быть изменена в программном обеспечении IVD.
• В программном обеспечении IVD изменяемые возможности матрицы активны на экранах
рабочих циклов.
• Полное описание доступных функций с разрешениями по умолчанию для установки см. в
разделе «Особенности программного обеспечения IVD QuantStudio 5 Dx» на стр. 8.
• Если установленную матрицу, который вы используете, имеет разрешения на установку
матрицы, превышающие разрешения по умолчанию, см. Инструкцию по работе с ПО
QuantStudio 5 Dx (модуль QuantStudio 5 Dx Test Development mode] для:
- настройки параметров матрицы для каждой вкладки рабочего цикла и типа
эксперимента
- конфигурации настроек анализа или исключения лунок из анализа
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов .
Рабочий цикл: Использованиеустановленныхматриц для проведения эксперимента^
--- стр. 321 ---
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов
Настройка параметров эксперимента
Настройка параметров эксперимента
1. На домашней странице еЗ:
Опция Действие
^йСоздайте новую матрицу из
установленной матрицы
Выберите «Настройки условий эксперимента».
В окне меню «Матрица» выберите соответствующую
матрицу, затем выберите «Создать новый эксперимент».
^Откройте существующую матрицу,
который был ранее создан из
установленной матрицы.
Нажмите «Открыть».
Перейдите и выберите нужный файл, далее нажмите
«Открыть».
2. На вкладке «Свойства»:
a. Введите новое название эксперимента.
Примечание; Система использует название эксперимента как имя файла EDS по
умолчанию.
b. [Необязательно] Введите или сканируйте штрих-код, введите свое имя
пользователя и введите комментарии.
c. [Необязательно] Нажмите «Управление подробными данными химического
вещества» (см. «Ввод информации о реагентах» на стр. 14].
3. На вкладке «Метод»:
a. Выберите метод эксперимента [температурный протокол). См, «Элементы метода»
на стр. 15.
b. Укажите объем реакции.
4. На вкладке «Планшет»:
a. Выберите «Расширенные настройки».
b. Выберите лунке на планшете на:::: «Схеме планшета» или в = таблице «Лунки»
c. В таблице «Образцы» выберите ячейки образца, чтобы присвоить его выбранным
лункам. ^
12
--- стр. 322 ---
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов
Настройка параметров эксперимента
Сохранение файла-матрицы
Чтобы сохранить матрицу с тем же названием файла EDT:
- На любой вкладке, выберите «Сохранить».
— В строке меню выберите меню «Файл Всохранить».
Чтобы сохранить матрицу с новым названием файла EDT:
- На любой вкладке, выберите «Сохранить НСохранить как».
— В строке меню выберите меню «Файл ШСохранить как».
Визирование данных в настольном ПО
1. Сохраните любые изменения в открытом файле EDT или EDS.
2. В строке меню выберите меню «Инструменты ИЗащитаШ Визирование данных».
3. Выберите «Значение» из выпадающего списка, чтобы указать, одобряете ли Вы настройку
планшета, матрицы или результаты.
4. Введите свое имя пользователя и пароль.
5. Нажмите «Визировать данные».
Запись электронной подписи доступна на вкладке «Электронная подпись». Подписанные объекты
будут иметь статус «Актуально». Если объект был обновлен после визирования, запись
электронной подписи будет иметь статус «Недействительно».
13
--- стр. 323 ---
Сканирование штрих-кода с использованием опционального сканера штрих-кода
Прибор совместим с дополнительным портативным сканером штрих-кода ГКат N- 44ЯЯ447
поддерТиГет\ 2'^ ™ Го1 ныГш'^^^^^^^^^ (буквенно-цифровойЗ, который
1. Выберите поле «Штрих-код».
расстоянии 20-30 см от этикетки планшета или контейнера и
ацелитесь в центр штрих-кода, затем нажмите спусковой крючок ^
3. Медле^нно перемещайте сканирующий луч по штрих-коду, пока сканер не выдаст звуковой
Когда сканер сканирует штрих-код, он автоматически:
Передает буквенно-цифровой эквивалент штрих-кода в поле штрих-кода
де&тви 1 и^т.дТ“ “ реагентах [№ партии, № части, дату истечения срока
Для получения дополнительной информации о ручном сканере штрих-кодов см. Документацию
пользователя, прилагаемзно к сканеру штрих-кода.
Ввод информации о реагенте
На вкладке «Свойства»;
1. Выберите упорядочить подробные данные химического вещества»
2. Выберите Ш «Добавить».
3. Введите тип, название, номер части, номер партии и дату истечения срока действия.
4. [Необязательно] Добавьте пользовательский атрибут для реагента.
a. Выберите + в заголовке таблицы, чтобы добавить колонку для пользовательского
атрибута.
b. Нажмите заголовок колонки «Пользовательский атрибут», затем введите новый
атрибут.
c. Выберите ячейку в колонке «Пользовательский атрибут», затем введите
соответствующую информацию.
d. [Необязательно] Нажмите X в заголовке, чтобы удалить пользовательский атрибут
из таблицы. ^
5. [Необязательно] Нажмите X, чтобы удалить реагент из таблицы.
6. Нажмите «Закрыть».
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов
Настройка параметров эксперимента
14
--- стр. 324 ---
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов
Настройка парамет ров эксперимент а
Э л е м е н т ы м е т о д а
о
□
о
О
О
5 о
О
1 Объем реакции 5 Температура на шаге
2 Температура нагреваемой крышки 6 Время удержания шага
3 Этап температурного протокола 7 Число циклов
4 Шаг этапа 8 Скорость повышения температуры
В ы бор л у н о к н а п лан ш ете
На вкладке;::: «Схема планшета»:
-s..!,::- .. -здТи';;-
Выбор отдельной лунки Выберите лунку на планшете
Выбор нескольких лунок Выберите и выделите курсором на планшете
Выбор смежных лунок Выберите лунки на планшете, зажав клавишу «Shift»
Выбор несвязных лунок Выберите лунки на планшете, зажав клавишу «Ctrl»
Выбор колонки лунок Выберите заголовок колонки
Выбор всех лунок Нажмите на верхний левый угол сетки планшета
Выбор блока лунок Нажмите на лунку, чтобы выбрать угол, затем нажмите на другую лунку в
противоположном углу, зажав клавишу «Shift»
Отмена выбора отдельной лунки Нажмите на выбранные лунки, зажав клавишу «Ctrl»
На вкладке = таблицы «Лунки»:
Выбор отдельной лунки Выберите строку в таблице
Выбор нескольких лунок Выберите и выделите курсором в таблице
Выбор смежных лунок Выберите строки в таблице, зажав клавишу «Shift»
Выбор несвязных лунок Выберите строки в таблице, зажав клавишу «Ctrl»
Отмена выбора отдельной лунки Нажмите на выбранную строку, зажав клавишу «Ctrl»
15
--- стр. 326 ---
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов
П о д го т о вк а у с л о в и й р еа к ц и и
И нстрзосции по п о д го то вк е услови й р еакц и и на п лан ш ете и ли в п роб и рке
• Следуйте инструкциям в разделе «Надлежащая лабораторная практика проведения ПЦР и
ПЦР в режиме реального времени» на стр. 16.
. Убедитесь, что расположение реакций ПЦР соответствует схеме планшета, отображаемой в
настольном программном обеспечении.
• Убедитесь, что жидкость в каждой лунке находится в нижней части лунки и в ней нет
пузырьков. В противном случае, центрифугируйте планшет повторно.
Убедитесь, что планшеты или пробирки надежно герметизированы.
Храните реакционный планшет или пробирки при 4 °С в месте, защищенном от света, до
того, как поместить планшет в прибор.
Нижняя часть планшета должна быть чистой. Ж идкости и другие загрязняющие вещества
на нижней части пластины могут загрязнить блок образца и вызвать аномально высокий
фоновый сигнал.
При необходимости используйте несмываемый маркер или ручку, чтобы отметить
пробирку и сторону планшета. Не используйте флуоресцентные маркеры.
17
--- стр. 327 ---
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов
Начало и контроль проведения эксперимента
Начало и контроль проведения эксперимента
ВАЖНО! Перед установкой заполненного реакцией планшета в прибор, см. подробные пооцелуо^
в разделе «Установка и извлечение планшета» на стр. 45. процедуры
2. Установите планшет в прибор.
Z S i L L частей. ' допускается подготовленный персонал, знающий о риске
3.
4.
5.
6.
7.
Откроите матрицу [файл EDT) в настольном программном обеспечении
[Необязательно] На вкладке «Экспорт» выберите «Автоматический экспорт» для
автоматического экспортирования результатов эксперимента после его окончания
а вкладке «Метод» и вкладке «Планшет» просмотрите параметры матрицы и настройки
На вкладке «Эксперимент» выберите прибор, который будет использоваться в
выпадающем списке «НАЧАТЬ ЭКСПЕРИМЕНТ».
Подтвердите или отредактируйте имя по умолчанию для файла EDS, затем нажмите
«Сохранить».
Примечание: Файлы EDS содержат данные и результаты эксперимента. Система создает имя
«^Свойства» ™ "" параметра «Название эксперимента» на вкладке
8. Во время работы прибора отслеживайте ход выполнения:
- На вкладке «Эксперимент» настольного ПО.
- На сенсорном экране прибора.
9. Извлеките планшет из прибора.
ж ВНИМ АНИЕ! РИСК ПОЛУЧЕНИЯ ТРАВМЫ . Во время работы прибора температура планшета
может достигать 100 С. Дайте ему остыть до комнатной температуры перед обработкой. ___________
Примечание: Если прибор не выталкивает планшет, обратитесь в Службу поддержки.
Примечание: Если соединение между прибором и настольным программным обеспечением
прерывается во время эксперимента, прибор все равно завершает эксперимент. Однако данные
эксперимента (файл EDS] должны быть перенесены с прибора на настольное программное
обеспечение с помощью USB-накопителя или сетевого диска.
18
--- стр. 328 ---
П росм отр и н ф о р м ац и и в реж и м е р еал ьн о го врем ен и н а настольн ом ПО
На вкладке «Эксперимент» настольного ПО, во время проведения эксперимента;
• Просматривайте оставшееся время и статус эксперимента.
• Просматривайте данные и графики в режиме реального времени на вкладке «График
амплификации».
- Нажмите <S> «Просмотреть», чтобы выбрать данные, отображаемые для каждой
лунки.
- Выберите лунки на схеме планшета, чтобы выделить соответствующие кривые на
графике.
- Выберите кривые на графике, чтобы выделить соответствующие лунки на схеме
планшета.
Примечание: Для экспериментов с кривой расплава можно отслеживать только график кривой
расплава.
П росм отр и н ф о р м ац и и в реж и м е р еальн ого врем ен и н а сенсорном эк р ан е при бора
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
• Просматривайте температуру модуля, оставшееся время и статус эксперимента.
• Коснитесь У или проведите пальцем влево один раз, чтобы просмотреть информацию о
методе эксперимента в реальном времени.
• Коснитесь или У проведите пальцем влево дважды, чтобы просмотреть данные и графики
в реальном времени.
П росм отр д ан н ы х и гр аф и ко в в реж и м е р еал ьн о го врем ен и н а сенсорном эк р ан е при бора
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
1. Коснитесь У или проведите пальцем влево дважды.
2. Нажмите «Просмотреть детали».
3. Нажмите «Образцы», «Цели» или «Задачи», чтобы выбрать графическое представление
каждого параметра.
4. Нажмите «Закрыть», чтобы вернуться на домашнюю страницу.
Н астрой ка о тоб раж ен и я гр аф и ко в в р еж и м е р еал ьн о го врем ен и на сенсорном эк р ан е
при бора
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
1. Коснитесь или У проведите пальцем влево дважды, чтобы просмотреть данные и графики
в реальном времени.
2. Выберите «Масштаб».
3. Коснитесь ^ или ^ для увеличения или уменьшения масштаба.
4. Коснитесь стрелок для панорамирования влево, вправо, вверх или вниз на графике.
5. Нажмите «Закрыть», чтобы вернуться к представлению по умолчанию.
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов
Начало и контроль проведения эксперимента
19
--- стр. 329 ---
П росм отр р езу л ьтато в эксп ер и м ен та на настольном ПО
На вкладке «Выполнить» настольного ПО, после проведения эксперимента:
Вь,6ерите вкладку «Результаты эксперимента», чтобы просмотреть
эксперимента, в том числе: ^ ^
• Название эксперимента
• Имя пользователя
• Зарегистрированные ошибки
• Серийный номер и название прибора
• Время начала, время прекращения и продолжительность эксперимента
Глава 3 Настройка и проведение экспериментов
Начало и контроль проведения эксперимента
20
--- стр. 330 ---
Анализ результатов эксперимента
ш Описание цикла количественного определения [Cq) ...........................................................................................21
■ Рабочий цикл: Общие процедуры анализа результатов эксперимента ...................................................22
■ Анализ вкладки «Результаты»............................................................................................................................................23
■ Оценка результатов на графике амплификации.....................................................................................................27
■ Оценка результатов в таблице «Лунки».......................................................................................................................30
■ Анализ профиля сигнала красителя с использованием графика нескольких компонентов .......32
■ Анализ профиля сигнала с использованием графика исходных данны х ................................................33
■ Анализ флагов в Резюме К К ..................................................................................................................................................33
■ Обзор флагов К К ............................................................................................................................................................................34
■ Экспортирование данных и результатов эксперимента ....................................................................................35
■ Использование функций защиты, аудита и электронной подписи [ЗАЭП]
в настольном ПО......................................................................................................................................................................................37
В настоящем разделе описаны общие процедуры для анализа результатов всех типов
экспериментов. Пошаговые инструкции по просмотру данных или анализу конкретного типа
эксперимента см. в Инструкцию по работе с ПО QuantStudio 5 Dx (модуль QuantStudio 5 Dx Test
Development mode).
О писание ц и к л а ко л и ч ествен н о го о п р ед ел ен и я (Cq)
Термин Наименование Описание
Cq Цикл
количественного
определения
C q - общая форма для метрик экспрессии генов. Значения Cq [как Со так и Crt)
используются в качестве первичных входных значений для экспериментов по
количественному определению: абсолютное количественное определение (AQ)
и относительное количественное определение (RQ).
Ct и Crt - вычисления Cq для конкретного алгоритма.
Ct Пороговый циклНомер цикла ПЦР, при котором флуоресценция соответствует порогу на графике
амплификации.
Ct - результат метрики экспрессии гена при использовании алгоритма
порогового уровня.
Crt Относительный
пороговый цикл
Номер цикла ПЦР для порога, рассчитанного по моделированному профилю
эффективности амплификации.
Crt - результат метрики экспрессии гена при использовании алгоритма
относительного порога.
21
--- стр. 331 ---
Р абочи й ц и кл: О бщ ие проц едуры ан ал и за результатов эксперим ента
Когда эксперимент завершен, настольное программное обеспечение автоматически анализирует
данные эксперимента с использованием параметров анализа, указанных при разработке матриц.
Затем настольное программное обеспечение отображает результаты эксперимента на вкладке
«Результаты».
Просмотрите график амплификации, чтобы подтвердить или
исправить настройки порога и базовой линии (стр. 27)
▼
Оцените график эксперимента для эксперимента
(Например, просмотрите график аллельной дискриминации для экспериментов по генотипированию)
(См. Руководство пользователя программного обеспечения TD для QuantStudio 5 Dx (№ 100049554))
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Анализ вкладки "Результаты"
Выполните анализ данных для выбросов (стр. 30)
[Необязательно] Просмотрите график нескольких компонентов
для анализа профиля сигнала красителя (стр. 32)
[Необязательно] Просмотрите график исходных
данных для анализа профиля сигнала (стр. 33)
[Необязательно] Просмотрите флаги в Резюме КК (стр. 33)
20
--- стр. 332 ---
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Анализ вкладки "Результаты"
А нализ вк л ад к и «Р езультаты »
Просмотрите и проанализируйте данные эксперимента на вкладке «Результаты». На вкладке
«Результаты» два дополнительных инструмента отображаются справа от панели рабочего цикла.
Properties Method PMte Run Results Export
• Нажмите «Анализировать» после удаления лунок или изменения настроек анализа.
• Нажмите чтобы получить доступ к параметрам анализа.
Примечание: Параметры анализа и доступные графики зависят от типа эксперимента.
О . ^ Ш ' ~ <S>
Amplification Plot
AmpMcabon Plol
2
1 <
> 3
4 - | A « В me Bo B E BP Ba B h
Рисунок 1. Вид графика
1. Панель инструментов графика
2. Список выбора параметров графика (зависит от эксперимента)
3. Развертывание/сворачивание экрана вида графика
4. Условные обозначения на графике
О п ц и и н а п а н е л и и н с тр у м е н т о в гр а ф и к а вклю чаю т:
Увеличение и уменьшение масштаба
Печать или копирование изображения
графика
Сохранение графика в виде файла
изображения
Конф игурация свойств графика
Отображение/сокры тие условных
обозначений графика
Конф игурация настроек графика
21
--- стр. 333 ---
И
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Я5.4Р Анализ вкладки "Результаты" I -------1
Ф View V <й Q,
1 2 Э 4 5 6 7 8 9 10 1 1
А IE I
□ 1|2
В* §
IE 7
&
!E 8
В
ш
В
В 1
1 £ 1
□ ш
а ‘ i i
W
Qi
!E 8
В
1 С 9
В
С IE I
ш
ш IE 7
ш
ice
В
1|9
В
, D Ш ш
□
Ш
Е З* JE TIE 3
В
1 Е 9
В
Е IE I
Q Q* В'
ice
В
IE 9
В'
F IE I
□ шВ'
ш
§
ie; IC i
В
1 Е 9
В
G ш
U 1
□
ш 1 Е Э□t IE 7
b‘
ica
В
1 Е 9
В
К 1----1 » £ 11 * Р 11 ( bJ
ш □1 i ш i
1 E 7
Q*
IE 8
В
1|9
В
= 1 3
Wells. Ш О S 80 □ 8
12
ШО
W
1||в
ШО
it
1Ш
Q i
lyo
Q l
ШО
d«
’в“|"
ШО
8 Empty
Рисунок 2. Схема планшета
1. Развертывание/сворачивание экрана «Схема планшета» (на этом рисунке схема развернута!
4. Ьид: Выбор отображаемых свойств лунки
3. Панель инструментов схемы планшета
Опции на панели инструментов «Схема планшета» включают:
Увеличение и уменьшение масштаба
Подбор планшета по ширине окна
к и
® View V
ГCroup by V
Отображение «Схемы планшета»
Отображение таблицы «Лунки»
© 0 Ш!
9 Well Sample на» Flag Target На.. Task Dyes CT
1 А1 NTC О KAZ NTC FAM-NF., Undeter..
2 А2 0
3 АЗ 1EI г KAZ STAND FAM-NF 38 028
- лл п VIT7 rxtbio гак iiir ЛСС
Рисунок 3. Таблица «Лунки»
1. Развертывание/свотччивание экрана таблицы «Лунки» (на этом рисунке таблица развернута]
2. Вид: Выбор отображжмых свойств лунки
3. Группировать по: Выбор параметра, по которому группируются строки лунок
4. Панель инструментов таблицы «Лунки»
Опции на панели инструментов таблицы «Лунки» включают:
Развертывание сгруппированных строк
Сворачивание сгруппированных строк Отображение «Схемы планшета»
Отображение таблицы «Лунки»
20
--- стр. 334 ---
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Анализ вкладки "Результаты"
К онф и1у р а ц и я свойств гр аф и ка
На вкладке «Результаты»:
1. Выберите ^«С войства графика».
2. Отредактируйте свойства на вкладке «Общее».
• Измените название, шрифт и цвет графика.
• Выберите, будет ли отображаться название графика.
3. Отредактируйте ось X и ось Y на соответствующих вкладках.
• Отредактируйте метку, шрифт или цвет оси.
• Выберите деление и метки делений для отображения.
• Выберите минимальный и максимальный диапазон или выберите «Автонастройка
диапазона».
4. Нажмите «Сохранить».
П росм отр р езу л ьтато в «Схема п лан ш ета» и ли в таб л и ц е «Л унки»
На вкладке «Результаты», настройте i::: «Схема планшета» или ^ «Таблица «Лунки»« для
просмотра различных аспектов данных. __
• Нажмите символ над::;: «Схема планшета» или = «Таблица «Лунки»«. •
РИЙШ КЯ PimqiBRe
«Схема планшета» - Просмотр планшета в виде отдельных лунок
«Таблица «Лунки»« - Просмотр лунок в формате таблицы [ц
< 5> Вид - Выбор атрибутов для отображения
Вид схемы планшета
Увеличение масштаба
Уменьшение масштаба
о «Подбор планшета» - Изменение масштаба для подбора лунок по ширине
экпана
Вид таблицы «Лунки»
Группировать по Выбор атриб)0'а, по которому группируются лунки
(!) Развертывание сгруппированных лунок
е Сворачивание сгруппированных лунок
[1] Более подробная информация о лунке доступна в виде таблицы «Лунки».
• Для вида = таблицы «Лунки»:
- Выберите заголовок колонки для сортировки.
- Выберите несколько заголовков колонок, зажав клавишу «Ctrl», чтобы
отсортировать несколько колонок.
- Перетащите заголовок колонки, чтобы переместить колонку в другое положение.
21
--- стр. 339 ---
А нализ д ан н ы х д л я вы бросов
значения С, (С. или С„], которые значительно
ются от среднего значения для соответствующих лунок-реплик. Выбросы могут
отрицательно влиять на точность Cq [Ct или Сп]. ^ ^
На вкладке «Результаты»:
1. В выпадающем списке выберите «График амплификации».
2. Нажмите <£>, чтобы сконфигурировать график:
• Тип графика: Ct в зависимости от лунки
• Тип кривой зависимости: Л и н ей н ая
• Цвет графика: Л унка
Значения Ct отображаются для выбранных лунок наП|| «Схеме планшета».
3. Нажмите чтобы просмотреть таблицу «Лунки» для выбросов.
a. Выберите «Группировать по0 Реплики».
b. Определите выбросы в каждой группе реплик. Выпадающие лунки обычно имеют
один или несколько флагов КК.
О ценка р езу л ьтато в в таб л и ц е «Л унки»
^ а л и з т аблицы «Лунки»
= Таблица «Лунки» отображает данные для каждой лунки на реакционном планшете
Отображаемые данные зависят от конкретного типа эксперимента и могут включать:
• Название образца, название цели, задачу и краситель
• Значения, специфичные для конкретного этапа метода
Например: С, или С„, нормализованная флуоресценция (Rn] или температура плавления
[TmJ
• Значения, характерные для конкретного типа эксперимента
Например: сигналы генотипов, сигналы присутствия / отсзтствия или количества
• Опущенные лунки
• Флаги КК
• Комментарии
V b Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Оценка результ ат ов в т аблице "Лунки"
30 Руководство по работе с программным
--- стр. 340 ---
Г рупп ировка и ли со р ти р о вка таб л и ц ы «Л унки»
Некоторые из возможных вариантов группировки или сортировки = таблицы «Лунки» описаны в
следующей таблице. Доступные категории группировки зависят от конкретного типа
эксперимента и настроек анализа.
Примечание: Вы можете выбрать несколько колонок при сортировке, но для группировки строк
можно выбрать только один параметр.
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Оценка результ атов в таблице «Лунки»
группы аримечанш
Реплика [ 1.2.3] Группировка по репликам.
Изучите значения Ct или количества для каждой
повторяющейся группы, чтобы оценить точность
значений Ct.
Флаг Группировка лунок с флагами и без
флагов
Флаг указывает, что программное обеспечение
обнаружило потенциальную ошибку в лунке с флагом.
Для получения дополнительной информации о
флагах КК, см. Р уководст во по р а б о т е с п р о гр а м м н ы м
обеспечением TD д ля Q uantStudio 5 D x (Номер издания
100049554).
С [1.2,4]
t Группировка по значению Ct
Значение Ct< 8 - В реакции может быть слишком
много матрицы.
Значение Ct > 35 - В реакции может быть малое
количество матрицы; для значений Ct > 35 ожидается
более высокое стандартное отклонение.
RQ [2] Группировка по значению RQ
Значение RQ < 1 - В тестовом образце относительно
меньше матриц, по сравнению с образцом
калибратора.
Значение RQ > 1 - В тестовом образце имеется больше
матриц по сравнению с образцом калибратора.
Сигнал [4,5]
Группировка по сигналу
генотипирования или сигналу
поисутствия/отсутствия.
—
Гт1 [3] Группировка по значению Тт
Tml относится к доминирующему пику.
Эта категория группировки применима только для:
Экспериментов с кривой плавления
Любого эксперимента с этапом сбора данных о
кривой плавления (например, абсолютная
стандартная кривая)
[1] Для экспериментов со стандартной кривой
[2] Для относительной стандартной кривой и сравнительных экспериментов Ct (ДДСО
[3] Для экспериментов с кривой плавления
[4] Для экспериментов по генотипированию
[5] Для экспериментов с присутствием/отсутствием
31
--- стр. 341 ---
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Анализ профиля сигнала контрастного вещества с использованием графика нескольких компонентов
А нализ п р о ф и л я си гн ала к р аси тел я с исп ользован ием гр аф и ка н ескольки х ком понентов
Анализ граф ика нескольких компонент ов
Обзор и оценка графика нескольких компонентов
Многокомпонентный график отображает полный спектральный вклад каждого красителя в
течение всего времени выполнения ПЦР. ^
Используйте график нескольких компонентов для:
Подтверждения, что сигнал от пассивного эталонного красителя остается неизменным на
протяжении всего эксперимента.
• Просмотра сигнала репортерного красителя для всплесков, спадов и/или резких
изменении. ^
• Подтверждения, что в лунках отрицательного контроля не происходит амплификации.
На вкладке «Результаты»:
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «График нескольких компонентов».
2. Нажмите <S>, чтобы сконфигурировать график:
• Ц вет граф и ка: К раситель
График нескольких компонентов отображается для выбранных лунок на lii! «Схеме планшета».
3. На«Схеме планшета» выберите лунки по одной, а затем просмотрите график нескольких
компонентов для следующего:
Харакгеристика графика ЭШсание ■
Пассивный эталонный
краситель Сигнал флуоресценции пассивного эталонного красителя должен оставаться
относительно постоянным в течение всего процесса ПЦР.
Репортерный краситель Сигнал флуоресценции репортерного красителя должен отображать плоскую
область, соответствующую базовому уровню, а затем резкий рост
флуоресценции по мере усиления.
Неравномерность сигнала Всплески, спады и/или резкие изменения сигнала флуоресценции могут
влиять на данные.
Лунки отрицательного
контроля Лунки отрицательного контроля не должны демонстрировать значительного
увеличения сигнала флуоресценции,
Рисунок 6. пример графика нескольких компонентов (отдельная лунка)
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
профиля сигнала с использованием графика исходных данных
32
--- стр. 342 ---
Анализ профиля сигнала с использованием графика исходных данных
Анализ граф ика исходных данных
На графике исходных данных отображается необработанный сигнал флуоресценции [не
нормализованный) для каждого оптического фильтра в течение каждого цикла ПЦР в режиме
реального времени.
Просматривайте график исходных данных, чтобы подтвердить стабильное увеличение сигнала
[без резких изменений или спадов) из соответствующего фильтра.
Обзор и оценка граф ика исходных данных
На вкладке «Результаты»:
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «График исходных данных».
График исходных данных отображается для выбранных лунок на:::: «Схеме планшета».
2. Нажмите <S>, чтобы отобразить шкалу «Показать цикл».
3. Перетащите указатель «Показать цикл» из цикла 1 в цикл 40, и убедитесь, что каждый
фильтр отображает увеличение характерного сигнала.
я»*э«аРК(
% . , . . А
iM£X9 I
:ж хо \
SJCCX0 I
ХСХ9
► 1
а* ве в: во вс вг во ан а> в» ас во ас ас во вн
Рисунок 7. Пример графика исходных данных
Анализ флагов в Резюме КК
Резюме КК отображает список флагов КК, включая частоту и местоположение флага.
На вкладке «Результаты»:
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «Резюме КК».
2. Просмотрите таблицу «Подробные данные флагов» и резюме.
Колонка «Лунки» таблицы «Подробные данные флагов» идентифицирует лунки,
вызвавшие назначение флага.
3. [Необязательно] В таблице «Подробные данные флагов», выберите каждый флаг, чтобы
отобразить краткое описание флага.
Для дополнительной информации о флагах см. Инструкцию по работе с ПО QuantStudio 5 Dx
(модуль QuantStudio 5 Dx Test Development mode).
33
--- стр. 343 ---
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Обзор флагов КК
О бзор ф л аго в КК
Флаг UHHaPHUe fii ...........
Флаги предварите?льной обработки — --------" ■ '
BADROX Плохой пассивный эталонный сигнал
OFFSCALE Флуоресценция не в масштабе
NOISE Шум превышает другие сигналы на планшете
NOSIGNAL
NOAMP
Сигнал из лунки не получен
Амплификация отсутствует - - -
PRFDROP Сигнал флуоресценции от пассивного эталонного значения значительно меняется в
пределах заданного диапазона вокруг расчетного Cq (Ст или Crt) для данной лунки.
PRFLOW для группы реплик данной лунки, средний пассивный эталонный сигнал находится ниже
процента от эталонного значения, определенного в параметрах анализа.
SPIKE Всплески шума ------------
Основные флаги в0 время анализа - " "
BLFAIL Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать исходную область дляКПИ ВПЙ ЯМ ППИгЬи1^Я11И И ^CQCONF Расчетная достоверность для значения Cq (Ст или Crt) меньше заданного минимальногочнячАима
CRTAMPLITUDEАмплитуда кривой амплификации значительно ниже, чем другие кривые, генерируемые
для соответствующей цели.
CRTNOISE Кривая амплификации ПЦР обнаруживает значительное количество необъяснимой
изменчивости по сравнению с другими кривыми, генерируемыми для соответствующей цели.
CTFAIL Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать Ct для кривой
амплификации.
DRNMIN Нормализованная флуоресценция (ARn) падает ниже заданного порога.
EXPFAIL Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать экспонентную область
для кривой амплификации.
THOLDFAIL Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать пороговое значение для
кривой амплификации.
Дополнительные флаги B O время анализа ' ‘
МТР Анализ кривой плавления показывает более одного пика.
AMPNC Амплификация в отрицательном контроле
HIGHSD Высокое стандартное отклонение в группе реплик
OUTLIERRG Выброс в группе реплик
PCFAIL Положительный контроль не попадает в обозначенный кластер (эксперимент по
генотипиоованию).
SMCLUSTER Количество точек данных в ассоциированном кластере меньше заданного предела.
J CJ —1 ----------------V <J и л (jy iu u y jio \ ^ и и п и ш
подробного описания и устранения неисправностей для каждого флага.
34
--- стр. 344 ---
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
Экспортирование данных и результ ат ов эксперимента W i
Э ксп орти рован и е д ан н ы х и р езу л ьтато в эксп ер и м ен та
В ари ан ты эк сп о р ти р о ван и я д ан н ы х и р езу л ьтато в эксп ери м ен та
Цель Действие
Сохранение графика в виде файла изображения Выберите
Печать графика Выберите
Копирование графика в буфер Выберите ®
Экспортирование данных и результатов Выберите «Экспорт»
Распечатать «Схему планшета»: Выберите «Файл Ш Печать»
Создать слайды Выберите «Файл Ш Отправить в PowerPoint»
Печать отчета Выберите «Файл 0 Печать отчета»
С охранение гр аф и к а в ви д е ф ай л а и зоб раж ен и я
На вкладке «Результаты»:
1. Нажмите над графиком.
2. Введите имя файла, выберите местоположение и формат, затем нажмите «Сохранить».
О тправка р езу л ьтато в эк сп ер и м ен та в P ow erP oint
1. Откройте файл EDS.
2. В строке меню выберите»Файл 2 1 Отправить в PowerPoint».
3. Выберите контент для создания слайдов, затем нажмите «Применить».
Примечание: Графики анализа недоступны для слайдов до тех пор, пока статус эксперимента не
будет завершен и данные эксперимента не будут проанализированы.
П ечать о тч ета по д ан н ы м и р езу л ьтатам эк сп ери м ен та
1. Откройте файл EDS.
