Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
=== файл: Инструкция_руководство__43412_I.pdf ===
--- стр. 19 ---
• Смеси ДНК из клеточных линий с мутацией BRAF V600E и дикого типа
Все образцы подвергались 454-секвенированию с целью определения процента мутаций в
каждом.
Аналитическая чувствительность при тестировании смеси образцов
Образцы ДНК мутанта BRAF V600E из образцов FFPET смешивали с образцами ДНК дикого
типа BRAF из образцов FFPET и получали один образец с концентрацией мутанта -10%, три
образца с концентрацией мутанта -5%, и один образец с концентрацией мутанта -3%. Также
тестировали один образец BRAF дикого типа. Процент мутантов после смешивания проверяли
454-секвенированием. Каждый из пяти образцов смеси с мутацией V600E (но не образец дикого
типа) затем разводили, получая панель образцов, показанную в Табл. 3.
Таблица 3
Смесь Средний % мутантов* Приготовленные разведения ДНК (нг/25 мкл)**
10% смесь 9% (п=6) 125,62.5,31.3
5% смесь 1 5% (п=5) 125, 5,2.5, 1.3, 0.6, 0.3
5% смесь 2 5% (п=5) 125,5,2.5, 1.3, 0.6, 0.3
5% смесь 3 6% (п=5) 125,5,2.5, 1.3, 0.6, 0.3
2.5% смесь 3% (п=5) 125, 62.5, 31.3
0% (дикий тип) — 125
* Средний % мутантов в смеси, определенный 454-секвенированием.
** Количество геномной ДНК, содержащейся в каждом образце данной панели. 25 мкл - объем
образца в ПЦР-смеси.
Каждый образец панели тестировали в восьми (8) повторах с тремя сериями набора cobas®
4800 BRAF V600 Mutation Test (n=24 для каждого образца панели). Табл. 4 показывает
чувствительность каждой смеси FFPET, определенную как наименьшее количество ДНК,
которое давало результат “Mutation Detected” не менее чем в 95% случаев (строки, выделенные
серым).
Полученные результаты продемонстрировали, что тест cobas® 4800 BRAF V600 Mutation Test
позволяет выявлять мутацию BRAF V600E, если доля мутации составляет >5% при стандартной
концентрации ДНК 125 нг/25 мкл. Способность теста выявлять эту мутацию при более низких
концентрациях ДНК показывает, что даже ДНК, деградированная в ходе фиксации, все-таки
может быть выявлена. Для образцов BRAF дикого типа все результаты были “Mutation Not
Detected”.
Аналитическая чувствительность при тестировании образцов FFPET
Для подтверждения выявления мутации с долей 5% в клинических образцах тестировали 48
индивидуальных секций толщиной 5 мкм, полученных из 3 образцов FFPET с содержанием
мутации BRAF V600E 4%, 6% и 12%, образцы тестировали индивидуально с тремя сериями
набора cobas® DNA Sample Preparation Kit для выделения ДНК. Для определения влияния
меланина на результат теста, один образец (с 6% мутации) имел высокую концентрацию
меланина. Готовили серии разведений ДНК из каждой секции, чтобы получить набор панелей
по 6 образцов, охарактеризованных в Табл. 5.
Каждый образец панели тестировали в 16 повторах с каждой из 3 серий набора cobas® 4800
BRAF V600 Mutation Test (n=48 для каждого образца панели). Табл. 6 показывает
чувствительность каждой смеси FFPET, определенную как наименьшее количество ДНК,
которое давало результат “Mutation Detected” не менее чем в 95% случаев (строки, выделенные
серым).
Результаты продемонстрировали, что тест cobas® 4800 BRAF V600 Mutation Test позволяет
выявлять мутацию BRAF V600E в реальных клинических образцах FFPET, если доля мутации
составляет >5% при стандартной концентрации ДНК 125 нг/25 мкл. Способность теста
выявлять эту мутацию при более низких концентрациях ДНК показывает, что даже ДНК,
деградированная в ходе фиксации, все-таки может быть выявлена. Образец с высокой степенью
18
--- стр. 20 ---
пигментации, включенный в испытания, не продемонстрировал
чувствительность теста.
влияния меланина на
Таблица 4
Чувствительность теста cohas® 4800 В RAF V600 Mutation Test с использованием смесей
FFPET
Смесь FFPET Процент мутантов (по
454-секвенированию)
Кол-во ДНК в образце
панели
Процент рез-та
“Mutation Detected”
(n-24)
10% смесь FFPET 9%
125 нг/25 мкл 100%
62.5 нг/25 мкл 100%
31.3 нг/25 мкл 100%
5% смесь FFPET 1 5%
125 нг/25 мкл 96%
5.0 нг/25 мкл 100%
2.5 нг/25 мкл 100%
1.3 нг/25 мкл 75%
0.6 нг/25 мкл 88%
0.3 нг/25 мкл 71%
5% смесь FFPET 2 5%
125 нг/25 мкл 100%
5.0 нг/25 мкл 92%
2.5 нг/25 мкл 100%
1.3 нг/25 мкл 96%
0.6 нг/25 мкл 58%
0.3 нг/25 мкл 50%
5% смесь FFPET 3 6%
125 нг/25 мкл 100%
5.0 нг/25 мкл 100%
2.5 нг/25 мкл 100%
1.3 нг/25 мкл 100%
0.6 нг/25 мкл 96%
0.3 нг/25 мкл 71%
2.5% смесь FFPET 3%
125 нг/25 мкл 0%
62.5 нг/25 мкл 4%
31.3 нг/25 мкл 4%
0% (дикий тип) — 125 нг/25 мкл 0%
Таблица 5
Образец
FFPET
Характеристики образца Кол-во ДНК в образцах панели (нг/25
мкл)Средний % V600E
*
Пигментация
№1 6% Высокая ** 125, 15.6, 7.8, 3.9, 2.0, 1.0
№2 12% Низкая *** 125,7.8,3.9,2.0, 1.0, 0.5
№3 4% Низкая 125,31.3, 15.6,7.8,3.9,2.0
Аналитическая чувствительность при тестировании смеси клеточных линий
Образцы ДНК из двух клеточных линий меланомы [SK-MEL 28 (мутация BRAF V600E) и SK-
MEL 2 (BRAF дикого типа)] смешивали, чтобы получить образец с долей мутации 5% (процент
верифицирован 454-секвенированием). Готовили три отдельных серии разведений с
концентрацией ДНК от 125 нг/25 мкл до нуля. Каждый образец тестировали в 20 повторах с
каждой из 3 серий набора 3 cobas® 4800 BRAF V600 Mutation Test (60 повторов всего).
Чувствительность определяли как минимальное количество ДНК, давшее результат BRAF
19
--- стр. 21 ---
V600E ’’мутация выявлена” с частотой не менее 95%. Результаты данного исследования
приведены в Таблице 7.
Таблица 6
Чувствительность теста cohas® 4Н00 BRA F V600 Mutation Test c использованием образцов
FFPET
Образец FFPET Процент мутантов (по
454-секвенированию)
Кол-во ДНК в образце
панели
Процент рез-та
“Mutation Detected”
(n=48)
№1 6%
125 нг/25 мкл 100%
15.6 нг/25 мкл 100%
7.8 нг/25 мкл 98%
3.9 нг/25 мкл 98%
2.0 нг/25 мкл 81%
1,0 нг/25 мкл 71%
№2 12%
125 нг/25 мкл 100%
7.8 нг/25 мкл 100%
3.9 нг/25 мкл 100%
2.0 нг/25 мкл 98%
1.0 нг/25 мкл 98%
0.5 нг/25 мкл 94%
№3 4%
125 нг/25 мкл 98%
31.3 нг/25 мкл 98%
15.6 нг/25 мкл 85%
7.8 нг/25 мкл 90%
3.9 нг/25 мкл 90%
2.0 нг/25 мкл 67%
Таблица 7
Чувствительность теста cohas® 4800 BRAF V600 Mutation Test c использованием смесей
клеточных линий
Образец Процент мутантов
(по 454-
секвенированию)
Кол-во ДНК в образце
панели
Процент рез-та
“Mutation Detected”
(n=60)
Смесь клеточных
линий
5%
125.0 нг/25мкл 97%
31.3 нг/25мкл 100%
15.6 нг/25мкл 95%
7.8 нг/25мкл 98%
3.9 нг/25мкл 95%
2.0 нг/25мкл 82%
1.0 нг/25мкл 78%
0.5 нг/25мкл 77%
Тест дал результат “Мутация выявлена” с частотой 95% при концентрации 3.9 нг/25мкл, что
соответствует разведению 1:32 относительно рекомендованной концентрации 125 нг/25мкл для
внесения в реакцию. Это подразумевает, что тест выявляет мутацию BRAF V600E даже в тех
случаях, когда около 97% ДНК подверглось деградации при фиксации.
Диапазон вносимого количества ДНК:
Рекомендованное количество ДНК, вносимое в реакцию в тесте cobas® 4800 BRAF V600
Mutation Test, составляет 125 нг. Различия в количестве вносимой в реакцию ДНК могут
являться результатом ошибки при количественном анализе ДНК и/или деградации ДНК. Чтобы
оценить влияние различий в количестве вносимой ДНК, геномную ДНК выделяли из 11
меланомных образцов FFPET, выбранных по их мутантному статусу и уровню пигментации, и
готовили серии разведений, соответствующие концентрации ДНК 250 нг, 125 нг, 62.5 нг и 31.3
20
--- стр. 29 ---
Таблица 11
В RAF V600 Mutation Test против секвепировапия методом Сенгера при тестировании
образцов, полученных в ходе испытаний III фазы*
Результат
теста Cobas®
4800
BRAF
Mutation
Test
Секвенирование по методу Сенгера (метод сравнения)
Выявлен!!
ые
мутации
BRAF
V600E
Не выявленные мутации BRAF V600E Всего
V600E V600K V600E
2
V600R V600D*
*
V600
Other**
■ к
Wild-
type
Выявленные
мутации
216 25 1 0 1 0 8 251
Не
выявленные
мутации
6 13 12 2 0 1 164 198
Всего 222 38 13 2 1 1 172 449
Положительный процент
согласованности (95% CI)
216/222 X 100% = 97.3% (94.2%,
98.8%)
Отрицательный процент
согласованности (95% CI)
192/227 X 100% = 84.6% (79.3%,
88.7%)
Общий процент согласоваз 1ности 408/449 X 100% = 90.9% (87.8%,
93.2%)
* Предел детекции при секвенировании методом Сенгера составляет примерно 20% мутантных
аллелей в образцах Поэтому секвенирование методом Сенгера не может
являться адекватным методом для подтверждения мутантного статуса при невысоком
содержании мутантных аллелей. В связи с этим, при проведении данного исследования,
некоторые образцы, отрицательные при анализе методом секвенирования по Сенгеру, но
положительные в тесте cobas, давали положительный результат при тетсировании третьим
методом. Валидированный предел детекции для теста cobas в образцах FFPET составил 5%
мутантных аллелей.
**Вариант V600D (GTOGAC)
***Мутация не указана в протоколе (вставка АСА непосредственно перед кодоном 600)
Распространенность мутации V600E в ходе фазы 111 клинических испытаний составила от 50 до
55% на основании результатов теста cobas. Полученные результаты совпадают с данными о
распространенности V600E среди пациентов с меланомой, опубликованными в литературе^.
Все пациенты, участвовавшие в фазе 111 исследования N025026 (BRIM3), спонсированного
Hoffmann-LaRoche, были отобраны на основании результата теста cobas® 4800 BRAF V600
Mutation Test. В исследование включались только пациенты, меланомная ткань которых давала
в тесте положительный результат. Поэтому остается неизвестным, получат ли пациенты,
отрицательные в тесте cobas® 4800 BRAF V600 Mutation Test, пользу от терапии
вемурафенибом (Zelboraf
Клиническая эффективность вемурафениба
Тест cobas® 4800 BRAF V600 Mutation Test применялся в качестве вспомогательного теста для
отбора пациентов для терапии вемурафенибом (Zelboraf™). Клиническая безопасность и
эффективность вемурафемиба (ZelboraH'^) была продемонстрирована в исследовании N025026
28
--- стр. 30 ---
(BRIMS), международном, рандомизированном, открытом, контролированном,
мультицентровом исследовании фазы III, проводившемся среди ранее не получавших терапию
пациентов с неподлежащей резекции меланомой стадий IIIC или IV и мутацией V600E BRAF, в
ходе исследования оценивали эффективность вемурафемиба (R05185426) в сравнении с
дакарбазином. Образцы фиксированной в формалине ткани в парафиновых блоках (FFPET),
полученные от всех пациентов с меланомой, которым предполагалось проведение терапии,
тестировали в cobas® 4800 BRAF V600 Mutation Test. Пациенты с положительным результатом
теста включались в исследование препарата, если они соответствовали остальным критериям
включения. Пациенты с отрицательным результатом теста исключались из исследования.
Исследование проводилось в 104 центрах (из них 22 центра в США).
В исследовании участвовали 675 пациента; 337 из них получали ZELBORAF, и 338 получали
дакарбазин.
Основным критерием эффективности в данном исследовании являлась общая выживаемость
(OS) и определяемая исследователем выживаемость без прогрессии заболевания (PFS). Еще
одним критерием эффективности являлась общая частота ответа.
Обе группы пациентов были сбалансированы по исходным характеристикам. Больщинство
пациентов были мужчины (56%), европеоиды (99%), средний возраст составлял 54 года (24%
были > 65 лет), все пациенты имели статус ECOG равный 0 или 1, и у больщинства пациентов
заболевание было метастазирующим (95%).
Таблица 12:
Эффективность вемурафемиба среди не получавших ранее терапию пациентов с
меланомой, позитивной по мутации BRAFV600E "
Вемурафемиб
(N=337)
Дакарбазин
(N=338)
р-величина*'
Общая выживаемость
Количество смертей 78 (23%) 121 (36%)
Соотнощение рисков
(95% СI)'’
0.44
(0.33,0.59)
<0.0001
Средняя выживаемость
(месяцы)
(95 % С!)'^
Пе достигалась
(9.6, не достигалась)
7.9
(7.3, 9.6)
Средний период наблюдения
(месяцы)
(диапазон)
6.2
(0.4, 13.9)
4.5
(<0.1, 11.7)
Соотнощение рисков
выживаемости без прогрессии
(95% CI)^’
0.26
(0.20, 0.33)
<0.0001
Среднее PFS (месяцы) 5.3
(4.9, 6.6)
1.6
(1.6, 1.7)
-
®На основании выявления в тесте cobas® 4800 BRAF V600 Mutation Test
Соотнощение рисков оценивали по модели Кокса; соотнощение рисков <
в пользу вемурафемиба
‘^оценка по Каплан-Мейер
Нестратифицированный log-rank тест
свидетельствовало
29
--- стр. 31 ---
Рисунок 2:
Кривые Каплан-Мейера общей выживаемости - не получавшие терапию пациенты
%тъ\
п at risk
Dacarbazine
ZELBORAF
з з е
337
302 268 232
336 33i 317
Dacartazine
186 U5
266 21B 178
ZELBORAF
83
125
43
82
26
64
12
22
Time (months!
0 0
2 0
Подтвержденная общая частота ответа составила 48.4% (95% Cl: 41.6%, 55.2%) в группе
ZELBORAF по сравнению с 5.5% (95% С1: 2.8%, 9.3%) в группе пациентов, получавших
дакарбазин.
30
--- стр. 32 ---
Утилизация
Во избежание возможного загрязнения окружающей среды реагенты с истекшим сроком
годности, а также отходы использованных реагентов, должны утилизироваться в соответствии с
местными государственными и / или больничными нормативными требованиями.
Правильное уничтожение и утилизация будет поддерживать сохранение природных ресурсов и
содействовать защите здоровья человека и окружающей среды.
Изделие должно быть утилизировано в РФ согласно требованиям СанПин 2.1.7.2790-10 (Класс
А).
Утилизация отходов упаковки.
Упаковка продукции «Roche Diagnostics GmbH» ("Рощ Диагностике ГмбХ") разработана с
целью сведения к минимуму загрязнения окружающей среды при сохранении целостности
продукта во время транспортировки и хранения. Упаковочные отходы должны утилизироваться
в местных пунктах сбора упаковки, в специализированные контейнеры, расположенные в
муниципалитетах.
Утилизация изделия с истекшим сроком годности и отходов, использованных реагентов.
При утилизации и уничтожении изделий с истекшим сроком годности, а также отходов,
использованных реагентов, необходимо действовать в соответствии с гигиеническими
^нормативами и следовать официальным инструкциям по утилизации и уничтожению
потенциально инфекционного и химического материала, принятым на территории Российской
Федерации и в данном ЛПУ.
Ключевыми вопросами в стратегии управления отходами является оптимизация тактик и
подходов к конечным продуктам, а также минимизация возможного загрязнения окружающей
среды.
Более подробную информацию можно получить у производителя / уполномоченного
представителя производителя.
Не утилизировать совместно с бытовыми отходами.
Техническое обслуживание и ремонт
Данное изделие является одноразовым. Техническое обслуживание и ремонт- не применимо.
Гарантийные обязательства
Производитель (компания «Roche Diagnostics GmbH» ("Pom Диагностике ГмбХ")) гарантирует,
что Тест-полоски Combur 10 Test М соответствуют спецификациям, заявленным на этикетке.
Производитель несет ответственность за работу изделий только в случае их правильного
^использования в соответствии с инструкцией, а также соблюдения правил хранения и
транспортировки. Производитель гарантирует безопасность медицинского изделия, отсутствие
недопустимого риска причинения вреда жизни, здоровью человека и окружающей среде при
использовании набора реагентов по назначению в условиях, предусмотренных производителем.
Производитель гарантирует стабильность реагентов до окончания срока годности при
соблюдении условий транспортирования, хранения и применения, указанных в инструкции.
Производитель гарантирует безопасность медицинского изделия, отсутствие недопустимого
риска причинения вреда жизни, здоровью человека и окружающей среде при использовании
набора реагентов по назначению в условиях, предусмотренных производителем.
Изделия должны использоваться только до истечения срока годности, который указан на
упаковке.
НАСТОЯЩАЯ ОГРАНИЧЕННАЯ ГАРАНТИЯ ЗАМЕНЯЕТ СОБОЙ ИНЫЕ ГАРАНТИИ,
ОДНОЗНАЧНО ВЫРАЖЕННЫЕ ИЛИ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫЕ, ВКЛЮЧАЯ ЛЮБУЮ
ПОДРАЗУМЕВАЕМУЮ ГАРАНТИЮ ПРИГОДНОСТИ ДЛЯ КОММЕРЧЕСКОГО
ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИЛИ ДЛЯ ЛЮБОЙ ИНОЙ ЦЕЛИ. КОМПАНИЯ ROCHE DIAGNOSTICS
GmbH НЕ НЕСЕТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА СЛУЧАЙНЫЕ, НЕПРЯМЫЕ, СПЕЦИАЛЬНЫЕ
ИЛИ КОСВЕННЫЕ УБЫТКИ.
По вопросам, связанным с качеством изделий, а также с их работой, нужно обращаться к
Уполномоченному представителю производителя на территории РФ:
Общество с ограниченной ответственностью «Рош Диагностика Рус» (ООО «Рош Диагностика
Рус»), 107031, Москва, Трубная площадь, д.2. тел.: (495) 229-69-99, факс: (495) 229-62-64
--- стр. 33 ---
ЛИТЕРАТУРА
1. Davies Н, Bignell GR, Сох С, et al. Mutations of the BRAF gene in human cancer. Nature 2002;
417:949-54.
2. McCubrey JA, Steelman LS, Chappell WH, et al. Roles of the Raf/MEK/ERK pathway in cell
growth, malignant transformation and drug resistance. Biochim Biophys Acta 2007;1773:1263-
1284.
3. Curtin JA, Fridlyand J, Kageshita T, et al. Distinct sets of genetic alterations in melanoma. N Engl J
Med. 2005;353:2135-2147.
4. Pollock PM, Harper UL, Hansen, KS, et al. High frequency of BRAF mutations in nevi. Nature
Genetics 2003; 33:19-20.
5. COSMIC database ( http://www.sanger.ac.uk/perl/genetics/CGP/cosmic ), Release 52 (March 2011)
6. Flaherty KT, Puzanov 1, Kim KB, et al. Inhibition of mutated, activated BRAF in metastatic
melanoma. N Engl J Med. 2010 Aug 26; 363(9):809-819
7. Chapman PB, Hauschild A, Robert C, et al. Improved survival with vemurafenib in melanoma with
BRAF V600E mutation. N Engl J Med. 2011 ;364:2507-2516.
8 Longo, M.C., Berninger, M.S. and Hartley, J.L. 1990. Use of uracil DNA glycosylase to control
carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene. 93:125-128.
9. Chosewood, L.C and Wilson, D.E. Biosafety and Microbiological and Biomedical Laboratories.
HHS Publication Fifth edition. (CDC) 21-1112. 2009
10. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of Laboratory Workers from
Occupationally Acquired Infections. Approved Guideline-Third Edition. CLSI Document M29-A3
Villanova, PA:CLSI, 2005
11. International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations, 52nd Edition. 2011.
12. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) EP7-A2, Appendix D 2005
13. Querings et al, (2011) Benchmarking of Mutation Diagnostics in Clinical Lung Cancer Specimens.
PLoS ONE 6(5): el9601.doi:10.137l/journal.pone. 0019601
14. Pichler et al. Evaluation of High-Resolution Melting Analysis as a Diagnostic Tool to Detect the
BRAF V600E Mutation in Colorectal Tumors. Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 11, No.2,
March 2009
15. Tsiatis et al. Comparison of Sanger Sequencing, Pyrosequencing and Melting Curve Analysis for
the Detection of KRAS Mutations. Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 12, No. 4, July 2010
16. Ogino et al. (2005) Sensitive Sequencing Method for KRAS Mutation Detection by
Pyrosequencing. Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 7, No. 3, August 2005.
3 1
--- стр. 34 ---
Сведения о редакциях документа
Doc Rev. 1.0
08/2011
Первая публикация.
d
ш
Distributed by
Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ 08876 USA
A Member of the Roche Group
Roche Diagnostics
9115 Hague Road
Indianapolis, IN 46250-0457 USA
(3a технической помощью обращайтесь в службу
Roche Response Center
toll free: 1-800 526-1247)
ROCHE, COBAS, COBAS Z, Z05 и AMPERASE являются торговыми марками Roche.
Технология защиты от контаминации с помощью фермента AmpErase защищена патентом
США 5,035,996 и его зарубежными аналогами, принадлежащим Invitrogen Corporation и
переданным по лицензии Roche Molecular Systems, Inc.
EPPENDORF является торговой маркой Eppendorf AG.
PIPET-AID является торговой маркой Drummond Scientific.
NANODROP является торговой маркой Thermo Fisher Scientific,
c 2011 Roche Molecular Systems, Inc. Bee права защищены.
08/2011 05952590001-01
Doc Rev. 1.0
32
--- стр. 35 ---
в настоящее время для маркировки диагностической ПЦР продукции Roche
используются следующие символы.
О
SW
Вспомогательное
программное обеспечение IVD
Авторизованный
представитель
IIIIIIIIIIIII Штрих-кодированные
I BARCODE I данные
LOT
r e f
CD
V
I Cont.
ш
Код серии
Биологическая опасность
(потенциально
инфекционный материал)
Каталожный номер
Сверьтесь с инструкцией
Содержит реагенты на < п >
тестов
Состав набора
Распространитель
Illr I
I
ГОШ]
Для диагностики ш vitro
Только для испытаний
тестов IVD
Нижний предел заданного
диапазона
Производитель
Хранить в темноте
Температурный диапазон
(Хранить при)
Файл с описанием теста
Верхний предел заданного
диапазона
Использовать до (последний
день месяца)
33
--- стр. 36 ---
Тест cobas® KRAS Mutation Test C(0)bas’
для ДИАГНОСТИКИ /N VITRO.
Набор реагентов для выделения ДНК
cobas® DNA Sample Preparation Kit
Набор реагентов для определения мутаций KRAS
cobas® KRAS Mutation Test
DNA SP
KRAS
на 24 образца P/N:05985536190
24 теста P/N:05852170190
ВНИМАНИЕ: Приобретение данного продукта позволяет покупателю использовать его для
амплификации и детекции последовательностей нуклеиновых кислот методом полимеразной
цепной реакции (ПЦР) и ассоциированным методов для диагностики in vitro для решения задач,
описанных в дайной инструкции. Общий патент или какая-либо лицензия, за исключением
указанного права на использование данного продукта, не передаются при приобретении данного
продукта.
^ЗНАЧЕНИЕ
^ст cobas® KRAS Mutation Test, для работы с системой cobas® 4800, является тестом ГЩР в реальном
времени и предназначен для выявления мутаций в кодонах 12, 13 и 61 гена KRAS в образцах ДНК,
выделенных из фиксированных в формалине тканей рака толстой и прямой кишки человека (РТГГК) в
парафиновых блоках.
ВВЕДЕНИЕ
Белок KRAS:
Белок KRAS является членом суперсемейства малых белков G. KRAS функционирует как GDP/GTP-
регулируемый переключатель, передающий сигналы из внешнего пространства клетки, влияющие на
клеточную пролиферацию, апоптоз и изменения актинового цитоскелета. Мутации, приводящие к
аминокислотным заменам в позициях 12, 13 или 61, возникающие при различных злокачественных
опухолях, в том числе при раке толстой и прямой кишки (РТПК) и немелкоклеточном раке легких
(НМРЛ), блокируют фермент в GTP-связанной, активированной форме, что дает вклад в онкогенный
процесс.'
толстой и прямой кишки (РТПК):
О 3Мутации KRAS встречаются в 24%-43% случаев рака толстой и прямой кишки“' . Несмотря на то, что в
настоящее время известно около 3000 точечных мутаций в гене KRAS, большинство регистрируется в
кодонах 12 и 13 (-82% в кодоне 12 и -17% в кодоне 13); мутации KRAS в других кодонах (например, в
кодоне 61) встречаются гораздо реже (1%-4% мутаций). Хотя мутации в кодоне 61 встречаются редко,
показано, что они приводят к постоянной активации KRAS, так же, как и мутации в кодонах 12 и
данные литературы свидетельствуют о том, что мутации в кодоне 61 являются прогностическим
фактором отсутствия ответа на терапию моноклональными антителами против EGFR.
