Набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» по ТУ 21.20.23-083-09286667-2020 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас 1 закупка, где это изделие полностью проходит по требованиям хотя бы в одной позиции.
| Закупка | Окончание подачи | Нач. цена |
|---|---|---|
| Поставка реагентов для амплификатора CFX96
№ 0380200000126008769 · ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РЕСПУБЛИКИ ХАКАСИЯ "ЧЕРНОГОРСКАЯ МЕЖРАЙОННАЯ БОЛЬНИЦА" · Республика Хакасия |
12.11.2026 | 143 152 ₽ |
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 2 --- АмплиПрайм ; IVD Набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» по ТУ 21.20.23-083-09286667-2020 «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ ООО «НекстБио», Россия, 111394, г. Москва, ул. Полимерная, д. 8, стр. 2, тел. (495) 620-08-73, e-mail: info@nextbio.ru --- стр. 3 --- ОГЛАВЛЕНИЕ СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ.........................................................................3 1. НАЗНАЧЕНИЕ.........................................................................................................................4 1.1. Область применения........................................................................................................4 1.2. Показания к применению................................................................................................4 1.3. Противопоказания к применению......................................................... 4 2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА..............................................................................................4 2.1. Состав и комплектность..................................................................................................4 2.2. Принцип метода.................................................................................................................7 2.3. Техническое обслуживание и ремонт..........................................................................8 3. КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА.........................................................................................................8 3.1. Внутренний контроль качества ......................................................................................8 3.1.1. Отрицательный и положительный контроли исследования .......................8 3.1.2. Контроль ингибирования.....................................................................................9 3.1.3. Мониторинг лаборатории на наличие контаминации ..................................9 3.2. Рекомендуемые контрольные материалы.................................................................10 4. ОГРАНИЧЕНИЯ МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЯ ...........................................................10 5. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ............................................10 6. ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЫ............................................13 6.1. Взятие исследуемого материала................................................................................13 6.2. Предварительная подготовка исследуемого материала .......................................13 6.3. Экстракция РНК из исследуемых образцов...............................................................13 6.4. Обратная транскрипция, амплификация, детекция продуктов амплификации, анализ и интерпретация результатов................................................................................14 7. ИССЛЕДУЕМЫЙ МАТЕРИАЛ............................................................................................15 7.1. Мазки из полости носа...................................................................................................16 7.2. Мазки со слизистой оболочки ротоглотки..................................................................16 7.3. Мокрота.............................................................................................................................16 8. ПРОВЕДЕНИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.....................................................................................17 8.1. Экстракция РНК из исследуемого материала ............................................... 17 8.1.1. Ручная методика экстракции ............................................................................17 8.1.2. Автоматическая методика экстракции............................................................17 8.2. Подготовка реагентов для ОТ-ПЦР.............................................................................18 8.2.1. При использовании формы выпуска 1............................................................18 8.2.2. При использовании формы выпуска 2 и 4 .....................................................19 8.2.3. При использовании формы выпуска 3 ...........................................................20 8.3. Внесение проб РНК, проведение ОТ-ПЦР и детекции ..........................................20 8.4. Анализ и вычисление результатов ............................................................................21 8.5. Интерпретация результатов.........................................................................................22 8.6. Возможные ошибки........................................................................................................23 8.7. Диагностическое значение полученного результата..............................................24 9. ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА ....................................................24 9.1. Предел обнаружения.....................................................................................................24 9.2. Аналитическая специфичность...................................................................................24 9.3. Прецизионность (повторяемость и воспроизводимость измерения) .................25 9.4. Диагностическая специфичность и диагностическая чувствительность ..........25 9.5. Оценка влияния интерферирующих веществ..........................................................25 10. УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ НАБОРА.... 28 10.1. срок годности...............................................................................................................28 10.2. Транспортирование...................................................................................................28 10.3. Хранение......................................................................................................................28 11. ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ ........................................................................................28 12. СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ДОКУМЕНТАЦИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ ................30 Версия 07.07.22-4 --- стр. 4 --- список СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИИ ct «АмплиПрайм^ SARS-CoV-2 DUO» ВКО ДНКаза дНТФ кДНК РНК ПК к- око ОТ-ПЦР ПЦР РНКаза РУ УДГ Cycle threshold (пороговый цикл) Набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS- CoV-2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID- 19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» по ТУ 21.20.23-083-09286667-2020 внутренний контрольный образец дезоксирибонуклеаза дезоксирибонуклеотидтрифосфаты комплементарная ДНК, получаемая в реакции обратной транскрипции на матрице РНК рибонуклеиновая кислота положительный контроль экстракции РНК, обратной транскрипции и ПЦР, включает фрагмент РНК SARS-CoV-2 отрицательный контроль ПЦР отрицательный контрольный образец (отрицательный контроль экстракции) обратная транскрипция и полимеразная цепная реакция полимеразная цепная реакция рибонуклеаза регистрационное удостоверение урацил-ДНК-гликозилаза Версия 07.07.22-4 --- стр. 5 --- 1. НАЗНАЧЕНИЕ Набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» по ТУ 21.20.23-083-09286667-2020 предназначен для качественного обнаружения РНК коронавируса SARS-CoV-2 в биологическом материале (мазках со слизистой носо- и ротоглотки, мокроте) при диагностике лиц с клинической симптоматикой респираторного заболевания с подозрением на инфекцию COVID-19 или лиц, не имеющих признаков простудных заболеваний и не являющихся контактными с больными COVID-19 методом ОТ-ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени». Материалом для проведения ОТ-ПЦР служат пробы РНК, экстрагированные из исследуемого материала с помощью наборов реагентов, рекомендованных в инструкции по применению набора в разделе «Дополнительное оборудование и материалы». 1.1. Область применения Набор используется в клинической лабораторной диагностике для исследования биологического материала, полученного от лиц с подозрением на инфекции респираторного тракта. Результаты ПЦР-исследования учитываются в комплексной диагностике заболевания. 1.2. Показания к применению Набор используется для исследования биологического материала, полученного от лиц с подозрением на инфекции верхних и нижних дыхательных путей, вызванных коронавирусом SARS-CoV-2, ассоциированным с тяжелым острым респираторным синдромом. Материал может быть получен также от бессимптомных лиц. 1.3. Противопоказания к применению Нарушение целостности упаковки, истекший срок годности, несоблюдение требований инструкции. 