2. В строке меню выберите меню «Файл Ш Печать отчета».
3. Выберите данные и результаты эксперимента, которые будут включены в отчет.
Доступные данные и результаты зависят от типа эксперимента.
4. [Необязательно] Нажмите «Предварительный просмотр».
5. Просмотрите отчет, затем сохраните, распечатайте или закройте предварительный
просмотр.
6. Нажмите «Печать отчета».
7. Выберите параметры принтера и печати, затем нажмите «ОК».
35
--- стр. 345 ---
2.
3.
Экспортирование данны х и результатов эксперимента
На вкладке «Экспорт»:
1. [Необязательно] Отредактируйте имя файла для экспортируемого файла
«Название эксперимента» на вкладке «Свойства» определяет имя файла по умолчанию
экспортируемого файла. ^
Выберите тип и формат файла.
Нажмите «Обзор» перейдите к нему, затем выберите папку для экспортированного файла.
4. [Необязательно] Выберите «Открыть экспортированные файлы после завершения».
5. [Необязательно] Выберите «Автоматический экспорт», чтобы автоматически
экспортировать данные и результаты эксперимента после завершения.
Вы можете выбрать «Автоматический экспорт» только во время настройки или перед
началом эксперимента. ^
Выберите контент для экспорта.
[Необязательно] Настройте экспортированные результаты.
Выберите, следует ли экспортировать контент как один файл или как отдельные файлы
Нажмите «Экспортировать».
6.
7.
8.
9.
Настройка экспорт ированных результатов
На вкладке «Экспорт»:
1. Выберите «Настроить».
«Выбрать контент» выберите элементы для включения в экспортированный
Нажмите «Закрыть», чтобы вернуться на вкладку «Экспорт».
Нажмите «Экспортировать».
2.
3.
4.
36
--- стр. 346 ---
Глава 4 Анализ результатов эксперимента
И сп о льзо ва н и е ф ун к ц и й защ ит ы , а уд и т а и элек т р о н н о й подписи (ЗАЭП ) в н а ст о льн о м ПО
И сп ользован и е ф ун кц и й защ и ты , ауд и та и эл ектр о н н о й подпи си (ЗАЭП) в н астольн ом ПО
Настройте параметры ЗАЭП на консоли администратора ЗАЭП. Для детальных инструкций см.
Инструкцию по работе с ПО QuantStudio 5 Dx (модуль QuantStudio 5 Dx Test Development mode].
Примечание: Для доступа к консоли администратора ЗАЭП требуется, чтобы пользовательской
учетной записи ЗАЭП была присвоена роль администратора ЗАЭП.
П росм отр резю м е ау д и та н а настольн ом ПО
1. Выберите вкладку «Аудит» открытого файла EDT или EDS.
• Панель резюме содержит список всех записей аудита, созданных при каждом сохранении
файла EDT или EDS.
• На панели подробных данных отображаются все события в выбранной записи аудита.
2. [Необязательно] Отфильтруйте отображаемые записи.
a. Выберите «Отфильтровать по».
b. Выберите диапазон дат, тип записи, действие или введите имя пользователя, имя
записи или причину.
c. Если необходимо, нажмите «Обновить».
Если опция фильтра скрыта, выберите В Действие Ш Показать фильтр.
3. Выберите запись аудита на панели «Резюме», чтобы просмотреть подробные данные
записи.
П росм отр о тч ета по ауд и ту EDT и л и EDS н а настольн ом ПО
1. Выберите вкладку «Аудит» открытого файла EDT или EDS.
2. Выберите В Д ей стви е Ш Просмотреть отчет.
Э ксп орти рован и е резю м е ау д и та и ли подробн ы х д ан н ы х в н астольн ое ПО
1. Выберите вкладку «Аудит» открытого файла EDT или EDS.
2. Выберите В Д ей стви е Е Э ксп ортировать резю м е или В Д ей стви е Ш Э ксп ортировать
п од робн ы е дан ны е.
3. Сохраните резюме аудита или подробные данные записи как файл CSV или TXT.
Экспортированные файлы содержат информацию, отображаемую на панели «Резюме» или
«Подробные данные» вкладки «Результаты».
П росм отр эл ек тр о н н ы х п од п и сей н а настольн ом ПО
1. Выберите вкладку «Электронная подпись» открытого файла EDT или EDS. Все электронные
подписи отображаются для открытого файла.
2. [Необязательно] Выберите электронную подпись, чтобы просмотреть отчет электронной
подписи на нижней панели.
37
--- стр. 347 ---
i P Поиск и
неисправностей
Поиск и устранение неисправностей прибора
устранение
Проблема Вероятная причина корректирующее
деШовие
Соединение между прибором и
компьютером не распознается
Соединение не установлено
полностью. Выключите прибор, затем снова включите
его.
При использовании сетевой
конфигурации, прибор и
компьютер не находятся в
одной маске подсети.
Обратитесь в отдел техподдержки, чтобы
убедиться, что прибор и компьютер
находятся в одной маске подсети.
При использовании сетевой
конфигурации, прибор или
компьютер имеет неверный IP-
адрес.
Обратитесь в отдел техподдержки, чтобы
убедиться, что IP-адреса действительны.
Сообщение о недостаточном
пространстве на диске
В приборе недостаточно места
на диске для сохранения файла
EDS для эксперимента.
1. На домашней странице прибора
нажмите® Настройки 0 История
эксперимента 0 Настроить,
2. Удалите (только администратор) или
перенесите файлы EDS с прибора.
Сенсорный экран погас
Прибор находится в спящем
режиме. Прикоснитесь к любому месту на сенсорном
экране прибора.
Прибор не включен.
Если вы касаетесь сенсорного экрана
прибора и он остается черным, проверьте,
включен ли прибор. Выключатель питания
расположен на задней панели прибора.
Если прибор не включается, убедитесь, что
прибор правильно подключен.
Если прибор не включается, и прибор
правильно подключен, обратитесь в службу
поддержки.
38
--- стр. 364 ---
Сопоставимые варианты ПЦР ......................................................................................................................................................... 68
Эксперименты на сравнение Ct........................................................................................................................................................69
Обзор ................. 69
Типы реакц и й ............................................................................................................................................................................................69
Сопоставимые варианты ПЦР ........................................................................................................................................................69
Относительное количественное определение: относительная стандартная кривая и сравнение Ct70
Настройка условий эксперимента с относительной стандартной кривой в ПО ..............................................71
Настройка условий эксперимента на сравнение Ct в ПО................................................................................................72
Настройка и проведение реакций ПЦР.......................................................................................................................................73
Просмотр результатов ........................................................................................................................................................................73
Рабочий цикл: Анализ экспериментов с относительной стандартной кривой и сравнение Ct ..............73
Обзор и оценка графика стандартной кривой.......................................................................................................................74
Анализ графика экспрессии генов.................................................................................................................................................76
Анализ графика К К ..................................................................................................................................................................................77
ГЛАВА 9 Настройка, проведение и анализ экспериментов на генотипирование ........79
Эксперименты на генотипирование.............................................................................................................................................79
Обзор.................................................................................................................................................................................................................79
Типы реакц и й............................................................................................................................................................................................80
Сопоставимые варианты ПЦР .........................................................................................................................................................80
Настройка условий эксперимента на генотипирование в ПО......................................................................................81
Настройка и проведение реакций ПЦР.......................................................................................................................................82
Просмотр результатов ........................................................................................................................................................................82
Рабочий цикл: Анализ экспериментов по генотипированию ....................................................................................82
Анализ графика дискриминации аллелей................................................................................................................................83
Смена отображения графика дискриминации аллелей..................................................................................................83
Обзор и оценка графика дискриминации аллелей.............................................................................................................84
Ручное генерирование сигналов....................................................................................................................................................85
ГЛАВА 10 Настройка, проведение и анализ
экспериментов на присутствие/отсутствие........................................................................................................................... 86
Эксперименты на присутствие/отсзпгствие............................................................................................................................ 86
Обзор................................................................................................................................................................................................................ 86
Типы реакц и й ............................................................................................................................................................................................87
Сопоставимые варианты ПЦР ........................................................................................................................................................87
Настройка условий эксперимента на присутствие/отсутствие в ПО...................................................................... 88
Настройка и проведение реакций ПЦР.......................................................................................................................................89
Просмотр результатов ........................................................................................................................................................................89
Рабочий цикл: Анализ экспериментов на присутствие/отсзггствие........................................................................89
Анализ графика присутствия/отсутствия................................................................................................................................90
Обзор и оценка графика присутствия/отсутствия.............................................................................................................90
ГЛАВА 11 Настройка, проведение и анализ экспериментов с кривой плавления .........92
Эксперименты с кривой плавления............................................................................................................................................. 92
Обзор................................................................................................................................................................................................................92
Типы реакц и й............................................................................................................................................................................................92
Настройка условий эксперимента с кривой плавления в ПО.......................................................................................93
Настройка реакций кривой плавления.......................................................................................................................................94
Просмотр результатов ........................................................................................................................................................................94
Рабочий цикл: Анализ экспериментов с кривой плавления.........................................................................................94
Анализ графика кривой плавления............................................................................................................................................. 94
Обзор и оценка графика кривой плавления............................................................................................................................95
ПРИЛОЖЕНИЕ А Поиск и устранение неисправностей ......................................................................96
Поиск и устранение неисправностей прибора......................................................................................................................96
--- стр. 365 ---
Содержа
Поиск и устранение неисправностей программного обеспечения......................................... .............. 97
ПРИЛОЖ ЕНИЕ В Установка и управление настольным П О ......................................... ..............................98
Требования к настольному ПО............................................................................ ..................................................gg
Совместимые форматы USB............................................................................ "*gg
Антивирусное программное обеспечение .............................................................. gg
Внешнее программное обеспечение................................................................... gg
Установка программного обеспечения IVD QuantStudio 5 D x................................ ....99
Активация функций ЗАЭП на настольном ПО..................................................................................................................... 99
Настройка глобальных приоритетов настольного ПО ........................................................ i on
ПРИЛОЖ ЕНИЕ С Обзор прибора 101
Конфигурация, калибровка, обслуживание или сетевое подключение прибора ......................... 101
Части прибора....................................................................... .............................. .......................................
Части домашней страницы .............................................................................................. ^ q2
Общие процедуры по использованию прибора ................................................................
Меры предосторожности во время работы ..................................................................................... .....................; 1^q3
Включение прибора................................................................................................... .....................
Выключение прибора ............................................................................................... .......................
Установка и извлечение планшета ...................................................................................... .......................^ q4
Перенос, просмотр и управление файлами и результатами, полученными с использованием
прибора..................................................................................................................................................................................................... ...
Перенос файлов EDS с домашней страницы ......................................................................................
Просмотр истории эксперимента, удаление или перенос файлов из прибора ............................................106
ПРИЛОЖ ЕНИЕ D Альтернативны е процедуры настройки ш аблона ..................................... 107
Настройка пользовательского эксперимента............................................................................... 408
Обзор пользовательских экспериментов................................................................................................ 408
Настройка условий пользовательского эксперимента в ПО ........................................................ 409
Создание нового файла EDT с использованием библиотек и файлов.............................................. 410
Импорт информации о планшете из файла .......................................................................................... 444
Определение образцов с использованием файла определения образцов........................................... 141
Импорт настроек планшета из файла настроек планшета..................................................................... 444
Копирование и вставка настроек планшета из файла XLS..... ..............................................................................." 442
Создание нового файла EDT из существующих файлов EDT и EDS....................................................................... 443
Создание нового файла EDT из существующего открытого файла EDT ............................................................И З
Создание нового файла EDT из существующего закрытого файла EDT............................................................. 413
Создание нового файла EDT из существующего открытого файла EDS............................................................. 114
ПРИЛОЖ ЕНИЕ Е Подробны е процедуры создания или редактирования метода .........................115
Элементы метода......................................................................................................... 44 g
Настройка параметров метода...................................................................................................................... 44 g
Добавление или удаление этапа.................................................................................................................................... 447
Добавление или удаление ш ага.................................................................................................................................... 447
Настройка расширенных температурных зон (автоматическая дельта- ф ункция и зоны VeriFlex™
.....................................................................................................................................................................................................................118
Выбор оптического фильтра........................................................................................................................... 44 g
Редактирование шага увеличения для этапа диссоциации кривой плавления............................................119
ПРИЛОЖ ЕНИЕ F Подробны е процедуры настройки
данных и библиотек планш етов/лунок................................................................................................................................42о
Определение атрибутов планшета........................................................................................................................................... 121
Выбор лунок на планшете..................................................................................................................................... 42 i
Назначение атрибутов лунок (подвкладка "Быстрые настройки").....................................................................122
Определение и назначение атрибутов лунок (подвкладка "Расширенные настройки")........................122
Назначение задания лункам....................................................................................................................................................... ...
--- стр. 366 ---
Обнаружение заданий для целей и анализов SNP ..................................................
Определение и настройка стандартных разведений ...........................................
Назначение стандартных разведений вручную ......................................................
Определение и назначение групп биологических реплик ...............................
Обзор библиотек..........................................................................................................................
Применение фильтра для поиска библиотеки.........................................................
Управление библиотекой красителей...........................................................................
Определение образцов.............................................................................................................
Определение образцов в таблице "Образцы"............................................................
Определение и сохранение образцов в библиотеке образцов ........................
Определение целей....................................................................................................................
Определение образцов в таблице "Мишени".............................................................
Определение и сохранение целей в библиотеке целей ......................................
Определение анализов SNP...................................................................................................
Определение анализов SNP в таблице "Анализы SNP" ........................................
Определение и сохранение анализов SNP в библиотеке анализов SNP ....
ПРИЛОЖ ЕНИЕ G Конф игурация настроек анализа и обзор ф лагов.
Конфигурация настроек анализа ......................................................................................
Инструкции по настройке условий анализа...............................................................
Обзор и конфигурация настроек условий анализа ................................................
Загрузка настроек из библиотеки настроек условий анализа.......................
Сохранение настроек в библиотеку настроек условий анализа....................
Вкладка "Настройки Ct".......................................................................................................
Обзор настроек Ct........................................................................................................................
Конфигурация настроек Ct....................................................................................................
В кладка настроек ф лага.....................................................................................................
Обзор настроек флага...............................................................................................................
Конфигурация настроек флага...........................................................................................
В кладка расш иренны х настроек..................................................................................
Обзор расширенных настроек ............................................................................................
Конфигурация расширенных настроек............................................................................
В кладка настроек стандартной кри в ой.....................................................................
Обзор настроек стандартной кривой ................................................................................
Выбор альтернативной стандартной кривой..............................................................
Вкладка настроек относительного количественного определения ....
Обзор настроек относительного количественного определения...................
Конфигурация настроек относительного количественного определения
В кладка настроек сигнала...................................................................................................
Обзор настроек сигнала (генотипирование)................................................................
Конфигурация настроек сигнала (генотипирование) ............................................
Обзор настроек сигнала (присзггствие/отсутствие) ................................................
Конфигурация настроек сигнала (присутствие/отсутствие) ............................
В кладка настроек кривой плавления..........................................................................
Обзор настроек кривой плавления.....................................................................................
Конфигурация настроек кривой плавления.................................................................
Ф лаги.....................................................................................................................................................
Обзор флагов К К ..............................................................................................................................
Ф лагАМ РЫ С......................................................................................................................................
Флаг BADROX ...................................................................................................................................
Флаг BLFAIL......................................................................................................................................
Флаг CQCONF...................................................................................................................................
........123
........124
........124
........125
........126
........126
........127
........128
........128
........129
........130
........130
......131
..........132
..........132
..........133
............1 3 4
..........134
..........134
..........135
..........135
..........135
..........136
..........136
..........137
............1 3 8
..........138
..........138
„ Л 3 9
.... 139
..........139
...........1 4 0
..........140
.......... 140
............1 4 1
..........141
..........142
............1 4 3
..........143
..........144
..........145
........ 145
............1 4 6
.... 146
..........146
..........147
..........147
..........148
..........149
..........150
..........150
--- стр. 367 ---
Содержа
Флаг CRTAMPLITUDE.................................................
Ф лaгCRTNOISE................................................. ............................................................................................................................
Флаг CTFAIL ..........................................................................................................................................................................................]1]
Ф лaгD R N M IN............................................... ................................................................... ..............................................................
Флаг EXPFAIL .......................................................................................................................................................................................
Флаг М Т Р .........................................................! Z Z " IZ ..................................................................................................................!г^
Флаг NO AM P...........................................’. Ш ...................................................................................................................................
Флаг NO ISE .................................................Z Z I " ............................................................................................................................7 rr
Флаг NOSIGNAL .................................................I ...............................................................................................................................7^^
Флаг OFFSCALE...................................................................................................................................................................................
Флаг OUTLIERRG .................................................I ...........................................................................................................................
Флаг PCFAIL............................................................... 7^^
Флаг PRFDROP ....................................................... 7^^
Флаг PRFLOW..........................................................." I .......................................................................................................................7^^
Флаг SMCLUSTER ...............................................................................................................................................................................
Флаг SPIKE............................................................ ...........................................................................................................
Флаг THOLDFAIL.........................................................^ Z I I I Z ' I Z Z I I Z I Z Z Z Z I ..............................................162
ПРИЛОЖ ЕНИЕ H Конф игурация настроек защ иты , аудита
и электронной подписи (ЗАЭП).................................................................... ^^2
Описание и обзор ЗАЭП.................................................................................. ...................................................
Настройка параметров ЗАЭП на консоли администратора ЗАЭП ................................................. 164
Обзор профиля пользователя ЗАЭП и ролей ЗАЭП.........................................................Z I I I Z Z " ! ! .............. 164
Использование функции ЗАЭП на настольном ПО ................................................................Z Z Z Z Z I ..................164
Рабочий цикл: Управление параметрами ЗАЭП на консоли администратора ЗАЭП................. 165
Обзор функций администратора ......................................................................................... .........................
Пример использования ............................................................................... ..................
Начало работы с консоли администратора ЗАЭП........................................................................Z 'Z Z Z !..................166
Определение зарегистрированного пользователя................................................................... ......IZ Z Z Z '..........166
Смена пароля профиля пользователя ЗАЭП.......................................................................... .....................
Управление профилями пользователя...............................................................................
Создание профиля пользователя ЗАЭП ......................................................................................
Редактирование профиля пользователя.............................................................................. ;l^gy
Активация заблокированного профиля пользователя ......................................................... 1^у
Деактивация (блокировка) профиля пользователя.................................................................................. 16 у
Сброс пароля профиля пользователя......................................................................................
Создание или редактирование роли................................................................................................ ^^^0
Генерирование, просмотр и печать отчета пользователя или роли................................................................... 170
Настройка уведомлений ЗАЭП......................................................................................................... yj-y
Конфигурация сервера SMTP..................................................................................................................... ^У^
Управление функцией защиты системы....................................................................................................... 1У2
Использование вкладки "Система" ........................................................................................ ; 1^У2
Конфигурация настроек профиля и политики безопасности................................................................................ 1У2
Управление функцией аудита....................................................................................................... yj-^
Использование вкладки "Аудит"......................................................................................................... ^УЗ
Выбор режима аудита для ПО TD и ПО IV D ................................................................................................. yj-^
Конфигурация настроек основания для аудита........................................................................................................ 1У4
Генерирование отчетов по аудиту......................................................................................................... yj^
Отображение журналов аудита на вкладке "История аудита" ..............................................................................175
Просмотр журналов аудита на вкладке "История аудита"....................................................................................... 175
Архивирование, очистка и восстановление записей аудита..................................................................................... 176
--- стр. 368 ---
Экспорт записей аудита.....................................................................................................................................................................177
Управление функцией электронной подписи.....................................................................................................................177
Использование вкладки "Электронная подпись"..............................................................................................................177
Конфигурация значений электронной подписи...............................................................................................................177
Управление функцией экспорта-импорта ЗАЭП................................................................................................................179
Экспорт и импорт настроек пользователя, защиты системы, аудита и электронной подписи .........179
Экспорт настроек пользователя, защиты системы, аудита и электронной подписи .................................179
Импорт настроек пользователя, защиты системы, аудита и электронной подписи ..................................179
ПРИЛОЖ ЕНИЕ I Части и материалы .............................................................................................................. 180
Комплекты, расходные материалы, вспомогательное оборудование и реагенты ......................................180
Расходные материалы (формат 0,2 м л]...................................................................................................................................180
Вспомогательное оборудование.................................................................................................................................................181
Материалы общего назначения и расходные материалы............................................................................................181
Документация и поддержка клиентов.....................................................................................................................................182
Связанная документация..................................................................................................................................................................182
Поддержка клиентов и техническая поддержка................................................................................................................182
Ограниченная гарантия на изделие..........................................................................................................................................182
Глоссарий....................................................................................................................................................................................................183
Указатель....................................................................................................................................................................................................186
--- стр. 369 ---
Информация о продукте
Описание продукта
Особенности программного обеспечения TD для QuantStudio 5 Dx
Типы экспериментов
12
13
14
Описание продукта
Программное обеспечение QuantStudio 5 Dx software- это настольное программное обеспечение,
которое подразделяется на два независимых модуля для удобства пользователя; модуль
QuantStudio 5 Dx mode (или IVD] и модуль QuantStudio 5 Dx Test Development mode [или TD], После
установки ПО QuantStudio 5 Dx software на рабочем столе компьютера [или ноутбука] появляются
два независимых модуля [в виде иконок); QuantStudio 5 Dx mode и QuantStudio 5 Dx Test
Development mode, для удобства пользователя.
Примечание: В настоящем руководстве пользователя ПО обозначается следующими
сокращениями:
• Модуль QuantStudio 5 Dx Test Development ПО QuantStudio 5 Dx - ПО TD
• Модуль QuantStudio 5 Dx ПО QuantStudio 5 Dx - ПО IVD
Поддерживаемые рабочие циклы в ПО TD
Разработка шаблонов [файлы EDT) и проведение экспериментов [стр. 17).
Просмотрите результаты эксперимента [файлы EDS) из списка экспериментов прибора (стр. 39).
Проведение экспериментов с использованием разработанных закрытых шаблонов [стр 31).
Публикация, разработанных открытых шаблонов для использования в ПО IVD (стр. 57).
Для процедур, в которых используется ПО IVD, см. И н с т р у к ц и я п о р а б о т е с п р о г р а м м н ы м о б е с п е ч е н и е м
Q u a n tS tu d io 5 D x (м о д у л ь Q u a n tS tu d io 5 D x m o d e ).
Функции защиты, аудита и электронной подписи (ЗАЭП)
Функции ЗАЭП могут быть выборочно активированы в ПО TD.
Для публикации шаблона, необходимо активировать функции ЗАЭП п о с т о я н н о [стр. 19).
Для дополнительной информации о конфигурации настроек ЗАЭП, см. стр. 163.
Поддерживаемые типы экспериментов
Стандартная кривая • Присутствие/отсутствие
Относительная стандартная кривая • Кривая плавления
Сравнение Ct (AACt) • Индивидуальные опыты
Генотипирование
12
--- стр. 370 ---
Особенности программного обеспечения TD QuantStudio 5 Dx
Действия Открытая Закрытая
п1а#кВАпп11я[.Г1. Я...
Вкладка "Свойства”
Редактирование названия эксперимента; ввод / сканирование
штрих-кода планшета; ввод имени пользователя
V V
Выбор прибора / типа модуля, типа эксперимента, химического
вещества, режима эксперимента
V —
Ввод информации о реагенте (подробных данных] V V
Вкладка "Метод"
Редактирование температурного протокола, объема реакции^У
выбор оптического фильтра |
—
Вкладка "Планшет"
Подвкладка "Быстрая настройка"
Определение атрибутов планшета V —
Определение или присвоение образцов V V
Определение или присвоение целей или SNP-анализов V
Подвкладка "Расширенные настройки"
Определение образцов V V
Присвоение образцов V V
Определение целей или SNP-анализов V
Присвоение целей или SNP-анализов V V
Вкладка "Эксперимент"
Начало и контроль хода проведения эксперимента V V
Просмотр оставшегося времени и графиков [з] V V
Вкладка "Результаты”
Просмотр результатов эксперимента (анализ данных
эксперимента]
V V
Конфигурация настроек анализа V —
Вкладка"Экспорт"
Выбор параметров экспортирования данных и результатов
эксперимента (анализ данных эксперимента]
V V
Экспорт данных эксперимента [3], экспорт настроек шаблона V V
[1] Если вы вводите пароль для закры той ш аблона, все перечисленны е действия достзшны.
[21 Всегда сохраняйте резервную откры тую версию ш аблона, прежде чем сохранить ее как закры тую ш аблон.
[3] Эта функция такж е доступна на сенсорном экране прибора.
13
--- стр. 371 ---
Типы экспериментов
Цель Описание
Эксперименты со стандартной кривой
Определяет
абсолютную
величину мишени в
образцах.
1. Программное обеспечение измеряет Амплификация мишени в стандартной серии
разведений и в исследуемых образцах.
2. Программное обеспечение генерирует стандартную кривую, используя данные из
стандартной серии разведений.
3. Используя стандартную кривую, программное обеспечение интерполирует
абсолютное количество мишени в исследуемых образцах.
Эксперимент с относительной стандартной кривой
относительную
величину
образцах.
Эксперименты на сравнение Ct (IZiCt)
X . iipuipdMMHue ооеспечение измеряет Амплификация исследуемой мишени и
мишени эндогенного контроля в стандартной серии разведений, в контрольном
величину мишени в(калибраторном] образце и в исследуемых образцах.
Эндогенный контроль - это цель, которая одинаково выражена во всех образцах:
примерами эндогенного контроля являются р-актин, GAPDH и 18S рибосомная РНК
Программное обеспечение может алгоритмически включать несколько целей
эндогенного контроля в расчеты относительного количества.
Эталонный образец используется в качестве основы для результатов относительного
количественного определения [или
1 X образец]. Например, при исследовании эффектов лекарственного средства на
экспрессию генов, необработанный контроль является подходящим эталонные
образцом.
2. Программное обеспечение генерирует стандартные кривые для интересующей
мишени и эндогенного контроля с использованием данных из соответствующе?
стандартной серии разведений.
3. Используя стандартные кривые, программное обеспечение интерполирует
количество исследуемой мишени и эндогенный контроль в каждом образце. Затем
количество мишени в каждом образце нормализуется до количества эндогенногс
контроля образца.
Чтобы определить относительное количество мишени в исследуемых образцах
Определяет
относительную
величину мишени
образцах.
1. Программное обеспечение измеряет Амплификация исследуемой мишени
мишени эндогенного контроля в контрольном (калибраторном) образце и
висследуемых образцах.
Эндогенный контроль - это цель, которая одинаково выражена во всех образцах;
примерами эндогенного контроля являются р-актин, GAPDH и 18S рибосомная РНК
Программное обеспечение может алгоритмически включать несколько целей
эндогенного контроля в расчеты относительного количества.
Эталонный образец используется в качестве основы для результатов относительного
количественного определения [или
X образец). Например, при исследовании эффектов лекарственного средства на
экспрессию генов, необработанный контроль является подходящим эталоннык
образцом.
2. Измерения для исследуемой мишени нормированы на эндогенный контроль.
3. Для определения относительного количества мишени в исследуемых образцам
программное обеспечение сравнивает нормированный ACq [ACt или ACrt] для образца
нормированным ACq fACt или ACrt] для эталонного образца.__________________
14
--- стр. 375 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Рабочий цикл; Разработка шаблонов и проведение экспериментов
Используйте вкладки в верхней части экрана для навигации по рабочему циклу в программном
обеспечении.
Propertle# Method Plate Run Results Export
ВАЖНО! Если вы планируете заблокировать шаблон, см. рекомендации на стр. 31. Если вы
планируете опубликовать шаблон, см. требования на стр. 58.
ВАЖНО! Для публикации шаблона, необходимо активировать функции ЗАЭП постоянно
во время следующего рабочего процесса (см. «Активация функций ЗАЭП в настольном
программном обеспечении»].
Откройте программное обеспечение TD для QuantStudio 5 Dx.
▼
Создайте или откройте шаблон (стр. 20]
▼
Введите свойства шаблона (стр. 21]
▼
Подтвердите или редактируйте метод (стр. 23]
▼
Настройте данные планшета и лунки (стр. 120]
▼
Начало и контроль проведения эксперимента (стр. 28)
▼
Анализ результатов эксперимента (стр. 39]
▼
Экспортирование данных и результатов эксперимента (стр. 54]
18
--- стр. 376 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Активация функций ЗАЭП на настольном ПО
ВАЖНО! Для публикации шаблона, необходимо активировать функции ЗАЭП постоянно.
Визирование
данных
настольном ПО
Закройте все файлы EDT и EDS.
1. В строке меню выберите меню "Инструменты ШЗащитаШ
Настройки".
2. Введите "Имя пользователя" и "Пароль", затем нажмите "Войти в
систему".
Примечание: Войдите в систему из профиля пользователя ЗАЭП, которому
назначена роль администратора ЗАЭП.
3. Выберите «Активировать параметры ЗАЭП», затем нажмите
«Сохранить».
1. Сохраните любые изменения в открытом файле EDT или EDS.
2. В строке меню выберите меню "Инструменты ШЗащитаШ
Визирование данных".
3. Выберите "Значение" из выпадающего списка, чтобы указать,
одобряете ли Вы настройку планшета, шаблон или результаты.
4. Введите свое имя пользователя и пароль.
5. Нажмите «Визировать данные».
Запись электронной подписи доступна на вкладке "Электронная подпись".
Подписанные объекты будут иметь статус "Актуально". Если объект был
обновлен после визирования, запись электронной подписи будет иметь
статус"Недействительно".
19
--- стр. 377 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Настройка ш аблона
Создание или
открытие
шаблона
На (3 домашней странице:
• ^ Создать новую шаблон.
Цель Действие
Создание шаблона без
существующих настроек
Нажмите «Создать новый эксперимент».
Создание шаблона из
существующей
пользовательской шаблона
1. Выберите «Создать новый образец 0
эксперимента».
2. Перейдите и выберите нужный файл,
далее нажмите "Открыть".
a.
b.
Нажмите "Открыть".
Перейдите и выберите нужный файл, далее нажмите "Открыть".
Открытие закрытой шаблона
На сЗ домашней странице:
1. Нажмите «Открыть», перейдите и выберите шаблон, затем нажмите
«Открыть».
2. Выберите вариант открытия закрытой шаблона:
О п ц и я О п и с а н и е < 1 1
Ввод информации
О эксперименте
Открывает шаблон с ограниченными возможностями
редактирования [не требуется пароль]
• Вы не можете редактировать большинство
параметров шаблона (см. стр. 13].
• Вы не можете сохранить шаблон под новым именем.
- В общем, выберите эту опцию, чтобы использовать
закрытую шаблон для запуска прибора.
Редактирование Открывает шаблон с неограниченными параметрами
редактирования [требуется пароль]
• В целом, выберите этот параметр, чтобы изменить
параметры шаблона или настройки.
20
--- стр. 378 ---
Ввод свойств На вкладке "Свойства":
шаблона 1. (Необязательно) Измените имя эксперимента по умолчанию.
2. (Необязательно) Выберите поле «Штрих-код», затем введите или
сканируйте штрих-код планшета.
3. (Необязательно) Введите имя пользователя и комментарии.
4. В выпадающем списке выберите тип прибора, тип модуля, тип
эксперимента, химическое вещество (реагент) и режим эксперимента
(быстрый или стандартный).
Примечание: Тип эксперимента определяет доступные параметры для
настройки шаблона.
5. [Необязатеяьно] Нажмите «Управление подробными данными
химического вещества» (см. «Ввод информации о реагентах»).
6. [Необязательно) Выберите Сохранить или выберите
Сохранить Iz! Сохранить как.
Примечание: Для первоначального сохранения шаблона, имя
эксперимента определяет имя файла EDT по умолчанию. Однако после
первоначального сохранения шаблона, изменение имени эксперимента не
обновляет имя файла EDT.
Чтобы изменить имя файла EDT после первоначального сохранения,
выберите Сохранить Ш Сохранить как.
Ввод информации о реагенте
На вкладке "Свойства":
1. Выберите "Упорядочить подробные данные химического вещества"
2. Выберите И "Добавить".
3. Введите тип, название, номер части, номер партии и дату истечения
срока действия.