5-6
Цетуксимаб и панитумумаб являются моноклональными антителами к рецептору фактора
эпидермального роста (EGFR). данные препараты одобрены для терапии пациентов с метастазирующим
раком толстой и прямой кишки. Несмотря на то, что в 50% - 80% случаев опухоли толстой и прямой
кишки происходит избыточная экспрессия EGFR, экспрессия белка EGFR и амплификация данного гена
обладают ограниченной прогностической значимостью при определении вероятности ответа на
цетуксимаб и панитумумаб.^
Однако в настоящее время четко показано, что присутствие мутаций в гене KRAS коррелирует с
отсутствием ответа па терапию антителами к EGFR у пациентов с метастазирующим раком толстой и
1
--- стр. 48 ---
Примечание: Каждый исходный образец ДНК должен иметь концентрацию не менее 4 нг/мкл для
проведения теста cobas® 4800 KRAS Mutation Test. Если концентрация исходного образца
ДНК < 4 нг/мкч, для данного образца необходимо повторить процедуру пробоподготовки,
используя две секции FFPET толщиной 5 мкм. Перейдите к этапу Л раздела
“Депарафинизация секций FFPET на предметных стеклах” или к этапу А раздела “
Депарафинизация секций FFPET не на предметных стеклах”, объединив оба образца ткани в
одной пробирке. Продолжите процедуру выделения ДНК. Если концентрация ДНК в исходном
образце по-прежне.му < 4 нг/мкл, может потребоваться запрос нового образца FFPET.
Примечание: Храните неразведенные исходные образцы ДНК (обработанные образцы ДНК и
отрицательный контроль) при 2°С - Н°С не более 2 недель или при -20°С до 60 дней.
АМПЛИФИКАЦИЯ И ДЕТЕКЦИЯ
Примечание: Чтобы не допустить контаминации рабочего мастермикса образцами ДНК,
амплификацию и детекцию необходимо проводить в зоне, отделенной от зоны выделения
ДНК. Рабочую зону для амплификации и детекции необходимо тщательно очищать перед
начтом приготовления рабочего мастермикса. Все поверхности, включая штативы и
дозаторы, необходимо тщательно протереть 0.5% растворо.н гипохлорита натрия, затем
•
протереть 70Уо этанолом. Коммерческие чистящие средства обычно содержат гипохлорит
натрия в концентрации 5.25%. Разведение 1:10 чистящего средства позволяет получить
0.5% раствор гипохюрита натрия.
Настройка прибора
Подробные иснтрукции по подготовке анализаторе cobas z 480 приведены в Руководстве пользователя
анализатора cobas z 480.
Создание назначения теста
Подробные инструкции по постановке теста KRAS приведены в Руководстве пользователя программы
cobas® 4800 версии 2.0 для теста cobas® KRAS Mutation Test (Руководство пользователя cobas®
KRAS).
Расчет разведения исходного образца ДНК:
Расчет разведения исходного образца ДНК, концентрация которого составляет от 4 нг/мкл до 28
нг/мкл
^^мечание: Исходные образцы ДНК необходи.но разводить непосредственно перед проведение.ч
амплификации и детекции.
Примечание: Для каждого образца проводятся две (2) реакции амплификации/детекции, для этого
необходим объем образца 50 мкл (по 25 мкл длякодонов 12/13 и кодона 61) с концентрацией 2
нг/мкз после разведения исходного образца ДНК (всего 100 нг ДНК).
А. Для каждого образца рассчитайте необходимый объем (в мкл) исходного образца ДНК:
Мкл исходного образца ДНК = (70 мкл х 2 нг/мкл) концентрация исходного образца ДНК [нг/мкл]
В. Для каждого образца рассчитайте необходимый объем (в мкл) растворителя для образца ДНК (DNA
SD):
мкл DNA SD = 70 мкл - мкл исходного образца ДНК
Пример:
Концентрация исходного образца ДНК = 6.5 нг/мкл
А. мкл исходного образца ДНК = (70 мклЬ х 2 нг/мкл) 6.5 нг/мкл = 21.5 мкл
В. мкл DNA SD = (70 мкл -21.5 мкл) = 48.5 мкл
13
--- стр. 49 ---
Расчет разведения исходного образца ДНК, концентрация которого составляет >28 нг/мкл
Примечание: Исходные образцы ДНК необходимо разводить непосредственно перед проведением
амплификации и детекции.
Примечание: Для каждого образца проводятся две (2) реакции амплификации/детекции, для этого
необходим объем образца 50 мкл (по 25 мкл длякодонов 12/13 и кодона 61) с концентрацией 2
нг/мкл после разведения исходного образца ДНК (всего 100 нгДНК).
A. Для исходных образцов ДНК с концентрацией > 28 нг/мкл, используйте приведенную ниже формулу
для расчета объема растворителя образца ДНК (DNA SD), необходимого для получения не менее 70
мкл разведенного образца ДНК. Данная формула обеспечивает использование для разведения не
менее 5мкл исходного образца ДНК.
B. Для каждого образца рассчитайте объем (в мкл) DNA SD, необходимый для разведения 5 мкл
исходного образца ДНК до концентрации 2 нг/мкл:
Необходимый объем DNA SD в мкл = ((5 мкл исходного образца ДНК х концентрация ДНК в нг/мкл)
2 нг/мкл) - 5 мкл
1мер:
Концентрация исходного образца ДНК = 31.7 нг/мкл
A. Необходимый объем DNA SD в мкл = ((5 мкл х 31.7 нг/мкл) / 2 нг/мкл) - 5 мкл = 74.3 мкл
B. Используйте рассчитанный объем SD для разведения 5 мкл исходного образца ДНК.
Разведение образцов
A. Подготовьте необходимое число микpoцefIтpифyжныx пробирок объемом 1.5 мл для разведений
ДНК, промаркируйзе их в соответствии с маркировкой образцов.
B. С помощью дозатора и наконечника с аэрозольным барьером, внесите рассчитанный объем
растворителя ДНК (DNA SD) в промаркированную пробирку. Внесите 35 мкл DNA SD в пробирку,
маркированную NEG СТ.
C. Перемешайте исходный образец ДНК и отрицательный контроль на вортексе в течение 5-10 секунд.
D. С помощью дозатора и наконечника с аэрозольным барьером, внесите рассчитанный объем
исходного образца ДНК в промаркированную пробирку, содержащую DNA SD. Для каждого образца
используйте отдельный наконечник. Внесите 35 мкл отрицательного контроля (элюат после
выделения) в пробирку NEG СТ.
E. Закройте пробирки и перемешайте разведенные образцы ДНК на вортексе в течение 5-10 секунд.
Измените перчатки.
Приготовление рабочих мастермиксов (ММХ 12/13 и ММХ 61)
Примечание: KRAS 12/13 ОМ, KRAS 61 ОМ и рабочий мастермикс ММХ чувствительны к
воздействию света, необходимо защищать их от продолжительного воздействия света.
Примечание: Вследствие вязкости микса KRAS MIX и рабочего ММХ, раскапывайте медленно,
чтобы весь объем смеси выходил из наконечника.
Примечание: KRAS MIX, KRAS 12/13 ОМ и KRAS 61 ОМ могут иметь светло-желтый оттенок.
Это не сказывается на рабочих характеристиках реагента.
В отдельных микроцентрифужных пробирках объемом 1.5 мкл приготовьте две смеси рабочих ММХ,
один с KRAS 12/13 ОМ, второй с KRAS 61 ОМ in separate 1.5 mL Safe-Lock microcentrifuge tubes.
A. Calculate the volume of KRAS MIX required for each working MMX using the following formula:
Volume of KRAS MIX required = (Number of Specimens + 2 Controls + 1 Calibrator+1) x 10 pL
B. Рассчитайте объемы KRAS 12/13 ОМ и KRAS 61 ОМ необходимые для получения рабочих
мастермиксов ММХ по следующей формуле:
14
--- стр. 50 ---
Необходимый объем KRAS 12/13 ОМ или KRAS 61 ОМ = (число образцов + 2 контроля + 1
калибратор +1) х 10 мкл
С. Рассчитайте необходимый объем MGAC для каждого ММХ по следующей формуле:
Необходимый объем MGAC = (число образцов + 2 контроля + I калибратор +1) х 6 мкл
С помощью таблицы I определите объем каждого реагента, необходимый для получения рабочего
ММХ исходя из числа образцов в постановке.
Таблица I
Объемы реагентов, необходимые для получения рабочих мастермиксов ММХ 12/13 и ММХ 61
Объемы реагентов, необходимые для получения рабочих мастермиксов ММХ # образцов*
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
KRAS MIX 10 mL 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140
KRAS 12/13 ОМ or KRAS 61 ОМ 10 mL 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140
I^QAC 6 mL 30 36 п 48 54 60 66 72 78 84
# "Ф
> Total Volume 130 156 182 208 234 260 286 312 338 364 ]
• Includes sufficient volumes for f tube per specimen. 2 control tubes. 1 calibrnlor lube, and 1 extra lube
D. Возьмите необходимое число пробирок KRAS MIX, KRAS 12/13 ОМ, KRAS 61 ОМ и MGAC из
хранения при 2°С - 8°С. Перемешайте на вортексе каждый реагент 5 секунд и осадите содержимое
пробирок. Промаркируйте стерильные микроцентрифужные пробирки объемом 1.5 мл для рабочего
мастермикса ММХ 12/13 и рабочего мастермикса ММХ 61.
Примечание: Рабочий ММХ должен быть приготовлен в течение часа после разморозки реагентов.
После разморозки вернуть все неиспользуемые реагенты в t от -25°С до -15°С в течение часа после
использования.
E. Внесите рассчитанный объем KRAS MIX в пробирки для рабочих мастермиксов ММХ.
F. Внесите рассчитанные объемы KRAS 12/13 ОМ и KRAS 16 ОМ в соответствующие пробирки для
рабочих мастермиксов ММХ.
G. Внесите рассчитанный объем MGAC в пробирки с рабочими ММХ.
H. Перемешайте пробирки на вортексе 3- 5 секунд.
^ ^1шечание: ДПК образцов, контролей и калибратора необходимо внести в .чикроплашку (AD-
плашку) не позднее че.ч через 1 час после подготовки рабочих мастермиксов (ММХ)
При.чечание: Используйте только .чикроплашки cohas® 4800 System (AD-плашки) и заклеивающую
пленку (Roche P/N 05232724001)
15
--- стр. 60 ---
Смеси плазмид, несущих мутации KRAS кодон 12, кодон 13 или кодон 61 с долей 5% относительно
фоновой ДНК клеточной культуры дикого типа, тестировали в присутствии соответствующих им
гомологичных плазмид. Было продемонстрировано отсутствие интерференции, связанной с наличием в
смеси гомологичных плазмид.
Микрофлора толстой и прямой кишки
Приведенные ниже микроорганизмы микрофлоры толстой и прямой кишки не вызывали перекрестную
реактивность в тесте cobas® KRAS Mutation Test, когда вносились в количестве 1 х 10^ колонии
образующих единиц на этапе лизиса ткани в 5 образцов, содержащих мутации KRAS кодон 12, 13 и 61 и
дикого типа.
1. Bacteroides сассае
2. Prevotella intermedia
3. Escherichia coli (E. coli)
Тестировавщиеся микроорганизмы также не вызывали интерференцию при детекции мутаций KRAS
кодон 12 (2 образца), кодон 13 (1 образец) или кодон 61 (2 образца), когда вносились в количестве 1 х
10* колонии образующих единиц на этапе лизиса ткани в образцы, содержащие мутации KRAS в
проценте, указанном в Таблице 11.
Таблица И
Процент мутаций, содермсащийся в образцах, тестировавшихся при определении интерференции,
№ образна Статус мутации % мутации по
данным
секвенирования 454
1 кодон 12 15.9
2 кодон 12 16.1
3 кодон 13 42.8
4 кодон 61 17.0
5 кодон 61 19.8
Интерференция
Эксперименты по внесению потенциально интерферирующих веществ в образцы на этапе лизиса ткани
показали, что триглицериды (<37тМ, CLS1 рекомендованная высокая концентрация^*), гемоглобин (<2
мг/мл, CLS1 рекомендованная высокая концентрация^*) и содержание в образце некрозной ткани <50%
не вызывают интерференцию в тесте cobas® KRAS Mutation Test.
Надежность
Надежность теста cobas® KRAS Mutation Test определяли с помощью одного клинического образца
FFPET рака толстой и прямой кишки, несущего мутацию KRAS экзон 2, кодон 12 mutant и одного
клинического образца FFPET рака толстой и прямой кишки, несущего мутацию KRAS экзон 3, кодон
61, доля которых составляла 13.1% и 17%, соответственно. Для каждого образца готовили 100 секций
толщиной 5 мкм.
ДНК выделяли из каждой секции с набором cobas® DNA Sample Preparation Kit. Выделенную ДНК
тестировали однократно для каждой из 100 секций образца. Проводили десять отдельных постановок в
25
--- стр. 61 ---
тесте cobas® KRAS Mutation Test, в каждой анализировали по 20 секций. 100% секций дали результат
“Мутация выявлена” в тесте cobas® KRAS Mutation Test как для образца с мутацией KRAS кодон 12,
так и для образца с мутацией KRAS кодон 61, таким образом, частота ложноотрицательного результата
составила 0%
Воспроизводимость
Воспроизводимость теста cobas® KRAS Mutation Test анализировали с помощью 6 FFPET образцов
рака толстой и прямой кишки. Два образца содержали мутацию KRAS кодон 12, два образца содержали
мутацию KRAS кодон 61, и два образца содержали KRAS дикого типа. Характеристики образцов
приведены в Таблице 12.
Образцы тестировались в двух повторах двумя операторами с использованием двух серий реагентов,
четырех анализаторов cobas z 480 в течение 4 дней (п=32/образец).
Таблица 12
Воспроизводимость теста cobas® KRAS Mutation Test
1^ер
образца
Статус
мутации
KRAS
% мутации Мутация
выявлена
(п=32)
Мутация не
выявлена
Процент
согласованности
1 Кодон 12 16.4% 32 0 100%
2 Кодон 12 20.6 % 32 0 100%
3 Кодон 13 16.7% 32 0 100%
4 Кодон 13 10.3% 32 0 100%
5 Кодон 61 28.1% 32 0 100%
6 Кодон 61 31.5% 32 0 100%
7 Дикий тин - 0 32 100%
8 Дикий тин - 0 32 100%
Точность результатов в тесте cobas® KRAS Mutation Test составила 100% (256/256) для всех дней
исследований, всех образцов, повторов, операторов и серий набора.
Неклиническая оценка испытаний для немелкоклеточного рака легких.
Ж
зитическая чувствительность
литическая чуствителыюсть теста cobas® KRAS Mutation Test была получена с использованием двух раздельных
панелей, приготовленных из двух типов образцов:
• Смесь клеточных линий, полученная в результате смешивания образцов ДНК, выделенных из
клеточных линий мутантного KRAS и KRAS дикого тина.
• Смесь образцов, полученная в результате смешивания образцов ДНК, выделенной из
клинических образцов FFPET с мутантным KRAS и с KRAS дикого типа..
Все образцы, использовавшиеся в данном исследовании, были секвенированы в системе 454 Genome
Sequencer FLX Titanium (секвенирование 454) для определения доли мутантной ДНК в каждом образце.
Аналитическая чувствительность теста cobas KRAS Mutation Test при тестировании смеси
клеточных линий
ДНК из линий легочных клеток, несущих мутации в кодонах 12, 13 или 61 KRAS, выделяли и смешивали с ДНК,
выделенной из культуры клеток, несущих KRAS дикого типа, в результате получали смесь с 2.5, 5% и 10% долей
мутации, что подтверждали методом секвенирования 454. Готовили три отдельных панели разведений,
содержащих следующие концентрации ДНК - 50.0, 12.5, 3.1,0.8 и 0 нг/25 мкл. Тестировали каждый образец
панели в 24 повторах, с каждой из 3 серий реагентов 3 cobas® KRAS Mutation Test (всего 72 повтора для
каждого образца). Чувствительность теста определяли как наименьшее количество ДНК, давшее результат KRAS
’’Мутация выявлена” с частотой не менее 95%. Результаты показаны в Таблице 13
26
--- стр. 62 ---
Таблица 13
Чувствительность теста cobas® KRAS Mutation Test при тестировании смеси клеточных линий
М утация KRAS Тип образца П роцент м утации*
Количество Д Н К (нг/25 мкл) в образце панели,
необходим ое для получения ответа "M utation
D etected" в г 95% случаев (N =72 ловторностей)
Кодон 12
(Экзон 2) Клеточная линия
12,1% 0.8
6,1% 3,1
2.4% 50.0
Кодон 13
(Экзон 2) Клеточная линия
7.8% 0.8
4.9% 3.1
2.8% 3.1
Кодон 61
(экзон 3) Клеточная линия
10.2% 0.8
6.1% 0.8
2.7% 12.5
* Средний процент мутаций при секвенировании 454
^ ^ т показал 95%-ный уровень выявления мутаций ("Mutation Detected") в присутствии примеси мутаций 2,4%
(при 50НГ/25 мкл), 2.8% (при 3.1нг/25 мкл), 2.7% (при 12.5нг/25 мкл) для мутаций KRAS в кодонах 12, 13, и 61,
соответственно. Это показывает, что тест будет определять мутации KRAS при их примеси в 5% или более при
количестве используемой ДНК 50нг/25мкл.
Кроме того, тест показал 95%-ный уровень выявления мутаций при 3.1 нг/25 мкл, 3.1 нг/25 мкл и 0.8 нг/25 мкл
(разведения рекомендованной концентрации ДНК (50 нг/25мкл) составляли 1:16, 1:16 и 1:64 для мутаций кодонов
KRAS 12, 13 и 61 при -5% мутаций, соответственно. Это показывает, что тест обнаружит мутации KRAS даже
если ДНК вырождена или не амплифицируема на -94% (если считать, что в исходной смеси клеточных линий
было 100% осталась 100% интактной и амлифицируемой ДНК.
Аналитическая чувствительность при использовании смеси образцов FFPET.
ДНК, выделенная из образца FFPET с мутациями KRAS кодонов 12, 13 и 61, была смешана с ДНК, выделенной
из образца FFPET дикого типа по KRAS, так чтобы примесь мутаций составляла -5%. Полученный процент
примеси мутаций для всех образцов был проверен методом секвенирования 454. На основании каждого
образца/смеси образцов получали панель разведений с концентрацией ДНК 50.0, 12.5, 3.1, 0.8, и 0 нг/25 мкл.
Тестировали каждый образец панели в 8 повторах, с каждой из 3 серий реагентов cobas© KRAS Mutation Test kit
lots (п=24/образец панели). Чувствительность выявления определяли как наименьшее количество ДНК, давшее
результат KRAS "Mutation Detected" с частотой не менее 95%. Результаты показаны в таблице 14
•
Таблица 14 (§)
Чувствительность теста cobas KRAS Mutation Test
при использовании смеси образцов рака легких.
М утация KRAS Тип образца П роцент м утации*
Количество Д Н К (нг/25 мкл) в образце
п ан ел и ,нео бхо д и м о е для получения
ответа "M utation D etected" в S 95%
случаев (N =72 повторностей) (N=24
повторности)
Кодон 12 (Экзон 2) Смесь FFPET
6,2% 12.5
6.0% 3.1
5.6% 3.1
Кодон 13 (Экзон 2) Смесь FFPET
6.2% 3,1
4.4% 3.1
4,4% 3.1
Кодон 61 (Экзон 3) Смесь FFPET
6.5% 3.1
6.4% 3.1
4.5% 3.1
Процент мутаций, определенный методом секвенирования 454
27
--- стр. 66 ---
Интерференция
37мМ^°), гемоглобинБыло показано, что триглицериды (рекомендованная С LSI высокая концентрация <
30(рекомендованная CLSI высокая концентрация < 2 мг/мл, ) и присутствие до 80% некрозных тканей не создают
интерференции с тестом cobas® KRAS Mutation Test при добавлении потенциально интерферирующих веществ
на стадии лизиса при пробоподготовке.
Надежность
Надежность теста cobas© KRAS Mutation Test определяли с помощью одного клинического образца FFPET
немелкоклеточного рака легких, несущего мутацию KRAS кодонов 12, 13 и 61.
Геномную ДНК выделяли из каждого среза с помощью набора cobas® DNA Sample Preparation Kit. Выделенную
ДНК тестировали однократно для каждого из 100 срезов образца кодона 12, 102 срезов для образца кодона 13 и
100 срезов для образца кодона 61. Проводили 14 отдельных постановок в тесте cobas® KRAS Mutation Test. Все
100 повторностей с образцами кодонов 12 и 61 дали результат “Мутация выявлена”. Сто образцов кодона 13 дали
результат “Мутация выявлена”, один образец - “Мутация не выявлена”, и в одном образце результат не
получился. Доля ложно-отрицательных результатов составила 0.7% (2/302).
Воспроизводимость
]^спроизводимость теста cobas® KRAS Mutation Test анализировали с помощью 8 FFPET образцов
Мелкоклеточного рака легких (Таблица 21).
Образцы тестировались в двух повторах двумя операторами с использованием двух серий реагентов,
четырех анализаторов cobas z 480 в течение 4 дней (п=32/образец).
Таблица 21
Воспроизводимость теста cobas KRAS Mutation Test
Номер
образца
Тип
мутации
KRAS
% мутации
Обнаружена
мутация
(п=32)
Мутация не
обнаружена
Процент
согласованности
1 Кодон 1 2 1 5 .3 % 3 2 0 100%
2 Кодон 1 2 1 7 .5% 3 2 0 100%
3 Кодон 13 1 3 .3 % 3 2 0 100%
4 Кодон 1 3 27.8% 3 2 0 100%
5 Кодон 6 1 1 4 .1 % 3 2 0 100%
6 Кодон 6 1 32.6% 3 2 0 100%
7 Дикий тип - 0 3 2 100%
8 Дикий тип - 0 3 2 100%
зчность результатов в тесте cobas® KRAS Mutation Test составила 100% (256/256) для всех дней
исследований, всех образцов, повторов, операторов и серий набора.
31
--- стр. 67 ---
Утилизация
Во избежание возможного загрязнения окружающей среды реагенты с истекшим сроком
годности, а также отходы использованных реагентов, должны утилизироваться в соответствии с
местными государственными и / или больничными нормативными требованиями.
Правильное уничтожение и утилизация будет поддерживать сохранение природных ресурсов и
содействовать защите здоровья человека и окружающей среды.
Изделие должно быть утилизировано в РФ согласно требованиям СанПин 2.1.7.2790-10 (Класс
А).
Утилизация отходов упаковки.
Упаковка продукции «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош Диагностике ГмбХ") разработана с
целью сведения к минимуму загрязнения окружающей среды при сохранении целостности
продукта во время транспортировки и хранения. Упаковочные отходы должны утилизироваться
в местных пунктах сбора упаковки, в специализированные контейнеры, расположенные в
муниципалитетах.
Утилизация изделия с истекшим сроком годности и отходов, использованных реагентов.
При утилизации и уничтожении изделий с истекшим сроком годности, а также отходов,
использованных реагентов, необходимо действовать в соответствии с гигиеническими
1ормативами и следовать официальным инструкциям по утилизации и уничтожению
потенциально инфекционного и химического материала, принятым на территории Российской
Федерации и в данном ЛПУ.
Ключевыми вопросами в стратегии управления отходами является оптимизация тактик и
подходов к конечным продуктам, а также минимизация возможного загрязнения окружающей
среды.
Более подробную информацию можно получить у производителя / уполномоченного
представителя производителя.
Не утилизировать совместно с бытовыми отходами.
Техническое обслуживание и ремонт
Данное изделие является одноразовым. Техническое обслуживание и ремонт-не применимо.
Гарантийные обязательства
Производитель (компания «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош Диагностике ГмбХ")) гарантирует,
что Тест-полоски Combur 10 Test М соответствуют спецификациям, заявленным на этикетке.
Производитель несет ответственность за работу изделий только в случае их правильного
использования в соответствии с инструкцией, а также соблюдения правил хранения и
транспортировки. Производитель гарантирует безопасность медицинского изделия, отсутствие
недопустимого риска причинения вреда жизни, здоровью человека и окружающей среде при
использовании набора реагентов по назначению в условиях, предусмотренных производителем.
Производитель гарантирует стабильность реагентов до окончания срока годности при
соблюдении условий транспортирования, хранения и применения, указанных в инструкции.
Производитель гарантирует безопасность медицинского изделия, отсутствие недопустимого
риска причинения вреда жизни, здоровью человека и окружающей среде при использовании
набора реагентов по назначению в условиях, предусмотренных производителем.
Изделия должны использоваться только до истечения срока годности, который указан на
упаковке.
НАСТОЯЩАЯ ОГРАНИЧЕННАЯ ГАРАНТИЯ ЗАМЕНЯЕТ СОБОЙ ИНЫЕ ГАРАНТИИ,
ОДНОЗНАЧНО ВЫРАЖЕННЫЕ ИЛИ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫЕ, ВКЛЮЧАЯ ЛЮБУЮ
ПОДРАЗУМЕВАЕМУЮ ГАРАНТИЮ ПРИГОДНОСТИ ДЛЯ КОММЕРЧЕСКОГО
ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИЛИ ДЛЯ ЛЮБОЙ ИНОЙ ЦЕЛИ. КОМПАНИЯ ROCHE DIAGNOSTICS
GmbH НЕ НЕСЕТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА СЛУЧАЙНЫЕ, НЕПРЯМЫЕ, СПЕЦИАЛЬНЫЕ
ИЛИ КОСВЕННЫЕ УБЫТКИ.
По вопросам, связанным с качеством изделий, а также с их работой, нужно обращаться к
Уполномоченному представителю производителя на территории РФ:
Общество с ограниченной ответственностью «Рош Диагностика Рус» (ООО «Рош Диагностика
Рус»), 107031, Москва, Трубная площадь, д.2, тел.: (495) 229-69-99, факс: (495) 229-62-64
--- стр. 68 ---
ЛИТЕРАТУРА
1 . Shankaran V, Obel J, Benson III AB. Predicting response to EGFR inhibitors in metastatic colorectal cancer: current
practice and future directions. The Oncologist 2010 15:157-67.