2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА 2.1. Состав и комплектность Набор реагентов выпускается в четырёх формах. Состав набора и комплектность поставки указаны в таблице 1 и 2 соответственно. Набор рассчитан на проведение исследования 100 образцов, включая контроли. Набор предназначен для проведения реакции обратной транскрипции РНК и амплификации участка кДНК с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени». Для проведения полного исследования необходимо использовать наборы реагентов для Версия 07.07.22-4 --- стр. 6 --- экстракции РНК, рекомендованные в разделе «Дополнительное оборудование и материалы». Форма выпуска 1 включает смесь для проведения ПЦР, раскапанную под прослойку парафина в пробирки объемом 0,2 мл. Форма предназначена для применения совместно с амплификаторами планшетного и роторного типа и рассчитана на проведение исследования 100 образцов, включая контроли. Форма выпуска 2 и 4 включает смесь для проведения ПЦР в пробирке объемом 1,5-2 мл для дозирования в любые типы пробирок. Формы предназначены для применения совместно с амплификаторами планшетного и роторного типа и рассчитаны на проведение исследования 100 образцов, включая контроли. Формы могут быть использованы как для ручной раскапки, так и совместно с автоматическими станциями для приготовления и дозирования реакционных смесей. Форма выпуска 3 включает смесь для проведения ПЦР, раскапанную под прослойку парафина в стрипованные (12,5 стрипов по 8 пробирок) пробирки объемом 0,2 мл. Форма предназначена для применения совместно с амплификаторами планшетного типа и рассчитана на проведение исследования 100 образцов, включая контроли. Таблица 1 Состав набора р Реагент 1 1 Количество [ Описание Форма выпуска 1 ПЦР-смесь-FL SARS- CoV-2 DUO 0,01 100 пробирок Буферный раствор со специфическими праймерами, флуоресцентно-мечеными зондами и дНТФ. Прозрачная жидкость, раскапана под парафин. Буфер D 1,2 1 пробирка Буферный раствор, содержащий ионы двухвалентного магния. Прозрачная жидкость. Taq полимераза 0,12 1 пробирка Раствор с термостабильной ДНК-полимеразой Taq и урацил-ДНК-гликозилазой. Прозрачная жидкость. Ревертаза R 0,03 1 пробирка Буферный раствор с РНК-зависимой ДНК- полимеразой. Прозрачная жидкость. К- 0,2 1 пробирка Отрицательный контроль этапа ОТ-ПЦР. Прозрачная жидкость. ПКО SARS-CoV-2 DUO 0,15 1 пробирка Положительный контрольный образец с концентрацией последовательности РНК SARS CoV-2, пятикратно превышающей предел обнаружения набора^ Прозрачная жидкость. BKOR 1,2 1 пробирка Внутренний контрольный образец. Прозрачная жидкость. ОКО 1.2 2 пробирки Отрицательный контроль этапа экстракции РНК. Прозрачная жидкость. ^ Относительная концентрация ПКО SARS-CoV-2 DUO указана на этапе ОТ-ПЦР, Версия 07.07.22-4 --- стр. 10 --- контролей должны соответствовать заданным критериям валидности, указанным в разделе «Интерпретация результатов». Отрицательный контрольный образец (ОКО) тестируется, начиная с этапа экстракции, и позволяет контролировать возможную контаминацию другими образцами или ампликонами. В пробирке с отрицательным контролем не должна детектироваться кДНК SARS-CoV-2. В случае несоответствия результата, полученного для контрольного образца, заданным критериям валидности, положительные результаты для исследуемых образцов в постановке считаются недостоверными, необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить исследование всех исследуемых образцов, в которых обнаружена кДНК SARS-CoV-2, и контроля, начиная с этапа экстракции. Отрицательный контроль (К-) тестируется, начиная с этапа ОТ-ПЦР, и позволяет дополнительно контролировать возможную контаминацию ампликонами. В пробирке с отрицательным контролем не должна детектироваться кДНК SARS-CoV-2. В случае несоответствия результата, полученного для контрольного образца, заданным критериям валидности, положительные результаты для исследуемых образцов в постановке считаются недостоверными, необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить исследование всех исследуемых образцов, в которых обнаружена кДНК SARS-CoV-2, и контроля (К-), начиная с этапа ПЦР. В качестве положительного контроля этапа экстракции и ОТ-ПЦР используется реагент ПКО SARS-CoV-2 DUO, входящий в состав набора. В случае несоответствия результатов для положительного контроля заданным критериям валидности, результаты для всех образцов в постановке считаются недостоверными, требуется повторить исследование всех исследуемых образцов и контролей, начиная с этапа ПЦР. 3.1.2. Контроль ингибирования Для контроля эффективности экстракции нуклеиновых кислот и ОТ-ПЦР в наборе реагентов предусмотрена одновременная обратная транскрипция РНК и затем амплификация кДНК коронавируса SARS-CoV-2 и внутреннего контрольного образца (ВКО R). ВКО R добавляется в каждый образец биологического материала на этапе экстракции РНК. В ходе реакции амплификации наличие сигнала, свидетельствующего о накоплении фрагментов кДНК ВКО R, говорит об отсутствии ингибирования ОТ и ПЦР. 3.1.3. Мониторинг лаборатории на наличие контаминации Рекомендуется раз в месяц проводить мониторинг лаборатории на контаминацию продуктами амплификации, исследуемыми образцами, положительными контрольными образцами. Оценка наличия/отсутствия контаминации проводится Версия 07.07.22-4 9 --- стр. 11 --- путем исследования смывов с различных объектов: пипеток, рабочих поверхностей лабораторной мебели, оборудования и поверхностей помещений. Взятие и исследование смывов следует проводить согласно процедуре, описанной в МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы 1-IV групп патогенности». При обнаружении контаминации необходимо провести обработку лаборатории моющими и дезинфицирующими растворами согласно указаниям, описанным в МУ 1.3.2569-09. 3.2. Рекомендуемые контрольные материалы В качестве контрольных материалов для проверки заявленных функциональных характеристик набора могут быть использованы зарегистрированные на территории Российской Федерации панели контрольных образцов, предназначенные для проведения внутреннего и внешнего контролей качества лабораторных исследований по обнаружению РНК SARS-CoV-2. 4. ОГРАНИЧЕНИЯ МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЯ 4.1. Набор применяется только для диагностики in vitro. 4.2. Набор предназначен для работы только с исследуемым материалом, указанным в разделе «Назначение». Исследование других видов биологического материала может привести к получению недостоверных результатов. 4.3. Получение достоверных результатов обеспечивается выполнением требований, предъявляемых к взятию, транспортированию и хранению образцов исследуемого материала (см. раздел «Исследуемый материал»). 4.4. Применение набора возможно только персоналом, обученным методам молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-диагностической лаборатории. 4.5. При работе с набором следует использовать только амплификаторы с системой детекции флуоресцентного сигнала, характеристики которых удовлетворяют требования, указанные в разделе «Дополнительное оборудование и материалы». 5. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ 5.1. Перед началом работ следует ознакомиться с Методическими указаниями МУ 1.3.1877-04 «Порядок сбора, упаковки, хранения, транспортирования и проведения лабораторного анализа биологического материала от больных (и умерших) пациентов с подозрением на тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС)», утвержденными Роспотребнадзором. Версия 07.07.22-4 10 --- стр. 12 --- 5.2. Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно биологические (ПЦР) исследования биологического материала на наличие возбудителей инфекционных болезней, с соблюдением СанПиН 3.3686-21 «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней». В соответствии с п.924 СанПиН 3.3686-21 диагностика возбудителей инфекционных болезней II группы патогенности молекулярно-генетическими методами (без накопления возбудителя) может проводиться в лабораториях, имеющих санитарно-эпидемиологическое заключение на работу с ПБА III -IV группы патогенности в соответствии с требованиями санитарных правил СанПиН 2.1.3684-21 «Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям, эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий». Материал для исследований подлежит предварительной обработке в соответствии методическими указаниями МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». 5.3. При работе необходимо всегда выполнять следующие требования: - Применять набор строго по назначению в соответствии с данной инструкцией. Отклонение от прописанных процедур и порядка действий может привести к получению недостоверных результатов анализа. - Лабораторный процесс должен быть однонаправленным. Анализ следует проводить в отдельных помещениях (зонах) в соответствии с МУ 1.3.2569-09. Не возвращать образцы, оборудование и реагенты в зону, в которой была проведена предыдущая стадия процесса. - Рассматривать исследуемые образцы как инфекционно-опасные, организовывать работу и хранение в соответствии с СанПиН 3.3686-21. - Убирать и дезинфицировать разлитые образцы или реагенты, используя дезинфицирующие средства в соответствии с СанПиН 3.3686-21. - Удалять неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком годности, а также использованные реагенты, упаковку®, биологический материал^, включая материалы, инструменты и предметы, загрязненные биологическим материалом, в ^ Неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком годности, использованные реагенты, упаковка относятся к классу опасности медицинских отходов Г, ^Биологический материал, включая инструменты и предметы, загрязненные материалом, относятся к классу опасности медицинских отходов Б. Версия 07.07.22-4 1 1 --- стр. 14 --- не требуют соблюдения специальных мер предосторожности. 