4. [Необязательно) Добавьте пользовательский атрибут для реагента.
a. Выберите "Г в заголовке таблицы, чтобы добавить колонку для
пользовательского атрибута.
b. Нажмите заголовок колонки "Пользовательский атрибут", затем
введите новый атрибут.
c. Выберите ячейку в колонке "Пользовательский атрибут", затем
введите соответствующую информацию.
d. [Необязательно) Нажмите X в заголовке, чтобы удалить
пользовательский атрибут из таблицы.
5. [Необязательно) Нажмите X , чтобы удалить реагент из таблицы.
6. Нажмите «Закрыть».
Глава 3 Разработка матриц и проведение И
экспериментов м
21
--- стр. 379 ---
Сканирование штрих-кода с использованием опционального сканера штрих-кода
Прибор совместим с дополнительным портативным сканером штрих-кода [Кат. № 4488442,
приобретается отдельно]. Сканер штрих-кода считывает код 128 [буквенно-цифровой), который
поддерживает 128-символьные штрих-коды ASCII.
Выберите поле «Штрих-код».
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Удерживайте сканер на расстоянии 20-30 см от этикетки планшета
или контейнера и намишенитесь в центр штрих-кода, затем нажмите спусковой крючок.
3.
не выдаст звуковой сигнал.
Медленно перемещайте сканирующий луч по штрих-коду, пока сканер
Когда сканер сканирует штрих-код, он автоматически:
Передает буквенно-цифровой эквивалент штрих-кода в поле штрих
кода.
• Передает другую информацию о реагентах [№ партии, № части, дату
истечения срока действия и т.д.)
Для получения дополнительной информации о ручном сканере штрих-кодов см. Документацию
пользователя, прилагаемую к сканеру штрих-кода.
22
--- стр. 382 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
Отмена выбора отдельной
лунки
Нажмите на выбранную стр®«у 1евяжавтФЭ 1а
"Ctrl"
25
--- стр. 383 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Сохранение
файла-шаблона
Сохранение разработанной шаблона в качестве открытой шаблона
Примечание: Вы не можете сохранить закрытую шаблон в виде открытой
шаблона.
• Чтобы сохранить шаблон с тем же названием файла EDT:
• На любой вкладке, выберите "Сохранить".
• В строке меню выберите меню "Файл йсохранить".
• Чтобы сохранить шаблон с новым названием файла EDT:
Примечание: Вы не можете сохранить закрытую шаблон под новым
именем.
• На любой вкладке, выберите "Сохранить 0 Сохранить как".
• В строке меню выберите меню "Файл ЙСохранить как".
Сохранение разработанной шаблона в качестве открытой шаблона
ВАЖНО! Всегда сохраняйте резервную открытую версию шаблона, прежде
чем сохранить ее как закрытую шаблон.
1. В строке меню выберите меню "Файл ШСохранить как закрытую
шаблон".
2. Введите и подтвердите пароль, нажав "ОК", чтобы продолжить
сохранение файла.
Примечание: Пароль необходим для открытия шаблона с
неограниченными параметрами редактирования. Без пароля закрытую
шаблон можно открыть, но с ограниченными возможностями
редактирования (см. стр. 13).
Примечание: Запишите пароль, потому что потерянные пароли не могут
быть восстановлены.
26
--- стр. 384 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Подготовка условий реакции
Надлежащая
лабораторная
практика
проведения ПЦР
иПЦРсОТ
Инструкции по
обращению с
образцами и
реагентами
См. Приложение I «Детали и материалы» для получения информации о
совместимых реагентах и необходимых материалах для реакций ПЦР.
Следуйте инструкциям производителя, чтобы подготовить условия реакции.
Следуйте другим рекомендациям, описанным в этом разделе.
При подготовке образцов для ПЦР или амплификации ПЦР в режиме
реального времени:
• Наденьте чистые перчатки и чистый лабораторный халат.
Не надевайте те же перчатки и лабораторные халаты, которые ранее
использовались при обработке работе с усиленными продуктами или в
подготовке образцов.
• Если Вы считаете, что перчатки загрязнены, замените их.
• Подготовьте отдельные области и специализированное оборудование и
принадлежности для:
Подготовки проб и условий реакции.
Амплификации и анализа продуктов.
• Не допускайте попадания усиленных продуктов в область реакции.
• Аккуратно открывайте и закрывайте все пробирки. Избегайте
разбрызгивания или распыления образцов.
• Реакции и компоненты должны храниться по возможности в плотно
закрытых пробирках.
• Используйте микродозатор с положительным смещением или
наконечники пипетки, предотвращающие разбрызгивание.
• Периодически очищайте испытательные стенды и оборудование 10%-
ным раствором отбеливателя или растворами DNAZap ™ (кат. № АМ 9890). •
• Используйте калиброванные микродозаторы и наконечники пипетки,
предотвращающие разбрызгивание.
• Подготовьте реакционные смеси в соответствии с рекомендациями
производителя мастер-миксов и аналитических смесей.
• Включите в расчеты избыточный объем, чтобы учесть потерю, которая
возникает во время переноса реагентов.
• Используйте ТЕ буфер или воду для разбавления образцов и стандартов.
• Соблюдайте осторожность при разбавлении образцов и стандартов.
Ошибки или неточности при разведении влияют на точность данных.
• Храните разбавления и аналитические смеси замороженными и
защищенными от света до использования. Чрезмерное воздействие света
может повлиять на флуоресцентные зонды или контрастные вещества.
• Перед использованием:
Смешайте мастер-смесь тщательно, закупорив флакон.
Повторно суспендируйте аналитическую смесь путем встряхивания,
затем быстро центрифугируйте пробирку.
Разморозьте замороженные образцы, поместив их на лед. Во время
размораживания повторно суспендируйте образцы путем встряхивания, затем
быстро центрифугируйте пробирки.
27
--- стр. 385 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Инструкции по
подготовке
условий реакции
на планшете или
в пробирке
• Следуйте инструкциям в разделе «Надлежащая лабораторная
практика проведения ПЦР и ПЦР в режиме реального времени» на стр. 26.
• Убедитесь, что расположение реакций ПЦР соответствует схеме
планшета, отображаемой в настольном программном обеспечении.
• Убедитесь, что жидкость в каждой лунке находится в нижней части
лунки и в ней нет пузырьков. В противном случае, центрифугируйте
планшет повторно.
• Убедитесь, что планшеты или пробирки надежно герметизированы.
• Храните реакционный планшет или пробирки при 4 “С в месте,
защищенном от света, до того, как поместить планшет в прибор.
• Нижняя часть планшета должна быть чистой. Ж идкости и другие
загрязняющие вещества на нижней части пластины могут загрязнить
блок образца и вызвать аномально высокий фоновый сигнал.
• При необходимости используйте несмываемый маркер или ручку,
чтобы отметить пробирку и сторону планшета. Не используйте
флуоресцентные маркеры.
28
--- стр. 386 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Начало и контроль проведения эксперимента
ВАЖНО! Перед установкой заполненного реакцией планшета в прибор, см. подробные процедуры
в разделе «Установка и извлечение планшета» на стр. 104.
1. Перейдите к прибору, подключенному к компьютеру, на котором
запущено настольное программное обеспечение.
2. Установите планшет в прибор.
ВАЖНО! К работе с прибором допускается подготовленный персонал, знающий о риске
движущихся частей.
3. Откройте шаблон [файл EDT] в настольном программном
обеспечении.
4. {^Необязате/ 1ьно] На вкладке «Экспорт» выберите «Автоматический
экспорт» для автоматического экспортирования результатов эксперимента после его окончания.
5. На вкладке «Метод» и вкладке «Планшет» просмотрите параметры
шаблона и настройки.
6. На вкладке «Эксперимент» выберите инструмент, который будет
использоваться, в выпадающем списке «НАЧАТЬ ЭКСПЕРИМЕНТ».
7. Подтвердите или отредактируйте имя по умолчанию для файла EDS,
затем нажмите «Сохранить».
Примечание: Файлы EDS содержат данные и результаты эксперимента. Система создает имя
файла EDS по умолчанию для файла EDS из параметра "Название эксперимента" на вкладке
«Свойства».
8.
9.
Во время работы прибора отслеживайте ход выполнения:
На вкладке «Эксперимент» настольного ПО.
На сенсорном экране прибора.
Извлеките планшет из прибора.
■^\ ВНИМАНИЕ! РИСК ПОЛУЧЕНИЯ ТРАВМЫ. Во время работы прибора температура планшета
может достигать 100 °С. Дайте ему остыть до комнатной
температуры перед обработкой.
Примечание: Если прибор не выталкивает планшет, обратитесь в Службу поддержки.
Примечание: Если соединение между прибором и настольным программным обеспечением
прерывается во время эксперимента, прибор все равно завершает эксперимент. Однако данные
эксперимента [файл EDS] должны быть перенесены с прибора на настольное программное
обеспечение с помощью USB-накопителя или сетевого диска.
29
--- стр. 387 ---
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
Просмотр
информации в
режиме реального
времени
настольном ПО
на
На вкладке «Эксперимент» настольного ПО, во время проведения
эксперимента:
• Просматривайте оставшееся время и статус эксперимента.
Просмотр
информации в
режиме реального
времени на
сенсорном экране
прибора
• Просматривайте данные и графики в режиме реального времени на
вкладке «График амплификации».
• Нажмите <S> «Просмотреть», чтобы выбрать данные,
отображаемые для каждой лунки.
Выберите лунки на схеме планшета, чтобы выделить
соответствующие кривые на графике.
• Выберите кривые на графике, чтобы выделить соответствующие
лунки на схеме планшета.
Примечание: Для экспериментов с кривой плавления можно отслеживать
только график кривой плавления.
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
• Просматривайте температуру модуля, оставшееся время и статус А
эксперимента. w
• Коснитесь У или проведите пальцем влево один раз, чтобы
просмотреть информацию о методе эксперимента в реальном времени.
• Коснитесь У или проведите пальцем влево дважды, чтобы
просмотреть данные и графики в реальном времени.
Просмотр данных и графиков в режиме реального времени на сенсорном
экране прибора
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
1. Коснитесь У или проведите пальцем влево дважды.
2. Нажмите «Просмотреть детали».
3. Нажмите «Образцы», «Мишени» или «Задачи», чтобы выбрать
графическое представление каждого параметра.
4. Нажмите «Закрыть», чтобы вернуться на домашнюю страницу.
Настройка отображения графиков в режиме реального времени на
сенсорном экране прибора
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
1. Коснитесь У или проведите пальцем влево дважды, чтобы
просмотреть данные и графики в реальном времени.
2. Выберите "Масштаб".
3. Коснитесь ^ или ^ для увеличения или уменьшения масштаба.
4. Коснитесь стрелок для панорамирования влево, вправо, вверх или
вниз на графике.
5. Нажмите «Закрыть», чтобы вернуться к представлению по
умолчанию.
30
--- стр. 388 ---
Просмотр
результатов
эксперимента на
настольном ПО
Глава 3 Разработка матриц и проведение
экспериментов
На вкладке «Запуск» настольного ПО, после проведения эксперимента:
Выберите вкладку «Результаты эксперимента», чтобы просмотреть сводные
данные эксперимента, в том числе:
• Название эксперимента
• Имя пользователя
• Зарегистрированные ошибки
• Серийный номер и название прибора
• Время начала, время прекращения и продолжительность
эксперимента
31
--- стр. 389 ---
Глава 4 Проведение экспериментов с
использ^&^нием закрытых матоиц
4 ЛфовёДёнйе экспёримёнтов
использованиём закрытых шаблонов
■ Инструкции по разработке закрытой шаблона .......................................31
■ Рабочий цикл: Проведение экспериментов с использованием закрытых
шаблонов 32
■ Сохранение разработанной шаблона в качестве открытой шаблона....32
■ Настройка эксперимента из закрытой шаблона...................................... 33
■ Подготовка условий реакции..................................................................... ..
■ Начало и контроль проведения эксперимента ........................................36
Инструкции по разработке закрытой шаблона
Инструкции
Активировать функции ЗАЭП в ПО TD постоянно.
ш
Разработать шаблон
Примечание: Настройте необходимые параметры шаблона и настройте параметрь
анализа [см. Таблицу 1].
Использовать реагенты, расходные материалы и вспомогательные материалы
подходящие для соответствующего рабочего цикла.
17
Й34
Сохраните резервную открытую версию разработанной шаблона, прежде чем 25
сохранить ее как закрытую шаблон.
Примечание: Закрытые версии шаблонов не могут быть опубликованы
установлены для использования в программном обеспечении IVD.
V
стр.
19
180
Таблица 1. Рекомендуемые действия перед закрытием шаблона
Вкладка 2^Йствие
Свойства Орределить свойства шаблона.
Метод 0[грегулировать объем реакции.
Подтвердить или редактировать метод эксперимента
Гтемпеоатуоаный поотоколТ
Планшет Ор^еделить атрибуты планшета.
Определить образцы и мишени или SNP-анализы.
Назначить задания и мишени или SNP-анализы лункам на
планшете.
Результаты Конфигурировать настройки анализа.
30
--- стр. 390 ---
--- стр. 391 ---
Глава 4 Проведение экспериментов с
использованием закрытых матриц
Рабочий цикл: Проведение экспериментов с использованием закрытых шаблонов
Используйте вкладки в верхней части экрана для навигации по рабочему циклу в программном
обеспечении.
Properties Method Plate Run Results Export
Откройте программное обеспечение TD для QuantStudio 5 Dx
▼
Настройка эксперимента из закрытой шаблона (стр. 33)
Открытие закрытой шаблона
▼
Введите или отредактируйте свойства шаблона
▼
Выберите метод эксперимента и укажите объем реакции
▼
Присвойте образцы лункам
Т
Начало и контроль проведения эксперимента
Т
Анализ результатов эксперимента (стр. 39)
Т
Экспортирование данных и результатов эксперимента (стр. 54)
Сохранение файла шаблона в качестве закрытой шаблона
ВАЖНО! Всегда сохраняйте резервную открытую версию шаблона, прежде чем сохранить ее как
закрытую шаблон.
В строке меню выберите меню "Файл ЕСохранить как закрытую
Введите и подтвердите пароль, нажав "ОК", чтобы продолжить
1.
шаблон".
2.
сохранение файла.
Примечание: Пароль необходим для открытия шаблона с неограниченными параметрами
редактирования. Без пароля закрытую шаблон можно открыть, но с ограниченными
возможностями редактирования [см. стр. 13).
Примечание: Запишите пароль, потому что потерянные пароли не могут быть восстановлены.
32
--- стр. 392 ---
Глава 4 Проведение экспериментов с
использованием закрытых
Настройка эксперимента из закрытой шаблона
1.
a.
b.
нажмите "Открыть".
c.
"ОК".
2.
а.
Най домашней странице;
Нажмите "Открыть".
Перейдите и выберите нужный закрытый файл EDT, далее
Выберите "Ввести информацию об эксперименте", далее нажмите
На вкладке "Свойства":
Введите новое название эксперимента.
Примечание: Система использует название эксперимента как имя файла EDS по умолчанию.
b. (Яеобязательно) Введите или сканируйте штрих-код (см. стр. 22),
введите свое имя пользователя и введите комментарии.
c. [Необязательно] Нажмите «Управление подробными данными
химического вещества» (см. «Ввод информации о реагентах»].
3.
a.
b.
4.
a.
b.
таблице "Лунки".
c.
"Образец".
d.
5.
На вкладке "Метод":
Выберите метод эксперимента (температурный протокол).
Укажите объем реакции.
На вкладке "Планшет":
Выберите "Быстрые настройки".
Выберите лунки на планшете на :::: "Схеме планшета" или в =
Назначьте образец выбранным лункам из выпадающего списка
(Необязательно) Введите комментарии для выбранных лунок.
Сохраните шаблон.
На любой вкладке, выберите "Сохранить".
В строке меню выберите меню "Файл 0сохранить".
33
--- стр. 394 ---
Инструкции по
подготовке
условий реакции
на планшете или
в пробирке
Глава 4 Проведение экспериментов с
использованием закрытых матриц
• Следуйте инструкциям в разделе «Надлежащая лабораторная
практика проведения ПЦР и ПЦР в режиме реального времени» на стр. 26.
• Убедитесь, что расположение реакций ПЦР соответствует схеме
планшета, отображаемой в настольном программном обеспечении.
• Убедитесь, что жидкость в каждой лунке находится в нижней части
лунки и в ней нет пузырьков. В противном слз^ае, центрифугируйте
планшет повторно.
• Убедитесь, что планшеты или пробирки надежно герметизированы.
• Храните реакционный планшет или пробирки при 4 °С в месте,
защищенном от света, до того, как поместить планшет в прибор.
• Нижняя часть планшета должна быть чистой. Жидкости и другие
загрязняющие вещества на нижней части пластины могут загрязнить
блок образца и вызвать аномально высокий фоновый сигнал.
• При необходимости используйте несмываемый маркер или ручку,
чтобы отметить пробирку и сторону планшета. Не используйте
флуоресцентные маркеры.
35
--- стр. 395 ---
Глава 4 Проведение экспериментов с
использованием закрытых матриц
Н ачало и к о н тр о л ь п р о вед ен и я эксп ери м ен та
ВАЖНО! Перед установкой заполненного реакцией планшета в прибор, см. подробные процедуры
в разделе «Установка и извлечение планшета» на стр. 104.
Перейдите к прибору, подключенному к компьютеру, на котором
запущено настольное программное обеспечение.
2- Установите планшет в прибор.
ВАЖНО! К работе с прибором допускается подготовленный персонал, знающий о риске
движущихся частей. ~ ~ '
3.
обеспечении.
Откройте шаблон [файл EDT] в настольном программном
{^Необязательно) На вкладке «Экспорт» выберите «Автоматический
экспорт» для автоматического экспортирования результатов эксперимента после его окончания.
На вкладке «Метод» и вкладке «Планшет» просмотрите параметры
шаблона и настройки.
На вкладке «Эксперимент» выберите инструмент, который будет
использоваться, в выпадающем списке «НАЧАТЬ ЭКСПЕРИМЕНТ».
Подтвердите или отредактируйте имя по умолчанию для файла EDS,
затем нажмите «Сохранить».
Примечание: Файлы EDS содержат данные и результаты эксперимента. Система создает имя
файла EDS по умолчанию для файла EDS из параметра "Название эксперимента" на вкладке
«Свойства».
8.
9.
Во время работы прибора отслеживайте ход выполнения:
На вкладке «Эксперимент» настольного ПО.
На сенсорном экране прибора.
Извлеките планшет из прибора.
—Л ВНИМАНИЕ! РИСК ПОЛУЧЕНИЯ ТРАВМЫ. Во время работы прибора температура планшета
может достигать 100 °С. Дайте ему остыть до комнатной
температуры перед обработкой.
Примечание: Если прибор не выталкивает планшет, обратитесь в Службу поддержки.
Примечание: Если соединение между прибором и настольным программным обеспечением
прерывается во время эксперимента, прибор все равно завершает эксперимент. Однако данные
эксперимента (файл EDS] должны быть перенесены с прибора на настольное программное
обеспечение с помощью USB-накопителя или сетевого диска.
36
--- стр. 396 ---
Просмотр
информации в
режиме реального
времени на
настольном ПО
Просмотр
информации в
режиме реального
времени на
сенсорном экране
прибора
Глава 4 Проведение экспериментов с
использованием закрытых матриц
На вкладке «Эксперимент» настольного ПО, во время проведения
эксперимента:
• Просматривайте оставшееся время и статус эксперимента.
• Просматривайте данные и графики в режиме реального времени на
вкладке «График амплификации».
• Нажмите <£> «Просмотреть», чтобы выбрать данные,
отображаемые для каждой лунки.
• Выберите лунки на схеме планшета, чтобы выделить
соответствующие кривые на графике.
• Выберите кривые на графике, чтобы выделить соответствующие
лунки на схеме планшета.
Примечание: Для экспериментов с кривой плавления можно отслеживать
только график кривой плавления.
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
• Просматривайте температуру модуля, оставшееся время и статус
эксперимента.
• Коснитесь У или проведите пальцем влево один раз, чтобы
просмотреть информацию о методе эксперимента в реальном времени.
• Коснитесь У или проведите пальцем влево дважды, чтобы
просмотреть данные и графики в реальном времени.
Просмотр данных и графиков в режиме реального времени на сенсорном
экране прибора
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
1. Коснитесь/ или проведите пальцем влево дважды.
2. Нажмите «Просмотреть детали».
3. Нажмите «Образцы», «Мишени» или «Задачи», чтобы выбрать
графическое представление каждого параметра.
4. Нажмите «Закрыть», чтобы вернуться на домашнюю страницу.
Настройка отображения графиков в режиме реального времени на
сенсорном экране прибора
На домашней странице прибора во время начала эксперимента:
1. Коснитесь У или проведите пальцем влево дважды, чтобы
просмотреть данные и графики в реальном времени.
2. Выберите "Масштаб".
3. Коснитесь ^ или ^ для увеличения или уменьшения масштаба.
4. Коснитесь стрелок для панорамирования влево, вправо, вверх или
вниз на графике.
5. Нажмите «Закрыть», чтобы вернуться к представлению по
умолчанию.
37
--- стр. 397 ---
Глава 4 Проведение экспериментов с
использованием закрытых матриц
Просмотр
р езу л ьтато в
эксп ер и м ен та на
настольном ПО
На вкладке «Запуск» настольного ПО, после проведения эксперимента:
Выберите вкладку «Результаты эксперимента», чтобы просмотреть сводные
данные эксперимента, в том числе:
• Н азван и е эксп ери м ен та
• И мя п о л ьзо вател я
• Зареги стр и р о ван н ы е ош ибки
• С ерийны й ном ер и н азван и е прибора
• В рем я н ач ала, врем я п р ек р ащ ен и я и продолж и тельн ость
эк сп ери м ен та
38
--- стр. 398 ---
5 Анализ результатов эксперимента
■ Описание цикла количественного определения (Cq]...............................39
■ Рабочий цикл: Общие процедуры анализа результатов эксперимента40
■ Анализ вкладки "Результаты".....................................................................41
■ Оценка результатов на графике амплификации .....................................45
■ Оценка результатов в таблице "Лунки".....................................................50
■ Анализ профиля сигнала контрастного вещества с использованием
графика нескольких компонентов..............................................................................................................52
■ Анализ профиля сигнала контрастного вещества с использованием
графика исходных данных 53
■ Анализ флагов в Резюме КК.........................................................................53
■ Экспорт данных и результатов настройки шаблона или проведения
эксперимента 54
■ Использование функций защиты, аудита и электронной подписи
(ЗАЭП)
в настольном ПО.............................................................................................................................................56
В настоящем разделе описаны общие процедуры для анализа результатов всех типов
экспериментов. Для информации о конкретном типе эксперимента, см. соответствующую главу в
настоящем руководстве.
Чтобы настроить параметры анализа или просмотреть флаги, см. стр. 134.
Описание цикла количественного определения [Cq)
Термин НавменораниеОписание
Cq Цикл
количественно
го определения
Cq - общая форма для метрик экспрессии генов. Значения Cq [как Ct, так и
Crt) используются в качестве первичных входных значений для
экспериментов по количественному определению: абсолютное
количественное определение [AQ) и относительное количественное
определение [RQ).
Ct и Crt - вычисления Cq для конкретного алгоритма.
Ct Пороговый
цикл
Номер цикла ПЦР, при котором флуоресценция соответствует порогу на
графике амплификации.
Ct - результат метрики экспрессии гена при использовании алгоритма
порогового уровня.
Crt Относительны
й пороговый
цикл
Номер цикла ПЦР для порога, рассчитанного по моделированному
профилю эффективности амплификации.
Crt - результат метрики экспрессии гена при использовании алгоритма
относительного порога.
39
--- стр. 399 ---
Глава 5 Анализ результатов
эксперимента
Рабочий цикл: Общие процедуры анализа результатов эксперимента
Когда эксперимент завершен, настольное программное обеспечение автоматически анализирует
данные эксперимента с использованием параметров анализа, указанных при разработке
шаблонов. Затем настольное программное обеспечение отображает результаты эксперимента на
вкладке «Результаты».
Просмотрите график амплификации, чтобы подтвердить или исправить настройки порога и
базовой линии (стр. 45)
Т
Оцените график эксперимента для эксперимента
[Например, просмотрите график аллельной дискриминации для экспериментов по
генотипированию)
[см. соответствующую главу в настоящем руководстве]
Т
Просмотрите данные выбросов и [необязательно) пропущенных лунок [стр 50)
▼
[Необязательно] Просмотрите график нескольких компонентов для анализа профиля сигнала
контрастного вещества (стр. 52)
▼
[Необязательно] Просмотрите график исходных данных для анализа профиля сигнала [стр. 53)
[Необязательно] Просмотрите флаги в Резюме КК [стр. 53)
▼
[Необязательно) Настройте параметры анализа [стр. 134)
ВАЖНО! Если Вы пропускаете лунки или настраиваете параметры анализа, нажмите «Анализ»,
чтобы повторно проанализировать данные.
40
--- стр. 400 ---
Анализ вкладки "Результаты"
Просмотрите и проанализируйте данные эксперимента на вкладке «Результаты». На вкладке
«Результаты» два дополнительных инструмента отображаются справа от панели рабочего цикла.
Глава 5 Анализ
результатов
Properties Method Plate Run Results Export
Нажмите «Анализировать» после удаления лунок или изменения
настроек анализа.
Нажмите чтобы получить доступ к параметрам анализа.
Примечание: Параметры анализа и доступные графики зависят от типа эксперимента.
Amplification Plot
AmpkficstKn Plot
и
I <
г Ш
3-Развертывание/сворачивание
экрана вида графика
4-Условные обозначения на графике
Рисунок 1. Вид графика
1- Панель инструментов графика
2- Список выбора параметров графика (зависит от
эксперимента)
Опции на панели инструментов графика включают:
1. Увеличение и уменьшение масштаба 4. Конфигурация свойств графика
2. Печать или копирование изображения 5. Отображение/сокрытие условных
графика обозначений графика
3. Сохранение графика в виде файла 6. Конфигурация настроек графика
изображения
41
--- стр. 401 ---
Глава 5 Анализ
результатов
г а -:
ш
<s> view V а liii
1 2 3 4 5 6 7 в 9 ]0 11 12
1Е1
щ . щ . M i IE7 1ЕВ 1Е9 ШВй □ Q ' □ 1 □* В □ □>
в
UI
□
1|2
В*
ip
q I
1ES
В
1Е9
В
ШО
с ш
IEI
□ i i
1£в
В
1|9
В
D
U1
□ ’Ч
а * §
щ 1£В
ЕЗ В '
1р0
□ f
Е
IEI
□
1(2
Q I §1
1Е8
В
U9
S ' 'Ж
F
IE1
□
IU
□>
1е;
В*
IE8
□
1Е9
□
liVQ
W
G ш
IE1
□ □»
ID JE7 <Е8
В
U9
□
1Ш
О*
Н
1-------Т IE1
J 1 171
1 1 “
Ц2 SE7
□ i
1ЕВ
В
ȣ9
В ' □<
Wells. Ш О □ 80 □ 8
Рисунок 2. Схема планшета
1. Развертывание/сворачивание экрана "Схема планшета" (на этом рисунке схема развернута)
2. Вид: Выбор отображаемых свойств лунки
3. Панель инструментов схемы планшета
Опции на панели инструментов "Схема планшета" включают:
• Увеличение и уменьшение масштаба . Отображение "Схемы планшета"
• Подбор планшета по ширине окна • Отображение таблицы "Лунки"
в Empty
г а -:
Ш Ш
1
View V Group by
1
V
Well Sample ма_ Flag Target Na..
Al NTC О KAZ
A2 о
АЗ IEI 1 KAZ
hA 1 Г'У VJT
©0 =-i[±\
ст
NTC FAM-NF... Undeter..
STAND FAM-NF 38 028
>1 ч г 'I'tn cic
Рисунок 3.Таблица"Лунки"
1. Развертывание/сворачивание экрана таблицы
"Лунки" (на этом рисунке таблица развернута]
2. Вид; Выбор отображаемых свойств лунки
Опции на панели инструментов таблицы "Лунки"
включают:
• Развертывание сгруппированных строк
• Сворачивание сгруппированных строк
3. Группировать по: Выбор параметра, по
которому группируются строки лунок
4. Панель инструментов таблицы "Лунки"
Отображение "Схемы планшета"
Отображение таблицы "Лунки"
42
--- стр. 402 ---
Конфигурация
свойств графика На вкладке "Рез^ьтаты":
1. Выберите 1^''Свойства графика".
2. Отредактируйте свойства на вкладке "Общее".
• Измените название, шрифт и цвет графика.
• Выберите, будет ли отображаться название графика.
Глава 5 Анализ
результатов
Просмотр
результатов "Схема
планшета" или в
таблице"Лунки"
3. Отредактируйте ось X и ось Y на соответствующих вкладках.
• Отредактируйте метку, шрифт или цвет оси.
• Выберите деление и метки делений для отображения.
• Выберите минимальный и максимальный диапазон
выберите «Автонастройка диапазона».
или
4. Нажмите «Сохранить».
На вкладке «Результаты», настройте «Схема планшета» или =
«Таблица "Лунки"" для просмотра различных аспектов данных.
• Нажмите символ над iii: "Схема планшета" или = «Таблица "Лунки"».
Символ Описание
1 • • •
"Схема планшета” - Просмотр планшета в виде
отдельных ЛУНОК
— «Таблица "Лунки"» - Просмотр лунок в формате
таблицы [1J
Вид - Выбор атрибутов для отображения
Вид схемы планшета
Увеличение масштаба
£1 Уменьшение масштаба
О "Подбор планшета" - Изменение масштаба для
подбора лунок по ширине экрана
Вид таблицы "Лунки"
Группировать по Выбор атрибута, по которому группируются лунки
© Развертывание сгруппированных лунок
© _____________Сворачивание сгруппированных лунок
[1] Более подробная информация о лунке доступна в виде таблицы
«Лунки».
• Для вида = таблицы "Лунки":
• Выберите заголовок колонки для сортировки.
• Выберите несколько заголовков колонок, зажав клавишу "Ctrl",
чтобы отсортировать несколько колонок.
• Перетащите заголовок колонки, чтобы переместить колонку в
другое положение.
43
--- стр. 405 ---
Глава 5 Анализ результатов
экспео|Щоевтзависимости
от цикла
Ct в зависимости
|от лунки
собой сигналRn представляет
флуоресценции от
контрастного вещества
нормализованного на сигнал!
флуоресценции от пассивного эталонного
значения.
Ct - номер цикла ПЦР, при котором
флуоресценция соответствует порогу на
графике амплификации.
Определите и изучите
репортерногоаномальную
амплификацию.
Просмотрите
исходные значения для
эксперимента.
Определение лунок
выпадающими
амплификациями
[выбросов)
46
--- стр. 406 ---
Оценка общей
формы кривых на
графике
амплификации
На вкладке "Результаты":
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «График амплификации».
2. Нажмите, чтобы сконфигурировать график:
• T^^SVpaфикa: ДКп в зависимости от цикла
• Тип кривой зависимости: Log
• Цвет графика: "Цель", "Образец" или "Лунка"
График амплификации отображается для выбранных лунок на ii;: "Схеме
планшета".
Глава 5 Анализ
оцен«рез7льтатов на графике
Рисунок 4. Стандартный график амплификации
Стандартная кривая амплификации состоит из четырех выраженных секций:
1 Q Исходный уровень Линейная фаза
2 Q Экспонентная ^ Фаза плато
(геометрическая) фазаПодтверждение
или
корректировка
настроек
пороговых
значений
1.
2.
На вкладке "Результаты":
В выпадающем списке выберите «График амплификации».
Нажмите, чтобы сконфигурировать график:
• ^ п графика: ДКп в зависимости от цикла
• Тип кривой зависимости; Log
• Цвет графика: "Цель", "Образец" или "Лунка"
График амплификации отображается для выбранных лунок на"Схеме планшета".
3. (Необязательно) Отрегулируйте объем реакции.
• Перетащите границу порогового значения в экспоненциальную
фазу кривой.
• Настройте параметры анализа Ct (см. стр. 136).
47
--- стр. 407 ---
Глава 5 Анализ результатов
эксперимента
Примеры настроек порогового значения
Установите пороговое значение в экспоненциальной фазе кривой амплификации. Пороговое
значение, установленное выше или ниже оптимального, может увеличить стандартное
отклонение групп реплик.