2. Samowitz WS, Curtin K, Schaffer D , et al. Relationship of Ki-ras mutations in colon cancers to tumor location, stage,
and survival: a population-based study. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2000 Nov 9(11): 1193-7.
3. Andreyev HJ, Norman AR, Cunningham D, et al. Kirsten ras mutations in patients with colorectal cancer: the
'RASCAL II' study. Br J Cancer 2001 Sep 1;85(5):692-6.
|_|
4. Der CJ, Finkel T, Cooper GM. Biological and biochemical properties of human ras genes mutated at codon 61. Cell
1986 Jan 17; 44:167-176.
5. Loupakis F , Ruzzo A, Cremolini C, et al. KRAS codon 61, 146 and BRAF mutations predict resistance to cetuximab
plus irinotecan in KRAS codon 12 and 13 wild-type metastatic colorectal cancer. Br J Cancer 2009 Aug
18;101(4):715-21.
6. De Roock W, Claes B , Bernasconi D . et al. Effects of KRAS, BRAF, NRAS, and PIK3CA mutations on the efficacy of
cetuximab plus chemotherapy in chemotherapy-refractory metastatic colorectal cancer: a retrospective consortium
analysis. Lancet Oncoiogy, 2010 Aug 11(8):753-62.
7. Siena S, Sartore-Bianchi A, Di Nicoiantonio F, et al. Biomarkers predicting clinical outcome of epidermal growth factor
receptor-targeted therapy in metastatic coiorectal cancer. J Natl Cancer Inst 2009 Oct 7;101(19):1308-24.
8. Bokemeyer C, Bondarenko I, Makhson A, et al. Fluorouracil, leucovorin, and oxaliplatin with and without cetuximab in
•
the first-line treatment of metastatic colorectal cancer. J Clin Oncol 2009 Feb 10;27(5):663-71.
Tol J, Koopman M , Cats A, et al. Chemotherapy, bevacizumab, and cetuximab in metastatic colorectal cancer. N Engl
J Med 2009 Feb 5;360(6):563-72.
10. Lievre A, Bachet JB, Le Corre D , et al. KFtAS mutation status is predictive of response to cetuximab therapy in
colorectal cancer. Cancer Res 2006 Apr 15;66(8):3992-5.
11. Benvenuti S, Sartore-Bianchi A, Di Nicoiantonio F, et al. Oncogenic activation of the RAS/RAF signaling pathway
impairs the response of metastatic colorectal cancers to anti-epidermal growth factor receptor antibody therapies.
Cancer Res 2007 Mar 15;67(6):2643-8.
12. Amado RG, Wolf M, Peeters M, et al. Wild-type KRAS is required for panitumumab efficacy in patients with metastatic
colorectal cancer. J Clin Oncol 2008 Apr 1;26(10):1626-34.
13. Karapetis CS, Khambata-Ford S, Jonker DJ, et al. K-ras mutations and benefit from cetuximab in advanced colorectal
cancer. N Engl J Med 2008 Oct 23;359(17):1757-65.
14. Douillard J-Y, Siena S, Cassidy J et al. randomized. Phase III trial of panitumumab with infusional fluorouracil,
leucovin, and Oxaliplatin (FOXFOX4) versus FOLFOX4 alone as first-line treatment in patients with previously
untreated metastatic colorectal cancer: The PRIME Study. J Clin Oncol 2010 28:4697-4705.
15. Allegra CJ, Jessup JM, Somerfield MR, et al. American Society of Clinical Oncology provisional clinical opinion:
testing for KRAS gene mutations in patients with metastatic colorectal carcinoma to predict response to anti-
epidermal growth factor receptor monoclonal antibody therapy. J Clin Oncol 2009 Apr 20;27(12):2091-6.
16. National Comprehensive Cancer Network. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology. Colon cancer, 2010, v.2.
^ ^ a n Cutsem E , Oliveira J: ESMO Guidelines Working Group. Advanced colorectal cancer: ESMO clinical
^^recommendations for diagnosis, treatment and follow-up. Ann Oncol 2009 May;20 SuppI 4:61-3.
18. Food and Drug Administration. Class labeling changes to anti-EGFR monoclonal antibodies, cetuximab (Erbitux) and
panitumumab (Vectibix): KRAS mutations. http://www.fda.gov/AboutFDA/CentersOffices/CDER/ucml172905.htm.
19. European Medicines Agency: Committee for Medicinal Products for Human Use post-authorisation summary of
positive opinion for Erbitux. http://wvw.emea.europa.eu/pdfs/human Erbitux_28040208en.pdf.
20. Karachaliou, N , Mayo, C, Costa, C. et al. KRAS Mutations in Lung Cancer. Clinical Lung Cancer, (In press)
21 Mascaux, C, Lannino, N , Martin, B. et al. The role of RAS oncogene in survival of patients with iung cancer: a
systematic review of the literature with meta-analysis. British Journal of Cancer (2005) 92, 131 - 139.
22. Shepherd, F , Bourredjem, A, Brambilla, E . et al. Prognostic and predictive effects of KRAS mutation subtype in
completely resected non-small cell lung cancer (NSCLC): A LACE-bio study. J Clin Oncol 30, 2012 (suppI; abstr
7007)
23, Mao, C , Qiub, L, Liao R . et al. KRAS mutations and resistance to EGFR-TKIs treatment in patients with non-small cell
lung cancer: A meta-analysis of 22 studies. Lung Cancer 69 (2010) 272-278
24. Riely, G, Politi, K , Vincent, A. et al. Update on Epidermal Growth Factor Receptor Mutations in Non -Small Cell Lung
Cancer. Clin Cancer Res 2006;12:7232-7241.
25 Longo, M.C., Berninger, M.S. and Hartley, J.L. 1990. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over
contamination In polymerase chain reactions. Gene. 93:125-128.
32
--- стр. 69 ---
26. Chosewood, L.C. and Wilson, D.E. B io s a fe ty a n d M ic ro b io lo g ic a l a n d B io m e d ic a l L a b o ra to rie s . HHS Publication Fifth
#edition.(CDC) 21-1112. 2009.
2 7 . Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired
Infections. Approved Guideline-Third Edition. CLSI Document M29-A3 Villanova, PA:CLSI, 2005.
28. International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations, 52nd Edition. 2011.
29. Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC), 2011, v.51, http://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/.
30. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) EP7-A2, Interference Testing in Clinical Chemistry; Approved
Guidelines - Second Edition, Appendix D 2005.
Сведения о редакциях документа
Doc Rev. 3
01/20113
.0 1. Обновлено всюду, где были замечания относительно образцов
FFPET немелкоклеточного рака легких (НМРЛ)
a. Добавлена секция Неклиническая оценка испытаний для
немелкоклеточного рака легких
b. Обновлен раздел Введение
c. Обновлен раздел Литература
2. Обновлен раздел Воспроизводимость для РТПК
а. Обновлены результаты исследований с использованием 8
образцов FFPET
3. Обновлен раздел Корреляция с референсным методом для
РТПК
Удален «колоректальный рак (РТПК)» под разделом МЕРЫ
ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ
Добавлен аппликатор для клеящей фольги cobas® 4800 (Roche
P/N 04900383001) в раздел НЕОБХОДИМЫЕ
НЕПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Заменен “Printer HP P2055d" на “Printer"
Добавлен «немелкоклеточный рак легких» в раздел Сбор образцов
Удален «Колоректальный рак» из раздела Храниние образцов
Удален “ РТПК ” в примечании под разделом ИНСТРУКЦИЯ
ПО ПРОВЕДЕНИЮ ТЕСТА
Заменено “10% опухолевых клеток” на “10% опухолевых
тканей” в примечании под разделами ИНСТРУКЦИЯ по
ПРОВЕДЕНИЮ ТЕСТА и Депарафинизация срезов FFPET
не на предметных стеклах
Добавлено Примечание в раздел Депарафинизация срезов
FFPET не на предметных етеклах
1. Обновлены следующие секции в разделе ОГРАНИЧЕНИЯ
ПРОЦЕДУРЫ:
1) Добавлена 13 секция «Тест cobas® KRAS Mutation Test был
проверен на использование с 50 нг ДНК на рекцию.
Использование количества ДНК менее 50 нг на реакцию не
рекомендуется»
2) Добавлена 14 секция «Описанную выше процедуру
необходимо выполнять для обнаружения > 5% мутантных
последовательностей на фоне дикого типа ДНК для мутации
KRAS"'"* в Таблице 3»
3) Добалена Таблица 3 Мутации, обнаруженные при помощи
теста cobas KRAS Mutation Test
4. Обновлен адрес Завода производства.
5. Изменен телефон технической поддержки с 1-800-428-2336
на 1-800-526-1247
а.
Ь.
c.
d.
e.
Г.
g-
h.
33
--- стр. 70 ---
Distributed by
Roche Diagnostics (Schweiz) AG
Industriestrasse 7
6343 Rotkreuz, Switzerland
Roche Diagnostics GmbH
Sandhofer StraBe 116
68305 Mannheim, Germany
Roche Diagnostics, SL
Avda. Generalitat, 171-173
E-08174 Sant Cugat del Valles
Barcelona, Spain
Roche Diagnostics
201, boulevard Armand-Frappier
H7V 4A2 Laval, Quebec, Canada
(For Technical Assistance call:
Pour toute assistance technique,
appeler le: 1-877 273 3433)
Roche Diagnostics
2, Avenue du Vercors
38240 Meylan, France
Distributore in Italia;
Roche Diagnostics S.p.A.
Viale G. B. Stucchi 110
20052 Monza, Milano, Italy
Distribuidor em Portugal:
Roche Sistemas de Diagnosticos Lda.
Estrada Nacional, 249-1
2720-413 Amadora, Portugal
Roche Diagnostica Brasil Ltda.
Av. Engenheiro Billings, 1729
Jaguare, Building 10
05321-010 Sao Paulo, SP Brazil
ROCHE, COBAS, COBAS Z, TAQMELT и AMPERASE являются торговыми марками Roche.
Технология защиты от контаминации с помощью фермента AmpErase защищена патентом США
5,035,996 и его зарубежными аналогами, принадлежащим Invitrogen Corporation и переданным по
лицензии Roche Molecular Systems, Inc.
EPPENDORF является торговой маркой Eppendorf AG.
PIPET-AID является торговой маркой Drummond Scientific.
NANODROP является торговой маркой Thermo Fisher Scientific.
tOl 1 Roche Molecular Systems, Inc. Bee права защищены.
01/2013
Doc Rev. 3.0
06322379001-01
EC REP
Roche Diagnostics GmbH
D-68298 Mannheim C€
В настоящее время для маркировки диагностической ПЦР продукции Roche используются
следующие символы.
34
--- стр. 71 ---
Вспомогательное программное
обеспечение LOT
Серия набора реагентов
Авторизованный представитель Биологическая опасность
(потенциально инфекционный
материал)
IIIIIIIIIIITI Штрих-кодированныеданные
BARCODE!
Ш
V
jpont. I
ш
REF
TDf
ЩЩ]
Сверьтесь с инструкцией
Содержит реагенты на < п >
тестов
Состав набора
Распространитель
Для диагностики in vitro
Файл с описанием теста
[ГШ
d
X
Каталожный номер
Только для испытаний тестов IVD
Нижний предел заданного диапазона
Производитель
Хранить в темноте
Температурный диапазон (Хранить
при)
Использовать до (последний день
месяца)
Верхний предел заданного
диапазона
Данный продукт соответствует Европейской Директиве 98/79 ЕС о медицинском
оборудовании для диагностики in vitro.
35
--- стр. 74 ---
Запуск ГПДР...............................................................................................................................................................................................28
Результаты.....................................................................................................................................................................................................................29
Интерпретация результатов...........................................................................................................................................................................29
Повторное тестирование образцов с невалидными результатами..................................................................................................29
Контроль качества и валидность результатов.........................................................................................................................................30
Мутантный контроль............................................................................................................................................................................30
Отрицательный контроль....................................................................................................................................................................30
Ограничения процедуры.................................................................................................................................................................................30
Неклинические испытания теста.......................................................................................................................................................................31
Аналитическая чувствительность - пустые образцы...........................................................................................................................31
Предел чувствительности для смесей образцов FFPET......................................................................................................................31
Минимальное содержание опухоли............................................................................................................................................................33
Перекрестная реактивность с другими мутациями в экзонах 18, 19, 20 и 21..............................................................................34
Образцы из клинического исследования EURTAC..............................................................................................................................34
Образцы из клинического исследования AURA2..................................................................................................................................34
Специфичность - микроорганизмы и гомологи EGFR.......................................................................................................................34
Микрофлора легких..............................................................................................................................................................................34
Плазмиды гомологов EGFR...............................................................................................................................................................34
Интерференция..................................................................................................................................................................................................35
Некрозные ткани................................................................................................................................................................................................35
Воспроизводимость..........................................................................................................................................................................................35
Воспроизводимость при работе с образцами..........................................................................................................................................35
Клинические испытания теста.............................................................................................................................................................................36
Анализ клинической воспроизводимости 1.............................................................................................................................................36
Анализ клинической воспроизводимости 2.............................................................................................................................................37
Корреляция с референсным методом при тестировании образцов из фазы 1П исследования EURTAC ...........37
Корреляция с референсным методом при тестировании образцов из фазы II исследования AURA2 ................40
Данные клинических исходов.......................................................................................................................................................................41
EURTAC....................................................................................................................................................................................................41
AURA2.......................................................................................................................................................................................................42
Раздел В: Работа с образцами плазмы..............................................................................................................................................................44
Пробоподготовка...............................................................................................................................................................................................44
Материалы и реагенты.............................................................................................................................................................................................45
Предоставляемые материалы и реагенты.................................................................................................................................................45
Хранение реагентов и правила работы с ними........................................................................................................................................48
Необходимые дополнительные материалы.............................................................................................................................................48
Необходимые приборы и программное обеспечение, но не предоставляются...........................................................................49
Меры предосторожности и правила работы..................................................................................................................................................49
07384351001-03RU ___________________________________________________________
Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 75 ---
Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Меры предосторожности.................................................................................................................................................................................49
Надлежащая лабораторная практика.........................................................................................................................................................49
Контаминации.....................................................................................................................................................................................................50
Целостность..........................................................................................................................................................................................................50
Утилизация отходов..........................................................................................................................................................................................50
Очистка и дезинфекция...................................................................................................................................................................................50
Сбор, транспортировка и хранение образцов..........................................................................................................................................51
Сбор образцов.........................................................................................................................................................................................51
Транспортировка, хранение и стабильность образцов.............................................................................................................51
Хранение и стабильность обработанных образцов....................................................................................................................51
Процедура теста..............................................................................................................................................................................................................52
Постановка теста................................................................................................................................................................................................52
Инструкция по работе с набором....................................................................................................................................................52
Процедура выделения ДНК...............................................................................................................................................................53
Амплификация и детекция..................................................................................................................................................................55
Подготовка реакции..............................................................................................................................................................................56
Приготовление рабочих мастер-миксов (ММХ-1, ММХ-2 и ММХ-3 v2) ........................................................................56
Подготовка плашки................................................................................................................................................................................57
Запуск ПЦР...............................................................................................................................................................................................57
Результаты.....................................................................................................................................................................................................................58
Интерпретация результатов...........................................................................................................................................................................58
Повторное тестирование образцов с невалидными результатами..................................................................................................58
Контроль качества и валидность результатов.........................................................................................................................................58
Мутантный контроль............................................................................................................................................................................59
Отрицательный контроль....................................................................................................................................................................59
Ограничения процедуры.................................................................................................................................................................................59
еклинические испытания теста.......................................................................................................................................................................61
Аналитические характеристики теста........................................................................................................................................................61
Аналитическая чувствительность - пустые образцы..........................................................................................................................61
Предел чувствительности для ДНК клеточной линии........................................................................................................................61
Перекрестная реактивность с другими мутациями в экзонах 18. 19, 20 и 21..............................................................................62
Образцы из клинических исследований AURA Продолжение и AURA2....................................................................................62
Специфичность - микроорганизмы............................................................................................................................................................62
Интерференция...................................................................................................................................................................................................62
Клинические испытания теста...................................................................................................................................................................................63
Анализ клинической воспроизводимости................................................................................................................................................63
Предел детекции (LOD) для образцов плазмы NSCLC.......................................................................................................................64
Примечание: Клинические образцы в данном исследовании имели фоновую концентрацию ДНК дикого типа около
07384351001-03RU______________________________________________________________________________________
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 76 ---
Тест cobas EGFR Mutation Test v2
24,000 копий/мл...............................................................................................................................................................................................65
Корреляция с референсным методом при тестировании образцов плазмы из фазы III когорты ASPIRATION ............65
Корреляция между образцами плазмы и ткани в тесте cobas® EGFR Test при детекции делении в экзоне 19 и
замены L858R при тестировании образцов из фазы III исследования ENSURE ..........................................................66
Корреляция с референсным методом при тестировании образцов плазмы из фазы II исследования AURA2 .............67
Корреляция между образцами плазмы и ткани при детекции замены Т790М при тестировании образцов из
фазы II исследования AURA2..........................................................................................................................................................68
Данные клинических исходов.....................................................................................................................................................................69
ENSURE...................................................................................................................................................................................................69
AURA2.....................................................................................................................................................................................................71
Утилизация..........................................................................................................................................................................................................72
Техническое обслуживание и ремонт........................................................................................................................................................72
Гарантийные обязательства...........................................................................................................................................................................72
Дополнительная информация.............................................................................................................................................................................7 3
Символы................................................................................................................................................................................................................73
Производитель и распространители.............................................................................................................................................................74
Торговые марки и патенты...............................................................................................................................................................................74
Авторское право...................................................................................................................................................................................................74
Литература..............................................................................................................................................................................................................75
Редакция документа............................................................................................................................................................................................76
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 77 ---
Тест CObas EGFR Mutation Test v2
Назначение
Тест cobas® EGFR Mutation Test v2 является тестом для диагностики in vitro методом ПЦР в реальном
времени и предназначен для качественного выявления мутаций гена рецептора эпидермального фактора роста
у пациентов с немелкоклеточным раком легких (NSCLC). Мутации EGFR определяют в ДНК, вьщеленной из
фиксированных в формалине и залитых в парафиновые блоки образцов опухолевой ткани (FFPET) или в
свободной циркулирующей ДНК из опухолевых клеток (cfDNA) в образцах плазмы, полученных из цельной
периферической крови с ЭДТА в качестве антикоагулянта.
Тест также предназначен для помощи при отборе пациентов NSCLC для проведения терапии ингибиторами
тирозиновых киназ (ТК1). Тест применяется как дополнительный диагностический тест для выбора пациентов с
NSCLC для терапии с помощью таргетных препаратов, приведенных ниже в Таблице 1 в соответствии с принятой
маркировкой лекарственных средств:
Таблица 1
^репарат FFPET Плазма
TARCEVA® (эрлотиниб) Делеции в экзоне 19 и замена L858RДелеции в экзоне 19 и замена L858R
TAGRISSO™ (осимертиниб) Т790М Т790М*
Пациенты, с позитивным результатом теста cobas® EGFR Mutation Test v2 при тестировании образцов плазмы
на наличие мутаций EGFR, указанных выше, подлежат терапии соответствующим препаратом, указанным в
Таблице I (см. Примечание* для Т790М). Пациенты, с отрицательным результатом теста на эти мутации в
данном тесте, должны быть направлены на рутинную биопсию для тестирования мутаций EGFR в образцах
FFPET.
* Эффективность препарата TAGR1SSO™ (осимертиниб) не продемонстрирована для пациентов EGFR Т790М
позитивным результатом при исследовании плазмы, отрицательным результатом при исследовании ткани или
не тестированных, и клинические данные для пациентов с позитивным результатом Т790М при исследовании
плазмы пациентов ограничены; таким образом тестирование образцов плазмы наиболее целесообразно для
пациентов с недоступными для исследования образцами биопсии.
Безопасность и эффективность препаратов не определены для следующих мутаций EGFR, также выявляемых
в тесте cobas® EGFR Mutation Test v2:
Таблица 2
Препарат FFPET Плазма
TARCEVA® (эрлотиниб) G719X, инсерции в экзоне 20,
Т790М, S7681 и L861Q
G719X, инсерции в экзоне 20,
Т790М, S7681hL861Q
TAGRISSO™
(осимертиниб)
G719Х, делеции в экзоне 19, L858R,
инсерции в экзоне 20, S7681 и L861Q
G719X, делеции в экзоне 19, L858R,
инсерции в экзоне 20, S768I и L861Q
При пробоподготовке вручную образцы FFPET выделяют с помощью набора cobas® DNA Sample Preparation
Kit, a образцы плазмы выделяют с помощью набора cobas® cfDNA Sample Preparation Kit. Автоматизированная
амплификация и детекция проводится в анализаторе cobas z 480.
Краткое изложение и описание теста
Введение
Активирующие мутации в гене, кодирующем EGFR возникают преимущественно при NSCLC, что приводит к
07384351001-03RU_____________________________________________________________________________________________________________
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 78 ---
Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
постоянной активации киназной активности белка EGFR, что дает вклад в развитие онкогенного процесса.
Распространенность таких мутаций в общей популяции пациентов с NSCLC составляет примерною % - 30
Однако наиболее часто, хотя и не исключительно, такие мутации наблюдаются у пациентов женского
пола, некурящих или курящих мало, азиатского происхождения и имеющих в анамнезе гистологические
признаки аденокарциномы.''
У пациентов с NSCLC, наиболее часто встречаются следующие мутации в гене EGFR: различные делеции в
экзоне 19 или точечная мутация L858R в экзоне 21; эти мутации составляют примерно 85 % всех мутаций
EGFR при NSCLC.^Тест cobas® EGFR Mutation Test v2 (cobas® EGFR Test) является тестом ПЦР в реальном
времени, предназначенным для детекции замены G719X в экзоне 18, делеций в экзоне 19, замен Т790М и S768I
в экзоне 20, инсерций в экзоне 20, и замен L858R и L861Q в экзоне 21.
Тест cobas® EGFR Test применяется в качестве сопутствующего диагностического теста при назначении
препарата Т ARC EVA®, обратимо ингибирующего киназную активность EGFR, предотвращающего
автофосфорилирование тирозиновых оснований, связанных с рецептором и таким образом подавляющего
дальнейщую сигнальную систему, связанную с выживанием клеток и их пролиферацией. При мутациях EGFR
-делеции в экзоне 19 или замене L858R в экзоне 21 аффинность связывания с эрлотинибом выше по
^
двнению с рецептором дикого типа.^ Клинические исследования показали, что пациенты с поздними
адиями NSCLC, имеющие мутации - делеции в экзоне 19 или замену L858R в экзоне 21, и получающие
TARCEVA® в качестве терапии первой линии, имеют более высокую вероятность клинической пользы по
сравнению с пациентами на химиотерапии.^' ’
Тест cobas® EGFR Test применяется в качестве сопутствующего диагностического теста при назначении
препарата TAGR1SSO™ (осимертиииб), обратимого ингибитора EGFR TKI-сенсибилизирующих и Т790М
резистентных мутаций при прогрессиру ющем NSCLC. TAGR1SSO™ ингибирует киназную активность EGFR,
что приводит к подавлению внутриклеточного сигнального каскада, связанного с пролиферацией,
выживанием и ангиогенезом клеток." К.тнические исследования показали, что пациенты с прогрессивным
нечешуйчатым NSCLC при наличии EGFR ТК1-сенсибилизирующей мутации и прогрессированием после
терапии EGFR ТК1 первого поколения, имеющие резистентную мутацию Т790М в экзоне 20, имеют высокую
вероятность клинического ответа на TAGR1SSO™ (осимертиниб'"
В Таблице 3 приведены мутации в гене EGFR, выявляемые с помощью теста cobas® EGFR Test.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 82 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas®EGFR Mutation Test v2
следуйте инструкциям в разделе а для работы с образцами ткани .
СЛЕДУЙТЕ ИНСТРУКЦИЯМ В РАЗДЕЛЕ В ДЛЯ РАБОТЫ С ОБРАЗЦАМИ ПЛАЗМЫ.
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани
Пробоподготовка
Обработка образцов FFPET и выделение геномной ДНК проводится с помощью набора cobas® DNA Sample
Preparation Kit, данный метод ручной пробоподготовки основан на связывании нуклеиновых кислот со
стеклянным волокном. Депарафинизированные срезы образцов FFPET толщиной 5 мкм лизируют в ходе
инкубации с протеазой и хаотропным лизирующим/связывающим буфером при повыщенной температуре, в
результате происходит освобождение нуклеиновых кислот и разрущение ДНКаз. Далее в лизирующую смесь
вносится изопропанол, и смесь центрифугируется через колонку с фильтром из стеклянного волокна. Во время
«
ентрифугирования геномная ДНК связывается с поверхностью стеклянного волокна фильтра. Не связавщиеся
гщества, такие как соли, белки и прочие компоненты клетки удаляются при центрифугировании.
Связавщиеся нуклеиновые кислоты промываются и затем растворяются в водном растворе. Количество
геномной ДНК определяют с помощью спектрофотометра и ее концентрацию доводят до необходимой,
использующейся для проведения амплификации и детекции, в анализаторе cobas z 480 с помощью реагентов
набора cobas® EGFR Test.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 83 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Материалы и реагенты
Предоставляемые материалы и реагенты
Компоненты и состав реагента Количество в
наборе
DNA TLB
(буфер для лизиса тканей)
(P/N:05517613001)
Трис-НС1 буфер
Хлорид калия
0.04% ЭДТА
0.1 % Тритон X-100
0.09% азид натрия
1 X 10 мл
РК
(протеиназа К) (P/N: 05860695102)
Протеиназа К, лиофилизованная
1 X 100 мг
DNA РВВ
(связывающий парафин буфер) (P/N:
05517621001)
Трис-НС1 буфер
49.6 % гидрохлорид гуанидина
0.05 % мочевина
17.3 % Тритон Х-100
1 X 10 мл
WBI
(промывочный буфер I)
(P/N: 05517656001)
Трис-НС1 буфер
64 % гидрохлорид гуанидина
1 X 25 мл
WB II
(промывочный буфер 11) (P/N:
05517664001)
Трис-НС1 буфер
Хлорид натрия
1 X 12.5 мл
DNA ЕВ
(Буфер для элюции ДНК)
(P/N: 05517630001)
Трис-НС1 буфер
0.09 % азид натрия
1 X 6 мл
FT
(фильтрующие пробирки с
крьппками)
(P/N:05089506102)
1 X 25 шт.
СТ
(пробирки для сбора)
(P/N: 0588051300П
3 X 25 шт.
Набор/Кассеты Маркировка безопасности и предупреждения
Набор для
пробоподготовки
cobas® DNA Sample
Preparation Kit
24 теста
(P/N:05985536190)
Опасно
H302: Ядовито при проглатывании или вдыхании
Н315: Вызывает раздражение кожи.