5.5. Отрицательные результаты не исключают возможность инфицирования коронавирусом SARS-CoV-2 и не должны использоваться в качестве единственной основы для принятия решения о лечении пациентов. 5.6. Отрицательные результаты должны сочетаться с клиническими наблюдениями, историей болезни и эпидемиологической информацией. 5.7. Набор реагентов не выявляет наличие коронавируса SARS-CoV-2, если его концентрация ниже заявленного предела обнаружения (1x10^ копий/мл). 5.8. Специфические воздействия набора на организм человека: - Канцерогенный эффект отсутствует. - Мутагенное действие отсутствует. - Репродуктивная токсичность отсутствует. 6. ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЫ 6.1. Взятие исследуемого материала 6.1.1. Транспортная среда для взятия, транспортировки и хранения мазков со слизистой носо- и ротоглотки, содержащая изотонический водно-солевой раствор с консервантом. 6.1.2. Зонд-тампон для взятия биологического материала с поверхности слизистых оболочек (полости носа, ротоглотки) одноразовый стерильный из полипропилена/полистирола с вискозой или хлопком. 6.1.3. Емкость для взятия, транспортировки и хранения мокроты (объемом до 50 мл), однократного применения, стерильная, с завинчивающейся или плотно защелкивающейся крышкой, изготовленная из полипропилена. 6.2. Предварительная подготовка исследуемого материала 6.2.1. Реагент для предобработки мокроты с целью проведения экстракции НК. 6.3. Экстракция РНК из исследуемых образцов 6.3.1. Комплект реагентов для экстракции РНК/ДНК «АмплиПрайм РИБО-преп» (РУ № ФСР 2012/14017)- в случае ручной методики экстракции, «МагноПрайм ЮНИ» (РУ № РЗН 2019/8955) - в случае автоматической экстракции. 6.3.2. Дополнительные материалы и оборудование, необходимые для экстракции РНК, - согласно инструкции к набору реагентов для экстракции РНК. Версия 07.07.22-4 13 --- стр. 15 --- 6.4. Обратная транскрипция, амплификация, детекция продуктов амплификации, анализ и интерпретация результатов 6.4.1. Одноразовые полипропиленовые пробирки, свободные от РНКаз/ДНКаз, следующих видов: - завинчивающиеся пробирки и крышки к ним или плотно закрывающиеся пробирки объемом 1,5 мл - для приготовления реакционной смеси; - тонкостенные пробирки для ПЦР объемом 0,2 мл с выпуклой или плоской оптически прозрачной крышкой или пробирки объемом 0,2 мл в стрипах по 8 шт. с прозрачными крышками - для проведения ПЦР при использовании прибора планшетного типа; - тонкостенные пробирки для ПЦР объемом 0,2 мл с плоской крышкой или пробирки для ПЦР объемом 0,1 мл в стрипах по 4 шт. с крышками - для проведения ПЦР при использовании прибора роторного типа. 6.4.2. Одноразовые наконечники, свободные от РНКаз/ДНКаз, для дозаторов переменного объема с фильтром от 100 до 1000 мкл. 6.4.3. Штативы для пробирок объемом 0,2 мл или 0,1 мл (в соответствии с используемыми пробирками для ПЦР). 6.4.4. Бокс абактериальной воздушной среды (ПЦР-бокс). 6.4.5. Центрифуга-вортекс. 6.4.6. Автоматические дозаторы переменного объема. 6.4.7. Станция автоматическая с модулем для приготовления и раскапки реакционных смесей и комплект расходных материалов к ней согласно инструкции Производителя. 6.4.8. Программируемый амплификатор с системой детекции флуоресцентного сигнала в режиме «реального времени» роторного типа (например, Rotor-Gene Q), либо планшетного типа (например, QuantStudio 5 или С1000 Touch в комплекте с модулем CFX96), зарегистрированные в РФ и соответствующие следующим требованиям: - наличие независимых каналов флуоресцентной детекции для флуорофоров РАМ, R6G с характеристиками, указанными в таблице 4. Версия 07.07.22-4 14 --- стр. 16 --- Таблица 4 Требуемые характеристики каналов флуоресцентной детекции Канал для флуорофора Длины волн, нм Возбуждения Детекции Минимум Максимум^ Минимум Максимум ! РАМ 450 470 510 530 R6G 515 532 545 580 - для приборов планшетного типа наличие подогреваемой крышки с температурой более 100°С; - точность поддержания температуры й ±0,4°С; - скорость нагрева не менее 2“С/сек; - скорость охлаждение не менее 1°С/сек. 6.4.9. Холодильник от 2 до 8 °С с морозильной камерой от минус 24 до минус 16 “С. 6.4.10. Отдельный халат, шапочки, обувь и одноразовые перчатки в соответствии с МУ 1.3.2569-09. 6.4.11. Емкость для сброса наконечников. 7. ИССЛЕДУЕМЫЙ МАТЕРИАЛ Для исследования рекомендуется брать не менее двух типов биологического материала: - мазки со слизистой носо- и ротоглотки (при наличии симптомов поражения верхних дыхательных путей), - мокрота (при наличии симптомов поражения нижних дыхательных путей). ВНИМАНИЕ! Мазки со слизистой носоглотки и ротоглотки рекомендуется совмещать в одной пробирке и исследовать как один образец. Для этого берут мазки разными зондами сначала со слизистой нижнего носового хода, а затем из ротоглотки, при этом рабочие концы зондов после взятия мазков помещаются в одну пробирку с 0,5 мл транспортной среды для хранения и транспортировки респираторных мазков и исследуются как один образец. Если зонд не остается в пробирке со средой, то необходимо тщательно смыть материал, интенсивно прокручивая зонд в среде не менее 10 секунд. Взятие, транспортирование и хранение исследуемого биологического материала следует проводить в соответствии с нижеперечисленными требованиями, несоблюдение которых может привести к получению некорректных результатов исследования. Версия 07.07.22-4 15 --- стр. 17 --- 7.1. Мазки из полости носа Взятие материала провести из полости носа с помощью одноразового стерильного зонда-тампона из полипропилена/полистирола с вискозой или хлопком в пробирку с транспортной средой в соответствии с инструкцией по применению зонда. Биологический материал, помещенный в транспортную среду, содержащую изотонический водно-солевой раствор с консервантом, хранить и транспортировать согласно требованиям, указанным в инструкции к используемой транспортной среде. Допускается только однократное замораживание-оттаивание материала. 7.2. Мазки со слизистой оболочки ротоглотки Взятие материала провести с поверхности миндалин, небных дужек и задней стенки ротоглотки с помощью одноразового стерильного зонда-тампона из полипропилена/полистирола с вискозой или хлопком в пробирку с транспортной средой в соответствии с инструкцией по применению зонда. Биологический материал, помещенный в транспортную среду, содержащую изотонический водно-солевой раствор с консервантом, хранить и транспортировать согласно требованиям, указанным в инструкции к используемой транспортной среде. Допускается лишь однократное замораживание-оттаивание материала. 7.3. Мокрота 7.3.1. Взятие материала Отобрать мокроту в количестве не менее 1,0 мл в одноразовый стерильный контейнер с широким горлом и завинчивающимися крышками объемом не менее 50 мл. Условия хранения и перевозки материала: - при температуре от 20 до 25 °С - в течение 6 часов; - при температуре от 2 до 8 °С - в течение 3 суток; - при температуре от минус 24 до минус 16 °С - в течение 1 недели; - при температуре не выше минус 68 °С - длительно. Допускается лишь однократное замораживание-оттаивание материала. 7.3.2. Предварительная обработка Необходимо провести разжижение мокроты, используя реагент для предобработки мокроты с целью проведения экстракции нуклеиновых кислот, в соответствии с инструкцией по использованию данного реагента. Условия хранения предварительно обработанных проб мокроты аналогичны условиям хранения материала до предобработки. Версия 07.07.22-4 16 --- стр. 20 --- 8.2.1.5. Приготовить реакционную смесь в отдельной пробирке, добавив компоненты в объемах, рассчитанных в п. 8.2.1.1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе. 8.2.1.6. На поверхность парафина внести по 10 мкл приготовленной реакционной смеси, при этом она не должна проваливаться под прослойку парафина и смешиваться с ПЦР-смесью. ВНИМАНИЕ! Неиспользованные остатки реакционной смеси хранению не подлежат. 8.2.2. При использовании формы выпуска 2 и 4. ВНИМАНИЕ! Компоненты реакционной смеси следует смешивать непосредственно перед проведением ПЦР. ВНИМАНИЕ! В случае приготовления реакционной смеси с помощью автоматической станции следуйте указаниям инструкции по ее использованию. 8.2.2.1. Рассчитать объемы для реагентов, требующиеся для приготовления реакционной смеси (см. таблицу 6). Смесь готовить на общее число исследуемых и контрольных образцов плюс запас не менее чем на одну реакцию. Таблица 6 Расчет объемов компонентов реакционной смеси Реагент Объем, мкл ПЦР-смесь-FL SARS-CoV-2 DUO 10*(N+1) Буфер С 5*(N+1) Taq полимераза 1*(N+1) Ревертаза R 0,25*(N+1) Обозначения N - количество амплйфицируемых образцов, включая контроли 8.2.2.2. Разморозить реагенты. Перед смешиванием реагентов перемешать содержимое всех реагентов, осадить капли на вортексе. 8.2.2.3. Приготовить реакционную смесь в отдельной пробирке, добавив компоненты в объемах, рассчитанных в п. 8.2.2.1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе 8.2.2.4. Отобрать необходимое количество пробирок или стрипов для проведения ОТ-ПЦР РНК исследуемых и контрольных образцов. Выбор пробирок для амплификации зависит от используемого амплификатора с системой детекции в режиме «реального времени». 