Оценка порогошш|Кример
значений
Пороговое значение
установлено
правильно.
Пороговое значение
слишком низкое.
Пороговое значение
слишком высокое.
48
--- стр. 410 ---
Пропуск
выбросов
анализа
Глава 5 Анализ
с^чен«оезультатов на графике
из Выпадающие лунки имеют значения Cq (Ct или Crt], которые значительно
отличаются от среднего значения для соответствующих лунок-реплик. Чтобы
обеспечить точность Cq (Ct или Crt), рассмотрите возможность исключения
выбросов из анализа.
На вкладке "Результаты":
1. В выпадающем списке выберите «График амплификации».
2. Нажмите, чтобы сконфигурировать график:
• Тг^Р^рафика: Ct в зависимости от лунки
• Тип кривой зависимости: Линейная
• Цвет графика: Лунка
Значения Сс отображаются для выбранных лунок на:::: "Схеме планшета".
3. Нажмите = , чтобы просмотреть таблицу "Лунки"для выбросов.
a. Выберите «Группировать по(21 Реплики».
b. Определите выбросы в каждой группе реплик.
Выпадающие лунки обычно имеют один или несколько флагов КК.
4. Пропустите выбросы либо в = таблице "Лунки" или на схеме
планшета.
• В = таблице «Лунки» выберите «Пропустить» в строках выбросов
таблицы.
• На"Схеме планшета" выберите правой кнопкой мыши лунку, затем
выберите "Пропустить".
5. Нажмите «Анализ», чтобы повторно проанализировать данные
эксперимента с удалением любых выбросов.
Оценка результатов в таблице "Лунки"
Анализ
таблицы
"Лунки"
= Таблица "Лунки" отображает данные для каждой лунки на реакционном
планшете. Отображаемые данные зависят от конкретного типа эксперимента
и могут включать:
• Название образца, название мишени, задачу и контрастное вещество
• Значения, специфичные для конкретного этапа метода
Например: Ct или Сгс, нормализованная флуоресценция (Rn) или температура
плавления (Тт)
• Значения, характерные для конкретного типа эксперимента
Например: сигналы генотипов, сигналы присутствия / отсутствия или
количества
• Опущенные лунки
• Флаги КК
• Комментарии
51
--- стр. 411 ---
Глава 5 Анализ результатов эксперимента
Анализ профиля сигнала красителя с
Группировка или
сортировка
таблицы "Лунки"
Некоторые из возможных вариантов группировки или сортировки ~
таблицы "Лунки" описаны в следующей таблице. Доступные категории
группировки зависят от конкретного типа эксперимента и настроек
анализа.
Примечание: Вы можете выбрать несколько колонок при сортировке, но
для группировки строк можно выбрать только один параметр.
Категория
Г О У Ш Т Ы
Описание Примечания I -
Реплика [ 1,2,3] Группировка по репликам. • Изучите значения Ct или количества для каждой
повторяющейся группы, чтобы оценить точность
значений Ct.
Флаг Группировка лунок с
флагами и без флагов • Флаг указывает, что программное обеспечение
обнарзокило потенциальную ошибку в лунке с флагом.
- Дополнительные сведения о флагах КК см. в
Приложении G «Настройка параметров анализа и
обзор флагов».
С [1,2,4] Группировка по значению
t Ct • Значение Ct< 8 - В реакции может быть слишком
много шаблонов.
- Значение Ct > 35 - В реакции может быть
небольшое количество целей; для значений С с > 35
ожидается более высокое стандартное отклонение.
RQ [2] Группировка по значению
RQ • Значение RQ < 1 - В тестовом образце меньше
относительных целей, по сравнению с образцом
калибратора.
• Значение RQ > 1 - В тестовом образце имеется
больше относительных целей по сравнению с
обоазпом кялибпятопя.Сигнал [4,5] Группировка по сигналу
генотипирования или
сигналу
присутствия/отсутствия.
Tml [ 3] Группировка по значению
Тт
Tml относится к доминирующему пику.
Эта категория группировки применима только для:
• Экспериментов с кривой плавления
• Любого эксперимента с этапом сбора данных о
кривой плавления [например, абсолютная
стандартная кривая]
---— — — - •w' w w Л 4^ a ^ A A a * * *^ W *•
[2] Для относительной стандартной кривой и сравнительных экспериментов Ct (ДДСс]
[3] Для экспериментов с кривой плавления
[4] Для экспериментов по генотипированию
[5] Для экспериментов с присутствием/отсутствием
50
--- стр. 412 ---
--- стр. 413 ---
Глава 5 Анализ результатов эксперимента
Анализ профиля сигнала красителя с
Анализ профиля сигнала красителя с использованием графика нескольких компонентов
Анализ
графика
нескольких
компонентов
Обзор и оценка
графика
нескольких
компонентов
Многокомпонентный график отображает полный спектральный вклад
каждого контрастного вещества в течение всего времени выполнения ПЦР.
Используйте график нескольких компонентов для:
Подтверждения, что сигнал от пассивного эталонного контрастного
вещества остается неизменным на протяжении всего эксперимента.
• Просмотра сигнала репортерного контрастного вещества для всплесков,
спадов и/или резких изменений.
• Подтверждения, что в лунках отрицательного контроля не происходит
амплификации.
На вкладке "Результаты":
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «График нескольких компонентов».
2. Нажмите, чтобы сконфигурировать график:
• графика: Краситель
График нескольких компонентов отображается для выбранных лунок на :!!!
"Схеме планшета".
3. На:::: Схеме планшета выберите лунки по одной, а затем просмотрите
Характеристика Описание J |
Пассивное эталонное
контрастное вещество
Сигнал флуоресценции пассивного эталонного контрастного вещества
должен оставаться относительно постоянным в течение всего процесса
ПЦР.
Репортерное контрастное
вещество
Сигнал флуоресценции репортерного контрастного вещества должен
отображать плоскую область, соответствующую базовому уровню, а
затем резкий рост флуоресценции по мере амплификации.
Неравномерность сигнала Всплески, спады и/или резкие изменения сигнала флуоресценции
могут влиять на данные.
Лунки отрицательного
контроля
Лунки отрицательного контроля не должны демонстрировать
значительного увеличения сигнала флуоресценции.
Рисунок 7. Пример графика нескольких компонентов (отдельная лунка)
52
--- стр. 414 ---
Анализ профиля сигнала с использованием графика исходных данных
Анализ графика
исходных данных
Обзор и оценка
графика исходных
данных
На графике исходных данных отображается необработанный сигнал
флуоресценции (не нормализованный] для каждого оптического фильтра
в течение каждого цикла ПЦР в режиме реального времени.
Просматривайте график исходных данных, чтобы подтвердить стабильное
увеличение сигнала (без резких изменений или спадов] из
соответствующего фильтра.
На вкладке "Результаты":
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «График исходных данных».
График исходных данных отображается для выбранных лунок на"Схеме
планшета".
2. Нажмвте, чтобы отобразить шкалу "Показать цикл".
3. Перетащите указатель "Показать цикл" из цикла 1 в цикл 40, и
убедитесь, что каждый фильтр отображает увеличение характерного
сигнала.
АлмЗиаИа!
% ^ г , . . . А
10 ■ ( MF НО |д шь тс то ■ ( mt
Рисунок 8. Пример графика исходных данных
Анализ флагов в Резюме КК
Резюме КК отображает список флагов КК, включая частоту и местоположение флага.
На вкладке "Результаты":
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «Резюме КК».
2. Просмотрите таблицу "Подробные данные флагов" и резюме.
Колонка "Лунки" таблицы "Подробные данные флагов" идентифицирует лунки, вызвавшие
назначение флага.
3. [Необязательно] В таблице "Подробные данные флагов", выберите
каждый флаг, чтобы отобразить краткое описание флага.
Дополнительные сведения о флагах КК см. в Приложении G «Настройка параметров анализа и
обзор флагов».
53
--- стр. 415 ---
Глава 5 Анализ результатов
эксперимента
Экспорт данных и результатов настройки шаблона или проведения эксперимента
Варианты экспортирования данных и результатов
эксперимента
Отправка
результатов
эксперимента
PowerPoint
' Цель '
.— - ------------------------------------------i._. Действие :
Сохранение графика в виде файла Выберите
Печать графика
----------i -------------------------------------------------------
Выберите
Копирование графика в буфер Выберите
Экспортирование данных и результатов Выберите "Экспорт"
Распечатать "Схему планшета"; Выберите "Файл ► Печать"
Создать слайды Выберите "Файл ► Отправить в
Печать отчета Выберите "Файл ► Печать отчета"
в 2. В строке меню выберите"Файл 0 Отправить в PowerPoint".
3. Выберите контент для создания слайдов, затем нажмите «Применить».
Примечание: Графики анализа недоступны для слайдов до тех пор, пока статус
эксперимента не будет завершен и данные эксперимента не будут
проанализированы.
Сохранение На вкладке "Ре^льтаты":
графика в виде 1. Нажмите над графиком.
файла 2. Введите имя файла, выберите местоположение и формат, затем нажмите
изображения «Сохранить».
1.
Печать отчета по 2.
данным и
результатам
эксперимента
Откройте файл EDS.
В строке меню выберите меню "Файл И Печать отчета".
3. Выберите данные и результаты эксперимента, которые будут включены
в отчет. Доступные данные и результаты зависят от типа эксперимента.
4. [Необязательно] Нажмите «Предварительный просмотр».
5. Просмотрите отчет, затем сохраните, распечатайте или закройте
предварительный просмотр.
6. Нажмите «Печать отчета».
7. Выберите параметры принтера и печати, затем нажмите «ОК».
54
--- стр. 416 ---
Экспортирование
данных
результатов
эксперимента
На вкладке "Экспорт":
1. (Необязатеугьио) Отредактируйте имя файла для экспортируемого файла.
"Название эксперимента" на вкладке «Свойства» определяет имя файла по
умолчанию экспортируемого файла.
2. Выберите тип и формат файла.
3. Нажмите «Обзор», перейдите к нему, затем выберите папку для
экспортированного файла.
4. [Необязательно) Выберите "Открыть экспортированные файлы после
завершения".
5. [Необязательно) Выберите «Автоматический экспорт», чтобы
автоматически экспортировать данные и результаты эксперимента после
завершения.
Вы можете выбрать "Автоматический экспорт" только во время настройки или
перед началом эксперимента.
6. Выберите контент для экспорта.
7. [Необязательно) Настройте экспортированные результаты.
8. Выберите, следует ли экспортировать контент как один файл или как
отдельные файлы.
9. Нажмите «Экспортировать».
Настройка экспортированных результатов
На вкладке "Экспорт":
1. Выберите "Настроить".
2. На панели «Выбрать контент» выберите элементы для включения в
экспортированный файл.
3. Нажмите «Закрыть», чтобы вернуться на вкладку «Экспорт».
4. Нажмите «Экспортировать».
Экспорт конфигураций
Гвп данных Одцсанве файла
Файлы настройки планшета, для
будущих экспериментов
Информация о настройке планшета
Например, количество лунок, имя и цвет образца, имя
мишени, красители и другое содержимое
реакционного планшета.
XLS
XLSX
TXT
Анализируемые
будущего анализа
данные. дляФормат QuantStudio XLS
XLSX
TXT
Формат RDML (язык разметки данных ПЦР в
реальном времени)
Используется для экспериментов со стандартной
кривой, относительной стандартной кривой и
сравнения Ct________________________________
RDML
55
--- стр. 417 ---
Глава 5 Анализ результатов эксперимента
Использование фуннций защиты, аудита и электронной подписи (ЗАЭП) в
Использование функций защиты, аудита и электронной подписи (ЗАЭП) в настольном ПО
Настройте параметры ЗАЭП на консоли администратора ЗАЭП. Подробные
инструкции см. в Приложении Н, «Настройка параметров защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)».
Примечание: Для доступа к консоли администратора ЗАЭП требуется, чтобы
пользовательской учетной записи ЗАЭП была присвоена роль администратора
ЗАЭП.
Просмотр
резюме аудита
на настольном
ПО
Просмотр отчета
по аудиту EDT
или EDS на
настольном ПО
Экспортировани
е резюме аудита
или подробных
данных в
настольное ПО
Просмотр
электронных
подписей на
настольном ПО
1. Выберите вкладку «Аудит» открытого файла EDT или EDS.
• Панель резюме содержит список всех записей аудита, созданных при
каждом сохранении файла EDT или EDS.
• На панели подробных данных отображаются все события в
выбранной записи аудита.
2. [Необязательно] Отфильтруйте отображаемые записи.
a. Выберите «Отфильтровать по».
b. Выберите диапазон дат, тип записи, действие или введите имя
пользователя, имя записи или причину.
c. Если необходимо, нажмите «Обновить».
Если опция фильтра скрыта, выберите И Действие Ш Показать фильтр.
3. Выберите запись аудита на панели «Резюме», чтобы просмотреть
подробные данные записи.
1.
2.
Выберите вкладку «Аудит» открытого файла EDT или EDS.
Выберите 0 Действие 1 3 Просмотреть отчет.
1. Выберите вкладку «Аудит» открытого файла EDT или EDS.
2. Выберите 0 Действие 0 Экспортировать резюме или 0 Действие Ш
Экспортировать подробные данные.
3. Сохраните резюме аудита или подробные данные записи как файл CSV
или TXT.
Экспортированные файлы содержат информацию, отображаемую на панели
«Резюме» или «Подробные данные»
вкладки "Результаты".
1. Выберите вкладку «Электронная подпись» открытого файла EDT или
EDS. Все электронные подписи отображаются для открытого файла.
2. [Необязательно] Выберите электронную подпись, чтобы просмотреть
отчет электронной подписи на нижней панели.
56
--- стр. 418 ---
6 Публикация шаблона
■ Обзор рабочего цикла программного обеспечения IVD ..........................57
■ Требования к разработке и публикации шаблонов .................................58
■ Публикация шаблона ....................................................................................59
■ Разрешения на настройку шаблонов..........................................................60
Обзор рабочего цикла программного обеспечения IVD
Программное обеспечение IVD QuantStudio 5 Dx может работать только с установленными
опубликованными шаблонами для создания новых экспериментов.
Разработайте шаблон, затем опубликуйте шаблон в программном обеспечении TD QuantStudio 5
Dx.
ВАЖНО! Чтобы опубликовать шаблон, вы должны постоянно активировать функции ЗАЭП в
программном обеспечении TD во время следующего рабочего цикла (см. стр. 19).
о -
Разработка шаблона (файл EDT]
Сохраненце-разработанной шаблона в^сачестве открытой шаблона
О
Публикация открытой матрицы
Установка or убликованного файла-шд^лона в программное Обес
о -
о
течение IVD
юловий нового экспер 1?^ента из установленного шаблона
(сперимента
▼
Анализ результатов эксперимента (файл EDS)
Настройка
Проведенгш Эксперимента
См. настоящую Инструкци^по работе с ПО QuantStudio 5 Dx (модуль QuantStudio 5 Dx Test
Development mode). ^
Cm. Инструкция no работеОпрограммным обеспечением QuantStudio 5 Dx (модуль QuantStudio 5 Dx
mode).
Для выполнения этих задач у вас должны быть соответствующие разрешения ЗАЭП (по
умолчанию, эти разрешения есть у пользователя, которому присвоена роль администратора
ЗАЭП).
57
--- стр. 419 ---
Глава б Публикация матриц
Требования к разработне и публикации матриц
Требования к разработке и публикации шаблонов
V Требование
Активировать функции ЗАЭП в ПО TD постоянно.
Разработать шаблон ^
Примечание: Настройте необходимые параметры шаблона и настройте параметры134
анализа (см. Таблицу 3).
Использовать реагенты, расходные материалы и вспомогательные материалыДбО
соответствующие требованиям рабочего цикла. i
Сохраните резервную открытую версию разработанной шаблона, прежде чем
опубликовать ее как закрытую шаблон. 25
Примечание: Опубликованная версия шаблона не может быть изменена
программном обеспечении TD. При необходимости внесите изменения в резервную
открытую версию шаблона, а затем повторно опубликуйте шаблон.
Просмотрите подробную информацию о разрешениях на установку шаблона. 60
Разрешения настройки шаблона - это настройки того, как шаблонова может быть!
изменена в программном обеспечении IVD.
Создайте опубликованную шаблон из разработанной, разблокированной шаблона. ^
Выберите разрешения настройки шаблона для определения того, как шаблонова
может быть изменена в программном обеспечении IVD.
Таблица 3. Рекомендуемые действия перед публикацией шаблона
Если вы^ планируете использовать разрешение настройки шаблона по умолчанию ("Присвоить
образец"], перед публикацией шаблона выполните следующие действия (в программном
обеспечении ТО].
Вкладка { Ц|Ёствйе
Свойства Огределить свойства шаблона.
Метод О'^егулировать объем реакции.
Подтвердить или редактировать метод эксперимента
Гт^лпеоатуоаный поотоколТ
Планшет Определить атрибуты планшета.
Определить образцы и мишени или SNP-анализы.
Н43начить задания и мишени или SNP-анализы лункам на
п^ншете.
Результаты Конфигурировать настройки анализа.
58
--- стр. 420 ---
Глава 6 Публикация шаблонов
Публикация шаблона
Публикация шаблона
ВАЖНО! Чтобы опубликовать шаблон, вы должны постоянно активировать функции ЗАЭП в
программном обеспечении TD во время следующего рабочего цикла (см. стр. 19).
1. Откройте программное обеспечение TD QuantStudio 5 Dx.
2. При появлении запроса войдите в систему через профиль
пользователя ЗАЭП
Примечание: Для выполнения этих задач у вас должны быть соответствующие разрешения ЗАЭП
на публикацию шаблона (по умолчанию, эти разрешения есть у пользователя, которому присвоена
роль администратора ЗАЭП). См. стр. 169.
3. Откройте разработанную открытую шаблон (файл EDT).
4. На вкладке «Свойства» просмотрите и (необязательно)
отредактируйте имя эксперимента.
Примечание: Поле «Имя эксперимента» определяет:
• Имя файла EDT по умолчанию для опубликованной шаблона. Это
имя может быть изменено во время публикации.
• Установленное имя шаблона, отображаемое в меню шаблона
программного обеспечения IVD. Это имя не может быть изменено во время публикации, поэтому
введите уникальное имя эксперимента, чтобы отличать установленные шаблона.
5.
6.
7.
Сохраните шаблон.
В строке меню выберите меню "Файл IE Опубликовать шаблон".
В выпадающем списке "Тип шаблона" выберите использовать шаблон
в программном обеспечении IVD.
8. Выберите разрешения настройки шаблона (см. стр. 60).
ВАЖНО! Выбор разрешения позволяет любому пользователю изменять этот параметр шаблона в
программном обеспечении IVD.
9. Нажмите «Опубликовать», затем нажмите «Да», чтобы подтвердить
использование ограничений шаблона.
10. В диалоговом окне «Введите основание изменения» выберите
подходящее основание и нажмите «ОК».
И. Введите уникальное имя файла EDT для опубликованной шаблона,
затем нажмите «Сохранить». Опубликованная шаблонова готова к установке в ПО IVD (см.
Инструкцию по работе с ПО QuantStudio 5 Dx (модуль QuantStudio 5 Dx Test Development mode).
59
--- стр. 421 ---
к в Глава 6 Публикация
матриц
Разрешения на настройку шаблонов
Во время публикации шаблона, выберите разрешения того, как шаблонова может быть изменена в
программном обеспечении IVD.
В следующей таблице описаны разрешения на установку шаблона. Эти разрешения выбираются
уникально для каждой опубликованной шаблона.
Информацию о разрешениях ЗАЭП в настольном программном обеспечении см. на стр. 169.
ВАЖНО! Выбор разрешения позволяет любому пользователю изменять этот параметр шаблона в
Выбранное разрешение Параметр, который может быть измене любым пользователем в П®
IVD ^ !
Редактирование свойств
эксперимента
Редактирование или ввод следующих параметров на вкладке
"Свойства":
• Имя [1]
• Штрих код планшета [1]
• Имя пользователя [1]
• Тип прибора
• Тип модуля
• Тип эксперимента
• Химическое вещество
• Режим эксперимента
• Информация О реагенте (химическом веществе) [1]
• Комментарии [1]
Редактирование метода
эксперимента
Отредактируйте температурный протокол, объем реакции и
оптические фильтры на вкладке «Метод».
Определение нового образца Определите или импортируйте новые образцы на вкладке
«Планшет».
Определение новой мишени /
SNP-анализа
Определите или импортируйте новые мишени или SNP-анализы на
вкладке "Планшет".
Назначить образец
(Разрешение по умолчанию) [2]
Назначьте определенные образцы и группы биологических реплик
лункам на вкладке "Планшет".
Назначение мишени / SNP-
анализа
Назначьте определенные мишени или анализы SNP лункам на
вкладке "Планшет".
Редактирование настроек
анализа
Настройте или отредактируйте параметры анализа на вкладке
«Результаты».
Исключить лунки из анализа Исключите лунки из анализа на вкладке «Результаты».
“ л ---------— — ^ W Л ^ & & Ч./ Д V V \У W W llV ' rilL
IVD, и его нельзя ограничить.
[2] Подробные рекомендации по использованию этого разрешения настройки шаблона по
умолчанию см. в Таблице 3.
Примечание: Чтобы разрешить импорт настроек планшета в ПО IVD, выберите следующие
разрешения на установку шаблона:
• Определение нового образца
• Определение новой мишени / SNP-анализа
Назначить образец
Назначение мишени / SNP-анализа
60
--- стр. 422 ---
7 Настройка, проведение и анализ
экспериментов со стандартной кривой
■ Эксперименты со стандартной кривой......................................................61
■ Настройка условий эксперимента со стандартной кривой в ПО ...........63
■ Настройка и проведение реакций ПЦР ......................................................64
■ Просмотр результатов .................................................................................64
Эксперименты со стандартной кривой
Обзор
Проводите эксперименты со стандартной кривой для определения
абсолютного количества мишени в образцах. В эксперименте со
стандартной кривой:
1. Программное обеспечение измеряет амплификацию мишени в
стандартной серии разведений и в исследуемых образцах.
2. Программное обеспечение генерирует стандартную кривую,
используя данные из стандартной серии разведений.
3. Используя стандартную кривую, программное обеспечение
интерполирует абсолютное количество мишени в исследуемых образцах.
61
--- стр. 424 ---
Глава 7 Настройка, проведение и анализ
экспериментов со стандартной
Настройка условий эксперимента со стандартной кривой в ПО
1. На (Я домашней странице, создайте ^ или откройте ^ шаблон.
2. На вкладке «Свойства» введите информацию о шаблонове.
3. На вкладке «Метод» отрегулируйте объем реакции.
Для большинства экспериментов подходит метод запуска по умолчанию.
4.
планшета.
а.
«Пассивный эталон».
5.
назначьте атрибуты лунки.
a.
"Лунки".
b.
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка»] задайте атрибуты
В области «Атрибуты планшета» в выпадающем списке выберите
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка») определите и
Выберите лунки на :::: "Схема планшета" или в = таблице
Назначьте образцы и мишени выбранным лункам.
• Введите имена новых образцов и целей в текстовые поля.
• Выберите ранее определенные образцы и мишени из
выпадающих списков.
Примечание: Имена новых образцов или целей, введенные в подзаголовок "Быстрая настройка",
автоматически заполняются значениями по умолчанию для репортерного красителя (FAM) и
гacитeля(NFQ-MGB), и им назначаются задачи D1 Неизвестно. Отредактируйте эти значения на
подвкладке "Расширенные настройки".
6.
разведения (см. стр. 124].
7.
назначьте задания.
a.
"Лунки".
b.
выберите задание из выпадающего списка.
(Необязательно] На вкладке «Планшет» установите стандартные
(Необязательно] На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»]
Выберите лунки на "Схема планшета" или в = таблице
В таблице «Мишени» установите флажок для мишени, затем
реакции Задашие
Неизвестно (исследуемый образец]
Контроль без шаблона
8. (Необязательно] На вкладке «Планшет» (Расширенные настройки]
определите и назначьте группы биологических реплик (см. стр. 125].
На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»], убедитесь, что в таблице «Образцы»:
• Одно имя образца для каждой группы технических реплик
неизвестного образца
• (Необязательно] Стандартный образец для каждой мишени
63
--- стр. 425 ---
Глава УНастройка, проведение и анализ
экспериментов со стандартной кривой
Настройка и проведение реакций ПЦР
Подготовьте условия реакции ПЦР, следуя инструкциям
производителя реагентов, и следуя схеме планшета, настроенной в программном обеспечении (см.
«Подготовка условий реакций» на стр. 26).
2.
шаблон (файл EDT).
3.
(см. стр. 28].
В настольном программном обеспечении откройте соответствующую
Установите реакционный планшет в прибор и начните эксперимент
Анализ
результатов
Рабочий цикл:
Анализ Просмотрите график амплификации, чтобы подтвердить или исправить
экспериментов со настройки порога и базовой линии (стр. 45]
стандартной Т
кривой Оценка графика стандартной кривой (стр. 66]
Просмотрите данные выбросов и (необязательно] пропущенных лунок (стр.
50]
Т
[Необязательно] Просмотрите график нескольких компонентов для анализа
профиля сигнала контрастного вещества (стр. 52]
[Необязательно] Просмотрите график исходных данных для анализа профиля
сигнала (стр. 53]
▼
[Необязательно] Просмотрите флаги в Резюме КК (стр. 53]
(Необязательно] Настройте параметры анализа (стр. 134]
ВАЖНО! Если Вы пропускаете лунки или настраиваете параметры анализа,
нажмите «Анализ», чтобы повторно проанализировать данные.
64
--- стр. 426 ---
Анализ графика
стандартной
кривой
Глава 7 Настройка, проведение и анализ
экспериментов со стандартной кривой
График стандартной кривой отображает стандартную кривзоо для
образцов, обозначенных как стандарты. Программное обеспечение
рассчитывает количество неизвестной мишени из стандартной кривой.
Таблица 6. Результаты или метрики для анализа графика стандартной кривой
Результаты
шш метрики
Описание Критерии оценки
Эффективност
ь наклона и
амплификаци
Эффективность амплификации
рассчитывается с использованием
наклона линии регрессии н
стандартной кривой.
Наклон, близкий к -3.3, указывает на
оптимальную эффективность 100% ПЦР-
а|амплификации.
Факторы, влияющие на эффективность
амплификации:
Неправильный дизайн праймера и зонда
Диапазон стандартных величин - Для
точных и аккуратных измерений эффективности
используйте широкий диапазон стандартных
количеств, от 5 до 6 log (кратных от 10-5 до 10-
6).
Количество стандартных реплик - Для
Ггочных измерений эффективности включите
реплики для уменьшения влияния неточностей
при отборе пипеткой.
Ингибиторы ПЦР - ингибиторы ПЦР и
загрязнение в реакции мог)гг снизить
эффективность амплификации.
Другие возможные факторы:
Компонент и свойства реакционной
смеси, такие как содержание соли, DMSO, pH и
|т.Д.
Неточный отбор пипеткой образцов или
реагентов
Неправильные настройки анализа
Неправильная настройка планшета
Значение R2
(коэффициент
корреляции}
Значение R2 является мерой
близости соответствия междус
линией регрессии и отдельными
точками Ct данных стандартных
зеакций._____________________
Значение 1,00 указывает на идеальное
оответствие между линией регрессии и
точками данных.
Значение R2> 0.99 является желаемым.
Ошибка Стандартная ошибка наклона лини
эегрессии на стандартной кривой.
Ошибка может быть использована
для расчета доверительного
интервала (ДИ} для наклона и,
следовательно, эффективности
[амплификации.
______________
и|Допустимое значение определяется
экспериментальными критериями.
65
--- стр. 427 ---
Глава 7Настройка, проведение и анализ
1еншлесимаврцнтБ1йнцдаатс(|£ф11чюдставляет
собой номер цикла ПЦР, при
котором уровень флуоресценциислишком много матрицы.
Значение Ct > 8 и < 35 является желательным.
Значение Ct< 8 - В реакции может быть
пересекает пороговое значение. Значение Ct > 35 - В реакции может быть
небольшое количество матриц; для значений С
> 35 ожидается более высокое стандартное
отклонение.
66
--- стр. 428 ---
Обзор и оценка
графика
стандартной
кривой
На вкладке "Результаты":
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «Стандартная кривая».
2. Нажмите, чтобы сконфигурировать график:
• Выберите исследуемый график.
• Цвет графика: Образец, Цель или Задание
• Выберите все лунки на:::: "Схеме планшета"
Отображается график стандартной кривой. Наклон, значение R2,
эффективность амплификации и ошибка отображаются под графиком.
3. Убедитесь, что наклон, значение R2, эффективность амплификации и
ошибка соответствуют экспериментальным критериям.
4. Визуально проверьте, что все значения неизвестного образца Cq [Ct или
Crt) попадают в диапазон стандартной кривой.
5. В таблице = "Лунки" используйте раскрывающийся список
"Группировать по", чтобы подтвердить, что значения Cq (Ct или Crt] всех
образцов реплик соответствуют экспериментальным критериям.
Глава 7 Настройка, проведение и анализ
экспериментов со стандаотной кривой
35
30
25
20
15
10
5
1 2 3* *5 10 2й K332CIQ 10Ю 10000 100033 1(333330 1<ШШЗ 100000X13 1(3300000(33 ЮЗООООСШ)
Quantity
Target! KAZ Skme: -3.49 V-Intert 40362 0.999 Efft№; 93.452 Error. 0.01
Рисунок 9. Пример графика стандартной кривой
Если результаты не соответствуют экспериментальным критериям, исправьте
их следующим образом:
• Пропустите лунки [см. стр. 50], затем повторите анализ.
• Повторите эксперимент, настроив параметры настройки шаблона и
анализа, чтобы улучшить результаты.
См. также «Анализ графика стандартной кривой» на стр. 65.
67
--- стр. 429 ---
--- стр. 432 ---
Глава 8 Настройка, проведение и анализ экспериментов со стандартной кривой и
экспеоиментов на соавнение С.
Эксперименты на сравнение Ct
Обзор
Типы реакций
Проводите эксперименты на сравнение Ct (ACt) для определения относительного
количества мишени в образцах.
В эксперименте на сравнение Ct:
1. Программное обеспечение измеряет Амплификация исследуемой мишени и
мишени эндогенного контроля в контрольном (калибраторном) образце и в
исследуемых образцах. Эндогенный контроль - это цель, которая одинаково
выражена во всех образцах;
примерами эндогенного контроля являются р-актин, GAPDH и 18S рибосомная
РНК. Программное обеспечение может алгоритмически включать несколько целей
эндогенного контроля в расчеты относительного количества.
Эталонный образец используется в качестве основы для результатов
относительного количественного определения (или 1 х образец]. Например, при
исследовании эффектов лекарственного средства на экспрессию генов,
необработанный контроль является подходящим эталонным образцом.
2. Измерения для исследуемой мишени нормированы на эндогенный
контроль.
3. Для определения относительного количества мишени в исследуемых
образцах программное обеспечение сравнивает нормированный ACq (ACt или
ACrt) для образца с нормированным ACq (ACt или ACrt) для эталонного образца.
См. «Относительное количественное определение: относительная стандартная
кривая против сравнительного Ct» на стр. 70 для сравнения этого метода с
методом относительной стандартной кривой.
Сопоставимые
варианты ПЦР
Эксперименты на сравнение Ct включают в себя следующие типы реакций для
мишени эндогенного контроля и каждой исследуемой мишени.
Таблица 9. Типы реакций для экспериментов на сравнение Ct
Гщ1 реакции (задание) ОписаНйе образца
Эталонный образец [1]
Неизвестный
Образец, который используется в качестве основы для
результатов относительного количественного
П П П Р Л Р П Р Н И Я______________________
Исследуемый или эталонный образец
Контроль без шаблона
(КБМ / отрицательный
контроль]
Вода или буфер
Амплификация мишени не должно наблюдаться в
лунках КБМ.
[1] Чтобы определить образец в качестве эталонного образца, выберите
«Настройки анализа» 0 «Настройки относительного количественного
определения».
Точность экспериментов по количественному определению улз^шается по мере
увеличения числа повторяющихся реакций. Настройте количество повторений,
подходящих для эксперимента.