НЗ17: Может вызывать аллергическую реакцию на
коже.
Н318: Вызывает серьезное поражение глаз.
Н334: Может вызывать аллергические или
астматические симптомы или затруднение
дыхания при вдыхании.
Н335: Может вызывать раздражение дыхательных
путей.
Р261: Не допускайте вдыхание
пыли/дыма/газа/пара/спрея.
Р280: Работать в перчатках/защите для глаз/лица.
Р284 Работать в респираторе.
Р305+Р351+Р338+Р310: при попадании в глаза:
Тщательно промыть водой в течение нескольких
минут. При наличии контактных линз вьгаьте их.
Продолжите промывать. Обратитесь в
токсикологический центр или к врачу
Р342 + Р311: При респираторных симптомах:
Обратитесь в токсикологический центр или к
врачу.
Р362 + Р364: Снимите контаминированную
одежду, постирайте перед повторным
использованием.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 84 ---
РАЗДЕЛА: Работа с образцами ткани Тест CObas®EGFR Mutation Test v2
Набор/Кассеты Компоненты и состав реагента Количество в
наборе
Маркировка безопасности и
предупрежденияа
Набор cobas® EGFR
Mutation Test v2
24 теста
(P/N:07248563190)
EGFR MMX-1
(EGFR мастер-микс 1)
(P/N06471366001)
Трис буфер, Хлорид калия
Глицерин, ЭДТА
Твин 20
3.13% Диметил сульфоксид
0.09 % Азид натрия
<0.10%дНТФ
<0.01 % ДНК-полимераза Z05-AS1
(бактериальная)
<0.01 % фермент AmpErase (урацил-N-
гликозилаза) (бактериальная)
<0.01 %Аптамер
<0.01 % прямые и обратные праймеры
EGFR
<0.01 % Меченные флуоресцетными
красителями зонды EGFR
EGFR MMX-2
(EGFR мастер-микс 2)
(P/N06471382001)
Трис буфер. Хлорид калия
Глицерин, ЭДТА
Твин 20
3.13% Диметил сульфоксид
0.09 % Азид натрия
<0.10%дНТФ
<0.01 % ДНК-полимераза Z05-AS1
(бактериальная)
<0.01 % фермент AmpErase (урацил-N-
гликозилаза) (бактериальная)
<0.01 % Аптамер
<0.01 % прямые и обратные праймеры
EGFR
<0.01 % Меченные флуоресцетными
красителями зонды EGFR
2 X 0.48 мл Не применимо
EGFR ММХ-3 v2
(EGFR мастер-микс 3)
(P/N07248610001)
Трис буфер. Хлорид калия
Глицерин, ЭДТА
Твин 20
3.13% Диметил сульфоксид
0.09 % Азид натрия
<0.10%дНТФ
<0.01 % ДНК-полимераза Z05-AS1
(бактериальная)
<0.01 % фермент AmpErase (урацил-N-
гликозилаза) (бактериальная)
<0.01 % Аптамер
<0.01 % прямые и обратные праймеры
EGFR
<0.01 % Меченные флуоресцетными
красителями зонды EGFR
2 X 0.48 мл
2 X 0.48 мл
Не применимо
Не применимо
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 85 ---
РАЗДЕЛА: Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Набор/Кассеты Компоненты и состав реагента Количество в
наборе
Маркировка безопасности и
предупрежденияа
MGAC
(ацетат магния)
(P/N 05854326001)
Ацетат магния
0.09 % азид натоия
6 X 0.2 мл Не применимо
Набор cobas* EGFR
Mutation Test v2
24 теста
(P/N:07248563190)
>
EGFR МС
(Мутантный контроль EGFR)
(P/N06471455001)
Трис-буфер
ЭДТА
Поли-гА РЕПС (синтетическая)
0.05 % азид натрия
<0,1 % Плазмидная ДНК, содержащая
последовательности экзонов 18, 19, 20 и
21 EGFR (микробная)
<0,1 % ДНК EGFR дикого типа
(клеточная линия)
6 X 0.1 мл Не применимо
DNA SD
(Раствор для разведения образцов ДРПС)
(P/N 05854474001)
Трис-НС1 буфер 0.09 % азид натрия
2 X 3,5 мл Не применимо
“Маркировка безопасности продукта соответствует рекомендациям EU GHS
Хранение реагентов и правила работы с ними
Реагент Температура
хранения Продолжительность хранения
Набор cobas® DNA 8ашр1е Preparation Kit* 15°C-30°C
После открытия стабилен до 8 постановок в течение 90 дней
или до истечения указанного срока годности, в зависимости
от того, что наступит раньше.
Набор cobas* EGFR Mutation Test v2** 2°C-8°C
После открытия стабилен до 4 постановок в течение 90
дней или до истечения указанного срока годности, в
зависимости от того, что наступит раньше.
Примечание: За исключением реагента РК, не замораживайте реагенты,
* После внесения стерильной свободной от нуклеаз воды в РК, храните неиспользованную восстановленную РК в аликвотах объемом
450 мкл при -20 °С. После восстановления РК необходимо использовать в течение 90 дней или до истечения указанного срока
годности, в зависимости от того, что наступит раньше. После внесения абсолютного этанола храните WB I и WB II при 15 - 30 °С.
Эти рабочие растворы стабильны в течение 90 дней или до истечения указанного срока годности, в зависимости от того, что наступит
раньше.
** EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2, EGFR ММХ-З v2 и рабочий ММХ (приготовленный внесением MGAC в EGFR ММХ-1 или
EGFR ММХ-2 или EGFR ММХ-З v2) необходимо защищать от длительного воздействия света. Рабочий ММХ необходимо хранить
при 2 °С - 8 °С в темноте. Подготовленные образцы и контроли необходимо внести в течение 1 часа после приготовления рабочего
ММХ. Амплификацию необходимо начать не позднее 1 часа после внесения подготовленных образцов и контролей в рабочий ММХ,
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 86 ---
РАЗДЕЛА: Работа с образцами ткани Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Необходимые дополнительные материалы
Материалы P/N
Ксилол (ACS, > 98.5% ксилол) Любой поставщик
Абсолютный этанол (для молекулярной биологии) Sigma Е7023 или Fisher Scientific ВР2818-500 или эквивалент
Изопропанол (ACS, > 99.5%) Sigma 190764 или Fisher Scientific А451-1 или эквивалент
Стерильная свободная от нуклеаз вода (для молекулярной
биологии)
Любой поставщик
Хлорка Любой поставщик
70% Этанол Любой поставщик
Стерильные одноразовые серологические пипетки 5- и 25- мл Любой поставщик
cobas®4800 System микроплашка (AD-плашка) и заклеивающая
М1ленка
Roche 05232724001
cobas® 4800 System аппликатор для заклеивающей пленки
(поставляется при инсталляции системы cobas® 4800)
Roche 04900383001
Дозаторы с переменным объемом* (на 5-1000 мкл) Любой поставщик
Свободные от нуклеаз наконечники с аэрозольным барьером Любой поставщик
Дозатор Pipet-Aid™* Drummond 4-000-100 или эквивалент
Настольная микроцентрифуга* (до 20000 х г) Eppendorf 5430 или 5430R или эквивалент
Два термоблока, рассчитанных на нагревание микроцентрифужных
пробирок до 56°С и 90°С*
Любой поставщик
Микроцентрифужные пробирки с защелкивающейся крышкой
(объемом 1.5 мл, стерильные, свободные от нуклеаз, для ПЦР)
Любой поставщик
Штативы для микроцентрифужных пробирок Любой поставщик
Спектрофотометр для измерения концентрации ДНК* Любой поставщик
Вортекс* Любой поставщик
Одноразовые перчатки, без талька Любой поставщик
Калиброванные термометры для термоблока * Любой поставщик
Водяная баня* рассчитанная на 37°С Любой поставщик
Бритва с одной острой стороной Любой поставщик
* Эксплуатация всего оборудования должна осуществляться в соответствии с инструкциями производителя.
За дополнительной информацией о приобретаемых отдельно материалах обратитесь в Ваше региональное представительство Roche.
Необходимые приборы и программное обеспечение, не предоставляются
Необходимые приборы и программное обеспечение, не предоставляются
Анализатор cobas z 480
Контрольный блок системы cobas® 4800 с программным обеспечением системы версии 2.1 или выше
Программа EGFR Tissue Р1 Analysis Package Software версии 1.0 или выше
Сканнер штрих-кода с подключением USB
Принтер
За дополнительной информацией о приобретаемых отдельно материалах обратитесь в Ваше региональное представительство Roche.
07384351001-03RU__________________________________________________________________________________________________________
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 96 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Создание назначения теста
Подробные инструкции по постановке теста EGFR приведены в Руководстве пользователя анализатора
cobas Z 480 системы cobas® 4800 и руководства пользователя программы cabas'® EGFR Mutation Test v2.
Создайте схему плашки, указав позиции для всех образцов и контролен в постановке. Мутационный контроль
размещают в плашке в позициях А01 - АОЗ. Отрицательный контроль размещают в плащке в позициях В01 -
ВОЗ. Разведенные клинические образцы вносят каждый в три столбца, начиная с позиций С01 - СОЗ заканчивая
позициями НЮ - Н12, как показано на Рисунке 2.
Рисунок 2 Схема плашки для теста cobas EGFR Test
® 1
Строка/
столбец 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
А мс
ММХ 1
мс
ММХ 2
мс
ммхз
v2
S7
MMX 1
S7
MMX 2
S7
ММХЗ
v2
S15
MMX I
S15
MMX 2
S15
М М ХЗ
v2
S23
MMX 1
S23
MMX 2
S23
ММХЗ
v2
»
NEG
ММХ 1
NEG
ММХ 2
NEC
М М ХЗ
v2
S8
MMX 1
S8
MMX 2
S8
ММХЗ
v2
S16
MMX 1
S16
M M X2
S16
ммхз
v2
S24
MMX 1
S24
MMX 2
S24
ММХЗ
v2
с S1
MMX1
SI
ММХ 2
SI
ммхз
v2
S9
MMX 1
S9
MMX 2
S9
ММХЗ
v2
S17
MMX 1
S17
MMX 2
S17
М М ХЗ
v2
S25
MMX 1
S25
MMX 2
S25
ММХЗ
v2
D MMX1
S2
ММХ 2
S2
М М ХЗ
v2
SIO
MMX 1
SIO
MMX 2
SIO
ММХЗ
v2
S18
MMX 1
gig
MMX 2
SI8
М М ХЗ
v2
S26
MMX 1
S26
MMX 2
S26
ММХЗ
v2
Е
S3
ММХ1
S3
ММХ 2
S3'
ммхз
v2
Sll
MMX 1
S ll
MMX 2
S ll
ММХЗ
v2
S19
M M Xl
Sl9
MMX 2
SI9
М М ХЗ
v2
S27
MMX 1
S27
MMX 2
S27
ММХЗ
v2
F S4
ММХ 1
S4
ММХ 2
S4
М М ХЗ
v2
S12
MMX 1
S12
MMX 2
S12
М М ХЗ
v2
S20
MMX 1
S20
MMX 2
S20
М М ХЗ
v2
S28
MMX I
S28
MMX 2
S28
ММХЗ
v2
G S5
ММХ 1
S5
ММХ 2
S5
М М ХЗ
v2
S13
MMX 1
S13
MMX 2
S13
ММХЗ
v2
S21
M M X l
S21
MMX 2
S21
М М ХЗ
v2
S29
MMX 1
S29
MMX 2
S29
ММХЗ
v2
н S6
ММХ 1
S6
ММХ 2
S6
М М ХЗ
v2
S14
MMX 1
S14
MMX 2
S14
ММХЗ
v2
S22
MMX 1
S22
MMX 2
S22
M M X3
v2
S30
MMX 1
S30
MMX 2
S30
ММХЗ
v2
Ha схеме; МС= мутационный контроль, NEG = отрицательный контроль S# = ID образца, ММХ # соответствует мастер-миксу 1, 2 или 3 v2.
Примечание: Каждый образец необходимо вносить в три последовательных столбца в один ряд, чтобы
получить валидные результаты.
Примечание: Рабочий мастер-микс 1 необходимо вносить в столбцы 01, 04, 07 и Юна плашке, абочий мастер-
микс 2 необходимо вносить в столбцы 02, 05, 08 ull на плашке. Рабочий мастер-микс 3 v2 необходимо вносить
в столбцы 03, 06, 09 и 12 на плашке.
Примечание: На одну плашку можно загрузить до 30 образцов. Если для постановки на плашке требуются
реагенты более чем из одного набора, эти наборы должны быть все из одной серии.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 97 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Расчет разведения исходного образца ДНК
Расчет разведения исходного образца ДНК с концентрацией 2 нг/мкл - 36 нг/мкл
Примечание: Исходную биомассу ДНК из образцов необходимо разводить непосредственно перед
проведением амплификации и детекции.
Примечание: Для каждого образца проводятся три реакции амплификации/детекции, для этого необходим
объем образца 75 мкл (по 25 мкл для каждой из трех реакций) с концентрацией 2 нг/мкл после разведения
биомассы ДНК (всего 150 нгДНК).
1. Для каждого образца рассчитайте необходимый объем (в мкл) биомассы ДНК:
мкл исходного образца ДНК = (90 мкл х 2 нг/мкл) концентрация исходного образца ДНК [нг/мкл]
2. Для каждого образца рассчитайте необходимый объем (в мкл) растворителя для образца ДНК (DNA SD):
мкл DNA SD = 90 мкл - мкл исходного образца ДНК:
^^имер:
Концентрация исходного образца ДНК = 6.5 нг/мкл
1. мкл исходного образца ДНК = (90 мкл х 2 нг/мкл) 6.5 нг/мкл = 27.7 мкл
2. мкл DNA SD = (90 мкл - 27.7 мкл) = 62.3 мкл
Расчет разведения образца ДНК с концентрацией >36 нг/мкл
Примечание: Исходную биомассу ДНК из образцов необходимо разводить непосредственно перед
проведением амплификации и детекции.
Примечание: Для каждого образца проводятся три реакции амплификации/детекции, для этого необходим
объем образца 75 мкл (по 25 мкл для каждой из трех реакций) с концентрацией 2 нг/мкл после разведения
биомассы ДНК (всего 150 нгДНК).
1. Для исходных образцов ДНК с концентрацией > 36 нг/мкл, исполъзуйте приведенную ниже формулу для
расчета объема растворителя образца ДНК (DNA SD), необходимого для получения не менее 90 мкл
разведенного образца ДНК. Данная формула обеспечивает использование для разведения не менее 5 мкл
исходного образца ДНК.
2. Для каждого образца рассчитайте объем (в мкл) DNA SD, необходимый для разведения 5 мкл исходного
^ образца ДНК до концентрации 2 нг/мкл:
Необходимый объем DNA SD в мкл = [(5 мкл исходного образца ДНК х концентрация ДНК в нг/мкл) /
2 нг/мкл] - 5 мкл
Пример:
Концентрация исходного образца ДНК = 100 нг/мкл
1. Необходимый объем DNA SD в мкл = [(5 мкл х 100 нг/мкл) / 2 нг/мкл] - 5 мкл = 245 мкл
2. Используйте рассчитанный объем DNA SD для разведения 5 мкл исходного образца ДНК.
Разведение образцов
1. Подготовьте необходимое чиело микроцентрифужных пробирок с защелкивающейся крыщкой объемом
1.5 мл для разведений ДНК, промаркируйте их в соответствии с маркировкой образцов.
2. С помощью дозатора и наконечника с аэрозольным барьером, внесите рассчитанный объем растворителя
ДНК (DNA SD) в промаркированную пробирку. Внесите 45 мкл DNA SD в пробирку с защелкивающейся
крыщкой, маркированную NEG.
07384351001-03RU______________________________________________________________________________________________________________
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 98 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
3. Перемешайте исходный образец ДНК и отрицательный контроль на вортексе в течение 5-10 секунд.
4. С помощью дозатора и наконечника с аэрозольным барьером, внесите рассчитанный объем исходного
образца ДНК в промаркированную пробирку, содержащую DNA SD. Для каждого образца используйте
отдельный наконечник. Внесите 45 мкл отрицательного контроля (элюат после выделения) в пробирку
NEG.
5. Закройте пробирки и перемешайте на вортексе в течение 5 — 10 секунд.
6. Смените перчатки.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 99 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Подготовка реакции
Приготовление рабочих мастер-миксов (ММХ-1, ММХ-2 и ММХ-3 v2)
Примечание: EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2, EGFR ММХ-3 v2 и рабочие мастер-миксы ММХ чувствительны к
воздействию света, необходимо защищать их от продолжительного воздействия света.
Примечание: Вследствие вязкости миксов EGFR и рабочих ММХ, раскапывайте медленно, чтобы весь объем
смеси выходил из наконечника.
Примечание: EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2 и EGFR ММХ-3 v2могут иметь светлый синий/пурпурный
оттенок. Это не сказывается на рабочих характеристиках реагента.
В отдельных микроцентрифужных пробирках с защелкивающейся крыщкой объемом 1.5 мкл приготовьте три
смеси рабочих ММХ, один с EGFR ММХ-1, второй с EGFR ММХ-2, и третий с EGFR ММХ-3 v2.
ё
Рассчитайте объемы EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2 и EGFR ММХ-3 v2 для приготовления рабочих
ММХ по следующей формуле;
Необходимый объем EGFR ММХ-1 или EGFR ММХ-2 или EGFR ММХ-3 v2 = (число образцов + 2
контроля +1) X 20 мкл
2. Рассчитайте необходимый объем MGAC для каждого ММХ по следующей формуле:
Необходимый объем MGAC = (число образцов + 2 контроля +1) х 5 мкл
С помощью таблицы 4 определите объем каждого реагента, необходимый для получения рабочего ММХ
исходя из числа образцов в постановке.
Таблица 4 Объемы реагентов, необходимые для приготовления рабочих мастер-миксов ММХ-1, ММХ-2 и ММХ-3 v2
и образцов*
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
ММХ 20 мкл 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260
MGAC 5 мкл 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65
Конечный объем
каждого рабочего
мастер-микса ММХ
(мкл)
100 125 150 175 200 225 250 275 300 325
3.
' Объемы для # образцов рассчитаны исходя из суммы N образцов + 2 контроля + 1
Возьмите необходимое число пробирок EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2, EGFR ММХ-3 v2 и MGAC из
хранения при 2 °С - 8 °С. Перемешайте на вортексе каждый реагент 5 секунд и осадите содержимое
пробирок. Промаркируйте стерильные микроцентрифужные пробирки объемом 1.5 мл для рабочего
ММХ-1, рабочего ММХ-2 и рабочего MMX-3v2.
Внесите рассчитанные объемъ! EGFR ММХ-1 или EGFR ММХ-2 или EGFR ММХ-3 v2 в соответствующие
пробирки для рабочих ММХ.
Внесите рассчитанный объем MGAC в пробирки с рабочими ММХ.
Перемешайте пробирки на вортексе 3-5 секунд.
Примечание: Образцы и контроли необходимо внести в микроплашку (AD-плашку) не позднее чем через 1 час
после подготовки рабочих мастер-миксов (ММХ).
Примечание: Используйте только микроплашки cobas® 4800 System (AD-плашки) и заклеивающую пленку.
5.
6 .
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 100 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Подготовка плашки
1. Внесите по 25 мкл рабочего ММХ в каждую задействованную в постановке реакционную лунку
микроплашки (AD-плашки). Не касайтесь наконечником плашки за пределами лунки.
• Внесите рабочий ММХ-1 (содержащий EGFR ММХ-1) в лунки микроплашки (AD-плашки) в
столбцы 01, 04, 07 и 10.
• Внесите рабочий ММХ-2 (содержащий EGFR ММХ-2) в лунки микроплашки (AD-плашки) в
столбцы 02, 05, 08, и 11.
• Внесите рабочий ММХ-3 v2 (содержащий EGFR ММХ-3 v2) в лунки микроплащки (AD-
плашки) в столбцы 03, 06, 09 и 12.
2. Внесите 25 мкл EGFR МС в лунки А01, А02 и АОЗ микроплашки (AD-плашки); перемешайте
пипетированием не менее двух раз.
Используя новый наконечник, внесите 25 мкл NEG в лунки В01, В02 иВОЗ микроплашки (AD-плашки);
перемешайте пипетированием не менее двух раз.
Примечание: Каждая постановка должна включать в себя положительный контроль (EGFR МС) в лунках
А01, А02 и АОЗ, и отрицательный контроль (NEG) в лунках В01, В02 и ВОЗ, в противном случае анализатор
cobas Z 480 признает постановку невалидной.
Примечание: При необходимости меняйте перчатки для предотвращения перекрестной контаминации
образцов.
4. Используя новый наконечник, внесите 25 мкл ДНК первого образца в лунки С01, С02 и СОЗ микроплашки
(AD-плашки), меняйте наконечник для внесения каждого образца ДНК; перемешайте пипетированием не
менее двух раз. Повторите процедуру для внесения каждого образца ДНК в соответствии со схемой на
Рисунке 2, внесите все оставшиеся образцы ДНК в лунки микроплашки (AD-плашки). Убедитесь, что вся
реакционная смесь находится на дне лунки.
5. Заклейте микроплашку (AD-плашку) заклеивающей пленкой (поставляется вместе с плашками).
Используйте аппликатор для пленки для гарантии полного приклеивания пленки к мрпсроплашке.
6. Перед запуском ПЦР убедитесь, что в каждой лунке реакционная смесь находится на дне.
Примечание: Амплификацию и детекцию необходимо начать не позднее чем через 1 час после внесения
первого образца ДНК в рабочий ММХ.
^Запуск ПЦР
Подробные инструкции по проведению теста EGFR приведены в Инструкции пользователя cobas® EGFR.
Когда появится всплывающее окно “Select test”, выберите “EGFR Tissue PI” и нажмите кнопку “OK”.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 105 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Минимальное содержание опухоли
Всего 66 независимых мутантных образцов EGFR (из них 35 делеционных мутантов в экзоне 19 и 31 мутант
L858R в экзоне 21) с содержанием опухолевой ткани от 25 % до 99 % тестировали для определения
минимального содержания опухолевой ткани, необходимой для детекции мyтaцийEGFRв oбpaзцaxNSCLC.Hи
один из тестировавшихся образцов не содержал одновременно делеции в экзоне 19 и замену L858R в экзоне
21. Каждый образец тестировали без макродиссекции (целым), и после макродиссекции. Полученные значения
QR для целых образцов и после диссекции анализировали методом регрессии Деминга и методом Бланда-
Альтмана (отклонения против среднего). Полученные результаты свидетельствуют в пользу анализа образцов
с содержанием опухолевой ткани более 25 % без макродиссекции.
Дополнительные 10 образцов NSCLC с диким типом EGFR (содержание опухолевой ткани 1 - 90 %) и 10 образцов
с мутациями в EGFR (содержание опухолевой ткани 8 - 95 %) тестировали для оценки необходимости
использования макродиссекции для повьппения чувствительности теста cobas® EGFR Test при тестировании
образцов с низким содержанием опухолевой ткани. Каждый образец тестировали без макродиссекции (целым), и
#
сле макродиссекции. Результаты, полученные для образцов после макродиссекции, соответствовали результатам
{же образцов без диссекции, ожидаемые результаты мутаций и дикого типа бьши получены для всех 20 образцов.
В ходе фазы 111 испытаний EURTAC (эрлотиниб против химиотерапии цисплатином) образцы NSCLC FFPET
с содержанием опухолевой ткани менее 10 % подвергали макродиссекции перед выявлением мутаций EGFR.
Группу образцов EURTAC анализировали на наличие мутаций в EGFR параллельно тестом cobas® EGFR Test
и методом секвенирования (NGS). В таблицах 7 и 8 приведены результаты для образцов NSCLC с валидными
парными результатами по экзону 19 EGFR и замене L858R в тесте cobas® EGFR Test и NGS. При
использовании в качестве референсного теста NGS было показано, что макродиссекция для образцов NSCLC
FFPET с содержанием опухоли менее 10 % позволяет получить результаты с точностью, сопоставимой с
анализом срезов NSCLC FFPET без макродиссекции.
Полученные результаты свидетельствуют в пользу использования макродиссекции для срезов NSCLC FFPET
с содержанием опухолевой ткани менее 10 % перед проведением теста cobas® EGFR.
Таблица 5 Результаты теста cobas® EGFR Test при тестировании образцов NSCLC FFPET с содержанием опухолевой ткани <
10 % (после макродиссекпии) '
Величина согласованности Процент согласованности (N) 95% CI
Процент совпадения положительных результатов (РРА) 97.2% (35/36) 85.8%,99.5%
Процент совпадения отрицательных результатов (NPA) 94.5% (52/55) 85.1%, 98.1%
Общий процент совпадения (ОРА) 95.6% (87/91) 89.2%, 98.3%
Таблица 6 Результаты теста cobas® EGFRTest при тестировании образцов NSCLC FFPET с содержанием опухолевой ткани >
10 % (без макродиссекции)
Величина согласованности Процент согласованности (N) 95% CI
Процент совпадения положительных результатов (РРА) 93.0% (107/115) 86.9%, 96.4%
Процент совпадения отрицательных результатов (NPA) 98.5% (199/202) 95.7%, 99.5%
Общий процент совпадения (ОРА) 96.5% (306/317) 93.9%, 98.1%
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 106 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест CObas®EGFR Mutation Test v2
Перекрестная реактивность с другими мутациями в экзонах 18,19, 20 и 21
Образцы из клинического исследования EURTAC
Тест cobas® EGFR Test дал результат “Mutation Detected” для следующих мутаций EGFR , встречавшихся в
образцах из клинического исследования EURTAC (Таблица 9). Аналитические характеристики теста
cobas® EGFR Test при детекции этих мутаций не определяли.