8.2.2.5. Внести в пробирки по 15 мкл приготовленной реакционной смеси. ВНИМАНИЕ! Неиспользованные остатки реакционной смеси хранению не подлежат. Версия 07.07.22-4 19 --- стр. 21 --- 8.2.3. При использовании формы выпуска 3. 8.2.3.1. Рассчитать объемы для реагентов, требующиеся для приготовления реакционной смеси (см. таблицу 7). Смесь готовить на общее число исследуемых и контрольных образцов плюс запас не менее чем на одну реакцию. Таблица 7 Расчет объемов компонентов реакционной смеси ^ Реагент Объем, мкл Буфер D 10*(N+1) Taq полимераза 1*(N+1) Ревертаза R 0,25*(N+1) Обозначения N - количество амплифицируемых образцов, включая контроли 8.2.3.2. Отобрать необходимое количество стрипованных пробирок с ПЦР- смесью-FL SARS-CoV-2 DUO для проведения ОТ-ПЦР РНК исследуемых и контрольных образцов. 8.2.3.3. Убедиться, что парафин полностью покрывает раствор на дне пробирок. В противном случае, не использовать данные пробирки. 8.2.3.4. Разморозить реагенты. Перед смешиванием реагентов перемешать содержимое пробирок с реагентами (Буфер D, Taq полимераза и Ревертаза R), осадить капли на вортексе. 8.2.3.5. Приготовить реакционную смесь в отдельной пробирке, добавив компоненты в объемах, рассчитанных в п. 8.2.3.1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе. 8.2.3.6. Внести на поверхность парафина по 10 мкл приготовленной реакционной смеси, при этом она не должна проваливаться под прослойку парафина и смешиваться с ПЦР-смесью. ВНИМАНИЕ! Неиспользованные остатки реакционной смеси хранению не подлежат. 8.3. Внесение проб РНК, проведение ОТ-ПЦР и детекции ВНИМАНИЕ! Программирование и запуск амплификатора проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для программирования амплификаторов указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. 8.3.1. Внести в подготовленные пробирки с реакционной смесью по 10 мкл проб РНК, полученных в результате экстракции. 8.3.2. Внести контрольные образцы: а) положительный контроль ОТ-ПЦР - в одну пробирку для образца ПК внести 10 мкл пробы РНК, экстрагированной из ПКО SARS-CoV-2 DUO. б) отрицательный контроль экстракции - в одну пробирку для образца ОКО внести 10 мкл пробы РНК, экстрагированной из ОКО. Версия 07.07.22-4 20 --- стр. 22 --- в) отрицательный контроль ПЦР - в одну пробирку для образца К- внести 10 мкл реагента К-. ВНИМАНИЕ! Провести ОТ-ПЦР сразу после внесения РНК-проб и контролей в реакционную смесь. 8.3.3. Запрограммировать амплификатор с системой детекции в режиме «реального времени» для выполнения единой программы амплификации и детекции флуоресцентного сигнала (см. таблицу 8). Таблица 8 Единая программа амплификации и детекции флуоресцентного сигнала Цикл Температура, Время Детекция по каналам для Количество Яклов 1 50 15 мин 1 2 95 15 мин - 1 3 95 Юс - 4560 20 с РАМ. R6G^i 8.3.4. Перед постановкой в амплификатор планшетного типа осадить капли со стенок пробирок на вортексе. 8.3.5. Установить пробирки или стрипы в ячейки реакционного модуля прибора. 8.3.6. Запустить выполнение программы амплификации с детекцией флуоресцентного сигнала. 8.3.7. Прибор проводит регистрацию флуоресцентного сигнала автоматически в режиме «реального времени». 8.4. Анализ и вычисление результатов Анализ и обработку результатов можно проводить; - в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения FRT- Мападег версии 2.0 или выше (ООО «ИнтерЛабСервис», Россия, РУ № РЗН 2019/8870) согласно руководству пользователя, выбрав методику, указанную во вкладыше, прилагаемом к набору. Руководство пользователя размещено на официальном сайте ООО «ИнтерЛабСервис» по адресу: httDs://www.interlabservice.ru/service/frt/ : - в ручном режиме с помощью программного обеспечения прибора, используемого для проведения ОТ-ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», согласно инструкции по его применению и инструкции к набору. ВНИМАНИЕ! Обработку данных (флуоресцентных кривых), полученных в программном обеспечении прибора, используемого для проведения ОТ-ПЦР с Детекция сигнала для флуорофора R6G осуществляется по каналу детекции для аналогичных флуорофоров HEX, JOE, Yellow и VIC. Версия 07.07.22-4 21 --- стр. 23 --- детекцией в режиме «реального времени», проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для обработки данных указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. Обработка и расчет результатов происходит на основании наличия (или отсутствия) пересечения кривой флуоресценции S-образной (сигмообразной) формы с установленной на соответствующем уровне пороговой линией, что определяет наличие (или отсутствие) для данной пробы кДНК значения порогового цикла (Ct) в соответствующей графе таблицы результатов. Параметры обработки флуоресцентных кривых зависят от используемой модели амплификатора (см. вкладыш к набору и инструкцию по применению амплификатора). Кривые накопления флуоресцентного сигнала анализируются по двум каналам детекции (см. таблицу 9). Таблица 9 Детекция флуоресцентного сигнала Канал ^...^ J Г R6G Продукт амплификации кДНК ВКО R кДHKSARS-CoV-2 8.5. Интерпретация результатов Интерпретацию результатов проводят в двух вариантах: - вручную в соответствии с таблицей 10 и вкладышем, прилагаемым к набору. Результат исследования считают достоверным, если получены правильные результаты для контролей в соответствии с таблицей 11; - в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения FRT- Manager версии 2.0 или выше (ООО «ИнтерЛабСервис», Россия, РУ № РЗН 2019/8870) согласно руководству пользователя, выбрав методику, указанную во вкладыше, прилагаемом к набору. Руководство пользователя размещено на официальном сайте ООО «ИнтерЛабСервис» по адресу; https://www.interlabservice.ru/service/frt/ . Алгоритм интерпретации результатов для исследуемых образцов и критерии валидности результатов, полученных для контролей, используемый в программном обеспечении, представлен в таблицах 10 и 11 соответственно. Таблица 10 Интерпретация результатов для исследуемых образцов Результат Интерпретация Значение Ct по каналам для флуорофоров FAM и R6G отсутствует или определено выше гр а н и ч н о го ^ ^ Результат невалидный Значение Ct по каналу для флуорофора FAM Результат сомнительный ’2 Граничные значения Ct указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. Версия 07.07.22-4 22 --- стр. 24 --- Результат Интерпретация определено меньше граничного, и значение Ct по каналу R6G определено выше граничного Значение Ct по каналу для флуорофора FAM определено или отсутствует, и значение Ct по каналу R6G определено не выше граничного РНК коронавируса SARS-CoV-2 обнаружена Значение Ct по каналу для флуорофора FAM определено меньше граничного, и значение Ct по каналу для флуорофора R6G отсутствует РНК коронавируса SARS-CoV-2 не обнаружена Таблица 11 Результаты для контролей Контроль Результаты амплификации по каналу для флуорофора >АМ R6G ОКО (отрицательный контроль экстракции) Значение Ct определено меньше граничного Значение Ct отсутствует К- (отрицательный контроль ПЦР) Значение Ct отсутствует Значение Ct отсутствует ПК (положительный контроль Значение Ct определено Значение Ct определено экстракции РНК, ОТ-ПЦР) меньше граничного меньше граничного 8.6. Возможные ошибки 8.6.1. Для положительного контроля экстракции РНК и ОТ-ПЦР (ПК) значение порогового цикла (Ct) по каналу для флуорофора РАМ и R6G отсутствует или превышает граничное значение. Необходимо повторить исследование для всех отрицательных и сомнительных образцов (начиная с этапа экстракции РНК). 8.6.2. Для отрицательного контроля ОТ-ПЦР (К-) определено значение порогового цикла (Ct) по каналу для флуорофора R6G и/или РАМ. Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком-либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить ПЦР-исследование для всех образцов. 8.6.3. Для отрицательного контроля экстракции (ОКО) определено значение порогового цикла (Ct) по каналу для флуорофора R6G. Вероятна контаминация лаборатории продуктами амплификации или контаминация реагентов, исследуемых образцов на каком-либо этапе ПЦР-исследования. Необходимо предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации и повторить ПЦР-исследование для всех образцов, начиная с этапа экстракции РНК. 8.6.4. Для исследуемого образца определено значение порогового цикла, при этом на графике флуоресценции отсутствует участок характерного экспоненциального подъема (график представляет собой приблизительно прямую линию). Необходимо проверить правильность выбранного уровня пороговой линии или параметров расчета базовой линии. Если результат получен при правильном Версия 07.07.22-4 23 --- стр. 25 --- уровне пороговой линии (базовой линии), требуется повторно провести амплификацию и детекцию для этого образца. 8.6.5. В случае получения невалидных результатов требуется повторное исследование образца, начиная с этапа экстракции РНК. В случае воспроизводимого результата рекомендуется повторно провести забор и исследование биологического материала. 8.7. Диагностическое значение полученного результата ПЦР-исследование является одним из методов всестороннего обследования пациента, на основании которых лечащий врач устанавливает диагноз и выбирает мероприятия по лечению пациента. Результаты, полученные при использовании набора, следует рассматривать и интерпретировать в сочетании с данными других клинических и лабораторных исследований. 9. ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА 9.1. Предел обнаружения^^ Предел обнаружения набора «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» был определен с использованием пробит-анализа с 95%-ой доверительной вероятностью (см. таблицу 10). Значение характеристики достигается при соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал». . Таблица 12 9Ь%-ь/ЛЯ>верительныйМишень Предел <^н|р^»ни^, копи^мл' интервал, копий/мл участок гена ORFIa вируса SARS-CoV-2 1x10^ 6,91x102-1,53x103 участок S гена вируса SARS-CoV-2 1x103 4,36x102- 1,36x103 9.2. Аналитическая специфичность Набор реагентов «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» обнаруживает фрагменты РНК только SARS-CoV-2. Аналитическая специфичность набора оценивалась тестированием НК микроорганизмов и вирусов (см. таблицу 13) и геномной ДНК человека. НК микроорганизмов и вирусов в концентрации не менее 1x10® копий/мл и геномную ДНК человека в концентрации 1 мкг/мл вносили в образцы биологического материала, не содержащие вирус SARS-CoV-2. ^3 Предел обнаружения - 95%-ое положительное пороговое значение концентрации (концентрация кДНК SARS-CoV-2, лри которой 95% тестов дают положительный результат). Версия 07.07.22-4 24 --- стр. 26 --- Микроорганизмы и вирусы, используемые для оценки аналитической специфичности Таблица 13 Микроорганизмы и вирусы Bordetella parapertussis Influenza A virus (H3N2) Bordetella pertussis influenza A virus (H0N1) Bordetella bronchiseptica Influenza A virus (H2N2) Haemophilus influenza Influenza A virus (H7N9) Klebsiella pneumoniae Influenza В virus (штамм В/Пхукет/3073/13) Staphylococcus aureus Influenza В virus (штамм В/Брисбен/4б/15 (В-15) Streptococcus pneumoniae Human coronavirus 229E Legionella pneumophila Betacoronavirus 1 OC43 Pseudomonas aeruginosa Human coronavirus NL63 Influenza A virus (H5N1) - При тестировании образцов НК вышеперечисленных микроорганизмов, вирусов и геномной ДНК человека с использованием набора перекрестных реакций выявлено не было. 9.3. Прецизионность (повторяемость и воспроизводимость измерения) Повторяемость и воспроизводимость измерений оценивали путем тестирования модельных образцов, содержащих РНК SARS-CoV-2 в двух концентрациях. Модельные образцы были приготовлены разведением стандартных образцов предприятия, содержащих РНК SARS-CoV-2, на ТЕ-буфере с ро1у(А). Были протестированы образцы в двух концентрациях РНК SARS-CoV-2, одна из которых соответствовала пределу обнаружения набора (1000 копий/мл), а вторая двукратно превышала предел обнаружения (2000 копий/мл). Каждый образец проходил все этапы исследования (экстракцию РНК, ОТ-ПЦР и детекцию результатов). Для оценки повторяемости тестирование образцов в концентрации 1000 копий/мл проводилось в 120 повторах, 2000 копий/мл - в 48 повторах, для оценки воспроизводимости - в 180 и 72 повторах соответственно. При оценке повторяемости коэффициент вариации, рассчитанный по результатам определения пороговых циклов (для РНК SARS-CoV-2), не превышал 5 %. При оценке воспроизводимости коэффициент вариации, рассчитанный по результатам определения пороговых циклов (для PHKSARS-CoV-2), не превышал 10 %. 9.4. Диагностическая специфичность и диагностическая чувствительность Для определения диагностических характеристик набора «АмплиПрайм® SARS- CoV-2 DUO» были использованы положительные и отрицательные образцы мазков из носо- и ротоглотки и мокроты (см. таблицы 14 и 15). Версия 07.07.22-4 25 --- стр. 27 --- При тестировании форм выпуска 1, 2, 3 в качестве набора сравнения, с помощью которого устанавливали наличие или отсутствие РНК SARS-CoV-2, использовалась форма выпуска 4 набора реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» по ТУ 21.20.23-083-09286667-2020 (РУ № РЗН 2020/10837). Таблица 14 Результаты тестирования образцов биологического материала с использованием форм выпуска 1, 2, 3 Форма выпуска набора Исследуемые образцы Результаты тестирования Тип Количество Образцы А м пл иП М !^ т т т лт т 1,2,3 Мазки из носо- и ротоглотки 132 Положительных 66 66 Отрицательных 66 66 Мокрота 112 Положительных 56 56 Отрицательных 56 56 Отрицательных 66 66 При тестировании формы выпуска 4 в качестве набора сравнения, с помощью которого устанавливали наличие или отсутствие РНК SARS-CoV-2, использовался набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиТест SARS-CoV-2» (РУ № РЗН 2020/9765). Таблица 15 Результаты тестирования образцов биологического материала с использованием формы выпуска 4 Форма выпуска набора М Ш 1 И И И |1образцы Результаты тестирования Тип ; Количество Образцы А ш аД рай^* Набор ’ODfBRfRVM 4 Мазки из носо- и ротоглотки 132 Положительных 66 66 Отрицательных 66 66 Мокрота 112 Положительных 56 56 Отрицательных 56 56 Значения диагностической специфичности и чувствительности набора «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» с доверительной вероятностью 95 %, рассчитанные, исходя из полученных данных, приведены в таблице 16. Версия 07.07.22-4 26 --- стр. 28 --- / Таблица 16 Диагностические характеристики набора Форма выпуска Тип образцов Диагностическая специфичность Диагностическая чувствительность 1, 2, 3 Мазки из носо- и ротоглотки 100% (94,56%-100%) 100% (94,56%-100%) Мокрота 100% (93,62%-100%) 100% (93,62%-100%) 4 Мазки из носо- и ротоглотки 100% (95,60%-100%) 100% (95,60%-100%) Мокрота 100% (94,80%-100%) 100% (94,80%-100%) 9.5. Оценка влияния интерферирующих веществ Влияние интерферирующих веществ, потенциально содержащихся или присутствующих в исследуемом биоматериале, на эффективность ОТ-ПЦР при использовании набора «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» отсутствует. Не выявлено ингибирование реакции амплификации при добавлении к образцам мазков из носо- и ротоглотки и образцам мокроты на этапе экстракции интерферирующих веществ, представленных в таблице 17, в максимально возможной концентрации для данных видов биоматериала. Таблица 17 Вид биоматериала Интерферент | Концентрация интерферента в образце ^ муцин 0,23 мг/100 мкл мазки из носо- и гемоглобин 0,20 ммоль/1001икл ротоглотки, мокрота мирамистин 0,001 % действующего вещества в 100 мкл хлоргексидин 0,5 % действующего вещества в 100 мкл Версия 07.07.22-4 27 --- стр. 29 --- Ю.УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ НАБОРА 10.1. Срок годности Срок годности набора составляет 12 месяцев от даты изготовления. После вскрытия реагенты использовать до истечения срока годности набора. Набор с истекшим сроком годности применению не подлежит. 10.2. Транспортирование Набор транспортировать при температуре от 2 до 8 °С всеми видами крытых транспортных средств в термоконтейнерах с хладоэлементами или в авторефрижераторах не более 3 суток. Набор реагентов при получении разукомплектовать в соответствии с указанными температурами хранения. Набор, транспортированный с нарушением указанного температурного режима, применению не подлежит. 10.3. Хранение Набор реагентов необходимо разукомплектовать. Контрольные образцы (ПКО SARS-CoV-2 DUO, ВКО R и ОКО) хранить при температуре от 2 до 8 “С. Остальные реагенты хранить в морозильной камере при температуре от -24 до -16 в течение всего срока годности набора. ПЦР-смесь-FL SARS-CoV-2 DUO хранить в защищенном от света месте. Допустимо размораживать и замораживать реагенты не более 3 раз. Реагенты после вскрытия хранить в тех же условиях, что и реагенты до вскрытия. Невскрытые и вскрытые реагенты стабильны в течение срока годности, указанного на этикетке, при соблюдении указанных условий хранения. Реакционная смесь, приготовленная из смеси реагентов, входящих в состав набора, хранению не подлежит. Набор, хранившийся с нарушением указанного режима хранения, применению не подлежит. 11.ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ Производитель гарантирует соответствие характеристик набора требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение указанного срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и применения. Рекламации на качество набора «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» направлять в адрес производителя ООО «НекстБио»: 111394, г. Москва, ул. Полимерная, 8 стр. 2, тел. (495) 620-08-73, e-mail: info@nextbio.ru . При выявлении нежелательных реакций при использовании набора, фактов и обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских Версия 07.07.22-4 28 --- стр. 30 --- / работников при обращении и эксплуатации набора, рекомендуется направить сообщение по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную регулирующую организацию (в Российской Федерации - Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим законодательством. Консультацию по работе с набором, а также по вопросам, касающимся качества набора, можно получить по контактам, указанным на официальном сайте Производителя: www.nextbio.ru . Версия 07.07.22-4 29 --- стр. 36 --- Экстракцию РНК проводить с использованием набора реагентов «АмплиПрайм РИБО-преп» в соответствии с инструкцией по его применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции РНК, указаны в таблице ниже. Эк с т р а к ц и я р н к и з и с с л е д у е м о г о м а т е р и а л а Ручная методика экстракции Добавляемый реагент / образец ВКО R 10 мкл в каждую пробирку Исследуемые образцы^ 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для ОКО (отрицательного контроля) ПКО SARS-CoV-2 DUO 10 мкл+90 мкл ОКО в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент для элюции РНК 50 мкл^ в каждую пробирку Автоматическая методика экстракции. Экстракцию РНК проводить с использованием набора реагентов «МагноПрайм ЮНИ» в соответствии с инструкцией по его применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции РНК, указаны в таблице ниже. Добавляемый реагент 1 образец BKOR 10 мкл в каждую пробирку Исследуемые образцы^ 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для ОКО (отрицательного контроля) ПКО SARS-CoV-2 DUO 10 мкл+90 мкл ОКО в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент для элюции РНК 100 мкл в каждую пробирку ВНИМАНИЕ! Допускается предварительное смешивание исследуемых и контрольных образцов (ОКО и ПК) с Буфером L за пределами автоматической станции. Приготовление смеси МГС, Реагента А и ВКО R в соответствии с инструкцией к набору реагентов «МагноПрайм ЮНИ» и ее добавление к исследуемым и контрольным образцам в Буфере L осуществляется на борту автоматической станции. АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ВНИМАНИЕ! Для внесения в пробирки реагентов, проб РНК и контрольных образцов использовать одноразовые наконечники с фильтрами. 