Набор реагентов для выделения геномной ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (ДНК-Ткань-Ф) по ТУ 21.20.23-009-97638376-2016 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 --- УТВЕРЖДАЮ альный директор «ТестГен» Тороповский бря 2018 г. ИНСТРУКЦИЯ Набор реагентов для выделения геномной ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (ДНК-Ткань-Ф) по ТУ 21.20.23-009-97638376-2016 в исполнениях: 1) «ДНК-Ткань-Ф-50» на 50 выделений, 2) «ДНК-Ткань-Ф-100» на 100 выделений Версия 3 от 20.09.2018 57958 02.10.2018 --- стр. 2 --- 1 1. Назначение........................................................................................3 2. Характеристики набора....................................................................5 3. Принцип действия............................................................................6 4 Аналитические и диагностические характеристики набора.........8 5. Перечень рисков, связанных с применением набора реагентов J «ДНК-Ткань-Ф»...................................................................................8 6. Меры предосторожности при работе с набором...........................9 ^ 7. Оборудование и материалы, необходимые при работе с набором J ............................................................................................................14 8. Анализируемые пробы...................................................................15 - 9. Подготовка компонентов набора для исследования ..................20 J 10. Проведение исследования...........................................................21 11. Возможные проблемы и их решение..........................................24 - 1 12. Условия хранения, транспортирования и эксплуатации набора J ............................................................................................................26 13. Утилизация....................................................................................27 J 14. Гарантийные обязательства, контакты ......................................28 ] 1 1 1 1 57958 02.10.2018 --- стр. 3 --- 1. НАЗНАЧЕНИЕ Назначение: набор реагентов «ДНК-Ткань-Ф» предназначен для профессионального применения в медицинских учреждениях и клинико-диагностических лабораториях для выделения геномной ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (FFPE-блоков) методом, основанном на связывании нуклеиновых кислот с силикатной мембраной в спин-колонке для последующего проведения анализов в клинической лабораторной диагностике методом аллель-специфической ПЦР в режиме реального времени выделенной геномной ДНК. Область применения набора реагентов - клиническая лабораторная диагностика, онкология. Тип анализируемого образца. Материалом для проведения процедуры выделения нуклеиновых кислот служит фиксированная в формалине и заключенная в парафин ткань (FFPE-блоки). Функциональное назначение теста, выполняемого с помощью набора реагентов, состоит в выделении геномной ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (FFPE-блоков) для последующего проведения анализов в клинической лабораторной диагностике методом аллель- специфической ПЦР в режиме реального времени выделенной геномной ДНК. Принцип определения Принцип метода основан на протеиназной обработке и депарафинизации FFPE-блоков путем инкубации их с ксилолом и последующей регидратации с применением этилового спирта (95%). ДНК из лизированных образцов сорбируется на мембране спин-колонки. Затем ДНК отмывается от хаотропных веществ и ингибирующих ПЦР примесей («Раствор для промывки №1 и №2»), после чего элюируется с мембраны («Элюент»). Описание целевого аналита, сведения о его научной обоснованности Целевой аналит - геномная ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (FFPE-блоков). Научная обоснованность. 