Таблица 9 Мутации, выявленные в когорте EURTAC, дающие перекрестную реактивность в тесте cobas® EGFR Test
Экзон Мутантная последовательность АА замена ID космиды'^
2236_2252>АТ Е746_Т751>1 26680
2239_2253>САА L747_T751>Q 51527
2234_2251>ААТ К745_Т751Ж Not Found
2236_2244del9 E746_R748>E Not Found
2236_2263>GAAGCAT Е746_А755>Е Not Found
2237_2251>ААС Е746_751Т>Е Not Found
Образцы из клинического исследования AURA2
Тест cobas® EGFR Test дал результат “Mutation Detected” для следующих мутаций EGFR , встречавшихся в
образцах из клинического исследования AURA2 (Таблица 10). Аналитические характеристики теста
cobas® EGFR Test при детекции этих мутаций не определяли.
Таблица ЮМутации, выявленные в когорте AURA2, дающие перекрестную реактивность в тесте cobas® EGFR Test
Экзон Мутантная последовательность АА замена ID космиды'^
21 2572_2573CT>AG L858R 13553
Специфичность - микроорганизмы и гомологи EGFR
.Специфичность теста cobas® EGFR Test оценивали при тестировании легочной микрофлоры и плазмид,
' содержащих гомологи EGFR, т.е. плазмид, содержащих последовательности участков HER2, HER3 и HER4 -
аналогов последовательностей экзонов EGFR 18,19,20 и 21, амплифицируемых с помощью набора cobas®EGFR
Test.
Микрофлора легких
Было установлено, что Streptococcus pneumoniae и Haemophilus influenzae не вызывают перекрестной
реактивности и интерференции в тесте cobas® EGFR Test, если вносятся в количестве 4x10^ колонии
образующих единиц в образцы, содержащие последовательности EGFR дикого типа и мутантные, на этапе
лизиса ткани.
Плазмиды гомологов EGFR
Было продемонстрировано, что аналогичные последовательности белка тирозиновой киназы эпидермального
рецептора (EGFRT1ER1, HER2, HER3 и F1ER4) не обладают перекрестной реактивностью в тесте cobas® EGFR
Test при внесении в образец ДНК перед процедурой амплификации/детекции последовательности, потенциально
дающей перекрестную реактивность, в количестве копий, эквивалентном 50 нг/ПЦР. В постановку также
включали контроль, не содержавший плазмидную ДНК. Полученные результаты показали, что выявленные
07384351001-03RU__________________________________________________________________________________________________________
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 107 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест CObas®EGFR Mutation Test v2
мутации во всех 15 тестированных образцах FFPET соответствовали ожидаемым мутациям, определенным
методом секвенирования, независимо от присутствия или отсутствия добавленной плазмидной ДНК,
содержащей ген HER. Добавочно тестировали мутацию L747S (экзон 19) на наличие перекрестной
реактивности. Полученные результаты показали, что тест cobas® EGFR Test дает перекрестную реакцию с
мутацией L747S в экзоне 19 EGFR.
Интерференция
Эксперименты по внесению потенциально интерферирующих веществ в образцы на этапе лизиса ткани
показали, что триглицериды (37мМ, рекомендованная CLSI высокая концентрация'^) и гемоглобин (2 мг/мл,
рекомендованная CLSI высокая концентрация'’) не вызывают интерференцию в тесте cobas® EGFR Test.
Было установлено, что Альбутерол (Вентолин), Ипратропиум (Атровент), Флутиказон (Флоназ), Цефтазидим
(Фортаз), Имипенем-циластатин (Primaxin), пиперациллин-тазобактам, Циластатин (Циластатин натрия),
Бетадин и Лидокаин не вызывают интерференцию в тесте cobas® EGFR Test при внесении в образцы на этапе
риса ткани.
Некрозные ткани
Было продемонстрировано, что образцы NSCLC FFPET с содержанием некрозной ткани до 60 % при наличии
мутаций в EGFR и с содержанием до 85% в образцах дикого типа не вызывают интерференцию в тесте cobas®
EGFR Test.
Воспроизводимость
Воспроизводимость теста cobas® EGFR Test определяли с помощью следующих щести образцов FFPET: 2
образца дикого типа; 4 мутантных образца, по одному: с делецией в экзоне 19, заменами S768I и G719X,
заменами Т790М и L858R, и вставкой в экзоне 20, соответственно. Данные образцы тестировались в двух
повторах двумя операторами, с двумя сериями реагентов и на двух анализаторах cobas z 480 в течение 4 дней.
Всего каждый образец тестировался в 32 повторах. Частота получения правильного ответа в тесте cobas®
EGFR Test составила 96.9 % (186/192).
Во втором исследовании воспроизводимость теста cobas® EGFR Test оценивали методом тестирования
следующих четырех образцов FFPET: один образец с EGFR дикого типа; три образца FFPET с мутациями в
EGFR, по одному: L861Q, G719X и инсерции в экзоне 20. Данные образцы тестировались в двух повторах
^двумя операторами, с двумя сериями реагентов и на двух анализаторах cobas z 480 в течение нескольких дней.
Тест cobas® EGFR Test дал верный результат в 99.2 % (127/128) при анализе объединенных результатов для
всех повторов образцов, операторов, серий набора и анализаторов.
Воспроизводимость при работе с образиами
Воспроизводимость набора для пробоподготовки cobas® DNA Sample Preparation Kit оценивали с помощью
образцов, полученных из трех блоков FFPET, один из которых содержал делецию в экзоне 19, второй - замену
L858R, и третий - дикий тип. Каждый образец тестировали в двух повторах в каждом сайте (лаборатории)
каждый день. Срезы образцов ранДомно тестировали в течение 6 дней в трех лабораториях, в каждом с
помощью одного оператора на одном анализаторе cobas z 480, с тремя сериями набора cobas® DNA Sample
Preparation Kit и одной серией набора cobas®EGFR Test. Ежедневно каждый оператор выделял и тестировал
ДНК из двух срезов NSCLC FFPET для каждого образца с помощью теста cobas® EGFR Test. Все образцы дали
валидные и корректные результаты на протяжении шести дней тестирования. При анализе объединенных
данных, частота корректного результата в тесте cobas®EGFR Т est составила ofl00%(108/108).
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 108 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Клинические испытания теста
Анализ клинической воспроизводимости 1
Внешние испытания воспроизводимости теста cobas® EGFR Test проводились в трех центрах (по 2 оператора в
каждом), с 3 сериями набора реагентов, в течение 5 непоследовательных дней, с помощью панели из 13
образцов ДНК, выделенных из срезов FFPET NSCLC дикого типа (WT) и мутантных (МТ). Образцы панели
содержали мутацию L858R в экзоне 21 и пять разных делеций в экзоне 19. Из 92 постановок 90 (97.8 %) были
валидными. Всего 2340 тестов было выполнено для 13 образцов панели в 90 валидных постановках; все
результаты тестов в этих постановках были валидными. Результат “No Mutation Detected” бьш получен в 180
валидных тестах образцов WT панели, обеспечив 100 % совпадений. Частота совпадений составила 100 % для
10 из 12 образцов МТ панели. Для образца панели EX19_2240_2257dell8 - 5 % мутаций, частота совпадений
составила 62.8 % (в 67 из 180 тестов был получен результат Mutation Not Detected). Для образца панели
EX19_2240_2257dell8 - 10 % мутаций, частота совпадений составила 99.4 % (в 1 из 180 тестов бьш получен
^кзультат Mutation Not Detected). Данные по средней частоте совпадений представлены в Таблице 11.
^гоэффициент вариации (CV) составил < 6 % для всех мутантных образцов панели. Для каждого отдельного
образца панели величина CV бьша < 3.5 %. Для внешнего контроля средняя величина CV была < 1.3 %.
Величина CV% бьша < 0.5 % при сравнении между сериями набора реагентов и < 1.2 % для каждой серии.
Таблица 11 Средние показатели величины совпадения результатов для каждого образца панели при исследовании
воспроизводимости 1 теста cobas® EGFRTest^
Образец панели Число валидных
тестов Совпадение (N) % совпаденря(95% CI)®
Дикий тип 180 180 100(98.0, 100.0)
EX19_2235_2249dell5-5% мутации 180 180 100 (98.0, 100.0)
EX19_2235_2249dell5 - <10% мутации 180 180 100(98.0, 100.0)
EX19_2236_2250dell5-5% мутации 180 180 100(98.0, 100.0)
EX19_2236_2250dell5 -<10% мутации 180 180 100 (98.0, 100.0)
ЕХ19_2239_2248>С - 5% мутации 180 180 100 (98.0, 100.0)
ЕХ19_2239_2248>С -<10% мутации 180 180 100(98.0, 100.0)
ЕХ19_2240_2254del 15-5% мутации 180 180 100(98.0, 100.0)
ЕХ19_2240_2254del 15 - <10% мутации 180 180 100 (98.0, 100.0)
ЕХ 19_2240_2257del 18 - 5% мутации 180 113 62.8 (55.3, 69.9)*
EX19_2240_2257dell8 -<10% мутации 180 179 99.4 (96.9, 100.0)*
ЕХ21_ 2573T>G=L858R - 5% мутации 180 180 100(98.0, 100.0)
EX21_2573T>G=L858R-<10% мутации 180 180 100(98.0, 100.0)
Примечание: Результаты считались совпадающими, когда мутантный образец панели давал валидный результат (“Mutation Detected”)
или образец цанели дикого типа давал валидный результат «мутация не выявлена».
“95 % CI = 95 % точный биномиальный доверительный интервал.
* Аналитическая чувствительность теста cobas®EGFR Test при детекции данной мутации составляет более 10 % доли мутации при
внесении в реакции стандартного количества ДНК, 50 нг в лунку.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 109 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Анализ клинической воспроизводимости 2
Внешние испытания воспроизводимости теста cobas® EGFR Test проводились в трех центрах (в 2 внешних и
1 внутреннем, по 2 оператора в каждом), с 3 сериями набора реагентов, в течение 5 непоследовательных дней,
с помошью панели из 11 образцов ДНК, выделенных из срезов FFPET NSCLC дикого типа (WT) и мутантных
(МТ). Образцы панели содержали мутацию G719X в экзоне 18, замену Т790М в экзоне 20, замену S768I в
экзоне 20, вставку в экзоне 20, и замену L861Q в экзоне 21. Из 91 постановки 90 (98.9 %) были валидными.
Всего 1980 тестов было выполнено для 11 образцов цанели в 90 валидных постановках; все результаты тестов
в этих постановках были валидными. Результат выявления мутаций отсутствовал во всех 180 валидных тестах
образцов панели WT, обеспечив 100 % совпадений. Частота совпадения, равная 100%, была отмечена для всех
мутантных образцов панели, за исключением инсерции в экзоне 20 панели LOD. Обобщенные результаты
оценки совпадений приведены в Таблице 12. Значение коэффициента вариации (CV) составило < 9.2% для
всех мутантных образцов панели. Для внешнего контроля общая величина CV составила < 1.3%. Величина CV
при сравнении между сериями набора реагентов составила < 0.6% и < 1.1% при сравнении для одного набора
^агентов.
Таблица 12Средние показатели величины совпадения результатов для каждого образца панели при исследовании
воспроизводимости 2 теста cobas® EGFR Test v2
Образец панели Число валидных
тестов Совпадение (N) % совпаден|1я(95% Cl)*
Дикий тип 180 180 100(98.0, 100.0)
Exon 18G719X-LOD 180 180 100(98,0, 100,0)
Exon 20 Т790М - LOD 180 180 100 (98.0, 100.0)
Exon 20 S768I - LOD 180 180 100(98.0, 100.0)
Exon 20 Insertion - LOD 180 166 92.2 (87.3,95.7)
Exon 21 L861Q-LOD 180 180 100(98.0, 100.0)
Exon 18G719X-2XLOD 180 180 100(98.0, 100.0)
Exon 20 T790M - 2X LOD 180 180 100(98.0, 100.0)
Exon 20 S768I - 2X LOD 180 180 100(98.0, 100.0)
Exon 20 Insertion - 2X LOD 180 180 100(98.0, 100.0)
Exon 21 L861Q-2X LOD 180 180 100(98.0, 100.0)
Примечание: Результаты считались совпадающими, когда мутантный образец панели давал валидный результат при выявлении
мутации или образец дикого типа давал валидный результат NMD.
^95 % CI = 95 % точный биномиальный доверительный интервал.
* 95% CI = 95% exact binomial confidence interval.
Cl = доверительный интервал; LOD = предел детекции; NMD = мутации не выявлены
Корреляция с референсным методом при тестировании образцов из фазы III
исследования EURTAC
Клинические испытания теста cobas® EGFR Test проводили путем сравнения полученных результатов с
результатами двух референсных методов — секвенирования в д^х направлениях по Сенгеру и количественного
секвенирования ноюго поколения (NGS) с использованием 487 фиксированных в формалине парафиновых образцов
опухолевой ткани легких от пациентов с поздней стадией NSCLC, проходивших скрининг в ходе фазы 111
исследования EURTAC (эрлотиниб vs. химиотерапии цисплатином).®’ Клинические и демографические
характеристики пациентов, доступных для ретроспективного тестирования, бьши сопоставимы с таковыми у
(557), образцы которых не были доступны для ретроспективного тестирования.
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 110 ---
РАЗДЕЛ А; Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Всего 1276 пациентов проходили скрининг перед включением в иеследование EURTAC с использованием
лабораторных тестов (тест клинического исследования, СТА). После исключения пациентов, неподлежащих
участию и не имеющих результатов СТА, 1044 пациента потенциально подлежали включению в исследование.
Среди этих 1044 пациентов 225 имели мутации по данным тестирования СТА, 792 относились к дикому типу по
данным тестирования СТА, и 27 имели неопределенные результаты тестирования СТА. Из 1044 пациентов,
образцы от487 пациентов бьши доступны для повторного тестирования в cobas® EGFR Test.
Bee 487 образца тестировали вслепую в тесте cobas® EGFR Test и методом секвенирования по Сенгеру. Из
этих образцов 406 дали валидные результаты в тесте cobas® EGFR Test и при секвенировании по Сенгеру, 38
невалидных результатов было получено в теете cobas® EGFR Test и при секвенировании по Сенгеру, 38
невалидных результатов - только при секвенировании, и 5 невалидных результатов — только в тесте cobas®
EGFR Тest. Из 487 образцов, доступных для повторного тестирования набором cobas® EGFR Тest, 444 образца
дали валидный результат в тесте cobas® EGFR Test и также были тестированы методом NGS. Из них
невалидный результат в NGS был получен для 36 образцов; таким образом, 408 дали валидный результат в
^есте cobas® EGFR Test и в NGS. Аналитичеекую точность теста cobas® EGFR Test в сравнении с каждым
^Шференсным методом оценивали, рассчитывая процент совпадения положительных результатов (РРА),
процент совпадения отрицательных результатов (NPA) и общий процент совпадения результатов (ОРА), а
также соответствующие 95 % доверительные интервалы (95 % С1) для делеций в экзоне 19 и мутации L858R
совместно и отдельно.
В когорте EURTAC тест cobas® EGFR Тest выявил следующие делении в экзоне 19 и экзоне 21 гена EGFR
(Таблица13).
Для выявленных в когорте EURTAC мутаций , аналитическая чувствительность бьша определена для мутаций,
приведенных в Таблице 13.
Таблица 13 Мутации, выявленные в когорте EURTAC с помощью теста cobas® EGFR Test
Экзон Мутантная последовательность AA замена ID КОСМИДЫ
2235_2249dell5 E746_A750delELREA 6223
2236_2250dell5 E746_A750delELREA 6225
2239_2256dell8 L747_S752delLREATS 6255
2240_2254dell5 L747_T751delLREAT 12369
2240_2257dell8 L747_P753>S 12370
2239_2248>C L747_A750>P 12382
2239_2251>C L747_T751>P 12383
2237_2255>T E746_S752>V 12384
19
2237_2253>TTGCT E746_T751>VA 12416
2237_2257>TCT E746_P753>VS 18427
2238_2252dell5 L747_T751delLREAT 23571
2236_2252>AT E746_T751>I 26680
2239_2253>CAA L747_T751>Q 51527
2234 2251>AAT K745_T751>K Not Found
2236 2244del9 E746_R748>E Not Found
2236 2263>GAAGCAT E746_A755>E Not Found
2237_2251>AAC E746_751T>E Not Found
2239 2257>GT L747_P753>V Not Found
21 2573 T>G L858R 6224
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 111 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Всего 406 образца с валидными результатами теста cobas® EGFR Test и секвенирования по Сейгеру были
включены в анализ совпадений. Величина РРА между тестом cobas® EGFR Test и секвенированием по
Сенгеру составила 96.6 % (95 % CI: 91.5 % - 98.7 %), величина NPA составила 88.3 % (95 % CI: 84.1 % -
91.5 %) при тестировании делеций в экзоне 19 и замены L858R, как показано в Таблице 14. Величина ОРА
составила 90.6 %, с нижним пределом 95 % CI выше 87 %.Величины РРА, NPA и ОРА при детекции делеций в
экзоне 19 составили > 92%. Значения РРА, NPA и ОРА при детекции замены L858R составили > 95%.
Таблица 14 Сравнение теста cobas^ EGFR Test с секвенированием по Сенгеру при выявлении делеций в экзопе 19 и замены
L858R EGFR
Мутация Параметр согласованности Процент совпадения (N) 95% CI
Процент положительного совпадения (РРА) 97.3% (71/73) 90.5%, 99.2%
Делеция в экзоне19 Процент отрицательного совпадения (NPA) 92.5% (308/333) 89.2%, 94.9%
Общий процент совпадения (ОРА) 93.3% (379/406) 90.5%, 95.4%
Процент положительного совпадения (РРА) 95.3% (41/43) 84.5%, 98.7%
L858R Процент отрицательного совпадения (NPA) 97.5% (354/363) 95.4%, 98.7%
Общий процент совпадения (ОРА) 97.3% (395/406) 95.2%, 98.5%
Процент положительного совпадения (РРА) 96.6% (112/116) 91.5%, 98.7%
Всего Процент отрицательного совпадения (NPA) 88.3% (256/290) 84.1%, 91.5%
Общий процент совпадения (ОРА) 90.6% (368/406) 87.4%, 93.1%
Всего 408 образца с валидными результатами теста cobas® EGFR и NGS были включены в анализ совпадений.
Величины РРА и NPA между тестом cobas®EGFR Test и NGS при выявлении делеций и замены L858R в экзоне
19 составили 94.0 % (95 % CI: 89.1 % - 96.8 %) и 97.7 % (95 % CI: 95.0 % - 98.9 %), соответственно, как указано
в Таблице 15. Величина ОРА составила 96.3 %, с нижним пределом 95 % CI, равным 94.0 %. Значения РРА,
NPA и ОРА при детекции делеций в экзоне 19 оставили >95%, при величинах нижнего предела 95% CI > 90%.
Значения РРА, NPA и ОРА при детекции замены L858R также составили >95%, при величинах нижнего
предела 95% CI >95%, за исключением РРА (90%), как следствие небольшого числа случаев выявления
мутации L858R.
Таблица 15 Сравнение теста cobas” EGFR Test с NGS при выявлении делеций в экзоне 19 и замены L858R EGFR
Мутация Параметр согласованности Процент совпадения (N) 95% CI
Делеция в экзоне19
Процент положительного совпадения (РРА) 95.9% (94/98) 90.0%, 98.4%
Процент отрицательного совпадения (NPA) 99.7% (309/310) 98.2%, 99.9%
Общий процент совпадения (ОРА) 98.8% (403/408) 97.2%, 99.5%
L858R
Процент положительного совпадения (РРА) 90.6% (48/53) 79.7%, 95.9%
Процент отрицательного совпадения (NPA) 98.6% (350/355) 96.7%, 99.4%
Общий процент совпадения (ОРА) 97.5% (398/408) 95.5%, 98.7%
Всего
Процент положительного совпадения (РРА) 94.0% (142/151) 89.1%, 96.8%
Процент отрицательного совпадения (NPA) 97.7% (251/257) 95.0%, 98.9%
Общий процент совпадения (ОРА) 96.3% (393/408) 94.0%, 97.8%
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 112 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Корреляция с референсным методом при тестировании образцов из фазы II
исследования AURA2
Клинические испытания теста cobas® EGFR Test проводили путем сравнения полученных результатов с
результатами валидированной платформы секвенированияноюгопоколения (NGS) с использованием 383
фиксированных в формалине парафиновых блоков опухолевой ткани легких от пациентов с поздней стадией
NSCLC, проходивших скрининг в ходе фазы III исследования AURA2 препарата TAGRISSO™.
Всего 472 пациента прошли тестирование в исследовании AURA2 с помошью теста cobas® EGFR Test. После
исключения не соответствуюших критериям включения пациентов, 383 пациента могли быть включены в
данное исследование.
Все 383 образца тестировали вслепую двумя методами — cobas® EGFR Test и валидированным методом NGS.
Из них 368 дали валидные результаты в обоих тестах cobas® EGFR Test и NGS. Всего 2 невалидных результата
^^ 1ли получены в обоих тестах cobas® EGFR Test и NGS, 2 невалидных результата только в тесте NGS, и 11
^^валидных результатов только в тесте cobas® EGFR Test. Аналитическую точность теста cobas® EGFR Test в
сравнении с референсным методом (NGS) при детекции замены Т790М определяли методом расчета процента
положительного совпадения (РРА), процента отрицательного совпадения (NPA), и общего процента
совпадения (ОРА), а также соответствующих значений 95% CI для мутации Т790М.
В исследовании AURA2 тест cobas® EGFR Test позволил выявить мутации в гене EGFR, приведенные в
Таблице 16. Для выявленных в когорте AURA 2 мутаций , аналитическая чувствительность была определена
для мутаций, приведенных в Таблице 6.
®
Таблица 16 Мутации, выявленные в тесте cobas EGFR Test в когорте AURA 2
Экзон Мутантная последовательность AA замена ID КОСМИДЫ
18
2156G>C G719A 6239
2155G>A G719S 6252
2155G>T G7I9C 6253
19
2239_2247delTTAAGAGAA L747_E749delLRE 6218
2235_2249dell5 E746_A750delELREA 6223
2236_2250dell5 E746_A750delELREA 6225
2239_2256deI18 L747_S752delLREATS 6255
2240_2254dell5 L747_T751delLREAT 12369
2240_2257dell8 L747_P753>S 12370
2239_2248>C L747_A750>P 12382
2239_2251>C L747_T751>P 12383
2237_2255>T E746_S752>V 12384
2237_2251dell5 E746_T751>A 12678
2235_2248>AATTC E746_A750>IP 13550
2235_2252>AAT E746_T751>I 13551
2253_2276del24 S752_I759delSPKANKEI 13556
2237_2257>TCT E746_P753>VS 18427
20
23690T T790M 6240
2303G>T S768I 6241
21
2573T>G L858R 6224
2573_2574TG>G'T L858R 12429
25821>A L861Q 6213
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 113 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Всего 368 образцов, давших валидные результаты в тестах cobas® EGFR Test и NGS, были включены в анализ
согласованности. Величина РРА между тестом cobas® EGFR Test и NGS составила 88.3% (95% Cl: 83.8% -
91.7%), величина NPA составила 97.3% (95% Cl: 92.4% - 99.1%), величина ОРА составила 91.0% (95% CI:
87.7% - 93.5%) при детекции замены Т790М (Таблица 17). Тридцать образцов были позитивными в тесте NGS,
но отрицательны в тесте cobas® EGFR Test: в 11/30 образцов доля мутации Т790М, определенная методом
NGS, бьита ниже LoD (< 2% мутации) теста cobas® EGFR Test. В 19/30 образцах задержка при достижении 1C
пороговой величины Ct указывает на низкое качество образца ДНК.
Таблица ПСравнение теста cobas® EGFR Test с NGS при выявлении мутации EGFR Т790М
Параметр согласованности Процент совпадения (N) 95% CI
Процент положительного совпадения (РРА) 88.3% (226/256) 83.8%, 91.7%
Процент отрицательного совпадения (NPA) 97.3% (109/112) 92.4%, 99.1%
Общий процент совпадения (ОРА) 91.0% (335/368) 87.7%, 93.5%
щ анные клинических исходов
EURTAC
Исследование EURTAC представляет собой мультицентровое, открытое рандомизированное исследование
фазы III препарата TARCEVA® (эрлотиниб) в сравнении со стандартной химиотерапией в качестве препарата
первой линии для не получавших ранее химиотерапию пациентов с NSCLC, имеющих делении в экзоне 19
или замены в экзоне 21 (L858R), выявленные при клиническом тестировании (СТА). Исследование было
выполнено при финансовой поддержке Испанской группы по изучению рака легких (SLCG). Всего в
исследование было включено 174 пациента. Результаты исследования показали, что пациенты, получавшие
TARCEVA®, имели статистически значимые более высокие показатели выживаемости без прогрессирования
(PFS) (среднее PFS 10.4 месяцев против 5.1 месяцев) по сравнению с пациентами, получавшими
химиотерапию, соотношение рисков составило 0.34 (р < 0.0001, 95 % CI [0.21; 0.54]). Частота ответа на
терапию в группе TARCEVA® была выше по сравнению с частотой ответа в группе пациентов, получавших
химиотерапию (65.1 % против 16.1 %). Отсутствовали значимые различия по величине средней выживаемости
(OS) между двумя группами пациентов, так как 76 % пациентов со стандартной химиотерапии перешли на
терапию TARCEVA®.