1. Рассчитать объемы реагентов, необходимые для приготовления реакционной смеси, согласно таблице: Юмпонент реакционнее смеси Объем, мкл Обозначения Буфер D 10*(N+1) N - количество амплифицируемых образцов, включая контролиTaq полимераза 1*(N+1) Ревертаза R 0,25*(N+1) ВНИМАНИЕ! Компоненты реакционной смеси следует смешивать непосредственно перед проведением исследования. ВНИМАНИЕ! В случае приготовления реакционной смеси с помощью автоматической станции следуйте указаниям инструкции по ее использованию. 2. Отобрать необходимое количество пробирок с ПЦР-смесью-FL SARS-CoV-2 DUO для проведения ОТ-ПЦР РНК исследуемых и контрольных образцов. ^ Для образцов мокроты требуется предвар^ттельная подготовка согласно разделу инструкции «Исследуемый материал». ^ Допускается при необходимости увеличение объема элюции до 90 мкл. Версия 12.04.21-2 --- стр. 37 --- h. Разморозить реагенты. Перед смешиванием реагентов перемешать содержимое пробирок с реагентами (Буфер D, Taq полимераза и Ревертаза R), осадить капли на вортексе. 4. Приготовить реакционную смесь, добавив компоненты в отдельную пробирку в объемах, рассчитанных в п. 1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе. 5. Внести в подготовленные пробирки реакционную смесь и образцы согласно таблице: Добавляемый реагент / образец Внести по 10 мкл Приготовленной реакционной смеси в пробирки с ПЦР-смесью-FL SARS-CoV-2 DUO на поверхность парафина ВНИМАНИЕ! Смесь не должна проваливаться под парафин. Внести по 10 мкл ВНИМАНИЕ! Избегать попадания сорбента в реакционную смесь. Пробы РНК, экстрагированной из исследуемого образца в пробирки для исследуемых образцов Пробы, экстрагированной из ОКО в пробирку для образца ОКО (отрицательного контроля экстракции) Пробы РНК, экстрагированной из ПКО SARS-CoV-2 DUO в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент К- в пробирку для образца К- (отрицательного контроля ПЦР) ВНИМАНИЕ! Неиспользованные остатки реакционной смеси хранению не подлежат. 6. Запрограммировать амплификатор с системой детекции в режиме «реального времени» согласно инструкции по его применению для выполнения следующей программы: Единая программа амплификации и детекции флуоресцентного сигнала Цикл Температура, Время Детекция по каналам для флуорофоров Количество циклов 1 50 15 мин - 1 2 95 15 мин - 1 3 95 10 с - 45 60 20 с FAM, R6G3 Примечание - Рекомендуемые параметры для программирования амплификаторов указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. 7. Перед постановкой в амплификатор планшетного типа осадить капли со стенок пробирок на вортексе. 8. Установить пробирки в ячейки реакционного модуля прибора. 9. Запустить выполнение программы амплификации с детекцией флуоресцентного сигнала согласно инструкции по применению используемого амплификатора. АНАЛИЗ, ВЫЧИСЛЕНИЕ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ВНИМАНИЕ! При ручном анализе обработку данных (флуоресцентных кривых), полученных в программном обеспечении прибора, используемого для проведения ОТ-ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для обработки данных указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. Анализ, вычисление и интерпретацию результатов можно проводить: - в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения FRT Manager (ООО «ИнтерЛабСервис», Россия, РУ № РЗН 2019/8870) согласно руководству пользователя, выбрав методику, указанную во вкладыше, прилагаемом к набору. Руководство пользователя размещено на официальном сайте ООО «ИнтерЛабСервис» по адресу: https://www.interlabservice.ru/servlce^rt/ ; ® Детекция сигнала для флуорофора R6G осуществляется по каналу детекции для аналогичных флуорофоров HEX, JOE, Yellow, VIC. Версия 12.04.21-2 --- стр. 38 --- - в ручном режиме с помощью программного обеспечения прибора, используемого для проведения ОТ’ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», согласно инструкции по его применению и инструкции к набору. Версия 12.04.21-2 --- стр. 40 --- Экстракцию РНК проводить с использованием набора реагентов «АмплиПрайм РИБО-преп» в соответствии с инструкцией по его применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции РНК, указаны в таблице ниже. • э к с т р а к ц и я РНК из ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА jРучная методика экстракции Добавляемый реагент / образец BKOR 10 мкл в каждую пробирку Исследуемые образцы^ 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для ОКО (отрицательного контроля) ПКО SARS-CoV-2 DUO 10 мкл+90 мкл ОКО в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент для элюции РНК 50 мкл^ в каждую пробирку Автоматическая методика экстракции. Экстракцию РНК проводить с использованием набора реагентов «МагноПрайм ЮНИ» в соответствии с инструкцией по его применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции РНК, указаны в таблице ниже. Добавляемый реагент / образец BKOR 10 мкл в каждую пробирку Исследуемые образцы^ 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для ОК (отрицательного контроля) ПКО SARS-CoV-2 DUO 10 мкл+90 мкл ОКО в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент для элюции РНК 100 мкл в каждую пробирку ВНИМАНИЕ! Допускается предварительное смешивание исследуемых и контрольных образцов (ОКО и ПК) с Буфером L за пределами автоматической станции. Приготовление смеси МГС, Реагента А и ВКО R в соответствии с инструкцией к набору реагентов «МагноПрайм ЮНИ» и ее добавление к исследуемым и контрольным образцам в Буфере L осуществляется на борту автоматической станции. АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ВНИМАНИЕ! Для внесения в пробирки реагентов, проб РНК и контрольных образцов использовать одноразовые наконечники с фильтрами. 1. Рассчитать объемы реагентов, необходимые для приготовления реакционной смеси, согласно таблице: Компонент реакционной смеси Объем, мкл ПЦР-смесь-FL SARS-CoV-2 DUO 10*(N+1) Буфер С 5*(N+1) Taq полимераза 1*(N+1) Ревертаза R 0,25*(N+1) Обозначения N - количество амплифицируемых образцов, включая контроли ВНИМАНИЕ! Компоненты реакционной смеси следует смешивать непосредственно перед проведением исследования. ВНИМАНИЕ! В случае приготовления реакционной смеси с помощью автоматической станции следуйте указаниям инструкции по ее использованию. 2. Разморозить реагенты. Перед смешиванием реагентов перемешать содержимое всех реагентов, осадить капли на вортексе. 3. Приготовить реакционную смесь, добавив компоненты в отдельную пробирку в объемах, рассчитанных в п. 1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе. ^ Для образцов мофоты требуется предвартельная подготовка согласно разделу инстругадии «Исследуемый материал». ^ Допускается при необходимости увеличение объема элюции до 90 мкл. Версия 12.04.21-2 --- стр. 41 --- Отобрать необходимое количество пробирок или стрипов для проведения ОТ-ПЦР РНК исследуемых и контрольных образцов. 5. Внести в подготовленные пробирки или стрипы реакционную смесь и образцы согласно таблице: Добавляемый М Я йЯ Ш 1 обоазец Внести по 15 мкл Приготовленной реакционной смеси в пробирки для исследуемых и контрольных образцов Внести по 10 мкл ВНИМАНИЕ! Избегать попадания сорбента в реакционную смесь. Пробы РНК, экстрагированной из исследуемого образца в пробирки для исследуемых образцов Пробы РНК, экстрагированной из ОКО в пробирку для ОКО (отрицательного контроля экстракции) Пробы РНК, экстрагированной из ПКО SARS-CoV-2 DUO в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент К- в пробирку для К- (отрицательного контроля ПЦР) ВНИМАНИЕ! Неиспользованные остатки реакционной смеси хранению не подлежат. 6. Запрограммировать амплификатор с системой детекции в режиме «реального времени» согласно инструкции по его применению для выполнения следующей программы; Единая программа амплификации и детекции флуоресцентного сигнала Цикл 1 Температура, ''С Время Детекция по каналам для Л ш к ж х А л т ......... Количество Мклов 1 50 15 мин - 1 2 95 15 мин - 1 3 95 Юс - 45 60 20 с FAM, R6Q3 Примечание - Рекомендуемые параметры для программирования амплификаторов указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. 7. Перед постановкой в амплификатор планшетного типа осадить капли со стенок пробирок на вортексе 8. Установить пробирки или стрипы в ячейки реакционного модуля прибора. 