Таблица 10. Варианты ПЦР для экспериментов на сравнение Ct
Однократная нлн
многократная ПЦР
ПЦР или ПЦР с ОТ [1] Обнаруживаемое
вещество
Однократная
Многократная
ПЦР
1-этапная ПЦР с ОТ 2-
этапная ПЦР с ОТ
TaqMan® SYBR™ Green
[1] ПЦР с ОТ: ПЦР с обратной транскрипцией.
69
--- стр. 433 ---
я ® Настройка, проведение и анализ экспериментов со стандартной кривой и
экгпепиментов на соавнение С.
Относительное количественное определение: относительная стандартная кривая и Ct
сравнения
Используйте либо эксперименты с относительной стандартной кривой, либо эксперименты на
сравнение Ct для определения относительного количества исследуемой мишени в исследуемой
образце относительно эталонного образца. Эксперименты по относительному количественному
определению обычно используются с целью;
• Сравнить уровни экспрессии гена в разных тканях.
Сравнить уровни экспрессии гена в обработанном образце по
сравнению с необработанным образцом.
• Сравнить уровни экспрессии гена, представляющего интерес, в разных
генетических фонах.
• Анализ экспрессии гена с течением времени меняется в определенных
условиях обработки.
Глава 11 Сравнение экспериментов со стандартной кривой и экспериментов на сравнение Ct
Характеристика Относительная стандартная ю^ивая Сравнение Ct г
Типичное
использование
Лучше всего для анализа, который
имеет субоптимальную эффективность
ПЦР.
Лучше всего для
высокопроизводительных измерений
относительной экспрессии генов многих
генов во многих образцах.
Преимущество Требуется минимальное количество
валидации, потому что эффективность
ПЦР мишени и эндогенного контроля не
должна быть эквивалентной.
• Относительные уровни мишени в
образцах могут быть определены без
использования стандартной кривой,
если эффективность ПЦР мишени и
эндогенного контроля относительно
эквивалентна.
• Сокращение использования
реагента.
• Больше свободного пространства на
реакционном планшете.
Ограничение Для каждой мишени должна быть
построена стандартная кривая, которая
требует больше реагентов и больше
пространства на реакционном планшете
• Субоптимальные анализы [низкая
эффективность ПЦР) могут давать
неточные результаты.
• Прежде чем использовать мето/i
сравнения Ct, мы рекомендуем
определить, что эффективность ПЦР для
анализа мишени и эндогенного
контроля приблизительно одинаковая.
70
--- стр. 434 ---
Глава 8 Настройка, проведение и анализ экспериментов со стандартной кривой и
экспеоиментов на соавнение С. ™
Настройка условий эксперимента с относительной стандартной кривой в ПО
1. На(^ домашней странице, создайте ^ или откройте ^ шаблон.
2. На вкладке «Свойства» введите информацию о шаблонове.
3. На вкладке «Метод» отрегулируйте объем реакции.
Для большинства экспериментов подходит метод запуска по умолчанию.
4. На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка»] задайте атрибуты
планшета.
а. В области "Атрибуты планшета" выберите пассивный эталон,
эталонный образец и эндогенный контроль из выпадающего списка.
5.
назначьте атрибуты лунки.
a.
"Лунки".
b.
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка»] определите и
Выберите лунки на "Схема планшета" или в = таблице
Назначьте образцы и мишени выбранным лункам.
• Введите имена новых образцов и целей в текстовые поля.
• Выберите ранее определенные образцы и мишени из
выпадающих списков.
Примечание: Имена новых образцов или целей, введенные в подзаголовок "Быстрая настройка",
автоматически заполняются значениями по умолчанию для репортерного красителя (FAM] и
гacитeля(NFQ-MGB], и им назначаются задачи ш Неизвестно. Отредактируйте эти значения на
подвкладке "Расширенные настройки".
6.
124].
7.
назначьте задания.
a.
"Лунки".
b.
выберите задание из выпадающего списка.
На вкладке «Планшет» установите стандартные разведения (см. стр.
(Необязательно] На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»]
Выберите лунки на "Схема планшета" или в “ таблице
В таблице «Мишени» установите флажок для мишени, затем
Тня реакции Задание
Неизвестно (исследуемый образец]
Контроль без шаблона
8. (Необязательно] На вкладке «Планшет» (Расширенные настройки]
определите и назначьте группы биологических реплик (см. стр. 125].
Мишени, представляющие интерес, и цель эндогенного контроля должны иметь лунки,
назначенные стандартными разведениями, неизвестными заданиями и заданиями контроля без
шаблона и соответствующими образцами.
На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»], убедитесь, что в таблице «Образцы»:
• Неизвестные образцы
• Эталонные образцы
• (Необязательно] Для разведения целевых стандартов каждый шаг
разведения для каждой мишени эндогенного контроля имеет собственное имя образца.
71
--- стр. 435 ---
Глава 8 Настройка, проведение и анализ экспериментов со стандартной кривой и
экспеоиментов на соавнение С.
Настройка условий эксперимента на сравнение Ct в ПО
На Й домашней странице, создайте ^ или откройте ^ шаблон.
2- На вкладке «Свойства» введите информацию о шаблонове.
На вкладке «Метод» отрегулируйте объем реакции.
Для большинства экспериментов подходит метод запуска по умолчанию.
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка») задайте атрибуты4.
планшета.
^ В области "Атрибуты планшета" выберите пассивный эталон,
эталонный образец и эндогенный контроль из выпадающего списка.
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка») определите и
назначьте атрибуты лунки.
Выберите лунки на "Схема планшета" или в “ таблице
"Лунки".
Назначьте образцы и мишени выбранным лункам.
• Введите имена новых образцов и целей в текстовые поля.
• Выберите ранее определенные образцы и мишени из
выпадающих списков.
Примечание: Имена новых образцов или целей, введенные в подзаголовок "Быстрая настройка",
автоматически заполняются значениями по умолчанию для репортерного красителя (РАМ) и
гacитeля(NFQ-MGB), и им назначаются задачи Ш Неизвестно. Отредактируйте эти значения на
подвкладке "Расширенные настройки".
6. (Необязательно) На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»)
Выберите лунки на :::: "Схема планшета" или в = таблице
назначьте задания,
а.
"Лунки".
Ь- В таблице «Мишени» установите флажок для мишени, затем
выберите задание из выпадающего списка.
Tinjl реакции | Т
Неизвестно (исследуемый образец)
Контроль без шаблона 1
(Необязательно) На вкладке «Планшет» (Расширенные настройки)
определите и назначьте группы биологических реплик (см. стр. 125).
Мишени, представляющие интерес, и цель эндогенного контроля должны иметь лунки,
назначенные с неизвестными заданиями и заданиями контроля без шаблона и соответствующими
образцами.
На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»), убедитесь, что в таблице «Образцы»:
• Неизвестные образцы
• Эталонные образцы
72
--- стр. 436 ---
Настройка и проведение реакций ПЦР
1. Подготовьте условия реакции ПЦР, следуя инструкциям
производителя реагентов, и следуя схеме планшета, настроенной в программном обеспечении (см.
«Подготовка условий реакций» на стр. 26).
Глава 8 Настройка, проведение и анализ экспериментов со стандартной кривой и
экспеоиментов на соавнение С.
2.
шаблон [файл EDT).
3.
(см. стр. 28).
В настольном программном обеспечении откройте соответствующую
Установите реакционный планшет в прибор и начните эксперимент
Анализ результатов
Рабочий цикл: Анализ
экспериментов с Эксперименты с относительной стандартной кривой Эксперименты на
относительной сравнение Ct
стандартной кривой и Просмотрите график амплификации, чтобы подтвердить или исправить
сравнение Ct настройки порога и базовой линии (стр. 45)
Т ▼
Оценка графика стандартной кривой (стр. 66)
▼ ▼
Просмотрите данные выбросов и (необязательно) пропущенных лунок
(стр. 50)
▼
Оценка графика экспрессии генов (стр. 76)
▼
(Необязательно) Просмотр профиля эндогенного контроля с
использованием графика КК (стр. 77)
Т
[Необязательно] Просмотрите график нескольких компонентов для
анализа профиля сигнала контрастного вещества (стр. 52)
Т
[Необязательно] Просмотрите график исходных данных для анализа
профиля сигнала (стр. 53)
▼
[Необязательно] Просмотрите флаги в Резюме КК (стр. 53)
▼
(Необязательно) Настройте параметры анализа (стр. 134, стр. 141)
ВАЖНО! Если Вы пропускаете лунки или настраиваете параметры анализа,
нажмите «Анализ», чтобы повторно проанализировать данные.
73
--- стр. 437 ---
Глава 8 Настройка, проведение и анализ экспериментов со стандартной кривой и
экспепиментов на соавнение С.
Обзор и оценка
графика
стандартной
кривой
Этот раздел применим только к экспериментам с относительной стандартной
кривой.
Анализ графика стандартной кривой
График стандартной кривой отображает стандартную кривую для образцов,
обозначенных как стандарты. Программное обеспечение рассчитывает
количество неизвестной мишени из стандартной кривой.
Таблица 12. Результаты или метрики для анализа графика стандартной кривой
ОПИСШШё ^ ^ ^Результаты
или метрики
Эффективность
наклона и
амплификации
Значение R2
[коэффициент
корреляции]
j
|Ошибка
Значения Ct
Эффективность
рассчитывается с
наклона линии
стандартной кривой.
Критерии оценки
амплификации
использованием
регрессии на
Значение R2 является мерой близости
соответствия между линией регрессии и
отдельными точками Cq данныл
стандартных реакций.
Стандартная ошибка наклона линии Допустимое
Наклон, близкий к -3.3, указывает на оптимальную
эффективность 100% ПЦР-амплификации.
Факторы, влияющие на эффективность
амплификации:
Неправильный дизайн праймера и зонда
Диапазон стандартных величин - Для точных и
аккуратных измерений эффективности используйте
широкий диапазон стандартных количеств, от 5 до 6
log [кратных от 10-5 до 10-6].
Количество стандартных реплик - Для точных
измерений эффективности включите реплики для
уменьшения влияния неточностей при отборе
пипеткой.
Ингибиторы ПЦР ■ ингибиторы ПЦР
загрязнение в реакции могут снизить эффективность
амплификации.
Другие возможные факторы:
Компонент и свойства реакционной смеси
такие как содержание соли, DMS0, pH и т.д.
Неточный отбор пипеткой образцов или
реагентов
Неправильные настройки анализа
Неправильная настройка планшета
Значение 1,00 указывает на
соответствие между линией регрессии
данных.
Значение R2> 0.99 является желаемым,
значение
идеальное
и точками
регрессии на стандартной кривой.
Ошибка может быть использована для
расчета доверительного интервала [ДИ
для наклона и, следовательно
эффективности амплификации.
Пороговый цикл [Ct] представляет
собой номер цикла ПЦР, при котором
уровень флуоресценции соответствуеТмногГматр"ицьь
экспериментальными критериями.
определяется
пороговому значению.
Значение Ct > 8 и < 35 является желательным.
Значение Ct< 8 - В реакции может быть слишком
Значение Ct > 35 - В реакции может быть
небольшое количество матрицы; для значений Ct > 35
ожидается более высокое стандартное отклонение.
74
--- стр. 438 ---
Обзор и оценка графика стандартной кривой
На вкладке "Результаты":
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «Стандартная кривая».
2. Нажмите, чтобы сконфигурировать график:
• ЦеЛ8^ Выберите исследуемый график.
• Цвет графика: Образец, Цель или Задание
• Выберите все лунки на"Схеме планшета"
Отображается график стандартной кривой. Наклон, значение R2, эффективность амплификации и
ошибка отображаются под графиком.
Глава 8 Настройка, проведение и анализ экспериментов со стандартной кривой и
экспеоиментов на соавнение С.
3. Убедитесь, что наклон, значение R2, эффективность амплификации и
ошибка соответствуют экспериментальным критериям.
4. Визуально проверьте, что все значения неизвестного образца Cq [Ct
или Crt) попадают в диапазон стандартной кривой.
5. В таблице = "Лунки" используйте раскрывающийся список
"Группировать по", чтобы подтвердить, что значения Cq (Ct или Crt) всех образцов реплик
соответствуют экспериментальным критериям.
о
35
30
25
20
15
10
5
1 2 10 20 ЮОЖЛ tO O Q ICO» 100000 1000000 10Ш Ш 1000X0» looxxxncn lOOCnOCHX»
Quantity
Taroefc KAZ Slooe; -3.49 V-Inter 40362 g^. 0.999 EfPWn 93.452 Error. 0.01
Рисунок 10. Пример графика стандартной кривой
Если результаты не соответствуют экспериментальным критериям, исправьте их следующим
образом:
• Пропустите лунки (см. стр. 50), затем повторите анализ.
• Повторите эксперимент, настроив параметры настройки шаблона и
анализа, чтобы улз^шить результаты.
См. также «Анализ графика стандартной кривой» на стр. 65.
75
--- стр. 439 ---
Анализ графика График экспрессии генов отображает результаты относительных
количественных определений для экспериментов с относительной
стандартной кривой и сравнения Ct.
Просмотрите график экспрессии гена, чтобы оценить кратное изменение в
уровне экспрессии целей, представляющих интерес в тестовых образцах,
относительно эталонного образца.
В зависимости от экспериментального фокуса есть два графика. Каждый
Глава 8 Настройка, проведение и анализ экспериментов со стандартной кривой и
экспеоиментов на соавнение С.
экспрессии
генов
Таблица 13. Графики эксп рессии генов
Тип графика Описание \ j
ОКО по сравнению с
целью
Группирует значения относительного
количественного определения (ОКО) по мишени.
Каждый образец отображается для каждой мишени.
ОКО по сравнению с
образцом
Группирует значения относительного
количественного определения (ОКО) по образцу.
Каждая цель отображается для каждого образца.
5.0
4.5
4.0
3.6
о
СС 2.5
2.0
1.5
1.0
0.5
0.0
0.593
2.180
I
4.145
Sample
Рисунок 11. Пример графика экспрессии генов
В этом примере имеется одна цель, представляющая интерес, и эталонный
образец (калибратор) представляет собой образец 800.
Просмотр групп биологических реплик и технических реплик (график
экспрессии генов)
1. На вкладке «Результаты» выберите «Экспрессия генов» в выпадающем
списке.
2. На правой панели выберите, какая реплика будет отображаться.
• Нажмите £ , чтобы отобразить технические реплики.
• Нажмите чтобы отобразить определенные пользователем группы
реплик.
Примечание: Добавление или редактирование групп биологических реплик
см. в разделе «Определение и назначение групп биологических реплик» на
стр. 125.
3. (Необязательно) Чтобы исключить образцы из анализа, выберите
«Пропустить», затем нажмите «Анализ».
76
--- стр. 444 ---
Глава 9 Настройка, проведение и анализ
экспериментов на
Настройка условий эксперимента на генотипирование в ПО
1. На(3 домашней странице, создайте ^ или откройте ^ шаблон.
2. На вкладке «Свойства» введите информацию о шаблонове.
3. На вкладке «Метод» отрегулируйте объем реакции.
Для большинства экспериментов подходит метод запуска по умолчанию.
4.
планшета,
а.
«Пассивный эталон».
5.
назначьте атрибуты лунки.
a.
"Лунки".
b.
поля.
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка»] задайте атрибуты
В области «Атрибуты планшета» в выпадающем списке выберите
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка») определите и
Выберите лунки на :::: "Схема планшета" или в = таблице
Назначьте образцы и анализы SNP выбранным лункам.
Введите имена новых образцов и анализов SNP в текстовые
• Выберите ранее определенные образцы и анализы SNP из
выпадающих списков.
Примечание: Имена новых образцов или SNP-анализы, введенные на подвкладке "Быстрые
настройки", автоматически заполняются следующими значениями по умолчанию:
Аллель 1РепортерГасительАллель 2РепортерГасительЗадание
Аллель 1 VIC NFQ-
MGB
Аллель 2 РАМ NFQ-
MGB
HenJeicT
ный
Отредактируйте эти значения на подвкладке "Расширенные настройки".
6. (Необязательно) На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»)
Выберите лунки на "Схема планшета" или в = таблице
назначьте задания.
a.
"Лунки".
b. В таблице «Анализы SNP» установите флажок для SNP-анализа,
затем выберите задание из выпадающего списка.
Тип реакции
Неизвестно (исследуемый образец)
Контроль без шаблона
Задание
Контроль аллели (1/1) [1]
Контроль аллели (1/2) [1]
Контроль аллели (2/2) [1]
[1] Необязательно, но рекомендуется
На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»), убедитесь, что в таблице «Образцы»:
• Неизвестные образцы
• (Необязательно) Образцы контроля аллели
81
--- стр. 445 ---
Глава ЭНастройка, проведение и анализ
экспериментов на генотипирование
Настройка и проведение реакций ПЦР
Подготовьте условия реакции ПЦР, следуя инструкциям
производителя реагентов, и следуя схеме планшета, настроенной в программном обеспечении [см
«Подготовка условий реакций» на стр. 26).
2.
шаблон [файл EDT).
3.
[см. стр. 28).
В настольном программном обеспечении откройте соответствующую
Установите реакционный планшет в прибор и начните эксперимент
Анализ
результатов
Рабочий цикл: Оценка графика дискриминации аллелей (стр. 84)
Анализ Т
экспериментов по [Необязательно) Просмотр графика амплификации [стр. 45)
генотипированию ▼
Просмотрите данные выбросов и [необязательно) пропущенных лунок [стр.
5 0)
▼
[Необязательно] Просмотрите график нескольких компонентов для анализа
профиля сигнала контрастного вещества [стр. 52)
[Необязательно] Просмотрите график исходных данных для анализа профиля
сигнала (стр. 53)
▼
[Необязательно] Просмотрите флаги в Резюме КК [стр. 53)
[Необязательно) Настройте параметры анализа [стр. 134, стр. 143)
ВАЖНО! Если Вы пропускаете лунки или настраиваете параметры анализа,
нажмите «Анализ», чтобы повторно проанализировать данные.
82
--- стр. 446 ---
Анализ графика
дискриминации
аллелей
Глава 9 Настройка, проведение и анализ ^
экспериментов на генотипирование
График дискриминации аллелей контрастирует Rn или ARn репортерных
красителей для аллель-специфических зондов анализа SNP. Это
промежуточный шаг в программном алгоритме для сигнала
генотипирования.
Точки данных имеют тенденцию группироваться вдоль горизонтальной
оси (аллель 1), вертикальной оси [аллель 2) или по диагонали [аллель 1 /
аллель 2].
Таблица 16. Кластеры данных на графике дискриминации аллелей
Смена
отображения
графика
дискриминации
аллелей
Значительное увеличение... ЕСластеры вдоль... Указывает на...
Флуоресценцию
только зонда, маркированного
красителем VIC™
Горизонтальная
ось
Гомозиготность для
аллели 1
Флуоресценцию
Только зонда, маркированного
красителем РАМ™
Вертикальная ось Гомозиготность для
аллели 2
Флуоресценцию
зондов, маркированных
красителями VIC™ и РАМ™
Диагональ Гетерозиготность для
аллели 1 и аллели 2
Просмотрите график дискриминации аллелей:
• Убедитесь, что кластеризация контрольных образцов соответствует
провозу.
• ^^изуально оцените кластеры для трех возможных генотипов.
Примечание: Алгоритм кластеризации настольного ПО не указывает на
генотипы, если все образцы являются одним генотипом [образуют один
кластер).
Символ Функция Выберите символ, затем...
а Увеличение масштаба —
Q Уменьшение масштаба —
ш Измените свойства графика Конфигурируйте свойства графика
ш ^ Отображение/сокрытие —
<fi>
Просмотр другого анализа
SNP (только для
Выберите анализ из выпадающего списка
анализов SNP в верхнем левом углу
графика.
Измените отображение
графика
Выберите систему координат (декартову
или полярную) из выпадающего списка
"Тип гоаФика".
Вручную назначьте сигнал
аллели
Выберите точку данных на графике
рассеяния, затем выберите сигнал
аллели из выпадающего списка
"Применить сигнал".
т
Выберите точки данных на
графике
Нажмите отдельные точки данных или перетащите поле вокруг группы точек
данных.
о Выберите точки данных на Обведите группу точек данных.
Переместите отображение
графика при увеличении Переташ,ите, чтобы переместить график.
83
--- стр. 453 ---
Глава 10 Настройка, проведение и анализ
экспериментов на поисутствие/отсутствие
Настройка условий эксперимента на присутствие/отсутствие в ПО
Н ай! домашней странице, создайте или откройте шаблон.
На вкладке «Свойства» введите информацию о шаблонове.
3- На вкладке «Метод» отрегулируйте объем реакции.
Для большинства экспериментов подходит метод запуска по умолчанию.
4.
планшета.
а.
«Пассивный эталон».
5.
назначьте атрибуты лунки.
a.
"Лунки".
b.
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка») задайте атрибуты
В области «Атрибуты планшета» в выпадающем списке выберите
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка») определите и
Выберите лунки на "Схема планшета" или в = таблице
Назначьте образцы и мишени выбранным лункам.
• Введите имена новых образцов и целей в текстовые поля.
• Выберите ранее определенные образцы и мишени из
выпадающих списков.
Примечание: Имена новых образцов или целей, введенные в подзаголовок "Быстрая настройка",
автоматически заполняются значениями по умолчанию для репортерного красителя (РАМ) и
гacитeля(NFQ■■MGB], и им назначаются задачи EQ Неизвестно. Отредактируйте эти значения на
подвкладке "Расширенные настройки".
6. (Необязательно) На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»)
Выберите лунки на "Схема планшета" или в ~ таблице
назначьте задания,
а.
"Лунки".
В таблице «Мишени» установите флажок для мишени, затем
выберите задание из выпадающего списка.
реакции | "Цель'^ Щ вш т е
Неизвестно (исследуемы?
образец)
Исследуемая цель
ВПК
Отрицательный контроль Исследуемая цель
ВПК
БКУ (заблокированный
ВПК)
Исследуемая цель
ВПК
Q ____________
88
--- стр. 454 ---
Настройка и проведение реакций ПЦР
1. Подготовьте условия реакции ПЦР, следуя инструкциям
производителя реагентов, и следуя схеме планшета, настроенной в программном обеспечении [см.
«Подготовка условий реакций» на стр. 26).
Глава 10 Настройка, проведение и анализ Д!
экспериментов на поисутствие/отсутствие
2.
шаблон [файл EDT).
3.
[см. стр. 28].
В настольном программном обеспечении откройте соответствующую
Установите реакционный планшет в прибор и начните эксперимент
Анализ результатов
Рабочий цикл: Анализ
экспериментов на Оценка графика присзтствия/отсутствия [стр. 90)
присутствие/отсутств ▼
ие [Необязательно) Просмотр графика амплификации [стр. 45)
▼
Просмотрите данные выбросов и [необязательно) пропущенных лунок
[стр. 50)
Т
{Необязательно] Просмотрите график нескольких компонентов для
анализа профиля сигнала контрастного вещества [стр. 52)
Т
[Необязательно] Просмотрите график исходных данных для анализа
профиля сигнала [стр. 53)
▼
[Необязательно] Просмотрите флаги в Резюме КК [стр. 53)
▼
[Необязательно) Настройте параметры анализа [стр. 134, стр. 145)
ВАЖНО! Если Вы пропускаете лунки или настраиваете параметры анализа,
нажмите «Анализ», чтобы повторно проанализировать данные.
89
--- стр. 455 ---
Ш!
Анализ графика График присутствия/отсутствия отображает интенсивность флуоресценции
для каждой лунки.
Просмотрите график присутствия/отсутствия, чтобы подтвердить, что
Амплификация в контрольных лунках соответствует прогнозам и проверить
сигналы для неизвестных образцов.
Таблица 20. Прогнозируемые результаты для контрольных реакций
Глава 10 Настройка, проведение и анализ
экспериментов на присутствие/отсутствие
присутствия/отсу
тствия
Тип реакции
*
"Цель" Результат
i С^шая V.'
■i '‘ i -
Отрицательный
контроль
ВПК Амплификация ВПК успешный
Исследуемая цель
[1]
Амплификация
отсутствует
Отрицательный
контроль
БКУ
(заблокированный
ВПК)
ВПК [2] Амплификация
отсутствует
Заблокированный
контроль ВПК
Исследуемая цель Амплификация
отсутствует
Отрицательный
контроль
Обзор и оценка
графика
присутствия/отсу
тствия
контроля.
[2] Пороговое значение ВПК вычисляется из реакций БКУ.
Таблица 21. Критерии для сигналов в неизвестных реакциях
Сигнал мишени
1
— .. _________________________
Сил^В П К I
Над целевым пороговым
значением
Над или под пороговым значением
ВПК
Присутствие
Под целевым пороговым
значением
Над пороговым значением ВПК Отсутствие
Под целевым пороговым
значением
Под пороговым значением ВПК Не подтверждено
На вкладке "Результаты":
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «График присутствия/отсутствия».
2. Нажмите, чтобы сконфигурировать график:
• Ц ^^вой репортерный краситель: цель, заданная для исследуемой
мишени
• Контрольный репортерный краситель: цель, заданная для ВПК
• Для первоначального обзора экрана присутствия/отсутствия
выберите:
Показать сигналы: Все сигналы
Показать ВПК
Показать контроль
Вид присутствия/отсутствия отображается для точек данных, выбранных в
настройках графика. Точки данных для выбранных лунок на схеме
планшета или в = таблице "Лунки" выделены на графике (см. рис. 14).
90
--- стр. 458 ---
Глава 11 Настройка, проведение и анализ
экспериментов с кривой расплава
Настройка условий эксперим ента с кривой плавления в ПО
1.
2. На вкладке «Свойства» введите информацию о шаблонове.
3. На вкладке «Метод» отрегулируйте объем реакции.
(Необязательно] Отредактируйте шаг увеличения на кривой плавления [см. «Редактирование
шага увеличения для диссоциации кривой плавления» на стр. 119].
На домашней странице, создайте ^ или откройте ^ шаблон.
4.
планшета.
а.
«Пассивный эталон».
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка»] задайте атрибзо'ы
В области «Атрибуты планшета» в выпадающем списке выберите
5.
назначьте атрибзггы лунки.
a.
"Лунки".
b.
На вкладке «Планшет» («Быстрая настройка») определите и
Выберите лунки на "Схема планшета" или в = таблице
Назначьте образцы и мишени выбранным лункам.
• Введите имена новых образцов и целей в текстовые поля.
• Выберите ранее определенные образцы и мишени из
выпадающих списков.
Примечание: Имена новых образцов или целей, введенные в подзаголовок "Быстрая настройка",
автоматически заполняются значениями по умолчанию для репортерного красителя (FAM] и
гacитeля(NFQ-MGB], и им назначаются задачи ш Неизвестно. Отредактируйте эти значения на
подвкладке "Расширенные настройки".
6. (Необязательно] На вкладке «Планшет» («Расширенные настройки»)
Выберите лунки на "Схема планшета" или в = таблице
назначьте задания.
a.
"Лунки".
b. В таблице «Мишени» установите флажок для мишени, затем
выберите задание из выпадающего списка.
Тип реакции Задание
Неизвестно (исследуемы!
Контроль без шаблона
93
--- стр. 459 ---
ш
i3Ba 11 Настройка, проведение и анализ экспериментов с кривой плавления
стройка реакций кривой плавления
Настройка реакций кривой плавления
Эксперименты с кривой плавления выполняются с использованием ранее усиленных продуктов
ПЦР, как правило, в конце эксперимента ПЦР. Вы также можете использовать планшет из
эксперимента ПЦР на основе интеркалирующего красителя на другом приборе.
Анализ
результатов
Рабочий цикл: Оценка графика кривой плавления (стр. 95}
Анализ ▼
экспериментов с [Необязательно) Просмотрите график нескольких компонентов для анализа
кривой плавления профиля сигнала контрастного вещества [стр. 52}
[Необязательно) Просмотрите график исходных данных для анализа профиля
сигнала (стр. 53}
▼
[Необязательно) Просмотрите флаги в Резюме КК [стр. 53}
[Необязательно} Настройте параметры анализа [стр. 134, стр. 146}
ВАЖНО! Если Вы пропускаете лунки или настраиваете параметры анализа,
нажмите «Анализ», чтобы повторно проанализировать данные.
Анализ графика
кривой плавления
продуктовГрафик кривой плавления отображает кривую плавления
амплификации в выбранных лунках.
Просмотрите график кривой плавления, чтобы подтвердить, что продукты
амплификации в лунке показывают одну температуру плавления [Т т}.
Несколько пиков кривой плавления указывают на неспецифическое
Амплификация или образование праймера-димера.
График ^ццсашш 1 '
Производный
репортерный краситель в
зависимости от
температуры
Отображает сигнал производного репортерного
красителя по оси у в зависимости от температуры.
Пики на графике указывают на значительное
уменьшение сигнала SYBR ™ Green и, следовательно,
Тт усиленных продуктов. Используйте этот график,
чтобы подтвердить один Тт усиленных продуктов.
Нормализованный
репортерный краситель в
зависимости от
температуры
Отображает сигнал флуоресценции от репортерного
красителя, нормированный на сигнал флуоресценции
пассивного эталона, в зависимости от температуры.
Вы можете использовать этот график для проверки
качества данных флуоресценции.
94
--- стр. 460 ---
Обзор и оценка
графика кривой
плавления
На вкладке "Результаты":
Если данные не отображаются, нажмите «Анализировать».
1. В выпадающем списке выберите «График кривой плавления».
2. Нажмите, чтобы сконфигурировать график:
• Тй?й'рафика: Производны й репортерны й краситель
• Цвет: Образец, Цель или Лунка
• Цель: Все или цель, представляющая интерес
• (Для пользовательских экспериментов с более чем одной стадией
кривой плавления) Выберите этап кривой плавления для просмотра.
График кривой плавления отображается для выбранных лунок
выбранного этапа.
Глава 11 Настройка, проведение и анализ
экспериментов с кривой расплава
3. Просмотрите график для доказательства неожиданных
множественных пиков, которые могут указывать на неспецифическое
Амплификация или образование праймер-димеров.
4. Просмотрите = таблицу "Лунки" для расчета Т т в каждой лунке.
84.0 га.о 74,0 70.0
Temperature (®С)
84.0 89.0 04.0
Рисунок 16. Пример графика кривой плавления
95
--- стр. 461 ---
* А П о и с к и у с т р а н е н и е н е и с п р а в н о с т е й
Поиск и устранение неисправностей прибора
Проблема Вероятная причина
между Соединение не установлено
Рекомевдуемое
действие
корре1а1|^1ащ ес
Выключите прибор, затем сноваСоединение
прибором и компьютеро 1^полностью. включите его.
не распознается При использовании сетевойОбратитесь в отдел техподдержки
конфигурации, прибор ичтобы убедиться, что прибор и
компьютер не находятся вкомпьютер находятся в одной маске
одной маске подсети.. по^дсети.
При использовании сетевойОбратитесь в отдел техподдержки
конфигурации, прибор иличтобы убедиться, что IP-адреса
компьютер имеет неверныйдействительны.
1Р-адоес.
Сообщение о недостаточномВ приборе недостаточно! На домашней странице прибора
пространстве на диске
Сенсорный экран погас
Ш Историяместа на диске ДЛЯнажмите ($) Настройки
сохранения файла EDS ДЛЯдксперимента Ш Настроить
эксперимента. « ,, , г. Удалите (только администратор}
^л и переищите файлы EDS с прибора.
Прибор находится в спяще 1^Прикоснитесь к любому месту на
режиме.
Прибор не включен.
|Сенсорном экране прибора.
Если вы касаетесь сенсорного экрана
прибора и он остается черным
проверьте, включен ли прибор
Выключатель питания расположен на
задней Jшнeли прибора.
Если прибор не включается, убедитесь
что прибор правильно подключен.
Если прибор не включается, и прибор
правильно подключен, обратитесь
службу поддержки.
96
--- стр. 462 ---
Приложение А Поиск и устранение неисправностей
Поиск и устранение неисправностей программного обеспечения
Поиск и устранение неисправностей программного обеспечения
Проблема Вероятная причина Рекомендуемое
действие
корректирзчощее
Не удается опубликоватьФункции
шаблон включены.