57958 02.10.2018 --- стр. 4 --- Фиксация ткани в формалине, проводка согласно тому или иному протоколу и заливка в парафин для последующего изготовления препаратов — общепринятый способ подготовки образцов к гистологическому исследованию. Этот подход позволяет сохранить структуру тканей и хранить материал в течение длительного времени. Архивы, в которых хранятся образцы ткани в виде парафиновых блоков, служат незаменимым источником материала для масштабных ретроспективных исследований, включая исследования с использованием методик, недоступных на момент помещения блока в архив. Сегодня, когда появляется всё больше сведений о молекулярных основах патогенеза различных заболеваний, исследование ДНК и РНК, содержащихся в гистологическом материале, необходимо для научных исследований и становится частью рутинной диагностической практики.^ Фиксация ткани и хранение её в виде парафинового блока — традиционный и рациональный способ работы с гистологическим материалом. Нуклеиновые кислоты, вьщеленные с соблюдением требуемых условий из ткани, залитой в парафиновый блок, могут быть использованы для ПЦР и ОТ-ПЦР, секвенирования, исследования на микрочипах и других молекулярно-биологических методик.* Специфическая патология, состояние или фактор риска, для обнаружения, определения или дифференцирования которого предназначено медицинское изделие для диагностики in vitro - Набор реагентов «ДНК-Ткань-Ф» не может использоваться для диагностики какой-либо патологии, состояния или фактора риска. Набор реагентов «ДНК-Ткань-Ф» используется для вьщеления геномной ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (FFPE-блоков) для последующего проведения анализов в клинической лабораторной диагностике методом аллель-специфической ПЦР в режиме реального времени выделенной геномной ДНК. ^ Ваганова А.Н. Гистотехнические решения для повышения качества препаратов нуклеиновых кислот, выделенных из парафиновых блоков / А.Н. Ваганова // Гены и клетки. - 2014. - Т. 9, №2. - С.96-101. 4 57958 02.10.2018 --- стр. 5 --- Показания и противопоказания к применению Показания к применению: Набор реагентов «ДНК-Ткань-Ф» рекомендуется использовать для вьщеления геномной ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (FFPE-блоков) для последующего проведения анализов в клинической лабораторной диагностике методом аллель- специфической ПЦР в режиме реального времени выделенной геномной ДНК. Противопоказания: отсутствуют. Набор предназначен для профессионального применения в медицинских учреждениях и клинико-диагностических лабораториях. Профессиональный уровень потенциальных пользователей - врач клинической лабораторной диагностики, медицинский лабораторный техник. Общее время проведения процедуры выделения ДНК из 1 образца составляет 4ч 30 минут. 2.ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА Набор реагентов «ДНК-Ткань-Ф» выпускается в двух вариантах исполнения: 1) «ДНК-Ткань-Ф-50» на 50 вьщелений, 2) «ДНК-Ткань-Ф-100» на 100 выделений. Состав набора Набор реагентов «ДНК-Ткань-Ф» включает: Таблица 1 - Состав набора реагентов «ДНК-" |№ пп Название реагента Описание Исполнение «ДНК-Ткань-Ф- 50» «ДНК-Ткань-Ф- 100» 1 Буфер для связывания ДНК Прозрачная бесцветная жидкость 1 флакон, (10 мл) 1 флакон, (20 мл) 2 Раствор для промывки №1 Прозрачная бесцветная жидкость 1 флакон, (25 мл) 1 флакон, (50 мл) 1 57958 02.10.2018 --- стр. 6 --- № пп Название реагента Описание Исполнение «ДНК-Ткань-Ф- 50» «ДНК-Ткань-Ф- 100» 3 Раствор для промывки №2 Прозрачная бесцветная жидкость 1 флакон, (15 мл) 2 флакона, (по 15 мл) 4 Протеиназа К Белый порошок 1 флакон, (20 мг) 1 флакон, (40 мг) 5 Раствор для разведения протеиназы К Прозрачная бесцветная жидкость 1 флакон, (1 мл) 1 флакон, (2 мл) 6 Элюент Прозрачная бесцветная жидкость 1 флакон, (5 мл) 1 флакон, (10 мл) 7 Спин-колонки для связывания ДНК Бесцветные полипропиленовые фильтрационные колонки с крышкой, с запрессованной стекловолоконной сорбируюшей мембраной 50 колонок 100 колонок 8 Пробирки пластиковые объемом 2 мл Бесцветные полипропиленовые пробирки без крышки 50 пробирок 100 пробирок в наборе для выделения не используются калибраторы и контрольные материалы. Примечание: изделие не содержит другие ингредиенты, которые могут оказать влияние на проведение процедуры. 