9. Запустить выполнение программы амплификации с детекцией флуоресцентного сигнала согласно инструкции по применению используемого амплификатора. АНАЛИЗ, ВЫЧИСЛЕНИЕ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ВНИМАНИЕ! Обработку данных (флуоресцентных кривых), полученных в программном обеспечении прибора, используемого для проведения ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для обработки данных указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. Анализ, вычисление и интерпретацию результатов можно проводить; - в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения FRT-Manager версии 2.0 или выше (ООО «ИнтерЛабСервис», Россия) согласно руководству пользователя, выбрав методику, указанную во вкладыше, прилагаемом к набору. Руководство пользователя размещено на официальном сайте ООО «ИнтерЛабСервис» по адресу: https;// www.lnterlabservice.ru/service/frt/ ; - в ручном режиме с помощью программного обеспечения прибора, используемого для проведения ОТ-ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», согласно инструкции по его применению и инструкции к набору. 2 Детекция сигнала для флуорофора R6G осуществляется по каналу детекции для аналогичных флуорофоров HEX, JOE, Yellow, VIC. Версия 12.04.21-2 3 --- стр. 42 --- * • I АмплиПрайм i ......./ ВНИМАНИЕ! Перед использованием набора реагентов необходимо ознакомиться с инструкцией по его применению. Инструкция размещена в электронном виде на официальном сайте Производителя; http://www. nextbio. ги/reagents/. Краткое руководство по применению набора реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» по ТУ 21.20.23-083-09286667-2020 МАТЕРИАЛ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ мазки со слизистой носо- и ротоглотки; мокрота.у «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» Форма выпуска 3 REF Р2110-13 ООО «НекстБио», Россия, 111394, г. Москва, ул. Полимерная, д. 8, стр. 2 тел. (495) 620-08-73. e-mail: info@nextbio.ru СОСТАВ КОМПЛЕКТНОСТЬ Компонент Описание ирьем, мл Количество ПЦР-смесь-FL SARS-CoV-2 DUO Прозрачная жидкость, раскапана под парафин белого цвета 0,01 100 пробирок (12,5 стрипов по 8 пробирок)’ Буфер D Прозрачная жидкость 1.2 1 пробирка Taq полимераза Прозрачная жидкость 0,12 1 пробирка Ревертаза R Прозрачная жидкость 0,03 1 пробирка К- Прозрачная жидкость 0.2 1 пробирка ПКО SARS- CoV-2 DUO Прозрачная жидкость 0,15 1 пробирка ВКО R Прозрачная жидкость 1.2 1 пробирка ОКО Прозрачная жидкость 1.2 2 пробирки Набор реагентов рассчитан на проведение исследования 100 образцов, включая кокгроли. Компонент Формат Набор реагентов форма выпуска 3 Инструкция по применению в электронном виде по адресу: www.nextbio.ru Паспорт качества в электронном виде по адресу: www.nextbio.ru Краткое руководство в бумажном виде Комплект вкладышей в бумажном виде ХРАНЕНИЕ Условия хранения набора Контрольные образцы (ПКО SARS-CoV-2 DUO, ВКО R и ОКО) хранить при температуре от 2“С до 8 X. Все остальные реагенты хранить от минус 24 до минус 16 X. ПЦР-смесь-FL SARS-CoV-2 DUO хранить в _____________защищенном от света месте _____________ ^ Пробирки с голубым парафином не используются. Версия 12.04.21-2 --- стр. 43 --- ! Экстракцию РНК проводить с использованием набора реагентов «АмплиПрайм РИБО-преп» в соответствии с инструкцией по его применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции РНК, указаны в таблице ниже. рСТРАКЦИЯ РНК ИЗ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА /ручная методика экстракции Добавляемый реагент / образец BKOR 10 мкл в каждую пробирку Исследуемые образцы^ 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для ОКО (отрицательного контроля) ПКО SARS-CoV-2 DUO 10 мкл+90 мкл ОКО в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент для элюции РНК 50 мкл^ в кахщую пробирку Автоматическая методика экстракции. Экстракцию РНК проводить с использованием набора реагентов «МагноПрайм ЮНИ» в соответствии с инструкцией по его применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции РНК, указаны в таблице ниже. Добавляемый реагент / образец BKOR 10 мкл в каждую пробирку Исследуемые образцы^ 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для око (отрицательного контроля) ПКО SARS-CoV-2 DUO 10 мкл+90 мкл ОКО в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент для элюции РНК 100 мкл в каждую пробирку ВНИМАНИЕ! Допускается предварительное смешивание исследуемых и контрольных образцов (ОКО и ПК) с Буфером L за пределами автоматической станции. Приготовление смеси МГС, Реагента А и ВКО R в соответствии с инструкцией к набору реагентов «МагноПрайм ЮНИ» и ее добавление к исследуемым и контрольным образцам в Буфере L осуществляется на борту автоматической станции. АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ВНИМАНИЕ! Для внесения в пробирки реагентов, проб РНК и контрольных образцов использовать одноразовые наконечники с фильтрами. 1. Рассчитать объемы реагентов, необходимые для приготовления реакционной смеси, согласно таблице; Компонент реакционной смеси Объем, мкл Буфер D 10*(N+1) Taq полимераза 1*(N+1) Ревертаза R 0,25*(N+1) Обозначения N - количество амплифицируемых образцов, включая контроля ВНИМАНИЕ! Компоненты реакционной смеси следует смешивать непосредственно перед проведением исследования. ВНИМАНИЕ! В случае приготовления реакционной смеси с помощью автоматической станции следуйте указаниям инструкции по ее использованию. 2. Отобрать необходимое количество стрипов с ПЦР-смесью-FL SARS-CoV-2 DUO для проведения ОТ- ПЦР РНК исследуемых и контрольных образцов. 3. Разморозить реагенты. Перед смешиванием реагентов перемешать содержимое пробирок с реагентами (Буфер D, Taq полимераза и Ревертаза R), осадить капли на вортексе. ^ Для образцов мофоти требуется предваршельная подготовка согласно разделу инструкции «Исследуемый материал». ^ Допускается при необходимости увеличение объема элюции до 90 мкл. Версия 12.04.21-2 --- стр. 44 --- ^ Приготовить реакционную смесь, добавив компоненты в отдельную пробирку в объемах, рассчитанных / в п. 1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе. ^5. Внести в подготовленные стрипы реакционную смесь и образцы согласно таблице: Добавляемый реагент / образец Внести по 10 мкл Приготовленной реакционной смеси в пробирки с ПЦР-смесью^^ SARS-CoV-2 DUO на поверхность парафина ВНИМАНИЕ! Смесь не должна проваливаться под парафин. Внести по 10 мкл ВНИМАНИЕ! Избегать попадания сорбента в реакционную смесь. Пробы РНК, экстрагированной из исследуемого образца в пробирки для исследуемых образцов Пробы, экстрагированной из ОКО в пробирку для образца ОКО (отрицательного контроля экстракции) Пробы РНК, экстрагированной из ПКО SARS-CoV-2 DUO в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент К- в пробирку для образца К- (отрицательного контроля ПЦР) ВНИМАНИЕ! Неиспользованные остатки реакционной смеси хранению не подлежат. 6. Запрограммировать амплификатор с системой детекции в режиме «реального времени» согласно инструкции по его применению для выполнения следующей программы; Единая программа амплификации и детекции флуоресцентного сигнала Цикл Температура, Время Детекция по каналам для флуорофоров Количество циклов 1 50 15 мин - 1 2 95 15 мин - 1 3 95 Юс - 4560 20 с РАМ. R6G* Примечание - Рекомендуемые параметры для программирования амплификаторов указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. 7. Перед постановкой в амплификатор осадить капли со стенок стрипованных пробирок на вортексе. 8. Установить стрипы в ячейки реакционного модуля прибора. 9. Запустить выполнение программы амплификации с детекцией флуоресцентного сигнала согласно инструкции по применению используемого амплификатора. АНАЛИЗ, ВЫЧИСЛЕНИЕ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ВНИМАНИЕ! При ручном анализе обработку данных (флуоресцентных кривых), полученных в программном обеспечении прибора, используемого для проведения ОТ-ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для обработки данных указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. Анализ, вычисление и интерпретацию результатов можно проводить: - в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения FRT Manager (ООО «ИнтерЛабСервис», Россия, РУ № РЗН 2019/8870) согласно руководству пользователя, выбрав методику, указанную во вкладыше, прилагаемом к набору. Руководство пользователя размещено на официальном сайте ООО «ИнтерЛабСервис» по адресу: https://www.interlabservlce.ru/service^rt/ ; - в ручном режиме с помощью программного обеспечения прибора, используемого для проведения ОТ-ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», согласно инструкции по его применению и инструкции к набору. ^ Детекция сигнала для флуорофора R6G осуществляется по каналу детекции для аналогичных флуорофоров HEX, JOE, Yellow, VIC. Версия 12.04.21-2 --- стр. 45 --- АмплиПрайм у ВНИМАНИЕ! Перед использованием набора реагентов необходимо ознакомиться с инструкцией по его применению. Инструкция размещена в электронном виде на официальном сайте Производителя: http;// www.nextbio.ru/reagents/. Краткое руководство по применению набора реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV'2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» по ТУ 21,20,23-083-09286667-2020 МАТЕРИАЛ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ мазки со слизистой носо- и ротоглотки; мокрота.