Шаблонова
ЗАЭП нёФзшкции ЗАЭП должны быть включены
во время разработки шаблона. Если ЗАЭП
не включены при разработке шаблона:
1. Активируйте функции ЗАЭП на
настольном ПО (см. стр. 19).
2. Создайте новую шаблон с теми же
Параметрами шаблона, и настройте ее
|как шаблон, которая не будет
[опубликована.
'Функции ЗАЭП должны быть
■активированы во время публикации
шаблона.
1. Активируйте функции ЗАЭП на
настольном ПО (см. стр. 19).
2. Откройте шаблон, затем
опубликуйте шаблон.
являетсяТолько шаблона, опубликованные из
закрытой шаблоновей. открытых
шаблонов, могут быть установлены в ПО
IVD.
В программном обеспечении TD для
QuantStudio 5 Dx откройте резервнзпо
открытую версию шаблона (до того, как
она была сохранена как закрытая
шаблонова). Затем, опубликуйте шаблон
для программного обеспечения IVD
,У пользователя нетПользователю, пытающемуся
|разрешения ЗАЭП дляопубликовать шаблон, может быть
«Публикации шаблонов», назначена роль ЗАЭП с разрешением
|ЗАЭП на публикацию шаблона (см
'«Создание или редактирование роли» на
[стр. 168).
Пользователь с разрешением ЗАЭП для
[«Публикации шаблонов» должен войти в
программное обеспечение TD, а затем
установить шаблон.
97
--- стр. 463 ---
в У с т а н о в к а и у п р а в л е н и е н а с т о л ь н ы м
п р о г р а м м н ы м о б е с п е ч е н и е м
Требования к настольному ПО
Компьютер или ноутбук не входит в состав медицинского изделия «Амплификатор нуклеиновых
кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx с гибридизационно-флуоресцентной детекцией
продуктов ПЦР в режиме реального времени» и не поставляется вместе с ним.
Внешний компьютер (ноутбук] с установленным программным обеспечением может быть
подключен к прибору для удобства пользователя.
Необходимый компьютер может быть приобретен у компании Thermo Fisher Scientific. Для
настройки матриц и управления прибором на этом компьютере должно быть установлено
настольное программное обеспечение.
Thermo Fisher Scientific не поддерживает использование компьютеров, поставляемых заказчиком,
для управления прибором. Однако, при желании, можно установить настольное программное
обеспечение на компьютер, предоставленный клиентом, для настройки матриц и анализа данных.
Минимальные требования для компьютера, поставляемого клиентом, следующие:
• Операционная система - Windows ™ 7 (32-разрядная или 64-разрядная]
• Процессор - двухядерный
• О ЗУ-1 6 ГБ
• Ж есткий диск - 500 ГБ
• Разрешение монитора-1280 X 1024
Совместимые форматы USB
Система поддерживает USB-устройства с форматами: АТ, FAT32 и NTFS-
ВАЖНО! Не используйте USB с форматированием exFAT. Это может привести к повреждению
файла.
Антивирусное программное обеспечение
Thermo Fisher Scientific не рекомендует установку или использование антивирусного
программного обеспечения на компьютерах с программным обеспечением QuantStudio 5 Dx.
Внешнее программное обеспечение
Перед установкой внешнего программного обеспечения на компьютер, на котором запущено
настольное программное обеспечение QuantStudio, убедитесь, что внешнее программное
обеспечение не будет:
• ограничивать соединение Ethernet.
• влиять на работу прибора или компьютера.
98
--- стр. 464 ---
Установка программного обеспечения QuantStudio 5 Dx
1. Войдите в систему с учетной записью администратора Windows
2. Вставьте DVD-диск с программным обеспечением в привод DVD.
3. Перейдите в папку, содержащую программное обеспечение
QuantStudio 5 Dx, затем дважды нажмите на файл setup.exe.
4. Следуйте инструкциям мастера установки, чтобы установить
программное обеспечение.
Примечание: При отображении запроса выберите установку только программного обеспечения TD
(модуля TD3 QuantStudio 5 Dx и программного обеспечения IVD (модуля QuantStudio 5 Dx)
QuantStudio 5 Dx.
5. Примите Лицензионное соглашение.
6 . Выберите «Обычная» в качестве настройки, затем нажмите «Далее».
7. Установите программное обеспечение на диск С:\.
Примечание: Если вы устанавливаете на компьютер, поставляемый клиентом, установите
программное обеспечение в предпочтительном месте.
8. Нажмите «Готово».
Активация функций ЗАЭП на настольном ПО
ВАЖНО! Для публикации шаблона, необходимо активировать функции ЗАЭП постоянно. Закройте
все файлы EDT и EDS.
1.
2.
систему".
Примечание: Войдите в систему из профиля пользователя ЗАЭП, которому назначена роль
администратора ЗАЭП.
3.
«Сохранить».
п р и л о ж е н и е В У с т а н о в к а и у п р а в л е н и е н а с т о л ь н ы м ПО
Установка программного обеспечения QuantStudio 5 Dx
Введите "Имя пользователя" и "Пароль", затем нажмите "Войти в
Выберите «Активировать параметры ЗАЭП», затем нажмите
99
--- стр. 465 ---
Настройка глобальных приоритетов настольного ПО
В строке меню выберите меню "Инструменты 0 Приоритеты".
2- Установите приоритеты на каждой вкладке.
П р и л о ж е н и е В У с т а н о в к а и у п р а в л е н и е н а с т о л ь н ы м ПО
Настройка глобальных приоритетов настольного ПО
Вкладка Опции Действие
По
умолчанию
Отображаемые
десятичные разряды
Введите число важных значение в экспортированных
результатах.
Эксперимент
Только
для ПО TD
Цикл начала исходного
уровня и
Цикл завершения
исходного уровня
Введите первый и последний циклы, которые будут
использоваться для расчета исходного уровня для
экспериментов, которые включают Амплификация.
Автоматический анализ Выберите выполнение автоматического анализа после
Автоматическое Выберите сохранение изменений после завершения
Печать Отключить цвет при
печати таблицы "Лунки"
Выберите, чтобы отключить цветную печать.
Экспорт Использовать последнее
местоположение файла или
Использовать папку по
умолчанию
Выберите, куда экспортировать результаты.
Нажмите «Обзор», затем выберите местоположение по
умолчанию.
Формат
отображени
я
Формат даты, Формат
времени и
Формат десятичной точки
Выберите форматы отображения. Эти форматы также
используются для экспорта или импорта данных.
100
--- стр. 475 ---
Приложение D Альтернативные процедуры
настройки матрицы
Создание нового файла EDT с использованием библиотек и файлов
• Используйте определения образца и мишени или SNP-анализа,
сохраненные в библиотеке [см. стр. 126).
• Импортируйте некоторые или все настройки шаблона:
Цель Действие 1№формдцта О настройке
Импорт информации об
образце
Импорт файла определения
образца [стр. 111 )
Имя образца
[Необязательно) Свойства
пользовательского образца
Импорт образцов, целей и
назначение лунок
Импорт файла настройки
планшета [стр. 111 )
Информация О настройке планшета:
“ Номер лунки
Имя образца
Цвет образца
Имя мишени
Красители
[Необязательно) Другая информация
0 лунке
Настройка схемы планшете
на развернутой таблице, не
сохраняя специальный
формат
или
Использование подгруппы
колонок на развернутой
таблице схемы планшета
Копирование и вставка из
файла XLS [стр. 112)
Информация О настройке планшета:
Номер лунки
Имя образца
Биологическая группа
Имя мишени
Задание
Красители
Количество
Комментарии
[Необязательно) Другая информация
0 лунке
Используйте полную
настройку шаблона из
существующего файла EDT
или EDS
Создайте новую шаблон из
существующей шаблона
или запустите файл
результатов [стр. 113)
Информация 0 настройке планшета,
как указано выше
Информация О реагентах
Температурный протокол
Настройки анализа
110
--- стр. 476 ---
Приложение D Альтернативные процедуры
настройки матрицы т
Импорт информации о планшете из файла
Определение
образцов с
использованием
файла определения
образцов
Импорт настроек
планшета из файла
настроек планшета
Импортируйте данные примера из файла определения образца, чтобы
включить его в настройку планшета. Файл определения образца может
быть файлом XLS или ТХТ-файлом.
1. Создайте файл определения образца в программе для работы с
электронными таблицами:
a. Создайте следующие заголовки колонок:
• Имя образца
• (Необязательно] Пользовательские свойства образца (до 32
пользовательских полей]
b. Введите имя образца и другие (дополнительные] свойства
образца в соответствующие колонки.
c. Сохраните файл как файл XLS или ТХТ-файл.
2. Создайте или откройте шаблон (файл EDT] в настольном
программном обеспечении.
3. На вкладке «Планшет» нажмите «Расширенные настройки».
4. В таблице «Образцы» нажмите 0 «Добавить», пока количество строк
не будет соответствовать количеству образцов в файле определения
образца.
5. Выберите В Действие Ш Импорт из файла.
6 . Перейдите в файл XLS или файл TXT и выберите «Открыть».
Файлы настройки планшета содержат информацию о настройке,
например, номер лунки, имя образца, цвет образца, имя мишени,
красители и другие параметры реакционного планшета.
Файлы настройки планшета мосзо" быть созданы путем экспорта
информации о настройках планшета из ранее проведенных экспериментов
одного и того же типа эксперимента (см. «Экспорт настроек шаблона или
данных и результатов эксперимента» на стр. 54].
Файлы настройки планшета могут быть в одном из следующих форматов:
EDT - формат файла шаблона
EDS - формат файла данных эксперимента
TXT - текстовый формат
CSV - формат значений, разделенных запятой
XML - формат XML
SDT - формат файла шаблона системы обнаружения
последовательности (SDS]
• SDS - формат 7900 v2.4
1. В настольном программном обеспечении выберите «Файл 0 Импорт
настроек планшета».
2. Нажмите «Обзор», перейдите и выберите файл для импорта, затем
нажмите «Выбрать».
3. Нажмите «Применить».
Данные настройки планшета из выбранного файла импортируются в
открытую шаблон.
111
--- стр. 477 ---
Копирование и Для лунок с одиночными целями Вы можете скопировать и вставить
информацию о схеме планшета из файла XLS в схему планшета настольного
ПО.
из 1. Создайте файл XLS в программе для работы с электронными таблицами:
Р '■ Приложение D Альтернативные процедуры
настройки матрицы
вставка
настроек
планшета
файла XLS а. Создайте следующие заголовки:
Лунка
Имя образца
Биологическая группа
"Цель"
Задание
Красители
Количество
Комментарии
b. Введите номер лунки и соответствующую информацию в каждую
колонку.
c. Отсортируйте колонку "Лунки" в порядке от 1 до 96.
d. Сохраните файл XLS.
2. Выберите, затем скопируйте колонку "Лунки", колонку «Имя образца» и
любую из других колонок, включая заголовки.
3. На вкладке «Планшет» настольного программного обеспечения
выберите = : «Таблица ’Лунки"», затем убедитесь, что номера колонок
находятся в порядке от 1 до 96.
4. В = таблице Лунки" наведите указатель мыши в первую ячейку под
заголовком "Образец" [рядом с А1], нажмите правой кнопкой мыши, а затем
выберите «Вставить» или «Вставить только образцы».
Любая из не скопированных колонок рассматривается как значения "Нуль"
для этих колонок.
112
--- стр. 478 ---
Приложение D Альтернативные процедуры
настройки матрицы
Создание нового файла EDT из существующих файлов EDT и EDS
ш
Создание нового
файла EDT из
существующего
открытого файла
EDT
Создание нового
файла EDT из
существующего
закрытого файла
EDT
Вы можете создать новую открытую или закрытую шаблон (EDT-файл] из
существующей открытой шаблона.
• На Д домашней странице выберите «Создать новый эксперимент 0
Шаблонова».
a. Перейдите и выберите нужную шаблон [EDT-файл], далее
нажмите "Открыть".
b. (Необязательно] Отредактируйте параметры шаблона.
c. Нажмите «Сохранить».
• В строке меню выберите меню "Файл И Открыть".
a. Перейдите и выберите н}^ную шаблон (EDT-файл], далее
нажмите "Открыть".
b. (Необязательно] Отредактируйте параметры шаблона.
c. Сохранить изменения как новую шаблон.
В строке меню выберите меню "Файл 0 Сохранить как".
В строке меню выберите меню "Файл 0 Сохранить как
закрытую шаблон".
На любой вкладке, выберите "Сохранить 0 Сохранить
как".
Вы можете создать новую закрытую шаблон (EDT-файл] из существующей
закрытой шаблона.
• У Вас должен быть пароль для существующей закрытой шаблона.
• Вы можете создать только новую закрытую шаблон.
В строке меню выберите меню "Файл 0 Открыть".
1. Перейдите и выберите нужную закрытую шаблон (EDT-файл], далее
нажмите "Открыть".
2. В окне «Открыть закрытую шаблон» выберите «Изменить», введите
пароль и нажмите «ОК».
3. (Необязательно] Отредактируйте параметры эксперимента; все
параметры могут быть изменены.
4. Сохранить изменения как новую шаблон.
• В строке меню выберите Файл 0 Сохранить как, затем введите и
подтвердите пароль для новой шаблона.
• На любой вкладке выберите Сохранить 0 Сохранить как,
затем введите и подтвердите пароль для новой шаблона.
Примечание: Пароль необходим для открытия шаблона с
неограниченными параметрами редактирования. Без пароля закрытую
шаблон можно открыть, но с ограниченными возможностями
редактирования (см. стр. 13].
Примечание: Запишите пароль, потому что потерянные пароли не могут
быть восстановлены.
113
--- стр. 479 ---
Приложение D Альтернативные процедуры
настройки матрицы
Создание нового
файла EDT из
существующего
открытого
файла EDS
Вы можете сохранить параметры шаблона открытого файла EDS в качестве
шаблона (файл EDT).
Примечание: Вы не можете использовать закрытый файл EDS для создания
нового файла EDT.
• Сохранить как новую открытую шаблон:
a. Откройте открытый файл EDS.
b. Выберите Файл Ш Конвертировать эксперимент в шаблон.
c. Перейдите к нужному местоположению, введите имя файла и
нажмите «Сохранить».
Сохраните как новую закрытую шаблон:
Откройте открытый файл EDS.
Выберите Файл 0 Сохранить как закрытую шаблон.
Введите и подтвердите пароль для новой шаблона.
Перейдите к нужному местоположению, введите имя файла и
нажмите «Сохранить».
Примечание: Пароль необходим для открытия шаблона с неограниченными
параметрами редактирования. Без пароля закрытую шаблон можно открыть,
но с ограниченными возможностями редактирования (см. стр. 13).
Примечание: Запишите пароль, потому что потерянные пароли не могут быть
восстановлены.
114
--- стр. 480 ---
Е П о д р о б н ы е п р о ц е д у р ы с о з д а н и я и л и
р е д а к т и р о в а н и я м е т о д а
Элементы метода.................................................................................................................115
Настройка параметров метода.....................................................................................116
Добавление или удаление этапа.................................................................................117
Добавление или удаление шага...................................................................................117
Настройка расширенных температурных зон (автоматическая дельта
функция и зоны VeriFlex™) 118
Выбор оптического фильтра.........................................................................................118
Редактирование шага увеличения для этапа диссоциации кривой
плавления 119
Редактируйте параметры метода на вкладке «Метод». Все настройки являются необязательными.
Элементы метода
©
О
©
о
■©
©
© ©
- G b - i
© О
1- Объем реакции
2- Температура нагреваемой крышки
3- Этап температурного протокола
4- Ш аг этапа
5- Температура на шаге
6- Время удержания шага
7- Число циклов
8- Скорость повышения температуры
115
--- стр. 481 ---
Настройка параметров метода
На вкладке "Метод":
П р и л о ж е н и е Е П о д р о б н ы е п р о ц е д у р ы с о зд а н и я и л и р е д а к т и р о в а н и я м е т о д а
Настройка параметров метода
температуру на шаге.
Выберите поле параметра метода для редактирования:
Объем реакции
Скорость повышения температуры
Температура на шаге
Время удержания шага
Число циклов
Перетащите мышью, чтобы быстро увеличить или уменьшить
• Нажмите чтобы включить или отключить сбор данных на каждом
шаге.
"Сбор данных вкл" позволяет анализировать данные, собранные во время ПЦР, для анализа в
реальном времени и устранения отказов.
• Нажмите О , чтобы настроить параметры для автоматической дельта
функции или зон VeriFlex для отдельных этапов (см. «Настройка расширенных температурных
зон (автоматическая дельта-функция и зоны VeriFlex™]» на стр. 118].
Примечание: На этапах кривой плавления дополнительные настройки не применяются.
А или V отображается на этапе ПЦР, когда включена функция автоматической дельта-функции
или зон VeriFlex соответственно.
• Отрегулируйте температуру нагреваемой крышки с помощью
настроек прибора (см. Инструкцию по работе с «Лмплификатором нуклеиновых кислот Applied
Biosystems QuantStudio 5Dxc гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме
реального времени»)].
116
--- стр. 482 ---
приложение Е Подробные процедуры создания
или оедактиоования метода 1
Добавление или удаление этапа
На вкладке "Метод":
1. Наведите к}фсор на верхний или нижний колонтитул этапа для
отображения Q и Е на границах этапа.
Примечание: При наведении на этап на шаге будут отображаться одни и те же символы, но они
применяются только к шагу.
2. Добавьте или удалите этап.
Опция ^ й с тв и е
Добавить этап 1. Выберите Е на левой или правой границе.
2. Выберите тип добавляемого этапа.
Удалить этап 1. Выберите Е .
См. «Добавление или удаление шага» на стр. 117 для редактирования этапов.
Добавление или удаление ш ага
На вкладке "Метод":
1. Наведите курсор на шаг для отображения Е и ±1
2. Добавление или удаление шага
• Нажмите Ш на левой или правой границе шага, чтобы добавить
шаг до или после, соответственно.
♦ Нажмите Е , чтобы удалить этот шаг.
117
--- стр. 483 ---
Настройка расширенных температурных зон (автоматическая дельта* функция и зоны
VeriFlex™ )
Настройте параметры для автоматической дельта-функции и зон VeriFlex ™.
• Автоматическая дельта-функция - увеличение или уменьшение
температуры цикла или времени удержания для шага на этапе циклирования [не применимо для
уровней "Удержание" или "Постоянное удержание").
• Зоны VeriFlex - независимые температурные зоны в пределах 5
соседних зон. Модуль прибора имеет 6 зон.
На вкладке "Метод":
Нажмите О [Расширенные настройки) на шаге.
Примечание: Любые изменения применяются только к шагу, на который Вы нажали.
2- Настройте либо зоны VeriFlex ™, либо автоматическую дельта
функцию для выбранного шага.
• Выберите VeriFlex затем введите температуру для каждой зоны.
Примечание: На вкладке «Планшет » на схеме планшета отображаются зоны VeriFlex
Чтобы просмотреть данные настройки, наведите указатель
мыши на V в каждой зоне.
Чтобы скрыть отображение зон, выберите В * Действие Ш Скрыть
зоны VeriFlex ™.
• Выберите "Автоматическая дельта-функция", затем введите
начальный цикл, температуру и время.
П р и л о ж е н и е Е П о д р о б н ы е п р о ц е д у р ы с о зд а н и я и л и р е д а к т и р о в а н и я м е т о д а
Настройка расширенных температурных зон [автоматическая дельта- функция и зоны VeriFIex™)
3. Нажмите «Сохранить».
Выбор оптических фильтров
Необходимость редактирования параметров оптического фильтра возникает редко и
предназначена только для расширенного или пользовательского использования.
Используйте функцию настройки оптических фильтров, чтобы выбрать фильтр, соответствующий
профилю пользовательского красителя.
На вкладке "Метод":
Выберите В Действие Ш Настройки оптического фильтра.
На экране показаны длины волн возб)окдения [х) и излучения [м), соответствующие каждому
фильтру.
2- Установите флажки для включения или отключения фильтров.
Таблица фильтров плавления доступна, если метод содержит этап кривой плавления. В
противном случае используйте таблицу "Фильтр ПЦР" для выбора оптических фильтров.
3- [Необязательно) Нажмите «Вернуться к значениям по умолчанию»,
чтобы сбросить фильтры.
4. Нажмите «Закрыть».
Для получения информации о красителях, считываемых каждым фильтром, см. Инструкцию по
работе с «Ампяификатором нуклеиновых кислот Applied Biosystems QuantStudio 5 Dx с
гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в режиме реального времени».
118
--- стр. 484 ---
Приложение Е Подробные процедуры создания
или редактирования метода
Р ед ак ти р о ван и е ш ага у в ел и ч ен и я д л я этап а д и ссоц и ац и и кр и во й п л авл ен и я
На вкладке "Метод":
• Выберите метод увеличения шага для этапа диссоциации (расположен
под графическим представлением температурного протокола).
Непрерывный (по
умолчанию)
Постоянно увеличивает температуру с шагом
нарастания (°С / сек).
Шаг и удержание Увеличивает температуру с шагом нарастания
(°С), затем удерживается при этой температуре в
Количество точек
данных на градус
Увеличивает температуру с шагом нарастания
(°С) и собирает указанное количество точек
данных на градус.
(Для всех параметров^ Отредактируйте шаг увеличения температуры.
a. Нажмите элемент увеличения шага на этапе "Диссоциация".
b. Введите значение или используйте стрелки вверх / вниз
(значение по умолчанию ■ 0,15 °С/сек).
• (Только шаг и удержание] Отредактируйте время удержания после
каждого увеличения температуры.
a. Нажмите поле времени рядом с "Шаг и удержание".
b. Введите значение или используйте стрелки вверх / вниз (по
умолчанию - 5 секунд).
• (Только "Количество точек данных на градус") Отредактируйте
количество точек данных, которые будут собираться с каждым увеличением градуса.
a. Нажмите количество элементов точек данных на этапе
"Диссоциация".
b . Введите значение или используйте стрелки вверх / вниз (по
умолчанию -10 точек данных).
119
--- стр. 485 ---
F Подробные процедуры настройки
данных и библиотек планшетов/лунок
Определение атрибутов планшета........................................................................... 121
Выбор лунок на планшете............................................................................................. 121
Назначение атрибутов лунок [подвкладка "Быстрые настройки") ....122
Определение и назначение атрибутов лунок [подвкладка
Расширенные настройки")122
Назначение задания лункам........................................................................................ 123
Определение и настройка стандартных разведений ....................................124
Определение и назначение групп биологических реплик ........................125
Обзор библиотек...................................................................................................................
Управление библиотекой красителей...................................................................127
Определение образцов....................................................................................................128
Определение целей..............................................................................................................
Определение анализов SNP.......................................................................................... 132
120
--- стр. 486 ---
Приложение F Подробные процедуры настройки данных и !|Э
библиотек планшетов/лунок
Определение атрибутов планшета
См. «Конфигзфация параметров относительного количественного определения» на стр. 142 для
других параметров анализа на уровне планшета.
На вкладке "Планшет":
1. Выберите "Быстрые настройки".
2. В области "Атрибуты планшета" выберите пассивный эталон из
выпадающего списка.
3. (Только эксперименты со стандартной кривой и на сравнение Ct) В
области "Атрибуты планшета":
a. Выберите эталонный образец в выпадающем списке.
b. В выпадающем списке выберите "Эндогенный контроль".
Чтобы выбрать несколько элементов эндогенного контроля, см. «Конфигурация параметров
относительного количественного определения» на стр. 142].
Выбор л унок на планш ете
На вкладке ;;;Г'Схема планшета";
0(ель Действие
Выбор отдельной лунки Выберите лунку на планшете
Выбор нескольких лунок Выберите и выделите курсором на планшете
Выбор смежных лунок Выберите лунки на планшете, зажав клавишу
"Shift"
Выбор несвязных лунок Выберите лунки на планшете, зажав клавишу "Ctrl"
Выбор колонки лунок Выберите заголовок колонки
Выбор всех лунок
Выбор блока лунок
Нажмите на верхний левый угол сетки планшета
Нажмите на лунку, чтобы выбрать угол, затем
нажмите на другую лунку в противоположном
углу, зажав клавишу "Shift"
Отмена выбора
отдельной лунки
Нажмите на выбранные лунки, зажав клавишу
"Ctrl"
На вкладке = таблицы "Лунки":
Д ^ с тв и е
Выбор отдельной лунки Выберите строку в таблице
Выбор нескольких лунок Выберите и выделите курсором в таблице
Выбор смежных лунок Выберите строки в таблице, зажав клавишу "Shift"
Выбор несвязных лунок Выберите строки в таблице, зажав клавишу "Ctrl"
Отмена выбора
отдельной лунки
Нажмите на выбранную строку, зажав клавишу
"Ctrl"
121
--- стр. 487 ---
На подвкладке Быстрая настройка назначьте атрибзты лунок пзггем прямого ввода в текстовые
поля или путем выбора пользовательских образцов и целей или анализов SNP из выпадающих
списков.
На вкладке "Планшет":
1.
2.
таблице "Лунки".
3.
Приложение F Подробные процедуры настройки данных и
библиотек планшетов/лунок
Назначение атрибутов лунок (подвкладка "Быстрые настройки")
или SNP-анализов.
Выберите "Быстрые настройки".
Выберите лунки на планшете на "Схеме планшета" или в =
Назначьте атрибуты лунки для выбранных лунок.
В текстовые поля введите имена новых образцов и новые мишени
• В выпадающем списке выберите определенный пользователем
образец и цель или SNP-анализ.
Дополнительные сведения об определении или импорте образцов и мишени или анализов SNP см.
на "Определение и назначение атрибутов лунок (расширенные настройки)".
Примечание: На подвкладке Расширенные настройки" измените выбор по умолчанию для
репортерных красителей и гасителей и для задач (см. стр. 123).
4. (Необязательно) Введите комментарии для выбранных лунок.
Определение и назначение атрибутов лунок (подвкладка "Расширенные настройки")
На подвкладке "Расширенные настройки" определите или импортируйте образцы и мишени или
анализы SNP, затем назначьте атрибуты лунок.
На вкладке "Планшет":
Выберите "Расширенные настройки".
2- В таблице «Образцы» определите образцы (см. стр. 128).
3- В таблице "Мишени" или "SNP-анализы";
Определите мишени или анализы SNP (см. стр. 130 или стр. 132,,
соответственно).
Выберите задание обнаружения из раскрывающегося списка
колонки "Задание" (см. стр. 123).
Назначьте атрибуты лунки.
3- Выберите лунки на планшете на "Схеме планшета" или в =
таблице "Лунки".
Ь- Установите флажок для определенного образца.
С- Установите флажок для определенной мишени или SNP-анализа.
122
--- стр. 488 ---
Н азн ач ен и е зад ан и я л ун к ам
На вкладке "Планшет":
1.
2.
таблице "Лунки".
3.
анализа.
4.
"Задание".
Приложение F Подробные процедуры настройки данных и И З
библиотек планшетов/лунок
Выберите "Расширенные настройки".
Выберите лунки на планшете на :::: "Схеме планшета" или в —
В таблице "Мишени" или "SNP" установите флажок мишени или SNP-
Выберите задание обнаружения из раскрывающегося списка колонки
Обнарзокение заданий для целей и анализов SNP
Ш Неизвестно (по
умолчанию)
Лунка содержит исследуемые образцы с неизвестным генотипом.
КЗ Отрицательный
контроль / Контроль
без матрицы
Лунка содержит воду или буфер вместо образца.
9 Стандарт[1] В лунке содержатся образцы с известными стандартными величинами.
Примечание: Для стандартного задания обнаружения, введите
стандартную величину в колонке "Количество".
И Положительный
контроль - Аллель 1 /
Аллель! [2]
В лунке содержатся образцы, гомозиготные для аллели 1.
Ш Положительный
контроль - Аллель 2 /
Аллель 2 [2]
В лунке содержатся образцы, гомозиготные для аллели 2.
Н Положительный
контроль - Аллель 1 /
Аллель 2 [2]
В лунке содержатся образцы, гетерозиготные для аллелей 1 и 2.
D Внутренний
положительный
контроль [3]
Реакция ПЦР содержит короткую синтетическую ДНК-шаблон, чтобы
отличать истинные отрицательные результаты (то есть цель отсутствует
в образцах) и отрицательные результаты, вызванные ингибиторами ПЦР,
неправильными условиями анализа или отказом реагента или
инструмента.
в Заблокированный
ВПК [31
Лунка содержит блокирующий агент ВПК, который блокирует
амплификацию ВПК.
БКУ - без контроля
амплификации [3]
Реакция ПЦР содержит блокирующий агент ВПК вместо образца.
Никакой амплификации не должно происходить в лунках отрицательного
контроля - заблокированного ВПК, потому что в реакции не содержится
образца, а амплификация ВПК блокируется агентом.
[1] Только для экспериментов со стандартной кривой и с относительной стандартной кривой.
[2] Только для экспериментов по генотипированию.
[3] Только для экспериментов на присутствие/отсутствие.
123
--- стр. 489 ---
Примечание: Применимо только для экспериментов со стандартной кривой и с относительной
стандартной кривой. На вкладке "Планшет":
Выберите В Действие Ш Определить и установить стандарты.
Выберите "Однократная" или "Многократная" из выпадающего списка
Приложение F Подробные процедуры настройки данных и
библиотек планшетов/лунок
Определение и настройка стандартных разведений
1.
2.
'Модель".
может быть выражено как копии, копии/рл, нг/рл или как
[Необязательно] Выберите цель из выпадающего списка.
Введите параметры серии разведений.
• Количество точек разведения ■ рекомендуется 5
• Количество повторов - рекомендуется 3
• Начальное количество - наивысшая или самая низкая стандартная
величина, без единиц.
Примечание: Количество
относительные разведения.
Примечание: Используйте Е, чтобы указать номер экспонента, используя на)^ную нотацию.
Например, чтобы указать 1.23 х 104, введите 1.23Е4.
• С ерийны й коэф ф и ц и ен т
Примечание: Серийный коэффициент вычисляет величины для всех стандартных точек кривой.
Начальное количество - самое высокое значение - выберите
1:1 0- 1:2.
Начальное количество - самое низкое значение - выберите 2 х
- 10 X. ^
Примечание: Значения оси Y стандартной кривой рассчитываются исходя из начального
количества и серийного коэффициента. Фактические результаты могут отличаться от
предварительного просмотра.
Выберите и упорядочите скважины для использования в стандартах.
• Выберите «Автоматически выбирать скважины для меня».
• Выберите «Позвольте мне выбрать лунки», затем выберите лунки,
используя отображаемую схему планшета.
6.
7.
умолчанию.
8.
на вкладку «Планшет».
Выберите, чтобы упорядочить стандарты в колонках или строках.
(Необязательно] Нажмите «Сброс», чтобы вернуться к значениям по
Нажмите «Применить», затем нажмите «Закрыть», чтобы вернуться
Назначение
стандартных
разведений
вручную
Примечание: Применимо только для экспериментов со стандартной кривой и
с относительной стандартной кривой. На вкладке "Планшет":
1. Выберите лунки на:::: "Схема планшета” или в = таблице "Лунки".
2. Установите флажок для мишени, выберите из ш выпадающего списка
"Задания", затем введите количество.
3. Повторите, чтобы завершить стандартную серию разведений.
124
--- стр. 490 ---
Приложение F Подробные процедуры настройки данных и
библиотек планшетов/лунок
Определение и назначение групп биологических реплик
Группы биологических реплик могзгг использоваться в экспериментах со стандартной кривой,
относительной стандартной кривой, на сравнение Ct и в пользовательских экспериментах.
На вкладке "Планшет":
1. Выберите "Расширенные настройки".
2. Определение групп биологических реплик:
a. В таблице «Группы биологических реплик» нажмите Е)
«Добавить».
b . (Необязательно) Выберите ячейку, чтобы изменить цвет, имя или
комментарии.
c. (Необязательно) Нажмите X чтобы удалить группу
биологических реплик из таблицы.
3. Чтобы назначить группы биологических реплик: __
a. Выберите лунки на планшете на :::: "Схеме планшета" или в “
таблице "Лунки".
b. В таблице «Группы биологических реплик» установите флажок в
группе биологических реплик.