Из 174 пациентов, включенных в исследование EURTAC, образцы 134 пациентов (77 % исследуемой когорты,
^включая 69 пациентов в группе получавших эрлотиниб и 65 пациентов в группе получавших химиотерапию)
были доступны для повторного тестирования и были проанализированы ретроспективно в тесте cobas® EGFR
Test. Из этих 134 образцов, тестированных в cobas® EGFR Test, 116 образцов (от 59 пациентов, получавших
эрлотиниб и 57 пациентов, получавших химиотерапию) дали результат “Mutation Detected” в тесте cobas®
EGFR Test. Анализ данных для этих 116 пациентов продемонстрировал, что получавшие TARCEVA®
пациенты имели значительное увеличение времени PFS (среднее PFS 10.4 vs. 5.4 месяцев) и меньшую
вероятность прогрессирования заболевания и смерти (HR= 0.34, 95 % CI [0.21;0.54], р < 0.0001) по сравнению
с получавшими химиотерапию пациентами (Рисунок 3). Частота ответа на терапию в группе получавших
TARCEVA® пациентов была выше по сравнению с группой получавших химиотерапию (59.3 % против
14.0 %). Отсутствовали значимые различия по величине средней выживаемости (OS) между двумя группами
пациентов. Выявленное клиническое преимущество в группе пациентов, тестированных с помощью cobas®
EGFR Test было сопоставимо с наблюдавшимся в общей исследованной когорте (Таблица 18).
Дополнительный анализ эффективности был проведен для пациентов, позитивных в тесте cobas® EGFR Test,
но давших отрицательный или невалидный результат при тестировании СТА. При наихудшем сценарии
(соотношение рисков равно 1 для пациентов, позитивных в тесте cobas® EGFR Test и негативных в СТА),
величина соотношения рисков составила 0.42 (95 % CI [0.26; 0.57]).
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 114 ---
РАЗДЕЛ А; Работа с образцами ткани Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Рисунок 3 Г рафик выживаемости Каплан-Мейера для PFS в зависимости от терапии для пациентов с мутациями,
выявленными в тесте cobas^ EGFRTest
Таблица 18
когорте EURTAC
Параметр
cobas® EGFR Test
n
- позитивная группа
= 116
EURTAC
и = 173*
Химиотерапия
n = 57
Эрлотиниб
и = 59
Химиотерапия
п = 87
Эрлотиниб
и = 86
PFS
Медиана (месяцы) 5.4 10.4 5.1 10.4
Соотношение рисков 0.34 0.34
95% CI соотношения рисков [0.21; 0.54] [0.23; 0.49]
Р-значение (логранговый критерий) <0.0001 <0.0001
I* один пациент отозвал согласие после завершения исследования EURTAC, в результате количество участников составило п = 173
AURA2
AURA2 представляет собой мультицентровое открытое исследование фазы II, по оценке безопасности и
эффективности препарата TAGRISSO™ в качестве терапии второй или третьей линии для пациентов с
поздними стадиями NSCLC, у которых произошло прогрессирование после предшествующей терапии
одобренным препаратом EGFR TKI. Все пациенты для включения в исследование должны были иметь
мутацию Т790М по результатам теста cobas® EGFR Test. Первичной оценкой эффективности являлась частота
объективного ответа (ORR) в соответствии с RECIST 1.1 по результатам слепой оценки независимой
центральной группы (BICR) по стандартному ряду критериев. Величину ORR (%) определяли как число
пациентов, имевших как минимум при 1 визите полный ответ (CR) или частичный ответ (PR),
подтвержденный как минимум через 4 недели (то есть лучший объективный ответ [BOR] при CR илиРВ).
Из 472 пациентов, обследованных для включения в исследование AURA2, 383 пациентов могли пройти
тестирование в cobas® EGFR Test. Из них 233 Т790М+ пациентов бьши включены в исследование AURA2, и
210 пациентов были включены и получали препарат TAGRISSO™ (полный анализ, FAS).
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 115 ---
РАЗДЕЛ А: Работа с образцами ткани Тест CObas EGFR Mutation Test v2
Ниже в Таблице 19 представлены значения ORR по данным BICR и обследования в ходе AURA2. Из 210
пациентов, получавших хотя бы одну дозу TAGRISSO™ (FAS), 128 дали подтвержденный ответ на терапию
по данным BICR при величине ORR, равной 61.0% (95% CI: 54.0% - 67.6%), и 135 пациентов дали ответ по
данным обследования в ходе AURA2 при величине ORR равной 64.3% (95% CI: 57.4% - 70.8%).
Все 383 пациента, соответствующие критериям включения в исследование AURA2, были повторно тестированы
тестом cobas® EGFR Mutation Test v2. Из 233 T790M положительных пациентов, включенных в исследование
AURA 2,225 были Т790М+ в тесте cobas® EGFR Mutation Test v2 и 204 были включены в FAS.
Из 204 пациентов, получавших TAGRISSO™ (FAS), 127 имели подтвержденный BICR ответ при величине
ORR 62.3% (95% CI: 55.2% - 68.9%), и 133 пациента имели ответ по данным обследования в ходе AURA2 с
величиной ORR, равной 65.2% (95% CI: 58.2% - 71.7%).
Таблица 19Клинические преимущества Т790М+ пациентов, тестировавшихся в тесте cobas® EGFR Test в исследовании AURA2
AURA2 cobas® EGFR Test (IVD) T790M
позитивные
w
Тип анализа Assessed by N
Число
подтвержде
иных
случаев
ответа
ORR (95% CI) N
Число
подтвержде
иных
случаев
ответа
ORR (95% CI)
Полный анализ (FAS)
Вслепую,
независимая
центральная
группа 210
128 61.0%
(54,0%, 67.6%)
204
127 62.3%
(55.2%, 68.9%)
Исследователи 135 64.3%
(57.4%,70,8%) 133 65.2%
(58,2%, 71.7%)
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 116 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Раздел В: Работа с образцами плазмы
Пробоподготовка
Для выделения свободной циркулирующей ДНК (сцДНК) образцы цлазмы обрабатывают набором cobas®
сЮКА Sample Preparation Kit, ручным методом пробоподготовки, основанным на связывании нуклеиновых
кислот со стеклянным волокном. Два миллилитра (мл) плазмы обрабатывают протеазой и хаотропным
лизирующим/связывающим буфером, которые обеспечивают разрушение ДНКаз для защиты освободившейся
сцДНК. Далее в лизируюшую смесь вносится изопропанол, и смесь центрифугируется через колонку с
фильтром из стеклянного волокна. Во время центрифугирования сц ДНК связывается с поверхностью
стеклянного волокна фильтра. Не связавшиеся вещества, такие как соли, белки и прочие компоненты
удаляются при центрифугировании. Связавшиеся нуклеиновые кислоты промываются и затем растворяются в
щодном растворе. ДНК мишени затем подвергается амплификации и детекции в анализаторе cobas z 480 с
^Вмощью реагентов набора cobas® EGFR Test.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 117 ---
Раздел В : Работа с образцами плазмы Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Материалы и реагенты
Предоставляемые материалы и реагенты
Набор/Кассеты Компоненты и состав реагента Количество в
наборе
РК
(протеиназа К) (P/N: 05860695102)
Протеиназа К, лиофилизованная
2 X 100 мг
DNA РВВ
(связывающий парафин'’ буфер) (P/N:
05517621001)
Трис-НС1 буфер
49.6% гидрохлорид гуанидина
0.05% мочевина
17.3% Тритон Х-100
8 X 10 мл
WBI
(промывочный буфер I)
(P/N: 05517656001)
Трис-НС1 буфер
64% гидрохлорид гуанидина
1 X 25 мл
WB II
(промывочный буфер II) (P/N:
05517664001)
Трис-НС1 буфер
Хлорид натрия
1 X 12.5 мл
DNA ЕВ
(Буфер для элюции ДНК)
(P/N: 05517630001)
Трис-НС1 буфер
0.09% азид натрия
1 X 6 мл
НРЕА FT
High Pure Extension Assembly Unit)
(фильтрующие пробирки с
крышками)
(P/N:07323204102)
5x5 шт.
СТ
(пробирки для сбора)
(P/N:05880513001)
3 X 25 шт.
Маркировка безопасности и предупреждения'
Набор для
пробоподготовки
cobas* cfDNA Sample
Preparation Kit
24 теста
(P/N:07247737190)
Опасно
H302 + H332: Ядовито при проглатывании или
вдыхании.
Н315; Вызывает раздражение кожи.
Н317: Может вызывать аллергическую реакцию
на коже.
Н318: Вызьгаает серьезное поражение глаз.
Н334: Может вызывать аллергические или
астматические симптомы или затруднение
дыхания при вдыхании.
Н335: Может вызывать раздражение
дыхательных путей.
Р261: Не допускайте вдыхание
пыли/дыма/газа/пара/спрея.
Р280: Работать в перчатках/защите для глаз/лица
Р284 Работать в респираторе.
Р305+Р351+Р338+Р310: при попадании в глаза:
Тщательно промыть водой в течение нескольких
минут. При наличии контактных линз выньте их.
Продолжите промывать. Обратитесь в
токсикологический центр или к врачу
Р342 + РЗ11: При респираторных симптомах:
Обратитесь в токсикологический центр или к
врачу.
Р362 + Р364: Снимите контаминированную
одежду, постирайте перед повторным
использованием.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 118 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Набор/Кассеты Компоненты и состав реагента Количество в
наборе Маркировка безопасности и предупреждения
Набор cobas EGFR
Mutation Test v2
24 теста
(P/N:07248563190)
EGFR MMX-1
(EGFR мастермикс 1)
(P/N06471366001)
Трис буфер Хлорид калия
Глицерин ЭДТА Твин 20
3.13% диметил сульфоксид
0.09% азид натрия
<0.10%дНТФ
<0.01 % ДНК-полимераза Z05-AS1
(бактериальная)
<0.01% фермент AmpErase (урацил-
N-гликозилаза) (бактериальная)
<0.01% аптамер
<0.01% прямые и обратные
праймеры EGFR
<0.01% Меченные флуоресцетными
красителями зонды EGFR
2 X 0.48 мл Не применимо
EGFR ММХ-2
(EGFR мастермикс 2)
(P/N06471382001)
Трис буфер Хлорид калия
Глицерин ЭДТА Твин 20
3.13% диметил сульфоксид
0.09% азид натрия
<0.10%дНТФ
<0.01 % ДНК-полимераза Z05-AS1
(бактериальная)
<0.01% фермент AmpErase (урацил-
N-гликозилаза) (бактериальная)
<0.01% аптамер
<0.01% прямые и обратные
праймеры EGFR
<0.01% Меченные флуоресцетными
красителями зонды EGFR
2 X 0.48 мл Не применимо
EGFR ММХ-3 v2
(EGFR мастермикс 3)
(P/N07248610001)
Трис буфер Хлорид калия
Глицерин ЭДТА Твин 20
3.13% диметил сульфоксид
0.09% азид натрия
<0.10%дНТФ .
<0.01 % ДНК-полимераза Z05-AS1
(бактериальная)
<0.01% фермент AmpErase (урацил-
N-гликозилаза) (бактериальная)
<0.01% аптамер
<0.01% прямые и обратные
праймеры EGFR
<0.01% Меченные флуоресцетными
красителями зонды EGFR
2 X 0.48 мл Не применимо
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 119 ---
Раздел В; Работа с образцами плазмы Тест CObas®EGFR Mutation Test v2
Набор/Кассеты Компоненты и состав реагента Количество в
наборе Маркировка безопасности и предупреждения'
MGAC
(ацетат магния)
(P/N05854326001)
Ацетат магния
0.09% азид натоия
6 X 0.2 мл Не применимо
Набор cobas®EGFR
Mutation Test v2
24 теста
(P/N: 07248563190)
»
EGFR МС
(Мутантный контроль EGFR)
(P/N 06471455001)
Трис-буфер
ЭДТА
Поли-гА РНК (синтетическая) 0.05%
азид натрия
<0.1% Плазмидная ДНК, содержащая
последовательности экзонов 18, 19,
20 и 21 EGFR (микробная)
< 0.1% ДНК EGFR дикого типа
(клеточная линия)
6 X 0.1 мл Не применимо
DNA SD
(Растворитель для образцов ДНК)
(P/N05854474001)
Трис-НС1 буфер 0.09% Азид натрия
2 X 3.5 мл Не применимо
“Маркировка безопасности продукта соответствует рекомендациям EU GHS
Связывающий парафин буфер используется для образцов плазмы.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 120 ---
Раздел В: Рабата с образцами плазмы Тест CObas EGFR Mutation Test v2
Хранение реагентов и правила работы с ними
Реагент Температура
хранения Продолжительность хранения
Набор cobas® cfDNA Sample
Preparation Kit 15°C-30°C
После открытия стабилен до 8 постановок в течение 30 дней или до
истечения указанного срока годности, в зависимости от того, что
наступит раньше.
Набор cobas® EGFR Mutation Test v2* 2°C - 8“C
После открытия стабилен до 4 постановок в течение 90 дней или до
истечения указанного срока годности, в зависимости от того, что
наступит раньше.
Примечание: За исключением реагента РК не замораживайте реагенты.
* EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2, EGFR ММХ-3 v2 и рабочий ММХ (приготовленный внесением MGAC в EGFR ММХ-1 или EGFR
ММХ-2 или EGFR ММХ-3 v2) необходимо защищать от длительного воздействия света. Рабочий ММХ необходимо хранить при 2°С
•
°С в темноте. Подготовленные образцы и контроли необходимо внести в течение 1 часа после приготовления рабочего ММХ.
тлификацию необходимо начать не позднее 1 часа после внесения подготовленных образцов и контролей в рабочий ММХ.
Необходимые дополнительные материалы
Материалы P/N
Абсолютный этанол (для молекулярной биологии) Sigma Е7023 или Fisher Scientific ВР2818-500 или
эквивалент
Изопропанол (ACS, > 99.5%) Sigma 190764 или Fisher Scientific А451-1 или эквивалент
Стерильная свободная от нуклеаз вода (для молекулярной биологии) Любой поставщик
Хлорка Любой поставщик
70% Этанол Любой поставщик
Стерильные одноразовые серологические пипетки 5- и 25- мл Любой поставщик
cobas® 4800 System микроплашка (AD-плашка) и заклеивающая
пленка Roche 05232724001
cobas* 4800 System агшликатор для заклеивающей пленки
(поставляется при инсталляции системы cobas® 4800)
Roche 04900383001
Дозаторы с переменным объемом* (на 5-1000 мкл) Любой поставщик
Свободные от нуклеаз наконечники с аэрозольным барьером Любой поставщик
Дозатор Pipet-Aid™* Drummond 4-000-100 или эквивалент
Настольная центрифуга* (4000 х г при работе с пробирками 50 мл в
бакет-роторе) Eppendorf 5810 или эквивалент
Настольная микроцентрифуга* (до 20000 х г) Eppendorf 5430 или 5430R или эквивалент
Стерильные пластиковые пробирки с коническим дном объемом 15 мл Любой поставщик
Микроцентрифужные пробирки с защелкивающейся крышкой
(объемом 1.5 мл, стерильные, свободные от нуклеаз, для ПЦР) Любой поставщик
Штативы для микроцентрифужных пробирок и пробирок с
коничкским дном Любой поставщик
Вортекс* Любой поставщик
Одноразовые перчатки, без талька Любой поставщик
* Эксплуатация всего оборудования должна осуществляться в соответствии с инструкциями производителя.
За дополнительной информацией о приобретаемых отдельно материалах обратитесь в Ваше региональное представительство Roche.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 127 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Амплификация и детекция
Примечание: Чтобы не допустить контаминации рабочего мастер-микса образцами ДНК, амплификацию и
детекцию необходимо проводить в зоне, отделенной от зоны выделения ДНК. Рабочую зону для
амплификации и детекции необходимо тщательно очищать перед началом приготовления рабочего мастер-
микса. Все поверхности, включая штативы и дозаторы, необходимо тщательно протереть 0.5 % раствором
гипохлорита натрия, затем протереть 70 % этанолом. Коммерческие чистящие средства обычно содержат
гипохлорит натрия в концентрации 5.25 %. Разведение 1:10 чистящего средства позволяет получить 0.5 %
раствор гипохлорита натрия.
Подготовка прибора
Подробные инструкции по подготовке анализатора cobas z 480 приведены в Руководстве пользователя
анализатора cobas z 480.
здание назначения теста
Сдробные инструкции по постановке теста EGFR приведены в Руководстве пользователя анализатора cobas z
480 системы cobas® 4800 и руководства пользователя программы cobas® EGFR Mutation Test v2.
Создайте схему плашки, указав позиции для всех образцов и контролей в постановке. Мутационный контроль
размещают в плашке в позициях АО 1 - АОЗ. Отрицательный контроль размещают в плашке в позициях В01 -
ВОЗ. Разведенные клинические образцы вносят каждый в три столбца, начиная с позиций С01 — СОЗ
заканчивая позициями НЮ — Н 12, как показано на Рисунке 5.
Рисунок 5 Схема плашки для теста cobas* EGFR Тest
Строка/
столбец
01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12
А мс
ММХ 1
мс
ММХ 2
МС
М М ХЗ
v2
S7
MMX 1
S7
MMX 2
S7
ММХЗ
v2
S15
MMX 1
S15
MMX 2
S15
М М ХЗ
v2
S23
MMX 1
S23
MMX 2
S23
ММХЗ
v2
В
NEG
MMX1
NEO
М М Х2
NEG
М М ХЗ
v2
S8
MMX 1
S8
MMX 2
S8
ММХЗ
v2
S16
MMX 1
S16
MMX 2
S16
М М ХЗ
v2
S24
MMX 1
S24
MMX 2
S24
ММХЗ
v2
С
SI
ММХ 1
S1
ММХ 2
SI
М М ХЗ
v2
S9
MMX 1
S9
MMX 2
S9
М М ХЗ
v2
SI7
MMX 1
S!7
MMX 2
S17
М М ХЗ
v2
S25
MMX 1
S25
MMX 2
S25
ММХЗ
v2
D
S2
ММХ1
S2
ММХ 2
S2
М М ХЗ
v2
SIO
MMX f
SIO
MMX 2
SIO
ММХЗ
v2
S18
MMX 1
S18
MMX 2
S18
М М ХЗ
v2
S26
MMX I
S26
MMX 2
S26
ММХЗ
v2
Е
S3
ММХ 1
S3
М М Х2
S3
М М ХЗ
v2
S ll
MMX 1
S ll
MMX 2
Sll
ММХЗ
v2
S19
M M Xl
S19
MMX 2
S19
М М ХЗ
v2
S27
MMX I
S27
MMX 2
S27
ММХЗ
v2
F
S4
М М Х1
S4
М М Х2
S4
М М ХЗ
v2
S12
MMX 1
S12
MMX 2
S12
М М ХЗ
v2
S20
MMX 1
S20"
MMX 2
S20
М М ХЗ
v2
S28
MMX 1
S28
MMX 2
S28
ММХЗ
v2
G
S5
ММХ 1
S5
М М Х2
S5
М М ХЗ
v2
SI3
MMX 1
S13
MMX 2
S13
ММХЗ
v2
S21
MMX 1
S21
MMX 2
S21
М М ХЗ
v2
S29
MMX I
S29
MMX 2
S29
ММХЗ
v2
Н
S6
ММХ I
S6
ММХ 2
S6
М М ХЗ
v2
S14
MMX 1
SI4
MMX 2
S14
ММХЗ
v2
S22
MMX 1
S22
MMX 2
S22
ММХЗ
v2
S30
MMX 1
S30
MMX 2
S30
ММХЗ
v2
На схеме: МС= мутационный контроль, NEG = отрицательный контроль S U = ID образца, ММХ # соответствует мастер-миксу I, 2 или 3 v2.
Примечание: Каждый образец необходимо вносить в три последовательных столбца в один ряд, чтобы
получить валидные результаты.
Примечание: Рабочий мастер-микс 1 необходимо вносить в столбцы 01, 04, 07 и Ю на плашке. Рабочий
мастер-микс 2 необходимо вносить в столбцы 02, 05, 08 u ll на плашке. Рабочий мастер-микс 3 v2 необходимо
вносить в столбцы 03, 06, 09 и 12 на плашке.
Примечание: На одну ппашку .можно загрузить до 30 образцов. Если для постановки на плашке требуются
реагенты более чем из одного набора, эти наборы должны быть все из одной серии.
Ю7384351001-03Ви_____________________2!____________1____________________________________________________________________
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 128 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Подготовка реакции
Приготовление рабочих мастер-миксов (ММХ-1, ММХ-2 и ММХ-3 v2)
Примечание: EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2, EGFR ММХ-3 v2 и рабочие мастер-миксы М М Х чувствительны
к воздействию света, необходимо защищать их от продолжительного воздействия света.
Примечание: Вследствие вязкости миксов EGFR и рабочих ММХ, раскапывайте медленно, чтобы весь
объем смеси выходил из наконечника.
Примечание: EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2 и EGFR ММХ-3 у2могут иметь светлый синий/пурпурный
оттенок. Это не сказывается на рабочих характеристиках реагента.
ТМ
В отдельных микроцентрифужных пробирках Safe-Lock объемом 1.5 мкл приготовьте три смеси рабочих
ММХ, один с EGFR ММХ-1, второй с EGFR ММХ-2, и третий с EGFR ММХ-3 v2.
Рассчитайте объемы EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2 и EGFR ММХ-3 v2 для приготовления рабочих
ММХ по следующей формуле:
Необходимый объем EGFR ММХ-1 или EGFR ММХ-2 или EGFR ММХ-3 v2 = (число образцов + 2 контроля
+1) X 20 мкл
2. Рассчитайте необходимый объем MGAC для каждого ММХ по следующей формуле:
Необходимый объем MGAC = (число образцов + 2 контроля +1) х 5 мкл
С помощью Таблицы 20 определите объем каждого реагента, необходимый для получения рабочего ММХ
исходя из числа образцов в постановке.
Таблица 20 Объемы реагентов, необходимые для приготовления рабочих мастер-миксов ММХ-1, ММХ-2 и ММХ-3 v2
# образцов*
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
ММХ 20 мкл 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260
MGAC 5 мкл 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65
Конечный объем
каждого рабочего
мастер-микса ММХ
1 (мкл)
100 125 150 175 200 225 250 275 300 325
* Объемы для # образцов рассчитаны исходя из суммы N образцов + 2 контроля + 1
3. Возьмите необходимое число пробирок EGFR ММХ-1, EGFR ММХ-2, EGFR ММХ-3 v2 и MGAC из
хранения при 2°С - 8°С. Перемешайте на вортексе каждый реагент 5 секунд и осадите содержимое
пробирок. Промаркируйте стерильные микроцентрифужные пробирки объемом 1.5 мл для рабочего
ММХ-1, рабочего ММХ-2 и рабочего ММХ-3v2.
4. Внесите рассчитанные объемы EGFRMMX-lHnHEGFRMMX-2HnnEGFRMMX-3v2B соответствующие
пробирки для рабочих ММХ.
5. Внесите рассчитанный объем MGAC в пробирки с рабочими ММХ.
6. Перемешайте пробирки на вортексе 3- 5 секунд.
Примечание: Образцы и контроли необходимо внести в микроплашку (AD-плашку) не позднее чем через 1 час
после подготовки рабочих мастер-миксов (ММХ).
Примечание: Используйте только микроплашки cobas® 4800 System (AD-плашки) и заклеивающую пленку.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 129 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Подготовка плашки
Примечание: При использовании хранившихся стоковых растворов ДНК, следуйте инструкциям,
приведенным в разделе Транспортировка, хранение и стабильность образцов.
1. Внесите по 25 мкл рабочего ММХ в каждую задействованную в постановке реакционную лунку
микроплашки (AD-плашки). Не касайтесь наконечником плашки за пределами лунки.
• Внесите рабочий ММХ-1 (содержащий EGFR ММХ-1) в лунки микроплашки (AD-плашки) в
столбцы 01, 04, 07 и 10.
• Внесите рабочий ММХ-2 (содержащий EGFR ММХ-2) в лунки микроплашки (AD-плашки) в
столбцы 02, 05, 08, и 11.
• Внесите рабочий ММХ-3 v2 (содержащий EGFR ММХ-3 v2) в лунки микроплашки (AD-
плашки) в столбцы 03, 06, 09 и 12.
•
Внесите 25 мкл EGFR МС в лунки А01, А02 и АОЗ микроплашки (AD-плашки); перемешайте
пипетированием не менее двух раз.
3. Используя новый наконечник, внесите 25 мкл NEG в лунки В01, В02 иВОЗ микроплашки (AD-плашки);
перемешайте пипетированием не менее двух раз.
Примечание: Каждая постановка должна включать в себя EGFR М С в лунках АО 1, А02 и АОЗ, и NEG СТ в
лунках В01, В02 и ВОЗ, в противном случае анализатор cobas z 480 признает постановку невалидной.
Примечание: При необходимости меняйте перчатки для предотвращения перекрестной контаминации
образцов.
4. Используя новый наконечник, внесите 25 мкл ДНК первого образца в лунки С01, С02 и СОЗ микроплашки
(AD-плашки), меняйте наконечник для внесения каждого образца ДНК; перемешайте пипетированием не
менее двух раз. Повторите процедуру для внесения каждого образца ДНК в соответствии со схемой на
Рисунке 5 внесите все оставшиеся образцы ДНК в лунки микроплашки (AD-плашки). Убедитесь, что вся
реакционная смесь находится на дне лунки.
Примечание: Перед началом работы с хранившимися стоковыми образцами ДПК перемешайте их на
вортексе и осадите содержимое пробирок в центрифуге.
5. Заклейте микроплашку (AD-плашку) заклеивающей пленкой (поставляется вместе с плашками).
Используйте аппликатор для пленки для гарантии полного приклеивания пленки к микроплашке.
^6. Перед запуском ПЦР убедитесь, что в каждой лунке реакционная смесь находится на дне.
Примечание: Амплификацию и детекцию необходимо начать не позднее чем через 1 час после внесения
первого образца ДПК в рабочий ММХ.
Запуск ПЦР
Подробные инструкции по проведению теста EGFR приведены в Инструкции пользователя cobas® EGFR.