3. Принцип действия Принцип метода основан на протеиназной обработке и депарафинизации FFPE-блоков путем инкубации их с ксилолом и последующей регидратации с применением этилового спирта (95%). ДНК из лизированных образцов сорбируется на мембране спин-колонки. Затем ДНК отмывается от хаотропных веществ и 57958 02.10.2018 --- стр. 7 --- Ц S у * ь ^^ингибирующих ПЦР примесей («Раствор для промывки №1 и №2»), после чего элюируется с мембраны («Элюент»). I-fr h i ш 57958 02.10.2018 --- стр. 8 --- 4 Аналитические и диагностические характеристики набора Таблица 2 - Аналитические характеристики набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф» Концентрация выделенной ДНК из 30 мг фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани, нг/мкл, не менее 5 Чистота выделения ДНК, А260/280, не менее 1,6 По результатам проведенных клинических испытаний в серии из 144 опытов с образцами выделенной с помощью набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф» геномной ДНК подтверждены заявленные показатели функциональных свойств и эффективности медицинского изделия - концентрация вьщеленной ДНК из 30 мг фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани составляет не менее 5 нг/мкл, чистота выделения ДНК (А260/280) составляет не менее 1,6, и ДНК, выделенная из образцов фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани (FFPE-блоки), пригодна для последующего проведения анализов в клинической лабораторной диагностике методом аллель- специфической ПЦР в режиме реального времени - на уровне 0,984 (98,4 %) с доверительной вероятностью 90%. 5. Перечень рисков, связанных с применением набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф» В пограничную зону риска вошли опасности: - потеря функциональных свойств реагентов, входящих в набор, из-за транспортирования, хранения или эксплуатация в несоответствующих условиях, - утилизация набора с нарушением соответствующих мер безопасности и дезактивации, - использование среза с FFPE-блока в количестве не достаточном для проведения процедуры выделения ДНК; - кросс-контаминация образцов при подготовке срезов с парафиновых блоков; 8 57958 02.10.2018 --- стр. 9 --- - невыполнение требований по пробоподготовке, проведению анализов и утилизации, в следствии работы с набором неквалифицированным персоналом. В области недопустимой зоны риски не выявлены. Совокупный остаточный риск применения медицинского изделия «Набор реагентов для выделения геномной ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (ДНК-Ткань-Ф) по ТУ 21.20.23-009-97638376-2016 в исполнениях: 1) «ДНК-Ткань-Ф-50» на 50 выделений, 2) «ДНК-Ткань-Ф-100» на 100 выделений», производства ООО «ТестГен» является допустимым, польза от его применения превышает риск. 6. Меры предосторожности при работе с набором Класс в зависимости от потенциального риска применения - 2а в соответствии с номенклатурной классификацией медицинских изделий, утверждаемой приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 06.06.2012 N 4н. Работа с клиническим материалом при использовании набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф» должна осуществляться согласно методическим рекомендациям «Взятие, транспортировка, хранение клинического материала для ПЦР-диагностики», разработанными ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва, 2012 г. Опасные компоненты набора в соответствии с «согласованной на глобальном уровне системой классификации опасности и маркировки химической продукции (СГС)» приведены в таблице 3. Таблица 3 Наименова ние реагента Опасный компонент в составе Пиктогра мма опасности СГС Фразы опасност и Предупредите льные фразы Буфер для связывания ДНК Гуанидинтиоц ианат CAS 593-84-0 Ф 302,315, 319 264, 280, 301+312, 302+352, 305+351+338, 330,332+313, 337+313 57958 02.10.2018 --- стр. 10 --- г Раствор для промывки №1 Гуанидинтиоц ианат CAS 593-84-0 Ф 302,315, 319 264, 280, 301+312, 302+352, 305+351+338, 330, 332+313, 337+313 Протеиназа К Протеиназа К CAS 39450- 01-6 Ф Ф 332, 334 261,272,280, 302+352, 304+340, 333+313, 342+311,363 фразы опасности Н302 Н315 Н319 Н332 Н334 Вредно при проглатывании Вызывает раздражение кожи Вызывает серьёзное раздражение глаз Наносит вред при вдыхании При вдыхании может вызывать аллергические или астматические симптомы или затруднение дыхания Предупредительные фразы 1 Р 261 Избегать вдыхания пыли/дыма/газа/тумана/паров/вещества в распылённом состоянии. Р 264 После работы тщательно вымыть ... Р 272 Не выносить загрязнённую одежду с места работы. Р 280 Пользоваться защитными перчатками/защитной одеждой/средствами защиты глаз/лица. Р 3 о 1 +312 При проглатывании: Обратиться в токсикологический центр/или к специалисту/.../ при плохом самочувствии. Р 302+352 При попадании на кожу: Промыть большим количеством воды/... 