125
--- стр. 491 ---
Приложение F Подробные процедуры настройки данных и
библиотек планшетов/лунок
Анализ библиотек
Применение
фильтра для
поиска
библиотеки
Библиотеки содержат сохраненную информацию для повторного
использования в будущих шаблоновах. Доступные библиотеки:
Библиотека красителей
Библиотека образцов
Библиотека целей
Библиотека анализов SNP
Библиотека параметров анализа Для доступа к библиотекам:
В строке меню выберите Инструменты 0 (Библиотека по выбору}.
На вкладке «Планшет» открытого файла EDT или EDS нажмите
Расширенная настройка», затем выберите
В Действие Ш Импорт из библиотеки.
Вы можете отфильтровать библиотеки по настройкам образцов, анализов
SNP, целей и анализов.
1. Доступ к соответствующей библиотеке.
• В строке меню выберите Инструменты 0 (Библиотека по
соответствию].
• На вкладке «Планшет» открытого файла EDT или EDS нажмите
«Расширенная настройка», затем выберите
В Действие Ш Импорт из библиотеки.
2. В выпадающем списке выберите функцию. Каждая колонка таблицы
является доступной функцией.
3. Выберите условие из второго выпадающего списка, чтобы определить
функцию. Условия будут отличаться по характеристикам.
4.
5.
Введите значение или текст для фильтрации.
Нажмите «Применить фильтр».
126
--- стр. 492 ---
У п равлен и е б и б л и о тек о й к р аси тел ей
Выберите «Инструменты 0 Библиотека красителей», чтобы открыть диалоговое окно
«Библиотека красителей».
Вы можете создавать, редактировать или удалять пользовательские красители в диалоговом окне
"Библиотека красителей".
Примечание: Для полз^ения подробной информации о специальных красителях и их калибровке и
выборе оптического фильтра см. Инструкцию по работе с «Амплификатором нуклеиновых кислот
Applied Bio^stem s QuantStudio 5 Dxc гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов ПЦР в
режиме реального времени».
• Создание нового [пользовательского] красителя.
a. Выберите "Новый".
b. Введите имя и длину волны.
c. Выберите тип: Репортерный краситель, гаситель, или оба типа
d. Нажмите «Сохранить».
• Отредактируйте пользовательский краситель.
Вы не можете редактировать существующие (системные) красители в "Библиотеке красителей".
a. Выберите пользовательский краситель и нажмите
«Редактировать».
b . Измените настройки для красителя, затем нажмите «Сохранить».
• Удалите пользовательский краситель.
Вы не можете удалить существующие (системные) красители из "Библиотеки красителей".
a. Выберите пользовательский краситель и нажмите «Удалить».
b. Нажмите "ОК", чтобы подтвердить удаление.
Приложение F Подробные процедуры настройки данных и 1 Э
библиотек планшетов/лунок w
127
--- стр. 498 ---
Определение и
сохранение анализов
SNP в библиотеке
анализов SNP
Приложение F Подробные процедуры настройки данных и 1Д
библиотек планшетов/лунок "w
Определите и сохраните анализы SNP в библиотеке анализов SNP для
глобального использования.
В качестве альтернативы, чтобы сохранить анализы SNP из таблицы
"Анализы SNP" непосредственно в библиотеку анализов SNP, выберите
строку анализов SNP в таблице "Анализы SNP", затем выберите
В Действие Ш Сохранить в библиотеку.
1. Доступ в библиотеку анализов SNP для определения и хранения
целей для глобального использования.
• В таблице «Анализы SNP» вкладки «Планшет» (подвкладка
«Расширенные настройки»] выберите
В Д ей стви е 1 ? 1 И м порт из б и бли отеки .
• В строке меню выберите меню "Инструменты 0 Библиотека
анализов SNP".
2, В диалоговом окне «Библиотека анализов SNP» определите,
импортируйте или отредактируйте анализы SNP:
Опция
Создайте новый анализ
SNP в библиотеке.
1. Выберите "Новый".
2. В диалоговом окне «Новый анализ SNP»
введите или выберите атрибуты для нового
анализа SNP.
3. Нажмите "ОК".
Импортируйте анализы
SNP из файлов TXT или
XML в библиотеку
1. Нажмите "Импортировать" или
"Импортировать ИФА"
2. Перейдите к файлу и выберите его,
затем нажмите «Импортировать».
Редактирование
атрибутов
существующего анализа
SNP в библиотеке
1. Дважды нажмите на строку анализов
SNP.
2. В диалоговом окне «Редактировать
анализ SNP» отредактируйте атрибуты для
анализа SNP.
133
--- стр. 499 ---
G Конфигурация настроек анализа и
обзор флагов
Конфигурация настроек анализа ............................................................................134
Вкладка настроек Ct...........................................................................................................
Вкладка настроек флага...................................................................................................
Вкладка расширенных настроек................................................................................ 139
Вкладка настроек стандартной кривой................................................................140
Вкладка настроек относительного количественного определения.... 141
Вкладка настроек сигнала...............................................................................................
Вкладка настроек кривой плавления.....................................................................146
Ф лаги...........................................................................................................................................
Конфигурация настроек анализа
В этом разделе описываются параметры анализа, которые применяются ко
всем типам экспериментов, если не указано иное.
• Чтобы получить доступ к настройкам анализа:
На вкладке «Результаты» нажмите O ' (в правом верхнем углу].
В строке меню выберите «Анализ Ш Настройки анализа».
• Повторное использование настроек см. в разделе «Загрузка настроек из
Библиотеки настроек анализа» на стр. 135.поИнструкции
настройке
условий анализа Настройки анализа по умолчанию для каждого типа эксперимента различны и
определяют:
• Как рассчитываются исходный и пороговый уровень, а также пороговый
цикл (Ct)
• Какие флаги включены
• Друг’ие настройки анализа, характерные для типа эксперимента.
Рекомендации по настройке анализа:
• Мы рекомендуем проанализировать эксперимент с настройками анализа
по умолчанию.
• Если настройки анализа по умолчанию не подходят для эксперимента,
измените настройки в диалоговом окне «Настройки анализа», а затем
повторите анализ эксперимента.
• Сохраните измененные настройки анализа в Библиотеке параметров
анализа.
134
--- стр. 500 ---
Обзор и
конфигурация
настроек условий
анализа
На вкладке "Ре^льтаты ”:
1. Нажмите М (в правом верхнем углу].
2. Просмотрите и (необязательно] настройте параметры анализа.
Пошаговые инструкции по настройке параметров анализа см.
соответствующем разделе этой главы.
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор флагов т
Загрузка настроек
из библиотеки
настроек условий
анализа
3. Нажмите «Применить».
4. Нажмите «Анализировать», чтобы повторить анализ эксперимента с
новыми настройками.
5. (Необязательно] Чтобы сохранить настройки в Библиотеке настроек
анализа, нажмите «Сохранить».
6. (Необязательно) Чтобы вернзггься к настройкам по умолчанию,
нажмите «Восстановить»
1. Доступ к библиотеке настроек анализа.
• На вкладке «Результаты» нажмите (в правом верхнем углу].
• В строке меню выберите «Анализ 0 Настройки анализа».
Сохранение
настроек в
библиотеку
настроек условий
анализа
2. Нажмите "Загрузить".
3. Настройте запрос фильтра, затем нажмите «Применить фильтр».
4. Выберите настройку, затем нажмите «Использовать выбранные».
5. Нажмите «Применить».
Проведите повторный анализ, чтобы увидеть результат настроек.
1.
2.
3.
4.
Доступ к библиотеке настроек анализа.
На вкладке «Результаты» нажмите О (в правом верхнем углу].
В строке меню выберите «Анализ 0 Настройки анализа».
Нажмите «Сохранить».
Введите имя протокола анализа, затем нажмите «Сохранить».
Нажмите «Применить».
135
--- стр. 501 ---
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор флагов
Вкладка настроек
Ct
Обзор настроек Ct Настройки Ct по умолчанию подходят для
Конфигурация настроек - это опция для
Таблица 27. неожиданных данных эксперимента.
Настройки Ct Примечание: Функция "Настройки Ct" недоступна для экспериментов без
этапа ПЦР, таких как эксперименты с кривой плавления.
большинства приложений,
анализа нетипичных или
Н астрой ка О писание
В ы бор ш ага д ан н ы х Определяет комбинацию этап / шаг для анализа Ct [когда в методе
эксперимента имеется более одной точки сбора данных].
Настройки алгоритма -
И сходное п ороговое
зн ач ен и е
Для вычисления значений Ct используется алгоритм исходного порогового
значения.
Этот алгоритм представляет собой алгоритм оценки выражений, который
вычитает базовый компонент и устанавливает порог флуоресценции в
экспоненциальной области.
Настройки алгоритма -
О тноси тельн ое
п ороговое зн ач ен и е
U_________________________
Алгоритм относительного порогового значения [Crt] используется для
вычисления значений Crt.
Настройки Ct по
умолчанию
Определяет, как установлен алгоритм исходного порогового значения.
Настройки по умолчанию Ct используются для целей, если у них нет
пользовательских настроек.
См. Таблицу 28 для рекомендаций по настройке исходных и пороговых
значений.
Настройки Ct для
целей
• Настройки по умолчанию выбраны - Настройки Ct по умолчанию
используются для вычисления значений Ct для мишени.
• Настройки по умолчанию не выбраны - Программное обеспечение
позволяет выполнить ручную настройку исходного или порогового
значения.
См. Таблицу 28 для рекомендаций по настройке исходных и пороговых
значений.
Таблица 28. Рекомендации по ручной настройке порогового и исходного значения
Н астройка Р<еяС||мендация
Пороговый
уровень
Введите значение для порогового уровня, чтобы пороговое
значение было:
• Выше фонового.
• Ниже фазы плато и линейной фазы кривой
амплификации.
Исходный уровень Выберите значения начального цикла и конечного цикла так,
чтобы исходный уровень заканчивался до обнарз^ения
значительного сигнала флуоресценции.
136
--- стр. 505 ---
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор флагов
Вкладка настроек стандартной кривой
Обзор настроек
стандартной
кривой
Выбор
альтернативной
стандартной
кривой
Вы можете использовать стандартную кривую из другого эксперимента и
применить ее к текущему эксперименту. Два эксперимента должны быть
выполнены на приборе, модуле одного и того же типа, с одинаковым методом
проведения.
По умолчанию для анализа используется стандартная кривая из текущего
эксперимента. Однако можно использовать стандартную кривую, полученную
из другого эксперимента.
1. Откройте вкладку «Настройки стандартной кривой».
• На вкладке «Результаты» нажмите [в правом верхнем углу], затем
перейдите на вкладку «Настройки стандартной кривой».
• В строке меню выберите «Анализ И Настройки анализа Ш Настройки
стандартной кривой».
2. Выберите Использовать стандартную кривую, импортированную из
другого эксперимента".
Нажмите «Импорт», затем выберите стандартную кривую.3.
4. Нажмите «Применить».
Проведите повторный анализ, чтобы увидеть результат настроек.
140
--- стр. 506 ---
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор Флагов
Вкладка настроек относительного количественного определения
т
Обзор настроек
относительного
количественного
определения
На вкладке «Относительные параметры количественного определения»
Параметр Описание ^
Тил анализа Выберите многократный или однократный анализ.
Приоритеты Установите контрольный образец или установите группу
биологических реплик в качестве эталонного образца.
Эндогенный контроль Измените эндогенный контроль или выберите
несколько элементов эндогенного контроля.
Эффективность
(Только
эксперименты
на сравнение
Ct)
Установите эффективность усиления для цели.
Эффективность усиления для каждой цели
рассчитывается из стандартной серии разведений в
экспериментах с относительной стандартной
кривой.
Отклонение выбросов
(Только для многократных
реакций)
Выбросы с значениями ДСд (ACt или ACrt),
меньшими или равными введенному значению,
отклоняются.
Расчеты RQ Min / Мах Определяет алгоритм, используемый для
вычисления минимального и максимального
значений относительной количественной оценки
(строки ошибок).
- Уровень достоверности - Выберите для
вычисления минимальных и максимальных
значений RQ на основе выбранного уровня
достоверности.
• Стандартные отклонения - Выберите для
вычисления минимальных и максимальных
значений RQ на основе выбранного количества
стандартных отклонений.
141
--- стр. 507 ---
приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор Флагов
Конфигурация
настроек
относительного
количественного
определения
1. Откройте вкладку «Настройки относительного количественного
определения».
• На вкладке «Результаты» нажмите O ’ [в правом верхнем углу), затем
перейдите на вкладку «Настройки относительного количественного
определения».
• В строке меню выберите «Анализ Ш Настройки анализа 0 Настройки
относительного количественного определения».
2. Отредактируйте настройки относительного количественного
определения.
П араметр 0(€^ствие
Тип анализа Выберите многократный или однократный анализ.
П риоритеты Выберите эталонную группу биологических реплик и
эталонный образец.
Примечание: Если образец, который вы хотите
использовать, не указан, перейдите на вкладку
«Планшет», затем добавьте образец в шаблон Гем. стр
1201.
Эндогенный контроль Выберите цель для использования в качестве
эндогенного контроля. Для нескольких элементов
эндогенного контроля выберите «Несколько элементов
контроля», выберите элементы контроля из списка и
нажмите «ОК».
Примечание: Если образец, который вы хотите
использовать, неуказан, перейдите на вкладку
«Планшет», затем добавьте образец в шаблон (см. стр,
120].
Эффективность
Только эксперименты
на сравнение Ct
Дважды нажмите на поле в колонке Эффективность (%),
введите процентное значение, затем нажмите за
пределами поля.
Примечание: Процент эффективности, отличный от
100%, приводит к использованию алгоритма
относительной стандартной кривой.
Отклонение выбросов
Только
многократные анализы
Установите флажок и введите пороговое значение ACq
(ACt или ACrt]. Выбросы с значением ACq (ACt или ACrt],
меньшим или равным введенному значению,
отклоняются из анализа.
Расчеты RQ Min / Мах Выберите алгоритм для вычисления минимального и
максимального значений относительной
количественной оценки (строки ошибок].
• Уровень достоверности - Выберите уровень
достоверности из выпадающего списка.
• Стандартные отклонения - выберите 1, 2 или 3
стандартных отклонения из выпадающего списка.
Проведите повторный анализ, чтобы увидеть результат настроек.
142
--- стр. 508 ---
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор флагов
Вкладка настроек сигнала
Обзор
настроек
сигнала
(генотипирова
ние]
Используйте вкладку настроек сигнала, чтобы:
• Изменить настройки анализа данных.
• Изменить настройки сигнала по умолчанию (для анализов SNP без
пользовательских настроек сигналов] или пользовательские настройки
сигналов для отдельных анализов SNP.
Таблица 29. Варианты настройки анализа данных (эксперименты по генотипированию]
Н астройка анализа данны х Описание Olit-
Анализ данных только из показания после ПЦР Для определения сигналов используются только
данные показаний после ПЦР.
Анализ данных из показания до ПЦР и показания
после ПЦР [1]
Показание до ПЦР вычитается из показания
после ПЦР для определения сигнала.
Анализ данных Rn в режиме реального времени
[2,3]
Для определения сигналов используются
нормированные данные репортерного
красителя (Rn) из выбранного пользователем
цикла этапа циклирования.
Анализ Rn-медианы в режиме реального
времени (Rna-Rnb) [2,4,3]
Для определения сигналов используется
быстрое значение Rn, вычитаемое из исходного
значения, из выбранного пользователем цикла
этапа циклирования. Быстрое значение Rn,
вычитаемое из исходного значения,
представляет собой Rn минус медианное
исходное значение.
Анализ данных dRn в режиме реального времени
[2,3]
Для определения сигналов используется
нормальное значение ARn (dRn) из выбранного
пользователем цикла этапа циклирования. ARn
вычисляется путем вычитания линии
наил)^ш его соответствия через исходнзпо
область.
[1] Метод запуска должен включать этап предварительного показания.
[2] Сбор данных должен быть включен во время этапа ПЦР.
[3] Анализ не ограничивается последним циклом; отрегулируйте цикл анализа, используя
функцию «Показать следы», при просмотре графика дискриминации аллелей.
[4] Rna - Rnb относится ко всем циклам от номера начального цикла до номера конечного цикла
исходного уровня.
Я а о ^ й к а сигнала Ш гасание
Автоматический вызов сигнала включен Алгоритм автоматического вызова сигналов
используется для создания сигнала генотипа.
Сохранять сигналы, генерированные
вручную, из предыдущего анализа
Если автоматический вызов сигнала включен, он
поддерживает сигналы, генерированные врзд 1ную.
Значение качества Значение качества - это собственная оценка
вероятности правильного выбора генотипирования
(связанного с правильным кластером).
Если значение качества меньше заданного значения,
сигнал не определен.
143
--- стр. 509 ---
f П приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзоо флагов
Конфигурац
ИЯ настроек
сигнала
(генотипиро
вание)
Эти инструкции предназначены для экспериментов по генотипированию. См.
«Конфигурация настроек сигнала (присутствие/отсутствие)» на стр. 145 для
настройки параметров сигнала в экспериментах на присутствие/отсзггствие.
1. Откройте вкладку «Настройки сигнала».
• На вкладке «Результаты» нажмите О [в правом верхнем углу), затем
нажмите
вкладку «Настройки сигнала».
• В строке меню выберите «Анализ Ш Настройки анализа S Настройки
сигнала».
2. Выберите настройки анализа данных.
Примечание: Для настройки анализа данных в режиме реального времени вы
можете использовать функцию «Показывать следы» для настройки цикла
анализа. Просмотрите график дискриминации аллелей, затем нажмите <£>,
чтобы отобразить шкалу "Показывать следы".
3. Нажмите «Изменить настройки по зпчолчанию», чтобы изменить
настройки по умолчанию. Внесите изменения в настройки, затем нажмите
«Сохранить изменения».
4. Выберите один или несколько анализов SNP в таблице, затем отмените
выбор параметров по умолчанию, чтобы использовать пользовательские
настройки сигнала для анализа SNP.
а. Определите пользовательские настройки сигнала:
5. Нажмите «Применить».
Проведите повторный анализ, чтобы увидеть результат настроек.
144
--- стр. 510 ---
Обзор настроек
сигнала
(присутствие/от
сутствие]
Используйте вкладку настроек сигнала, чтобы:
• Изменить настройки анализа данных.
• Изменить настройки сигнала по умолчанию (для анализов без
пользовательских настроек сигналов) или пользовательские настройки
сигналов для отдельных анализов.
Таблица 31. Варианты настройки анализа данных (эксперименты на
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор Флагов
Конфигурация
настроек
сигнала
(присутствие/от
сзггствие)
Н агтппйка анали.ча данных
А нализ данны х только из
показания после ПЦР
Для определения сигналов используются
только данные показаний после ПЦР.
А нализ данны х из показания
до ПЦР и показания после ПЦР
Показание до ПЦР вычитается из показания
после ПЦР для определения сигнала.
Таблица 32. Варианты настройки сигналов (эксперименты на
Н астройка
сигнала
Описание
Значение
достоверности
Какое значение достоверности используется для определения
пороговых значений сигнала мишени и ВПК.
- Более низкое доверительное значение или больше
элементов контроля обычно приводит к более низкому
расчетному пороговому значению.
• Более высокое значение достоверности или меньшее
количество элементов контроля обычно приводит к более
высокому расчетному пороговому значению.
Эти инструкции предназначены для экспериментов на
присутствие/отсутствие. См. «Конфигурация настроек сигнала
(генотипирование)» на стр. 144 для настройки параметров сигнала в
экспериментах на генотипирование.
1. Откройте вкладку «Настройки сигнала».
• На вкладке «Результаты» нажмите (в правом верхнем углу),
затем нажмите
вкладку «Настройки сигнала».
• В строке меню выберите «Анализ 0 Настройки анализа 0
Настройки сигнала».
2. Выберите желательные настройки анализа данных.
3. Нажмите «Изменить настройки по умолчанию», выберите значение
достоверности, которое будет использоваться для вызовов
присутствия/отсутствия, затем нажмите «Сохранить изменения».
4. Используйте настраиваемые исходные настройки для мишени.
a. Выберите одну или несколько целей в таблице, а затем отмените
выбор настроек по умолчанию.
b. Выберите значение достоверности.
5. Нажмите «Применить».
Проведите повторный анализ, чтобы увидеть результат настроек.
145
--- стр. 511 ---
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор Флагов
В кладка настроек кривой плавления
Обзор настроек
кривой
плавления
Конфигурация
настроек кривой
плавления
Используйте вкладку настроек кривой плавления, чтобы:
М ногопиковый
сигнал
Описааие
Включено Ожидается, что усилится более одного продукта
ПЦР.
Т т будет определяться для более чем одного
пика.
Отключено Ожидается, что один продукт ПЦР будет
усиливаться.
Т т будет определяться для одного пика.
• (^юлько для многопиковых сигналов)
обнаружения для дополнительных пиков.
Опция
Отрегулируйте уровни
Описание
Порог сигнала пика
1.
как
пика.
Пиковы й уровеньУкажите значение дробного уровня
относительно дополнительный порог обнаружения
доминирую щ его пикаОбнарзокенные пики измеряются относительно
высоты самого высокого пика, который имеет
идеальный дробный уровень 100%. Значение по
умолчанию - 10%. Например, установите пороговое
значение обнаружения дробного уровня на 40, тогда
пики выше 40% самого высокого пика
и пики ниже 40% рассматриваются как шум.
Укажите абсолютное значение уровня
флуоресценции в качестве порогового значения
сигнала пика. Абсолютная флуоресценция
измеряется на оси производного репортерного
красителя (-dRn '). Будут обнаружены только те
пики, которые появляются выше порога сигнала
пика. Например, установите значение уровня
флуоресценции на уровне 90000, тогда пики
флуоресценцией выше 90000
и пики ниже 90000 считаются шумом.
Откройте вкладку «Настройки кривой плавления».
• На вкладке «Результаты» нажмите О [в правом верхнем углу), затем
перейдите на вкладку «Настройки кривой плавления».
• В строке меню выберите «Анализ I? ! Настройки анализа Ш Настройки
кривой плавления».
2. Выберите цель в таблице
3. Настройте сигнал на основе количества продуктов ПЦР, которые вы
прогнозируете усилить.
4. Нажмите «Применить».
Проведите повторный анализ, чтобы увидеть результат настроек.
146
--- стр. 512 ---
приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзоо флагов '
Флаг ..........{Опвсаиаиеги _____
Флаги предварительной обработки
BADROX Плохой пассивный эталонный сигнал
OFFSCALE Флуоресценция не в масштабе
NOISE Шум превышает другие сигналы на планшете
NOSIGNAL Сигнал из лунки не получен
NOAMP Амплификация отсутствует
PRFDROP Сигнал флуоресценции от пассивного эталонного значения значительно
меняется в пределах заданного диапазона вокруг расчетного Cq (Ст или Crt) д л я
данной лунки.
PRFLOW Д л я группы реплик данной лунки, средний пассивный эталонный сигнал
находится ниже процента от эталонного значения, определенного в параметрах
анализа.
SPIKE Всплески шума
Основные флаги во время анализа
BLFAIL Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать исходную
область для кривой амплификации.
CQCONF Расчетная достоверность для значения Cq [Ст или C rt) меньше заданного
минимального значения.
CRTAMPLITUDE Амплитуда кривой амплификации ПЦР значительно ниже, чем другие кривые,
генерируемые для соответствующей мишени.
CRTNOISE Кривая амплификации ПЦР обнарзокивает значительное количество
необъяснимой изменчивости по сравнению с другими кривыми, генерируемыми
для соответствующей мишени.
CTFAIL Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать Ct для кривой
амплификации.
DRNMIN Нормализованная флуоресценция (ARn) падает ниже заданного порога.
EXPFAIL Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать экспонентн}по
область для кривой амплификации.
THOLDFAIL Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать пороговое
значение для кривой амплификации.
Дополнительные флаги во время анализа
МТР Анализ кривой плавления показывает более одного пика.
AMPNC Амплификация в отрицательном контроле
HIGHSD Высокое стандартное отклонение в группе реплик
OUTLIERRG Выброс в группе реплик
PCFAIL Положительный контроль не попадает в обозначенный кластер (эксперимент по
генотипированию).
SMCLUSTER Количество точек данных в ассоциированном кластере меньше заданного
предела.
[1] См. следзтощий раздел для подробного описания и устранения отказов для каждого флага.
147
--- стр. 513 ---
приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор Флагов
AMPNC - Амплификация в отрицательном контроле.
AMPNC Этот флаг указывает, что последовательность в реакции отрицательного
контроля усиливается. Если лунка отмечена флагом, подтвердите результаты:
1. Выберите лунки, отмеченные флагом, на схеме планшета или в таблице
"Лунки".
2. Убедитесь, что лунка соответствует лунке отрицательного контроля
(задание = отрицательный контроль или КБМ).
3. Просмотрите график амплификации [ARn в зависимости от цикла
(линейный) или ARn в зависимости от цикла (Log)] и подтвердите, что сигнал
флуоресценции увеличен для отмеченной лунки отрицательного контроля.
4. Если сигнал флуоресценции не увеличивался, рассмотрите возможность
исключения лунки из анализа.
В ероятн ая причина Рекомендуемое корректирую щ ее действие
Загрязнение в одном или
нескольких компонентах
реакции ПЦР
• Замените все компоненты реакции ПЦР
новыми компонентами, затем повторите
эксперимент. Добавьте воду или буфер вместо
образца в лунку.
• Выполните обеззараживание рабочей зоны и
микродозаторов.
Нестабильная реакционная
смесь
• Используйте фермент с горячим стартом.
- Если вы не используете фермент с горячим
стартом, выполните реакции как можно скорее
после подготовки.
Плохой дизайн праймера
и/или зонда
• Измените дизайн праймера и/или зонда.
148
--- стр. 523 ---
контрольный сигнал не соответствует
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор Флагов
Флаг PCFAIL - Положительный
PCFAIL прогнозируемому сигналу.
Примечание: Флаг PCFAIL применим только для экспериментов по
генотипированию.
Этот флаг указывает, что положительный контроль не попадает в указанный
кластер. Вы можете указать, в каком кластере должен быть установлен
положительный контроль.
Если лунка отмечена флагом, подтвердите результаты:
1. Если у вас есть файл информации об анализе (АИФ), обратитесь к нему и
определите репортерные красители для обнаружения аллели 1 и аллели 2.
2. На вкладке «Планшет» открытого файла EDS убедитесь, что:
• Репортерные красители для аллели 1 и аллели 2 для анализа SNP
являются правильными.
• Правильный генотип назначен положительному контролю.
• Лунка, содержащая положительное контрольное назначение,
соответствует той же самой лунке, которая содержит образец положительного
контроля.
3. Если вы редактируете информацию о настройке планшета, нажмите
«Анализировать», чтобы повторно проанализировать данные.
4. Если флаг PCFAIL все еще отображается, выберите отмеченные лунки на
схеме планшета или в таблице "Лунки".
5. Просмотрите график дискриминации аллелей [декартов) и просмотрите
местоположение положительного контроля на графике.
Вероятная причина ^еком^дуемое корректирующее действие
Неправильные назначения
репортерного красителя для
анализа SNP
Исправьте назначение репортерного красителя
для анализа SNP.
Неверный образец добавлен в
лунку положительного контроля
Определите схемы реакций на реакционном
планшете, отредактируйте настройку планшета,
чтобы ее совместить, а затем повторно
проанализируйте данные.
Положительный контроль имеет
другой генотип
Протестируйте другой положительный контроль.
158
--- стр. 524 ---
Флаг PRFDROP
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор Флагов
PRFDROP - Пассивный эталонный сигнал значительно меняется вблизи Cq
[Ct или Crt}.
Этот флаг указывает, что сигнал флуоресценции от пассивного эталона
значительно меняется вокруг рассчитанного Cq (Ct или Crt) для данной
лунки.
Флаг вызывается, когда ковариация пассивного эталонного сигнала
вокруг рассчитанного Cq (Ct или Crt) находится выше порога обнаружения,
который установлен в настройках флага. Алгоритм включает в себя до
пяти циклов по обе стороны от расчетного Cq (Ct или Crt) при расчете
пассивной эталонной ковариации.
Используйте флаг PRFDROP, чтобы легко идентифицировать и
(необязательно), чтобы исключить потенциально плохие результаты без
ручного контроля каждой кривой амплификации.
Если лунка отмечена флагом, подтвердите результаты:
1. Выберите лунки, отмеченные флагом, на схеме планшета или в
таблице "Лунки".
2. Просмотрите график амплификации [ARn в зависимости от цикла
(линейный) или ARn в зависимости от цикла (Log)] и проверьте форму
кривой.
3. Если кривая нетипична, подумайте о том, чтобы исключить
помеченные лунки из анализа.
Флаг PRFLOW PRFLOW - Средний пассивный эталонный сигнал ниже порога.
Этот флаг означает, что для группы реплик данной лунки, средний
пассивный эталонный сигнал находится ниже процента от эталонного
значения, определенного в параметрах анализа. Эталонное значение для
флага PRFLOW вычисляется как изобразительное, например, из множества
кривых.
Используйте флаг PRFLOW, чтобы легко идентифицировать и
(необязательно), чтобы исключить потенциально плохие результаты без
ручного контроля каждой кривой амплификации. Установите процентное
значение эталонного значения на вкладке «Настройки флага» диалогового
окна «Настройки анализа».
Если лунка отмечена флагом, подтвердите результаты:
1. Выберите лунки, отмеченные флагом, на схеме планшета или в
таблице "Лунки".
2. Просмотрите график амплификации и график нескольких
компонентов [ARn в зависимости от цикла (линейный) или ARn в
зависимости от цикла (Log)] и проверьте форму кривой.
3. Если кривая нетипична, подумайте о том, чтобы исключить
помеченные лунки из анализа.
159
--- стр. 525 ---
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор флагов
Флаг
SMCLUSTER
SMCLUSTER - небольшое количество выборок, обнаруженных для кластера.
Примечание: Флаг SMCLUSTER применим только для экспериментов по
генотипированию.
Этот флаг указывает, что кластер падает ниже порога регулируемой
величины. Порог величины по умолчанию - 2.
Если лунка отмечена флагом, подтвердите результаты:
1. Выберите лунки, отмеченные флагом, на схеме планшета или в таблице
"Лунки".
2. Просмотрите график дискриминации аллелей (декартов) и оцените
кластер.
Вероятная причина 1^екомендуемое корректирующее действие
Частота минорного аллеля
(МЧА) низкая
Изучите МЧА для SNP. Возможно, вам
понадобится больший размер образца, чтобы
увидеть минорный аллель.
Последовательность праймера
или зонда находится в
неспецифической области
Выполните биоинформатику.
SNP представляет собой псевдо-
SNP, неполиморфный SNP или
неинформативный SNP для
популяции
• Убедитесь, что последовательность является
SNP.
• Проверьте наличие МЧА, специфичной для
популяции.
Выбросы, неправильно
идентифицированные как
кластер
Повторите эксперимент, чтобы подтвердить
кластер. Если образец является выбросом,
рассмотрите возможность исключения лунок из
анализа.
160
--- стр. 527 ---
Приложение G Конфигурация настроек
анализа и обзор флагов
Флаг
THOLDFAIL
THOLDFAIL— Автоматический исходный алгоритм не смог идентифицировать
пороговое значение для кривой амплификации.
Примечание: Флаг THOLDFAIL применим только тогда, когда алгоритм
исходного порогового уровня используется для анализа эксперимента, хотя
колонка флага всегда отображается в Резюме КК.
Этот флаг указывает, что автоматический пороговый алгоритм не смог
определить порог для мишени, и программное обеспечение не может
вычислить порог для данного набора лунок, связанных с целью.
Если лунка отмечена флагом, подтвердите результаты:
1. Выберите лунки, отмеченные флагом, связанные с определенной целью,
на схеме планшета или в таблице "Лунки".
2. Просмотрите график амплификации [ARn в зависимости от цикла
(линейный) или ARn в зависимости от цикла (Log)] и отметьте:
• Амплификация слишком рано
• Амплификация слишком поздно
• Низкое Амплификация
• Нет амплификации для всех лунок с этой целью
3. Если Амплификация приемлемо, установите пороговый и исходный
уровень вручную.
4. Нажмите «Анализировать», чтобы повторно проанализировать данные.