Когда откроется выпадающее окно “Select test”, выберите “EGFR Plasma Р2” и нажмите кнопку “ОК”.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 132 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест CObas EGFR Mutation Test v2
15. Описанная выше процедура должна выполняться для детекции мутаций в EGFR, перечисленных в
Таблице 3, в образцах плазмы К2 EDTA, с концентрацией мутантной ДНК > 100 копий/мл.
16. Образцы с результатом “No Mutation Detected” («Мутации не выявлены») могут содержать мутации в
EGFR, не выявленные тестом.
17. В случае результата “No Mutation Detected” («Мутации не выявлены») при тестировании образца плазмы
может быть рекомендовано тестирование образца ткани.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 133 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Неклинические испытания теста
Аналитические характеристики теста
Представленные ниже данные предназначены для демонстрации аналитических характеристик теста cobas®
EGFR Test.
Аналитическая чувствительность - пустые образцы
Для оценки работы теста cobas® EGFR Test в отсутствие шаблона и для проверки отсутствия аналитического
сигнала, указывающего на присутствие мутаций в низкой концентрации, тестировали образцы плазмы с К2
ЭДТА от здоровых доноров, содержащие последовательность EGFR дикого типа. Результаты анализа,
выполненного в соответствии с рекомендациями CLSIEP17-A2 детекция пустых образцов составила ноль
всех мутаций.
Предел чувствительности для ДНК клеточной линии
Образцы фрагментированной ДНК из клеточных линий, содержащие мутации каждого из семи классов,
выявляемых тестом, вносили в плазму К2 ЭДТА здоровых доноров, имеющих EGFR дикого типа. Готовили
серии разведений и тестировали каждый образец панели в 24 повторах с использованием трех серий набора
реагентов cobas® EGFR Test.
Предел чувствительности теста определяли для каадого из семи классов мутаций, выявляемых тестом, как
минимальную концентрацию ДНК, дающую результат EGFR “Mutation Detected” («Мутация выявлена») с
частотой не менее 95 %. Полученные результаты приведены в Таблице 22.
Таблица 22 Предел чувствительности теста cabas'^ EGFR Test для образцов плазмы К2 EDTA
Экзон
EGFR
Тип
MyTannnEGF
R
Нуклеотидная последовательность
EGFR Предел детекции (копии/мл) in 10 ID КОСМИДЫ
18 G719X 2156 G>C 100 6239
19 Деления в
экзоне19 2235_2249dell5 75 6223
20
Т790М 2369 ОТ 100 6240
S7681 2303 G>T 25 6241
инсерция в
экзоне 20 2307_2308insGCCAGCGTG 25 12376
21
L858RP 2573 T>G 100 6224
L861Q 2582T>A 30 6213
‘Клеточная ДНК, механически фрагментированная на фрагменты размером примерно 220 п.о., с содержанием фоновой ДНК дикого
типа в концентрации примерно 100 000 копий/мл.
Полученные результаты продемонстрировали, что тест cobas® EGFR Test позволяет выявлять мутации в
экзонах 18,19,20 и 21 EGFR в концентрации > 100 копий мутантной ДНК в мл плазмы при стандартном
объеме вносимой в реакционную лунку ДНК, равном 25 мкл.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 134 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas® EGFR Mutation Test v2
Перекрестная реактивность с другими мутациями в экзонах 18,19, 20 и 21
Образцы из клинических исследований AURA Продолжение и AURA2
Тест cobas® EGFR Test дал результат “Mutation Detected” для следующих мутаций EGFR , встречавшихся в
образцах из клинических исследований AURA Продолжение и AURA2 (Таблица 23). Исследование AURA
продолжение проводилось в дополнение к образцам из когорты AURA2 для повышения вероятности
выявления редких мутаций в плазме. .Аналитические характеристики теста cobas® EGFR Test при детекции
этих мутаций не определяли.
Таблица 23 Мутации, выявленные в когорте AURA Продолжение и AURA2, дающие перекрестную реактивность в тесте
cobas® EGFR Т esf
Экзон Мутантная последовательность AA замена ¥FV 15 ID КОСМНДЫ
1 2254_2277del24 S752_I759delSPKANKEI 6256
19
2236_2256>АТС E746_S752>I 133190
2239_2247delTTAAGAGAA L747_E749delLRE 6218
2239_2256>CAG L747_S752>Q не установлен
2239_2264>GCCAA L747_A755>AN 85891
2240_2264>CGAGAGA L747_A755>SRD не установлен
Специфичность - микроорганизмы
Специфичность теста cobas® EGFR Test оценивали при тестировании Staphylococcus epidermidis в
концентрации 1x10^ колониеобразующих единиц, в котором установили отсутствие перекрестной
реактивности или интерференции с cobas® EGFR Test, когда внесили в образцы плазмы с К2 ЭДТА здоровых
доноров, содержащие последовательности EGFR дикого типа и мутантные.
Интерференция
^Было продемонстрировано отсутствие интерференции с тестом cobas® EGFR Test для триглицеридов (37мМ,
эекомендованная CLSI высокая концентрация'^), билирубина прямого и непрямого (0.2 г/л, рекомендованная
CLSI высокая концентрация'^) и гемоглобина (1,5 г/л, рекомендованная CLSI высокая концентрация'^) при
внесении в образцы плазмы с К2 ЭДТА от здоровых доноров, содержащие последовательности EGFR дикого
типа и мутантные. Гемоглобин в концентрации 2,0 г/л в плазме вызывал интерференцию в тесте cobas® EGFR
Test. Альбумин в концентрации >60 г/л (60 g/L, г/л, рекомендованная CLSI высокая концентрация'^) может
вызывать интерференцию в тесте cobas® EGFR Test.
Полученные результаты продемонстрировали отсутствие интерференции ЭДТА, Неупогена и TARCEVA® с
характеристиками теста cobas® EGFR Test при внесении потенциально интерферирующих веществ в образцы
плазмы К2 ЭДТА от здоровых доноров, содержащие последовательности EGFR дикого типа и мутантные.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 135 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas EGFR Mutation Test v2
Клинические испытания теста
Анализ клинической воспроизводимости
Исследования по оценке воспроизводимости теста cobas® EGFR Test проводили в трех центрах (2 внешних и 1
внутренний, по 2 оператора в каждом), с 3 сериями набора реагентов, в течение 3 непоследовательных дней, с
использованием панели из 9 образцов, содержащих смесь ДНК из клеточных линий, разведенных в плазме
NSCLC. Мутации, включаюпще одну замену G719X в экзоне 18 , одну делению в экзоне 19, две замены Т790М в
экзоне 20, одну инсерцию в экзоне 20, одну замену L858R в экзоне 21 и одну замену L861Q в экзоне 21, бьши
представлены в четырех смешанных образцах, как указано в Таблице 24. Каждую смесь готовили в двух
концентрациях: примерно 100 копий/мл и 300 копий/мл. Полученные смешанные образцы составляли 8
образцов панели, девятым был образец дикого типа.
Таблица 24Комбинации смесей мутаций в образцах панели
^ВКомбинацня клеточной
^ ДНК 1
Комбинация клеточной
ДНК 2
Комбинация клеточной
ДНКЗ
Комбинация клеточной
ДНК 4
Exon 19 Del L858R S7681 L861Q
Т790М Т790М G719A Ехоп20 ins
Всего было проведено 37 постановок, из них валидными были 36 постановок, и 1 — невалидная. Всего 648
образцов панели (или 1224 мутации) были протестированы, из них 646 образцов (или 1220 мутаций) дали
валидный результат. Результат “Mutation Detected” отсутствовал в 72 валидных постановках образца дикого
типа, что дало 100% совпадений. Величина совпадений варьировала для разных мутаций: для восьми величина
совпадения составила 100%, для пяти > 97%, одна мутация (G719X) продемонстрировала более низкий
уровень совпадения, около 90%. обобщенные результаты оценки совпадений для каждой мутации приведены
ниже в Таблице 25. Коэффициент вариации (CV) составил < 12.8% для всех образцов панели, содержащих
мутации. Для внутреннего и мутантного контролей величина CV составила < 1.5%. При сравнении между
сериями набора реагентов CV составил < 0.89%, для одного набора < 1.47%.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 143 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест cobas EGFR Mutation Test
AURA2
Первичной оценкой эффективности являлась частота объективного ответа (ORR) в соответствии с RECIST 1.1 по
результатам слепой оценки независимой центральной группы (BICR) по стандартному ряду критериев. Величину
ORR определяли как число (%) пациентов, имевших как минимум один визит и полный ответ (CR) или частичный
ответ (PR), подтвержденный как минимум через 4 недели (то есть лучший объективный ответ [BOR] при CR или
PR).
В когорте оценочного анализа по ткани (ERAS) (Т790М+ пациенты по результатам теста cobas® EGFR Test в
ткани, получавшие как минимум одну дозу TAGRISSO™ и имевшие определяемое заболевание по данным
BICR), 111 пациентов бьши Т790М+ в плазме по результатам теста cobas® EGFR Test (т.е. Т790М+ в ткани и
плазме). Величина ORR в этой подгруппе составила 64.9% (72/111,95% CI: 52.1%, 70.4%), что сопоставимо с
наблюдаемой величиной ORR в группе ERAS (64.1%).
В когорте полного анализа по ткани (FAS) (Т790М+ пациенты по результатам теста cobas® EGFR в ткани,
•
гучавшие как минимум одну дозу TAGRISSO™), 117 пациентов бьши Т790М+ в плазме по результатам
та cobas® EGFR Test. Величина ORR для пациентов с Т790М+ в образцах и ткани, и плазмы составила
61.5% (72/117, 95% CI: 55.2%, 73.7%), что также сходится с величиной ORR в популяции FAS по ткани (61%).
Результаты анализа представлены в Таблице 33. Поскольку включение в исследование AURA2 основывалось
на положительном результате в образце ткани, данные исходов для пациентов (Т790М плазма+, Т790М ткань-)
не доступны для данного исследования.
Таблица 33: Частота объективного ответа в зависимости от результата в образцах плазмы у пациентов (Т790М+ в ткани) в
исследовании AIIRA2
Популяция (Т790М+
в образце ткани)
Результат теста of cobas*
EGFR Mutation Test в
образце плазмы
N
Число ответивших
пациентов (ORR)*
п(%)
ORR (95% CI)
Полный анализ по
ткани (ткань FAS)
Т790М+(плазма FAS) 117 72 (61.5%) (55,2%, 73.7%)
Т790М- 89 53 (59.6%) (51.3%, 73.0%)
Всего (ткань FAS) 210 128 (61.0%) (57.0%, 70.8%)
Оценочный анализ по
ткани (ткань ERAS)
Т790М+(плазма ERAS) 111 72 (64.9%) (52.1%, 70.4%)
Т790М- 83 52 (62.7%) (48.6%, 69,8%)
Всего (ткань ERAS) 198 127 (64.1%) (54,0%, 67,6%)
'Под ответом подразумевается только подтвержденный ответ.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 144 ---
Утилизация
Во избежание возможного загрязнения окружающей среды реагенты с истекшим сроком
годности, а также отходы использованных реагентов, должны утилизироваться в соответствии с
местными государственными и / или больничными нормативными требованиями.
Правильное уничтожение и утилизация будет поддерживать сохранение природных ресурсов и
содействовать защите здоровья человека и окружающей среды.
Изделие должно быть утилизировано в РФ согласно требованиям СанПин 2.1.7.2790-10 (Класс
А).
Утилизация отходов упаковки.
Упаковка продукции «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош Диагностике ГмбХ") разработана с
целью сведения к минимуму загрязнения окружающей среды при сохранении целостности
продукта во время транспортировки и хранения. Упаковочные отходы должны утилизироваться
в местных пунктах сбора упаковки, в специализированные контейнеры, расположенные в
муниципалитетах.
Утилизация изделия с истекщим сроком годности и отходов, использованных реагентов.
При утилизации и уничтожении изделий с истекшим сроком годности, а также отходов,
использованных реагентов, необходимо действовать в соответствии с гигиеническими
ррмативами и следовать официальным инструкциям по утилизации и уничтожению
ютенциально инфекционного и химического материала, принятым на территории Российской
Федерации и в данном ЛПУ.
Ключевыми вопросами в стратегии управления отходами является оптимизация тактик и
подходов к конечным продуктам, а также минимизация возможного загрязнения окружающей
среды.
Более подробную информацию можно получить у производителя / уполномоченного
представителя производителя.
Не утилизировать совместно с бытовыми отходами.
Техническое обслуживание и ремонт
Данное изделие является одноразовым. Техническое обслуживание и ремонт - не применимо.
Гарантийные обязательства
Производитель (компания «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош Диагностике ГмбХ")) гарантирует,
что Тест-полоски Combur 10 Test М соответствуют спецификациям, заявленным на этикетке.
Производитель несет ответственность за работу изделий только в случае их правильного
использования в соответствии с инструкцией, а также соблюдения правил хранения и
транспортировки. Производитель гарантирует безопасность медицинского изделия, отсутствие
недопустимого риска причинения вреда жизни, здоровью человека и окружающей среде при
использовании набора реагентов по назначению в условиях, предусмотренных производителем.
Производитель гарантирует стабильность реагентов до окончания срока годности при
соблюдении условий транспортирования, хранения и применения, указанных в инструкции.
Производитель гарантирует безопасность медицинского изделия, отсутствие недопустимого
риска причинения вреда жизни, здоровью человека и окружающей среде при использовании
набора реагентов по назначению в условиях, предусмотренных производителем.
Изделия должны использоваться только до истечения срока годности, который указан на
упаковке.
НАСТОЯЩАЯ ОГРАНИЧЕННАЯ ГАРАНТИЯ ЗАМЕНЯЕТ СОБОЙ ИНЫЕ ГАРАНТИИ,
ОДНОЗНАЧНО ВЫРАЖЕННЫЕ ИЛИ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫЕ, ВКЛЮЧАЯ ЛЮБУЮ
ПОДРАЗУМЕВАЕМУЮ ГАРАНТИЮ ПРИГОДНОСТИ ДЛЯ КОММЕРЧЕСКОГО
ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИЛИ ДЛЯ ЛЮБОЙ ИНОЙ ЦЕЛИ. КОМПАНИЯ ROCHE DIAGNOSTICS
GmbH НЕ НЕСЕТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА СЛУЧАЙНЫЕ, НЕПРЯМЫЕ, СПЕЦИАЛЬНЫЕ
ИЛИ КОСВЕННЫЕ УБЫТКИ.
По вопросам, связанным с качеством изделий, а также с их работой, нужно обращаться к
Уполномоченному представителю производителя на территории РФ:
Общество с ограниченной ответственностью «Рош Диагностика Рус» (ООО «Рош Диагностика
Рус»), 107031, Москва, Трубная площадь, д.2, тел.: (495) 229-69-99, факс: (495) 229-62-64
--- стр. 145 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест CObas®EGFR Mutation Test
Дополнительная информация
Символы
Приведенные ниже символы применяются для маркировки диагностической ПЦР продукции Roche.
Таблица34 Символы, применяемые для маркировки диагностической ПЦР продукции Roche
И
1шЯ1
Вспомогательное программное
обеспечение
IVD
Авторизованный представитель в 1 1 | q |
[ec|rep| Европейском сообществе I I
Средство медицинского назначения для
диагностики In-Vitro
Нижний предел выбранного диапазона
iriM imirii Список штрих-кодов
BMtCODE
Производитель
11_07 I Номер серии Хранить в темноте
4 ^
Биологическая опасность
REF Номер по каталогу
W Рассчитано на <п> тестов
Температурный диапазон
□В Обратитесь к инструкции
Щ
Файл с описанием теста
Cont.
Состав набора ULR Верхний предел выбранного диапазона
Распространитель Использовать до
Только для испытаний IVD
Шш| Международный код маркировки и учёта
логистических единиц
С€
Данный продукт соответствует требованиям Европейской Директивы 98/79 ЕС для средств
медицинского назначения для диагностики in vitro.
Служба технической поддержки в США 1-800-526-1247
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 146 ---
Раздел В: Работа с образцами плазмы Тест CObas®EGFR Mutation Test
Производитель и распространители
Таблица 35 Производитель и распространители
Произведено в США
Roche Diagnostics GmbH Sandhofer StraBe 116
68305 Mannheim, Gennany
Manufactured in the United States
Roche Diagnostics GmbH
Sandhofer Strasse 116
68305 Mannheim, Germany
Roche Diagnostics
9115 Hague Road
Indianapolis, IN 46250-0457 USA
(For Technical Assistance call the Roche Response Center
toll-free: 1-800-526-1247)
Торговые марки и патенты
См. http://www.roche-diagnostics.us/patents
Авторское право
©2016 Roche Molecular Systems, Inc.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 148 ---
Раздел В : Работа с образцами плазмы Тест cobas EGFR Mutation Test
Редакция документа
Информация О редакции документа
Doc Rev. 1.0 08/2015 Первая публикация.
Doc Rev. 2.0 06/2016
Небольшие стилистические правки в Разделе А: Работа с образцами FFPET Добавлен
Раздел В: Работа с образцами плазмы
При возникновении вопросов обратитесь в Ваше региональное представительство Roche.
Doc Rev. 3.0 10/2016 Добавлены данные исследования AURA2 в раздел В: Работа с образцами плазмы
При возникновении вопросов обратитесь в Ваше региональное представительство Roche.
07384351001-03RU
Doc. Rev. 3.0
--- стр. 149 ---
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
Приложение 1 (Раздел специально предназначен для инструкции по применению на русском языке.)
Условия и сроки хранения
1. Набор реагентов для определения мутаций BRAF V600, 24
теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test, 24 tests
Хранить при температуре 2 - 8°С.
Срок годности набора реагентов для определения мутаций
BRAF V600, 24 теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test,
24 tests) максимально 24 месяца с даты изготовления.
2. Набор реагентов для определения мутаций KRAS, 24 теста
(cobas KRAS Mutation Test, 24 tests)
Хранить при температуре -15 - -25°С.
Срок годности набора реагентов для определения мутаций
KRAS, 24 теста (cobas KRAS Mutation Test, 24 tests)
максимально 24 месяца с даты изготовления.
3. Набор реагентов для определения мутаций EGFR v2, 24
теста (cobas EGFR Mutation Test v2, 24 tests)
Хранить при температуре 2 - 8°C.
Срок годности набора реагентов для определения мутаций
EGFR v2, 24 теста (cobas EGFR Mutation Test v2, 24 tests)
максимально 24 месяца с даты изготовления.
Набор реагентов для выделения ДНК, на 24 образца,
^В)ианты исполнения:
Набор реагентов для выделения ДНК cobas DNA Sample
Preparation Kit (cobas DNA Sample Preparation Kit, 24)
Хранить при температуре 15 - 30°C.
Срок годности набора реагентов для выделения ДР1К cobas
DNA Sample Preparation Kit (cobas DNA Sample Preparation
Kit, 24) максимально 25 месяцев с даты изготовления.
4.2 Набор реагентов для выделения ДНК cobas cfDNA
Sample Preparation Kit (cobas cfDNA Sample Preparation Kit,
24)
Хранить при температуре 15 - 30°C.
Срок годности набора реагентов для выделения ДНК cobas
сГОХА Sample Preparation Kit (cobas cfDNA Sample
Preparation Kit, 24) максимально 25 месяцев с даты
изготовления.
Комплект поставки
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
1. Набор реагентов для определения мутаций BRAF V600, 24
теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test, 24 tests
2. Набор реагентов для определения мутаций KRAS, 24 теста
(cobas KICAS Mutation Test, 24 tests)
3. Набор реагентов для определения мутаций EGFR v2, 24
^ теста (cobas EGFR Mutation Test v2, 24 tests)
^ 4. Набор реагентов для выделения ДЕГК, на 24 образца,
варианты исполнения:
4.1 Набор реагентов для выделения ДЖ cobas DNA Sample
Preparation Kit (cobas DNA Sample Preparation Kit, 24)
4.2 Набор реагентов для выделения ДНК cobas cfDNA
Sample Preparation Kit (cobas cfDNA Sample Preparation Kit,
24)
Упаковка
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
1. Набор реагентов для определения мутаций BRAF V600, 24
теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test, 24 tests
Набор реагентов готов к применению, поставляется в наборе
и не должен разделяться. Один набор рассчитан на 24 теста.
Упаковка изделия обеспечивает достаточную защиту от
механических, климатических воздействий при условии
соблюдения правил транспортировки. Изделие упаковано
герметично.
2. Набор реагентов для определения мутаций KRAS, 24 теста
(cobas KRAS Mutation Test, 24 tests)
Набор реагентов готов к применению, поставляется в наборе
и не должен разделяться. Один набор рассчитан на 24 теста.
Упаковка изделия обеспечивает достаточную защиту от
механических, климатических воздействий при условии
соблюдения правил транспортировки. Изделие упаковано
герметично.
3. Набор реагентов для определения мутаций EGFR v2, 24
теста (cobas EGFR Mutation Test v2, 24 tests)
Набор реагентов готов к применению, поставляется в наборе
и не должен разделяться. Один набор рассчитан на 24 теста.
Упаковка изделия обеспечивает достаточную защиту от
механических, климатических воздействий при условии
соблюдения правил транспортировки. Изделие упаковано
герметично.
4. Набор реагентов для выделения ДНК, на 24 образца,
варианты исполнения:
4.1 Набор реагентов для выделения ДНК eobas DNA Sample
Preparation Kit (eobas DNA Sample Preparation Kit, 24)
Набор реагентов готов к применению, поставляется в наборе
и не должен разделяться. Один набор рассчитан на 24 теста.
Упаковка изделия обеспечивает достаточную защиту от
механических, климатических воздействий при условии
соблюдения правил транспортировки. Изделие упаковано
герметично.
4.2 Набор реагентов для выделения ДНК cobas cfDNA
Sample Preparation Kit (cobas cfDNA Sample Preparation Kit,
24)
Набор реагентов готов к применению, поставляется в наборе
и не должен разделяться. Один набор рассчитан на 24 теста.
Упаковка изделия обеспечивает достаточную защиту от
механических, климатических воздействий при условии
соблюдения правил транспортировки. Изделие упаковано
герметично.
Маркировка картонной упаковки
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
1. Набор реагентов для определения мутаций BRAF V600, 24
теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test, 24 tests
1. Название
2. Каталожный номер REF
3. Название и адрес производителя
4. Страна происхождения
5. Состав
6. Обозначение: Содержит достаточно для п- тестов
7. Обозначение: только для использования in-vitro 1VD
8. СЕ-маркировка
9. Температура хранения
10. Логотип производителя
2. Набор реагентов для определения мутаций KRAS, 24 теста
(cobas KRAS Mutation Test, 24 tests)
1. Название
2. Каталожный номер REF
3. Название и адрес производителя
4. Страна происхождения
5. Состав
6. Обозначение: Содержит достаточно для п- тестов
7. Обозначение: только для использования in-vitro IVD
8. СЕ-маркировка
9. Температура хранения
1/6
2016-06, V 1.0 Русский
--- стр. 150 ---
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
Приложение 1 (Раздел специально предназначен для инструкции по применению на русском языке.)
10. Логотип производителя
11. Предупреждения и меры безопасности: H3I7, Р261,
Р280, РЗЗЗ+Р313, Р362+Р364
3. Набор реагентов для определения мутаций EGFR v2, 24
теста (cobas EGFR Mutation Test v2, 24 tests)
1. Название
2. Каталожный номер REF
3. Название и адрес производителя
4. Страна происхождения
5. Состав
6. Обозначение: Содержит достаточно для п- тестов
7. Обозначение: только для использования in-vitro IVD
8. СЕ-маркировка
9. Температура хранения
10. Логотип производителя
4. Набор реагентов для выделения ДНК, на 24 образца,
варианты исполнения:
f
Набор реагентов для выделения ДНК cobas DNA Sample
paration Kit (cobas DNA Sample Preparation Kit, 24)
Название
2. Каталожный номер REF
3. Название и адрес производителя
4. Страна происхождения
5. Состав
6. Обозначение: Содержит достаточно для п- тестов
7. Обозначение: только для использования in-vitro IVD
8. СЕ-маркировка
9. Температура хранения
10. Логотип производителя
11. Предупреждения и меры безопасности: Н302+Н332.
Н315, Н317, Н318, Н334, Н335, Р261, Р280, Р284,
Р305+Р351+Р338+Р310, Р342+Р311, Р362+Р364
4.2 Набор реагентов для выделения ДНК cobas cfDNA
Sample Preparation Kit (cobas cfDNA Sample Preparation Kit,
24)
1. Название
2. Каталожный номер REF
3. Название и адрес производителя
4. Страна происхождения
5. Состав
А 6. Обозначение: Содержит достаточно для п- тестов
^ 7. Обозначение: только для использования in-vitro IVD
8. СЕ-маркировка
9. Температура хранения
10. Логотип производителя
И. Предупреждения и меры безопасности: Н302 + Н332,
Н315, Н317, Н318, Н334, Н335, Р261, Р264, Р270, Р271, Р272,
Р280, Р285, Р301 + P3I2, Р302 -ь Р352, Р304 + Р340, Р305 +
Р351 + Р338, РЗЮ, РЗЗО, РЗЗЗ + Р313, Р362, Р403 + Р233,
Р405, Р501
Маркировка флакона
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
7. Состав
8. Обозначение: только для использования in-vitro
IVD
9. Температура хранения и транспортировки
10. Срок годности
11. Номер лота
12. Производственный код
2. Набор реагентов для определения мутаций KRAS, 24 теста
(cobas KRAS Mutation Test, 24 tests)
1. Название
2. Каталожный номер REF
3. Название и адрес производителя
4. Страна происхождения
5. Состав
6. Обозначение: только для использования in-vitro
IVD
7. Температура хранения и транспортировки
8. Срок годности
9. Номер лота
10. Производственный код
3. Набор реагентов для определения мутаций EGFR v2, 24
теста (cobas EGFR Mutation Test v2, 24 tests)
1. Название
2. Каталожный номер REF
3. Название и адрес производителя
4. Страна происхождения
5. Состав
6. Обозначение: только для использования in-vitro
IVD
7. Температура хранения и транспортировки
8. Срок годности
9. Номер лота
10. Производственный код
4. Набор реагентов для выделения ДНК, на 24 образца,
варианты исполнения:
4.1 Набор реагентов для выделения ДНК cobas DNA Sample
Preparation Kit (cobas DNA Sample Preparation Kit, 24)
1. Название
2. Каталожный номер REF
3. Название и адрес производителя
4. Страна происхождения
5. Состав
6. Обозначение: только для использования in-vitro
IVD
7. Температура хранения и транспортировки
8. Срок годности
9. Номер лота
10. Производственный код
4.2 Набор реагентов для выделения ДНК cobas cfDNA
Sample Preparation Kit (cobas сГОНА Sample Preparation Kit,
24)
1. Набор реагентов для определения мутаций BRAF V600, 24 1. Название
теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test, 24 tests 2. Каталожный номер REF
1. Название 3. Название и адрес производителя
2. Логотип производителя 4. Страна происхождения
3. Наименование аналитических систем 5. Состав
4. Каталожный номер REF 6. Обозначение: только для использования
5. Название и адрес производителя IVD
6. Страна происхождения 7. Температура хранения и транспортировки
2/6
2016-06, V 1.0 Русский
--- стр. 151 ---
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
Приложение 1 (Раздел специально предназначен для инструкции по применению на русском языке.)