10 57958 02.10.2018 --- стр. 16 --- 8.1.5 Избегать соприкосновения фрагментов биологического материала друг с другом и с любым другим биологическим материалом. 8.1.6 Общий срок хранения фиксированных формалином и залитых парафином образцов ткани (FFPE-блоки) не более 3 лет при температуре от +15 до +25 °С. 8.2 Интерферирующие вещества и ограничения метода Влияние потенциально интерферирующих веществ на работу набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф» было проверено в отношении потенциально интерферирующих веществ, которые могут оказать влияние на способность набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф» вьщелять геномную ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (FFPE-блоков) соответствующего качества и количества, необходимого для проведения анализов в клинической лабораторной диагностике методом аллель- специфической ПЦР в режиме реального времени выделенной геномной ДНК. Для того, чтобы оценить влияние потенциально интерферирующих веществ было выполнено исследование путем анализа воздействия каждого вещества в двух концентрациях (максимальной и минимальной), диапазон которых, как ожидается, будет встречаться при нормальном использовании набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф», на значения чистоты выделения ДНК (выраженную в отношении оптических плотностей раствора выделенной ДНК, А260/280) и концентрации выделенной ДНК (выраженной в нг/мкл) с последующим проведением анализа методом аллель-специфической ПЦР в режиме реального времени выделенной геномной ДНК. Потенциально интерферирующие вещества и концентрации приведены в таблице 1. их 16 ] 57958 02.10.2018 --- стр. 17 --- Таблица 1 - Концентрация интерферирзтощих веществ, проверенных при исследовании влияния интерферирующих веществ Интерферирующие вещества Максимальная концентрация (мкл / 200 мкл раствора ДНК) Минимальная концентрация (мкл / 200 мкл раствора ДНК) Парафин (в ксилоле) 2,00*10'^ 5,00*10-^ Ксилол 2,00*10'^ 5,00*10-5 Этиловый спирт (95%) 1,35*10-^ 3,38*10-4 1 1 Ни одно из потенциально интерферирующих веществ, оцениваемых при концентрациях, которые, как ожидается, будут встречаться при нормальном использовании набора реагентов, не влияет на способность набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф» вьщелять геномную ДНК человека из фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей (FFPE-блоков) соответствующего качества и количества, необходимого для проведения анализов в клинической лабораторной диагностике методом аллель- специфической ПЦР в режиме реального времени выделенной геномной ДНК. ДНК, выделенная из срезов с FFPE-блоков, обычно более фрагментирована, чем ДНК, вьщеленная из свежих образцов тканей. Степень фрагментации и химической деградации зависит от условий фиксации и длительности хранения образца. Сильно фрагментированная и химически модифицированная ДНК, даже при относительно высокой концентрации в образце, может быть непригодна к амплифицикации в ПЦР. 1 1 1 8.3 Ограничения по использованию анализируемого материала: Для оценки функциональных характеристик набора реагентов «ДНК-Ткань-Ф» в зависимости от типа ткани человека было выполнено исследование путем проведения процедур вьщеления 17 57958 02.10.2018 --- стр. 18 --- ДНК из фиксированных в формалине и заключенных в парафин различных типов тканей человека в соответствии с инструкцией к набору. Исследование проводили с использованием фиксированных в формалине и заключенных в парафин различных типов тканей человека - печень, почка, селезенка, кишечник, мозг, мышцы, легкие. Количество фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани составляет 30 мг. В каждом срезе с FFPE-блока площадь фрагмента фиксированной ткани должна составлять до 250 мм2, толщина среза — до 10 мкм. После процедуры выделения геномной ДНК проводили оценку чистоты вьщеления ДНК (выраженную в отношении оптических плотностей раствора вьщеленной ДНК, А260/280) и концентрацию выделенной ДНК (выраженной в нг/мкл). Результаты иееледования представлены в Таблице 4. Таблица 4 - Результаты исследования функциональных Тип ткани Количеетво фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани, мг Концентрация выделенной ДНК, нг/мкл Чистота выделения ДНК, А260/280 печень 30 15,9 1,7 почка 30 15,6 1,8 селезенка 30 18,0 1,8 кишечник 30 16,6 1,7 мозг 30 17,7 1,7 мышцы 30 6,2 1,7 легкие 30 17,9 1,8 1 1 На основании полученных результатов процедуры выделения ДНК набором реагентов «ДНК-Ткань-Ф» из фиксированных в формалине и заключенных в парафин различных типов тканей 1 1 18 57958 02.10.2018 --- стр. 19 --- г человека (печень, почка, селезенка, кишечник, мозг, мышцы, легкие) можно заключить: 1. Концентрация вьщеленной ДНК из 30 мг фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани составляет не менее 5 нг/мкл, что является достаточным для проведения дальнейшей ПЦР-реакции. 2. Чистота выделения ДНК, определенная как отношение поглощения при длинах волн 260 нм и 280 нм (260нм/280нм) составляет не менее 1,6, что является приемлемым для проведения дальнейшей ПЦР-реакции. 1 i ■ i i 1 Критерии пригодности гистологических препаратов для выделения ДНК для последующего молекулярно-генетического анализа опухолевых клеток • По результатам морфологического исследования опухолевые комплексы должны занимать не менее 60 % площади ткани в срезе с FFPE-блока. • По результатам морфологического исследования зоны некроза и кровоизлияния в совокупности должны занимать не более 15 % площади ткани в срезе с FFPE-блока. В случае, если образец не соответствует хотя бы одному из перечисленных критериев, рекомендуется использовать другой образец. Анализируемый материал не подлежит использованию при нарушении условий хранения и транспортировки (температура, продолжительность, многократное замораживание-оттаивание). При подготовке срезов с парафиновых блоков необходимо минимизировать риск кросс-контаминации образцов, для чего необходимо: • работать в одноразовых неопудренных перчатках; • проводить процедуру в ПЦР-боксе или в ламинарном шкафу; • использовать одноразовые лезвия для микротома и стерильные пинцеты; • первые два среза с каждого блока утилизировать, а для молекулярного исследования использовать срезы начиная с третьего; • не помещать срезы на водяную баню. 19 57958 02.10.2018 --- стр. 20 --- 8.4 Условия возможного хранения анализируемых образцов Условия хранения пробы геномной ДНК человека, выделенной из образцов фиксированной в парафине ткани: Полученная ДНК должна храниться при температуре от 2 °С до 8 °С и использоваться для анализа в течение 24 часов. Для хранения более 24 часов раствор ДНК рекомендуется хранить при температуре -20 °С. Условия хранения фиксированных формалином и залитых парафином образцов ткани: Общий срок хранения фиксированных формалином и залитых парафином образцов ткани (FFPE-блоки) не более 3 лет при температуре от +15 до +25 °С. Условия хранения исходного клинического материала: Условия хранения биопсийного материала, предназначенного для вьщеления ДНК^: - при комнатной температуре — в течение 6 часов; - при температуре 2-8 °С — в течение 3 суток; - при температуре минус 20 °С — в течение 1 недели; - при температуре минус 70 °С — длительно. 9. Подготовка компонентов набора для исследования Установка, монтаж, настройка, калибровка медицинского изделия для ввода в эксплуатацию не требуется. Выпадение кристаллов не влияет на качество набора. При кристаллизации одного из растворов, необходимо прогреть флакон с раствором при 50 °С и тщательно перемешать до полного растворения кристаллов и гомогенизации раствора. ^ МУ 1.3.2569-09 Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы 1-IV групп патогенности» 20 57958 02.10.2018