✓ «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» Форма выпуска 4 REF 2110-14 « | | ООО «НекстБио». Россия, 111394, г. Москва, ул. Полимерная, д. 8, стр. 2 тел. (495) 620-08-73, e-mail; info@nextbio.ru СОСТАВ КОМПЛЕКТНОСТЬ Компонент Описание Объем, мл Количество ПЦР-смесь-FL SARS-CoV-2 DUO Прозрачная жидкость 0,6 2 пробирки Буфер С Прозрачная жидкость 0,3 2 пробирки Tag полимераза Прозрачная жидкость 0,06 2 пробирки Ревертаза R Прозрачная жидкость 0,015 2 пробирки К- Прозрачная жидкость 0,2 2 пробирки ПКО SARS- CoV-2 DUO Прозрачная жидкость 0,15 2 пробирки BKOR Прозрачная жидкость 1,2 1 пробирка ОКО Прозрачная жидкость 1,2 4 пробирки Набор реагентов рассчитан на проведение исследования 100 образцов, включая контроли. Компонент Формат Набор реагентов форма выпуска 4 Инструкция по применению в электронном виде по адресу: http;//w^.nextbio.ru/reagents/ Паспорт качества в электронном виде по адресу; http://www.nextbio.ru/passport/ Краткое руководство в бумажном виде Комплект вкладышей в бумажном виде ХРАНЕНИЕ Условия хранения набора Контрольные образцы (ПКО SARS-CoV-2 DUO, ВКО R и ОКО) хранить при температуре от 2®С до 8 ®С. Все остальные реагенты хранить от минус 24 до ______минус 16 "С в защищенном от света месте ______ Версия 12.04.21-2 --- стр. 46 --- Экстракцию РНК проводить с использованием набора реагентов «АмплиПрайм РИБО-преп» в соответствии с инструкцией по его применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции РНК, указаны в таблице ниже. ГСТРАКЦИЯ РНК ИЗ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА Дчная методика экстракции Добавляемый реагент / образец BKOR 10 мкл в каждую пробирку Исследуемые образцы^ 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для око (отрицательного контроля) ПКО SARS-CoV-2 DUO 10 мкл+90 мкл ОКО в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент для элюции РНК 50 мкл^ в каждую пробирку Автоматическая методика экстракции. Экстракцию РНК проводить с использованием набора реагентов «МагноПрайм ЮНИ» в соответствии с инструкцией по его применению. Объемы реагентов и исследуемых образцов, используемые при экстракции РНК, указаны в таблице ниже. Добавляемый реагент / обОЙМц BKOR 10 мкл в каждую пробирку Исследуемые образцы^ 100 мкл в пробирки для исследуемых образцов ОКО 100 мкл в пробирку для ОК (отрицательного контроля) ПКО SARS-CoV-2 DUO 10 мкл+90 мкл ОКО в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент для элюции РНК 100 мкл в каждую пробирку ВНИМАНИЕ! Допускается предварительное смешивание исследуемых и контрольных образцов (ОКО и ПК) с Буфером L за пределами автоматической станции. Приготовление смеси МГС, Реагента А и ВКО R в соответствии с инструкцией к набору реагентов «МагноПрайм ЮНИ» и ее добавление к исследуемым и контрольным образцам в Буфере L осуществляется на борту автоматической станции. АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ВНИМАНИЕ! Для внесения в пробирки реагентов, проб РНК и контрольных образцов использовать одноразовые наконечники с фильтрами. 1. Рассчитать объемы реагентов, необходимые для приготовления реакционной смеси, согласно таблице; Компонент реакционной смеси Объем, мкл ПЦР-смесь-FL SARS-CoV-2 DUO 10,0*(N+1) Буфер С 5*(N+1) Taq полимераза 1*(N+1) Ревертаза R 0,25*(N+1) Обозначения N - количество амплифицируемых образцов, включая контроли ВНИМАНИЕ! Компоненты реакционной смеси следует смешивать непосредственно перед проведением исследования. ВНИМАНИЕ! В случае приготовления реакционной смеси с помощью автоматической станции следуйте указаниям инструкции по ее использованию. 2. Разморозить реагенты. Перед смешиванием реагентов перемешать содержимое всех реагентов, осадить капли на вортексе. 3. Приготовить реакционную смесь, добавив компоненты в отдельную пробирку в объемах, рассчитанных в п. 1. Перемешать смесь и осадить капли на вортексе. ' Для образцов мокроты требуется предварительная подготовка согласно разделу инструкции «Исследуемый материал». ^ Допускается при необходимости увеличение объема элюции до 90 мкл. Версия 12.04.21-2 --- стр. 47 --- /Отобрать необходимое количество пробирок или стрипов для проведения ОТ-ПЦР РНК исследуемых и контрольных образцов. Д Внести в подготовленные пробирки реакционную смесь и образцы согласно таблице: Добавляемый реагент / образец Внести по 15 мкл Приготовленной реакционной смеси в пробирки для исследуемых и контрольных образцов Внести по 10 мкл ВНИМАНИЕ! Избегать попадания сорбента в реакционную смесь. Пробы РНК, экстрагированной из исследуемого образца в пробирки для исследуемых образцов Пробы РНК, экстрагированной из ОКО в пробирку для ОКО (отрицательного контроля экстракции) Пробы РНК, экстрагированной из ПКО SARS-CoV-2 DUO в пробирку для ПК (положительного контроля) Реагент К- в пробирку для К- (отрицательного контроля ПЦР) ВНИМАНИЕ! Неиспользованные остатки реакционной смеси хранению не подлежат. 6. Запрограммировать амплификатор с системой детекции в режиме «реального времени» согласно инструкции по его применению для выполнения следующей программы: Единая программа амплификации и детекции флуоресцентного сигнала Цикл Температура, Время Детекция по каналам для ЙШОПОАОПОВ Количество циклов 1 50 15 мин — 1 2 95 15 мин - 1 3 95 Юс - 45 60 20 с РАМ. R6Q3 Примечания 1) Рекомендуемые параметры прилагаемом к набору. для программирования амплификаторов указаны во вкладыше, 7. Установить пробирки в ячейки реакционного модуля прибора. Рекомендуется предварительно осадить капли со стенок пробирок на вортексе. 8. Запустить выполнение программы амплификации с детекцией флуоресцентного сигнала согласно инструкции по применению используемого амплификатора. АНАЛИЗ, ВЫЧИСЛЕНИЕ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ВНИМАНИЕ! Обработку данных (флуоресцентных кривых), полученных в программном обеспечении прибора, используемого для проведения ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», проводить согласно инструкции по его применению. Рекомендуемые параметры для обработки данных указаны во вкладыше, прилагаемом к набору. Анализ, вычисление и интерпретацию результатов можно проводить: - в автоматическом режиме с использованием программного обеспечения FRT-Manager версии 2.0 или выше (ООО «ИнтерЛабСервис», Россия) согласно руководству пользователя, выбрав методику, указанную во вкладыше, прилагаемом к набору. Руководство пользователя размещено на официальном сайте ООО «ИнтерЛабСервис» по адресу: https://www.lnterlabservice.ru/service/frt/ ; - в ручном режиме с помощью программного обеспечения прибора, используемого для проведения ОТ>ПЦР с детекцией в режиме «реального времени», согласно инструкции по его применению и инструкции к набору. ^ Детекция сигнала для флуорофора R6G осуществляется по каналу детекции для аналогичных флуорофоров HEX, JOE. Yellow, VIC. Версия 12.04.21-2 3 --- стр. 48 --- Лист регистрации изменений Иэм. Номера листов Всего листов в документе Номер извещения об изменении Изменения внес Датаизменен ных заменён ных новых аннулир ованных 1 - 1 -3 4 - 4 09286667.034. 3/7-2021 Ю.А. Дарикова 12.04.21 Версия 12.04.21-2 --- стр. 50 --- УТВЕРЖДАЮ )альный директор О. О. Лавинюков НАБОР РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ РНК КОРОНАВИРУСА SARS-COV-2 ТЯЖЕЛОГО ОСТРОГО РЕСПИРАТОРНОГО СИНДРОМА (COVID-19) МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ «АМПЛИПРАЙМ® SARS-COV-2 DUO» ПО ТУ 21.20.23-083-09286667-2020 Комплект вкладышей Лист утверждения СОГЛАСОВАНО Руководитель отдела разработки производственной документации ООО «НекстБио» го г М. Н. Гарае Старший специалист по документации отдела разработки производственной документации ООО «НекстБио» Ю. А. Дарикова --- стр. 51 --- ВКЛАДЫШ к набору реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19) методом полимеразной цепной реакции «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» по ТУ 21.20.23-083-09286667-2020 ООО «НекстБио» Форма | V | ^ | , | L 0 T H . Рекоменд /ем ы е настройки для при боров роторного типа Канал Calibrate/Gain Optimisation.../ Опт.уровня сигн. Threshold/ Порог More Settings/ Outlier Removal/ Устранение flMQlHHBOB Slope Correct/ Коррект. уклона ' Динамический фон Исключить циклы FAM/Green OT5FI дo10FI 0,03 5-10% включена включен от 1 до 5 JOE/Yellow OT5FI до10Е1 0,03 5-10% включена включен от 1 до 5 При запуске прибора в окне «Автооптимизация уровня сигнала» активировать функцию «Выполнить оптимизацию при первом шаге детекции». 2. Рекомендуемы е настройки для приборов планш етного типа 2.1. Общие настройки Канал Threshold / Порог FAM Пороговая линия для каждого канала устанавливается на уровне, соответствующем 10- 20 % от максимального уровня флуоресценции, полученного для контрольного образца ПКО SARS-CoV-2 DUO в последнем цикле амплификации.R6G/HEX 2.2. Настройки для прибора «CFX96» Параметр Шаг этапа циклирования Ramp Rate Step Options 95 “С 2,5 °C/sec 60 ° с 2,5 X/sec 3. Граничны е значения порогового цикла (Ct) Образец Канал для флуорофора^ F^amMOa значение Ct ПрИбЬр роторного типа п р и б о р планшетного типа ПК FAM н R6G ■ ш OK FAM ■ ■ R6G отсутствует отсутствует к- FAM, R6G отсутствует отсутствует Исследуемые образцы FAM н ■ R6G ■ ■ ^ Информация, выделенная голубым цветом, является переменной и меняется в зависимости от серии набора. 2 Детекция сигнала для флуорофора R6G осуществляется по каналу детекции для аналогичных флуорофоров HEX, JOE, Yellow, VIC. --- стр. 52 --- ВКЛАДЫШ для автоматической обработки результатов к набору «АмплиПрайм® SARS-CoV-2 DUO» Группа совместимости: АмплиПрайм Кат. №: X Серия: X Срок годности до: ГГГГ-ММ-ДД Методика: АмплиПрайм SARS-CoV-2 DUO Группа совместимости: АмплиПрайм Прибор: Rotor-Gene Q Штрих-коды: Поле для штрих-кода Кат. №: X Серия: X Срок годности до: ГГГГ-ММ-ДЦ Методика: АмплиПрайм SARS-CoV-2 DUO Группа совместимости: АмплиПрайм (CFX 96) Прибор: Bio-Rad CFX 96 Штрих-коды: Поле для штрих-кода Кат. №: X Серия: X Срок годности до: ГГГГ-ММ-ДЦ Методика: АмплиПрайм SARS-CoV-2 DUO Группа совместимости: АмплиПрайм (QuantStudio 5) Прибор: QuantStudio 5 Штрих-коды: Поле для штрих-кода