8. Срок годности
9. Номер лота
10. Производственный код
Макет маркировки на русском языке
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
1. Набор реагентов для определения мутаций BRAF V600, 24
теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test, 24 tests
Набор реагентов для определения мутаций BRAF
V600, 24 теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test,
24 tests)
Регистрационное удостоверение №
Срок годности см. на упаковке (изделие стабильно максимально
24 мес. с момента производства, дату изготовления см. в
сертификате анализа)
Температура хранения см. на упаковке
JloMep лота см. на упаковке
кнтитела к ВИЧ 1, 2 и вирусу гепатита С и HBsAg
Зтсутствуют
Производитель; «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош
Диагностике ГмбХ"), Sandhofer Strasse 116, 6830S Mannheim,
Germany, Г ермания
Изделие предназначено только для диагностики in-vitro
Уполномоченный представитель производителя на
территории РФ: Общество с ограниченной ответственностью
«Рош Диагностика Рус» (ООО «Рош Диагностика Рус»), 107031,
Москва, Трубная площадь, д.2 Тел: +7 495 229-69-99, факс: +7
495 229-62-64. E-mail: moscow.reception_dia@roche.com
Кат. номер 05985595190
2. Набор реагентов для определения мутаций KRAS, 24 теета
(cobas KRAS Mutation Test, 24 tests)
Набор реагентов для определения мутаций KRAS, 24 теста
(cobas KRAS Mutadon Test, 24 tests)
Регистраннонное удостоверение №
Срок годности см на упаковке (изделие стабильно максимально
24 мес с момента производства, дату изготовления см. в
сертификате анализа)
Температура хранения см. на упаковке
Номер лота см. на упаковке
Антитела к ВИЧ 1, 2 и вирусу гепатита С и HBsAg
отсутствунгг
Производитель: «Roche Diagnosdes GmbH» ("Рош
Диагностике ГмбХ"), Sandhofer Strasse 116, 68305 Mannheim,
Germany, Г ермания
Изделие предназначено только для диагностики in-vitro
Уполномоченный представитель производителя на
территории РФ; Общество с ограниченной ответственностью
«Рош Диагностика Рус» (ООО «Рош Диагностика Рус»), 107031,
Москва, Трубная площадь, д.2 Тел: +7 495 229-69-99, факс: +7
495 229-62-М. E-mail: moscow.reception_dia@roche.com
Кат. номер 05852170190
3. Набор реагентов для определения мутаций EGFR v2, 24
теста (cobas EGFR Mutation Test v2, 24 tests)
Набор реагентов для определения мутаций EGFR v2, 24 теста
(cobas EGFR Mntation Test v2,24 tests)
Регистраннонное удостоверение JVi
Срок годности CM. на упаковке (изделие стабильно максимально
24 мес. с момента производства, дату изготовления см. в
сертификате анализа)
Температура хранения см. на упаковке
Номер лота см. на упаковке
Антитела к ВИЧ 1, 2 и вирусу гепатита С и HBsAg
отсутствуют
Производитель: «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош Диагностике
ГмбХ"), Sandhofer Strasse 116, 68305 Mannheim, Germany,
Германия
Изделие предназначено только для диагностики in-vitro
Уполномоченный представитель производителя на
территории РФ: Общество с ограниченной ответственностью
«Рош Диагностика Рус» (ООО «Рош Диагностика Рус»), 107031,
Москва, Трубная площадь, д.2 Тел: +7 495 229-69-99, факс: +7 495
229-62-64. E-mail: moscow.reception_dia@roche.com
Кат. номер 07248563190
4. Набор реагентов для выделения ДНК, на 24 образца,
варианты исполнения:
4.1 Набор реагентов для выделения ДНК cobas DNA Sample
Preparation Kit (cobas DNA Sample Preparation Kit, 24)
Набор реагентов для выделения ДНК cobas DNA Sample
Preparation Kit (cobas DNA Sample Preparation Kit, 24)
Регистрационное удостоверение JV:
Срок годности CM. на упаковке (изделие стабильно максимально
25 мес. с момента производства, дату изготовления см. в
сертификате анализа)
Температура хранения см. на упаковке
Номер лота см. на упаковке
Антитела к ВИЧ 1, 2 и вирусу гепатита С и HBsAg
отсутствуют
Производитель: «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош Диагностике
ГмбХ"), Sandhofer Strasse 116, 68305 Mannheim, Germany,
Германия
Изделие предназначено только для диагностики in-vitro
Уполномоченный представитель производителя на
территории РФ: Общество с ограниченной ответственностью
«Рощ Диагностика Рус» (ООО «Рош Диагностика Рус»), 107031,
Москва, Трубная площадь, д.2 Тел: +7 495 229-69-99, факс: +7 495
229-62-64. E-mail: moscow.reception_dia@roche.com
Кат. номер 05985536190
4.2 Набор реагентов для выделения ДНК cobas cfDNA
Sample Preparation Kit (cobas cffiNA Sample Preparation Kit,
24)
2016-06, V 1 .0 Русский
3/6
--- стр. 152 ---
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
Приложение 1 (Раздел специально предназначен для инструкции по применению на русском языке.)
Набор реагентов для выделения ДНК cobas cfDNA Sample
Preparation Kit (cobas cЮNЛ Sample Preparation Kit, 24)
Регистрационное удостоверение № _
Срок годности CM. на упаковке (изделие стабильно максимально
25 мес. с момента производства, дату изготовления см. в
сертификате анализа)
Температура хранения см. на упаковке
Номер лота см. на упаковке
Антитела к ВИЧ 1, 2 и вирусу гепатита С и HBsAg
отсутствуют
Производитель: «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош
Диагностике ГмбХ"), Sandhofer Strasse 116, 68305
Mannheim, Germany, Германия
Изделие предназначено только для диагностики in-vitro
Уполномоченный представитель производителя на
территории РФ: Общество с ограниченной ответственностью
«Рош Диагностика Рус» (ООО «Рош Диагностика Рус»),
I0703I, Москва, Трубная площадь, д.2 Тел: +7 495 229-69-99,
факс; -^7 495 229-62-64. E-mail:
moscow.reception_dia@roche.com
<ат. номер 07247737190
Требования к маркировке групповой упаковки
(транспортной тары), установленные изготовителем
Товар с транспортной (групповой) маркировкой упаковки
используется только для перемещения изделия с
производственной площадки до собственного склада
производителя на территории страны изготовителя. Т.о.
товар с транспортной маркировкой не поставляется на
территорию РФ. На транспортной маркировке указаны
сведения, имеющиеся на регулярной маркировке, в том
числе дата производства продукта фиксирована.
Условия транспортировки
Перед отправкой с завода продукт проходит контрольные
проверки. Международные символы на упаковке и
специальные инструкции по обращению указывают
транспортировщику, как следует обращаться с этим
продуктом. При получении продукта внимательно
осмотрите упаковку. При наличии любых следов
неправильного обращения или повреждения немедленно
обратитесь в отдел обслуживания клиентов компании
I «Roche Diagnostics GmbH» ("Рощ Диагностике ГмбХ") или
' к региональному поставщику.
Транспортировка осуществляется всеми видами транспорта в
крытых транспортных средствах в соответствии с правилами
перевозки грузов, действующими на каждом виде
транспорта. Температура при транспортировке составляет:
Для набора реагентов для определения мутаций BRAF V600,
24 теста (cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test, 24 tests -i-2 ...
-ь8°С
Для набора реагентов для определения мутаций KRAS, 24
теста (cobas KRAS Mutation Test, 24 tests) -I5...-25°C
Набор реагентов для определения мутаций EGFR v2, 24
теста (cobas EGFR Mutation Test v2, 24 tests) +2 ... -i-8°C
Набор реагентов для выделения ДНК cobas DNA Sample
Preparation Kit (cobas DNA Sample Preparation Kit, 24) -1-15 ...
-i-30°C
Набор реагентов для выделения ДНК cobas cfDNA Sample
Preparation Kit (cobas cfDNA Sample Preparation Kit, 24) -i-15
... + 3 0 °C
Стерилизация
Изделие поставляется нестерильным. Не подлежит
повторному использованию и/или стерилизации
пользователем.
Требования к охране окружающей среды
Медицинское изделие при использовании, транспортировке
и хранении не оказывает негативного воздействия на
человека и окружающую среду при соблюдении условий
применения и мер предосторожноети, указанных в
инструкции.
Утилизация
Во избежание возможного загрязнения окружающей среды
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800 с
истекщим сроком годности, а также отходы, использованных
реагентов, должны утилизироваться в соответствии с
местными государственными и / или больничными
нормативными требованиями (включая СанПин 2.1.7.2790-
10, отходы класса Б).
Правильное уничтожение и утилизация будет поддерживать
сохранение природных ресурсов и содействовать защите
здоровья человека и окружающей среды.
Утилизация отходов упаковки.
Упаковка продукции «Roche Diagnostics GmbH» ("Pom
Диагностике ГмбХ") разработана с целью сведения к
минимуму загрязнения окружающей среды при сохранении
целостности продукта во время транспортировки и хранения.
Упаковочные отходы должны утилизироваться в местных
пунктах сбора упаковки, в специализированные контейнеры,
расположенные в муниципалитетах.
Утилизация изделия с истектим сроком годности и отходов,
использованных реагентов.
При утилизации и уничтожении изделий с истекшим сроком
годности, а также отходов, использованных реагентов,
необходимо действовать в соответствии с гигиеническими
нормативами и следовать официальным
инструкциям по утилизации и уничтожению потенциально
инфекционного и химического материала, принятым на
территории Российской Федерации и в данном ЛПУ.
Ключевыми вопросами в стратегии управления отходами
является оптимизация тактик и подходов к конечным
продуктам, а также минимизация возможного загрязнения
окружающей среды.
Более подробную информацию можно получить у
производителя / уполномоченного представителя
производителя.
Утилизация должна проводиться в соответствии с местными
нормами законодательства, а также в соответствии с
протоколами медицинского учреждения, где используются
данные медицинские изделия.
Не утилизировать совместно с бытовыми отходами.
Техническое обслуживание и ремонт.
Данное медицинское изделие техническому обслуживанию и
ремонту не подлежит.
Гарантийные обязательства
Производитель (компания «Roche Diagnostics GmbH» ("Рош
Диагностике ГмбХ")) гарантирует, что Наборы реагентов для
4/6
2016-06, V 1.0 Русский
--- стр. 153 ---
Наборы реагентов для системы модульной cobas 4800
Приложение 1 (Раздел специально предназначен для инструкции по применению на русском языке.)
'
системы модульной cobas 4800 соответствуют
спецификациям, заявленным на этикетке. Производитель
несет ответственность за работу изделий только в случае их
правильного использования в соответствии с инструкцией, а
также соблюдения правил хранения и транспортировки.
Изделия должны использоваться только до истечения срока
годности, который указан на упаковке.
НАСТОЯЩАЯ ОГРАНИЧЕННАЯ ГАРАНТИЯ ЗАМЕНЯЕТ
СОБОЙ ИНЫЕ ГАРАНТИИ, ОДНОЗНАЧНО
ВЫРАЖЕННЫЕ ИЖ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫЕ, ВКЛЮЧАЯ
ЛЮБУЮ ПОДРАЗУМЕВАЕМУЮ ГАРАНТИЮ
ПРИГОДНОСТИ ДЛЯ КОММЕРЧЕСКОГО
ИСПОЛБЗОВАНИЯ ИЖ ДЛЯ ЛЮБОЙ ИНОЙ ЦЕЖ.
КОМПАНИЯ ROCHE DIAGNOSTICS GmbH НЕ НЕСЕТ
ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА СЛУЧАЙНЫЕ, НЕПРЯМЫЕ,
СПЕЦИАЛЬНЫЕ ИЖ КОСВЕННЫЕ УБЫТКИ.
По вопросам, связанным с качеством изделий, а также с их
работой, нужно обращаться к Уполномоченному
представителю производителя на территории РФ:
щество с ограниченной ответственностью «Рош
агностика Рус» (ООО «Рош Диагностика Рус»), 107031,
Москва, Трубная площадь, д.2, тел.: (495) 229-69-99, факс:
(495) 229-62-64
Претензии по качеству (рекламация)
Порядок предъявления рекламаций и ответов на них
регулируется гражданским правом. Рекламация может
предъявляться только по таким вопросам, которые не
являлись предметом приемки товара, произведенной в
соответствии с условиями договора.
По всем вопросам, связанным с обслуживанием изделия,
необходимо обратиться к Уполномоченному представителю
производителя.
В случае рекламации обращаться к производителю и / или
уполномоченному представителю производителя.
‘Примечание:
^ Система модульная cobas 4800 для ПЦР-диагностики in vitro,
с принадлежностями, производства "Рош Молекуляр
Системе, Инк.", США, регистрационное удостоверение №
ФСЗ 2011/0927I от 19.09.2016 (далее по тексту cobas 4800).
5/6
2016-06, V 1.0 Русский
--- стр. 154 ---
Die Obereinstimmung vorstehender Fotokopie mit
der vorgelegten Urschrift wird hiermit beglaubigt.
Mannheim, den 10.07.2017
N^^riat Maonfl^m
/(peeler)
'Wetarln
--- стр. 157 ---
16. Огино (Ogino) и др. (2005) "Метод чувствительного секвенирования для обнаружения
мутаций KRAS методом Пиросеквенирования". "Журнал молекулярной диагностики",
Том 7, № 3, Август 2005.
ЛИТЕРАТУРА
1. Шанкаран В., Обел Д., Бенсон III А.Б. (Shankaran V, Obel J, Benson III AB).
"Прогнозирование ответа на ингибиторы EGFR при метастатическом колоректальном
раке: текущая практика и будущие направления". Журнал "Онколог" 2010 15:157-67.
2. Самовитс В.С., Куртин К., Шаффер Д. (Samowitz WS, Curtin К, Schaffer D) и др. "Связь
мутаций Ki-ras при раке толстой кищки, стадией и выживаемостью опухолей:
исследование, основанное на популяции". Журнал "Эпидемиологии рака. Биомаркеры
и профилактика" 2000 Ноя 9(11):1193-7.
3. Андреев Х.Д., Нормэн А.Р., Куннингхэм Д. (Andreyev HJ, Norman AR, Cunningham D)
и др. "Мутации Kirsten ras у пациентов с колоректальным раком: исследование
RASCAL П". "Британский журнал рака" 2001 Сен 1; 85(5):692-6.
4. Дер К.Д., Финкел Т., Купер Г.М. (Der CJ, Finkel Т, Cooper GM). "Биологические и
биохимические свойства ras генов человека, мутировавтих на кодоне 61". Журнал
"Клетка" 1986 Янв 17; 44:167-176.
5. Лупакис Ф., Руссо А., Кремолини К. (Loupakis F, Ruzzo А, Cremolini С) и др. "KRAS-
кодон 61, 146 и BRAF предсказывают устойчивость к цутуксимабам плюс иринотекану
в KRAS-кодоне 12 и 13 метастатического колоректального рака дикого типа".
"Британский журнал рака" 2009 Авг 18; 101(4):715-21.
6. Де Рук В., Клейз Б., Бернаскони Д. (De Roock W, Claes В, Bemasconi D) и др. "Влияние
мутаций KRAS, BRAF, NRAS и PIK3CA на эффективность цетуксимаба плюс
химиотерапия при химиотерапии - рефрактерный метастатический колоректальный
рак: ретроспективный анализ консорциума". Журнал "Lancet Онкология", 2010 Авг
11(8):753-62.
7. Сиена С., Сартор-Бианчи А., Ди Николантонио Ф. (Siena S, Sartore-Bianchi А, Di
Nicolantonio F) и др. "Биомаркеры прогнозируют клинический результат терапии
рецептором эпидермального фактора роста при метастатическом колоректальном
раке". "Журнал Национального института рака" 2009 Окт 7; 101(19):1308-24.
8. Бокмейер К., Бондаренко И., Макхсон А. (Bokemeyer С, Bondarenko I, Makhson А) и др.
"Флюороурацил, лейковорин и оксалиплатин с и без цетуксимаба в лечении первой
линии метастатического колоректального рака". "Журнал клинической онкологии"
2009 Фев 10; 27(5):663-71.
9. Тол Д., Купмэн М., Кэтс А. (То1 J, Koopman М, Cats А) и др. "Химиотерапия,
бевацизумаб и цетуксимаб при метастатическом колоректальном раке". "Журнал
Новой Англии о медицине" 2009 Дек; 360(6):563-72.
10. Ливр А., Бачет Д.Б., Ле Корр Д. (Lievre А, Bachet JB, Le Corre D) и др. "Статус мутации
KRAS является прогнозирующим ответом на терапию цетуксимабом при
колоректальном раке". Журнал "Исследование рака" 2006 Апр 15; 66(8):3992-5.
11. Бенвенути С., Сартор-Бианчи А., Ди Николантонио Ф. (Benvenuti S, Sartore-Bianchi А,
Di Nicolantonio F) и др. "Онкогенная активация сигнального пути RAS/RAF снижает
реакцию метастатических колоректальных злокачественных опухолей на терапию
антител к анти-эпидермальному рецептору фактора роста". Журнал "Исследование
рака" 2007 Мар 15; 67(6):2643-8.
12. Амадо Р.Д., Волф М., Питерс М. (Amado RG, Wolf М, Peeters М) и др. "Диффузный
KRAS необходим для эффективности панитумумаба у пациентов с метастатическим
--- стр. 158 ---
колоректальным раком". "Журнал клинической онкологии" 2008 Апр 1; 26(10);1626-
34.
13. Карапетис К.С., Кхамбата-Форд С., Джонкер Д.Д. (Karapetis CS, Khambata-Ford S,
Jonker DJ) и др. "Мутации K-ras и преимущества цетуксимаба при прогрессирзлощем
колоректальном раке". "Журнал Новой Англии о медицине" 2008 Окт 23; 359(17): 1757-
65.
14. Доулард Д.-И., Сиена С., Кассиди Д. (Douillard J-Y, Siena S, Cassidy J) и др.
"Рандомизированное III фазное исследование панитумумаба с инфузионным
фторурацилом, лейковином и оксалиплатином (FOXFOX4) по сравнению с FOLFOX4
как лечение первой линии у пациентов с ранее нелеченным метастатическим
колоректальным раком: Исследование PRIME". "Журнал клинической онкологии"
2010; 28:4697-4705.
15. Аллегра К.Д., Джесап Д.М., Сомерфилд М.Р. (Allegra CJ, Jessup JM, Somerfield MR) и
др. "Американское общество клинической онкологии: предварительное клиническое
заключение: тестирование мутаций гена KRAS у пациентов с метастатической
колоректальной карциномой для прогнозирования реакции на терапию
моноклональных антител к рецептору антипидермального фактора роста". "Журнал
клинической онкологии" 2009 Апр 20; 27(12):2091-6.
16. Национальная комплексная онкологическая сеть. NCCN Руководство по клинической
практике в онкологии. Журнал "Рак толстой кишки" 2010, т.2.
17. Ван Кутсем Е., Оливейра Д. (Van Cutsem Е, Oliveira J); "Руководящие принципы
ESMO Рабочая группа. Прогрессирующий колоректальный рак: ESMO клинические
рекомендации по диагностике, лечению и последующему наблюдению". Журнал
"Анналы онкологии" 2009 Май; 20 Прил 4:61-3.
18. Управление по контролю за продуктами и лекарствами. Маркировка классов
изменяется на моноклональные антитела против EGFR, цетуксимаб (Erbitux) и
панитумумаб (Vectibix): KRAS мутации. http://www.fda.gov/AboutFDA/CentersOffices/
CDERyucmll72905.htm.
19. Европейское агентство по лекарственным средствам: Комитет по лекарственным
средствам для использования человеком пост-регистрационное резюме
положительного мнения для Erbitux. http://www.emea.europa.eu/pdfs/human
Erbitux_28040208en.pdf
20. Карачалиу Н., Майо К., Коста К. (Karachaliou, N, Mayo, С, Costa, С) и др. "Мутации
KRAS при раке легких". Журнал "Клинический рак легких" (В печати).
21 Маскокс К., Лэннино Н., Мартин Б. (Mascaux, С, Lannino, N, Martin, В) и др. "Роль
онкогена RAS в выживании пациентов с раком легких: систематический обзор
литературы с мета-анализом". "Британский журнал рака" (2005) 92, 131 - 139.
22. Шепхерд Ф., Буррджем А., Брамбилла Е. (Shepherd, F, Bourredjem, А, Brambilla, Е) и
др. "Прогностическое и прогнозирующее действие подтипа мутации KRAS в
полностью резецированном немелкоклеточном раке легкого (НМРЛ): Исследование
LACE-bio". "Журнал клинической онкологии" 30, 2012 (прил; разд 7007).
23. Мао К., Киуб Л., Лиао Р. (Мао, С, Qiub, L, Liao R) и др. "Мутации KRAS и
резистентность к лечению EGFR-TKI у пациентов с немелкоклеточным раком легкого:
Метаанализ 22 исследований". Журнал "Рак легких" 69 (2010) 272-278.
24. Риели Д., Полити К., Винсент А. (Riely, G, Politi, К, Vincent, А) и др. "Обновление
эпидермального фактора роста мутаций рецепторов в раке легкого, не связанного с
клетками. Журнал "Исследование рака" 2006; 12:7232-7241.
--- стр. 159 ---
25. Лонго М.К., Бернингер М.С. и Д.Л. Хартли (Longo, М.С., Beminger, M.S., Hartley, J.L.)
1990. "Использование урацил ДНК гликозилазы для борьбы с переносимым
загрязнением в полимеразной цепной реакции". Журнал "Ген". 93:125-128.
26. Чойсвуд Л.К. и Вилсон Д.Е. (Chosewood L.C., Wilson, D.E.) "Биологическая
безопасность в микробиологических и биомедицинских лабораториях". Публикация
HHS Пятая # редакция. (CDC) 21-1112. 2009.
27. Институт клинических лабораторных стандартов (CLSI). Защита лабораторных
работников от профессионально приобретенных инфекций. Утвержденное
руководство - Третье издание. Документ CLS1 М29-АЗ Вилланова, Пенсильвания:
CLSI, 2005.
28. Международная ассоциация воздушного транспорта. Правила по опасным грузам, 52-е
издание. 2011.
2.
3.
29. Каталог соматических мутаций в раке (COSMIC), 2011, т.51,
http://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/ .
30. Институт клинических и лабораторных стандартов (CLSI) ЕР7-А2,
Интерференционное тестирование в клинической химии; Утвержденные руководящие
принципы - Второе издание. Приложение D 2005.
Литература
1. Шарма С.В., Белл Д.В., Сеттлмэн Д., Д.А. Хабер (Sharma SV, Bell DW, Settleman J, DA
Haber). "Рецепторные мутации эпидермального фактора роста при раке легкого".
Журнал "Природа Обзоры Рак". 2007; 7:169-181.
Пао В., Д. Чмиелески (Рао W, J Chmielecki). "Рациональное, биологически
обоснованное лечение EGFR-мутантного немелкоклеточного рака легкого". Журнал
"Природа Обзоры Рак". 2010; 10:760-774.
Чжу К., By И.-Л., Д. Чен (Zhou С, Wu Y-L, G Chen). "Эрлотиниб по сравнению с
химиотерапией в качестве лечения первой линии для пациентов с прогрессирующим
мутационным положительным немелкоклеточным раком легких EGFR (OPTIMAL,
CTONG-0802): многоцентровое, открытое рандомизированное Зх фазное
исследование". Журнал "Lancet Онкология". 2011; 12:735-742.
Паз-Арез Л., Соулиерес Д., И. Мелезмек (Paz-Ares L, Soulieres D, I Melezmek).
"Клинические исходы у пациентов с немелкоклеточным раком легких с мутациями
EGFR: объединенный анализ". "Журнал клеточной и молекулярной медицины". 2010;
14:51-69.
5. Ченг Л., Александр Р.Е., Д.Т. МакЛенэн (Cheng L, Alexander RE, GT MacLennan).
"Молекулярная патология рака легких: ключ к персонализированной медицине". "Mod
Path". 212; 25:347-369.
6. TARCEVA® (эрлотиниб) Вкладыш в упаковку.
7. By И.Л., Ли Д.С., С. Тонгпрасерт (Wu YL, Lee JS, S Thongprasert). "Интеркалярная
комбинация химиотерапии и эрлотиниба для пациентов с немелкоклеточным раком
легких позднего этапа (FASTACT-2): рандомизированное двойное слепое
исследование". Журнал "Lancet Онкология". 2013; 14:777-786.
8. TAGRISSO™ (озимертиниб) Вкладыш в упаковку.
9. Джэнн П.А., Янг Д.К.Х., Д.В. Ким (Janne РА, Yang JCH, DW Kim). "AZD9291 в EGFR
Ингибитор-резистентный немелкоклеточный рак легких". "Журнал Новой Англии о
медицине". 2015; 372:1689-99.
10. Каталог соматических мутаций в раке (COSMIC), 2011, т.51, http: //www
. sanger. ас. ик/ genetics/CGP/cosmic.
4.