5. Оцените результаты и, при необходимости, внесите какие-либо
дополнительные изменения в пороговый или исходный уровень.
162
--- стр. 528 ---
Н Конфигурация настроек защиты,
аудита и электронной подписи (ЗАЭП)
администратора ЗАЭП
Описание и обзор ЗАЭП..............................................................................164
Рабочий цикл: Управление параметрами ЗАЭП на консоли
165
Обзор функций администратора ..............................................................166
Управление профилями пользователя ....................................................167
Настройка уведомлений ЗАЭП..................................................................171
Управление функцией защиты системы .................................................172
Управление функцией аудита...................................................................173
Управление функцией электронной подписи ........................................177
Управление функцией экспорта-импорта ЗАЭП .....................................179
163
--- стр. 529 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Описание и обзор ЗАЭП
ВАЖНО! Чтобы опубликовать шаблон, вы должны постоянно активировать функции ЗАЭП в
программном обеспечении TD во время следующего рабочего цикла (см. стр. 19).
Настройка
параметров ЗАЭП
на консоли
администратора
ЗАЭП
Обзор профиля
пользователя
ЗАЭП и ролей
ЗАЭП
Использование
функций ЗАЭП на
настольном ПО
В программном обеспечении IVD функции ЗАЭП включены по умолчанию и не
могут быть отключены.
В этой главе описываются процедзфы, выполняемые администратором для
настройки и управления модулем ЗАЭП программного обеспечения
QuantStudio 5 Dx.
Примечание: Для доступа к консоли администратора ЗАЭП требуется, чтобы
пользовательской учетной записи ЗАЭП была присвоена роль администратора
ЗАЭП.
На консоли администратора ЗАЭП:
• Настройте параметры для функций ЗАЭП (защита, аудит и электронная
подпись)
• Создайте и управляйте настройками профилей пользователей ЗАЭП
Примечание: Пользовательская учетная запись ЗАЭП предназначена
специально для настольного программного обеспечения. Она не связана ни с
какой другой учетной записью или профилем пользователя для системы или
прибора.
Каждой учетной записи пользователя назначается роль (например, техник,
ученый или администратор).
• Каждая роль позволяет выполнить определенный набор действий в
настольном программном обеспечении (см. стр. 169).
• При установке предоставляется учетная запись пользователя ЗАЭП по
умолчанию, назначенная роли администратора ЗАЭП. Этот администратор
ЗАЭП создает все другие пользовательские учетные записи ЗАЭП.
Когда функции ЗАЭП должны быть включены на настольном программном
обеспечении:
• Пользователи должны войти в систему с учетной записью пользователя
ЗАЭП, чтобы использовать настольное программное обеспечение.
• Конкретные действия пользователя могут потребовать электронной
подписи или могут быть проверены (см. стр.166).
• Для конкретных задач ЗАЭП, которые могут выполняться
пользователями в программном обеспечении для настольных компьютеров,
см. стр. 56.
164
--- стр. 530 ---
IP
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Рабочий цикл: Настройка параметров ЗАЭП на консоли администратора ЗАЭП.
Используйте консоль администрирования ЗАЭП для управления настройками ЗАЭП для
программного обеспечения TD и программного обеспечения IVD.
Начало работы с консоли администратора ЗАЭП (стр. 166)
Требуется, чтобы учетная запись пользователя с назначенной ролью администратора ЗАЭП для
входа.
Создание профиля пользователя ЗАЭП (стр. 167)
При установке предоставляется учетная запись администратора по умолчанию.
Завершите этот шаг рабочего цикл, чтобы добавить больше пользователей настольного
программного обеспечения.
▼
(Необязательно) Создание или редактирование роли (стр. 168)
Любая модификация параметров роли применяется ко всем учетным записям пользователей,
которым назначена эта роль.
▼
Конфигурация настроек профиля и политики безопасности (стр. 172)
Ограничения контроля и политики безопасности системы для всехучетных записей пользователей
ЗАЭП.
Т
Управление функцией аудита (стр. 173)
Функция аудита включается автоматически,
когда функции ЗАЭП должны быть включены на настольном программном обеспечении.
▼
Управление функцией электронной подписи (стр. 177)
Функция электронной подписи автоматически включается, когда функции ЗАЭП включены на
настольном программном обеспечении.
165
--- стр. 531 ---
приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Обзор администратора
Модуль защиты, аудита и электронной подписи [ЗАЭП) является компонентом настольного
программного обеспечения, которое позволяет настроить систему Applied Biosystems QuantStudio
5 Dx для выполнения конкретных требований.
Функция Описание “
Защита Управляет доступом пользователей к настольному программному обеспечению.
LM(_ 1 КМ Ы
При установке предоставляется учетная запись ЗАЭП по умолчанию, назначенная роли
администратора.
• Настройте дополнительные учетные записи пользователей ЗАЭП и разрешения.
Аудит Отслеживает действия, выполняемые пользователями, и изменения в настройках модуля
ЗАЭП. Настольное программное обеспечение автоматически проверяет некоторые действия
молча.
Выберите для проверки конкретных действий пользователя и укажите режим аудита.
Электронная
подпись
• Создает отчеты для проверенных действий пользователя и изменений модуля ЗАЭП.
Контролирует, что пользователи должны указать имя пользователя и пароль для выполнения
определенных функций.
Настройте электронную подпись, чтобы пользователь мог подписать связанные данные
перед выполнением определенных действий, таких как печать отчета или проведение
эксперимента.
• Настройте, чтобы каждое событие электронной подписи требовало множественных
подписей, и чтобы пользователи с определенными ролями ЗАЭП подписывались.
Пример
использования
Начало работы с
консоли
администратора
ЗАЭП
Определение
зарегистрирова
иного
пользователя
Смена пароля
профиля
пользователя
ЗАЭП
Вы можете настроить модуль защиты, аудита и электронной подписи (ЗАЭП):
• Требовать от пользователей входа в систему и отключения аудита.
• Разрешить только определенным пользователям создавать или
изменять температурные протоколы.
• Разрешать только определенным пользователям утверждать настройку
планшета и проверять результаты.
• Разрешать только определенным пользователям изменять параметры
анализа.
• Разрешать только определенным пользователям изменять системные
настройки.
• Требовать шаблона и проверять результаты, которые должны быть
подписаны перед запуском или печатью.
Консоль администратора ЗАЭП автоматически устанавливается вместе с
настольным программным обеспечением.
1. Выберите Пуск 0 Все программы 0 Применяемые биосистемы 0
Администратор ЗАЭП.
2. Введите имя пользователя и пароль администратора, затем нажмите
«Войти в систему».
Имя пользователя с подписью отображается в верхнем правом углу окна
консоли администратора ЗАЭП.
1. В А’ выпадающем списке выберите «Изменить пароль».
Примечание: Вы можете открыть диалоговое окно «Изменить пароль» на
любой вкладке.
2. Введите старый пароль.
3. Введите новый пароль, подтвердите новый пароль и нажмите
«Обновить».
166
--- стр. 532 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Управление профилями пользователя
Создание профиля
пользователя ЗАЭП
1. На вкладке «Пользователи» нажмите «Создать», затем введите имя
пользователя, пароль, имя, (необязательно) отчество и фамилию.
Пределы полей указаны в настройках функции безопасности системы.
Примечание: Имя, отчество и фамилия используются для создания
полного имени пользователя, которое отображается как имя
пользователя, вошедшего в систему.
Примечание: Вы не можете изменить имя пользователя после
сохранения учетной записи пользователя.
2. При первом входе для входа в систему требуется пароль, чтобы
З^етная запись пользователя указала новый пароль при первом входе в
систему.
Примечание: Пароль учетной записи пользователя автоматически
истекает через количество дней, указанных в настройках функции
защиты системы.
3. Выберите роль для учетной записи пользователя.
Примечание: Каждая роль предоставляет конкретные разрешения ЗАЭП
для пользователя (см. стр. 169).
4. Оставьте статус «АКТИВНО».
5. (Необязательно) Введите телефон, адрес электронной почты (только
для информации) и комментарии.
6. Нажмите «Сохранить».
Редактирование
профиля
пользователя
Активация
заблокированного
профиля
пользователя
Деактивация
(блокировка)
профиля
пользователя
1. На вкладке «Пользователи» выберите учетную запись пользователя
и нажмите «Изменить».
2. Измените настройки по своему усмотрению.
Примечание: Вы не можете редактировать имя пользователя
существующего пользователя.
3. Нажмите «Сохранить».
1. На вкладке «Пользователи» выберите учетную запись пользователя
и нажмите «Изменить».
2. Измените статус с "Заблокировано" на "Активно".
3. Нажмите «Сохранить».
1. На вкладке «Пользователи» выберите учетную запись пользователя
и нажмите «Изменить».
2. Измените статус с "Активно" на "Неактивно".
3. Нажмите «Сохранить».
167
--- стр. 533 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Сброс пароля 1. На вкладке «Пользователи» выберите учетную запись соответствующего
профиля пользователя и нажмите «Изменить».
пользователя
2. Введите новый пароль для учетной записи пользователя, затем введите
пароль для подтверждения.
3. Если вы назначили з^етной записи пользователя временный пароль,
тогда выберите «Пароль» при первом входе в систему, чтобы потребовать от
пользователя ввода нового пароля при входе в систему.
4. Нажмите «Сохранить».
Роли ЗАЭП определяют разрешения ЗАЭП, связанные с учетной записью
пользователя. Модуль ЗАЭП включает три роли по умолчанию:
• Техник
• Ученый
• Администратор (не может быть отредактирован или удален)
ВАЖНО! Любая модификация параметров для роли применяется ко всем
пользователям, которым была назначена эта роль.
Создание или Создание роли
редактирование 1. На кладке "Роли", выберите "Создать".
роли 2. Введите имя роли и [необязательное] описание.
3. Выберите разрешения ЗАЭП (см. стр. 169]. Чтобы выбрать
Примечание: Функции, не перечисленные в Таблице 33 и Таблице 34,
доступны всем ролям.
4. Нажмите «Сохранить».
Редактирование роли
1. На вкладке «Пользователи» выберите роль и нажмите «Редактировать».
Примечание: Вы не можете редактировать роль администратора.
2. При необходимости отредактируйте настройки, затем нажмите
«Сохранить».
Удаление роли
Примечание: Если какой-либо з^етной записи пользователя ЗАЭП назначена
роль, эту роль нельзя удалить. На вкладке «Роли» выберите роль, затем
нажмите «Удалить».
168
--- стр. 534 ---
Разрешения ЗАЭП и роли по умолчанию
Чтобы определить разрешения ЗАЭП для роли по умолчанию или изменить их, дважды нажмите
на роль на вкладке «Роли».
ВАЖНО! Разрешения распространяются на все учетные записи пользователей, которым
назначена эта роль.
приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и '
электронной подписи (ЗАЭП)
Разрешения Роли по умолчанию
Категория фушщия Техник Ученый Администратор
Защита
конфигзфации
Конфигурация защиты и аудита Нет Нет Да
Настройка Создание или редактирование шаблона
Да Да ДаРедактирование настроек анализа
Определение и назначение образцов
целей/анализов
Публикация шаблона Нет Нет
Поведение
эксперимента
Начало и остановка эксперимента Да Да Да
Мишени !
анализы
Создание или редактирование
мишени/анализа
Да Да Да
Удаление мишени/анализа Нет
Настройки
анализа
(Библиотеки)
Создание настроек анализа Да Да Да
Удаление настроек анализа Нет
Библиотека
красителей
Создание пользовательского красителя Да Да Да
Удаление пользовательского красителя Нет
Приоритеты !^едактирование приоритетов системы Да Да Да
Защита
конфигурации
Регистрация в истекшие сессии
пользователя
Нет Нет Да
Выполнение электронной подписи Да Да Да
Таблица 34. Конфигурируемые разрешения ЗАЭП для ролей ЗАЭП по зпиолчанию СФункции ПО IVD1
Разрешения Роли по умолчанию
Категория Фушсция Техник Ученый Администратор
Установленные
шаблона
Управление установленными
шаблоновами (установка или удаление
шаблонов)
Нет Нет Да
Поведение
эксперимента
Начало и остановка эксперимента Да Да Да
Приоритеты Редактирование приоритетов системы Нет Нет Да
Защита
конфигурации
Регистрация в истекшие сессии
пользователя
Нет Нет Да
Выполнение электронной подписи Нет Нет Да
169
--- стр. 535 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Генерирование,
просмотр и
печать отчета
пользователя или
роли
1. На вкладке «Пользователи» или «Роли» нажмите «Отчет».
Отчет пользователя или отчет роли загружается в папку по умолчанию,
установленную на компьютере.
2. Откройте отчет, затем сохраните и распечатайте отчет.
3. Закройте отчет.
170
--- стр. 536 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Настройка уведомлений ЗАЭП
Вы можете указать, когда и как Консоль администратора ЗАЭП уведомляет администратора о
некоторых событиях ЗАЭП.
1. В раскрывающемся списке «Настройки» выберите «Уведомления».
2. В диалоговом окне «Изменить параметры уведомлений» выберите
события для уведомления:
Опция
Защита системы включена или
отключена
Функция защиты системы включена или отключена.
Пользователь не ввел
правильный пароль
Пользователь пытается войти с неправильным
паролем. Сообщение указывает количество
неудачных аутентификаций.
Учетная запись пользователя
заблокирована
Пользователь превышает максимальное количество
разрешенных неудачных аутентификаций [попытки
входа в систему с неправильным паролем).
Истечение времени сессии
пользователя
Учетная запись пользователя была неактивна
дольше указанного максимального периода
времени.
Роль удалена Существующая роль ЗАЭП была удалена.
Выберите способ уведомления:
Опция Описание
Уведомлять
администратора при
входе в систему
Если событие вызывает уведомление, в следующий раз,
когда администратор войдет в систему, в программном
обеспечении перечислены события, а также время, когда
произошло каждое событие, и пользователь, который вызвал
событие.
Уведомление по
электронной почте
Если событие вызывает )лведомление, консоль
администратора ЗАЭП отправляет электронное письмо по
адресам в полях "Адрес электронной почты". В уведомлении
по электронной почте отображаются события, время
каждого события и пользователь, который инициировал
каждое событие.
4. Нажмите «Сохранить».
Конфигурация
сервера SMTP
Настройте SMTP-сервер для консоли администратора ЗАЭП для отправки
З^едомлений по электронной почте.
1. Выберите «Настройки Ш Сервер электронной почты».
2. В диалоговом окне "Конфигурация SMTP" введите следующее:
• SMTP-хост, SMTP-порт и SMTP-отправитель
Примечание: Выберите «Аутентификация», если SMTP-сервер требует
аутентификации.
• И мя п о л ьзо вател я и пароль
Примечание: Выберите "Использовать SSL", если для SMTP-сервера
требуется соединение с зашифрованным каналом.
3. Нажмите «Сохранить».
171
--- стр. 537 ---
приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Управление функцией защиты системы
Использование
вкладки
«Система».
Конфигурация
настроек
профиля
политики
безопасности
Используйте вкладку «Система», чтобы контролировать ограничения и
политики безопасности для всех учетных записей пользователей ЗАЭП.
• Когда функции ЗАЭП включены в программном обеспечении TD, функция
защиты системы автоматически включается, и ее нельзя отключить.
• Функции ЗАЭП всегда включены в программном обеспечении 1VD.
Функция защиты системы автоматически включена, и ее нельзя отключить.
1. Выберите вкладку «Система».
2. Установите или измените параметры защиты системы, в том числе для
имен пользователей, паролей, политик блокировки.
3. Нажмите «Применить настройки».
На вкладке «Система» укажите настройки имени пользователя и пароля.
Новые настройки применяются к учетной записи пользователя при
следующем входе пользователя в систему.
Примечание: Выберите заголовок панели, чтобы свернуть или развернуть
панель.
1. На панели «Параметры имени пользователя» введите минимальное и
максимальное количество символов для имени пользователя.
2. В области «Политика паролей»:
а. Введите минимальное и максимальное количество символов для
пароля.
Ь- В поле параметра "Нельзя использовать старый пароль", введите
число последних паролей, которые программное обеспечение должно
запомнить, чтобы избежать повторного использования паролей.
с. Выберите правила сложности для создания пароля и введите
минимальное количество употреблений для этого правила.
d- Введите максимальное и минимальное количество дней, в течение
которых которых пароль действителен.
е. Включение или отключение напоминания об истечении срока
действия пароля.
Примечание: Если вы выберите «Включено», введите количество дней до
истечения срока действия для отправки напоминания.
3. В области политики блокировки учетной записи включите или
отключите блокировку
учетной записи. Если вы выберите «Включено»:
a. Введите предельный порог для попыток входа в систему.
b. Введите продолжительность блокировки учетной записи в минутах.
c. Включить или отключить разрешение сброса счетчика для попыток
входа в систему.
d. Введите блокировку сброса учетной записи после
продолжительности в минутах.
172
--- стр. 538 ---
4. В области «Другие настройки»:
a. Включение или отключение автоматической блокировки экрана.
Примечание: Если вы выберите «Включено», введите продолжительность бездействия в минутах.
b. Выберите Запретить или Разрешить, чтобы предотвратить или
разрешить, соответственно, открытие файлов, которые были сгенерированы при отключении
функций ЗАЭП.
c. Настройки входа в автономный режим не применимы для
системы.
5. Нажмите «Применить настройки».
Примечание: Нажмите «Сбросить» по умолчанию, чтобы сбросить все параметры безопасности
системы до значений по умолчанию.
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП]
Управление функцией аудита
Использование
вкладки "Аудит"
Выбор режима
аудита для
ПО TD и ПО IVD
Используйте вкладку «Аудит» для управления проверенными событиями
и списками причин, доступных пользователям, если для режима аудита
установлено значение «Необязательно» или «Обязательно».
• Когда функции ЗАЭП включены в программном обеспечении TD,
функция аудита для ПО TD автоматически включается, но ее можно
отключить.
• Функции ЗАЭП всегда включены в программном обеспечении IVD.
Функция аудита для программного обеспечения IVD автоматически
включена, и ее нельзя отключить.
1. Выберите вкладку «Аудит».
2. Установите или измените параметры аудита и настройки аудита.
3. Нажмите «Применить настройки».
1. На панели «Параметры аудита» выберите, включать ли ПО TD в
функцию аудита.
Примечание: Программное обеспечение IVD всегда включено в функцию
аудита. Этот параметр не может быть изменен.
2. Выберите режим аудита для программного обеспечения IVD и
программного обеспечения TD (если оно включено в аудит).
Примечание: Режим аудита для программного обеспечения IVD и
программного обеспечения TD может быть изменен независимо друг от
друга.
Опция режима Описание
Тихий Событие проверяется, ни одна подсказка причины не
Необязательны
й
Событие проверяется, появляется подсказка о
причине, но пользователь может отменить и
Обязательный Событие проверяется, появляется подсказка причины,
и пользователь должен указать причину.
3. Нажмите «Применить настройки».
173
--- стр. 539 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Конфигурация
настроек
основания для
аудита
Генерировани
е отчетов по
аудиту
На панели «Параметры проверки состояния» создайте новые причины аудита
и измените или удалите существующие причины аудита.
Модуль ЗАЭП установлен с шестью причинами аудита по умолчанию:
• Ручная настройка
• Ошибка ввода
• Аномалия лунки
• Ошибка вычисления
• Необходимо изменить порог
• Необходимость повторного анализа
• (Необязательно) Выберите «Требовать от пользователей» выбрать
причину изменения из списка, чтобы потребовать от пользователей выбора
предопределенной причины аудита из списка «Причина».
Добавить новую причину аудита:
Выберите "Новая причина".
Введите причину изменения, нажмите "Сохранить".
Нажмите «Применить настройки».
Измените существующую причину аудита:
Нажмите «Редактировать».
Отредактируйте причину изменения, нажмите "Сохранить".
Нажмите «Применить настройки».
Измените существующую причину аудита:
Нажмите «Удалить».
Нажмите «Удалить», чтобы подтвердить удаление причины аудита,
или «Отмена», чтобы выйти из диалогового окна.
с. Нажмите «Применить настройки».
Примечание: После удаления причины аудита, ее идентификационный номер
также удаляется и не используется повторно для следующей причины аудита
в списке.
a.
b.
c.
•
a.
b.
c.
•
a.
b.
• На консоли администратора ЗАЭП:
9- В раскрывающемся списке вкладки «История истории аудита»
выберите либо «Записи действий», либо
"Конфигурация системы".
Ь. Нажмите «Отчет» в нижней части экрана.
• В открытом файле EDT или EDS в настольном программном обеспечении:
а. Выберите вкладку «Аудит», затем выберите «Действие Ш Просмотр отчета».
174
--- стр. 540 ---
Отображение
журналов аудита на
вкладке "История
аудита"
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Вы можете отобразить журнал аудита на вкладке "История аудита".
• Записи действий - заданные события аудита.
• Конфигурация системы - записи конфигурации системы, аудита и
электронной подписи, включая историю аудита для каждой }Д 1етной
записи пользователя.
Просмотр журнала записей действий
Выберите История аудита Ш Записи действий, чтобы просмотреть журнал
указанных событий аудита. Все элементы в журнале записей действий
проверяются молча, в том числе:
Аудит событий - архив, восстановление, очистка
Конфигурация - импорт, экспорт
Аудит данных - архив, восстановление, очистка
Вход - успех, сбой
Выход - успех
Выполнение - пуск, стоп
Просмотр журналов
аудита на вкладке
"История аудита"
Просмотр журнала конфигурации системы
Выберите «История аудита 0 Конфиг}фация системы», чтобы просмотреть
журнал записей о безопасности системы, аудита и записи электронной
подписи.
В следующей таблице представлены действия, которые модуль ЗАЭП
может проверять.
Тзд| записи Эцктне
Учетная запись Создавайте, изменяйте или приостанавливайте учетную
запись пользователя ЗАЭП.
Настройка аудита Измените параметры аудита, причины аудита и режим
аудита. Включите или отключите аудит для программного
обеспечения TD.
Конфигурация
электронной подписи
Измените настройки, значения и требования электронной
подписи.
Настройка
уведомлений
Измените, какие действия инициируют уведомление и как
отправляется уведомление.
Роль Создавайте, изменяйте или удаляйте роль ЗАЭП.
Защита конфигурацииИзмените параметры пароля, политики безопасности
системы или настройки имени пользователя.
1. В раскрывающемся списке вкладки «История истории» выберите
либо:
Опция Описание
Записи действий Отображает проверку действий для каждого
пользователя
Конфигурация Отображает обновленные настройки конфигурации
системы системы
[Необязательно)/ ля параметра «Записи действий»:
a. Выберите «Включить фильтрацию действий» для фильтрации
или сортировки записей действий.
b. Выберите диапазон дат, учетную запись пользователя и
действие, затем нажмите «Поиск». Записи отображаются в нижней панели.
175
--- стр. 541 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
3. [Необязательно) Для параметра «Конфигурация системы»:
a. Выберите «Включить фильтрацию записей конфигурации системы»
для фильтрации или сортировки записей конфигурации системы.
b. Выберите диапазон дат, учетную запись пользователя, действие, тип
записи и имя записи, затем нажмите «Поиск».
Записи отображаются в нижней панели.
Архивирование,
очистка и
восстановление
записей аудита
4. Нажмите «Отчет», чтобы создать отчет истории аудита.
Отчет создается и сохраняется в местоположении по умолчанию,
установленном на компьютере.
5. Просмотрите отчет, затем закройте отчет.
Вы можете выборочно архивировать или очищать [удалять) конфигурацию
системы или записи действий. Вы также можете выборочно восстанавливать
записи.
Опция Оцнсавяе
Архивирование Делает копию записей аудита.
Очистка Делает копию записей аудита, архивирует их на
компьютере, а затем удаляет их из программного
обеспечения.
Восстановить Восстанавливает записи аудита из архивных файлов.
Отобразите записи действий или записи о конфигурации системы, как
описано в разделе «Просмотр журналов аудита со вкладки «История аудита»»
на стр. 175.
• Архивные записи:
a. Выберите интересующие записи.
b. Нажмите «Архивировать».
Записи архивируются в папку загрузки по умолчанию компьютера.
• Очистка записей:
a. Выберите интересующие записи.
b. Подтвердите критерии фильтра и выберите «Очистить записи
аудита после архивации», затем нажмите «Архивировать».
Записи удаляются из программного обеспечения, но они архивируются в
папку загрузки по умолчанию компьютера.
• Восстановить записи:
a. Нажмите «Восстановить».
b. Найдите и выберите файл PAR для восстановления, затем нажмите
«Открыть».
176
--- стр. 542 ---
Экспорт
записей
аудита
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и П 1
электронной подписи (ЗАЭП) М "
Вы можете экспортировать записи аудита в ТХТ-файл для
дополнительных манипуляций и отчетности вне консоли управления
ЗАЭП.
1. Отобразите интересующие записи, как описано в разделе «Просмотр
журналов аудита с вкладки «История аудита »» на стр. 175.
2. В представлении «Записи действий» или «Конфигурация системы»
нажмите «Экспорт».
Примечание: Если вы экспортируете записи аудита для образцов, которые
были удалены или перемещены, отображается сообщение об ошибке.
Верните образцы данных в исходное местоположение, затем снова
экспортируйте.
Файл TXT с записями аудита загружается в папку по умолчанию,
установленную на компьютере.
Управление функцией электронной подписи
Использование
вкладки
"Электронная
подпись"
Конфигурация
значений
электронной
подписи
Используйте вкладку «Электронная подпись», чтобы контролировать
права электронной подписи роли ЗАЭП, причины, доступные для
электронной подписи, и данные, которые должны быть подписаны.
• Когда функции ЗАЭП включены в программном обеспечении TD,
функция электронной подписи автоматически включается, но ее можно
отключить.
• Функции ЗАЭП всегда включены в программном обеспечении IVD.
Функция электронной подписи автоматически включена, но ее можно
отключить.
1. Выберите вкладку «Электронная подпись».
2. Выберите «Включите электронные подписи».
3. (Необязательно] Установите или измените настройки электронной
подписи.
4. Нажмите «Применить настройки».
Значения электронной подписи - это текст, который пользователь может
выбрать, чтобы описать причину электронной подписи. Модуль ЗАЭП
устанавливается с тремя значениями по умолчанию:
• Проверенные и утвержденные результаты
• Пересмотренная и утвержденная настройка планшета
• Проверенная и одобренная шаблонова
177
--- стр. 543 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Добавление значение электронной подписи
На вкладке «Электронная подпись» в области «Значения электронной подписи»:
!• Нажмите «Новое значение».
Введите значение электронной подписи в поле «Имя», затем нажмите
«Сохранить».
Выберите значение. Затем в данных, подписанных для выбранного
значения, выберите данные, которые подписаны для значения.
Задайте действия, требующие электронной подписи, и количество
электронных подписей, необходимых для этого действия [см. стр. 178].
5. Нажмите «Применить настройки».
Удаление значение электронной подписи
На вкладке «Электронная подпись» в области «Значения электронной подписи»:
Выберите значение из списка «Значения», затем нажмите «Удалить».
Подтвердите удаление значения, затем нажмите «ОК».
Нажмите «Применить настройки».
Выбор действий, которые требуют электронной подписи
ВАЖНО! Не изменяйте настройки функции электронной подписи во время калибровки.
На вкладке «Электронная подпись» в панели «Требования к сигнатурам» выполните следующие
действия:
Выберите каждое действие, требующее электронной подписи:
Действие Программное обеспечение требует электронных подписей,
Распечатать
отчет
Распечатывает отчет из файла EDT или EDS.
Начинает
эксперимент
Инициирует запуск из настольного программного
обеспечения.
выполнит действие в файле, который не имеет требуемых подписей.
Для каждого значения каждого выбранного действия введите
количество электронных подписей, требуемых от каждой роли ЗАЭП, прежде чем программное
обеспечение сможет выполнить связанное действие.
3. Нажмите «Применить настройки».
178
--- стр. 544 ---
Приложение Н Конфигурация настроек защиты, аудита и
электронной подписи (ЗАЭП)
Управление функцией экспорта-импорта ЗАЭП
ш
Экспорт и импорт
настроек
пользователя,
защиты системы,
аудита и
электронной
подписи
Экспорт настроек
пользователя,
защиты системы,
аудита и
электронной
подписи
Используйте функцию экспорта / импорта для резервного копирования
или репликации идентичных настроек ЗАЭП на нескольких компьютерах.
Вы можете создать «изображение» стандартных настроек ЗАЭП для
модуля ЗАЭП, а затем импортировать настройки «изображение» на другие
компьютеры, чтобы обойти ручную настройку.
1. Выберите Настройки Ш Экспортировать конфигурацию.
2. В диалоговом окне «Конфигурация экспорта» выберите параметр
экспорта:
• Все, чтобы экспортировать все настройки ЗАЭП и все
пользовательские учетные записи ЗАЭП.
• Пользовательский для экспорта:
Пользователи и роли - экспортирует все учетные записи
пользователей ЗАЭП со статусом «Активно», а также все роли ЗАЭП и
связанные с ними разрешения.
Системы и роли - экспортирует все настройки ЗАЭП и все роли
ЗАЭП и связанные с ними разрешения.
Импорт настроек 3. Нажмите «Экспортировать».
пользователя,
защиты системы,
аудита и
электронной
подписи
Экспортированный файл (формат DAT] загружается в папку по умолчанию
компьютера.
1. Выберите «Настройки Ш Импортировать конфигурацию».
2. Нажмите «Выбрать файл», чтобы выбрать файл DAT с требуемыми
настройками конфигурации.
3. Выберите параметр импорта:
• Все
• Пользовательский
Пользователи и роли
Система и роли
4. Нажмите "Импортировать".
5. Если вы выберете «Все» или «Пользователи и роли», возможно, что
импортированные учетные записи пользователей уже существуют в
консоли администрирования ЗАЭП. Если существуют учетные записи
пользователей:
a. Выберите «Пропустить» или «Перезаписать» для каждой учетной
записи пользователя.
b. Нажмите «Подтвердить и импортировать».
179
--- стр. 545 ---
Цда Части и материалы
К ом плекты , расходн ы е м атер и алы , вспом огательн ое оборудовани е и р еаген ты
Если не указано иное, все материалы доступны через thermofisher.com.
Храните все калибровочные планшеты и планшеты РНКазы Р при -20 ° С и используйте их до даты
истечения срока годности на упаковке. Все остальные позиции можно хранить при температуре
15*30 С.
Расходные материалы (формат 0,2 мл)
Примечание: Для оптических реакционных планшетов MicroAmp ™ и оптических реакционных
планшетов MicroAmp ™ EnduraPlate ™ используйте установленный на заводе адаптер планшета.
Для всех других расходных материалов используйте универсальный (без надрезов] адаптер
планшета (см. стр. 105]..
Расходный материал Ite . №
Оптические полоски на 8 колпачков MicroAmp™ 300 полосок 4323032
Оптическая полоска MicroAmp™ на 8 пробирок по 0,2 мл125 полосок 4316567
Оптическая пробирка MicroAmp™ без колпачка, объемом 0,2
МП
2000 пробирок N8010933
Оптический 96-луночный реакционный планшет MicroAmp ™
со штрих-кодом
20 планшетов 4306737
500 планшетов 4326659
Оптический реакционный 96-луночный планшет MicroAmp™
EnduraPlate™ GPLE со штрих-кодом
20 планшетов 4483348
500 планшетов 4483351
Пла1Щ1етдля поверки или калибровки прибора
Планшет для РНКазы Р для поверки прибора TaqMan® на 96 лунок объемом
0,2 мл 4432593
Планшеты для калибровки видимой области (ВО] и фона (2 планшета] на 96
лунок объемом 0,2 мл
4432626
Спектральный набор для калибровки 10 красителей на 96 лунок объемом 0,2
мл (содержит все 3 планшета для спектральной калибровки, перечисленные
ниже]
А31888
Спектральный планшет 1 для калибровки на 96 лунок объемом 0,2 мл
(красители РАМ ™ , V 1C™ , ROX™ и SYBR™ ]
А31907
Спектральный планшет 2 для калибровки на 96 лунок объемом 0,2 мл
(красители ABY™ , JUN™ и MUSTANG PURPLE™]
А31908
Спектральный планшет 3 для калибровки на 96 лунок объемом 0,2 мл
(красители TAMRA™ , NED™ и Су®5]
А31909
180